P. 1
Harper

Harper

|Views: 944|Likes:

More info:

Published by: Olga Admirabilis on Mar 11, 2012
Prawo autorskie:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

11/14/2012

pdf

text

original

BIOCHEMIA

Skrypt dla studentów medycyny opracowany na podstawie „Biochemii Harpera”

Michu® Wrocław 2008 Wersja 1.0

- 2-

SPIS TREŚCI
Rozdział I – Aminokwasy, peptydy, białka 1. Aminokwasy a) budowa, b) nazewnictwo i wzory, c) klasyfikacja, d) funkcje, e) właściwości fizyczne, f) właściwości chemiczne – reakcje aa, g) techniki rozdziału 2. Peptydy a) synteza i właściwości wiązania peptydowego, b) nazewnictwo, podział i funkcje peptydów, c) przykłady peptydów aktywnych biologicznie 3. Białka a) klasyfikacja, b) identyfikacja, c) poziomy organizacji i fałdowanie, d) rozdział i określanie struktury białek, e) związek budowy i funkcji białek fibrylarnych i globularnych Rozdział II – Struktura i funkcje enzymów 1. Ogóle właściwości enzymów a) klasyfikacja i nazewnictwo, b) centrum katalityczne, c) koenzymy i witaminy będące ich prekursorami, d) swoistość działania enzymów, e) aktywność enzymów, jednostki aktywności, f) kompartmentacja komórkowa enzymów, g) izoenzymy, h) izolacja enzymów 2. Mechanizmy działania enzymów a) typy reakcji enzymatycznych przy dwóch substratach, b) mechanizm działania chymotrypsyny, c) mechanizm działania fruktozo-2,6-bisfosfatazy, d) mechanizm działania transaminaz, e) kataliza kwasowo – zasadowa (k-z), f) enzymy wymagające atomów metali 3. Kinetyka reakcji enzymatycznych a) ogólne zasady kinetyki reakcji chemicznych, b) kinetyka katalizy enzymatycznej; czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznej, c) wpływ stęŜenia substratu na szybkość reakcji, d) zjawisko kooperatywności, e) inhibicja odwracalna i nieodwracalna 4. Regulacja aktywności enzymów a) regulacja ilości enzymu, b) regulacja aktywności katalitycznej enzymu 5. Znaczenie diagnostyczne pomiarów aktywności enzymów a) enzymy indykatorowe, ekskrecyjne i sekrecyjne, b) enzymy najczęściej oznaczane w praktyce klinicznej, c) panele enzymatyczne, d) diagnostyka enzymatyczna w onkologii Rozdział III – Transport przez błony i utleniania biologiczne 1. Budowa i funkcje błon biologicznych a) skład błon, b) funkcje błon 2. Transport przez błony biologiczne – klasy białek transportujących a) kanały jonowe, b) przenośniki transbłonowe – translokazy, c) pompy jonowe, d) wymienniki 3. Oksydoreduktazy, ich kofaktory i grupy prostetyczne a) klasyfikacja oksydoreduktaz, b) kofaktory i grupy prostetyczne przenoszące protony i elektrony 4. Transport atomów wodoru przez błonę mitochondrialną 5. Łańcuch oddechowy 6. Fosforylacja oksydacyjna 7. Reaktywne formy tlenu (RFT) 8. Utlenianie mikrosomalne 9. Cykl kwasów trójkarboksylowych (TCA) a) reakcje cyklu, b) bilans energetyczny cyklu, c) powiązania z innymi szlakami – amfiboliczność cyklu, d) regulacja cyklu 10. Kompleks oksydazy α-ketokwasów Rozdział IV – Węglowodany 1. Budowa chemiczna, właściwości i funkcje cukrów prostych i złoŜonych a) monosacharydy, b) disacharydy, c) polisacharydy 2. Trawienie węglowodanów i jego zaburzenia 3. Wchłanianie i transport węglowodanów a) transport aktywny i bierny, białka transportujące, b) zróŜnicowanie tkankowe transportu, c) rola insuliny, d) rola fosforylacji monosacharydów 4. Metabolizm glukozy

- 3-

5. 6. 7. 8.

a) glikoliza (szlak EMP), b) glukoneogeneza, c) szlak pentozofosforanowy (szlak WDH, PPP), d) niektóre zaburzenie przemian glukozy Metabolizm glikogenu a) glikogenogeneza, b) glikogenoliza, c) regulacja glikogenogenezy i glikogenolizy, d) glikogenozy Inne szlaki metabolizmu monosacharydów a) szlak kwasu uronowego, b) metabolizm fruktozy, c) metabolizm galaktozy Metabolizm heteroglikanów a) aminocukry – heksozoaminy, b) glikoproteiny, c) proteoglikany, d) mukopolisacharydozy Regulacja przemiany węglowodanów a) zróŜnicowanie tkankowe przemiany węglowodanowej i integracyjna rola wątroby, b) kontrola stęŜenie glukozy we krwi i hormonalna regulacja metabolizmu węglowodanów

Rozdział IV – Lipidy 1. Budowa chemiczna, podział i rola tłuszczów prostych i złoŜonych a) funkcje tłuszczów, b) podział lipidów, c) kwasy tłuszczowe, d) triglicerydy (TG), e) fosfolipidy, f) glikolipidy, g) steroidy, h) poliprenoidy 2. Trawienie i wchłanianie lipidów 3. Transport lipidów w chłonce i w osoczu a) budowa lipoprotein, b) transport lipidów w lipoproteinach osocza, c) zaburzenia transportu lipoproteinowego, d) rola wątroby w metabolizmie lipidów 4. Tkanka tłuszczowa – rola w metabolizmie lipidów a) metabolizm adipocytów, b) regulacja, c) brunatna tkanka tłuszczowa 5. Utlenianie kwasów tłuszczowych a) lokalizacja komórkowa i tkankowa, b) aktywacja i transport KT do mitochondrium, c) β-oksydacja nasyconych KT, d) oksydacja nienasyconych KT, e) ketogeneza, f) zaburzenia oksydacji KT 6. Lipogeneza – synteza kwasów tłuszczowych a) lokalizacja i transport substratów, b) przebieg lipogenezy, c) synteza nienasyconych KT, d) metabolizm eikozanoidów 7. Synteza trójglicerydów a) lokalizacja tkankowa i komórkowa, b) przebieg syntezy 8. Cholesterol a) biosynteza cholesterolu, b) trawienie i wchłanianie cholesterolu, c) równowaga cholesterolu i endocytoza LDL, d) wydalanie cholesterolu, e) miaŜdŜyca 9. Kwasy Ŝółciowe 10. Kalcyferole 11. Hormony sterydowe Rozdział VI – Przemiana azotowa: aminokwasy, nukleotydy, porfiryny 1. Trawienie białek w przewodzie pokarmowym a) enzymy i ich specyficzność, b) transport azotu pomiędzy tkankami 2. Ogólna przemiana aminokwasów i metabolizm grupy aminowej a) transaminacja, b) dezaminacja, c) transport, d) eliminacja 3. Metabolizm poszczególnych aminokwasów a) Asp, b) Asn, c) Glu, d) Gln, e) Ala, f) Gly, g) Ser, h) Pro, i) Hyp, j) Arg, k) Orn, l) Cys, m) Phe, n) Tyr, o) Lys, p) Hyl, q) His, r) Thr, s) Met, t) Trp, u) Val, Leu i Ile 4. Przemiana nukleotydów a) trawienie kwasów nukleinowych w przewodzie pokarmowym, b) budowa nukleotydów, c) biosynteza nukleotydów purynowych, d) degradacja puryn, e) odzysk puryn, f) synteza nukleotydów pirymidynowych, g) degradacja pirymidyn, h) kwas foliowy; zaburzenia przemiany nukleotydów 5. Metabolizm porfiryn a) synteza hemu, b) rozkład hemu, c) zaburzenia metabolizmu porfiryn Rozdział VII – Biochemia funkcjonalna tkanek 1. Endogenne regulatory procesów metabolicznych a) regulacja metabolizmu przez hormony, mechanizmy regulacji, receptory, przekaźniki wtórne, b) eikozanoidy – budowa, powstawanie i funkcje metaboliczne 2. Gospodarka wapniowo – fosforanowa w organizmie i jej regulacja a) rola wapnia oraz białek wiąŜących wapń, b) regulacja przemiany wapniowej, c) rola fosforanu nieorganicznego, regulacja przemiany fosforanowej, powiązania z gospodarką wapniową 3. Gospodarka Ŝelazem w organizmie – wchłanianie, regulacja, zaburzenia przemiany

- 4-

4.

5.

6. 7. 8.

9.

Biochemia krwi a) białka osocza i ich rola, b) struktura i funkcja erytrocytów, c) budowa i metabolizm leukocytów na przykładzie neutrofili, d) budowa i metabolizm trombocytów, e) hemostaza osoczowa Biochemia wątroby a) rola tkanki wątrobowej, b) przemiana węglowodanowa, lipidowa i azotowa w wątrobie, c) wątroba jako gruczoł zewnątrzwydzielniczy, d) procesy biotransformacji i detoksykacji Biochemia nerek a) funkcje i regulacja, b) skład i właściwości moczu w normie i w patologii Biochemia mięśni a) budowa i charakterystyka białek mięśni, b) mechanizm skurczu mięśnia Biochemia tkanki łącznej a) składniki tkanki łącznej, ich budowa i funkcja, b) synteza kolagenu – reakcje i regulacja procesu, c) biochemia kości Biochemia zmysłu wzroku a) rola i przemiany karotenoidów w organizmie człowieka, b) reakcje zachodzące w procesie fotorecepcji

Rozdział VIII – Kwasy nukleinowe i biosynteza białek 1. Budowa i właściwości kwasów nukleinowych; struktura i organizacja chromatyny a) elementy składowe kwasów nukleinowych – zasady azotowe, nukleozydy i nukleotydy, b) budowa przestrzenna i właściwości DNA, c) budowa, właściwości i klasyfikacja RNA, d) budowa chromatyny, e) chromatyna aktywna i nieaktywna, f) sekwencje powtarzające; mutacje dynamiczne; konwersja genu, g) rekombinacja (crossing-over); wymiana chromatyd siostrzanych, h) gen i jego ekspresja; genom, i) transpozony; geny przekształcone, j) motywy funkcjonalne białek wiąŜących się z DNA 2. Replikacja i naprawa DNA; cykl komórkowy i jego regulacja a) inicjacja, b) elongacja, c) terminacja, d) regulacja replikacji i cykl komórkowy, e) naprawa DNA 3. Synteza RNA (transkrypcja) i jego modyfikacje a) transkrypcja u Procariota, b) róŜnice w transkrypcji u Eucariota, c) geny podzielone; snRNA; składanie mRNA, d) modyfikacje potranskrypcyjne mRNA; redagowanie RNA, e) transkrypcja genów tRNA i rRNA 4. Translacja – biosynteza białek a) kod genetyczny, b) budowa tRNA i aktywacja aa, c) budowa i funkcje rybosomów, d) etapy translacji, e) regulacja i inhibitory translacji, f) potranslacyjne modyfikacje białek 5. Mitochondrialne DNA (mtDNA)

- 5-

- 6-

ROZDZIAŁ I – AMINOKWASY, PEPTYDY I BIAŁKA
1. a) Aminokwasy budowa

Aminokwasy (ang. aminoacids = aa), jak sama nazwa wskazuje, naleŜą do dwufunkcyjnych pochodnych węglowodorów, zawierających w cząsteczce grupę karboksylową oraz aminową. Ogólnie rzecz biorąc, względne połoŜenie obu tych grup moŜe być dowolne, jednak zdecydowanie największe znaczenie posiadają α-Laminokwasy, ze względu na to, iŜ wchodzą w skład peptydów i białek. Określenie α-aminokwasy oznacza, iŜ obie główne grupy funkcyjne przyłączone są do tego samego, I-rzędowego atomu węgla; wynika stąd ich wzór ogólny postaci: H2N-CH(R)-COOH, gdzie R jest fragmentem zmiennym, charakterystycznym dla kaŜdego aa i decydującym o jego właściwościach. Aa mogą równieŜ ulegać w organizmie rozmaitym modyfikacjom, np. hydroksylacji (4-hydroksy-Pro, 5-hydroksy-Lys), karboksylacji (γ-karboksy-Glu), metylacji, formylacji, acetylacji (N-Ac-Glu), prenylacji, fosforylacji i innym. b) nazewnictwo i wzory KaŜdy aa białkowy posiada nazwę systematyczną, wynikającą z jego budowy chemicznej, jak równieŜ zwyczajową. W praktyce posługuje się wyłącznie tymi drugimi, jak równieŜ ich skrótami – trój- oraz jednoliterowymi. Nazwy zwyczajowe aa białkowych, ich skróty oraz wzory strukturalne przedstawia poniŜsza tabela. Lp. 1. Nazwa zwyczajowa i skróty glicyna, Gly, G Wzór strukturalny

2.

alanina, Ala, A

3.

walina, Val, V

4.

leucyna, Leu, L

5.

izoleucyna, Ile, I

6.

seryna, Ser, S

7.

treonina, Thr, T

8.

cysteina, Cys, C

- 7-

9.

metionina, Met, M

10.

kwas asparaginowy, Asp, D

11.

asparagina, Asn, N

12.

kwas glutaminowy, Glu, E

13.

glutamina, Gln, Q

14.

arginina, Arg, R

15.

lizyna, Lys, K

16.

histydyna, His, H

17.

fenyloalanina, Phe, F

18.

tyrozyna, Tyr, Y

19.

tryptofan, Trp, W

20.

prolina, Pro,

c) •

klasyfikacja Aa klasyfikuje się ze względu na rozmaite kryteria: Ze względu na udział w syntezie peptydów wyróŜnia się aa białkowe i niebiałkowe. KaŜdy aa białkowy posiada co najmniej jeden kodon – kodujący go układ 3 nukleotydów w mRNA; listę 20 aa białkowych zawiera powyŜsza tabela. Aa niebiałkowe nie są zawarte w informacji genetycznej, powstają zaś w wyniku modyfikacji aa białkowych. Dalsze kryteria klasyfikacji odnoszą się wyłącznie do aa białkowych.

- 8-

Ze względu na polarność rodnika (R) aa białkowe dzieli się na: aa z R niepolarnym: G, A, V, L, I, P, F, aa z R polarnym niejonizującym: S, T, Y, C, M, Q, N, W, aa z R polarnym jonizującym: kwaśne: D, E, zasadowe: K, R, H. Ze względu na budowę chemiczną R: aa z R alifatycznym: G, A, V, L, I, aa z R zawierającym grupę hydroksylową: S, T, Y, aa z R zawierającym atom siarki: C, M, aa z R zawierającym grupy kwasowe lub ich amidy: D, E, N, Q, aa z R zawierającym grupy zasadowe: K, R, H, aa z R zawierającym pierścień aromatyczny: F, Y, W, H, aa o charakterze iminokwasów: P. Ze względu na zdolność organizmu ludzkiego do ich syntezy, aa dzieli się na endo- i egzogenne. Aa endogenne są syntetyzowane przez ludzkie hepatocyty i nie wymagają dostarczania ich z pokarmem. NaleŜą do nich: G, A, P, S, Y, D, E, N, Q. Aa egzogenne (niezbędne, niezastąpione) nie są syntetyzowane w ludzkim ustroju, a ich obecność i odpowiednie stęŜenie w białkach spoŜywczych decyduje o ich wartości odŜywczej. Są to: V, L, I, F, T, M, W, K, R, H (histydyna jest niezbędna dla dzieci do lat 12, ale nie jest niezbędna dla dorosłych). Ze względu na produkty metabolizmu wyróŜnia się: aa glikogenne, metabolizowane do prekursorów węglowodanów oraz aa ketogenne, metabolizowane do ciał ketonowych. (patrz równieŜ punkt V-3)

d) funkcje NajwaŜniejszą funkcją aa jest wzajemne łączenie się, w wyniku czego powstają cząsteczki o wyŜszych poziomach organizacji – peptydy, polipeptydy oraz białka (tworzenie wiązania peptydowego omówione jest dalej). Ponadto aa biorą udział w takich procesach fizjologicznych jak: przekaźnictwo w układzie nerwowym (Gly, Glu, Asp, GABA), regulacja procesów wzrostu komórki (Phe i Tyr – substraty do syntezy T3/4), biosynteza zasad azotowych, porfiryn i mocznika (Orn, Cyt, Arg-bursztynian) oraz transdukcja sygnałów wewnątrzkomórkowych (odwracalna fosforylacja Ser, Thr i Tyr). e) właściwości fizyczne

W warunkach naturalnych aa mają postać krystalicznych ciał stałych; nie absorbują światła widzialnego, dlatego są bezbarwne (moŜna je wybarwić i uwidocznić specjalnymi metodami, o czym później). Z wyjątkiem glicyny wszystkie α-aa wykazują czynność optyczna, tzn. ich roztwory skręcają płaszczyznę świata spolaryzowanego. Wykazują równieŜ izomerię optyczną, tworząc szeregi konfiguracyjne D i L. Składnikami białek są wyłącznie L-aa, co oznacza, iŜ numeracja podstawników przy chiralnym atomie węgla (Cα) wg kryterium masy rośnie przeciwnie do ruchu wskazówek zegara. Choć wykazano występowanie D-aa (Ser, Asp), w układzie nerwowym ssaków, to nie wchodzą one w skład peptydów i białek; ponadto D-aa występują w ścianach komórkowych niektórych bakterii (Ala, Glu) oraz w antybiotykach. Większość aa jest dobrze rozpuszczalna w wodzie i tworzy roztwory, w których wykazuje charakter na ogół obojętny. Dzięki obecności w cząsteczce zarówno grupy karboksylowej – o charakterze kwaśnym, jak i aminowej – o charakterze zasadowym, aa mogą tworzyć wewnętrzne sole – występować w postaci jonów obojnaczych (H3N+-CH(R)-COO-) i tworzyć kryształy jonowe. Tłumaczy to polarną i krystaliczną strukturę aa, z czego wynikają wysokie temperatury topnienia (dalsze ogrzewanie prowadzi do rozkładu). MoŜliwe formy jonowe aa bez bocznych grup hydrolizujących przedstawione są poniŜej: R-CH(N(+)H3)-COOH ↔K1↔ R-CH(N(+)H3)-COO- ↔K2↔ R-CH(NH2)-COO(I) pH < pI (II) pI (III) pH > pI Krzywa miareczkowania takiego aa składa się z dwóch sigmoidalnych części, rozdzielonych punktem izoelektrycznym: pH = pK1 + log [II]/[I] dla pH < pI pK2 + log [III]/[II] dla pH < pI Przez punkt izoelektryczny (pI) rozumiemy wartość pH, w której aa występuje niemal w całości w postaci jonu obojnaczego, nie wędruje w polu elektrycznym i cechuje się minimalną moŜliwą rozpuszczalnością w wodzie. pI to innymi słowy wartość pH w punkcie pomiędzy wartościami pK po obydwu stronach form izojonowych (jonu obojnaczego) – stąd dla aa z R niepolarnym pI = ½ x (pK1 + pK2).

- 9-

JeŜeli chodzi o aa z rodnikiem polarnym i jonizującym, sytuacja przedstawia się odmiennie dla kwasów oraz zasad. W przypadku kwasu najpierw tracony jest proton z własnej reszty karboksylowej, następnie z grupy bocznej, a na samym końcu z własnej grupy aminowej; wobec tego pI oblicza się podobnie jak dla aa z R niepolarnym, czyli: pI = ½ x (pK1 + pK2). Natomiast w przypadku zasady najpierw tracony jest proton z reszty karboksylowej, następnie z grupy bocznej, a ostatecznie z własnej grupy aminowej; wyraŜenie opisujące pI przyjmuje zatem postać: pI = ½ x (pK2 + pK3). f) właściwości chemiczne – reakcje aa

Aa posiadają kilka grup funkcyjnych – α-aminową, α-karboksylową oraz reaktywne grupy w obrębie R (niektóre aa) – dzięki czemu mogą ulegać wielu rozmaitym przemianom. • Reakcje grupy karboksylowej: dysocjacja i tworzenie soli (aa + zasada): H2N-CH(R)-COOH →OH-→ H2N-CH(R)-COOH2N-CH(R)-COOH + NaOH → H2N-CH(R)-COONa (sól sodowa aa) tworzenie estrów (aa + alkohol): H2N-CH(R)-COOH + R1-OH → H2N-CH(R)-CO-O-R1 tworzenie amidów tworzenie bezwodników kwasowych dekarboksylacja (pod wpływem ogrzewania lub enzymatycznie): H2N-CH(R)-COOH →∆T, -CO2→ R-CH2-NH2 • Reakcje grupy aminowej: dysocjacja i tworzenie soli: H2N-CH(R)-COOH →H+→ H3N+-CH(R)-COOH H2N-CH(R)-COOH + HCl → Cl-H3N+-CH(R)-COOH = HCl.H2N-CH(R)-COOH (chlorowodorek aa) estryfikacja, acylacja, N-formylacja dezaminacja (gł. enzymatyczna): H2N-CH(R)-COOH →→ R-CO-COOH (ketokwas) • Grupa hydroksylowa (Ser, Thr, Tyr) – estryfikacja • Grupa sulfhydrylowa (Cys): utlenianie do cystyny: 2 Cys-SH →-2H→ Cys-S-S-Cys do kwasu cysteinowego (przez silne utleniacze, np. kwas nadmrówkowy): Cys →HCOOOH→ HO2S-CH2-CH(NH2)-COOH alkalizacja • JeŜeli grupa aminowa znajduje się w dalekim połoŜeniu w stosunku do grupy karboksylowej (tj. przy C4-C6), wówczas w wyniku ogrzewania następuje wewnętrzna cyklizacja i powstają cykliczne amidy – laktamy. Np. kwas 6-aminoheksanowy tworzy kaprolaktam, będący surowcem do produkcji poliamidów. • Jak wcześniej wspomniano, aa mają postać bezbarwnych ciał stałych. MoŜna jej jednak wybarwić poprzez reakcję z ninhydryną. Jest to reakcja charakterystyczna aa, pozwalająca na ich identyfikację. Jej produktami są aldehydy poch. od aa oraz złoŜony barwnik, którego anion posiada intensywnie purpurową barwę.

Reakcja powstawania i charakterystyka wiązania peptydowego – patrz punkt I-2-a.

- 10

g) techniki rozdziału Skład mieszaniny aa, np. pochodzącej z hydrolizy peptydu, moŜna określić za pomocą chromatografii lub elektroforezy. • Istotą chromatografii jest rozdział składników między fazą stacjonarną a ruchomą, spowodowany ich silniejszym wiązaniem się z jedną z tych faz. Istnieje kilka rodzajów chromatografii. • Chromatografia bibułowa jest najprostsza do przeprowadzenia, gdyŜ nie wymaga specjalnego sprzętu. Kroplę roztworu zawierającą aa nanosi się na pasek bibuły (stąd nazwa), który następnie umieszcza się w szczelnym naczyniu, tak iŜ koniec paska styka się z rozpuszczalnikiem. Ten stopniowo wędruje wzdłuŜ paska, „wciągany” przez higroskopijną strukturę bibuły. Po przepływie rozpuszczalnika do końca pasek suszy się oraz identyfikuje (wybarwia) aa przez dodanie roztworu ninhydryny – powstają w ten sposób purpurowe plamy. Pozycja plamy danego aa, uwarunkowana jego ruchliwością chromatograficzną, zaleŜy od jego względnej polarności – aa z R niepolarnymi i długimi wędrują na pasku dalej niŜ aa z R krótszymi lub polarnymi. Dla kaŜdego aa moŜna wyznaczyć jego względną ruchliwość (Rf), definiowaną jako stosunek odległości przebytej przez dany aa do odległości przebytej przez czoło rozpuszczalnika. • Chromatografia cienkowarstwowa (ang. thin-layer chromatography = TLC) dzieli się na podziałową (partition TLC = PTLC) oraz adsorpcyjną (adsorption TLC = ATLC). W PTLC wykorzystuje się rozdział składników mieszaniny pomiędzy fazę stacjonarną oraz ciekłą – ruchomą, które dodatkowo róŜnią się polarnością. W typowej PTLC faza stacjonarna jest bardziej polarna, zaś rozpuszczalnik zawiera zarówno składniki polarne, jak i mało polarne. Wraz z przesuwem rozwijacza nad nośnikiem zmienia się skład rozpuszczalnika, gdyŜ jego bardziej polarne składniki wiąŜą się z polarnymi grupami hydroksylowymi celulozy – wskutek tego przesuwające się czoło rozpuszczalnika staje się stopniowo coraz mniej polarne. W typowej PTLC słabiej polarne składniki mieszaniny wędrują więc dalej od polarnych podobnej wielkości. W PTLC w fazie odwróconej polarność faz oraz szybkość wędrówki składników próby są odwrotne niŜ powyŜej – faza stacjonarna jest mniej polarna, a faza ruchoma utrzymuje swoją polarność. Dlatego polarne składniki mieszaniny wędrują z czołem rozpuszczalnika, a mniej polarne pozostają z tyłu. W ATLC wykorzystuje się adsorpcję składników próby na praŜonym Ŝelu krzemionkowym. Faza ruchoma eluuje (wymywa) zaadsorbowane składniki, współzawodniczące o miejsce wiązania na Ŝelu – składniki słabiej związane wymywane są w pierwszej kolejności. • Klasyczna chromatografia kolumnowa przeprowadzana jest w kolumnie szklanej, wypełnionej ściśliwym złoŜem, w warunkach wykluczających stosowanie wysokich ciśnień; ogranicza to maksymalną szybkość przepływu rozpuszczalnika, a tym samym szybkość całego procesu chromatografii. Udoskonaleniem tej metody jest wysokosprawna chromatografia cieczowa (ang. high performance liquid chromatography = HPLC), prowadzona w kolumnach ze stali nierdzewnej, wypełnionych mniejszymi i bardziej jednorodnymi cząsteczkami nieściśliwego wymiennika jonowego, sita molekularnego lub złoŜa stosowanego w chromatografii oddziaływań hydrofobowych. Bywa równieŜ określana jako wysokociśnieniowa, gdyŜ wartości uŜywanych ciśnień osiągają wartości 5 – 10 tys. psi. Do jej zalet naleŜy znaczne skrócenie czasu rozdziału, co ogranicza dyfuzję boczną i zapewnia lepszy rozdział składników próby. Rozdział aa metodą HPLC uwzględnia ich reakcję z odczynnikiem umoŜliwiających ich identyfikację i ocenę ilościową. Reakcję tą przeprowadza się albo przed (precolumn) albo po (post-column) właściwej chromatografii. Przy barwieniu post-column uŜywa się znanej juŜ ninhydryny, która tworzy barwne związki indygowe (pochłaniające promieniowanie z zakresu światła widzialnego). Z kolei przy barwieniu pre-column uŜywa się odczynnika określanego skrótem AQC, który wykazuje zdolność fluorescencji – aa identyfikuje się więc przez oświetlenie lampą UV. • Elektroforeza wysokonapięciowa (ang. high-voltage electrophoresis = HVE) słuŜy do rozdzielania mieszanin amfolitów, czyli cząsteczek, których wypadkowy ładunek zaleŜy od pH otoczenia. Zaliczamy tu m. in. aa, polipeptydy, nukleotydy, fosfosacharydy i inne. Próbki nanosi się na nośnik zwilŜony buforem o odpowiednim pH i następnie umieszcza w polu elektrycznym. Wówczas kationy wędrują do katody, a aniony do anody, przy czym szybkość wędrówki składników zaleŜy od ich ładunku elektrycznego (wprost proporcjonalnie) oraz od masy cząsteczkowej (odwrotnie proporcjonalnie). Po zakończeniu rozdziału produkty uwidacznia (wybarwia) się odpowiednim odczynnikiem. Rozdział aa prowadzi się na bibule lub cienkowarstwowej płytce pokrytej sproszkowaną celulozą, a wybarwia roztworem ninhydryny. Rozdział polipeptydów i białek prowadzi się na usieciowanym Ŝelu poliakrylamidowym (PAG).

- 11

Do rozdziału oligomerów nukleotydowych uŜywa się agarozy i PAG, do wybarwiania produktów słuŜy zaś bromek etydyny (identyfikacja w świetle UV). 2. a) Peptydy synteza i właściwości wiązania peptydowego

Tworzenie wiązania peptydowego jest najistotniejszą reakcją aa z biologicznego punktu widzenia. Polega ono na kondensacji dwóch aa, a dokładniej na reakcji grupy karboksylowej jednego aa z grupa aminową drugiego aa, czemu towarzyszy eliminacja cząsteczki wody: ...-COOH + H2N-... →-H2O→ ...-CO-NH-... Stała równowagi powyŜszej reakcji jest przesunięta na korzyść hydrolizy wiązania peptydowego. Jego powstanie musi być zatem poprzedzone aktywacją grupy karboksylowej – laboratoryjnie osiąga się to przez przekształcenie aa w chlorek kwasowy, zaś w organizmach Ŝywych aa ulega kondensacji z ATP, tworząc aktywny aminoacyloadenylan (patrz punkt VIII-4-b). Wiązanie peptydowe moŜe występować w formie ketonowej (-CO-NH-), bądź enolowej (-CO(-)=N(+)H-), które wzajemnie w siebie przechodzą (zjawisko to określane jest jako tautomeria keto-enolowa). Stabilizacja rezonansowa wiązania peptydowego nadaje mu charakter częściowo (ok. 40%) wiązania podwójnego. Ma to daleko idące konsekwencje – wiąŜe się bowiem ze skróceniem długości i usztywnieniem wiązania oraz zablokowaniem wokół niego rotacji przyległych atomów. Sprawia to, iŜ wszystkie 4 atomy tworzące wiązanie (C, O, N, H) znajdują się w jednej płaszczyźnie (tzn. są koplanarne) i pozbawione są moŜliwości wzajemnego ruchu. To z kolei umoŜliwia występowanie izomerii geometrycznej względem atomu tlenu: cis (Z) i trans (E), przy czym fizjologicznie wyraźnie dominuje ta druga. Rotacja moŜe odbywać się jedynie wokół wiązań Cα-C oraz N-Cα. Charakter tej rotacji opisują ilościowo tzw. kąty torsyjne: φ (Cα-C) i ψ (N-Cα). Mają one określone wartości dla uporządkowanych struktur II-rzędowych (por. dalej). Wiązanie peptydowe nie posiada ładunku w Ŝadnym istotnym fizjologicznie pH. Pomimo to peptydy są w fizjologicznym pH obdarzone ładunkiem elektrycznym dzięki ładunkom ich grup końcowych (karboksylowej i aminowej) oraz polarnych grup R. Wartość tego ładunku zaleŜy od wartości pK i otoczenia grup dysocjujących oraz od pH otoczenia. Podobnie jak kaŜdemu aa moŜna przyporządkować pI, tak kaŜdemu peptydowi odpowiada punkt izojonowy – wartość pH, przy której liczba protonów związanych z grupami zasadowymi jest równa liczbie protonów odszczepionych przez grupy kwasowe (wyrównanie liczby ładunków). Własność ta dotyczy czystych peptydów, a wartość jest dla danego związku stała i charakterystyczna. Wiązanie peptydowe nie absorbuje promieniowania z zakresu widzialnego, toteŜ nie nadaje zawierającym je związkom barwy. Pochłania natomiast promieniowanie UV z zakresu λ = 220-230 nm. Obecność wiązania peptydowego, począwszy od trójpeptydów, moŜna wykazać za pomocą reakcji biuretowej. Nazwa ta pochodzi od biuretu (H2N-CO-NH-CO-NH2) – najprostszego związku dającego pozytywny wynik wspomnianej reakcji. Przeprowadza się ją dodając do próby zasadowego roztworu siarczanu miedzi (CuSO4) – wynik pozytywny objawia się intensywnie fioletowym zabarwieniem. b) nazewnictwo, podział i funkcje peptydów W kaŜdym peptydzie wyróŜniamy dwa końce – aminowy (N) oraz karboksylowy (C), zaleŜnie od rodzaju występującej na nim wolnej grupy funkcyjnej. Jeśli chodzi o nazewnictwo, obowiązuje zasada podawania kolejności aa od N-końca do C-końca. Peptydy traktuje się jako acyloaminokwasy, więc końcówkę nazwy aa, którego grupa karboksylowa jest podstawiona, zmienia się na „-ylo”. Jedynie aa znajdujący się na C-końcu – z wolną grupą karboksylową – zachowuje niezmienioną nazwę. Np. Ile-Cys-Gly to izoleucylo-cysteinylo-glicyna. Wiele naturalnych peptydów zawiera zmodyfikowane aa lub nietypowe wiązania. Ze względu na ilość reszt aa wchodzących w skład peptydu, wyróŜniamy: oligopeptydy (3-10; 3 – trójpeptydy, 4 – tetrapeptydy itd.), polipeptydy (10-100) oraz białka (>100). Zgodnie z innym kryterium (masy) peptydy o masie <10 kDa określane są jako polipeptydy, zaś o masach większych – jako białka. Peptydy pełnią rozmaite funkcje biologiczne: • hormony, np. TRH, ADH, OT • neuroprzekaźniki i neuromodulatory, np. enkefaliny, endorfiny, PS, neurotensyna, somatostatyna • toksyny, np. mikrocystyny i nodularyny syntetyzowane przez cyjanobakterie • antybiotyki, np. walinomycyna, gramicydyna A i S, bleomycyna • antyoksydanty, np. GSH

- 12

c)

przykłady peptydów aktywnych biologicznie

Nie tylko wielkocząsteczkowe białka o skomplikowanej i wielorzędowej strukturze, ale proste oligopetydy, złoŜone ze stosunkowo niewielkiej liczby aa, mogą pełnić w organizmie waŜne i niezastąpione funkcje. Omówione zostaną wg liczby reszt aa. • Istotnymi biologicznie dwupeptydami są: karnozyna, homokarnozyna i anseryna.

Karnozyna, czyli Nα-(β-alanylo)histydyna, w znacznych ilościach występuje w mięśniach szkieletowych wyŜszych kręgowców i człowieka. Wzmaga aktywność ATP-azy miozynowej oraz chelatuje jony Cu2+ i pobudza pobieranie związków miedzi. Homokarnozyna, czyli Nα-(4-aminobutyrylo)histydyna, jest dwupeptydem ośrodkowego układu nerwowego, występującym w tkance mózgowej, którego funkcja nie jest znana. Anseryna, czyli π-metylokarnozyna lub Nα-(3-aminopropionylo)-π-metylohistydyna, występuje w mięśniach szkieletowych wyŜszych kręgowców, które odznaczają się szybką czynnością skurczową, np. mięśnie kończyn królika lub mięśnie piersiowe ptaków. Brak anseryny w mięśniach człowieka. U niŜszych kręgowców, np. u ryb kostnoszkieletowych występuje ona w znacznych ilościach, w porównaniu ze śladową ilością karnozyny. • Aktywnym trójpeptydem jest tyreoliberyna (TRH) – produkowana przez podwzgórze stanowi czynnik uwalniający tyreotropinę z przedniego płata przysadki. Jej pełna nazwa to: piroglutamylohistydyloprolinoamid. Składa się z reszt aminokwasowych Glu, His i Pro, przy czym Nkońcowy kwas glutaminowy ulega wewnętrznej cyklizacji o kwasu piroglutaminowego, zaś C-końcowa grupa karboksylowa proliny występuje jako amid kwasowy.

Innym aktywnym trójpeptydem, pełniącym rolę biologicznego układu redox, jest glutation, czyli γglutamylocysteinyloglicyna. Zawiera on reszty Glu, Cys i Gly, przy czym Glu łączy się z Cys wiązaniem nie-α-peptydowym – wiązanie peptydowe tworzy nie grupa karboksylowa przy asymetrycznym C1, lecz przy C3. Glutation występuje w komórkach w stosunkowo duŜych ilościach – rzędu 5 mM. Obecny jest w postaci dwóch form – utlenionej i zredukowanej, przy czym tej drugiej jest zazwyczaj około 500 razy więcej. Glutation pełni rolę buforującą stanowiąc bufor hydrosulfidowy. Pełni równieŜ role odtruwającą, poniewaŜ jest przeciwutleniaczem reagującym z nadtlenkiem wodoru i nadtlenkami organicznymi, unieszkodliwiając te uboczne i toksyczne produkty metabolizmu.

- 13

Do aktywnych pięciopeptydów zaliczamy enkefalinę metioninową i leucynową. Pierwsza ma postać: Tyr-Gly-Gly-Phe-Met, druga zaś: Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu – róŜnią się zatem jedynie C-końcowym aminokwasem, uwzględnionym w nazwie. Wraz z endorfinami (α, β, γ) – grupą polipeptydów o 20-30 resztach aminokwasowych – stanowią one naturalne peptydy opioidowe, przeciwbólowe, o działaniu podobnym do morfiny, lecz silniejszym 18-20 razy. Aktywnym ośmiopeptydem jest angiotensyna II (hipertensyna), powstająca z osoczowego angiotensynogenu pod wpływem reniny wydzielanej w nerkach, a następnie pod wpływem działania enzymu konwertującego. Skutkiem działania reniny na angiotensynogen jest powstanie dziesięciopepetydu – angiotensyny I, z której pod wpływem wspomnianego enzymu powstaje angiotensyna II. Ma ona strukturę: Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe. Angiotensyna zwęŜa naczynia krwionośne i jest najsilniejszym czynnikiem podwyŜszającym ciśnienie krwi. Pobudza korę nadnerczy do syntezy aldosteronu, który zwiększa resorpcję zwrotną jonu Na+ w nerkach, przeciwdziałając ich utracie z moczem. Bradykinina to dziewięciopeptyd rozszerzający naczynia krwionośne i obniŜający ciśnienie krwi, działa zatem antagonistycznie do angiotensyny II. Odpowiedzialna jest równieŜ za uczucie bólu towarzyszące zranieniu skory. Ma postać: Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Bradykinina stanowi typowa kininę powstającą ze specjalnych białek, kininogenów, naleŜących do α2-globulin osocza pod wpływem swoistych enzymów proteolitycznych, zwanych kalikreinami. Dzięwięciopeptydami wykazującymi aktywność klasycznych hormonów są wazopresyna i oksytocyna, produkowane w podwzgórzu, a magazynowane w tylnym płacie przysadki. Mają prawie identyczną sekwencje aminokwasową, róŜnią się jedynie dwoma aminokwasami, dlatego hormony te wywołują pewne wspólne efekty biologiczne. Wazopresyna czyli hormon antydiuretyczny (ADH) zwiększa wchłanianie zwrotne wody w dystalnych kanalikach nerkowych. Niedobór ADH prowadzi do moczówki prostej. Oksytocyna stymuluje skurcze mięśni gładkich macicy (przez co rozpoczyna akcję porodową) i gruczołu sutkowego.

Niektóre peptydy wykazują aktywność biologiczną antybiotyków. Antybiotyki peptydowe mają bardzo charakterystyczną cykliczna strukturę i mogą zawierać D-aminokwasy.

- 14

Penicylina jest produkowana przez pleśń Penicillium, gdzie powstaje z Val i Cys, które tworzą 4członowy pierścień β-laktamowy i 5-członowy pierścień tiazolidynowy. Do pierwszego z nich przyłączana jest wiązaniem peptydowym zmienna grupa kwasowa (R), która moŜe być róŜna i przez to wyróŜniamy róŜne rodzaje penicylin. Penicylina poprzez reaktywny pierścień β-laktamowy zawierający wiązanie peptydowe nieodwracalnie hamuje transpeptydazę glikopeptydową – kluczowy enzym w syntezie ścian komórkowych bakterii. W praktyce najczęściej uŜywa się penicyliny G.

Symbol F G K V X •

Nazwa penicyliny pentylopenicylina benzylopenicylina heptylopenicylina fenoksymetylopenicylna hydroksybenzylopenicylina

Wzór R -CH2-CH=CH-CH2-CH3 -CH2-C6H5 -(CH2)6-CH3 -CH2-O-C6H5 -CH2-C6H4-OH

Aktynomycyna D pochodzi ze szczepu Streptomyces. W swej strukturze zawiera grupę barwnikową (kwas fenoksazonodikarboksyowy), która połączona jest wiązaniami peptydowymi z dwoma pięciopeptydami. Końcowe grupy karboksylowe obu pięciopeptydów tworzą makrocykliczne pierścienie laktonowe. W pięciopeptydach występuje D-Val. Aktynomycyna D jest specyficznym inhibitorem syntezy RNA, czyli transkrypcji, zarówno w komórkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych, dlatego często jest wykorzystywana w badaniach biochemicznych. Aktynomycyna D wiąŜe się specyficznie z 2-niciowym DNA, uniemoŜliwiając jego uŜycie jako matrycy w syntezie RNA. ObniŜenie stęŜenia mRNA prowadzi do hamowania syntezy białka. Pierścień fenoksazonowy aktynomycyny interkaluje, czyli wślizguje się pomiędzy pary zasad CG w 2-niciowym DNA, natomiast cykliczne polipeptydy wystają jeden ponad, a drugi pod pierścieniem fenoksazonowym Symetria aktynomycyny D dokładnie odpowiada symetrii specyficznej sekwencji zasad CG. Ponadto aktynomycyna D ma działanie cytostatyczne, czyli hamuje podział komórek, w tym komórek szybko dzielących się, dlatego znalazła zastosowanie w leczeniu niektórych nowotworów.

Walinomycyna ma strukturę cykliczną, utworzoną z aminokwasów i hydroksykwasów połączonych na przemian wiązaniami estrowymi i peptydowymi. Składa się z trzykrotnie powtórzonego elementu, w skład którego wchodzą reszty L-mleczanu (Lac), L-waliny, D-hydroksyizowalerianu (Hiv) i D-waliny. Walinomycyna jest jonoforowym antybiotykiem nośnikowym, pod wpływem którego błony biologiczne stają się przepuszczalne dla jonu K+. Organizmy znajdujące się pod wpływem

- 15

antybiotyków jonoforowych pozbawione są moŜliwości kontroli nad wymianą składników z otoczeniem. Walinomycyna koordynacyjnie wiąŜe jon K+ z 6 atomami tlenu reszt walin centralnej przestrzeni cząsteczki i jako nośnik przenosi je na drugą stronę błony.

Gramicydyna S jest cyklicznym dziesięciopeptydem, w strukturze którego występują 2 reszty Dfenyloalaniny.

Gramicydyna A jest równieŜ polipepetydowym antybiotykiem jonoforowym, zbudowanym z 15 naprzemiennie występujących reszt L- i D-aminokwasowych, który na N-końcu posiada grupę formylową. Przyjmuje strukturę β-helisy. Poprzez N-formylowe końce dwa takie polipeptydy łączą się, tworząc dimeryczny, funkcjonalny kanał jonowy dla kationów jednowartościowych, np. Na+, lecz nie dla dwuwartościowych. Kanał ten spontanicznie otwiera się i zamyka, przepuszczając w ciągu sekundy ponad 107 kationów. Por tego kanału wyścielony jest polarnymi grupami karboksylowymi peptydu, a hydrofobowe łańcuchy boczne ustawione są na obwodzie kanału. UłoŜenie to umoŜliwiają zestawione naprzemiennie reszty L i D-aminokwasowe.

3. a) • • •

Białka klasyfikacja Ze względu na kształt cząsteczki i rozpuszczalność w wodzie białka dzieli się na: globularne – o współczynnikach osiowych ≤ 3-4, a więc w przybliŜeniu kuliste, dobrze rozp. w wodzie, fibrylarne – o współczynnikach osiowych > 10 (kształt wydłuŜony), nierozpuszczalne w wodzie. Ze względu na stan skupienia dzieli się białka na: stałe (kolagen, elastyna), półpłynne (cytoplazmatyczne) oraz płynne (białka osocza). Ze względu na budowę cząsteczki – obecność dodatkowych składników – na: białka proste (proteiny) – zbudowane wyłącznie z aa i nie posiadające dodatkowych elementów, m. in.: albuminy, globuliny, histony, protaminy, skleroproteiny, białka złoŜone (proteidy) – zawierające dodatkowe składniki niebiałkowe, np. cząsteczki węglowodanów (glikoproteiny), lipidów (lipoproteiny), resztę kwasu fosforowego (fosfoproteiny), atom metalu (metaloproteiny), cząsteczkę barwnika (chromoproteiny) lub związane z kwasem nukleinowym (nukleoproteiny). Ze względu na pełnione w organizmie funkcje: enzymatyczne – np. dehydrogenaza mleczanowa (LDH), transaminaza asparaginianowa (AspAT), cyklooksygenaza (COX), hormonalne – np. hormony przedniego płata przysadki (GH, PRL, ACTH, TSH, FSH, LH), hormony trzustki (insulina, glukagon), parathormon (PTH), strukturalne – np. kolagen, elastyna, keratyna, transportowe – np. transferryna, hemoglobina (HGB), ceruloplazmina (CER), transkobalamina (TC), zapasowe – np. mioglobina, ferrytyna, odpornościowe – np. immunoglobuliny, białka układu dopełniacza (C), białka ostrej fazy, kurczliwe lub pośrednio biorące udział w ruchu – np. aktyna, miozyna, tropomiozyna, troponina, toksyny – np. tęŜcowa (tetanospazmina i tetanolizyna), botulinowa, toksyna cholery. Białka pokarmowe dzieli się ze względu na przydatność dla organizmu na: pełnowartościowe – zawierające aa egzogenne oraz niepełnowartościowe – złoŜone z aa endogennych.

- 16

b) identyfikacja • Obecność białka w środowisku moŜna wykazać za pomocą kilku reakcji: Reakcja ksantoproteinowa (gr. ksantos – Ŝółty, proteina – białko) polega na działaniu na próbę stęŜonym kwasem azotowym (HNO3). JeŜeli w próbie tej znajduje się białko zawierające aa aromatyczne, to ulegną one reakcji nitrowania, dając produkty dysocjujące do Ŝółto-pomarańczowego anionu, np.: Tyr + HNO3 →∆T, -H2O→ 3-nitrozotyrozyna • Reakcja biuretowa bierze swoją nazwę od biuretu (dwumocznika: H2N-CO-NH-CO-NH2) – najprostszego związku dającego jej pozytywny wynik. Pozwala ona na wykrycie obecności wiązania peptydowego, począwszy od trójpeptydów wzwyŜ. Przeprowadza się ją dodając do próby zasadowego roztworu siarczanu miedzi (CuSO4). JeŜeli w próbie znajduje się związek zawierający dwa sąsiadujące wiązania peptydowe, to utworzy on z jonami miedzi (II) połączenie kompleksowe o intensywnie fioletowym zabarwieniu. NaleŜy jednak zaznaczyć, iŜ pozytywne miano nie potwierdza obecności w próbie związków aminokwasowych. • Reakcja cystynowa pozwala na wykrycie białek zawierających wiązania dwusiaczkowe (S-S). Przeprowadza się ją w środowisku zasadowym, z dodatkiem rozpuszczalnej soli ołowiu, np. octanu. Pod wpływem wysokiego pH następuje rozpad wspomnianych wiązań z uwolnieniem anionu wodorosiarczkowego: Cys-S-S-Cys + H2O + OH- → 2 CH3COCOOH + 2 NH3 ↑ + HS- + S ↓, który łączy się z kationem ołowiu, prowadząc do strącenia czarnego osadu siarczku ołowiu: Pb(CH3COO)2 + HS- → CH3COOH + CH3COO- + PbS ↓. c) poziomy organizacji i fałdowanie

Białka naleŜą do najbardziej złoŜonych związków chemicznych występujących w przyrodzie. Ich budowa wykazuje pewne poziomy organizacji, stąd dla precyzyjnego jej opisu wprowadzono pojęcie struktury I, II, III i IV-rzędowej. Metody laboratoryjne określania kolejnych struktur nieznanych białek opisane zostaną dalej. • Przez strukturę I-rzędową rozumiemy liczbę, budowę i kolejność (sekwencję) połączonych ze sobą reszt aa tworzących dane białko, wraz ze wskazaniem miejsc występowania wiązań dwusiarczkowych (S-S). Struktura I-rzędowa opisuje więc konfigurację peptydu. Przez konfigurację rozumiemy powiązania geometryczne między danym zbiorem atomów, których zmiana wiąŜe się z zerwaniem i ponownym uformowaniem wiązań kowalencyjnych. • Struktura II-rzędowa określa sposób skręcenia łańcucha polipeptydowego, czyli jego konformację. Konformacja to trójwymiarowa architektura cząsteczki, inaczej przestrzenne powiązania między atomami; moŜe ona ulec zmianie przez reorganizację stabilizujących ją wiązań niekowalencyjnych (wiązania kowalencyjne zostają zachowane – por. wyŜej). Cząsteczka białka o określonej konfiguracji (strukturze I-rz.), wobec moŜliwości swobodnej rotacji wokół duŜej części (ok. 2/3) wiązań głównego łańcucha polipeptydowego, moŜe posiadać nieproporcjonalnie duŜą liczbę moŜliwych konformacji, choć zwykle tylko niektóre z nich umoŜliwiają cząsteczce pełnienie funkcji biologicznych. Liczba ta ograniczona jest częściowo podwójnym charakterem wiązania peptydowego, jak równieŜ rodzajem i kształtem grup bocznych (R) aa. Kąty rotacji φ i ψ muszą więc przyjmować takie kombinacje wartości, aby wykluczyć przestrzenne konflikty między poszczególnymi atomami cząsteczki, a ich znajomość pozwala na jednoznaczne określenie konformacji wszystkich atomów gł. łańcucha polipeptydowego. Dozwolone wartości obejmują konformacje regularne – α-helisę, β-kartkę, zwrot β, superhelisę kolagenu oraz nieregularne – pętle i zwoje. Ogólnie rzecz biorąc, kaŜda helisa (zwój) tworzona jest przez szkielet polipeptydowy skręcający się równomiernie wokół kaŜdego atomu Cα. Istnieją róŜne typy helis, róŜniące się między sobą rozmiarami i kierunkiem skrętu. Budowę helisy opisuje się więc przez podanie: liczby reszt aa przypadających na jeden skręt (n) oraz skoku śruby (p) lub odległości między sąsiednimi skrętami. Helisy polipeptydowe zabudowane z aa chiralnych są równieŜ chiralne, tzn. prawo- bądź lewoskrętne, przy czym w naturalnych białkach występują niemal wyłącznie te pierwsze. Taki kierunek skrętu zdeterminowany jest przez fakt budowy cząsteczki z enancjomerów L: w wyniku przyciągania się atomów wiązania peptydowego lŜejsza grupa N-H zbliŜa się w stronę cięŜszej grupy C-O właśnie w prawo. α-helisa cechuje się korzystnymi wartościami kątów rotacji oraz układem stabilizujących wiązań wodorowych. Zawiera zazwyczaj 4 – 50 (śr. ok. 12) reszt aa, posiada parametry: n=3,6, p=0,54 nm. RównowaŜne atomy z sąsiednich reszt łańcucha głównego oddalone są o 0,15 nm (mierzone wzdłuŜ osi). Grupy R skierowane są na zewnątrz helisy, co minimalizuje wzajemne interakcje przestrzenne. We wnętrzu helisy praktycznie brak wolnej przestrzeni. Dzięki maksymalnej liczbie wiązań wodorowych jest to konformacja o najniŜszej energii i tym samym największej stabilności, dlatego formuje się ona

- 17

spontanicznie. Wiązania wodorowe występują między atomem N wiązania peptydowego oraz atomem O wchodzącym w skład czwartego kolejnego wiązania peptydowego tego samego łańcucha (wiązania wewnątrzłańcuchowe); mają one optymalną odległość 0,28 nm. Dodatkową funkcję pełnią wiązania van der Waalsa (por. dalej), zwłaszcza działające poprzecznie do osi helisy, pomiędzy ciasno upakowanymi atomami jej rdzenia. Jedynie peptydowy atom N proliny nie moŜe uformować wiązania wodorowego, dlatego aa ten pasuje jedynie do 1. obrotu helisy – w innym miejscu wytwarza on zgięcie. α-helisy występują zwykle na powierzchni cząsteczek białek, chociaŜ mogą być równieŜ częściowo lub całkowicie schowane w ich wnętrzu. Szczególny przypadek stanowią helisy amfipatyczne, w których aa polarne i niepolarne zmieniają się ze sobą co 3 – 4 reszty – w ten sposób mogą one kontaktować się ze środowiskiem polarnym z jednej strony, a z niepolarnym z drugiej. Helisy amfipatyczne występują m. in. w: lipoproteinach osocza, hormonach, toksynach, antybiotykach, glikoproteinach wirusa HIV oraz w kinazie białkowej regulowanej kalmoduliną. Struktura β nazywana jest inaczej β-kartką, β-harmonijką lub pofałdowanym arkuszem. Nazwy te odnoszą się do jej kształtu, obserwowanego wzdłuŜ krawędzi – Cα i związane z nimi R występują naprzemiennie nieco powyŜej i poniŜej płaszczyzny głównego łańcucha polipeptydowegom który jest niemal w pełni rozciągnięty. β-kartka posiada powtarzające się co do wartości kąty φ i ψ oraz jest stabilizowana maksymalną ilością wiązań wodorowych. Te jednak, w przeciwieństwie do α-helisy, mają charakter międzyłańcuchowy – występują między atomami N i O wiązań peptydowych sąsiadujących pasm łańcuchów peptydowych; w ich tworzenie zaangaŜowane są odcinki o długości 5 – 10 aa z róŜnych regionów struktury I-rz. Struktury β mogą być równoległe lub antyrównoległe (przeciwrównoległe, przeciwbieŜne); w pierwszym przypadku sąsiednie łańcuchy peptydowe biegną w tym samym kierunku, w drugim zaś – w przeciwnym. Z wyjątkiem pasm granicznych tworzą się wszystkie moŜliwe wiązania wodorowe. W strukturze antyrównoległej pary wiązań wodorowych występują na przemian raz blisko, a raz daleko od siebie, a zorientowane są mniej więcej prostopadle do szkieletu polipeptydowego. Z kolei w strukturze równoległej wiązania wodorowe są rozmieszczone równomiernie, ale leŜą względem siebie ukośnie i w zmiennych kierunkach. Powszechne są regiony połączenia struktur równoległych i antyrównoległych, wiele łańcuchów moŜe teŜ występować w obrębie jednej kartki (chociaŜ struktury równoległe złoŜone z < 5 łańcuchów są nieco mniej stabilne i przez to rzadko spotykane). Niemal wszystkie pasma harmonijki β są zwinięte prawoskrętnie, tworząc centralny rdzeń wielu białek globularnych. Zwrot β (zagięcie β, β-skręt) to układ umoŜliwiający zmianę kierunku przebiegu struktury β, często łączący końce dwóch przyległych pasm antyrównoległych. Zwrot β umoŜliwiający zmianę kierunku łańcucha o 180o składa się z 4 aa, z czego pierwszy tworzy wiązania wodorowe z czwartym. Ponadto często zawiera glicynę – z powodu niewielkiego rozmiaru oraz prolinę – gdyŜ ok. 6 % jej wiązań peptydowych posiada konfigurację cis. Jest to struktura regularna, często obecna na powierzchni białek. W typowym białku globularnym jedynie ok. połowa aa wchodzi w skład struktur α i β, podczas gdy reszta występuje w postaci struktur nieregularnych, tj. pętli i zwojów. Szczególnie dotyczy to obu końców (N i C) oraz reszt R lizyny. Obszary pętli warunkują głównie właściwości powierzchni cząsteczek białek. Bezładna struktura wiąŜe się z giętkością i łatwością dopasowania, przy czym wiele obszarów bezładnych ulega organizacji pod wpływem specyficznych ligandów; z tego powodu regiony nieregularne często występują w miejscach interakcji cząsteczek białek z innymi cząsteczkami (ligandami), np. w centrach katalitycznych enzymów, czy na powierzchni białek odpornościowych, gdzie kształtują obszary oddziaływania przeciwciała z antygenem. Pętle o kształcie spinki do włosów spinają sąsiadujące antyrównoległe struktury β. Struktury II-rz. mogą tworzyć motywy naddrugorządowe, np. klucz grecki pojedynczy i podwójny, motyw βαβ czy β-spinkę (antyrównoległe pasma β zespolone krótką pętlą). Struktura III-rz. określa przestrzenne powiązania między elementami struktury II-rz. (helisami, kartkami, innymi), jak równieŜ wzajemne oddziaływania między domenami, sposoby fałdowania oraz oddziaływania stabilizujące takie ułoŜenie. Struktura III-rz. stabilizowana jest przez róŜnorodne rodzaje wiązań niekowalencyjnych: wiązania wodorowe – wytwarzane przez polarne R aa oddziaływania hydrofobowe – występują pomiędzy niepolarnymi R aa oddziaływania elektrostatyczne („mostki solne”) – tworzą się między przeciwnie naładowanymi grupami, np. końcami N i C peptydów bądź R polarnymi jonizującymi (np. Lys i Asp) siły van der Waalsa – są bardzo słabe i działają jedynie na niewielkie odległości, równe sumie promieni van der Waalsa atomów pomiędzy którymi występują Białka mogą być dodatkowo stabilizowane kowalencyjnymi wiązaniami dwusiarczkowymi (S-S); rozwiązanie takie występuje w niektórych enzymach (np. rybonukleaza), hormonach (np. insulina) czy białkach strukturalnych (keratyna).

- 18

Struktury II-rz. i motywy naddrugorzędowe, zwłaszcza w duŜych białkach, mogą być zorganizowane w połączone ze sobą fragmenty, zwane domenami. Domena to lokalna, zwarta, globularna, potencjalnie niezaleŜne jednostka fałdowania białka, związana z nim jednak wiązaniami kowalencyjnymi. Domena reprezentuje zwarty genetycznie segment, np. domeny w Ig, dehydrogenazach czy globinach; ponadto interesujące jest, iŜ sekwencje aa charakterystyczne dla danej domeny moŜna spotkać w innych, podobnych domenach tego samego białka lub w innych białkach. Domeny często nadają białkom w których występują zdolność pełnienia specyficznych funkcji, np. wiązania swoistych ligandów (nukleotydów, polisacharydów). Przestrzeń między domenami wyznacza często centrum aktywne białka, a powierzchnia kontaktu między nimi jest miejscem przenoszenia mechanizmów allosterycznych. Zaburzenia struktury II/III-rz. białek stanowią istotę chorób prionowych (TSE) – zmiany w konformacji białek powodują zastąpienie α-helisy przez β-kartkę oraz wystąpienie oporności na proteolizę enzymatyczną. Struktura IV-rz. określona jest w przypadku białek oligomerycznych, tj. złoŜonych z ≥ 2 łańcuchów polipeptydowych – zwanych protomerami lub podjednostkami – połączonych siłami niekowalencyjnymi. Opisuje ona sposób ułoŜenia w przestrzeni kilku wzajemnie ze sobą oddziaływujących łańcuchów. Cechuje się ponadto największą złoŜonością, a zarazem jest najsłabiej poznana. Ze względu na liczbę podjednostek wyróŜniamy odpowiednio di-, tri-, tetramery itd. Homooligomery składają się z kilku identycznych podjednostek, podczas gdy heterooligomery – z róŜnych; róŜne protomery białek heterooligomerycznych pełnią zazwyczaj specyficzne funkcje, np. katalityczne, regulacyjne czy rozpoznające ligandy. Właściwości chemiczno-biologiczne białek podjednostkowych zaleŜą od przestrzennej orientacji ich podjednostek. W odpowiednich warunkach moŜna pozbawić białko struktur wyŜszych rzędów. Denaturacja polega na zniszczeniu wiązań niekowalencyjnych białka, a tym samym na trwałej utracie jego struktury II, III i IV-rz. oraz aktywności biologicznej. Do denaturacji dochodzi pod wpływem tzw. czynników denaturujących, do których zaliczamy: wysoką temperaturę, silnie polarne (kwaśne lub zasadowe) środowisko oraz określone substancje: alkohol, formalina, rozpuszczalne sole metali cięŜkich (głównie ołowiu, rtęci i srebra), SDS. W przeciwieństwie do denaturacji, koagulacja (wysolenie) polega na odwracalnej utracie postaci białka pod wpływem działania soli metali lekkich, np. NaCl, NH4Cl. Sole te, dzięki właściwościom higroskopijnym, wiąŜą i pozbawiają białko pewnej ilości wody, wskutek czego naturalny półpłynny zol białkowy zmienia postać na półstały Ŝel. Dodanie do skoagulowanego białka wody powoduje przywrócenie mu pierwotnej konsystencji, co nazywa się peptyzacją. Natywne białka nie mają postaci prostych łańcuchów, lecz są w skomplikowany sposób zwinięte lub – inaczej mówiąc – sfałdowane. Fałdowanie białek nie odbywa się na drodze prób i błędów, o czym świadczy chociaŜby paradoks Levinthala – czas przypadkowego poszukiwania odpowiedniej struktury sfałdowania nawet w przypadku niewielkiego peptydu byłby teoretycznie dłuŜszy niŜ szacowany wiek wszechświata. Oczywiste jest zatem, iŜ fałdowanie białek to nieprzypadkowy i wysoce zorganizowany proces. Proces fałdowania składa się z kilku faz: formowania krótkich fragmentów struktury i ich wzrostu → uformowania domen (w białkach wielodomenowych połączonych w tzw. stopioną globulę) → zmian konformacyjnych nadających strukturę III-rz. → osiągnięcia natywnej struktury (na tym kończy się fałdowanie białek monomerycznych) → ew. łączenia podjednostek i formowania oligomerów. Łańcuchy polipeptydowe wielu zdenaturowanych białek spontanicznie (bez zewnętrznej interwencji, „same z siebie”) zwijają się powtórnie w warunkach in vitro, łącznie z przywróceniem aktywności biologicznej, choć trwa to o wiele dłuŜej niŜ w warunkach in vivo; zjawisko to określa się mianem renaturacji. In vivo procesy fałdowania przebiegają o wiele szybciej i są wyraźnie ukierunkowane, m. in. dzięki obecności specyficznych enzymów: izomeraza dwusiarczkowa białek (ang. protein disulphide isomerase – PDI) ułatwia przetasowanie wiązań dwusiarczkowych (S-S) przez zwiększenie szybkości wzajemnej wymiany mostków S-S, izomeraza peptydylo-prolinowa cis-trans (ang. peptidil-proline isomerase – PPI) katalizuje izomeryzację wiązań peptydowych X-Pro z formy trans do cis (przekształceniu ulega ok. 10 % wiązań), chaperony (białka opiekuńcze, m. in. tzw. białka szoku cieplnego – ang. heat shock protein = Hsp) przyspieszają proces fałdowania przez zapewnienie białku ochronnego środowiska oraz preferencje przemian powstrzymujących niewłaściwe interakcje między powierzchniami komplementarnymi i ułatwiających właściwe interakcje.

- 19

d) rozdział i określanie struktury białek • Aby móc badać strukturę białek, naleŜy je wpierw wyizolować w stanie czystym, tzn. pozbawić zanieczyszczeń i oddzielić od innych białek. Do najczęściej stosowanych technik oczyszczania i izolacji białek naleŜą: Chromatografia jonowymienna i HVE – stosowane są do aa i polipeptydów; podstawą rozdziału jest ładunek elektryczny. Filtracja Ŝelowa z uŜyciem wysokich stęŜeń (1-4M) kwasu mrówkowego lub octowego – stosowana do wielkocząsteczkowych hydrofobowych peptydów; wykorzystuje odmienne zatrzymywanie i wymywanie peptydów z porów sita molekularnego (Sephadex). HPLC w odwróconym układzie faz (niepolarny nośnik + polarny rozpuszczalnik) – stosowana j.w., czasem w połączeniu z poprzednio omówiona metodą – do oczyszczania złoŜonych mieszanin peptydów, otrzymywanych przez częściowe trawienie białek. HVE na sitach molekularnych (sączenie molekularne) – technicznie przeprowadza się na skrobii, agarozie lub Ŝelu poliakrylamidowym (PAG; usieciowany polimer akrylamidu). Stosuje się do polipeptydów i polinukleotydów. Próbkę w buforze nanosi się na płytkę lub do rurki, rozdziela elektroforetycznie i ostatecznie identyfikuje – peptydy błękitem brylantowym Coomassie lub solami srebra, zaś polinukleotydy bromkiem etydyny. Czasem wykorzystuje się odmianę tej metody w warunkach denaturujących (mocznik, SDS) – łańcuch peptydowy ulega wówczas rozprostowaniu, dodatkowo wiąŜąc na powierzchni ładunek ujemny proporcjonalnie do swojej wielkości (właściwie do ilości wiązań peptydowych), więc rozdział elektroforetyczny opiera się tu pośrednio na masie cząsteczkowej. Metodę PAGE-SDS stosuje się więc do określania masy cząsteczkowe białek przez porównanie ich ruchliwości elektroforetycznej z ruchliwościami wzorców o znanych masach. Po uzyskaniu czystego białka moŜna przystąpić do stopniowego określania jego struktury. Wiele białek składa się z ≥ 2 łańcuchów polipeptydowych połączonych wiązaniami niekowalencyjnymi lub przez mostki dwusiarczkowe, które muszą być rozbite przed sekwencjonowaniem. W tym celu roztwór badanego białka traktuje się czynnikami denaturującymi (mocznik, chlorowodorek guanidyny), które rozbijają wiązania wodorowe i niektóre niekowalencyjne oraz czynnikami redukującymi lub utleniającymi, które pozbawiają peptydy mostków dwusiarczkowych – czynniki utleniające, np. kwas nadmrówkowy (HCOOOH), utleniają reszty cystyny do kwasu cysteinowego (Cys-SO3-), natomiast czynniki redukujące, np. 2-merkaptoetanol, redukują je do cysteiny (Cys-SH). Polipeptydy wielkocząsteczkowe rozbija się, czasami kilkuetapowo, na mniejsze fragmenty o długości 20-60 aa. Do tego celu uŜywa się następujących odczynników (w nawiasach podano rodzaj rozbijanego wiązania): bromocyjan – CNBr (Met-X), trypsyna (Lys-X, Arg-X), o-jodobenzen (Trp-X), hydroksyloamina (Asn-Gly), proteaza V8 Staphylococcus aureus (Glu-aa hydrofobowy), łagodna hydroliza kwaśna (Asp-Pro). Przed rozpoczęciem sekwencjonowania białka określa się jego skład aminokwasowy poprzez poddanie go kwaśnej hydrolizie (6M HCl, 11oC, 1-4 doby), a następnie rozdzielenie i identyfikację wolnych aa metodą HPLC, chromatografii jonowymiennej bądź elektroforetyczną. Wadą takiego postępowania jest zniszczenie struktury wielu aa przez agresywne środowisko – całkowicie niszczone są Trp i Cys, częściowo – Met, Tyr, Ser, Thr, ponadto zachodzi deamidacja Glu i Asn, natomiast wiązania Val-Val, Ile-Ile, Val-Ile, Ile-Val wykazują oporność na ten rodzaj hydrolizy. Aby tego uniknąć, wykonuje się kilka zabiegów: Cys utlenia się do kwasu cysteinowego – opornego na działanie kwaśnego środowiska, obecność Trp oznacza się po hydrolizie zasadowej (która za to niszczy Ser, Thr, Arg i Cys), określa się tempo spadku poziomów Ser i Thr, po czym dane te ekstrapoluje się do czasu 0, obecność aa rozgałęzionych oznacza się po 96 h hydrolizy, obecność aa kwaśnych oraz ich amidów określa się łącznie jako Glx (Glu + Gln) i Asx (Asp + Asn). Po określeniu procentowego udziału poszczególnych aa w budowie badanego białka, moŜna przystąpić do jego sekwencjonowania, czyli określenia struktury I-rz. Istnieje tu kilka metod: Najstarsze metody sekwencjnowania opierają się na przeprowadzeniu N-końcowego aa peptydu w określoną pochodną, hydrolizę peptydu oraz identyfikację powstałej pochodnej aa. Taka jest m. in. idea metody Sangera – uŜywa się w niej odczynnika Sangera – DNFB (2,4-dinitro-1-fluorobenzenu), który reaguje wyłącznie z N-końcowymi resztami aa, po czym prowadzi się hydrolizę i identyfikację. Bardziej zaawansowana metoda Edmana wnosi automatyczne usuwanie i identyfikację N-końcowych reszt aa peptydów w postaci pochodnych. Wykorzystuje się tu odczynnik Edmana – fenyloizotiocyjanian, który reagując z końcem aminowym peptydu daje kwas fenylotiohydantoinowy, który w środowisku kwaśnym i obecności niehydroksylowych rozpuszczalników (np. nitrometanu) rozpada się na fenylotiohydantoinową pochodną aa oraz peptyd skrócony o jeden N-końcowy aa. W przeciwieństwie do metody Sangera, po usunięciu N-końcowego aa peptyd pozostaje niezmieniony.

- 20

Pochodne aa identyfikuje się metodą HPLC, po czym opisany cykl powtarza się 30 – 80 x w jednym ciągu operacyjnym. Oznaczenie struktury I-rz. wszystkich peptydów otrzymanych ze wstępnej hydrolizy próbki pozostawia do wyjaśnienia jedynie kolejność ich ułoŜenia. Dlatego naleŜy otrzymać i zsekwencjonować dodatkowe peptydy o nakładających się resztach N i C-końcowych (techniki rozrywające polipeptyd w innych miejscach). W celu oznaczenia połoŜenia wiązań dwusiarczkowych rozdziela się zarówno peptydy pochodzące z hydrolizy próbki pierwotnej, jak i zmodyfikowane metodami utleniania / redukcji – za pomocą chromatografii dwuwymiarowej lub chromatografii i elektroforezy. Metoda Maxima i Gilberta prezentuje inne podejście do problemu – opiera się na szybkim sekwencjonowaniu DNA genu kodującego dane białko i określeniu sekwencji aa na podstawie tabeli kodu genetycznego. Jej wadą jest brak ujawniania miejsc wiązań dwusiarczkowych oraz obecności posttranslacyjnych modyfikacji aa (hydroksylacja, metylacja, fosforylacja, estryfikacja, izoprenylacja). Stosowana jest w identyfikacji labilnych pre- lub prepropeptydów istotnych w katalizie lub w badaniu kierowania peptydów do określonych organelli komórkowych. Alternatywnym sposobem sekwencjonowania krótkich (do ok. 25 aa) peptydów jest szybkie bombardowanie atomowe (FAB) ze spektroskopią masową (MS) w dwóch połączonych spektrometrach. Szybkie bombardowanie atomami gazów szlachetnych (Ar lub Xe) daje w efekcie kationy peptydów. W pierwszym spektrometrze oddzielane są zanieczyszczenia, po czym jony peptydów zderzają się w komorze z atomami He, ulegając fragmentacji do wielu jonów o zmniejszających się rozmiarach, których masy cząsteczkowe oznaczane są w drugim spektrometrze – porównanie jonów z rosnącymi masami pozwala na identyfikację wszystkich reszt aa i ich kolejności. Metoda FAB-MS umoŜliwia identyfikację aa zmodyfikowanych posttranslacyjnie oraz – w przeciwieństwie do metody Edmana – umoŜliwia sekwencjonowanie peptydów z zablokowanym (np. zacylowanym) końcem aminowym. Trójwymiarową strukturę białek moŜna badać metodami krystalografii rentgenowskiej oraz MRS. Krystalografia rentgenowska ujawnia statyczny obraz białka krystalicznego. Wymaga duŜych, doskonale uporządkowanych kryształów białka, zawierających szereg powtarzających się regularnie identycznych cząsteczek, silnie załamujących promienie X. Obraz powstały w wyniku załamania wiązki promieni na krysztale białka pozwala na odtworzenie struktury pojedynczej cząsteczki. Kryształy białek hoduje się techniką wiszącej kropli, po czym eksponuje na monochromatyczne (o jednej, stałej i określonej długości fali) promieniowanie X i obraza w celu uzyskania wszystkich moŜliwych odwzorowań dyfrakcyjnych. Promienie X są wówczas rozpraszane i tworzą obraz zaleŜny od gęstości elektronowej w róŜnych częściach białka. Maksima dyfrakcji są analizowane komputerowo, aby na tej podstawie skonstruować mapy gęstości elektronowej (amplitudy i fazy). Reprezentują one serię równoległych przekrojów przez białko, co z kolei pozwala na konstrukcję trójwymiarowych map gęstości elektronowej i dalej – model fizyczny lub przybliŜone dopasowanie struktury I-rz. Dokładne wyznaczenie połoŜeń atomów moŜliwe jest jedynie po zsekwencjonowaniu badanego białka. Spektroskopia jądrowego rezonansu magnetycznego (ang. magnetic resonance spectroscopy = MRS) jest techniką dostarczającą informacji o strukturze białka w roztworze. Parametrami bezpośrednio mierzonymi jest otoczenie chemiczne jąder atomowych wykazujących moment magnetyczny albo spin (głównie 1H), co dostarcza informacji o odległości atomów w cząsteczce – przesunięciach chemicznych. Dwuwymiarowa MRS analizuje skomplikowane widma otrzymywane z białek zmieniających się w czasie, dlatego jest wykorzystywana do badania tworzenia struktur przejściowych w procesie zwijania łańcuchów białkowych. Do metod badania struktury IV-rz. białek i oznaczania ich mas cząsteczkowych zaliczamy m. in.: Ultrawirowanie analityczne – pomiar szybkości sedymentacji białka przy wirowaniu z przyspieszeniem kątowym 10 tys. x większym niŜ przyspieszenie ziemskie. Wirowanie w gradiencie gęstości (zwykle 5 – 20 % roztworu zbuforowanej sacharozy) – porównanie poziomu białka w próbówce w odniesieniu do poziomów białek o znanych masach cząsteczkowych przy wirowaniu w powyŜszych warunkach. Filtracja Ŝelowa – masę cząsteczkową nieznanego białka oblicza się z porównania jego objętości elucyjnej z analogicznymi objętościami białek wzorcowych. PAGE – rozdział białek w Ŝelach o zmiennej porowatości i wykrywanie błękitem brylantowym lub solami srebra. PAGE-SDS stosowane jest do określania rozmiarów podjednostek oligomerów. Mikrofotografia elektronowa – obrazowanie kompleksów makromolekularnych – wirusów, kompleksów enzymatycznych czy oligomerów.

- 21

e) •

związek budowy i funkcji białek fibrylarnych i globularnych Białka fibrylarne cechują się m. in. wydłuŜonym kształtem i brakiem rozpuszczalności w wodzie. Pełnią one funkcje białek strukturalnych w skórze, tkance łącznej oraz róŜnego rodzaju włóknach (włosy, jedwab, wełna). Często zawierają atypowe sekwencje aa lub zmodyfikowane aa, co przekłada się na strukturę II i III-rz. i konsekwentnie dalej na właściwości mechaniczne. Przykładami białek fibrylarnych są: kolagen (patrz punkt VII-9-b), elastyna (VII-8-a), miozyna (VII-7-a), keratyna, fibroina. Keratyna nie jest pojedynczym białkiem, lecz całą rodziną, wśród której moŜna wyróŜnić tzw. keratyny twarde i miękkie. Ogólnie cechują się one wysoką odpornością na czynniki fizyczne, chemiczne i działanie proteaz oraz wysoką zawartością aa zawierających siarkę – Cys (17%) i Met (0,5%).Wykazano istnienie ok. 10 izoform keratyn twardych, obecnych w rozmaitych wytworach naskórka zwierząt – paznokciach, piórach, rogach, wełnie i innych. W ludzkich komórkach nabłonkowych zidentyfikowano ok. 20 izoform cytokeratyn (40-70 kDa), naleŜących do keratyn miękkich. Cytokeratyny stanowią największą i najbardziej zróŜnicowaną grupę filamentów pośrednich, wchodzącą w skład cytoszkieletu komórkowego. Podjednostki keratyn zbudowane są według wspólnego planu – wyróŜniamy w nich α-helisową domenę centralną oraz globularne domeny N i Ckońcowe. Ta pierwsza posiada wysoce konserwatywny charakter i składa się z 310-315 reszt aa, zaś domeny terminalne liczą od 15 do 30 reszt. Podjednostki keratyn, asocjując w struktury wyŜszego rzędu, tworzą kolejno: dimery → protofilamenty → protofibryle → filamenty pośrednie. W przeciwieństwie do cytokeratyn, keratyny twarde są strukturami dwufazowymi, w których włókna keratyny są zatopione w bezpostaciowej macierzy zbudowanej z białek o duŜej zawartości siarki. Enzymy proteolityczne zdolne do hydrolizy keratyny to występujące u kręgowców kaspazy degradujące cytokeratyny (udział w procesie apoptozy) lub syntetyzowane przez mikroorganizmy keratynazy. Fibroina stanowi główne białko jedwabiu. 85% jej składu stanowi Gly, występująca na zmianę z Ser lub Ala. Łańcuchy polipeptydowe formują szereg rozciągniętych antyrównoległych pasm β, tak iŜ grupy boczne (R) Gly wyłaniają się z jednej powierzchni, zaś Ser lub Ala – z drugiej. W ten sposób układ stabilizowany jest nie przez wiązania wodorowe, lecz przez oddziaływania hydrofobowe. Wtrącone co pewien odcinek aa z duŜym R (Val, Tyr) zaburzają regularną strukturę β i zwiększają giętkość całości konstrukcji. Jedną z grup globularnych białek złoŜonych są chromoproteiny, reprezentowane w ludzkim ustroju gł. przez białka hemowe – nazwane tak od dołączonego do łańcucha peptydowego barwnika – hemu. Rola białek hemowych polega na transporcie i magazynowaniu tlenu oraz transporcie elektronów. Ich zdolność wiązania tlenu uwarunkowana jest obecnością jonu Fe2+, zlokalizowanego w centrum grupy hemowej, stanowiącej grupę prostetyczną hemoglobiny i mioglobiny. Grupa hemowa występuje równieŜ w wielu enzymach – cytochromach, katalazie (CT), syntazie tlenku azotu (NOS), 2,3dioksygenazie tryptofanowej i innych. Hem jest cyklicznym tetrapirolem – składa się z 4 grup pirolowych połączonych 4 mostkami metinowymi między atomami Cα (układ porfiny), zaś przy atomach Cβ obecne są charakterystyczne podstawniki. Układ wielu sprzęŜonych wiązań podwójnych nadaje cząsteczce płaski kształt (pierścienie pirolowe, atomy C mostków metinowych i jon Fe2+ leŜą praktycznie w jednej płaszczyźnie) oraz warunkuje pochłanianie światła w niskim zakresie światła widzialnego, dzięki czemu ma ona – a przez to równieŜ HGB i krew – barwę czerwoną. Przy atomach Cβ występują grupy: metylowe (M – w pozycjach 1, 3, 5, 8), winylowe (V – 2 i 4) oraz propionowe (P – 6 i 7). Te ostatnie, stanowiąc jedyne polarne łańcuchy boczne hemu, są zwrócone w stronę powierzchni hemoprotein. Jak wcześniej wspomniano, jon Ŝelaza zajmuje centralne miejsce w cząsteczce hemu, wiąŜąc się dwoma wiązaniami kowalencyjnymi oraz dwoma koordynacyjnymi z czterema atomami N tetrapirolu. Pozostałe (5. i 6.) wiązania koordynacyjne jonu Ŝelaza leŜą prostopadle do płaszczyzny porfiny – odpowiednio nad i pod układem tetrapirolu. Funkcją mioglobiny (MGB – skrót nieformalny) jest magazynowanie tlenu w mięśniach czerwonych. Jej cząsteczka złoŜona jest z pojedynczego łańcucha polipeptydowego (masa ok. 17 kDa), złoŜonego ze 153 reszt aa. Zewnętrzna część cząsteczki jest polarna, zaś wewnętrzna – niepolarna, co ma związek z rozpuszczalnością w wodzie. Wyjątkowo we wnętrzu cząsteczki znajdują się dwa aa polarne – His – wiąŜące grupę hemową do części polipeptydowej. Cząsteczka mioglobiny ma kształt w przybliŜeniu kulisty, pomimo nieregularnej i niesymetrycznej budowy. Poszczególne α-helisy, struktury β i pętle określa się za pomocą liter i cyfr. AŜ ok. 75 % łańcucha występuje w formie 8 prawoskrętnych α-helis, o długościach 7 – 20 reszt aa, oznaczonych literami od A do H, począwszy od N-końca. Fragmenty międzyhelikalne oznacza się literami dwóch odcinków helikalnych przez nie połączonych. Pojedyncze

- 22

reszty aa oznacza się podając literę oznaczającą helisę oraz liczbę – pozycję aa w danej helisie, począwszy od N-końca. Aa zajmujące odległe miejsca w strukturze I-rz. mogą w wyniku skomplikowanego fałdowania znaleźć się blisko siebie w strukturze III-rz., np. His F8 i His E7. Informacja zawarta w strukturze I-rz. apomioglobiny jest odpowiedzialna za prawidłowe i swoiste upakowanie białka w obecności hemu. Grupa hemowa znajduje się w zagłębieniu między helisami E i F, jon Ŝelaza wiąŜe się 5. wiązaniem koordynacyjnym z pierścieniem imidazolowym His F8 (tzw. His proksymalna). Po przeciwnej stronie płaszczyzny hemu (w stosunku do His F8) znajduje się His E7 (tzw. His dystalna), która nie zajmuje jednak 6. pozycji koordynacyjnej Fe2+. W odtlenowanej MGB jon Fe2+ jest lekko (0,03 nm) wysunięty poza płaszczyznę hemu w kierunku His F8, natomiast w MGB utlenowanej – gdy cząsteczka O2 zajmuje 6. pozycję koordynacyjną – wysunięcie to jest 3 x mniejsze, wynosząc 0,01 nm. Związaniu cząsteczki tlenu towarzyszy więc ruch jonu Ŝelaza i His F8 w stronę płaszczyzny porfiryny, co daje zmiany konformacyjne cząsteczki białka. W utlenowanej MGB wiązanie Fe2+ – O jest prostopadłe do płaszczyzny porfiryny, natomiast 2. atom tlenu przyłączony jest pod pewnym kątem („skośnie”). Z kolei tlenek węgla (CO) preferuje przyłączanie się w całości prostopadle do tej płaszczyzny – taka orientacja jest jednak moŜliwa jedynie w wyizolowanym hemie, bowiem fizjologicznie w MGB His dystalna stanowi przestrzenną zawadę dla wiązania CO pod tym kątem. Zatem otoczenie hemu w MGB zmniejsza powinowactwo CO do Ŝelaza hemowego, które w przypadku czystego hemu jest aŜ 25 tys. razy większe niŜ powinowactwo O2 do tego Ŝelaza. Dzięki opisanemu mechanizmowi cząsteczka CO zmuszona jest do wiązania się w mniej korzystnej konfiguracji, co obniŜa względne powinowactwo do ok. 200. MGB jest białkiem magazynującym, a nie transportującym tlen. Ilość O2 związanego przez białko (nasycenie, saturacja) zaleŜy od stęŜenia (ciśnienia) tego gazu – pO2. Nie jest to jednak zaleŜność liniowa, lecz obrazuje ją krzywa dysocjacji tlenowej. Dla MGB krzywa ta ma kształt hiperboli, co oznacza, iŜ oddaje ona tlen dopiero przy znacznym spadku pO2, co ma miejsce przy duŜym deficycie tlenowym w warunkach wysokiej aktywności fizycznej. MGB nie mogłaby pełnić funkcji transportu tlenu z płuc do tkanek, gdyŜ przy granicznych w tych warunkach wartościach pO2 oddaje ona jedynie znikomą część zmagazynowanego O2. Hemoglobina (HGB) spełnia funkcję transportu gazów oddechowych – O2 z płuc do tkanek oraz CO2 i H+ w kierunku przeciwnym. HGB jest tetramerem złoŜonym z pary dwóch typów łańcuchów polipepydowych, oznaczanych α, β, γ, δ, S itd. Łańcuchy te stanowią podjednostki HGB – posiada ona zatem strukturę IV-rz., dzięki czemu zyskuje nowe właściwości, których nie prezentuje MGB. Łańcuch α składa się ze 141 reszt aa, a β – ze 146, oba są kodowane przez odmienne geny. Znanych jest wiele typów HGB, jednak do najwaŜniejszych naleŜą: HbA (α2β2; podstawowa fizjologiczna HGB dorosłych), HbA2 (α2δ2; fizjologiczna HGB dorosłych, stanowi ok. 2,5 %), HbF (α2γ2; płodowa), HbS (α2S2; występuje w sierpowatych erytocytach). MGB i podjednostki β HbA wykazują praktycznie identyczną strukturę II i III-rz., podobna jest równieŜ lokalizacja grup hemowej i odcinków helikalnych, choć HbA posiada ich tylko 7. Hem kaŜdej podjednostki HGB przyłącza 1 cząsteczkę O2, więc cała HGB wiąŜe łącznie 4 cząsteczki tlenu. Co więcej, przyłączenie O2 do jednego hemu ułatwia wiązanie kolejnych O2 przez pozostałe grupy hemowe – określa się to jako kooperatywne wiązanie O2 z HGB. Zjawisko to pozwala na związanie maksymalnej ilości tlenu w płucach oraz uwalnianie moŜliwie największej ilości tlenu w tkankach. Zjawisko kooperatywności powoduje, Ŝe krzywa dysocjacji tlenowej HGB ma kształt sigmoidalny (wygięty jak litera S). Wniosek jest taki, iŜ połączenie łańcuchów polipeptydowych w tetramer pozwala na zwiększenie wydajności transportu tlenu. RóŜne typy HGB cechują się odmiennym powinowactwem do O2. Jego ilościową miarą jest wskaźnik P50, tj. wartość pO2, przy której HGB jest wysycona tlenem w 50 %. P50 dla HbA wynosi 26 mmHg, a dla HbF 20 mmHg – oznacza to, iŜ HbF silniej wiąŜe O2 (przy danej pręŜności jest wysycony w większym stopniu) – właściwość ta pozwala na przekazywanie tlenu z HbA na HbF w obrębie łoŜyska. Po porodzie odsetek HbF szybko maleje, gdyŜ jego obecność nie jest juŜ uzasadniona – płuca pracują, a wysokie powinowactwo HbF do tlenu utrudnia jego oddawanie w tkankach. Na jego miejsce syntetyzowana jest HbA. Nagły rozpad duŜych ilości HbF wiąŜe się z powstaniem duŜych ilości bilirubiny (por. punkt VI-5-b/c), co jest przyczyną Ŝółtaczki noworodków. Przyłączeniu O2 towarzyszy rozerwanie wiązań poprzecznych (niekowalencyjnych – elektrostatycznych) między końcami C wszystkich podjednostek HGB, co zmienia jej strukturę II, III i IV-rz. Jedna para podjednostek α+β wykonuje obrót o ok. 15o w stosunku do drugiej pary, w wyniku czego podjednostki zbliŜają się do siebie i wzrasta powinowactwo do tlenu. Struktura IVrz. HGB częściowo utlenowanej określana jest jako stan napręŜony (T), zaś HGB całkowicie

- 23

utlenowanej – jako stan rozluźniony (R). Podczas utlenowania HGB atomy Fe, leŜące 0,06 nm poza płaszczyzną porfiryny w HGB pozbawionej tlenu, wsuwają się bliŜej tej płaszczyzny, pociągając za sobą His F8 i sąsiadujące z nią reszty aa. Prawdopodobieństwo przejścia T→R wzrasta wraz z przyłączaniem olejnych cząsteczek O2 do HGB, gdyŜ wiązanie O2 osłabia i rozbija wiązania poprzeczne utrzymujące HGB w stanie T. Równowaga T↔R znajduje się pod wpływem takich czynników jak: H+, CO2, Cl-, BPG, które zwiększają ilość związanego O2 wymaganego do przejścia T→R. Po oddaniu O2 HGB wiąŜe CO2, transportując go do płuc – w ten sposób przenoszonych jest ok. 15% całkowitego CO2 transportowanego przez krew. CO2 wchodzi w reakcję z N-końcami łańcuchów HGB, dając karbaminiany: HGB-NH3+ + CO2 ↔ HGB-NH-COO- + 2 H+. Powstające w tej reakcji protony odpowiedzialne są za efekt Bohra. Zmiana ładunków N-końców HGB umoŜliwia tworzenie wiązań poprzecznych pomiędzy podjednoskami tak jak w formie nieutlenowanej. W płucach utlenowaniu HGB towarzyszy odłączenie i wydalenie CO2. CO2 docierający do krwi przekształcany jest przez anhydrazę węglanową (CA) do H2CO3, który samorzutnie dysocjuje do H+ + HCO3-. Protony wiąŜą się z HGB (Hb . 2 H+), zaś aniony wodorowęglanowe stanowią główną formę transportu CO2 przez krew. Przez efekt Bohra określa się zmniejszenie powinowactwa tlenu do HGB wraz ze spadkiem pH – dzięki temu w tkankach następuje bardziej efektywne oddawanie O2, a krzywa dysocjacji tlenowej HGB przesuwa się przez to w prawo. Zjawisko odwrotne, tj. zwiększenie oddawania CO2 pod wpływem wiązania O2 nosi nazwę efektu Haldena. Efekt Bohra jest charakterystyczny dla tetramerycznej HGB, zaleŜy bowiem od interakcji pomiędzy grupami hemowymi, czyli kooperatywności wiązania O2 – nie wykazuje go zatem MGB. Dzięki zdolności wymiany protonów z otoczeniem, HGB pełni funkcję układu buforowego krwi. Protony odpowiedzialne za efekt Bohra powstają w wyniku rozerwania wiązań poprzecznych podczas utlenowania formy T, pochodzą głównie z atomów N pierścieni imidazolowych Ckońcowych reszt His łańcuchów β (HC3; His 146). Z kolei odłączenie O2 i związane z tym tworzenie wiązań poprzecznych wymaga przyłączenia H+ do w/w miejsc. Obecność protonów w tkankach ułatwia więc tworzenie wiązań poprzecznych poprzez protonację C-końcowych reszt His łańcuchów β, a odtwarzanie tych wiązań sprzyja przejściu R→T, czyli oddawaniu O2. 2,3-bisfosfoglicerynian (BPG) powstaje w tkankach w wyniku niedoboru O2, jako modyfikacja podstawowego szlaku glikolizy. BPG wiąŜe się z HGB w stosunku stechiometrycznym 1:1, w miejscu pomiędzy podjednostkami – w centrum cząsteczki. Rozmiar tej wnęki – odległość pomiędzy helisami H łańcuchów β – odpowiada BPG jedynie w formie T. BPG tworzy wiązania poprzeczne w obrębie łańcuchów β (z N-końcem – ValNA1, Lys EF6 i His H21), przez co stabilizuje i preferuje formę T, zwiększa zatem oddawanie O2 przez HGB w tkankach. BPG o wiele słabiej działa w przypadku HbF, gdyŜ posiada ona w pozycji H21 Ser zamiast His, w związku z czym nie tworzy wiązań poprzecznych. Adaptacja organizmu do duŜych wysokości polega m. in. na zwiększeniu syntezy BPG, co zmniejsza P50, a zwiększa uwalnianie tlenu do tkanek. Stany patologiczne związane z HGB: Hemoglobinopatie – są to zaburzenia funkcji biologicznej HGB, będące następstwem mutacji genów kodujących jej łańcuchy polipeptydowe (α i β). Znanych jest kilkaset hemoglobinopatii, jednak ogromna większość występuje rzadko i ma łagodny przebieg, tak Ŝe większe znaczenie posiada zaledwie kilka z nich. HbM: His F8 → Tyr Mutacja taka powoduje stabilizację Ŝelaza hemowego w formie Fe3+, gdyŜ tworzy ono trwałe połączenie z anionem fenolanowym Tyr. Powoduje to methemoglobinemię – podobnie jak sulfonamidy lub stany obniŜenia aktywności reduktazy methemoglobiny – i związany z tym spadek zdolności HGB do wiązania i transportu O2. Przy wariantach HbM dotyczących łańcuchów α wystepuje preferencja formy T, obniŜenie powinowactwa do tlenu i zniesienie efektu Bohra; natomiast przy wariantach dotyczących łańcuchów β przejście R↔T nie zostaje zakłócone, podobnie jak efekt Bohra. HbS: Glu A2(6)β → Val Mutacja powoduje powstanie na powierzchni HGB „lepkich miejsc”, komplementarnych do odpowiednich miejsc na powierzchni nieutlenowanej HGB (zarówno A, jak i S). Komplementarność oddziałujących powierzchni powoduje polimeryzację nieutlenowanej HbS – powstają w ten sposób helikalne włókna HGB, które wytrącają się i zniekształcają erytrocyty, które przyjmują kształt sierpowaty, posiadają obniŜoną oporność hemolityczną oraz większą tendencję do agregacji i zlepiania. Objawy anemii sierpowatokrwinkowej pogłębiają się przy obniŜeniu pO2 – polimeryzuje przecieŜ forma T, czyli nieutlenowana. Barierę i zatrzymanie polimeryzacji powoduje przyłączenie

- 24

prawidłowej HbA zarówno w formie R i T, gdyŜ pomimo istnienia miejsc komplementarnych, nie posiada ona lepkich końców. Talasemie – są to choroby, których istotą jest zmniejszona synteza łańcuchów HGB (α lub β), co jest przyczyną anemii. HGB glikowana (HbA1c) – jest to HGB poddana procesowi glikacji. Glikacja jest procesem nieenzymatycznej glikozylacji białek – w tym przypadku HGB – zachodzącym w warunkach podwyŜszonego poziomu glukozy w środowisku, np. cukrzycy. Anomeryczna grupa hydroksylowa glukozy reaguje z grupą aminową Lys oraz aa N-końcowych. HbA i HbA1c moŜna rozdzielić stosując chromatografię jonowymienną lub elektroforezę. HbA1c stanowi fizjologicznie < 5 % HGB i jest proporcjonalne do średniego stęŜenia glukozy we krwi w okresie 1,5 – 3 miesięcy poprzedzających badanie (długofalowa kontrola terapii cukrzycy). Mioglobinuria jest stanem wydalania z moczem MGB pochodzącej z rozległego uszkodzenia mięśni szkieletowych (w mniejszym stopniu serca), przez co mocz ma barwę ciemnoczerwną. Stan taki moŜe prowadzić do ostrej niewydolności nerek (ONN).

- 25

ROZDZIAŁ II – STRUKTURA I FUNKCJE ENZYMÓW
1. a) Ogóle właściwości enzymów klasyfikacja i nazewnictwo

Podstawą klasyfikacji enzymów jest typ i mechanizm katalizowanej przez nie reakcji. KaŜdy enzym posiada swój kod o postaci: EC xx.xx.xx.xx, gdzie litery x oznaczają cyfry arabskie. Symbol EC zaznacza, Ŝe dalsza część kodu to numer w międzynarodowym katalogu enzymów (ang. Enzyme Commission, fr. Enzyme Catalogue). Sam numer składa się z 4 członów: pierwszy określa główną klasę, charakteryzującą typ katalizowanej reakcji; system zawiera 6 klas enzymów i katalizowanych przez nie reakcji: 1 – oksydoreduktazy – katalizują reakcje utleniania i redukcji (redox; patrz punkt III-3) 2 – transferazy – katalizują reakcje przenoszenia grup funkcyjnych 3 – hydrolazy – katalizują reakcje rozpadu pod wpływem wody (hydrolizy) 4 – liazy – katalizują reakcje rozpadu bez udziału cząsteczek wody 5 – izomerazy – katalizują reakcje zmian połoŜenia grup chemicznych z zachowaniem szkieletu 6 – ligazy – katalizują reakcje tworzenia wiązań kowalnecyjnych drugi określa podklasę, charakteryzującą zazwyczaj rodzaj wiązania lub grupy, której dotyczy reakcja trzeci określa podpodklasę, która moŜe zawierać: dokładniejszą specyfikację wiązania, grupę związków do której naleŜy substrat, nazwę donora lub akceptora czwarty wskazuje na określony enzym przez podanie nazwy substratu reakcji. Nazwa enzymu jest dwuczęściowa – część pierwsza, zakończona przyrostkiem ”-aza”, określa typ katalizowanej reakcji, druga – substrat(y) reakcji. b) centrum katalityczne Enzymy posiadają zdolność przyłączania substratów i miejscowego zwiększania ich stęŜenia, przez co przyspieszają przebieg katalizowanej reakcji. Zazwyczaj cząsteczka białka enzymatycznego jest wielokrotnie większa (nawet o kilka rzędów wielkości) od cząsteczki substratu, co sugeruje istnienie ograniczonego obszaru – centrum katalitycznego – bezpośrednio wiąŜącego substrat. Model miejsca katalitycznego wg Fishera przedstawia je jako sztywną konstrukcję, a interakcję z substratem – jako przestrzenne ułoŜenie dopasowanych do siebie geometrycznie (niczym klucz do zamka) cząsteczek. Koncepcja ta wyjaśnia specyficzność połączeń E-S, nie tłumaczy jednak dynamicznych zmian towarzyszących procesom katalitycznym. W przeciwieństwie do w/w, model indukowanego dopasowania, zaproponowany przez Koshlanda, zakłada iŜ bliskość substratu indukuje zmiany konformacyjne w cząsteczce enzymu, tak Ŝe moŜe nastąpić połączenie pasujących do siebie powierzchni. Z chemicznego punktu widzenia polega to na przyjęciu odpowiedniej konformacji przez grupy funkcyjne cząsteczki enzymu, co umoŜliwia interakcję z cząsteczką substratu i właściwą katalizę. Reszty aa znajdujące się w miejscu katalitycznym mogą być od siebie znacznie oddalone w strukturze I-rzędowej, lecz przestrzennie zbliŜone w strukturze III-rzędowej. Miejsca aktywne (katalityczne) enzymów złoŜonych z pojedynczej podjednostki są często zlokalizowane w bruzdach cząsteczki enzymu, natomiast w oligomerach znajdują się zazwyczaj przy powierzchniach między podjednostkami. Wykazano, iŜ w skład miejsca katalitycznego wchodzi wiele reszt aa, a główną rolę w katalizie odgrywają pewne określone reszty – w szczególności aa z boczną grupą sulfhydrylową (Cys) lub hydroksylową (Ser, Thr, Tyr) oraz kwaśne (Asp, Glu) i zasadowe (Lys, His, Arg), poniewaŜ ich łańcuchy boczne stanowią czynniki nukleofilowe – katalizatory kwaśne lub zasadowe bądź akceptory grupy ulegającej przeniesieniu. Wszystkie formy enzymu, katalizujące określoną reakcję (lub typ reakcji), posiadają jednakowy i uniwersalny mechanizm, występujący w całej przyrodzie. Związany jest z tym fakt, iŜ reszty aa istotne w procesie katalitycznym, jak równieŜ ich najbliŜsze otoczenie w cząsteczce enzymu, wykazują wysoką konserwatywność, zachowaną i utrwaloną w procesie ewolucji. PoniewaŜ jednak dany motyw struktury III-rz. moŜe być utworzony przez róŜne kombinacje struktur I-rz., toteŜ ta pierwsza wykazuje zdecydowanie większą konserwatywność. c) koenzymy i witaminy będące ich prekursorami

Wiele enzymów do przeprowadzenia reakcji wymaga, poza substratem, obecności dodatkowej substancji niebiałkowej, określanej jako koenzym. Wówczas samą białkową część enzymu nazywamy apoenzymem, a połączenie apoenzym z koenzymem – holoenzymem. Koenzymy zwiększają moŜliwości katalityczne enzymów

- 26

poza te wynikające z obecności grup funkcyjnych reszt aa. Koenzymy ściśle związane z enzymami określa się mianem grup prostetycznych. Obecności koenzymów wymagają generalnie enzymy katalizujące reakcje redox, przenoszenia grup, izomeryzacji i tworzenia wiązań kowalencyjnych (klasy EC 1, 2, 5 i 6), nie potrzebują ich natomiast enzymy lityczne – hydrolazy i liazy (EC 3 i 4). Często koenzym bywa rozpatrywany jako kolejny substrat reakcji – po pierwsze poniewaŜ zmienia się wraz z podstawowym substratem, po drugie – gdyŜ często to właśnie jego przemiany są fizjologicznie istotne. Prekursorami wielu koenzymów są witaminy, gł. z grupy B (por. niŜej). W zaleŜności od przenoszonej grupy, koenzymy dzieli się na: przenoszące protony: NAD(P)+, FMN, FAD, CoQ, kwas liponowy, przenoszące inne grupy: fosforany sacharydów, CoA, DPT, PLP, koenzymy folianowe, biotyna, koenzymy kobalaminowe, kwas liponowy. W tabeli poniŜej przedstawiono najwaŜniejsze koenzymy i grupy prostetyczne, witaminy będące ich prekursorami oraz przykłady zawierających je enzymów. Lp. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. nukleotydy adeninowe grupa koenzym pełna nazwa dinukleotyd nikotynamidoadeninowy fosforan dinukleotydu nikotynamidoadeninowego mononukleotyd flawinowy dinukleotyd flawinoadeninowy kwas liponowy (lipoinowy) koenzym A koenzym Q, ubichinon cytochrom biotyna witaminy przykład enzymu dehydrogenaza mleczanowa dehydrogenaza glukozo-6fosforanow dehydrogenaza NADH oksydaza αaminokwasów oksydaza αketokwasów syntetaza kwasów tłuszczowych -2 -3 odnośniki

skrót(y) NAD+, NADH NADP+, NADPH FMN FAD CoA1 CoQ b, c, c1, a, a3 -

PP

III-3

nukleotydy flawinowe cytochromy -

B2 (ryboflawina) kwas pantotenowy H

III-10 III-9 i 10, V-5 i 6 III-5 III-3, III-5

karboksylaza IV-4-b pirogronianowa dekarboksylaza 10. DPT difosfotiamina B1 (tiamina) III-10 pirogronianowa B6 transaminaza 11. PLP fosforan pirydoksalu VI-2-a (pirydoksal) alaninowa hydroksymetyloTHF, 12. tetrahydrofolian kwas foliowy transferaza VI-4-h FH4 serynowa mutaza B12 13. kobalamina metylomalonyloIV-4-b (kobalamina) CoA 1 – CoA = {P} + ryboza + adenina + 2 {P} + kwas pantotenowy + merkaptoetanoloamina kwas pantotenowy = kwas pantoinowy + β-alanina 2 – CoQ pełni funkcję przenośnika elektronów między metaloflawoproteinami a cytochromami w łańcuchu oddechowym 3 – cytochromy są przenośnikami elektronów w łańcuchu oddechowym d) swoistość działania enzymów • W przeciwieństwie do katalizatorów nieorganicznych czy prostych katalizatorów organicznych, enzymy charakteryzuje wysoka swoistość substratowa i aktywność katalityczna, będące wynikiem wykształcenia miejsc katalitycznych dostosowanych do szybkiej i selektywnej katalizy indywidualnych reakcji. Jedną z najwaŜniejszych cech enzymów jest ich zdolność do swoistej katalizy tylko jednej reakcji (ew. jednego typu reakcji), dzięki czemu szybkość procesów metabolicznych moŜe być regulowana przez modyfikacją aktywności odpowiednich enzymów (por. punkt II-4).

- 27

• • • e)

Enzymy są stereoswoistymi katalizatorami; większość substratów tworzy z nimi ≥ 3 wiązania, przez co cząsteczki symetryczne pod względem budowy chemicznej mogą nabywać cech asymetrii (por. punkt V-1-d – kwasy tłuszczowe w pozycjach 1 i 3 glicerolu). Enzymy wykazują absolutną swoistość optyczną dla przynajmniej jednej cząsteczki substratu – głównie dla form D węglowodanów i form L aa. Wyjątkiem są epimerazy – racemazy. Enzymy (poza pewnymi wyjątkami) wykazują równieŜ swoistość wobec określonego koenzymu, nawet jeśli przenoszenie danej grupy moŜe się odbywać z udziałem innego (por. wyŜej). aktywność enzymów, jednostki aktywności

Z powodu zazwyczaj bardzo małej ilości enzymów w materiale biologicznym często określa się nie ilość samego białka enzymatycznego, lecz jego aktywność katalityczną. Zakłada się przy tym, Ŝe w warunkach badania szybkość reakcji katalizowanej przez enzym zaleŜy proporcjonalnie od ilości tego enzymu. Wobec tego ilość enzymu w próbce moŜna określić na podstawie tempa ubytku substratów lub pojawiania się produktów w środowisku reakcji. Wyniki podaje się odpowiednich jednostkach: • IU – międzynarodowa jednostka aktywności enzymu, oznaczająca taką jego ilość, która przemienia 1 µmol reagentu w ciągu 1 min. • Katal (kat) – jednostka SI aktywności enzymów i innych katalizatorów, oznacza ilość konwertującą 1 mol reagentu w czasie 1 s. Związek między katalem a IU przestawia się następująco: 1 kat = 60 mln U). Katal jest zatem jednostką względnie duŜą, dlatego w praktyce uŜywa się µkat i nkat. • Liczba obrotów enzymu – ilość cząsteczek substratu, które mogą zostać przekształcone przez enzym w produkt w ciągu 1 sekundy. Zwykle wynosi ona od kilku tysięcy do kilku milionów. • Aktywność specyficzna – jest to wyraŜenie aktywności enzymu, jaką posiada jednostkowa masa białka enzymatycznego, np. 1 U/mg oznacza, Ŝe 1 mg białka posiada aktywność 1 IU. • Aktywność całkowita – jest to wyraŜenie aktywności enzymu, jaką posiada jednostkowa masa lub objętość materiału biologicznego, z którego ten enzym jest izolowany, np. 1 U/ml oznacza, Ŝe 1 ml płynu ustrojowego posiada daną aktywność enzymatyczną o wartości 1 IU. Wyjątkowo w przypadku pewnych enzymów oznacza się ich bezwzględną ilość metodami immunochemicznymi (por. punkt II-5-c – CK-MB mass). f) kompartmentacja komórkowa enzymów

Enzymy, ich substraty i koenzymy nie występują zazwyczaj jednorodnie w obrębie komórki, lecz w jej określonych przestrzeniach, zwanych kompartmentami. Rozmieszczenie to moŜna badać metodami histochemicznymi. Kompartmetacja komórki umoŜliwia wzajemną izolację jej przedziałów i zachodzenie w nich przeciwstawnych procesów biochemicznych, np. syntezy i degradacji tej samej grupy związków. Rozmieszczanie w komórce przykładowych, kluczowych dla jej funkcjonowania, enzymów: • cytoplazma: aldolaza, izomeraza fosfoheksozowa, dehydrogenza mleczanowa, aminotransferaza alaninowa, dehydrogenaza sorbitolowa, • mitochondria: enzymy cyklu Krebsa, oksydazy, dehydrogenaza glutaminianowa, aminotransferaza asparaginianowa, • ER: esterazy, reduktazy, acetylazy, GGTP, • rybosomy: enzymy syntezy białek, ceruloplazmina, cholinesteraza, • lizosomy: proteazy, fosfatazy, kolagenazy g) izoenzymy Izoenzymy (izozymy) są to fizycznie odmienne formy tej samej aktywności katalitycznej, innymi słowy – białka o odmiennej strukturze, lecz katalizujące przebieg tej samej reakcji. Poszczególne izoenzymy pojedynczej aktywności mogą występować w róŜnych kompartmentach subkomórkowych lub nawet w odmiennych typach komórek (tkankach – stąd teŜ często pochodzą ich nazwy), róŜniąc się dodatkowo powinowactwem do substratów (por. punkt IV-4-a – aldolaza A i B). Izoenzymy są produktami ekspresji blisko spokrewnionych genów. Enzymy oligomeryczne z róŜnymi protomerami mogą występować w kilku postaciach, ponadto jedna tkanka moŜe produkować jeden rodzaj protomeru, druga zaś inny. Jeśli protomery mogą łączyć się w róŜny sposób, aby utworzyć aktywny enzym, tworzą się wówczas tzw. izoenzymy rzekome danej aktywności. Określa się je jako rzekome, gdyŜ są to produkty asocjacji mniejszej liczby rodzajów protomerów. Np. dla LDH z 2 produktów translacji (posiadających odmienne mRNA) powstaje 5 izoenzymów rzekomych (patrz punkt II-5-b). Izoenzymy prawdziwe róŜnią się natomiast tym, Ŝe kaŜdy z nich jest produktem translacji innego mRNA.

- 28

Znane są izoenzymy szeregu dehydrogenaz, oksydaz, transaminaz, fosfataz i proteaz. Rozdział i identyfikacja izoenzymów określonych aktywności ma istotne znaczenie diagnostyczne (por. punkt II-5). h) izolacja enzymów Enzymy mogą być otrzymywane przez oczyszczanie z komórek Ŝywych organizmów, w których naturalnie występują, bądź metodami rekombinacji DNA – z komórek, gdzie fizjologicznie ich brak. Ze względu na szybki wzrost uŜywa się do tych celów komórek droŜdŜy i bakterii. Ponadto techniki ukierunkowanej mutagenezy pozwalają na manipulację składem aa rekombinowanego enzymu, np. w celu określenia roli strukturalno – funkcjonalnej pewnych jego regionów (czy nawet pojedynczych reszt aa). Do technik oczyszczania enzymów z materiału biologicznego zaliczamy: strącanie solami o róŜnych stęŜeniach ((NH4)2SO4, Na2SO4) lub rozpuszczalnikami (aceton, etanol), róŜnicową denaturację cieplną, denaturację spowodowaną zmianami pH, wirowanie róŜnicowe, elektroforezę, filtrację Ŝelową, chromatografię jonowymienną (jonity: A – DEAE/C, K – CMC), sączenie na sitach molekularnych oraz chromatografię powinowactwa (z uŜyciem substratów, pochodnych koenzymów lub barwników organicznych, ligandów hydrofobowych). Homogenność białka (tu – enzymu) potwierdza się techniką PAGE ± SDS lub elektroforezą dwuwymiarową. Technologii rekombinacji DNA składa się z kilku etapów: sklonowanie genu kodującego enzym → zsekwencjonowanie genu → wprowadzenie do wektorów plazmidowych lub fagowych → umieszczenie w docelowym genomie. Ostatecznie gen enzymu powinien znaleźć się pod kontrolą silnego promotora, najlepiej z moŜliwością jego kontroli przez specyficznie chemicznie induktor – wówczas podanie tego ostatniego do poŜywki wzrostowej spowoduje produkcje enzymu w ilościach wielokrotnie większych niŜ naturalnie. Technologia ta moŜe być stosowana do otrzymywania zmodyfikowanych – tzw. fuzyjnych – białek. W tym celu do oryginalnego genu dołącza się taką sekwencję, aby powstały białkowy produkt był odpowiednim ligandem dla specyficznego nośnika w chromatografii powinowactwa, po czym po rozdzieleniu usuwa się dodany fragment (tzw. domenę fuzyjną). 2. a) Mechanizmy działania enzymów typy reakcji enzymatycznych przy dwóch substratach

Choć rozwaŜania dotyczące reakcji enzymatycznych najprościej jest przedstawić i zrozumieć w sytuacji pojedynczy substrat : pojedynczy produkt, to w rzeczywistości większość reakcji obejmuje dwa lub więcej substratów i produktów. Ich liczbę określa się terminami: uni-, bi-, ter-, quad- itd., zaś rodzaj reakcji ze względu na liczbę reagentów – przez podanie terminów określających ilość substratów i produktów. Bardzo często spotykane są reakcje typu BiBi, tzn. posiadające 2 S i 2 P. Mogą one zachodzić na kilka sposobów: • reakcje ciągłe – wszystkie substraty muszą połączyć się z enzymem, aby uwolniony został produkt; inaczej określa się je jako reakcje pojedynczego zastąpienia, gdyŜ grupa ulegająca przeniesieniu przechodzi bezpośrednio z donora (substratu) na akceptor (produkt) reakcje przypadkowego przyłączenia – nie ma znaczenia, w jakiej kolejności substraty połączą się z enzymem; w ten sposób funkcjonują pewne dehydrogenazy i kinazy E + S1/2 → E-S1/2 + S2/1 → E-S1-S2 → E-P1-P2 → E-P1/2 + P2/1 → E + P 1/2 reakcje uporządkowanego (sekwencyjnego) przyłączenia – tylko jeden z substratów moŜe połączyć się z enzymem, drugi natomiast łączy się z powstałym kompleksem; przyłączenie pierwszego substratu indukuje w cząsteczce enzymu zmiany konformacyjne, umoŜliwiające przyłączenie drugiego substraty dzięki adekwatnemu ustawieniu grup aktywnych; jako przykład moŜna podać wiele oksydoreduktaz zaleŜnych od NAD(P)+ E + S1 → E-S1 + S2 → E-S1-S2 → E-P1-P2 → E-P1 + P2 → E + P1 • reakcje typu „ping-pong” – jeden lub więcej produktów uwalnia się od enzymu, zanim jeszcze zostaną przyłączone wszystkie substraty; są to inaczej reakcje podwójnego zastąpienia, poniewaŜ przenoszona grupa ulega wpierw przeniesieniu na enzym (często na koenzym), następnie odłącza się pierwszy produkt, wtedy dopiero przyłącza się drugi substrat i po dołączeniu doń przenoszonej grupy powstaje i uwalniany jest drugi produkt; taki mechanizm występuje m. in. w transaminazach i chymotrypsynie E + S1 → E-S1 → E*-P1 → E* + P1 → E* + S2 → E*-S2 → E-P2 → E + P2 b) mechanizm działania chymotrypsyny Chymotrypsyna (CT) jest dobrym przykładem enzymu do opisania ogólnych cech katalizy enzymatycznej, poniewaŜ cechuje się stosunkowo prostą budową, a takŜe nie wymaga obecności koenzymu, grupy prostetycznej ani atomu metalu.

- 29

Chymotrypsyna katalizuje hydrolizę wiązań peptydowych, w których część karboksylowa pochodzi od aa aromatycznego (Phe, Tyr, Trp) bądź posiadającego duŜy niepolarny łańcuch boczny (Met). Ponadto katalizuje hydrolizę niektórych estrów, co nie ma wprawdzie znaczenia biologicznego, lecz pozwala na prowadzenie nad nią badań. UŜywanym w eksperymentach substratem jest octan p-nitrofenylu (PNPA), hydrolizowany przez CT do kwasu octowego i p-nitrofenolu – ten drugi w zasadowym pH dysocjuje do anionu p-nitrofenolanowego, którego poziom moŜe być oznaczany kolorymetrycznie. Uwalnianie anionu p-nitrofenolanowego jest dwufazowe – najpierw ma miejsce faza szybka, a następnie powolna, co jest konsekwencją mechanizmu katalizy. W pierwszym etapie CT łączy się z PNPA w kompleks, z którego jako pierwszy odłącza się anion PNP-, zaś reszta octanowa pozostaje związana z enzymem. Oba te etapy zachodzą stosunkowo szybko, natomiast hydroliza kompleksu CT-Ac przebiega o wiele wolniej. Szybka faza uwalniania PNP- odpowiada więc przekształceniu całej dostępnej CT w kompleks CT-Ac z równoczesnym maksymalnym uwolnieniem PNP-, natomiast faza wolna zaleŜy od powolnego rozpadu kompleksu CT-Ac – regeneracji wolnej CT, która odzyskuje zdolność reagowania z PNPA. Szybkość reakcji w pierwszej fazie jest uwarunkowana i proporcjonalna do liczby moli CT w momencie rozpoczęcia reakcji. Główną rolę w omawianej katalizie odgrywa reszta Ser 195 – z nią właśnie połączona jest grupa acetylowa w kompleksie CT-Ac. ChociaŜ CT zawiera aŜ 28 reszt Ser, to jedynie ta w pozycji 195 cechuje się tak wysoką reaktywnością i szczególną funkcją. Świadczy o tym m. in. wynik reakcji z diizopropylofluorofosforanem (DIPP) – reszt Ser 195 zostaje wówczas zablokowana, co pozbawia całą cząsteczkę CT aktywności enzymatycznej. Ze względu na szczególną rolę właśnie reszty Ser w katalizie, CT zaliczana jest do grupy proteaz serynowych. W reakcji o której mowa szczególne znaczenie mają 3 reszty aa, znajdujące się we wzajemnej bliskości w sensie przestrzennym, choć zajmują odległe pozycje w strukturze I-rz. Są to: Asp 102, His 57 i wspomniana Ser 195. Znajdują się one w otoczeniu niepolarnego wnętrza cząsteczki CT. Podczas reakcji Ser 195 ulega acetylacji: zbliŜenie Ac- do grupy hydroksylowej Ser 195 powoduje przeniesienie protonu z Ser 195, poprzez His 57 na Asp 102 – przejście to zwiększa aktywność atomu tlenu grupy hydroksylowej Ser, co konsekwentnie zwiększa szybkość reakcji. Z kolei podczas rozpadu CT-Ac protony przekazywane są w przeciwnym kierunku, co pozwala na uwolnienie Ac- i odtworzenie pierwotnej postaci Ser 195. Podobna sekwencja zdarzeń zachodzi podczas hydrolizy peptydów, stanowiących fizjologiczny substrat CT – patrz poniŜszy rysunek.

Chymomypsyna, podobnie jak wiele innych enzymów, syntetyzowana jest w postaci nieaktywnego prekursora (proenzymu, zymogenu). Przekształcenie do formy aktywnej następuje przez kilkustopniową proteolizę, w trakcie której powstaje miejsce katalityczne oraz układ przekazywania protonu (por. punkt VI-1-a).

- 30

c)

mechanizm działania fruktozo-2,6-bisfosfatazy

W przypadku fruktozo-2,6-bisfosfatazy (grupa fosfohydrolaz) występuje nieco bardziej skomplikowany układ. Miejsce katalityczne obejmuje tu 7 reszt aa – triada katalityczna składa się z: His 258, His 392 i Glu 327, natomiast zasadowe (dodatnio naładowane) reszty Arg 257, Arg 307, Arg 352 i Lys 356 stabilizują ujemnie naładowany substrat. Etapy katalizy: • Poczwórny ujemny ładunek związanego substratu stabilizowany jest przez oddziaływania elektrostatyczne z czterem dodatnio naładowanymi w/w resztami aa. Reszta Glu 327 stabilizuje dodatni ładunek reszty His 392. • Nukleofilowa reszta His 392 atakuje wiązanie C2-{P} – reszta fosforanowa zostaje przeniesiona na His 258, fosforylując enzym oraz powstaje fruktozo-6-fosforan. • Cząsteczka H2O, z pomocą Glu 327, przeprowadza nukleofilowy atak, rozbijając wiązanie pomiędzy resztą fosforanową a enzymem, w wyniku czego uwalnia się fosforan nieorganiczny (Pi), oddziałujący elektrostatycznie z Arg 257 i Arg 307, a ostatecznie uwalniany. d) mechanizm działania transaminaz Transaminazy (aminotransferazy = AT) to enzymy katalizujące przeniesienie grup α-aminowych aa na grupy α-ketonowe α-ketokwasów (pirogronowego, szczawiooctowego lub α-ketoglutarowego). Reakcja katalizowana przez AT ma charakter ping-pong, podobnie jak wiele innych reakcji przebiegających z udziałem enzymu zawierającego koenzym (w tym konkretnym przypadku jest to PLP). Dokładny mechanizm – patrz punkt VI-2-a. e) kataliza kwasowo – zasadowa (k-z)

Gdy substrat zwiąŜe się z miejscem katalitycznym, naładowane lub zdolne do naładowania grupy funkcyjne łańcuchów bocznych aa znajdujących się blisko substratu mogą brać udział w katalizie, działając jako katalizatory kwasowo – zasadowe. RozróŜnia się katalizę k-z swoistą i ogólną; róŜnią się one m. in. kolejnością przebiegu szybkiego i powolnego etapu reakcji: • Swoista kataliza enzymatyczna k-z cechuje się zaleŜnością szybkości reakcji od stęŜenia H+, a brakiem zaleŜności od stęŜenia innych kwasów lub zasad w roztworze. JeŜeli przy stałym stęŜeniu buforu szybkość reakcji zmienia się wraz ze zmianą pH, to jest to reakcja swoiście katalizowana przez kwas (pH < 7) lub zasadę (pH > 7). Równanie opisujące szybkość reakcji swoistej katalizy k-z zawiera wyłącznie wartości stęŜenia substratu oraz – odpowiednio – [H+] lub [OH-]. • Ogólna kataliza enzymatyczna k-z cechuje się zaleŜnością szybkości reakcji od stęŜeń wszystkich kwasów i zasad w roztworze. JeŜeli przy stałym pH szybkość reakcji zmienia się wraz ze zmianą stęŜenia buforu, to jest to ogólna kataliza kwasowa (pH < 7) lub zasadowa (pH > 7). f) enzymy wymagające atomów metali

Wiele (ok. 25 %) enzymów zawiera związany atom metalu, niezbędny do ich aktywności. WyróŜniamy dwa rodzaje połączeń enzymu z metalem: • metaloenzymy – zawierają określoną liczbę funkcyjnych atomów metalu, nie usuwanych w procesie oczyszczania, • enzymy aktywowane przez metale – słabiej wiąŜą atomy metalu. Jednak bez względu na powinowactwo metalu i enzymu, atomy metali pełnią podobne funkcje. W katalizie enzymatycznej funkcjonują trójskładnikowe kompleksy miejsce katalityczne – metal – substrat, które mogą być połączone w róŜnoraki sposób: • liniowo z mostkiem przez substrat (E-S-M) – w wyniku wyparcia cząsteczki wody ze strefy koordynacyjnej metalu przez substrat moŜe dojść do połączenia z enzymem; w przenoszeniu reszty fosforanowej metal pełni rolę aktywatora atomu fosforu (tego rodzaju połączenia tworzy m. in. większość kinaz) z mostkiem przez enzym (M-E-S) – metal odgrywa rolę strukturalną: utrzymuje aktywną konformację (np. syntetaza Glu) lub tworzy mostek z substratem (np. kinaza pirogronianowa – tu teŜ dodatkowo aktywuje jeden z substratów) z mostkiem przez metal (E-M-S) – np. transfosfatazy pirogronianu i PEP, inne enzymy działające na PEP, karboksylazy • cyklicznie przez metal (-E-M-S-) Enzymy aktywowane przez metale tworzą kompleksy wszystkich czterech w/w typów, natomiast metaloenzymy – wszystkie z wyjątkiem E-S-M, gdyŜ juŜ wyjściowo obecny jest silnie zespolony kompleks

- 31

enzymu z metalem, który nie moŜe być rozdzielony przez substrat. Dany enzym moŜe tworzyć róŜne typy kompleksów, w zaleŜności od substratu. W wielu białkach resztą aa wiąŜącą metal jest His, np. karboksypeptydaza A, fosfataza zasadowa (ALP), kinaza białkowa C (PKC), rubredoksyna, hemoproteiny. Metale mogą pełnić bardzo róŜnorodne funkcje w katalizie oraz brać udział we wszystkich mechanizmach zwiększania szybkości reakcji, tj.: ogólnej katalizie kwasowo – zasadowej, katalizie kowalencyjnej, zbliŜeniu reagujących cząstek oraz indukcji zmian strukturalnym w obrębie enzymu lub substratu. Do najczęściej związanych z katalizą metali naleŜą: Ŝelazo, magnez, kobalt (w postaci kobalaminy) oraz mangan. Zwłaszcza Ŝelazo i mangan mogą występować na róŜnych stopniach utlenienia i brać udział w katalizie reakcji redox; zazwyczaj występują wówczas w specyficznych grupach prostetycznych, jak np. hem (patrz punkt I-3-e) czy centra Ŝelazo-siarkowe (patrz punkt III-5). Odnośnie róŜnorodnej funkcji atomów metali w katalizie – mogą one: uczestniczyć w tworzeniu pary elektronowej wiązania σ, gromadzić i zbliŜać substraty, słuŜyć jako trójwymiarowa matryca do ustawiania grup zasadowych enzymu lub substratów w określonej pozycji, aktywować grupy elektro- lub nukleofilowe (ogólna kataliza k-z), same funkcjonować jako nukleofile, maskować grupy nukleofilowe i przez to kierować reakcję na właściwy tor, indukować zmiany konformacyjne w obrębie enzymu lub substratu. 3. Kinetyka reakcji enzymatycznych

Wiele informacji dotyczących kinetyki reakcji katalizowanych przez enzymy jest prawdziwych i wywodzi się z zasad kinetyki reakcji nieenzymatycznych, dlatego najpierw przypomniane i omówione zostaną ogólne reguły kinetyki chemicznej, a następnie pewne wyjątkowe i charakterystyczne dla przemian z udziałem enzymów. a) ogólne zasady kinetyki reakcji chemicznych

Reakcje chemiczne moŜemy ogólnie podzielić na nieodwracalne i odwracalne. Do pierwszej grupy zaliczymy te, podczas których w środowisku powstają wyłącznie produkty. Przyjmuje się, Ŝe tego typu reakcje zachodzą do końca. Jako przykład podać moŜna reakcje zobojętniania oraz te, w wyniku których wytrąca się nierozpuszczalny osad, wydziela się gaz lub powstaje słaby elektrolit. Reakcje odwracalne to takie, podczas których gromadzące się w środowisku produkty reagują ze sobą i odtwarzają substraty. W środowisku reakcji oprócz produktów występują nieprzereagowane substraty. Reakcje tego typu nie zachodzą do końca. Jako przykład podać moŜna dysocjację słabych elektrolitów lub hydrolizę soli. Większość obserwowanych w przyrodzie reakcji naleŜy do grupy odwracalnych. Oznacza to, iŜ mówimy w ich przypadku o występowaniu pewnego stanu równowagi. Ogólnie pod pojęciem równowagi rozumiemy ustalony stan jakiegoś zjawiska. WyróŜniamy równowagę statyczną i dynamiczną. Pierwsza występuje w sytuacji, gdy Ŝadne procesy w środowisku nie zachodzą, a stęŜenia reagentów nie zmieniają się w czasie. Równowaga dynamiczna to stan, w którym przemiany chemiczne co prawda zachodzą, jednak tyle samo substratów przechodzi w produkty co produktów w substraty. W stanie równowagi dynamicznej szybkość danej reakcji oraz reakcji do niej odwrotnej są sobie równe, a stęŜenia reagentów ustalają się na stały poziomie. Procesy biologiczne występują w stanie równowagi dynamicznej – wciąŜ istnieje konkurencja przemiany danej i do niej odwrotnej, miedzy którymi ustala się dynamiczna równowaga. Jak wspomniano, reakcje odwracalne mogą teoretycznie przebiegać w dwie strony. O tym zaś, w którą stronę reakcja rzeczywiście przebiega, decyduje wartość wielości zwanej energią swobodną (G) danej reakcji. Innymi słowy energia swobodna określa samorzutność przebiegu oraz stan równowagi reakcji. Energia swobodna jest funkcja stanu, co oznacza, iŜ nie zaleŜy ona od sposobu, w jaki przemiana zachodzi, lecz jedynie od początkowego i końcowego stanu układu. Oznacza to tym samym, iŜ nie zaleŜy ona od ilości i jakości występujących w przebiegu reakcji stanów pośrednich, co będzie miało istotne znaczenie przy katalizie enzymatycznej. Energia swobodna powiązana jest z innymi funkcjami stanu charakteryzującymi reakcję chemiczną, tj. z entalpią i entropią. • Entalpią reakcji (H) nazywamy jej efekt cieplny, zachodzący pod stałym ciśnieniem. Na podstawie I zasady termodynamiki wyraŜa się ona następująco: ∆H=∆U+p∆V, gdzie ∆U oznacza zmianę energii wewnętrznej, p∆V zaś pracę objętościową (zmiana ilości gazu o 1 mol jest równoznaczna z wykonaniem pracy ok. 2,6 kJ). Pojęcie entalpii tłumaczy zachodzenie procesów ezgoergicznych. • Z kolei entropia (S) jest miarą rozkładu energii w układzie. Wszystkie układy dąŜą do zapewnienia moŜliwie największej róŜnorodności sposobów podziału energii między drobiny oraz poszczególne rodzaje form jej gromadzenia. Pojęcie entropii tłumaczy zachodzenie procesów endoergicznych, zachodzenie reakcji w układach izolowanych oraz samorzutne mieszanie się gazów.

- 32

Zmiany funkcji stanu w wyniku przebiegu reakcji chemicznej łączy ze sobą równanie GibbsaHelmholtza: ∆G=∆H-T∆S. Układy biologiczne dąŜą do zmniejszenia energii wewnętrznej (∆H<0) oraz wzrostu wewnętrznego nieuporządkowania (∆S>0), co w efekcie daje ∆G<0 – stan taki oznacza reakcję samorzutną. Przez analogię ∆G=0 oznacza ustalenie się stanu równowagi w układzie, zaś 4G>0 – zachodzenie reakcji wymuszonej. Wartości i znaki funkcji stanu opisują samorzutność reakcji, nie mówią jednak nic o szybkości jej przebiegu. Miarą szybkości reakcji jest szybkość pojawiania się produktów i jednoczesnego ubytku substratów w środowisku: v=dc/dt. Szybkość zaleŜy od początkowego stęŜenia substratu: v~c0. Po wprowadzeniu współczynnika proporcjonalności: v=kc0 (współczynnik k nazywamy stałą szybkości reakcji). Z porównania powyŜszych zaleŜności wynika, iŜ szybkość reakcji maleje wykładniczo – jest największa na początku i stopniowo, zrównując się z szybkością reakcji odwrotnej, co ma miejsce w chwili osiągnięcia stanu równowagi. Dla większej ilości reagentów wyraŜenia opisujące szybkość reakcji powiększają się o iloczyn odpowiednich stęŜeń: A↔B v = k[A] A+A↔B v = k[A][A]=k[A]2 aA↔B v = k[A]a Ogólnie dla modelowej reakcji odwracalnej: aA + bB ↔ cC + dD wyraŜenia opisujące szybkości reakcji przyjmują postać: v1=k1[A]a[B]b i v2=k2[C]c[D]d. PoniewaŜ w stanie równowagi szybkość reakcji danej i przeciwnej jest równa (v1=v2), zatem: k1/k2 = [C]c[D]d/[A]a[B]b = const. Wynik tego przekształcenia interpretuje prawo działania mas Guldberga-Waagego: w stanie równowagi chemicznej iloczyn stęŜeń (ciśnień) reagentów w wykładnikach potęgowych ich współczynników stechiometrycznych jest wielkością stałą dla danej reakcji i w określonej temperaturze i nazywaną stałą równowagi reakcji (stęŜeniową – Kc lub ciśnieniową – Kp, przy czym w praktyce częściej posługujemy się tą pierwszą). Pomiędzy stałymi równowagi tej samej reakcji zachodzi zaleŜność: Kp=Kc(RT)∆n, gdzie: R – stała gazowa, T – temperatura bezwzględna, ∆n – przyrost liczby moli produktów gazowych w czasie reakcji. Stała równowagi jest wielkością chemiczną charakteryzującą ilościowo stan równowagi dynamicznej reakcji odwracalnej. Jej wielkość nie zaleŜy od stęŜeń reagentów, a jedynie od temperatury, zmieniając się w sposób zaleŜny od efektu energetycznego reakcji. Energia swobodna reakcji związana jest z jej stałą równowagi zaleŜnością: ∆G = -RTlnKc. JeŜeli więc reakcja jest samorzutna, czyli ∆G<0, to Kc >1 – równowaga przesunięta jest w stronę produktów. Analogicznie dla ∆G=0 Kc=1, zaś dla ∆G>0 Kc<1, czyli równowaga przesunięta jest w stronę substratów (reakcja przebiega odwrotnie). PowyŜsze równanie jest uniwersalne; w przypadku układów redox pozwala ono na wyprowadzenie równania Nernsta. b) kinetyka katalizy enzymatycznej; czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznej Udział enzymów w reakcji chemicznej dostarcza jej alternatywnych stanów pośrednich. Inaczej mówiąc enzymy obniŜają barierę energetyczną reakcji. Nie wpływają one jednak na energię swobodną, która zaleŜy przecieŜ tylko od stanu początkowego i końcowego. Enzymy, ani teŜ inne katalizatory, nie są w stanie wpłynąć na kierunek ani zmienić stałej równowagi reakcji. Widać to wyraźnie po rozpisaniu równań na stałe równowagi: bez enzymu: A + B ↔ C + D, Kc1=[C][D]/[A][B], z enzymem: A + B + Enz ↔ ... ↔ C + D + Enz, Kc2=[C][D][Enz]/[A][B][Enz]=[C][D]/[A][B]=Kc1. Szybkość reakcji katalizowanej enzymatycznie zaleŜna jest od wielu czynników. NaleŜą do nich: temperatura, odczyn środowiska (pH), stęŜenie enzymu, stęŜenie substratu oraz brak lub obecność inhibitorów. • Wraz ze wzrostem temperatury wzrasta szybkość reakcji katalizowanej enzymatycznie, ale tylko w ściśle ograniczonym zakresie temperatury. Szybkość reakcji początkowo się zwiększa, wraz ze wzrostem temperatury, z powodu zwiększania energii kinetycznych reagujących cząsteczek. Ostatecznie energia kinetyczna enzymu przekracza jednak barierę energetyczną słabych wiązań wodorowych i hydrofobowych, które utrzymują jego strukturę II- i III-rzędową. W tej temperaturze denaturacji dominuje towarzysząca strąceniu białka utrata aktywności katalitycznej enzymu. Zakres temperatury, w którym enzym utrzymuje stabilną katalitycznie kompetentną konformację zaleŜy zazwyczaj od temperatury komórek, w których występuje i umiarkowanie ją przekracza. Enzymy organizmu ludzkiego, którego temperatura wynosi ok. 37oC, zachowują zazwyczaj stabilność do temperatury 45-55oC. • Gdy aktywność enzymu zmierzy się w kilku wartościach pH, obserwuje się, Ŝe optymalna aktywność mieści się na ogół między wartościami pH 5-9, niemniej kilka enzymów, np. pepsyna, jest aktywnych przy wartościach pH wyraźnie wykraczających poza ten zakres. Kształt krzywych wyraŜających zaleŜność aktywności od pH określają czynniki takie jak: denaturacja enzymu przy małych i duŜych

- 33

wartościach pH oraz zmiany ładunku enzymu i / lub substratów. W przypadku enzymu odczyn moŜe wpływać na jego aktywność przez zmianę struktury lub przez zmianę ładunku reszty aa, biorącej udział w przyłączeniu substratu lub w katalizie. Aby to zilustrować naleŜy wziąć od uwagę ujemnie naładowany enzym E- reagujący z dodatnio naładowanym substratem SH+: E- + SH+ → ESH. Przy niskim pH enzym dąŜy do przyłączenia protonu i traci swój ładunek ujemny: E- + H+ → EH. Przy wysokim pH substrat jonizuje i traci swój ładunek dodatni: SH+ → S + H+. PoniewaŜ jedynymi formami, które mogą wchodzić w interakcje są SH+ i E-, krańcowe wartości pH będą zmniejszały skutecznie stęŜenie E- i SH+, zmniejszając w ten sposób szybkość reakcji. Szybkość początkowa jest proporcjonalna do stęŜenia enzymu. Szybkość początkowa reakcji jest to szybkość mierzona przed utworzeniem dostatecznej ilości produktu, pozwalającej na zachodzenie reakcji odwrotnej. Szybkość początkowa reakcji katalizowanej przez enzym jest zawsze proporcjonalna do stęŜenia enzymu. NaleŜy jednak podkreślić, iŜ stwierdzenie to odnosi się tylko do szybkości początkowej. wpływ stęŜenia substratu na szybkość reakcji

c)

JeŜeli zwiększa się stęŜenie substratu ([S]), a wszystkie inne warunki pozostają niezmienione, to mierzona szybkość początkowa v zwiększa się do wartości maksymalnej vm i nie przekracza jej. Szybkość reakcji zwiększa się wraz ze zwiększaniem stęŜenia substratu aŜ do momentu, gdy enzym jest nasycony substratem. Mierzona szybkość początkowa osiągnie wartość maksymalną i nie ma na nią wpływu dalsze zwiększanie substratu, poniewaŜ substrat występuje w duŜym nadmiarze molowym w stosunku do enzymu. StęŜenie substratu, które powoduje osiągnięcie połowy szybkości maksymalnej, zwane jest stałą Michaelisa (Km). MoŜna ją oznaczyć doświadczalnie przez graficzne przedstawienie zaleŜności V od [S] (rysunek poniŜej). Km ma wymiar stęŜenia molowego.

PowyŜsza krzywa jest wykresem tzw. równania Michaelisa-Menten, które ma postać:

Opisuje ono zachowanie się wielu enzymów przy zmieniającym się stęŜeniu substratu. Na jego podstawie zaleŜność początkowej szybkości reakcji katalizowanej przez enzym od [S] i od Km moŜna przedstawić następująco: • gdy [S] « Km – dodanie [S] do Km w mianowniku zmienia bardzo niewiele jego wartość, tak Ŝe wyraŜenie [S] moŜna w mianowniku pominąć; poniewaŜ vm i Km są stałe, moŜna ich stosunek zastąpić nową stała K:

Innymi słowy, jeŜeli stęŜenie substratu jest znacznie mniejsze od tego, które jest wymagane do uzyskania połowy szybkości maksymalnej, to szybkość początkowa zaleŜy od stęŜenia substratu.

- 34

gdy [S] = Km:

Oznacza to, iŜ jeŜeli stęŜenie substratu jest równe wartości Km, to szybkość początkowa równa się połowie szybkości maksymalnej. Wskazuje to takŜe jak oznaczyć Km, a mianowicie trzeba określić doświadczalnie stęŜenie substratu, przy którym początkowa szybkość stanowi połowę wartości maksymalnej. • gdy [S] » Km – dodanie Km do [S] w mianowniku zmienia jego wartość bardzo niewiele, tak Ŝe wyraŜenie Km moŜna w mianowniku pominąć:

Oznacza to, Ŝe jeŜeli stęŜenie substratu znacznie przewyŜsza wartość Km, to szybkość początkowa jest szybkością maksymalną. Bezpośredni pomiar liczbowej wartości vm i obliczenie Km często wymaga trudnych do uzyskania w praktyce wysokich stęŜeń substratu, aby w laboratorium osiągnąć warunki nasycenia. Aby ominąć tę przeszkodę, stosuje się liniową formę równania Michaelisa-Menten, która pozwala łatwo ekstrapolować vm i Km z szybkości reakcji mierzonych przy mniejszych niŜ nasycające stęŜeniach substratu. Równanie M-M przekształcić moŜna następująco:

Jest to równanie prostej y=ax+b, gdzie y=1/v, zaś x=1/[S]. JeŜeli y lub 1/v jest wykreślony jako funkcja x lub 1/[S], to b=1/vm na osi y, a kąt nachylenia a=Km/vm. Ujemny odcinek na osi x moŜna określić przez przyjęcie y=0. Wtedy: x=-b/a=-1/Km.

Wykres taki nazywamy wykresem podwójnych odwrotności lub wykresem Lineweavera-Burka. Z jego pomocą moŜna określić Km wykorzystując albo nachylenie krzywej i odcinek na osi y albo odcinek na ujemnej części osi x. Technika podwójnych odwrotności wymaga stosunkowo niewielu punktów dla określenia Km i jest metodą najczęściej uŜywaną do wyznaczania Km. Innym podejściem do doświadczalnego wyznaczenia Km i vm jest podejście Eadie i Hofstee. Równanie M-M moŜe być przekształcone w następujący sposób:

Aby wyznaczyć Km i vm, wykreśla się v/[S] (oś y) wobec v (oś x). Miejsce przecięcia osi y wyznacza wówczas vm/Km, a miejsce przecięcia osi x – vm. Nachylenie wynosi –1/Km.

- 35

d) zjawisko kooperatywności Pewne enzymy i inne białka przyłączające ligandy, takie jak hemoglobina, nie działają zgodnie z klasyczną kinetyką nasycenia M-M. JeŜeli prędkość wykreśli się względem stęŜenia substratu, to krzywa nasycenia ma kształt sigmoidalny (jak rozciągnięta litera S) – rysunek niŜej.

Ogólnie wskazuje to na kooperatywne przyłączenie substratu do licznych miejsc. Przyłączenie w jednym miejscu wpływa na przyłączenie w innych miejscach. W przypadku sigmoidalnej kinetyki nasycenia enzymu substratem omówione powyŜej metody graficznej oceny stęŜenia substratu, które powoduje osiągnięcie połowy szybkości maksymalnej, są bezuŜyteczne z powodu braku linii prostych. Aby ocenić taką kinetykę nasycenia, moŜna wykorzystać graficzne przedstawienie równania Hilla – wyprowadzonego pierwotnie, aby opisać kooperatywne przyłączenie O2 do Hb. W formie linii prostej ma ono postać następującą:

, gdzie k jest stała złoŜoną. Z równania wynika, Ŝe gdy [S] « k, to szybkość reakcji zwiększa się jak n-ta potęga [S]. Na kolejnym rysunku przedstawiono wykres Hilla danych kinetycznych dla enzymu z kinetyką wiązania kooperatywnego. Wykres v / (vm – v) względem log [S] daje linię prostą o nachyleniu n, gdzie n jest parametrem empirycznym, którego wartość zaleŜy od liczby miejsc wiąŜących substrat oraz liczby i typu interakcji między nimi. Gdy n=1, miejsca wiązania działają niezaleŜnie jedno od drugiego. JeŜeli n>1, to miejsca są kooperatywne i przy większej wartości n kooperatywność jest silniejsza, a wówczas kinetyki nasycenia są bardziej sigmoidalne. JeŜeli n<1, wówczas miejsca wykazują negatywna kooperatywność. W połowie szybkości maksymalnej: v=vm/2, więc: v / (vm – v) = 1, czyli: log v / (vm-v) = 0. Aby zatem wyznaczyć S50 (stęŜenie substratu, przy którym szybkość reakcji osiąga połowę szybkości maksymalnej) naleŜy wykreślić linię prostopadłą do osi x z punktu, w którym log v / (vm – v) = 0.

e)

inhibicja odwracalna i nieodwracalna

Do czynników modyfikujących szybkość zachodzenia reakcji enzymatycznej naleŜy równieŜ obecność inhibitora. Inhibitory dzielimy ze względu na to, czy hamowanie ustępuje czy nie w wyniku zwiększenia stęŜenia substratu, na kompetycyjne i niekompetycyjne. Podział ten jest o tyle utrudniony, o ile wiele inhibitorów nie wykazuje idealnych właściwości czysto nie- lub kompetycyjnych. Innym sposobem klasyfikowania inhibitorów jest podział według ich miejsca działania. Niektóre z nich wiąŜą się z enzymem w

- 36

tym samym miejscu co substrat (miejsca katalityczne), inne zaś łączą się z dla od miejsca katalitycznego (miejsca allosteryczne). Klasyczne hamowanie kompetencyjne zachodzi w miejscu wiązania substratu (katalitycznym). Chemiczna struktura inhibitora, analogu substratu (I), ogólnie przypomina budowę substratu. Łączy się on zatem odwracalnie z enzymem, tworząc kompleks enzym-inhibitor (EI), a nie kompleks ES. Gdy jest obecny zarówno substrat, jak i ten typ inhibitora, wówczas współzawodniczą one ze sobą o te same miejsca wiązania w enzymie. Klasycznym przypadkiem hamowania kompetycyjnego jest para malonian (I) i bursztynian (S) w stosunku do dehydrogenazy busztynianowej. Enzym ten katalizuje tworzenie fumaranu przez usunięcie po jednym atomie wodoru z kaŜdego atomu α-węgla bursztynianu. Malonian moŜe łączyć się z dehydrogenazą, tworząc kompleks EI. Nie moŜe on ulec odwodornieniu, gdyŜ nie ma Ŝadnego sposobu, aby usunąć nawet jeden atom wodoru z pojedynczego atomu węgla α bez utworzenia pięciowartościowego atomu węgla. Jedyną reakcją, której moŜe podlegać kompleks EI jest powtórny rozpad na wolny enzym i inhibitor. Dla reakcji rozpadu określić moŜna równowagi Ki=[E][I]/[EI]. Inhibitory kompetycyjne nie zmieniają szybkości reakcji enzymatycznej, wpływają natomiast na stałą Km. Wykresy L-B dla tej samej reakcji bez inhibitora oraz z inhibitorem kompetycyjnym będą przecinały oś y w tym samym miejscu, róŜny natomiast będzie odcinek po ujemnej stronie osi x. To ostatnie ma wartość: 1/x=Km(1+[I]/Ki), gdzie Ki jest obliczoną wcześniej stałą szybkości hamowanej reakcji.

W hamowaniu niekompetycyjnym nie występuje konkurencja między S a I. Inhibitor zazwyczaj nie wykazuje Ŝadnego albo małe podobieństwo wobec substratu i moŜna przyjąć, Ŝe wiąŜe się z inna domeną enzymu. Odwracalne niekompetycyjne inhibitory zmniejszają szybkość maksymalną, osiągalną przy danej ilości enzymu, ale zazwyczaj nie wpływają na Km. PoniewaŜ I i S mogą się łączyć w róŜnych miejscach, jest moŜliwe tworzenie zarówno kompleksów EI, jak i EIS. PoniewaŜ EIS moŜe się rozpaść, tworząc produkt z mniejszą szybkością niŜ ES, reakcja moŜe być spowolniona, ale nie zatrzymana. Wykresy L-B dla tej samej reakcji bez inhibitora oraz z inhibitorem niekompetycyjnym będą miały taki sam odcinek po ujemnej stronie osi x, natomiast będą przecinały oś y w róŜnych miejscach – zaleŜnie od powinowactwa S względem E oraz EI.

Aktywność enzymatyczną całkowicie blokują działające na enzymy „trucizny”, np. jodoacetamid, jony metali cięŜkich (Ag+, Hg2+), czynniki utleniające itd. Te inhibitory zazwyczaj powodują chemiczną modyfikację aminokwasów w enzymie, co odgrywa istotną rolę w katalizie. Proces ten nie jest łatwo odwracalny ani poprzez usunięcie pozostałości wolnego inhibitora, ani przez wzrost stęŜenia substratu. Inhibitory takie często nie wykazują strukturalnego podobieństwa do substratu. Niemniej, kiedy miejsce ataku chemicznego znajduje się w obrębie miejsca katalitycznego, obecność substratu lub produktu często wywiera ochronny wpływ przez blokowanie lub spowalnianie dostępu inhibitora do odpowiedniego aminokwasu.

- 37

4.

Regulacja aktywności enzymów

Aktywność katalityczna enzymu zaleŜy od dwóch czynników, tj. od ilości tego enzymu oraz od jego sprawności katalitycznej. a) Ilość enzymu determinowana jest równowagą pomiędzy jego syntezą a rozkładem. Oba te procesy zachodzą róŜnymi drogami oraz podlegają odmiennej i niezaleŜnej regulacji (por. dalej). Modyfikacja syntezy i/lub degradacji jest powolną metodą regulacji, ze względu na złoŜoność i wieloetapowość procesu syntezy białka. Synteza enzymu jest reakcją na obecność swoistych drobnocząsteczkowych induktorów – na ogół, choć nie zawsze, są to substraty enzymów podlegających indukcji, mogą to być równieŜ związki przypominające budową substrat – tzw. induktory gratisowe. Enzymy podlegające tej formie kontroli określa się jako indukowalne, zaś te posiadające stałą i niezmienną aktywność – jako konstytucyjne. Jeden enzym (aktywność katalityczna) moŜe posiadać zarówno izoenzymy indukowalne, jak i konstytutywne. Do grupy enzymów indukowalnych naleŜą m. in.: 2,3-dioksygenaza tryptofanowa, dehydrataza treoninowa, transaminaza tyrozyna : α-ketoglutaran, β-D-fruktofuranozydaza, enzymy cyklu mocznikowego, reduktaza HMG-CoA, cytochrom P450 (CYP), syntaza tlenku azotu – izoenzym i (iNOS). Synteza enzymów moŜe być hamowana – ulegać represji – przez obecność w środowisku reakcji jej produktu. Zarówno indukcja, jak i represja, przebiega przy udziale elementów cis, tj. specyficznych sekwencji DNA obecnych po stronie 5’ genu kodującego dany enzym oraz białek regulujących, tj. czynników trans. Ponadto określone metabolity mogą stanowić korepresory lub koinduktory, które przez wiązanie a czynnikami trans mogą modulować ich oddziaływanie z elementami cis. DuŜe wewnątrzkomórkowe stęŜenie niektórych metabolitów (np. aa, zasady azotowe) blokuje syntezę elementów biorących udział w ich własnej biosyntezie. Po obniŜeniu tego stęŜenia enzym powraca do pierwotnej aktywności – ulega odblokowaniu, czyli derepresji. PowyŜszy mechanizm odnosi się do represji na zasadzie sprzęŜenia zwrotnego za pomocą produktu (por. operon tryptofanowy u bakterii). Innym modelem regulacji jest represja za pomocą katabolitu, polegająca na represji syntezy enzymów katalizujących reakcje kataboliczne pod wpływem związków pośrednich, powstających w tych reakcjach (por. operon galaktozowy u bakterii). Degradacja enzymów, podobnie jak synteza, jest swoiście regulowana – wraŜliwość białek enzymatycznych na proteolizę zaleŜy m. in. od obecności substratów, koenzymów lub jonów metali. Np. synteza arginazy nasila się po spoŜyciu posiłku, a degradacja maleje w trakcie głodzenia (wypadkowo ilość enzymu rośnie w obu przypadkach, choć są to inne mechanizmy regulacji). Podobnie jest w przypadku 2,3-dioksygenazy (pirolazy) tryptofanowej – kortykosteroidy zwiększają jej syntezę, zaś Trp spowalnia jej degradację przez obniŜenie wraŜliwości na proteolizę.

b) Aktywność katalityczna enzymu moŜe być regulowana w róŜny sposób – poprzez odwracalne wiązanie ligandów (regulacje allosteryczne) lub zmianę wiązań kowalencyjnych (modyfikacje kowalencyjne). Jest to o wiele szybszy sposób regulacji w porównaniu z wpływem na syntezę / rozkład enzymu. • Aktywność enzymów regulacyjnych, tj. kluczowych dla danego szlaku metabolicznego, jest modulowana za pomocą małocząsteczkowych efektorów allosterycznych, na ogół niepodobnych ani do substratów ani koenzymów danego enzymu. Hamowanie aktywności enzymu szlaku biosyntezy przez końcowy produkt tego szlaku to tzw. hamowanie przez sprzęŜenie zwrotne, a ten produkt – to ujemny efektor allosteryczny lub inhibitor zwrotny. WiąŜe się on zwykle z miejscem allostercznym enzymu, które nie pokrywa się z miejscem katalitycznym. Kinetyka hamowania przez sprzęŜenie zwrotne moŜe mieć charakter kompetycyjny, niekompetycyjny, częściowo kompetycyjny lub inny. Mechanizm ten występuje najczęściej jako regulacja szlaków biosyntezy, a inhibitorem zwrotnym jest ostatni związek drobnocząsteczkowy szlaku, stanowiący substrat do syntezy związków wielkocząsteczkowych (np. aa i synteza białek, nukleotydy i synteza kwasów nukleinowych). Zazwyczaj regulacja przez sprzęŜenie zwrotne dotyczy etapu kontrolującego (limitującego), charakterystycznego wyłącznie dla danego szlaku biosyntezy. W przypadku szlaków rozgałęzionych – czyli gdy początkowe reagenty słuŜą do syntezy kilku związków ostatecznych – enzymy tego szlaku znajdują się pod złoŜonym wpływem zarówno metabolitów pośrednich, jak i ostatecznych, zaś same mechanizm regulacji potrafią być bardzo skomplikowane. Hamowanie przez sprzęŜenie zwrotne moŜe mieć w szlakach rozgałęzionych charakter:

- 38

kumulatywny – gdy hamujący wpływ ≥ 2 produktów końcowych jest sumą skutków wywoływanych przez kaŜdy z tych produktów niezaleŜnie, zgodny czyli wielowartościowy – jeśli całkowite zahamowanie aktywności enzymu występuje tylko wtedy, gdy jednocześnie ≥ 2 produkty końcowe występują w nadmiarze, kooperatywny – gdy pojedynczy produkt końcowy hamuje enzym regulujący, zaś efekt inhibicji przez ≥ 2 nadmiarowe produkty przewyŜsza sumę efektów niezaleŜnego działania kaŜdego z nich. Brak podobieństwa w budowie substratów i regulatorów allosterycznych sugeruje, iŜ substancje te wiąŜą się z róŜnymi miejscami enzymu – odpowiednio z katalitycznymi i allosterycznymi. Z tego powodu enzymy takie określamy jako enzymy allosteryczne. O niezaleŜności miejsc wiązania świadczy m. in. fakt, iŜ utrata wraŜliwości na efektory allosteryczne nie musi być jednoznaczna z utratą aktywności katalitycznej. Ponadto efektory allosteryczne potrafią chronić miejsce katalityczne przed denaturacją skuteczniej od samych substratów, co trudno byłoby wyjaśnić, gdyby przyjąć ich wspólne miejsce wiązania. W pewnych enzymach miejsca katalityczne i allosteryczne zlokalizowane są na róŜnych podjednostkach białka oligomerycznego. Enzymy katalizujące tę samą reakcję (lub typ reakcji) potrafią posiadać róŜne efektory allosteryczne w róŜnych komórkach. Enzymy allosteryczne dzieli się na grupy – tzw. serię K i V. Te pierwsze cechują się kompetycyjną kinetyką nasycenia substratem – wzrasta KM, a Vm pozostaje bez zmian. W przypadku drugiej grupy efektor allosteryczny zmniejsza Vm, nie wpływając na KM. Zmiany obydwu parametrów wynikają prawdopodobnie ze zmian konformacyjnych w miejscu katalitycznym – dla serii K moŜe to spowodować osłabienie wiązania z substratem, dla V – zmianę przestrzennej orientacji lub ładunków reszt aa centrum katalitycznego. Aktywność enzymów podlega nadrzędnej regulacji hormonalnej i nerwowej (tzw. przekaźników I rzędu), które to bodźce mogą pobudzać syntezę lub uwolnienie gotowych juŜ efektorów allosterycznych (tzw. przekaźników II rzędu). Regulacja aktywności enzymów przez kowalencyjne modyfikacje ich cząsteczek moŜe mieć charakter odwracalny lub nie – w pierwszym przypadku mówimy o odwracalnej fosforylacji, w drugim zaś – o swoistej ograniczonej proteolizie (jest to metoda nieodwracalna, gdyŜ nie ma moŜliwości ponownej resyntezy raz zhydrolizowanych wiązań peptydowych). Wiele białek syntetyzowanych jest w formie nieaktywnych prekursorów – probiałek; w przypadku enzymów są to proenzymy (inaczej zymogeny). Nadanie im właściwej postaci, w której mogą wykazywać swą aktywność, odbywa się drogą swoistej hydrolizy pewnych wiązań peptydowych (proteolizy). W procesie tym łańcuch polipeptydowy moŜe tracić swą ciągłość – produkty proteolizy mogą zostać na stałe rozdzielone, bądź utrzymywane w całości dzięki istnieniu wiązań dwusiarczkowych. RównieŜ nie wszystkie reszty aa obecne w probiałku muszą znaleźć się w jego formie ostatecznej – niektóre z powstałych peptydów mogą ulec odrzuceniu jako nieaktywne biologicznie. Mogą one mieć jednak duŜą wartość diagnostyczną, gdyŜ ich poziom koreluje z ilością synetyzowanego endogennie probiałka – np. oznaczanie peptydu C w cukrzycy czy NT-proBNP w niewydolności krąŜenia. Podstawową konsekwencją swoistej proteolizy jest uzyskanie przez białko nowej konformacji, co w przypadku enzymów oznacza odsłonięcie miejsca katalitycznego. Synteza probiałek ma istotne znaczenie fizjologiczne – w takiej formie syntetyzowane są białka wykorzystywane przez organizm jedynie czasowo – w razie potrzeby; wówczas jednak są one potrzebne natychmiast, wobec czego synteza de novo z aa trwałaby zbyt długo – do tego czasu albo minęłoby zapotrzebowanie na dane białko, albo doszłoby do uszkodzenia komórek i synteza okazałaby się spóźniona. Ponadto pewne reakcje zachodzące z udziałem białek wymagają precyzyjnej koordynacji czasowej. Inną przyczyną syntezy proenzymów jest ochrona syntetyzującej je tkanki przed samostrawieniem (np. przedwczesna aktywacja zymogenów hydrolaz trzustkowych jest elementem patogenezy ostrego zapalenia tego narządu). Do białek syntetyzowanych w formie prekursorów zalicza się: insulinę, pepsynę i proteazy trzustkowe – trypsynę, chymotrypsynę, elastazę, karboksypeptydazę (patrz punkt VI-1-a), kolagen (patrz punkt VII-8-b) oraz niektóre czynniki krzepnięcia krwi (patrz punkt VII-4-e). Cząsteczki białek mogą podlegać róŜnorodnym modyfikacjom kowalencyjnym – czy to w celu zmiany ich struktury (glikozylacja, hydroksylacja, acylacja), czy teŜ regulacji ich aktywności (metylacja, ADPrybozylacja, fosforylacja). Najczęściej spotykanym mechanizmem jest tu odwracalna fosforylacja. Reakcje fosforylacji białek katalizowane są przez enzymy – kinazy białek (białkowe), które przenoszą grupę γ-fosforanową z ATP na reszty aa zawierające grupy hydroksylowe, tj. Ser, Thr lub Tyr; bardzo rzadko w przyrodzie modyfikacji tej podlegają reszty His, Lys, Arg czy Asp. Zasadniczo reakcje dotyczą reszt aa odległych o miejsca katalitycznego, stąd miejsca fosforylacji mogą być uznawane za pewną formę miejsc allosterycznych. Reszta fosforanowa moŜe zostać odłączona w wyniku hydrolizy, katalizowanej przez fosfatazy białek. Typowa komórka ludzka posiada tysiące białek podlegających

- 39

regulacji przez odwracalną fosforylację oraz kilkaset odpowiednich kinaz i fosfataz – świadczy to o prostocie i uŜyteczności tego mechanizmu, stąd teŜ jest on najczęściej spotykanym. Reszty fosforanowe są bardzo skutecznymi modyfikatorami struktury III-rzędowej i funkcji białek, m. in. dzięki obecności ładunku elektrycznego (-2 w fizjologicznym pH) oraz tworzeniu wiązań jonowych w resztami Arg. Fosforylacja moŜe zmieniać sprawność katalityczną, powinowactwo do substratu, lokalizację wewnątrzkomórkową lub wraŜliwość na efektory allosteryczne. Jedne białka wykazują większą aktywność w formie ufosforylowanej, podczas gdy inne w zdefosforylowanej. Nie wszystkie białka podlegają odwracalnej fosforylacji; podobnie w białkach fosforylowanych nie ulegają tej reakcji wszystkie dostępne grupy hydroksylowe. Ogólnie białka mogą być fosforylowane w róŜnych miejscach i przez róŜne kinazy (por. regulacja syntazy glikogenowej – punkt IV-5-c), z kolei poszczególne kinazy i fosfatazy modyfikują zazwyczaj więcej niŜ jedno białko, same podlegając regulacji przez przekaźniki II rzędu lub równieŜ odwracalną fosforylację. W ten sposób mogą powstać regulacyjne kaskady kinaz / fosfataz, w których jedne enzymy uaktywniają lub pozbawiają aktywności kolejne, podczas gdy ostatni modyfikuje aktywność właściwego białka o aktywności enzymatycznej (por. regulacja reduktazy HMG-CoA – punkt V-8-a; jeszcze lepiej jest to widoczne na przykładzie kinaz aktywowanych mitogenami – MAPK). Pewne kinazy, same modyfikowane przez odwracalną fosforylację, posiadają zdolność fosforylacji własnych miejsc allosterycznych (tzw. autofosforylacji) i zmiany swojej aktywności (np. kinaza tyrozynowa receptora insulinowego – patrz punkt IV-8-b). W opisany wyŜej sposób powstają złoŜone systemy przekaźników I i II rzędu, kinaz i fosfataz, miejsc fosforylacji i modyfikacji allosterycznych oraz ostatecznie efektów fosforylacji odpowiednich białek, umoŜliwiające szybką i precyzyjną regulację czynności komórek, a przez to adekwatną odpowiedź ustroju na działanie czynników zewnętrznych. Odwracalne fosforylacje regulują przepływ metabolitów w organizmie, kierując substraty w kierunku szlaków syntezy związków aktualnie najbardziej potrzebnych oraz synchronizując anabolim i katabolizm określonych grup substancji. Uproszczona klasyfikacja kinaz białkowych: rodzina kinaz serynowo-treoninowych kinaza białkowa A (PKA) – zaleŜna od cAMP kinaza białkowa G (PKG) – zaleŜna od cGMP kinaza białkowa C (PKC) – zaleŜna od Ca2+ i DAG kinaza białkowa CaM – zaleŜna od Ca2+/kalmoduliny kinazy zaleŜne od cyklin (CDK) kinazy aktywowane mitogenami (MAPK) inne: kinaza białkowa B (PKB, Akt1), kinaza zal. od AMP (AMPK), kinazy syntazy glikogenowej (GSK) rodzina kinaz tyrozynowych receptorowe kinazy Tyr, stanowiące integralną część receptorów katalitycznych, np. receptora insulinowego czy dla czynników wzrostowych (PDGF, EGF, IGF-1) cytoplazmatyczne kinazy Tyr (Abl, src) kinazy mieszane – tzw. o podwójnej specyficzności 5. Znaczenie diagnostyczne pomiarów aktywności enzymów

Diagnostyka enzymatyczna ma praktyczne zastosowanie w chorobach wątroby, serca, trzustki, mięśni, krwi, kości oraz w schorzeniach nowotworowych. KaŜda tkanka jest wyposaŜona w swoisty dla siebie zestaw enzymów – w przypadku uszkodzenia lub zaburzenia funkcji danego narządu enzymy w nim występujące uwalniane są do krwiobiegu. Stopień zwiększenia aktywności enzymatycznych i czas ich utrzymania się w surowicy zaleŜy od: nasilenia procesów patologicznych, rozległości uszkodzeń tkankowych oraz szybkości katabolizmu i eliminacji enzymów z osocza. Na tej podstawie często moŜliwe jest określenie pochodzenia i stopnia zaawansowania patologii. Dokładniejsze określenie rodzaju uszkodzonego narządu jest moŜliwe na podstawie obrazu izoenzymów w surowicy; istotnymi diagnostycznie enzymami występującymi w postaci izoenzymów są m. in.: CK, ALP oraz LDH. a) • Ze względu na podstawową lokalizację enzymu oraz wydzielanie go do płynów ustrojowych, wyróŜnia się 3 grupy enzymów: Enzymy wskaźnikowe (indykatorowe) to takie, które po zsyntezowaniu pozostają w obrębie komórki. Przenikają w bardzo niewielkich ilościach do krwi, co jest wyrazem powolnego, fizjologicznego obumierania produkujących je komórek. Przez analogię – ich obecność we krwi w stęŜeniach przekraczających normę świadczy o nasilonym obumieraniu lub nagłym uszkodzeniu tych komórek. Niestety większość enzymów indykatorowych jest niespecyficzna tkankowo, dlatego lokalizacja

- 40

uszkodzenia opiera się na poszukiwaniu enzymu, którego poziom najbardziej przekroczył normę. Do enzymów wskaźnikowych naleŜą m.in.: aminotransferaza asparaginowa (AspAT), aminotransferaza alaninowa (AlAT), dehydrogenaza mleczanowa (LDH) oraz kinaza kreatynowa (CK). Enzymy ekskrecyjne syntetyzowane są w komórkach, a następnie wydzielane do przewodów wyprowadzających (Ŝółć, trzustka, prostata). Enzymy te, podobnie jak wcześniej omówione wskaźnikowe, nie występują fizjologicznie we krwi w znacznych stęŜeniach. Gdy jednak taki fakt nastąpi, świadczy o utrudnieniu w odpływie wydzieliny, najprawdopodobniej spowodowanym niedroŜnością odpowiedniego przewodu wyprowadzającego. NiedroŜność moŜe być z kolei spowodowana blokadą wewnątrz przewodu (np. przez kamień lub guz), uciskiem na przewód z zewnątrz bądź znacznym poszerzeniem ścian przewodu (np. w wyniku stanu zapalnego). Do enzymów ekskrecyjnych naleŜą m.in.: fosfataza alkaliczna (ALP), γ-glutamylotranspeptydaza (GGTP) i 5’nukleotydaza (5’-NT), określane wspólnie jako markery cholestazy (zastoju Ŝółci), gdyŜ znaczny wzrost ich aktywności we krwi towarzyszy niedroŜności dróg Ŝółciowych. Enzymy sekrecyjne po zsyntetyzowaniu wydzielane są do krwi, więc występują w niej fizjologicznie w znaczących ilościach. Stanem patologicznym jest natomiast obniŜenie ich aktywności w surowicy, mogące świadczyć o niewydolności produkującego je narządu. Niektóre z enzymów sekrecyjnych są specyficzne tkankowo, zatem obniŜenie ich poziomu świadczy o uszkodzeniu jednego konkretnego narządu. Np. pseudocholinosteraza (butyrylocholinoesteraza = BChE) jest swoista dla hepatocytów, stąd jej niski poziom sugeruje uszkodzenie miąŜszu wątroby. Enzymy sekrecyjne, występujące we krwi w większych stęŜeniach niŜ w tkankach i pełniące w niej funkcje fizjologiczne, określa się jako funkcjonalne enzymy osocza. Enzymy ekskrecyjne i wskaźnikowe, występujące we krwi w o wiele mniejszych stęŜeniach niŜ w tkankach i nie pełniące w niej Ŝadnej istotnej roli (poza diagnostyczną), określa się jako niefunkcjonalne enzymy osocza.

b) enzymy najczęściej oznaczane w praktyce klinicznej Ogólnie w materiale biologicznym pobranym z ludzkiego organizmu istnieje moŜliwość oznaczenia aktywności kilkudziesięciu enzymów. Większość z nich oznacza się jednak rzadko i przy specjalnych potrzebach, zaś w rutynowej diagnostyce uŜywa się ok. 10 z nich. Są to: AST, AspAT – aminotransferaza asparaginianowa, ALT, AlAT – aminotransferaza alaninowa, LDH – dehydrogenaza mleczanowa, HBD – dehydrogenaza hydroksymaślanowa, CK – kinaza kreatynowa, GGTP – γ-glutamylotranspeptydaza, ALP – fosfataza alkaliczna, ACP – fosfataza kwaśna, AMS – α-amylaza, LP – lipaza trzustkowa ChE – esteraza cholinowa, cholinoesteraza • dehydrogenaza mleczanowa (LDH)

LDH jest enzymem przekształcającym pirogronian w mleczan lub odwrotnie (patrz punkt IV-4-a). Aktywność ta nie jest przypisana pojedynczej cząsteczce – LDH posiada 5 izoenzymów, numerowanych kolejno od 1 do 5. Są to jednak tzw. izoenzymy rzekome, bowiem syntetyzowane są tylko dwa odmienne (róŜnią się one strukturą IV-rzędową) łańcuchy polipeptydowe – sercowy (H) oraz mięśniowy (M). Z nich następnie formowane jest aktywne białko tetrameryczne, w którym oba rodzaje podjednostek mogą występować w dowolnym składzie. PoniewaŜ istnieje 5 moŜliwych kombinacji (HHHH, HHHM, HHMM, HMMM, MMMM), stąd wyróŜnia się 5 izoenzymów rzekomych. Warto zwrócić uwagę, iŜ LDH wykazuje aktywność jedynie w postaci tetramerycznej, a pojedyncze podjednostki nie są zdolne do katalizy. Izoenzymy LDH róŜnią się lokalizacją tkankową: LDH1 – serce, nerki, mózg, erytrocyty, LDH2 – mózg, nerki, serce, erytrocyty LDH3 – trzustka, płuca, mm. szkieletowe, LDH4 – trzustka, nerki, mm. szkieletowe, LDH5 – wątroba, mm., skóra Dwa pierwsze – LDH1 i LDH2 – odpowiadają łącznie za ok. 50% aktywności w surowicy. Izoezymy LDH róŜnią się równieŜ okresem półtrwania – dla LDH1 wynosi on ok. 100 h, podczas gdy dla LDH5 – tylko ok. 10 h. Znaczenie diagnostyczne:

- 41

DuŜy wzrost aktywności w surowicy z przewagą izoenzymów 1 i 2 moŜe świadczyć o zawale mięśnia sercowego. Ze względu na długie T1/2 tych izoenzymów, zalicza się je do późnych markerów zawału. PowyŜszy wynik moŜe równieŜ wystąpić w przypadku anemii megaloblastycznej, w przebiegu ostrych białaczek lub towarzyszyć cięŜkim uszkodzeniom nerek. DuŜy wzrost aktywności, jednak w przewagą LDH5, moŜe występować w chorobach wątroby i/lub mm. szkieletowych. Umiarkowany wzrost aktywności jest symptomem nieswoistym – moŜe być obecny przy zawale serca, WZW lub procesach nowotworowych. Równoległy wzrost aktywności izoenzomów 1 i 2 oraz narastaniem aktywności 5 przemawiają za zawałem serca oraz dodatkowym rozwoju zastoju w krąŜeniu wątrobowym (tym samym rozwoju niewydolności krąŜenia) i jest złym objawem prognostycznym. • kinaza kreatynowa (CK), kinaza fosfokreatynowa (CPK)

Jest to enzym katalizujący przeniesienie reszty fosforanowej z ATP na kreatynę, dając ADP i fosfokreatynę oraz reakcję odwrotną (patrz punkt VI-3). CK bierze więc udział w procesach energetycznych – regeneracji ATP z ADP poprzez wykorzystanie innego związku wysokoenergetycznego, jakim jest fosfokreatyna, bowiem wiązanie pomiędzy kreatyną a resztą {P} naleŜy do wysokoenergetycznych. Aktywność CK, podobnie jest obecność kreatyny, są największe w tkance mięśniowej, w tym równieŜ w mięśniu sercowym. CK nie jest jednorodną cząsteczką – posiada 3 izoenzymy: BB – występujący w mózgu, płucach i jelitach oraz MM i MB – występujące w mm. szkieletowych (gł. MM) i sercu (gł. MB). Fizjologicznie u dorosłych występuje przede wszystkim CK-MM, stanowiący niemal 100% ogólnej aktywności; u dzieci obecna jest niewielka ilość CK-MB. Aktywność CK w surowicy wzrasta po duŜych wysiłkach fizycznych – stąd często podwyŜszony poziom u sportowców – oraz w szeregu stanów patologicznych: znaczny (> 5x) wzrost moŜe towarzyszyć stanom takim jak: zawał lub zapalenie mięśnia sercowego, wstrząs lub niewydolność krąŜenia oraz dystrofia mm. szkieletowych, umiarkowany (< 5x) wzrost moŜe świadczyć o: uszkodzeniach mięśni (równieŜ w wyniku iniekcji lub operacji), rozległych uszkodzeniach tkanki nerwowej, chorobie nowotworowej lub alkoholizmie. Największe znaczenie pomiarom aktywności CK przypisuje się w diagnostyce zawału serca. PodwyŜszenie całkowitej aktywności CK pojawia się w ciągu I doby od incydentu ostrego niedokrwienia serca, a izoenzym CK-MB stanowi jeden z tzw. wczesnych markerów niedokrwienia. JuŜ po 6h trwania zawału wartość CK-MB wzrasta 10x, po czym wraca do normy ok. 3 dobach; utrzymywanie się podwyŜszonej aktywności powyŜej 72 h stanowi zły czynnik rokowniczy. • aminotrasferazy, transaminazy: asparaginanowa (AspAT) = Serum Glutamat-Oxalazetat Transaminase (SGOT) alaninowa (AlAT) = Serum Glutamat-Pyruvat Transaminase (SGPT)

Aminotransferazy katalizują reakcje przeniesienia grupy aminowej – w tym przypadku pomiędzy αaminokwasami a α-ketokwasmi (patrz punkt VI-2-a). NaleŜą do enzymów wskaźnikowych (indykatorowych). Pod względem lokalizacji komórkowej AspAT jest enzymem mitochondrialnym, zaś AlAT – cytozolowym. Ma to istotne znaczenie diagnostyczne, bowiem przy nieznacznym uszkodzeniu komórek do surowicy przenikają głównie enzymy cytoplazmatyczne, natomiast przy postępującej destrukcji dołączają do nich równieŜ enzymy mitochondrialne. Transaminazy występują głównie (AlAT wyłącznie) w wątrobie, a pomiar ich aktywności słuŜy do oceny stopnia uszkodzenia (stan zapalny, marskość) tego narządu. AspAT obecny jest równieŜ w mięśniu sercowym, dlatego jego poziom rośnie wskutek niedokrwienia lub niewydolności serca. RóŜne moŜliwe przyczyny wzrostu aktywności transaminaz osocza przedstawia poniŜsza tabela. AspAT AlAT zawał serca1, WZW2, toksyczne WZW, choroby miąŜszu wątroby, duŜy wzrost aktywności uszkodzenie wątroby, cięŜka cięŜka niewydolność krąŜenia niewydolność krąŜenia, hemoliza choroby mm. szkieletowych, choroby mm. szkieletowych, wzrost umiarkowany, nieswoisty cholestaza, niewydolność krąŜenia marskość wątroby, Ŝółtaczka bez zawału, nowotwory wątroby zastoinowa 1 W zawale serca wzrost aktywności transanimaz powyŜej 250U świadczy o istnieniu dodatkowych czynników zwiększających jej poziom np. uszkodzeniu wątroby wywołanego niedotlenieniem. 2 W WZW aktywność transaminaz zaczyna wzrastać na 7-14 dni przed wystąpieniem Ŝółtaczki, zaś szczyt przypada w okresie Ŝółtaczkowym.

- 42

γ-glutamylotranspeptydaza (GGTP)

GGTP katalizuje tworzenie wiązania peptydowego przez kwas glutaminowy, jednak nie z udziałem jego grupy α, lecz γ-karboksylowej – w ten sposób uczestniczy w syntezie glutationu (patrz punkty: I-2-c, VII-6-a). GGTP występuje na ER hepatocytów, w błonie kanalików nerkowych, obecna jest w trzustce i gruczole krokowym – stanowi nieswoisty enzym wskaźnikowy. Ponadto stanowi enzym ekskrecyjny Ŝółci; w przypadku niedroŜności dróg Ŝółciowych GGTP przenika w zwiększonych ilościach do krwi, dlatego stanowi jeden z tzw. markerów cholestazy. Osoczowa aktywność GGTP wzrasta w bardzo wielu stanach patologicznych, do których zaliczamy: zastoinowe choroby wątroby, ch. dróg Ŝółciowych, ch. nowotworowe wątroby i trzustki oraz stany zapalne trzustki. Enzym ten indukowany jest przez estrogeny, barbiturany (leki uspokajająco-nasenne) oraz alkohol. Jego poziom podwyŜsza się w przewlekłym alkoholizmie, zaś wraca do normy po 2 – 5 tyg. abstynencji, stąd GGTP słuŜy do monitorowania terapii odwykowej uzaleŜnienia od alkoholu. • dehydrogenaza glutaminianowa (GLD)

GLD katalizuje reakcję deaminacji kwasu glutaminowego (patrz punkt VI-2-b). Jest enzymem swoistym dla hepatocytów – oznaczenie aktywności w surowicy, wraz z transaminazami, pomaga w diagnostyce róŜnicowej chorób wątroby. Wysoki wzrost aktywności moŜe towarzyszyć śpiączce wątrobowej, chorobom miąŜszowym wątroby (np. przewlekłemu stanowi zapalnemu) lub Ŝółtaczce zastoinowej. Umiarkowany wzrost świadczy często o nowotworze wątroby – pierwotnym bądź przerzucie. • fosfataza zasadowa = alkaliczna (ALP)

ALP posiada kilka izoenzymów: kostny (B), wątrobowy (L), jelitowy (J) i łoŜyskowy (P). U dorosłych dominuje ALP-L, stanowiący ok. 50 % ogólnej aktywności ALP w surowicy, u dzieci znaczny udział ma ALP-B (ze względu na szybki wzrost i aktywność metaboliczną kości), zaś u cięŜarnych ok. 48 % aktywności ALP przypada na izoenzym P – z jego powodu w III trymestrze ciąŜy wzrasta całkowita aktywność ALP. Jest enzymem wskaźnikowym chorób narządów, od których biorą nazwy izoenzymy, a takŜe nerek i śledziony. Jest równieŜ enzymem ekskrecyjnym Ŝółci i – podobnie jak GGTP – stanowi marker cholestazy. Aktywność ALP wzrasta w dwojakiego rodzaju patologiach. Pierwsze z nich to zaburzenia funkcji wątroby – wówczas wzrost pochodzi od izoenzymu L, a dodatkowo rośnie GGTP; mogą to być: WZW, ostre lub przewlekłe uszkodzenie toksyczne bądź przerzuty nowotworowe. Druga grupa obejmuje choroby kości, zwłaszcza przebiegające z zahamowaniem ich wzrostu – wówczas wzrost ALP pochodzi od izoenzymu B, zaś aktywność GGTP nie odbiega od normy. Zaliczmy tu: krzywicę, chorobę Pageta, przerzuty nowotworowe do kości oraz demineralizację tkanki kostnej w przebiegu nadczynności przytarczyc. • fosfataza kwaśna (ACP)

ACP naleŜy do enzymów indykatorowych takich narządów jak: wątroba, nerki, śledziona, trzustka, jelita, kości, erytrocyty i trombocyty; ponadto jest enzymem ekskrecyjnym, obecnym w wydzielinie gruczołu krokowego. U dorosłych męŜczyzn ok. 30 % aktywności APC stanowi właśnie izoenzym sterczowy. U dzieci w okresie pokwitania, ze względu na szybki wzrost, aktywność ACP jest kilkukrotnie (2 – 5 x) większa niŜ u dorosłych. Podstawową rolę diagnostyczną ACP pełni w diagnostyce schorzeń prostaty – przerostu, zapalenia czy nowotwory; w tym ostatnim przypadku obserwuje się wzrost całkowitej aktywności ACP, jak równieŜ izoenzymu sterczowego – PAP. Aktywność ACP moŜe równieŜ przekraczać normę w takich stanach jak: choroby kości (osteoporoza, ch. Pageta, przerzuty nowotworowe, nadczynność przytarczyc), nowotwory sutka lub jelit oraz nadmierny rozpad elementów krwi: hemoliza, anemia megaloblastyczna czy trombopatie. • α-amylaza (AMS), diastaza

AMS katalizuje hydrolizę wiązań 1,4-glikozydowych w polisacharydach (patrz punkt IV-2). Jest enzymem ekskrecyjnym, wydzielanym do śliny (izoenzym S), soku trzustkowego (izoenzym P) oraz jelitowego. Pomiary aktywności osoczowej AMS wykorzystywane są gł. w diagnostyce zaburzeń przewodu pokarmowego, a zwłaszcza chorób trzustki. Znaczny wzrost aktywności AMS obserwuje się w przebiegu ostrego zapalenia trzustki (OZT) bądź zaostrzenia przewlekłego stanu zapalnego tego narządu (PZT). Ponadto wysoki poziom AMS stwierdza się w makroamylazemii oraz cięŜkiej niewydolności nerek. α-amylaza jest białkiem małocząsteczkowym, dlatego jako jedyny z enzymów fizjologicznie ulega przesączaniu kłębuszkowemu, utrzymując się w moczu dłuŜej niŜ we krwi, co poszerza moŜliwości diagnostyczne. Nieswoisty wzrost aktywności AMS towarzyszy wielu patologiom przewodu pokarmowego, m. in.: urazom jamy brzusznej,

- 43

marskości wątroby, ostremu zapaleniu pęcherzyka Ŝółciowego, perforacji wrzodu trawiennego, zapaleniu otrzewnej, a takŜe chorobom ślinianek (np. nagminnemu zapaleniu przyusznic – tzw. śwince). • lipaza trzustkowa (LP)

LP katalizuje hydrolizę tłuszczów pokarmowych – odszczepia kwasy tłuszczowe z cząsteczek trójacylogliceroli (TAG) (patrz punkt V-2). Jest to enzym ekskrecyjny, podobnie jak AMS występujący w soku trzustkowym, lecz w odróŜnieniu od niej tylko w nim. LP stanowi zatem bardziej swoisty marker OZT niŜ AMS. Aktywność LP w surowicy wzrasta w przebiegu stanów zapalnych i nowotworów trzustki, cholestazy pozawątrobowej z zajęciem trzustki, chorobach z objawami „ostrego brzucha” (np. ostra niedroŜność jelit), niewydolności nerek (rzadko) oraz w wyniku farmakoterapii hepatyną (lek obniŜający krzepliwość krwi) lub lekami p/bólowymi (analgetykami). • esteraza cholinowa, cholinoesteraza (ChE)

Cholinoesteraza syntetyzowana jest w wątrobie, po czym uwalniana do łoŜyska naczyniowego (enzym sekrecyjny). Występuje w dwóch formach: pierwszą jest swoista ChE – acetylocholinoesteraza (AChE), obecna na błonach postsynapycznych synaps cholinergicznych, zakończeniu neuronów cholinergicznych oraz na powierzchni erytrocytów, gdzie hydrolizuje rozkład acetylocholiny (ACh) uwalnianej z neuronów cholinergicznych. Drugą jest nieswoista ChE – psuchocholinoestreraza, butyrylocholinoesteraza (BChE), występująca w mózgu, wątrobie, skórze, mięśniówce gładkiej przewodu pokarmowego oraz w surowicy, gdzie katalizuje rozkład wielu substancji, m. in. kilku leków – w tym suksametonium (sukcynylocholiny). Pomiar aktywności ChE w osoczu słuŜy ocenie zdolności wątroby do syntezy tego enzymu. Aktywność ChE zmniejsza się w chorobach miąŜszu wątroby (np. zapaleniu) oraz w zatruciu związkami fosforoorganicznymi (pestycydy, gazy bojowe), które blokują zdolność katalityczną enzymu. Znane są przypadki wrodzonego niedoboru aktywności ChE – dotknięta tym zaburzeniem osoba zazwyczaj nie ma o nim pojęcia, gdyŜ brak enzymu nie jest na co dzień uciąŜliwy, jednak istnieje wówczas ryzyko cięŜkiego zatrucia pewną grupą leków zwiotczających – gł. wspomnianą sukcynylocholiną. Przy normalnej aktywności ChE działanie zwiotczające tego leku utrzymuje się przez czas rzędu minut, podczas gdy przy braku ChE efekt moŜe utrzymywać się przez wiele tygodni. Wzrost aktywności ChE występuje w zespole nerczycowym, nadczynności tarczycy (hipertyreozie) oraz w okresach rekonwalescencji po uszkodzeniach wątroby. • lipaza lipoproteinowa (LPL)

LPL katalizuje hydrolizę TAG do kwasów tłuszczowych i glicerolu. Jest to enzym sekrecyjny, którego pomiary są przydatne w róŜnicowaniu zaburzeń gospodarki lipidowej (lipoproteinowej). • enolaza

Enolaza naleŜy do enzymów szlaku glikolizy – katalizuje dehydratację 3-{P}-glicerynianu do {P}enolopirogronianu (PEP) (patrz punkt IV-4-a). Występuje w postaci trzech izoenzymów: α jest pospolity – występuje we wątrobie, nerkach i płucach, β – w mm. szkieletowcyh, zaś γ – w neuronach (ang. neuron-specyfic enolase = NSE). Ten ostatni ma szczególne znaczenie w diagnostyce onkologicznej, stanowi bowiem marker raka drobnokomórkowego płuc oraz neuroblastoma. c) panele enzymatyczne

Jak widać na powyŜszych przykładach, enzymy i narządy ludzkiego ciała nie są do siebie swoiście dopasowane – kaŜdy z organów posiada cały zestaw enzymatyczny, zaś poszczególne enzymy produkowane są przez róŜnorodne tkanki. Aby zatem móc lepiej ocenić stan pojedynczego narządu, oznacza się aktywność nie jednego, lecz kilku enzymów wytwarzanych i uwalnianych przez ten narząd. Odnosi się to zwłaszcza do wątroby i mięśni (szkieletowych oraz sercowego). Powstają w ten sposób zestawienia, określane jako narządowe panele lub profile enzymatyczne. Proporcje zmian aktywności enzymów są niezwykle pomocnymi informacjami diagnostycznymi, przyjmują bowiem określone wartości w szeregu patologii.

- 44

panel enzymów wątrobowych AST ↑↑↑ ↑↑ ↑ ↑↑↑ ↑ ALT ↑↑↑ ↑↑ ↑ ↑ ↑ GLD ↑↑ ↑ ↑↑ 0 ↑↑ GGTP ↑↑ ↑↑↑ ↑↑↑↑ ↑↑ ↑↑↑↑ ALP ↑↑ ↑ ↑↑↑↑ ↑ ↑ ChE 0 ↓ 0 ↑↑ ↓/0

ostre zapalenie przewlekle zapalenie cholestaza marskość nowotwór •

panel enzymów mięśni szkieletowych CK-MM ↑↑↑ ↑ 0 LDH5 ↑↑↑ ↑↑↑ ↑↑↑ ALT, AST ↑ ↑↑ ↑

dystrofia Duchenne'a (DMD) miopatia neurogenne zapalenie mięśni • panel enzymów sercowych*

wczesny okres zawału późny okres zawału niewydolność krąŜenia (bez zawału)

CK ↑↑ ↑ 0

AST ↑ ↑ ↑

ALT ↑ ↑ ↑

LDH1 0 ↑↑ ↑

* – Przedstawiony panel jest juŜ przestarzały – obecnie w diagnostyce zawału mięśnia sercowego oznacza się we krwi poziomy markerów wczesnych: sercowej troponiny I (cTpI; patrz punkt VII-7), CK-MB metodą „mass” (pomiar stęŜenia enzymu, a nie jego aktywności) oraz mioglobiny (nie zawsze). Natomiast w niewydolności krąŜenia oznacza się we krwi stęŜenie N-końcowego fragmentu prekursora mózgowego peptydu natriuretycznego (NT-proBNP). d) Pomiary aktywności enzymów są równieŜ wykorzystywane jako narzędzie diagnostyczne w onkologii: enzym ALP-B ALP-L ALP-P ACP1 5'-NT GGTP nowotwór nowotwory kości pierwotne i przerzuty do kości pierwotny nowotwór wątroby, przerzuty do wątroby, ucisk guza na przewody Ŝółciowe rak jajnika zaaw. rak prostaty z przerzutami (tkanki miękkie, kości) przerzuty do wątroby uwagi ↑ Ca2+ i Pro-OH w moczu mała specyficzność diagnostyczna powtórny wzrost po terapii – wznowa pojawia się wcześniej niŜ ↑ ALP i inne objawy kliniczne

pierwotne nowotwory wątroby lub przewodu pokarmowego, rak jajnika AMS, LP rak trzustki AMS2 surowiczy rak jajnika PSA3 rak prostaty czułość diagnostyczna 99% 1 – izoenzym sterczowy 2 – izoenzym śliniankowy 3 – PSA = prostate-specyfic antigene (proteaza serynowa produkowana wyłącznie przez nabłonek kanalików nasiennych)

- 45

ROZDZIAŁ III – TRANSPORT PRZEZ BŁONY I UTLENIANIA BIOLOGICZNE
1. Budowa i funkcje błon biologicznych

a) skład błon Składnikami błon biologicznych są: lipidy, białka i węglowodany. Wśród lipidów błonowych wyróŜniamy: fosfolipidy – związki tłuszczowe zawierające dołączoną resztę fosforanową; dzielą się one dalej na: fosfoglicerydy, złoŜone z glicerolu, do którego dołączone są (do C1 i C2) dwie reszty kwasów tłuszczowych długości 16 – 18 atomów C oraz reszta fosforanowa (do C3), a do niej – alkohol; alkohole występujące w fosfolipidach to: etanoloamina, cholina, seryna (Ser), glicerol i inozytol (patrz równieŜ punkt V-1-e) sfingomieliny, złoŜone z ceramidu, reszty fosforanowej i choliny; sam ceramid składa się ze sfingozyny i reszty KT • glikosfingolipidy – lipidy zawierające sfingozynę oraz fragment węglowodanowy; wyróŜniamy 3 ich podgrupy: cerebrozydy – sfingozyna, z dołączoną resztą KT, łączy się ponadto z cząsteczką heksozy (monosacharyd C6) globozydy – j. w., ale zamiast czystej reszty cukrowej występuje cząsteczka aminocukru (patrz punkt IV-7-a) gangliozydy – jak cerebrozydy, z tym Ŝe nie z pojedynczą cząsteczką cukru, a z całym łańcuchem heksoz, wśród których moŜe występować kwas sialowy (SA; por. punkt IV-1-c) • sterole, przy czym gł. cholesterol Zjawisko poprzecznej asymetrii lipidowej błon polega na róŜnicy składu lipidów warstwy zewnętrznej i wewnętrznej błony. W warstwie zewnętrznej występuje cholesterol oraz fosfolipidy zawierające cholinę – sfingomielina (Sph) i fosfatydylocholina (PC), natomiast w wewnętrznej – fosfolipidy posiadające grupę aminową – fosfatydyloseryna (PS) oraz fosfatydyloetanoloamina (PE). Dojrzałość płuc wcześniaków ocenia się na podstawie stosunku stęŜenia lecytyny do sfingomieliny w płynie owodniowym. • Białka błon komórkowych mogą być rozmaicie zlokalizowane i pełnić róŜnorakie funkcje. Problem odpychania się wiązań peptydowych – o charakterze hydrofilowym – oraz dwuwarstwy lipidowej (hydrofobowej) rozwiązywany jest przez zwinięcie łańcucha w strukturę α (α-helisę; por. punkt I-3-c). Białka błonowe mogą pełnić m. in. funkcje: strukturalne, transportujące, enzymatyczne, receptorowe i antygenowe. Białka mogą być połączone z błoną na dwa sposoby. Białka peryferyjne są związane z błoną w sposób nietrwały; często łączą się z białkami integralnymi. Te ostatnie są bowiem trwale związane z błonami, gdyŜ przechodzą przez dwuwarstwę lipidową (stąd określenie: przezbłonowe). Białka integralne klasyfikuje się ze względu na ilość razy i sposób przekraczania błony: • jednokrotnie przechodzące przez błonę, z N-końcem na zewnątrz, np. receptor LDL (por. punkt V-3-b) • jednokrotnie przechodzące przez błonę, z C-końcem na zewnątrz, np. receptor asjaloglikoproteinowy (por. punkt IV-7-b) • wielokrotnie przechodzące przez błonę, np. błonowy przenośnik glukozy (GLUT; por. punkt IV-3-a) Niektóre białka enzymatyczne zlokalizowane są wyłącznie w niektórych błonach, stanowiąc ich markery. Markerami błony plazmatycznej są: 5’NT, AC i Na+/K+-ATPaza, ER – glukozo-6-fosfataza, wewnętrznej błony mitochondrialnej – syntaza ATP, aparatu Golgiego (odpowiednio: cis, środkowego, trans i TGN) – transferazy: GlcNAc I, Golgi mannozydaza II, Gal i SA. Związki węglowodanowe są jedynym składnikiem błony, którego skład zaleŜy nie od samej komórki, lecz od jej otoczenia. Cukry związane są głównie z białkami błonowymi, tworząc N- lub O-glikoproteiny.

- 46

b) funkcje błon Dzięki istnieniu błon komórkowych moŜliwe jest oddzielenie od siebie poszczególnych komórek organizmu (ich indywidualizacja), a tym samym stworzenie bariery pomiędzy wnętrzem a zewnętrzem kaŜdej z nich. To ostatnie pozwala m. in. na utrzymywanie róŜnic stęŜeń substancji we wnętrzu i na zewnątrz komórek, co wiąŜe się z ich pobudliwością i regulacją aktywności. Błony istniejące w obrębie komórki wydzielają w niej sektory, w których mogą zachodzić wzajemnie przeciwstawne procesy biochemiczne (kompartmentacja – por. punkt II-1-f). Obłonione organella komórkowe mogą sprawniej regulować transport substancji przezeń zuŜywanych lub produkowanych. Błony nie słuŜą jednak wyłącznie celom podziału środowiska na mniejsze części – umoŜliwiają one wymianę substancji między komórkami (złącza szczelinowe) oraz percepcję sygnałów docierających do komórki (receptory) 2. Transport przez błony biologiczne – klasy białek transportujących

Transport przez błony biologiczne moŜna generalnie podzielić na bierny i aktywny. Kryterium tego podziału stanowi kierunek transportu oraz niezbędność energii chemicznej. Transport bierny nie wymaga nakładu energii i zachodzi zgodnie z gradientem stęŜeń substancji, natomiast transport aktywny nie moŜe odbywać się bez dostarczania energii i transportuje związki chemiczne w kierunku przeciwnym do ich gradientu po obu stronach błony. Transport bierny – dyfuzja przez błony – moŜe odbywać się na dwa sposoby: jako dyfuzja prosta lub ułatwiona. Dyfuzja prosta moŜe z kolei polegać albo na bezpośrednim przenikaniu substancji przez błonę albo na przechodzeniu przez specyficzne białka błonowe – kanały. Zdolność do bezpośredniego przenikania przez błony posiadają cząsteczki obojętne chemicznie – woda, obojętne gazy oddechowe oraz związki lipofilne – steroidy. MoŜliwości takiej pozbawione są cząstki naładowane – jony – które ze względu na swój ładunek nie mogą przeniknąć w dowolnym miejscu przez hydrofobową błonę, a jedynie przejść przez specyficzne kanały. Z uwagi na fakt, Ŝe kanały słuŜą głównie do transportu jonów, uŜywa się pojęcia: kanały jonowe. a) kanały jonowe

Zgodnie z ideą transportu biernego, kanały umoŜliwiają jonom przepływ w kierunku zgodnym z ich gradientem (tzn. z tej strony błony, gdzie odpowiednich jonów jest więcej, na stronę, gdzie jest ich mniej). Prędkość przepływu jest relatywnie wysoka – zbliŜona do dyfuzji i osiąga nawet 106-107 jonów na sekundę (są to wartości 103 x większe niŜ w przypadku innych białek transportowych – wymienników i pomp – por. dalej). Pomimo tego kanały cechuje zazwyczaj wysoka wybiórczość – zazwyczaj przepuszczają one tylko jeden określony rodzaj jonu, toteŜ często klasyfikuje się je na podstawie rodzaju transportowanych jonów (istnieją tu wyjątki, np. kanały kationowe). Kanały potrafią do pewnego stopnia kontrolować swoją pracę – mianowicie mają moŜliwość występowania w róŜnych stanach konformacyjnych: otwartym, zamkniętym i gotowości. Wyjściowo kanał znajduje się w stanie gotowości do otwarcia (nie przepuszcza jonów). Pod wpływem pewnych czynników moŜe on przejść w stan otwarty – wówczas jony mogą przez niego swobodnie przepływać. Po pewnym czasie, indywidualnym dla danego typu kanału, stan otwarty spontanicznie przechodzi w stan zamknięty. Ten ostatni róŜni się od stanu gotowości brakiem wraŜliwości na bodźce otwierające. Ostatecznie kanał przechodzi ze stanu zamkniętego w stan gotowości, zamykając cykl pracy. Wspomniane czynniki pobudzające kanały do otwarcia są podstawą ich klasyfikacji na: bramkowane napięciem (potencjałem) na błonie, bramkowane ligandem oraz bramkowane napręŜeniem mechanicznym. Kanały zbudowane są z kilku przezbłonowych podjednostek białkowych, z których kaŜda moŜe posiadać kilka przezbłonowych domen. Kanały bramkowane ligandem mogą funkcjonować jako receptory neuroprzekaźników – wówczas receptory takie określa się jako jonotropowe. Przykładem tego ostatniego jest receptor acetylocholinowy typu N. Ma on budowę pentameru, złoŜonego z czterech rodzajów podjednostek transbłonowych, występujących w stosunku stechiometrycznym α2βγδ. KaŜda podjednostka składa się z kilku segmentów; szczególne znaczenie mają segmenty m2 podjednostek, budujące właściwą część kanału. Ligand – ACh – przyłączany jest jednocześnie do miejsc złączy α-γ i α-δ (do otwarcia kanału potrzebne jest związanie dwóch cząsteczek ACh). Indukuje to zmiany konformacyjne, których efektem jest otwarcie kanału dla jonów Na+ i Ca2+. Natychmiastowy napływ kationów do wnętrza komórki powoduje jej szybką depolaryzację – tzw. szybki pobudzający potencjał postsynaptyczny (fEPSP). Fizjologicznie powoduje to: skurcz mm. szkieletowych, pobudzenie neuronu zazwojowego (przekaźnictwo zwojowe) oraz uwalnianie amin katecholowych z rdzenia nadnerczy. W odróŜnieniu od w/w, kanały Na+ i K+ błony są bramkowane napięciem na błonie, czyli róŜnicą potencjałów elektrycznych po obu jej stronach. W stanie wyjściowym błona komórkowa jest spolaryzowana (posiada tzw. potencjał spoczynkowy), a kanały są wówczas zamknięte. Odpowiedniego stopnia depolaryzacja

- 47

błony, np. pod wpływem impulsu nerwowego, powoduje otwarcie tych kanałów i przepływ jonów zgodnie z kierunkiem wyznaczonym przez gradient. Zjawisko to jest podstawą powstawania potencjału czynnościowego w komórkach pobudliwych (tj. nerwowych, mięśniowych i gruczołowych). Kanał Na+ jest pojedynczym łańcuchem polipeptydowym o masie 260 kDa; jego końce N i C znajdują się w środku komórki, a pętle wystają z obu stron błony. Składa się z 4 powtarzających się podjednostek, z których kaŜda złoŜona jest z 6 α-helikalnych przezbłonowych domen. Por kanału zlokalizowany jest między helisami 5 i 6, ma szerokość 5 – 8 nm i od strony światła zawiera kwasowe (naładowane ujemnie) reszty aa. Kanał K+ jest teramerem zbudowanym analogicznie jak kanał Na+. Podjednostki kanału tworzą por w kształcie stoŜka, biegnącego przez środek i zwęŜającego się od strony wewnętrznej; por i jego ujście wypełnione są cząsteczkami wody. W najwęŜszym (0,3 nm) punkcie kanału jon K+ ma moŜliwość przeciśnięcia się tylko pod warunkiem pozbycia się otoczki hydratacyjnej; odcinek ten, utworzony przez 5 reszt aa (Thr-Val-Gly-Tyr-Gly), pełni rolę filtra selektywności kanału, preferując właśnie K+, tak iŜ przepuszczalność dla Na+ (który ma przecieŜ mniejszą średnicą) jest 100 x mniejsza. Okazuje się, Ŝe względnie niewielkie rozmiary jonu Na + uniemoŜliwiają mu swobodne interakcje z obecnymi we filtrze atomami tlenu, które są tak ułoŜone przestrzennie, Ŝe uwalniają jon K+ z otoczki wodnej, ale nie mogą zrobić tego samego z Na+. Jon Na+ pozostaje więc uwodniony i – jako zbyt szeroki – nie przechodzi przez kanał. Jon K+, po przejściu przez filtr selektywności, wchodzi w drugie miejsce wiązania, cechujące się nieco większym powinowactwem. Jednak energia wiązania tego miejsca unieruchamia jon, zamykając go w pułapce. Dopiero, gdy kolejny jon K+ zostanie związany z pierwszym miejscem, następuje ich elektrostatyczne odpychanie i pierwszy z jonów zostaje uwolniony na drugą stronę błony. Inaktywacja kanału K+ zachodzi przez zamknięcie jego poru (obrazuje to tzw. model kuli na łańcuchu). Niektóre drobnoustroje posiadają zdolność syntezy jonoforów – substancji bezpośrednio przenoszących jony przez błonę lub tworzących w niej kanały jonowe. Związki takie, wbudowując się w obręb błon i zaburzając ich wybiórczość transportową, mogą prowadzić do śmierci komórek. Z tego powodu stosowane są jako antybiotyki – np. walinomycyna czy gramicydyna A i S (patrz punkt I-2-c). b) przenośniki transbłonowe – translokazy Drugim rodzajem transportu biernego jest dyfuzja ułatwiona. Podobnie jak wcześniej opisana dyfuzja prosta, tak teŜ dyfuzja ułatwiona zachodzi z udziałem specyficznych transbłonowych białek transportowych – tu określanych jako przenośniki (translokazy; biorą one udział równieŜ w transporcie aktywnym). Przenośniki słuŜą generalnie do transportu związków większych niŜ jony pojedynczych atomów – np. reszt fosforanowych, kwasów karboksylowych, aminokwasów, węglowodanów, kwasów tłuszczowych i nukleotydów. Wnika z tego, iŜ pełnią one rolę m. in. w transporcie cząsteczek podstawowych składników pokarmowych. Mechanizm dyfuzji ułatwionej wykazuje pewne podobieństwa z interakcją enzymu i substratu: istnieje swoiste miejsce wiązania przenoszonej cząsteczki, przy pewnym stęŜeniu substratu białko transportowe ulega wysyceniu (vmax), istnieje określona stała wiązania (KM), transport moŜe ulec zahamowaniu przez inhibitory kompetycyjne. Między tymi procesami występują równieŜ pewne róŜnice – np. dyfuzja ułatwiona odbywa się bez interakcji kowalencyjnej białka transportującego z przenoszoną cząstką. Translokazy występują w dwóch podstawowych stanach konformacyjnych – gotowości do związania oraz uwalniania przeniesionego związku, a cykl ich pracy polega na ciągłym przeskakiwaniu między nimi – przypomina to nieco mechanizm reakcji pingpong. Szybkość transportu przez przenośnik zaleŜy od gradientu stęŜenia przenoszonej substancji po obu stronach błony. Aktywność transporterów moŜe podlegać regulacjom hormonalnym, np. przenośnik glukozy GLUT-4 ulega przeniesieniu do błony, gdzie moŜe pełnić swą funkcję, pod wpływem insuliny (patrz punkt IV8-b). Ze względu na ilość cząsteczek transportowanych przez przenośnik w jednym cyklu wyróŜniamy 2 rodzaje transportu z udziałem przenośnika: unitransport – gdy na raz przenoszona jest tylko jedna cząstka oraz kotransport – gdy przenoszone są na raz dwie. JeŜeli obie cząstki przenoszone na zasadzie kotransportu docelowo znajdują się po jednej stronie błony, to określa się to jako symport, jeŜeli zaś po stronach przeciwnych, to jest to antyport. Przykładem symportu jest przenoszenie glukozy lub aa jednocześnie z kationem Na+ (por. punkty IV-3-a i VI-1-a), natomiast antyportu – pompa Na+/K+ (por. dalej). Szczególną obfitość rodzajów przenośników zawiera błona mitochondrialna. Wszystkie translokazy mitochondrialne są podobnie zbudowane, tj. z ustawionych szeregowo trzech powtórzeń tandemowych modułu 100 reszt aa; kaŜde z powtórzeń posiada prawdopodobnie 2 elementy transbłonowe. Opis przenośników zawiera poniŜsza tabela.

- 48

Lp. 1. 2. 3. 4. 5. 6.

nazwa przenośnika fosforanowy pirogronianowy anionów dwukarboksylowych anionów trójkarboksylowych α-ketoglutaranowy nukleotydów adeninowych

rodzaj kotransportu antyport symport antyport antyport antyport antyport

wymieniane związki H2PO4 / OH pirogronian- / H+ jabłczan2- lub bursztynian2lub fumaran2- / HPO42jabłczan2- / cytrynian3- + H+ jabłczan2- / ketoglutaran2ADP3- / ATP4- *
-

uwagi i odnośniki

blokowany przez atraktylozyd

7. glutaminowo – asparaginianowy antyport glutaminian2- / asparaginian28. karnitynowo – acylokarnitynowy patrz punkt V-5-b 9. ornitynowy patrz punkt VI-2-d 10. aa obojętnych 11. glutaminowy * – Przenośnik ten współdziała z przenośnikiem fosforanowym w elektroobojętnym transporcie substratów do fosforylacji oksydacyjnej. Tłumaczy to, dlaczego synteza 1 cząsteczki ATP wymaga transportu 4 H+ – poniewaŜ 1 z nich zuŜywany jest na symport z fosforanem nieorganicznym, a 3 – na właściwą fosforylację oksydacyjną, tj. do pracy syntazy ATP (por. dalej). c) pompy jonowe

Transport aktywny róŜni się od biernego przede wszystkim tym, Ŝe aby zachodzić wymaga nakładu energii swobodnej (na tę formę transportu zuŜywanych jest 30 – 40 % energii produkowanej przez komórkę). Jako proces niekorzystny energetycznie wymaga sprzęŜenia z innym, bardziej korzystnym procesem (procesy endoergiczne zachodzą wyłącznie wtedy, jeśli są sprzęŜone z procesami egzoergicznymi) – tym ostatnim moŜe być hydroliza ATP, ruch elektronów lub światło (u roślin). Transport aktywny wykazuje pewne podobieństwa z dyfuzją ułatwioną: oba przebiegają z udziałem białek transportowych, występujących w dwóch stanach konformacyjnych (w przypadku transportu aktywnego nie są to translokazy, lecz pompy – por. dalej), wykazują swoistość względem jonów, aa i węglowodanów, wykazują cechy reakcji enzymatycznej, choć bez interakcji kowalencyjnych (por. wyŜej). Główne róŜnice pomiędzy nimi polegają na tym, Ŝe transport aktywny jest jednokierunkowy (a dyfuzja ułatwiona – dwukierunkowa) oraz Ŝe zachodzi on zawsze przeciwnie do kierunku wyznaczonego przez gradient stęŜeń (właśnie do jego przełamania wymagana jest energia). Jak wspomniano, białkami aktywnie transportującymi cząsteczki przez błonę są pompy. WyróŜnia się dwa rodzaje pomp wykorzystujących ATP – ATP-azy typu P oraz białka ABC – pompy posiadające kasetę wiąŜącą ATP (ang. ATP binding cassette = ABC). Te pierwsze ulegają fosforylacji w miejscu specyficznej reszty Asp i mogą podlegać zmianom konformacyjnym; cykl ich pracy przedstawia się następująco: pompa w wyjściowym stanie konformacyjnym wiąŜe cząsteczki: ATP oraz substancji przenoszonej – np. jonu, ATP ulega rozszczepieniu, a jego grupa γ-fosforanowa – przeniesieniu na specyficzną resztę Asp, powyŜsza fosforylacja przesuwa równowagę w kierunku drugiego stanu konformacyjnego, co powoduje wyeksponowanie miejsca wiązania po drugiej stronie błony, pozwalając przenoszonej cząstce na odłączenie się, niŜsze powinowactwo pompy do jonu w drugim stanie konformacyjnym powoduje ich dysocjację, wraz z uwolnieniem jonu uwalniana jest równieŜ grupa fosforanowa, zdefosforylowana pompa powraca do pierwotnego stanu konformacyjnego. Do pomp typu ATPazy typu P naleŜą m. in.: Na+/K+-ATPaza – integralne białko błonowe obecne w większości komórek organizmu, zwłaszcza w komórkach pobudliwych. Wymaga do pracy obecności fosfolipidów. Posiada miejsca wiąŜące dla wszystkich trzech składników, tj. ATP, Na+ i K+. Hydroliza ATP (i praca pompy) zachodzi tylko w sytuacji, gdy obydwa jony są związane. Podczas jednego cyklu pracy 3 jony Na+ transportowane są na zewnątrz komórki, a 2 jony K+ do jej wnętrza. Pompa sodowo-potasowa jest elektrogenna, tzn. ma pewien (ok. 10 %) wkład w utrzymywanie błony w stanie spolaryzowanym (utrzymywanie potencjału spoczynkowego). Pracę Na+/K+-ATPazy hamują inhibitory – glikozydy nasercowe: ouabaina (strofantyna – glikozyd skrętnika) oraz digoksyna i digitoksyna (glikozydy naparstnicy), stosowane jako leki zwiększające kurczliwość mięśnia sercowego, wskazane gł. w stanach jego niewydolności.

- 49

Ca2+-ATPaza – występuje gł. w retikulum sarkoplazmatycznym miocytów. Jej praca polega na transporcie jonów wapniowych do wnętrza ER, co pozwala na rozkurcz mięśnia. Pod względem budowy stanowi ona pojedynczy polipeptyd. Posiada 3 domeny cytoplazmayczne pełniące odmienne funkcje: wiązanie ATP (domena N), przyjmowanie grupy fosforanowej (domena P) oraz regulacja domeny N (domena A). W czasie pracy następuje zbliŜenie domen N i P. H+/K+-ATPaza – pompa protonowa obecna w komórkach okładzinowych Ŝołądka. Poprzez transport protonów do jego światła utrzymuje silnie kwaśny odczyn, pozwalając na aktywację enzymów i niszcząc bakterie. Jej funkcja jest regulowana przez ACh (receptor M1) i histaminę (receptor H2). H+-ATPaza – syntaza ATP ma zdolność do hydrolizy ATP i transportu protonów (por. punkt III-6 – fosforylacja oksydacyjna). I- – pompa jodkowa – występuje w tarczycy, gdzie transportuje aniony jodu do komórek nabłonka pęcherzyków tarczycowych, umoŜliwiając ich przenoszenie na aa i syntezę hormonów tarczycy (patrz punkt VI-3). Do pomp posiadających kasetę wiąŜącą ATP naleŜą m. in. białko oporności wielolekowej (ang. multidrug resistance = MDR) oraz przezbłonowe białko regulacyjne zwłóknienia torbielowatego tj. mukowiscydozy (ang. cystic fibrosis transmembrane regulator = CFTR). KaŜde z nich składa się z 4 domen – dwóch kaset wiąŜących ATP (ABC) oraz dwóch domen łączących z błoną. d) wymienniki Oprócz opisanych białek transportowych wyróŜnia się jeszcze tzw. wymienniki, czyli białka transportujące II rzędu. Ich wyjątkowość polega na sprzęganiu transportu wbrew gradientowi stęŜeń jednej substancji z transportem zgodnym z gradientem innej substancji. Przykładem jest wymiennik Na+/Ca2+, wykorzystujący gradient jonów Na+ do odkomórkowego transportu jonów Ca2+ (w stosunku stechiometrycznym 3 Na+ : 1 Ca2+). Cechuje się on imponującą wydajnością, moŜe bowiem transportować z prędkością do 2000 jonów/s, podczas gdy Ca2+-ATPaza – jedynie 30 jonów/s. Niezbędny do pracy przenośnika gradient jonów Na+ utrzymywany jest przez Na+/K+-ATPazę. 3. a) Oksydoreduktazy, ich kofaktory i grupy prostetyczne klasyfikacja oksydoreduktaz

Oksydoreduktazy (EC 1) to enzymy katalizujące reakcje typu redox. WyróŜnia się wśród nich 4 klasy: oksydazy, dehydrogenazy, peroksydazy i oksygenazy. • Oksydazy katalizują oderwanie od substratu atomów wodoru i przeniesienie ich na atom tlenu: AH2 + ½ O2 → A + H2O AH2 + ½ O2 → A + H2O2 Przykładem oksydazy jest oksydaza cytochromowa. Oksydazy są metaloflawoproteinami, gdyŜ wymagają do katalizy atomów metali (Fe, Cu) oraz grup prostetycznych w postaci nukleotydów flawinowych. Dehydrogenazy, w przeciwieństwie do oksydaz, nie mogą uŜywać tlenu jako akceptora atomów wodoru, przenoszą je natomiast z jednego substratu na drugi: AH2 + B → A + BH2 Przykładem dehydrogenaz są cytochromy: b, c1, c i a; zawierają one atom Fe, a ich funkcją jest transport elektronów pomiędzy flawoproteinami a oksydazą cytochromową. Niektóre z dehydrogenaz posiadają flawinowe grupy prostetyczne, inne zaś wymagają obecności koenzymów nikotynamidowych. Peroksydazy – rozkładają nadtlenki, przez co chronią ustrój przed skutkami stresu oksydacyjnego (por. punkt III-7 – ochrona przed RFT). Klasyczne peroksydazy utleniają pewien substrat, w celu uzyskania atomów wodoru do redukcji atomu tlenu w cząsteczce nadtlenku wodoru: H2O2 + AH2 → A + 2 H2O. Tak działa np. peroksydaza glutationowa. Katalaza (CT) – zawiera 4 grupy hemowe; katalizuje reakcję dysproporcjonowania nadtlenku wodoru i nie wymaga dodatkowych substratów: 2 H2O2 → 2 H2O + O2

- 50

Oksygenazy – katalizują bezpośrednie przeniesienie i przyłączenie tlenu do cząsteczki substratu; uczestniczą w reakcjach syntezy lub degradacji metabolitów. Dioksygenazy przyłączają oba atomy tlenu do cząsteczki substratu: A + O2 → AO2. Przykładem jest dioksygenaza homogentyzynowa (enzym biorący udział w szlaku katabolizmu aa Tyr – patrz punkt VI-3). Monooksygenazy przyłączają jeden z atomów tlenu do cząsteczki substratu, tworząc grupę hydroksylową (stąd inna nazwa – hydroksylazy), zaś drugi atom tlenu znajduje się ostatecznie w cząsteczce wody: AH + O2 + Z-H2 → AOH + H2O + Z. Do monooksygenaz naleŜy m. in. cytochrom b5 (patrz punkt VII-4-b – ochrona erytrocytów przed RFT, redukcja methemoglobiny) oraz cytochrom P450 (CYP) (patrz punkt III-8 – utlenianie mikrosomalne).

b) kofaktory i grupy prostetyczne przenoszące protony i elektrony • Do nukleotydów flawinowych naleŜą FMN i FAD. Ich prekursorem jest ryboflawina (witamina B2), składająca się z flawiny, zawierającej pierścień izoalloksazynowy oraz z D-rybitolu.

FMN – mononukleotyd flawinowy – powstaje z ryboflawiny przez jej fosforylację z udziałem kinazy ryboflawinowej (flawokinazy): ryboflawina + ATP →flawokinaza→ FMN + ADP FMN moŜe przyłączać 2 atomy wodoru (2 H+ + 2 e-), przechodząc z formy utlenionej (FMN) przez pośrednią – semichinonową (FMNH*) w zredukowaną (FMNH2). Miejscem wiązania atomów wodoru jest fragment izoalloksazynowy:

FMN jest silniejszym czynnikiem utleniającym niŜ NAD+ (por. dalej). Pełni on funkcję grupy prostetycznej m. in. w oksydazie α-aminokwasów. FAD – dinukleotyd flawinoadeninowy – składa się z FMN oraz AMP. W sposób analogiczny do FMN ma zdolność przyłączania 2 atomów wodoru, czemu towarzyszy redukcja do FADH2. W tej zredukowanej formie FAD moŜe funkcjonować jako substrat fosforylacji oksydacyjnej (por. dalej). Stanowi on grupę prostetyczną np. dehydrogenazy aldehydowej.

- 51

Koenzymami nikotynamidowmi są NAD+ oraz NADP+. Ich prekursorem jest witamina PP (niacyna, kwas nikotynowy i jego amid kwasowy).

NAD+ – dinukleotyd nikotynamidoadeninowy – składa się z nukleotydu niacynowego (nikotynamid + ryboza + {P}) oraz AMP. MoŜe on związać jeden proton i dwa elektrony (H+ + 2 e-; jest to wynikiem zgromadzenia na atomie azotu ładunku dodatniego – por. rys.), przechodząc z formy utlenionej (NAD+) w zredukowaną (NADH). JeŜeli dostarczane są 2 protony, to wiązaniu ulega tylko jeden z nich, a pozostaje w środowisku reakcji, dlatego teŜ formę zredukowaną zapisuje się: NADH + H+. Miejscem wiązania protonu i elektronów jest pierścień nikotynamidowy:

Forma zredukowana (NADH + H+) moŜe stanowić substrat fosforylacji oksydacyjnej. NAD+ jest koenzymem enzymów biorących udział w oksydacyjnych szlakach metabolicznych (katabolicznych). NADP+ – fosforan NAD+ – róŜni się od NAD+ obecnością reszty {P}, połączonej z C2’ rybozy nukleotydu adeninowego. Przyłączanie protonu i dwóch elektronów zachodzi identycznie jak w przypadku NAD+. RóŜnica polega na tym, Ŝe NADPH + H+ nigdy nie stanowi bezpośredniego substratu fosforylacji oksydacyjnej. Pełni on natomiast rolę koenzymu enzymów uczestniczących w syntezach redukcyjnych, np. dehydrogenaz PPP czy enzymów steroidogenezy (szlaki anaboliczne). • Koenzym Q, ubichinon, (CoQ, UQ, Q) – składa się z pierścienia p-benzochinonu, do którego wolnych atomów węgla przełączone zostały grupy boczne – jedna metylowa, dwie zmetylowane hydroksylowe (metoksy-) oraz jeden boczny łańcuch poliizoprenowy. Ten ostatni składa się ze zmiennej (6-10) liczby reszt izoprenowych (-CH2-CH=C(CH3)-CH2-), wskutek czego przedstawicieli rodziny CoQ opisuje się podając właśnie ilość tych reszt. Znane są cząsteczki Q6 – Q10, przy czym w ludzkich mitochondriach dominuje ta ostatnia.

- 52

Dzięki obecności pierścienia benzochinonowego cząsteczka CoQ moŜe przyłączać i transportować 2 H+ i 2 e-. Redukcja formy utlenionej – ubichinonu do formy zredukowanej – ubichinolu zachodzi dwustopniowo: wpierw przyłącza się jedna para H+ + e-, w wyniku czego powstaje rodnikowa forma semichinonowa („pół-chinonowa”), a następnie druga para H+ + e-, dając zredukowany ubichinol. Ten z kolei moŜe oddać protony i elektrony, powracając do formy utlenionej. Fizjologicznie CoQ podlega ciągłym cyklicznym przemianom: Q → QH* → QH2 → Q itd. Ze względu na znaczną mobilność, koenzym Q pełni funkcję przenośnika elektronów między nieruchomymi – bo wbudowanymi w wewnętrzną błonę mitochondrialną – kompleksami łańcucha oddechowego. Ubichinon zbiera równowaŜniki redukujące z kompleksów I i II, po czym przekazuje je na kompleks III (por. dalej). • Centra Ŝelazo-siarkowe (Fe:S) – są to ugrupowania atomów Fe i S, mające zdolność odwracalnego wiązania elektronów, stanowiące grupy protetyczne pewnych białek – z tego powodu równieŜ określanych jako Ŝelazo-siarkowe. PoniewaŜ atomy Ŝelaza wchodzące w skład centrów nie są składnikami cząsteczek hemu, ale biorą udział w katalizie, określa się jako Ŝelaza niehemowe. Centra związane są z białkami poprzez wiązania tworzące się między atomami Fe niehemowego, a atomami siarki reszt Cys lub azotu reszt His (por rys.). Atomy siarki występujące między atomami Ŝelaza w obrębie centrów wykazują wraŜliwość na działanie niskich wartości pH. Znanych jest kilka rodzajów centrów Fe:S, róŜniących się ilością i składem atomów, przy czym najistotniejszymi są Fe2S2 i Fe4S4. Struktura centrów Fe:S cechuje się regularnością i symetrią (por. rysunki). Ich zdolność do wiązania i oddawania elektronów wynika z moŜliwości występowania atomów Ŝelaza na róŜnych stopniach utlenienia – II i III. Podczas wiązania e- atom Ŝelaza ulega redukcji do Fe2+, zaś podczas oddawania eŜelazo utlenia się do Fe3+. Fizjologicznie centra te stanowią jednoelektronowe pomosty, transportujące elektrony z flawoprotein na koenzym Q oraz z koenzymu Q na cytochrom c1.

4.

Transport atomów wodoru przez błonę mitochondrialną

Mitochondria są organellami komórkowymi, których główną funkcją jest produkcja energii. Energia ta gromadzona jest w wysokoenergetycznych wiązaniach ATP. Proces syntezy ATP nazywa się fosforylacją oksydacyjną; fosforylacja wykorzystuje energię róŜnicy stęŜeń (gradientu) protonów po obu stronach wewnętrznej błony mitochondrialnej. Gradient ten wytarzany jest z kolei przez układ białek błonowych, zwany łańcuchem oddechowym, który wymaga obecności zredukowanego substratu, od którego mógłby odebrać atomy wodoru i wykorzystać ich energię, aby ostatecznie przekazać je na tlen. Substratami łańcucha oddechowego są głównie zredukowane formy nukleotydów – NADH oraz FADH2; inne związki wykorzystywane są w ten sposób, Ŝe ulegają utlenieniu, przekazując swoje atomy wodoru na NAD+ lub FAD, które są przez to redukowane. Źródła przenośników redukujących dzieli się na wewnątrz- i pozamitochondrialne.

- 53

• •

Źródłem pochodzącym z samych mitochondriów jest NADPH, który moŜe przekazać atomy wodoru na NAD+ dzięki aktywności transhydrogenazy: NADPH + H+ + NAD+ →transhydrogenaza→ NADP+ + NADH + H+. Przenośniki pozamitochondrialne, aby móc zostać wykorzystane do pozyskania energii, muszą wpierw znaleźć się wewnątrz mitochondriów. Nie mogą jednak swobodnie pokonać bariery w postaci podwójnej błony mitochondrialnej, dlatego teŜ są przez nią przenoszone za pośrednictwem par substratów sprzęŜonych odpowiednimi dehydrogenazami. Istnieją dwa takie układy transportujące: Układ glicerolo-3-fosforanowy – utworzony jest przez glicerolo-3-{P} (forma zredukowana) oraz {P}dihydroksyaceton (forma utleniona). Występuje on w mózgu, brunatnej tkance tłuszczowej, białej tkance mięśniowej oraz w wątrobie. Transport z jego udziałem obarczony jest stratami energii, gdyŜ zredukowana forma NADH, z której moŜe powstać maks. 2,5 cząsteczki ATP (patrz punkt III-8), wymieniana jest na zredukowaną formę FADH2, z której moŜe powstać jedynie 1,5 cząsteczki ATP.

Układ szczawiooctan – jabłczan – asparaginian jest bezstratnym sposobem transporty. Jest to układ uniwersalny, powszechnie występujący w organizmie:

OA – szczawiooctan, M – jabłczan, Asp – asparaginian, Glu – glutaminian, αKG – α-ketoglutaran MDH – dehydrogenaza jabłczanowa, AT – aminotransferaza (transaminaza) 1 – przenośnik α-ketoglutaranowy, 2 – przenośnik glutaminianowo – asparaginianowy 5. Łańcuch oddechowy

Łańcuch oddechowy jest to złoŜony układ wielu białek, zlokalizowany na wewnętrznej błonie mitochondrialnej, którego funkcją jest utlenianie równowaŜników redukujących. Substratami łańcucha są zredukowane formy nukleotydów nikotynamidowych (NADH) i flawinoadeninowych (FADH2). Praca łańcucha polega na odebraniu im protonów i elektronów (ich utlenieniu), a następnie na kontrolowanym przepływie tych cząstek (H+ + e-) przez kolejne ogniwa łańcucha o wzrastającym potencjale redox. Przepływowi temu towarzyszy stopniowe uwalnianie energii tych cząstek. Wielkość uwolnionej energii jest proporcjonalna do róŜnicy potencjałów oksydoredukcyjnych układów wymieniających między sobą elektrony (∆G = -n.F.∆V; G – energia swobodna, n – liczba elektronów, F – stała Faradaya – 96500 C/mol, V – potencjał redox). Przenoszenie elektronów pomiędzy ogniwami katalizowane jest przez odpowiednie dehydrogenazy. Wyjątkiem jest ostatnia reakcja, polegająca na przeniesieniu protonów na tlen i utworzeniu w ten sposób cząsteczki wody, katalizowana

- 54

przez oksydazę. Powstająca energia zuŜywana jest przez pompy protonowe samego łańcucha do transportu protonów (H+) z macierzy (matrix) mitochondrialnej do przestrzeni międzybłonowej. W ten sposób po obu stronach wewnętrznej błony mitochondrialnej tworzy się róŜnica stęŜeń protonów – innymi słowy powstaje przezbłonowy gradient stęŜenia protonów, a dodatkowo – poniewaŜ od [H+] zaleŜne jest pH – gradient pH. Powstała róŜnica stęŜeń wykorzystywana jest do syntezy związku wysokoenergetycznego – ATP – w procesie oksydacyjnej fosforylacji. Jak wspomniano, w skład łańcucha oddechowego wchodzi bardzo wiele cząsteczek białkowych. Nie są one jednak ani bezładnie rozrzucone ani mobilne, lecz zorganizowane w 4 nieruchome kompleksy, przechodzące przez całą błonę wewnętrzną, oznaczone kolejnymi numerami rzymskimi (I – IV). KaŜdy kompleks przedstawia układ redox, posiadający określony potencjał utleniający; jak wyŜej zaznaczono, elektrony przechodzą kolejno przez kompleksy o wzrastających potencjałach. Kompleksy I, III i IV wykazują aktywność pomp protonowych, transportując jony H+ na zewnątrz błony wewnętrznej. PoniewaŜ kompleksy nie mają moŜliwości ruchu, istnieją dodatkowe ruchome przenośniki – koenzym Q oraz cytochrom c. Kompleks I określany jest jako dehydrogenaza NADH bądź oksydoreduktaza NADH : ubichinon. Zawiera on grupę prostetyczną – FMN oraz centra Fe:S – zarówno Fe2S2, jak i Fe4S4. Kompleks ten katalizuje wpierw przeniesienie 2 H+ i 2 e- z NADH + H+ na FMN – powstaje w ten sposób NAD+ i FMNH2. Następnie protony i elektrony są rozdzielane – te pierwsze wędrują do matrix, a te drugie podlegają transportowi przez centra Fe:S. Ostatecznie elektrony zostają przekazane na ubichinon, który dobiera sobie 2 protony z matrix, dając zredukowany ubichinol (Q → QH2). Układ NAD+ / NADH posiada potencjał -0,32 V, zaś układ ubichinon / ubichinol – +0,10 V. Energia uwolniona w wyniku przejścia substratów między tymi układami słuŜy do transportu 4 protonów z macierzy do przestrzeni międzybłonowej. Kompleks II nosi nazwę oksydoreduktazy bursztynian : ubichinon lub inaczej dehydrogenazy bursztynianowej (SDH). Zawiera FAD oraz centra Fe:S. SDH stanowi jeden z enzymów cyklu Krebsa (por. punkt II-9), jednocześnie dostarczający równowaŜników redukujących do łańcucha oddechowego. SDH katalizuje reakcję odwodornienia bursztynianu i przeniesienia 2 H+ + 2 e- na FAD; daje to w efekcie malonian oraz FADH2. Następnie protony i elektrony są rozdzielane – protony tradycyjnie wędrują do matrix, a elektrony transportowane są przez centra Fe:S. Elektrony, a za nimi protony, przyłączają się do ubichinonu, redukując go. Układ bursztynian / fumaran posiada potencjał +0,03 V. Wyjątkowo jednak przepływowi substratów przez kompleks II nie towarzyszy przezbłonowy transport protonów. Kompleks II jako jedyny nie jest związany z aktywnością pompy protonowej, w związku z czym nie występuje tu przyrost (zysk) energetyczny. Kompleks III to z kolei oksydoreduktaza ubichinon : cytochrom c. Zawiera on centrum Fe2S2, cytochrom b w tzw. formie niskiej (bL) i wysokiej (bH) oraz cytochrom c1. Cząsteczki CoQ – zarówno te zredukowane w kompleksach I i II, jak i posiadające protony przyłączone bezpośrednio z matrix (por. dalej) – oddają swoje protony do przestrzeni międzybłonowej, przez co powracają do formy ubichinonowej (Q). Elektrony natomiast wędrują dwiema drogami – jedna część przekazywana jest kolejno: na centrum Fe:S, na cytochrom c1, a ostatecznie na cytochrom c, druga część natomiast łączy się z cytochromem bL, który w wyniku tego przekształca się w bH. Ten ostatni przekazuje elektrony znów na cząsteczką ubichinonu, która dobiera sobie bezpośrednio 2 protony z matrix, powiększając w ten sposób pulę QH2. Cytochrom c, podobnie jak CoQ, stanowi rozpuszczalny transporter, odbierający elektrony z kompleksu III i oddający go kompleksowi IV. Układ cytochrom c utleniony / zredukowany posiada potencjał +0,22 V. Energia uwolniona z substratów przechodzących przez kompleks III wystarcza do transportu 4 protonów na zewnątrz błony. Kompleks IV to oksydoreduktaza cytochrom c : tlen lub krócej – oksydaza cytochromowa. Posiada on cytochromy a i a3 (z których kaŜdy zawiera Ŝelazo hemowe) oraz 2 atomy miedzi – CuA i CuB. Elektrony oddane kompleksowi IV przez cytochrom c1 wiązane są wpierw przez atomy CuA (dzięki moŜliwości przejścia Cu2+ ↔ Cu+), następnie przekazywane na hem a, dalej – na atomu CuB i hem a3, aby ostatecznie posłuŜyć do redukcji cząsteczki tlenu (½ O2 → ½ O2-). Ta ostatnia przyciąga 2 protony z matrix, dając w reakcji końcowy produkt łańcucha oddechowego – cząsteczkę wody. Układ tlen / woda ma potencjał redox równy + 0,82 V. Energia z transportu substratów przez ostatni kompleks przekłada się na przeniesienie dwóch protonów przez wewnętrzną błonę mitochondrialną. Podsumowując – substraty, redukując kolejne układy o coraz to wyŜszym potencjale, tracą stopniowo energię, zuŜywaną na wytworzenie gradientu protonowego. RóŜnica potencjału pomiędzy skrajnymi ogniwami łańcucha – NAD+ / NADH oraz O2 / H2O – wynosi: ∆V = +0,82 – (-0,32) = 1,14 V, co przekłada się na energię: ∆G = - 2 mol . 1,14 V . 96500 C/mol ≈ - 220 kJ. Znak ujemny przed wynikiem oznacza, iŜ jest to energia oddana przez substraty. Warto zwrócić uwagę na róŜnicę drogi, jaką pokonują protony i elektrony z NADH, a jaką z FADH2: substraty z tego pierwszego źródła przechodzą przez kompleksy I, III i IV, co daje w sumie 4 + 4 + 2 = 10 protonów przeniesionych na zewnątrz błony, natomiast z drugiego – pokonują kompleksy II, III i IV, ale poniewaŜ II nie pompuje protonów, transportowi ulega tylko 4 + 2 = 6 z nich. Płynie stąd wniosek, iŜ utlenianie NADH jest bardziej opłacalne niŜ utlenianie FADH2 (por. następny punkt).

- 55

6.

Fosforylacja oksydacyjna

Fosforylacja oksydacyjna to sprzęŜony z oddychaniem proces wytwarzania związku bogatoenergetycznego (ATP), zachodzący w mitochondrium. UmoŜliwia on organizmom tlenowym (aerobom) pozyskanie znacznie większej części dostępnej energii swobodnej substratów oddechowych w porównaniu z organizmami beztlenowymi (anaerobami). Źródłem energii do syntezy ATP jest wytworzony przez łańcuch oddechowy przezbłonowy gradient stęŜenia protonów i pH. Ta róŜnica potencjału elektrochemicznego wykorzystywana jest przez „jednostki fosforylujące”, pokrywające wewnętrzną powierzchnię błony mitochondrialnej. Taka pojedyncza jednostka składa się z wielu podjednostek białkowych, które moŜna podzielić na dwa kompleksy – F0 i F1. Hydrofobowy kompleks F0 przechodzi przez wewnętrzną błonę mitochondrialną. Składa się z 6 podjednostek, w obrębie których wyróŜnia się 4 róŜne łańcuchy polipeptydowe. Najmniejsza z podjednostek tworzy transbłonowy kanał jonowy, przeznaczony dla protonów. Oba kompleksy połączone są za pośrednictwem trzonka (szyjki), równieŜ złoŜonego z szeregu podjednostek. NaleŜą do nich m. in.: inhibitor F1 regulujący przepływ protonów i syntezę ATP, OSCP – białko warunkujące wraŜliwość na oligomycynę oraz podjednostka Fc2 (F6). Hydrofilowy kompleks F1 (czynnik sprzęgający 1) ma w przybliŜeniu kształt kuli o średnicy 8,5 nm i znajduje się po wewnętrznej stronie błony. Składa się z 5 rodzajów podjednostek, występujących w relacji stechiometrycznej α3β3γδε (czyli łącznie 9 o wspólnej masie: 3 x 56 + 5 x 53 + 34 + 14 + 6 = 378 kD). Kompleks F1 wykazuje aktywność syntazy ATP transportującej H+, której praca uwarunkowana jest przechodzeniem protonów przez kanał w kompleksie F0 oraz przez sam kompleks F1. Substratami do syntezy ATP są ADP i Pi. Historycznie rzecz biorąc, powstało kilka teorii wyjaśniających proces syntezy ATP. Jedne z nich zostały juŜ odrzucone jako nieprawdziwe, inne wciąŜ funkcjonują i stanowią współczesne podejście do istoty fosforylacji. Teoria sprzęŜenia chemicznego zakładała bezpośrednie sprzęŜenie chemiczne na wszystkich etapach procesu syntezy ATP, tak jak to ma miejsce w reakcjach generujących ATP w szlaku glikolizy (por. punkt IV-4-a). Teoria ta została odrzucona, poniewaŜ nie udało się wyizolować bogatoenergetycznych pośredników łączących procesy utleniania i fosforylacji. Teoria chemiosmotyczna (Mitchell) zakłada, Ŝe energia z procesów utleniania przenośników w łańcuchu oddechowym wykorzystywana jest przez pompy protonowe związane z kompleksami I, III i IV do transportu protonów na zewnątrz sprzęgającej (tzn. wewnętrznej) błony mitochondrialnej. Ta ostatnia jest zasadniczo nieprzepuszczalna dla jonów, a zwłaszcza dla protonów, które gromadząc się po jej zewnętrznej stronie, wytwarzają przezbłonową róŜnicę potencjału elektrochemicznego (∆µH+), na który składa się potencjał chemiczny (∆pH) i potencjał elektryczny (∆E). Termodynamicznie uwarunkowany, swobodny przepływ protonów w tym układzie skierowany jest od matrix do przestrzeni międzybłonowej. Syntaza ATP, zawierając kanał jony, umoŜliwia ten przepływ, a dodatkowo pochłania część jego energii, magazynując ją w odpowiednich wiązaniach ATP. Teoria ta, choć dobrze tłumaczy działanie syntazy ATP, nie wyjaśnia do końca wszystkich aspektów tego procesu. Wykazano bowiem, Ŝe to nie sama reakcja syntezy ATP wymaga dostarczenia zewnętrznej energii, a raczej etap uwalniania tego związku z centrum katalitycznego enzymu. Przypuszczano, iŜ wymaga to zajścia zmian konformacyjnych w obrębie kompleksu F1, do czego miałby być niezbędny gradient protonowy. Hipoteza konformacyjna (Boyer) definitywnie dowodzi, iŜ rolą gradientu protonowego nie jest udział w syntezie ATP, lecz odłączeniu produktu od syntazy oraz Ŝe 3 miejsca wiąŜące substraty w tym enzymie wzajemnie na siebie oddziałują. Wiązanie ADP + Pi do jednego miejsca pobudza usunięcie ATP z drugiego, czyli syntaza ATP wykazuje kooperatywność katalityczną. 3 podjednostki katalityczne β są wprawdzie identyczne, ale w kaŜdym momencie funkcjonalnie nierównowaŜne: jedno miejsce katalityczne występuje w formie otwartej O i ma znikome powinowactwo do substratów, drugie (L) wiąŜe substraty luźno i nie wykazuje aktywności katalitycznej, trzecie (T) wiąŜe substraty silnie i jest aktywne. W sytuacji T ↔ ATP, L ↔ ADP + Pi dostarczenie energii pobudza kaskadę przejść: T → O, L → T, O → L. Protony przepływają przez kanał w syntazie ATP jedynie wówczas, gdy konformacje L, O i T wzajemnie w siebie przechodzą. Te przejścia konformacyjne są powiązane najprawdopodobniej przez zmiany w oddziaływaniach między podjednostkami syntazy. Jak wiadomo, substratami do syntezy ATP są ADP i Pi. Aby reakcja syntezy mogła się dokonać, oba one muszą znaleźć się w bezpośrednim sąsiedztwie syntazy (tj. w matrix), dokąd muszą być przetransportowane przez odpowiednie przenośniki (por. punkt III-2-b). Do samego procesu syntezy ATP potrzebny jest przepływ przez kompleks F0F1 trzech protonów, jednak aby dostarczyć do matrix cząsteczkę fosforanu nieorganicznego, zuŜywany jest jeszcze czwarty – niezbędny do symportu z Pi. PoniewaŜ utlenianie NADH w łańcuchu oddechowym jest równowaŜne z transportem 4 + 4 + 2 = 10 protonów, zatem jedna cząsteczka NADH niesie ze

- 56

sobą tyle energii, ile potrzeba do syntezy 10 : 4 = 2,5 cząsteczki ATP. Przez analogię – utlenianie FADH2 przenosi przez błonę 4 + 2 = 6 protonów, więc niesie energię odpowiadającą 6 : 4 = 1,5 cząsteczki ATP. JeŜeli natomiast zsyntetyzowana cząsteczka ATP zostaje zuŜyta w obrębie matrix, to nie ma potrzeby symportu Pi (gdyŜ jest on juŜ dostępny z hydrolizy ATP), zatem do syntezy 1 ATP potrzeba jedynie energii przepływu 3 protonów. W tej sytuacji utlenianie cząsteczki substratu oddechowego przez dehydrogenazy zaleŜne od NAD+ i łańcuch oddechowy dostarcza 3 cząsteczek ATP, zaś przez dehydrogenazy zaleŜne od FAD – 2 cząsteczek ATP: S-H2 + NAD+ → S + NADH + H+ NADH + H+ + 3 ADP + 3 Pi → NAD+ + 3 ATP S-H2 + FAD → S + FADH2 FADH2 + 2 ADP + 2 Pi → FAD + 2 ATP Pod pojęciem trucizn oddechowych rozumie się związki chemiczne, które po dostaniu się do organizmu zaburzają procesy oddychania komórkowego – tj. hamują łańcuch oddechowy, obniŜają gradient protonów lub hamują oksydacyjną fosforylację. • inhibitory łańcucha oddechowego Barbiturany (amobarbital, amytol), piericydyna A i rotenon zaburzają przekazywanie elektronów z centrum Fe:S kompleksu I na CoQ. Dimerkaprol (BAL), antymycyna A i myksotiazol zaburzają transport z cytochromu c1 na c. Siakowodór (H2S), tlenek węgla (CO), cyjanki (CN-) i azydki (N3-) hamują aktywność oksydazy cytochromowej, m. in. przez wiązanie się z atomami Ŝelaza hemowego. Karboksyna i TTFA (czynnik chelatujące Fe) zaburzają przekazywanie równowaŜników z SDH na CoQ. Malonian jest kompetycyjnym inhibitorem SDH. • Związki rozprzęgające – są to substancje amfipatyczne, zwiększające przepuszczalność wewnętrznej błony mitochondrialnej dla protonów, przez co zmniejszają błonowy potencjał elektrochemiczny i wywołują spięcie syntazy ATP. W ich obecności procesy fizjologicznie związane (sprzęŜone) – łańcuch oddechowy i fosforylacja oksydacyjna – przebiegają niezaleŜnie od siebie (łańcuch pompuje protony, a fosforylacja nie zachodzi) – tzn. są rozprzeŜone, stąd nazwa. Do związków takich zalicz się m. in.: 2,4dinitrofenol (DNP), dinitrokrezol, pentachlorofenol, m-chlorokarbonylocyjanidofenylohydrazon (CCCP) oraz karboksycyjanek-p-trifluorometoksyfenylohydrazon (FCCP). • inhibitory fosforylacji oksydacjnej Oligomycyna, wiąŜąc się z podjednostką OSCP, całkowicie blokuje kompleks F0 – protony nie przepływają przez kanał i fosforylacj nie zachodzi. Związki takie jak: atraktylozyd, karboksyatraktylozyd czy kwas bongkrekowy hamowanie przenośnik antyportowy ADP / ATP. 7. Reaktywne formy tlenu (RFT, ang. ROS)

Wolne rodniki (oksydanty) to atomy, jony lub cząsteczki zdolne do samodzielnego Ŝycia, posiadające na ostatnim orbitalu niesparowany elektron. Powstają one w wyniku działania róŜnych czynników na materię: w reakcjach homolitycznego rozpadu wiązań, wyrwania atomu wodoru, wyrwania elektronu, addycji lub oksydacji. Rodniki odznaczają się ogromną reaktywnością. W reakcjach przebiegających z ich udziałem wyróŜnia się 3 etapy: inicjacji – działanie czynników: absorpcja, jonizacja (działanie promieniowaniem jonizującym), sonifikacja (działanie ultradźwiękami), reakcja red-ox, prolongacji – nie zmienia się nominalna ilość rodników, a jedynie właściwość ta przechodzi na rozmaite cząsteczki – nosicieli, terminacji – kiedy w wyniku reakcji powstanie trwały produkt. Rodniki powstają w Ŝywych komórkach, jak równieŜ przenikają do nich ze środowiska zewnętrznego. Do zjawisk odpowiedzialnych za generację RFT zaliczamy m. in.: nieszczelność łańcucha oddechowego (1 – 4 %) działanie NADPH-oksydazy: 2 O2 + NADPH → 2 O2-* + NADP+ + H+ działanie oksydazy ksantynowej (patrz punkt VI-4-d) toksyczne działanie wolnego Ŝelaza: Fe3+ + O2-* → Fe2+ + O2 (reakcja Habera – Weissa) Fe2+ + H2O2 → Fe3+ + OH- + HO* (reakcja Fentona) O2-* + H2O2 →Fe→ O2 + OH- + HO*

- 57

toksyczne działanie wolnej miedzi: Cu2+ + O2-* → Cu+ + O2 Cu+ + H2O2 → Cu2+ + OH- + HO* O2-* + H2O2 →Cu→ O2 + OH- + HO* Do zewnątrzkomórkowych źródeł wolnych rodników zaliczamy: spodki spoŜywcze, leki i chemikalia, zanieczyszczenia powietrza, ksenobiotyki domowe, tlen pod zwiększonym ciśnieniem, stres psychiczny, naraŜenie na promieniowanie. RFT są w małych stęŜeniach produkowane i wykorzystywane przez sam organizm w określonych celach. Fizjologicznie biorą one udział w: transporcie O2 przez HGB, aktywacji cytochromu P450, syntezie eikozanoidów oraz niszczeniu czynników zakaźnych – bakterii, wirusów i grzybów. Jednak znaczne zwiększenie ich poziomu jest dla organizmu bardzo szkodliwe – stan taki określa się jako stres oksydacyjny. Przyczyną toksycznego działania RFT w organizmie jest głównie rodnik hydroksylowy HO*. Przenosi on własny elektron na roŜne molekuły i odszczepia od nich protony, przez co zapoczątkowuje kaskadę uszkodzeń. Peroksydacja lipidów – markerem tego procesu jest stęŜenie aldehydu dimalonowego (OHC-CH2CHO). Cholesterol wchodzący w skład błon komórkowych (membranowy), jak równieŜ stanowiący składnik frakcji LDL lipoprotein, ulega utlenianiu do 7-oksocholesterolu; utlenianiu ulega równieŜ apolipoproteina B, stanowiąca białkowy składnik cząsteczek LDL (patrz punkt V-3-a i b). Na poziomie błonowym obserwuje się: modyfikację aktywności enzymów błonowych, utlenianie grup sulfhydrylowych (SH) białek błonowych i następowe zmiany ich konformacji, wzrost przepuszczalności błon i konsekwentne rozprzęgnięcie transportu przez nie, modyfikację stanu skupienia (płynności) oraz polaryzacji błon. Z kolei peroksydacja LDL powoduje zaburzenie ich rozpoznawania przez komórki wątrobowe, wobec czego zmiatane są przez makrofagi, które w wyniku przeładowania lipidami osiadają w ścianie naczyń jako tzw. komórki piankowe; jest to istota powstawania blaszki miaŜdŜycowej. Uszkodzenia białek dotyczą gł. reszt bocznych aa. Uszkodzenie struktury białka moŜe być wynikiem jego fragmentacji bądź tworzenia wiązań krzyŜowych między aa, co moŜe wpływać na aktywność enzymatyczną, podatność proteolityczną oraz właściwości antygenowe. Najczęstsze uszkodzenia to: oksydacyjna modyfikacja Cys i Met – utlenianie atomu siarki, utlenianie metali w metaloproteinach, modyfikacje sacharydów w glikoproteinach, tworzenie wiązań krzyŜowych – gł. H-H, H-W, H-Y, Y-Y, fragmentacja białka: oksydacyjna modyfikacja Pro i hydroliza reszty Pro z powstaniem Nglutamylopeptydu bądź powstanie endonadtlenku His. Uszkodzenia DNA mogą dotyczyć modyfikacji zasad azotowych, przemiany reszt cukrowej, rozerwania wiązania glikozydowego lub fosfodiestrowego, powstania dimerów tymidynowych itp. puryny: atak na wiązanie C7-C8 → rozerwanie pierścienia imidazolowego → powstanie poch. pirymidyny, U → 5-hydroksy-U, 5,6-dihydroksy-U, 5-hydroksymetylo-U, C → 5-hydroksy-C, 5,6-dihydroksy-C, T → 5,6-dihydro-T, glikol T, 5-hydroksy-6-hydro-T. • Mechanizmy obronne komórek przed stresem oksydacyjnym: enzymatyczne: dysmutaza ponadtlenkowa (SOD) – dysproporcjonowanie O2-*: 2 O2-* + 2 H+ → H2O2 + O2 katalazy (CT) – rozkład nadtlenku wodoru: H2O2 → H2O + ½ O2 peroksydazy, np. glutationowa – rozkład H2O2 z wykorzystaniem zredukowanego substratu: H2O2 + S-H2 → 2 H2O + A nieenzymatyczne: białka: obronne, np. albumina kontrolujące obieg metali – Fe (ferrytyna, transferryna), Cu (cerulplazmina) witaminy: wit. C – kwas askorbinowy – antyoksydant fazy wodnej: askorbinian →-2H→ dehydroaskorbinian wit. E – tokoferol – antyoksydant fazy lipidowej W reakcji zmiatania rodnika lipidowego sam przekształca się w formę rodnikową, po czym na granicy fazy lipofilnej i hydrofilnej redukowany jest przez askorbinian. karotenoidy: wit. A (retinol), α-, β-, γ-karoteny – antyoksydanty fazy lipidowej

- 58

związki niskocząsteczkowe: glutation (γ-glutamylocysteinyloglicyna) – we współpracy z peroksydazą glutationową: H2O2 + 2 GSH → 2 H2O + GSSG bilirubina związana z albuminą (osocze) kwas moczowy (śródbłonek, hepatocyty) melaniny – eumelanina i feomelanina (skóra) kreatynina, karnozyna, kwas α-lipoinowy (tiooktanowy), flawonoidy roślinne 8. Utlenianie mikrosomalne

Monooksygenazy systemów mikrosomalnych występują razem z cytochromami P450 i b5. NADH i NADPH dostarczają równowaŜników redukujących do redukcji tych cytochromów, które z kolei są utlenianie przez substraty w cyklu hydroksylacyjnym. Takie mikrosomalne układy hydroksylacyjne występują w: wątrobie, gdzie biorą udział w: przemianie poch. wit. D (hydroksylacja w pozycji 25), syntezie kwasów Ŝółciowych (patrz punkt V-9) detoksykacji ksenobiotyków, m. in. benzopirenu, aminopiryny, aniliny, morfiny, benzofelaminy, w nerkach, gdzie biorą udział w przemianie pochodnych wit. D (hydroksylacja w pozycjach 1α lub 24) (patrz punkt V-10 oraz VII-2-b) w korze nadnerczy, gonadach i łoŜysku) gdzie biorą udział w steroidogenezie (hydroksylacja w pozycjach 11β, 17α i 21α) (patrz punkt V-11). Schemat mikrosomalnej hydroksylacji: A-H + P450-Fe3+ → H-A-P450-Fe3+ H-A-P450-Fe3+ + e- → H-A-P450-Fe2+ H-A-P450-Fe2+ + O2 → H-A-P450-Fe2+-O2 H-A-P450-Fe2+-O2 + e- → H-A-P450-Fe2+-O2-* H-A-P450-Fe2+-O2-* + 2 H+ → P450-Fe3+ + A-OH + H2O Reakcje reduktazy NADPH – cytochrom P450 (dostarczanie 2 H+ i 2 e-): NADPH + H+ + FAD → NADP+ + FADH2 FADH2 + 2 Fe2S23+ → FAD + 2 Fe2S22+ + 2 H+ + 2 e9. Cykl Krebsa = cykl kwasu cytrynowego = cykl kwasów trójkarboksylowych (TCA)

Cyklem Krebsa nazywamy ciąg reakcji zachodzących w matrix mitochondrialnej, polegający na katabolizmie reszt acetylowych (kwasu octowego) z uwolnieniem równowaŜników wodorowych. Rola cyklu jest dwojaka. Po pierwsze dostarcza on substratów dla łańcucha oddechowego w postaci atomów wodoru przenoszonych na FAD i NAD+, ponadto dostarcza energii poprzez fosforylację substratową. Po drugie stanowi węzłowy punkt metabolizmu, gdyŜ kończą się na nim lub od niego zaczynają liczne szlaki metaboliczne: jest to punkt końcowy katabolizmu podstawowych składników pokarmowych (węglowodanów, lipidów i białek), jak równieŜ punkt wyjścia dla: glukoneogenezy, syntezy KT, transaminacji i dezaminacji. Enzymy cyklu zlokalizowane są w macierzy mitochondrialnej albo w formie wolnej albo przyłączone do wewnętrznej powierzchni wewnętrznej błony mitochondrialnej – ułatwia to przenoszenie równowaŜników redukujących na odpowiednie enzymy łańcucha oddechowego, umiejscowionego przecieŜ równieŜ w wewnętrznej błonie mitochondrialnej. a) reakcje cyklu

kondensacja: CH3CO-CoA (AcCoA) + HOOC-CO-CH2-COOH (szczawiooctan) + H2O →syntaza cytrynianowa→ → HOOC-CH2-C(OH)(COOH)-CH2-COOH (cytrynian) + CoA izomeryzacja – reakcję tą hamuje fluorocytrynian: cytrynian →akonitaza (hydrataza akonitanowa), -H2O→ HOOC-CH2-C(COOH)=CH-COOH (cis-akonitan) →akonitaza, Fe2+, +H2O→ → HOOC-CH2-CH(COOH)-CH(OH)-COOH (izocytrynian)

- 59

dehydrogenacja ((*): NAD+ – mitochondrium; NADP+ – mitochondrium / cytozol): izocytrynian + NAD+ →dehydrogenaza izocytrynianowa (*)→ → HOOC-CH2-CH(COOH)-CO-COOH (szczawiobursztynian) + NADH + H+ dekarboksylacja: szczawiobursztynian →dehydrogenaza izocytrynianowa, -CO2→ → HOOC-CH2-CH2-CO-COOH (α-ketoglutaran) oksydacyjna dekarboksylacja (patrz punkt III-10) – reakcję tę hamuje arsenin i Hg2+: α-ketoglutaran + NAD+ + CoA →kompleks oksydazy α-KG, -CO2→ → HOOC-CH2-CH2-CO~CoA (sukcynylo-CoA) + NADH + H+ oksydacyjna fosforylacja: sukcynylo-CoA + GDP + Pi →syntetaza sukcynylo-CoA = tiokinaza bursztynianowa (tworząca GDP/ADP)→ → HOOC-CH2-CH2-COOH (bursztynian) + GTP + CoA GTP + ADP → GDP + ATP dehydrogenacja – katalizuje jedyny enzym błonowy szlaku; reakcja hamowana przez malonian: bursztynian →dehydrogenaza bursztynianowa→ HOOC-CH=CH-COOH (cis) (fumaran) hydratacja: fumaran + H2O →fumaraza (hydrataza fumaranowa)→ HOOC-CH(OH)-CH2-COOH (L-jabłczan) dehydrogenacja: L-jabłczan + NAD+ →dehydrogenaza jabłczanowa→ HOOC-CO-CH2-COOH (szczawiooctan) + NADH + H+ b) bilans energetyczny cyklu dehydrogenaza izocytrynianowa dehydrogenaza α-ketoglutaranowa syntetaza sukcynylo-CoA dehydrogenaza bursztynianowa dehydrogenaza jabłczanowa NAD NAD substrat. FAD NAD 3 3 1 2 3 12 moli ATP

c)

powiązania z innymi szlakami – amfiboliczność cyklu węglowodany: glukoneogeneza (patrz punkt IV-4-b): szczawiooctan + GTP/ITP →karboksykinaza {P}-enolopirogronianowa (PEPCK)→ → {P}-enolopirogronian (PEP) + CO2 + GDP/IDP PEP →→ glukoza konwersja do szczawiooctanu: pirogronian + CO2 + H2O + ATP →karboksylaza pirogronianowa, biotyna (wit. H)→ → szczawiooctan + ADP + Pi lipidy (patrz punkt V-6-a): AcCoA (matrix) → cytynian →liaza ATP-cytrynian→ AcCoA (cytozol) →→ synteza KT aminokwasy – punkty wejścia szkieletów węglowych aa do cyklu Krebsa – patrz punkt VI-3

d) regulacja cyklu ogólna: kontrola oddechowa (łańcuch oddechowy i fosforylacja oksydacyjna) ↔ podaŜ utlenianych kofaktorów dehydrogenaz ↔ dostępność ADP ↔ szybkość zuŜywania ATP ↔ wysiłek organizmu

- 60

wewnętrzna: dehydrogenaza α-ketoglutaranowa – czynniki regulacji jak PDH (patrz punkt III-10) syntaza cytrynianowa ← hamowanie przez ATP i długołańcuchowe KT dehydrogenaza izocytrynianowa ← hamowanie przez ATP i NADH dehydrogenaza bursztynianowa ← hamowanie przez szczawiooctan ↔ dehydrogenaza jabłczanowa ↔ stosunek [NADH]/[NAD+] 10. Kompleks oksydazy α-ketokwasów W skład kompleksu oksydazy α-ketokwasów wchodzą po 6 łańcuchów kaŜdego z trzech składowych enzymów: swoistej dehydrogenazy (pirogronianowa, α-ketoglutaranowa), transferazy dihydrolipoamidowej oraz dehydrogenazy dihydrolipoamidowej, jak równieŜ 5 kofaktorów: DPT, kwas liponowy, CoA, FAD oraz NAD+. Kompleks stanowi regularny przestrzenny układ, poszczególne składowe są doń stale przyłączone i mają ograniczone moŜliwości ruchu. Zasada działania zostanie dokładnie omówiona na przykładzie kompleksu PDH. Kompleks dehydrogenazy pirogronianowej (PDH) katalizuje oksydacyjną dekarboksylację pirogronianu do AcCoA, przez co stanowi pomost m. in. pomiędzy szlakiem glikolizy, a cyklem Krebsa i syntezą KT. Na jeden cykl pracy kompleksu składa się 5 reakcji. • W pierwszej pirogronian ulega połączeniu z koenzymem – difosforanem tiaminy (TDP; poch. wit. B1) i dekarboksylacji: CH3COCOOH →PDH→ CH3-C(OH)-[TDP] (hydroksyetyl) + CO2 • W następnej hydroksyetyl ulega przeniesieniu z TDP na kolejny kofaktor kompleksu – lipoamid (połączenie kwasu liponowego z resztą Lys): hydroksyetyl →acetylotransferaza dihydrolipoamidowa→ acetylolipoamid • W trzeciej reakcji reszta acetylowa ulega przeniesieniu z lipoamidu na CoA, w wyniku czego powstaje produkt – AcCoA: Ac-lipoamid + CoA → dihydrolipoamid + AcCoA • PoniewaŜ produktem 3. reakcji jest lipoamid w formie zredukowanej, toteŜ w 4. następuje jego regeneracja z udziałem FAD: dihydrolipoamid + FAD →dehydrogenaza dihydrolipoamidowa→ lipoamid + FADH2 • Powstały FADH2 przekazuje atomy wodoru na NAD+, co stanowi wyjątkowe i niespotykane nigdzie indziej przejście: FADH2 + NAD+ → FAD + NADH + H+ Zredukowana forma NADH + H+ stanowi substrat łańcucha oddechowego. Kompleks PDH wraca do stanu wyjściowego i moŜe rozpocząć kolejny cykl pracy. Regulacja pracy kompleksu opiera się na: • allosterycznym hamowaniu przez produkty końcowe (AcCoA i NADH) • modyfikacjach kowalencyjnych w postaci odwracalnej fosforylacji (aktywność wykazuje forma zdefosforylowana): kinaza kompleksu PDH hamowana jest przez Ca2+, pirogronian (substrat) i dwuchlorooctan, zaś aktywowana przez wysokie wartości stosunków: [AcCoA]/[CoA], [NADH]/[NAD+] oraz [ATP]/[ADP], fosfataza aktywowana jest przez: Ca2+, Mg2+ oraz insulinę. W analogiczny sposób funkcjonuje kompleks dehydrogenazy α-ketoglutaranowej, stanowiący jeden z enzymów cyklu Krebsa. Rolę substratu pełni tu α-ketoglutaran, a produktu – sukcynylo-CoA. (por. punkt III-9-a)

- 61

ROZDZIAŁ IV – WĘGLOWODANY
1. • Budowa chemiczna, właściwości i funkcje cukrów prostych i złoŜonych klasyfikacja węglowodanów monosacharydy triozy (C3), tetrozy (C4), pentozy (C5), heksozy (C6), heptozy (C7) aldozy (polihydroksyaldehydy) / ketozy (polihydroksyketony) oligosacharydy: disacharydy, trisacharydy itd. polisacharydy homoglikany / heteroglikany pentozany / heksozany monosacharydy Stereoizomeria monosachrydów: Izomery konfiguracyjne D i L (enancjomery) – przynaleŜność zaleŜy od tego, po której stronie wystepuje grupa hydroksylowa przy ostatnim asymetrycznym atomie węgla. Skręcalność optyczna roztworów w prawo (+) bądź w lewo (-) jest niezaleŜna od izomerii D – L. Równomolową mieszaninę obu izomerów nazywamy recematem (mieszaniną racemiczną, DL-mieszaniną); w wyniku znoszenia się izomerii optycznej obu izomerów nie wykazuje ona aktywności optycznej. Piranozowe i furanozowe formy pierścieniowe – poprzez działanie grupy karbonylowej na reszty hydroksylowe, połoŜone przy dalszych atomach węgla, powstają pięcio- i sześcioczłonowe cykliczne formy monosacharydów. Przez podobieństwo ich budowy furanu lub piranu nazywamy je odpowiednio furanozami i piranozami. Powstanie form cyklicznych, tj. hemiacetali i hemiketali powoduje wystąpienie dodatkowego asymetrycznego atomu węgla. Mówimy przez to o anomerach α i β: anomer α występuje, gdy grupa karboksylowa przy atomie węgla hemi znajduje się po przeciwnej stronie niŜ reszta przy ostatnim atomie węgla tworzącym pierścień, gdy zaś obie grupy znajdują się po tej samej stronie – jest to anomer β. W roztworze ustala się stan równowagi pomiędzy obiema formami, co nosi nazwę mutarotacji. Epimerami nazywamy cząsteczki róŜniące się konfiguracją grup hydroksylowych przy atomach C2-C4. Szereg D-aldoz: aldehyd D-glicerynowy D-treoza D-liksoza D-taloza D-Gal • Szereg D-ketoz: dihydroksyaceton D-erytruloza D-ksyluloza D-tagatoza D-sorboza • D-fruktoza D-rybuloza D-psikoza D-sedoheptuloza D-ksyloza D-idoza D-guloza D-erytroza D-arabinoza D-ryboza D-Man D-Glc D-altroza D-alloza

a) •

Pochodne monosacharydów: estry fosforany, np. PGAL, G-6-{P} siarczany (składowe GAG) deoksycukry = alditole, np. deoksyryboza, fukoza, rybitol aminocukry, np. GlcNH2, GalNH2, ManNH2 kwasy (→ laktony) aldonowe aldarowe alduronowe, np. GlcUA, IdUA, GulUA

- 62

glikozydy (brak mutarotacji) O-glikozydy (acetale) N-glikozydy S-glikozydy b) disacharydy • • posiadają właściwości redukujące, jeŜeli w budowie wiązania O-glikozydowego nie biorą udziału jednocześnie oba aromatyczne atomy węgla przedstawiciele: maltoza: α-D-Glc 1→4 α-D-Glc sacharoza: β-D-Fru 2→1 α-D-Glc laktoza: β-D-Gal 1→4 β-D-Glc trehaloza: α-D-Glc 1→1 α-D-Glu polisacharydy homoglikany skrobia – glukazon, najwaŜniejsze źródło węglowodanów w pokarmie amylaza (15 – 20 %): α-D-Glc 1→4 amylopektyna (80 – 85 %): α-D-Glc 1→4 i 1→6 (raz na 24 – 30 reszt) glikogen – „zwierzęca skrobia”, polisacharyd zapasowy zwierząt α-D-Glc 1→4 i 1→6 (raz na 12 – 14 reszt → bardziej rozgałęziony niŜ skrobia) inulina – fruktazon, złoŜony z ok. 30 reszt Fru 1→2; uŜywana do badań klirensu nerkowego dekstryny – półprodukty hydrolizy skrobii błonnik (celuloza) (β-D-Glc 1→4) – masowy składnik poŜywienia, nie ulegający trawieniu chityna (β-D-GluNAc 1→4) – składnik pancerzy bezkręgowców heteroglikany GAG (glikozoaminoglikany, mukopolisacharydy, śluzowielocukry) [GluNAc lub GalNAc + GlcUA lub IdUA]n kwas sialowy (SA) = kwas neuraminowy (NA) + X; np. N-Ac-Neu (NeuAc, NANA) NA (C9) = ManNH2 (C6) + Pyr (C3) glikany proteoglikanów: (GAGn + proteina)m + HA glikany glikoprotein glikany glikolipidów Trawienie węglowodanów i jego zaburzenia Amylaza ślinowa (optimum 6,6-6,8, wymaga Cl-) – rozkłada skrobię i glikogen do maltozy i innych oligosacharydów przez hydrolizę wiązań 1→4. Ulega unieczynnieniu w pH < 4, dlatego jest nieaktywna w kwaśnej treści Ŝołądka. α-amylaza trzustkowa (optimum 7,1) – rozkłada skrobię i glikogen do maltozy, maltotriozy, dekstryn granicznych nierozgałęzionych oligosacharydów i niewielkiej ilości wolnej glukozy. Sok jelitowy – zawiera swoiste oligo- i disacharydazy: maltaza – α-glukozydaza (optimum 5,8-6,2) – odszczepia pojedyncze reszty cukrowe od sacharydów z wiązaniem α(1,4), rozpoczynając od końca nieredukującego kompleks sacharaza – izomaltaza (optimum 5-7) – po rozdzieleniu enzymy stają się aktywne, hydrolizując sacharozę i wiązania α(1,6) dekstryn laktaza – β-glikozydaza (optimum 5,4-8,0) – odszczepia galaktozę od laktozy, atakuje celobiozę i inne β-glikany, druga domena katalityczna rozszczepia glikozyloceramidy trehalaza – katalizuje hydrolizę trehalozy Zaburzenia trawienia: Niedobór laktazy jest przyczyną nietolerancji laktozy, sprowadzającej się do nietolerancji mleka. WyróŜnia się niedobór dziedziczny (pierwotny – spowodowany mutacją genu) oraz wtórny – towarzyszący chorobom jelit, zabiegom operacyjnym na jamie brzusznej itp. Obecność w świetle jelita nie rozłoŜonej laktozy – substancji czynnej osmotycznie – powoduje biegunki osmotyczne. Z kolei jej bakteryjna fermentacja dostarcza duŜej ilość produktów gazowych, draŜniących jelito i przez to wywołujących wzdęcia i bóle brzucha. Niedobór aktywności sacharazy i izomaltazy wywołuje podobne zjawiska.

c) •

2. • • •

- 63

Disacharyduria to zaburzenie trawienia niektórych disacharydów, które w tej sytuacji wchłaniane są w formie nie rozłoŜonej i w zwiększonej ilości wydalane są z moczem (np. 300 mg/d). Wadliwe wchłanianie monosacharydów – dotyczy Gal i Glc (defekt SGLT-1) lub Fru i sorbitolu 3. a) • Wchłanianie i transport węglowodanów transport aktywny i bierny, białka transportujące W świetle jelita aktywne są skupiska disacharydaz połączone z rąbkiem szczoteczkowym komórek nabłonkowych. Produkty trawienia węglowodanów wchłaniane są z jelita czczego do krąŜenia wrotnego w postaci monosacharydów, w tym głównie pentoz i heksoz. Proces wchłaniania odbywa się przez dyfuzję prostą oraz transport aktywny. Ten ostatni jest bardziej wybiórczy i wymaga określonej budowy transportowanej cząsteczki: konfiguracji grupy hydroksylowej przy C2 jak w glukozie, pierścienia piranozowego oraz obecności przy C5 grupy metylowej lub jej pochodnej. Transport glukozy i galaktozy odbywa się przez przenośniki zaleŜna lub nie od Na+. Przenośniki kotransportowe (SGLT-1) przenoszą jednocześnie cząsteczkę glukozy i kation Na+, przez co współdziałają z Na+/K+-ATPazą; transport ten moŜna więc zahamować ouabainą (inhibitor pompy Na+) lub florazyną (inhibitor reabsorpcji nerkowej). Na komórce nabłonkowej występują ponadto przenośniki niezaleŜne od Na+ – GLUT. Fruktoza wchłania się względnie wolno, biernie, przez przenośnik GLUT-5.

Charakterystyka transporterów glukozy: lokalizacja mózg, nerki, jelito grube, łoŜysko, erytrocyty wątroba, komórki β wysp, jelito cienkie, nerki mózg, nerki, łoŜysko serce, mięśnie, tkanka tłuszczowa jelito cienkie jelito cienkie, nerka rola pobieranie glukozy szybkie pobieranie / uwalnianie glukozy pobieranie glukozy pobieranie glukozy zal. od insuliny wchłanianie glukozy aktywny transport zal. od Na+

przenośnik GLUT-1 GLUT-2 GLUT-3 GLUT-4 GLUT-5 SGLT-1

b) zróŜnicowanie tkankowe transportu

- 64

c) •

rola insuliny (patrz równieŜ punkt IV-8-b) mechanizm wydzielania insuliny: Glc → ↑ ATP → zamknięcie kanałów K+ zal. od ATP → depolaryzacja błony → otwarcie kanałów Ca2+ zal. od potencjału → napływa Ca2+ do komórki → egzocytoza pęcherzyków zawierających insulinę działanie insuliny: mobilizacja i przeniesienie na powierzchnię błony przenośnika GLUT-4 (mięśnie, tkanka tłuszczowa) modyfikacja ekspresji genów enzymów (wątroba) wpływ na regulację insulinową: związki endogenne: egzocytozę insuliny zwiększają aa i WKT, zaś zmniejszają aminy katecholowe doustne leki p/cukrzycowe: poch. sulfonylomocznika (np. tolbutamid) oraz glinidy (np. repaglinid) przyłączają się w pobliŜu kanałów K+ zal. od ATP i blokują go, przez co zwiększają egzocytozę insuliny glitazony (np. troglitazon) bezpośrednio modyfikują transkrypcję białek, w tym enzymatycznych, podlegających kontroli insuliny

• •

d) rola fosforylacji monosacharydów Fosforylacja monosacharydów pełni istotną rolę w ich transporcie. Heksokinaza ma duŜe powinowactwo do heksoz (1 / KM = 20 1/mM), dlatego funkcjonuje jako transporter cukrów do tkanek; cechuje się małą swoistością. Glukokinaza z kolei ma duŜą swoistość i małe powinowactwo (1 / KM = 0,1 1/mM), stąd bierze udział w regulacji stęŜenia glukozy do krwi; występuje w wątrobie i trzustce. Dzięki takiemu układowi po posiłku glukoza transportowana jest do wątroby i zuŜywających ją tkanek, natomiast w stanie między posiłkami wątroba oddaje glukozę do krwi, a tkanki obwodowe stale ją zuŜywają. 4. a) • Metabolizm glukozy glikoliza (szlak Embdena – Meyerhoffa – Parnasa = EMP) lokalizacja komórkowa: cytozol; miejsca aktywne glikolitycznie skupione są w kompleksy mające postać małych organelli komórkowych – glikolizosomów; enzymy szlaku zaadsorbowane są na błonach ER znaczenie glikolizy: podstawowa droga katabolizmu glukozy do AcCoA główny szlak metabolizmu pokarmowej fruktozy i galaktozy moŜe zachodzić w warunkach beztlenowych, przez co dostarcza energii tkance mięśniowej nawet w stanie niedotlenienia stanowi jedyne źródło energii dla komórek pozbawionych moŜliwości oddychania tlenowego – pozbawionych mitochondriów (np. erytrocyty) przebieg glikolizy: ogólne równanie: Glc + 2 ADP + 2 Pi → 2 L-mleczan + 2 H2O + 2 ATP fosforylacja: Glc + ATP →heksokinaza, Mg2+→ Glc-6-{P} + ADP Reakcja ta traktowana jest za fizjologicznie nieodwracalną dzięki uwalnianiu energii w postaci ciepła. Ma miejsce allosteryczne hamowanie przez produkt. Rodzaje heksokinazy: glukokinaza – wątrobowa galaktokinaza – wątrobowa fruktkinaza – nie tylko wątrobowa mózgowa – oddziałuje z błoną mitochondrialaną izomeryzacja aldoketozowa: α-D-Glc-6-{P} ↔izomeraza fosfoheksozowa↔ α-D-Fru-6-{P}

- 65

fosforylacja: D-Fru-6-{P} + ATP →fosfofruktokinaza-1 (PFK-1) → D-Fru-1,6-bis-{P} + ADP Reakcja jest fizjologicznie nieodwracalna, ma ponadto duŜe znaczenie w regulacji glikolizy. rozszczepienie: D-Fru-1,6-bis-{P} ↔aldolaza↔ D-aldehyd 3-{P}-glicerynowy (PGAL) + {P}-dihydroksyaceton Aldolaza występuje w mózgu, wątrobie i mięśniach. Składa się z 4 podjednostek. Izoenzym A, obecny w większości tkanek, słabo przeprowadza reakcję Fru-1-{P} → PGAL + {P}-dihydroksyaceton, zaś izoenzym B, występujący w wątrobie i nerce, przeprowadza obie reakcje z podobnym powinowactwem. Przy niedoborze aldolazy występuje wrodzona nietolerancja Fru. Z kolei wzrost tej aktywności obserwuje się przy zawale serca, w zapaleniu wątroby, przy dystrofiach. izomeryzacja: D-aldehyd 3-{P}-glicerynowy ↔izomeraza fosfotriozowa↔ {P}-dihydroksyaceton utlenianie i fosforylacja: D-aldehyd 3-{P}-glicerynowy + NAD+ + Pi ↔dehydrogenza PGAL↔ 1,3-bis-{P}-glicerynian + NADH + H+ Dehydrogenaza PGAL jest tetramerem, a kaŜda podjednostka posiada 4 grupy SH, z czego jedna wchodzi w skład centrum katalitycznego. Ten etap szlaku blokowany jest przez jodooctan. fosforylacja substratowa 1,3-bis-{P}-glicerynian + ADP ↔kinaza fosfoglicerynianowa, Mg2+↔ 3-{P}-glicerynian + ATP W tej reakcji arsenian rozprzęga procesy utleniania i fosforylacji – nie powstaje ATP. izomeryzacja – katalizowana przez mutazę fosfoglicerynianową 3-{P}-glicerynian ↔ 2,3-bis-{P}-glicerynian ↔ 2-{P}-glicerynian dehydratacja 2-{P}-glicerynian ↔enolaza, Mg2+/Mn2+↔ {P}-enolopirogronian (PEP) + H2O Reakcję tą hamuje obecność fluorków, dlatego dodaje się je do krwi pobieranej w celu oznaczenia poziomu glukozy. fosforylacja substratowa PEP + ADP →kinaza pirogronianowa, Mg2+→ enolopirogronian + ATP enolopirogronian →spontaniczna izomeryzacja→ pirogronian (w formie ketonowej) Reakcję tą uwaŜa się za fizjologicznie nieodwracalną. Jest ona hamowana przez alaninę. Kinaza pirogronianowa występuje w kilku formach: R (erytrocyty), L (wątroba), M1 i M2 (mózg i mięśnie). redukcja (w warunkach beztlenowych) pirogronian + NADH + H+ ↔dehydrogenza mleczanowa (LDH)↔ L-mleczan + NAD+ LDH posiada 5 izoenzymów, których oznaczenie stosowano przy diagnostyce zawału serca (H4) oraz funkcji wątroby. • bilans energetyczny: dehydrogenaza PGAL kinaza {P}-glicerynianowa kinaza pirogronianowa fosforylacja heksoz: LDH warunki tlenowe: 8 ATP warunki beztlenowe: 2 ATP •

utlenianie 2 NADH fosforylacja substratowa fosforylacja substratowa heksokinaza PFK-1 – 2 NADH

3x2=6 1x2=2 1x2=2 –1 –1 –3x2=–6

regulacja: heksokinaza ←(-) Glc-6-{P} (produkt reakcji) PFK-1 ← ← (+) Fru-6-{P}, Fru-2,6-bis-{P} ← (-) ↓ pH (prewencja kwasicy), ATP (znosi to AMP), cytrynian (← cykl Krebsa) ← Fru-1,6-bis-{P} (produkt) (← (-) cAMP)

- 66

kinaza pirogronianowa ← ← (+)Fru-1,6-bis-{P} ← (-) alanina, cAMP (← (+) glukagon) • dalsze moŜliwe losy pirogronianu: →transaminaza→ alanina →→ cykl Glu-Ala →LDH→ mleczan → cykl Cori →karboksylaza pirogronianowa→ szczawiooctan, jabłczan →→ cykl Krebsa →dehydrogenza pirogronianowa→ AcCoA → cykl Krebsa / synteza kwasów tłuszczowych →dekarboksylaza pirogronianowa→ aldehyd octowy → dehydrogenaza alkoholowa → etanol (bakterie) • W erytrocytach zachodzi alternatywny szlak glikolizy, róŜniący się ominięciem reakcji kinazy fosfoglicerynianowej, zaś wytworzona z 1,3-bis-{P}-glicerynianu energia ulega rozproszeniu. Pozwala to na przebieg glikolizy nawet w warunkach minimalnego zapotrzebowania na ATP (występuje minimalny zysk energetyczny w postaci 1 ATP). Ponadto syntetyzowany jest 2,3-bis-{P}-glicerynian (BPG) – allosteryczny regulator, przesuwający w prawo krzywą wysycenia hemoglobiny, co w efekcie ułatwia oddawanie tlenu do tkanek. 1,3-bis-{P}-glicerynian →mutaza bisfosfoglicerynianowa→ 2,3-bis-{P}-glicerynian (BPG) BPG →fosfataza 2,3-bis-{P}-glicerynianowa→ 3-{P}-glicerynian + Pi

b) glukoneogeneza • • Przez glukoneogenezę rozumiemy wszystkie mechanizmy i szlaki metaboliczne odpowiedzialne za przekształcanie związków niewęglowodanowych w glukozę lub glikogen. lokalizacja Pełen zestaw enzymów niezbędnych do glukoneogenezy zawierają wątroba i nerki. Enzymy zlokalizowane są w matriks mitochondrialnej (karboksylaza pirogronianowa), w cytozolu (karboksykinaza PEP i Fru-1,6-bisfosfataza) oraz na błonach ER (Glc-6-fosfataza). Znaczenie – zaspokajanie zapotrzebowania organizmu na glukozę przy niedostatecznej podaŜy węglowodanów w diecie. Pomimo, iŜ energetyczne potrzeby organizmu mogą być zaspokajane przez inne związki, dla niektórych przemian metabolicznych niezbędna jest glukoza (energia dla układu nerwowego, erytrocytów, mięśni pracujących w deficycie tlenowych, pokarm dla płodu, glicerol dla tkanki tłuszczowej, galaktoza do syntezy mleka). Ponadto za pośrednictwem tego szlaku usuwane są z krąŜenia produkty metabolizmu innych tkanek (mleczan, glicerol, proponian). przebieg Glukoneogeneza obejmuje reakcje glikolizy, cyklu Krebsa oraz niektóre reakcje specjalne. Przebieg glikolizy nie moŜe zostać w prosty sposób odwrócony, dlatego w dodatkowych reakcjach omijane są jej bariery termodynamiczne. pirogronian → PEP translokacja pirogronianu do mitochondrium karboksylacja: pirogronian + CO2 + ATP →karboksylaza pirogronianowa, biotyna (wit. H), Mg2+→ → szczawiooctan + ADP + Pi przeniesienie do cytozolu: wejście w cykl Krebsa → przekształcenie w jabłczan → translokacja → powrót do szczawiooctanu dekarboksylacja: szczawiooctan + GTP →karboksykinaza PEP (PEPCK) → PEP + GDP + CO2 Fru-1,6-bis-{P} → Fru-6-{P} Reakcja katalizowana jest przez swoistą Fru-1,6-bisfosfatazę. Jej obecność warunkuje, czy dana tkanka zdolna jest do syntezy glikogenu z fosfokinaz; zdolność tą posiadają: wątroba, nerki i mięsień. Glc-6-{P} → Glc Reakcja katalizowana jest przez swoistą Glc-6-fosfatazę, obecną w wątrobie i nerce, co pozwala tym narządom na oddawanie glukozy do krwi. Glc-6-{P} → glikogen Reakcja ma odmienny przebieg i związana jest z utworzeniem UDP-Glc przez syntazę glikogenową.

- 67

bilans energetyczny: karboksylaza pirogronianowa PEPCK kinaza {P}-glicerynianowa dehydrogenaza PGAL 2 NADH

2 ATP 2 ATP 2 ATP + 6 ATP 6 ATP

włączenie glikogenu: glicerol + ATP →kinaza glicerolowa (wątroba, nerka)→ glicerolo-3-{P} + ADP glicerolo-3-{P} + NAD+ →dehydrogenaza glicerolo-3-{P}→ {P}-dihydroksyaceton + NADH + H+

metabolizm propionianu: propionian + CoA + ATP →syntetaza acylo-CoA, Mg2+→ propionylo-CoA + AMP + PPi propionylo-CoA + CO2 + H2O + ATP →karboksylaza propionylo-CoA, wit. H→ → D-metylomalonylo-CoA + ADP + Pi D-metylomalonylo-CoA →racemaza metylomalonylo-CoA→ L-metylomalonylo-CoA L-metylomalonylo-CoA →mutaza metylomalonylo-CoA, wit. B12→ sukcynylo-CoA sukcynylo-CoA →→ cykl Krebsa

regulacja glikolizy i glukoneogenezy indukcja i represja syntezy enzymów obfitość glukozy + insulina + glukagon, GKS +

enzymy gliko- i lipolizy enzymy glukoneogenezy

kowalencyjna modyfikacja przez odwracalną fosforylację glukagon, A → AC → cAMP → kinaza białkowa zal. od cAMP → fosforylacja i inaktywacja kinazy Pyr modyfikacje allosteryczne karboksylaza Pyr

fosfofruktokinaza-1 (PFK-1)

- 68

c) •

szlak pentozofosforanowy (szlak Warburga – Dickensa – Horeckera = WDH; ang. pentose phosphate pathway = PPP) lokalizacja Enzymy szlaku stanowią składnik cytozolu. Cykl przeprowadzany jest gł. przez wątrobę, nadnarcze, tarczycę i gruczoł piersiowy. W erytrocytach przetwarzane jest w ten sposób do 10 % glukozy, a powstałe równowaŜniki redukujące zuŜywane są do regeneracji GSH, zabezpieczającego przed skutkami stresu oksydacyjnego i hemolizą. znaczenie PPP jest alternatywną drogą metabolizmu glukozy. Dostarcza NADPH do syntez redukcyjnych, np. biosyntezy KT i steroidogenezy, oraz rybozy do syntezy nukleotydów i koenzymów. porównanie z glikolizą glikoliza NAD+ produkt PPP NADP+ obecny produkt

akceptor H CO2 ATP rybozo-{P} • przebieg

ogólne równanie: 3 Glc-6-{P} + 6 NADP+ → 2 Glc-6-{P} + 3 PGAL + 3 CO2 + 6 NADPH + 6 H+ etap oksydacyjny → wytwarzanie NADPH Glc-6-{P} + NADP+ →dehydrogenaza Glc-6-{P}, Mg2+/Ca2+→ 6-{P}-glukonolakton + NADPH + H+ 6-{P}-glukonolakton + H2O →hydrolaza glukonolaktonowa, Mg2+/Mn2+/Ca2+→ 6-{P}-glukonian 6-{P}-glukonian + NADP+ →dehydrogenaza 6-{P}-glukonianowa→ 3-keto-6-{P}-glukonian + NADPH + H+ 3-keto-6-{P}-glukonian → rybulozo-5-{P} + CO2 etap nieoksydacyjny → wytwarzanie prekursorów rybozy

d) niektóre zaburzenie przemian glukozy • Kwasica mleczanowa – występuje m. in. przy zatruciu As i Hg, niedoborze wit. B1, w dziedzicznym niedoborze dehydrogenazy Pyr, cukrzycy typu II.

- 69

• • • • • •

• 5. a)

Anemia hemolityczna – jest m. in. objawem dziedzicznego niedoboru aldolazy A i kinazy Pyr w erytrocytach. Deficyt aktywności PFK w mięśniach → mała wydolność wysiłkowa. Glukozuria = obecność glukozy w moczu w następstwie przekroczenia progu nerkowego dl tego związaku. Niedobór Fru-1,6-bisfosfatazy → zablokowanie glukoneogenezy → nagromadzenie mleczanu → kwasica mleczanowa i hipoglikemia. Hipoglikemia – moŜe być efektem upośledzenia utleniania KT, przedawkowania leków p/cukrzycowych (insulina lub leki doustne), występować w ciąŜy i u noworodków. Fawizm – choroba spowodowana niedoborem aktywności dehydrogenazy Glc-6-{P}, co powoduje zahamowanie PPP → deficyt GSH w erytrocytach → ↓ oporność hemolityczna → napadowa hemoliza po spoŜyciu związków utleniających (kwas acetylosalicylowy, sulfonamidy, primarchina, ziarna bobu (łac. vicia fava – stąd nazwa)). Dziedziczna samoistna pentozuria – niedobór aktywności enzymu redukującego ksylulozę w ksilitol → obecność w moczu znacznych ilości ksylulozy. Metabolizm glikogenu synteza glikogenu = glikogenogeneza (gł. mięśnie i wątroba) Glc →heksokinaza / glukokinaza→ Glc-6-{P} Glc-6-{P} ↔fosfoglukomutaza, Mg2+↔ Glc-1,6-bis-{P} ↔fosfoglukomutaza, Mg2+↔ Glc-1-{P} Glc-1-{P} + UTP →pirofosforylaza UDP-Glc→ UDP + PPi PPi + H2O →nieorganiczna pirofosfataza→ 2 {P} UDP-Glc + (C6)n →syntaza glikogenowa→ UDP + (C6)n+1

• • •

Ostatnia reakcja moŜe jedynie dołączać glukozę do juŜ istniejącego łańcucha, dlatego do zapoczątkowania syntezy potrzebny jest primer – białko glikogenina – posiadające przyłączone do Tyr 4 reszty glukozowe. Enzym rozgałęziający posiada aktywność amylo-[1→4]→[1→6]-transglukozydazy: gdy łańcuch staje się zbyt długi, enzym ten odcina jego część, tworząc zeń boczne odgałęzienie. Wraz ze zwiększaniem liczby nieredukujących reszt końcowych zwiększa się w cząsetczce glikogenu całkowita liczba miejsc zdolnych do reakcji, umoŜliwiając przyspieszenie zarówno glikogenogenezy, jak i glikogenolizy.

b) fosforoliza glikogenu = glikogenoliza • Glikogenoliza nie jest prostym odwróceniem glikogenogenezy, lecz stanowi zupełnie inny szlak przemian. (C6)n + {P} →fosforylaza→ (C6)n-1 + Glc-1-{P} • Enzym odgałęziający posiada podwójną aktywność: α[1→4]→α[1→4]-transferazy glukonowej: przenosi trójsacharydową jednostkę z bocznej gałęzi na łańcuch prosty i odsłania wiązanie α[1→6], amylo-[1→6]-glukozydazy: odcina resztę glukozy odgałęzionej, w wyniku czego w procesie rozkładu glikogenu powstaje niewielka ilość wolnej glukozy. Glc-1-{P} ↔fosfoglukomutaza, Mg2+↔ Glc-6-{P} Glc-6-{P} + H2O →Glc-6-fosfataza→ Glc + {P} • Glukozo-6-fosfataza występuje jedynie w wątrobie i w nerce, umoŜliwiając tym narządom eksport wolnej glukozy z komórek do krwi.

- 70

c)

integracja regulacji glikogenogenezy i glikogenolizy

• •

Regulacja metabolizmu glikogenu jest efektywna dzięki równowadze między aktywnościami syntazy glikogenowej i fosforylazy. Fosforylaza glikogenu występuje w formie (a) ufosforylowanej oraz w formie (b) zdefosforylowanej. Fosforylaza mięśniowa jest dimerem, zawiera PLP; forma (a) jest zawsze aktywna, zaś forma (b) jedynie w obecności AMP, powstającego podczas wysiłku. Aktywacji skurczu mięśnia i glikogenolizy zapoczątkowywana jest przez to samo białko wiąŜące Ca2+, zapewniając synchronizację tych procesów. Fosforylaza wątrobowa jest tetramerem, forma (a) jest aktywna, zas forma (b) – nieaktywna. Kinaza fosforylazy składa się z 4 rodzajów podjednostek w stosunku stechiometrycznym (αβγδ)4: podjednostki α i β posiadają reszty Ser, które mogą być odwracalnie fosforylowane przez kinazę białkową zal. od cAMP, podjednostka γ zawiera miejsce katalityczne, podjednostka δ wiąŜe 4 Ca2+, jest identyczna z kalmoduliną i podobna do podjednostki C troponiny (TpC) Syntaza glikogenowa składa się z 4 podjednostek, z których kaŜda zawiera 7 reszt Ser odpowiadających 7 miejscom odwracalnej fosforylacji, w czym bierze udział co najmniej 6 kinaz białkowych: 2 zal. od Ca2+/kalmoduliny, kinaza fosforylazy, kinaza białkowa zal. od cAMP oraz kinaza-3, 4 i 5 syntazy glikogenowej (GSK). Zarówno kinaza fosforylazy, jak i syntaza glikogenowa, mogą być odwracalnie fosforylowane w więcej niŜ jednym miejscu przez odrębne kinazy. Te wtórne fosforylacje modyfikują wraŜliwość pierwotnych miejsc do odwracalną fosforylację. Taka wielopunktowa regulacja pozwala insulinie przez wzrost Glc6-{P} wywierać skutki przeciwne do cAMP.

d) glikogenozy – choroby spichrzania glikogenu numer I II III IV V VI VII VIII nazwa ch. von Gierkego ch. Pompego ch. Forbesa / Cori / dekstrynoza graniczna ch. Andersena / amylopektynoza syndrom McArdle’a ch. Hersa ch. Tauri enzym z deficytem aktywności Glc-6-fosfataza lizosomalna α[1→4] i α[1→6] glukozydaza (kwaśna maltaza) enzym odgałęziający enzym rozgałęziający fosforylaza mięśniowa fosforylaza wątrobowa PFK w mięśniach i erytrocytach kinaza fosforylazy w wątrobie

- 71

6. a)

Inne szlaki metabolizmu monosacharydów szlak kwasu uronowego – alternatywny szlak utleniania glukozy, nie prowadzący do powstania ATP (u człowieka synteza askorbinianu nie zachodzi z powodu braku odp. aktywności enzymatycznej)

- 72

b) metabolizm fruktozy

• ↑ podaŜ fruktozy → → ↑ synteza i estryfikacja KT, ↑ wydzielanie VLDL → hipertriacyloglicerolemia, chipercholesterolemia LDL → działanie aterogenne → ↓ ATP → ↑ katabolizm purynowy → ↑ synteza kwasu moczowego → hiperurykemia → urykozuria • zaburzenia przemiany fruktozy: ↓ aktywność fruktokinazy → samoistna fruktozuria ↓ aktywność aldolazy B → dziedziczna nietolerancja fruktozy ↓ aktywność Fru-1,6-bisfosfatazy → hipoglikemia cukrzyca → hiperglikemia → szlak sorbitolowy → zaćma cukrzycowa, neuropatia c) metabolizm galaktozy

• •

↑ podaŜ galaktozy →reduktaza aldozowa→ ↑ galaktitol → zaćma przyczyny galaktozemii: ↓ aktywność galaktokinazy, 4-epimerazy lub urydylilotransferazy (→ zab. metabolizmu {P} w wątrobie → zab. funcki wątroby i mózgu)

- 73

7. a) •

Metabolizm heteroglikanów aminocukry – heksozoaminy Prekursorem do syntezy wszystkich aminocukrów jest glukoza. Aminocukry są składnikami glikoprotein, GAG i glikosfingolipidów – gangliozydów. Najpowszechniej spotykanymi przedstawicielami są: glukozoamina (GlcNH2), galaktozoamina (GalNH2), mannozoamina (ManNH2) oraz kwasu sialowe (SA) – gł. kwas neuraminowy (Neu). Aminocukry występują w formie Nacetylowej (N-Ac-X), a donorem występującej w tych połączeniach grupy N-acetylowej jest AcCoA.

b) glikoproteiny • • • Glikoproteiny (GP) to białka posiadające łańcuchy oligosacharydowe przyłączone kowalencyjnie do rdzenia polipeptydowego. Mogą one pełnić następujące funkcje: strukturalne (kolagen), „poślizgowe” (mucyny), transportujące (transferryna, ceruloplazmina), immunologiczne (immunoglobuliny), hormonalne (TSH, hCG), enzymatyczne (fosfataza alkaliczna), rola w interakcjach międzykomórkowych. Rola i znaczenie łańcuchów oligosacharydowych GP: modulacja właściwości fizykochemicznych, np. duŜe łańcuchy cukrowe w N-GP zwiększają ich rozpuszczalność w wodzie, ochrona przed rozkładem (proteolizą) lub umoŜliwienie obróbki proteolitycznej, nadawanie aktywności biologicznej, określenie docelowego miejsca transportu w obrębie komórki, np. sygnał Man-6-{P} powoduje skierowanie białek do lizosomów, determinacja okresu półtrwania białka (T1/2) w krwiobiegu – na powierzchni hepatocytów obecne są receptory dla asialo-GP (z odsłoniętą resztą Gal), które są usuwane z krąŜenia udział w procesach wzrostu i róŜnicowania (w tym równieŜ lokalizacja przerzutów nowotworowych) Składnikami oligosacharydowych fragmentów GP są: Glc, GlcNH2, Gal, GalNAc, Man, Fuc, Xyl, NeuAc. Wbudowanie sacharydów do GP poprzedzone jest aktywacją prekursorów: Glc-1-{P} + UTP ↔pirofosforylaza UDP-Glc↔ UDP-Glc + PPi UDP-Glc ↔epimeraza UDP-Glc↔ UDP-Gal UDP-Gal + białko →galaktozylotransferaza→ białko-Gal + UDP UDP →nukleotydodifosfataza→ UMP + Pi antyport z/do GERL: UDP-Gal / UMP

• •

- 74

Klasyfikacja GP: O-GP: mucyny: GalNAc-Ser/Thr proteoglikany: Gal-Gal-Xyl-Ser kolageny: Gal-Hyl N-GP (GlcNAc-Asp/Glu): kompleksowe (+ Fuc, + SA) wysokomannozowe hybrydowe zakotwiczone przez GPI Mucyny występują w wydzielinach śluzowych. Dzieli się je na sekrecyjne i leukocytarne. Obecność NeuAc oraz grup siarczanowych nadaje im ładunek ujemny i związaną z tym lepkość, z kolei rozbudowana struktura powoduje elastyczność. Budowę ich moŜna schematycznie przedstawić w postaci: N-C-PTS-C-N, gdzie PTS oznacza sekwencje tandemowe. Mucyny spełniają funkcje ochronne w stosunku do komórek, są odpowiedzialne za zachodzące między nimi oddziaływania oraz maskowanie ich antygenów powierzchniowych. Proces O-glikozylacji: bierze w niej udział zespół glikozylotransferaz glikoproteinowych związanych z błonami, działających w określanej kolejności, wykazujących swoistość katalityczną względem określonego typu wiązania odpowiednie enzymy znajdują się w aparacie Golgiego substratem do reakcji jest bezpośrednio odpowiedni sacharyd proces zachodzi posttranslacyjnie i dotyczy reszt Ser i Thr nie występuje {P}-{P}-dolichol ani glikozydazy (por. dalej) Proces N-glikozylacji: Istotny jest w nim długołańcuchowy (C100) alkohol – dolichol, ulegający wpierw fosforylacji: dolichol + ATP →kinaza dolicholowa→ dolicholo-{P} + ADP Następnie z pochodnych nukleotydowych i dolicholowych dołączane są doń monosacharydy (w liczbie po 7 z obydwu rodzajów pochodnych) aŜ do wytworzenia struktury: dolichol-{P}-{P}-GlcNAc2Man3Man6Glc3. W kolejnym etapie następuje kotranslacyjne (równoległe z translacją mRNA na białko) przeniesienie powstałego wcześniej oligosacharydu z dolicholu na białko, katalizowane przez transferazę oligosacharydowo – białkową (proces hamowany jest przez tunikamycynę). Oligosacharyd przyłączony zostaje do specyficznej sekwencji Ans-X-Ser/Thr, gdzie X = Pro, Asp lub Glu. Następnie podstawowa sekwencja reszt sacharydowych w przyłączonej do białka strukturze ulega dalszym modyfikacjom przez enzymy: α-glukozydazę I i II, mannozydazę α1, α2 oraz I i II aparatu Golgiego, transferazę GlcNac-{P} I i II, fukozotransferazę, galaktozotransferazę i sialotransferazę. JeŜeli zachodzi wyłącznie odcinanie istniejących podjednostek sacharydowych, wówczas powstają NGP wysokomannozowe, jeŜeli zaś dodatkowo dołączane są podjednostki – syntetyzowane są N-GP kompleksowe i hybrydowe. Glipiacja Istotą glipiacji jest wyposaŜenie białka w tzw. kotwicę GPI (glikozylofosfatydyloinozytolową) o budowie: białko-etanoloamina-{P}-Man3-GlcNH2-fosfatydyloinozytol, za pomocą której moŜe ono utrzymywać łączność z błoną komórkową. Zyskuje przez to większą ruchomość w błonie oraz moŜliwość pełnienia roli w procesie przekazywania sygnałów. Glipiacja zachodzi posttranslacyjnie. Dołączenie kotwicy GPI wiąŜe się z odcięciem z C-końca białka grupy hydrofobowej oraz reakcją z grupą karboksylową. Rozkładu GPI dokonuje fosfolipaza C (PLC). Do białek wyposaŜonych w kotwicę GPI zaliczamy m. in.: acetylocholinoesterazę (AChE) oraz izoenzym jelitowy i łoŜyskowy fosfatazy zasadowej (ALP). Defekt kotwicy GPI w obrębie krwinek czerwonych jest przyczyną nocnej napadowej hemoglobinurii. proteoglikany Proteoglikany to grupa białek złoŜonych, zawierających kowalencyjnie przyłączone GAG (glikozoaminoglikany), które same z kolei mogą być niekowalencyjnie przyłączone do HA. Przykłady proteoglikanów: syndekan, β-glikan, serglikan, prelekan, agrekan, wesikan, dekorin, biglikan, fibromodulina. Mechanizm syntezy proteoglikanów: przyłączenie GAG do rdzenia białkowego, zsyntetyzowanego w RER, wydłuŜenie łańcucha katalizowane przez odpowiednie glikozylotransferazy – substratami są nukleotydowe pochodne sacharydów,

c) • • •

- 75

zakończenie wydłuŜania łańcucha odbywa się przez siarczanowanie reszt cukrowych bądź przerośniecie łańcucha poza strefę glikozylacji, ostateczne modyfikacje polegają na siarczanowaniu przez sulfotransferazy (donorem {S} jest PAPS – fosfoadenylylosiarczan) oraz epimeryzacji (GlcUA → IdUA) Występowanie GAG w organizmie: kwas hialuronowy (HA) – płyn stawowy, ciało szkliste oka, tkanka łączna luźna siarczan chondroityny A i B (CS) – chrząstki, kości, rogówka siarczan keratanu 1 (KS1) – rogówka siarczan keratanu 2 (KS2) – tkanka łączna luźna heparyna (H) – ziarnistości mastocytów, wątroba, płuca, serce siarczan heparanu (HS) – fibroblasty skóry, ściana aorty siarczan dermatanu (DS) – występuje powszechnie Funkcje GAG w organizmie: składniki strukturalne macierzy pozakomórkowej (ECM), oddziaływanie z białkami macierzy, wiązanie kationów, kształtowanie napięcia tkanek, ułatwianie migracji komórek (HA), spręŜystość chrząstki (HA, CS), przejrzystość rogówki (KS1, DS), funkcja antykoagulacyjna (H) – gł. egzogenna, receptory interakcji międzykomórkowych (HS), selektywność filtracji kłębuszkowej (HS), składniki pęcherzyków (HS)

d) Mukopolisacharydozy (MPS) – są to wrodzone zaburzenia metaboliczne związane z defektami hydrolaz lizosomalnych katabolizujących GAG (endo- i egzoglikozydaz, sulfataz itd.). Spowodowane są mutacjami genów kodujących enzymy uczestniczące w rozkładzie określonych GAG. Niedobór hydrolaz powoduje spichrzanie ich substratów w róŜnych tkankach, m. in.: wątroba, śledzona, kości, skóra, OUN. Skutkuje to powiększeniem narządów, zaburzeniami wzrostu, zniekształceniami twarzy oraz upośledzeniem umysłowym. Najczęściej występujące mukopolisacharydozy to zespoły: Hurler – Scheiego, Huntera, Sanfilippo A – D, Morquio A – B, Monteaux – Lamy, Sly’ego. 8. a) • • • Regulacja przemiany węglowodanów zróŜnicowanie tkankowe przemiany węglowodanowej i integracyjna rola wątroby Poszczególne narządy organizmu róŜnią się zarówno sposobem pobierania cukrów (ich przenośnikami), jak i zestawem enzymów biorących udział w ich metabolizmie oraz wraŜliwością na bodźce metaboliczne i hormonalne, regulujące przemianę węglowodanową. Dla mózgu jedynym źródłem energii jest glukoza, a jej niedostatek, np. w wyniku zatrzymania akcji serca, powoduje zmiany w obrębie kory mózgowej juŜ po kilku minutach. W komórkach mięśniowych (miocytach) zachodzi glikoliza, mogąca dostarczać energii nawet pod nieobecność tlenu i zaciągać dług tlenowy. Powstały mleczan wydalany jest do krwi, wchodząc następnie w cykl Corich. Część mleczanu, jak równieŜ glukoza pobierana z krwi, przekształcane są w glikogen, który moŜe ulegać fosforolizie. Nie występuje moŜliwość oddawania glukozy do krwi. Produktem przemian (po transaminacji szczawiooctanu) moŜe być alanina, usuwana do krwi i zasilająca cykl glukozowo – alaninowy. Tkanka tłuszczowa (adipocyty) pobiera glukozę z krwi i przekształca ją w 3-{P}-glicerynian i dalej w glicerol, wykorzystywany do syntezy TAG. Po lipolizie glicerol usuwany jest do krwi, po czym wątroba regeneruje go w szlaku glukoneogenezy. W krwinkach czerwonych (erytrocytach) nie występują mitochondria, dlatego glukoza jest jedynym źródłem energii. Ma tu miejsce modyfikacja glikolizy z powstaniem BPG, allosterycznego modyfikaora uwalniającego tlen z oksyhemoglobiny. Ok. 10 % glukozy zuŜywana jest w oksydacyjnym etapie PPP w celu regeneracji zredukowanej formy glutationu (GSH). Nerka pod względem zestawu enzymów podobna jest do wątroby. Ma moŜliwość przeprowadzenia glukoneogenezy, glikogenolizy łącznie z oddawaniem glukoz do krwi oraz fosforylację i dalsze przemiany frukozy. W gruczole sutkowym w okresie laktacji następuje przekształcanie glukozy w galaktozę oraz synteza laktozy z obu powyŜszych monosacharydów.

• •

• •

- 76

• •

Tkanki przeprowadzające syntezy redukcyjne zuŜywają duŜo glukozy na pierwszy, a tkanki intensywnie dzielące się – na drugi etap PPP. Wątroba pełni nadrzędną rolę, koordynując metabolizm węglowodanów w całym organizmie. Dochodzi tu do regeneracji glukozy z produktów przemiany innych tkanek, tj.: mięśni, erytrocytów, czy tkanki tłuszczowej, a więc: mleczanu, glicerolu, alaniny i propionianu. Zachodzi PPP. StęŜenie glukozy we krwi w okresie między posiłkami regulowane jest dzięki glikogenogenezie i glikogenolizie z moŜliwością oddawania glukozy do krwi. Przeprowadzana jest izomeryzacja fruktozy do glukozy. Działa szlak kwasu uronowego, dostarczając tego substratu do syntezy proteoglikanów. Z glukuronianem sprzęgane są steroidy, bilirubina, leki i ich metabolity (np. kwas acetylosalicylowy), co ułatwia ich wydalenie z moczem (funkcja detoksykacyjna). Granulocyty łącznotkankowego zrębu wątroby produkują GAG heparynę, będącą naturalnym antykoagulantem. Wątroba jest zatem miejscem zbierającym wszystkie szlaki metabolizmu węglowodanów.

b) kontrola stęŜenie glukozy we krwi i hormonalna regulacja metabolizmu węglowodanów • • Glukoza w organizmie jest produktem i substratem wielu reakcji. Pojawia się w wyniku spoŜywania pokarmów oraz przekształceni dwojakiego rodzaju związków – recyclingowych (mleczan i alanina) oraz nierecyclingowych (aa, propionian i glicerol). ZuŜywana jest przez róŜne tkanki do róŜnych celów. Regulacja stęŜenie glukozy odbywa się juŜ na etapie jej wchłaniania. Powszechna w komórkach heksokinaza jest allosterycznie modyfikowana przez glukozo-6-{P}, ma więc miejsce pewna autoregulacja. W wątrobie i trzustce obecna jest niewraŜliwa na glukozo-6-{P} glukokinaza oraz dwukierunkowy transporter GLUT-2. W komórkach B (β) trzustki napływ glukozy powoduje zwiększenie stęŜenia ATP, które blokuje kanały K+. W podobny sposób działają doustne leki p/cukrzycowe – poch. sulfonylomocznika (m. in. tolbutamid i gliburyd). Powoduje to dalej depolaryzację i otwarcie napięciowo-zaleŜnych kanałów Ca2+, co powoduje egzocytozę do krwi pęcherzyków zawierających insulinę. Dodatnio na jej wydzielanie wpływają KT i aa, ujemnie zaś aminy katecholowe. Insulina dociera do swojego receptora o stechiometrii α2β2. Podjednostka α bezpośrednio wiąŜe insulinę dzięki obecności domeny bogatej w Cys. Podjednostka β ulokowana jest transbłonowo – jej część zewnętrzna łączy się z podjednostką α przez mostek dwusiarczkowy, część cytozolowa zaś wykazuje aktywność kinazy tyrozynowej i właściwości autofosforylujące. Przyłączenie insuliny do receptora indukuje w nim zmiany konformacyjne. Receptory grupują się i internalizują w pęcherzyki klatrynowe, skąd mogą być recyclingowane do cytoplazmy. Fosforylacja własnych i obcych reszt tyrozynowych stanowi podstawę wewnątrzkomórkowego przekaźnictwa sygnału. Substrat IRS2 daje IRS2-Y-P i aktywuje kinazę PI3. Ta zaś pośrednio powoduje szereg efektów: translokację do błony transporterów GLUT-4 oraz receptorów własnych i IGF-2, zmianę aktywności genów: PEPCK, IGFBP, glukagonu, hekso- i glukokinazy oraz kinazy pirogroninowej, zmianę aktywności enzymów przemiany: cAMP, glukozy, glikogenu (podwójnie), lipidów i cząsteczek sygnałowych. Z kolei IRS → IRS-Y-P a Shc → Shc-Y-P wpływają na mobilizację wzrostu komórek i syntezy DNA. Insulina wpływa na rozwój organizmu, a jej brak powoduje leprechaunizmu (krasnoludkowatości). W ten sposób dochodzi do zmniejszenia poziomu glukozy we krwi (efekt hipoglikemizujący). Spadek poziomu glukozy w osoczu powoduje z kolei uwalnianie glukagonu przez komórki A (α) wysp trzustkowych, który indukuje fosforylazę wątrobową, powodują glikogenolizę i uwalnianie glukozy do krwi. W przeciwieństwie do glukagonu, aminy katechlowe wpływają zarówno na fosforlazę mięśniową, jak i wątrobową, przez co umoŜliwiają mięśniom efektywniejszą pracę. Pomaga to równieŜ w wytęŜonej pracy umysłowej, gdyŜ układ nerwowy jest wówczas lepie zaopatrzony w glukozę. Uwalniany przy skurczu mięśnia wapń dodatkowo i podwójnie mobilizuje glikogenolizę. Efekt hiperglikemizujący wywierają równieŜ glikokortykoidy przez mobilizację glukoneogenezy i przysparzanie dla niej substratów, a takŜe hormony przedniego płata przysadki (GH, ACTH), demobilizujące przenośnik GLUT-4.

- 77

ROZDIZAŁ V – LIPIDY
1. a) Budowa chemiczna, podział i rola tłuszczów prostych i złoŜonych funkcje tłuszczów: materiał energetyczny tkanka tłuszczowa jest izolatorem termicznym oraz mechanicznie ochrania delikatne narządy przed uszkodzeniem izolacja elektryczna wokół aksonów mielinowych składniki błon biologicznych rozpuszczalniki witamin lipofilnych (A, D, E, K, F) oraz EFA prekursory hormonów (steroidy), cząsteczek aktywnych biologicznie i międzykomórkowych przekaźników informacji (eikozanoidy)

b) podział lipidów: proste (KT + alkohol) tłuszcze właściwe (KT + glicerol) ... oleje płynne woski (KT + długołańcuchowy alkohol alifatyczny) złoŜone (KT + alkohol + X) fosfolipidy (KT + alkohol + {P} + zasada azotowa) glicerofosfolipidy sfingofosfolipidy glikolipidy = glikosfingolipidy (KT + glicerol + sacharyd) inne sulfolipidy aminolipidy prekursory i poch. lipidów: KT, glicerol, steroidy, alkohole, aldehydy tłuszczowe, ciała ketonowe, węglowodory, witaminy lipofilne, hormony lipidy obojętne = glicerydy oraz cholesterol wolny i jego estry c) kwasy tłuszczowe (KT, ang. fatty acids – FA) KT dzielimy ogólnie na nasycone i nienasycone; są one nierozgałęzione i posiadają zazwyczaj parzystą liczbę atomów węgla kwasy nasycone w niŜszych temperaturach przyjmują formę zygzaka, zaś w wyŜszych dochodzi do rotacji wokół wiązań podwójnych – dlatego błony biologiczne stają się cieńsze ze wzrostem temperatury w kwasach nienasyconych wiązania podwójne dodawane są między istniejącym wiązaniem podwójnym a karboksylowym atomem węgla, dlatego wyodrębnić moŜna rodziny ω9, ω6 i ω3; naturalne kwasy nienasycone występują zazwyczaj w konfiguracji cis (kształt litery L o rozwarciu 120o) n 3 2 1 CH3 ... CH2 CH2 COOH ω β α oznaczenie połoŜenia wiązania podwójnego: 18:1,9; ∆9 18:1; ω9 C18:1; n-9, 18:1 kwasy o konfiguracji trans występują w margarynie, wytwarzanej przez utwardzanie tłuszczów roślinnych oraz w tłuszczach przeŜuwaczy w wielonienasyconych KT zwiększa się ilość moŜliwych konfiguracji, np. C20:4 – forma słupa lub litery U temperatura topnienia KT wzrasta wraz z długością łańcucha, zaś maleje ze wzrostem nienasycenia cząsteczki; regulacja Tt i związanego z tym składu KT zachodzi zaleŜnie od funkcji – lipidy zapasowe są nasycone, składniki błon juŜ bardziej płynne, najbardziej zaś lipidy tkanek naraŜonych na chłód

d) triglicerydy (TG) = triacyloglicerole (TAG) TAG są główną formą zapasową KT przyłączone do glicerolu KT zazwyczaj róŜnią się od siebie z trójwymiarowego punktu widzenia atomy C1 i C3 glicerolu róŜnią się między sobą i są odmiennie rozpoznawane przez enzymy w syntezie i hydrolizie TAG biorą udział monoacyloglicerole (MAG) i diacyloglicerole (DAG)

- 78

e)

fosfolipidy głównym związkiem pośrednim syntezy TAG i fosfoglicerydów jest kwas fosfatydowy (KF: glicerol + KT1 + KT2 + {P}); w pozycji sn-1 znajduje się zazwyczaj rodnik nasycony, zaś w sn-2 – rodnik nienasycony fosfoglicerydy występujące w organizmie ludzkim: fosfatydyloglicerol (KF + glicerol) bisfosfatydyloglicerol = kardiolipina (KF + glicerol + KF) – syntetyzowany w mitochondriach z fosfatydyloglicerolu, składnik wewnętrznej błony mitochondrialnej, odpowiedzialny w duŜym stopniu za jej nieprzepuszczalność dla jonów fosfatydyloetanoloamina = kefalina (KF + etanoloamina) fosfatydylocholina = lecytyna (KF + cholina) – istotny składnik błon biologicznych, pełniący rolę w przewodnictwie nerwowym; ponadto stanowi zapas grup metylowych oraz źródło rodników acylowych do estryfikacji cholesterolu; dipalmitoilolecytyna jest składnikiem surfaktantu płucnego, którego niedobór manifestuje się zespołem błon szklistych fosfatydyloseryna (KF + Ser), fosfatydylotreonina (KF + Thr) fosfatydyloinozytol (PI) (KF + mio-inozytol) + 2{P} → fosfatydyloinozytolo-4,5-bis{P} (PIP2) – rola w wewnątrzkomórkowym szlaku przekazywania sygnałów lizofosfolipidy (np. lizolecytyna) zawierają tylko jeden acyl, drugie miejsce pozostaje wolne plazmalogeny stanowią 10% fosfolipdów mózgu i mięśni, posiadają przy C1 wiązanie eterowe oraz nienasycony alkohol (np. kwas plazmenowy + etanoloamina → plazmalogen etanoloaminowy = plazmenyloetanoloamina) sfingomieliny (ceramid + {P} + cholina; ceramid = sfingozyna + KT połączone wiązaniem amidowym) glikolipidy tworzą one sacharydy powierzchni komórki (glikokaliks) glikosfingolipidy = ceramid + fragment cukrowy cerebrozydy glukozyloceramid – tkanki pozanerwowe galaktozylocerebrozyd – w mózgu i tkance nerwowej sulfogalaktozylocerebrozyd (sulfatyd) – składnik mieliny globozydy = ceramid + aminocukier gangliozydy są pochodnymi glukozyloceramidu zawierającymi kwas sialowy (SA; gł. N-Acneuraminowy = NANA); występują gł. w tkance nerwowej, pełniąc m. in. funkcje receptorowe GM3: Cer-Glc-Gal-NeuAc GM1: Cer-Glc-Gal(-NeuAc)-GalNAc-Gal – receptor toksyny cholery w jelicie cienkim

f)

g) steroidy budowa steroidów opiera się na szkielecie węglowym cyklopentanoperhydrofenantrenu:

pierścienie cykloheksanowe występują w formie krzesłowej wzajemne ułoŜenie pierścieni: A-B – cis/trans; B-C – trans; C-D – trans (w wyj. glikozydów nasercowych) h) poliprenoidy składają się z jednostek izoprenowych (-CH=C(-CH3)-CH=CH-) np.: koenzym Q (ubichonon), dolichol, witaminy A, E, K, β-karoten, kamfora, kauczuk 2. • • Trawienie i wchłanianie lipidów Lipaza językowa (optimum 4 – 4,5) wytwarzana jest przez gruczoły Ebnera na grzbiecie języka (u człowieka enzym ten nie jest aŜ tak istotny) W Ŝołądku panują odpowiednie warunki do hydrolizy lipidów – temperatura powoduje ich upłynnienie, ruchy perystaltyczne wspomagają proces tworzenia emulsji tłuszczowych, lipaza Ŝołądkowa (optimum 4 – 4,5) wraz ze ślinowa trawią TAG do 1,2-DAG i KT. Optymalne pH dla lipaz wynosi 3 – 6. Chętniej odszczepiane są KT krótsze i nienasycone, dlatego lipidy mleka są najlepszym substratem. KT krótko- i

- 79

• • • •

średniołańcuchowe wchłaniane są przez ścianę Ŝołądka do Ŝ. wrotnej, zaś KT długołańcuchowe rozpuszczają się w kroplach tłuszczowych i wędrują do dwunastnicy. Wątroba produkuje Ŝółć, która zagęszczana jest w pęcherzyku Ŝółciowym. Składa się z wody (86-97%) i rozpuszczonych w niej składników stałych: kwasów Ŝółciowych (37%), mucyny i barwników (21%), soli nieorganicznych (33%), KT (7%) i cholesterolu (2%). śółć powoduje emulgację lipidów i pokrycie nimi cząstek pokarmu, zobojętnienie treści Ŝołądkowej, wydalanie cholesterolu, kwasów Ŝółciowych i barwników Ŝółciowych, a takŜe leków, toksyn i metali cięŜkich (Cu, Zn, Hg). Wraz z Ŝółcią do dwunastnicy wydalany jest sok trzustkowy zawierający lipazę trzustkową (optimum 8); trypsyna usuwa N-końcowy pentapeptyd (enterostatynę) z prolipazy, dając aktywną lipazę, hamowaną początkowo przez sole kwasów Ŝółciowych. Kolipaza łączy się z lipazą i fazą graniczną TAG pokrytych przez sole – po zakotwiczeniu lipazy kolipaza znosi efekt inhibicji soli. Lipaza odłącza KT z pozycji sn-1 i sn-2, a gł. produktami końcowymi trawienia są 2-MAG, które tylko w 20% są izomeryzowane i rozkładane. Esteraza cholesterolowa aktywowana solami kwasów Ŝółciowych rozkłada estry cholesterolu, który wchłaniany jest w formie wolnej. Trzustkowa fosfolipaza A2 (PLA2) aktywowana trypsyną i Ca2+ przekształca glicerofosfolipidy w lizofosfolipidy – detergenty wspomagające emulgację i trawienie tłuszczów. W jelicie fosfataza (optimum 8,6) odszczepia {P} z glicerofosforanów, zaś zespół fosfolipaz (A1, A2, B, C, D) rozkłada glicerolofosfolipidy na poszczególne składowe. KT, 2-MAG i niewielkie ilości 1-MAG dyfundują z fazy olejowej zawiesiny tłuszczowej do miceli mieszanych i liposomów, które z kolei osiągają rąbek szczoteczkowy śluzówki i ulegają wchłonięciu do enterocytów. W ścianie jelita 1-MAG ulegają dalszej hydrolizie. 2-MAG wchodzą w szlak monoacyloglicerolowy i są przekształcane do TAG (resynteza) przy udziale syntetazy acylo-CoA. TAG zawierające KT o łańcuchach krótkiej i średniej długości mogą być wchłaniane bezpośrednio i rozkładane w nabłonku. Produkty rozkładu lipidów przekształcane są do acylo-CoA i wykorzystywane jako substraty do resyntezy TAG. Glicerol z jelita wędruje do krąŜenia wrotnego, zaś pochodzący z enterocytów ulega przekształceniu do glicerolo-3-{P} i wbudowaniu w TAG. Powstałe w jelicie TAG stanowią składnik chylomikronów limfy i wędrują przewodem piersiowym do lewego kąta Ŝylnego, gdzie osiągają łoŜysko Ŝylne. KT krótszy niŜ C10 przechodzą jako FFA do Ŝ. wrotnej, gdyŜ nie zajmuje się nimi syntaza acylo-CoA. Poza witaminą D fitosterole nie wchłaniają się ze światła jelita.

zaburzenia wchłaniania: zwłóknienie torbielowate trzustki (mukowiscydoza) → niewydolność egzogenna → stolce tłuszczowe niedobór kolipazy → niedobór aktywnej lipazy trzustkowej → stolce tłuszczowe (steatorrhoea) przetoka limfatyczno – moczowa → chyluria (wydalanie: „mlecznego moczu”) → karmienie KT < C12 niepr. połączenie naczyń limfatycznych jamy brzusznej z jamą opłucnową → chylothorax → karmienie KT < C12 kamica Ŝółciowa Tworzenie kamieni Ŝółciowych spowodowane jest niedostateczną rozpuszczalnością cholesterolu w Ŝółci. Rozpuszczalność ta zaleŜy od stosunku stęŜeń cholesterolu, fosfatydylocholiny i soli kwasów Ŝółciowych (prawidłowo: 5% : 15% : 80%) oraz od zawartości wody. U chorych z kamica ma miejsce spadek aktywności 7α-hydroksylazy i w efekcie zmniejszenie puli kwasów Ŝółciowych w krąŜeniu jelitowo – wątrobowym oraz wzrost syntezy cholesterolu przez hepatocyty, co z kolei powoduje przesycenie Ŝółci cholesterolem. Sprzyjający czynnik, np. infekcja bakteryjna, inicjuje powstanie jąder krystalizacji, które nie wydalone wzrastają do znacznych rozmiarów. Powstałe kamienie usuwa się operacyjnie (wraz z pęcherzykiem) lub rozbija ultradźwiękami. Litogenność Ŝółci zmniejsza kwas chenodeoksycholowy przez hamowanie syntezy cholesterolu na etapie HMG-CoA, natomiast zwiększają niektóre leki, np. fibraty.

- 80

3. a) •

Transport lipidów w chłonce i w osoczu budowa lipoprotein skład lipidów osocza: TAG 1,6 45 fosfolipidy 3,1 35 ch. całk. 5,2 15 ch. wolny 1,4 WKT 0,4 5

mM % KT •

Problem transportu niepolarnych lipidów (TAG i estrów cholesterolu) w polarnym środowisku osocza rozwiązany został przez ich związanie z lipidami amfipatycznymi (fosfolipidami i cholesterolem) oraz z białkami. W ten sposób powstają lipoproteiny (Lp). Lp składa się z lipidowego rdzenia (TAG i estry cholesterolu), warstwy powierzchownej (fosfolipidy i wolny chlesterol) oraz z apolipoproteiny (apoLp) o zróŜnicowanej mobilności. ApoLp spełniają róŜne funkcje: mogą stanowić część struktury Lp, np. apoB, mogą stanowić kofaktory enzymów, np. A I dla LCAT, C II dla LPL, mogą być ligandami dla receptorów Lp, np. B100 + E ↔ rec. LDL, A I ↔ HDL. Podziału lipoprotein dokonuje się za względu na ich gęstość oraz umiejscowienie elekktroforetyczne: klasa chylomikrony VLDL IDL LDL HDL VHDL FFA połoŜenie 0 (bezruch) pre-β β α gł. składnik TAG cholesterol fosfolipidy ↑ ↑ ↑ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↑ ↑ ↑ Φ ρ % białek % lipidów gł. apoLp B48 B100 B100 A albumina Φ – średnica; ρ – gęstość

b) transport lipidów w lipoproteinach osocza • Lipoliza TAG i działanie lipazy Lp (LPL) są źródłem WKT, które łączą się z albuminami osocza. Ich ilość waha się w szerokich granicach: w stanie poabsorpcyjnym wynosi 0,5 mM, w głodzeniu 0,8 mM, a w cukrzycy nawet 2 mM. WKT są najbardziej aktywną metabolicznie frakcją lipidów osocza. Ulegają one utlenianiu lub estryfikacji – stan odŜywienia ma niewielki wpływ na frakcję WKT pobieranych przez tkanki, wpływa natomiast na proporcję kwasów utlenianych do estryfikowanych. W pobliŜu błony kompleks albumin z KT dysocjuje i te ostatnie wiązane są przez błonowe białko wiąŜące KT. Następnie zachodzi kotransport z Na+ oraz wiązanie przez wewnątrzkomórkowe białko wiąŜące KT. TAG eksportowane są przez jelito i wątrobę – jedyne narządy, skąd lipidy wędrują jako Lp. Na RER produkowana jest apoB, która w SER ulega połączeniu z lipidem, a w aparacie Golgiego glikozylacji, po czym Lp usuwana jest z komórki na zasadzie odwróconej pinocytozy. W jelicie TAG pakowane są w chylomikrony, które – ze względu na rozmiary – nie mogą przejść przez środbłonek naczyniowy, wobec czego usuwane są do przestrzeni między enterocytami, a stamtąd do układu limfatycznego jelita. Wraz z chłonką dostają się do przewodu piersiowego, aby w lewym kącie Ŝylnym dostać się do układu krwionośnego. Wątroba wysyła TAG w postaci VLDL, które przechodzą przez przestrzeń okołozatokową (Dissego) do zatok wątrobowych, a stąd przez okienka śródbłonka do krwi. Gdy chylomikrony i VLDL znajdą się juŜ w układzie krąŜenia, przenoszone są na nie apoLp z HDL – apoC i apoE. TAG chylomikronów i VLDL hydrolizowane są przez LPL zlokalizowaną w ścianach włośniczek, zakotwiczoną przez siarczan heparanu. LPL występuje w sercu, tkance tłuszczowej, śledzionie, płucach, rdzeniu nerki, aorcie, przeponie, gruczole sutkowym i wątrobie noworodka. Ilość LPL zwiększa się po podaniu heparyny. Kofaktorami hydrolizy są fosfolipidy i apoC II.

• •

• • •

- 81

Niewielka ilość KT wraca do krwiobiegu, aby związać się z albuminą, większość zaś wnika do tkanek. KM tkanki tłuszczowej = 10 x KM serca, dlatego podczas głodzenia zachodzi redystrybucja pobierania KT z tkanki tłuszczowej na korzyść serca. Podobna sytuacja ma miejsce w gruczole sutkowym podczas laktacji. LPL pozbawia chylomikrony 90% TAG i apoC, która wraca do HDL, ale nie apoE, która towarzyszy chylomikronom resztkowym (remnantom chylomikronów). Podobnie VLDL przechodzi w remnenty VLDL, czyli IDL. Oba typy remnantów wychwytywane są przez hepatocyty w procesie endocytozy z udziałem receptorów (receptor B100 + E, LRP = receptor α2-makroglobuliny). Lipaza wątrobowa działa jako ligand Lp oraz uczestniczy w hydrolizie jej TAG oraz fosfolipidów. IDL nie wychwycone przez wątrobę ulegają przekształceniu w LDL (przenoszące gł. cholesterol). LDL ulegają degradacji w wątrobie (70%) oraz w tkankach pozawątrobowych (30%) – wychwytywane są przez receptor LDL (B100 + E). W apoB48 brakuje C-domeny apoB100, czyli właściwego ligandu dla receptora, z powodu procesu redagowania mRNA w jelicie (transkrypcji do apoLp ulega tylko 48% genu – por. punkt VIII-3-d). Receptor LDL jest białkiem transbłonowym o masie 115 kD, posiadającym 5 domen: 1: N-koniec – wiąŜe się z sekwencją 7 x 40 (↑ Cys) → ujemnie naładowane boczne łańcuchy oddziałują z dodatnio naładowaną apoB100; po endocytozie protonacja Gln i Asn w kwaśnych endosomach uwalnia LDL od receptora 2: homologiczna do części EGF, zawiera 2 łańcuchy oligosacharydowe (N) 3: duŜo reszt Ser/Thr z przyłączonymi sacharydami (O) – te i zw. z glikoforyną funkcjonują jako podpórki – odstają od błony, dzięki czemu domena 1. jest dostępna dla LDL 4: transbłonowa 5: cytozolowa, kontaktuje oddziaływanie receptora z dołkami opłaszczonymi → reguluje endocytozę HDL syntetyzowane są w wątrobie i w jelicie w połączeniu z apoA I, po czym w osoczu dołączane są apoC i apoE (HDL stanowi ich skład). Nowo wytworzona HDL ma kształt dyskoidalny, zawiera dwuwarstwę fosfolipidową, wolny cholesterol, apoA I i LCAT (acylotransferaza lecytyna : cholesterol). LCAT przenosi acyle z fosfolipidów (lecytyna) na cholesterol, dając estry cholesterolu i lizolecytynę; te pierwsze wnikają do wnętrza, zaś lizolecytyna łączy się z albuminą osocza. W ten sposób HDL3 staje się pseudomicelarne i przekształca w HDL2, które znów ulega lipazie wątrobowej i powraca jako HDL3, dodatkowo oddzielana jest wolna apoA I, która tworzy pre-β-HDL lub jest rozkładana w nerce. Aktywność lipazy wątrobowej zwiększają androgeny, a zmniejszają estrogeny, dlatego kobiety posiadają więcej HDL2. zaburzenia transportu lipoproteinowego hipolipoproteinemie abetalipoproteinemia → kropelki lipidów gromadzą się w ścianie jelita i wątrobie rodzinna hipobetlipoproteinemia → ↓ LDL → długowieczność rodzinny niedobór α-lipoproteiny → ch. wyspy Tanger / ch. rybiego oka, niedobory apoA I hiperlipoproteinemie rodzinny brak LPL (I) – powolne oczyszczanie osocza rodzinna hipercholestrolemia (II) → wysoka aterogenność (szybsza miaŜdŜyca) ch. Walmana – spichrzanie cholesterolu rodzinna hiperbetalipoproteinemia (III) – defekt apoE, Ŝółtaki, aterogenność rodzinna hipertriacyloglicerolemia (IV) → aterogenność, NIDDM, otyłość rodzinna hiperlipoproteinemia (V) → ↑ TAG i cholesterol rodzinna hiperalfalipoproteinemia → ↑ HDL → długowieczność niedobór LPL → zwyrodnienie tłuszczowe ścian naczyń rodzinny niedobór LCAT → HDL rulonowe, obecna Lp X rodzinny nadmiar Lp α → ↓ fibrynoliza, aterogenność apoE występuje w trzech izoformach (E2, E3, E4) – pacjenci homozygotyczni względem genu E4 wykazują kilkakrotne zwiększenie zachorowalności na ch. Alzheimera, gdyŜ apoE4 łatwiej wiąŜe się do β-amyloidu płytek zwyrodnieniowych układu nerwowego.

c) •

- 82

d) rola wątroby w metabolizmie lipidów (patrz równieŜ punkt VII-5-b) produkcja Ŝółci ułatwiającej trawienie i wchłanianie lipidów z jelita aktywne układy enzymatyczne syntetyzujące i utleniające KT, syntetyzujące TAG i fosfolipidy przekształcanie KT w ciała ketonowe (ketogeneza) integracja metabolizmu Lp osocza Wzrost syntezy TAG i wydzielanie VLDL występuje w stanie sytości, przy karmieniu węglowodanami (zwł. fruktozą), przy wysokim poziomie WKT, przy spoŜywaniu etanolu oraz przy wzroście stosunku insulina : glukagon. Mechanizm zmian patomorfologicznych wątroby: marskość ← włóknienie ← stłuszczenie (nagromadzenie lipidów gł. TAG) ← ← typ I: ← ↑ WKT ← mobilizacja z adipocytów, hydroliza TAG przez LPL, ↓ insulina (← głodzenie) ← typ II: metaboliczny blok syntezy Lp ← blok syntezy apoLp ← puromycyna, etionina (→ ↓ ATP), CCl4, CHCl3, P, Pb, As ← ↓ synteza VLDL ← ↓ synteza białka ← głodzenie ← blok łączenia apoLp z lipidami ← stres oksydacyjny ← CCl4 ← niewydolność wydzielnicza ← stres oksydacyjny ← CCl4 ← zab. glikozylacji ← kwas orotowy ← ↓ fosfolipidy ← ↓ EFA, ↑ cholesterol, ↓ cholina (cz. lipotropowy) ← ↓ Met (donor grupy metylowej) Metabolizm etanolu: I: etanol + NAD+ →dehydrogenaza alkoholowa→ aldehyd octowy + NADH aldehyd octowy →dehydrogenaza aldehydowa→ kwas octowy → AcCoA NADH → ↓ utlenianie i ↑ estryfikacja KT → stłuszczenie wątroby → ↑ lipogeneza, ↑ biosynteza cholesterolu → hiperlaktocydemia → ↓ wydalanie moczanów → hamowanie dehydrogeazy jabłczanowej → hamowanie cyklu Krebsa (TCA) II: etanol + NADPH + O2 →MEOS→ aldehyd octowy + NADP+ + 2 H2O → adaptacja do alkoholizmu → konkurencja z lekami (np. barbiturany) III: katalaza (niewielki udział)

- 83

4. a) • •

Tkanka tłuszczowa – rola w metabolizmie lipidów metabolizm adipocytów Tkanka tłuszczowa jest głównym magazynem TAG w organizmie, których ilość jest wypadkową szybkości lipogenezy i β-oksydacji. Jednym z substratów do syntezy TAG jest gligerolo-3-{P}, który moŜe powstawać dzięki kinazie glicerolowej. Ta jednak wykazuje niewielką aktywność, wobec czego źródłem jest glukoza, przekształcana w procesie glikolizy w {P}-hydroksyaceton, redukowany następnie przez dehydrogenazę glicerolo-3-{P} do glicerolo-3-{P}. Glukoza moŜe równieŜ: zasilać TCA (→ CO2), PPP (→ NADPH), być przekształcona w AcCoA i dalej w acylo-CoA. Do adipocytów docierają TAG z Lp. Po rozkładzie przez LPL glicerol wraca do osocza i jest metabolizowany przez kinazę glicerolową w wątrobie lub nerkach, zaś KT tworzą pulę WKT2 o krótkim T1/2. TAG adipocytów ulegają lipolizie przez lipazę wraŜliwą na hormony ((+): ACTH, TSH, ADH, A/NA, glukagon, (-): insulina, PGE1, kwas nikotynowy) do glicerolu, usuwanego do osocza oraz do KT tworzących pulę WKT1. Obie pule WKT dostarczają substratu do syntezy acylo-CoA. Gdy estryfikacja nie równowaŜy lipolizy, WKT gromadzą się i przenikają do osocza, łącząc się z albuminami.

• • •

- 84

b) regulacja • • Procesy zachodzące w tkance tłuszczowej podlegają ścisłe regulacji hormonalnej. Insulina mobilizuje przenośnik GLUT-4 na powierzchnię komórki, wzmaga aktywność dehydrogenazy pirogronianowej, karboksylazy AcCoA (ACC) i acylotransferazy glicerolo-3-{P} oraz hamuje aktywność lipazy wraŜliwej na hormony, przez co wzmaga metabolizm i usuwa glukozę w osocza oraz hamuje uwalnianie WKT do krwi. Lipolizę pobudzają: A/NA, glukagon, ACTH, α/β-MSH, TSH, GH, ADH, KS, T3/4, metyloksantyny.

c)

Brunatna tkanka tłuszczowa uczestniczy w termogenezie. Występuje u zwierząt hibernujących i noworodków ludzkich. Jej brązowy kolor pochodzi od nagromadzenia cytochromów w mitochondriach. Zawiera dodatkowo białko termogeninę (hamowaną przez puryny). Pod wpływem pobudzenia układu współczulnego wydzielana NA zwiększa poziom cAMP, przez co lipaza hormonozaleŜna staje się aktywna i hydrolizuje TAG do WKT. Te odblokowują termogeninę oraz dostarczają acylo-CoA, przenoszonego następnie do wnętrza mitochondriów, utlenianego w szlaku β-oksydacji i dostarczającego równowaŜników redukujących, które z kolei wykorzystywane są przez łańcuch oddechowy do tworzenia gradientu pH. Normalnie słuŜy on do pracy syntazy ATP, jednak termogenina wykorzystuje gradient do „jałowych cykli”, podczas których energia nie jest gromadzona w wysokoenergetycznych wiązaniach, lecz rozpraszana, podnosząc temperaturę tkanki, a przez to całego organizmu.

- 85

5. a)

Utlenianie kwasów tłuszczowych lokalizacja komórkowa i tkankowa Utlenianie KT zachodzi w matrix mitochondrialnej. Proces ten zachodzi gł. w wątrobie, chociaŜ większość tkanek organizmu jest w tanie przeprowadzić pełny szlak oksydacji KT.

b) aktywacja i transport KT do mitochondrium Utlenianie KT poprzedzone jest ich aktywacją, polegającą na przekształceniu w bezpośredni substrat dla β-oksydacji. Jest to jedyna reakcja szlaku wymagająca ATP. KT + ATP + CoA →syntetaza acylo-CoA (tiokinaza)→ acylo-CoA + AMP + PPi PPi + H2O →pirofosfataza nieorganiczna→ 2 {P} Dzięki obecności pirofosfatazy nieorganicznej liczba traconych wysokoenergetycznych wiązań fosforowych wzrasta do 2 i z tego powodu reakcja zachodzi do końca. Syntetazy acylo-CoA występują na ER, w peroksysomach, na zewnętrznej błonie mitochondrialnej i w jej matrix. Karnityna syntetyzowana jest z Lys i Met w wątrobie i w nerkach, zaś największa jej ilość występuje w mięśniach. NiŜsze KT mogą być aktywowane i utleniane bez jej udziału, w przeciwieństwie do wyŜszych.

c)

β-oksydacja nasyconych KT

Proces ten zachodzi w matrix mitochondrialnej przy udziale kompleksu enzymatycznego oksydazy KT, umiejscowionego w pobliŜu łańcucha oddechowego. ZaleŜnie od długości KT jest on utleniany przez swoiste dla siebie enzymy • przebieg: dehydrogenacja – powstaje ∆2-trans-enoilo-CoA R-CH2-CH2-CO~SCoA + FAD →dehydrogenaza acylo-CoA→ R-CH=CH-CO~SCoA + FADH2 hydratacja – powstaje L(+)-3-hydroksyacylo-CoA R-CH=CH-CO~SCoA + H2O →hydrataza ∆2-enoilo-CoA→ R-CH(OH)-CH2-CO~SCoA dehydrogenacja – powstaje 3-ketoacylo-CoA R-CH(OH)-CH2-CO~SCoA + NAD+ →dehydrogenaza L(+)-3-hydroksyacylo-CoA→ → R-CO-CH2-CO~SCoA + NADH + H+ rozcięcie – powstaje acylo-CoA skrócony o C2 i AcCoA R-CO-CH2-CO~SCoA + CoA-SH →tiolaza 3-ketoacylo-CoA (acetylotransferaza acetoacetylo-CoA) → → R-CO~SCoA + CH3-CO~S-CoA

• bilans energetyczny: aktywacja: - 2 ATP FADH2 + 2 ATP x (n-1) NADH + H+ + 3 ATP x (n-1) AcCoA + 12 ATP x n Dla kwasu o C2n atomach węgla zysk energetyczny wynosi 12 n + 5 (n – 1) = 17 n – 7 ATP np. dla kwasu palmitynowego (C16) mamy 128 ATP.

- 86

KT o nieparzystej liczbie atomów węgla są utleniane w podobny sposób, aŜ powstanie z nich trójwęglowa reszta propionylo-CoA. Ten ulega przekształceniu do sukcynylo-CoA, który metabolizowany jest w cyklu Krebsa (patrz punkt IV-4-b). Reszta propionylowa jest jedynym glukogennym fragmentem nieparzystych KT. W peroksysomach zachodzi zmodyfikowana β-oksydacja, gdyŜ obok AcCoA powstaje H2O2 na etapie dehydrogenazy z flawoproteiną, który następnie rozkładany jest przez katalazę. Sytuacja ta nie jest związana z fosforylacją i produkcją ATP, lecz ułatwia działanie na KT o bardzo długich łańcuchach (≥ C20). Peroksysomy nie utleniają acylo-CoA krótszych niŜ C8. α-oksydacja zachodzi w mózgu i polega na stopniowym usuwaniu po jednym atomie węgla, począwszy od C1. Reakcja ta nie wymaga CoA, nie powstają teŜ w niej wiązania makroergiczne. ω-oksydacja zachodzi w ER przy udziale CYP. Końcowa reszta metylowa KT (CH3-) utleniana jest kolejno do pochodnej alkoholowej (-CH2OH), a następnie karboksylowej (-COOH). Powstały kwas dwukarboksylowy ulega oksydacji do kwasu adypinowego (C6) lub korkowego (C8), które są wydalane z moczem.

• •

d) oksydacja nienasyconych KT • • • ZaleŜnie od połoŜenia wiązania nienasyconego odpowiednie acylo-CoA degradowane są w szlaku βoksydacji do momentu powstania ∆3-cis-acylo-CoA lub ∆4-cis-acylo-CoA. W pierwszym przypadku pochodna ∆3 ulega izomeryzacji przez izomerazę ∆3-cis/trans→∆2-transenoilo-CoA do ∆2-trans-enoilo-CoA, po czym ulega dalszemu utlenianiu. KaŜdy ∆4-cis-acylo-CoA – zarówno powstający z utleniania pochodnej ∆3, jak i wchodzący do szlaku bocznie, jest poddawany dehydrogenazie acylo-CoA i tak powstaje ∆2-trans-∆4-cis-dienoilo-CoA. Ten ulega działaniu NADPH-zaleŜnej reduktazy ∆2-trans-∆4-cis-dienoilo-CoA, w wyniku czego powstaje ∆3-trans-enoilo-CoA, na który działa znów izomeraza ∆3-cis/trans→∆2-trans-enoilo-CoA, dając ∆2trans-enoilo-CoA, który utleniany jest następnie w klasycznym szlaku β-oksydacji. ketogeneza

e)

Powstawanie ciał ketonowych u człowieka ma miejsce w wątrobie w warunkach znacznego nasilenia βoksydacji. Powoduje to odwrócenie reakcji katalizowanej przez tiolazę, czyli kondensację 2 AcCoA → acetoacetylo-CoA. Do niego przyłącza się jeszcze jedna cząsteczka AcCoA, i w reakcji katalizowanej przez syntazę HMG-CoA (mit) powstaje 3-hydroksy-3-metylo-glutarylo-CoA (HMG-CoA). Następnie liaza HMG-CoA (mit) odłącza AcCoA, pozostawiając acetooctan, który pozostaje w równowadze z D(-)-β-hydroksymaślanem dzięki obecności dehydrogenazy D(-)-hydroksymaślanowej (mit); stan tej równowagi zaleŜy od stosunku [NAD+]/[NADH]. Acetooctan ulega równieŜ spontanicznej dekarboksylacji do acetonu. Wymienione trzy związki, określane łącznie jako ciała ketonowe, transportowane są z krwią, gdzie ich stęŜenie nie powinno przekraczać 0,2 mM. Z osoczem wędrują one do płuc, gdzie lotny aceton jest wydychany (zapach acetonu z ust jest jednym z objawów cukrzycy), a takŜe do nerek, gdzie kilka % usuwanych jest z moczem. Ketonemia (nadmiar ciał ketonowych w osoczu) spowodowany jest raczej zwiększonym ich wytwarzaniem w wątrobie, niŜ zmniejszoną utylizacją przez tkanki pozawątrobowe. Dla tkanek pozawątrobowych ciała ketonowe stanowią bowiem substraty oddechowe – β-hydroksymaślan przekształcany jest do acetooctanu, który z kolei dzięki transferazie CoA sukcynylo-CoA : acetooctan łączy się z AcCoA. Powstały acetoacetylo-CoA ulega działaniu tiolazy, dając 2 cząsteczki AcCoA, które utleniane są w cyklu Krebsa. Regulacja ketogenezy opiera się na trzech zasadniczych przemianach: po pierwsze: ketogeneza występuje przy zwiększonym utlenianiu KT, pochodzącym z lipolizy TAG w adipocytach, regulują ją zatem czynniki mobilizujące WKT, po drugie: WKT oprócz utleniania mogą być estryfikowane, przy czym decydującą rolę odgrywa CPT I – zmniejsza ona swoją aktywność w stanie sytości pod wpływem malonylo-CoA. Wówczas pochłaniane przez hepatocyty WKT są estryfikowane i eksportowane jako VLDL. W okresie głodzenia jest odwrotnie:↑ WKT → ↑ acylo-CoA → ↓ ACC → ↓ malonylo-CoA → ↑ CPT I. po trzecie: proporcja AcCoA ulegającego ketogenezie i oksydacji jest tak regulowana, aby całkowita powstała energia nie wahała się zbytnio w czasie. Ketogeneza pozwala wątrobie utleniać zwiększające się ilości KT w układzie ściśle skojarzonych oksydacyjnych fosforylacji bez zwiększania całkowitego wydatku energetycznego.

- 87

f)

zaburzenia oksydacji KT niedobór karnityny ← wcześniaki, hemodializa, acyduria spowodowana kwasami organicznymi → napady hipoglikemii, hiperlipidemia i osłabienie mięśni (objawy podobne do zespołu Reye’a) niedobór CPT I – dotyczy wątroby; → hipoglikemia niedobór CPT II – dotyczy gł. mięśni; → osłabienie, martwica, mioglobinuria hamowanie CPT ← hipoglikemizujący efekt leków p/cukrzycowych – poch. sulfonylomocznika (tolbutamid, gliburyd) ostre ciąŜowe stłuszczenie wątroby ← deficyt dehydrogenazy długołańcuchowych β-hydroksyacylo-CoA niedobór liazy HMG-CoA → zab. ketogenezy i degradacji leucyny jamajska choroba wymiotna – hipoglicyna hamuje oksydację acyduria dwukarboksylowa ← brak dehydrogenazy dla KT o łańcuchach średniej długości ch. Refsuma ← nagromadzenie kwasu fitanowego z fitolu zespół Zellwegera (mózgowo – wątrobowo – nerkowy) ← brak peroksysmów w tkankach → gromadzenie w mózgu wielonienasyconych długołańcuchowych KT (C26-C38) → upośledzenie syntezy kwasów Ŝółciowych i lipidów eterowych (plazmalogenów) ketoza (ketonemia i następowa ketonuria) → moŜe spowodować kwasicę ketonową, co ma miejsce np. w cukrzycy

6. a) • •

Lipogeneza – synteza kwasów tłuszczowych lokalizacja i transport substratów Enzymy biosyntezy KT zlokalizowane są w cytozolu, zaś układ elongacji łańcucha na ER hepatocytów. Lipogeneza zachodzi w wątrobie, nerce, mózgu, płucach, gruczole sutkowym i adipocytach. AcCoA powstały z węglowodanów wskutek wewnątrzmitochondrialnego utleniania pirogronianu nie moŜe swobodnie przechodzić do cytozolu, by dać się przekształcić w KT. AcCoA kondensuje więc ze szczawiooctanem w cytrynian, który ulega antyportowi z jabłczanem i OH- do przestrzeni pozamitochondrialnej; tu dzięki ATP, CoA i liazie ATP : cytrynianowej ulega przekształceniu w AcCoA, który moŜe ulegać karboksylacji przez ACC do malonylo-CoA i budować KT. Pozostały szczawiooctan moŜe przejść w jabłczan dzięki NADH-zaleŜnej dehydrogenazie jabłczanowej, po czym następuje generacja NADPH przez „enzym jabłczanowy”. Jabłczan moŜe równieŜ wniknąć do mitochondrium.

b) przebieg lipogenezy • Pierwszym etapem lipogenezy jest karboksylacja AcCoA katalizowana przez kompleks enzymatyczny, złoŜony m. in. z biotyny (wit. H) i jej karboksylazy, białka nośnikowego karboksybiotyny, transkarboksylazy oraz allosterycznego miejsca regulatorowego. Donorem CO2 jest HCO3-. AcCoA + HCO3- + ATP →ACC→ malonylo-CoA + ADP + Pi • U człowieka kompleks syntazy KT jest homodimerem i tylko w takiej formie wykazuje aktywność. KaŜdy monomer jest pojedynczym polipeptydem, kodowany przez jeden gen, co zapewnia duŜą wydajność i brak interferencji. Monomery łączą się mostkiem dwusiarczkowym obecnym między 4’{P}-panteteiną białka przenoszącego acyl (ACP), a cysteiną syntazy 3-ketoacylowej (połoŜenie 69). Kompleks wykazuje 7 aktywności enzymatycznych: transacylaza acetylowa, transacylaza malonylowa, syntaza 3-ketoacylowa, reduktaza 3-ketoacylowa, hydrataza, reduktaza enoilowa oraz tioesteraza.

Kolejność reakcji: połączenie AcCoA z Cys-HS przez transacylazę acetylową połączenie malonylo-CoA z grupą SH 4’-{P}-panteteiny przez transacylazę malonylową; wytworzenie acetylo(acylo)-malonylo-enzymu atak grupy acylowej na grupę metylenową reszty malonylowej katalizowany przez syntazę 3ketoacylową oraz uwolnienie CO2, dzięki czemu reakcja zachodzi do końca; powstanie 3-ketoacyloenzymu = acetoacetylo-enzymu redukcja grupy 3-ketoacylowej przez reduktazę 3-ketoacylową

- 88

dehydratacja grupy 3-hydroksyacylowej przez hydratazę redukcja wiązania nienasyconego przez reduktazę enoilową; utworzenie nasyconego acylo-S-enzymu połączenie malonylo-CoA z grupą HS 4’-{P}-panteteiny i wyparcie reszty acylowej na miejsce połączenia z Cys-HS sześciokrotne powtórzenie procesu → wytworzenie rodnika palmitylowego (C16) hydroliza do czystego enzymu i palmitynianu przez tioesterazę = deacylazę (w gruczole sutkowym enzym ten występuje w kilku formach, odpowiednio dla C8, C10 i C12) • Sumaryczna reakcja: CH3-CO~SCoA + 7 HOOC-CH2-CO~SCoA + 14 (NADPH + H+) → → CH3-(CH2)14-COOH + 7 CO2 + 6 H2O + 8 CoA-SH + 14 NADP+ Inicjatory reakcji: standardowy: AcCoA w gruczole sutkowym i wątrobie: butyrylo-CoA dla nieparzystych KT: propionylo-CoA Źródła NADPH: PPP – wątroba, adipocyty, gruczoł sutkowy, „enzym jabłczanowy” = dekarboksylująca dehydrogenaza jabłczanowa pozamitochondrialna dehydrogenaza cytrynianowa Otrzymanie KT dłuŜszych niŜ C16 moŜliwe jest dzięki mikrosomalnemu układowi elongazy KT. Do reakcji wchodzi nasycony lub nienasycony KT ≥ C10, który aktywowany jest do acylo-CoA. Ten łączy się z malonylo-CoA dzięki syntetazie 3-ketoacylo-CoA. Powstały produkt ulega swoistej reduktazie, hydratazie oraz reduktazie 2,3-enoiloacylo-CoA. Ostatecznie powstaje łańcuch wydłuŜony o C2. W mózgu elongacja ulega przyspieszeniu podczas mielinizacji, aby dostarczyć KT C22 i C24 dla sfingolipidów. Głodzenie i cukrzyca hamują elongację. Istnieje równieŜ mniej wydajny mitochondrialny układ elongazy wykorzystujący AcCoA. Anaboliczną fazę cyklu Ŝywieniowego stanowi m. in. przekształcanie w tłuszcz nadmiaru glukozy, pirogronianu, mleczanu i AcCoA. Głównym czynnikiem regulującym aktywność lipogenezy jest stan odŜywienia organizmu – proces ulega zwolnieniu przy głodówce, diecie tłuszczowej i niedoborze insuliny (np. w przebiegu cukrzycy). Lipogeneza zaleŜy równieŜ odwrotnie proporcjonalnie od stęŜenia WKT w osoczu. Fruktoza wzmaga lipogenezę przez ominięcie regulacji glikolizy na poziomie PFK-1; dostarcza przez to zarówno substratu do syntezy KT, jak i glicerolu do ich estryfikacji. Regulacja lipogenezy występuje w formie krótkoterminowej – jako modyfikacje kowalencyjne i allosteryczne oraz w formie długoterminowej kontroli adapatacyjnej – przez modyfikację ekspresji genów.

- 89

c) • •

synteza nienasyconych KT MoŜliwe jest wstawianie wiązań podwójnych do KT w pozycjach ∆4,5,6,9, lecz nie dalej (zdolność tą posiadają rośliny, co związane jest z syntezą EFA). Jednonienasycone KT otrzymywane są z odpowiednich acyli nasyconych przez mikrosomalny układ ∆9-desaturazy (wątroba i inne narządy) złoŜony z cytochromu b5, reduktazy NADPH – cytochrom b5 oraz desaturazy z Ŝelazem niehemowym wraŜliwym na CN-. palmitoilo-CoA + O2 + NADH + H+ →∆9-desaturaza→ palmitooleilo-CoA + 2 H2O + NAD+ steareilo-CoA + O2 + NADH + H+ →∆9-desaturaza→ oleilo-CoA + 2 H2O + NAD+

Dodatkowe wiązania podwójne wprowadzane są między istniejące juŜ wiązanie nienasycone (∆9) oraz atom C1 przez układ ∆5-desaturazy i elongazy. W ten sposób moŜna otrzymać kwas arachidonowy z αlinolenowego, dzięki czemu nie jest on niezbędny w poŜywieniu. Aktywność tego układu zmniejszają: A, glukagon i deficyt insuliny. α-linolenoilo-CoA →∆5-desaturaza→ γ-linolenoilo-CoA →elongaza→ → dihomo-γ-linolenoilo-CoA →∆5-desaturaza→ arachidonoilo-CoA

Egzogenne kwasy tłuszczowe (EFA, wit. F) potrzebne są do tworzenia eikozanoidów oraz stanowią strukturalne lipidy komórki – kwas arachidonowy stanowi do 10 % KT fosfolipidów, zaś DHA występuje w jądrze, spermie, korze mózgowej i siatkówce, gdzie zwiększa płynność lipidów wspomagającą działanie rodopsyny (w przypadku niedoboru rozwija się retinitis pigmentosa). Generalnie deficyt EFA powoduje zmiany skórne i zaburzenia transportu lipidów. Zaburzenia metabolizmu EFA występują przy zwłóknieniu torbielowatym trzustki (mukowiscydoza), acrodermatitis enteropathica, zespole wątrobowo – nerkowym, chorobie Crohna, marskości wątroby, zespole Reye’a, zespole Zellwegera oraz alkoholizmie.

d) metabolizm eikozanoidów (patrz równieŜ punkt VII-1-b)

PG – odkryte w nasieniu (stąd nazwa), hormony miejscowe (autakoidy) biorące udział m. in. w rozwoju stanu zapalnego PGI – produkowana przez śródbłonek, hamuje skurcz naczyń i agregację trombocytów TX – produkowane przez trombocyty, nasilają skurcz naczyń i agregację trombocytów LT – zw. z leukocytami, silne rozszerzenie naczyń i skurcz oskrzeli

- 90

7. a)

Synteza trójglicerydów lokalizacja tkankowa i komórkowa

Kinaza glicerolowa występuje w wątrobie, nerkach, jelicie, brunatnej tkance tłuszczowej i gruczole sutkowym, niewielką zaś aktywność wykazuje w mięśniach i Ŝółtej tkance tłuszczowej (tam za to działa dehydrogenaza glicerolo-3-{P}). Większość enzymów syntezy TAG występuje w ER, chociaŜ acylotransferaza glicerolo-3-{P} związana jest z mitochondriami, a fosfohydrolaza fosfatydowa – z cytozolem (przy czym jej forma aktywna związana jest z błonami). b) przebieg syntezy

- 91

8. a)

Cholesterol biosynteza cholesterolu

Wszystkie tkanki złoŜone z komórek eukariotycznych posiadają zdolność syntezy cholesterolu. Ok. połowa puli cholesterolu w ludzkim organizmie pochodzi z poŜywienia (gł. jajka, mięso, wątroba, mózg), reszta jest syntetyzowana de novo – 10 % w wątrobie oraz w 10 % w jelitach. Proces biosyntezy cholesterolu ma miejsce w ER i w cytozolu.

Regulacja syntezy cholesterolu zachodzi na etapie HMG-CoA. T3/4 wpływają na szlak jak insulina, zaś KS jak glukagon.

- 92

b) trawienie i wchłanianie cholesterolu pokarm → cholesterol + jego estry →hydroliza estrów→ cholesterol → wchłanianie (Ŝółć) → → estryfikacja 80 – 90 % → chlomikrony →LPL→ remnanty chylomikronów → → wątroba (hydroliza remnantów chylomikronów, IDL i LDL) → → VLDL →LPL→ IDL → LDL → tkanki pozawątrobowe c) równowaga cholesterolu i endocytoza LDL

pula cholesterolu: (+): ← pobieranie w Lp przez receptor LDL lub oczyszczający (zmiatający) ← pobieranie do błony ← biosynteza ← hydroliza estrów cholesterolu (-): ← usuwanie gradientu stęŜeń do HDL3 ← estryfikacja przez ACAT (acylotransferaza acylo-CoA : cholesterol) ← synteza kwasów Ŝółciowych i hormonów sterydowych

d) wydalanie cholesterolu • • • e) Z poŜywieniem dostarczane jest ok. 0,4 g cholesterolu dziennie. Wraz z Ŝółcią do jelita wydala się dziennie ok. 0,6 g cholesterolu oraz 0,4 g kwasów Ŝółciowych, z czego 98 % ulega zwrotnemu wchłonięciu w jelicie krętym do krąŜenia jelitowo – wątrobowego. W wyniku działania flory bakteryjnej jelita w cholesterolu powstaje koprostanol. miaŜdŜyca

Istotą miaŜdŜycy jest odkładanie cholesterolu z lipoprotein zawierających apoLp B100 w postaci wolnej i zestryfikowanej w tkance łącznej ścian tętnic. Do czynników ryzyka zaliczamy: nadciśnienie tętnicze, nadmierne spoŜycie soli, kawy i alkoholu, obfite posiłki, dietę wysokotłuszczową, picie miękkiej wody, nadwagę, palenie tytoniu (nikotyna, CO, stres oksydacyjny), płeć męską, otyłość zwłaszcza brzuszną (↓ HDL), brak ruchu, stres. Wzrost zachorowalności występuje przy określonych hipolipoproteinemiach, w cukrzycy, nerczycy lipidowej, niedoczynności tarczycy i uogólnionej hiperlipidemii. Prognoza choroby zaleŜy od stosunku [cholesterol HDL] : [cholesterol LDL]. Terapia niefarmakologiczna obejmuje m. in. zmianę diety polegającą na zastąpieniu nasyconych KT (masło, tłuszcz wołowy, olej kokosowy) przez jedno- (oliwa z oliwek) i wielonienasycone (olej słonecznikowy, sojowy, kukurydziany, bawełniany) oraz wykluczenie fruktozy i zawierające ją sacharozy (działanie hiperlipemizujące). Nasycone KT nasilają tworzenie oraz spowalniają katabolizm mniejszych cząsteczek VLDL z większą ilością cholesterolu. Natomiast nienasycone KT nasilają katabolizm i wydalanie cholesterolu oraz LDL poprzez oddziaływanie z ich receptorami (zjawisko regulacji w górę). W terapii farmakologicznej stosuje się: Ŝywice jonowymienne (cholestyramina, cholestipol), fibraty (klofibrat, gemfibrozil), leki hamujące lipolizę (kwas nikotynowy), antyoksydanty (probukol). W wyjątkowych

- 93

przypadkach decyduje się na zabieg chirurgiczny, polegający na wyłączeniu jelita krętego z konsekwentnym zaburzeniem krąŜenia jelitowo – wątrobowym kwasów Ŝółciowych. 9. Kwasy Ŝółciowe

Synteza kwasów Ŝółciowych zachodzi w wątrobie. Prekursorem jest cholesterol, hydroksylowany przez 7α-hydroksylazę (ER); reakcja wymaga O2, NADPH, witaminy C i CYP. Jest to etap regulujący całą syntezę – nasila go sam cholesterol, hamuje zaś produkt (kwasy Ŝółciowe – poprzez receptor FXR) oraz niedobór witaminy C. 7α-hydroksylaza regulowana jest wspólnie z reduktazą HMG-CoA, obie teŜ ulegają modyfikacjom kowalencyjnym, przy czym hydroksylaza wykazuje aktywność w formie ufosfrylowanej. Powstały 7α-hydroksycholesterol podlega następnie kilku etapom przemian z udziałem O2, NADPH, CoA i ewentualnie 12α-hydroksylazy – wysycane jest wiązanie ∆5,6, łańcuch boczny skracany jest o C3 (propionylo-CoA), reszta karboksylowa wiązana z CoA, zaś C12 hydroksylowany. Powstaje w ten sposób choloilo-CoA oraz chenodeoksycholoilo-CoA, które łączone z glicyną i tauryną w proporcji 1:3 dają pierwotne kwasy Ŝółciowe, wydalane z Ŝółcią do światła jelita. UmoŜliwiają tam trawienie i wchłanianie, tworzenie emulsji tłuszczowych i rozbijanie tłuszczu na micele, pokrywanie tłuszczem innych cząstek pokarmowych i lepszy dostęp enzymów. Dzięki działalności flory bakteryjnej jelita pierwotne kwasy ulegają dekoniugacji i 7αdehydroksylacji, dając odpowiednio kwas deoksycholowy i litocholowy – wtórne kwasy Ŝółciowe. W jelicie krętym ogromna większość kwasów Ŝółciowych ulega wchłonięciu do krąŜenia jelitowo – wątrobowego, z wyjątkiem nierozpuszczalnego kwasu litocholowego. Reszta wydalana jest z kałem, stanowiąc główną drogę wydalania cholesterolu z organizmu.

- 94

10. Kalcyferole (patrz równieŜ punkt VII-2-b) Witamina D jest prohormonem sterydowym, jej przedstawicielem jest ergosterol, występujący w roślinach i droŜdŜach oraz 7-dehydrocholesterol, obecny u zwierząt – róŜnią się one między sobą nasyceniem i metylacją łańcucha bocznego. KaŜdy z nich ulega u odpowiednich gatunków reakcji fotolitycznej, przebiegającej z rozbiciem wiązana C9-C10 w pierścieniu B, dając ergokalcyferol (D2) lub cholekalcyferol (D3). Witaminy te po spoŜyciu w pokarmach (gł. olej rybi, Ŝółtka jaj, wątroba) wchłaniane są przez jelita do krwi, gdzie wiąŜe je białko nośnikowe. Wychwytywane przez wątrobę ulegają 25-hydroksylazie (ER), a powstała 25OH-D3 jest formą zapasową gromadzoną w hepatocytach, adipocytach i miocytach, podlega krąŜeniu jelitowo – wątrobowemu. W kanalikach nerkowych, kościach i łoŜysku 25-OH-D3 ulega 1-hydroksylazie (mitochondria), dając 1α,25-(OH)2-D3 (synteza regulowana przez PTH i [{P}] w osoczu). Szlak alternatywny prowadzi przez 24hydroksylazę (mitochondria), obecna w kanalikach nerkowych, chrząstce, kościach, jelicie i łoŜysku. Aktywna witamina D reguluje ekspresję odpowiednich genów, przez co uczestniczy w regulacji gospodarki wapniowo – fosforanowej i kształtowaniu kości, procesach róŜnicowania oraz zjawiskach immunologicznych.

- 95

11. Hormony sterydowe • • Hormony o budowie sterydowej syntetyzowane są przez korę nadnerczy oraz przez gonady. Kora nadnerczy (cortex glandulae adrenalis) syntetyzuje kortykosteroidy. W obrębie kory wyróŜniamy 3 warstwy, wydzielające odmienne rodzaje hormonów. Warstwa kłębuszkowata produkuje mineralokortykosteroidy (C21), których głównym przedstawicielem jest aldosteron. Warstwa pasmowata produkuje glukokortykosteroidy (C21): kortyzol = hydrokortyzon, kortyzon i kortykosteron. Warstwa siateczkowata produkuje androgeny (C19): DHEA i androstendion. Substratem do syntezy hormonów steroidowych jest cholesterol. W tkankach docelowych steroidogenezy podlega on działaniu enzymu odgałęziającemu z grupy cytochromu P450 (CYP SCC – ang. side-chain cleavage enzyme), który pozbawia cholesterol atomów C22-C27; produktem tej reakcji jest ∆5-pregnenolon, właściwy macierzysty związek wszystkich naturalnych sterydów. W wyniku działania nań enzymów: dehydrogenazy 3-β-hydroksysteroidowej, 21-α-hydroksylazy, 11-βhydroksylazy, 17-α-hydroksylazy, 17,20-liazy oraz syntazy aldosteronowej powstają wymienione wyŜej grupy hormonów kory nadnercza. Główne działanie mineralokortykoidów polega na wzroście resorpcji zwrotnej wody, Na+ i Cl- w kanaliku dalszym, przez co regulowana jest objętość płynów krąŜących w łoŜysku naczyniowym oraz ich ciśnienie osmotyczne. Działanie glukokortykoidów polega na rozległym wpływie na metabolizm (↑ glikemia – stąd nazwa, nasilenie katabolizmu lipidowego i azotowego), gospodarkę wodno – elektrolitową (choć nie w takim stopniu jak aldosteron), syntezę składników tkanki łącznej oraz na modyfikacji układu immunologicznego – m. in. hamowaniu tkanki limfoidalnej i działaniu przeciwzapalnym przez hamowanie izoenzymu 2 syntazy PGH2 (PGHS-2). Gonada męska (jądro; testis) produkuje androgeny (C19), gł. testosteron. Jego synteza moŜliwa jest dzięki obecności dodatkowego enzymu – dehydrogenazy 17-β-hydroksysteroidowej, która pozwala przeprowadzić DHEA w androstandiol oraz androstendion w testosteron. Ten podlega obwodowej redukcji przez 5α-reduktazę do dihydrotestosteronu (DHT), wykazującego większą aktywność i odpowiedzialnego za większość efektów działania androgenów. Androgeny są niezbędne do wykształcenia męskich cech płciowych; ponadto działają anabolicznie m. in. na układ ruchu, zwiększając masę mięśni szkieletowych i aktywność osteoblastów, pobudzają do wydzielania gruczoły łojowe (objawy trądziku) oraz stymulują przerost gruczołu krokowego. Androgeny metabolizowane są do 17-ketosteroidów (17-KS), wydalanych następnie z moczem. U kobiet całość wydalanych 17-KS pochodzi z nadnerczy, zaś u męŜczyzn 2/3 ma pochodzenie nadnerczowe, a 1/3 gonadalne. 17-KS uŜywane są jako marker diagnostyczny. Zwiększenie ich poziomu występuje fizjologicznie w ciąŜy, a takŜe towarzyszy takim patologiom jak: rak kory nadnerczy, guz wirylizujący nadnerczy lub jajników, zespół Cushinga, zespół nadnerczowo – płciowy (wrodzony przerost nadnerczy), nowotwory jądra produkujące androgeny. Z kolei spadek poziomu 17KS towarzyszy pierwotnej i wtórnej niedoczynności kory nadnerczy (o róŜnej etiologii) oraz obniŜeniu czynności hormonalnej jąder, np. przy hipogonadyzmie. Gonada Ŝeńska (jajnik) wytwarza progestageny (C21), gł. progesteron oraz estrogeny (C18): estradiol, estron i estriol. Do syntezy progesteronu wystarczy aktywność enzymu odgałęziającego i dehydrogenazy 3-β-hydroksysteroidowej. Natomiast powstawanie estrogenów wymaga obecności dehydrogenazy 17-β-hydroksysteroidowej (jak w jądrze), desmolazy, katalizującej C19-demetylację oraz aromatazy, nadającej pierścieniowi A szkieletu steroidowego charakter aromatyczny. Estrogeny są niezbędne do dojrzewania płciowego dziewcząt i płodności kobiet; ponadto przeciwdziałają miaŜdŜycy (hamowanie lipazy wątrobowej → ↑ HDL2) oraz osteoporozie (hamowanie osteoklastów). Progestageny, wydzielane gł. przez ciałko Ŝółte, ułatwiają zagnieŜdŜenie trofoblastu i umoŜliwiają utrzymanie ciąŜy; poza tym pobudzają rozwój gruczołów sutkowych oraz przyspieszają metabolizm – związany jest z tym niewielki skok temperatury ciała towarzyszący owulacji (wykorzystanie w naturalnej antykoncepcji – metodzie termicznej i nowszych, objawowo – termicznych).

- 96

- 97

ROZDZIAŁ VI – PRZEMIANA AZOTOWA
1. a) • • Trawienie białek w przewodzie pokarmowym enzymy i ich specyficzność Trawienie białek rozpoczyna się w Ŝołądku, gdzie kontakt z HCl wytwarzanym przez komórki okładzinowe powoduje ich denaturację, tj. utratę struktury IV i III-rzędowej przez zniszczenie wiązań wodorowych, wyprostowanie polipeptydów i wzrost podatności na działanie proteaz. Główną funkcją Ŝołądka jest trawienie białek. Komórki główne wytwarzają zymogen, który pod wpływem aktywacji proteolitycznej przez H+ ulega przekształceniu w pepsynę (A – dno, B – odźwiernik; optimum 1 – 2). Pepsyna rozkłada dalsze cząsteczki zymogenu na zasadzie autokatalizy. Pepsyna jest endopeptydazą atakującą wiązania peptydowe utworzone przez aa aromatyczne lub dwukarboksylowe, dzieląc zdenaturowane białko na duŜe polipeptydy. Rennina (chymozyna; optimum 4) występuje w Ŝołądku niemowląt, gdzie w obecności Ca2+ przekształca kazeinęw parakazeinę, będącą substratem dla pepsyny, zapobiegając szybkiemu przedostaniu się mleka z Ŝołądka do jelit. Treść Ŝołądkowa przechodzi do dwunastnicy, gdzie jest neutralizowana przez zasadową Ŝółć i zasadowy sok trzustkowy (optimum 7,5 – 8). Sok trzustkowy zawiera liczne enzymy proteolityczne. Do endopeptydaz zaliczamy: trypsynę, chymotrypsynę i elastazę – wszystkie wydzielane początkowo jako zymogeny. Śluzówka jelita wydziela enteropeptydazę (enterokinazę), rozbijającą wiązania peptydowe Lys, przez co rozprostowuje i uaktywnia trypsynę (optimum 7,9; działa na aa zasadowe). Aktywna trypsyna przeprowadza autokatalizę oraz przekształca chymotrypsynogen w chymotrypsynę (optimum 8,0; działa na pozbawione ładunku), proelastazę w elastazę (działa na małe aa) oraz prokarboksypeptydazę w karboksypeptydazę (egzopeptydaza odłączająca pojedyncze C-końcowe aa od polipeptydów). Schemat aktywacji proteolitycznej chymotrypsyny: pro-CT: 1 245 ↓ π-CT: 1 15 16 245 ↓ α-CT: 1 A 13 16 B 146 149 C 245 Sok jelitowy zawiera aminopeptydazę (ezgopeptydaza odcinająca N-końcowe aa poli- i oligopeptydów) oraz dwupeptydazy o róŜnej swoistości. Naturalne izomery L-aa transportowane są aktywnie przez rąbek szczoteczkowy przy udziale PLP przez liczne przenośniki podobne do SGLT-1. WyróŜniamy następujące przenośniki: zaleŜne od Na+: dla aa obojętnych, Phe i Met oraz Pro i Hyp, niezaleŜne: dla aa lipofilnych i obojętnych (Leu, Phe) oraz zasadowych (Lys). (transport aa w kanalikach nerkowych – patrz punkt VII-6-a) Flora bakteryjna jelita powoduje przekształcanie niewchłoniętych aa: dekarboksylaza bakteryjna wytwarza ptomainy (R-CH2-NH2): Lys → kadaweryna, Arg → agametyna, Tyr → tyramina, Orn → putrescyna, His → histamina, Trp → indol, metyloindol (skatol) aa siarkowe przekształcane są w tiole (metylomerkaptan, etylomerkaptan), z których powstaje siarkowodór: CH3SH + 2 H → CH4 + H2S powstały z deaminacji amoniak dostaje się do krąŜenia wrotnego, skąd eliminuje go wątroba; w schorzeniach tego narządu moŜne rozwinąć się hiperamonemia, prowadząca do amoniakowej śpiączki wątrobowej i encefalopatii wątrobowej antybiotyki (np. neomycyna) hamują wzrost flory fizjologicznej zaburzenia trawienia i wchłaniania białek: wchłanianie nie strawionych białek moŜe wywołać reakcje immunologiczne, sprue rodzinna (nie tropikalna) powstaje gdy polipeptydy powstałe z glutenu uszkadzają śluzówkę jelita oraz powodują powstawanie przeciwciał p/glutenowych; jej odpowiednikiem u dzieci jej celiakia (choroba trzewna), złe wchłanianie produktów trawienia białek wywołuje obrzęki i osteoporozę,

• • •

• •

- 98

defekt przenośnika jelitowego dla aa obojętnych wywołuje chorobę Hartnupów (uogólniona aminoacyduria, objawy przypominające pelagrę), kwashiorkor występuje gdy dziecko odstawione od piersi matki przechodzi na dietę niskobiałkową, wyniszczenie (kacheksja, marazmus) to niedobór energetycznego poŜywienia oraz swoistych aa b) transport azotu pomiędzy tkankami Główną rolę w utrzymaniu stęŜenie krąŜących w osoczu aa odgrywają mięśnie i wątroba – miocyty są źródłem ponad połowy puli wolnych aa, zaś hepatocyty przeprowadzają glukoneogenezę i cykl mocznikowy, niezbędny do wydalania nie magazynowanego azotu. W stanie poresorpcyjnym aa uwalniane są z mięśni – dotyczy to gł. Ala i Gln. Ta ostatnia wędruje do jelit i nerek, gdzie stanowi źródło amoniaku i powraca do krwi jako Ala lub Ser (tylko z nerek). Ala – ostateczny transporter azotu – wychwytywana jest przez wątrobę, gdzie stanowi główny aa glukogenny, poniewaŜ hamuje glikolizę na etapie kinazy pirogronianowej oraz stanowi doskonały substrat dla glukoneogenezy, wysycający ten proces dopiero w stęŜeniu 20 – 30 x większym od fizjologicznego. Część aa ulega w wątrobie cyklowi mocznikowemu. Po bogatobiałkowym posiłku transport zachodzi w odwrotnym kierunku, tj. z tkanek trzewnych do mięśni. Aa o rozgałęzionym łańcuchu – gł. Val – stanowią na czczo źródło energii dla OUN, w stanie resorpcyjnym zaś wychwytywane są przez mięśnie po uprzednim oszczędzeniu przez wątrobę. 2. Ogólna przemiana aminokwasów i metabolizm grupy aminowej

W przeciwieństwie do innych składników pokarmowych, jak cukry i tłuszcze, aa nie są w organizmie gromadzone w postaci zapasowej, lecz usuwane w przypadku nadmiaru. Pierwszym etapem tych przemian jest zazwyczaj transaminacja, tj. wymiana grupy aminowej z α-ketokwasem, dają nowy ketokwas i nowy aa. Glu jako jedyny nie wymienia azotu z innym związkiem, lecz odłącza go w procesie oksydacyjnej dezaminacji. Tak powstały NH3 jest transportowany, aby ostatecznie ulec połączeniu z CO2 w cyklu mocznikowym, dając mocznik – gł. metabolit azotowy u człowieka. a) • • • • • • • • transaminacja Aa pokarmowe oraz własne traktowane są identycznie, tj. rozbijane na grupę aminową i szkielet węglowy. Typowa transaminacja polega na przemianie 2 α-aa i 2 α-ketokwasów. Czasami do reakcji wchodzą grupy karbonylowe i nie-α-aminowe, np. grupa δ-aminowa Orn. Transaminacji nie ulegają: Lys, Thr, Pro i Hyp. W większości tkanek obecne są: transaminaza Ala – Pyr (AlAT, GPT, SGPT) oraz Glu – szczawiooctan (GluAT, GOT, SGOT). KaŜda transaminacja jest swoista dla jednej pary substratów. Dzięki temu Ŝe Ala moŜe wejść do reakcji katabolizowanej przez GluAT, cały azot aminowy pochodzący z aa podlegających transaminacji moŜe być zgromadzony w Glu. W miejscu katalitycznym transaminaz występuje PLP (fosforan pirydoksalu) – pochodna wit. B6 wchodząca w skład enzymów metabolizujących aa.

- 99

Aa przyłącza się do PLP przez połączenie typu zasady Schiffa.:

Mechanizm transaminacji (przykład reakcji ping – pong): w sytuacji wyjściowej PLP połączony jest z apoenzymem przez zasadę Schiffa pomiędzy grupą εaminową Lys a grupą aldehydową pirydoksalu, przyłączenie α-aa1 powoduje wyparcie grupy ε-aminowej Lys, połączenie PLP z apoenzymem przez wiązanie jonowe z udziałem grupy fosforanowej PLP oraz utworzenie nowej zasady Schiffa – aldoiminy. odłączenie H+ od C2 α-aa1 powoduje przegrupowanie do ketoiminy i dearomatyzację PLP, przyłączenie H2O i H+ powoduje rozpad do α-ketokwasu1 i fosforanu pirydoksaminy, połączonego nadal jonowo z apoenzymem, następnie zachodzi reakcja odwrotna – przyłącza się α-ketokwas2 i usuwane są H2O i H+ z utworzeniem ketoiminy, przyłączenie H+ powoduje przegrupowanie wiązań i powstanie aldoiminy, odłączenie α-aa2 daje powrót do stanu wyjściowego, tj. PLP połączony przez zasadę Schiffa z grupą εaminową Lys apoenzymu, niedobór wit. B6 wystepuje przy wielowitaminowym deficycie grupy B, podczas laktacji, u alkoholików oraz przy leczeniu gruźlicy izoniazydem (INH): izonikotynian hydrazyny (izoniazyd) + pirydoksal → hydrazon pirydoksalu (→ mocz) + H2O Aa mogą być równieŜ przekształcane przez oksydazę aa, obecną w wątrobie i nerkach:

b) dezaminacja Centralną pozycję w metabolizmie azotu zajmuje dehydrogenaza Glu – enzym rozpowszechniony w wielu tkankach i wykorzystujący NAD(P)+. Katalizuje on odwracalne przejście Glu ↔ α-ketoglutaran + NH3. W wątrobie aktywność tą nasila ADP, zmniejszają zaś: ATP, GTP oraz NADH. c) transport Stale wytwarzany w tkankach amoniak jest toksyczny dla organizmu, dlatego teŜ musi być na bieŜąco usuwany. Funkcję tę pełni wątroba, syntetyzując Glu, Gln i mocznik. Syntetaza glutaminowa katalizuje reakcję: Glu + NH4+ + ATP → Gln + H2O + ADP + Pi Jest to enzym mitochondrialny, występujący w znacznych ilościach w tkance nerwowej, gdzie głównym mechanizmem detoksykacyjnym jest synteza Gln. W stanach nadmiaru NH3 zachodzi karboksylacja ketokwasów na potrzeby sprzęgania i unieczynniania NH3. Uwalnianie azotu amidowego Gln katalizuje glutaminaza: Gln + H2O → Glu + NH4+. Współdziałanie obu powyŜszych enzymów warunkuje równowagę pomiędzy jonem amonowym a Gln.

100 - -

d) eliminacja U człowieka 80 – 95 % azotu wydalane jest przez nerki w postaci mocznika, powstałego w cyklu mocznikowym, zachodzącym gł. w wątrobie. Cykl ten ma zatem kluczowe znaczenie w detoksykacji organizmu. Po przetransportowaniu CO2 i NH4+ do matrix mitochondrialnej reagują one z 2 ATP, co katalizuje syntetaza karbamoilofosforanowa I (mitichondrialna). Reszta karbamoilowa ulega przeniesieniu na Orn, która dostaje się do mitochondrium dzięki translokazie ornitynowej. Produktem reakcji jest Pi oraz Cyt, eksportowana do cytozolu. Reakcję katalizuje transkarbamoilaza ornitynowa. W cytozolu cytulina reaguje z ATP dając cytrulilo-AMP, który wraz z Asp tworzy argininobursztynian. Reakcję katalizuje syntetaza argininobursztynianowa. Argininobursztynian ulega trans-eliminacji katalizowanej przez argininobursztynazę, w wyniku czego powstaje Arg i fumaran. Arginaza występuje w wątrobie, tkance nerwowej, mózgu, gr. sutkowym, jądrze, skórze; aktywność ta hamowana jest przez Orn i Lys. Katalizuje ona rozczepienie grupy guanidynowej Arg, dając Orn i mocznik, usuwany do krwi.

Regulacja cyklu: Głodzenie nasila syntezę enzymów, aby moŜliwe było wydalanie większej ilości mocznika z powodu zwiększonego katabolizmu białkowego. Kluczowe znaczenie ma pierwsza reakcja cyklu – syntetaza karbamoilfosforanowa I wykazuje aktywność wyłącznie w obecności allosterycznego modyfikatora (N-Ac-Glu) zwiększaącego powinowactwo do ATP. Poziom N-Ac-Glu jest wypadkową reakcji syntezy i degradacji: Glu + AcCoA →syntaza N-Ac-Glu→ N-Ac-Glu →hydrolaza N-Ac-Glu→ Glu + octan

101 - -

Zaburzenia cyklu – ogólnie wywołują wymioty, unikanie pokarmów bogatobiałkowych, przerywaną ataksję, nerwowość, letarg i opóźniony rozwój umysłowy. hiperamonemia typ I – defekt syntetazy karbamoilofosforanowej I hiperamonemia typ II – defekt transkarbamoilazy Orn → ↑ Glu cytrulinemia – defekt syntetazy argininobursztynianowej, ↑ Cyt acyduria argininobursztynianowa – defekt argininobursztynazy, → łamliwe włosy skupione w kępki w cytrulinemii i acydurii argininobursztynianowej podaje się Arg i benzoesan hiperargininemia – defekt arginazy → ↑ Arg, podobieństwo do lizynocystynurii 3. Metabolizm poszczególnych aminokwasów

Ze względu na moŜliwość biosyntezy de novo wszystkie aa dzielimy na endogenne i egzogenne. Te pierwsze mogą być zsyntetyzowane przez organizm człowieka, drugie zaś nie – z powodu braku odpowiednich enzymów – i muszą być dostarczane wraz z pokarmem. Do aa endogennych zaliczamy: Glu, Gln, Ala, Asp, Ans, Ser, Gly, Pro, Cys, Tyr, Hyp i Hyl, pozostałe zaś – do egzogennch. MoŜliwość syntezy niektórych aa (ich endogenny charakter) zaleŜy w pewnych przypadkach od odpowiedniej podaŜy innych, np. Tyr moŜe być syntetyzowana pod warunkiem obecności odpowiedniej ilości Phe. Charakter aa zmienia się równieŜ z wiekiem, np. Arg jest egzogenna dla dzieci, z powodu ich szybkiego wzrostu, natomiast u dorosłych całkowicie wystarczą zasoby produkowane w cyklu mocznikowym. Ze względu na to, czy produkty katabolizmu szkieletu węglowego danego aa zasilają szlaki syntezy węglowodanów czy lipidów, dzielimy aa na glukogenne i ketogenne. Do aa czysto glukogennych naleŜą: Gly, Ala, Val, Ser, Thr, Cys, Met, Asp, Glu, Arg, His, Pro i Hyp, do czysto ketogennych – jedynie Leu, zaś do jednocześnie gluko- i ketogennych: Ile, Lys, Phe, Tyr oraz Trp. a) Kwas asparaginowy (asparaginian, Asp, D) jest aa endogennym. Syntetyzowany jest ze szczawiooctanu w reakcji transaminacji: szczawiooctan + Ala →AT→ Asp + Pyr. Jego katabolizm polega na przebiegu tej samej reakcji w przeciwną stronę.

b) Asparaginaza (amid kwasu asparaginowego, Asn, N) jest równieŜ endogenna. Powstaje z Asp w reakcji katalizowanej przez syntetazę Asn: Asp + Glu + ATP →syntetaza Asn→ Asn + Glu + AMP + PPi (→ 2 Pi) Jej rozkład przez asparaginazę daje z powrotem Asp: Asn + H2O →asparaginaza→ Asp + NH4+ c) Kwas glutaminowy (glutaminian, Glu, E) jest endogenny – powstaje z α-ketoglutaranu w reakcji katalizowanej przez dehydrogenazę Glu: α-ketoglutaran + NH4+ + NAD(P)H + H+ →dehydrogenaza Glu→ Glu + H2O + NAD(P)+ Katabolizowany jest z powrotem do α-KG w reakcji transaminacji: Glu + Pyr →AT→ α-ketoglutaran + Ala Glu jest substratem do syntezy γ-aminomaślanu (GABA), pełniącego funkcje hamującego neurotransmitera w UN: Glu ↔dekarboksylaza Glu, PLP↔ GABA GABA ulega degradacji przez przekształcenie do składników cyklu Krebsa: GABA → semialdehyd bursztynowy → α-KG lub bursztynian

d) Glutamina (amid kwasu glutaminowego, Gln, Q) jest endogenna – syntetyzowana z Glu przy udziale aktywności syntetazy Gln: Glu + NH4+ + ATP →syntetaza Gln→ Gln + ADP + Pi Rozkładana jest do Glu przy udziale glutaminazy: Gln + H2O →glutaminaza→ Glu + NH4+ e) Alanina (Ala, A) jest zarówno syntetyzowana, jak i katabolizowana przez transaminację z / do pirogronianu: Pyr + Glu ↔AT↔ Ala + α-KG Glicyna (Gly, G) jest aa endogennym. MoŜe być syntetyzowana na kilka sposobów: z glioksalanu przez transaminację (w wątrobie): glioksalan + α-aa ↔AT↔ Gly + α-ketokwas (1)

f)

102 - -

z choliny: cholina ↔ aldehyd betainowy ↔ betaina ↔ dimetyloglicyna ↔ sarkozyna ↔ Gly (2) z Ser: Ser + THF ↔hydroksymetylotransferaza Ser↔ Gly + metyleno-THF (3) Powstająca z Gly cholina uŜywana jest do syntezy: acetylocholiny (ACh) – neurotransmitera: cholina + AcCoA →acetylotransferaza cholinowa→ ACh ACh →esteraza cholinowa (AChE)→ cholina + octan fosfolipidów – składników błon biologicznych: cholina → cholino-{P} →CDP-cholina CDP-cholina + DAG → fosfatydylocholina = lecytyna Degradacja Gly zachodzi albo przez zachodzenie reakcji (1) i (3) w drugą stronę albo przez rozkład z udziałem syntazy Gly: Gly + NAD+ + THF →syntaza glicynowa, PLP→ CO2 + NH4+ + NADH + H+ + metyleno-THF g) Seryna (Ser, S) jest endogenna. MoŜe powstawać albo z Gly w wyŜej podany sposób (tą drogą zachodzi równieŜ jej degrdacja), jak równieŜ z 3-{P}-glicerynianu w ciągu przemian: 3-{P}-glicerynian + NAD+ → {P}-hydroksypirogronian + NADH + H+ {P}-hydroksypirogronian + α-aa →AT→ {P}-seryna + α-ketokwas {P}-seryna + H2O → seryna + Pi h) Prolina (Pro, P) jest aa endogennym. Zarówno jej synteza, jak i rozkład, zachodzą przez przekształcenia z / do Glu: Glu + NADH + H+ ↔dehydrogenaza↔ γ-semialdehyd Glu + NAD+ γ-semialdehyd Glu ↔ dehydroprolina + H2O dehydroprolina + NADH + H+ ↔dehydrogenaza Pro↔ Pro + NAD+ i) Hydroksyprolina (Hyp) jest endogenna, choć nie jest kodowana przez Ŝaden kodon mRNA. Powstaje z Pro w wyniku nieodwracalnej hydroksylacji zachodzącej na mikrosomach (ER) w skórze, wątrobie, płucach, sercu, mięsniach i ziarninujących ranach: Pro →hydroksylaza Pro, Fe2+, O2, wit. C, α-KG→ Hyp MoŜe być degradowana do Pyr i glioksalanu, głównie jednak wydalana jest z moczem w formie niezmienionej. PoniewaŜ występuje wyłącznie w proteinach łącznotkankowych – kolagenie i elastynie – jej poziom uznawany jest za diagnostyczny wskaźnik szybkości degradacji tkanki łącznej (gł. kości). Wzrasta on w takich patologiach jak: choroba Pageta, pierwotna i wtórna nadczynność przytarczyc / tarczycy / kory nadnerczy, przerzuty nowotworowe do kości oraz w osteoporozie. Arginina (Arg, R) jest generalnie endogenna, choć zaleŜy to od wieku (patrz wyŜej). Jest elementem cyklu mocznikowego (patrz punkt VI-2-d) – syntetyzowana przy udziale argininobursztynazy, zaś degradowana przez arginazę do Orn. Arg bierze udział w syntezie dwóch istotnych związków: kreatyna – przenośnik energii gł. w mięśniach: Arg + Gly →transamidynaza Arg-Gly (nerka)→ glikocyjamina = guanidynooctan guanidynooctan + ATP + SAM →metylotransferaza guanidynooctanowa (wątroba)→ → fosforan kreatyny (PCr, mięśnie, mózg, krew) + ADP + SA-homocysteina fosfokreatyna + ADP ↔kinaza (fosfo)kreatynowa = CK / CPK↔ kreatyna + {P} + ATP kreatyna →nieenzymatyczna cyklizacja w mięśniach→ → kreatynina (→ wydalanie z moczem) + H2O PoniewaŜ powstawanie kreatyniny jest reakcją nieenzymatyczną, jej poziom jest proporcjonalny do masy mięśniowej organizmu (wykorzystywane w sporcie). Szybkość usuwania kreatyniny z krwiobiegu przez nerki (tzw. klirens endogennej kreatyniny) przyjmuje się za równy szybkości filtracji kłębuszkowej (GFR) – parametr słuŜący do oceny sprawności pracy nerek (np. w oparciu o niego określa się stopień zaawansowania przewlekłej niewydolności nerek). GFR moŜna równieŜ obliczyć pośrednio na podstawie stęŜenia kreatyniny we krwi (wzór Cockcroft’a – Gault’a). Z kolei poziom CPK jest wskaźnikiem diagnostycznym uszkodzenia tkanek, gł. mięśni. Wzrasta przy kontuzjach, nadmiernym wysiłku fizycznym, w chorobach mięśni, w tym serca, OUN, wylewach, napadach epileptycznych, niedoczynności tarczycy, radioterapii, farmakoterapii statynami. Spadek CPK moŜe oznaczać RZS lub alkoholową chorobę wątroby. Izoenzym sercowy (CK-MB) uŜywany jest w diagnostyce zawału mięśnia sercowego. (por. II-5-b i c)

j)

103 - -

tlenek azotu (NO): Arg + O2 → syntaza tlenku azotu (NOS)→ Cyt + NO NOS wymaga kofaktorów: NADPH, FAD, FMN, THB (tetrahydrobiopteryny) oraz hemu. Występuje w trzech formach – dwóch konstystucyjnych (śródbłonkowa – eNOS, neuronalna – nNOS) oraz jednej indukowalnej (makrofagowa – iNOS). NO produkowany przez śródbłonek w odpowiedzi na pobudzenie PS+ (→ ACh → PIP2 →IP3 + DAG → ↑ Ca2+ → Ca2+/kalmodulina → NOS → NO) dyfunduje do leŜącej głębiej mięśniówki gładkiej naczyń, gdzie pobudza GC do produkcji cGMP, który stymuluje defosforylację łańcuchów lekkich miozyny, wykazując działanie rozszerzające naczynia oraz hamujące agregację trombocytów. Działanie tego układu moŜna nasilić podając egzogenny donator NO (np. nitroglicerynę) lub zahamować PDE rozkładającą cGMP (np. sildenafil). NO jest usuwany przez wiązanie z hemoproteinami oraz interakcje ze związkami tlenu: NO + ½ O2 → NO2 NO + HO2* → ONOOH (peroksyazotyn) → NO2 + OH* k) Ornityna (Orn) nie jest kodowana przez mRNA, a jedynie powstaje z Arg jako jeden z produktów cyklu mocznikowego. MoŜe albo włączyć się w następny obrót cyklu (kondensacja z karbamoilofosforanem) albo zostać rozłoŜona przez transaminację: Orn + α-KG →δ-aminotransferaza Orn→ γ-semialdehyd Glu + Glu Dalsze przemiany γ-semialdehydu Glu prowadzą do Glu lub Pro (patrz Pro). Orn moŜe podlegać równieŜ dekarboksylacji do putrescyny, która stanowi substrat do syntezy biogennych amin alifatycznych – poliamin:

Poliaminy (spermidyna i spermina) to zasadowe substancje związane z proliferacją i wzrostem komórkowym (przez wiązanie z kwasami nukleinowymi powodują ich stabilizację i stymulują biosyntezę). Ponadto obniŜają RR i temperaturę ciała. l) Cysteina (Cys, C) naleŜy do aa endogennych. Syntetyzowana jest w przez fuzję dwóch innych aa – Met i Ser, a dokładniej (patrz równieŜ Met): Met →→→ homocysteina homocysteina + Ser → cystationina → Cys MoŜe równieŜ powstawać przez rozkład wiązań dwusiarczkowych cystyny: Cys-S-S-Cys + NADH + H+ →reduktaza cystynowa→ 2 Cys-SH + NAD+ Jej katabolizm jest odbywa się równieŜ na dwa sposoby, prowadzące do wspólnego końca: I: Cys →dioksygenaza→ cysteinosulfinian →AT→ β-sulfinylo-Pyr →desulfinaza→ Pyr II: Cys →AT→ tiolo-Pyr →siarkotransferaza→ Pyr Oprócz wyjątkowej funkcji w kształtowaniu struktury białek, Cys stanowi jeden z substratów do syntezy glutationu (GSH): Cys + Glu + ATP →syntetaza γ-Glu-Cys→ γ-glutamylocysteina + ADP γ-Glu-Cys + Gly + ATP →syntetaza GSH→ ADP + γ-glutamylocysteinyloglicyna (GSH)

104 - -

m) Fenyloalanina (Phe, F) jest dla człowieka egzogenna (organizm nie potrafi samodzielnie jej wytworzyć). Praktycznie jedyną reakcją (poza wbudowywania do białek) Phe jest hydroksylacja do Tyr zachodząca w hepatocytach: Phe →hydroksylaza Phe→ Tyr Niedobór tego enzymu jest przyczyną hiperfenyloalaninemii typu I, czyli klasycznej fenyloketonurii (PKU). Wobec braku enzymu Phe jest katabolizowana przez transaminację do nie fizjologicznych metabolitów, jak fenylopirogronian (fenyloketon), felylooctan i fenyloetyloamina; ten pierwszy moŜna wykrywać w moczu i stanowi wówczas wskaźnik diagnostyczny PKU. n) Tyrozyna (Tyr, Y) jest aa endogennym, który powstaje w wyniku hydroksylacji Phe – o ile nie występuje niedobór tej ostatniej lub blok metaboliczny hydroksylacji (PKU). Katabolizm Tyr obejmuje szereg reakcji: Tyr + α-KG →AT, PLP→ {P}-hydroksyfenylo-Pyr + Glu {P}-hydroksyfenylo-Pyr + ½ O2 →dioksygenaza, Cu2+, wit. C→ homogentyzynian + CO2 homogentyzynian + ½ O2 →dioksygenaza, Fe2+→ maleiloacetooctan maleiloacetooctan →izomeraza cis-trans, GSH→ fumaryloacetooctan fumaryloacetooctan + H2O →fumaryloacetoacetaza→ fumaran + acetooctan (AcAc) Następnie fumaran wchodzi do cyklu Krebsa, zaś acetooctan zasila pule ciał ketonowych (patrz punkt V-5-e). Niedobór dioksygenazy homogentyzynianu powoduje alkaptonurię. Główne objawy choroby związane są ze wzmoŜoną konwersją Tyr do melaniny i jej odkładaniem w tkankach i obejmują: ochranozę (wzmoŜoną pigmentację tkanki łącznej), zapalenie stawów oraz ciemnienie moczu na powietrzu. Ponadto Tyr moŜe ulegać: dezaminacji do tyraminy, sprzęganiu z jodem do mono- (MIT) i dwujodotyrozony (DIT), z których następnie powstają hormony tarczycy – trójjodoyronina (T3) oraz tyroksyna (T4), hydroksylacji przez hydroksylazę Tyr do dihydroksyfenyloalaniny (DOPA): Tyr →3-monooksygenaza (hydroksylaza) Tyr, Cu2+→ DOPA DOPA pełni niezwykle istotną rolę metaboliczną, stanowi bowiem związek wyjściowy dla dwóch waŜnych szlaków, tj.: syntezy amin katecholowych (neurony, rdzeń nadnerczy), stanowiących neurotransmitery i hormony: DOPA →dekarboksylaza DOPA, PLP→ dopamina (D) dopamina →β-oksydaza dopaminowa, Cu2+, wit. C→ noradrenalina (NA) noradrenalina →N-metylotransferaza fenyloetanoloaminowa→ adrenalina (A) Katecholaminy są katabolizowane przez oksydazę monoaminową (monoaminooksydazę = MAO) oraz katecholoksymetylotransferazę (COMT) odpowiednio: D do kwasu homowalinowego (HVA), NA do normetanefryny i kwasu wanilinomigdałowego (VMA), zaś A do metanefryny i VMA. Zarówno wolne aminy katecholowe, jak i ich metabolity, stanowią wskaźnik diagnostyczny ogólnoustrojowej produkcji. Markery te ulegają zwiększeniu w guzie chromochłonnym rdzenia nadnerczy (phaeochromocytoma). syntezy barwników skóry i wytworów naskórkowych – melanin (melanogeneza): DOPA →oksydaza katechlowa→ dopachinon dopachinon →→→ trichochromy, feomelaniny (czerwone), melaniny mieszane, melanochrom melanochrom i inne →→→ eumelaniny (ciemnobrązowe) eumelaniny / feomelaniny + białka macierzy melanosomalnej → melanoproteiny Zaburzenia enzymów szlaku melanogenezy prowadzą do hipopigmentacji bądź albinizmu. o) Lizyna (Lys, K) jest dla człowieka aa egzogennym. Ulega ona katabolizmowi bez transaminacji do CO2 i H2O. Lys stanowi substrat do syntezy karnityny – przenośnika długołańcuchowych KT przez błonę mitochondrialną (patrz punkt IV-5-b): Lys → N6-trimetylo-Lys → N6-trimetylo-3-hydroksy-Lys → karnityna MoŜe równieŜ ulegać mikrosomalnej hydroksylacji do Hyl. p) Hydroksylizyna (Hyl, Lys-OH) jest endogenna, choć nie kodowana przez mRNA – powstaje z Lys pod wpływem swoistej hydroksylazy na zasadzie analogicznej do syntezy Hyp z Pro: Lys →hydroksylaza Lys, Fe2+, O2, wit. C, α-KG→ Hyl

105 - -

q) Histydyna (His, H) jest aa egzogennym. Ulega degradacji w następującym ciągu reakcji: His →histydaza→ urokanian urokanian →urokanaza→ 4-imidazolo-5-propionian 4-imidazolo-5-propionian →imidazolopropionaza→ N-formimino-Glu (FIGLU) FIGLU + THF →formiminotransferaza Glu→ Glu + formimino-THF His jest ponadto prekursorem aminy biogennej – histaminy: His → dekarboksylaza aa aromatycznych / dekarboksylaza His → histamina Dekarboksylaza His hamowana jest przez aa α-metylowe. Histamina bierze udział w rozwoju alergii i stanu zapalnego. Katabolizowana jest przez imidazolo-N-metylotransferazę, monooksygenazę (MAO) i dioksyganazę (DAO) do N-metyloimidazolooctanu. Histamina moŜe być wydzielana przez pewne guzy przewodu pokarmowego (np. rakowiaka). r) Treonina (Thr, T) jest aa egzogennym. Katabolizm przebiega nastepująco: Thr →aldolaza Th, PLP→ aldehyd octowy + Gly aldehyd octowy →dehydrogenaza aldehydowa→ octan →syntaza AcCoA→ AcCoA Metionina (Met, M) równieŜ jest egzogenna. Ulega następującym reakcjom katabolicznym: Met →aktywacja, - CH3, - S, - NH3→ α-ketomaślan α-ketomaślan →oksydacyjna karboksylacja→ α-KG α-KG → - CO2 → propionylo-CoA propionylo-CoA → + CO2 → metylomalonylo-CoA metylomalonylo-CoA →wit. B12→ sukcynylo-CoA Dzięki niepowtarzalnej budowie (grupa metylowa połączona z resztą cząsteczki przez atom siarki) Met bierze udział w przenoszeniu grup metylowych na inne związki: Met + ATP →adenozylotransferaza Met→ S-adenozylo-Met (SAM) SAM + X →transmetylaza→ SA-homocysteina + X-CH3 SA-homocysteina →adenozylotransferaza→ homocysteina Ponadto dekarboksylowana SAM bierze udział w syntezie poliamin (patrz Orn), zaś homocysteina – w syntezie Cys (patrz Cys). Tryptofan (Trp, W) zaliczany jest do aa egzogennych. Ulega on katabolizmowi w skomplikowanym szlaku kinureninowo – antranilanowym z udziałem PLP do CO2 i H2O. Trp jest prekursorem związków aktywnych biologicznie: serotoniny oraz melatoniny: Trp →hydroksylaza Trp→ 5-hydroksy-Trp (5-HTP) 5-HTP →dekarboksylaza 5-HTP / aa aromatycznych→ 5-hydroksytryptamina (5-HT, serotonina) 5-HT →transmetylaza hydroksyindolowa (HIOMT)→ 5-metoksytryptamina 5-HT →MAO→ 5-hydroksyindolooctan (HIAA) 5-HT →N-Ac-transferaza 5-HT→ N-Ac-5-HT N-Ac-5-HT →HIOMT→ N-Ac-5-metoksytryptamina = melatonina Serotonina bierze udział w wielu procesach fizjologicznych, m. in. w regulacji motoryki przewodu pokarmowego oraz agregacji trombocytów (patrz punkt VI-4-d). Serotonina i jej metabolity (HIAA), podobnie jak histamina, mogą być wydzielane przez guzy neuroendokrynne przewodu pokarmowego (np. rakowiaka). Oznaczenie poziomu HIAA w moczu odzwierciedla ogólnoustrojową produkcję serotoniny.

s)

t)

106 - -

u) Walina (Val, V), leucyna (Leu, L) oraz izoleucyna (Ile, I) są określane wspólnie jako aa o rozgałęzionym łańcuchu bocznym. Cała grupa jest egzogenna. Ulegają one rozkładowi w wątrobie, nerkach, mięśniach, sercu oraz tkance tłuszczowej.

Zaburzenie aktywności dehydrogenazy ketokwasów poch. z aa rozgałęzionych jest przyczyną choroby syropu klonowego (nazwa wzięła się od charakterystycznego zapachu moczu osób na nią cierpiących). Nieprzestrzeganie diety prowadzi do upośledzenia fizycznego i umysłowego. • Punkty wejścia metabolitów aa do cyklu Krebsa: ← szczawiooctan ← Asp ← Asn ← cytrynian ← AcCoA ← Ile, Leu, Trp ← Pyr ← Ala, Cys, Gly, Hyp, Ser, Thr ← AcAcCoA ← Leu, Lys, Phe, Trp, Thr ← α-ketoglutaran ← Glu ← Arg, His, Gln, Pro ← sukcynylo-CoA ← Ile, Met, Val ← fumaran ← Phe, Tyr 4. a) Przemiana nukleotydów trawienie kwasów nukleinowych w przewodzie pokarmowym sok trzustkowy – rybonukleaza, dezoksyrybonukleaza → trawienie kwasów nukleinowych do nukleotydów sok jelitowy – polinuklotydazy, nukleozydazy (→ rozkład nukleotydów do zasad N i pentozo-{P})

107 - -

b) budowa nukleotydów (patrz punkt VIII-1-a)

A = 6-aminopuryna G = 2-amino-6-oksypuryna H = 6-oksypuryna X = 2,6-dioksypuryna c) • • •

O = kwas 2,4-diokso-1,2,3,6-tetrahydro-4-pirymidynowy U = 2,4-dioksypirymidyna C = 2-oksy-4-aminopirymidyna T = 2,4-dioksy-5-metylo-pirymidyna

biosynteza nukleotydów purynowych Szlak ten jest o tyle istotny, o ile pobrane z pokarmem zasady azotowe nie są wcale lub prawie wcale wbudowywane do endogennych kwasów nukleinowych. Głównym narządem syntezy puryn jest wątroba. Zdolności tej pozbawiony jest mózg, erytocyty i leukocyty wielojądrzaste. synteza de novo – z amfibolicznych związków pośrednich (kreski z prawej strony oznaczają występowanie aktywności enzymatycznych w kompleksach; N – ogólny symbol nukleotydu)

108 - -

109 - -

reakcje rezerwowe (ang. „salvage”) fosforylacja puryn: A + PRPP →{P}-rybozylotransferaza adeninowa→ AMP + PPi H + PRPP →{P}-rybozylotransferaza hipoksantynowo-guaninowa (HGPRT-aza)→ IMP + PPi G + PRPP →HGPRT-aza→ GMP + PPi fosforylacja nukleozydów purynowych: N-R + ATP →kinaza→ NMP + ADP regulacja syntezy puryn

biosynteza dezoksyrybonukleodytów (redukcja rybonukleotydów)

d) degradacja puryn – zachodzi gł. w wątrobie i prowadzi do powstania kwasu moczowego

110 - -

U człowieka ostatecznym produktem katabolizmu purynowego jest kwas moczowy. Większość innych ssaków potrafi natomiast utleniać mocznik do alantoiny, nazwanej tak od jednej z błon płodowych – omoczni (łac. allantois) – w której ulega gromadzeniu. Kwas moczowy pełni rolę antyoksydantu, co stanowi przewagę nad alantoiną, jest jednak od niej kilkukrotnie gorzej rozpuszczalny w wodzie. Z tego powodu przy nadmiernym stęŜeniu we krwi (hiperurykemii) ulega wytrąceniu, uszkadzając nerki (kamica moczanowa, niewydolność) i stawy (guzki dnawe – dna moczanowa). Przyczynami hiperurykemii mogą być: wysoka podaŜ puryn i/lub fruktozy w diecie, głodzenie, jednoczesny rozpad duŜej ilości komórek – np. rozległe urazy, oparzenia, zespół rozpadu guza (TLS) towarzyszący nowotworom układu krwiotwórczego. Postępowanie lecznicze obejmuje: odpowiednią dietę, zmniejszenie syntezy kwasu moczowego – inhibitory oksydazy ksantynowej (allopurinol), zwiększenie rozpuszczalności moczanów w moczu przez podniesienie jego pH – np. inhibitory anhydrazy węglanowej (acetazolamid), podanie enzymu rozkładającego kwas moczowy do alantoiny – rekombinowana urykaza (rasburikaza) e) odzysk puryn – cykl nukleotydów purynowych

f)

synteza nukleotydów pirymidynowych

111 - -

synteza de novo

szlaki rezerwowe fosforylacja pirymidyn, np. OA + PRPP →rybozylotransferaza orotanowa→ OMP + PPi fosforylacja rybonukleotydów: U-R + ATP →kinaza urydynowo-cytydynowa→ UMP + ADP C-R + ATP →kinaza urydynowo-cytydynowa→ CMP + ADP C-dR + ATP →kinaza deoksycytydynowa→ dCMP + ADP T-dR + ATP →kinaza tymidynowa→ dTMP + ADP regulacja syntezy pirymidyn

112 - -

g) degradacja pirymidyn → produkty rozpuszczalne w wodzie

h) kwas foliowy; zaburzenia przemiany nukleotydów • rola kwasu foliowego w metabolizmie nukleotydów kwas foliowy = pterydyna + PABA + Glu W jelicie kwas foliowy ulega reduktazie folianowej zaleŜnej od NADPH, dając DHF (reakcję hamuje trimetoprim) oraz THF (hamuje metotreksat (MTX)). Rolą THF jest udział w przenoszeniu reszta jednowęglowych (C1):

Niedobór kwasu foliowego i/lub wit. B12 uniemoŜliwia syntezę nukleotydów purynowych i TMP, a przez to niedokrwistość megaloblastyczną. Synteza puryn blokowana jest przez analogi Glu: azaseryna → blok włączania N3 diazanorleucyna → blok włączania N9 azatiopryna → 6-merkaptopuryna (6MP) → bezpośredni blok powstawania AMP i XMP kwas mykofenolowy (MPA) → bezpośredni blok powstawania XMP Analogi pirymidyn kompetycyjnie hamują enzymy biorące udział w ich biosyntezie ({P}rybozylotransferaza orotanowa, np. 5-fluorouracyl (5FU), allopurinol.

113 - -

• •

• • • • • • •

Wydalanie i reabsorpcja moczanów są kompetycyjnie hamowane przez wysokie dawki ASA. Klasyfikacja chorób przebiegających z hiperurykemią: prawidłowe wydalanie moczanów, defekt pracy nerek nadmierna produkcja i wydalanie moczanów niedobór enzymatyczny (sPRPP, HGPRT, glukozo-6-fosfataza) wtórna patologia (nowotwór, łuszczyca) nieznana etiologia Przyczyną dny moczanowej jest enzymatyczne upośledzenie katabolizmu puryn (↑ vm, ↓ KM lub brak regulacji syntazy PRPP, niedobór HGPRT-azy). Hiperurykemia prowadzi do krystalizacji moczanów w stawach w postaci guzków dnawych, przeciwko którym skierowana zostaje odpowiedź zapalna. Rozwija się przewlekłe dnawe zapalenie stawów dające artretyzm. W zespole Lescha – Nyhana występuje deficyt aktywności HGPRT-azy, co powoduje ↑ PRPP → ↑ puryn → hiperurykemia, kamica moczanowa, poraŜenie móŜdŜkowe, samookaleczenia. Choroba von Gierkego polega na niedoborze glukozo-6-fosfatazy, co powoduje ↑ PRPP, hiperurykemię i kwasicę mleczanową. Niedobór aktywności oksydazy ksantynowej moŜe być spowodowany mutacją kodującego genu lub silnym uszkodzeniem wątroby. Objawia się hiperurykemią, ksantynurią i kamicą ksantynową. niedobór transaminazy → kwasica β-aminoizomaślanowa niedobór ornitynotranskarbamoilazy → lekka kwasica orotowa, nietolerancja białek, encefalopatia wątrobowa orotoacudyria: typ II – defekt dekarboksylazy orotydylanowej → anemia megaloblastyczna typ I – j. w. + defekt {P}-rybozylotransferazy orotanowej → j. w. + niedobór immunologiczny niedobór deaminazy adenozynowej (1) lub fosforylazy nukleotydu purynowego (2) → nagromadzenie nie rozłoŜonego dATP i gGTP → allosteryczne zahamowanie reduktazy rybonukleotydowej → pozbawienie komórek dCTP → niedobór immunologiczny: (1) → limfocyty T i B, (2) → tylko limfocyty T Metabolizm porfiryn struktura porfiny – 4 pierścienie pirolowe (I – IV) połączone mostkami metinowymi (α – δ) (por. punkt I-3-e)

5. •

• •

podstawniki: A = octan, M = metyl, P = propionian, V = winyl gł. hemoproteiny: mioglobina, hemoglobina, cytochrom c, cytochrom P450 (CYP), katalaza (CT), 2,3dioksygenaza Trp, syntaza tlenku azotu (NOS)

114 - -

a)

synteza hemu – 85 % zachodzi w komórkach erytroidalnych szpiku, zaś prawie cała reszta w wątrobie

• regulacja syntezy hemu zachodzi na etapie syntazy ALA i polega gł. na modulacji ekspresji genów ← (-) hem + aporepresor ← (+) leki metabolizowane przez CYP (barbiturany, gryzeofulwina) ← (-) podawanie glukozy lub hematyny

115 - -

b) rozkład hemu – część porfirynowa katabolizowana jest przez komórki układu siateczkowo – śródbłonkowego (RES) wątroby, śledziony i szpiku

c)

zaburzenia metabolizmu porfiryn

Porfirie to wrodzone (dziedziczone gł. AD) lub nabyte choroby związane z wadliwą syntezą hemu. ZaleŜnie od enzymu, którego dotyczy defekt, wyróŜnia się 5 typów choroby. Nagromadzenie ALA i PBG w tkankach i płynach ustrojowych powoduje toksyczne działanie na nerwy brzuszne, stąd bóle brzucha. Wychwyt ALA przez mózg i jego hamujący wpływ na aktywność ATP-azy powoduje upośledzenie neurotransmisji i przez to – zaburzenia neuropsychiczne. Zwiększony poziom porfirynogenów w skórze i tkankach, połączony z ich samorzutnym utlenianiem się do porfiryn pod wpływem światła, znacznie nasila stres oksydacyjny; wolne rodniki uszkadzają organella komórkowe, m. in. lizosomy, które uwalniają enzymy, niszczące skórę i powodujące jej bliznowacenie (stąd nadwraŜliwość na światło). Leczenie polega na unikaniu leków i alkoholu, podawaniu glukozy, hematyny (hamują syntezę hemu) i β-karotenu (antyoksydant) oraz aplikowaniu na skórę filtrów hamujących promienie światła widzialnego u UV.

116 - -

hiperbilirubinemia → dyfuzja do tkanek → Ŝółtaczka ↑ produkcja ← np. hemoliza hiperbilirubinemia retencyjna = miąŜszowa ↑ bilirubina nie sprzęŜona = pośrednia → Ŝółtaczka jąder podstawnych (kernicterus) ↓ usuwanie ← np. uszkodzenie wątroby, niedobór enzymu, mechaniczna blokada odpływu hiperbilirubinemia zwrotna = zastoinowa ↑ bilirubina sprzęŜona = bezpośrednia → ↑ bilirubina w moczu (choluria)

hiperbilirubinemia z dominacją bilirubiny nie sprzęŜonej anemia hemolityczna fizjologiczna Ŝółtaczka noworodków ← hemoliza HbF i niewydolność enzymatyczna wątroby w zakresie dostatecznie szybkiego usuwania bilirubiny pośredniej; Ŝółtaczka jąder podstawnych mózgu powoduje upośledzenie umysłowe; leczenie obejmuje podawanie fenobarbitalu (nasila proces sprzęgania) oraz fototerapię (stymuluje rozkład bilirubiny w skórze) zespół Criglera – Najjara typ I – wrodzona Ŝółtaczka niehemolityczna ← defekt UDP-glukuronylotransferazy typ II – podobny defekt o łagodniejszym przebiegu zespół Gilberta ← defekt wychwytu i sprzęgania bilirubiny hiperbilirubinemia toksyczna ← uszkodzenie wątroby: CCl4, CHCl3, arsfenamina (Salwarsan), acetaminofen (Paracetamol), WZW, marskość, zatrucie grzybami (muchomory – amanototoksyny) hiperbilirubinemia z dominacją bilirubiny sprzęŜonej niedroŜność przewodów Ŝółciowych, ucisk przez guz trzustki → cholestaza → Ŝółtaczka cholestatyczna zespół Dubina – Johnsona, przewlekła Ŝółtaczka samoistna – defekt przenośnika sprzęŜonej bilirubiny do kanalików Ŝółciowych zespół Rotora – defekt transportu anionów organicznych przez hepatocyty typ Ŝółtaczki fizjologia hemolityczna mechaniczna typ Ŝółtaczki fizjologia hemolityczna wątrobowa mechaniczna bilirubina sprzęŜona w moczu w normie + bilirubina w moczu – – +/– + urobilinogen w moczu niewiele ↑ urobilinogen w kale + ↑ ↓ –

bilirubina w surowicy + ↑ pośrednia ↑ ↑ bezpośrednia

urobilinogen w moczu + ↑ ↓/+ –

117 - -

ROZDZIAŁ VII – BIOCHEMIA FUNKCJONALNA TKANEK
1. a) • Endogenne regulatory procesów metabolicznych regulacja metabolizmu przez hormony, mechanizmy regulacji, receptory, przekaźniki wtórne receptory

Działanie hormonu na komórkę rozpoczyna się od połączenia z wysoko swoistym receptorem. Są to struktury zapewniające wychwyt hormonów juŜ w bardzo niewielkich stęŜeniach, 106 – 109 x mniejszych niŜ cząsteczki o podobnej budowie. Oprócz swoistości receptory charakteryzują się duŜym powinowactwem, szybką odwracalnością oraz wysycalnością. W strukturze receptora wyróŜniamy dwie domeny czynnościowe – rozpoznającą (przyłącza hormon) oraz sygnalizacyjną (przekłada informację na czynność wewnątrzkomórkową – tzw. sprzęŜenie receptorowo – efektorowe). Receptory składają się z kilku części, np. nAChR – z 5, insulinowy – 4, kaskadowy cAMP – 7, steroidowy – 4. JeŜeli chodzi o umiejscowienie, to hormony białkowe, polipeptydowe i katecholaminy łączą się z receptorami błonowymi, modulującymi aktywność enzymów, zaś hormony sterydowe, tarczycowe i retinolowe stanowią ligandy dla receptorów śródkomórkowych (cytozolowych lub jądrowych), które modyfikują ekspresję genów. Receptory sieroce są spokrewnione z rodziną receptorów typu steroidowo – tarczycowego, ale nie posiadają znanego ligandu. Przykładowo receptor glikokortykoidowy ma budowę: C koniec – domena wiąŜąca hormon – domena wiąŜąca DNA (ściślej sekwencję odpowiedzi hormonalnej – HRE) – 2 regiony aktywujące transkrypcje genu – 2 regiony translokacji z cytoplazmy do jądra – region wiąŜący Hsp (białko szoku cieplnego, chaperon) w nieobecności ligandu – N koniec. • hormony

Hormony są cząsteczkami chemicznymi, które po związaniu ze swoistymi receptorami modulują czynności Ŝyciowe komórki. Hormony są substancjami endogennymi, co odróŜnia je od wielu ksenobiotyków, które równieŜ mogą wywoływać efekty biologiczne. Hormony klasyfikować moŜna ze względu na róŜne kryteria. Pod względem struktury chemicznej mówimy o pochodnych aminokwasów, polipeptydach i steroidach. Mogą to być cząsteczki rozpuszczalne w wodzie (hydrofilne) lub w tłuszczach (lipofilne). Receptory dla hormonów mogą być zlokalizowane na powierzchni komórki bądź w jej wnętrzu. Wreszcie odnośnie II przekaźnika – moŜe nim być kompleks hormonu z receptorem, cAMP, cGMP, PIP2, Ca2+ lub kaskada kinazowa. PowyŜsze cechy układają się w pewne wzory, co pozwala na klasyfikacją hormonów na dwie główne grupy. Pierwsza grupa hormonów obejmuje steroidy, jodotyroniny, kalcytriol i retinoidy. Są to związki lipofilne, dlatego do transportu w osoczu wymagają białek nośnikowych, co przedłuŜa ich okres półtrwania do rzędu godzin lub dni. Jednocześnie lipofilność pozwala im na przenikanie przez błony wszystkich komórek, jednak wywierają efekty biologiczne wyłącznie tam, gdzie znajduje się swoisty dla nich receptor. Połączenie hormonu pierwszej grupy z receptorem śródkomórkowym daje II przekaźnik. Taki kompleks ulega aktywacji (np. przez odłączenie Hsp90 w receptorze glikokortykoidowym), po czym moŜe migrować do jądra i wiązać się z chromatyną, aktywując lub dezaktywując określone geny. Modyfikacja moŜe zachodzić na róŜnych etapach szlaku informacyjnego: transkrypcji, translacji, stęŜenia swoistych białek (nie więcej niŜ 1%). WyróŜnić moŜna dwa miejsca regulujące gen i połoŜone przed nim, na które moŜe wpłynąć hormon: nieswoisty element promotorowy określający miejsce wiązania polimerazy RNA II oraz swoista sekwencja odpowiedzi hormonalnej (HRE) składająca się z kilku fragmentów i odpowiedzialna za modulację częstości inicjacji transkrypcji (HRE wiąŜe się z kompleksem silniej niŜ inne fragmenty DNA – por. punkt VIII-3-b). Geny kontrolowane przez kilka hormonów mają odpowiednią liczbę HRE. Zmienna ilość HRE i fragmentów DNA współtworzy jednostki odpowiedzi hormonalnej (HRU) – ich analiza pozwala na całościową ocenę wpływu hormonu na komórkę. Aktywność genów moŜe być modulowana przez hormony peptydowe równieŜ za pośrednictwem cAMP oraz CREB.

118 - -

grupa hormonów hormony płciowe: androgeny, estrogeny, progestyny hormony kory nadnerczy: gliko- i mineralokortykoidy hormony tarczycy: trójjodotyronina i tyroksyna kalcytriol (aktywna witamina D3) kwas retinolowy (poch. witaminy A)

swoisty HRE ARE, ERE, PRE GRE, MRE TRE VDRE RARE

Druga grupa hormonów składa się z polipeptydów, białek i katecholamin. Są to cząsteczki hydrofilne, nie transportowane w połączeniach z białkami nośnikowymi, dlatego ich okres półtrwania jest rzędu minut. Po związaniu z receptorem błonowym uwalniany jest II przekaźnik – w zaleŜności od niego wyróŜniamy 4 podgrupy: podgrupa II A II B II C II D II przekaźnik cAMP cGMP Ca2+ / PIP2 kaskada kinaz przykłady hormonów i receptorów (+) ACTH, CT, FSH, hCG, ADH, CRH, LPH, LH, MSH, PTH, TSH, glukagon, katecholaminy (receptor β) ANF, NO receptory M (ACh), CCK, PDGF, OT, TRH, ADH, PS, angiotensyna II, gastryna, gonadoliberyna, katecholzminy (receptory α1) FGF, IGF-I/II, EGF, NGF, PDGF, EPO, GH, CS, PRL, insulina

Hormony grupy II A wpływają na cyklazę adenylanową (AC), aktywując ją (HS+) lub dezaktywując (Hi-). Aktywna cyklaza katalizuje przejście ATP w cykliczny AMP (cAMP). Ten sam hormon moŜe jednak róŜnie zmieniać poziom cAMP w róŜnych tkankach, np. adrenalina działa głównie na mięśnie, a glukagon głównie na wątrobę. JeŜeli tkanka reaguje na kilka hormonów tej samej podgrupy, to musi posiadać dla kaŜdego z nich niepowtarzalny receptor, regulujący na właściwy sobie sposób aktywność cyklazy. Równoczesne działanie hormonów na komórkę nie jest jednak addytywne. Cyklaza adenylanowa nie występuje samodzielnie, lecz jako fragment większego kompleksu – receptor dla hormonów tej podgrupy składa się ponadto z części wiąŜącej hormon oraz białka G. Bezpośredni receptor składa się z 7 hydrofobowych transbłonowych domen; poprzez zmiany konformacji pod wpływem hormonu ma on zdolność indukcji białka G. Samo zaś białko G (białko wiąŜące GTP – GTPBP) jest heterotrimerem o budowie αβγ. Istnieje wiele odmian GTPBP – wyróŜniona dotychczas 16 odmian podjednostki α, 6 β, 12 γ oraz 8 odmian cyklaz. Podjednostki β i γ są ściśle ze sobą związane i zakotwiczone w błonie dzięki posttranslacyjnej poliprenylacji resztami farnezylu oraz mirystylacji. Podjednostka α jest mobilna i w zaleŜności od jej występowania w wersji αS lub αi mówimy o białkach G pobudzających (GS) oraz hamujących (Gi). Indukcja przez bezpośredni receptor katalizuje reakcję: GDP-αβγ + GTP → GTP-α + βγ + GDP, zaś powrót do stanu wyjściowego moŜliwy jest dzięki GTP-azowej aktywności podjednostki αS. Toksyna cholery jest nieodwracalnym aktywatorem cyklazy przez zniesienie aktywności GTP-azy, podobnie toksyna krztuśca przez zniesienie aktywności podjednostki αi. Podjednostka α związana z GTP aktywuje odpowiedni efektor – moŜe nim być nie tylko cyklaza adenylanowa, lecz równieŜ kanały potasowe, wapniowe lub fosfolipaza C (PLC). Dzięki temu kompleksy białek biorą udział w regulacji metabolizmu, skurczu mięśnia, akcji serca i ciśnienia tętniczego, aktywności nerwowej oraz w percepcji wzrokowej i węchowej. cAMP wywiera odpowiednie efekty fizjologiczne poprzez połączenie z heterotetrameryczną cząsteczką kinazy zaleŜnej od cAMP. Składa się ona z dwóch podjednostek regulatorowych (R) i dwóch katalitycznych (C): 4 cAMP + R2C2 → R2(cAMP)4 + 2 C. Uwolniona i przez to zaktywowana podjednostka katalityczna katalizuje przeniesienie reszty γ-fosforanowej z ATP na serynę lub treoninę odpowiedniego białka, zazwyczaj w sekwencji RRXS lub KRXXS. Powstanie fosfoprotein wywołuje efekty biologiczne, jako Ŝe fosforylacja dotyczy najczęściej cząsteczek enzymów. Dochodzą do tego wtórne fosforylacje oraz wpływ cAMP na geny poprzez białko CREB. Przerwanie działania odbywa się głównie przez hydrolizę cAMP do 5’-AMP przez fosfodiesterazy (PDE). Podlegają one regulacji przez inne hormony, kompleks Ca2+-kalmodulina oraz ksenobiotyki (np. metyloksantyny). RównieŜ fosfoproteiny ulegają rozkładowi przez fosfatazy, które z kolei mogą znów być regulowane przez odwracalną fosforylację oraz interakcje z białkami. Hormony grupy II B działają podobnie na cyklazę guanylanową, katalizującą przejście GTP w cGMP. Ten ostatni pełni funkcję II przekaźnika dla atriopeptyn (np. ANF), wywołując natriurezę, diurezę, wazodylatację oraz spadek produkcji aldosteronu. Podobnie działają: tlenek azotu (NO), nitroprusydek sodu, nitrogliceryna, azotyn sodu (NaNO2), azydek sodu (NaN3) – dzięki fosforylacji łańcuchów lekkich miozyny miocyty ulegają relaksacji, a naczynia – rozszerzeniu. Efekt ten wzmagają inhibitory PDE, np. cytrynian sildenafilu (preparat Viagra).

119 - -

Jon wapniowy (Ca2+) jest istotnym regulatorem wewnątrzkomórkowym, biorącym udział w skurczu mięśnia, hemostazie, przekaźnictwie synaptycznym oraz modyfikacji aktywności enzymów. Pomimo znacznego gradientu stęŜenia – ok. 5 – 10 tys. x (Ca2+ w ECF ≈ 2,5 mM a w ICF ≈ 0,1 – 10 µM) – transport przez błonę jest ograniczony. Stan taki moŜne być zmieniony przez działanie hormonów podgrupy II C, mobilizujących wymiennik Na+/Ca2+ (duŜa pojemność a małe powinowactwo). Ponadto występują: wymiennik Ca2+/H+ (duŜe powinowactwo a mała pojemność) oraz mechanizm mobilizacji wapnia z mitochondriów i ER. Wiele swoistych efektów Ca2+ wywiera przez zaleŜne od siebie białko regulatorowe – kalmodulinę. Po wysyceniu w nim czterech miejsc wiąŜących Ca2+ zmiany konformacyjne prowadzą do uformowania α-helisy, co pozwala na modyfikację aktywności enzymów. Często kalmodulina stanowi fragment większego kompleksu białkowego, w których pełni wówczas funkcje regulatorowe. Połączenie Ca2+-kalmodulina jest w stanie modyfikować aktywność następujących enzymów: cyklaza adenylanowa, cyklaza guanylanowa, PDE, Ca2+-zaleŜna kinaza białkowa, kinaza białkowa zaleŜna od Ca2+ i fosfolipidów, kinaza miozyny, kinaza fosforylazy, kinaza NAD+, fosfataza fosfoproteinowa 2B, fosfolipaza A2, kinaza pirogronianowa, dehydrogenaza pirogronianowa, karboksylaza pirogronianowa, Ca2+/Mg2+-ATP-aza, dehydrogenaza glicerolo-3-{P}, syntaza glikogenowa. Szlak polifosfoinozytolowy polega na aktywacji fosfolipazy C (PLC) oraz otwarciu kanałów wapniowych przez kompleks receptora z hormonem za pośrednictwem białka G. PLC katalizuje rozpad błonowego fosfatydyloinozytolodwufosforanu (PIP2) do inozytolotrójfosforanu (IP3) oraz diacyloglicerolu (DAG). Ten pierwszy indukuje uwalnianie wapnia z ER i mitochondriów. Wzrost cytozolowego poziomu wapnia powoduje jego łączenie z kalmoduliną oraz konsekwentną aktywację kinaz kalmoduliny – swoistej i wieloczynnościowej. IP3 moŜe ulec przekształceniu w nieaktywny IP2 lub w potencjalnie aktywny IP4. 1,2-DAG wraz z Ca2+ aktywuje kinazę białkową C (PKC). Kinazy kalmoduliny oraz PKC fosforylują odpowiednie białka. Powstałe fosfoproteiny oraz inne skutki działania Ca2+ wywołują reakcje biologiczne. Hormony grupy II D działają przez kaskadę kinaz białkowych. Do tej grupy naleŜą regulatory procesów wzrostu i róŜnicowania oraz reakcji zapalnych. Hormon bezpośrednio lub pośrednio (tj. odpowiednio przez receptor bądź proteiny Tyk-2 czy JAK-1/2) aktywuje kinazy tyrozynowe, które dalej katalizują lawinę fosforylacji. b) eikozanoidy – budowa, powstawanie i funkcje metaboliczne Eikozanoidy są pochodnymi kwasu arachidonowego oraz innych 20-węglowych kwasów tłuszczowych z wiązaniami podwójnymi poprzedzielanymi grupami metylenowymi. Związki te pełnią funkcje lokalnie działających hormonów, oddziaływujących na komórki docelowe za pośrednictwem receptorów związanych z białkami G. Cząsteczka kwasu arachidonowego pochodzi zazwyczaj z pozycji sn-2 fosfolipidów błonowych, skąd odszczepiana jest przez fosfolipazę A2 (PLA2); proces ten nasila adrenalina, angiotensyna II, bradykinina, trombina oraz Ca2+. Następnie od arachidonianu rozpoczyna się szlak cyklooksygenazy (PG, PGI, TX) oraz lipoksygenazy (LT, LX). WyróŜniamy 3 grupy (I, II, III) eikozanoidów powstających z kwasów tłuszczowych zawartych w diecie: linolowego, arachidonowego oraz α-linolenowego. Eikozanoidy charakteryzuje się podając, do której z 5 rodzin naleŜą, dodając literę, oznaczającą ilość i rodzaj podstawników oraz liczbę, oznaczającą całkowita ilość wiązań podwójnych oraz serię.

Biosynteza prostanoidów jest katalizowana przez syntazę prostaglandyny H (PGHS, izoenzym 1 i 2), posiadającą aktywność cyklooksygenazy (COX) i peroksydazy: arachidonian + 2 O2 → PGG2 → PGH2. Powstały endoperoksyd moŜe ulec przekształceniu do: PGD2 (izomeraza), PGE2 (izomeraza) i dalej PGF2α (reduktaza), PGI2 (syntaza prostacyklinowa) i dalej 6-keto-PGF1α, TXA2 (syntaza tromboksanowa) i dalej TXB2 oraz do malonylodwualdehydu i hydroksyheptadekatrienoanu (HHT). Podobne przekształcenia zachodzą w grupach I i III. Cyklooksygenaza wykazuje zdolność katalizowania samozagłady – gdy zaprzestaje syntezy prostanoidów rozkłada samą siebie. Ze względu na udział prostanoidów w rozwoju stanu zapalnego wiele leków p/zapalnych uderza właśnie w układ PGHS. Substancje p/zapalne moŜna podzielić na sterydowe i niesterydowe.

120 - -

Fizjologicznie kortykosteriody całkowicie hamują transkrycję PGHS-2. Kwas acetylosalicylowy acyluje i inaktywuje PGHS. Wiele niesteroidowych leków p/zapalnych (NLPZ, ang. NSAID) kompetycynie hamuje cyklooksygenazę, np. ibuprofen czy indometacyna. Raz powstałe prostanoidy ulegają degradacji przez dehydrogenazę 15-hydroksyprostaglandynową; wpływ ten jest hamowany przez sulfasalazynę i indometacynę. Szlak lipoksygenazy prowadzi do powstania leukotrienów (LT) i lipoksyn (LX). LT to sprzęŜone trieny wytworzone w leukocytach, mastocytach i trombocytach. Występują tam 5-, 12- oraz 15-lipoksygenaza, które przekształcają arachidonian w hydroksyperoksyeikozatetraenoany (HPETE), te zaś z kolei pod wpływem peroksydazy dają hydroksyeikozatetraenoany (HETE). Przez dehydratację 5-HPETE powstaje LTA4, który hydrolaza epoksydu LTA4 przekształca w LTB4, zaś S-transferaza glutationowa w LTC4. Następnie GGTP przekształca LTC4 w LTD4, zaś dwupeptydaza Cys-Gly – LTD4 w LTE4. LX są sprzęŜonymi tetraenami powstającymi w leukocytach pod wpływem więcej niŜ jednej lipoksygenazy, natomiast ich dalsze przekształcanie w LXA4-E4 zachodzi podobnie jak LT. Prostaglandyny (PG) i prostacykliny (PGI) biorą udział w rozwoju stanu zapalnego, regulacji szerokości naczyń krwionośnych ((-): PGA, PGE, PGI, (+): PGF), PGI2-3 produkowane w śródbłonku zapobiegają agregacji trombocytów, zawarte w nasieniu pobudzają mięśniówkę macicy, wydzielane przez płód indukują poród; stosowane są w antykoncepcji, aborcji, chorobie wrzodowej Ŝołądka, stanie zapalnym, nadciśnieniu, astmie oskrzelowej i nieŜycie nosa. Tromboksany (TX) produkowane przez płytki autokrynnie indukują ich agregację i zwęŜają naczynia (TXA2). Leukotrieny (LT) produkowane są w leukocytach; wchodzą w skład substancji wolno działającej anafilaksji (SRS-A) – LTC4-E4 wywołują silny skurcz oskrzeli. LTB4-E4 rozszerzają naczynia krwionośne i zwiększają ich przepuszczalność oraz indukują chemotaksję i aktywację leukocytów, przez co przyczyniają się do rozwoju odpowiedzi immunologicznej. 2. Gospodarka wapniowo – fosforanowa w organizmie i jej regulacja

a)

rola wapnia oraz białek wiąŜących wapń

Wapń jest dla organizmu pierwiastkiem niezbędnym, pełniącym wiele bardzo rozmaitych funkcji. Nieorganiczne sole wapnia (fosforany i węglany) stanowią jeden z głównych składników strukturalnych kości i zębów. Wapń jest pierwiastkiem bardzo nierównomiernie rozmieszczonym w organizmie, a wzrost jego stęŜenia w komórce powoduje liczne zmiany metaboliczne, m. in. przez łączenie z kalmoduliną, aktywację kinaz i fosforylację odpowiednich białek, w tym wielu enzymów. Z kalmoduliną analogiczna jest podjednostka C troponiny (TpC), a napływ Ca2+ do miocytu powoduje jego skurcz. W przypadku mięśni szkieletowych jest to wapń organelli komórkowych (głównie retikulum sarkoplazmatycznego), zaś skurcz mięśni gładkich i mięśnia sercowego zaleŜny jest równieŜ od zasobów pozakomórkowych. Brak kontroli nad rozkładem wapnia w przestrzeniach wodnych organizmu prowadzi do stęŜenia pośmiertnego. Wiele leków naczyniowych i nasercowych wywołuje swój efekt poprzez wpływ na czynność kanałów wapniowych. Depolaryzacja błony kolbki aksonu powoduje otwarcie napięciowo–zaleŜnych kanałów wapniowych, wapń indukuje łączenie się pęcherzyków zawierających neurotransmiter z błoną presynaptyczną, warunkuje zatem przekaźnictwo synaptyczne. Wapń bierze równieŜ udział w hemostazie przez łączenie się z resztami Gla (γkarboksyglutaminianowymi) występującymi na osoczowych czynnikach krzepnięcia: II, VII, IX i X; efekt biologiczny jest efektem interakcji białek, fosfolipidów i Ca2+. Ponadto wapń zwiększa szczelność naczyń i błon komórkowych. Ciało ludzkie zawiera ok. 1 kg wapnia, stanowiącego 4 % jego suchej masy. Z tej ilości aŜ 99 % tworzy hydroksyapatyt kości, z czego tylko 1 % moŜe ulegać wymianie z pulą wapnia płynu pozakomórkowego; proces ten podlega ścisłej regulacji hormonalnej. W osoczu wapń występuje w kompleksach z cytrynianami, fosforanami i innymi anionami nieorganicznymi (6 %), w połączeniu z białkami (CBP, 47 %) oraz jako wolny i zjonizowany (47 %). Ta ostatnia forma jest aktywna i ze względu na to wymaga najbardziej precyzyjnej regulacji. Fizjologicznie łączny poziom wapnia we krwi wynosi 2,25 – 2,75 mM (9 – 11 mg%) – mówimy wówczas o izokalcemii. Białka wiąŜące wapń z grupy albumin i globulin są po pierwsze niezbędne do wchłaniania tego pierwiastka z przewodu pokarmowego (w pokarmie powinno kaŜdego dnia znaleźć się 0,8 – 1,2 mg), a po drugie zapobiegają przekroczeniu iloczynu rozpuszczalności i powstawaniu ektopowych

121 - -

kalcyfikacji. Hipoproteinemia wiąŜe się zatem z hipokalcemią. Podobnie obniŜenie pH powoduje przejście wapnia z CBP do formy jonowej, zaś wzrost pH działa odwrotnie (wyjaśnia do drętwotę w zespole hiperwentylacyjnym). b) regulacja przemiany wapniowej Wchłanianie wapnia obejmuje: wychwyt przez rąbek szczoteczkowy i błonę mikrokosmków, aktywny transport przez błonę enterocytów oraz równieŜ aktywne wydalanie do płynu pozakomórkowego. • parathormon (PTH)

Niedoczynność przytarczyc moŜe być pierwotna (np. autoimmunologiczna), wtórna (jatrogenna) lub rzekoma (defekt efektora). W kaŜdym przypadku powoduje obniŜenie stosunku Ca / {P}, moŜe powodować tęŜyczkę, poraŜenie mięśni oddechowych, skurcz głośni, zmiany skórne, zaćmę oraz kalcyfikację jąder podkorowych mózgu. Nadczynność przytarczyc moŜe być pierwotna – w wyniku przerostu lub nowotworu. Stan taki, podobnie jak wydzielanie peptydu podobnego do PTH (PTHRP), powoduje wzrost stosunku Ca / {P}, rozległą resorpcję kości, kamicę nerkową, wapnicę i / lub niewydolność nerek, zapalenia dróg moczowych. Niewydolność nerek powoduje spadek produkcji kalcytriolu i wtórną nadczynność przytaczyc – błędne koło chorobowe prowadzi do osteodystrofii nerkowej. • Kalcytonina (CT) (32 aa) produkowana jest głównie przez komórki pęcherzykowe (parafolikularne, komórki C) tarczycy. Przy N końcu obecna jest 7-aa pętla, połączona wiązaniem dwusiarczkowym. Hiperkalcemia mobilizuje produkcję CT, to zaś zwiększa aktywność nerkowej 24-hydroksylazy; powoduje to spadek poziomu kalcytiolu i konsekwentne obniŜenie [Ca2+] w ECF.

122 - -

kalcytriol – 1,25(OH)2-D3

Krzywica u dzieci a osteomalacja u dorosłych występuje wskutek spadku zarówno Ca2+ jak i {P}. Typ I spowodowany jest deficytem aktywności 1α-hydroksylazy, zaś typ II – defektem motywu palca cynkowego w receptorze i tym samym jego niewraŜliwości na ligand (por. punkt VIII-1-j). c) rola fosforanu nieorganicznego, regulacja przemiany fosforanowej, powiązania z gospodarką wapniową

ChociaŜ chemicznie czysty fosfor jest pierwiastkiem silnie szkodliwym, to w formie ortofosforanu występuje w wielu związkach chemicznych ciała ludzkiego, nie wykazując działań toksycznych. Fosfor stanowi 2,5 % suchej masy ciała; dzienne zapotrzebowanie wynosi 800 – 1200 mg. Większość tego pierwiastka zdeponowana jest w tkance kostnej w postaci hydroksyapatytu. Reszta fosforanowa przyłączona jest równieŜ do wielu związków: kofaktorów (DPT, FMN, FAD, NAD+, NADP+, CoA, PLP), przenośników energii (ADP, ATP, PCr), II przekaźników hormonalnych (cAMP, cGMP), kwasu fosfatydowego ({P} + glicerol + 2 FA) wchodzącego w skład fosfolipidów błon plazmatycznych oraz nukleotydów i przez to DNA i RNA. O wykorzystaniu fosforanu w procesach magazynowania energii decyduje szybki potencjał przenoszenia grupy, czyli tzw. bogatoenergetyczne wiązania fosforanowe. Odwracalne dołączanie fosforanu do białek, katalizowane przez kinazy i fosfatazy, umoŜliwia regulacje procesów metabolicznych oraz ich integracje na poziomie komórki. Odłączenie pirofosforanu (PPi) w trakcie przemian chemicznych oraz jego rozkład do 2 {P} przez nieorganiczną fosfatazę umoŜliwia zachodzenie wielu reakcji do końca. Fosforan występuje w kościach i w osoczu (izofosfatemia 1 – 1,5 mM / 3 – 4,5 mg%) w połączeniu z Ca2+ – ten fakt oraz wspólna regulacja hormonalna przyczyniły się do rozpatrywania ich wspólnie, dlatego mówi się o gospodarce wapniowo – fosforanowej. Obecność we krwi anionów fosforanowych o róŜnym stopniu uprotonowania pozwala na ich funkcjonowanie jako układu buforującego osocza. Ilość fosforanu zaleŜy od przypływu z pokarmem i mobilizacji przez osteoklasty oraz od wydalania z moczem i deponowania jako

123 - -

hydroksyapatytu. Hiperfosfatemia mobilizuje PTH, który pobudza osteolizę i klirens {P}, wypadkowo zmniejszając [{P}] w ECF. Kalcytriol z kolei obniŜa klirens {P}. Hipofosfatemia oddziałuje na kości równie niekorzystnie jak hipokalcemia. 3. Gospodarka Ŝelazem w organizmie – wchłanianie, regulacja, zaburzenia przemiany

śelazo dostarczane jest z pokarmem w ilości 10 – 15 mg dziennie, jednak z powodu małej wydajności wchłaniania do krwiobiegu dostaje się tylko 1 mg. Wchłanianie Fe2+ zachodzi przez komórki krypt jelita czczego przy udziale białka apoferrytyny. Następnie Ŝelazo łączy się z przenoszącym je białkiem – transferryną (β1globulina), która przenosi Fe3+ do szpiku i innych narządów. Transferryna po związaniu się z receptorem ulega internalizacji na zasadzie endocytozy sterowanej receptorem. W lizosomach następuje oddzielenie Fe3+, po czym kompleks apotransferrytyny z receptorem wędruje do błony, gdzie równieŜ ulega rozpadowi. Transferryna występuje we krwi w stęŜeniu ok. 300 mg% i jest w stanie związać ok. 3 mg Fe / l osocza (tzw. całkowita zdolność wiązania Ŝelaza = TIBC). Fizjologicznie wysycenie ferrytyny wynosi ok. 1/3, a zatem 3 – 4 mg w całym organizmie. W obrębie komórki Ŝelazo ulega wbudowaniu w hem, by następnie wejść w skład hemoprotein, do których naleŜą: hemoglobina (2,5 g Fe), mioglobina, cytochromy (CYP, cyt. c), katalaza, dioksygenaza tryptofanowa, syntaza tlenku azotu (NOS) i inne (łącznie 300 mg). KaŜdego dnia 1 % erytrocytów ulega rozkładowi, uwalniając przez to 25 mg Ŝelaza, które ulega związaniu przez transferrynę. Ferrytyna jest białkiem magazynującym Ŝelazo. Składa się z apoferrytyny (24 podjednostki x 18,5 kD = 444 kD) otaczającej 3 – 4 tys. atomów Ŝelaza występujących w postaci micelarnej. Częściowa degradacja ferrytyny prowadzi do powstania hemosyderyny. W białkach magazynujących zgromadzone jest łącznie ok. 1 g Ŝelaza. KaŜdego dnia w wyniku złuszczania komórek nabłonka jelitowego zawierających Ŝelazo i wydalania ich z kałem organizm traci ok. 1 mg Ŝelaza. Ilość Ŝelaza w komórce wpływa na syntezę wiąŜących je białek oraz ich receptorów. Wzrost poziomu Fe wzmaga translację mRNA ferrytyny oraz degradację mRNA receptora transferrynowo – ferrytynowego (TfR). Z kolei spadek stęŜenia Fe nasila translację mRNA TfR, zaś unieczynnia mRNA apoferrytyny (por. punkt VIII-4e). Zagadnienie przemian Ŝelaza jest istotne u kobiet z powodu comiesięcznych jego strat. Podobnie u cięŜarnych dzienne zapotrzebowanie wzrasta do 25 mg. Do niedoboru dochodzić moŜe w wyniku nieprawidłowego odŜywiania. Deficyt Ŝelaza moŜe powodować anemię (niedokrwistość), a erytrocyty są wówczas hipochromiczne (niedobarwliwe). Nadmiar Ŝelaza w organizmie określa się jako hemochromatoza. MoŜe być ona pierwotna (o podłoŜu genetycznym – mutacja 6p21.3) lub wtórna (w wyniku częstych transfuzji lub gotowania w Ŝelaznych naczyniach). Przyczyną nadmiernego poziomu Ŝelaza (> 15 g w organizmie) jest utrata regulacji wchłaniania tego pierwiastka. W nadmiernych ilościach Ŝelazo przyczynia się do nasilenia stresu oksydacyjnego, który uszkadza wiele tkanek, gł. wątroby, trzustki, skóry i miokardium. Gromadzenie się w skórze melaniny i Ŝelaza nadaje jej barwę szaro-ziemistą. Dodatkowo rozwija się marskość wątroby, cukrzyca, kardiomiopatie, artropatie oraz bezpłodność. Leczenie polega na powtarzalnych upustach krwi oraz podawaniu środków chelatujących (np. desferioksamina). Haptoglobina (HAP) jest białkiem osocza związanym z transportem pozakrwinkowej hemoglobiny. HAP występuje w surowicy w ilości 0,4 – 1,7 g / l, która pozwala związać 400 – 1800 mg HGB. Codziennie 10 % katabolizowanej HGB przedostaje się do krąŜenia, skąd mogłaby być usuwana z moczem (65 kD), powodując straty Ŝelaza i wytrącanie w świetle kanalików. HAP występuje w 3 formach polimorficznych (Hp 1-1, 2-1, 2-2), z których kaŜda ma masę > 90 kD. Powstały kompleks HAP-HGB (155 kD) nie ulega przesączaniu, jest za to wychwytywany i rozkładany przez hepatocyty, po czym Ŝelazo moŜe być wykorzystane ponownie. HAP jest ponadto białkiem ostrej fazy. Hemopeksyna (β1-globulina) wiąŜe wolny hem; wpierw albumina tworzy z methemem methemalbuminę, aby następnie przekazać go hemopeksynie. 4. a) Biochemia krwi białka osocza i ich rola

Osocze krwi zawiera fizjologicznie 70 – 80 g/l białek. Są to zarówno białka proste (głównie albuminy), jak i złoŜone (lipo-, gliko-, chromo- i metaloproteiny). Ze względu na budowę i ruchliwość elektroforetyczną wyróŜniamy: albuminy (ok. 55%), globuliny α1, α2, β i γ (ok. 38%) oraz fibrynogen (7%). NajwaŜniejsze α1 globuliny to: kwaśna glikoproteina (α-seromukoid, orozomukoid), HAP, HDL1 i transkortyna, α2: CER, HDL2, protrombina i α2-makroglobulina, β: LDL, transferyna i plazminogen. Stosunek ilości albumin do globulin nazywamy wskaźnikiem białkowym osocza; wynosi on średnio 1,2 w elektroforezie oraz 1,7 przy wysalaniu;

124 - -

wzrasta w krwotokach, a maleje w stanie zapalnym, chorobach nerek i wątroby oraz deficycie białka w poŜywieniu. Funkcje białek są bardzo istotne, jak i róŜnorodne: • utrzymywanie ciśnienia onkotycznego (3,5 kPa / 25 mmHg), za co w 75 – 80 % odpowiedzialne są albuminy, • rola buforująca dzięki charakterowi amfoterycznemu, • stabilizacja składników morfotycznych dzięki powierzchniowemu ładunkowi elektrycznemu (dlatego wskaźnik białkowy osocza jest skorelowany z odczynem opadania krwinek – OB), • hemostaza, m. in. obecność ok. 20 czynników krzepnięcia, • funkcje odpornościowe – γ-globuliny (IgG, IgA, IgM, IgE, IgD), układ dopełniacza (C1-9), białka ostrej fazy (CRP, HAP, CER, AAT, kwaśna α1-glikoproteina = orozomukoid = seromukoid, plazminogen, fibrynogen) • aktywność enzymatyczna (np. ChE połączona przez GPI z RBC), diagnostyczne enzymy komórkowe (AlAT, AspAT, GGTP, LDH, CPK), • aktywność hormonalna (np. EPO), • modyfikacja aktywności innych białek, np. antyproteazy: α1-antytrypsyna (AAT) – inhibitor proteaz serynowych, antychymotrypsyna, α2-makroglobulina – inhibitor panproteinazowy, • transport: nieswoisty: albuminy (bilirubina, FFA, hormony, Ca2+, Cu2+, Zn2+, sulfonamidy, penicylina G, dikumarol, kwas acetylosalicylowy), lipoproteiny (FA, TG, cholesterol i jego estry), swoisty: Fe (transferyna, ferrytyna, hemosyderyna), hem (hemopeksyna), HGB (HAP), Cu2+ (CER), Ca2+ (CBP), witamina B12 (TC), T3/4 (TBP, TBPA), glikokortykoidy (transkortyna), retinoidy (RBP), hormony płciowe (TBP), cholekalcyferol (VDBP). b) struktura i funkcja erytrocytów Główną funkcją erytrocytów jest transport O2, CO2 i H+ oraz ich wymiana z tkankami. Krwinka czerwona zbudowana jest z błony komórkowej otaczającej roztwór hemoglobiny, stanowiącej 95% wszystkich białek. Błona jest dwuwarstwowa, złoŜona w połowie z białek i w połowie z lipidów. Głównymi proteinami są: spektryna α2β2, ankiryna, białko wymiany jonów (prąŜka 3.), białko prąŜka 4.1, aktyna, G6PDH, tropomiozyna, glikoforyny A, B i C, adducyna. Do lipidów błony zewnętrznej naleŜą fosfolipidy cholinowe (PC, Sph), zaś na błonie wewnętrznej występują fosfolipidy zawierające aminokwasy (PE, PS). Ponadto na błonie występują determinanty antygenowe w postaci układów grupowych krwi; najistotniejszy (główny) układ ABO zaleŜy od genów: H (Fuc-transferaza), A (NAc-Gal-transferaza) oraz B (Gal-transferaza). Błona zawiera układy transportowe o duŜym powinowactwie do glukozy – przenośnik GLUT-1 (permeaza glukozowa). Erytrocyt nie zawiera natomiast mitochondriów (nie funkcjonuje cykl Krebsa ani łańcuch oddechowy), lizosomów, aparatów Golgiego ani jądra (brak syntezy kwasów nukleinowych, białek, FA i glikogenu). Głównym czynnikiem stymulującym tworzenie erytrocytów jest erytropoetyna (EPO), wytwarzana przez nefrony w odpowiedzi na spadek pO2. EPO po dostaniu się do szpiku pobudza kinazy za pośrednictwem receptora, co powoduje proliferację komórek macierzystych. Głównym źródłem energii jest glukoza osocza. W wyniku glikolizy beztlenowej powstaje mleczan i ATP, zuŜywany m. in. na utrzymanie dwuwklęsłego kształtu krwinki oraz równowagi wodno-elektrolitowej. Jednocześnie obecna jest modyfikacja glikolizy, gdyŜ kosztem wytwarzania tylko jednej cząsteczki ATP z jednej cząsteczki glukozy powstaje 2,3-BPG – allosteryczny modyfikator dysocjacji oksyhemoglobiny, umoŜliwiający sprawniejsze oddawanie tlenu w tkankach. Alternatywnie 5 – 10 % wchłoniętej glukozy zuŜywa PPP, w wyniku czego powstaje NADPH, zuŜywany przez reduktazę glutationową do regeneracji glutationu (GSH). GSH jest jednym z nieenzymatycznych mechanizmów obrony przed stresem oksydacyjnym. Reaktywne formy tlenu (RFT; ROS) (O2-*, H2O2, ROO*, OH*) powstają w wyniku autooksydacji hemoglobiny (ok. 3 % dziennie), nieszczelności łańcucha oddechowego (do 4 %), działania enzymów: reduktazy CYP, oksydazy ksantynowej, oksydazy α-aminokwasów, oksydazy NADPH, mieloperoksydazy czy reakcji Fentona czy Habera – Weissa (szkodliwość metali – Fe i Cu). Istotnym enzymem PPP jest błonowa G6PDH, zaś jej niedobór znany jest jako fawizm; wówczas spoŜycie produktów zawierających silne utleniacze (bób, primarchina, sulfonamidy, naftalen) wywołuje napady hemolizy i konsekwentną anemię. Stres oksydacyjny moŜe prowadzić do peroksydacji lipidów błonowych i hemolizy oraz do utleniania grup sulfhydrylowych hemoglobiny i powstawania ciałek Heinza. Powstanie methemoglobiny jest niwelowane przez jej reduktazę sprzęŜoną z utlenianiem cytochromu b5, który z kolei jest regenerowany przez utlenianie NADH z udziałem reduktazy cytochromu b5 (reduktazy methemoglobiny). Methemoglobinemia moŜe być wrodzona (niedobór aktywności reduktazy) lub nabyta (spoŜycie duŜej ilości sulfonamidów lub aniliny). Leczenie polega na podawaniu środków redukujących (kwas askorbinowy, błękit metylenowy). Erytrocyty zawierają liczne enzymy metabolizmu nukleotydowego: deaminazę adenozynową, nukleotydazę pirymidynową i kinazę adenylanową.

125 - -

Stare i uszkodzone erytrocyty wychwytywane są przez makrofagowo – histiocytarny układ siateczkowo – śródbłonkowy (RES niektórych narządów miąŜszowych, głównie wątroby i sledziony. Hemoglobina rozkładana jest do globiny i hemu. Łańcuchy globinowe ulegają dalszemu rozkładowi do aminokwasów, które mogą być powtórnie wykorzystane. Hem z kolei pozbawiany jest Ŝelaza i utleniany do bilirubiny, która z Ŝółcią dostaje się do światła jelita i wchodzi w skład mas kałowych. c) budowa i metabolizm leukocytów na przykładzie neutrofili

Główną funkcją neutrofili jest udział w odpowiedzi immunologicznej. Odznaczają się one aktywnym metabolizmem i zawierają wiele unikatowych białek. Pozyskiwanie energii zachodzi na drodze glikolizy tlenowej oraz umiarkowanej fosforylacji oksydacyjnej z powodu relatywnie niewielkiej liczby mitochondriów. Działa równieŜ PPP, dostarczając NADPH m. in. do funkcjonowania NADPH-oksydazy. Neutrofile są ruchliwymi komórkami Ŝernymi, biorącymi główny udział w ostrym odczynie zapalnym. Przedostanie się mikroorganizmów do tkanek powoduje reakcję makrofagów, które, gdy nie są w stanie samodzielnie ich zwalczyć, wydzielają czynniki chemotaktyczne dla neutrofili, powodując ich aktywację i imigrację. Podobnie działa np. składnik C5a dopełniacza oraz egzogenne peptydy bakteryjne (N-formino-MetLeu-Phe). Przyciągane w dane miejsce neutrofile muszą opuścić światło naczynia (diapedeza), poniewaŜ jednak normalnie nie są do tego zdolne, musi zajść ciąg przemian chemicznych. Mastocyty (komórki tuczne) uwalniają histaminę, która rozszerza naczynia i zwiększa ich przepuszczalność. Białka osocza dostarczają aktywnych fragmentów dopełniacza (C3a, C4a, C5a), wazodylatacyjnej bradykininy i produktów rozpadu fibryny (FDP). Same neutrofile wydzielają róŜne eikozanoidy, w tym wazodylatacyjne PG i TX oraz PAF (czynnik aktywujący płytki). Z kolei zaktywowane płytki uwalniają serotoninę. Wszystkie przedstawione procesy wywołują przekrwienie danej części ciała, powodując podniesienie temperatury (łac. calor), obrzęk (oedema), zaczerwienienie (rubor) i draŜnienie zakończeń nerwowych (ból – dolor); są to cztery objawy stanu zapalnego, znane juŜ w staroŜytności. Przyciągnięte neutrofile ulegają marginalizacji, toczeniu po śródbłonku, ich własne integryny asocjują z ligandami glikoproteinowymi śródbłonka (kolagen, fibronektyna, laminina, ICAM-1), aŜ wreszcie przenikają przez ścianę naczynia i zwalczają zakaŜenie. Aktywacja neutrofili zachodzi pod wpływem pobudzenia przez bakterie, czynniki chemotaktyczne oraz kompleksy antygen-przeciwciało. Powoduje to poprzez szlak polifosfoinozytolowy wzrost poziomu wewnątrzkomórkowego Ca2+ i następnie asocjacja mikrotubul (egzocytoza zawartości ziarnistości) oraz pobudzenie układu aktyna – miozyna (ruchliwość pozwala na odszukanie źródła zakaŜenia). Kontakt ze źródłem czynnika aktywującego powoduje jego fagocytozę, dlatego neutrofile nazywamy mikrofagami (w odróŜnieniu od makrofagów – fagocytujących agranulocytów). Zabijanie bakterii poprzedzone jest eksplozją tlenową, tj. szybkim zuŜyciem tlenu celem wytworzenia ROS. Aktywacja pobudza dwa peptydy cytozolowe do przeniesienia się na błonę, gdzie w połączeniu z cytochromem b558 tworzą NADPH-oksydazę. Ta katalizuje z kolei reakcję powstawania anionorodników ponadtlenkowych (2 O2 + NADPH → 2 O2-* + NADP+), które wydalane są do fagolizosomów, gdzie spontanicznie dają nadtlenek wodoru (2 O2-* + 2 H+ → H2O2 + O2), ten z kolei daje rodnik hydroksylowy (2 H2O2 → 2 OH*). Dodatkowo mieloperoksydaza wytwarza kwasy podhalogenowe (H2O2 + H+ + X- → HOX + H2O, gdzie X = Cl, Br, I, SCN), dysocjujące na aniony podhalogenowe (OX-). Ogólnie powstające w fagolizosomach warunki (↑ pH, O2-*, H2O2, OH*, OX-) w połączeniu z proteazami prowadzą do unieszkodliwienia drobnoustrojów. Mutacje genów kodujących składniki NADPH-oksydazy dają przewlekłą chorobę ziarniczą. Neutrofile uśmiercane w walce z zakaŜeniem tworzą ropę, która ze względu na zawartość mieloperoksydazy moŜe przybierać barwę zieloną. Powstawanie ropy w obrębie narządu moŜe prowadzić do nacieku, ropnia lub sepsy – uogólnionego zakaŜenia organizmu. Oprócz ataku ROS przez neutrofile, organizm posiada równieŜ mechanizmy odporności nieswoistej. Lizozym niszczy ścianę komórkową bakterii przez hydrolizę wiązań peptydoglikanu – między kwasem N-Acmuraminowym a D-Glc-N-Ac. Defenzyny to tlenoniezaleŜne 30-aa zasadowe peptydy antybiotykowe, równieŜ uszkadzające ścianę komórkową. Laktoferryna wiąŜe Ŝelazo, przez co moŜe hamować wzrost niektórych bakterii. Proteazy (elastaza, kolagenaza, Ŝelatynaza, katepsyna G, aktywator plazminogenu = PA) zabijają zarówno komórki obce, jak i własne, dlatego organizm musi bronić się przez aktywność antyproteazową. Do antyproteaz naleŜą: α1-antytrypsyna = α1-antyproteaza, α1-antychymotrypsyna, α2-makroglobulina, wydzielniczy inhibitor leukoproteaz, inhibitor-1 aktywatora plazminogenu (PAI-1), tkankowy inhibitor metaloproteaz. Destrukcyjne skutki palenia tytoniu opierają się m. in. na utlenianiu grup sulfhydrylowych i w konsekwencji obniŜaniu aktywności antyproteaz, co daje przewagę proteazom.

126 - -

d) budowa i metabolizm trombocytów Tromocyty, zwane równieŜ płytkami krwi, są obłonionymi fragmentami cytoplazmy megakariocytów szpikowych. Nie posiadają jądra, a jedynie centralne zagęszczenie cytoplazmy zwane granulomerem, oddzielne od błony bardziej przejrzystym hialomerem. W trombocytach występuje system kanalikowy otwarty i zamknięty, słuŜące odpowiednio do transportu oraz wydzielania. Ziarnistości płytek dzielimy na α, gęste i lizosomalne. Fizjologicznie trombocyty krąŜą swobodnie w osoczu. Trombocyty pod wpływem określonych czynników (kolagen śródbłonka, trombina osocza, TXA2 i ADP innych płytek, PAF wydzielany przez neutrofile) ulegają aktywacji. Aktywne płytki wykazują adhezję do uszkodzonej ściany naczyniowej, uwalniają zawartość swych ziarnistości oraz agregują w zespoły. Adhezja trombocytów do kolagenu naczynia krwionośnego zachodzi przez receptorowy kompleks glikoproteinowy GP Ia-IIa (integryna α2β1). Wiązanie do warstwy podśródbłonkowej ułatwia czynnik von Willebranda (vWF), stanowiący ligand dla GP Ib-V-IX. Trombina działając na swój receptor pobudza szlak polifosfoinozytolowy, prowadząc przez DAG do fosforylacji plekstryny i w konsekwencji uwolnienia zawartości ziarnistości. Uwalniany z ziaren gęstych ADP pobudza agregację innych płytek. Kontakt z kolagenem pobudza PLA2 do odszczepiania z fosfolipidów błonowych arachidonianu, stanowiącego substrat dla COX produkującej TXA2 – działa on synergistycznie z trombiną, pobudzając PLC-β. Równocześnie uwolnienie IP3 powoduje napływ Ca2+ z RER. Ca2+ współdziała z kalmoduliną i kinazą lekkich łańcuchów miozyny – fosforylacja tych ostatnich prowadzi do współpracy z aktyną, przesunięcia i zmiany kształtu trombocytów, powodują ich rozpłaszczenie na uszkodzonej powierzchni. Na aktywnych trombocytach dochodzi do ekspresji na zewnętrznej powierzchni błony kompleksu GP IIbIIIa (integryna αIIbβ3), umoŜliwiającego łączenie z fibrynogenem i agregację oraz fosfolipidów występujących spoczynkowo po cytozolowej stronie błony (PS, PI), a niezbędnych do aktywacji czynników krzepnięcia X i II. Synergistycznie z substancjami pobudzającymi agregację działa adrenalina (poprzez receptor α2), serotonina (5-HT2A) i wazopresyna (V1). Komórki śródbłonka naczyń produkują PGI2, która, działając na trombocyty poprzez swój receptor, pobudza AC do produkcji cAMP, co obniŜa poziom Ca2+, a przez to aktywność PLA2 i produkcję TXA2. Śródbłonek rozkłada ponadto ADP i produkuje NO, siarczan heparanu, trombomodulinę i tkankowy aktywator plaminogenu (tPA). Wszystkie te mechanizmy mają na celu działanie antykoagulacyjne.

e)

hemostaza osoczowa

Hemostaza jest procesem zatrzymywania krwawienia, następującym po uszkodzeniu ściany naczynia krwionośnego. W zjawisku tym obserwujemy współdziałanie ściany naczyniowej, trombocytów i osoczowych czynników krzepnięcia. Reakcja naczyniowa (hemostaza naczyniowa) polega wpierw na obkurczeniu naczynia w miejscu uszkodzenia, a następnie na obkurczeniu naczyń w odcinku proksymalnym oraz zwolnieniu akcji serca. Hemostaza płytkowa obejmuje równieŜ obkurczenie naczynia oraz agregację i adhezję płytek do miejsca uszkodzenia, prowadzące do wytworzenia czopu płytkowego. Hemostaza osoczowa polega na powstaniu sieci fibryny gromadzącej czop płytkowy (skrzep biały) i/lub erytrocyty (skrzep czerwony). WyróŜnia się 13 czynników krzepnięcia, które dzielimy na: zymogeny proteaz serynowych (II, IX, X, XI, XII, VII), kofaktory (III, V, VIII), włóknik = fibrynogen (I) i transglutaminazy (XIII). Dodatkowo w hemostazie biorą udział: Ca2+ (IV), białko C, białko S, trombomodulina, kalikreina, wysokocząsteczkowy kininogen oraz płytkowe czynniki krzepnięcia w postaci fosfolipidów błonowych.

127 - -

Powstanie sieci fibrynowej moŜe zostać zapoczątkowane na dwa sposoby. Uszkodzenie naczynia odsłaniające włókna kolagenowe, tworzące tzw. aktywną powierzchnię, lecz nie połączone z uszkodzeniem okolicznych tkanek, aktywuje tzw. szlak wewnątrzpochodny. Z kolei uszkodzenie tkanek i kontakt z nimi krwi włącza szlak zewnątrzpochodny. W pewnym momencie oba szlaki zbiegają się, aby utworzyć wspólną drogę końcową. Szlak wewnątrzpochodny rozpoczyna się ekspozycją ujemnie naładowanych fragmentów kolagenu. Wówczas kalikreina aktywuje czynnik XII (czynnik kontaktu, czynnik Hagemana) do XIIa. Ten ostatni wykazuje aktywność proteazy serynowej – działa na prekalikreinę, uwalniając kolejne cząsteczki kalikreiny, odszczepia bradykininę z wielkocząsteczkowego kininogenu oraz aktywuje czynnik XI (prekursor lub czynnik poprzedzający tromboplastynę osoczową = PTA, czynnik przeciwhemofilowy C) do XIa. Ten jest równieŜ proteazą serynową i w obecności Ca2+ aktywuje czynnik IX (czynnik Christmasa, składnik tromboplstyny osoczowej = PCT, czynnik przeciwhemofilowy B) do IXa – zawiera on Gla i równieŜ jest proteazą serynową. Niewielkie ilości trombiny aktywują czynnik VIII (czynnik przeciwhemofilowy A, globulina antyhemofilowa = AHG) do VIIIa, który jest kofaktorem słuŜącym jako receptor dla czynników IXa i X na powierzchni trombocytu. Na zewnętrznej powierzchni błony aktywowanych płytek powstaje kompleks aktywny złoŜony z czynników VIIIa, IXa, Ca2+ oraz X (czynnik Stewarta – Prowera). Wówczas IXa rozkłada wiązanie Arg-Ile w cząsteczce X, tworząc dwułańcuchową proteazę serynową Xa (czynna troboplastyna osoczowa; zawiera Gla). Szlak zewnątrzpochodny uaktywniany jest przez ekspresję czynnika III (czynnik tkankowy = TF, nieczynna tromboplastyna tkankowa) na komórkach naczynia. Niewielka ilość trombiny lub Xa przekształca VII (prokonwertyna, akcelerator konwersji protrombiny = SPCA, kotromboplastyna) do VIIa (konwertyna, proteaza serynowa; zawiera Gla), który w obecności Ca2+ i kofaktora III katalizuje aktywację X do Xa. Dodatkowo kompleks VIIa-III aktywuje IX do IXa, zatem szlak zewnątrzpochodny moŜe aktywować wewnątrzpochodny. Xa stanowi punkt zbiegnięcia się obu szlaków krzepnięcia. Ulega on inhibicji przez inhibitor szlaku czynnika tkankowego (TFPI), będący głównym fizjologicznym inhibitorem krzepnięcia. Niewielka ilość trombiny katalizuje przejście czynnika V (proakceleryna, czynnik chwiejny, akcelerator globuliny) do Va = VI (akceleryna). Na powierzchni aktywowanych płytek wytwarza się kolejny kompleks, gdzie Xa w obecności Ca2+ i kofaktora Va hydrolizuje 2 wiązania w obrębie czynnika II (protrombina; zawiera Gla), dając IIa (trombina, proteaza serynowa). IIa działa na wiele pozostałych czynników: I, VII, VIII, XI, XIII. Dodatkowo przez tworzenie kompleksu z trombomoduliną nabiera zdolności aktywacji białka C, które wówczas po połączeniu z białkiem S tworzy kofaktor ACP, rozkładający Va i IIa-Va, ograniczając krzepliwość. Aktywacja II hamowana jest przez naturalne inhibitory – antytrombinę III, α2-makroglobulinę, kofaktor heparyny III i α1-antytrypsynę = α1-antyproteazę. Efekt inhibicji moŜna nasilić kwaśnymi proteoglikanami (heparyna, siarczan heparanu) lub znieść zasadowymi polipeptydami (protamina). Fibrynogen (czynnik I) składa się z 3 par łańcuchów – (AαBβγ)2. Bβ i γ zawierają łańcuchy sacharydowe przyłączone przez Asn. Regiony N utrzymywane są blisko siebie, podczas gdy C leŜą po przeciwnych stronach. Do α i β przyłączone są fibrynopeptydy A i B (FPA i FPB), zawierające Asp, Glu i O-siarczan Tyr, które zwiększają rozpuszczalność i zapobiegają niepoŜądanej agregacji. IIa w obecności Ca2+ hydrolizuje 4 wiązania Arg-Gly pomiędzy α i A oraz β i B. Powoduje to odsłonięcie miejsc wiąŜących monomerów fibryny (αβγ)2, które spontanicznie agregują w fibrynę labilną (czynnik Ia), zatrzymującą elementy morfotyczne krwi i prowadzącą do powstania skrzepu. IIa przekształca równieŜ XIII (czynnik stabilizujący fibrynę = FSF, fibrynoligaza) do XIIIa (tiolowo-zaleŜna transglutamylaza). Czynnik ten łączy kowalencyjnie cząsteczki fibryny przez utworzenie wiązań peptydowych między grupą amidową Gln a εaminową Lys z eliminacją NH4+. Powstaje w ten sposób ostateczna fibryna stabilna (czynnik Ib). Powstały pełnowartościowy skrzep ulega retrakcji, czyli obkurczeniu połączonemu z wyciskaniem surowicy. Ostatecznie zaś musi zostać rozpuszczony, za co odpowiedzialna jest plazmina (fibrynolizyna, proteaza serynowa), dając produkty degradacji fibryny i fibrynogenu (odpowiednio – fdp i FDP). Plazmina powstaje z osoczowego plazminogenu pod wpływem działania róŜnych fibrynolizynokinaz, dezaktywowana zaś jest przez α2-antyplazminę. Fibrynolizynokinazy rozszczepiają wiązanie Arg-Val plazminogenu. Do tej grupy związków naleŜą: streptokinaza (SK) produkowana przez paciorkowce (łac. Streptococci), tkankowy aktywator plazminogenu (tPA), hamowany przez inhibitor aktywatora plazminogenu oraz urokinaza, powstająca z prourokinazy przez działanie kalikreiny (z tego powodu podejrzewa się, iŜ szlak wewnątrzpochodny bierze udział bardziej w procesie fibrynolizy niŜ hemostazy). W skład produktów degradacji fibryny stabilnej wchodzą D-dimery (DD) – wspomniane wyŜej połączenia Gln z Lys, które z powodu obecności wiązań kowalencyjnych tworzonych przez XIIIa wykazują oporność na trawienie przez plazminę. Poziom D-dimerów koreluje z aktywnością fibrynolizy, zaleŜną od obecności skrzepów, dlatego jest istotnym parametrem diagnostycznym, pomocnym w ocenie takich patologii jak: zakrzepica ŜŜ. głębokich, zatorowość płucna czy zespół rozsianego wykrzepiania wewnątrznaczyniowego (DIC).

128 - -

5. a)

Biochemia wątroby rola tkanki wątrobowej

Wątroba pełni w organizmie wiele istotnych funkcji, bez których niemoŜliwe byłoby Ŝycie. Przyjmuje ona rozgałęzienia Ŝ. wrotnej, prowadzącej krew z jelit i śledziony – stanowi przez to filtr dla związków potencjalnie niebezpiecznych, które rozpoznaje, wiąŜe i wydala róŜnymi drogami. Buforuje ponadto stęŜenia składników odŜywczych krwi, magazynując ich nadmiar bezpośrednio po posiłku, a uwalniając je stopniowo w miarę potrzeby; w przypadku deficytu przekształca substancje średnio istotne na te najwaŜniejsze. Wątroba degraduje jednocześnie własne cząsteczki organizmu, krąŜące we krwi zbyt długi czas. Z drugiej strony syntetyzuje wiele związków czynnych biologicznie, w tym funkcjonalne enzymy osocza oraz białka osocza (poza γ-globulinami). Większość znanych szlaków metabolicznych zachodzi w wątrobie, z czego wyłącznie w tym narządzie. Wątroba spełnia zatem funkcję integrującą biologiczne przemiany głównych składników chemicznych organizmu. Dochodzi tu równieŜ do produkcji Ŝółci, pełniącej zarówno funkcje trawienne, jak i wydalnicze. Ponadto wątroba stanowi magazyn pewnej ilości krwi, skład Ŝelaza oraz zapas witamin rozpuszczalnych w tłuszczach. Szybki metabolizm podnosi temperaturę wątroby o ok. 2o, jest więc narządem termogenezy. b) przemiana węglowodanowa, lipidowa i azotowa w wątrobie Wątroba posiada bardzo bogaty zestaw enzymów, niespotykany w Ŝadnym innym narządzie, co umoŜliwia funkcjonowanie w niej większości szlaków metabolicznych. Jak juŜ wspomniano, jest miejscem integracji gospodarki węglowodanowej, lipidowej i azotowej. Dostarczenie duŜej ilości składników odŜywczych po spoŜyciu pokarmu powoduje ich napływ do wątroby, gdzie ulegają pierwszym przekształceniom. Nadmiar glukozy zostaje zmagazynowany jako glikogen (glikogenogeneza), aby w czasie między posiłkami być stopniowi uwalniany (glikogenoliza), utrzymując poziom glukozy w osoczu na niemal niezmienionym poziomie. Glukoza i glikogen mogą być ponadto regenerowane z produktów metabolizmu tkanek pozawątrobowych – tj. z pirogronianu, mleczanu, alaniny, glicerolu i propionianu (glukoneogeneza). Tkanka wątrobowa jest miejscem izomeryzacji do glukozy innych cukrów prostych – fruktozy i galaktozy. Zachodzi równieŜ szlak pentozofosforanowy (PPP), dostarczając równowaŜników redukujących do procesów detoksykacji oraz syntez redukcyjnych (lipogeneza, steroidogeneza). Funkcjonuje tu szlak kwasu uronowego, produkujący glukuronian, zuŜywany w II fazie detoksykacji oraz do syntezy proteoglikanów. Do tych ostatnich naleŜy siarczan heparanu – naturalny antykoagulant wydzielany przez granulocyty łącznotkankowego zrębu wątroby do krwi. Równie donośna jest rola wątroby w przemianie lipidów. Produkuje ona apolipoproteiny, będące nośnikami dla hydrofobowych tłuszczy. Jednocześnie zaś posiada receptory dla lipoprotein, wychwytując lipidy i włączając je w reakcje. Zachodzi tu równieŜ synteza kwasów tłuszczowych (lipogeneza), jak i ich utlenianie w szlaku β-oksydacji. Napływające z adipocytów trójglicerydy są rozkładane, dają kwasy tłuszczowe oraz glicerol, które mogą posłuŜyć jako źródła energii lub zostać przebudowane w inne cząsteczki. Syntetyzowane są równieŜ fosfolipidy – istotne składniki błon biologicznych, pełniące zarówno funkcje strukturalne, jak i biorące udział w hemostazie, apoptozie, syntezie eikozanoidów i transdukcji sygnałów hormonalnych. Nadmierne nasilenie βoksydacji prowadzi do powstania ciał ketonowych (ketogeneza), które mogą być wykorzystane jako substrat energetyczny przez tkanki pozawątrobowe lub wydalane z wydychanym powietrzem (aceton w cukrzycy). Tkanka wątroby to równieŜ miejsce zbierania cholesterolu z reszty organizmu oraz syntezy go de novo. Cholesterol moŜe zostać przekształcony w kwasu Ŝółciowe i wydalony do światła jelita lub wysłany przez krew do tkanek przekształcających go w hormony sterydowe (kora nadnerczy i gonady). Wątroba jest wreszcie miejscem 25-hydroksylacji prowitaminy D3 – etapu powstawania kalcytriolu, będącego regulatorem gospodarki wapniowo – fosforanowej. Podobnie przedstawia się integracja przemiany azotowej. Do wątroby trafiają aminokwasy pochodzenia pokarmowego oraz glikoproteiny krwi pozbawione reszt kwasu sialowego (asialoglikoproteiny), które narząd ten wychwytuje za pomocą receptora i hydrolizuje do aa. Dodatkowo zachodzi tu synteza aa endogennych z ich związków prekursorowych. Aa wątroby zuŜywane są przez nią do syntezy białek osocza (z wyjątkiem γ-globulin produkowanych przez plazmocyty) oraz enzymów funkcjonalnych osocza. W przeciwieństwie do cukrów i tłuszczy nadmiar aa nie moŜe być nie moŜe być zmagazynowany, lecz podlega transaminacji i dezaminacji. Powstałe szkielety węglowe mogą być utleniane bądź przekształcane w inne związki, zaś amoniak, łącznie z pulą powstającą w wyniku dezaminacji jelitowej, przenoszony jest na CO2; następnie jako mocznik przenoszony jest z krwią do nerek, gdzie podlega filtracji kłębuszkowej i usuwany jest z moczem. Wątroba unieszkodliwia równieŜ produkty dezaminacji i dekarboksylacji jelitowej – indol, skatol i ptomainy (kadaweryna, putrescyna, agametyna). W wątrobie dochodzi ponadto do syntezy i rozkładu zasad azotowych. Pirymidyny rozkładane są do produktów rozpuszczalnych w wodzie (CO2, NH3, octan, β-hydroksymaślan), puryny zaś do nierozpuszczalnego

129 - -

kwasu moczowego, który podobnie jak mocznik ulega wydaleniu z moczem. Wraz ze śledzioną wątroba stanowi miejsce rozpadu hemoglobiny i hemu, a powstała bilirubina sprzęgana jest z glukoronianem i poprzez Ŝółć trafia do mas kałowych. Narząd ten jest równieŜ miejscem ostatniej reakcji w szlaku syntezy kreatyny – mięśniowego przenośnika energii. c) wątroba jako gruczoł zewnątrzwydzielniczy

Wątroba jest miejscem produkcji Ŝółci, która przechodząc kolejnymi przewodami zbiera się w pęcherzyku Ŝółciowym, aby opuścić go podczas trawienia. Skurcze pęcherzyka powodują wtłaczanie Ŝółci do dwunastnicy, zaraz zaś przed nią dochodzi do zmieszania z sokiem trzustkowym. śółć wątrobowa jest lekko zasadowa (pH 7,1 – 7,3) i składa się z wody (97%) i rozpuszczonych w niej składników stałych: kwasów Ŝółciowych (37%), soli nieorganicznych (33%), mucyn i barwników Ŝółciowych (21%), kwasów tłuszczowych (7%) oraz cholesterolu (2%). W pęcherzyku Ŝółć ulega 4 – 5 x zagęszczeniu, tak iŜ woda stanowi 86%, a pH moŜe wahać się w dość szerokich granicach (6,9 – 7,7). Sole kwasów Ŝółciowych przez zmniejszanie napięcia powierzchniowego ułatwiają jelitową emulgację tłuszczy i rozpuszczanie kwasów tłuszczowych, przez co wspomagają trawienie i wchłanianie zarówno samych lipidów, jak i rozpuszczalnych w nich witamin. Pośrednio wpływa to na trawienie wszystkich składników pokarmowych. Ponadto lekko zasadowa Ŝółć neutralizuje kwaśną treść pokarmową, przygotowując ją do trawienia enzymami jelitowymi. Przez Ŝółć organizm pozbywa się równieŜ cholesterolu, kwasów Ŝółciowych, metabolitów leków i toksyn oraz metali cięŜkich (Cu, Zn, Hg). d) procesy biotransformacji i detoksykacji Ksenobiotykami nazywamy wszelkie substancje obce dla organizmu – leki, kosmetyki, środki czystości i zanieczyszczenia środowiska . Po dostaniu się do organizmu bardzo rzadko opuszczają go w formie niezmienionej – najczęściej ulegają róŜnorodnym przemianom, nierzadko z udziałem wielu enzymów. Przemiany te moŜne podzielić na reakcje I i II fazy. W fazie I zachodzi najczęściej hydroksylacja przez monooksygenazy, ale równieŜ: dezaminacja, dehalogenacja, desulfuracja, peroksydacja, redukcja czy hydroliza. W fazie II dochodzi do sprzęgania produktów fazy I ze związkami endogennymi: glukuronianem, siarczanem, octanem, glutationem (GSH), aa lub resztą metylową. Celem obu faz jest zwiększenie polarności i rozpuszczalności w wodzie, a przez to zapobieganie akumulacji w lipidach i umoŜliwienie wydalenia. Najczęściej efekt ten zostaje osiągnięty, czasem jednak reakcje te prowadzą do powstania produktu bardziej toksycznego niŜ pierwotny. Główną reakcją I fazy jest hydroksylacja przez monooksygenazy, tj. enzymy grupy cytochromu P450 (CYP, zawierającej ogółem 35 – 60 enzymów): RH + O2 + cyt-H2 → R-OH + H2O + cyt. Poza ksenobiotykami substrat mogą stanowić lipofilne steroidy, eikozanoidy, kwasy tłuszczowe i retinoidy. Jest to najbardziej uniwersalny ze znanych biokatalizatorów (przetwarza ok. 50% leków). Stanowi oksydazę o mieszanej funkcji, gdyŜ jeden atom tlenu wchodzi w skład cząsteczki wody, a drugi do grupy hydroksylowej produktu. W reakcjach uczestniczy NADPH oraz reduktaza NADPH : CYP; przeniesienie elektronu indukuje redukcyjną aktywację tlenu cząsteczkowego, donorem elektronów zaś moŜe być mikrosomalny cytochrom b5. W skład układu CYP wchodzi główny fosfolipid ER – fosfatydylocholina; układ zawiera równieŜ hem. Występuje głównie w jelicie cienkim, w wątrobie (gdzie stanowi do 20% frakcji mikrosomalnej), w nadnerczach (równieŜ w mitochondriach, gdzie posiada adrenodoksynę i reduktazę adrenodoksynową), w mózgu i w płucach. Synteza układu wzmaga się pod wpływem określonych związków, np. fenobarbitalu, głównie przez oddziaływanie na wzrost transkrypcji mRNA. Ma to znaczenie w zjawisku interakcji leków, np. dikumarol-fenobarbital-CYP2C9, etanol-rozpuszczalniki-CYP2E1. Niektóre (CYP1A1) biorą udział w metabolizmie wielopierścieniowych węglowodorów aromatycznych (PAH), dlatego nazywa się je hydroksylazą węglowodorów aromatycznych (AHH); moŜe ona przekształcać prokarcynogeny, np. dymu tytoniowego. Zjawisko polimorfizmu genów cytochromów jest przyczyną osobniczego zróŜnicowania reakcji organizmu na daną substancję. Reakcje II fazy przekształcają substrat w formę, w jakiej jest on wydalany z organizmu (z moczem, Ŝółcią lub inną drogą). NaleŜą tu następujące procesy sprzęgania: typ reakcji glukuronidacja sulfatacja sprzęganie z GSH (→ merkapturan – zaw. grupę Ac-Cys) endogenny donor grupy UDPGlcUA 3’-{P}-adenozno-5’-{P}siarczan = PAPS GSH, AcCoA enzym(y) transferaza glukuronylowa transferaza siarczanowa S-transferaza glutationowa, GGTP, dipeptydaza CysGly, transacetylaza przykłady ksenobiotyków 2-acetyloaminofluoren, anilina, benzoesan, meprobenat, fenol, steroidy alkohole, aminy aromatyczne, fenole elektrofilowe ksenobiotyki, np. pewne karcynogeny

130 - -

acetylacja metylacja

AcCoA S-adenozylo-Met (SAM)

transacetylaza transmetylaza

Efekty działania ksenobiotyków: • cytotoksyczny – w wyniku połączenia się reaktywnych metabolitów z witalnymi makrocząsteczkami, • immunologiczny – w wyniku połączenia haptenu z białkami komórkowymi moŜe powstać antygen, przeciwko któremu skierowana zostanie odpowiedź immunologiczna (nadwraŜliwość, alergia), • karcynogeneza chemiczna – efekt mutagenny w wyniku połączenia karcynogenów z DNA. 6. a) Biochemia nerek funkcje i regulacja

Nerki pełnią wiele funkcji niezbędnych do Ŝycia organizmu: usuwają końcowe metabolity i toksyny, utrzymują równowagę wodno – mineralną i kwasowo – zasadową oraz stanowią organ wydzielniczy. Najistotniejszą rolą nerek jest oczyszczanie ustroju ze szkodliwych produktów metabolizmu, m. in. gospodarki azotowej, a takŜe K+ i H2O. W ciałku nerkowym dochodzi do filtracji osocza – po zatrzymaniu elementów morfotycznych i makrocząsteczkowych (> 60-70 kDa) woda i rozpuszczone w niej związki przechodzą do kanalika nerkowego, tworząc mocz pierwotny. PoniewaŜ ten ostatni posiada bardzo duŜą objętość (ok. 200 l/dobę) i zawiera wiele cennych składników, toteŜ w kanaliku bliŜszym (proksymalnym) dochodzi do resorpcji wody, jonów, glukozy, aa, witamin i polipeptydów. Tu równieŜ wydalane są do kanalików: kreatynina, leki i substancje diagnostyczne (np. kwas para-aminohipurowy = PAH). Pętle nefronu dzięki zróŜnicowanej przepuszczalności i pompom jonowym wytwarza gradient osmotyczny w tkance śródmiąŜszowej (tzw. wzmacniacz przeciwprądowy). W obrębie kanalika dalszego (dystalnego) aktywnie wchłaniany jest Na+ (zaleŜnie od aldosteronu) – zachodzi jego wymiana z K+, H+ i NH4+ oraz bierny transport Cl-. Wreszcie w cewkach zbiorczych komórki główne wymieniają Na+ na K+ (zaleŜnie od aldosteronu i ADH), zaś komórki wstawkowe – K+ na H+. Dzięki wytworzonemu przez pętle i naczynia proste gradientowi osmolalnemu dochodzi tu równieŜ do ostatecznego zagęszczania moczu, tak iŜ staje się on hipertoniczny względem krwi i w takiej formie jest wydalany. Wymiana wodno – elektrolitowa zachodząca między pętlami a naczyniami prostymi określana jest jako wymiennik przeciwprądowy. Nerka jest równieŜ narządem wydzielniczym. Sama tkanka śródmiąŜszowa jest źródłem związków regulujących ciśnienie krwi – PGA2 i PGE2. Na biegunie naczyniowym kłębuszka znajduje się aparat przykłębuszkowy, złoŜony z trzech elementów. Komórki mioidalne są zmodyfikowaną mięśniówką tętniczki doi odprowadzającej; pełnią one funkcje pressoreceptorów i wydzielają reninę, która przez angiotensynę II i aldosteron podnosi ciśnienie krwi (układ RAA). Plamka gęsta składa się z komórek fragmentu ściany kanalika dystalnego, przylegającego do bieguna naczyniowego; jest to osmochemoreceptor czuły na zmiany poziomu Na+ i mający moŜliwość wpływu na czynność komórek mioidalnych. Wreszcie mezangium pozakłębuszkowe występuje między powyŜszymi elementami i w razie spadku pO2 wydziela nerkowy czynnik erytropoetyczny (renal erythropoetic factor = REF), przekształcający prekursorową globulinę osocza w erytropoetynę, regulującą proces tworzenia krwinek czerwonych w szpiku kostnym. Pod względem biochemicznym nerka jest narządem o duŜej aktywności metabolicznej – zuŜywa 20x więcej energii niŜ przeciętna tkanka. Posiada zestaw enzymatyczny zbliŜony do wątrobowego. Pobiera z krwi mleczan, FFA i glicerol – część z nich zaspokaja jej własne potrzeby energetyczne, reszta zaś wchodzi w szlak glukoneogenezy. Powstała glukoza, wraz z ilością odzyskaną z moczu przez przenośnik SGLT-1, powraca do krwi dzięki obecności dwukierunkowego transportera GLUT-2. Resorpcja aa z moczu zachodzi poprzez cykl γglutamylowy z udziałem glutationu:

GGT (γ-glutamylotransferaza = γ-glutamylotranspreptydaza = GGTP) oprócz błony komórek kanalików nerkowych występuje na ER hepatocytów. Nerka jest miejscem produkcji NH4+ z mocznika i glutaminy, przez co moŜe kompensować kwasicę bez mobilizacji istotnych dla organizmu zasad. Zachodzi tu równieŜ reakcja wymiany: Arg + Gly → Orn + glikocyjamina = guanidynooctan, której produktem jest półprodukt do syntezy

131 - -

kreatyny – mięśniowego przenośnika energii. W wyniku nieenzymatycznej reakcji cyklizacji kreatyny powstaje kreatynina, wydzielana do moczu w kanaliku bliŜszym; pomiar jej stęŜenia jest wskaźnikiem filtracji kłębuszkowej. Podobnie wydzielany jest hipuran – produkt sprzęgania Gly z benzoesanem, pochodzącym z konserwantów pokarmowych lub z metabolizmu ksenobiotyków aromatycznych. Mitochondria komórek kanalika proksymalnego zawierają 1α- oraz 24-hydroksylazę, przeprowadzając ostatni etap syntezy kalcytriolu. b) skład i właściwości moczu w normie i w patologii Dorosły człowiek produkuje fizjologicznie w ciągu doby ok. 1500 ml moczu (600 – 3000 ml; < 500 ml to oliguria (skąpomocz), < 100 ml to anuria (bezmocz), > 2500 ml to poliuria (wielomocz)). Barwa zaleŜy od urochromu i zazwyczaj jest słomkowoŜółta (czerwona ← krew, HGB, leki, moczony; brązowa ← bilirubina; brązowienie na powietrzu ← alkoptoniuria). Swoisty zapach moŜe ulec zmianie w gnilny (← zapalenie), fermentujących jabłek (← ciała ketonowe) lub draŜniący (← fenyloketonuria). Gęstość waha się prawidłowo w granicach 1,018 – 1,022, choć moŜe wynosić 1,002 – 1,035. pH jest lekko kwaśne (ok. 6), lecz zaleŜy wyraźnie od diety (bogatobiałkowa → do 4,6, jarzynowo – mleczna → do 8). Mocz jest wodnym roztworem wielu związków organicznych i mineralnych – znajdujemy w nim (stęŜenie molowe / stęŜenie objętościowe): mocznik (410 / 24,6), kwas moczowy (5 / 0,85), kreatyninę (11,9 / 1,35), hipuran, glukuroniany, mleczan, octan, szczawian, witaminy, hormony i ich metabolity (aldosteron, katecholaminy, kortyzol, metanefryna, kwas wanilinomigdałowy = VMA, 11,17-hydroksykortykosteroidy, 17ketosteroidy), enzymy (m. in. AspAT i AlAT), barwniki i ich metabolity (kwas δ-aminolewulinowy = ALA, porfobilinogen = PBG, urobilinogen) oraz jony Na+ (148 / 3,4), K+ (100 / 3,9), Ca2+ (4 / 0,16), Mg2+ (11 / 0,27), NH4+, Cl- (150 / 5,3), {P} (37 / 3,5), SO42- (25 / 1,2). Fizjologicznie mocz nie zawiera białek (co najwyŜej wydalanych jest 50 – 100 mg / dobę). Proteinuria (albuminuria) moŜe świadczyć o uszkodzeniu układu filtrującego. Podobnie glukozy nie powinno być więcej niŜ 0,1 – 1 mM / 1,8 – 18 mg%. Glikozuria moŜe być następstwem hiperglikemii, występującej w cukrzycy, ciąŜy, pod wpływem stresu, w zaburzeniach hormonalnych (akromegalia, choroba Cushinga). Prawidłowo nie pojawiają się w moczu ciała ketonowe, a ketonuria bywa następstwem głodzenia, cukrzycy, wymiotów lub wysiłku fizycznego. Podobnie nie powinna występować bilirubina, a bilirubinuria świadczy o Ŝółtaczce za- lub wątrobowej albo nowotworach. Urobilinogen występuje fizjologicznie w niewielkiej ilości, a moŜe wzrastać przy niedroŜności dróg Ŝółciowych i antybiotykoterapii hamującej florę jelitową. Uszkodzenie miąŜszu moŜe dawać hematurię (krwiomocz). Obecność kwasów Ŝółciowych to choluria, cystyny – cystynuria, ksantyny – ksantynuria. Przy mukopolisacharydozach pojawiają się siarczany dermatanu i heparanu, a przy mukolipidozach – fragmenty glikoprotein. 7. a) Biochemia mięśni budowa i charakterystyka białek mięśni

Aktyna G jest białkiem globularnym stanowiącym ¼ wszystkich białek mięśnia. W fizjologicznej sile jonowej i obecności Mg2+ dochodzi do kowalencyjnej polimeryzacji, w wyniku czego powstaje fibrylarna aktyna F. Tropomiozyna jest heterodimerem αβ o budowie fibrylarnej, przyłącza się do aktyny F w rowku między łańcuchami. Troponina jest heterotrimerem: podjednostka T łączy elementy filamentu w całość, I – hamuje interakcję aktyny F i miozyny, zaś C jest analogiem kalmoduliny wiąŜącym 4 Ca2+. Miozyny stanowią rodzinę kilkunastu białek. Miozyna I jest monomerem łączącym mikrofilamenty z błonami. Mięśniowa miozyna II stanowi ponad ½ masy białek mięśnia. Jest heksamerem, składa się w dwóch skręconych helis, z których kaŜda zakończona jest globularną główką. Posiada 2 łańcuchy cięŜkie H i 4 lekkie L (po dwa podstawowe i dwa regulatorowe). Rozkład trypsyną ujawnia meromiozyny: lekka LMM stanowi fragment skręconych α-helis trzonu, nie wiąŜe aktyny F i nie jest ATP-azą; cięŜka HMM posiada część globularną S1 i nitkowatą S2, które moŜna rozdzielić papainą. HMM-S1 wiąŜe łańcuchy lekkie L oraz aktynę (w nieobecności ATP), jest ATP-azą, a aktywność ta wzrasta 100-200x po związaniu z aktyną F. HMM-S2 posiada strukturę podobną do LMM. Inne białka filamentu to: tytyna – sięga od linii Z do M i pełni rolę w rozkurczu mięśnia, nebulina – rozciąga się od linii Z wzdłuŜ nitek aktyny, regulując ich tworzenie i długość, α-aktynina – stabilizuje aktynę, zakotwiczając ją w liniach Z, desmina – układ się wzdłuŜ aktyny i łączy się z plazmalemmą, dystrofina – równieŜ połączona z plazmalemmą, jej defekt jest przyczyną dystrofi mięśni, kalcyneuryna – wykazuje aktywność fosfatazy regulowanej przez kalmodulinę, białko C wiąŜące miozynę ułoŜone jest poprzecznie w prąŜkach A, integruje ono strukturę sarkomeru przez wiązanie tytyny i miozyny.

132 - -

b) mechanizm skurczu mięśnia Główki miozyny S1 hydrolizują ATP, nie pozwalając jednocześnie produktom na odłączenie się; kompleks miozyna-ADP-{P} jest w stanie wysokoenergetycznym. Pobudzenie miocytu zwiększa powinowactwo aktyny do miozyny, główki odnajdują i wiąŜą się z odpowiednimi miejscami na aktynie. Oddzielenie ADP i {P} indukuje zmiany konformacyjne główek względem trzonu i przesunięcie nitek względem siebie. Do kompleksu w stanie niskoenergetycznym przyłącza się ATP, zmniejszając powinowactwo aktyny do miozyny i powodując rozpad kompleksu. Regulacja skurczu odbywa się z udziałem Ca2+. Mechanizm oparty na aktynie występuje w mięśniu szkieletowym i sercowym, zaś oparty na miozynie – w mięśniu gładkim. Inhibitorem skurczu jest troponina związana z tropomiozyną. TpI zapobiega łączeniu aktyny z miozyną przez przesunięcie tropomiozyny na miejsce wiązania główek miozynowych, wobec czego mięsień pozostaje w rozkurczu. Spoczynkowe sarkoplazmatyczne [Ca2+] wynosi 10-100 nM i jest utrzymywane przez Ca2+-ATP-azę pompującą wapń do ER, gdzie przejściowo łączy się z kalsekwestryną. Sarkomery i ER stykają się z pobudliwymi błonami w postaci w postaci ścian kanalików porzecznych (T). Powstanie potencjału czynnościowego na sarkolemmie powoduje aktywację powolnych napięciowo-zaleŜnych kanałów wapniowych (DHPR = receptor dihydropirydynowy), a przez to ATP-Ca2+-zaleŜnych kanałów uwalniających Ca2+ z ER (RYR1 = receptor rianodynowy 1; 2 – w sercu, 3 – w UN). Gwałtowny wzrost sarkoplazmatycznego [Ca2+] do 10 µM powoduje łączenie Ca2+ z TpC, wpływ na TpT i TpI i usunięcie tropomiozyny z dotychczasowych miejsc. Podczas rozkurczu ↓ [Ca2+], wapń uchodzi z TpC, tropomiozyna wraca na pierwotne miejsce i w obecności ATP kompleks aktyna-miozyna ulega rozpadowi. Brak ATP powoduje utrzymanie wysokiego [Ca2+] oraz utrudnia dysocjację aktyny i miozyny – w konsekwencji mięsień pozostaje w skurczu, co moŜe prowadzić do stęŜenia. Złośliwa hipertermia spowodowana jest mutacją podjednostki α RYR1 z następowym utrzymującym się wysokim [Ca2+]. Obserwuje się nadwraŜliwość na anestetyki (halotan) i/lub leki zwiotczające (sukcynylocholina = suksametonium). Leczenie obejmuje m. in. dantralen (poch. hydantoniny). W mięśniu sercowym miocyty tworzą syncytium. Obecny jest własny automatyzm dzięki powolnej spoczynkowej depolaryzacji komórek P przedsionków. Obserwuje się silniejszy rozwój kanalików T, zaś słabszy ER, co uzaleŜnia skurcz od zewnątrzkomórkowych zasobów wapnia. Wymiana Ca2+ pomiędzy kardiomiocytem a płynem pozakomórkowym zachodzi przez kanały wapniowe L i T (układ CIRC), wymiennik 3Na+/Ca2+ oraz Ca2+-ATP-azę, Miocyty sercowe posiadają receptory błonowe dla hormonów i wykazują wraŜliwość na cAMP, czym tłumaczy się dodatnie inotropowe działanie agonistów β-adrenergicznych. W mięśniu gładkim nie dostrzegamy uporządkowania odpowiedzialnego za poprzeczne prąŜkowanie. Brak równieŜ układu troponiny. Istotny jest wapń zewnątrzkomórkowy, a pompy Ca2+ działają wolno. Lekkie łańcuchy miozyny zbudowane są inaczej, ponadto występuje miozynowy mechanizm regulacji skurczu. Miozyna nie wykazuje aktywności ATP-azy oraz to lekki łańcuch p zapobiega łączeniu się aktyny F z miozyną; oba te efekty znoszone są przez fosforylację łańcucha lekkiego p. Wzrost [Ca2+] powoduje łączenie się go z kalmoduliną, następnie wiązanie z kinazą miozynową i fosforylację przez nią łańcucha lekkiego p, ostatecznie dochodzi do interakcji aktyny z miozyną. Powrót do stanu wyjściowego zapewnia fosfataza. Sam skurcz jest długi i powolny, z małym zuŜyciem ATP; moŜe być zapoczątkowany zarówno przez stymulację nerwową, jak i hormonalną. cAMP aktywuje odpowiednią kinazę, która fosforyluje kinazę łańcucha lekkiego – wówczas u tej spada powinowactwo do kompleksu Ca2+-kalmodulina; w ten sposób pod wpływem β-adrenergicznym dochodzi do zahamowania skurczu. W mięśniu gładkim występuje kaldesmon, który wiąŜąc się z aktyną i tropomiozyną zapobiega skurczowi. Wzrost [Ca2+] i wiązanie z kalmoduliną poprzedza wiązanie z kaldesmonem i umoŜliwienie skurczu; podobnie działa fosforylacja. Źródła energii dla skurczu mięśnia (ATP): • glikogen – fosforylaza aktywowana przez Ca2+, A i AMP; • glukoza i TAG z osocza • kreatyna (Cr) – fosforylowana przez kinazę (CK) • ADP

133 - -

8. a)

Biochemia tkanki łącznej składniki tkanki łącznej, ich budowa i funkcja

KaŜda tkanka organizmu składa się z komórek, pomiędzy którymi występuje zmienna ilość substancji międzykomórkowej. Ta ostatnia ma największy udział w strukturze tkanki łącznej. Substancja międzykomórkowa składa się z włókien oraz istoty (substancji) podstawowej. Włókna dzielimy na kolagenowe, siateczkowe (zbudowane z kolagenu III) oraz spręŜyste (złoŜone z elastyny oraz mikrofibryli, zbudowanych z fibryliny). W skład istoty podstawowej wchodzą mukopolisacharydy (glikozoaminoglikany = GAG: kwas hialuronowy (HA), siarczan chondroityny A i C (CSA+C), siarczan dermatanu (DS), siarczan keratanu (KS) oraz siarczan heparanu (HS)), jak równieŜ białka niekolagenowe: fibronektyna, laminina i inne. Elastyna odpowiada za spręŜystość tkanek. Występuje w znacznych ilościach w płucach, duŜych tętnicach i niektórych więzadłach spręŜystych, mniej zaś jej zawiera skóra i małŜowina uszna. Syntetyzowana jest jako monomeryczna proelastyna, której określone Pro ulegają hydroksylacji do Hyp. W przeciwieństwie do kolagenu nie występują peptydy ekstensyjne, łańcuchy cukrowe, Hyl, powtarzalne sekwencje ani mnogość odmian. Po wydaleniu z komórki niektóre Lys ulegają oksydacyjnej dezaminacji do aldehydów, po czym kondensacja takich trzech z niezmienioną Lys daje desmozynę; zapewnia one nierozpuszczalność, stabilność, spręŜystość i długi okres półtrwania. Mutacje genu elastyny (7q11-23) prowadzą do zespołu Williamsa, który objawia się zwęŜeniem aorty, zaburzeniami tkanki łącznej i OUN, gromadzeniem się elastyny (twardzina) lub jej niedoborem (rozedma płuc, nadmierna rozciągliwość i starzenie się skóry). Fibrylina to glikoproteina, która po opuszczeniu komórki ulega wbudowaniu do mikrofibryl, stanowiących rusztowanie dla odkładanej elastyny. Mutacje genu fibryliny (chromosom 15) prowadzą do zespołu Marfana. Jej występowanie we włóknach soczewki, w okostnej i we włóknach spręŜystych duŜych tętnic tłumaczy objawy zespołu: ektopię (przesunięcie) soczewki, wysoki wzrost, arachnodaktylię i anomalie sercowo – naczyniowe, np. tętniak aorty wstępującej. Fibronektyna to główna glikoproteina substancji pozakomórkowej, występująca równieŜ w osoczu. Jest homodimerem, zawiera 3 typy motywów tworzące ≥ 7 czynnościowych fragmentów cząsteczki – ich rolą jest wiązanie heparyny, fibrynogenu, kolagenu, DNA i powierzchni komórek. Poprzez sekwencję RDG łączy się z receptorową integryną przezbłonową, a ta z kolei łączy się poprzez adhezyny (talina, winkulina, α-aktynina, białko czapeczkowe) z aktyną cytozolową. Fibronektyna bierze udział w adhezji i migracji komórek. Laminina to heterotrimer o budowie AB1 B2, tworzący cząsteczkę o kształcie krzyŜa. WiąŜe ona kolagen IV, heparynę oraz integryny powierzchniowe komórek, odpowiada za spójność nabłonka z błoną podstawną. WiąŜe się z entaktyną pełniącą podobne funkcje. Ujemne ładunki na powierzchni cząsteczki lamininy wytwarzane przez siarczan heparanu i kwaśne glikoproteiny spełniają istotne funkcje w błonie filtracyjnej kłębuszków nerkowych, odpychając ujemnie naładowane białka osocza i zapobiegając ich przechodzeniu do moczu pierwotnego. b) synteza kolagenu – reakcje i regulacja procesu Kolagen stanowi główny składnik większości tkanek łącznych oraz jest najbardziej rozpowszechnionym białkiem zwierzęcym (stanowi 25% wszystkich białek ssaków). U człowieka występuje 19 typów kolagenu, zbudowanych z 30 róŜnych łańcuchów polipeptydowych. WyróŜniamy typy tworzące włókna (I, II, III, V, XI), tworzące sieci (IV, VIII, X), FACIT (IX, XII, XIV, XVI, XIX), koralikowe (VI), kotwiczące (VII), przezbłonowe (XIII, XVII) i inne (XV, XVIII). Niektóre odmiany cechują się dobrą rozciągliwością (ścięgna, skóra), twardością (kości, zęby) lub przejrzystością (rogówka). Produktem translacji mRNA jest preprokolagen, który dzięki sekwencji sygnałowej wędruje do ER. Tam peptyd sygnalny jest odszczepiany, dając prokolagen, który podlega hydroksylacji i glikozylacji. Na obu końcach prokolagenu występują peptydy ekstensyjne, zawierające reszty Cys, tworzące wewnątrz- (N+C) oraz

134 - -

międzyłańcuchowe wiązania dwusiarczkowe, ułatwiające tworzenie superhelisy. Łańcuch polipeptydowy α jest lewoskrętną helisą (n ≈ 3), zaś 3 łańcuchy α skręcone są w prawoskrętną superhelisę. Co 3 aa stanowi Gly, gdyŜ jest ona na tyle mała, aby zmieścić się w ograniczonej przestrzeni w środkowej części rdzenia superhelisy. Struktura wygląda zatem jak (Gly-X-Y)n, gdzie 3n ≈ 1000. Helisa podlega hydroksylacji Pro i Lys oraz glikozylacji powstałego Hyl. Pro —— hydroksylaza Pro, askorbinian, α-ketoglutaran —→ Hyp Lys —— hydroksylaza Lys, askorbinian, α-ketoglutaran —→ Hyl —— O-glikozylacja —→ + Gal, + Gal-Glc Pro i Hyp, obie występujące w ilości ok. po 100, zapewniają cząsteczce odpowiednią sztywność, a poprzez wzajemne odpychanie wymuszają postać wydłuŜonej lewoskrętnej helisy. Aparat Golgiego pomaga w wydaleniu takiej formy prokolagenu poza komórkę, gdzie aminoproteinaza i karboksypeptydaza prokolagenowa usuwają peptydy ekstensyjne. UmoŜliwia to spontaniczną agregację nowo powstałych cząsteczek kolagenu do włókien kolagenowych – typy włókniste układają się superhelisami bok do boku przy przesunięciu ¼, co tłumaczy prąŜkowanie włókien tkanki łącznej. Ostatnim etapem jest stabilizacja włókien przez tworzenie wiązań poprzecznych z udziałem oksydazy lizynowej; utlenia ona grupy ε-aminowe Lys i Hyl, a powstałe reszty aldehydowe ulegają kondensacji aldolowej między sobą lub tworzą zasadę Schiffa z nieutlenionymi grupami εaminowymi. Po niewielkich przekształceniach struktura ulega wzmocnieniu i nabiera ostatecznego kształtu. Choroby: • Zespół Ehlersa – Danlosa charakteryzuje się nadmierną rozciągliwością skóry i zwiększoną ruchomością stawów. WyróŜniono 11 typów, z czego w IV obserwuje się samoistne pękanie ścian jelit i naczyń, w VI – pęknięcia gałki ocznej, w VII C – miękką skórę i nadmierną ruchomość stawów. • Zespół Alporta związany jest z defektem kolagenu VI budującego błony podstawne. Objawia się krwiomoczem i niewydolnością nerek. • Epidermoliza pęcherzykowa to defekt włókien kotwiczących, zbudowanych z kolagenu VII, co powoduje pękanie skóry i urazowe tworzenie pęcherzy. • Szkorbut polega na deficycie witaminy C, co upośledza strukturę kolagenu. Pojawia się krwawienie z dziąseł, wybroczyny podskórne i upośledzone gojenie ran. c) biochemia kości

W skład tkanki kostnej wchodzą substancje organiczne i mineralne. 95% tych pierwszych stanowi kolagen I, reszta to kolagen V oraz białka niekolagenowe: osocza, proteoglikany CD-PG I – III, osteonektyna, osteokalcyna, osteopontyna, sialoproteina kostna, BMP. Składniki nieorganiczne to głównie hydroksyapatyt Ca10(PO4)6(OH)2, a takŜe Na+, Mg2+, K+, Cl-, F-, węglany i cytryniany. Osteoklasty odpowiadają za trawienie tkanki kostnej. Na błonie apikalnej występuje rąbek szczoteczkowy, gdzie ATP-aza pompuje protony do przestrzeni resorpcyjnej, obniŜając pH do ok. 4. Ułatwia to rozpuszczanie hydroksyapatytu i demineralizację, zaś kwaśne proteazy lizosomalne rozkładają białka kostne. Aktywatorami osteoklastów są: PTH, 1,25(OH)2D3, IL-1, IL-6, TNF, TGF-α, zaś inhibitorami: kalcytonina, estrogeny (przez IL-6), TGF-β, IFN-α, PGE2. Osteoblasty wytwarzają białka, czynniki wzrostu i cytokiny; kontrolują mineralizację przez migrację Ca + {P} przez ich błony zawierające fosfatazę alkaliczną, która pozyskuje {P} z fosforanów organicznych. Aktywacja zachodzi pod wpływem: PTH, 1,25(OH)2D3, T3/4, hGH, IGF-I, PGE2, TGF-β, estrogenów, zaś hamowanie przez glikokortykoidy. Choroby: • karłowatość – genetyczna (achondroplazja), hormonalna (przysadkowa – GH, tarczycowa – T3/4), • krzywica i osteomalacja – hipowitaminoza D3, • choroba zwyrodnieniowa stawów – mutacje kolagenu I i II, • osteoporoza – zmniejszenie gęstości kości ułatwia ich złamania; związek z estrogenami (niedobór po menopauzie), IL-6, IL-6 • osteopetroza = marmurowatość kości – defekt procesu resorpcji powoduje wzrost gęstości kości; przyczyną jest mutacja genu anhydrazy węglanowej II (CA-II, 8q22); występuje równieŜ kwasica nerkowa i zwapnienia mózgowia • przedwczesne zarastanie szwów czaszkowych: zespół Pfeiffera – mutacja FGFR-1 zespół Jacksona – Weissa – mutacja FGFR-2 zespół Crouzona – mutacja FGFR-2 • achondroplazja / dysplazja tanatoferyczna – mutacja FGFR-3

135 - -

Wrodzona łamliwość kości (łac. osteogenesis imperfecta; inna nazwa – zespół błękitnych białkówek) spowodowana jest mutacjami w obrębie genu kolagenu I, np. zamianą Gly na większy aa. Obecność jednego nieprawidłowego łańcucha prowadzi do proteolizy całej cząsteczki, co znane jest jako samobójstwo prokolagenu. Najgroźniejsza jest wrodzona zaawansowana postać u noworodków, które mogą wówczas rodzić się z wieloma złamaniami i umierać. Dodatkowo twardówki oczu są patologicznie cienkie i przejrzyste, tak iŜ prześwitują przezeń Ŝyły naczyniówki, nadając barwę lekko niebieską, stąd inne określenie – zespół błękitnych białkówek. Biochemia zmysłu wzroku rola i przemiany karotenoidów w organizmie człowieka

9. a)

W jarzynach występuje β-karoten (prowitamina A) – Ŝółty barwnik złoŜony z dwóch cząsteczek retinalu i wykazujący 1/6 jego aktywności. W jelicie ulega on dioksygenazie β-karotenowej i przy współudziale kwasów Ŝółciowych oraz tlenu cząsteczkowego daje 2 cząsteczki retinalu (witamina A1). Retinal w reakcji katalizowanej przez NADPH-zaleŜną reduktazę retinalową daje odwracalnie retinol (witamina A), zaś utleniony przechodzi nieodwracalnie w kwas retinolowy. Estry retinolu rozpuszczalne w tłuszczach pokarmowych ulegają emulgacji w kroplach Ŝółci, hydrolizie w świetle jelita oraz wchłonięciu przez nabłonek. Retinol jest estryfikowany i wbudowywany do chylomikronów, których remnanty wychwytywane są przez hepatocyty. Następnie retinol magazynowany jest w lipocytach pod postacią lipoglikoprotein lub transportowany przez RBP (retinol binding protein) do tkanek pozawątrobowych, gdzie wiąŜe go CRBP. Retinol wolny, występujący we krwi po przekroczeniu pojemności białek transportowych, jest toksyczny i teratogenny. Kwas retinolowy transportowany jest przez albuminy. Retinol i kwas retinolowy ulegają wiązaniu przez białka jądrowe, działając niczym hormony sterydowe na regulację ekspresji genów. Kwas retinolowy reguluje syntezę surfaktantu fosfolipidowego pęcherzyków płucnych, wpływa na układ reprodukcyjny, nasila procesy wzrostu i róŜnicowania komórek przez wspomaganie syntezy glikoprotein (fosforan retinoilowy jest błonowym przenośnikiem oligosacharydów). 5,6-epoksyretinolan pełni funkcje antyoksydacyjne. 11-cis-retinal jest istotnym składnikiem rodopsyny, pełniącej funkcje barwnika wzrokowego. Cząsteczka retinolu połączona jest przez zasadę Schiffa z Lys296 opsyny. b) reakcje zachodzące w procesie fotorecepcji Do funkcjonowania rodopsyny wymagana jest duŜa płynność błony, co zapewnia obecność kwasu dekozaheksaenowego (DHA) w fosfolipidach siatkówki. Absorpcja kwantu światła przez rodopsynę powoduje izomeryzację 11-cis–retinalu do formy all-trans, co z kolei destabilizuje połączenie typu zasady Schiffa. Rodopsyna przechodzi przez kilka stadiów, rozpadając się na zaktywowaną opsynę i all-trans retinal. Ten ostatni ulega izomerazie retinalowej, przechodząc z powrotem w formę 11-cis, która moŜe łączyć się z opsyną w rodopsynę. Zanim jednak do tego dojdzie zaktywowana opsyna oddziałuje z białkiem GT trasnsducyną, powodując wymianę w nim GDP na GTP. Powoduje to oddzielenie podjednostki α od zakotwiczonego w błonie kompleksu βγ. Łączy się ona z podjednostką γ PDE cGMP, odsłaniając aktywny katalitycznie kompleks αβ. Aktywność PDE prowadzi do znacznego spadku [cGMP] w komórce światłoczułej i zamknięcie cGMPzaleŜnych kanałów kationowych (dla Na+ i Ca2+). Przy niezakłóconej pracy innych mechanizmów wymiany jonów prowadzi to do zwiększenia ujemnego ładunku wnętrza komórki, czyli jej hiperpolaryzacji, która po przekroczeniu odpowiedniego progu wzbudza potencjał czynnościowy. Informacja o odebraniu bodźca wędruje przez kolejne warstwy siatkówki do nerwu wzrokowego, po czym drogą wzrokową do korowego ośrodka wzroku. 10 x spadek poziomu wewnątrzkomórkowego Ca2+ aktywuje GC do produkcji cGMP, co otwiera kanały kationowe i niweluje hiperpolaryzację. Podjednostka α trasnducyny rozkłada GTP i ustaje aktywność GTPazy. Kinaza rodopsynowa fosforyluje, a arestyna wiąŜe barwnik wzrokowy. W ten sposób układ zdolny jest do odebrania następnego bodźca.

136 - -

ROZDZIAŁ VIII – KWASY NUKLEINOWE I BIOSYNTEZA BIAŁEK
1. a) Budowa i właściwości kwasów nukleinowych; struktura i organizacja chromatyny elementy składowe kwasów nukleinowych – zasady azotowe, nukleozydy i nukleotydy

Cząsteczki nazywane kwasami nukleinowymi biorą swoją nazwę od głównego miejsca występowania w komórce – jądra (łac. nucleus). WyróŜnia się dwa rodzaje kwasów nukleinowych – kwas rybonukleinowy (ang. ribonucleic acid – RNA) oraz dezoksyrybonukleinowy (ang. desoxiribonucleic acid – DNA). W budowie obydwu z nich dostrzec moŜna tak podobieństwa, jak i róŜnice. RóŜnią się one ponadto funkcją i lokalizacją komórkową: DNA występuje w jądrze i stanowi magazyn informacji genetycznej, zaś RNA obecny jest w jądrze i w cytoplazmie, a jego podstawową rolą jest udział w biosyntezie białek. Wszystkie kwasy nukleinowe są polimerami mniejszych cząsteczek, zwanych nukleotydami. Nukleotyd składa się z nukleozydu, do którego przyłączona jest reszta fosforanowa (PO43-). Nukleozyd z kolei stanowi połączenie zasady azotowej oraz cukru pięciowęglowego (pentozy). • zasady azotowe

Zasady azotowe wchodzące w skład kwasów nukleinowych to pochodne puryny (zasady purynowe) lub pirymidyny (zasady pirymidynowe). Zasady purynowe to adenina (A; 6-aminopuryna) i guanina (G; 2-amino-6hydrokypuryna), zaś pirymidynowe – cytozyna (C; 2-hydroksy-4-aminopirymidyna), uracyl (U; 2,4dihydroksypirymidyna) i tymina (T; 5-metylouracyl). Metabolizm tych związków opisany jest w punkcie V-4. Adenina, guanina i cytozyna występują w obu rodzajach kwasów nukleinowych, natomiast tymina tylko w DNA, a uracyl – tylko w RNA. Ponadto w kwasach nukleinowych zwierząt, roślin i drobnoustrojów występują w niewielkich ilościach pochodne powyŜszych zasad, np.: hipoksantyna (H; 6-hydroksypuryna), N6metyloadenina, N6,6-dimetyloadenina, N1-metyloguanina, 5-metylocytozyna czy 5-hydroksymetylocytozyna. Zasady azotowe mogą występować w dwóch formach tautomerycznych – puryny w ketonowej i enolowej, zaś pirymidyny w aminowej i iminowej. W kwasach nukleinowych dominują te pierwsze – ketonowa w purynach, a aminowa w pirymidynach – co ma istotne znaczenie w tworzeniu wiązań wodorowych (por. dalej). Obecność układu wiązań nienasyconych powoduje, Ŝe omawiane związki silnie pochłaniają promieniowanie z zakresu ultrafioletu (UV), z maksimum absorpcji w okolicach λ ≈ 260 nm. Ma to dwojakiego rodzaju konsekwencje – z jednej strony czyni promienie UV wyjątkowo silnym czynnikiem mutagennym (zastosowanie w lampach bakteriobójczych), z drugiej zaś umoŜliwia ich wykorzystanie do identyfikacji kwasów nukleinowych (zawierająca je próbka świeci w świetle UV na pomarańczowo). • pentozy, nukleozydy

Drugim składnikiem nukleozydu jest cukier C5 – pentoza. Nazwy kwasów nukleinowych wzięły się właśnie od wchodzących w ich skład cukrów – kwas rybonukleinowy zawiera D-rybozę, zaś dezoksyrybonukleinowy – 2-dezoksy-D-rybozę. Obie pentozy występują w kwasach nukleinowych w postaciach pierścieniowych (β-furanozowych). Atomy węgla wchodzące w skład pierścienia pentozy numeruje się, dodając znaczek ‘ (prim), dla odróŜnienia od numeracji atomów zasad azotowych. Nukleozydy są N-glikozydami pentoz zasad azotowych, przy czym wiązanie glikozydowe łączy atom C1’ pierścienia cukrowego z atomem N1 zasady pirymidynowej lub N9 zasady purynowej. Ze względu na połoŜenie zasady i pentozy względem tego wiązania wyróŜnia się konfiguracje syn i anty nukleozydów, przy czym fizjologicznie dominuje ta druga. Nazwy nukleozydów tworzone są od występujących w nich zasad. W nukleozydach purynowych końcówkę zasady –ina zamienia się na –ozyna: nukleozyd adeniny (9-N-β-D-rybofuranozyloadenina) to adenozyna, a guaniny (9-N-βD-rybofuranozyloguanina) – guanozyna. Nazwy nukleozydów pirymidyn tworzy się w inny sposób: nukleozyd uracylu (1-N-β-D-rybofuranozylouracyl) to urydyna, cytozyny (1-N-β-D-rybofuranozylocytozyna) – cytydyna, zaś tyminy (1-N-2’-dezoksy-β-D-rybofuranozylotymina) – tymidyna (występuje tylko w DNA i zawsze zawiera dezoksyrybozę). Inne niŜ tymidyna nukleozydy zawierające dezoksyrybozę przybierają dodatkowo przedrostek dezoksy-: dezoksyadenozyna (9-N-2’-dezoksy-β-D-rybofuranozyloadenina), dezoksyguanozyna (9-N-2’dezoksy-β-D-rybofuranozyloguanina) oraz dezoksycytydyna (1-N-2’-dezoksy-β-D-rybofuranozylocytozyna). Nukleozydy zawierające rybozę określa się jak rybozydy, a dezoksyrybozę – dezoksyrybozydy. Jednoliterowe skróty nazw zasad (A, G, C, T, U) stosuje się równieŜ jako skróty nazw ich nukleozydów, czyli np. G oznacza zarówno guaninę, jak i guanozynę, zaleŜnie od kontekstu. Wyjątkowo w kwasach nukleinowych mogą

137 - -

występować nukleozydy zawierające inne niŜ wyŜej opisane rodzaje wiązań – np. w pseudourydynie (5rybozylouracyl, ψ-urydyna lub po prostu ψ) ryboza związana jest z atomem C5, a nie C1 uracylu; związek ten występuje w pewnych rodzajach RNA (tRNA, por. dalej). • nukleotydy

Nukleotydy są estrami fosforowymi (dokładnie – ortofosforowymi (V)) nukleozydów. Reszta fosforanowa związana jest z jedną z grup hydroksylowych pentozy: w rybozydach – przy C2’, C3’ lub C5’, a dezoksyrybozydach – przy C3’ lub C5’. Nazwy nukleotydów tworzy się od nazw ich nukleozydów, dodając numer atomu węgla, z którym związana jest zestryfikowana grupa hydroksylowa – i tak kwas 5’-adenylowy to adenozyno-5’-fosforan (ang. adenosine 5’-monophosphate – 5’-AMP), kwas 5’-guanylowy – guanozyno-5’monofosforan (GMP), kwas 5’-urydylowy – urydyno-5’-monofosforan (UMP), kwas 5’-cytydylowy – cytydyno5’-monofosforan (CMP); określa się je łącznie mianem rybotydów. Przez analogię dezoksyrybotydy to: kwas tymidylowy – tymidyno-5’-monofosforan (TMP), kwas dezoksyadenylowy (dAMP), dezoksyguanylowy (gGMP) oraz dezoksycytydylowy (dCMP). W niewielkich ilościach występują w kwasach nukleinowych nietypowe nukleotydy, jak np. kwas 5’-inozynowy – inozyno-5’-monofosforan (IMP), w którym zasadą jest hipoksantyna. Wszystkie nukleozydy mogą być równieŜ fosforylowane przy C3’, a rybozydy – takŜe przy C2’. Istnieją teŜ cykliczne nukleotydy, w których reszta fosforanowa estryfikuje dwie kolejne grupy hydroksylowe (tj. przy C2’ i C3’ lub C3’ i C5’); aby zaznaczyć ich cykliczny charakter, dodaje się do skrótu literę c, np. cykliczny 3’,5’-guanozynomonofosforan to 3’,5’-cGMP. Monofosforany nukleozydów mogą być dalej fosforylowane – powstają wówczas dwu- (ADP, GDP, CDP, TDP, UDP) i trójfosforany nukleozydów (ATP, GDP, CDP, TTP, UTP). Substratami do biosyntezy kwasów nukleinowych są właśnie te ostatnie (por. dalej). Ponadto trójfosforany nukleozydów uŜywane są jako cząsteczki aktywujące inne związki, pozwalając im na pełnienie funkcji substratów w wielu reakcjach – por. UDP i synteza glikogenu (patrz punkt III-5-a), metabolizm galaktozy (III-6-c) czy aminocukrów (III-7-a), CTP i synteza fosfolipidów, ATP i synteza białek (VIII-4-b). • polinukleotydy

Kwasy nukleinowe – zarówno DNA, jak i RNA – są polinukleotydami, tj. liniowymi polimerami odpowiednich nukleotydów, połączonych ze sobą wiązaniami fosfodwuestrowymi (reszta fosforanowa łączy atom C3’ jednej pentozy z C5’ kolejnej). W ten sposób powstaje polarna nić, w której wyróŜnić moŜna koniec 5’ oraz 3’; na 5’-końcu obecna jest zazwyczaj wolna grupa hydroksylowa (rzadko ufosforylowana), a na 3’-końcu – ufosforylowana (rzadko wolna). Sekwencję nukleotydów w cząsteczce kwasu nukleinowego, czyli jego strukturę I-rzędową, podaje się zawsze w kolejności 5’→3’, chyba Ŝe zaznaczone jest inaczej. W odpowiednich warunkach reszty fosforanowe dysocjują, co nadaje polinukleotydom ładunek elektryczny. To z kolei umoŜliwia im wędrówkę w stałym polu elektrostatycznym, a przez to – rozdział metodą elektroforezy (patrz punkt I-1-g). b) budowa przestrzenna i właściwości DNA Badacze J. D. Watson i F. C. K. Crick wykazali, Ŝe DNA posiada strukturę II-rzędową w postaci podwójnej prawoskrętnej helisy. Dwie nici polinukleotydowe występują jako wzajemnie splecione helisy, oplatające linią śrubową wspólną oś długą. • W zaleŜności od warunków środowiska, dwupasmowe DNA moŜe występować w co najmniej 6 formach: A, B, C, D, E i Z, przy czym w warunkach fizjologicznych (niskie stęŜenia soli, wysoki poziom uwodnienia) dominuje forma B. W formie B szerokość helisy (odległość między atomami C1 danej zasady i zasady komplementarnej) wynosi ok. 1,1 nm, skok p = 3,4 nm, ilość par zasad na skok n = 10, zatem odległość między sąsiadującymi zasadami wynosi 3,4 : 10 = 0,34 nm, a ich wzajemne skręcenie: 360o : 10 = 36o. Płaszczyzny pierścieni sąsiadujących ze sobą zasad są równoległe i występują między nimi tzw. oddziaływania warstwowe. Pomiędzy warstwy te mogą wnikać róŜne inne cząsteczki, zaburzając funkcjonowanie DNA, co pozwoliło na ich zastosowanie jako środki dezynfekcyjne (barwniki akrydynowe, np. etakrydyna – Riwanol) lub leki cytostatyczne (p/nowotworowe). Obie helisy rozdzielone są przez 2 róŜnej wielkości rowki – większy i mniejszy – stanowiące miejsca interakcji z białkami, które mogą dzięki temu rozpoznawać i wiązać się ze swoistymi sekwencjami nukleotydowymi bez potrzeby rozdzielania par zasad komplementarnych (por. punkt VIII-1-j). Forma Z powstaje w warunkach zmniejszonego uwodnienia (hydratacji). Cechuje się rozsunięciem obu nici i obecnością wolnej przestrzeni wewnątrz cząsteczki. W formie E zaasdy nie występują w układzie osiowym, lecz niejako rozsuniętym.

138 - -

PoniewaŜ oba łańcuchy są prawoskrętne i polarne, muszą być przeciwbieŜne, tzn. sekwencje atomów i grup układają się w kaŜdym z nich w kierunku przeciwnym. Pasmo biegnące w kierunku 5’→3’ określa się jako kodujące, poniewaŜ koduje przekazywaną informację genetyczną (przekłada się na sekwencję aa w kodowanym białku), drugie natomiast (3’→5’) – jako matrycowe, gdyŜ stanowi matrycę do syntezy mRNA. Grupy cukrowe i fosforanowe stanowią zewnętrzny szkielet, wijący się helikalnie, natomiast zasady schowane są we wnętrzu cząsteczki, co chroni informację genetyczną i umoŜliwia oddziaływania między zasadami. KaŜda zasada jednego łańcucha jest bowiem połączona kilkoma wiązaniami wodorowymi z naprzeciw leŜącą zasadą drugiego łańcucha. PoniewaŜ odległość między nićmi jest stała, a wymiary zasad purynowych i pirymidynowych – róŜne, toteŜ wnioskować moŜna, Ŝe wiązania tworzą się między zasadą purynową jednego łańcucha a pirymidynową drugiego. Jednak skład pary puryna – pirymidyna tworzącej wiązania nie jest dowolny, ograniczają go bowiem moŜliwości rotacji wokół wiązań fosfodwuestrowych, preferencja konfiguracji anty wiązania N-glikozydowego oraz dominacja określonych form tautomerycznych zasad azotowych (keto » enolo, amino » imino). Analiza tych ograniczeń uzasadnia obserwację, Ŝe wiązania wodorowe tworzą się tylko między parami A i T oraz G i C – z tego powodu zasady kaŜdej z par określa się jako komplementarne (uzupełniające się). W parze A-T jedno wiązanie powstaje między atomem N1 A a atomem wodoru przy N5 T, drugie zaś między grupą aminową przy C6 A a grupą ketonową przy C4 T; obecne są więc dwa wiązania, wzajemnie do siebie równoległe. Natomiast w parze G-C tworzą się 3 wiązania: jedno między atomem wodoru przy N1 G a atomem N5 C, drugie między grupą ketonową przy C6 G a grupą aminową przy C4 C oraz trzecie między grupą aminową przy C2 G a grupą ketonową przy C6 C. Obecność dodatkowego wiązania wodorowego powoduje, ze siły utrzymujące parę G≡C są mocniejsze niŜ w przypadku A=T. Następstwem komplementarności jest równa ilość uzupełniających się zasad w cząsteczce DNA (A = T, a G = C), przez co w konsekwencji ilość puryn (A + G) jest taka sama jak ilość pirymidyn (C + T). Natomiast stosunek A+T : G+C jest zmienny gatunkowo. Długość odcinka DNA lub sparowanego RNA wyraŜa się podając ilość wchodzących w jego skład par zasad (ang. base pairs – bp). Cały genom ludzki składa się z ok. 3 Gbp. Denaturacja (topnienie) DNA polega na rozpleceniu podwójnej helisy i zmianie płaszczyzn wzajemnego połoŜenia zasad przy zachowaniu struktury I-rzędowej (sekwencji nukleotydów). Do zmian w środowisku powodujących denaturację zaliczamy wysoką temperaturę i obniŜenie stęŜenia soli. PoniewaŜ róŜnie regiony DNA cechują się zróŜnicowaną wraŜliwością na czynniki denaturujące, przez temperaturę topnienia (Tm) DNA rozumie się średnią temperatur rozpoczęcia i zakończenia rozplatywania DNA. ZaleŜy ona od składu zasad DNA (ilość wiązań komplementarnych i oddziaływania warstwowe decydują o tym, Ŝe regiony DNA o duŜej zawartości par G≡C są bardziej odporne na denaturację niŜ bogate w pary A=T), stęŜenia soli w roztworze oraz od obecności innych substancji, np. formamid destabilizuje wiązania wodorowe i ułatwia denaturację. Denaturacji towarzyszy spadek lepkości roztworu oraz tzw. efekt hiperchromiczny, polegający na zwiększeniu absorpcji promieniowania UV przez zasady azotowe. Po powrocie do fizjologicznej temperatury i siły jonowej następuje powrót do postaci natywej – renaturacja, czyli ponowne połączenie (reasocjacja) rozdzielonych pasm komplementarnych lub tworzenie hybryd z cDNA lub mRNA, co wykorzystuje się w analityce odpowiednio w metodach Southern- i Northern-blotting. Denaturację cieplną wykorzystuje się równieŜ w technice PCR.

W niektórych niŜszych organizmach (bakterie, wirusy) DNA ma formę kolistą, co niweluje wolne końce 5’ i 3’. Taka cząsteczka moŜe występować w postaci rozluźnionej albo silnie skręconej (gdy zajdzie skręcenie wokół własnej osi bądź skręcenie linijnej cząsteczki o zakotwiczonych końcach). Proces dodatkowego skręcania wymaga dostarczenia energii w ilości proporcjonalnej do stopnia skręcenia. Oznacza to, Ŝe cząsteczka zawierająca dodatkowe skręty posiada zmagazynowaną w ten sposób energię, przez co łatwiej poddaje się reakcjom endoergicznym (np. rozdzielaniu pasm niezbędnemu do replikacji i transkrypcji) i dzięki temu jest preferowaną postacią w układach biologicznych. Zmiany stopnia skręcenia, tj. topologiczne zmiany DNA, katalizowane są przez enzymy topoizomerazy – ich przykładem jest bakteryjna gyraza DNA, czerpiąca energię z ATP w celu wprowadzania dodatkowych skrętów. Zablokowanie aktywności topoizomeraz uniemoŜliwia podziały komórkowe, stąd zastosowanie ich inhibitorów jako chemioterapeutyki (chinolony) i cytostatyki (kamptotecyna i jej pochodne).

139 - -

c)

budowa, właściwości i klasyfikacja RNA

W przeciwieństwie do DNA, kwas rybonukleinowy składa się z pojedynczego łańcucha polinukleotydowego; istnieje tu tylko jeden wyjątek w postaci sekwencji palindromowych, zawierających ciągi komplementarnych zasad o odwróconej polarności, które mogą ulegać parowaniu. Konsekwencją jednonicowej budowy RNA jest nierówna ilość A i U oraz G i C (równość moŜe zdarzyć się przypadkowo). Ponadto w RNA tymina (T) zastąpiona jest przez uracyl (U), a pentozą jest ryboza – obecność grupy hydroksylowej przy atomie C2’ cukru warunkuje wraŜliwość RNA na hydrolizę zasadową, w wyniku której powstają cykliczne 2’,3’dwuestry nukleozydów. RNA powstaje w wyniku transkrypcji DNA – jest więc komplementarny do matrycowego pasma źródłowego DNA i moŜe z nim hybrydyzować (Northern-blotting). W komórce istnieje 5 klas RNA (mRNA, tRNA, rRNA, hnRNA i snRNA), róŜniących się wielkością, stabilnością i szczegółową rolą, ale ogólną funkcją wszystkich z nich jest udział w biosyntezie białek. Informacja z DNA przepisywana jest w procesie transkrypcji na informacyjny RNA (ang. messager RNA – mRNA). W komórce moŜe więc występować tyle rodzajów mRNA, ile genów posiada jej materiał genetyczny, a więc u człowieka aŜ 30 tys. mRNA posiada stałą sedymentacji w granicach 18 – 30S i stanowi niewielką część (5%) ogólnej puli RNA komórki. U Eucariota DNA jest wpierw przepisywane na heterogenny jądrowy RNA (ang. heterogenous nuclear RNA – hnRNA), który następnie przechodzi proces składania, dając ostatecznie dojrzałe mRNA. W składaniu RNA uczestniczy pomocniczo małocząsteczkowy jądrowy RNA (snRNA; ok. 10 rodzajów cząsteczek). Informacja z gotowego mRNA jest następnie przepisywana na sekwencję aa w kodowanym białku w procesie translacji. To tego ostatniego niezbędne są dwa kolejne rodzaje RNA, tj. rybosomalny (rRNA) oraz transportujący (tRNA). Istnieją tylko 4 rodzaje rRNA, jednak stanowią one aŜ 80% komórkowego RNA. Wraz z odpowiednimi białkami współtworzą podjednostki rybosomalne (większą i mniejszą), które złoŜone w całość dają kompletny rybosom. tRNA pełni funkcję pośredniczącą pomiędzy sekwencją nukleotydów a sekwencją aa – ma budowę niejako dwubiegunową i moŜe przyłączać oba te elementy. Istnieje ok. 50 rodzajów tRNA, ta klasa ma jednak znikomy udział ilościowy w RNA komórki. Pewne rodzaje RNA (rRNA, snRNA) wykazują wewnętrzną aktywność katalityczną (działają jak enzymy), dlatego określa się je mianem rybozymów („rybonukleinowych enzymów”). Stanowi to fenomen biochemiczny, poniewaŜ aktywność katalityczna jest cechą przypisywaną wyłącznie cząsteczkom białek. snRNA pełni funkcje rybozymu w reakcjach endorybonukleolizy i transestryfikacji w procesie składania mRNA (por. punkt VIII-3-c), zaś rRNA – w reakcji hydrolizy estru aminoacylowego w elongacji translacji (por. punkt VIII-4-d). d) budowa chromatyny W organizmach eukariotycznych niemal całość materiału genetycznego (DNA) znajduje się na terenie jądra komórkowego, gdzie występuje w formie związanej z białkami jako chromatyna. Są to głównie białka zasadowe – histony, resztę stanowią kwaśne i większe białka niehistonowe. W skład chromatyny wchodzi równieŜ niewielka ilość RNA. Histony to mała grupa blisko spokrewnionych ze sobą białek. Oznacza się je symbolami: H1, H2A, H2B, H3 i H4. 2/3 cząsteczki począwszy od C końca zawiera zwykły skład aa, natomiast w 1/3 N-końcowej części dominują aa zasadowe – w H2A i H2B jest to głównie Lys, a w H3 i H4 – Arg. Histon H1 jest najsłabiej związany z chromatyną i daje się z niej łatwo usunąć roztworem soli, co pozwala na rozpuszczenie chromatyny. Pozostałe rodzaje histonów wchodzą w skład rdzenia nukleosomów: H3 i H4 agregują w tetramer (H3/H4)2, a H2A i H2B łączą się w dimer H2A/H2B, który moŜe polimeryzować do form (H2A/H2B)n – fizjologicznie n=2, czyli powstaje drugi tetramer. Oba tetramery asocjują, tworząc oktamer histonowy, który spontanicznie łączy się z DNA, w wyniku czego powstaje nukleosom. Tworzenie struktury nukleosomu uwarunkowane jest obecnością H3 i H4, zaś H2A i H2B stabilizują pierwotną cząsteczkę i wiąŜą 2 dodatkowe półskoki spirali DNA. Nić polinukleotydowa owinięta jest wokół oktameru 1,75 x, co odpowiada odcinkowi 146 bp, natomiast poszczególne nukleosomy oddzielone są od siebie odcinkami o długości ok. 30 bp. Dalsze upakowanie materiału genetycznego zaleŜy od interakcji histonów H1 z przyległymi nukleosomami. Większość komórkowego DNA występuje właśnie w postaci nukleosomów, a cały genom ludzki zawiera ich ok. 17 mln. Preferencja nukleosomów do pewnych regionów na szczególnych cząsteczkach DNA określana jest jako fazowanie. Histony nukleosomów mogą podlegać 5 rodzajom modyfikacji kowalencyjnych, których znaczenie nie zostało do końca poznane; są to: • acetylacja – w przypadku H3 i H4 jest to mechanizm regulacji transkrypcji genów, • fosforylacja – dodanie reszty {P} do H1 towarzyszy kondensacji chromosomów w czasie cyklu replikacyjnego, • ADP-rybozylacja – związana jest z naprawą DNA, • kowalencyjne związanie z ubikwityną – tylko w przypadku H2A, • metylacja.

140 - -

Nukleoplazmina jest pentamerem kwaśnego białka, które nie wiąŜe się ani z DNA ani z chromatyną, lecz ma zdolność odwracalnego oddziaływania z oktamerem histonowym, dzięki czemu zasadowe (kationowe) histony nie przylegają nieswoiście do kwaśnych (anionowych) powierzchni takich jak DNA. Białko to utrzymuje w jądrze komórkowym środowisko jonowe powodujące swoiste oddziaływania DNA z histonami i tworzenie struktur nukleosomów. Po utworzeniu nukleosomów nukleoplazmina uwalnia się od histonów. Strukturami wyŜszego rzędu od nukleosomów są nici chromatydowe 10 nm oraz 25-30 nm. Nić 10 nm (stopień upakowania 1-10 x) składa się z nukleosomów ułoŜonych w taki sposób, Ŝe ich brzegi stykają się, a ich płaskie powierzchnie leŜą równolegle do długiej osi nici. Nić 10 nm jest dodatkowo skręcona, tworząc nić 30 nm (upakowanie 40-60 x), zawierającą 6 – 7 nukleosomów na 1 skok. Zwoje tej spirali są dosyć płaskie, a płaskie powierzchnie nukleosomów kolejnych skrętów są niemal równoległe. Nić 30 nm jest prawdopodobnie stabilizowana przez histony H1. Nici chromatyny mogą ulegać dalszemu zwinięciu w pętle (domeny), zakotwiczone w strukturze szkieletowej (macierzy podporowej) jądra. Jedna domena obejmuje odcinek DNA o długości 30 – 100 kbp. W ich obrębie określone sekwencje DNA mogą posiadać nieprzypadkowe ułoŜenie. e) chromatyna aktywna i nieaktywna

Pomimo faktu, iŜ kaŜda komórka ludzkiego ustroju zawiera te same cząsteczki DNA, to poszczególne komórki wykazują bardzo zróŜnicowaną ekspresję genów. Jest to wynikiem róŜnic w aktywności poszczególnych sekwencji DNA, okazuje się bowiem, Ŝe chromatyna zawiera fragmenty transkrypcyjnie aktywne oraz nieaktywne. Chromatyna aktywna – euchromatyna – występuje w postaci rozluźnionej, tzn. ma zmienioną lub całkowicie zniesioną strukturę nukleosomalną. Zawiera duŜe (ok. 100 kbp) regiony wraŜliwe na trawienie nukleazą (np. DNAazą I), w obrębie których istnieją krótkie (100-300 bp) odcinki o wybitnie zwiększonej (nawet 20x) wraŜliwości, często połoŜone bezpośrednio przed aktywnym genem. W powstawaniu miejsc nadwraŜliwych biorą udział białka uczestniczące w transkrypcji oraz zaangaŜowane w utrzymywanie dostępu do pasma matrycowego. Chromatyna nieaktywna – heterochromatyna – jest natomiast gęsto upakowana. Dzieli się ona na dwa rodzaje. Heterochromatyna konstytutywna jest zawsze nieaktywna (upakowana), występuje w regionach w pobliŜu centromeru i w telomerach. Natomiast heterochromatyna fakultatywna moŜe być przejściowo aktywna i ulegać transkrypcji, przez resztę czasu będąc skondensowaną i nieaktywną. Jej przykładem jest drugi chromosom X u kobiet, który kondensuje w tzw. ciałko Barra, ale ulega dekondensacji w okresie gametogenezy i jest aktywny we wczesnej embriogenezie. Chromatyna wykazuje największy stopień upakowania w stadium metafazy – wówczas występuje w postaci chromosomów (u człowieka w licznie 2n = 46). Pętle chromosomów metafazowych posiadają współczynnik upakowania ok. 8000x. KaŜdy chromosom składa się z dwóch identycznych (siostrzanych) połówek, zwanych chromatydami – kaŜda z nich stanowi pojedynczą cząsteczkę dwupasmowego DNA. Chromatydy połączone są w centromerze – nazwanym tak, gdyŜ połoŜony jest mniej więcej w połowie długości chromosomów. Centromer ma długość ok. 130 bp i zawiera region bogaty w pary A=T, a wraz z licznymi białkami tworzy kompleks zwany kinetochorą, do którego przyłącza się wrzeciono kariokinetyczne. Na końcach kaŜdego chromosomu obecne są telomery, złoŜone z wielokrotnie powtórzonej pojedynczej sekwencji bogatej w T i G (u człowieka: 5’-TTAGGG-3’). Telomery ulegają skracaniu wraz z kaŜdym podziałem komórki, co warunkuje ich Ŝywotność. W niektórych komórkach istnieje odtwarzający je enzym – telomeraza; obecność telomerazy w komórkach nowotworowych warunkuje ich nieśmiertelność. f) sekwencje powtarzające; mutacje dynamiczne; konwersja genu

DuŜa część ludzkiego (i innych ssaków) genomu występuje w nadmiarze – większość posiadanego przez nas DNA nie niesie informacji i nie ulega ekspresji. Całość DNA moŜna zatem podzielić na sekwencje unikatowe (nie powtarzające się, złoŜone z pojedynczych kopii genów kodujących białka) oraz sekwencje powtarzające (2 – 10 mln kopii w kaŜdej komórce), stanowiące 20 – 30 % genomu. Te ostatnie dzielą się na sekwencje umiarkowanie oraz często powtarzające. • Sekwencje często powtarzające składają się z odcinków długości 5 – 500 bp, powtarzanych wielokrotnie w postaci tandemu. Są one zgrupowane w centromerach i telomerach, występują w liczbie 1 – 10 mln kopii, są nieaktywne transkrypyjnie i mogą pełnić funkcje strukturalne. • Sekwencje umiarkowanie powtarzające występują w mniejszej liczbie (< 1 mln kopii) i nie są zgrupowane, lecz rozproszone wśród sekwencji unikatowych. Mogą ulegać transkrypcji przez polimerazę RNA II i posiadać czapeczki metylacyjne. Dzielą się na długie (LINEs – 6-7 kbp, 20-50 tys. kopii) oraz krótkie (SINEs 70-300 bp, ≥ 100 tys. kopii). Prawdopodobnie są one retropozonami, tj. sekwencjami powstałymi wskutek transpozycji oraz utworzonymi za pośrednictwem RNA i odwrotnej

141 - -

transkryptazy. Przykładem SINE jest rodzina sekwencji Alu, występująca w liczbie ½ mln kopii, a której przedstawiciele wykazują zdolność poruszania się w obrębie genomu. Sekwencje powtarzające istnieją w formie rozproszonej lub zgrupowanych tandemów sekwencji mikrosatelitarnych – długości 2-5 bp, ok. 50 powtórzeń, najczęściej AC na jednym paśmie i TG na drugim, zlokalizowane w ok. 50 – 100 tys. miejsc w genomie. Heterozygotyczność pod względem liczby kopii poszczególnych sekwencji mikrosatelitarnych, czyli inaczej mówiąc – istnienie róŜnej ilości powtórzeń na dwóch chromosomach homologicznych, jest cechą dziedziczną. Mnogość i łatwość wykrywania tych sekwencji metodą PCR czyli z nich uŜyteczne narządzie diagnostyczne – większość genów towarzyszy bowiem co najmniej jednemu markerowi satelitarnemu, przez co moŜna oznaczyć ich połoŜenie (mapy sprzęŜeń), a ponadto moŜna badać polimorfizm mikrosatelitarny u duŜej liczby spokrewnionych osób. Mutacje dynamiczne, głównie zwiększenie liczby powtórzeń sekwencji trójnukleotydowych, czyli niestabilność sekwencji mikrosatelitarnych, jest przyczyną wielu chorób, m. in. zespołu łamliwego chromosomu X (powtórzenia CGG), choroby Huntingtona (CAG), dystrofii miotonicznej (CTG), atrofii mięśniowej rdzeniowo – opuszkowej (CAG) czy choroby Kennedy’ego (CAG). Konwersja genu to ujednolicenie sekwencji składowych rodzin powtarzającego DNA w wyniku przypadkowego utrwalenia jednego z ich wariantów. Sytuacja taka ma miejsce, gdy podobne sekwencje na chromosomach homologicznych nieprzypadkowo wytwarzają między sobą sparowane struktury dwupasmowe i eliminują wszystkie sekwencje niesparowane. g) rekombinacja (crossing-over); wymiana chromatyd siostrzanych Materiał genetyczny moŜe ulegać rearanŜacji, m. in. drogą rekombinacji chromosomalnej, czyli równej i wzajemnej wymiany fragmentów chromosomów homologicznych (ang. crossing-over – dosłownie: przechodzenie na drugą stronę). Zjawisko to zachodzi w stadium pachytenu profazy I mejozy. JeŜeli osobnik jest heterozygotą względem genu połoŜonego w odcinku podlegającym rekombinacji, wówczas mogą pojawić się zauwaŜalne i dziedziczne róŜnice w sprzęŜeni genów. Z kolei przy niedokładnym ułoŜeniu chromosomów moŜe dochodzić do nierównej wymiany materiału – tzw. nierównego crossing-over. Oddziałuje to na tandemową organizację powtarzających sekwencji DNA i moŜe zmienić liczbę kopii rodziny takich sekwencji. Wymiana chromatyd siostrzanych to proces rekombinacji, zachodzący między identycznymi chromatydami w tetraploidalnych komórkach, które zakończyły fazę S cyklu komórkowego. Są one identyczne, poniewaŜ są produktami semikonserwatywnej replikacji wspólnej macierzystej cząsteczki DNA. Wymiana chromatyd siostrzanych nie niesie ze sobą Ŝadnych konsekwencji genetycznych tak długo, jak nie dochodzi do nierównego crossing-over. h) gen i jego ekspresja; genom Gen jest podstawową jednostką informacji genetycznej. Dokładna definicja genu ulegała wielokrotnej modyfikacji. Pierwotnie, zanim poznano budowę i rolę DNA, przez gen rozumiano czynnik determinujący występowanie u organizmu określonej cechy. Później, gdy odkryto Ŝe DNA niesie informacje o strukturze białek, genem nazywano odcinek DNA kodujący strukturę pojedynczego białka. PoniewaŜ jednak wykazano istnienie białek złoŜonych z kilku podjednostek, kodowanych przez odmienne geny, toteŜ współcześnie przez gen rozumie się fragment DNA kodujący jeden łańcuch polipeptydowy. Ekspresja (dosłownie: wyraŜanie) genu to proces tłumaczenia zawartej w nim (w postaci sekwencji nukleotydów) informacji na strukturę I-rzędową nowo biosyntetyzanego białka (czyli sekwencji występujących w tym białku aa). Ekspresja genu jest bardzo złoŜona pod względem biochemicznym, moŜna ją podzielić na 2 etapy. W pierwszym, zwanym transkrypcją, sekwencja dezoksyrybotydów DNA przepisywana jest na sekwencję rybotydów RNA – zazwyczaj mRNA. Innymi słowy na matrycy w postaci jednego z pasm DNA (z tego właśnie powodu określanego jako matrycowe) syntetyzowana jest nowa cząsteczka RNA. Produkt transkrypcji (RNA) stanowi jednocześnie substrat dla drugiego etapu – translacji, w którym z kolei sekwencja rybotydów RNA przekładana jest na sekwencję aa w powstającym białku. Przez analogię do powyŜszego – na matrycy RNA (równieŜ nazywanego matrycowym – stąd mRNA) biosyntetyzowane jest nowe białko. Cząsteczki mRNA stanowią zatem w tym łańcuchu pośrednie ogniwo. Ekspresja genów podlega złoŜonej regulacji. Genomem nazywamy całość materiału genetycznego, jaki posiada kaŜda komórka organizmu. U niŜszych organizmów genom stanowi pojedyncza, zamknięta cząsteczka DNA, u wyŜszych natomiast DNA podzielone jest na duŜe odcinki, z których kaŜda ulega upakowaniu w jeden chromosom. MoŜna więc powiedzieć, Ŝe genom to inaczej pojedynczy (haploidalny) zestaw chromosomów (przykładowo u człowieka liczący n = 23 chromosomy). Genom ludzki zawiera ok. 30 tys. genów, tzn. znajduje się w nim informacja o budowie takiej liczby łańcuchów polipeptydowych. Genom to jednak więcej niŜ zbiór wszystkich genów, występuje w nim bowiem jeszcze duŜa ilość tzw. materiału międzygenowego – nie ulegającego tłumaczeniu na strukturę białek, lecz pełniącemu funkcje strukturalne i regulacyjne.

142 - -

i)

transpozony; geny przekształcone

W komórkach eukariotycznych istnieją małe elementy DNA – tzw. „skaczące DNA” – zdolne do transpozycji, czyli zmiany swojego połoŜenia w obrębie genomu bez zaburzania funkcji sąsiednich sekwencji DNA. Dowodem na ich istnienie jest obecność genów przekształconych, tj. złoŜonych z sekwencji DNA identycznych lub bardzo podobnych do mRNA kodującego produkt odpowiedniego genu. W genach tych nietranskrybowany region 5’-końcowy, fragment kodujący pozbawiony intronu oraz 3’-końcowa sekwencja poliadenylowa ułoŜone są w sposób ciągły. Jedynym wyjaśnieniem tego zjawiska jest wsteczna transkrypcja mRNA do DNA na zasadzie transpozycji. Znane są geny przekształcone m. in. dla cząsteczek immunoglobulin, α-globuliny i innych. Pseudogeny to geny przekształcone, które w przebiegu ewolucji zostały tak zmienione, Ŝe zawierają kodony nonsensowne (por. punkt VIII-4-d – termiacja translacji), uniemoŜliwiające ich ekspresję. j) motywy funkcjonalne białek wiąŜących się z DNA

Wiele białek, m. in. regulatorów transkrypcji, musi wiązać się do określonych sekwencji DNA z wysokim powinowactwem, wykazując jednocześnie niewielkie do innych. UmoŜliwiają im to trzy unikatowe motywy funkcjonalne: helisa-skręt-helisa, palec cynkowy i zamek leucynowy. W bezpośredni kontakt z DNA wchodzą jedynie niewielkie regiony tych białek, zawierające powyŜsze motywy, pozostałe części cząsteczek odpowiadają za dimeryzację i stabilizację. Białka te wiąŜą się kooperatywnie do kilku miejsc w obrębie DNA, a kontakt białko-DNA utrzymywany jest dzięki wiązaniom niekowalencyjnym – wodorowym i van der Waalsa. Motyw helisa-skręt-helisa (ang. helix-turn-helix) występuje u ssaków w białkach homeobox (por. geny homeotyczne) i pou, jak równieŜ u organizmów prymitywnych, np. w represorze Cro bakteriofaga λ. Monomer białka Cro składa się z trzech przeciwrównoległych płaszczyzn β (1 – 3) oraz trzech α-helis (1 – 3). Elementem bezpośrednio rozpoznającym i wiąŜącym się do powierzchni DNA jest helisa α3. Średnia szerokość α-helisy wynosi 120 nm, co odpowiada mniej więcej szerokości większego rowka DNA w formie B. Motyw helisa-skręthelisa powstaje w ten sposób, Ŝe helisy α2 i α3 są utrzymywane pod kątem 90o przez skręt 4 aa. Dwa monomery białka Cro asocjują przez zwinięcie antyrówoległych płaszczyzn β3 w dimer o podwójnej osi symetrii. Reszta cząsteczki odpowiada głównie za jej stabilizację. Domena rozpoznająca DNA kaŜdego monomeru oddziałuje z nim na odcinku 5 bp. Cały odcinek DNA przyłączający białko zawiera sekwencje palindromowe i ma długość 340 nm – odpowiada to długości jednego kompletnego zwoju podwójnej helisy DNA, przez co umoŜliwia dopasowanie kolejnych półskrętów w rowku większym na tej samej powierzchni. Motyw palca cynkowego (ang. zinc finger) występuje u ssaków m. in. w rodzinie receptorów steroidowo – tarczycowych oraz w białku Sp1. Palce cynkowe stanowią serię powtórzonych domen (2 – 9 x), z których kaŜda osadza się na atomie cynku w postaci tetraedralnej konformacji. Atom ten związany jest przez 2 kolejne reszty Cys, następnie obecna jest sekwencja 12 – 13 aa, po czym znów występują 2 reszty Cys (np. w THIIIA) lub 2 reszty His (np. w rodzinie receptorów steroidowo – tarczycowych) – atom cynku jest więc umocowany do białka czterema wiązaniami. Białka zawierające taki motyw wiąŜą się do jednej płaszczyzny helisy DNA, a kolejne palce ułoŜone są naprzemiennie w obrębie duŜego skrętu w duŜym rowku, oddziałując na odcinku 5 bp. Mutacja pojedynczego aa w jednym z dwóch palców cynkowych receptora dla 1,25(OH)2D3 powoduje krzywicę typu II. Motyw zamka leucynowego (ang. leucine zipper) występuje w wielu ssaczych białkach regulatorowych – C/EBP, Fos, Jun/Ap1, c-myc, n-myc, l-myc. Występuje w postaci 30-aa sekwencji α-helikalnej, w której reszty Leu powtarzają się w stałej odległości 7 aa, przez co znajdują się po jednej stronie helisy w ułoŜeniu liniowym. Organizacja taka obejmuje 8 helikalnych skrętów i 4 powtarzające się reszty Leu. Prawdopodobnie struktura ta pozwala na połączenie monomerów białkowych w homo- (np. Jun*Jun) lub heterodimery (Jun*Fos), podobnie jak zamek błyskawiczny. Zamek leucynowy, w przeciwieństwie do dwóch poprzednich motywów, bierze więc udział w interakcjach typu białko-białko, które wzmacniają oddziaływania poszczególnych pojedynczych domen z docelowymi sekwencjami DNA. Tak struktura wydaje się niezbędna do utrzymania domen wiąŜących DNA kaŜdego monomeru w odpowiedniej konformacji, umoŜliwiającej właściwe wiązanie. 2. Replikacja i naprawa DNA; cykl komórkowy i jego regulacja

Replikacja (duplikacja, kopiowanie) DNA jest procesem syntezy nowej cząsteczki DNA, identycznej z juŜ istniejącą. W jej wyniku ilość materiału genetycznego komórki ulega podwojeniu. Do replikacji dochodzi w fazie S interfazy, czyli okresu poprzedzającego podział komórki (por. dalej). Skopiowanie materiału genetycznego jest bowiem niezbędne, jeŜeli kaŜda z dwóch komórek potomnych ma zawierać identyczny i kompletny genom. Replikacja zachodzi wg modelu semikonserwatynego (dosłownie: pół-konserwatywnego; autorzy: Messelson i Stahl). Substratem jest macierzysta cząsteczka dwupasmowego DNA (ang. double-stranded DNA – dsDNA), a kaŜde jej pasmo słuŜy do syntezy nowego. W rezultacie powstają dwie identyczne cząsteczki DNA, z

143 - -

których kaŜda zawiera jedną nić macierzystą („starą”) oraz jedną nowo zsyntetyzowaną („nową”) – stąd nazwa modelu. Replikacja jest procesem złoŜonym, przebiegającym w trzech etapach – inicjacji (rozpoczęcia), elongacji (wydłuŜania) oraz terminacji (zakończenia). Bierze w nim udział szereg enzymów: polimerazy, helikazy, topoizomerazy, białka SSB, primaza i ligaza, z czego najwaŜniejsza jest polimeraza DNA, wykazująca liczne aktywności katalityczne. ChociaŜ replikowana jest cząsteczka dwuniciowa, to pojedyncza polimeraza DNA kopiuje jednocześnie tylko jedno pasmo, wymaga zatem do pracy DNA jednoniciowego (ang. single-stranded DNA – ssDNA). a) inicjacja

Inicjacja replikacji rozpoczyna się odnalezieniem w obrębie DNA miejsca, od którego ma się ona zacząć, określanego jako ori (od ang. origin – początek). Organizmy prokariotyczne posiadają tylko jedną, kolistą cząsteczkę DNA i w związku z tym jeden punkt początku replikacji. U bakterii E. coli jest to ori C, natomiast u bakteriofaga λ – ori λ. U ssaków natomiast istnieje wiele miejsc rozpoczęcia replikacji, zgrupowanych po ok. 100. Proces przebiega w obu kierunkach wzdłuŜ chromosomu i oba pasma replikowane są jednocześnie. W wyniku tego powstają tzw. bańki replikacyjne. Zgrupowania przyległych miejsc rozpoczynają replikację w sposób zsynchronizowany, co przemawia za obecnością mechanizmów regulacji czasowo – przestrzennej – być moŜe funkcjonalne domeny chromatyny replikują się jako pełne jednostki. Bakteryjny ori C ma długość 145 bp i zawiera kilka charakterystycznych konserwatywnych sekwencji. Po pierwsze zawiera 4 sekwencje powtarzalne o odwrotnej orientacji (←→←→), długości 9 nukleotydów i składzie: 5’-TTATNCANA-3’, gdzie N oznacza dowolny nukleotyd, po drugie – 3 sekwencje powtarzalne o jednakowej orientacji (→→→), długości 13 nukleotydów i składzie: 5’-GATCTNTTNTTTT-3’. DuŜa zawartość par A=T w tych odcinkach ułatwia rozdzielenie pasm (por. dalej). Do sekwencji typu powtarzalnego wprost (ang. direct repeats) asocjują swoiste białka wiąŜące: u E. coli 4 cząsteczki białka dna A przyłączają się do 4 sekwencji 9-nukleotydowych, zaś u faga λ 4 cząsteczki białka O łączą się z analogicznymi odpowiednimi sekwencjami w obrębie ori λ. Do białek tych dołączają się kolejne, tak iŜ powstaje kompleks DNA długości 150 – 200 bp oraz multimerów białkowych w liczbie ok. 40. Do takiego kompleksu, określanego na tym etapie jako zamknięty, dołączają się bakteryjne czynniki HU, FIS i IHC. Dla porównania: u droŜdŜy obecne są autonomiczne sekwencje replikujące (ARS), zawierające odcinki zwane elementami początku replikacji (ORE) o długości 11 bp, zlokalizowane w regionie przyległym do sekwencji bogatej w pary A=T o długości 80 bp – ten ostatni to tzw. rozplatający element DNA (DUE); do ORE przyłączają się białka analogiczne do dna A, tworząc kompleks początku replikacji (ORC). NiezaleŜnie od organizmu (wirus – fag, bakteria – E. coli, grzyb – droŜdŜe) powyŜsze zabiegi mają na celu rozdzielenie pasm podwójnej helisy DNA, bowiem tylko pojedyncza nić stanowi substrat replikacji. Następnym etapem jest rozdzielnie na krótkim odcinku struktury podwójnej helisy z wyodrębnieniem pojedynczego pasma (ssDNA). Dzięki interakcjom między samymi białkami oraz między białkami i DNA, ten ostatni owija się wokół kompleksu białkowego, aŜ komplementarne wiązania stabilizujące zaczynają pękać, począwszy od sekwencji 13-nukleotydowej. Miejscowa denaturacja DNA umoŜliwia powstanie kompleksu otwartego, oczka i widełek replikacyjnych. Do kompleksu otwartego przyłącza się helikaza DNA – u E. coli jest to białko dna B, transportowane przez białko dna C. Heksamer proteinowy (dna B)6 . (dna C)6 wprowadzony zostaje do widełek replikacyjnych, po czym ulega rozpadowi – białko dna C odchodzi, zabierając ze sobą niepotrzebne juŜ białko dna A. Aby nie doszło do przedwczesnej renaturacji DNA do formy dwupasmowej, do kaŜdej z nici przyłącza się stabilizujące ją białko wiąŜące jednopasmowy DNA (ang. single-staranded DNA binding protein – SSB). PoniewaŜ obie nici są nie tylko wzajemnie połączone, ale i skręcone w przestrzeni, zatem dsDNA musi ulec rozkręceniu – potrzebne jest do tego wykształcenie struktury obrotowych widełek, katalizowane przez topoizomerazy DNA (np. bakteryjna gyraza DNA – nazwa od łac. gyrus – zwój, zakręt). Enzymy te wprowadzają tymczasowe przerwy w jednym pasmie, umoŜliwiając obrót widełek i likwidację napręŜeń, po czym przerwy są spajane. W nacinanym miejscu tworzy się wiązanie wysokoenergetyczne między enzymem a resztą 5’-fosforanową wolnego końca DNA, dzięki czemu reakcja spajania nie wymaga nakładu energii (w przeciwieństwie do spajania DNA przez ligazy). Topoizomerazy mają równieŜ zdolność rozkręcania struktur wyŜszego rzędu kolistych cząsteczek DNA, np. skręconych wokół własnego środka (tzw. superzwinięt DNA). W medycynie stosuje się inhibitory topoizomeraz – por. punkt VIII-1-b. U E. coli zakaŜonej fagiem λ białko P faga wiąŜe białka dna B, po czym kompleks P/dna B oddziałuje z białkiem O i wiąŜe się do ori λ. Następnie 3 białka szoku cieplnego (dna K, dna J i Grp E) zabierają dna B z kompleksu P/dna B/O i aktywują je, co pozwala na rozplecenie DNA. W ten sposób w zakaŜonej komórce bakteryjnej replikacji ulega materiał genetyczny faga, a nie bakterii.

144 - -

b) elongacja Przygotowane w powyŜszy sposób oczko replikacyjne jest gotowe do elongacji, polegającej na właściwej biosyntezie pasm komplementarnych. Ze względu na fakt, Ŝe polimeraza DNA ma zdolność jedynie przyłączania nukleotydów do juŜ istniejącego pasma, a nie rozpoczynania synezy de novo, enzym primaza (u E. coli – białko dna G) syntetyzuje krótkie (10 – 200 nukleotydów) starterowe sekwencje komplementarnego RNA – primery – posiadające wolną grupę 3’. Polimeraza DNA syntetyzuje nowe siostrzane pasmo, komplementarne do macierzystego, uŜywając jako substratów trójfosforanów odpowiednich dezoksyrybotydów (dNTP). Reakcja przebiega w ten sposób, Ŝe nukleofilowa grupa 3’OH primera atakuje grupę α-fosforanową pierwszego NTP z odszczepieniem pirofosforanu (PPi). Następnie grupa 3’OH ostatnio przyłączonego monofosforanu dezoksyrybotydu (dNMP) atakuje następny dNTP, odszczepiając PPi itd. Wybór odpowiedniego dNTP, tj. tego, którego grupa αfosforanowa zostanie zaatakowana, zaleŜy od odpowiedniego parowania z siostrzanym pasmem DNA, zgodnie z zasadami komplementarności. W ten sposób stale rosnące pasmo stale ulega wydłuŜeniu. Replikacja obydwu rozdzielonych pasm zachodzi jednocześnie, choć asymetrycznie, bowiem nici są antyrównoległe (przeciwbieŜne), a polimeraza DNA katalizuje wydłuŜanie nici jedynie w kierunku 5’→3’. Wobec tego jedno z pasm (tzw. wiodące, prowadzące, liderowe) replikowane jest normalnie w sposób ciągły w kierunku 5’→3’, drugie zaś (tzw. opóźnione, wsteczne) – równieŜ w stronę 5’→3’, lecz skokowo („po kawałku”), tak Ŝe za kaŜdym razem dobudowywany jest komplementarny odcinek o długości 1 – 5 tys. nukleotydów, zwany fragmentem Okazaki. Helikaza, działając na nici opóźnionej, rozwija dsDNA w stronę 5’→3’, a towarzysząca jej primaza syntetyzuje primery na paśmie opóźnionym; taki ruchliwy kompleks primazy i helikazy nosi nazwę primosomu. Po ukończeniu syntezy fragmentu Okazaki polimeraza odłącza się, a primaza wstawia nowy primer, po czym ta sama cząsteczka polimerazy syntetyzuje kolejny fragment Okazaki itd. Synteza przebiega wówczas w kierunku tylnego końca poprzedzającego primera RNA, a nie w kierunku niezreplikowanej części cząsteczki. Określa się to połowiczną nieciągłą biosyntezą DNA. Gdy powstanie odpowiednia ilość fragmentów Okazaki, kompleks replikacyjny usuwa primery RNA, uzupełnia powstałe po nich ubytki odpowiednimi dezoksyrybotydami oraz łączy ze sobą nowo zsyntetyzowane fragmenty – to ostatnie katalizują ligazy DNA. Podczas gdy w jądrach ssaków większość primerów jest usuwana, w mitochondriach małe odcinki RNA pozostają jako integralna część zamkniętych kolistych struktur DNA. U Eucariota chromosomy nie jest koliste, lecz liniowe, w związku z czym posiada wolne końce – telomery. PoniewaŜ polimeraza funkcjonuje tylko w jednym kierunku, sekwencja związana z primerem najbliŜszym telomerowi nie ulega replikacji – jest to tzw. problem replikacji końca. W efekcie kaŜdemu podziałowi komórki towarzyszy pewne skrócenie chromosomu, co jest przyczyną starzenia się komórki i ogranicza jej Ŝywotność. Ma to swoje pozytywne aspekty, gdyŜ zmniejsza ryzyko rozwoju procesu nowotworowego, polegającego na ciągłych i niekontrolowanych podziałach komórek (proliferacji). Komórki intensywnie dzielące się (embrionalne i komórki pnia) posiadają natomiast telomerazę, enzym rybonukleoproteinowy (RNP) dobudowujący brakujące końce nici opóźnionej. Jej integralna cząsteczka RNA zawiera sekwencję bogatą w C, która funkcjonuje jako matryca dla nici wiodącej, do której dobudowywane są sekwencje telomerowe. Następnie primaza syntetyzuje primer na nici opóźnionej, polimeraza DNA odtwarza odpowiedni fragment, po czym primer jest wycinany. W efekcie powstaje nowy ubytek, jednak w obrębie telomeru, a nie obszaru strukturalnego (zawierającego geny). Aktywność telomerazy zmniejsza się wraz z wiekiem. W większości komórek somatycznych jest ona zablokowana, reaktywuje się natomiast w komórkach nowotworowych (85 – 95 % nowotworów ludzkich), które mogą cechować się nawet jej podwyŜszoną aktywnością, co ma znaczenie diagnostyczne. Zarówno w organizmach prokariotycznych, jak i eukariotycznych występuje kilka typów polimeraz, pełniących trojakiego rodzaju funkcje. Po pierwsze – wydłuŜają pasmo, czego miarą jest szybkość wstawiania komplementarnych nukleotydów [nukleotydy/s]. Po drugie – reprodukują sekwencję, co odpowiada liczbie nukleotydów dodanych do nici przed odejściem polimerazy od matrycy [Mb/cykl]. Po trzecie – identyfikują i korygują błędy (tylko u Procariota – por. dalej). U E. coli największe znaczenie i najwyŜsze parametry replikacji posiada dekameryczna (10 podjednostek, > 1 MDa) polimeraza DNA III (replikaza; białko dna E). Jej holoenzym wiąŜe się z DNA jako część wielobiałkowego kompleksu, w skład którego wchodzą róŜne czynniki pomocnicze: β, γ, δ, δ’ i τ. Dwie identyczne podjednostki otaczają matrycę, pozwalając polimerazie na stabilny ruch. Polimeraza DNA II zajmuje się głównie identyfikacją i naprawą błędów replikacji, a polimeraza DNA I uzupełnia przestrzenie między fragmentami Okazaki. W organizmach eukariotycznych polimeraza DNA α (odpowiednik I) wypełnia przerwy i syntetyzuje pasmo opóźnione, δ (odpowiednik III) – reprodukuje oraz syntetyzuje pasmo prowadzące (wiodące), zaś polimerazy β, ε i γ (odpowiadają II) identyfikują błędy (ε), naprawiają DNA (β i ε) oraz syntetyzują mitDNA (γ). W komórkach ssaków polimeraza działa ok. 10 x wolniej (wstawia kilkaset nukleotydów/s) niŜ u Procariota (kilkanaście tysięcy nukleotydów/s), co moŜe wynikać z nawinięcia DNA na histony, czyli obecności nukleosomów. Jednak obecność wielu miejsc inicjacji powoduje, Ŝe ogólna sprawność procesu jest wyŜsza u Eucariota.

145 - -

c)

terminacja

W kolistym genomie E. coli miejsce terminacji połoŜone jest naprzeciwko ori C i ma długość ok. 600 bp. Występują tam 4 sekwencje terminalne ter, do których przyłączają się białka ter A – D. JeŜeli polimerazy przesuwają się w oczku replikacyjnym zgodnie z kierunkiem ruchu wskazówek zegara, to przechodzą przez punkty A i D, a zatrzymują się w B i C, jeŜeli zaś przeciwnie do ruchu wskazówek, to odwrotnie. Dzięki temu zatrzymanie polimeraz odbywa się w odpowiednim miejscu. Rozplecione pasma schodzą się, a dwie potomne cząsteczki DNA – rozdzielają. U Eukariota następuje odtwarzanie struktury chromatyny: nowo zreplikowany DNA jest szybko organizowany w nukleosomy, a oktamery histonów rozmieszczają się na kaŜdy ramieniu widełek replikacyjnych. d) regulacja replikacji i cykl komórkowy Replikacja zachodzi w fazie S (tzw. okres syntezy) cyklu komórkowego. Znacznie wzrasta wówczas ilość polimerazy DNA oraz enzymów syntetyzujących substraty replikacji, tj. trójfosforany nukleotydów. Faza syntezy (S) oddzielona jest od fazy podziału (M) przez okresy przerw (ang. gap) – G1 i G2. Komórka nie dopuszcza do biosyntezy DNA poza okresem, kiedy przygotowuje się do podziału. Przejście komórki z jednej fazy do drugiej uwarunkowane jest obecnością odpowiednich białek, zwanych cyklinami – nazywanych tak, poniewaŜ ich poziom koreluje z fazami cyklu i podlega cyklicznym zmianom. Cykliny aktywują z kolei kolejną grupę białek – kinazy zaleŜne od cyklin (ang. cyclin-dependent kinases – CDK), które z kolei fosforulują substraty odpowiedzialne za przebieg cyklu. Główne cykliny to A, B, D1-3 i E (istnieją równieŜ F, K, H, L i T, ale mają mniejsze znaczenie); CDK oznacza się numerami 1 – 11. • Poziom cykliny D wzrasta pod koniec fazy G1, przez co komórka przekracza punkt startowy (droŜdŜe) lub restrykcyjny (ssaki), wkraczając nieodwracalnie w fazę S. Cykliny D aktywują CDK 4 i 6, występując z nimi we wspólnym kompleksie, który wykazuje aktywność kinazy Ser/Thr. Jednym z jego substratów jest białko Rb (nazwa pochodzi od pewnego nowotworu siatkówki – retinoblastoma), które wiąŜe i inaktywuje czynnik transkrypcyjny E2F, niezbędny do przejścia G1→S. Fosforylacja Rb przez CDK4/6 uwalnia czynnik E2F od Rb, umoŜliwiając progresję cyklu. • Cyklina E i CDK 2 tworzą kompleks w późnej fazie G1. Cyklina E ulega degradacji, zaś uwolniona CDK 2 wiąŜe się z cykliną A. Taka sekwencja zdarzeń jest krytyczna dla rozpoczęca syntezy DNA w fazie S. • Cyklina B i CDK 1 regulują przejście fazowe G2→M, czyli wejście komórki w fazę podziału. Wydzielanie cyklin w nieodpowiedniej ilości lub czasie moŜe zaburzać cykl komórkowy. Przykładowo onkogen bcl, związany z chłoniakiem typu B, koduje cyklinę D1. e) naprawa DNA

Źródłami uszkodzeń materiału genetycznego są błędy procesu replikacji oraz działanie czynników zewnętrznych – fizycznych i chemicznych. Warunkiem poprawności i dokładności replikacji DNA jest swoiste parowanie nukleotydów, zaleŜne od obecności preferowanych postaci tautomerycznych zasad azotowych. Faworyzowanie odpowiednich zasad zapewnione jest przez system dwukrotnego monitorowania ich parowania – pierwszy raz w trakcie włączania trifosforanów dezksyrybotydów oraz drugi raz przy ponownej kontroli (i ewentualnie naprawie). Dzięki temu pomyłki spowodowane błędnie wstawioną zasadą zdarzają się nie częściej niŜ 1 : 108–10. U organizmów prokariotycznych, jak E. coli, elementem monitorującym jest aktywność egzonukleazy 3’→5’, jaką wykazuje sama polimeraza DNA II. U ssaków funkcje te zostały przejęte przez inne systemy enzymatyczne. Mechanizmy naprawy DNA są skuteczne w przypadku uszkodzenia tylko jednego pasma dsDNA. Umowna klasyfikacja uszkodzeń DNA: • zamiana 1. zasady: depuryncja, deaminacja C→U lub A→H, alkilacja zasady, insercja lub delecja nukleotydu, inkorporacja (włączenie) analogu zasady, • zamiana 2. zasad: dimery tymidynowe (indukowane UV), wiązania poprzeczna dwufunkcyjnym czynnikiem alkilującym, • pęknięcie łańcucha: pod wpływem promieniowania jonizującego, rozpad wiązań fosfodwuestrowych pod wpływem radioaktywności, • wiązania poprzeczne: między zasadami tego samego pasma lub pasm przeciwległych, między DNA a białkami (np. histonami).

146 - -

WyróŜnia się 4 mechanizmy naprawy DNA: przez naprawę niesparowanych zasad, przez wycięcie zasady, przez wycięcie nukleotydu oraz naprawę pęknięć dwupasmowych. • Naprawa niesparowanych zasad (ang. mismatch repair – MMR) – koryguje błędy replikacji, powstałe np. w wyniku poślizgu lub zacięcia polimerazy, w postaci nadmiarowego wstawienia pojedynczej zasady lub obecności pętli z kilku (2-5) niesparowanych nukleotydów. Nowo zsyntetyzowany odcinek DNA jest przeszukiwany od kątem błędów; punkt orientacyjny stanowi zmetylowana adenina w sekwencji GATC. JeŜeli znaleziona zostanie niesparowana zasada lub mała pętla nukleotydowa, wówczas endonukleaza GATC przecina w odpowiednim miejscu pasmo zawierające mutację, następnie egzonukleaza trawi pasmo i usuwa zmutowaną sekwencję, a ostatecznie ubytek wypełniany jest komplementarymi zasadami dzięki aktywnościom polimerazy, SSB i ligazy. U E. coli do rozpoznania i przecięcia potrzeba 3 białek (Mut S, C i H), u ssaków zaś aŜ 6. Zaburzenie tego mechanizmu ma udział w patogenezie dziedzicznego niepolipowatego raka jelita grubego (HNPCC). Zaburzenia dotyczą tu genów hMSH2 (na chromosomie 6, odpowiednik bakteryjnego Mut S) oraz hMLH1 (odpowiednik Mut L); w ich wyniku powstają dysfunkcje enzymów naprawczych, co powoduje wydłuŜenie sekwencji mikrosatelitarnych, co z kolei zaburza funkcje białek krytycznych dla nadzoru cyklu komórkowego w nabłonku jelita grubego. • Naprawa przez wycięcie zasady odwraca m. in. skutki depurynacji. Wiązanie N-glikozydowe, łączące reszty cukrowe i zasad azotowych, jest wraŜliwe na działanie temperatury (termolabilne). W komórkach dochodzi więc stale do jego rozbijania i pozbawiania nukleotydów zasad purynowych, co jest jednoznaczne z utratą niesionej przez nie informacji. Depurynacja w temperaturze 37oC zachodzi w tempie 5 – 10 tys. w kaŜdej komórce w ciągu doby. Miejsca depurynacji są rozpoznawane przez swoiste N-glikozylazy, co jednocześnie stanowi sygnał dla endonukleazy apurynowej lub apirymidynowej, które usuwają resztę cukrową pozbawioną zasady. Następnie naprawcza polimeraza DNA β uzupełnia nukleotyd, a ligaza łączy go z sąsiednimi. W podobny sposób przebiega naprawa deaminacji, alkilacji lub substytucji zasad przez ich analogi. • Naprawa przez wycięcie nukleotydu uŜywana jest do usuwania i zastępowania większych (długości ok. 30 nukleotydów) regionów DNA, bierze w niej równieŜ udział większa liczba białek. Takie uszkodzenia mogą powstawać w wyniku: działania promieni UV (→ dimery cyklobutanowe między dwoma pirymidynami), dymu tytoniowego (→ addukcja beznzo[a]pirenu do guaniny), promieniowania jonizującego i leków cytostatycznych (→ modyfikacje zasad, pękanie pasm, sieciowanie DNA-DNA lub DNA-białka). W opisywanym mechanizmie hydrolizie ulegają dwa wiązania fosfodwuestrowe w uszkodzonym paśmie, co katalizuje egzonukleaza złoŜona z wielu podjednostek (u E. coli – 3, u człowieka – 17). Usunięty odcinek jest uzupełniany (u człowieka przez polimerazę δ/ε) oraz łączony przez ligazę DNA. Zaburzenie tego typu naprawy związane jest z patogenezą typów A i C choroby xeroderma pigmentosum (XP). • Naprawa pęknięć dwupasmowych, poza funkcjonowaniem jako mechanizm naprawy DNA, jest częścią fizjologicznego procesu rearanŜacji genów immunoglobulin. W niehomologicznym łączeniu złamań dwupasmowych bierze udział białko Ku, które wiąŜe się do wolnych końców DNA i wykazuje latentną aktywność helikazy zaleŜnej od ATP. Następnie aktywacji ulega zaleŜna od DNA kinaza białkowa (DNA-PK), która wiąŜe wolne końce i zbliŜa je do siebie. W powstałym kompleksie kinaza ulega aktywacji, fosforylując białko Ku i inną cząsteczkę DNA-PK, połoŜoną na przeciwległym paśmie w pozycji trans. Kinaza dysocjuje wówczas z kompleksu, a aktywacji ulega helikaza białka Ku, która rozplata oba końce. Rozpleciona i zbliŜone końce ulegają parowaniu, a dodatkowe ogony nukleotydowe – usunięciu przez egzonukleazę. Przerwy między nukleotydami są ostatecznie scalane przez ligazę DNA. • Zaburzenia mechanizmów naprawy są ponadto przyczyną chorób: ataxia teleangiectasia (AT), cechującą się zwiększoną wraŜliwością na promieniowanie X oraz anemia Fanconiego, gdzie defekt dotyczy naprawy uszkodzeń wywołanych wiązaniami poprzecznymi w DNA. 3. Synteza RNA (transkrypcja) i jego modyfikacje

Transkrypcja (dosłownie: przepisywanie) jest procesem, w którym informacja zawarta w DNA przenoszona jest na RNA (najczęściej mRNA). Innymi słowy na podstawie budowy DNA, a dokładniej sekwencji nukleotydów w jego paśmie matrycowym, syntetyzowana jest nowo cząsteczka RNA. Ta ostatnia jest więc komplementarna do pasma matrycowego swojego genu, a dokładnie identyczna z jego pasmem kodującym (oczywiście T zamienione są na U). W dwupasmowym DNA pasmo matrycowe jednego genu nie musi być tym samym dla drugiego w helisie DNA – kaŜde z dwóch pasm dsDNA pełni rolę pasma matrycowego dla jednych, a kodującego dla drugich genów. Transkrypcja jest procesem polarnym: informacja z pasma matrycowego czytana jest w kierunku 3’→5’, zaś nowo powstająca cząsteczka RNA syntetyzowana jest w kierunku 5’→3’; ma to istotne konsekwencja m. in. w sprzęŜeniu transkrypcji z translacją u Procariota (por. dalej).

147 - -

Istnieją pewne podobieństwa pomiędzy replikacją a transkrypcją. Oba procesy podzielone są na 3 etapy (inicjacja, elongacja, terminacja), w obu biorą udział duŜe białkowe kompleksy inicjacyjne, w obu wreszcie kolejne nukleotydy nowo syntetyzowanego kwasu nukleinowego wstawiane są na zasadzie komplementarności z nukleotydami juŜ istniejącej nici. Jednak, w przeciwieństwie do replikacji, w transkrypcji substratem są trifosforany rybotydów (NTP), zamiast T wstawiany jest U, nie występują primery, a produkt nie jest sprawdzany pod kątem poprawności wstawionych zasad. Ponadto w procesie replikacji kopiowany jest cały komórkowy DNA, transkrypcji natomiast podlega tylko pewna niewielka jego część. Fragment DNA podlegający transkrypcji to tzw. jednostka transkrypcyjna. Jest ona poprzedzona przez obszar zwany promotorem, za nią zaś obecny jest terminator. Promotor i terminator wyznaczają miejsca początku (inicjacji) i końca (terminacji) transkrypcji, czyli wyznaczają granice jednostki transkrypcyjnej. Pierwszy nukleotyd jednostki transkrypcyjnej oznaczany jest +1 (jest to puryna – G lub rzadziej A), a dalsze – kolejnymi liczbami naturalnymi; nukleotydy promotora oznaczane są kolejnymi liczbami ujemnymi (w kierunku 3’→5’). a) transkrypcja u Procariota

Inicjacja transkrypcji polega na odnalezieniu przez polimerazę RNA (RNAP) promotora genu na paśmie matrycowym i związaniu się z nim. Niezwykle waŜny jest wybór odpowiedniego promotora – genom E. coli (4 Mbp) zawiera ich bowiem ok. 2 tys., zaś ludzki (3 Gbp) – ok. 100 tys. RNAP przeszukuje więc genom z prędkością ok. 1 kbp/s w poszukiwaniu miejsca, do którego wykazuje wysokie powinowactwo. • budowa promotora

Promotory bakteryjne mają długość ok. 40 bp (4 zwoje podwójnej helisy), tak iŜ mogą być w danym momencie całkowicie pokryte przez pojedynczą cząsteczkę RNAP (kompleks RNAP pokrywa 30 – 75 bp zaleŜnie od konformacji). Promotor zawiera 2 konserwatywne sekwencje: w pozycji -35 bp znajduje się 8nukleotydowa sekwencja 5’-TGTTGACA-3’, z którą wiąŜe się RNAP, tworząc kompleks zamknięty, zaś w pozycji -10 bp występuje 6-nukleotydowa sekwencja 5’-TATAAT-3’ (tzw. ramka TATA – ang. TATA box; inaczej ramka Pribnowa). Ta ostatnia, ze względu na zawartość samych wiązań podwójnych, łatwo ulega denaturacji, pozwalając na dysocjację pasma kodującego i matrycowego i jego odczyt tego przez RNAP (kompleks otwarty). Inne bakterie posiadają inaczej zbudowane promotory, ale zazwyczaj zawierają one równieŜ 2 charakterystyczne sekwencje (ramki). • budowa polimerazy RNA

U E. coli DNA-zaleŜna polimeraza RNA (RNAP) składa się z tetramerycznego rdzenia, do którego odwracalnie przyłącza się podjednostka σ; razem tworzą one holoenzym. Rdzeń polimerazy składa się z 2 podjednostek identycznych (α; 36,5 kDa; funkcja: montaŜ rdzenia) oraz z 2 podobnych, choć nieidentycznych: β (151 kDa; wiąŜe rybotydy) i β’ (155 kDa; wiąŜe DNA); zawiera równieŜ 2 atomy cynku. Czynnik białkowy σ odpowiada za rozpoznanie promotora i związanie z nim rdzenia RNAP, po czym przestaje być potrzebny i odłącza się od rdzenia, mogąc przyłączyć się do innego. Dzięki temu transkrypcja moŜe zachodzić z taką samą szybkością nawet gdy czynników σ jest mniej niŜ rdzeni. Czynniki σ działają ponadto jako białka regulatorowe transkrypcji – pojawiają się w komórce w odpowiedzi na szkodliwe czynniki zewnętrzne (np. bakteriofagi, wstrząs cieplny; sporulacja), przyłączają się do odpowiednich rdzeni i modyfikują swoistość rozpoznawania promotorów przez RNAP, przez co stymulują ekspresję określonych genów i w konsekwencji uruchamiają mechanizmy obronne. RóŜne bakterie posiadają róŜne swoiste gatunkowo czynniki σ, np. u E. coli jest to σ70. • inicjacja

Podjednostka σ rozpoznaje w promotorze sekwencję -35 bp, co umoŜliwia związanie z nim RNAP i utworzenie kompleksu zamkniętego; czynnik σ ulega wówczas odłączeniu. Gdy polimeraza rozpoznaje sekwencję -10 bp, zmienia swoją konformację i zaczyna przesuwać się po nici. Dostęp do nukleotydów pasma matrycowego wymaga rozdzielenia pasm i rozkręcenia podwójnej helisy. Topnienie DNA następuje na stałym odcinku ok. 17 bp na cząsteczkę polimerazy i nie zaleŜy od sekwencji DNA, co sugeruje, Ŝe RNAP wykazuje aktywność rozwijającą. Zaraz za polimerazą postępuje topoizomeraza, zapobiegająca tworzeniu kompleksów helisy wyŜszego stopnia. Udostępnienie pasma pozwala na utworzenie kompleksu otwartego i bąbla transkrypcyjnego. Etap ten jest krytyczny dla powodzenia całego procesu – albo dochodzi do inicjacji poronnej (zsyntetyzowanych jest tylko kilka nukleotydów, które odrywają się od kompleksu) albo RNAP osiąga punkt +1 i niemal z pewnością ukończy transkrypcję genu.

148 - -

elongacja

Elongacja transkrypcji jest bardzo podobna do elongacji replikacji. Gdy RNAP dojdzie do miejsca +1, wstawia pierwszy (5’-końcowy) rybotyd, przy czym substratem jest jego trójfosforan (NTP), wiąŜący się do podjednostki β. W wyniku odłączenia pirofosforanu (PPi) pozostaje NMP. Następnie RNAP przemieszcza się (ulega translokacji) do kolejnej zasady na matrycy, wiąŜe i wstawia kolejny rybotyd, który tworzy z poprzednim wiązanie 3’,5’-fosfodwuestrowe, czemu towarzyszu uwolnienie PPi. Cykl ten powtarza się wielokrotnie, zaleŜnie od długości jednostki transkrypcyjnej. Elongacja biegnie antyrównolegle – pasmo matrycowe czytane jest w kierunku 3’→5’, a nowe RNA wydłuŜa się w stronę 5’→3’. Nowo syntetyzowany RNA związany jest z podjednostką β RNAP. W tym samym czasie jedno pasmo matrycowe genu moŜe być przepisywane przez więcej niŜ jedną cząsteczkę RNAP, jednak jest to proces tak zsynchonizowany, Ŝe w danej chwili przepisywaniu ulegają odmienne sekwencje DNA. Bakteryjny RNA jest policistronowy, gdyŜ kilka pobliskich genów moŜe znajdować się pod kontrolą wspólnego promotora i ulegać jednoczesnej transkrypcji. U Eucariota natomiast kaŜdy gen posiada własny promotor i ulega niezaleŜnej ekspresji, stąd RNA jest monocistronowy. • terminacja

Terminacja transkrypcji moŜe być dwojakiego rodzaju: tzw. ρ-zaleŜna lub ρ-niezaleŜna. Terminacja ρ-zaleŜna wyznaczona jest przez odpowiednią sekwencję na paśmie matrycowym, którą rozpoznaje i z którą wiąŜe się heksameryczne (3 dimery) białko terminacji – czynnik ρ. Wykazuje on aktywność RNA-DNA helikazy zaleŜnej od ATP, dzięki czemu rozrywa kompleks DNA i RNA. Rdzeń polimerazy odłącza się od DNA, czekając na pojawienie się kolejnego czynnika σ, aby znów rozpoznać promotor i zainicjować transkrypcję. Terminacja ρ-niezaleŜna, zwana równieŜ spontaniczną, wyznaczana jest przez sekwencję terminatora. Ma on długość ok. 40 bp i zawiera sekwencję palindromową (przerwana odwrócona sekwencja powtórzona – orientacja: →...←), po której występuje wiele reszt A. Gdy polimeraza przejdzie przez sekwencję palindromową, powstały odcinek RNA wykazuje komplementarność z samym sobą, dochodzi więc do parowania zasad, w wyniku czego powstaje struktura II-rz. o kształcie szpilki lub spinki do włosów (są to synonimy). Struktura ta oddziałuje z kompleksem transkrypcyjnym, tak Ŝe RNAP zatrzymuje się i odłącza. Za sekwencją palindromową reszty A matrycy ulegają przepisaniu na U w RNA – dzięki temu kompleks DNARNA jest za strukturą szpilki utrzymywany przez słabe pary A=U, łatwo więc ulega destabilizacji i transkrypt odłącza się od matrycy. W czasie terminacji ρ-niezaleŜnej struktura szpilki pojawia się zawsze, natomiast w czasie ρ-zaleŜnej zazwyczaj nie, choć moŜe wystąpić dodatkowo. b) róŜnice w transkrypcji u Eucariota • promotory eukarotyczne

Generalnie promotory eukariotyczne są bardziej złoŜone. Przed jednostką transkrypcyjną występują 2 lub 3 typy sekwencji sygnalnych – jedna określa miejsce przyłączenia polimerazy, druga – podstawową częstość transkrypcji, zaś trzecia determinuje dodatkową częstość transkrypcji, stanowiącą główny mechanizm regulacyjny. Większość genów ssaków zawiera mniej więcej w pozycji -15 bp sekwencję TATA (gł. TATAAT, choć układ A i T moŜe się róŜnić) – jest to tzw. ramka Haggesa. Przyłącza się do niej odpowiednie białko wiąŜące (ang. TATA binding protein – TBP), do którego z kolei przyłączają się białkowe czynniki asocjujące (ang. TBP associated facors – TAF). Powstanie kompleksu TBP i TAF (dawniej określanego jako TFIID – por. dalej) jest pierwszym etapem tworzenia kompleksu transkrypcyjnego na promotorze. Pewne geny nie posiadają sekwencji TATA – wówczas polimeraza kieruje się sekwencją inicjacyjną (Inr), obejmującą punkt startu (-3 – +5) i o budowie: Py2A*NT/APy2, gdzie A* to nukleoyd +1, a Py – pirymidyna. Promotory mogą zawierać zarówno sekwencję TATA, jak i Inr – są wówczas silniejsze od zawierających tylko jedną z nich. Sekwencje połoŜone jeszcze wcześniej przed promotorem (ok. -80 bp) określają podstawową częstość transkrypcji danego genu. Są to tzw. kasety GC oraz CAAT, wiąŜące odpowiednio białka: Sp1 oraz CTF, C/EBP, NF1, NFY i inne. Są to elementy cis mogące funkcjonować w połoŜeniu o odwróconej polarności (→ lub ←), choć lepszy efekt wywierają gdy są zorientowane zgodnym z genem (→). Istnieje równieŜ 3. klasa sekwencji sygnalnych, regulujących inicjację transkrypcji genów eukariotycznych – są to tzw. wzmacniacze (ang. enhancers) lub wyciszacze (silencers). Mogą one występować po obu stronach punktu +1, funkcjonują niezaleŜnie od polarności i nawet będąc w duŜej (rzędu setek – tysięcy bp) odległości od jednostek transkrypcyjnych. Mogą wiązać jedno lub więcej białek, które z kolei mogą się wiązać z jednym lub większą liczbą takich elementów. Elementy

149 - -

odpowiedzi hormonalnej (HRE; patrz punkt VII-1-a) działają albo jako takie właśnie sekwencje albo są z nimi sprzęŜone. Inne czynniki wpływające na ekspresję genów (wstrząs cieplny, metale – Zn, Cd, dioksyny) działają przez swoiste elementy regulatorowe. Podobnie swoista tkankowo ekspresja genów zachodzi przez swoiste sekwencja DNA. • polimerazy eukariotyczne

W przeciwieństwie do Procariota, komórki ssaków zawierają kilka DNA-zaleŜnych polimeraz RNA: I (A), II (B) i III (C). Wszystkie mają podobną masę (500 – 600 kDa) i zbudowane są podobnie jak bakteryjna RNAP (2 duŜe podjednostki + kilka mniejszych). RóŜnią się natomiast rodzajem przepisywanych genów oraz wraŜliwością na α-amanitynę. Polimeraza I, II i III przepisuje odpowiednio geny klasy I (rRNA), II (mRNA lub hnRNA) i III (tRNA i 5S rRNA). α-amanityna jest toksyną grzyba Amanita phalloides, działającą jako swoisty inhibitor eurakriotycznej nukleoplazmatycznej DNA-zaleŜnej polimerazy RNA II, blokującym jej translokację. Polimeraza I jest niewraŜliwa na α-amanitynę, II – bardzo wraŜliwa (wraŜliwa na małe stęŜenia), a III – słabo wraŜliwa (wraŜliwa na duŜe stęŜenia). • kompleks transkrypcyjny; regulacja transkrypcji

U Eucariota kompleks transkrypcyjny złoŜony jest z ok. 50 białek. Polimerazy nie rozpoznają same promotorów, lecz są nań nakierowywane przez inne białka. Dla genów klasy II funkcje prokariotycznego czynnika σ przejmują inne białka, tak iŜ podstawowa transkrypcja, oprócz polimerazy RNA II, wymaga obecności czynników A, B, D, E, F, H i J. Określa się je symbolami TFIIX – czynnik transkrypcyjny (ang. transcription factor) X dla genu klasy II, gdzie X to jedna z powyŜszych liter. Spośród nich jedynie TFIID (czyli TBP i 8 – 10 TAF, por. wyŜej) ma zdolność wiązania się ze swoistymi sekwencjami DNA – tu z sekwencją TATA. TBP wiąŜe się z TATA w rowku mniejszym DNA (inaczej niŜ większość czynników transkrypcyjnych – por. punkt VIII-1-j) powodując zgięcie lub złamanie helisy o kat 100o, co ułatwia integrację TAF i innych składników kompleksu inicjacyjnego, a prawdopodobnie równieŜ czynników wiąŜących się z sekwencjami cis. TBP jest takŜe składnikiem kompleksów inicjacyjnych transkrypcji genów klas I i III, choć ich promotory nie zawierają sekwencji TATA – nie wiadomo zatem gdzie dokładnie przyłącza się TBP. Związanie TBP z promotorem genu oznacza go jako gotowy do transkrypcji – jest to jedyny etap całkowicie zaleŜny od interakcji typu białko-DNA. Następnie do kompleksu TBP-promotor dołącza się TFIIB – powstały trójskładnikowy kompleks dokładniej umieszcza się na promotorze i wiąŜe do niego kompleks polimerazy II i TFIIF (podobny do σ – niezbędny do połączenia polimerazy z promotorem). Dołączenie TFIIA stabilizuje kompleks TBP z promotorem oraz umoŜliwia mu odpowiedź na aktywatory. Dodanie do kompleksu polimeraza II – TFIIF czynników TFIIE i H finalizuje formowanie kompleksu preinicjacyjnego (ang. preinitiation complex – PIC). KaŜde z opisanych zdarzeń powiększa rozmiar kompleksu, który ostatecznie pokrywa obszar ok. 60 bp (30 bp po kaŜdej stronie punktu +1) i jest gotowy do rozpoczęcia podstawowej transkrypcji. W genach zawierających zamiast sekwencji TATA sekwencję Inr niezbędne są te same składniki. Eukariotyczna polimeraza RNA II składa się z 14 podjednostek, z czego 2 największe (ok. 200 kDa) są homologiczne do bakteryjnych β i β’. Na C-końcu największej podjednostki obecne są 7-aa powtórzenia (TyrSer-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser) – tzw. powtarzająca domena końca karboksylowego (ang. carboxyl termical repeat domain – CTD), u ssaków w licznie 52. CTD stanowią substrat dla wielu kinaz, w tym THIIF oraz miejsca wiązania białek mediatorowych Srb (supresory polimerazy RNA B), ponadto biorą udział w obróbce RNA i poliadenylacji 3’-końca. TFIIE zwiększa aktywność kinazową TFIIH. Fosforylacja reszt Ser i Thr w obrębie CDT aktywuje polimerazę II; polimeraza nie moŜe funkcjonować bez sprawnych CDT. TFIID (nie sam TBP) podtrzymuje zarówno transkrypcję podstawową (jak TBP), jak i nasiloną działaniem innych czynników – aktywatorów. Te ostatnie przyłączają się do odpowiednich sekwencji: CAAT (C/EBP, NF-Y), GC (Sp1, MyoD, NF1), oktamer Ig (Oct-1, 2, 4, 6), AP1 (Jun, Fos, ATF), SRF (← surowica), HSF (← szok cieplny). TAF są niezbędne w tym drugim przypadku, tj. do aktywności aktywatorów, dlatego określa się je jako koaktywatory. Istnieją więc 3 klasy czynników transkrypcyjnych, biorących udział w regulacji genów klasy II: podstawowe (TBP i czynniki TFIIX), koaktywatory (TAF) oraz powyŜsze aktywatory. Kolejność organizacji PIC wyjaśniają 2 modele: stopniowego montowania PIC (składniki kompleksu przyłączają się kolejno, a aktywatory stymulują formowanie lub funkcje PIC) oraz hipoteza rekrutacji (koaktywatory i aktywatory doprowadzają wcześniej preformowany PIC do promotora). Hormony i inne cząsteczki sygnałowe modulują ekspresję genów przez wpływ na gromadzenie i aktywność aktywatorów i koaktywatorów oraz następowe formowanie się PIC na promotorze danego genu. • Terminacja transkrypcji u Eucariota jest słabo poznana, jednak przypuszczalnie sygnały terminacji znajdują się z znacznej odległości za (np. 1 – 2 kbp w stronę 3’) jednostkami transkrypcyjnymi.

150 - -

c)

geny podzielone; snRNA; składanie mRNA

U Procariota pierwotne transkrypty genów klasy II stanowią gotowe matryce do translacji, nawet jeszcze przed ukończeniem transkrypcji. Transkrypcja i translacja są ze sobą sprzęŜone, co jest związane m. in. z brakiem jądra komórkowego. Prokariotyczne mRNA nie ulega więc praktycznie Ŝadnym modyfikacjom od chwili powstania do chwili podjęcia funkcji matrycy dla syntezy białek. rRNA i tRNA są przepisywane w formach dłuŜszych niŜ ostateczna, a liczne jednostki transkrypcji tRNA zawierają więcej niŜ jedną cząsteczkę – wymagają one więc przekształcenia do form dojrzałych. U Eucariota natomiast transkrypcja i translacja są rozdzielone przestrzennie (jądro / cytoplazma) i w konsekwencji czasowo. Pomiędzy czasem syntezy a rozpoczęcia pełnienia funkcji wszystkie typy eukariotycznego RNA przechodzą szereg przekształceń (ang. processing). Jest to konsekwencją występowania większości genów eukariotycznych w formie genów podzielonych – oznacza to, Ŝe sekwencje kodujące aa w produktach białkowych (tzw. eksony) są w nich porozdzielane długimi sekwencjami niekodującymi (tzw. intronami – sekwencjami wtrąconymi), tj. niosącymi informacje odrzucane w procesie obróbki RNA. Introny mogą być nawet dłuŜsze od eksonów; ciągłość pojedynczego gen jest zazwyczaj przerwana przez co najmniej 1 intron, a czasami moŜe ich być nawet 50. Dokładna znaczenie intronów nie jest poznane, jednak przypuszczalnie ich obecność przyspiesza reanarŜacje genetyczne przez rekombinację, co przekłada się na przyspieszenie ewolucji funkcji biologicznych. Eukariotyczne transkrypty pierwotne mają postać hnRNA, zawierającego odcinki komplementarne do intronów, natomiast transkrypty ostateczne (mRNA), bezpośrednio podlegające translacji, są ich pozbawione. Produkty transkrypcji ulegają więc jeszcze przed opuszczeniem jądra komórkowego obróbce nukleolitycznej, określanej jako składanie (ang. splicing) RNA, a polegającej na usunięciu intronów i spojeniu eksonów. W wyniku składania duŜa część (½ – ¾) syntetyzowanego w jądrze RNA nie opuszcza tego organellum i nie dostaje się do cytoplazmy, lecz ulega wycięciu i strawieniu. Ogólnie istnieją 4 mechanizmy reakcji składania RNA, ale u Eucariota występuje głównie jeden. Sekwencje intronów, choć generalnie bardzo heterogenne, zawierają konserwatywne sekwencje w miejscach spojenia z eksonami oraz w miejscach rozgałęzienia, zlokalizowanego 20 – 30 nukleotydów od miejsca spojenia 3’ (granicy intron / ekson). W procesie składania RNA bierze udział małocząsteczkowe jądrowe RNA (snRNA). Ta klasa RNA występuje głównie w połączeniach z białkami jako kompleksy rybonukleoproteinowe (RNP), zlokalizowane zarówno w jądrze, jak i w cytoplazmie. Jego funkcją jest wspomaganie przekształceń mRNA oraz regulacja ekspresji genów. snRNA U1-2 i 4-6 biorą udział w procesie składania RNA, U4 i 6 – dodatkowo w obróbce ogona poli(A), a U7 – w tworzeniu prawidłowego końca 3’ histonowego mRNA (brak ogona poliadenylowego). Składanie RNA zachodzi w strukturze zwanej spliceosomem. Składa się ona z pierwotnego transkryptu, 5 rodzajów snRNA (U1, 2, 5, 4/6) oraz ponad 50 białek – całość tworzy kompleks zwany małym kompleksem nukleoproteinowym (snRNP, snURP), który ustawia hnRNA w taki sposób, aby mogło zajść spajanie eksonów. Cząsteczki snRNA i białek pomagają w tworzeniu półproduktów i pełnią funkcje katalityczne (rybozymy). Wpierw U1 wiąŜe się z 5’-końcem granicy ekson / intron (dawca, strona lewa) i nacina to miejsce. Następnie U2 wiąŜe się do miejsca rozgałęzienia, zlokalizowanego nieco przed końcem 3’ tego intronu i zawierającego sekwencję: PyNPyPyPuAPy (Py to pirymidyny, a Pu – puryny), eksponując występującą w tej sekwencji nukleofilową resztę A. Jest ona zwykle połoŜona 28 – 37 nukleotydów w górę od 3’ końca danego intronu. Dalej przyłącza się kompleks U5/4/6, po czym następuje zaleŜne od ATP rozplecenie i dysocjacja U4/6 – U4 uwalnia się, a U6 wchodzi w interakcję z U2 i U1, zbliŜając je do siebie. Reaktywna reszta adenylylowa, zbliŜając się do 5’-końca, przeprowadza nań nukleofilowy atak, w wyniku czego tworzy się pętla (struktura lassa), zawierająca wyjątkowe wiązanie 5’,2’-fosfodwuestrowe; reakcję tą wzmacnia U5. Następnie dochodzi do drugiego nacięcia, tym razem na 3’-końcu granicy intron / ekson (biorca lub strona prawa). W tej drugiej reakcji transestryfikacji grupa 3’OH poprzedniego eksonu atakuje resztę 5’{P} na granicy ekson / intron. Struktura lassa zostaje wówczas odrzucona i ulega rozkładowi. Wolne końce najbliŜszych eksonów utrzymywane są przez kompleks U2/6, a ostatecznie ulegają ligacji (spojeniu), dając ciągłe pasmo. W genach zawierających liczne introny powyŜszy ciąg reakcji ulega powtórzeniu, przy czym introny nie muszą być wycinane kolejno w kierunku 5’→3’. W procesie składania pierwotnego transkryptu genu podzielonego mogą powstawać róŜne cząsteczki mRNA. Zjawisko o określa się jak alternatywne składanie (alternatywny splicing) i jest związane ze swoistością tkankową i rozwojową ekspresji genów. ZłoŜoność procesu składania sprzyja zaburzeniom hierarchicznego porządku relacji ekson – intron i powstawaniu róŜnych form mRNA z tego samego transkryptu. Dochodzą do tego alternatywne punkty donorowe (5’) i akceptorowe (3’), moŜliwości selektywnego wyboru eksonów, miejsca terminacji, przecinania i poliadenylacji, powiększające heterogenność mRNA. Tkankowo-swoista regulacja ekspresji genów moŜe być osiągnięta przez sekwencje kontrolne w promotorach albo przez uŜyciu alternatywnych promotorów. Przykładowo geny glukokinazy (GK) w wątrobie i w komórkach β trzustki róŜnią się składem produktów i lokalizacją promotorów: promotor genu GK komórek β i

151 - -

ekson 1B są połoŜone ok. 30 kbp w górę (przed) od promotora wątrobowego i eksonu 1L. KaŜdy z promotorów ma odmienną strukturę i podlega odmiennej regulacji. Pozostałe eksony (2 – 10) w obu genach są identyczne. Zaburzenia składania RNA są przyczyną co najmniej jednej postaci β-talasemii – choroby, w której gen β-globiny jest silnie wytłumiony i podlega zbyt małej ekspresji. d) modyfikacje potranskrypcyjne mRNA; redagowanie RNA Wiele typów RNA ulega modyfikacjom potranskrypcyjnym. W przypadku mRNA jest to dodawanie czapeczki metylacyjnej na koniec 5’ i ogona poli(A) na 3’ oraz wtórne metylacje zasad. Na 5’-końcu nowo syntetyzowanego mRNA obowiązkowo tworzona jest czapeczka (ang. cap) metylacyjna w postaci 7-metylo-GTP połączonego przez 3 reszty {P} ze zmetylowanym nukleotydem purynowym. Proces ten zachodzi w obrębie jądra przed transportem do cytozolu. Czapeczka pełni potrójną funkcję: chroni przed atakiem 5’-egzonukleaz, umoŜliwia wytworzenie kompleksu RNP w procesie składania hnRNA oraz bierze udział w rozpoznawaniu transkryptu przez układ translacji (por. punkt VIII-4-d i e). Być moŜe ma równieŜ udział w transporcie RNA. Dodawanie ogona poliadenylowego do 3’-końca jest fakultatywne (nieobowiązkowe) i moŜe zachodzić albo w jądrze albo w cytoplazmie. Gdy polimeraza RNA II przekroczy region kodujący koniec 3’, endonukleaza RNA przecina pierwotny transkrypt w miejscu ok. 15-20 nukleotydów w kierunku 3’ od sekwencji AAUAAA, która wydaje się być sygnałem dla przecięcia transkryptów eukariotycznych. Następnie na tak powstały 3’koniec działa polimeraza poli(A), dodając krótki ogon, który następnie moŜe być wydłuŜany do nawet 200 – 250 reszt A. Funkcja ogona obejmuje m. in. ochronę przed atakiem 3’-egzonukleaz, co nie ma wpływu na transport do cytoplazmy. W cytoplazmie długość ogona moŜe być skracana lub wydłuŜana, co nie ma jednak wpływu na stabilność mRNA. Wtórne metylacje zasad, głównie grupy 2’-OH lub atomu azotu N6 adeniny, zachodzą w cytoplazmie. Informacja niesiona przez DNA moŜe być zmieniona na poziomie mRNA w procesie jego korekty – tzw. redagowania (ang. editing) – wówczas kodująca sekwencja mRNA róŜni się od odpowiadającej sekwencji DNA. Przykładem jest synteza apoB – w wątrobie gen podlega transkrypcji i translacji do białka apoB100 (nazwa z powodu masy ok. 100 kDa), natomiast w jelicie deaminaza C katalizuje konwersję C→U, co zmienia kodon CAA (Glu) na UAA (sygnał terminacji translacji – stop). W wyniku tego powstaje o wiele krótsze białko apoB48 (48 kDa). Podobnie zachodzi zamiana Gln → Arg w receptorze Glu. e) transkrypcja genów tRNA i rRNA

DNA-zaleŜna polimeraza RNA III przepisuje geny klasy III, tj. tRNA i 5S rRNA. Rozpoznaje ona promotor wewnątrz genu podlegającego transkrypcji, a nie przed nim. U Eucariota obecne są 2 oddzielne wewnętrzne bloki sekwencji (A i B), funkcjonujące jako promotor wewnątrzgenowy. Sekwencje te w dojrzałej cząsteczce tRNA znajdują się w obszarach konserwatywnych – pętli DHU i TψC. Punkt startu transkrypcji znajduje się 10 – 16 bp przed blokiem A, zaś optymalna dla funkcji promotora odległość A-B wynosi 30 – 40 bp. Dla genu 5S rRNA istnieje swoisty białkowy czynnik transkrypcyjny, umoŜliwiający dopasowanie miejsca katalitycznego polimerazy III do miejsca startu transkrypcji na DNA. Zarówno u Procariota jak i Eucariota cząsteczki tRNA transkrybowane są jako duŜe cząsteczki prekursorowe, które następnie poddawane są obróbce nukleolitycznej. Ponadto tRNA musi być precyzyjnie złoŜone z powodu obecności pojedynczego intronu w pobliŜu fragmentu docelowo tworzącego ramię antykodonowe. Nukleazy przekształcające prekursory tRNA kierują się prawdopodobnie jego strukturą III-rz., a nie I-rz., dlatego przekształcane są jedynie cząsteczki zdolne do odpowiedniego sfałdowania. Modyfikacje potranskrypcyjne tRNA obejmują modyfikacje (alkilację) nukleotydów oraz dołączenie końcówki CCA do 3’-końca przez transferazę nukleotydylową. Rybosomalny RNA (rRNA) stanowi niebiałkowy składnik rybosomów, odpowiedzialny za formowanie ich struktury, wiązanie mRNA oraz udział w translacji. Znane są 4 rodzaje rRNA: 5S, 5,8S, 18S oraz 28S, z czego wszystkie poza 5S powstają w wyniku obróbki pojedynczej duŜej cząsteczki prekursorowej 45 S. Geny rRNA zlokalizowane są w jąderku, w liczbie setek kopii w kaŜdym z nich – tak duŜa liczba jest niezbędna do syntezy RNA dla ok. 10 mln rybosomów, potrzebnych do pojedynczego podziału komórkowego. O ile bowiem na pojedynczej cząsteczce mRNA moŜe postać 100 tys. cząsteczek kodowanego białka, to rRNA jest produktem końcowym. Pierwotny transkrypt 45S jest silnie zmetylowany – zawiera 65 grup metylowych na rybozach oraz 5 na zasadach (dla prekursora 28S); metylacji ulegają tylko te jego fragmenty, które mogą stać się stabilnym rRNA. Następnie, wciąŜ w obrębie jąderka, ulega on hydrolizie (nukleolizie) w serii reakcji katalizowanych przez endoi egzonukleazy, w wyniku czego degradowana jest niemal połowa transkryptu. Rybonukleazy specyficzne dla rRNA odcinają z 5’-końca prekursora 45S fragment, dając prekursor 32S; następnie w jego obrębie rozcinany

152 - -

jest odcinek łączący materiał dla 18S oraz 5,8S, po czym eliminowane są jego pozostałości. Ostatecznie rozdzielane są sekwencje 5,8S oraz 28S. W czasie przekształcania rRNA zachodzi dalsza metylacja, 28S oraz 5,8S łączą się na terenie jąderka z białkami rybosomalnymi, tworząc duŜą (60S) podjednostkę rybosomalną, zaś 18S, po połączeniu z białkami, wchodzą w skład podjednostki małej (40S). Rybosom ssaków (4,3 MDa, 80S) składa się z dwóch podjednostek. Większa z nich (2,8 MDa, 60S) zawiera cząsteczki rRNA: 5 S, 5,8 S i 28 S, a takŜe ok. 50 łańcuchów polipeptydowych, zaś mniejsza (1,4 MDa, 40S) – rRNA 18 S i ok. 30 łańcuchów białkowych. Rybosom bakteryjny jest mniejszy od eukariotycznego (70S), ale równieŜ składa się z podjednostki mniejszej (30S) i większej (50S). RóŜni się równieŜ pod względem regulacji (por. punkt VIII-4-e ). 4. Translacja – biosynteza białek

Translacja jest procesem syntezy białka w oparciu o informacje zawarte w mRNA. Podczas translacji sekwencja nukleotydów w mRNA tłumaczona jest na sekwencję aa w syntetyzowanym białku; sposób w jaki odbywa się to tłumaczenie określa się kodem genetycznym. PoniewaŜ w procesie tym matryca i aa nie mają ze sobą bezpośredniego kontaktu, musi istnieć cząsteczka pośrednicząca, kontaktująca się z jednej strony z nukleotydami, a z drugiej z aa – cząsteczką tą jest tRNA. a) kod genetyczny

mRNA zawiera 4 rodzaje nukleotydów (A, U, G, C). Za pomocą pojedynczego nukleotydu moŜna więc zakodować informację o 4 cząsteczkach, za pomocą dwu (dublet) – o 42 = 16, trzech (tryplet) – 43 = 64 itd. PoniewaŜ kodowanych jest 20 aa białkowych, toteŜ informacja o kaŜdym z nich musi być zapisana przez 3 nukleotydy. Tryplet nukleotydowy kodujący pojedynczy aa określa się jako kodon. System przełoŜenia kodonu na aa określany jest kodem genetycznym; posiada on kilka istotnych cech: • jednoznaczność, determinacja – oznacza, Ŝe dany kodon koduje tylko jeden określony aa; cecha ta jest konsekwencją przyłączania pojedynczej cząsteczki aa do tRNA (por. dalej) • nadmiarowość, degradacja, niejednoznaczność – oznacza, Ŝe powyŜsza reguła jednoznaczności nie działa w drugą stronę, tzn. róŜne kodony mogą kodować ten sam aa, np. Ser jest kodowana przez aŜ 6 róŜnych kodonów; główną przyczyną degradacji kodu jest niewielkie znaczenie ostatniego (3.) nukleotydu w determinacji kodowanego aa (por. dalej) • brak nakładania się – skrajne nukleotydy sąsiadujących kodonów stykają się ze sobą, lecz nigdy nie pokrywają; innymi słowy ostatni nukleotyd kodonu poprzedniego nie moŜe być jednocześnie pierwszym nukleotydem kodonu następnego; zasada ta jest złamana jedynie u pewnych wirusów • bezprzecinkowość – pomiędzy kodonami nie występują przerwy, inaczej mówiąc: kaŜdy nukleotyd wchodzi w skład jakiegoś kodonu, nie wystepują fragmenty niekodujące • trójkowość – poniewaŜ jeden aa kodowany jest przez 3 nukleotydy • kolinearność – kodujące nukleotydy są ułoŜone liniowo, a cząsteczka mRNA nie zawiera rozgałęzień • pośredni charakter – kodujące nukleotydy nigdy nie kontaktują się z odpowiadającymi im aa • uniwersalność – wszystkie Ŝywe komórki tłumaczą kodony w ten sam sposób; zasada ta nie jest ścisła, gdyŜ istnieją pewne róŜnice między kodem cytoplazmatycznym a mitochondrialnym, nawet tej samej komórki, jak równieŜ między kodami poszczególnych gatunków – por. tabela: kodon AUA, AUU cytoplazma Ile mitochondrium ssaki Met droŜdŜe * bakterie Ile * – Neurospora spp. i Aspergillus spp. UGA stop Trp AGA, AGG Arg stop Arg

Tabela kodu genetycznego (1, 2, 3 – kolejne zasady kodonu):
1. 2. 3. U C A G U U Phe Phe Leu Leu C Ser Ser Ser Ser A Tyr Tyr stop stop G Cys Cys stop Trp U Leu Leu Leu Leu C Pro Pro Pro Pro C A His His Gln Gln G Arg Arg Arg Arg U Ile Ile Ile Met* C Thr Thr Thr Thr A A Asn Asn Lys Lys G Ser Ser Arg Arg U Val Val Val Val C Ala Ala Ala Ala G A Asp Asp Glu Glu G Gly Gly Gly Gly

* – kodon startowy (por. dalej)

153 - -

b) budowa tRNA i aktywacja aa RNA transportujący (tRNA) wyróŜnia się wśród wszystkich RNA najmniejszą cząsteczką – ok. 75 nukleotydów. Podobnie jak mRNA ulega on obróbce na terenie jądra. tRNA pełni funkcje adaptacyjne – odczytuje informację zawartą w sekwencji nukleotydów mRNA i tłumaczy ją na sekwencję aa syntetyzowanego białka. Zdolność ta jest konsekwencją niejako dwubiegunowej budowy tRNA – z jednej strony posiada on sekwencję komplementarną do kodonu mRNA (antykodon), z drugiej zaś wiąŜe odpowiedni aa. PoniewaŜ do pojedynczego tRNA moŜe przyłączyć się tylko jeden określony aa, toteŜ w komórce musi istnieć co najmniej jeden rodzaj tRNA dla kaŜdego aa, czyli łącznie dla wszystkich aa – co najmniej 20 rodzajów tRNA. Struktura Irzędowa tRNA warunkuje fałdowanie cząsteczki – wewnętrzna komplementarność zasad umoŜliwia im parowanie i tworzenie II-rzędowej struktury liścia koniczyny, w obrębie której moŜna wskazać 4 główne ramiona. KaŜde z ramion posiada szypułę z kilku sparowanych zasad oraz zakończone jest pętlą. Przyciąganie się skrajnych ramion powoduje zgięcie całej cząsteczki, tak iŜ przestrzennie przypomina ona odwróconą literę L (struktura III-rz.). Ramię akceptorowe (szypuła 7 bp) zakończone jest sekwencją CCA, do której końcowego nukleotydu przyłącza się swoją grupą karboksylową swoista reszta aa. Ramię DHU (szypuła 3-4 bp) zawiera zmodyfikowany nukleozyd – dihydrourydynę (stąd nazwa). Jest istotne dla właściwego rozpoznania danego rodzaju tRNA przez odpowiednią syntetazę aa-tRNA, gdyŜ zawiera sekwencję rozpoznawalną przez tą ostatnią. Ramię antykodonowe (szypuła 5 bp) zawiera sekwencję 7 nukleotydów: 3’-N-Pu*XYZPyPy-5’ (N – dowolny nukleotyd, Pu* – zmodyfikowana puryna, Py – pirymidyna), z których 3 środkowe (XYZ) stanowią antykodon, tj. sekwencję komplementarną do kodonu na mRNA. Odpowiada ona za swoistość mRNA. Kodon i antykodon są antyrównoległe pod względem komplementarności. Degeneracja kodu genetycznego związana jest gł. z ostatnim nukleotydem kodonu, co sugeruje jego mniej precyzyjne połączenie z komplementarnym nukleotydem antykodonu. Wyjaśnia to tzw. hipoteza tolerancji, zgodnie z którą w tym miejscu kodon i antykodon są w stanie rozchwiania, tak iŜ kilka kodonów kodujących ten sam aa moŜe się wiązać z tym samym antykodonem, nawet pomimo braku między nimi komplementarności. Translacja kodonu jest więc mało wraŜliwa na zmiany w pozycji 3. Ramię TψC (szypuła 5 bp) zawiera tyminę, niespotykaną normalnie w RNA oraz pseudourydynę, róŜniącą się od urydyny wiązaniem N-glikozydowym pomiędzy atomem C5, a nie C1, uracylu. Bierze ono udział w wiązaniu aa-tRNA do powierzchni rybosomu. Ramię dodatkowe jest najbardziej heterogennym fragmentem całej cząsteczki, a jego długość stanowi kryterium klasyfikacji tRNA na dwie kwasy: klasa 1 (75% tRNA) zawiera krótką (3-5 bp) pętlę dodatkową, zaś klasa 2 – długą pętlę (13-21 bp) oraz strukturę pętla – szypuła. Reakcje przenoszenia aa na odpowiedni tRNA katalizowane są przez 20 róŜnych enzymów, zwanych wspólnie syntetazami aminoacylo-tRNA (aa-tRNA). Reakcja rozpoznawania i dołączania aa jest dwuetapowa: wpierw powstaje aktywny kompleks pośredni aminoacylo-tRNA-enzym, który następnie rozpoznaje swoisty tRNA i przenosi resztę aa na jego grupę 3’OH: aa + ATP + enzym → enzym-AMP-aa + PPi enzym-AMP-aa + tRNA → enzym + AMP + aa-tRNA Powstałe wiązanie estrowe utrzymuje się aŜ do czasu wprowadzenia reszty aa w sekwencję syntetyzowanego na rybosomie polipeptydu. c) budowa i funkcje rybosomów (patrz równieŜ punkt VIII-3-e)

Organellum komórkowym, w którym odbywa się translacja, jest rybosom. Spotykają się tu róŜne cząsteczki, aby ostatecznie dać produkt w postaci nowo zsyntetyzowanego białka. Pojedyncza cząsteczka mRNA moŜe być jednocześnie uŜywana przez wiele rybosomów – zespoły takie określa się jako polirybosomy (polisomy). Poszczególne rybosomy wiąŜą się do mRNA w odległościach nie mniejszych niŜ 80 nukleotydów. Wielkość polisomów, tj. liczba rybsomów związanych z mRNA, zaleŜy bezpośrednio od długości tego ostatniego. Polisomy przyłączone do błon tworzą szorstką siateczkę śródplazmatyczną (ang. rough endoplasmatic reticulum – RER), słuŜącą do syntezy integralnych białek błonowych oraz białek eksportowanych poza komórkę lub magazynowanych jako zymogeny w aparacie Golgiego, czekając na eksport. Rybsomy wolne, tj. obecne w cytoplazmie i niezwiązane z błonami, uŜywane są do syntezy własnych białek cytoplazmatycznych komórki.

154 - -

d) etapy translacji Proces translacji składa się z inicjacji, elongacji i terminacji. Informacja genetyczna odczytywana jest w kierunku 5’→3’, a polipeptyd syntetyzowany od N do C-końca. Polarność procesu translacji umoŜliwia organizmom prokariotycznym na rozpoczęcie translacji jeszcze przed ukończeniem transkrypcji – do powstałego fragmentu 5’ mRNA szybko przyłączają się rybosomy i rozpoczynają syntezę polipeptydu. • inicjacja i regulacja translacji

Inicjacja translacji obejmuje złoŜenie aparatu translacyjnego, w skład którego wchodzą: mRNA, tRNA, rRNA i białka rybosomalne oraz czynniki inicjujące. Podczas translacji zuŜywane są: ATP, GTP i aa. U Procariota istnieją 3 czynniki inicjujące (ang. initiation factors – IF): IF1, IF2 i IF3. W pierwszym etapie inicjacji czynniki te przyłączają się do mniejszej podjednostki rybosomu (30S), przy czym IF2 związany jest z GTP. Czynniki 1 i 3 uniemoŜliwiają przyłączenie podjednostki większej (50S), zaś 2 (+ GTP) odpowiada za przyłączenie formylo-Met-tRNA. Następnie IF3 i Mg2+ ułatwiają przyłączenie mRNA. Do kodonu startowego (AUG, GUG, UUG – wszystkie 3 kodują formylometioninę) przyłącza się formylo-Met-tRNA, po czym czynnik IF3 oddysocjowuje, co pozwala na przyłączenie się podjednostki większej i powstanie kompletnego rysobomu (70S). Tak przygotowany aparat jest gotowy do elongacji. U Eucariota natomiast występuje co najmniej 10 eukariotycznych czynników inicjacji (ang. eucariotic IF – eIF), złoŜonych z licznych podjednostek. Proces inicjacji składa się tu z 4 faz. W pierwszej fazie rybosom (80S) dysocjuje na dwie podjednostki (40S i 60S). Do mniejszej (40S) wiąŜą się eIF3 i eIF1A, co sprzyja dysocjacji oraz zapobiega reasocjacji. Podobny efekt wywiera związanie eIF3A z większą (60S). W drugiej fazie tworzy się kompleks preinicjacyjny (PIC). eIF2 wiąŜe GTP – powstały kompleks startowy inicjacji wiąŜe Met-tRNA Si, który z kolei łączy się z kodonem startowym AUG (kodującym Met). Symbol Si (start inicjacji) oznacza startowy tRNA dla Met, który róŜni się od tRNA dla Met wprowadzanej do polipeptydu podczas elongacji. Potrójny kompleks łączy się z podjednostką mniejszą (40S), tworząc PIC 43S, stabilizowany przez eIF3 i eIF1A. eIF2 bierze udział w regulacji syntezy białka – jego podjednostka α jest fosforylowana (reszta Ser51) przez róŜne kinazy białkowe (HRC, PKP, GCN2) aktywowane pod wpływem stresu komórki, kiedy przeciwwskazany jest wydatek energetyczny na biosyntezę białek. Do czynników stresowych komórki naleŜą: brak aa lub glukozy, infekcja wirusowa, brak surowicy, hiperosmolalność, szok cieplny). Ufosforylowana podjednostka α wiąŜe β, nie pozwalając na wymianę GTP / GDP i utworzenie PIC. W fazie trzeciej powstaje właściwy kompleks inicjacyjny. Czapeczka metylacyjna na końcu 5’ mRNA ułatwia jego wiązanie do PIC 43S. Do niej bezpośrednio przyłącza się kompleks eIF4F, złoŜony z eIF4E (miejsce wiązania), 4G i 4A. Następnie eIF4A i 4B redukują strukturę II-rzędową kompleksu na 5’ końcu mRNA dzięki swojej aktywności ATPazy i helikazy zaleŜnej od ATP. Kompleks przeszukuje mRNA w poszukiwaniu kodonu inicjacyjnego – AUG (dokładniej: sekwencja Kozaka o składzie GCCA/GCC-AUG-G). eIF3 wiąŜe się do eIF4G i łączy cały kompleks z podjednostką 40S w kompletny kompleks inicjacyjny 48S. Ostatecznie w czwartej fazie eIF5 hydrolizuje GTP związaną eIF2, co uwalnia czynniki inicjacyjne związane z kompleksem inicjacyjnym (podlegają one recyrkulacji) i prowadzi do spontanicznej asocjacji podjednostek rybosomalnych 40S i 60S w 80S. Met-tRNA znajduje się w miejscu P rybosomu i jest gotowy do rozpoczęcie cyklu elongacji. Szczególne znaczenie w regulacji inicjacji (i całości transkrypcji) ma kompleks eIF4F, a właściwie jego dwa składniki – 4E i 4G. eIF4E rozpoznaje i wiąŜe się z czapeczką metylacyjną, co ogranicza tempo translacji. Proces ten jest podwójnie regulowany. Po pierwsze grupa białek wiąŜących ten czynnik 4E-BP1 (PHAS1), BP2 i BP3 uniemoŜliwia mu połączenie się z 4G i utworzenie kompleksu 4F (regulacja negatywna). Po drugie liczne mitogeny (insulina, IGF-1, PGDF, IL-2, angiotensyna II) aktywują kinazy zwiększające aktywność eIF4E (regulacja pozytywna): z jednej strony aktywują komponentę szlaku MAPK, która fosforyluje sam 4E (Ser209 lub Thr210), tak iŜ ma większe powinowactwo do czapeczki 5’, a z drugiej aktywują serynową kinazę białkową aktywną w szlaku mTOR, która fosforyluje 4E-BP w 5 unikatowych miejscach, przez odłącza się ono od 4E i nie przyłącza ponownie aŜ do całkowitej defosforylacji. eIF4G wiąŜe się natomiast do eIF3, który łączy kompleks do 40S oraz do 4A i 4B, czyli kompleksu ATPaza – ATP-zaleŜna helikaza, uniemoŜliwiając rozplecenie mRNA (regulacja negatywna).

155 - -

elongacja

U Procariota występują 3 czynniki elonacyjne: EF-Tu, EF-Ts oraz EF-G. Na początku elongacji pojawiają się one kolejno, przy czym pierwszy związany jest z GTP i wiąŜe aa-tRNA, a funkcją drugiego jest regeneracja pierwszego. W kompleksie translacyjnym wyróŜnia się miejsce P (peptydowe), w którym początkowo obecny jest formylo-Met-tRNA oraz A (akceptrowe), do którego przyłącza się na zasadzie komplementarności odpowiedni aa-tRNA. Następnie EF-Tu związany z GDP zostaje wyparty z kompleksu przez EF-Ts, tak Ŝe moŜe wymienić GDP na GTP i powrócić. Aktywność peptydylotransferazy przenosi 1. aa – formylo-Met na 2., wytwarzając między nimi wiązanie peptydowe. Powstały dwupeptyd związany jest z tRNA w miejscu A, zaś wolny tRNA z miejsca P usuwa się z kompleksu. Translokaza (EF-G) przesuwa wówczas tRNA z przyłączonym dwupeptydem w miejsce P, a do miejsca A wchodzi następny odpowiedni aa-tRNA. Cykl ten powtarza się tyle razy, ile kodonów zawiera mRNA. U Eucariota elongacja przebiega analogicznie jak u Procariota, z tym Ŝe katalizowana jest przez eukarotyczne czynniki elongacji (eEF) – eEF1α, eEF1βγ oraz eEF2. Rybosom eukariotyczny równieŜ posiada miejsce P, zajęte początkowo przez Met-tRNA Si oraz A, początkowo wolne. eEF1α, tworząc kompleks z GTP, umoŜliwia wejście odpowiedniego aa-tRNA w wolne miejsce A. Jednocześnie od GTP odłącza się fosforan, pozostawiając eEF1α-GDP, który odłącza się, ale wraca po wymianie GDP na GTP. Gdy w miejscach A i P rybosomu znajdują się aa-tRNA, tworzone jest wiązanie peptydowe: grupa α-aminowa nowego aa-tRNA przeprowadza nukleofilowy atak na estryfikowaną grupę α-karboksylową peptydylo-tRNA. Reakcja ta katalizowana jest przez komponent białkowy podjednostki 60S – peptydylotransferazę albo przez składnik RNA (być moŜe 23S – rybozym). Rosnący łańcuch peptydowy zostaje przeniesiony na tRNA w miejscu A. W miejscu P znajduje się wówczas cząsteczka tRNA pozbawiona reszty aa, która szybko stamtąd oddysocjowuje. eEF2 i GTP odpowiadają za translokację nowo utworzonego peptydylo-tRNA z miejsca A do zwolnionego P, co wiąŜe się z hydrolizą GTP → GDP + {P}. Jednocześnie miejsce A zostaje zwolnione i moŜe się z nim związać kolejny aa-tRNA. Translokacji towarzyszy przesunięcie rybosomu względem mRNA o 3 nukleotydy, tak iŜ w miejscu A znajduje się kolejny kodon. Elongacja prowadzona jest z prędkością 6 aa/s u Eucariota i 3 x szybciej u Procariota. Bilans energetyczny jednego cyklu elongacji: związanie reszty aa z tRNA: ATP → AMP = 2 ATP → 2 ADP wejście aa-tRNA w miejsce A: GTP → GDP translokacja: GTP → GDP Zatem synteza jednego wiązania peptydowego zuŜywa łącznie 4 wiązania wysokoenergetyczne. • terminacja

Terminacja translacji zachodzi, gdy w miejscu A znajdzie się jeden z kodonów nonsensownych (stop: UAG – amber, UGA – opal lub UAA – orche). Dla takich kodonów nie istnieją Ŝadne swoiste tRNA, sygnał ten jest natomiast rozpoznawany przez czynniki uwalniające (ang. releasing factors – RF). U bakterii są to: RF1 (dla UAA lub UAG), RF2 (dla UAA lub UGA) oraz RF3, aktywujący oba poprzednie, u Eucariota zaś – eukariotyczne czynniki uwalniające (ang. eucariotic RF – eRF). Wchodzą one w miejsce A i, wraz z GTP i peptydylotransferazą, przenoszą na peptydylo-tRNA w miejscu P cząsteczkę wody, przez co powodują hydrolizę wiązania pomiędzy peptydem a tRNA, które ulegają uwolnieniu. Ostatecznie czynniki uwalniające i translokaza powodują rozpad kompleksu na elementy składowe – podjednostki rybosomalne, mRNA i tRNA, które mogą ponownie wchodzić do cyklu. e) regulacja i inhibitory translacji

Układ translacyjny gospodarza wykorzystywany jest przez wirusy do syntezy własnych białek. Czasem wirusowe mRNA ulega bardziej wydajnej translacji niŜ gospodarza (np. mengovirus), a czasem powstaje w nadmiernych ilościach, konkurując z mRNA gospodarza o dostęp do aparatu translacyjnego (np. HSV1, reowirusy). Niektóre wreszcie hamują syntezę białek komórkowych przez blokadę połączenia mRNA i 40S. Pikornawirusy (piko-RNA-wirusy – czyli bardzo małe wirusy RNA; np. wirus polio) zaburzają funkcje kompleksu 4F, a ich mRNA nie posiada czapeczki 5’, lecz miejsce IRES (ang. initial ribosomal entry site), wymagające 4G zamiast 4E. Proteaza wirusowa atakuje 4G i 4E, dlatego nie powstaje kompleks 4F i 40S nie łączy się z komórkowymi mRNA (z czapeczką). 4G łączy się za to z miejscem IRES wirusowego mRNA, którego translacja jest w tej sytuacji promowana. Ponadto wirusy te pobudzają defosforylację BP1, dodatkowo zmniejszając translację komórkowego mRNA. Egzotoksyna maczugowca błonicy (Corynebacterium diphtheriae) katalizuje ADP-rybozylację eEF2, wykorzystując jako donor NAD+, przez co blokuje translację.

156 - -

Rycyna (toksyna nasion rącznika) inaktywuje eukariotyczny 28S rRNA albo przez rozcięcie wiązania Nglikozylowego albo przez odłączenie reszty A. RóŜnica między rybosomami bakteryjnymi (70S) a eukariotycznymi (80S) umoŜliwiła opracowanie i syntezę kilku klas antybiotyków bakteriostatycznych, hamujących syntezę białek bakteryjnych i uniemoŜliwiających ich rozwój. Hamowanie podjednostki mniejszej (30S) to zasada działania aminoglikozydów i tetracyklin, zaś większej (50S) – makrolidów i ketolidów, linkozamidów, streptogramin, oksazolidynonów i chloramfenikolu. Związkami blokującymi podjednostki rybosomalne, które pozbawione są znaczenia klinicznego, są puromycyna i cykloheksamid. Puromycyna jest analogiem Tyr-tRNA – powoduje przedwczesne uwolnienie syntetyzowanego peptydu, hamując translację zarówno na rybosomach prokariotycznych, jak i eukariotycznych. Cykloheksamid natomiast blokuje syntezę białek tylko u Eucariota przez hamowanie aktywności peptydylotransferazy w podjednostce 60S. Translacja moŜe być mechanizmem obronnym organizmu. Przykładowo obecność Ŝelaza uwalnia białko cytozolowe, które wiąŜe się z sekwencją nie tłumaczącą blisko końca 5’ mRNA ferrytyny, stymulując jego translację. Konsekwentny wzrost ferrytyny wiąŜe jony Ŝelaza, nie dopuszczając do osiągnięcie przezeń poziomu toksycznego (por. punkty III-7 – RFT oraz VII-3 – gospodarka Ŝelazem). f) potranslacyjne modyfikacje białek

Wiele białek powstałych w wyniku translacji odpowiednich mRNA stanowi dopiero nieaktywne cząsteczki prekursorowe, wymagające do aktywacji obróbki potranslacyjnej. Modyfikacje potranslacyjne moŜna podzielić na strukturalne i regulacyjne, w zaleŜności od zmienianych właściwości białek. Do pierwszej grupy naleŜą m. in.: glikozylacja (patrz punkt IV-7-b), hydroksylacja (por. VII-8-b) i acylacja, do drugiej zaś – obróbka proteolityczna i fosforylacja (por. II-4-b), acetylacja, metylacja i ADP-rybozylacja (por. punkt VIII-1-d). Do białek mogą być równieŜ dołączane atomy metali (por. II-2-f) czy grupy barwnikowe (por. I-3-e). 5. Mitochondrialne DNA (mtDNA)

Niemal cały materiał genetyczny komórki znajduje się na terenie jej jądra. Istnieją jednak organella posiadające własny DNA – są to mitochondria, zawierające mtDNA, a u roślin równieŜ chloroplasty (chlDNA). Obecność własnego materiału pozwala im na niezaleŜne podziały, dlatego określa się je mianem organelli autonomicznych. Teoria endosymbiozy głosi, Ŝe powstały one w wyniku wniknięcia probakterii do komórek prokariotycznych. Cząsteczki mtRNA w róŜnych mitochondriach tej samej komórki, a nawet w tym samym mitochondrium, mogą się od siebie róŜnić, co określa się jako heteroplazmia. U ssaków mtDNA dziedziczony jest niemal wyłącznie w linii Ŝeńskiej (dziedziczenie matczyne), a mitochondria plemnika są niszczone we wczesnych fazach rozwoju zygoty. Podczas podziału komórki mitochondria są losowo rozdzielanie do komórek potomnych (tzw. przypadkowa segregacja mitotyczna). Pozajądrowy DNA występuje jako dwuniciowe cząsteczki koliste, czyli genofory. Pojedyncze ludzkie mitochondrium zawiera 4 – 10 kolistych cząsteczek DNA. KaŜda z nich ma długość 16569 bp i zawiera 37 genów, z czego 13 koduje enzymy łańcucha oddechowego i fosforylacji oksydacyjnej (podjednostki syntazy ATP, dehydrogenazy NADH oraz oksydazy cytochromu c; por. punkty III-5 i 6), 22 – tRNA, a 2 – rRNA. Jest to o wiele za mało, aby pozwolić na w pełni samodzielne funkcjonowanie – większość białek w obecnych w mitochondriach kodowanych jest przez genom jądrowy, syntetyzowanych w cytoplazmie i importowanych do miejsc docelowych. Z tego względu poprawniejsze byłoby określenie mirochondriów jako organella półautonomiczne. Z dwu pasm mtDNA jedno określa się jako cięŜkie (H), drugie zaś lekkie (L). Na obydwu z nich zlokalizowane są geny, przy czym na nici L transkrypcja rozpoczyna się z jednego promotora, a na H z dwóch. Geny mitochondrialne nie są podzielone, tj. nie zawierają intronów, a powstały na nich RNA nie musi być składany. Mitochondrialny kod genetyczny róŜni się nieco od jądrowego (patrz punkt VIII-4-a). mtDNA ma znacznie wyŜsze tempo mutacji niŜ DNA jądrowy. Przyjmuje się, Ŝe wynika to z braku systemów naprawy mitchondrialnego DNA, z braku histonów oraz z obecności duŜej ilości wolnych rodników (RFT – por. punkt III-8). Mutacje pojawiające się w mitochondrialnym DNA komórek linii płciowej mogą powodować choroby występujące w rodzinie, zaś mutacje pojawiające się w komórkach somatycznych mogą być związane ze spadającą z wiekiem wydolnością układu fosforylacji oksydacyjnej. W tym pierwszym przypadku są to choroby genetyczne dziedziczone w linii matczynej, uderzające głównie w tkanki rzadko dzielące się, a o wysokim zapotrzebowaniu energetycznym – gł. mięśniową i nerwową. Mutacje często nie są jedyną przyczyną chorób, a na ich efekty wpływają inne, nieznane jeszcze czynniki, najprawdopodobniej sekwencja samego mtDNA, proporcje i dystrybucja do róŜnych tkanek zmutowanych cząsteczek DNA oraz genotyp jądrowy. Niektóre choroby mitochondrialne mogą być spowodowane właśnie mutacjami genomu jądrowego – genów kodujących białka strukturalne mitochondriów bądź regulujące ich pracę. Objawy chorób obejmują najczęściej: paraliŜ, miopatię, utratę siły mięśniowej, sztywność mięśni, neuropatię, encefalopatię,

157 - -

degenerację jąder podstawnych, w niektórych chorobach równieŜ cukrzycę, głuchotę i ślepotę. Diagnostyka jest trudna, a postępowanie i leczenie wyłącznie objawowe. Przykłady: LHON (dziedziczna neuropatia n. wzrokowego, z. Lebera), NARP (neuropatia obwodowa, ataksja i barwnikowe zwyrodnienie siatkówki), MERRF (padaczka miokloniczna z poszarpanymi – tzw. szmatowanymi – włóknami mm.), MELAS (encefalopatia mitochondrialna, kwasica mleczanowa, napady udaropodobne), CPEO (przewlekły postępujący paraliŜ mm. oka), KSS (z. Kearsa – Sayre’a), z. Paersona (szpikowo – trzustkowy), z. Leigha. mtDNA wykorzystuje się w antropologii, genetyce populacyjnej i medycynie sądowej. UmoŜliwia to obecność tzw. nadzmiennych (hiperzmiennych) obszarów mtDNA, czyli fragmentów niekodujących, róŜniących się u poszczególnych ososbników. WyróŜnia się 2 regiony hiperzmienne – pierwszy (HVR1) obejmuje sekwencję 16024-16365, a drugi (HVR2) – 73-340. W antropologii mtDNA słuŜy analizie rozprzestrzeniania się gatunku ludzkiego ze swej pierwotnej kolebki – Afryki Środkowej – na pozostałe kontynenty. Ponadto badanie mtDNA pochodzących od ludzi w róŜnych grup etnicznych pozwoliło na obliczenie, Ŝe kobieta, od której pochodzi genom mitochondrialny wszystkich Ŝyjących obecnie ludzi (tzw. mitochondrialna Ewa) Ŝyła ok. 200 tys. lat temu. Podstawą badań nt. neandertalczyka są równieŜ próbki mtDNA. W medycynie sądowej słuŜy ono natomiast identyfikacji osób (równieŜ nieznanych zwłok) i ustalaniu między nimi pokrewieństwa.

158 - -

You're Reading a Free Preview

Pobierz
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->