Apuntes: trabajando con Nona y Winclada

E. Garca-Barros (vers. 2011)

Depto. Biologa, Univ. Autnoma de Madrid

http://www.uam.es/garcia.barros [2006-2011]

Estas diapositivas se usan como demostracin bsica sin software especializado adems de Nona + Winclada, con ayuda de un instructor por lo que no van acompaadas de texto explicativo.
Aviso:

Obtener los programas

nona.exe winclada.exe
que estn en la misma carpeta, junto con tu fichero de datos (matriz para analizar)

Tres referencias tiles:

General, principios metodologa anlisis filogentico:

Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb,

Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.

http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf
Ms en detalle sobre Winclada:

Lipscomb, D. Winclada. A windows program for creating, editing, and

analyzing systematic data sets. Basic Users Guide.

http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Winclad.doc
Para manejo y anlisis cladstico de secuencias de nucleotidos

Baldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial.

TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351

http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf

Contenido

1- Unos datos para trabajar diapositiva 6 2- Abrir archivo de datos, preparativos, anlisis de parsimonia diapositiva 12 3- rbol de consenso diapositiva 23 4- Informacin grfica sobre los cambios en los caracteres diapositiva 28 5- Como guardar una imagen de este cladograma?... diapositiva 33 6- Puedo modificar el aspecto del cladograma?... diapositiva 36 7- Cmo podra citar estos programas?... diapositiva 37

Ahora pueden ocurrir dos cosas: a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o de cualquier otro tipo, categricos (no numricos), y puedo designar una de mis especies como grupo externo . Paso siguiente b) No tengo eso. Entonces visito la pgina web de Enrique (http://www.uam.es@garcia.barros), pincho en docencia, laboratorio de taxonoma, y abajo del todo, puedo descargar un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.

Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad). Pero me acordar de: guardar el fichero usando el men (no voy a darle
al iconito del disquete NO!)

Con Word: acrhivo guardar como TEXTO SIN FORMATO

pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios ni puntos ni tildes ni nada ms que letras y nmeros (ejemplo: fichero, matriz1)

Con Word Pad: archivo guardar como

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Documento de texto formato MS Dos

Me valen estos dos formatos.

xread 'a:pongidos 10 3 Hylobates 0000000000 Pongo 1001001000 Gorilla 1001001010 Pan 1001011001 ; proc/; xread 'a:pongidos 10 3 Hylobates 0000000000 Pongo 1001001000 Gorilla 1001001010 Pan 1001011001 ; proc/;

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Me valen estos dos formatos.

pon xread esto 'a:pongidos 10 4 Hylobates 0000000000 Pongo 1001001000 Gorilla 1001001010 Pan 1001011001 ; proc/;
nmero de caracteres nmero de taxones

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xread 'a:pongidos 10 4 Hylobates 0000000000 Pongo 1001001000 Gorilla 1001001010 Pan 1001011001 ; proc/;

pon esto otro

Me valen estos dos formatos.

xread xread 'a:pongidos 'a:pongidos 10 3 10 3 Hylobates 0000000000 Hylobates Pongo 1001001000 0000000000 Gorilla 1001001010 Pongo Pan 1001011001 1001001000 Importante: ; proc/; Gorilla Que tu GRUPO EXTERNO 1001001010 Pan vaya en primer lugar 1001011001 ; proc/;

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xread 'a:ponpon 361 2 Hylobates 000000000000000----?????????????????????????????????????????????????????????? ???????????????????????????????????????????????????cttcaagc agtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaa tggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctc cagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag Pongo 10101111010110111111 atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttaggg actggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagccc aacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaat cttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctc cagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag ; proc/;

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Si Nona y Winclada estn en la misma carpeta

(junto con tu fichero con la matriz para analizar), simplemente haz doble clik* en el icono de Winclada.exe

*: ciertos expertos opinan que en castellano no debe emplearse la

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expresin doble clik sino una onomatopeya mucho ms descriptiva de la accin a la que se refiere: TIKITIKI (G. San Martn, ind.)

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Abrir fichero de datos (matriz)

Ver opciones de caracteres

Si tengo caracteres multiestado y quiero que sean desordenados: 1 1- selecciono todos los caracteres CHARS - SELECT ALL CHARS, y 2- los hago no aditivos 2
Make sel chars NONADDITIVE (fitch)

CHARS - MAKE SEL CHARS NONADDITIVE (fitch)

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Todas las dems opciones por defecto

Tree 6 of 6

Cuntos rboles obtuve? Uno? Ms de uno? Necesitar un rbol de consenso? Longitud del rbol (nmero de pasos, nmero de cambios a lo largo del rbol) ndice de consistencia (apomorfas/n pasos) ndice de retencin

L= 428

Ci= 63

Ri= 60

rbol de consenso

En la diapositiva anterior: qu nmero de rboles se obtuvo? Seeeeeis?

Necesitamos un rbol

de consenso

(Si no es tu caso, puedes pasar a la diapositiva 27)

Los estadsticos son diferentes para este rbol, generalmente su resolucin es menor

Y hay alguna politoma

Informacin grfica sobre los caracteres Dnde hay apomorfas, cules son..?

homoplasia no homoplasia

Cambios en los caracteres?

Nmero de los caracteres en los que hubo cambios?

Estado de los caracteres en cada nudo o / internudo (rama)? Pulsando UNA VEZ

Estado anterior y actual de los caracteres? Es decir, de qu estado a cul otro pas el carcter en esta rama? Pulsar por segunda vez

Cmo guardo una imagen de este cladograma?

Podras guardarlo como metafichero de Windows. No ocupa espacio y conserva la mxima resolucin (puedes insertarlo directamente en archivos de Office)

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EGB-2011

Puedo modificar el aspecto grfico del cladograma?

Prueba el efecto de todos estos botones con smbolos de color gris claro

Cmo podra citar estos programas? Pues por ejemplo:

Nona: Goloboff, P., 1999. NONA (NO NAME), vers. 2. Publicado por el autor. Tucumn, Argentina. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en febrero-2011].

Winclada: Nixon, K.C., 2002. WinClada, vers. 1.00.08. Publicado por el autor. Ithaca, Nueva York. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en octubre2009].

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