ACARA VI.

Analisis Mikrosatelit Menggunakan Ms Excel

Tujuan: memperkenalkan analisis Mikrosatelit menggunakan Ms Excel
Ruang Lingkup: Mahasiswa diperkenalkan tentang analisis Mikrosatelit, kegunaan analisis, dan
mengidentifikasi beberapa parameter seperti jumlah genotip dan alel, rata-rata genotip dan alel
pada setiap subpopulasi.
Output: Mahasiswa mengetahui tentang analisis Mikrosatelit, dan dapat mengidentifikasi
beberapa parameter tersebut.
Learning outcome: Mahasiswa memahami dasar teori mengenai mikrosatelit seperti uraian di
bawah ini, dan mampu menghitung frekuensi genotip dan alel pada satu atau lebih lokus.

Dasar Teori:
Satu dari tipe DNA berulang (short tandem repeats/STR) yang paling umum adalah
potongan dari motif nukleotida sederhana dalam bentuk salinan berdampingan (tandem) disebut
sebagai mikrosatelit. Mikrosatelit merupakan satu bentuk penanda DNA, terdapat dalam jumlah
yang sangat banyak dan lokasinya tersebar dihampir semua kromosom, berpasangan melibatkan
satu motif basa yang terdiri dari 2-5 pb (Weber, 1990) atau 1-6 pb (Tautz, 1993), yang berulang
mencapai 100 kali atau lebih dan susunan basa yang mengapitnya sangat spesifik yang disebut
sebagai primer.
Sekuen berulang ini paling umum terdiri dari sekitar 20-50 bp untai poly GT, poly A dan
poly GA (Hamada et al., 1982; Tautz and Renz, 1984). Lebih lanjut Tautz (1993) mengemukakan
bahwa mikrosatelit merupakan satu lokus tandem yang terdiri dari 1-6 pasang basa dan berulang
mencapai 100 kali. Motif-motif tipe dari kelompok mono-, di-, tri- dan tetra nukleotida (Slatkin,
1995).
Sekuens DNA berulang (mikrosatelit) dengan cepat menjadi sumber utama bagi penanda
genetik DNA inti. Karena penanda ini bersifat polimorfik tinggi, menyebar secara acak dan
melimpah (Tautz, 1993), sekarang penanda ini menjadi penanda genetik yang sangat bermanfaat
(Goldstein and Pollock, 1997). Penanda ini dapat digunakan pada berbagai keperluan seperti
identifikasi individu, keragaman dan struktur populasi atau mempelajari evolusi dari spesies
yang berkerabat (Clisson et al., 2000). Penanda ini dapat juga digunakan dalam pemuliaan ternak
seperti untuk mengidentifikasi ternak, penentuan garis keturuanan, atau mengevaluasi
26

sumberdaya genetik (Ciampolini et al., 1995). DNA mikrosatelit merupakan penciri yang akurat
untuk menguji hubungan kekerabatan antar individu dalam populasi dan pemeriksaan asal-usul
keturunan antara anak dengan induknya (Usha et al., 1995). Sejumlah daerah DNA mikrosatelit
pada suatu individu diduga dapat mengenali ekspresi suatu sifat kuantitatif yang dikendalikan
oleh banyak gen (Dolf et al., 1993). DNA mikrosatelit telah digunakan untuk studi lokus
pengendali sifat kuantitatif pada berbagai ternak salah satunya adalah sapi.
Petunjuk:
Materi:
- Lembar kerja
- Laptop
- Alat tulis
- Data hasil sekuens dalam bentuk excel sbb:

Kegiatan:
- Mahasiswa mengidentifikasi jumlah genotip dan alel, rata-rata genotip dan alel pada
setiap subpopulasi.
- Mahasiswa didampingi oleh asisten dalam mengidentifikasi parameter tersebut.
- Mahasiswa mengisi lembar kerja.

27