Professional Documents
Culture Documents
UWM w Olsztynie
Przewodnik do ćwiczeń z
Genetyki
populacji
Ś
Mirosław Łuczyński
Sławomir Ciesielski
Małgorzata Jankun
Dariusz Kaczmarczyk
Paweł Woźnicki
www.genetics.wustl.edu/
Olsztyn 2009
Szczegółowv program ćwiczeń z przedmiotu GENETYKA dla studentów II
roku kierunku Ochrona Środowiska
(prowadzący ćwiczenia: dr inż. Sławomir Ciesielski)
Gdy gen ma dwa allele kodujące trzy fenotypy, a każdy genotyp koduje unikalny
fenotyp (dominacja niekompletna albo addytywne działanie genów), łatwo określić
frekwencje alleli genu w populacji. Frekwencja allelu to:
Liczba ryb o fenotypie homozygotycznym jest mnożona przez dwa gdyż każda ryba
ma dwie kopie allelu danego rodzaju; heterozygoty mają tylko po jednym allelu tego rodzaju.
Liczba ryb w populacji jest mnożona przez dwa gdyż każda ryba jest organizmem
diploidalnym i ma dwa allele w każdym locus.
Na przykład jeśli hodowca pstrągów znajduje ryby złociste oraz "palomino" i chce
wiedzieć, jakie są frekwencje alleli G i G' w hodowanej populacji, powinien policzyć ile jest
ryb o każdym fenotypie, zsumować allele i obliczyć ich frekwencje (w procentach).
Rozważmy przykład, w którym liczby ryb o poszczególnych
fenotypach (i przyporządkowanych im genotypach) były
następujące:
Każdy normalnie ubarwiony pstrąg ma dwa allele G, każdy pstrąg palomino ma jeden allel
Ćwiczenie 1
G, pstrągi złociste nie mają alleli G. Ogólna liczba alleli w locus G jest równa podwojonej
liczbie wszystkich ryb w populacji (normalnie ubarwionych + złocistych + palomino).
Czyli:
liczba alleli G
f(G) = --------------------------------------------------- =
całkowita liczba alleli w locus G
Podobnie można obliczyć frekwencję alleli G', która w tym przykładzie wynosi
Należy zauważyć iż
f(G) + f(G’) =------+-------= 1,0.
Frekwencję danego genotypu w określonej populacji definiuje się jako stosunek liczby
osobników posiadających dany genotyp do ogólnej liczby osobników w danej populacji. Dla
populacji nieokreślonej lecz o bardzo dużej liczebności, wygodniej jest określać frekwencję
jako prawdopodobieństwo występowania danego genotypu w populacji, albo jako
prawdopodobieństwo, że wybrany przypadkowo osobnik będzie miał dany genotyp.
Przykład:
W populacji stwierdzono 300 osobników homozygot dominujących (AA), 500
heterozygot(Aa) i 200 homozygot recesywnych (aa). Frekwenqe poszczególnych genotypów
będą miały wartości następujące: d(M)=300/1000=0,3; h (Aa)=500/1 000=0,5;
Ćwiczenie 1
r(aa)=200/1000=0,2
Ważne jest poznanie frekwencji nie tylko genotypów ale i genów, gdyż to właśnie geny się
dziedziczą a nie genotypy.
Frekwencję genu rozumie się jako względną częstość występowania, proporcję loci zajętych
przez dany gen w populacji do wszystkich loei, które dany gen mógłby zajmować. Inaczej
można frekwencję genu zdefiniować jako prawdopodobieństwo występowania danego allelu
(genu) w populacji. Jeśli przez "p" oznaczymy frekwencję allelu dominującego genu A, przez
q oznaczymy frekwencję allelu recesywnego tego genu oznaczonego jako a, wtedy:
p+q=1
2D+H 2R+H
gdzie: p = ------------------; q = ------------------
2N 2N
A a
A AA Aa
a Aa aa
Ćwiczenie 1
Jeśli allel A występuje w badanej populacji ryb z frekwencją p, podczas gdy allel a
występuje z frekwencją q, wówczas frekwencje zygot o poszczególnych genotypach (AA, Aa
oraz aa) można obliczyć również posługując się szachownicą genetyczną, w której polach w
miejsce nazw alleli (A, a) oraz genotypów (AA, Aa, aa) wstawimy obserwowane w populacji
frekwencje alleli (p, q) oraz wyliczone prawdopodobieństwa, iż powstaną ,zygoty o
poszczególnych genotypach (prawdopodobieństwo że powstaną zygoty o genotypie AA = p x
p = p2; Aa = p x q + q x p = 2pq; aa = q x q = q2.
p q
2
p pp=p pq
q pq qq=q2
(p + q)2 = p2 + 2pq + q2 = 1
p2 2pq q2
locus B?
Jakie są oczekiwane liczebności tych genotypów z równania Hardy'ego i
Weinberga?
Czy frekwencje obserwowane odpowiadają oczekiwanym - sprawdzenie za pomocą testu
chi-kwadrat.
Test χ2 stosuje się do określania, czy obserwowane liczby osobników o danych genotypach
są takie same, jakich spodziewalibyśmy się na podstawie H-W (to znaczy, czy spełniają
oczekiwania H-W, otrzymane wartości z obu (obserwowane i oczekiwane) kolumn
podstawiamy do wzoru i obliczamy według modelu
(Obs - Exp) 2
2
χ =Σ ------------------
Exp
Każdy ze studentów określa genotyp sąsiada (na podstawie jego fenotypu) jako Ax lub aa
oraz Bx lub bb.(gdzie x oznacza dowolny allel z danego locus). Zauważmy. że tylko
homozygoty recesywne są wyróżnialne (dotyczy to obu badanych /oci genowych). Obliczamy
udział homozygot recesywnych (dla każdej cechy oddzielnie) w całej grupie studenckiej.
Dodajemy również w miarę możliwości wyniki z grup poprzednich, aby zwiększyć
liczebność próby i zminimalizować błąd statystyczny.
Przykładowo, jeżeli liczba homozygot w locus A wynosiła 5 na 20 osób, to frekwencja
homozygot recesywnych w próbie wyniosi 5/20 czyli 0.25. Z równania Hardy'ego i
Weinberga wiemy. że frekwencja homozygot recesywnych w populacji wynosi q2, a zatem
frekwencja allelu recesywnego q = √q2 = 0,5. Frekwencja allelu dominującego wynosi zaś
p = 1-q = 0,5
Mamy już frekwencje alleli A i a (p i q) oraz B i b (p1 i q1). Możemy teraz obliczyć, jaki
procent w populacji stanowią heterozygoty - nosiciele cech recesywnych. Obliczamy to ze
wzoru:
POPULUS
Celem ćwiczeń jest analiza wpływu naturalnej selekcji, dryfu genetycznego, migracji, mutacji
oraz ich kombinacji na częstość występowania alleli w populacji.
W ćwiczeniu analizowana będzie populacja myszy. Kolor sierści myszy kontrolowany jest
przez jeden gen posiadający dwa allele. W przypadku tej cechy występuje nie pełna
dominacja: homozygoty dominujące (AA) posiadają sierść koloru czarnego, heterozygoty
(Aa) posiadają sierść koloru szarego a homozygoty recesywne (aa) mają sierść koloru białego.
Zakłada się, że myszy żyją na wyspie bez drapieżnika. Frekwencja obu alleli jest identyczna,
chyba że podane jest inaczej.
Symulacja I
Na bardzo dużą, odizolowana populację myszy, swobodnie się krzyżujących nie działają
żadne czynniki mutagenne. Jeśli na wyspę przedostanie się drapieżnik (np. mysz) bardziej
zagrożone są białe myszy. Celem symulacji jest określenie kierunku ewolucji wobec działania
powyższego czynnika selekcyjnego.
1. Uruchom program Populus i przejdź do Model > Natural selections. Wybierz Selection on
Diallelic Autosomal Locus.
2. Zaznacz opcję genotypic frequencies vs. t.
3. Wybierz Fitness (przystosowanie) i określ je dla każdego genotypu:
AA przystosowanie 1.0
Aa przystosowanie 1.0
aa przystosowanie 0.7
4. Wybierz jedną początkową frekwencję (One Initial Frequency) i wpisz 0.5. Ustaw liczbę
generacji (Generations) na 130.
5. Naciśnij View.
6. Odpowiedz na następujące pytania:
a) Określ linie dotyczące poszczególnych genotypów. Jak należy je interpretować?
b) Jeśli przystosowanie genotypów AA i Aa jest takie same dlaczego frekwencja
genotypu AA wzrasta a genotypu Aa obniża się?
c) Jeśli genotyp aa jest "zły" dlaczego nie zanikł zupełnie? Wróć do Plot Options i
zaznacz "p vs. t". Pozwoli to zbadać jak zmienia się frekwencja allelu A (p) w czasie.
Co można zaobserwować?
d) Zmień początkową frekwencję allelu A na 0.1 i zaznacz ponownie genotypic
frequencies vs. t (pozostaw resztę bez zmian). Przypuszczamy, iż ilość białych myszy
(genotyp aa) przewyższała ilość ciemnych myszy na wyspie przed przybyciem
drapieżnika. Dlaczego linia genotypu aa obniżyła się tak szybko. Dlaczego frekwencja
genotypu Aa początkowo wzrastała a potem się obniżyła?
e) Jakie wnioski dotyczące działania selekcji można wyciągnąć na podstawie
przeprowadzonych symulacji.
Symulacja II
Symulacji poddana będzie ta sama, duża, odizolowana, swobodnie krzyżująca się populacja
myszy, w której nie występują żadne mutacje wpływające na kolor ich sierści. Najbardziej
narażone na działanie drapieżnika są osobniki białe, potem czarne a na końcu szare.
Wybierz opcję Selection on a Diallelic Autosomal Locus ustawiając resztę opcji jak w
poprzedniej symulacji (initial frequency 0.5) Przystosowanie (Fitness) ustaw w następujący
sposób:
Ćwiczenie 4
AA - 0.9
Aa - 1.0
aa - 0.7
Jakie są główne różnice między wynikami tej a poprzedniej symulacji ?
Symulacja III
W niniejszej symulacji ta sama odizolowana populacja myszy, swobodnie krzyżująca się ma
niewielką liczebność. Brakuje mutacji wpływających na kolor sierści nie ma też różnic w
przeżywalności różnych form barwnych.
1. Wybierz model Mendelian Genetics i Genetic Drift . Wybierz zakładkę Monte Carlo i
ustaw opcję w następujący sposób:
a) Runtime = 3N generations
b) Loci = 6
c) Initial frequency = 0.5
d) Population size = 500
2. Naciśnij View. Linia każdego koloru oznacza przypadkowo wybrany allel genomu myszy.
Allele te są niezależne od siebie i nie wpływają one na przeżywalność.
3. Przeprowadź 18 prób (Iterate): sześć dla populacji 500 osobników, sześć dla populacji 50
osobników i sześć dla populacji liczącej 5 osobników.
4. Dla każdej próby zanotuj następujące informacje:
a) Wielkość populacji (Population size - N)
b) Liczbę generacji do momentu osiągnięcia frekwencji równej 1 lub zero przez pierwszy z
alleli (Fixation)
c) Kolor allelu który jako pierwszy osiągnął frekwencję 1 lub zero
d) W ilu przypadkach doszło najpierw do osiągnięcia frekwencji 0 a w ilu przypadkach
frekwencji 1
5. Odpowiedz na następujące pytania:
a) Czy we wszystkich próbach frekwencje alleli przebiegały w ten sam sposób? Dlaczego
tak, dlaczego nie?
b) Czy frekwencje poszczególnych alleli wyglądały tak samo w różnych próbach?
Dlaczego tak, dlaczego nie?
c) Jak duże były różnice w czasie osiągnięcia przez pierwszy allel frekwencji 1 lub zero?
d) Jeśli allele te nie są związane z selekcją to dlaczego zmienia się ich frekwencja?
e) Bardzo często uważa się dryft genetyczny związany jest tylko z małymi populacjami.
Jednakże ma on również wpływ na duże populacje ale wpływa na nie w sposób mniej
zauważalny.
f) Symulacja ta pokazuje zmianę frekwencji alleli w czasie. Czy można powiedzieć, że w
taki sposób przebiega ewolucja?
g) Czy można przewidzieć dla danej populacji kiedy dojdzie do utraty konkretnego allelu?
Symulacja IV
Dryf genetyczny a selekcja.
W rzeczywistości dryf genetyczny i selekcja działają zazwyczaj jednocześnie, są one dwoma
najważniejszymi czynnikami ewolucyjnymi.
W omawianej populacji myszy wraz z przybyciem na wyspę drapieżnika selekcja działa
przeciwko białym myszom (aa), jednakże nie jest to cecha letalna - myszy białych jest o 10%
mniej niż ciemnych.
1. W opcji Mendelian Genetics zaznacz Drift and Selection. Wprowadź dane:
a) N = 500, p = 0.1, Generations = 500
b) AA = 1, Aa = 1, aa = 0.9
Ćwiczenie 4
2. Zanim sprawdzisz wynik rozważ: jeśli nie działa dryf genetyczny czy allel a zostanie
wyparty z populacji?
3. Naciśnij View i zobacz co stanie się po 500 generacjach. Przeprowadź 5 symulacji
obserwując za każdym wyniki. Jaki jest wynik? Czy za każdym razem wyniki były takie
same? Dlaczego wartość allelu A osiągnęła 1?
4. Selekcja (obecność drapieżnika) spowodowała że frekwencja allelu A wzrosła. Jednakże
jak widać było w symulacji pierwszej linia wzrostu frekwencji tego allelu nie jest prosta.
Wzrost jest bardzo niejednorodny - jest to wynikiem działania dryfu genetycznego.
5. Teraz zmień wielkość populacji na 50 i naciśnij View. Co się dzieje w mniejszej
populacji?
6. Przeprowadź 5 symulacji. Czy otrzymane wyniki podobne są do tych, które były uzyskane
dla większej populacji.
7. Gdy wielkość populacji wynosiła 500 bez wątpienia można było zauważyć, że frekwencja
allelu A wzrastała do momentu przekroczenia wartości 1. Najprawdopodobniej sytuacja
powtórzyła się, gdy wielkość populacji wynosiła 50.
8. Czy populacja myszy na wyspie ewoluowała? Jeśli tak to jakie były mechanizmy tej
ewolucji?
9. Co otrzymane wyniki mogą powiedzieć o działaniu dryfu genetycznego i selekcji w małej
i dużej populacji?
Ćwiczenie 5
Współczynnik inbredu:
t - liczba pokoleń
AA po2 +PoqoFt
Aa 2poqo -2poqoFt
aa qo 2 +PoqoFt
-obliczmy średnia masę w próbie samców i samic dzieląc całkowitą masę próby przez liczbę
much w próbie.
Jeżeli średnia masa muchy będzie mniejsza niż 0,5 mg lub większa niż 2 mg, powtórzyć
ważenie.
ZADANIE
Wartość statystyki t obliczoną przez nas porównujemy z krytyczna wartością z tabeli ,,poziom
istotności dla testu dwustronnego dla poziomu istotności 0,05. Liczba stopni swobody
df=N1+N2-2, gdzie N1 i N2 to liczby powtórzeń, odpowiednio dla zagęszczenia 1 (2+2) i 2
(6+6)
Ćwiczenie 6
S1 S
Sx = + 2
N1 N 2
S=
∑ X 2
− (∑ X ) 2 / N
N −1
Gdy obliczymy wariancję S1 i S2, wstawiamy je do wzoru na błąd standardowy (N1 i N2 są
liczbami powtórzeń w każdym zagęszczeniu). Obliczamy każdą wariancję oddzielnie
wstawiając dla S1 odpowiednio X1 i N1 a dla S2 - X2 oraz N2. Gdy obliczymy Sx, wstawiamy
do wzoru na t i obliczamy wartość statystyki t. Znajdujemy w tabeli wartość krytyczna.:
Liczba stopni swobody df = N1+ N2 -2. Poziom istotności dla testu dwustronnego
α = 0,05
Jeżeli obliczona przez nas wartość statystyki t jest niższa od wartości krytycznej, to:
Stopnie Prawdopodobieństwo
swobody 0,99 0,95 0,5 0,25 0,1 0,05 0,025 0,01 0,005
1 - - 0,45 1,32 2,71 3,84 5,02 6,63 7,88
2 0,02 0,10 1,39 2,77 4,61 5,99 7,38 9,21 10,60
3 0,11 0,35 2,37 4,11 6,25 7,81 9,35 11,34 12,84
4 0,30 0,71 3,36 5,39 7,78 9,49 11,14 13,28 14,86
5 0,55 1,15 4,35 6,63 9,24 11,07 12,83 15,09 16,75
6 0,87 1,64 5,35 7,84 10,64 12,59 14,45 16,81 18,55
7 1,24 2,17 6,35 9,04 12,02 14,07 16,01 18,48 20,28
8 1,65 2,73 7,34 10,22 13,36 15,51 17,53 20,09 21,96
9 2,09 3,33 8,34 11,39 14,68 16,92 19,02 21,67 23,59
10 2,56 3,94 9,34 12,55 15,99 18,31 20,48 23,21 25,19
11 3,05 4,57 10,34 13,70 17,28 19,68 21,92 24,72 26,76
12 3,57 5,23 11,34 14,85 18,55 21,03 23,34 26,22 28,30
13 4,11 5,89 12,34 15,98 19,81 22,36 24,74 27,69 29,82
14 4,66 6,57 13,34 17,12 21,06 23,68 26,12 29,14 31,32
15 5,23 7,26 14,34 18,25 22,31 25,00 27,49 30,58 32,80
16 5,81 7,96 15,34 19,37 23,54 26,30 28,85 32,00 34,27
17 6,41 8,67 16,34 20,49 24,77 27,59 30,19 33,41 35,72
18 7,01 9,39 17,34 21,60 25,99 28,87 31,53 34,81 37,16
19 7,63 10,12 18,34 22,72 27,20 30,14 32,85 36,19 38,58
20 8,26 10,85 19,34 23,83 28,41 31,41 34,17 37,57 40,00
21 8,90 11,59 20,34 24,93 29,62 32,67 35,48 38,93 41,40
22 9,54 12,34 21,34 26,04 30,81 33,92 36,78 40,29 42,80
23 10,20 13,09 22,34 27,14 32,01 35,17 38,08 41,64 44,18
24 10,86 13,85 23,34 28,24 33,20 36,42 39,36 42,98 45,56
25 11,52 14,61 24,34 29,34 34,38 37,65 40,65 44,31 46,93
26 12,20 15,38 25,34 30,43 35,56 38,89 41,92 45,64 48,29
27 12,88 16,15 26,34 31,53 36,74 40,11 43,19 46,96 49,64
28 13,56 16,93 27,34 32,62 37,92 41,34 44,46 48,28 50,99
29 14,26 17,71 28,34 33,71 39,09 42,56 45,72 49,59 52,34
30 14,95 18,49 29,34 34,80 40,26 43,77 46,98 50,89 53,67
40 22,16 26,51 39,34 45,62 51,80 55,76 59,34 63,69 66,77
50 29,71 34,76 49,33 56,33 63,17 67,50 71,42 76,15 79,49
60 37,48 43,19 59,33 66,98 74,40 79,08 83,30 88,38 91,95
70 45,44 51,74 69,33 77,58 85,53 90,53 95,02 100,42 104,22
80 53,54 60,39 79,33 88,13 96,58 101,88 106,63 112,33 116,32
90 61,75 69,13 89,33 98,64 107,56 113,14 118,14 124,12 128,30
100 70,06 77,93 99,33 109,14 118,50 124,34 129,56 135,81 140,17