Professional Documents
Culture Documents
Genomika porwnawcza
Rekonstrukcja drzew filogenetycznych i oglne metody rekonstrukcji drzew: metody
maksymalizacji wiarygodnoci, maksimum parsymonii, czenia najbliszych ssiadw,
klastrowanie hierarchiczne, metody dla danych binarnych, drzewa konsensusowe, metody
bayesowskie. Pojcie genu, gatunku, specjacji, drzewa ycia, drzewa genw, drzewa
gatunkw. Sieci filogenetyczne. Organizacja genomw. Konstruowanie homologicznych
rodzin genw. Model duplikacji i strat genw, duplikacje genomw. Porwnywanie genomw.
np.
strukturami
molekularnymi,
lub
innego
rodowiska
podobnej
szlakw
sygnaowych
metabolicznych,
szczeglnie
zwizanych
Projektowanie lekw
Treci ksztacenia: Metody obrazowania powierzchni receptorw. Najwaniejsze typy
oddziaywania niekowalencyjnych, na poziomie mikroskopowym i mezoskopowym, Model
klucz-zamek vs. dopasowanie ligand-receptor - efekty entropowe. Wpyw rozpuszczalnika,
efekt desolwatacji. Zarys rozwoju nowych metodologii, m.in. penego wzajemnego
dopasowania si receptora i inhibitora. Makromolekuy jako cel dziaania leku. Sposoby
przygotowania receptora pochodzcego z rnych rde (Xray, NMR, HomMod). Analiza
centrum aktywnego oraz metody przewidywania centrum aktywnego.
Przegld baz maych czsteczek, metody przeszukiwania baz (2D, 3D, problem
konformacyjny). Porwnywanie czsteczek metody wyliczania podobiestwa, deskryptory
molekularne, wspczynnik podobiestwa i wspczynnik odlegoci (Tanimoto, etc), budowa
farmakoforw. Metody projektowania bibliotek (rnorodno diversity set), wybr
lekopodobnych czsteczek , regua Lipiskiego, chemia kombinatoryczna.
narzdzi
analizie
danych
pochodzcych
wielkoskalowych
eksperymentw
molekularnych.
eksperymentw
wykorzystaniem
technologii
wielkoskalowych