Tutorial Avogadro

Barra de herramientas:

Herramienta de dibujo (F8)

Insertar tomo

Borrar tomo

Herramienta de navegacin (F9)

Para la molcula

Rotar

Agrandar/achicar

Mover

Herramienta de manipulacin (F10)

Para tomos

Rotar

Agrandar/achicar

Mover

Herramienta de seleccin (F11) Pulsar para seleccionar tomos individuales y arrastrar para seleccionar varios tomos.

Herramienta de rotacin automtica Permite rotar la molcula con el botn izquierdo del mouse, el largo y la direccin de la lnea que se dibuja indica la direccin y la velocidad de la rotacin.

Herramienta de optimizacin automtica Pulsar para optimizar la estructura.

Herramienta para medir

Seleccionar hasta 3 tomos

Actividad 1: Crear una molcula de CO2 y optimizar su estructura. Seleccionar la herramienta de dibujo Seleccionar elemento carbono y dibujarlo

Luego cambiar elemento a oxgeno enlace doble y dibujar 2 tomos de oxgeno partiendo del tomo de carbono

Luego optimizar la estructura:

Se obtiene la siguiente molcula:

Actividad 2: Dibujar una molcula vitamina A

Primero dibujar la estructura con la herramienta de dibujo a la estructura

lo ms parecido posible

Una vez dibujada la molcula a mano, hay que agregarle los tomos de hidrgeno, para ello:

Se obtiene la siguiente estructura:

Luego hay que optimizar la geometra de la molcula:

Se obtiene la molcula terminada

Para visualizarla de otra manera debe estar activo preferencia de pantalla Aparece esta ventana

Seleccionar Esferas de Van der Waals clickeando en el cuadrado

Se obtiene:

Para animar presionar la herramienta de rotacin automtica y comenzar animacin dibujando una lnea con el botn izquierdo del mouse, la molcula comenzar a girar:

Para guardar una imagen de la estructura obtenida ir a Archivo, luego Exportar y luego Grfico

Actividad 3: Construir un aminocido metionina. Para ello insertaremos el aminocido y lo copiaremos. Ir a la opcin Construir, luego insertar y luego Fragmento.

Aparecer la siguiente ventana:

Seleccionar amino_acids y luego D-methionine.cml, se cargar el aminocido en la ventana. Repitiendo el procedimiento aplicado para la vitamina A construir la molcula.

Actividad 4: Construir una molcula de aspartamo (N-(L--Aspartil)-L-fenilalanina, 1-metil ester). Para ello pueden partir de un pptido formado por los aminocidos cido asprtico (Asp) y fenilalanina (Phe).

Para ello ir a Construir, insertar, Pptido

Crear el pptido Asp-Phe y finalizar la molcula agregando un grupo metilo (CH3).

Actividad 5: Construir una molcula de adenosina trifosfato (ATP).