Universidad Autnoma de San Luis Potos Facultad de Ciencias Programas Analticos de la Licenciatura de Biofsica.

1) NOMBRE DE CADA CURSO O ACTIVIDAD CURRICULAR

A) LABORATORIO DE BIOFSICA. B) DATOS BSICOS DEL CURSO

Semestre Horas de teora por semana Horas de prctica por semana Horas trabajo adicional estudiante Crditos

10

C) OBJETIVOS DEL CURSO

Al finalizar el curso el estudiante ser capaz integrar los conocimientos de tcnicas

Objetivos generales

experimentales aprendidos en los cursos previos para aplicarlos en la resolucin de problemas de inters en el campo de la biofsica molecular. Describir y comprender algunos de los avances ms recientes en el campo de la biofsica experimental. Relacionar el conocimiento experimental y terico aprendido en los cursos de licenciatura con las tcnicas modernas para aislar y caracterizar biomolculas. Utilizar diferentes tcnicas experimentales en aplicaciones avanzadas que le permitan generar conocimiento molecular para resolver problemas de importancia biofsica.
Unidades 1. Introduccin, amplificacin y aislamiento de plsmidos en bacterias. Objetivo especfico El alumno entender los componentes bsicos de los plsmidos bacterianos as como el papel central que de stos en las tcnicas actuales de DNA recombinante. El alumno se familiarizar con el uso de las enzimas de restriccin como una herramienta para la caracterizacin y manipulacin de molculas de ADN.

Objetivos especficos

2. Anlisis de ADN con enzimas de restriccin. Separacin de los fragmentos en geles de agarosa y documentacin de resultados. 3. Amplificacin de ADN con la tcnica de PCR o reaccin en cadena de la polimerasa. 4. Propiedades espectroscpicas de las biomolculas. 5. Propiedades espectroscpicas de las protenas. 6. Cintica enzimtica.

El alumno entender las bases de la reaccin de PCR y aprender a programar un termociclador. Que el alumno conozca las propiedades espectroscpicas (absorbencia y fluorescencia) de las biomolculas. Que el alumno conozca las propiedades espectroscpicas de las protenas y su utilidad en el estudio de la estructura y funcin de las mismas. El alumno ser capaz de implementar un sistema experimental para la determinacin de los parmetros cinticos. Vmax y Km de un enzima. El alumno comprender las diferentes formas de regulacin de la actividad enzimtica en el metabolismo celular. Que el estudiante conozca los principios y correcta alineacin del microscopio ptico.

7. Regulacin alostrica, activacin e inhibicin enzimtica. 8. Diseo, construccin y alineamiento de un microscopio ptico compuesto.

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9. Preparacin de una muestra de microtbulos estables, y su observacin con el microscopio construido en 9 (1) utilizando procesamiento digital de y 10. Diseo, construccin imgenes. de un sistema de alineamiento pinzas pticas para la manipulacin de partculas micromtricas.

Que el estudiante conozca los principios y ventajas del procesamiento digital de imgenes. Que el estudiante conozca los principios y aplicaciones de la tcnica de pinzas pticas.

D) CONTENIDOS Y MTODOS POR UNIDADES Y TEMAS 5h/semana, 16 semanas: 80 h/semestre

5h Tema 1.1 Definicin y estructura general de un plsmido. 1h Tema 1.2 Transformacin: Introduccin de un plsmido a bacterias. 2h Tema 1.3 Aislamiento del ADN mediante el mtodo de lisis alcalina. 2h Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 1. Introduccin, amplificacin y aislamiento de plsmidos en bacterias.

5h agarosa y documentacin de resultados. Tema 2.1 Definicin y nomenclatura de las enzimas de restriccin. 1h Tema 2.2 Construccin de un mapa de restriccin de una secuencia de ADN. 1h Tema 2.3 Digestin de un plsmido con una enzima de restriccin. 0.5 h Tema 2.4 Preparacin de un gel de agarosa. 1h Tema 2.5 Separacin de los productos de la digestin en el gel. 1h Tema 2.6 Fotodocumentacin de los resultados en un transiluminador con luz UV. 0.5 h Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado Mtodos de fsico de cada uno de los conceptos nuevos. enseanza Experimentos demostrativos de los principios fsicos relacionados con esta unidad Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 2. Anlisis de ADN con enzimas de restriccin. Separacin de los fragmentos en geles de

5h Tema 3.1 Discusin de los principios tericos y usos de la reaccin de PCR. 1h Tema 3.2 Programacin de un termociclador. 0.5 h Tema 3.3 Realizacin de la reaccin de PCR. 1.5 h Tema 3.4 Anlisis de los productos de la reaccin de PCR en geles de agarosa. 1.5 h Tema 3.5 Documentacin de los resultados en un transiluminador con luz UV. 0.5 h Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos. Experimentos demostrativos de los principios fsicos relacionados con esta unidad Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 3. Amplificacin de ADN con la tcnica de PCR o reaccin en cadena de la polimerasa.

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10 h Tema 4.1 Obtencin de los espectros de absorbencia y fluorescencia de varias molculas orgnicas y 2.5 h reconocimiento que ambos (absorbencia y fluorescencia) son fenmenos fsico-qumicos ampliamente distribuidos en la naturaleza. Tema 4.2 Obtencin de los espectros de absorbencia de los aminocidos tirosina, fenilalanina y 2.5 h triptfano, y de los cofactores NAD, NADH, NADP, NADPH y FAD. Tema 4.3 Obtencin de los espectros de fluorescencia de los aminocidos tirosina, fenialanina y 2.5 h triptfano, y del FAD. Tema 4.4 Determinacin del efecto del cambio de la polaridad del medio en la intensidad de la 2.5 h fluorescencia. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 4 Propiedades espectroscpicas de las biomolculas.

Unidad 5. Propiedades espectroscpicas de las protenas.

Tema 5.1 Determinacin de las propiedades espectroscpicas (absorbencia y fluorescencia) de la glucosa oxidasa (GOx) y diferenciacin de la contribucin de los aminocidos aromticos y del grupo prosttico FAD en los mismos. Tema 5.2 Determinacin de la concentracin molar (M) de la GOx utilizando la ecuacin de Lambert1h Beer. Tema 5.3 Determinacin del nmero de residuos de triptfano por titulacin de la fluorescencia con 1h NBS. Tema 5.4 Determinacin del grado de exposicin de los residuos de triptfano por titulacin de la 2h fluorescencia con acrilamida. Tema 5.5 Diferenciacin de los espectros de fluorescencia de la GOx en su forma nativa (activa) y en 1h su forma desnaturalizada (inactivada por altas temperaturas). Tema 5.6 Relacin del espectro de dicrosmo circular de la GOx (cambio en estructura secundaria) 2h con su estado nativo (activa) y en su estado desnaturalizado (inactivada por la incubacin a altas temperaturas). Tema 5.7 Determinacin de la cintica de inactivacin de la GOx por la incubacin a altas 1h temperaturas y su relacin con los datos obtenidos en los temas 5 y 6. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

10 h 2h

Unidad 6. Cintica enzimtica.

Tema 6.1

Ensayo de la cintica enzimtica de la GOx saturando la enzima con el sustrato (glucosa). Determinacin de las velocidades de reaccin utilizando un mtodo colorimtrico. Tema 6.2 Anlisis por computadora de los datos obtenidos en 6.1 para la obtencin de Vmax y Km 2h por regresin no-lineal utilizando el programa Microcal Origin 6.0 y por mtodo grfico. Tema 6.3 Determinacin del efecto del pH y temperatura en la velocidad de la reaccin de la 4h GOx. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado Mtodos de fsico de cada uno de los conceptos nuevos. enseanza Experimentos demostrativos de los principios fsicos relacionados con esta unidad Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

10 h 4h

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5h Tema 7.1 Ensayo de la cintica enzimtica de la enzima piruvato cinasa de hgado de rata en 2h ausencia y presencia de su regulador alostrico fructosa 1,6-bifosfato. Tema 7.2 Ensayo de la inhibicin de la piruvato cinasa por oxalato y determinacin del tipo de 2h inhibicin. Tema 7.3 Ensayo de la activacin de la piruvato cinasa por potasio. 1h Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos. Experimentos demostrativos de los principios fsicos relacionados con esta unidad Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 7. Regulacin alostrica, activacin e inhibicin enzimtica.

5h Tema 8.1 Se construir un microscopio compuesto con poder de aumento ~500X a partir de 5h componentes pticos discretos, tales como lentes y espejos. El objetivo a utilizar (100X, apertura numrica = 1.4) ser de nivel estudiantil (costo aproximado: 3000 pesos). Como fuente de luz se utilizar un diodo emisor de luz (LED), el cual requiere un circuito electrnico simple para su funcionamiento, mismo que los estudiantes construirn. Finalmente, las imgenes producidas por el microscopio sern registradas por una cmara de CCD conectada directamente a una computadora para subsecuente anlisis digital. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 8 Diseo, construccin y alineamiento de un microscopio ptico compuesto.

10 h microspocio construido en (8) utilizando procesamiento digital de imgenes. Tema 9.1 Se pondr en uso el microscopio ptico construido en (8), con un experimento cuyo fin 10 h ser lograr imgenes de microtbulos (MTs). Las imgenes de MTs individuales se lograrn con el uso extenso de procesamiento digital de imgenes por computadora, utilizando el programa (disponible sin costo) ImageJ [1]. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Mtodos de Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado enseanza fsico de cada uno de los conceptos nuevos Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 9. Preparacin de una muestra de microtbulos estables, y su observacin con el

15 h manipulacin de partculas micromtricas. Tema 10.1 Se construir un sistema de pinzas pticas utilizando como base el microscopio 15 h construido en (8). En este experimento, se alinear la ptica necesaria para acoplar un haz de lser de mediana potencia dentro del microscopio, de forma tal que se logren atrapar y manipular partculas nano- o micromtricas (o, inclusive, bacterias y clulas) en soluciones acuosas [2]. Lecturas y Libros de texto y Artculos de divulgacin otros recursos Exposicin detallada frente al pizarrn de cada uno de los temas haciendo nfasis del significado Mtodos de fsico de cada uno de los conceptos nuevos. enseanza Experimentos demostrativos de los principios fsicos relacionados con esta unidad Actividades de Resolucin de problemas tanto por parte del alumno como del maestro aprendizaje

Unidad 10. Diseo, construccin y alineamiento de un sistema de pinzas pticas para la

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E) ESTRATEGIAS DE ENSEANZA Y APRENDIZAJE Exposicin del maestro con apoyo de recursos visuales y audiovisuales Tareas previas y posteriores a cada tema Anlisis de textos cientficos y tecnolgicos Evaluacin de conceptos formales en exmenes parciales Evaluacin de la capacidad de sntesis e integracin del conocimiento mediante exmenes parciales

F) EVALUACIN Y ACREDITACIN
Elaboracin y/o presentacin
Primer examen parcial Segundo examen parcial Tercer examen parcial Cuarto examen parcial Examen ordinario

Periodicidad
1 1 1 1 1

Abarca
Unidades 1 a 3 Unidad 4 y 5 Unidades 6 y 7 Unidad 8 a 10 Unidades 1 a 10 TOTAL

Ponderacin
20% 20% 20% 20% 20% 100%

G) BIBLIOGRAFA Y RECURSOS INFORMTICOS

1. Sambrook y Russell. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Volumen 1. 3ra. Edicin. USA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. 2. Sambrook y Russell. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Volumen 2. 3ra. Edicin. USA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. 3. Sambrook y Russell. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Volumen 3. 3ra. Edicin. USA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. 4. Lewin. Genes IX. USA, Jones and Barletts, 2008. 5. Lakowicz, Joseph R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3ra Edicin. USA. Springer-Verlag. 2006. pp: 923. 6. Brand, Ludwing y Johnson, Michael L. Fluorescence Spectroscopy. Methods in Enzymology, Vol 278. USA. Academic Press. 1997. pp: 627. 7. Segel, Irwin H. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and SteadyState Enzyme Systems. USA. Wiley Classics Library. 1975. pp: 992 8. Braulio Gutirrez-Medina and Steven M. Block Visualizing individual microtubules using bright-field microscopy, arXiv:0911.1490v1 [physics.bio-ph]. 9. Appleyard, et al., Optical trapping for undergraduates, Am. J. Phys. (75) 1, 5-14 (2007).

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