Universidad Autnoma de San Luis Potos Facultad de ... Programas Analticos de los primeros dos semestres de la Licenciatura de ...

1) NOMBRE DE CADA CURSO O ACTIVIDAD CURRICULAR A) Seminario de Biofisica I: Identificacin y estudio de complejos proticos en clulas eucariontes.

B) DATOS BSICOS DEL CURSO

Semestre Horas de teora por semana Horas de prctica por semana Horas trabajo adicional estudiante Crditos

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C) OBJETIVOS DEL CURSO

Al finalizar el curso el estudiante ser capaz de entender que la mayora de las proteinas celulares funcionan en asociacin con otras protenas. Conocer numerosos ejemplos en los que la funcin de una protena depende completamente de su asociacion con otra y conocer los mdulos o dominios proticos mediadores de estas interacciones. Conocer tambin los mecanismos que permiten una regulacin estricta de estas interacciones. Comprender los principios fsicos que permiten establecer la existencia y aislamiento de complejos multiproticos y la identificacin de los componentes individuales que los constituyen. Entender los principios y mtodos que permiten la identificacin y estudio de las interacciones protena-protena in vivo. Conocer la composicin y regulacin de las enormes mquinas proticas involucradas en procesos fundamentales de la clula, incluyendo la sntesis de los cidos desoxi-ribonuclico y ribonuclico, as como la degradacin del ARN mensajero que ocurre durante el fenmeno de interferencia de ARN. Comprender la regulacin de los complejos multiproticos participantes tanto en la sntesis como en la degradacin general de las protenas. Unidades Objetivo especfico 1. Introduccin al Comprender que la mayora de las proteinas no funcionan como estudio de complejos elementos aislados sino en asociacin con otras protenas. Se proticos ilustrarn con ejemplos concretos la importancia de las interacciones protena-protena. 2. Enfoques Entender los enfoques experimentales utilizados en la experimentales para el identificacin y aislamiento de complejos proticos. Se revisarn estudio de los las tcnicas de centrifugacin, separacion por cromatografa de complejos proticos columa y espectrometra de masas. 3. Estudio de Conocer las tcnicas con las que se puede estudiar la interaccin interacciones proteina- de protenas en clulas intactas. Se incluir el sistema de doble proteina in vivo hbridos en levadura y la tcnica fluorescente FRET. 4. Estudios globales de Revisar la literatura existente de mapas de interacciones interacciones protena- proteicas determinados en estudios globales de proteomas protena completos. Se examinarn resultados de estudios en levadura y en clulas de origen humano. 5. Dominios Conocer los dominios o mdulos proticos mas comnes que involucrados en las median las interacciones entre protenas. interacciones protena-

Objetivos generales

Objetivos especficos

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protena 6. Regulacin de las interacciones entre protenas 7. Complejos proticos de gran tamao y metabolismo de cidos nuclicos 8. Complejos multiproticos en la sntesis y degradacin de protenas

Entender que algunas interacciones entre protenas ocurren de manera constitutiva pero que la gran mayora de estas interacciones se encuentran sujetas a una estricta regulacin, mediada mayormente por diversas modificaciones postransduccionales tales como la fosforilacin. Conocer los enormes complejos proticos que participan en la sntesis de ADN y en la sntesis y degradacin de ARN, as como los mecanismos reguladores de la actividad de dichos complejos. Entender la composicin y regulacin de los complejos multiproteicos involucrados en el marcaje de protenas para su degradacin y en el proceso mismo de degradacin.

D) CONTENIDOS Y MTODOS POR UNIDADES Y TEMAS

5h/semana, 16 semanas: 80 h/semestre Unidad 1 Introduccin al estudio de complejos proticos
6h Tema 1.1 Conceptos bsicos de las interacciones entre protenas 3h 1.1.1 Las funciones celulares son efectuadas por protenas 1.1.2 La mayora de las protenas realiza su funcion en asociacion con otras protenas 1.1.3 Tipos de interfases mediadoras de la unin entre protenas 1.1.4 Versatilidad en la unin antgeno-anticuerpo 1.1.5 La fuerza de la interaccin entre protenas se identica por la constante de equilibrio Tema 1.2. . Importancia de las interacciones proteina-proteina 3h 1.2.1 El transporte del canal de calcio del RE a la membrana requiere la unin a protenas 1.2.2 El factor de transcripcin NFkB es retenido en el citoplasma por su asociacin con IkB 1.2.3 La unin de la caspasa-8 a FADD aumenta su concentracin y la activa 1.2.4 Las protenas cinasas que dirigen el ciclo celular se activan por su unin a las ciclinas 1.2.5 Regulacin de la estabilidad protica por asociacin con otras protenas Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, Mtodos de hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de enseanza material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

Unidad 2. Enfoques experimentales para el estudio de los complejos proticos

Tema 2.1. Estudio de complejos proticos por centrifugacin 2.1.1 Principios bsicos de la tcnica de centrifugacin 2.1.2 Preparacin de extractos celulares por centrifugacin 2.1.3 Identificacin de complejos proticos usando gradientes de sacarosa

14 h 2h

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Tema 2.2. Identificacin de complejos proticos por cromatografa en columna 4h 2.2.1 Principios y diferencias entre los sistemas de FPLC y HPLC 2.2.2 Columnas de exclusin molecular 2.2.3 Columnas de intercambio aninico 2.2.4 Columnas de intercambio catinico Tema 2.3. Aislamiento de complejos proticos con anticuerpos 4h 2.3.1 Estructura y funcin de los anticuerpos 2.3.2 Especificidad de la unin de los anticuerpos a la protena A y a la protena G 2.3.3 Empleo de anticuerpos en el aislamiento de complejos proticos 2.3.4 Empleo de pptidos cortos (tags) en la identificacin y aislamiento de protenas 2.3.5 Aislamiento de complejos proticos por un criterio doble de separacin (Nakatani) 2.3.6 Separacin de complejos por geles nativos Tema 2.4. Identificacin de los componentes individuales en los complejos proticos 4h 2.4.1 Utilizacin de anticuerpos para la identificacin de protenas por western-blot 2.4.2 Principios de la tcnica de espectrometra de masas 2.4.3 Identificacin de las protenas en una mezcla por espectrometra de masas Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

Unidad 3. Estudio de interacciones protena-protena in vivo

8h Tema 3.1. Sistema de doble hbrido en la levadura S cerevisiae 4h 3.1.1 La estructura modular de los factores de transcripcion y el sistema de doble hbrido 3.1.2 Propiedades generales del crecimiento de la levadura Saccharomyces cerevisiae 3.1.3 El sistema de doble hbrido permite estudiar interacciones proticas ya conocidas 3.1.4 Uso de la levadura para la identificacin de interacciones nuevas entre protenas Tema 3.2. Actividad enzimatica de la dihidrofolato reductasa e interacciones proteicas 2h 3.2.1 Funcin de la dihidrofolato reductasa (DHFR) 3.2.2 Mutante de la DHFR resistente al efecto inhibidor del metrotexate 3.2.3 Reconstitucin de la actividad de la DHFR como indicador de interacciones proteicas Tema 3.3. FRET 2h 3.3.1 Principios generales del fenmeno de la fluorescencia 3.3.2 Principios de FRET 3.3.3 Empleo de FRET en el estudio de las interacciones protena-protena Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, Mtodos de hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de enseanza material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar

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de aprendizaje

conocimientos. 12 h 4h 4h

Unidad 4. Estudios globales de interacciones protena-protena

Tema 4.1. Estudios globales de las interacciones protena-protena en levadura Tema 4.2. Estudios globales de las interacciones protena-protena en clulas de humano

Tema 4.3. Bases de datos publicas para depsito y consulta de las interacciones proticas 4h 4.3.1 IntAct (www.ebi.ac.uk) 4.3.2 Interacciones entre protenas de humano (http://mips.gsf.de/pro/ppi) 4.3.3 Interacciones entre protenas de la levadura (http://mips.gsf.de/genre/proj/mpact) Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

Unidad 5. Dominios involucrados en las interacciones protena-protena

6h Tema 5.1. Dominios proticos presentes en protenas de sealizacin 2h 5.1.1 Dominios de homologa con Src 2 (SH2) 5.1.2 Dominios de homologa con Src 3 (SH3) 5.1.3 Dominios de homologa con la pleckstrina (PH) Tema 5.2. Dominios proticos presentes en protenas apoptoticas 2h 5.2.1 Dominio reclutador de caspasas (CARD) 5.2.2 Dominio de muerte (DD) 5.2.3 Dominio efector de muerte (DEF) Tema 5.3. Dominios presentes en otras protenas 2h 5.3.1 Dominios PDZ 5.3.2 Dominios WW 5.3.3 Dominios WD40 Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

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Unidad 6. Regulacin de las interacciones entre protenas

Tema 6.1. Regulacin por compartamentalizacin diferencial en la clula 6.1.1 Interaccin entre el citocromo c y Apaf-1 6.1.2 Unin de la beta-catenina con TCF Tema 6.2. Regulacin por modificaciones postransduccionales 2h 6.2.1 Regulacin por fosforilacin 6.2.2 Regulacin por monoubicuitinacin 6.2.3 Regulacin por poli-ubicuitinacin Tema 6.3. Regulacin por sntesis y degradacin 2h 6.3.1 Interacciones entre las ciclinas y las protenas cinasas dependientes de ciclinas 6.3.2 Inhibicin de Cdt1 en el complejo pre-replicativo por la geminina Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

6h 2h

Unidad 7. Complejos proticos de gran tamao y metabolismo de cidos nuclicos

16 h Tema 7.1. Complejos multiproticos involucrados en el proceso de replicacin 4h 7.1.1 Composicin bsica del complejo de reconocimiento del origen de replicacin (ORC) 7.1.2 Formacin del complejo pre-replicativo: Adicin de Mcm por Cdc6 y Cdt1 al ORC 7.1.3 Activacin del complejo pre-replicativo por Cdks en la interfase G1/S Tema 7.2. Complejos moleculares gigantes son responsables de la transcripcin 8h 7.2.1 Composicin de subunidades de la ARN polimerasa II 7.2.2 Factores de transcripcin generales regulan la funcin de la ARN polimerasa II 7.2.3 Composicin de subunidades del complejo del Mediador 7.2.4 El complejo multiprotico RISC dirige la degradacin selectiva de ARNm 7.2.5 Empleo experimental de la maquinaria de ARN interferente Tema 7.3. Metabolismo de ARN y complejos multiproticos 4h 7.3.1 Composicin y funcin de los ribosomas 7.3.2 Composicin y regulacin del complejo protico mediador del ARN interferente (RISC) Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje

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Unidad 8. Complejos multiproticos en la sntesis y degradacin de proteinas

Tema 8.1. Ribosoma 8.1.1 Composicin y ensamblaje del ribosoma 8.1.2 Regulacin de la funcin del ribosoma Tema 8.2. Ligasa de ubicuitina SCF 2h 8.2.1 Composicin y funcin del complejo SCF 8.2.2 Regulacin de la actividad del complejo SCF Tema 8.3. Ligasa de ubicuitina APC/C 2h 8.3.1 Composicin y funcin del complejo APC/C 8.3.2 Las proteinas acivadoras Cdc20 y Cdh1 regulan la especificidad del APC/C Tema 8.4. Proteasoma 4h 8.4.1 Composicin y regulacin de la partcula reguladora del proteasoma 8.4.2 Composicin y especificidad del ncleo cataltico del proteasoma Lecturas y Lecturas complementarias de libros especializados de biologa moderna, para reforzar e otros integrar conceptos recursos Mtodos de Permitir la exposicin de conceptos empricos o investigados como parte de sus tareas, enseanza hasta la construccin del concepto formal. Clases presnciales del profesor con apoyo de material visual y/o audiovisual que describa y ejemplifique los conceptos analizados, apoyndose en libros y, sobretodo, artculos actuales. Anlisis de lecturas. Actividades Lecturas complementarias, posteriores a cada tema, para concretar conceptos y reforzar de conocimientos. aprendizaje E) ESTRATEGIAS DE ENSEANZA Y APRENDIZAJE

12 h 4h

Exposicin del maestro con apoyo de recursos visuales y audiovisuales Tareas previas y posteriores a cada tema Exposicin de estudiantes de temas de manera individual y/o en equipo (segn las caractersticas del grupo o el tema) Anlisis de textos cientficos y tecnolgicos Evaluacin de conceptos formales en exmenes parciales Evaluacin de la capacidad de sntesis e integracin del conocimiento mediante exmenes parciales, escritura de ensayos y anlisis de casos

F) EVALUACIN Y ACREDITACIN
Elaboracin y/o presentacin
Primer examen parcial Segundo examen parcial Tercer examen parcial Cuarto examen parcial Quinto examen parcial

Periodicidad
1 1 1 1 1

Abarca
Unidades 1,2 Unidades 3,4 Unidades 5,6 Unidades 7 Unidades 8-9 TOTAL

Ponderacin
20% 20% 20% 20% 20% 100%

Se deber cumplir con cada uno de los aspectos a evaluar para poder tener calificacin aprobatoria.

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G) BIBLIOGRAFA Y RECURSOS INFORMTICOS

Textos bsicos Bruce Alberts et al. Molecular Biology of the Cell, 5 edicion, 2008. Benjamn Lewin. Genes IX, 2008 Textos complementarios Burton E. Tropp. Molecular Biology. Genes to Proteins. 3 edicion, 2008 Lodish et al. Molecular Cell Biology. 6 edicion, 2008

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