Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Amali 6

Mengukur Kepelbagaian Genetik

Reading Burgman, M.A. and Lindenmayer, D.B. (1998). Conservation Biology for the Australian Environment. Eldridge M. (1998). Trouble in Paradise? Nature Australia 26, !"#1. $ibbs et al. (1998). Problem"sol%ing in &onser%a'ion Biology and (ildli)e Managemen'. Bla*+,ell -*ien*e. -urrey Bea''y . -ons, -ydney. &/a0'er 1 Loss o) gene'i* di%ersi'y, 0o0ula'ions and s0e*ies. 2an Dy+e 3. ( 44#) &onser%a'ion Biology. M*$ra,"5ill. &/a0'er 1 &onser%a'ion o) gene'i* di%ersi'y. Pengenalan 6ndi%idu dari s0esies yang sama 'ida+ +eli/a'an seiras. &on'o/7 manusia, +u*ing, an8ing. 9romosom 'erdiri dari0ada se+um0ulan gen dan e+s0resi luaran gen ()eno'i0 indi%idu) adala/ berbe:a (%ariasi). 6ni iala/ +erana gen mem0unyai ben'u+ al'erna'i) yang di0anggil alel. Perbe:aan di an'ara indi%idu disebab+an ole/ 8enis alel yang /adir dalam +om0osisi gene'i+ indi%idu. Ta+ungan gen ( gene pool) sesua'u s0esies iala/ +ole+si semua alel semua gen s0esies 'ersebu'. A/li e+ologi 0emuli/araan 'ida+ da0a' menge+al+an +e0elbagaian gene'i+ s0esies, 'e'a0i mere+a a+an *uba menge+al+an +e0elbagaian gene'i+ indi%idu dalam 0o0ulasi se'em0a' 'umbu/an dan /ai,an. -ebagai *on'o/, 8i+a sa'u 0o0ulasi or+id dalam sa'u lemba/ menun8u++an ada0'asi e%olusi yang lain dari0ada 0o0ulasi or+id yang sama di lemba/ yang lain, adala/ men8adi ,a8ar un'u+ menge+al+an +edua"dua 0o0ulasi or+id su0aya da0a' menge+al+an 0o'ensi e%olusi +eseluru/an s0esies 'ersebu'. ;i+a +edua"dua 0o0ulasi adala/ seiras dari segi gene'i+, memuli/ara sa'u 0o0ulasi sa/a8a da0a' menge+al+an 'a+ungan gen s0esies 'ersebu'. (alaubagaimana0un 'erda0a' masala/ yang 0erlu di/ada0i 8i+a /anya sa'u 0o0ulasi di+e+al+an< Menga0a+a/ ini 0en'ing? -emasa mengum0ul bi8i beni/, sam0el 'isu a'au /ai,an un'u+ 0rogram 0engenalan semula ( reintroduction) a'au /ai,an un'u+ :oo, ada+a/ sam0el yang di0ili/ me,a+il+an %ariasi gene'i+ +eseluru/an s0esies 'ersebu'? A0a+a/ im0li+asi memili/ /anya seba/agian dari0ada ba/an gene'i+ yang bole/ dida0a'i? Po0ulasi 0engasas(= founder ) ini bole/ menga+iba'+an *eru'an gene'i+ (=!ottlenec"s>), /anyu'an gene'i+ (gene'i* =dri)'>) dan /ilang +eu0ayaan gene'i+ (loss of #fitness ). 6ni bole/ meng/ad+an +eu0ayaan 0o0ulasi 'ersebu' un'u+ menyesuai+an diri 'er/ada0 0eruba/an 0erse+i'arannya dan se'erusnya men8e8as+an +emandiriannya. ?n'u+ menen'u+an bera0a banya+ %ariasi yang 0erlu di+e+al+an un'u+ +emandirian 8ang+a 0an8ang sesua'u s0esies, 0er'ama +i'a 0erlu =mengu+ur +e0elbagaian gene'i+ dalam 0o0ulasi. 9edua, +i'a 0erlu menen'u+an bebera0a banya+ 0o0ulasi yang 0erlu di+e+al+an (memuli/ara).

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Tugasan Bua' 0engiraan un'u+ 'ugasan ini se*ara 0erla/an"la/an. Anda T6DA9 PE@L? menginga' bagaimana 0engiraan ini di8alan+an. Tu8uan 'ugasan ini iala/ un'u+ menun8u++an sa'u ala' gene'i+ yang bole/ diguna+an ole/ a/li 0emuli/araan un'u+ membua' +e0u'usan ob8e+'i) 'en'ang asas gene'i+ 0o0ulasi yang di+endali+an. Anda adala/ 0e+er8a sua'u agensi 0emuli/araan dan ber/ada0an dengan +risis un'u+ membua' +e0u'usan. -ebidang 'ana/ dengan enam 'ana/ lembab ( $etlands) yang berbe:a yang men8adi /abi'a' un'u+ dua 0o0ulasi or+id yang 8arang di'emui a+an dibangun+an sebagai 'a0a+ 0erindus'rian. Arganisasi anda /anya mem0unyai dana yang *u+u0 un'u+ membeli dan melindungi em0a' 'ana/ lembab sa/a8a. Mana+a/ di an'ara enam 0o0ulasi 'ersebu', /arus anda 0uli/ara? Tana/ lembab i'u 'erdiri dari0ada dua 8enis7 iai'u 'ali air dengan 0o0ulasi %terostylis iso&ymus yang /anya 'erda0a' di sini. Tiga yang lain iala/ 0aya (s,am0s) di mana 'erda0a' s0esies %terostylis poly&ymous. Anda 'ela/ mengambil sam0el daun dan di/an'ar un'u+ analisis gene'i+ +e0ada ra+an anda. Da'a yang di0erole/i adala/ dalam ben'u+ gel ele+'ro)oresis 0ro'ein dari0ada sa'u lo+us alo:im(allo:yme) menun8u++an DBA yang berbe:a"be:a (0olymor0/i*) un'u+ +edua"dua s0esies. Lo+us ini ada dua alel iai'u ==la8u>> dan ==0erla/an>> (+erana bergera+ 0ada +adar yang berbe:a melalui gel).

Bua' +um0ulan 'iga orang un'u+ men8alan+an 0enilaian gene'i+ ini. 6+u' em0a' lang+a/ beri+u' dan leng+a0+an lembaran +er8a.

Lang+a/ 1 7 ?n'u+ mengira bagaimana %ariasi gene'i+ disebar+an dalam dan an'ara 0o0ulasi, anda 0erlu menen'u+an )re+uensi alel dalam se'ia0 0o0ulasi. Lo+us un'u+ alo:im ada dua alel iai'u =la8u> and =0erla/an>. Pengenal0as'ian +edua alel ini iala/ melalui *ora+ 8alur un'u+ se'ia0 la8ur a'as gel. -ebagai *on'o/, indi%idu 0er'ama 0ada la8ur 0er'ama 0ada gel 0er'ama iala/ /e'ero:igo', iai'u mem0unyai dua alel yang berbe:a, dan di'un8u++an sebagai (C) 0ada +edua"dua alel =la8u> dan =0erla/an>. -ebali+nya indi%idu 0ada 8alur yang +edua iala/ /omo:igo' dan di+enal0as'i dengan sa'u 8alur yang me,a+ili dua alel =0erla/an>.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

Ba*a 'en'ang ele+'ro)oresis gel dari0ada laman ,eb un'u+ mema/ami lebi/ lan8u'

Ten'u+an

)re+uensi alel dalam se'ia0 0o0ulasi un'u+ alel =la8u>( p) dan alel

=0erla/an> (') dengan mengira bilangan alel un'u+ indi%idu dalam se'ia0 0o0ulasi. (Per/a'ian7 5omo:igo' mem0unyai dua alel yang sama, 8adi (C) 0erlu di+ira dua +ali dan 8umla/ alel un'u+ 1D indi%idu iala/ E 1D F #4). Le0as i'u, ba/agi dengan 8umla/ alel dalam 0o0ulasi (sen'iasa dua +ali dari0ada bilangan indi%idu).

(a) Po0ulasi %terostylis iso&ymus Alel 0erla/an(H ) la8u (0) 1 Po0ulasi 1 (indi%idu 1 " 1D dari +iri +e +anan) # ! D 1 G 8 9 14 11 1 1# 1! 1D 8umla/ # G

Alel 0erla/an(H ) la8u (0)

Po0ulasi (indi%idu 1" 1D dari +iri +e +anan) # ! D 1 G 8 9 14 11 1 1#

1!

1D

8umla/ 1 18

Alel 0erla/an(H ) la8u (0)

Po0ulasi # (indi%idu 1 " 1D dari +iri +e +anan) # ! D 1 G 8 9 14 11 1 1#

1!

1D

8umla/ ! 1

(b) Po0ulasi %terostylis poly&ymus Alel 0erla/an(H ) la8u (0) 1 Po0ulasi 1 (indi%idu 1 " 1D dari +iri +e +anan) # ! D 1 G 8 9 14 11 1 1# Po0ulasi # ! 1! 1D 8umla / 1 18

Alel 0erla/an(H ) la8u (0)

(indi%idu 1 " 1D dari +iri +e +anan) D 1 G 8 9 14 11 1

1#

1!

1D

8umla / 1!

11

Alel

Po0ulasi # (indi%idu 1" 1D dari +iri +e +anan) # ! D 1 G 8 9 14 11 1

#

1#

1!

1D

8umla

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

/ 0erla/an( H) la8u (0) 8

Lang+a/ 0erbe:aan

. ?+ur 0erbe:aan gene'i+ di an'ara 0o0ulasi dengan mengguna+an 6nde+s an'ara 0o0ulasi, dan 0er'amba/an nilai se'erusnya menun8u++an

9e'e'a0an (rig/' ((rig/'Is 3iEa'ion 6ndeE), a'au (st, (bermula dari 4 J iai'u 'iada 0erbe:aan gene'i+ an'ara 0o0ulasi mening+a') ?n'u+ menen'u+an (st, anda 0erlu meng/i'ung /e'ero:igo' yang di8ang+a un'u+ ( )s). Darab *p' un'u+ se'ia0 0o0ulasi dan *ari nilai 0ura'a un'u+ +e'iga"'iga 0o0ulasi dalam se'ia0 s0esies.

Frekuensi alel Pterostylis isozymus

alel =la8u> 0o0ulasi 1 F 0o0ulasi 0o0ulasi # 0ura'a F (5s) F Alel )reHuen*ies )or %terostylis poly&ymus =la8u> alel 0o0ulasi 1 0o0ulasi 0o0ulasi # 0ura'a F (5s) F Lang+a/ #. -e+arang, /i'ung )re+uensi /e'ero:igo' yang di8ang+a 8i+a +e'iga"'iga 0o0ulasi adala/ seba/agian dari0ada 0o0ulasi 0embia+an yang sama (eE'ended breeding 0o0ula'ion) ()t). &ari 0ura'a p and ' un'u+ +e'iga 0o0ulasi dalam se'ia0 s0esies. 9emudian darab E 0ura'a p E 0ura'a '. 6ni iala/ )re+uensi /e'ero:igo' yang di8ang+a dalam 0o0ulasi 8i+a 0o0ulasi"0o0ulasi iala/ sa'u 'a+ungan gen besar dan 'iada 0erbe:aan gene'i+ 0ada 'a/a0 0o0ulasi se'em0a'.
3re+uensi /e'ero:igo' di8ang+a ()t) bagi s0esies %terostylis iso&ymus

p 4. #

alel =0erla/an> #K#4 F

' 4.GG

EpE' E 4. # E 4.GG F

GK#4

4.#D

1.41K# F 1.41K# F

alel =0erla/an>

'

EpE'

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

alel =la8u> p alel =0erla/an> ' 0o0ulasi 1 GK#4 F 4. # #K#4 F 4.GG 0o0ulasi 4.14 0o0ulasi # 4.8G 0ura'a )re+uensi 1.G4K# alel F4.DG ()t).F E 0ura'a p E 0ura'a ' + * , -../ , purata ' + 3re+uensi /e'ero:igo' di8ang+a ()t) bagi s0esies %terostylis poly&ymus alel =la8u> p 0o0ulasi 1 0o0ulasi 0o0ulasi # 0ura'a )re+uensi alel ()t).F E 0ura'a p E 0ura'a ' + alel =0erla/an> '

Lang+a/ !. -e+arang anda 0erlu mengira %ariasi dalam 0o0ulasi se'em0a'. -isi/an )re+uensi /e'ero:igo' dalam 0o0ulasi 'erasing( )s) meru0a+an inde+s %ariasi gene'i+ yang me,a+ili 0o0ulasi se'em0a' 8i+a 0o0ulasi 'ersebu' adala/ seba/agian dari0ada 0o0ulasi besar ()t), Ale/ i'u, (st F ()t " )s) K )t, dimana nilai (st L 4.41 menun8u++an ,u8ud sedi+i' 0erbe:aan gene'i+ an'ara 0o0ulasi, dan nilai (st M 4.1 menun8u++an ,u8ud 0erbe:aan gene'i+ yang besar an'ara 0o0ulasi (iai'u 0o0ulasi adala/ berbe:a dari segi gene'i+ an'ara sa'u sama lain). Bilai an'ara 8ula' 'ersebu' menun8u++an ,u8ud 0erbe:aan gene'i+.

Ber0andu+an *on'o/ yang disedia+an, +ira inde+s +e0elbagaian bagi se'ia0 s0esies, +emudian banding+an inde+s +edua"dua s0esies 'ersebu'.

@ing+asan %terostylis iso&ymus (st F ()t " )s) K )t F 4.!9 J 4.#D K 4.!9 F 4. 9 (st M 4.1 menun8u++an 0erbe:aan yang besar an'ara 0o0ulasi %.iso&ymus %terostylis poly&ymus (st F ()t " )s) K )t F (st NNNNNNN menun8u++an 'iadaKsedi+i'Kbesar 0erbe:aan an'ara 0o0ulasi poly&ymous Po0ulasi %terostylis 000000000000 mem0unyai +e0elbagaian lebi/ 'inggi berbanding 0o0ulasi %terostylis 0000000000000. Po0ulasi %terostylisNNNNNNNNNNN, adala/ seiras dari segi gene'i+ an'ara sa'u sama lain.
D

%.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

La0oran anda Dalam la0oran anda, /urai+an masala/ yang di/ada0i dan bin*ang soalan"soalan beri+u'. Masu++an ru8u+an, 8adual, rumusan a+/ir 3 s', dan guna+an +iraan anda un'u+ menyo+ong 8a,a0an anda. ;a,ab soalan beri+u'7 1. Ada+a/ 0o0ulasi se'ia0 s0esies berbe:a di an'ara sa'u sama lain? Ada+a/ mana" mana s0esies mem0unyai +e0elbagaian lebi/ 'inggi berbanding yang sa'u lagi? Bama+an s0esies 'ersebu'. . Bagaimana+a/ anda agi/+an dana un'u+ memuli/ara 'ana/ lemba0 'ersebu'? Beri 8us'i)i+asi un'u+ +e0u'usan anda dari segi memuli/ara +e0elbagaian gene'i+ yang ma+simum dan me,a+ili +edua"dua s0esies. #. A0a+a/ 0er'imbangan selain gene'i+ yang a+an mem0engaru/i +e0u'usan anda? ! Tu8uan la'i/an ini adala/ un'u+ memuli/ara +e0elbagaian gene'i+ sebanya+ mung+in yang men*iri+an s0esies ini mengguna+an ba8e' yang 'er/ad. Alel yang di+a8i 'erda0a' dalam +edua"dua s0esies. Menga0a+a/ 0en'ing memuli/ara lebi/ dari sa'u 0o0ulasi? D. Dalam ar'i+el ole/ Eldridge(1998) =Trouble in Paradise>, bagaimana+a/ sain'is mema+simum+an +e0elbagaian gene'i+ dalam 0o0ulasi yang di 0er+enal+an semula (re1introduced population)? 9ena0a+a/ mere+a 'ida+ memili/ /ai,an dari sa'u 0ulau sa/a8a?

$EL ELE&T@AP5A@E-6-

/''07KK,eb.u'+.eduKO+/ug/esK$ELKindeE./'m /''07KK,,,.bergen.orgKAA-TKPro8e*'sK$elKindeE./'ml /''07KK,,,.li)e.uiu*.eduKmolbioKgeldiges'Kele*'ro./'ml $el ele*'ro0/oresis ma+es i' 0ossible 'o de'ermine '/e gene'i* di))eren*e and '/e e%olu'ionary rela'ions/i0 among s0e*ies o) 0lan's and animals. ?sing '/is 'e*/nology i' is 0ossible 'o se0ara'e and iden'i)y 0ro'ein mole*ules '/a' di))er by as li''le as a single amino a*id. Be*ause '/ese di))eren*es are de'ermined by genes, '/e di))eren*es in mole*ules indi*a'es a di))eren*e in gene'i* ma+e"u0.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik

$el ele*'ro0/oresis is a me'/od '/a' se0ara'es ma*romole*ules"ei'/er nu*lei* a*ids or 0ro'eins"on '/e basis o) si:e, ele*'ri* */arge, and o'/er 0/ysi*al 0ro0er'ies. T/e gel is a 8elly"li+e subs'an*e, usually agrose, a subs'an*e deri%ed )rom sea,eed. T/e mole*ules /a%e an ele*'ri*al */arge, and ele*'rodes a' ei'/er end o) '/e gel 0ro%ide '/e dri%ing )or*e. T/e gel a*'s li+e a sie%e. Large mole*ules /a%e di))i*ul'y ge''ing '/roug/ '/e /oles in '/e gel, bu' small mole*ules mo%e '/roug/ easily. Be*ause o) '/is, large mole*ules ,ill mo%e more slo,ly '/an '/e smaller, )as'er mole*ules. As '/e se0ara'ion 0ro*ess *on'inues, '/e se0ara'ion be',een '/e larger and '/e smaller )ragmen's in*reases.
Each lane is an individual Large DNA or protein molecules will be slow Small DNA or protein molecules will be fast

Ea*/ %er'i*al =lane> belongs 'o a single indi%idual, and by *om0aring '/e 0osi'ions o) '/e mole*ules a*ross lanes i' is 0ossible 'o de'ermine i) '/ey /a%e '/e same *ombina'ions o) mole*ules J '/a' is, i) '/ey are gene'i*ally similar or gene'i*ally di))eren'.

Ekosistem dan Biodiversiti

Mengukur Kepelbagaian genetik