Universidad Autnoma de San Luis Potos Facultad de Genmica y Protemica Programas Analticos del Sexto Semestre de la Licenciatura de Biofsica

1) NOMBRE DE CADA CURSO O ACTIVIDAD CURRICULAR

A) GENOMICA Y PROTEOMICA B) DATOS BSICOS DEL CURSO

Semestre Horas de teora por semana

Horas de prctica por semana

Horas trabajo adicional estudiante

Crditos

10

C) OBJETIVOS DEL CURSO

Al finalizar el curso el estudiante ser capaz de comprender los diferentes mecanismos que participan en la evolucin genmica, tanto en su plasticidad, como en su variacin. Desarrollar un criterio aplicativo de las estrategias actuales para la ingeniera estructural de genomas. Comparar crticamente las diferentes modalidades empleadas por lo seres vivos para la estructuracin y replicacin de su genoma. Conocer como se purifican y caracterizan las protenas. Conocer las tcnicas utilizadas en la protemica, as como sus usos y aplicaciones. Unidades 1. El genoma Humano Objetivo especfico El alumno conocer los avances cientficos que permitieron la factibilidad del Proyecto del Genoma Humano, adems conocer las caractersticas del genoma, ser capaz de utilizar la informacin contenida en bases de datos en Internet, manejar herramientas computacionales y visualizara las oportunidades de la utilizacin de la informacin contenida en el genoma humano El alumno conocer los genomas de los diferentes organismos modelo, las caractersticas generales de cada uno de ellos. Adems, reconocer la relevancia de su estudio de las secuencias principalmente en el rea de la genmica comparativa El alumno comprender la estructura y funcin de las protenas; como producto de la expresin gnica. Adems de los sistemas de expresin de protenas y algunas tcnicas experimentales de aislamiento, purificacin y caracterizacin fisicoqumica. El alumno comprender la importancia de la protemica, las tcnicas utilizadas en el estudio de los proteomas y las herramientas informticas utilizadas en el anlisis de la informacin. Adems, reconocer la relevancia de la protemica en el estudio de la expresin gnica y su aplicacin en la salud y enfermedad.

Objetivos generales

2. Genmica

Objetivos especficos

3. Protenas

4. Protemica

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D) CONTENIDOS Y MTODOS POR UNIDADES Y TEMAS

5h/semana, 16 semanas: 80 h/semestre Unidad 1 El genoma Humano
Tema 1.1. El Proyecto Genoma Humano (HGP) 1.1.1. Genoma 1.1.1. Desarrollo del proyecto del Genoma Humano (HGP) 1.1.1.1. Metas 1.1.1.2. Avances en el mapeo gentico 1.1.1.3. Avances en el mapeo fsico 1.1.2. Estrategias de secuenciacin 1.1.3. Mapeo del genoma humano 1.1.3.1. Ensamblaje de las secuencias de DNA 1.1.3.2. Localizacin de los genes 1.1.3.3. Identificacin de la funcin de los genes 1.1.4.Caractersticas generales del genoma humano 1.1.5. Variaciones y Mutaciones 1.1.6. Comparacin con otros genomas 1.1.7. Genmica funcional Tema 1.2. Trabajando con el genoma humano 1.2.1. Aplicaciones en lnea 1.2.1.1. Gene Gateway Website 1.2.1.2. Gene Gateway Workbook 1.2.1.3. OMIM; Online Mendelian Inheritance In Man 1.2.1.4, NCBI; visor del mapa del genoma humano 1.2.1.5. Entrez Gene y GenBank 1.2.1.5.1 Examinacin de la secuencia del gene y su estructura 1.2.1.6. Swiss Prot 1.2.1.6.1. La secuencia de aminocidos de un gene determinado 1.2.1.7. Protein Data Bank (PDB) 1.2.1.7.1. Bsqueda de la estructura de una protena registrada en PDB 1.2.1.7.2. Herramientas de visualizacin de la estructura de una protena 20 h 5h

10 h

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Tema 1.3. Perspectivas de uso del genoma humano 5 1.3.1. Medicina molecular 1.3.1.1. Anlisis y tratamiento de enfermedades genticas 1.3.1.1.1. Desarrollo de terapias gnicas 1.3.1.2. Diagnstico y tratamiento del cncer 1.3.1.3. Generacin de productos biofarmacuticos 1.3.1.4. Descubrimiento de nuevos frmacos 1.3.2. Genmica de las enfermedades infecciosas 1.3.3. Previsin de riesgos de salud; efecto del medio ambiente 1.3.4. Estudio de la Historia humana (evolucin, migracin) 1.3.5. Identificacin del DNA (forense) 1.3.6. El impacto de la genmica en las actividades humanas 1.3.6.1. Agricultura 1.3.6.2. Ganadera 1.3.6.3. Bioprocesos 1.3.7. Aspectos ticos, legales y sociales de la utilizacin del genoma humano 1.3.8. Identificacin de variaciones genticas del genoma humano (SNPs) entre razas y poblaciones Lecturas y otros recursos Mtodos de enseanza Actividades de aprendizaje Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e integrar conceptos. Utilizacin de las bases de datos en lnea. Resolucin de problemas mdicos. Permitir la exposicin de conceptos investigados como parte de sus tareas, hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y artculos actuales. Anlisis de lecturas. Utilizacin de computadora y herramientas en Internet. Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar conocimientos. Utilizacin de las bases de datos del genoma humano y de aplicaciones para el anlisis de las secuencias de los genes y de protenas.

Unidad 2. Genmica
Tema 2.1. Procariotes 2.1.1. Escherichia coli 2.1.1.1. Importancia cientifica de E. Coli 2.1.1.2. Caractersticas generales del genoma de E. coli 2.1.2. Bacillus Subtillis 2.1.2.1. Importancia industrial de B subtilis 2.1.2.2. B subtilis biotopo 2.1.2.3. Organizacin general del genoma de B subtilis 2.1.3. Archaeoglobus fulgidus 2.1.3.1. Importancia biologica de A fulgidus 2.1.3.2. Caractersticas generales del genoma de A fulgidus

18 h 5h

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Tema 2.2. Eucariotes 5h 2.2.1. La levadura Saccharomyces cerevisiae 2.2.1.1. Importancia cientifica e industrial de S cerevisiae 2.2.1.2. Caractersticas generales del genoma de S cervisiae 2.2.2. La planta Arabidopsis thaliana 2.2.2.1 Importancia cientifica de A thaliana 2.2.2.2. Caractersticas generales del genoma de A thaliana 2.2.3. El nematodo Caenorhabditis elegans 2.2.3.1. Importancia cientifica de C elegans 2.2.3.2. Caractersticas generales del genoma de C elegans 2.2.4. La mosca de la fruta Drosophila melanoganster 2.2.4.1. Importancia cientfica de D melanogaster 2.2.4.2. Caracterstica generales del genoma de D melanogaster 2.2.5. Otros organismos con proyectos geonmicos en curso 2.2.6. Perspectivas y nuevos retos el rea genmica Tema 2.3. Genmica comparativa 8h 2.3.1. Evolucin molecular 2.3.1.1 Evolucin del tamao de los genomas 2.3.1.2. Papel de la composicin de las bases en la evolucin 2.3.1.3. Evolucin del genoma procariote 2.3.2. De procariote a eucariote 2.3.2.1. Origen de la clula eucariota 2.3.2.2. Evolucin del genoma mitocondrial 2.3.2.3. Origen y evolucin de los plstidos 2.3.3. Evolucin del genoma nuclear 2.3.3.1. Intrones 2.3.3.2. Nmero de genes y numero de protenas 2.3.3.3. Elementos no codificantes 2.3.3.4. Expansin de la familia de genes 2.3.3.5. Duplicacin del genoma 2.3.4. Filogenia molecular 2.3.4.1. Reloj molecular 2.3.4.2. Ortlogo vs paralogo 2.3.4.3. Filogenia molecular en la era genmica 2.3.4.4. Interrelacin entre taxas distantes; el rbol de la vida 2.3.4.5. Taxonoma organelar vs taxonoma nuclear 2.3.4.5. Filogenia de mamferos Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos. Bsqueda de las bases de datos de los genomas de los organismos recursos descritos en el temario. Permitir la exposicin de conceptos investigados como parte de sus tareas, hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material Mtodos de visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en enseanza libros y artculos actuales. Anlisis de lecturas. Resolucin de problemas ilustrativos tomados de la literatura cientfica. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. Anlisis de las bases de datos de los genomas. Realizacin de ejercicios aprendizaje prcticos e ilustrativos de un problema cientfico.

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Unidad 3. Protenas
Tema 3.1. Aminocidos y pptidos 3.1.1. Clasificacin de aminocidos 3.1.2. Propiedades fisicoqumicas de aminocidos 3.1.3. Enlace peptdico 3.1.4. Pptidos bioactivos 3.1.5. Protenas 3.1.5.1. Fibrosas 3.1.5.2. Globulares 3.1.6. Localizacin y compartamentalizacin de protenas 3.1.7. Funcin de las protenas 3.1.7.1. Regulacin de la funcin 3.1.8. Familias de protenas y evolucin. Tema 3.2. Estructura de las protenas 3.2.1. El dogma central de la biologa molecular 3.2.1. Splicing 3.2.1. Estructura primaria 3.2.2. Estructura secundaria 3.2.3. Estructura terciaria 3.2.4. Estructura cuaternaria 3.2.5. Plegamiento de protenas 3.2.6. Modificacin postraduccional de protenas 3.2.6.1. Fosforilacin 3.2.6.2. Glicosilacin 3.2.6.3. Palmitoilacin

18 h 3h

2h

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Tema 3.3. Propiedades fisicoqumicas de protenas 3.3.1. Peso molecular 3.3.1.1. Determinacin experimental 3.3.1.2. Calculo con base a la secuencia de aminocidos 3.3.2. Punto isoelctrico (pI) 3.3.2.1. Definicin 3.3.2.2. Calculo del pI (experimental y terico) 3.3.3. Coeficiente de extincin molar 3.3.4. ndice de hidropata 3.3.4.1. Prediccin de regiones transmembranales 3.3.5. Prediccin de sitios de: 3.3.5.1. Fosforilacin 3.3.5.2. Glicosilacin 3.3.5.3. Palmitoilacin 3.3.6. Presecuencias (secuencia seal) proteicas. 3.3.4. Isoformas Tema 3.4. Expresin, aislamiento y purificacin de protenas 3.4.1. Seleccin de la fuente de protena. 3.4.2. Clonacin del gene 3.4.3. Expresin heterologa de protenas (sobreexpresin) 3.4.3.1. Sistemas de expresin 3.4.3.1.1. E. coli 3.4.3.1.2. Levaduras: Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris 3.4.3.1.3. Clulas de mamferos 3.4.3.1.4. Clulas de plantas 3.4.4. Ruptura de clulas 3.4.5. Centrifugacin 3.4.6. Precipitacin 3.4.7. Tcnicas cromatograficas 3.4.8. SDS-PAGE 3.4.9. Identificacin y caracterizacin de protenas 3.4.10. Determinacin de la pureza 3.4.11. Determinacin de la actividad Lecturas y otros recursos Mtodos de enseanza

5h

8h

Actividades de aprendizaje

Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e integrar conceptos. Realizacin de practicas de laboratorio enfocados a la caracterizacin fisicoqumica de las protenas. Permitir la exposicin de conceptos investigados como parte de sus tareas, hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y artculos actuales. Anlisis de lecturas. Utilizacin de herramientas en Internet especializadas en prediccin y anlisis de estructuras y secuencias de aminocidos. Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar conocimientos. Realizacin de practicas de laboratorio enfocados al aislamiento, purificacin y caracterizacin fisicoqumica de las protenas.

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Unidad 4. Protemica
Tema 4.1. Introduccin a la Protemica 4.1.1. Definicin 4.1.2. Protemica vs Genmica 4.1.3. reas de estudio de la protemica 4.1.3.1. Expresin de protenas 4.1.3.2. Funcin de protenas 4.1.3.3. Modificacin postraduccional de protenas 4.1.3.4. Localizacin intracelular y compartamentalizacin de protenas 4.1.3.5. Interaccin protena-protena 4.1.4. Tipos de Protemica 4.1.4.1. Protemica estructural 4.1.4.2. Protemica funcional 4.1.4.3. Protemica de la expresin gnica Tema 4.2. Bases experimentales de la protemica 4.2.1. Aislamiento y separacin de protenas 4.2.1.1. Electroforesis uni-dimensional 4.2.1.2. Electroforesis bi-dimensional 4.2.1.3. Tincin de protenas 4.2.1.4. Anlisis de imgenes de geles 4.2.1.5. Digestin en gel 4.2.1.6. Bases de datos de imgenes 2D 4.2.2. Otras estrategias de aislamiento de protenas/pptidos 4.2.2.1. Cromatografa de inmunoafinidad 4.2.2.2. HPLC capilar 4.2.2.3. Electroforesis capilar 4.2.2.4. Isoelectroenfoque 4.2.3. Secuenciacin de protenas (Edman) 4.2.4. Bioinformtica de protenas 4.2.5. Complejos proteicos 4.2.5.1. Ensayo de doble hbrido 4.2.5.2. Co-inmunolocalizacin 4.2.5.3. Co-inmunoprecipitacin 4.2.5.4. Nmero y estequiometra de subunidades 4.2.5.5. Generacin del Interactoma

24 h 3

10 h

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Tema 4.3. Espectroscopia de masas 4.3.1. Bases tericas de la espectroscopia de masas 4.3.1.1. Espectroscopia de masas de protenas 4.3.1.2. Espectroscopia de masas de pptidos 4.3.2. Tipos de ionizacin de la muestra 4.3.2.1. Electrospray 4.3.2.2. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) 4.3.3. Tipos de anlisis de masa 4.3.3.1. Quadrupole mass analyzer (QM) 4.3.3.2. Time of flight (TOF) 4.3.3.3. Trampa de iones (ion trap) 4.3.4. Tipos de espectrmetros de masas 4.3.4.1. Triple quadrupolo (MS/MS) 4.3.4.2. Quadrupolo-TOF (QqTOF) 4.3.4.3. MALDI-TOF 4.3.4.4. MALDI-QqTOF 4.3.4.5. FT-ICR 4.3.5. Utilizacin de bases de datos 4.3.5.1. Peptide mass fingerprint 4.3.5.2. bases de datos de secuencia de aminocidos Tema 4.4. La protemica y la medicina 4.4.1. La protemica en la Biologa celular 4.4.1.1 Protemica subcelular 4.4.2. Protemica en enfermedades (biomarcadores) 4.4.2.1. Cncer 4.4.2.2. Diabetes 4.4.2.3. Enfermedades neurodegenerativas 4.4.3. Protemica de rganos 4.4.4. Protemica de tejidos 4.4.5. Protemica de fluidos 4.4.6. Protemica y el desarrollo de frmacos 4.4.7. Chips de protenas Lecturas y otros recursos Mtodos de enseanza Actividades de aprendizaje

5h

6h

Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e integrar conceptos. Permitir la exposicin de conceptos investigados como parte de sus tareas, hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y artculos actuales. Anlisis de lecturas. Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar conocimientos.

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E) ESTRATEGIAS DE ENSEANZA Y APRENDIZAJE

Exposicin del maestro con apoyo de recursos visuales y audiovisuales Tareas previas y posteriores a cada tema Exposicin de estudiantes de temas de manera individual y/o en equipo (segn las caractersticas del grupo o el tema) Anlisis de textos cientficos. Evaluacin de conceptos formales en exmenes parciales Evaluacin de la capacidad de sntesis e integracin del conocimiento mediante exmenes parciales, escritura de ensayos y anlisis de casos. Utilizacin de las bases de datos en lnea de los genomas humanos y de otros organismos en la resolucin de problemas cientficos o mdicos. Utilizacin de las aplicaciones/herramientas en lnea para el estudio de las propiedades fisicoqumicas de las protenas, as como aquellas especializadas en el anlisis de la estructura tridimensional. Realizacin de ejercicios prcticos e ilustrativos.

F) EVALUACIN Y ACREDITACIN
Elaboracin y/o presentacin
Primer examen parcial Segundo examen parcial Tercer examen parcial Cuarto examen parcial Examen ordinario

Periodicidad
1 1 1 1 1

Abarca
Unidad 1 Unidad 2 Unidad 3 Unidad 4 Unidades 1-4 TOTAL

Ponderacin
15% 15% 15% 15% 40% 100%

G) BIBLIOGRAFA Y RECURSOS INFORMTICOS

Textos bsicos - Smith, Gina. The Genomics Age. USA, AMACOM American Management Association. 2005. pp: 262. - Sensen, C.W. Genomics and Bioinformatics Vol 5b. Biotechnology 2da Edicin. USA. Wiley-VCH. 2001. pp: 454. - Walter, John M. The Proteomics Protocols Handbook. USA. Humana Press. 2005. pp: 982 - Nedelkon, Dobrin y Nelson, Randall W. New and Emerging Proteomic Techniques. Methods in Molecular Biology. USA. Humana Press. 2006. pp: 228.

Textos complementarios - Starkey, Mike y Elaswarapu, Ramnath. Genomics Protocols 2da Edicin. Methods in Molecular Biology. Reino Unido. Humana Press. 2008. pp:424. - Primrose, Sandy B. y Twyman, Richard M. Genomics, Applications in human biology. USA. Blackwell Publishing. 2004. pp: 216.

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- Grandi, Guido. Genomics, Proteomics and Vaccines. Reino Unido. John Wiley & Sons. 2004. pp: 313. - Thongboonkerd, Visith. Proteomics of Human Body Fluids. USA. Humana Press. 2007. pp: 520. - Saccone, Cecilia y Pesole, Grazano. Handbook of Comparative Genomics, Principles and Methodology. USA. John Wiley & Sons. 2003. pp: 427. - Brown, Stuart M. Essential of Medical Genomics. USA. Wiley-Liss. 2003. pp: 235. Recursos en Internet Gene Gateway: Human Genome Project Information: DOE Genome Research Programs: Online Mendelian Inheritance in Man: National Center for Biotechnology Information: Entrez Gene: GenBank: Swiss Prot: Protein Data Bank:

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