Amali 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK Tujuan : Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik.

Pengenalan : Kepelbagaian genetik didefinisikan sebagai tahap biodeversiti yang merujuk kepada jumlah ciri-ciri genetik dari segi komposisi genetik sesuatu spesis. Ia merupakan salah satu ukuran yang relatif sebagai jarak antara mana-mana pasangan penyertaan dalam kajian ini adalah lebih atau kurang yang melibatkan perbandingan dari segi pasangan yang boleh dibuat dalam kajian.

Mengukur kepelbagaian genetik ini boleh dibahagikan kepada dua iaitu ciri-ciri kuantitatif dan ciri-ciri molecular. Mengukur diversiti genetik dengan ciri-ciri kuantitatif adalah satu cara yang rumit kerana phenotype boleh dipengaruhi oleh faktor persekitran. Dalam

persekitaran yang seragam antara populasi menunjukkan perbezaan genetik.

Langkah-langkah keupayaan yang terhad

molekul untuk

kepelbagaian meramalkan

genetik genetik

hanya

kuantitatif

kebolehubahan. Apabila maklumat mengenai sesuatu spesis potensi evolusi jangka pendek atau anggaran, penyesuaian tempatan yang diperlukan dan perubahan genetik perlu diukur secara langsung.

Mengukur kepelbagaian genetik ini amat penting untuk sebagai bahan mentah dimana pemilihan boleh bertindak dan dengan itu spesis boleh bertindak balas terhadap selective pressure. Majoriti alel frekuansi rendah wujud dalam bentuk heterozigot. Selain itu, kepelbagaian genetik juga memainkan peranan yang amat penting dalam menentukan kategori IUCN. Sekiranya kepelbagaian genetik berkurang, maka risiko kepupusan amatlah tinggi.

Tugasan

: Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis: sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesies yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protien elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesies. Lokus tersebut mempunyai dua alel. `Cepat` dan `Pelahan` kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana alel yang cepat berada di bawah alel yang perlahan.

Langkah 1 : Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi alel perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap alel di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua alel tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua `cepat` dan `pelahan`. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua alel perlahan. Tentukan frekuansi alel di dalam setiap populasi bagi alel cepat (p) dan alel perlahan (q) dengan megira bilangan alel bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua alel yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi alel bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30). Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah alel yang hadir dalam

populasi tersebut(sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu)

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat + 2 + 3 + 4 + 5 + 6 +

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 + + 9 + 10 + + 11 12 13 14 + + + + + 15 + Jumlah 23 7

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat + 2 3 + + 4 + 5 + + + 6

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + + 8 9 + + 10 + + + 11 12 13 14 + + + + + + + 15 Jumlah 12 18

Pterostylis isozymus 1 Pelahan Cepat + 2 + + + + + + 3 4 5 6

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + + + + + + + 8 9 10 11 12 13 14 + + 15 Jumlah 4 26

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat + 2 3 + + 4 + 5 + + + 6

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + + 8 9 + + 10 + + + 11 12 13 14 + + + + + + + 15 Jumlah 12 18

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat + + 2 3 + 4 + 5 + + + 6

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + + 8 9 + 10 + + + 11 12 13 14 + + + + + + 15 Jumlah 14 16

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat + + 2 3 4 + 5 + + + 6

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 + + + + + + + 10 11 12 13 14 + + + + + 15 Jumlah 8 22

Langkah 2 : Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wright`s Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan F st,

heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesies (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesies.

Frekuensi alel bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, p Populasi 1 7/30 = 0.23 Alel perlahan,q 23/30 = 0.77 2xpxq 2 x 0.23 x 0.77 = 0.35 Populasi 2 18/30 = 0.60 12/30 = 0.40 2 x 0.60 x 0.40 = 0.48 Populasi 3 26/30 = 0.87 4/30 = 0.13 2 x 0.87 x 0.13 = 0.22 Purata (Hs) = 0.35 + 0.48 + 0.22 3 = 1.05 3 = 0.35

Frekuensi alel bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat, p Populasi 1 18/30 = 0.60 Alel perlahan, q 12/30 = 0.40 2xpxq 2 x 0.60 x 0.40 = 0.48 Populasi 2 16/30 = 0.53 14/30 = 0.47 2 x 0.53 x 0.47 = 0.50 Populasi 3 22/30 = 0.73 8/30 = 0.27 2 x 0.73 x 0.27 = 0.39 Purata (Hs) = 0.48 + 0.50 + 0.39 3 = 1.37 3 = 0.46

Langkah 3 : Kira heterozygositi jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap speseis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozigot di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.

Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 7/30 = 18/30 = 26/30 = 0.23 0.60 0.87 Alel pelahan, q 23/30 = 12/30 = 4/30 = 0.77 0.40 0.13

Purata frekuensi alel

= 0.23 + 0.60 + 0.87 3 = 1.70 3 = 0.57

= 0.77 + 0.40 + 0.13 3 = 1.3 3 = 0.43

(Ht)

= 2 x 0.57 x 0.43 = 0.49

Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 18/30 = 16/30 = 22/30 = 0.60 0.53 0.73 Alel pelahan, q 12/30 = 14/30 = 8/30 = 0.40 0.47 0.27

= 0.60 + 0.53 + 0.73 3 Purata frekuensi alel = 1.86 3 = 0.62 (Ht) = 2 x 0.62 x 0.38 = = 0.47

= 0.40 + 0.47 + 0.27 3 = 1.14 3 = 0.38

Langkah 4 : Anda perlu mengira jumlah `local`, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozigot di dalam populasi yang berasingan, (H s) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (H t) sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi `local`. Oleh itu, Fst = (Ht Hs ) / Ht , di mana nilai
5

Fst < 0.1

menunjukkan nilai divergen yang kecil di dalam populasi ( iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN : Pterostylis isozymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 F

st

> 0.1, menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis

isozymus

Pterostylis polyzymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.47 0.46 / 0.47 = 0.02 Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang kecil di antara populasi Pterostylis polyzymus

Populasi Pterostylis isozymus adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymus. Oleh itu Pterostylis polyzymus adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

Soalan Perbincangan

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu?

Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Berdasarkan data di atas, satu spesies yang mempunyai diversiti antara populasi lebih daripada yang lain. Populasi Petrostylis isozymus menunjukkan divergen yang besar iaitu 0.29 dimana F
st

> 0.1 manakala spesis Pterostylis polyzymus pula

menunjukkan divergen di antara populasinya sangat kecil iaitu 0.02 dimana Fst < 0.1.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.

Berdasarkan data di atas, spesis Pterostylis isozymus memiliki kepelbagaian genetik yang tinggi berbanding spesis Pterostylis polyzymus. Oleh itu, peruntukkan dana yang perlu diutamakan adalah kepada pemerolehan tanah untuk memelihara spesis yang mempunyai risiko ancaman kepupusan yang tinggi akibat daripada aras kepelbagaian genetik yang rendah iaitu Pterostylis polyzymus.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda?

Beberapa faktor boleh dipertimbangkan selain faktor genetik yang mempengaruhi dalam kemandirian sesuatu populasi spesis. Antaranya seperti saiz populasi, kualiti persekitaran pembiakan dan sumbangannya dalam ekosistem. Namun dalam kontek pemuliharaan genetik, fokus utama adalah kepada spesis yang diancam kepupusan iaitu spesis Pterostylis polyzymus. Ini disebabkan spesis yang diancam kepupusan sukar untuk hidup dalam habitat yang tersedia. Jika tiada tindakan yang sewajarnya diambil, maka sudah tentu akan mengalami kepupusan.

4. Diberi bahawa kedua-dua alel pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesies yang dilindungi?

Diversti genetik di kalangan spesis berlaku di dalam sesuatu populasi spesis yang berbeza antara satu dengan yang lain. Oleh itu, akan terbentuk beberapa populasi baru bagi setiap spesis yang dilindungi akibat daripada variasi genetik yang wujud di kalangan spesis. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi mempunyai keupayaan yang maksimum untuk terus kekal hidup dan membentuk
7

populasi yang baru. Kesimpulannya, lebih dari satu spesis perlu dilindungi untuk mengekalkan keseimbangan ekosistem. Ini akan mengurangkan risiko

kepupusan sekiranya saiz populasi sesuatu spesis berada dalam julat yang besar atau tetap,

5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk `Trouble in Paradise`, bagimanakah saintis memaksimakan diversity genetik bagi pengenalan semula spesies? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut?

Berdasarkan Eldridge (1998) yang bertajuk `Trouble in Paradise`, microsatelittes digunakan oleh para saintis untuk memaksimakan diversiti genetik bagi memperkenalkan semula spesis. Penggunaan alat ini telah membolehkan saintis melakukan kajian tentang variasi genetik di tanah besar dan di pulau-pulau yang mengalami kepupusan. Berdasarkan bacaan, saintis telah memaksimakan diversiti genetik bagi re-introduce population dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Ini disebabkan, haiwan dari spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran bagi habitat pulau mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Jika haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Sekiranya jika hanya satu spesis dipilih, ia mungkin mengalami ancaman seterusnya mendorong kepada kepupusan spesis.

BIBLIOGRAFI

BUKU

G.W.Yeat. (2007). Biology SPM. Selangor: Oxford Fajar Sdn Bhd

Mang, C.N. et al. (1997). Kuasai Peperiksaan: Biologi STPM Jilid II. Selangor: Penerbit Fajar Bakti Sdn. Bhd.

Sayed Mohd Zain S. Hasan. (2013). Kepelbagaian Genetik Tanaman:Pemuliharaan dan Kepentingan Dalam Bidang Pertanian. Terengganu: Penerbit Universiti Malaysia Terengganu

S.H.Chan.(2011). Kuasa Melalui Minda,Biologi SPM. Shah Alam: Sap Publication (M) Sdn.Bhd.

. INTERNET Dr. Ahmad Ismail. (2011). BiodiversitiKekayaan Biologi. Diakses pada 18 September 2013 daripada http://www.ukm.my/ahmadukm/images/stories/

data/kuliah/manusia/biodiversiti.htm

Wikipedia Ensiklopedia Bebas.

(2013). Kepelbagaian Genetik. Diakses pada 18

September 2013 daripada http://ms.wikipedia.org/wiki/Kepelbagaian_genetik

Wikipedia Ensiklopedia Bebas. (2013). Genetik. Diakses pada 18 September 2013 daripada http://ms.wikipedia.org/wiki/Genetik