Mamferos: Jaguar, ocelote, coyote, manat, venado cola blanca, mapache.

Reptiles: Boa, iguana, vboras acuticas, tortuga lagarto, cocodrilos, viboras raneras. Aves: Patos, aves migratorias, garzas, cormoranes, fragatas, ibis, aves playeras y de manglar, pjaro esptula, palomas, pelcanos, flamencos, cingeas. Anfibios: Sapos, salamandras, ranas. Peces: Pejelagarto, mojarras. Insectos: Liblulas, mariposas, mantis. Crustceos: Cangrejo, cacerolita de mar, camarn, almejas, jaibas. Plantas: Mangle rojo, mangle negro, mangle blanco, tule, cola de pato, popal.
Fauna Se conocen 107 especies de peces, 33 de mamferos, 77 de aves, cinco de reptiles y 104 de malacofauna. Mastofauna. Habitan el rea el mono araa (Ateles geoffroyi), el tigrillo (Leopardus wiedii), el ocelote (L. pardalis) y el jaguar (Panthera onca). Avifauna. Esta reserva protege una zona de anidacin importante del flamenco rosado (Phoenicopterus ruber roseus) y alberga varias especies endmicas o casi endmicas, tales como la matraca yucateca (Campylorhynchus yucatanicus) y el colibr tijereta (Doricha eliza); de distribucin restringida como la codorniz cotu yucateca (Colinus nigrogularis) y la paloma (Zenaida aurita), la garza blanca (Casmerodius albus), garza rosada (Nycticorax violaceus), el cormorn (Phalacrocorax olivaceus), el pelcano caf (Pelecanus occidentalis) y la cigea americana (Mycteria americana). Herpetofauna. En la reserva existen sitios de anidacin para las siguientes especies de tortugas: la carey (Eretmochelys imbricata), la caguama (Caretta caretta) y la tortuga blanca (Chelonia mydas); adems de otros reptiles, como: el cocodrilo negro (Crocodylus moreleti), la boa (Boa constrictor), Pseudemys scripta, Chrysemys picta belli, Kinosternon subrubrus. Ictiofauna. Entre otras especies: Fundulus grandissimus, Garmanella pulcra, Cyprinodon variegatus artifrons, Mendia cole, Poecila velifera. Taxa notables El mono araa (Ateles geoffroyi)(P), el tigrillo (Leopardus wiedii)(P), el ocelote (L. pardalis)(P), el jaguar (Panthera onca)(P), el flamenco (Phoenicopterus ruber)(A), la boa (Boa constrictor)(A), el cocodrilo amarillo (Crocodylus acutus)(R), el cocodrilo negro (C. moreleti)(R), el pavo ocelado (Agriocharis ocellata), el loro yucateco (Amazona xantholora)(A), la garza rojiza (Egretta rufescens)(A), el zopilote cabeza amarilla (Cathartes burrovianus)(A), la cigea coco o Gaytn (Mycteria americana)(A) (ine, 1993), el halcn peregrino (Falco peregrinus)(A), el tucn grande (Ramphastos

sulfuratus)(A) (Nava, 1991), la golondrina marina menor (Sterna antillarum)(P), el raln cuellirufo (Aramides axillaris)(R), la calandria turpial (Icterus gularis), el loro cariamarillo (Amazona autumnalis) y el loro frentiblanca (A. albifrons). Tambin destacan los moluscos terrestres de la Isla de Barrera: Polygyra cereolus carpentereana, Drymaeus multilineatus, D. cucullus, Limulus polyphemus (P).