Nowe technologie

Wydzia Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

Marcin Kolankowski MIM

Komputer DNA
POCZTKI WYKORZYSTANIA DNA Kwas dezoksyrybonukleinowy (DNA) to czsteczka zoona z czterech rnych aminokwasw (zwanych dezoksyrybonukleotydami): adeniny, guaniny, cytydyny i tyminy. DNA wystpuje powszechnie w przyrodzie, jest wykorzystywane do gromadzenia i przenoszenia informacji szczeglnie z rodzica na potomka. Podwjna spirala DNA zostaa odkryta przez dwch naukowcw: Jamesa Watsona i Francis Cricka w 1953 r. Pionierem nanotechnologii wykorzystujcej DNA do rozwizywania konkretnych zada by Leonard Adelman, pracujcy na Uniwersytecie Poudniowej Kalifornii. W 1994 r. jako pierwszy rozwiza problem drg Hamiltona (The Hamiltonian Path Problem ) znalezienia najkrtszej drogi pomidzy punktami tak, by kady punkt odwiedzi dokadnie raz. Kademu punktowi odpowiadaa inna sekwencji DNA. Dane, bdce nici DNA z zakodowanymi miastami zostay poddane procesowi, ktry utworzy wiele nowych nici prawdopodobnych rozwiza problemu. Jedna z nich zawieraa poprawn odpowiedz, dalej metod eliminacji odczytano wynik. 1 Kolejne badania nad wykorzystaniem DNA do oblicze komputerowych odbyway si na caym wiecie. W styczniu 2000 r. portal BBC opisa wyniki dowiadcze, jakie przeprowadzono na Uniwersytecie Wisconsin-Madison. DNA przeniesiono z prbwki na nowy rodzaj powierzchni, co znacznie uatwio sposb w jaki dokonywano oblicze. Na szklan pytk powleczon zotem wyoono nici DNA. DNA zostao poddane procesowi rozwizania zadania tak zmodyfikowane aby zawierao wszystkie moliwe odpowiedzi. Pniej, za pomoc enzymw wszystkie bdne odpowiedzi zostay wyodrbnione i usunite. 2 ROK 2001 I PRZEOM W BADANIACH Przeomowym dla problemu wykorzystania DNA do oblicze komputerowych okaza si rok 2001. W 414 numerze Nature prof. Ehud Shapiro jako szef zespou ludzi zajmujcych si problemem komputera wykorzystujcego DNA, opublikowa wyniki bada przeprowadzanych w Instytucie Weizmanna w Izraelu. Dziaanie nanokomputera zbudowanego w Izraelu zostao zainspirowane obserwacjami zwizane z wykorzystaniem maszyny Turinga. Maszyna wymylona przez Turinga analizuje i skaduje informacje w postaci listy symboli. Opracowany w Instytucie Weizmanna nanokomputer jest specjalnym przypadkiem maszyny Turinga automatem skoczonym, wykorzystuje tylko dwa symbole ktre mona interpretowa jako tak lub nie. 3 Jak dziaa nanokomputer DNA? Rol sprztu hardwareu peni w nim dwa enzymy restryktaza oraz ligaza. Enzymy restrykcyjne analizuj podwjn ni DNA i rozpoznaj szczeglne sekwencje kodu, w rozpoznanym miejscu przecinaj ni.
Webopedia.com, DNA computer, http://www.webopedia.com/TERM/D/DNA_computer.html BBC News, DNA computers take shape, 12 stycze 2000 r., http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/600323.stm 3 BBC News, Test tube holds a trillion of computers, 21 listopad 2001 r., http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/1668415.stm
2 1

Sprawozdanie studenckie 2006/2007

Nowe technologie

Wydzia Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

Mog to zrobi na dwa sposoby albo w tym samym miejscu na kadej nici, albo te w rnych miejscach. Jeeli nastpi przecicie nici na rnych wysokociach tworz si tzw. lepkie koce jednoniciowe odcinki DNA, ktre pasuj do odpowiednio dobranego odcinka znajdujcego si na kocu drugiej czsteczki. Przy spenieniu pewnych wymaga czsteczki te mog si poczy (proces hybrydyzacji). Rol oprogramowania peni czsteczki DNA, ktre zawieraj informacje, jakie operacje s dozwolone. Komputer zaczyna dziaa, gdy wszystko zostanie zmiszane. Komputer Shapiro z 2001 r. mg pracowa na dowolnie dugiej nici DNA wejciowego, zoonego z dwch rozrnialnych symboli. DNA nie miao pochodzenia naturalnego zostao przygotowane w warunkach laboratoryjnych przez zesp badaczy. Rol oprogramowania dla komputera penio osiem krtkich, dwuniciowych czstek DNA kodujcych osiem moliwych operacji, ktre mona dokonywa na wejciowej nici. Obliczenia rozpoczynay si w chwili poczenia wszystkich skadnikw, tzn. czsteczek reprezentujcych sprzt, czsteczek zawierajcych opis operacji dozwolonych oraz danych wejciowych. Nastpnie dziaanie enzymw powodowao stopniow analiz danych, a do chwili wyprodukowania wielu nici DNA zawierajcych moliwe odpowiedzi. Metod elektroforezy wybiera si t ni, ktra zawiera poprawn odpowiedz 4. Umiejtnie dobierajc zestaw omiu moliwych operacji moemy uzyskiwa rne programy. Komputer zrobiony przez Shapiro moe wykonywa 765 rnych programw. Wrd moliwych zada zleconych komputerowi mona wymieni m.in. rozpoznawanie, czy w zakodowanym cigu znajduje si parzysta czy nieparzysta liczba jedynek, od jakiej cyfry rozpoczyna si wejciowy kod, czy jedynka poprzedza zero itd. 5 Komputer z Instytutu Wiezmanna dziaa w sposb rwnolegy, tzn. rozwizuje zadanie nie kawaek po kawaku tylko pracuje jednoczenie nad rozwizaniem caoci. KOLEJNE SUKCESY 24 lutego 2003 roku opublikowano kolejny sukces zespou z Instytutu Wiezmanna. Tym razem opracowano pojedyncz moleku DNA, ktra oprcz dostarczania danych do nanokomputera, dostarcza take niezbdn energi potrzebn do dziaania (wczeniejsza wersja komputera potrzebowaa w kadym kroku dziaania jedn moleku DNA z danymi i dwie molekuy ATP). Udoskonalone urzdzenie moe dziaa bez dostarczania energii z zewntrz i na dowolnie dugich molekuach DNA wejciowego. Energia jest dostarczana przez specjalne DNA, jej rdem jest ATP standardowo wykorzystywane rdo energii przez wszystkie ywe organizmy. yeczka takiej zupy zoonej z nanokomputera i paliwa zawiera ok. 15 000 trylionw komputerw, ktrych moc siga 330 trylionw operacji na sekund, a dokadno 99,9% . 6 Urzdzenie skonstruowane w Instytucie Wiezmanna zostao wpisane do Ksigi Rekordw Guinnessa jako najmniejsze biologiczne urzdzenie liczce.
4 5

Wrocawski komputer molekularny, http://pryzmat.pwr.wroc.pl/Pryzmat_170/170dna.html Serwis Gazeta.pl. Nanokomputer zbudowany z DNA. 22 listopad 2001 r., http://serwisy.gazeta.pl/nauka/1,34141,559703.html

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, DNA molecule provides a computing machine with both data and fuel, 24 luty 2003 r., http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0535624100v1

Sprawozdanie studenckie 2006/2007

Nowe technologie

Wydzia Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

ZASTOSOWANIE DNA W kwietniowym wydaniu Nature z 2004 r. ukaza si artyku, w ktrym prof. Ehud Shapiro, szef zespou zajmujcego si badaniami nad wykorzystaniem komputera DNA w medycynie opisa swoje osignicia. Komputer wynaleziony kilka lat wczeniej zosta zaprogramowany, by analizowa biologiczne informacje przechowywane w mRNA. W warunkach laboratoryjnych udao si wykry zmiany chorobowe (molekuy ktrych obecno wskazywaa na zmiany rakotwrcze), zdiagnozowa typ komrek rakowych oraz rozpocz proces zwalczania ich przez produkcje odpowiednich substancji. Komputer z Instytutu Weizmanna jest prostym automatem, potraficym jedynie odpowiada w sposb tak lub nie. Uywajc enzymw manipulujcych mRNA komputer szuka okrelonych sekwencji kodu. W przypadku normalnego mRNA nic si nie dzieje, w przypadku zmienionego komputer inicjuje proces uwolnienia antyrakowej substancji. W eksperymencie byy to komrki rakowe puca i prostaty. Sukces eksperymentu jest dobrym pocztkiem, ale wykorzystanie tego sposobu do diagnozowania i leczenia ludzi jest dalek przyszoci. W ludzkim organizmie znajduje si wiele innych substancji (proteiny, kwasy nukleinowe, tuszcze itd.) ktrych obecno moe znacznie utrudnia badanie lub wrcz je uniemoliwi. 7 Kolejne korzyci pynce z wykorzystania bada DNA to moliwo znacznego powikszenia moliwoci magazynowania informacji. DNA jest najlepszym na wiecie sposobem skadowania danych jeden gram suchej nici DNA moe zawiera wicej informacji ni trylion pyt CD. Wykorzystanie DNA do oblicze komputerowych moe by przeomem w podejciu do zoonych oblicze. Problem coraz wikszego zuycia energii przy wykorzystaniu tradycyjnej, krzemowej technologii oraz naturalne ograniczenia wynikajce z prawa Moorea stanowi bodziec do szukania nowych metod. Plus za wykorzystaniem DNA to przede wszystkim niewielkie rozmiary komputera o mocy zdecydowanie przewyszajcej nawet najmielsze wyobraenia. Drugi atut to prawie niezauwaalne zuycie energii oraz skrcenie czasu potrzebnego na rozwizanie problemu przez rwnolege obliczenia. Jakie s wady zastosowania technologii DNA? Przede wszystkim dostpno oraz opacalno (przynajmniej w obecnej chwili) rozwizanie nawet prostego problemu wymaga znacznego nakadu pracy i czasu (przygotowanie DNA wejciowego, pniej znajdowanie rozwizania w wielu moliwych wynikach, analizowanie odpowiedzi itd.). Rwnie problemy, ktre moemy rozwizywa za pomoc nanokomputera s jak dotd trywialne. Mimo wszystko komputer DNA stanowi jedn z alternatyw, ktrych wprowadzenie jest kwesti czasu.

Meet Dr DNA, your own nanocomputer, ABC News in science, 29 kwiecie 2004 r., http://www.abc.net.au/science/news/stories/2004/1097455.htm Sprawozdanie studenckie 2006/2007 3