Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniera Campus
Guanajuato (UPIIG)
Laboratorio de Biotecnologa Molecular
5BV1
Integrantes: Hugo Ramrez Rodrguez 2011660475 Juan Cristbal Garca Garca 2012660213 Jose Gilberto Savi Tejeda 2012660319 Ricardo Rafael Marn Mosqueda 2010660234
Profesores: Dra. Karla Lizbeth Macias Snchez M. en C. Francisco Snchez Lpez Dr. Csar Aza Gonzlez
Composicin del gel de agarosa: 0.3 g de agarosa + 30 mL de Buffer
Especificaciones de electroforesis: 30 min 89V 4W 46mA
RESULTADOS Siguiendo el protocolo se llevo a cabo la extraccion y purificacion de ADN plasmdico proveniente de la bacteria Escherichia Coli.
La experimentacin se llev a cabo mediante electroforesis en gel de agarosa y a travs del Nanodrop, el cual es un espectrofotmetro de amplio espectro que mide muestras de 1 microlitro con alta precisin y reproducibilidad mediante mtodos de tensin superficial. (vila, 2008)
Los resultados obtenidos por cuantificacin por Nanodrop se observan en la tabla 1.
Tabla I. Cuantificacin de DNA por Nanodrop para Escherichia coli.
Muestra I Muestra II A260 2.530 4.618 A280 1.609 4.700 A260/280 1.57 0.98 A260/230 0.19 0.81 Concentracin de DNA (ng/L) 230.9 126.5
De acuerdo a los resultados obtenidos, se puede observar en la tabla I que la muestra I se encuentra parcialmente libre de protenas presentes, lo cual es evidenciado por la relacin de absorbancias 260/280 siendo menor a 1.75 considerando ste valor como un ptimo para una muestra libre de protenas, sin embargo en la muestra II ste valor se encuentra muy por debajo del valor establecido como ptimo, lo cual representa una contaminacin de la muestra (probablemente por error humano durante la tcnica) afectando significativamente los valores de deteccin de DNA en la muestra contenida
La relacin 260/230 hace referencia a la contaminacin correspondiente por fenol, cloroformo o carbohidratos. ste valor debe estar por debajo de 0.5, observando la tabla I, sobresalen los valores de ambas muestras, ya que en la numero 1 el valor esta dentro del rango marcado mientras que la muestra 2 esta por arriba del valor lmite, afectando directamente la cuantificacin de DNA de la muestra.
La tabla anterior ilustra que en ambas muestras se obtuvo una concentracin de DNA, sin embargo no es suficiente informacin para determinar si se obtuvieron cadenas de DNA en concreto ni su tamao.
La electroforesis en gel de agarosa es un mtodo normalizado que se utiliza para separar, identificar y purificar fragmentos de ADN. Se trata de una tcnica sencilla y rpida que permite diferenciar fragmentos de ADN, el cual puede localizarse en el gel tiendo con una concentracin baja de bromuro de etidio, que es un agente intercalante fluorescente que se utiliza como colorante. (Sambrook, 1989). En la figura X se muestran los pozos de la cmara de electroforesis conteniendo la muestra de DNA cuantificar teida con el bromuro de etidio, observndose un color azul marino.
(aqui le ponen la foto donde se ven los pozos azules porfa porque yo no puedo pegarsela)
Los geles de agarosa permiten una electroforesis rpida, pero con una resolucin limitada por cuanto las bandas que se forman en los geles tienen tendencia a ser difusas y a esparcirse. Ello obedece a los poros y no puede controlarse (Querci,2010) lo cual puede ser una posible explicacin del porqu las muestras al ser corridas en el gel, presentan la apariencia difusa, evidenciada en la figura X2.
(aqui le ponen la foto de las bandas pegadas porfa, esa creo que la tiene el joto de pedro, pero aun no me la pasa, si alguien mas la tiene se la pone xfa)
Dado que la mayor parte de la potencia producida en el proceso electrofortico se disipa en forma de calor, pueden producirse efectos perjudiciales como el aumento de la tasa de difusin de los iones de la muestra y del tampn con el consiguiente ensanchamiento de las muestras separadas, formacin de corrientes de conveccin, con la consiguiente mezcla de las muestras separadas e inestabilidad trmica de las muestras, que son bastante sensibles al calor (por ejemplo, desnaturalizacin del ADN) (Querci, 2010).
Alguno de los factores antes mencionados o la combinacin de stos, pudieron ser los causantes de que las bandas presentes en la corrida en gel de agarosa no se observan satisfactoriamente, ya que solo se pueden apreciar detalladamente las bandas correspondientes a los marcadores de peso molecular (carriles 1 y 11) en contraste con los dems carriles correspondientes a las muestras de E. coli donde no se pueden apreciar las bandas con claridad.
La figura X23 muestra los tamaos correspondientes a cada una de las bandas correspondientes al marcador empleado en la prctica (Hyperladder 1kB,Bioline), con ayuda del marcador podemos determinar el tamao de las bandas obtenidas durante la experimentacion,sin embargo en nuestro caso los resultados no son claros en el gel, como se expres anteriormente. Figura X23 (http://www.bioline.com/hyperladder-1kb-formerly-hyperladder-i.html)
Conclusiones Mediante tcnicas microbiolgicas se logr la extraccin de ADN plasmdico de la bacteria Escherichia coli, el cual fue cuantificado por los mtodos de electroforesis en gel de agarosa y por espectrofotometra efectuada por el Nanodrop. (Checar, Erick)
En cuanto a los resultados obtenidos, es importante puntualizar que mediante el mtodo de espectrofotometra efectuada por Nanodrop, se comprob que aunque se pudo extraer de manera adecuada ADN de E.coli, el proceso de purificacin no fue el ptimo, debido a que las dos muestra, sugieren contaminacin por protenas debido a que no se alcanz una relacin 260/280>1.75, por lo que para obtener cidos nucleicos ms puros se sugiere realizar una serie adicional de purificaciones con fenol. (Koort, 2002)
La forma en la que se presentaron las bandas en la electroforesis en gel de agarosa sugieren degradacin del DNA, causado posiblemente por una contaminacin de nucleasas debido a una purificacin ineficiente, muestras de DNA antiguas, congelamiento y descongelamiento repetido de las muestras ,o bien las muestra se sometieron a calor o friccin causado por la sonicacin durante el proceso de extraccin. (Koort, 2002)
CUESTIONARIO 1. Qu modificacin realizara para obtener ADN de bajo peso molecular? por qu? Se puede modificar el tiempo de centrifugacin para obtener as un menor tiempo de replicacin y por lo tanto cadenas ms cortas de ADN. el modificar el pH puede tambin dar como resultado segmentos de ADN con bajo peso molecular. (falta poner la referencia)
2. En qu otro lquido se puede resuspender el ADN al final del Protocolo? Agua de grado molecular, debido a que no contiene RNA proteasas, DNAasas ni iones que interfieren en la obtencin de fragmentos de DNA.
3. Menciona que modificacin realizara para obtener ADN de: a) Plantas Debido a que las plantas presentan una pared celular rgida, se puede usar nitrgeno lquido, ya que este rompe los tejidos ms resistentes. Sin embargo, como el tejido en ocasiones es grueso y duro, es necesario aplicar una fuerza adicional, esto es, triturar o moler el tejido. Las plantas tienen diversas sustancias como carbohidratos, fenoles, etc. Estos son los contaminantes del DNA extrado que se deben eliminar, para ello se puede usar el cetyl-trimetil-bromuro de amonio, que tiene la capacidad de formar un complejo insoluble con los cidos nucleicos, dejando los contaminantes en el sobrenadante que fcilmente es desechado. Las centrifugaciones y suspensiones en diversos alcoholes son determinados en la experimentacin, slo cambian las condiciones, pero el fundamento es el mismo.( Neal, JR., 1997)
b) Bacterias Gram positivas No se aplican procesos mecnicos de lisis porque el ADN resulta daado, la proteinasa K es efectiva en bacterias Gram negativas, mas no as en bacterias Gram positivas. Debido a las consideraciones anteriores, uno de los procesos que resultaron exitosos, consiste en aplicar choque trmico de 195C-100C y SDS a una C de 3%. Las bacterias son centrifugadas, y los sedimentos son lavados con TE y resuspendidas tambin en TE, el SDS se aade y se deja reposar. Pasar a un horno de microondas, disolver en TE. El DNA es extrado con un mtodo alcalino, en donde se aade una mezcla bsica para desnaturalizar el DNA y la posterior neutralizacin con acetato sdico. El proceso descrito anteriormente es el que mejor se ajust a este tipo de bacterias, y como puede observarse, es ms riguroso que en el caso de bacterias Gram negativas, que llevan un proceso suave de extraccin de DNA.
Referencias Sambrook, J. y Russell, D. W. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3 ed. Ed Cold Spring Harbor Laboratories. Nueva York. USA 2001. 2344 pgs. vila, A. F. (2008). Ecologa molecular. Mxico, D.F.: Instituto Nacional de Ecologa, SEMARNAT. Querci, M. (2010). Anlisis de la Presencia de Organismos Genticamente Modificados en Muestras de Alimentos. Organizacin Mundial de la Salud. Oficina Regional para Europa.
Terapia cognitivo-conductual (TCC) y terapia dialéctico-conductual (TDC): Cómo la TCC, la TDC y la ACT pueden ayudarle a superar la ansiedad, la depresión, y los TOCS
Batidos Verdes Depurativos y Antioxidantes: Aumenta tu Vitalidad con Smoothie Detox Durante 10 Días Para Adelgazar y Bajar de Peso: Aumenta tu vitalidad con smoothie detox durante 10 días para adelgazar y bajar de peso
DMT: La molécula del espíritu (DMT: The Spirit Molecule): Las revolucionarias investigaciones de un medico sobre la biologia de las experiencias misticas y cercanas a la muerte