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PRCTICA
MATERIAL DIDCTICO
Agricultura y Alimentacin
10
Fernanda Ruiz-Larrea
Myriam Zarazaga
Carmen Torres
CINTICA ENZIMTICA
PRCTICA
UNIVERSIDAD DE LA RIOJA
Servicio de Publicaciones
2001
Las autoras
Universidad de La Rioja, Servicio de Publicaciones, 2011
publicaciones.unirioja.es
E-mail: publicaciones@unirioja.es
ISBN: 978-84-694-0871-1
NDICE
INTRODUCCIN......................................................................................
INTRODUCCIN
Estos ejercicios de cintica enzimtica estn diseados para su realizacin con el programa de ordenador Enzpack 3 para P.C. de la casa
Biosoft creado por P.A. Williams y B.N. Zaba. En este cuaderno tambin
se presentan unos ejercicios finales para la utilizacin del programa
Microsoft Excel para Windows. El estudiante de Enzimologa podr
encontrar con estos ejercicios una manera fcil de comprender la relacin que existe entre la velocidad de una reaccin catalizada por una
enzima y la concentracin de sustrato y de inhibidores en reacciones
monosustrato que sigan una cintica de Michaelis y Menten. Con el programa Enzpack 3 de simulacin de cinticas enzimticas el estudiante se
familiariza con todas las posibles formas de representacin grfica de
una cintica enzimtica y aprende a reconocer los distintos tipos de inhibidores de reacciones monosustrato. En este programa tambin se dedica un captulo a los errores experimentales y se calculan valores de
constantes cinticas por distintos mtodos a partir de supuestos resultados experimentales.
El programa Microsoft Excel se trata de una hoja de clculo con innumerables aplicaciones y que es utilizada en muchos mbitos de la vida
profesional. En los ejercicios que se presentan en este cuaderno se utilizan exclusivamente las aplicaciones que resultan ms tiles a la hora de
resolver problemas de cintica enzimtica bsica y constituyen un inicio
al manejo de hojas de clculo informticas.
ENZPACK 3 DE BIOSOFT
OPCIN A
CINTICA BSICA DE MICHAELIS-MENTEN. GRFICAS LINEALES DERIVADAS
Entra en el programa Enzpack 3 y elige la opcin A del programa
para realizar los siguientes ejercicios.
Ejercicio 1
1.1. Representa las siguientes curvas de Michaelis-Menten:
Tabla A1
Curva n
1
2
3
4
5
Km
(mM)
0.2
0.5
1.0
2.0
5.0
Vmax
(mol/seg)
50
50
50
50
50
1.2. Contesta:
Cul de las 5 enzimas llega ms fcilmente a la saturacin?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
1.3. Calcula los valores de v cuando [S]=10 mM para cada una de las
cinco enzimas, utilizando para ello la opcin F del programa y la
funcin F6. Completa los valores de v en la Tabla A2.
11
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Curva n
v
(mol/seg)
v/Vmax
[S]/Km
1
2
3
4
5
1.4. Utilizando la ecuacin de Michaelis-Menten (bscala en tus apuntes)
deduce matemticamente (sin ordenador) los valores de v/Vmax cuando:
a. [S]=2xKm
v/Vmax=.........................................
b. [S]=50xKm
v/Vmax=.........................................
1.5. Compara los valores que has obtenido en el apartado 1.3 y en el 1.4.
Ejercicio 2
Utilizando las frmulas que encontrars en tus apuntes, deduce los
valores algebraicos de la pendiente, la ordenada en el origen y la abscisa en el origen de cada una de las tres grficas lineales: Lineweaver-Burk,
Hanes-Woolf y Eadie-Hofstee.
Tabla A3
Grfica
ordenada en
el origen
pendiente
Lineweaver-Burk
Hanes-Woolf
Eadie-Hofstee
12
abscisa en
el origen
Ejercicio 3
Representa las tres curvas siguientes con la opcin A del programa:
Tabla A4
Curva n
1
2
3
Km
(mM)
1.0
2.0
5.0
Vmax
(mol/seg)
50
50
50
A partir de las grficas lineales que obtendrs con el programa, contesta las preguntas siguientes y completa la tabla A5.
3.1. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Lineweaver-Burk? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
3.2. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Hanes-Woolf? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
3.3. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Eadie-Hofstee? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
13
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
...................................................
3.5. Compara los valores numricos que has obtenido, con los valores
algebraicos que dedujiste en el ejercicio 2.
Ejercicio 4
Repite los ejercicios 1 y 3 con los siguientes valores:
Tabla A6
Curva n
1
2
3
4
Km
(mM)
1.0
1.0
1.0
1.0
Vmax
(mol/seg)
10
8
6
4
4.1. Intenta predecir cules sern las principales diferencias entre las grficas de este ejercicio y las que obtuviste en los anteriores ejercicios.
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
14
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
4.5. Calcula los valores de v cuando [S]=10 mM para cada una de las cuatro enzimas utilizando la opcin F del programa y la funcin F6.
Completa los valores de v en la Tabla A7.
Despus completa las columnas de v/Vmax y [S]/Km de la tabla utilizando tu calculadora.
Tabla A7
Curva n
v
(mol/seg)
v/Vmax
[S]/Km
1
2
3
4
4.6. Utilizando la ecuacin de Michaelis-Menten (bscala en tus apuntes)
deduce matemticamente (sin ordenador) el valor de v/Vmax cuando [S]=10xKm.
v/Vmax=............................................................
15
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
A partir de las grficas lineales que obtendrs con el programa, contesta las preguntas siguientes y completa la tabla A8:
4.8. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Lineweaver-Burk? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
4.9. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Hanes-Woolf? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
4.10. Dnde saldrn las rectas correspondiente a las curvas 2 y 3 respecto a la recta 1, en la grfica de Eadie-Hofstee? Por qu?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
....................................
16
4.12. Compara los valores numricos que has obtenido, con los valores
algebraicos que dedujiste en el ejercicio 2.
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
17
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
OPCIN B
ERRORES EXPERIMENTALES
Entra en la opcin B del programa para realizar los siguientes ejercicios.
Ejercicio 5
Introduce los valores: Km = 1 mM; Vmax = 50; Porcentaje de error: 5%
Proceed: procede con las grficas lineales igual que en los ejercicios
anteriores.
Fjate en cada una de las grficas cmo es la distribucin de las
barras de error por encima y por debajo de las rectas y la magnitud del
error conforme aumenta [S].
5.1. En la grfica de Lineweaver-Burk, a qu concentracin se comete
mayor error?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
18
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
19
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
OPCIN C
EFECTO DE INHIBIDORES REVERSIBLES
A.
VARIACIN
DE
[S]
[I]
CONSTANTE
Entra en la opcin C del programa y presiona la tecla A. Haz los ejercicios 6 al 10 y completa las tres tablas C1, C2 y C3 para caracterizar los
distintos tipos de inhibiciones que se pueden dar.
Tabla C1
Lneas paralelas o
convergentes?
Si convergen
dnde?
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies<1
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies>1
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies<1
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies>1
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies<1
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies>1
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Lineweaver-Burk
Competitiva
Mixta
(no competitiva) Ki/Kies=1
Incompetitiva
Hanes-Woolf
Competitiva
Mixta
(no competitiva) Ki/Kies=1
Incompetitiva
Eadie-Hofstee
Competitiva
Mixta
(no competitiva) Ki/Kies=1
Incompetitiva
20
Tabla C2
Lineweaver-Burk
Competitiva
Hanes-Woolf
Eadie-Hofstee
Hanes-Woolf
Eadie-Hofstee
b
m
Mixta
Ki/Kies = 1
m
b
Ki/Kies < 1
m
b
Ki/Kies > 1
m
b
Incompetitiva
Tabla C3
Lineweaver-Burk
Competitiva
Km
Vmax
Mixta
Ki/Kies = 1
Km
Vmax
Km
Ki/Kies < 1
Vmax
Km
Ki/Kies > 1
Vmax
Km
Incompetitiva
Vmax
21
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 6
Inhibicin competitiva. Introduce las siguientes curvas:
Curva no
1.
2. [C]
3. [C]
4. [C]
5. [C]
Km = 0.5 mM
Ki = 2 mM
Ki = 2 mM
Ki = 2 mM
Ki = 2 mM
Vmax = 50
[I] = 1 mM
[I] = 2 mM
[I] = 5 mM
[I] = 10 mM
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Km = 1 mM
Ki = 4 mM
Ki = 4 mM
Ki = 4 mM
Ki = 4 mM
Vmax = 50
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
[I]
[I]
[I]
[I]
=
=
=
=
0.5 mM
2 mM
4 mM
10 mM
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
22
Ejercicio 8
Inhibicin mixta. Repite el ejercicio 7 pero con Ki/Kies = 0.2.
Dnde interseccionan las rectas en la grfica de Lineweaver-Burk?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Ejercicio 9
Inhibicin mixta. Repite el ejercicio 7 pero con Ki/Kies = 2.
Dnde interseccionan las rectas en la grfica de Lineweaver-Burk?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Ejercicio 10
Inhibicin incompetitiva. Introduce las siguientes curvas:
Curva no
1.
Km = 1 mM
Vmax = 50
2. [U]
Kies = 2 mM
[I] = 0.5 mM
3. [U]
Kies = 2 mM
[I] = 1 mM
4. [U]
Kies = 2 mM
[I] = 2 mM
5. [U]
Kies = 2 mM
[I] = 4 mM
B.
VARIACIN
DE
[I]
[S]
CONSTANTE
Entra en la opcin C del programa y presiona la tecla B. Haz los ejercicios 11 al 15 y completa las tres tablas C4 y C5 para caracterizar los distintos tipos de inhibiciones que se pueden dar.
23
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Tabla C4
Lneas paralelas o
convergentes?
Si convergen
dnde?
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies<1
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies>1
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies<1
.................................................................................
.................................................................................
Ki/Kies>1
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
.................................................................................
Dixon
Competitiva
Mixta
(no competitiva) Ki/Kies=1
Incompetitiva
Cornish-Bowden
Competitiva
Mixta
(no competitiva) Ki/Kies=1
Incompetitiva
ordenada en el origen
abscisa en el origen
Mixta
Ki/Kies = 1
ordenada en el origen
abscisa en el origen
ordenada en el origen
Ki/Kies < 1
abscisa en el origen
ordenada en el origen
Ki/Kies > 1
abscisa en el origen
ordenada en el origen
Incompetitiva
abscisa en el origen
24
Cornish-Bowden
Ejercicio 11
Inhibicin competitiva.
Introduce las siguientes curvas en el programa:
Curva n
1.
Km = 1 mM
2
3.
4.
5.
Vmax = 25
[C]
[C]
[C]
[C]
[C]
Ki
Ki
Ki
Ki
Ki
=
=
=
=
=
2
2
2
2
2
mM
mM
mM
mM
mM
[S]
[S]
[S]
[S]
[S]
=
=
=
=
=
2 mM
4 mM
8 mM
12 mM
20 mM
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Ejercicio 12
Inhibicin no competitiva.
Introduce las siguientes curvas en el programa:
Curva n
1. Km = 1 mM
2.
3.
4.
5.
Vmax = 25
[M]
[M]
[M]
[M]
[M]
Ki = 3 mM
Ki = 3 mM
Ki = 3 mM
Ki = 3 mM
Ki = 3 mM
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
Ki/Kies = 1
[S] = 2 mM
[S] = 4 mM
[S] = 8 mM
[S] = 12 mM
[S] = 20 mM
25
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 13
Inhibicin mixta.
Repite el ejercicio 12 pero con los valores de Ki/Kies = 0.2
Ejercicio 14
Inhibicin mixta.
Repite el ejercicio 12 pero con los valores de Ki/Kies = 3
Ejercicio 15
Inhibicin incompetitiva.
Introduce las siguientes curvas en el programa:
Curva n
1. Km = 1 mM Vmax = 25
2.
3.
4.
5.
[S]
[S]
[S]
[S]
[S]
=
=
=
=
=
2 mM
4 mM
8 mM
12 mM
20 mM
26
OPCIN D
INHIBICIN POR EL SUSTRATO
Utilizando la opcin D del programa haz el siguiente ejercicio:
Ejercicio 16
Introduce las siguientes curvas:
1.
Km = 1 mM
Vmax = 45
2.
Km/Kis = 0.01
3.
Km/Kis = 0.05
4.
Km/Kis = 0.1
5.
Km/Kis = 0.5
Observa todas las representaciones grficas que se obtienen con
estos valores y contesta las siguientes preguntas:
16.1. Qu grfica es la nica que se puede extrapolar para obtener la
ecuacin de una recta?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
16.4. Qu tipo de grfica (Lineweaver-Burk, Hanes-Woolf o Eadie-Hofstee) utilizaras para detectar mejor la existencia de inhibicin por el
sustrato?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
27
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
OPCIN E
GRFICA LINEAL DIRECTA
Existe una forma de obtener una grfica lineal directamente a partir
de la grfica de Michaelis-Menten. Este tipo de representacin es anloga a la de Eisenthal y Cornish-Bowden. Utilizando la opcin E del programa, haz el siguiente ejercicio:
Ejercicio 17
Introduce los valores: Km = 3.2 mM y Vmax = 9.4
A la vista de los resultados que obtengas, contesta las siguientes preguntas:
17.1. Uniendo cada pareja de valores experimentales: [S] y su correspondiente actividad v, se obtienen unas rectas que se cortan en un
punto Qu valores se deducen a partir de ese punto de corte?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
28
OPCIN F
CLCULO DE
EXPERIMENTALES
0.038
1.52
0.129
2.92
0.216
4.00
0.313
4.58
0.517
6.12
0.948
7.03
[Y]
[P]
[Y]
[R]
Rellena los valores de la tabla F1 repitiendo las operaciones anteriores para los cuatro tipos de grficas. Al terminar una grfica, presiona [P]
para que el programa te d otro tipo de representacin y presiona [R]
para leer los valores de Km y Vmax.
29
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Tabla F1
Km
Vmax
DIRECT LINEAR
Lmites confianza 68%
LINEWEAVER-BURK
r=
HANES-WOOLF
r=
EADIE-HOFSTEE
r=
WILKINSON
error standard
[P]
[Y]
[R]
[P]
[N]
F7
[N]
[N]
[P]
[Y]
30
[R]
[P]
[N|
18.2. Cul de las cuatro grficas se acerca menos a los puntos experimentales?
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
[F6]
[Y]
[6]
error
[0]
[N]
Rellena la tabla F2
31
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Tabla F2
[S]
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Presiona
[P]
[F7]
[N]
[N]
Rellena la tabla F3
Tabla F3
Km
DIRECT LINEAR
% Confianza =
LINEWEAVER-BURK
r=
HANES-WOOLF
r=
EADIE-HOFSTEE
r=
WILKINSON
error standard
Presiona
[P]
[Y]
[D]
[R]
32
Vmax
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
v
7.25
12.2
18.0
21.4
26.3
28.5
[F7]
[N]
[N]
33
C I N T I C A
Presiona
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
[P]
[N]
[N]
[F3]
[N]
0.5
4.53
1.0
8.5
1.5
10.3
2.5
15.3
4.0
19.6
6.0
23.0
y repite todas las operaciones anteriores para obtener los mejores valores para esta serie 2 de experimentos:
Km =
Vmax =
Para terminar, presiona: [P], [N], [N], [Q] y [N]
Ejercicio 21
Los datos del ejercicio anterior se obtuvieron con el mismo enzima y
a la misma concentracin pero en los experimentos de la serie 2 estaba
presente un inhibidor en una concentracin de 5 mM. Tenemos que
deducir de qu tipo de inhibidor se trata.
Entra en la opcin A del programa e introduce los valores de Km y
Vmax que has obtenido en el ejercicio anterior para la serie 1 y la serie 2.
A la vista de las dos rectas que obtienes en la grfica de LineweaverBurk, de qu tipo de inhibidor se trata?
Sal de la opcin A ([Q])
34
[F8]
[P]
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Presiona
Ejercicio 22
Dentro de la opcin F del programa presiona [F8]
Introduce los siguientes valores:
Sin inhibidor:
Km = 2.52 mM
Con inhibidor:
[I] = 5.90 mM
Km= 3.78 mM
Vmax = 10.8
Vmax = 10.4
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
35
C I N T I C A
Presiona
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 23
Dentro de la opcin F del programa presiona [F8]
Introduce los siguientes valores:
Sin inhibidor:
Km = 3.3 mM
Con inhibidor:
[I] = 10 mM
Km= 2.75 mM
Vmax = 11.5
Vmax = 8
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
Presiona
36
PROBLEMAS
RESUELTOS CON
ENZPACK 3
Problema 1
Se obtuvieron una serie de datos experimentales para la actividad de
la hexoquinasa que cataliza la conversin de glucosa a glucosa-6-fosfato.
a) Comprueba que la enzima sigue una cintica de saturacin hiperblica a partir de los datos experimentales que aparecen en la tabla. b) Calcula su Km y Vmax.
v
nmoles.1-1.min-1
[S]
M
-6
24
-6
30
-6
34
5 x 10
-6
40
1 x 10
-5
60
2 x 10
-5
80
4 x 10
-5
96
1 x 10
-4
109
2,5 x 10
3,33 x 10
4,0 x 10
[R]
[P]
37
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Tabla F4
Km
Vmax
LINEWEAVER-BURK
r=
HANES-WOOLF
r=
EADIE-HOFSTEE
r=
WILKINSON
Da los valores de Km y Vmax que contestan al problema poniendo las unidades correspondientes.
.....................................................................................................................................................................................................................................................
[P]
[N]
[N]
[Q]
[N]
Problema 2
Los eritrocitos embrionarios contienen un
reaccin S
P. Los eritrocitos adultos tambin
Algunos datos cinticos se muestran en la tabla
siones puedes sacar referentes a la identidad de
38
[S]
M
1,68 x 10
-5
1,05
5,00
2,50 x 10
-5
1,54
6,66
3,33 x 10
-5
1,98
8,00
5,00 x 10
-5
2,86
10,00
7,00 x 10
-5
3,78
11,67
1,00 x 10
-4
5,00
13,33
1,50 x 10
-4
6,67
15,00
1,67 x 10
-4
7,15
15,40
2,00 x 10
-4
8,00
16,00
Vmax =
Para continuar:
Presiona
[Q]
[N]
[N]
[F3]
[N]
Repite las operaciones anteriores pero ahora con los datos del ejercicio para el eritrocito embrionario.
39
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Vmax =
[Q]
[N]
[N]
[Q]
[N]
.....................................................................................................................................................................................................................................................
.....................................................................................................................................................................................................................................................
Problema 3
Cuando se produce un infarto de miocardio, un enzima es secretado
al torrente sanguneo. En el caso de una distrofia muscular una isoenzima que cataliza la misma reaccin, es secretada al torrente sanguneo y
se puede diferenciar fcilmente por tener un distinto valor de Km (Km
de la isoenzima de msculo esqueltico = 2 x 10-5 M). Un ensayo en una
muestra de sangre de un paciente que lleg al hospital inconsciente dio
los resultados que se indican en la tabla. Sufre el paciente una distrofia
muscular, o un infarto de miocardio?
40
Velocidad inicial
Enzima del miocardio
Enzima del paciente
moles/mg x min
moles/ml suero x min
[S]
(M)
-5
2,86
43
-5
3,78
57
-4
5,00
75
-4
6,67
100
-4
8,00
120
-4
10,00
150
5,00 x 10
7,00 x 10
1,00 x 10
1,50 x 10
2,00 x 10
3,00 x 10
Km =
Vmax =
Km =
Vmax =
Contesta la pregunta:
Se trata del enzima del miocardio o de la isoenzima de msculo
esqueltico? por qu?
.....................................................................................................................................................................................................................................................
.....................................................................................................................................................................................................................................................
41
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Para finalizar:
Presiona
[Q]
[N]
[N]
[Q]
[N]
Problema 4
Se obtuvieron los datos de la velocidad de una reaccin enzimtica en ausencia y en presencia de varios inhibidores (A, B, C y D).
Determinar la naturaleza de cada inhibidor y calcular las Kis correspondientes.
[S] (mM)
Control
+A (5 M)
+B (20 M)
0,20
16,67
6,25
5,56
10,00
8,89
0,25
20,00
7,69
6,67
11,11
10,81
0,33
24,98
10,00
8,33
12,50
13,78
0,50
33,33
14,29
11,11
14,29
19,05
1,00
50,00
25,00
16,67
16,67
30,77
2,00
66,67
40,00
22,22
18,18
44,44
2,50
71,40
45,45
23,81
18,52
48,78
3,33
76,92
52,63
25,64
18,87
54,06
4,00
80,00
57,14
26,67
19,00
57,14
5,00
83,33
62,50
27,77
19,23
60,60
Control
Km
Km
Vmax
Vmax
42
Tipo
A
B
C
D
Presiona
43
Ki
Barra de ttulo
Barra de
menus
Referencia
a celda
Celda activa
Puntero
del ratn
Celda
Etiquetas de hoja
Barra de
estado
45
Barras de
desplazamiento
C I N T I C A
DESCRIPCIN
E N Z I M T I C A
RPIDA DE LA PANTALLA DE
P R C T I C A
EXCEL
EJEMPLO
PRCTICO
1.05
1.54
1.98
2.86
3.78
46
10.00
15.00
16.70
20.00
5.00
6.67
7.15
8.00
DE FRMULAS. INVERSO
DE LLENADO
47
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
DE GRFICOS
48
LINEAL
Con el grfico activado haz clic sobre uno de los puntos del grfico
con el botn de la derecha del ratn de modo que se activen todos los
puntos del grfico. Selecciona: Agregar lnea de tendencia.
Dentro de Tipo, selecciona:
Lineal.
.............................................................................................................................................................................................................................................................. ............
49
C I N T I C A
[S]
(mmol.1-1
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
[I] = 2,0
[I] = 3,0
[I] = 4,0
[I] = 5,0
2,0
0,432
0,396
0,365
0,339
0,317
2,5
0,485
0,448
0,417
0,389
0,365
3,33
0,552
0,516
0,485
0,457
0,432
0,642
0,609
0,579
0,552
0,528
2.2. Ahora rellena una nueva columna con los valores inversos: 1/[S] utilizando la herramienta de creacin de frmulas tal y como lo has
hecho en el ejercicio anterior.
2.3. A continuacin procede al llenado del resto de celdas con los valores de 1/v arrastrando el cuadro de llenado. Completa la tabla con
las cabeceras de cada columna de modo que te quede de la siguiente manera:
1/v (I=1)
1/v (I=2)
1/v (I=3)
1/v (I=4)
1/v (I=5)
0,5
2,31481481
2,52525253
2,73972603
2,94985251
3,15457413
0,4
2,06185567
2,23214286
2,39808153
2,57069409
2,73972603
0,3003003
1,8115942
1,9379845
2,06185567
2,18818381
2,31481481
0,2
1,5576324
1,64203612
1,72711572
1,8115942
1,89393939
1/S
2.4. Haz un grfico con las rectas de dobles recprocos para cada una de
las concentraciones de inhibidor. Selecciona los datos que se van a
incluir en el grfico, es decir, los datos numricos de la columna de
1/S y todas las de 1/v. Pulsa el botn Asistente para grficos de la
barra de herramientas.
2.5. Aparecer el primer cuadro de dilogo Asistente para grficos - paso
1 de 5. En el cuadro de texto aparecern los rangos seleccionados
previamente. Una vez comprobado que los rangos son los correctos,
ya puedes pasar al siguiente cuadro de dilogo. Elige el grfico XY
dispersin y el formato tipo 1.
En el cuadro de dilogo del paso 4 de 5 debe poner:
Serie de datos en Columnas
2.6. Pulsa el botn siguiente para abrir el siguiente cuadro de dilogo del
asistente para grficos.
50
51
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
2.9. En hoja de clculo escribe dos nuevas columnas con las concentraciones de inhibidor y los correspondientes valores de las pendientes:
[I] (mM)
1
2
3
4
5
52
Ejercicios 1-3
5: Km=5 Vmax=50
BASIC MICHAELIS-MENTEN
v
60
12
50
3
4
40
30
20
10
0
0
10
[S]
OPCIN A
5: KM=5 Vmax=50
1/v
LINEWEAVER-BURK
.3
5
.25
4
.2
.15
.1
2
.05
0
-2.5
2.5
5
1/[S]
53
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicios 1-3
OPCIN A
5: Km=5 Vmax=50
HANES-WOOLF
[S]/v
.3
5
4
3
21
.25
.2
.15
.1
.05
0
-5
10
[S]
OPCIN A
V
60
EADIE-HOFSTEE
-
50
1
40
30
20
10
2
3
4
5
0
0
10
30
20
54
40
50
v/[S]
Ejercicio 4
BASIC MICHAELIS-MENTEN
v
12
10
2
3
6
4
2
0
0
1.2
1/v
--
10
[S]
LINEWEAVER-BURK
4
.8
.6
.4
.2
-2.5
2
1
0
2.5
55
1/[S]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
OPCIN A
Ejercicio 4
HANES-WOOLF
[S]/v
-
1.2
4
1
.8
.6
.4
.2
0
-5
10
[S]
v
12
10
EADIE-HOFSTEE
8
1
6
2
4
3
4
2
0
0
10
v/[S]
56
Ejercicio 5
OPCIN B
1: Km=1 Vmax=50
Percentage error= 5%
v
60
BASIC MICHAELIS-MENTEN
50
40
30
20
Absolute
10
Relative
0
0
10
[S]
OPCIN B
1: Km=1 Vmax=50
Percentage error= 5%
1/v
.3 --
LINEWEAVER-BURK
-
.25
.2
.15
.1
.05
-2.5
0
2.5
57
1/[S]
Ejercicio 6
OPCIN C
5: Km=5 Vmax=50
Ki=2 : [I]=10
v
60
Competitive
BASIC MICHAELIS-MENTEN
50
1
23
40
4
5
30
20
10
0
0
5: Km=0.5 Vmax=50
Ki=2 : [I]=10
1/v
.3
10
[S]
OPCIN C
Competitive
LINEWEAVER-BURK
5
.25
4
.2
.15
3
2
.1
1
.05
0
-2.5
2.5
59
1/[S]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 6
OPCIN C
5: Km=.5 Vmax=50
Ki=2 : [I]=10
[S]/v
.3
Competitive
HANES-WOOLF
5
.25
4
3
.2
21
.15
.1
.05
0
-5
5: Km=.5 Vmax=50
Ki=2 : [I]=10
v
60 -
10
[S]
OPCIN C
Competitive
EADIE-HOFSTEE
50
40
2
3
30
20
4
5
10
0
0
10
30
20
60
40
50
v/[S]
Ejercicio 7
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=50
Noncompetitive
Ki=4 :Ki/Kies=1 :[I]=10
v
60
BASIC MICHAELIS-MENTEN
50
40
1
2
30
20
10
0
0
10
[S]
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=50
Noncompetitive
Ki=4 :Ki/kies=1 :[I]=10
1/v
.3
LINEWEAVER-BURK
5
4
.25
.2
3
2
.15
1
.1
.05
0
-2.5
2.5
61
1/[S]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 7
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=50
Noncompetitive
Ki=4 :Ki/Kies=1 :[I]=10
[S]/v
.3
HANES-WOOLF
5
3
2
.25
1
.2
.15
.1
.05
0
-5
10
[S]
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=50
Noncompetitive
Ki=4 :Ki/Kies=1 :[I]=10
v
60 -
EADIE-HOFSTEE
50
40
30
20
10
1
2
3
4
5
0
0
10
30
20
62
40
50
v/[S]
Ejercicio 8
5: Km=1 Vmax=50
Mixed
Ki=4 :Ki/kies=.2 :[I]=10
1/v
.3
LINEWEAVER-BURK
5
4
.25
.2
3
2
.15
1
.1
.05
0
0
-2.5
2.5
1/[S]
EADIE-HOFSTEE
50
40 30
20
10
3
4
5
0
0
10
20
30
40
50
v/[S]
HANES-WOOLF
4
3
2
.25
1
.2
.15
.1
.05
0
-5
63
10
[S]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 9
5: Km=1 Vmax=50
Mixed
Ki=4 :Ki/kies=2 :[I]=10
1/v
.3
LINEWEAVER-BURK
5
4
.25
.2
3
2
.15
1
.1
.05
0
0
-2.5
2.5
1/[S]
HANES-WOOLF
[S]/v
.3
.25
1
.2
.15
.1
.05
0
-5
10
v
60 -
[S]
EADIE-HOFSTEE
50
40 30
20
10
1
2
3
4
5
0
0
10
20
30
64
40
50
v/[S]
OPCIN C
Ejercicio 10
5: Km=1 Vmax=50
Kies=2 :[I]=4
1/v
.3
Uncompetitive
LINEWEAVER-BURK
.25
.2
5
4
.15
321
.1
.05
0
0
-2.5
2.5
[S]/v
.3
1/[S]
HANES-WOOLF
3
2
.25
1
.2
.15
.1
.05
0
-5
10
v
60 -
[S]
EADIE-HOFSTEE
50
40 30
20
1
2
3
4
5
10
0
0
10
20
30
65
40
50
v/[S]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
OPCIN C
Ejercicio 11
5: Km=1 Vmax=25
Ki=2 :[S]=20
v
30
Competitive
BASIC v AGAINST [I] PLOT
25
5
20
4
15
10
2
1
5
0
0
10
[I]
DIXON
1/v
.36
.3
.24
.18
.12
2
43
.06
5
0
-5
[S]/v
2.4
10
[I]
CORNISH-BOWDEN
2
1.6
5
1.2
.8
3
2
.4
0
-5
66
10
[I]
Ejercicio 12
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Noncompetitive
Ki=3 :Ki/Kies=1 :[S]=20
1/v
.36
DIXON
.3
1
2
.24
3
.18
45
.12
.06
0
-5
10
[I]
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Noncompetitive
Ki=3 :Ki/Kies=1 :[S]=20
[S]/v
2.4
CORNISH-BOWDEN
5
2
3
1.6
1.2
.8
.4
0
-5
67
10
[I]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 13
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Mixed
Ki=3 :Ki/Kies=2 :[S]=20
1/v
.36
DIXON
.3
.24
.18
.12
2
43
.06
0
-5
[S]/v
2.4
10
[I]
CORNISH-BOWDEN
2
5
1.6
1.2
.8
.4
2
1
0
-5
68
10
[I]
Ejercicio 14
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Mixed
Ki=3 :Ki/Kies=3 :[S]=20
1/v
.36
DIXON
1
2 3
45
.3
.24
.18
.12
.06
0
-5
10
[I]
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Mixed
Ki=3 :Ki/Kies=3 :[S]=20
[S]/v
2.4
CORNISH-BOWDEN
5
3
2
2
1.6
1.2
1
.8
.4
0
-5
69
10
[I]
C I N T I C A
E N Z I M T I C A
P R C T I C A
Ejercicio 15
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Kies=2.5 :[S]=20
1/v
.36
Uncompetitive
DIXON
.3
.24
.18
5432
.12
.06
0
-5
10
[I]
OPCIN C
5: Km=1 Vmax=25
Kies=2.5 :[S]=20
[S]/v
2.4
Uncompetitive
5
CORNISH-BOWDEN
4
2
3
1.6
1.2
2
.8
1
.4
0
-5
70
10
[I]
LECTURAS RECOMENDADAS
71