PROTEINAS

Estructura Estabilidad/Dinmica Plegamiento

Estructura y estabilidad de protenas

Determinada por: Geometra de la cadena polipeptdica Energa potencial: interacciones no covalentes interacciones dipolares potencial de torsin Puentes de hidrgeno Interacciones hidrofbicas Interacciones inicas

 Amino cidos ( ionizacin ) Enlace peptdico Modificaciones amino cidos Grupos prostticos

PROTEINAS: AMINO ACIDOS

Caractersticas de los amino cidos A pH 7

PROTEINAS: AMINO ACIDOS

El C es asmtrico Los amino cidos presentes en la naturaleza son los enantimeros L

La isoleucina y la treonina tienen otro carbono asimtrico

PROTEINAS
Titulacin de amino cidos

PROTEINAS: AMINO ACIDOS

pK de los grupos ionizables

Equilibrio de ionizacin

Equilibrio de ionizacin

Equilibrio de ionizacin

PROTEINAS: AMINO ACIDOS

Solubilidad en agua
Depende de las caractersticas de la cadena: Baja solubilidad: cadenas laterales no polares ( Ala, Val, Ile, Leu, Phe, Trp, Met ) Alta solubilidad: con cadenas laterales cargadas o polares ( Glu, Asp, Arg, Lys, Asn, Gln) Ambigua: Cys His : tiene pK a prximo a 7, por lo que si esta ionizado, son polares Tyr se comporta como aa no polar Gly y Pro tienen un comportamiento tpico

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Se forma mediante la condensacin del grupo carboxilo de un aminocido con el grupo amino del otro Presenta resonancia entre dos formas

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico El giro es energticamente muy desfavorable: tiene carcter plano

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico

Puede adoptar configuracin cis o trans

La prolina es una excepcin: enlentece el plegamiento de protenas

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

El enlace peptdico lleva asociado un dipolo

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

El ngulo de rotacin en torno a un enlace peptdico ( , omega ) slo puede tomar dos valores ( para no romper la resonancia del enlace): 0o, cuando el enlace es cis 180o , cuando el enlace es trans Un enlace peptdico es una sucesin de planos peptdicos engarzados en los C Cada C forma parte de dos planos peptdicos La orientacin de los dos planos est determinada por los ngulos (phi) y (psi)

Angulo de Torsin
D B A C

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el N del mismo residuo = 0 cuando los atmos C carbonlicos de los residuos i-1 e i quedan eclipsados en cis mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el C del mismo residuo = 0 cuando los atmos N de los residuos i e i+1 quedan eclipsados en cis

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Existen valores prohibidos de y

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Valores de y ms favorables energticamente:

Diagrama de Ramachandran

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Angulos experimentales de los residuos de una protena

Ciertas interacciones pueden estabilizar conformaciones energticamente poco favorables

PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO

Estructura secundaria y diagrama de Ramachandran

PROTEINAS: CADENAS LATERALES

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

En ocasiones los amino cidos se encuentran modificados postranscripcionalmente:

Grupos fosfato introducidos por fosforilaciones en los grupos OH de las serinas

La carga negativa puede introducir distorsiones locales en la estructura

Carbohidratos unidos covalentemente

Comn en protenas de membrana Los azcares son muy hidroflicos La estructura de los carbohidratos es muy rgida en comparacin con la de las protenas ( podran proteger contra la desnaturalizacin trmica) Importantes en determinar propiedades inmunolgicas y procesos de reconocimiento celular

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Ejemplos de modificaciones covalentes de amino cidos

PROTEINAS: GRUPOS PROSTTICOS

Hay protenas que tienen grupos prostticos de carcter no proteico

Metaloprotenas: requieren iones metlicos para su funcin

Ca 2+ ( juega un papel estructural) Metales de transicin ( Fe 2+, Zn 2+ , Cu 2+ )

Otras protenas tienen el metal asociado otros ligandos: protenas con el grupo hemo
Nomenclatura Protena con el grupo prosttico: holoprotena Protena sin grupo prosttico : apoprotena

PROTEINAS: GRUPOS PROSTTICOS

Ejemplos de sitios de unin de metales

a) b) c) d)

Ca 2+ en termolisina Zn 2+ en carboxipeptidasa Protena con 4 hierros, 4 azufres y 4 cistenas Mioglobina : complejo Fe porfirina coordinado con la protena a travs de una histidina

PROTEINAS: GRUPOS PROSTTICOS

Otros grupos prostticos

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Entrecruzamientos en la cadena lineal Puentes disulfuro Ocurren por oxidacin de pares de cistenas Adoptan una conformacin no plana e imponen restricciones a la estructura proteica Aportan gran estabilidad a las estructura Pueden ser inter o intramoleculares

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Puentes disulfuro

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Entrecruzamientos en la cadena lineal Menos frecuentes que los puentes disulfuro Presentes en algunas protenas fibrilares del tejido conectivo Aportan rigidez y/o elasticidad Se originan en la aldolizacin del grupo -amino de la lisina por la enzima lisil oxidasa Puede entonces producirse una dimerizacin condensacin aldlica o una reaccin con otra lisina Pueden desencadenarse otras reacciones que combinen cadenas de varios amino cidos

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Entrecruzamientos en la cadena lineal a travs de las lisinas

PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA

Se puede determinar la secuencia de amino cidos con relativa facilidad De forma automtica se pueden analizar fragmentos de hasta 50 amino cidos Si se dispone del gen aislado, se secuencia el DNA y de ah, utilizando el cdigo gentico, se obtiene las secuencia de aa

Que informacin se obtiene?

Se determina si existen zonas de entrecruzamiento: puentes disulfuro entre cistenas, otros entrecruzamientos Apoya la informacin estructural de baja resolucin obtenida por rayos-X Permite interpretar los anlisis basados en modificaciones qumicas: estudiando fragmentos se localiza el sitio modificado quimicamente Prediccin de estructura secundaria y terciaria Aporta informacin sobre posibles sitios activos

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Determinada por: Geometra de la cadena polipeptdica Energa potencial: interacciones no covalentes interacciones dipolares potencial de torsin Puentes de hidrgeno Interacciones hidrofbicas Interacciones inicas

ESTABILIDAD DE PROTENAS
N
estado nativo

U
estado desnaturalizado unfolded

K = [U]/ [N]
Constante de equilibrio

G = - RT ln K Energa libre de Gibbs: describe la estabilidad conformacional de las protenas

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Por desnaturalizacin qumica se puede medir la estabilidad conformacional

ESTABILIDAD DE PROTENAS
G = H T S
H = energa para romper las interacciones del estado nativo S = entropa conformacional del estado desplegado

Es muy importante considerar tambin las interacciones del estado nativo y desplegado de la protena con el agua y los cambio entrpicos sufridos por el agua

ESTABILIDAD DE PROTENAS

H = rotura de interacciones internas + entalpa de hidratacin de grupos polares y apolares enterrados en la estructura nativa S = entropa conformacional del estado desplegado + entropa de hidratacin de grupos polares y apolares enterrados en la estructura nativa

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Desnaturalizacin por temperatura

Las protenas tambin se desnaturalizan por fro

Los componentes entrpico y entlpico se cancelan casi totalmente dando valores bajos de G ( 20-60 kJ mol 1 )

ESTABILIDAD DE PROTENAS

El estado nativo es marginalmente estable con respecto al desplegado La baja estabilidad puede estar acompaada de mayor flexibilidad La baja estabilidad puede facilitar la degradacin La baja estabilidad facilita que no se formen intermediarios de plegamiento estables

ESTABILIDAD DE PROTENAS
En la energtica de la estructura de las protenas hay: Contribuciones mayoritarias: aportan varios cientos de kJ Contribuciones minoritarias: aportan decenas de kJ, pero importantes
porque su valor neto es comparable al G de desplegamiento

Es muy difcil calcular la estabilidad y/o estructura de una protena debido a todas las contribuciones que participan y a que existen muchas contribuciones que se cancelan

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Contribuciones mayoritarias:
entropa conformacional S ( 25o C) -540 kJ mol 1 ( fuertemente desestabilizante) lo contrarestan efectos hidrofbicos ( cientos de kJ mol 1 ) puentes de H ( 5-10 kJ mol 1 por puente y puede haber cerca de cien en una protena)

Contribuciones minoritarias:
interacciones no covalentes interacciones dipolares potencial de torsin

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Espectroscopa de fuerzas de molculas individuales

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Energa total en funcin de y

Interacciones dipolares: Interacciones no covalentes

Potencial de torsin

Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de cadenas polipeptdicas

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Interacciones no covalentes
Interacciones atractivas y repulsivas entre tomos cuya distancia de separacin es funcin de

trmino repulsivo

trmino atractivo ( London)

Parmetros

akl

ckl son caractersticos del par de grupos ( CH3, por ej.) que interaccionan k y l

ckl se obtiene de las polarizabilidades de k y l y el nmero de electrones en la ltima capa

el trmino repulsivo no tiene justificacin terica y se obtiene experimentalmente m tiene valor entre 9 y 12, akl se obtiene ajustando la distancia de mnima energa al radio atmico

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Energa de interaccin entre grupos k y l en funcin de la distancia de separacin

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Interacciones dipolares:
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes

paralelo al enlace N-H magnitud aproximada de 3.7 D ( comparado con 1.03 D del HCl, 2.93 D del HCN )

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Interacciones dipolares:
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes

ESTABILIDAD DE PROTENAS
La orientacin de los dipolos adyacentes depende de y
La energa entre dos dipolos separados una distancia r

La energa de interaccin es la energa potencial de B en el campo elctrico generado por A , -E B

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Energa de interaccin entre dipolos

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Energa de interaccin entre dipolos

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Tambin se puede estimar la energa entre los dipolos asignando cargas parciales a los distintos tomos y sumando las interacciones

Esta estrategia presenta la dificultad de elegir la constante dielctrica local = 80 para el agua En el interior de una protena se estima que = 2-5 La energa cae fuertemente con la distancia por lo que solo la interaccin entre dipolos adyacentes es importante

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Potencial de torsin Impedimentos a la rotacin impuestos por los enlaces

Eo y Eo es la altura de la barrera asociada con las rotaciones en y ( baja, alrededor de 4 kJ mol 1 )

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Energa total en funcin de y

Interacciones dipolares: Interacciones no covalentes

Potencial de torsin

Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de cadenas polipeptdicas

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Contorno de energa para la glicina

ESTABILIDAD DE PROTENAS

Contorno de energa para la alanina

El mnimo en la regin III se debe a las interacciones dipolo-dipolo

ESTABILIDAD DE PROTENAS

An overview of molecular forces in relation to protein structure http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/course/section7/os_molf.html

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Forma de abordar el estudio cuantitativo de las interacciones Mutagnesis dirigida:
sustitucin o deleccin de residuos especficos de amino cidos

Simulaciones computacionales

ESTABILIDAD DE PROTENAS

Las protenas son estructuras dinmicas

Sus movimientos abarcan un amplio espectro de tiempos y dimensiones No existe necesariamente correlacin entre la amplitud y la velocidad de los movimientos Movimientos de pequea y de mayor amplitud en la escala de milisegundos a microsegundos son esenciales para la funcin de las protenas

ESTABILIDAD DE PROTENAS
Tcnicas para estudiar los movimientos de las protenas

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
La informacin bsica para que una protena se pliegue est contenida en su secuencia de aa Es un proceso termodinmicamente controlado : el estado nativo suele ser el de mnima energa en condiciones fisiolgicas El proceso de plegamiento tiene una gran complejidad y se realiza en escalas de tiempo de milisegundos a segundos ( difcil estudiar formas intermedias) ( la cadena polipeptdica se sintetiza en el ribosoma a una velocidad aproximada de 50 aa por segundo)

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Plegamiento de una protena
estado desplegado (U):
sin interacciones estables y flucta entre diversas conformaciones

estado desnaturalizado (D):

algunas conformaciones son ms frecuentes que otras debido a interacciones transitorias no covalentes

estado nativo (N):

conformacin de baja energa similar para todas las molculas

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Durante la reaccin de plegamiento se pasa por estados de mayor energa (estados de transicin)

La transicin con una energa ms elevada define la etapa limitante del proceso Pueden formarse intermediarios de plegamientos

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Intermediarios de plegamiento
Algunos han podido aislarse y se han denominado glbulos fundidos ( molten globules) presentan gran cantidad de estructura secundaria ausencia de estructura terciaria menor compacidad de la molcula ( 10%- 30% mayor que la nativa) ausencia de regiones hidrfobas bien empaquetadas

El estado desnaturalizado, los intermediarios de plegamientos e incluso el estado nativo no son conformaciones nicas, sino conjuntos ms o menos amplio de conformaciones con un determinado grado de similitud estructural

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Paradoja de Levinthal: una bsqueda completamente al azar de la conformacin correcta llevara un tiempo superior a la edad del Universo Se propone que existen rutas de plegamiento

Modelos de plegamiento:
Modelo del rompecabezas: diferentes molculas de una
misma protena se pliegan a travs de rutas diferentes que convergen en el estado nativo

Modelo de armazn (framework) mediante difusincolisin: elementos locales de estructura secundaria difunden
hasta formar la estructura terciaria

Modelo de nucleacin: se forma ncleo de estructura

secundaria apartir del cual se propaga la estructura nativa

Modelo decolapso hidrofbico: la protena colapsa sobre

losresiduos hdrfobos

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Tcnicas experimentales

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS

Mtodo de los valores permite estudiar interacciones entre cadenas laterales en el estado de transicin
F f = 0 interaccin no formada en el estado de transicin

F f = DD GTS-D / DD GN-D

F f = 1 interaccin esta formada en el estado de transicin

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Tcnicas experimentales

Estudios tericos: se construyen modelos de polmeros y se estudia su plegamiento

mediante mtodos de mecnica estadstica

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
Estudios tericos proponen un modelos que no implica la existencia de rutas bien definidas sino que describen el plegamiento en trminos de un paisaje energtico

ESTRUCTURA SECUNDARIA
hlice

ngulos y aproximadamente -60o y -50 o 3.6 residuos por vuelta puentes de hidrgenos entre C=O del residuo n y el NH del residuo n+4 todos los NH y C=O estn unidos por ptes H excepto los de los extremos los extremos de la hlice son polares y se encuentran casi siempre en la superficie de las protenas

ESTRUCTURA SECUNDARIA
hlice
Pueden tener una longitud variable: de 4- 5 aa hasta ms de 40 residuos la longitud promedio es de 10 aa (aprox 1.5 nm, .15 entre cada residuo) los L-aminocidos forman preferentemente hlices diestras tienen un momento dipolar: todos los enlaces peptdicos tiene la misma orientacin se pueden unir covalentemente grupos fosfato en el extremo amino terminal las cadena laterales se orientan hacia el exterior de la hlice y no interfieren con ella ciertos aa forman preferentemente hlices: Ala, Glu, Leu, Met ciertos aa difcilmente forman hlices: Pro, Gly, Tyr, Ser

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Hoja plegada
En ellas participan distintas regiones de la cadena polipeptdica tiene en general de 5 a 10 residuos y estn en conformacin extendida ngulos y pueden adoptar muchos valores las cadenas se alinean y los puentes de H se forman entre C=O de una cadena y los NH de la cadena adyacente las cadenas se pueden alinear de forma paralela o antiparalela

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Hoja plegada
la alineacin paralela o antiparalela afecta el patrn de puentes de H la hoja antiparala tiene los ptes H alternando a dos distancias distintas la hoja paralela tiene los ptes H equidistantes

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Hoja plegada
se pueden tambin combinar alineacin paralela y antiparalela, pero es poco frecuente ( 20% de las estructuras conocidas) casi todas las hojas tienen un giro hacia la derecha

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Giros y bucles

tienen longitud y formas varias se suelen encontrar en la superficie de la protena no forman puentes de H entre ellas pueden pueden formarlos con las molculas de agua se consevan menos evolutivamente en algunos casos constituyen constituyen zonas funcionalmente importantes: sitios de reconocimiento en anticuerpos

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Hoja plegada

las hojas plegadas pueden adoptar distintas conformaciones de acuerdo al nmero y orientacin de las cadenas

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Algunos elementos de estructura secundaria estn organizados en motivos sencillos hlice-giro-hlice

Sitio de unin a DNA

Sitio de unin a Ca

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Motivo bucle-

los bucles tiene entre 2-5 residuos no tienen funcin asociada

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Motivo greca

Cuatro cadenas antiparalelas

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Motivo - -

estan orientadas paralelamente los giros pueden tener distinta longitud

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Motivos sencillos se pueden organizar de forma compleja

dos motivos bucle- se pueden organizar en 12 formas distintas