AMINOCIDOS

Estudio de la funcin, estructura y propiedades de los aminocidos. Estos compuestos, al unirse en cantidades y secuencias diferentes, forman los pptidos y las protenas, las cuales son fundamentales en la estructura de los seres vivientes.

Estructura general de los a- aminocidos

Los aminocidos son cidos carboxlicos, con uno o ms grupos amino unidos covalentemente.
Disociado

Protonado

Valina

Aminocido generalizado, que forma un zwitterin a un pH neutro

La Valina (Val), un a -aminocido representativo, presenta un grupo amino en el carbono alfa, as como una cadena lateral ( R ) que le proporciona propiedades nicas.

ESTEREOQUMICA DE LOS AMINOCIDOS

Enlaces alrededor del C tetradrico Csp3

Molcula asimtrica con tomo quiral (excepcin: Glicina)

La interseccin es el carbono quiral en la proyeccin de Fischer

ESTEREOQUMICA DE LOS AMINOCIDOS

Existen dos estereoismeros distinguibles: imgenes especulares que no se pueden superponer una de la otra (enantimeros o ismeros pticos). Sus soluciones rotan el plano de la luz polarizada en direcciones opuestas.

1. L-aa Constituyentes protenas

2.

de

las

D-aa Funciones Biolgicas

ALGUNOS AMINOCIDOS BIOLGICAMENTE IMPORTANTES QUE NO SE HALLAN EN LAS PROTENAS

AMINOCIDOS CON ACTIVIDAD BIOLGICA

Los a.a o sus derivados actan como mensajeros qumicos:

Glutamina (GABA), Triptofano (5-HT y Melatonina)

Los a.a son derivados de molculas que tiene nitrgeno

Bases nitrogenadas de los cidos nucleicos

Intermediarios metablicos (formacin de la urea)

Glicina, Citrulina y Ornitina

Aa esenciales y no esenciales

Los 20 aminocidos comunes que forman parte de las protenas, se clasifican, dependiendo de las propiedades de su grupo R, en los siguientes 4 grupos: 1. Aminocidos con grupo R no polar. (Grupo R hidrfobo).

2. Aminocidos con grupo R polar, sin carga. (Grupo R hidroflico).

3. Aminocidos con grupo R cargado negativamente. (Aminocidos cidos). 4. Aminocidos con grupo R cargado positivamente. (Aminocidos bsicos).

AMINOCIDOS QUE SE ENCUENTRAN EN LAS PROTENAS

FORMACIN DE ENLACE DISULFURO

Componente importante de muchas enzimas con actividad biolgica

Derivados de los aminocidos cidos

FORMACIN DE LA UREA

(Lisina a.a homologo)

Hidrlisis de Arginina y catalizada por la enzima arginasa

LOS AMINOCIDOS SON ANFLITOS

Un anftero es un compuesto que, dentro de su misma estructura, tiene grupos cidos y bsicos y a la molcula que tiene esta propiedad se le dice que es un anflito. Los aminocidos son anflitos; el grupo carboxilo es un cido, es decir, donador de protones y el amino es una base, debido a que acepta protones.

Un aminocido puede existir en varias formas inicas, dependiendo del pH del medio en donde se encuentre disuelto. Los aminocidos tienen al menos dos grupos disociables, el amino y el carboxilo; pueden tener ms, si el grupo R tiene a su vez grupos que se puedan ionizar. Para cada uno de estos grupos existe un pK, el del carboxilo se le llamar pK pKCOOH y pK NH2 al del amino.

Valores de pKCOOH, pKNH2 y pKR de algunos aminocidos.

PPTIDOS Y ENLACES PEPTDICOS

Dipptidos (2 aa)

Oligopptidos (5 10 aa)
Polipptidos (>10 aa)

Todas las protenas (>100 aa) son polipptidos, de ah la importancia del enlace peptdico

ENLACE PEPTDICO
Grupo Amino terminal o N-terminal Grupo Carboxilo terminal o C-terminal

Grupos ionizables en las cadenas laterales Polianfolitos

ESTRUCTURA DEL ENLACE PEPTIDICO

Puede considerarse un hbrido de dos formas

No se produce libre rotacin alrededor del enlace C-N. Incluso cuando son coplanares el grupo de atomos alrededor del enlace peptdico puede darce en dos formas: cis y trans.

CADENA POLIPEPTDICA

El enlace peptdico es casi planar y est favorecido por la forma trans. La configuracin cis puede interferir con los grupos R sobre los C adyacentes, por lo tanto la conformacin trans es ms estable.

ESTABILIDAD Y FORMACIN DEL ENLACE PEPTIDICO

Inestabilidad termodinmica: Hidrlisis del enlace peptdico reaccin favorecida- reaccin lenta.

Enzimas proteolticas o proteasas: fragmentan de manera especfica sitios de uniones peptdicas.

Acoplamiento de la reaccin sinttica con la hidrlisis de ATP

Cada protena est formada por bloques de construccin denominados aminocidos. Los aa son molculas anfteras; es decir, pueden actuar como cidos o bases (anfolitos). Los aa poseen varias funciones biolgicas importantes, adems de su funcin primaria como componentes de las protenas.

Las a.a se clasifican de acuerdo con su capacidad para interaccionar con el agua. Utilizando este criterio pueden distinguirse cuatro clases: apolares, polares, cidos y bsicos.
La mayora de los a aa contienen un C asimtrico y en consecuencia tienen enantimeros L y D. En las protenas solo se encuentran enantimeros L. La variedad de las cadenas laterales en los a.a permiten que las protenas gocen de una gran versatilidad en cuanto a estructura. Todas las protenas son polipptidos. Los polipptidos son polmeros formados por aa unidos por enlaces peptdicos. El orden de los aa en el polipptido se denomina secuencia de aa. Los puentes disulfuro, formados por la oxidacin de cistena, son elementos estructurales en polipptidos y protenas.

El enlace peptdico es casi planar y est favorecido por la forma trans.

El enlace peptdico es metaestable. Las protenas se hidrolizan en solucin acuosa cuando est presente un catalizador.

PROTENAS

ARN: Es un mensajero. ARNm: contiene la informacin gentica que viene del ADN para utilizarse en la sntesis de protenas, determina el orden en el que se unirn los aminocidos en la cadena. ARNt: es el encargado de transportar los aminocidos a los ribosomas para incorporarlos a las futuras protenas. ARNr: es el que mas abunda en la clula y forma parte de los ribosomas que se encargan de sntesis de las protenas segn la secuencia de los nucletidos del ARNm.

Estructura primaria de una protena

DEL GEN A LA PROTENA

El cdigo gentico especifica los tripletes de RNA que corresponden a cada residuo de aminocido

La enzima aminoacil-tRNA sintetasa reconoce a un aminocido concreto en el RNAt que transporta el anticodn correspondiente. La enzima cataliza la formacin de un aminoacil RNAt, acompaada por hidrlisis de una ATP a AMP y pirofosfato.
aa + ATP <---------> aminoacil-AMP + PPi

Este complejo reacciona con el tRNA para dar:

aa-AMP <---------> aminoacil-tRNA + AMP

NIVELES DE ORGANIZACON ESTRUCTURAL DE LAS PROTENAS Las protenas son polmeros lineales de aminocidos unidos entre s por medio de enlaces peptdicos. Sin embargo, la secuencia lineal de los aminocidos puede adoptar mltiples conformaciones en el espacio.
Estructura primaria

Estructura secundaria
Estructura terciaria Estructura cuaternaria

Estructura primaria
Es la secuencia de aminocidos especfica (incluyendo la localizacin de puentes disulfuro); los polipptidos que tiene secuencias de aminocidos semejantes se dice que son homlogos: trazadores de relaciones genticas entre especies. Las residuos de aminocidos que son esenciales para la funcin de la molcula se denominan invariables.

Estructura secundaria
Estructura que adopta en el espacio. Existen ciertas estructuras repetitivas encontradas en las protenas que permiten clasificarlas en dos tipos. Hlice alfa
Lmina (hoja) beta La alfa hlice es una estructura rgida que se forma cuando una cadena polipeptdica se retuerce en una conformacin helicoidal a la derecha. Se forman enlaces de H entre el grupo N-H de cada aminocido y del grupo carboxilo del aminocido que se encuantra a 4 residuos mas adelante

Se forman cuando se alinean de lado dos o ms segmentos de la cadena polipeptdica.

Cada segmento se denomina una hebra beta (beta-strand).

Estructura que se estabiliza por enlaces de H que se forman entre los grupos N-H y carboxilo del esqueleto polipeptdico de las cadenas adyacentes. Paralelas Anti-paralelas colineales). (ms estables; enlaces de H

Estructura terciaria
Es la conformacin tridimensional nica que asume una protena debido a las interacciones entre las cadenas laterales de los aminocidos y con el entorno de la protena. La estructura terciaria se estabiliza por las siguientes interacciones.
Interacciones hidrfobas Electrostticas Enlaces de H Enlaces covalentes (S-S)

El plegamiento terciario no es inmediato, primero se agrupan conjuntos de estructuras denominadas dominios que luego se articulan para formar la estructura terciaria definitiva. Este plegamiento est facilitado por uniones denominadas puentes disulfuro, -S-S- que se establecen entre los tomos de azufre del aminocido cistena.

Estructura cuaternaria

Estan formadas por varias cadenas polipeptdicas. Procesos moleculares elevados. Cada componente polipeptdico se denomina subunidad.

Las subunidades se mantienen unidas por enlaces covalentes y no covalentes.

Hemoglobina

Clasificacin de las protenas

De acuerdo a su forma en: Fibrosas: son molculas largas en forma de varilla que son insolubles en el agua (queratina; piel, uas y pelo) con funciones protectoras. Globulares; molculas esfricas hidrosolubles, con funciones dinmicas. Enzimas, inmunoglobulinas y protenas de transporte (hemoglobina)

The structure of collagen fibers

Three-dimensional folding of the protein myoglobin

La distribucin de residuos hidrofilcos e hidrofbicos en protenas globulares.

Clasificacin de las protenas

De acuerdo a su composicin en; Simples: aquellas que solo (albumina srica y la queratina). contienen aminocidos

Conjugadas: protena simple con un grupo no proteico prosttico ( holoprotenas)

Apoprotena: parte proteica de una protena conjugada, sin el grupo prosttico.

Ejemplos:

Glucoprotenas, lipoprotenas, metaloprotenas y fosfoprotenas.

Funcin de las protenas

Catlisis (enzimas) Estructurales (colgeno) Movimiento (actina, tubulina)

Defensa (Fibringeno y trombina, inmunoglobulinas)

Regulacin (hormonas, insulina y el glucagon)

Transporte (hemoglobina, trasferrina y transportadores de glucosa).

Almacenamiento (ovoalbmina, nitrgeno en mamferos). casena (almacn de

Respuesta a agresiones (Exo y Endonucleasas)

Algunos mtodos para purificar protenas

Mtodo de maceracin (homogenado en buffer); en el homogenado estn en solucin todos los compuestos que se encuentran en esta forma en el citoplasma de la clula y suspendidos los organelos intracelulares tales como mitocondrias, lisosomas o ncleos y fragmentos de membranas. Centrifugacin: Bajo estas condiciones, las partculas ms pesadas se van al fondo del recipiente mas rpidamente que las menos pesadas.

El siguiente paso es separar todas las protenas de otras molculas existentes en la mezcla.

En la dilisis se usa una bolsa (membrana semipermeable) que tenga poros lo suficientemente pequeos para impedir el paso de molculas grandes (protenas),
Otra forma de separar protenas con tamaos diferentes, es mediante la filtracin en gel.