SELEKSI KEMAMPUAN PEMBENTUKAN BIOFILM ANTARA BAKTERI DAN JAMUR PENDEGRADASI LUMPUR MINYAK BUMI

SKRIPSI

Oleh : HERI HENDRO SATRIYO 07/253204/PN/11054

FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012

SELEKSI KEMAMPUAN PEMBENTUKAN BIOFILM ANTARA BAKTERI DAN JAMUR PENDEGRADASI LUMPUR MINYAK BUMI

SKRIPSI

Diajukan kepada Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada untuk memenuhi sebagian persyaratan yang diperlukan untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian

Oleh : HERI HENDRO SATRIYO 07/253204/PN/11054

JURUSAN MIKROBIOLOGI PERTANIAN FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012

ii

SKRIPSI

SELEKSI KEMAMPUAN PEMBENTUKAN BIOFILM ANTARA BAKTERI DAN JAMUR PENDEGRADASI LUMPUR MINYAK BUMI Oleh : HERI HENDRO SATRIYO 07/253204/PN/11054

Telah diuji pada tanggal : 16 Juli 2012

Skripsi ini diterima sebagai sebagian persyaratan untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian

Pembimbing Utama

Tanda Tangan .

Tanggal .

M. Saifur Rahman, S.P., M.Si., M. Eng., Ph.D.

Pembimbing Pendamping

Tanda Tangan .

Tanggal .

Ir. Irfan D.Prijambada, M.Eng., Ph.D.

Penguji

Tanda Tangan . Ketua Jurusan Mikrobiologi Pertanian

Tanggal .

Ir. Donny Widianto, Ph.D.

Dr. Ir. Jaka Widada, M.P. Tanggal:

iii

HALAMAN PERSEMBAHAN
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala berkat dan rahmat-Nya sehingga naskah skripsi dengan judul Seleksi Kemampuan

Pembentukan Biofilm antara Bakteri dan Jamur Pendegradasi Lumpur Minyak Bumi ini dapat terselesaikan. Selama penelitian dan penulisan naskah skripsi penulis banyak mendapatkan bimbingan dan bantuan dari berbagai pihak. Untuk itu, penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada: 1. Muhammad Saifur Rohman, S.P, M.Si, M.Eng., Ph.D., selaku dosen pembimbing utama yang telah membimbing penulis selama melakukan penelitian dan penulisan naskah skripsi. 2. Ir. Irfan Dwidja Prijambada, M.Eng., Ph.D., selaku dosen pembimbing pendamping yang telah membimbing penulis selama melakukan penelitian dan penulisan naskah skripsi. 3. Ir. Donny Widianto, Ph.D., selaku dosen penguji atas pengarahan serta masukannya yang telah diberikan selama penyusunan naskah ini. 4. Prof. Dr. Ir. Erni Martani, selaku dosen pembimbing akademik atas bimbingan dan arahan yang diberikan selama masa perkuliahan. 5. Seluruh keluargaku: Bapak, Ibu, ketiga adikku Nisa, Dewi dan Lusi, atas cinta, doa dan dukungan selama penelitian hingga penulisan naskah ini. 6. Desi Utami, selaku rekan kerja penelitan atas persahabatan dan bantuannya saat penelitian hingga penulisan naskah ini. 7. Kukuh Madyadinigrat, S.Si., M.Biotech., atas waktu untuk berkonsultasi dan bantuan dalam penelitian. 8. Pak Ali, Pak Sobri, Mbak Shinta, Mbak Ica, dan Mbak Ivanne atas bantuan, kehangatan dan keramahan selama bekerja di Laboratorium PAU Bioteknologi Pasca Sarjana UGM. 9. Pak Jono, Bu Arsiah, Mbak Tri, dan Pak Toni selaku teknisi Pusat Studi Bioteknologi UGM, serta Mbak Mar, Mbak Hani, Mas Moko dan Pak Har selaku laboran Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Pertanian UGM, atas bantuannya dalam menyediakan alat-alat penelitian.

iv

10. Pak Har selaku staf di PAU Bioteknologi Pasca Sarjana UGM atas bantuan penyediaan bahan-bahan selama penelitian. 11. Kiki dan Sigit, selaku rekan sejawat dalam peneltian biofilm, atas bantuan dan masukan selama penelitian. 12. Sheila dan Anggun, selaku generasi penerus kelanjutan penelitian ini. 13. Teman-teman Mikrobiologi Pertanian Angkatan 2007, atas nikmat dan indahnya kebersamaan dan persahabatan. Penulis juga sangat berterima-kasih kepada segenap pihak yang tidak dapat disebutkan namanya satu persatu dalam halaman persembahan ini, yang telah membantu memberikan dorongan kepada penulis untuk tetap gigih dan bersemangat dalam menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsi.

KATA PENGANTAR
Pencemaran lumpur minyak bumi menjadi masalah serius yang dihadapi oleh industri penyulingan minyak bumi. Berbagai upaya penanganan pencemaran lumpur minyak bumi telah dilakukan, salah satunya adalah dengan teknik biodegradasi. Penanganan dengan cara biodegradasi tersebut melibatkan suatu proses degradasi senyawa polutan dengan menggunakan jasad tertentu. Dalam aplikasinya di lapangan, proses biodegradasi senyawa polutan biasanya tidak hanya melibatkan satu macam jasad saja, akan tetapi lebih bersifat konsorsium yang melibatkan banyak jasad di dalamnya. Jasad tersebut saling tergantung antara satu dengan yang lain dalam melakukan proses biodegradasi. Oleh karena sifat ketergantungan ini, dicoba suatu model kombinasi jasad yang bersifat saling menguntungkan satu sama lain yaitu dengan membentuk biofilm. Skripsi ini membatasi ruang lingkup penelitian pada pembentukan biofilm melalui proses penumbuhan bersama antara bakteri dan jamur pendegradasi minyak bumi. Skripsi ini terbagi dalam lima bab, bab pertama mengenai latar belakang, tujuan penelitian, dan kegunaan penelitian; bab kedua memuat tinjauan pustaka yang mendasari penelitian; bab ketiga berisi tentang metodologi yang digunakan dalam penelitian; bab keempat tentang hasil dan pembahasan penelitian; dan bab kelima merupakan kesimpulan dan saran. Penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan banyak manfaat bagi dunia akademik terutama bagi perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.

Yogyakarta, Juli 2012

Penulis

vi

DAFTAR ISI
Halaman HALAMAN JUDUL ......................................................................................... HALAMAN PENGESAHAN ........................................................................... HALAMAN PERSEMBAHAN ........................................................................ KATA PENGANTAR........................................................................................ DAFTAR ISI ..................................................................................................... DAFTAR TABEL .............................................................................................. DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... INTISARI .......................................................................................................... ABSTRACT ....................................................................................................... ii iii iv vi vii x xi xii xiii ix

I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang ...................................................................................... B. Rumusan Masalah ................................................................................. C. Tujuan Penelitian .................................................................................. D. Kegunaan Penelitian .............................................................................. II. TINJAUAN PUSTAKA A. Mikroorganisme Pendegradasi Minyak Bumi ....................................... B. Biofilm .................................................................................................... C. Mekanisme Pembentukan Biofilm ......................................................... 1. Quorum sensing ................................................................................... 3 4 5 5 1 1 2 2

vii

2. Kemotaksis bakteri .............................................................................. 3. Pembentukan matriks Extracellular Polymeric Substances (EPS).. 4. Pembentukan biosurfaktan ................................................................. D. Penggunaan Biofilm untuk Degradasi Minyak Bumi ........................

6 7 7 8

III. BAHAN DAN METODE PENELITIAN A. Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................................ B. Bahan ..................................................................................................... C. Alat ........................................................................................................ D. Tata Laksana Penelitian ........................................................................ 1. Isolasi dan Seleksi Bakteri dan Jamur Pendegradasi Lumpur Minyak Bumi .................................................................................... 2. Seleksi Kualitatif Kemampuan IsolatBakteri dan Jamur dalam Medium Minimal Cair Mengandung Lumpur Minyak Bumi ............ 3. Pengujian Motilitas Isolat Bakteri .................................................... 4. Pengujian Pembentukan EPS Isolat Bakteri .......................... 11 11 11 12 10 9 9 9 9

5. Uji Antagonisme Isolat Bakteri dan Jamur ....................................... 6. Seleksi Pengujian Pembentukan Biofilm antara Bakteri dan Jamur dalam Medium Minimal Mengandung Glukosa sebagai Sumber Karbon ................................................................................................ 7. Pengujian Konfirmasi Pembentukan Biofilm pada Medium Padat dengan Menggunakan Metode Slide culture ..................................... 8. Pengujian Stabilitas Biofilm dalam Medium Minimal Mengandung Lumpur Minyak Bumi .......................................................................

13

13

14

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi dan Seleksi Bakteri dan Jamur Pendegradasi Minyak Bumi.... B. Kemampuan Motilitas Bakteri ..... C. Kemampuan Pembentukan EPS oleh Bakteri .................................. 15 16 16

viii

D. Antagonisme Bakteri dan Jamur ........................................................ E. Seleksi Pembentukan Biofilm antara Bakteri dan Jamur dalam Medium Minimal Mengandung Glukosa Sebagai Sumber Karbon ..... F. Konfirmasi Pembentukan Biofilm pada Medium Padat dengan Menggunakan Metode Slide culture ..................................................... G. Pengujian Stabilitas Biofilm pada Medium Minimal Mengandung Lumpur Minyak Bumi ..........................................................................

17

18

26

28

V. KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan ........................................................................................... B. Saran ..................................................................................................... 30 30

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... LAMPIRAN .....................................................................................................

31 35

ix

DAFTAR TABEL
Halaman TABEL 1. TABEL 2. TABEL 3. Komponen penyusun dan fungsi EPS dalam biofilm ..................... Hasil isolasi mikroorganisme dari delapan sampel tanah ............... Hasil seleksi mikroorganisme terbaik yang unggul tumbuh dalam medium minimal cair mengandung lumpur minyak bumi .............. TABEL 4. TABEL 5. TABEL 6. Hasil pengujian motilitas bakteri pada medium semi-solid ............ Hasil pengujian pembentukan EPS oleh bakteri ............................. Hasil uji seleksi pembentukan biofilm antara bakteri dan 18 16 17 17 7 15

jamur pendegradasi minyak bumi ...................................................

DAFTAR GAMBAR
Halaman GAMBAR 1. GAMBAR 2. GAMBAR 3. Struktur molekul AI pada beberapa bakteri dan jamur ............ Hasil uji antagonisme jamur terhadap bakteri .......................... Hasil penumbuhan bersama antara 8 isolat bakteri dengan jamur JM ................................................................................... GAMBAR 4. Hasil penumbuhan bersama antara 8 isolat bakteri dengan jamur JG ................................................................................... GAMBAR 5. Hasil penumbuhan bersama antara 8 isolat bakteri dengan jamur JR ................................................................................... GAMBAR 6. GAMBAR 7. Hasil pengamatan biofilm hari ke-7 setelah inokulasi ............. Hasil pengamatan biofilm matang (mature biofilm) hari ke-12 setelah inokulasi ....................................................................... GAMBAR 8. Hasil pengamatan pembentukan biofilm menggunakan slide culture ...................................................................................... GAMBAR 9. Hasil pengamatan stabilitas biofilm pada medium mengandung lumpur minyak bumi ................................................................ 29 27 25 22 24 21 19 5

17

xi

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman

LAMPIRAN 1.

Komposisi

medium minimal

medium Bushnell-Hass 35 36

(mmBH) .............................................................................. LAMPIRAN 2. LAMPIRAN 3. Komposisi medium Phospate Buffer Saline (PBS) ............. Hasil seleksi kualitatif 8 isolat bakteri dalam medium mengandung 2% lumpur minyak bumi .............................. LAMPIRAN 4. Perbandingan kenampakan makroskopis kombinasi bakteri dan jamur pendegradasi minyak bumi dalam medium mmBH cair............................................................................. LAMPIRAN 5. Perbandingan kenampakan mikroskopis kombinasi bakteri dan jamur pendegradasi minyak bumi dalam medium mmBH cair............................................................................ LAMPIRAN 6. Hasil uji motilitas bakteri pada medium minimal semi-solid

37

38

39 40

LAMPIRAN 7.

Hasil uji pembentukan EPS bakteri menggunakan tabung Mikro ..................................................................................... 41

xii

INTISARI

SELEKSI KEMAMPUAN PEMBENTUKAN BIOFILM ANTARA BAKTERI DAN JAMUR PENDEGRADASI LUMPUR MINYAK BUMI

HERI HENDRO SATRIYO 07/253204/PN/11054

Beberapa mikroorganisme telah diketahui memiliki kemampuan mendegradasi minyak bumi. Degradasi sempurna minyak bumi tersebut memerlukan kerjasama beberapa mikroorganisme. Belum banyak penilitian tentang penggunaan biofilm untuk tujuan biodegradasi minyak bumi. Biofilm merupakan suatu komunitas mikroorganisme yang dikelilingi oleh matriks berupa Extracellular Polymeric Substances (EPS). Dalam penelitian ini dilakukan pengujian pembentukan biofilm dari bakteri dan jamur pendegradasi minyak bumi. Pengujian pembentukan didahului dengan uji kemampuan motilitas bakteri, uji pembentukan EPS, dan uji antagonisme antara bakteri dan jamur dalam satu medium padat. Setelah itu bakteri dan jamur diuji kemampuan membentuk biofilm dalam medium mineral Bushnell-Haas (mmBH) cair mengandung glukosa 2% dan pembentukan tersebut dipastikan dengan menggunakan metode slide culture. Biofilm yang terbentuk kemudian diuji kembali pada medium yang mengandung 2% lumpur minyak bumi untuk melihat pengaruh perbedaan sumber karbon terhadap stabilitas biofilm tersebut. Diperoleh 8 kombinasi isolat pembentuk biofilm dari total 24 kombinasi 8 isolat bakteri dan 3 isolat jamur dalam medium yang mengandung 2% glukosa sebagai sumber karbon. Kedelapan biofilm tetap stabil saat ditumbuhkan dalam medium mengandung lumpur minyak bumi, meskipun jumlah penempelan bakteri pada miselium jamur lebih sedikit dibandingkan dengan medium glukosa. Kata kunci : biofilm, bakteri, jamur, biodegradasi, lumpur minyak bumi

xiii

ABSTRACT

SELECTION OF BIOFILM FORMING ABILITY BETWEEN THE OIL SLUDGE DEGRADING BACTERIA AND FUNGI

HERI HENDRO SATRIYO 07/253204/PN/11054

It has been reported elsewhere that several microorganisms exhibit an ability to degrade oil sludge as a sole of carbon sources. Complete degradation of oil sludge require synergistic cooperation between microorganisms. However, there is little information regarding the use of biofilm for oil sludge biodegradation. Biofilm is complex communities of microorganism attached to surface of matrix surrounded by extracellular polymeric substances (EPS). The objective of this work was to study the biofilm formation between the oil sludge degrading bacteria and fungi. In this work, the combinations of 8 bacterial isolates and 3 fungi were selected as model for the biofilm formation. Before co-culturing of the bacterial and fungi for the biofilm formation test, the bacterial motility, bacterial EPS formation, and antagonism assays were carried out. The biofilm formation experiments were carried out by co culturing of oil sludge degrading bacteria and fungi in mineral medium Bushnell-Haas (mmBH) supplemented with 2% of glucose. The biofilm formation was then examined under light microscopy. To test the robustness of the biofilm formation against the oil sludge, the formed biofilm was then applied into mmBH medium supplemented with 2% of oil sludge. The results showed that 8 out of total 24 combinations of oil sludge degrading bacteria and fungi were able to form biofilm in mmBH medium supplemented with 2% of glucose. When the biofilm was grown in mmBH medium supplemented with 2% of oil sludge as a sole carbon source, the microscopic examination showed that the biofilm was still exhibited their stability. Key words : biofilm, bacteria, fungi, biodegradation, oil sludge

xiv