Amali 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK Tujuan : Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik.

Pengenalan : Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, sama ada manusia mahupun bakteria. Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel.Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu fenotip) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang dikenali sebagai alel, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana alel hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan. Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya satu ciri,tetapi sesetengah lokus bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel. `Gene pool` spesies adalah himpunan alel-alel daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan sebaliknya, dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotip tertentu, adanya alel dapat mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi. Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa, warna kulit dan lain-lain. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran. Genotip merupakan
23

kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar. Dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma. Tugasan : Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis: sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian.Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesies yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal.Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protien elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesies. Lokus tersebut mempunyai dua alel. `Cepat` dan `Pelahan` kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana alel yang cepat berada di bawah alel yang perlahan. Langkah 1 : Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara poulasi, frekuensi alel perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap alel di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh,individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua alel tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua `cepat` dan `pelahan`. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua alel perlahan. Tentukan frekuansi alel di dalam setiap populasi bagi alel cepat (p) dan alel perlahan (q) dengan megira bilangan alel bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua alel yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi alel bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30). Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah alel yang hadir dalam populasi tersebut(sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu)

24

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat + 2 + 3 + 4 + 5 + 6 +

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + 8 + 9 + 10 + + 1 1 1 2 + 1 3 + + 14 + + 15 + Jumlah 23 7

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat 2 + 3 + + 4 + 5 + + 6 +

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 + 9 + + 10 + + 1 1 + 1 2 + + 1 3 + + 14 + + 15 + Jumlah 12 18

Pterostylis isozymus 1 Pelahan Cepat + 2 + + 3 + 4 + 5 + 6 +

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 + 9 + 10 + 1 1 + 1 2 + 1 3 + 14 + + 15 Jumlah 4 26

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat 2 + 3 + + 4 + 5 + + 6 +

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 + 9 + + 10 + + 1 1 + 1 2 + + 1 3 + + 14 + + 15 + Jumlah 12 18

Pterostylis polyzymus 1 2 3 4 5 6

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8

25

10

1 1

1 2

1 3

14

15

Jumlah

Pelahan + Cepat +

+ +

+ +

+ +

+ +

+ +

+ +

+ +

+ +

14 16

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat 2 + 3 + 4 + 5 + + 6 +

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + 8 + 9 + + 10 + 1 1 + 1 2 + 1 3 + + 14 + + 15 + Jumlah 8 22

Langkah 2 :Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wright`s Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan F st, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesies (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesies.

Frekuensi alel bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, p 7/30= 0.23 18/30 26/30 0.6 0.87 Alel perlahan, q 23/30= 0.77 12/30 4/30 2xpxq

Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3

2x0.23x 0.77=0.35 0.4 0.48 0.13 0.22 Purata=1.06/3 (Hs) =0.35

Frekuensi alel bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat, p 18/30 0.6 16/30 0.53 22/30 0.73 Alel perlahan, q 12/30 0.4 14/30 0.47 8/30 0.27 2xpxq 0.48 0.50 0.40

Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3

26

Purata= 1.38/3 (Hs) = 0.46

Langkah 3 : Kira heterozygositi jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap speseis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozigot di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa. Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis isozymus Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel Alel cepat p 7/30= 18/30 26/30 0.23 0.60 0.87 1.70/3 =0.57 Alel pelahan q 23/30= 0.77 12/30 0.4 4/30 0.13 1.3/3 = 0.43

(Ht) = 2 x purata p x purata q = 2 x 0.57 x purata q= 0.49

Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel Alel cepat p 18/30 16/30 22/30 0.6 0.53 0.73 1.86/3 = 0.62 Alel pelahan q 12/30 0.4 14/30 0.47 8/30 0.27 1.14/3 = 0.38

(Ht) = 2 x purata p x purata q = 2 X 0.62 X 0.38 = 0.47

27

Langkah 4 : Anda perlu mengira jumlah `local`, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozigot di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (Ht) sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi `local`. Oleh itu, Fst = (Ht Hs ) / Ht , di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang kecil di dalam populasi ( iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN Pterostylis isozymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 F st > 0.1, menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus Pterostylis polyzymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.47 0.46/ 0.47 = 0.02 Fst < 0.02 menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus Populasi Pterostylis Isozymus adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymus . Oleh itu Pterostylis polyzymus adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

Soalan

: 1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi antara spesis adalah berbeza kerana populasi Petrostylis isozymus menunjukkan divergen yang besar > 0.29 berbanding F st

28

> 0.1 manakala spesis Pterostylis polyzymus Fst < 0.02 menunjukkan tiada divergen di antara populasi.

2.Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. 3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? 4. Diberi bahawa kedua-dua alel pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesies yang dilindungi? 5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk `Trouble in Paradise`, bagimanakah saintis memaksimakan diversity genetik bagi pengenalan semula spesies? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut?

Bacaan

: Burgman M. A. & Lindenmayer D. B (1998) Conservation Biology for the Australian Environment. Surrey Beatty & Son. Chapter 6 Loss of genetic diversity, populations and species Eldridge M. (1998) Trouble in Paradise ? Nature Australia 26, 24-31. Van Dyke F. (2003) Conservation Biology. McGraw-Hill. Chapter 6 Conservation of genetic diversity.

29