Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Amali 6

Mengukur Kepelbagaian Genetik

Reading Burgman, M.A. and Lindenmayer, D.B. (1998). Conservation Biology for the Australian Environment. Eldridge M. (1998). Trouble in Paradise? Nature Australia 26, 24-31. Gibbs et al. (1998). Problem-solving in Conservation Biology and Wildlife Management. Blackwell Science. Surrey Beatty & Sons, Sydney. Chapter 6 Loss of genetic diversity, populations and species. Van Dyke F. ( 2003) Conservation Biology. McGraw-Hill. Chapter 6 Conservation of genetic diversity. Pengenalan Individu dari spesies yang sama tidak kelihatan seiras. Contoh: manusia, kucing, anjing. Kromosom terdiri daripada sekumpulan gen dan ekspresi luaran gen (fenotip individu) adalah berbeza (variasi). Ini ialah kerana gen mempunyai bentuk alternatif yang dipanggil alel. Perbezaan di antara individu disebabkan oleh jenis alel yang hadir dalam komposisi genetik individu. Takungan gen ( gene pool) sesuatu spesies ialah koleksi semua alel semua gen spesies tersebut. Ahli ekologi pemuliharaan tidak dapat mengekalkan kepelbagaian genetik spesies, tetapi mereka akan cuba mengekalkan kepelbagaian genetik individu dalam populasi setempat tumbuhan dan haiwan. Sebagai contoh, jika satu populasi orkid dalam satu lembah menunjukkan adaptasi evolusi yang lain daripada populasi orkid yang sama di lembah yang lain, adalah menjadi wajar untuk mengekalkan kedua-dua populasi orkid supaya dapat mengekalkan potensi evolusi keseluruhan spesies tersebut. Jika kedua-dua populasi adalah seiras dari segi genetik, memulihara satu populasi sahaja dapat mengekalkan takungan gen spesies tersebut. Walaubagaimanapun terdapat masalah yang perlu dihadapi jika hanya satu populasi dikekalkan! Mengapakah ini penting? Semasa mengumpul biji benih, sampel tisu atau haiwan untuk program pengenalan semula ( reintroduction) atau haiwan untuk zoo, adakah sampel yang dipilih mewakilkan variasi genetik keseluruhan spesies tersebut? Apakah implikasi memilih hanya sebahagian daripada bahan genetik yang boleh didapati? Populasi pengasas( founder) ini boleh mengakibatkan cerutan genetik (bottlenecks), hanyutan genetik (genetic drift) dan hilang keupayaan genetik (loss of fitness). Ini boleh menghadkan keupayaan populasi tersebut untuk menyesuaikan diri terhadap perubahan persekitarannya dan seterusnya menjejaskan kemandiriannya. Untuk menentukan berapa banyak variasi yang perlu dikekalkan untuk kemandirian jangka panjang sesuatu spesies, pertama kita perlu mengukur kepelbagaian genetik dalam populasi. Kedua, kita perlu menentukan beberapa banyak populasi yang perlu dikekalkan (memulihara).

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Tugasan Buat pengiraan untuk tugasan ini secara perlahan-lahan. Anda TIDAK PERLU mengingat bagaimana pengiraan ini dijalankan. Tujuan tugasan ini ialah untuk menunjukkan satu alat genetik yang boleh digunakan oleh ahli pemuliharaan untuk membuat keputusan objektif tentang asas genetik populasi yang dikendalikan. Anda adalah pekerja suatu agensi pemuliharaan dan berhadapan dengan krisis untuk membuat keputusan. Sebidang tanah dengan enam tanah lembab ( wetlands) yang berbeza yang menjadi habitat untuk dua populasi orkid yang jarang ditemui akan dibangunkan sebagai tapak perindustrian. Organisasi anda hanya mempunyai dana yang cukup untuk membeli dan melindungi empat tanah lembab sahaja. Manakah di antara enam populasi tersebut, harus anda pulihara? Tanah lembab itu terdiri daripada dua jenis: iaitu tali air dengan populasi Pterostylis isozymus yang hanya terdapat di sini. Tiga yang lain ialah paya (swamps) di mana terdapat spesies Pterostylis polyzymous. Anda telah mengambil sampel daun dan dihantar untuk analisis genetik kepada rakan anda. Data yang diperolehi adalah dalam bentuk gel elektroforesis protein daripada satu lokus alozim(allozyme) menunjukkan DNA yang berbeza-beza (polymorphic) untuk kedua-dua spesies. Lokus ini ada dua alel iaitu laju dan perlahan (kerana bergerak pada kadar yang berbeza melalui gel).

Buat kumpulan tiga orang untuk menjalankan penilaian genetik ini. Ikut empat langkah berikut dan lengkapkan lembaran kerja.

Langkah 1 : Untuk mengira bagaimana variasi genetik disebarkan dalam dan antara populasi, anda perlu menentukan frekuensi alel dalam setiap populasi. Lokus untuk alozim ada dua alel iaitu laju and perlahan. Pengenalpastian kedua alel ini ialah melalui corak jalur untuk setiap lajur atas gel. Sebagai contoh, individu pertama pada lajur pertama pada gel pertama ialah heterozigot, iaitu mempunyai dua alel yang berbeza, dan ditunjukkan sebagai (+) pada kedua-dua alel laju dan perlahan. Sebaliknya individu pada jalur yang kedua ialah homozigot dan dikenalpasti dengan satu jalur yang mewakili dua alel perlahan.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Baca tentang elektroforesis gel daripada laman web untuk memahami lebih lanjut

Tentukan

frekuensi alel dalam setiap populasi untuk alel laju( p) dan alel

perlahan (q) dengan mengira bilangan alel untuk individu dalam setiap populasi. (Perhatian: Homozigot mempunyai dua alel yang sama, jadi (+) perlu dikira dua kali dan jumlah alel untuk 15 individu ialah 2 x 15 = 30). Lepas itu, bahagi dengan jumlah alel dalam populasi (sentiasa dua kali daripada bilangan individu).

(a) Populasi Pterostylis isozymus Alel perlahan(q ) laju (p) 1 2 Populasi 1 (individu 1 - 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 jumlah 23 7

Alel perlahan(q ) laju (p)

Populasi 2 (individu 1- 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

14

15

jumlah 12 18

Alel perlahan(q ) laju (p)

Populasi 3 (individu 1 - 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

14

15

jumlah 4 26

(b) Populasi Pterostylis polyzymus Alel perlahan(q ) laju (p) 1 2 Populasi 1 (individu 1 - 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 jumla h 12 18

Alel perlahan(q ) laju (p)

Populasi 2 (individu 1 - 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

13

14

15

jumla h 14

16

Alel

Populasi 3 (individu 1- 15 dari kiri ke kanan) 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

3

13

14

15

jumla

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

h perlahan( q) laju (p) 8 22

Langkah 2. Ukur perbezaan genetik di antara populasi dengan menggunakan Indeks Ketetapan Wright (Wrights Fixation Index), atau Fst, (bermula dari 0 iaitu tiada perbezaan antara populasi, dan pertambahan nilai seterusnya menunjukkan perbezaan genetik antara populasi meningkat) Untuk menentukan Fst, anda perlu menghitung heterozigot yang dijangka untuk ( Hs). Darab 2pq untuk setiap populasi dan cari nilai purata untuk ketiga-tiga populasi dalam setiap spesies.

Frekuensi alel Pterostylis isozymus

alel laju populasi 1 = populasi 2 populasi 3 purata = (Hs) = Alel frequencies for Pterostylis polyzymus laju alel populasi 1 populasi 2 populasi 3 purata = (Hs) = Langkah 3. Sekarang, hitung frekuensi heterozigot yang dijangka jika ketiga-tiga populasi adalah sebahagian daripada populasi pembiakan yang sama (extended breeding population) (Ht). Cari purata p and q untuk ketiga populasi dalam setiap spesies. Kemudian darab 2 x purata p x purata q. Ini ialah frekuensi heterozigot yang dijangka dalam populasi jika populasi-populasi ialah satu takungan gen besar dan tiada perbezaan genetik pada tahap populasi setempat.
Frekuensi heterozigot dijangka (Ht) bagi spesies Pterostylis isozymus

p 0.23

alel perlahan 23/30 =

q 0.77

=2xpxq 2 x 0.23 x 0.77 = 0.35

7/30

1.06/3 = 1.06/3 =

alel perlahan

=2xpxq

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

alel laju p alel perlahan q populasi 1 7/30 = 0.23 23/30 = 0.77 populasi 2 0.60 populasi 3 0.87 purata frekuensi 1.70/3 alel =0.57 (Ht).= 2 x purata p x purata q = 2 x 0.57 x purata q = Frekuensi heterozigot dijangka (Ht) bagi spesies Pterostylis polyzymus alel laju p populasi 1 populasi 2 populasi 3 purata frekuensi alel (Ht).= 2 x purata p x purata q = alel perlahan q

Langkah 4. Sekarang anda perlu mengira variasi dalam populasi setempat. Sisihan frekuensi heterozigot dalam populasi terasing( Hs) merupakan indeks variasi genetik yang mewakili populasi setempat jika populasi tersebut adalah sebahagian daripada populasi besar (Ht), Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, dimana nilai Fst < 0.01 menunjukkan wujud sedikit perbezaan genetik antara populasi, dan nilai Fst > 0.1 menunjukkan wujud perbezaan genetik yang besar antara populasi (iaitu populasi adalah berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antara julat tersebut menunjukkan wujud perbezaan genetik.

Berpandukan contoh yang disediakan, kira indeks kepelbagaian bagi setiap spesies, kemudian bandingkan indeks kedua-dua spesies tersebut.

Ringkasan Pterostylis isozymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 Fst > 0.1 menunjukkan perbezaan yang besar antara populasi P.isozymus Pterostylis polyzymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = Fst _______ menunjukkan tiada/sedikit/besar perbezaan antara populasi polyzymous Populasi Pterostylis ____________ mempunyai kepelbagaian lebih tinggi berbanding populasi Pterostylis _____________. Populasi Pterostylis___________, adalah seiras dari segi genetik antara satu sama lain.
5

P.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Laporan anda Dalam laporan anda, huraikan masalah yang dihadapi dan bincang soalan-soalan berikut. Masukkan rujukan, jadual, rumusan akhir F st, dan gunakan kiraan anda untuk menyokong jawapan anda. Jawab soalan berikut: 1. Adakah populasi setiap spesies berbeza di antara satu sama lain? Adakah manamana spesies mempunyai kepelbagaian lebih tinggi berbanding yang satu lagi? Namakan spesies tersebut. 2. Bagaimanakah anda agihkan dana untuk memulihara tanah lembap tersebut? Beri justifikasi untuk keputusan anda dari segi memulihara kepelbagaian genetik yang maksimum dan mewakili kedua-dua spesies. 3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi keputusan anda? 4 Tujuan latihan ini adalah untuk memulihara kepelbagaian genetik sebanyak mungkin yang mencirikan spesies ini menggunakan bajet yang terhad. Alel yang dikaji terdapat dalam kedua-dua spesies. Mengapakah penting memulihara lebih dari satu populasi? 5. Dalam artikel oleh Eldridge(1998) Trouble in Paradise, bagaimanakah saintis memaksimumkan kepelbagaian genetik dalam populasi yang di perkenalkan semula (re-introduced population)? Kenapakah mereka tidak memilih haiwan dari satu pulau sahaja?

GEL ELECTROPHORESIS

http://web.utk.edu/~khughes/GEL/index.htm http://www.bergen.org/AAST/Projects/Gel/index.html http://www.life.uiuc.edu/molbio/geldigest/electro.html Gel electrophoresis makes it possible to determine the genetic difference and the evolutionary relationship among species of plants and animals. Using this technology it is possible to separate and identify protein molecules that differ by as little as a single amino acid. Because these differences are determined by genes, the differences in molecules indicates a difference in genetic make-up.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Gel electrophoresis is a method that separates macromolecules-either nucleic acids or proteins-on the basis of size, electric charge, and other physical properties. The gel is a jelly-like substance, usually agrose, a substance derived from seaweed. The molecules have an electrical charge, and electrodes at either end of the gel provide the driving force. The gel acts like a sieve. Large molecules have difficulty getting through the holes in the gel, but small molecules move through easily. Because of this, large molecules will move more slowly than the smaller, faster molecules. As the separation process continues, the separation between the larger and the smaller fragments increases.
Each lane is an individual Large DNA or protein

Each vertical lane belongs to a single individual, and by comparing the positions of the molecules across lanes it is possible to determine if they have the same combinations of molecules that is, if they are genetically similar or genetically different.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik