You are on page 1of 7

Architektura duych projekty bioinformatycznch

Treci ksztacenia: Konwersja formatw w bioinformatyce. Metadane, ontologie, schematy


baz danych. Chado vs. BioSQL oraz przegld narzdzi w ramach projektu Generic Model
Organism Database (GMOD) i najpopularniejsze jego instalacje. Systemy operacyjne do
analiz bioinformatycznych na przykadzie BioLinux. Wirtualizacja. Wprowadzenie do
systemu Galaxy. Przypomnienie podstaw jzyka XML na potrzeby tworzenia nowych
narzdzi. Tworzenie prostych procedur bioinformatycznych. Zaawansowane analizy
bioinformatyczne analizy danych z mikromacierzy lub profilowanie filogenetyczne danych
z sekwencjonowania metagenomu. Omwienie systemu Taverna. Koncepcja usugi. Protok
WSDL. BioMart i BioMoby. Graficzne tworzenie procedur bioinformatycznych. Tworzenie
procedur interaktywnych. Integracja zewntrznych narzdzi do analizy danych na przykadzie
Rshell (interakcja z systemem do analiz statystycznych R). Uycie publicznie udostpnianych
procedur z serwisu MyExperiment. Porwnanie systemw Galaxy i Taverna Przegld
alternatywnych systemw obrbki i analizy danych: UGENE i Kepler.
(P, 15w + 45 w., 7 ECTS, egz. prof. dr hab. Piotr Zielenkiewicz)
Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Zapoznanie studentw z podstawowymi
technologiami zarzdzania danymi biologicznymi oraz zarzdzania oprogramowaniem
bioinformatycznym. Opanowanie przez nich podstaw systemw do tworzenia procedur
bioinformatycznych, cznie z dodawaniem do nich wasnych prostych narzdzi. Nabycie
praktycznych umiejtnoci w tworzeniu zaawansowanych procedur analizy danych.

Eksperymentalne i teoretyczne metody biologii strukturalnej


Treci ksztacenia: Podstawy cigej i dyskretnej transformacji Fouriera oraz jej zastosowa
w spektroskopii oraz w przetwarzaniu obrazw. Zagadnienia poredniego prbkowania
sygnaw pomiarowych w przestrzeni, czasie oraz w przestrzeni odwrotnej wektora
falowego, jak rwnie zagadnienia wielowymiarowej transformaty Fouriera, odwrotnej
transformaty Laplacea, technik projekcyjnych a take spektroskopii kowariancji. Techniki
wielowymiarowe i metody pozwalajce na przyspieszenie pomiarw. Przykady zastosowa
wielowymiarowych technik NMR w identyfikacji oraz w badaniach struktury zwizkw

organicznych oraz czsteczek o znaczeniu biologicznym. Porwnanie technik wysokiej


zdolnoci rozdzielczej z metodami obrazowania magnetyczno rezonansowego.
Przypomnienia fizycznych podstaw spektroskopii optycznej, m.in. absorpcji fali EM przez
materi, oraz matematycznego opisu pasma spektralnego. Zakres zastosowa spektroskopii w
podczerwieni, widm Ramana oraz dichroizmu koowego w badaniach struktur biaek i
kwasw nukleinowych oraz problem nakadania si wielu sygnaw spektralnych
pochodzcych od rnych komponentw chemicznych i konformacyjnych biopolimerw.
Metody analizy widm, m.in. dekonwolucja, okrelanie udziau struktur drugorzdowych
biaek przez fitowanie ich widm wibracyjnych, analiza gwnych skadowych, metoda 2DCOS FT-IR
Podstawowe pojcia krystalograficzne takie jak projekcje, symetria, grupy przestrzenne, sie
odwrotna, klasyczne metody rentgenograficzne, transformacja Fouriera, tok analizy
strukturalnej w tym:

badania wstpne, wykonanie pomiarw, czynniki wpywajce na

intensywno wizki ugitej - w szczeglnoci, czynnik struktury; problem fazowy, metody


bezporednie i nierwnoci wyznacznikowe; rozwizanie struktury, udokadnienie struktury,
interpretacja danych strukturalnych, inne metody rozwizywania struktury, mapy gstoci
elektronowej; interpretacja oraz prezentacja wynikw.
(K, 30w + 30 w; 5 ECTS, egz; prof. dr hab. Bogdan Lesyng)
Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Zapoznanie studentw z podstawami
wspczesnych metod spektroskopii molekularnej oraz technik dyfrakcyjnych jak rwnie
nabycie podstawowych umiejtnoci w przetwarzaniu danych eksperymentalnych w celu
wyznaczania istotnych strukturalnych i fizykochemicznych cech badanych ukadw
(bio)molekularnych.

Genomika porwnawcza
Rekonstrukcja drzew filogenetycznych i oglne metody rekonstrukcji drzew: metody
maksymalizacji wiarygodnoci, maksimum parsymonii, czenia najbliszych ssiadw,
klastrowanie hierarchiczne, metody dla danych binarnych, drzewa konsensusowe, metody
bayesowskie. Pojcie genu, gatunku, specjacji, drzewa ycia, drzewa genw, drzewa
gatunkw. Sieci filogenetyczne. Organizacja genomw. Konstruowanie homologicznych
rodzin genw. Model duplikacji i strat genw, duplikacje genomw. Porwnywanie genomw.

Przetwarzanie danych genomowych. Jzyki programowania, narzdzia i bazy danych


genomowych.
(P 30w + 30 lab.; egz., 6 ECTS dr Pawe Grecki, dr Damian Wjtowicz).
Efekty ksztacenia - umiejtnoci i kompetencje:
Zapoznanie studentw z zaawansowanymi metodami stosowanymi w genomice
porwnawczej. Jednym z efektw ksztacenia bdzie umiejtno wykonania oblicze i
interpretacji wynikw zwizanych z porwnywaniem genomw.

Metody wirtualnej rzeczywistoci w bioinformatyce


Treci ksztacenia:

rodowisko wirtualnej rzeczywistoci systemw Mathematica lub

innego modelowego rodowiska w badaniach wybranych, prostych ukadw modelowych.


Praktyczna analiza wybranych przykadw. Zasady wizualizacji 3D. Przegld technologii VR.
Metody wirtualnej rzeczywistoci w badaniach struktury i dynamiki bardziej zoonych
ukadw. Podstawowe elementy specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistoci do
trjwymiarowej wizualizacji i manipulowania strukturami (bio)molekularnymi,

np.

NAMD/VMD. Siy molekularne na poziomie mikroskopowym (o atomowej zdolnoci


rozdzielczej) i/lub mezoskopowym (z wykorzystaniem efektywnych potencjaw dla caych
grup molekularnych). Konfigurowanie specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistoci z
wykorzystaniem rodowiska VMD oraz pakietu symulacyjnego NAMD do wizualizacji oraz
manipulowania

strukturami

molekularnymi,

lub

innego

rodowiska

podobnej

funkcjonalnoci. Podstawy metody dynamiki molekularnej. Sterowana (interaktywna)


dynamika molekularna (steered Molecular Dynamics) z uwzgldnieniem si generowanych
przez badacza. Sterowana dynamika molekularna w zastosowaniach praktycznych.
Zastosowania metod VR do generowania zmian konformacji badanych ukadw oraz do
dockingu maych ligandw. Inne zastosowania metod VR.
(P, 30w + 30 w; 6 ECTS, egz.; prof. dr hab. Bogdan Lesyng).

Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Zapoznanie studentw z podstawami


teorii oraz technologii systemw wirtualnej rzeczywistoci. Nabycie praktycznych

umiejtnoci zastosowa technik VR w badaniach struktury i funkcji ukadw


(bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju
nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemw.

Modelowanie zoonych systemw biologicznych.


Omwienie modeli czcych wyniki z rnych -omik. Wybrane przykady projektw
modelowania na poziomie komrki (np. E-cell), tkanki (np. Kidney Physiome Project),
organizmu (Computable Plant, The Living Human Project) omwienie struktur danych,
rodowiska i metody symulacji. Analiza zoonych sieci biologicznych (bezskalowosc,
wlasnosc malego swiata, idnetyfikacja hubow).
Modelowanie narzdw i zastosowania medyczne takich modeli (np. cardiovasular
bioinformatics, system oddechowy). Symulacje procesw morfogenezy. Metagenomika i jej
narzdzia bioinformatyczne. Modelowanie wspzalenoci organizmw (np. symbioza,
chorobotwrczo)
(P, 30 w + 60 w/lab; egz., 7ECTS, prof. dr hab. Piotr Zielenkiewicz/ Prof. dr hab. Jerzy
Tiuryn)
Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Umiejtno modelowania zoonych
systemw na poziomie sieci, komrki, organizmu i meta genomw.

Podstawy medycyny molekularnej


Treci ksztacenia: Racjonalne podstawy medycyny molekularnej: genetyczne predyspozycje
oraz wpyw czynnikw rodowiskowych na inicjacj oraz przebieg chorb, rnice midzy
ludmi do zapadania na choroby w ustalonym rodowisku oraz rnice w efektywnoci
leczenia z uyciem tych samych lekw wynikajcych z rnic genetycznych - Single
Nucleotide Polymorfizm (SNP). Przypomnienie podstaw biologii podziau komrkowego
oraz podstaw procesw apoptozy i nekrozy komrek. Przypomnienie mechanizmw
wybranych

szlakw

sygnaowych

metabolicznych,

szczeglnie

zwizanych

funkcjonowaniem receptorw komrkowych oraz kinaz i fosfataz biakowych. Podstawy


biologii systemu immunologicznego. Wybrany przegld dobrze udokumentowanych chorb
rodzinnych. Wybrany przegld dobrze udokumentowanych chorb wynikajcych z wpywu

rodowiska: toksyny z uwzgldnieniem dymu papierosowego, narkotyki, herbicydy, cikie


metale, inne. Podstawy komrkowe i molekularne wybranych chorb oraz wybrane,
popularne antybiotyki oraz inhibitory/aktywatory szlakw sygnaowych jak rwnie antisense
RNA: proste choroby genetyczne, m.in. zwizane z uszkodzeniami pojedynczych genw, jak
rwnie choroby mitochondrialne, nowotworowe, alergiczne i immunologiczne, wirusowe,
m.in. grypa z uwzgldnieniem jej rnorodnych odmian, oraz Aids, bakteryjne, grzybiczne,
pasoytnicze, m.in. malaria., choroby zwizane z wadliw syntez biaek prionowych oraz
inne. Praktyczne moliwoci

wspczesnej medycyny zindywidualizowanego leczenia i

minimalizacji efektw ubocznych . Nowe technologie funkcjonalnej genomiki, m.in.


podstawy farmakogenomiki
(K, 30w + 30 w; 5 ECTS, egz.; prof. dr hab. Bogdan Lesyng)
Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Zapoznanie studentw z podstawami
aktualnych zagadnie medycyny molekularnej. Nabycie praktycznych umiejtnoci analizy
struktury i funkcji ukadw biomolekularnych zwizanych z procesami chorobowymi.
Umoliwienie wykorzystanie nabytej wiedzy w innych dziedzinach, m.in. w diagnostyce
medycznej,

projektowaniu lekw oraz w zagadnieniach biologii medycznej, genomiki,

proteomiki oraz biologii systemw.

Projektowanie lekw
Treci ksztacenia: Metody obrazowania powierzchni receptorw. Najwaniejsze typy
oddziaywania niekowalencyjnych, na poziomie mikroskopowym i mezoskopowym, Model
klucz-zamek vs. dopasowanie ligand-receptor - efekty entropowe. Wpyw rozpuszczalnika,
efekt desolwatacji. Zarys rozwoju nowych metodologii, m.in. penego wzajemnego
dopasowania si receptora i inhibitora. Makromolekuy jako cel dziaania leku. Sposoby
przygotowania receptora pochodzcego z rnych rde (Xray, NMR, HomMod). Analiza
centrum aktywnego oraz metody przewidywania centrum aktywnego.
Przegld baz maych czsteczek, metody przeszukiwania baz (2D, 3D, problem
konformacyjny). Porwnywanie czsteczek metody wyliczania podobiestwa, deskryptory
molekularne, wspczynnik podobiestwa i wspczynnik odlegoci (Tanimoto, etc), budowa
farmakoforw. Metody projektowania bibliotek (rnorodno diversity set), wybr
lekopodobnych czsteczek , regua Lipiskiego, chemia kombinatoryczna.

Wykorzystanie baz czstek chemicznych do dokowania (przegld algorytmw i


oprogramowania) . Projektowanie de-novo, automatyczne metody tworzenia czsteczek:
inside-out i outside-in, definiowanie miejsc lokalizacji grup chemicznych, wady i zalety
podejcia. Projektowanie na podstawie znanych zwizkw bd cech (farmakoforu),
projektowanie analogw.
Wyliczanie energii wizania z pl siowych, metody wyznaczania rnic energii swobodnej,
m.in. komputerowej alchemii. Przegld funkcji oceniajcych dopasowanie, zalety i wady.
Wyliczanie energii desolwatacji.
QSAR: zaleno aktywnoci od struktury, metodologia, przegld rwna, walidacja,
chiralno i aktywno biologiczna, ADME.
(K, 30w+30w, 5 ECTS; egz. prof. Piotr Zielenkiewicz)
Efekty ksztacenia: Umiejtno analizy waciwoci zarwno maych czsteczek jak i
receptora. Zapoznanie studenta z typowymi problemami projektowania lekw. Wyksztacenie
umiejtnoci wyboru metody projektowania w zalenoci od typu problemu i danych jakimi
dysponuje.

Statystyczna analiza danych II


Treci ksztacenia: przypomnienie podstawowych rozkadw prawdopodobiestwa, funkcje
tworzce momenty, twierdzenie Bayesa; testy statystyczne (istotno i moc testu, regiony
krytyczne, p-wartoci); jednoczesne testowanie wielu hipotez statystycznych; estymacja
parametrw modelu (metoda najmniejszych kwadratw, metoda najwikszej wiarygodnoci);
wnioskowanie bayesowskie; modele liniowe; metody MCMC (prbnik Gibbsa, algorytm
Metropolisa-Hastingsa); sieci bayesowskie (algorytmy uczenia sieci, wnioskowanie w
sieciach); uczenie PAC, wymiar Vapnika-Chervonenskisa (VC).
(P, 30w + 30 w., 6 ECTS, egz. dr hab. Anna Gambin)
Efekty ksztacenia - umiejtnoci i kompetencje: zapoznanie studentw z podstawowymi
technikami konstrukcji modeli statystycznych, estymacji parametrw oraz oceny istotnoci
otrzymanych wynikw. Szczeglny nacisk zostanie pooony na zastosowanie poznanych

narzdzi

analizie

danych

pochodzcych

wielkoskalowych

eksperymentw

molekularnych.

Technologie w skali genomowej


Treci ksztacenia: Kompleksowe omwienie wspczesnych technologii stosowanych w
analizach genomicznych - mikromacierze oraz metody sekwencjonowania nowej generacji.
Przedstawienie problematyki badawczej opartej o analiz technikami wielkoskalowymi:
analiza zmiennoci genomu w tym badanie zmian liczby kopii genw (CNV) oraz analiza
pojedynczych zmian nukleotydowych (SNP), charakterystyka metylomu i epigenomu,
zmiany na poziomie transkryptomu w tym analiza poziomw miRNA. Przegld innych
technik analizy genomu i transkryptomu (SAGE, RT-PCR). Zapoznanie z dostpnym
oprogramowaniem sucym do modelowania, analizy i poznania znaczenia
identyfikowanych zmian w badanych procesach biologicznych.
W czci dotyczcej proteomiki zajcia wprowadz studentw w problematyk prowadzenia
analiz proteomicznych. Studenci dowiedz si jak interpretowac widma spektrometrii mas,
zapoznaj si z oprogramowaniem umoliwiajcym analiz tych danych i identyfikacj biaek
na podstawie widm fragmentacyjnych MS/MS. W drugiej czci zajc omawiane bd
techniki prowadzenia rnicowych eksperymentw proteomicznych. Studenci zapoznaj si
ze metod znakowania izotopowego prbek, tzw. technik iTRAQ oraz z oprogramowaniem
do analizy danych rnicowej proteomiki zarwno w wydaniu wymagajcym znakowania
izotopowego jak i bez tego znakowania, cznie z etapem oceny istotnoci statystycznej
znalezionych rnic.
(2w + 4 cw.; zal . 7 ECTS prof. dr hab. M. Dadlez).

Efekty ksztacenia umiejtnoci i kompetencje: Uzyskanie umiejtnoci waciwego


zaprojektowania

eksperymentw

wykorzystaniem

technologii

genomicznych i proteomicznych oraz analizy otrzymanych danych.

wielkoskalowych

You might also like