Estructura y funcin de aminocidos y protenas.

Ctedra de Bioqumica y Biologa Molecular. Curso lectivo 2012

Carlos Alberto Marra

El objetivo central de la actividad

Relacionar la estructura de aminocidos y protenas con su funcin biolgica

Destacada importancia en biomedicina para el entendimiento de la salud y de los procesos patolgicos: su etiopatogenia y su remedacin o su tratamiento paliativo

El proteoma y su utilidad en la identificacin personalizada de la expresin de protenas

Funciones de las protenas

Protenas de transporte: hemoglobina, lipoprotenas, protenas de transporte celular en membrana plasmtica y en citoplasma. Protenas nutrientes y de reserva: ovoalbmina, casena, protenas de semillas, ferritina. Protenas con capacidad cataltica: enzimas, ribozimas. Protenas estructurales: colgeno, elastina, queratina, fibrona, resilina Protenas de defensa: inmunoglobulinas, fibringeno y trombina, venenos de serpientes, toxinas de bacterias y plantas. Protenas reguladoras: hormonas, protenas fijadoras de GTP, ADN, Ca, ligandos varios.

Definicin de protena: Biopolmero constituido por el enlace covalente peptdico de restos de alfa-Laminocidos
Si su peso molecular es < 6 kDa (6000 Daltons) (aprox. 55 restos de aminocidos o RAA) son llamados pptidos. Nomenclatura: dipptido (2 RAA), tripptido (3 RAA), tetrapptido (4 RAA), etc. En general se llaman oligopptidos los mayores a 15 RAA.

Algunos ejemplos de pptidos: glucagn, varias hormonas de la hipfisis, factores de regulacin hipotalmicos, la vasopresina, los interferones, ciertos antibiticos, etc.

Estructura general de un aminocido

Carbono 1 Grupo principal cido carboxlico (como anin carboxilato)

Carbono alfa

Grupo amino terciario no substituido (como catin amonio)

Resto lateral que te otorga identidad fisicoqumica y biolgica a cada aminocido.

Estereoisomera en los -aminocidos

Nos guiaremos a travs de preguntas conceptuales

Cmo es la estructura de los monmeros formadores de protenas? (RAA)

Cmo se unen entre si?

Qu estructuras espaciales resultan?

Cul es el vnculo entre esas estructuras y las funciones biolgicas que desempean?

Una clasificacin muy usada basada en la polaridad del grupo R

De cadena aliftica

NO polares
De ncleo aromtico

RAA
POLARES

SIN carga NETA

CON carga NETA

cidos, o monoamino dicarboxlicos Bsicos, o diamino monocarboxlicos

TIPOS GENERALES DE AMINOCIDOS

PROTEICOS

PROPIAMENTE DICHOS (18) IMINOCIDOS (2: prolina e hidroxiprolina)*

NO PROTEICOS Ms de 300 que son importantes en nuestra fisiologa Varios aparecen en la protena como derivados sintetizados a posteriori sobre la molcula original y otros se hallan en forma libre. * Algunos autores consideran que la hidroxi-lisina es un aminocidos no proteico

Algunos ejemplos de aminocidos NO proteicos importantes en Medicina.

Formacin de un puente disulfuro (-S-S-)

Absorcin de luz UV por aminocidos aromticos

Cmo se forma el enlace peptdico para generar una cadena polipeptdica?

Formacin de un enlace peptdico por condensacin (deshidratacin intermolecular)

El enlace peptdico no es de libre rotacin espacial tal como lo sugiere su representacin. Es un enlace hibrido entre uno simple y otro doble, y posee cierta rigidez espacial.

El oxgeno carbonlico posee una carga negativa parcial y el nitrgeno del grupo amida tiene una carga residual positiva crendose entre ambos un dipolo elctrico. Entonces, todos los enlaces peptdicos poseen planos que sitan a los restos del carbono alfa en situacin opuesta espacialmente o en configuracin trans.

Existen entonces restricciones estricas de los planos de enlace peptdico o planos amida (ngulos y )

Diagramas de Ramachandran

Formacin de un tetrapptido: nocin de secuencia.

Cmo se nombran los pptidos?

Tirosil-glicil-glicil-fenilalanil-leucina

Todos los polipptidos estn organizados en el espacio en niveles de complejidad estructural creciente.

1- Estructura Primaria: cadena polipeptdica

Cadena polipeptdica

Enlaces peptdicos

1.Estructura Primaria: cadena polipeptdica 2. Estructura secundaria: a. Hlice

Puente hidrgeno

1- Estructura Primaria: cadena polipeptdica 2. Estructura secundaria: a . Hlice b. Hoja plegada Puente hidrgeno

PARALELA

Vista superior

Vista lateral

ANTIPARALELA

Vista superior

Vista lateral

1- Estructura Primaria: cadena polipeptdica 2. Estructura secundaria: a . Hlice b. hoja plegada 3. Estructura terciaria: plegamiento

hoja plegada

Hlice

Puente disulfuro

Interacciones (fuerzas) estabilzadoras de la estructura terciaria

1- Estructura Primaria: cadena polipeptdica 2. Estructura secundaria: a . Hlice b. hoja plegada 3. Estructura terciaria: plegamiento 4. Estructura cuaternaria: polipptidos forman estructuras mayores

Quinto nivel

 Qu consecuencia directa acarrea el plegamiento de una protena en una conformacin compacta?

Motivos (motifs) estructurales de nivel secundario

Ejemplo de estructura cuaternaria: la desoxihemoglobina

Clasificacin general de las protenas

a. Por su composicin: simples o conjugadas b. Por su valor biolgico: de primera o de segunda clase c. Por su estructura espacial: fibrosas o globulares d. Por su actividad biolgica

Existen muchas otras clasificaciones dependiendo de los criterios considerados

Propiedades de las protenas globulares a. Geometra adaptada: simtricas o esferoidales b. Solubles en medios fisiolgicos c. De actividad biolgica regulable d. Muy antignicas e. Alta versatilidad fisiolgica f. Por lo general de elevado recambio

Un ejemplo de protena globular de nivel terciario y conjugada: la mioglobina

Un ejemplo de protena de nivel cuaternario y conjugada altamente regulable: la hemoglobina y sus confrmeros T- R

CO2 + H2O

H+ +HCO3-

Efecto del PH sobre la unin del oxgeno por la hemoglobina

Efecto del BPG sobre la unin del oxgeno por la hemoglobina

Propiedades de las protenas fibrosas

Estructura Caractersticas Ejemplos de localizacin
-queratina del cabello, plumas y uas

Hlices entrecruzadas Estructuras resistentes e por puentes insolubles disulfuro Dureza y flexibilidad variable Conformacin Triple hlice de colgeno Filamentos suaves y flexibles Elevada resistencia a la tensin sin capacidad de estiramiento

Fibrona de la seda Colgeno de los tendones, matriz sea, crnea de ojo (tejido conjuntivo)

Un ejemplo de protena fibrilar caracterstica: el colgeno

Fibrillas