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ASIGNATURA
BIOQUIMICA
Asignatura: BIOQUIMICA
VISIN
Ser una de las 10 mejores universidades
privadas del Per al ao 2020, reconocidos
por nuestra excelencia acadmica y
vocacin de servicio, lderes en formacin
integral,
con
perspectiva
global;
promoviendo la competitividad del pas.
MISIN
Somos una universidad privada, innovadora y
comprometida con el desarrollo del Per, que
se dedica a formar personas competentes,
ntegras y emprendedoras, con visin
internacional; para que se conviertan en
ciudadanos responsables e impulsen el
desarrollo de sus comunidades, impartiendo
experiencias de aprendizaje vivificantes e
inspiradoras;
y
generando
una
alta
valoracin mutua entre todos los grupos de
inters.
Asignatura: BIOQUIMICA
Asignatura: BIOQUIMICA
PRESENTACIN
Estructura y catlisis
Bioenergtica y catabolismo.
Rutas de la informacin.
Asignatura: BIOQUIMICA
NDICE
Pg.
PRESENTACIN
NDICE
Tema 2: El agua.
19
26
Tema 4: Enzimas.
39
47
56
Tema 7: Lpidos.
65
77
83
94
104
114
120
126
142
152
BIBLIOGRAFIA
162
Asignatura: BIOQUIMICA
OBJETIVOS GENERALES
Al finalizar el curso el alumno aprender:
Esta gua fue pensada para facilitar tu proceso de la enseanza de bioqumica. Los temas
estn cubiertos en la secuencia que se presentan en el syllabus y se trata cada uno de ellos
con la profundidad necesaria.
Lee siempre con mucho cuidado tu gua.
Durante este curso emplearemos muchas herramientas para que el aprendizaje de esta
asignatura te resulte interesante, agradable, fluido y te permita organizar tu tiempo de la
forma ms ptima.
Tendrs como auxiliares otros libros de consulta y a tu docente acude a ellos cada vez que
sea necesario.
Las actividades son instrumentos de evaluacin, sern tomadas en cuenta para tu
calificacin final que se complementa con la prctica de laboratorio como tarea acadmica.
Actividades. Cada tema incluir una serie de actividades tericas y prcticas, unas
obligatorias y otras recomendadas y todas con fecha de entrega, que facilitarn la adquisicin y
maduracin de los conocimientos.
Correo electrnico. Durante todo el curso, se pretende que exista una comunicacin
constante entre el alumno y el profesor para lo que se establece esta herramienta de carcter
personal.
Asignatura: BIOQUIMICA
Foro. La herramienta de foro se utilizar para establecer debates sobre temas concretos de
inters general. La participacin es voluntaria pero ser puntuable y servir para mejorar la
calificacin final.
Iconos o esquemas que permiten realizar las actividades de aprendizaje y las instrucciones como
resolver cada actividad esta son:
Trabajos de
investigaci
n.
Lecturas
sugerida
s.
Important
e.
Bsqueda
de
Internet.
Resuelv
e.
Exposici
n.
Tarea
.
Ejercicio
s..
Practica
de
laboratori
Discusi
n en
clase.
Asignatura: BIOQUIMICA
PRIMERA UNIDAD
Tema N 1: FUNDAMENTOS DE BIOQUIMICA
I OBJETIVOS:
El alumno:
Requerimientos:
Para mejor entendimiento de este tema es necesario tener conocimientos de Biologa y Qumica
orgnica por lo que es necesario revisar algunos conceptos.
Deber de ver la pelcula El aceite de Lorenzo y responder las preguntas que el docente le asigne.
II INSTRUCCIONES
Para comprender este tema es necesario darle 4 horas de estudio extra de clase.
Te debers apoyar en las lecturas recomendadas.
Debes de realizar tus actividades de aprendizaje e investigacin y discutirlas con el docente
en clases.
III INTRODUCCIN
En esta unidad se define la Bioqumica y se destaca su importancia en el mbito medico y ambiental,
as como su relacin e interrelacin con las ciencias afines tomando encuentra las asignaturas que
los anteceden y las simultaneas.
Caractersticas distintivas de los seres vivos:
Un elevado grado de complejidad qumica y de organizaciones microscpicas.- Las intrincadas
estructuras internas celulares estn formadas por miles de molculas diferentes. Entre ellas se
encuentran polmeros muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de subunidades, su
estructura tridimensional nica y su capacidad para interaccionar de forma especfica y selectiva con
otras molculas celulares.
Asignatura: BIOQUIMICA
Asignatura: BIOQUIMICA
Fundamento celulares
Las clulas son estructuras increblemente diversas y complejas, capaces no slo de dividirse as
mismas (una de las caractersticas esenciales de la vida) sino tambin de realizar una amplia gama
de tareas especializadas en los organismos multicelulares. Las clulas estn compuestas de agua,
iones, compuestos inorgnicos y molculas que contiene carbono (orgnicas). El agua es la
molcula ms abundante en las clulas, representando 70% o ms de la masa celular total. En
consecuencia, las interacciones entre el agua y el resto de los componentes celulares tienen una
importancia central en la qumica biolgica.
Pese a las muchas diferencias de aspecto y funcin, todas las clulas estn envueltas en una
membrana llamada membrana plasmtica que encierra una sustancia rica en agua llamada
citoplasma. En el interior de las clulas tienen lugar numerosas reacciones qumicas que les
permiten crecer, producir energa y eliminar residuos. El conjunto de estas reacciones se llama
metabolismo (trmino que proviene de una palabra griega que significa cambio). Todas las clulas
contienen informacin hereditaria codificada en molculas de cido desoxirribonucleico (ADN); esta
informacin dirige la actividad de la clula y asegura la reproduccin y el paso de los caracteres a la
descendencia.
Las dimensiones celulares
La mayor parte de las clulas son de tamao microscpico invisibles al ojo humano. El dimetro
tpico de las clulas animales y vegetales es de unos 5 a 100 m, y muchos organismos unicelulares
tienen una longitud de tan solo 1 a 2 m.
Los seres vivos se pueden clasificar en tres dominios
Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres grandes grupos (dominios) que presentan
las tres ramas de la evolucin a partir de un progenitor comn. En base a consideraciones
bioqumicas y genticas se pueden distinguir dos grandes grupos: Bacteria y Archaea. Las bacterias
habitan en el suelo, en las aguas superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos o en
descomposicin. Muchas especies de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Carl Woese
en la dcada de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos salinos, fuentes termales, cinagas
altamente acdicas y las profundidades de los ocanos. Las pruebas que se disponen sugieren que
las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos los organismos eucariticos que constituyen el
tercer dominio, Eukarya, evolucionaron de la misma rama que dio origen a las arqueas; los
eucariotas estn, por tanto, ms estrechamente relacionados con las arqueas que con las bacterias.
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Las bacterias no tienen un ncleo delimitado por membranas. El material gentico est organizado
en un nico cromosoma situado en el citoplasma, dentro de un cuerpo irregular denominado
nucleoide. La mayora de los cromosomas bacterianos son circulares, si bien existen algunos
ejemplos de cromosomas lineales, por ejemplo, Borrelia burgdorferi. El nucleoide contiene el
cromosoma junto con las protenas asociadas y ARN. El orden Planctomycetes es una excepcin,
pues una membrana rodea su nucleoide y tiene varias estructuras celulares delimitadas por
membranas.
Diferencias entre una bacteria Gram negativa y una bacteria Gram positiva
Las clulas eucariotas poseen diversos orgnulos membranosos que pueden aislarse para su
estudio.
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Las clulas eucariotas tpicas son mucho mayores que las bacterianas: tienen normalmente un
dimetro de 5 a 100 m y un volumen celular que es entre mil y un milln de veces superior al de las
bacterias. Las caractersticas distintivas de los eucariotas son el ncleo y los orgnulos rodeados de
membranas que llevan a cabo funciones especificas: mitocondrias, retculo endoplasmtico.,
complejo de golgi, peroxisimas y lisosomas. Las clulas vegetales contienen adems vacuolas y
cloroplastos.
Los lisosomas tienen una estructura muy sencilla, semejantes a vacuolas, rodeados solamente por
una membrana, contienen gran cantidad de enzimas digestivas que degradan todas las molculas
inservibles para la clula. Funcionan como "estmagos" de la clula y adems de digerir cualquier
sustancia que ingrese del exterior, vacuolas digestivas, ingieren restos celulares viejos para
digerirlos tambin, llamados entonces vacuolas autofgicas.
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El azcar principal
Fundamentos qumicos
La bioqumica tiene como objetivo explicar en trminos qumicos las estructuras y las funciones
biolgicas. A finales del siglo XVIII los qumicos llegaron a la conclusin de que la composicin de la
materia viva era sorprendentemente diferente de la del mundo inanimado. Antonie Lavoisier (1743
1794) observo la relativa simplicidad qumica del mundo mineral en contraste con la complejidad de
los mundos animal y vegetal; se saba que estos ltimos estaban formados por compuestos ricos
en carbono, oxigeno, nitrgeno y fosforo.
Menos de los 30 de los ms de 90 elementos qumicos presentes en la naturaleza son esenciales
para los seres vivos la mayora de los elementos de la materia viva tiene un numero atmico
relativamente bajo, y solo 2 de ello tiene un numero atmico superior al del selenio, 34. Los cuatro
elementos ms abundantes del organismo vivos, en trminos de porcentajes sobre el nmero total
de tomos, son el hidrogeno, el oxigeno, el nitrgeno, y el carbono, que en conjunto, representan
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ms del 97% de la masa de la mayora de las clulas. Son los elementos ms ligeros capaces de
formar los enlaces ms fuertes. Los oligoelementos representan una fraccin minscula del peso del
cuerpo humano, pero todos ellos son esenciales para la vida, generalmente a la causa de que
resultan imprescindibles para la funcin de protenas especificas, incluidos los enzimas. La
capacidad trasportadora de oxigeno de la molcula de hemoglobina, por ejemplo, depende
totalmente de cuatro iones de hierro que constituyen solo el 0,3% de su masa.
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Fsforo Forma parte de los nucletidos, compuestos que forman los cidos nuclicos. Forman parte
de coenzimas y otras molculas como fosfolpidos, sustancias fundamentales de las membranas
celulares. Tambin forma parte de los fosfatos, sales minerales abundantes en los seres vivos.
Magnesio Forma parte de la molcula de clorofila, y en forma inica acta como catalizador, junto
con las enzimas, en muchas reacciones qumicas del organismo.
Calcio Forma parte de los carbonatos de calcio de estructuras esquelticas. En forma inica
interviene en la contraccin muscular, coagulacin sangunea y transmisin del impulso nervioso.
Sodio Catin abundante en el medio extracelular; necesario para la conduccin nerviosa y la
contraccin muscular.
Potasio Catin ms abundante en el interior de las clulas; necesario para la conduccin nerviosa y
la contraccin muscular.
Cloro Anin ms frecuente; necesario para mantener el balance de agua en la sangre y fludo
intersticial.
Hierro Fundamental para la sntesis de clorofila, catalizador en reacciones qumicas y formando
parte de citocromos que intervienen en la respiracin celular, y en la hemoglobina que interviene en
el transporte de oxgeno.
Manganeso Interviene en la fotolisis del agua , durante el proceso de fotosntesis en las plantas.
Iodo Necesario para la sntesis de la tiroxina, hormona que interviene en el metabolismo
Flor Forma parte del esmalte dentario y de los huesos.
Cobalto Forma parte de la vitamina B12, necesaria para la sntesis de hemoglobina.
Silicio Proporciona resistencia al tejido conjuntivo, endurece tejidos vegetales como en las
gramneas.
Cromo Interviene junto a la insulina en la regulacin de glucosa en sangre.
Zinc Acta como catalizador en muchas reacciones del organismo.
Litio Acta sobre neurotransmisores y la permeabilidad celular. En dosis adecuada puede prevenir
estados de depresiones.
Molibdeno Forma parte de las enzimas vegetales que actan en la reduccin de los nitratos por
parte de las plantas.
Las biomoleculas son compuestos de carbonos con una diversidad de grupos funcionales
La quimica de los organismos vivos se organizan alrededor del carbono, que representa mas de la
mitad del peso seco de las celulas. El carbono puede formar enlaces simples con atomos de
hidrogeno y tanto enlaces simples como dobles con los atomos de oxigeno y de nitrogeno.
La capacidad de los atomos de carbono para formar enlaces simples carbono- carbono de gran
estabilidad resulta de gran transcendencia en la biologia. Cada atomo de carbono puede formar
enlaces simples muy estables con maximo de hasta otros cuatro atomos de carbono. Dos atomos de
carbono pueden combatir tambien dos (o tres) pares de electrones, dando lugar a enlaces carbono
carbono dobles (o triples).
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Los ngulos de enlaces del tomo del carbono estn generalmente cercanos a 109.5, 120 180,
que corresponden al ngulo formado por los orbitales hbridos sp 3, sp2 y sp, respectivamente.
Cuando un tomo de carbono forma cuatro enlaces covalentes sencillos es que hibridiza
produciendo cuatro orbitales hbridos sp 3, orientados hacia los pices (puntas) de un tetraedro
regular, con ngulos cercanos a 109.5.
Los grupos funcionales son grupos estn unidos al esqueleto de carbono, reemplazando a uno o
ms de los hidrgenos que estaran presentes en un hidrocarburo. Un grupo -OH (hidroxilo) es un
ejemplo de un grupo funcional. Cuando un hidrgeno y un oxgeno se unen covalentemente, un
electrn exterior del oxgeno sobra, queda no apareado, puede entonces ser compartido con un
electrn exterior que, de modo semejante, qued disponible en un tomo de carbono, formando as
un enlace covalente con el carbono. Un compuesto con un grupo hidroxilo que reemplaza a uno o
ms de los hidrgenos de un hidrocarburo, se conoce como alcohol. As, el metano (CH 4), en el que
un tomo de hidrgeno es reemplazado por un grupo hidroxilo, se transforma en metanol o alcohol
de madera (CH3OH), que es un compuesto de olor agradable, txico, notable por su capacidad para
causar ceguera y muerte.
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Hidratos de Carbono
Lpidos
Protenas
cidos Nucleicos.
Algunas de estas molculas, como los hidratos de carbono, las protenas y los cidos nucleicos
pueden ser polimricas. Se denomina polmero a toda macromolcula constituida por la unin de
muchas molculas pequeas similares, las que reciben el nombre de monmeros.
Cuando dos monmeros similares se unen forman un dmero, si son tres un trmero. Hasta diez se
lo nombran genricamente oligmero.
Las protenas estn formadas por la unin de varios aminocidos, unidos mediante enlaces
peptdicos. El orden y disposicin de los aminocidos en una protena depende del cdigo gentico,
ADN, de la persona. Las protenas constituyen alrededor del 50% del peso seco de los tejidos y no
existe proceso biolgico alguno que no dependa de la participacin de este tipo de sustancias.
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Los acidos nucleicos son macromolculas, polmeros formados por la repeticin de monmeros
llamados nucletidos, unidos mediante enlaces fosfodister. Se forman, as, largas cadenas o
polinucletidos, lo que hace que algunas de estas molculas lleguen a alcanzar tamaos gigantes
(de millones de nucletidos de largo). Existen dos tipos de cidos nucleicos: ADN y ARN. El ADN
guarda la informacin gentica en todos los organismos celulares, el ARN es necesario para que se
exprese la informacin contenida en el ADN; en los virus podemos encontrar tanto ADN como ARN
conteniendo la informacin (uno u otro nunca ambos).
Los polisacridos estn formados por la unin de monosacridos, unidos por enlaces Oglucosdicos. Existen algunos formados por unidades de pentosa, llamados pentosanas, pero los
que tienen importancia biolgica son los polmeros de unidades de hexosas, llamados tambin
hexosanas, y muy especialmente los polisacridos formados de glucosa. Los polisacridos son
sustancias de gran tamao y peso molecular. Son totalmente insolubles en agua, en la que pueden
formar dispersiones coloidales.
Los lpidos derivados de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como componentes de
estructurales de las membranas, reserva de combustible, rico de energa, pigmentos y seales
intracelulares.
Capitulo 2
Asignatura: BIOQUIMICA
El agua
El agua es la sustancia ms abundante en los sistemas vivos constituye el 70% o ms del peso de la
mayora de organismos. Los primeros organismos vivos de la tierra aparecieron en un entorno
acuoso, y el curso de la evolucin ha sido moldeado por las propiedades del medio acuoso en que
se inicio la vida.
El agua, el lquido ms comn de la superficie terrestre, el componente principal en peso de todos
los seres vivos, tiene un nmero de propiedades destacables. Estas propiedades son consecuencia
de su estructura molecular y son responsables de la "aptitud" del agua para desempear su papel en
los sistemas vivos.
La estructura de la molcula de agua est dada por dos tomos de hidrgeno y un tomo de oxgeno
que se mantienen unidos por enlaces covalentes. Es una molcula polar y, en consecuencia, forma
enlaces -llamados puentes de hidrgeno- con otras molculas. Aunque los enlaces individuales son
dbiles -se rompen y se vuelven a formar continuamente- la fuerza total de los enlaces que
mantienen a las molculas juntas es muy grande.
El ngulo entre los enlaces H-O-H es de 104'5. El oxgeno es ms electronegativo que el
hidrgeno y atrae con ms fuerza a los electrones de cada enlace.
El resultado es que la molcula de agua aunque tiene una carga total neutra (igual nmero de
protones que de electrones ), presenta una distribucin asimtrica de sus electrones, lo que la
convierte en una molcula polar, alrededor del oxgeno se concentra una densidad de carga negativa
, mientras que los ncleos de hidrgeno quedan parcialmente desprovistos de sus electrones y
manifiestan, por tanto, una densidad de carga positiva. Por ello se dan interacciones dipolo-dipolo
entre las propias molculas de agua, formndose enlaces por puentes de hidrgeno, la carga parcial
negativa del oxgeno de una molcula ejerce atraccin electrosttica sobre las cargas parciales
positivas
de
los
tomos
de
hidrgeno
de
otras
molculas
adyacentes.
Aunque son uniones dbiles, el hecho de que alrededor de cada molcula de agua se dispongan
otras cuatro molculas unidas por puentes de hidrgeno permite que se forme en el agua (lquida o
slida) una estructura de tipo reticular, responsable en gran parte de su comportamiento anmalo y
de la peculiaridad de sus propiedades fisicoqumicas.
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a. El modelo de esferas y varillas remarca que los tomos estn unidos por enlaces
covalentes; tambin da cierta indicacin de la geometra de la molcula. Una descripcin
ms precisa de la forma de la molcula la proporciona el modelo orbital.
b. En el modelo compacto, el tomo de oxgeno est representado por la esfera roja y los
tomos de hidrgeno por las esferas blancas. A raz de su sencillez, este modelo a menudo
se utiliza como un smbolo conveniente de la molcula de agua.
Los puentes de hidrgeno determinan muchas de las extraordinarias propiedades del agua. Entre
ellas estn su gran cohesin, su alta tensin superficial y sus altos calores especficos, de
vaporizacin y de fusin. Los fenmenos de capilaridad e imbibicin estn tambin relacionados con
la presencia de puentes de hidrgeno.
La polaridad de la molcula de agua es, adems, responsable de su adhesin a otras sustancias
polares, de ah, su tendencia al movimiento capilar.
Los puentes de hidrgeno son los responsables de las propiedades caractersticas del agua; entre
ellas, de la gran cohesin, o atraccin mutua, de sus molculas. La cohesin trae como
consecuencia la alta tensin superficial que permite, por ejemplo, que una hoja de afeitar colocada
delicadamente sobre la superficie del agua flote.
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Tambin debido a su polaridad el agua es un buen solvente para iones y molculas polares. Las
molculas que se disuelven fcilmente en agua se conocen como hidroflicas. Las molculas de
agua, a raz de su polaridad, excluyen activamente de la solucin a las molculas no polares. Las
molculas excluidas de la solucin acuosa se conocen como hidrofbicas.
Dentro de los sistemas vivos, muchas sustancias se encuentran en solucin acuosa. Una solucin
es una mezcla uniforme de molculas de dos o ms sustancias. La sustancia presente en mayor
cantidad, que es habitualmente lquida, se llama solvente, y las sustancias presentes en cantidades
menores se llaman solutos. La polaridad de las molculas de agua es la responsable de la
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capacidad solvente del agua. Las molculas polares de agua tienden a separar sustancias inicas,
como el cloruro de sodio (NaCl), en sus iones constituyentes. Las molculas de agua se aglomeran
alrededor de los iones con carga y los separan unos de otros.
Muchas de las molculas importantes en los sistemas vivos que presentan uniones covalentes,
como los azcares, tienen regiones de carga parcial positiva o negativa. Estas molculas, por lo
tanto, atraen molculas de agua y tambin se disuelven en agua. Las molculas polares que se
disuelven rpidamente en agua son llamadas hidroflicas ("que aman al agua''). Estas molculas se
disuelven fcilmente en agua porque sus regiones parcialmente cargadas atraen molculas de agua
tanto o ms que lo que se atraen entre s. Las molculas polares de agua compiten de este modo
con la atraccin existente entre las molculas de soluto.
Molculas tales como las grasas, que carecen de regiones polares, tienden a ser muy insolubles en
el agua. Los puentes de hidrgeno entre las molculas de agua actan como una fuerza que excluye
a las molculas no polares. Como resultado de esta exclusin, las molculas no polares tienden a
agruparse en el agua, al igual que las gotitas de grasa tienden a juntarse, por ejemplo, en la
superficie del caldo de gallina. Dichas molculas son llamadas hidrofbicas ("que tienen aversin por
el agua") y los agrupamientos se producen por interacciones hidrofbicas.
El agua tiene una ligera tendencia a ionizarse, o sea, a separarse en iones H + (en realidad iones
hidronio H3O+) y en iones OH-. En el agua pura, el nmero de iones H + y el nmero de iones OH - es
igual a 10-7 mol por litro. Una solucin que contiene ms iones H + que iones OH- es cida; una
solucin que contiene ms iones OH - que iones H+ es bsica o alcalina. La escala de pH refleja la
proporcin de iones H+ a iones OH-. Una solucin cida tiene un pH inferior a 7; una solucin bsica
tiene un pH superior a 7. Casi todas las reacciones qumicas de los sistemas vivos tienen lugar en
un estrecho intervalo de pH alrededor de la neutralidad. Los organismos mantienen este estrecho
intervalo de pH por medio de buffers, que son combinaciones de formas de cidos dbiles o bases
dbiles; dadores y aceptores de H+.
En el agua lquida hay una leve tendencia a que un tomo de hidrgeno salte del tomo de oxgeno
al que est unido covalentemente, al otro tomo de oxgeno al que se encuentra unido por un puente
de hidrgeno. En esta reaccin se producen dos iones: el ion hidronio (H 3O+) y el ion hidrxido (OH -).
En cualquier volumen dado de agua pura se encuentra ionizado de esta forma un nmero pequeo,
pero constante, de molculas de agua. El nmero es constante porque la tendencia del agua a
ionizarse se contrapesa con la tendencia de los iones a reunirse. As, aunque algunas molculas
estn ionizndose, un nmero igual de otras molculas est formndose; este estado se conoce
como equilibrio dinmico.
Cuando el agua se ioniza, un ncleo de hidrgeno (o sea, un protn) se desplaza del tomo de
oxgeno al cual se encuentra unido covalentemente, al tomo de oxgeno con el que establece un
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puente de hidrgeno. Los iones resultantes son el ion hidrxido cargado negativamente y el ion
hidronio cargado positivamente.
En el agua pura, el nmero de iones H + iguala exactamente al nmero de iones OH - ya que ningn
ion puede formarse sin el otro cuando solamente hay molculas de H 2O presentes. Sin embargo,
cuando una sustancia inica o una sustancia con molculas polares se disuelve en el agua, pueden
cambiar los nmeros relativos de los iones H + y OH-.
Por ejemplo, cuando el cido clorhdrico (HCl) se disuelve en agua, se ioniza casi completamente en
iones H+ y Cl-; como resultado de esto, una solucin de HCl (cido clorhdrico) contiene ms iones H +
que OH-. De modo inverso, cuando el hidrxido de sodio (NaOH) se disuelve en agua, forma iones
Na+ y OH-; as, en una solucin de hidrxido de sodio en agua hay ms iones OH - que H+.
Una solucin es cida cuando el nmero de iones H + supera al nmero de iones OH -, de modo
contrario, una solucin es bsica -o alcalina- cuando el nmero de iones OH - supera al nmero de
iones H+. As, un cido es una sustancia que provoca un incremento en el nmero relativo de iones
H+ en una solucin, y una base es una sustancia que provoca un incremento en el nmero relativo
de iones OH-.
Los cidos y bases fuertes son sustancias, tales como el HCl y el NaOH, que se ionizan casi
completamente en agua, dando como resultado incrementos relativamente grandes en las
concentraciones de iones H+ y OH-, respectivamente. Los cidos y bases dbiles, por contraste, son
aquellos que se ionizan slo ligeramente, dando como resultado incrementos relativamente
pequeos en la concentracin de iones H + u OH-.
Dada la fuerte tendencia de los iones H + y OH- a combinarse y la dbil tendencia del agua a
ionizarse, la concentracin de los iones OH - disminuir siempre a medida que la concentracin de
los iones H+ se incremente (como, por ejemplo, cuando se aade HCl al agua), y viceversa. En otras
palabras, si un cido y una base de fuerzas comparables se aaden en cantidades equivalentes, la
solucin no tendr un exceso ni de iones H + ni de OH-.
Asignatura: BIOQUIMICA
Muchos de los cidos importantes en los sistemas vivos deben sus propiedades cidas a un grupo
de tomos llamado grupo carboxilo, que incluye un tomo de carbono, dos tomos de oxgeno y un
tomo de hidrgeno (simbolizado como -COOH). Cuando se disuelve en agua una sustancia que
contiene un grupo carboxilo, algunos de los grupos -COOH se disocian y producen iones hidrgeno.
As, los compuestos que contienen grupos carboxilo son dadores de iones hidrgeno, o cidos. Son
cidos dbiles, sin embargo, porque el grupo -COOH se ioniza slo levemente.
Entre las bases ms importantes de los sistemas vivos se encuentran los compuestos que contienen
al grupo amino (-NH2). Este grupo tiene una tendencia dbil a aceptar iones hidrgeno, formando por
lo tanto el grupo -NH3+. En tanto los iones hidrgeno son eliminados de la solucin por el grupo
amino, la concentracin relativa de los iones H + disminuye y la concentracin relativa de los iones
OH- aumenta. Grupos, tales como el -NH2, que son aceptores dbiles de iones hidrgeno son, as,
bases dbiles.
Los qumicos expresan el grado de acidez por medio de la escala de pH. El smbolo "pH" indica el
logaritmo negativo de la concentracin de iones hidrgeno en unidades de moles por litro. Los
nmeros cuyos logaritmos son de inters para nosotros son las concentraciones de iones hidrgeno
en las soluciones, que se expresan en moles por litro.
La ionizacin que ocurre en un litro de agua pura da como resultado la formacin, en el equilibrio, de
1/10.000.000 de mol de iones hidrgeno . En forma decimal, esta concentracin de iones hidrgeno
se escribe como 0,0000001 mol por litro o, en forma exponencial, como 10 -7 mol por litro. El
logaritmo es el exponente -7 y el logaritmo negativo es 7; con referencia a la escala de pH, se lo
menciona simplemente como pH 7. A pH 7 las concentraciones de H + y OH- libres son exactamente
iguales dado que estn en agua pura. Este es un estado neutro. Cualquier pH por debajo de 7 es
cido y cualquier pH por encima de 7 es bsico. Cuanto menor sea el valor del pH, mayor ser la
concentracin de iones hidrgeno. Dado que la escala de pH es logartmica, una diferencia en una
unidad de pH implica una diferencia de 10 veces en la concentracin de iones hidrgeno. Por
ejemplo, una solucin de pH 3 tiene 1.000 veces ms iones H + que una solucin de pH 6.
Al producto de la concentracin de iones hidroxonio o hidronio (H3O+) por la concentracin de
iones hidrxido o hidroxilo (OH) se le denomina producto inico del agua y se representa como
Kw. Las concentraciones de los iones H+ y OH se expresan en moles / litro (molaridad).
Este producto tiene un valor constante igual a 10 14 a 25 C, como se grafica en la siguiente ecuacin
O, que es lo mismo:
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Debido a que en el agua pura por cada ion hidronio (o ion hidrgeno) hay un ion hidrxido (o
hidroxilo), la concentracin es la misma, por lo que:
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Capitulo 03
Aminocidos pptidos y protenas
Las protenas intervienen en prcticamente todos los procesos que tienen lugar a la clula y ejercen
una diversidad casi inagotable de funciones. En la exploracin de los mecanismos de moleculares
de un proceso biolgico, el bioqumico debe estudiar una o ms protenas. Las protenas son las
macromolculas biolgicas ms abundantes y se hallan en todas las clulas y en todas las partes de
las clulas. Las protenas tambin presentan una gran variedad, en una sola clula pueda haber
miles de protenas diferentes. Siendo los arbitrios de las funciones moleculares, las protenas son los
productos finales ms importantes de las rutas de informacin adems son los instrumentos
moleculares mediante lo que se expresa la informacin gentica.
Los aminocidos
Los aminocidos son las unidades elementales constitutivas de las molculas denominadas
Protenas. Como su nombre indica los aminocidos son compuestos que poseen un grupo amino (NH2) y un grupo cido (carboxlico -COOH) en su estructura. Los aminocidos son los precursores
de los pptidos y las protenas, y en ellos el grupo amino y el grupo carboxilo, se encuentran unidos
al mismo tomo de carbono, conocido como carbono- (-aminocidos).
La estructura general de los - aminocidos (a excepcin de la prolina, que es cclica) se muestra en
la Figura.
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Como se puede apreciar, el carbono- (a excepcin de la glicina) es un carbono quiral y como tal
presenta dos enantimeros (L- y D-). Las 20 -aminocido presentes en las protenas son de la serie
L- y en su representacin de Fischer poseen el grupo amino hacia la izquierda. La diferencia entre
los aminocidos viene dada por el resto -R, o cadena lateral, unida al carbono-. Tcnicamente
hablando, se los denomina alfa-aminocidos, debido a que el grupo amino (NH 2) se encuentra a
un tomo de distancia del grupo carboxilo (COOH). Como dichos grupos funcionales poseen H en
sus estructuras qumicas, son grupos susceptibles a los cambios de pH; por eso, al pH de la clula
prcticamente ningn aminocido se encuentra de esa forma, sino que se encuentra ionizado.
Los aminocidos a pH bajo (cido) se encuentran mayoritariamente en su forma catinica (con carga
positiva), y a pH alto (bsico) se encuentran en su forma aninica (con carga negativa). Sin
embargo, existe un pH especfico para cada aminocido, donde la carga positiva y la carga negativa
son de la misma magnitud y el conjunto de la molcula es elctricamente neutro. En este estado se
dice que el aminocido se encuentra en su forma de ion dipolar o zwitterin.
Los iones dipolo (zwitterions) de los aminocidos son sales internas y por ello tienen muchas de las
propiedades fsicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipolares grandes, son solubles en
agua e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con puntos de fusin altos. Adems
los aminocidos son Anfteros: pueden reaccionar como cidos o como bases, dependiendo de las
circunstancias.
Asignatura: BIOQUIMICA
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Grupo R apolares alifticos. Este tipo de aminocidos son apolares e hidrofobicos, las cadenas de
alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a agruparse entre si en las protenas,
estabilizando las estructura proteica a travs de interacciones hidrofbicas. La glicina tiene la
estructura mas simple, aunque formalmente es apolar, su muy pequea cadena lateral no tiene una
contribucin real en las interacciones hidrofbicas. La metionina uno de los dos aminocidos que
contiene azufre, tiene un grupo tioester apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena
lateral aliftica con una estructura cclica especial.
Grupo R aromticos. La fenilalanina, la tirosina y el triptfano, con sus cadenas laterales
aromaticas, son relativamente apolares (hidrofobicos). Todos ellos pueden participar en las
interacciones hidrofbicas. El grupo hidroxilo de la tirosina puede formar puentes de hidrogeno y
constituye un grupo funcional en laa enzimas. La tirosina y el triptfano son significativamente mas
polares que la fenilalanina debido al grupo hidroxilo de la tirosina y al nitrgeno del anillo indolico del
triptfano.
Grupo R polares sin carga. Son 5 los -aminocidos cuyo resto -R es polar pero sin Carga. La
serina y la treonina son portadores de un grupo hidroxilo (-OH). La asparragina y la glutamina,
poseen cadenas laterales portadoras de un grupo amida, y por hidrlisis dan lugar, respectivamente,
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a aspartato y glutamato, dos aminocidos con carga negativa. La cistena debe su polaridad a la
presencia de un grupo tilico (-SH).
Grupo R cargados positivamente (bsicos). Tres son los -aminocidos que poseen restos R
cargados positivamente a pH fisiolgico. La lisina posee una cadena lateral de butilamonio, la
arginina presenta un grupo -R de guanidina y la histidina es portadora de un grupo -R de
imidazolio.
Grupos R cargados negativamente (acidos). Existen dos -aminocidos cuyo resto polar posee
carga negativa a pH fisiolgico, debida a la presencia de un grupo carboxilo (- COOH), el cido
glutmico y el cido asprtico.
A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo se los llama esenciales; la carencia de
estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo, ya que no es posible reponer las
clulas de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del crecimiento. Para el ser
humano, los aminocidos esenciales son:
Valina (Val), Leucina (Leu), Treonina (Thr), Lisina (Lys), Triptfano (Trp), Histidina (His), Fenilalanina
(Phe), Isoleucina (Ile), Arginina (Arg) , Metionina (Met)
A los aminocidos que pueden ser sintetizados o producidos mediante la sntesis de aminocidos
por el cuerpo se los conoce como no esenciales y son:
Alanina (Ala), Prolina (Pro), Glicina (Gly), Serina (Ser), Cistena (Cys) , Asparagina (Asn), Glutamina
(Gln), Tirosina (Tyr) , cido asprtico (Asp), cido glutmico (Glu)
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5. Asparagina: este tipo de aminocidos se forma a partir del cido asprtico. Ayuda tambin
a eliminar el amonaco del organismo acta (protegiendo as el sistema nervioso) y mejora la
resistencia a la fatiga.
6. Cistena: ayuda al organismo a eliminar los metales pesados. Es uno de los aminocidos
que interviene en el crecimiento y la salud del cabello y tambin forma parte del factor de
tolerancia a la glucosa.
7. Fenilalanina: pertenece al grupo de aminocidos que ayudan a nuestro organismo a
mantener niveles adecuados de endorfinas que son responsables de la sensacin de
bienestar. Este aminocido reduce el apetito desmesurado y ayuda a calmar el dolor.
8. Glicina: facilita al cuerpo la creacin de masa muscular (til para la distrofia muscular) til
para tratar la hipoglucemia y para la hiperactividad gstrica.
9. Glutamina: puede ayuda a mejorar el coeficiente intelectual y diversos problemas mentales
(desnimo, principios de demencia senil, etc.) De entre los aminocidos destaca por ser de
ayuda para combatir la adiccin al alcohol.
10. Histidina: es un aminocido precursor de la histamina. Puede ayudar a mejorar en algunos
casos la artritis reumatoidea, sntomas alrgicos y lceras. En combinacin con la hormona
de crecimiento (HGH) y algunos aminocidos asociados, contribuyen al crecimiento y
reparacin de los tejidos con un papel especficamente relacionado con el sistema cardiovascular.
11. Isoleucina: interviene en la sntesis de hemoglobina y mantiene el equilibrio de la glucosa
en la sangre. Interviene en la produccin de energa y reparacin del tejido muscular.
12. Leucina: junto a otros aminocidos como la Isoleucina interviene en la formacin y
reparacin del tejido muscular. Colabora en la curacin de la piel y huesos
13. Lisina: participa junto con la metionina en la sntesis del aminocido carnitina y ayuda a
tratar o prevenir los herpes. Incrementa con la arginina, la produccin de la hormona de
crecimiento.
14. Metionina: su dficit puede ocasionar algunos tipos de edemas, colesterol y prdida de
cabello.
15. Prolina: como otros aminocidos interviene en la sntesis de neurotransmisores cerebrales
relacionados con el alivio de la depresin temporal y colabora tambin en la sntesis de
colgeno.
16. Serina: interviene en el metabolismo de grasas y cidos grasos as como tambin hace de
recursor de los fosfolpidos (nutren el sistema nervioso)
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17. Tirosina: destaca entre los aminocidos por su funcin de neurotransmisor y puede ayudar
en caso de ansiedad o depresin.
18. Treonina: ayuda en los procesos de desintoxicacin junto a los aminocidos Metionina y
cido Asprtico. Tambin participa en la sntesis del colgeno y de la elastina.
19. Triptfano: precursor del neurotransmisor serotonina. Este aminocido tambin acta como
antidepresivo natural, favorece el sueo y tambin puede mejorar los casos de ansiedad.
til en terapias contra el alcoholismo.
20. Valina: favorece el crecimiento y reparacin de los tejidos musculares. Puede ser, dentro de
los aminocidos, muy til para reducir el apetito y la bulimia.
Pptidos y protenas
Las protenas y los pptidos son polmeros de aminocidos en los cuales las unidades individuales
de aminocidos, llamados residuos, estn unidas mediante enlaces amida, o uniones peptdicas.
Este enlace se forma por reaccin entre el grupo -COOH de un aminocido y el -amino del
siguiente (con prdida de una molcula de agua) y recibe el nombre de enlace peptdico. La larga
secuencia repetida de enlaces peptdicos forman una cadena, la estructura primaria o esqueleto de
las protenas. Por convencion siempre se escriben los pptidos con el aminocido N-terminal a la
izquierda y el aminocido C-terminal a la derecha. El nombre del pptido se indica utilizando las
abreviaturas para cada aminocido.
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Protenas
La palabra protena proviene del griego protop (lo primero, lo principal, lo ms importante). Las
protenas son las responsables de la formacin y reparacin de los tejidos, interviniendo en el
desarrollo corporal e intelectual. Las protenas son biopolmeros (macromolculas orgnicas), de
elevado peso molecular, constituidas bsicamente por carbono (C), hidrgeno (H), oxgeno (O) y
nitrgeno (N); aunque pueden contener tambin azufre (S) y fsforo (P) y, en menor proporcin,
hierro (Fe), cobre (Cu), magnesio (Mg), yodo (Y), entre otros elementos. Pueden considerarse
polmeros de unas pequeas molculas que reciben el nombre de aminocidos y seran, por tanto,
los monmeros unidad. La unin de un bajo nmero de aminocidos da lugar a un pptido; si el
nmero de aminocidos que forma la molcula no es mayor de 10, se denomina oligopptido, si es
superior a 10 se llama polipptido y si el nmero es superior a 50 aminocidos se habla ya de
protena.
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Por tanto, las protenas son cadenas de aminocidos que se pliegan adquiriendo una estructura
tridimensional que les permite llevar a cabo miles de funciones. Las protenas estn codificadas en el
material gentico de cada organismo, donde se especifica su secuencia de aminocidos, y luego son
sintetizadas por los ribosomas.
(a) Cada enlace pepetidico tiene caractersticas parcial de doble enlace debido ala resonancia y
no puede girar.
(b) tres en laces separan los carbonos consecutivos en una cadena polipeptidica. Los enlaces
N- C y C C pueden rotar, segn angulos diedros que se denominan y
respectivamente. El enlace peptidico C- N no puede rotar libremente
Estructura de las protenas
La actividad biolgica de una protena depende en gran medida de la disposicin espacial de su
cadena polipeptdica. Efectivamente, la cadena polipeptdica sufre una serie de plegamientos que la
capacitan para llevar a cabo su funcin biolgica. Estos plegamientos proporcionan una complejidad
extraordinaria a la estructura de las protenas, para la que se han descrito cuatro niveles diferentes,
conocidos como estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria, cada uno de los cuales
se construye a partir del nivel anterior.
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Estructura primaria
La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminocidos en la cadena proteica, es
decir, el nmero de aminocidos presentes y el orden en que estn enlazados. Las posibilidades de
estructuracin a nivel primario son prcticamente ilimitadas. Como en casi todas las protenas
existen 20 aminocidos diferentes, el nmero de estructuras posibles viene dado por las variaciones
con repeticin de 20 elementos tomados de n en n, siendo n el nmero de aminocidos que
componen la molcula proteica.
Conocer la estructura primaria de una protena no solo es importante para entender su funcin (ya
que sta depende de la secuencia de aminocidos y de la forma que adopte), sino tambin en el
estudio de enfermedades genticas. Es posible que el origen de una enfermedad gentica radique
en una secuencia anormal. Esta anomala, si es severa, podra resultar en que la funcin de la
protena no se ejecute de manera adecuada o, incluso, en que no se ejecute en lo absoluto . El
nmero de aminocidos que forman una protena oscila entre 80 y 300. Los enlaces que
participan en la estructura primaria de una protena son covalentes: son los enlaces
peptdicos.
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Estructura secundaria
La estructura secundaria es la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio. Los
aminocidos, a medida que van siendo enlazados durante la sntesis de protenas y gracias a la
capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposicin espacial estable.
Hay dos tipos de estructuras las Hlice Alfa y las Hoja Beta.
La Helice alfa: Consiste en un plegamiento en espiral de la cadena polipeptdica sobre s misma.
Este enrollamiento sigue el sentido de giro de las agujas del reloj y contiene 3,6 aminocidos por
cada vuelta. La expresin 3,6 aminocidos indica que en una vuelta completa de la hlice hay tres
aminocidos y parte de otro, cuya segunda porcin pertenece a la siguiente vuelta. El plegamiento
se mantiene estable por medio de puentes de hidrgeno entre el grupo amino (que forma parte de
un enlace peptdico) de un aminocido y el grupo carboxilo (que forma parte de otro enlace
peptdico) del cuarto aminocido que le sigue en la cadena lineal. Si estos enlaces se rompen, la
estructura secundaria se pierde. Las cadenas laterales de los aminocidos no intervienen en los
enlaces y aparecen proyectadas hacia la parte externa de la alfa-hlice.
La Hoja Beta: Cuando la cadena principal de un polipptido se estira al mximo que permiten sus
enlaces covalentes se adopta una configuracin espacial denominada estructura , que suele
representarse como una flecha. En esta estructura las cadenas laterales de los aminocidos se
sitan de forma alternante a la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena polipeptdica. Las
estructuras de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras b de distintas zonas de una
misma cadena polipeptdica pueden interaccionar entre s mediante puentes de hidrgeno, dando
lugar a estructuras laminares llamadas por su forma hojas plegadas u hojas .
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Cuando las estructuras tienen el mismo sentido, la hoja resultante es paralela, y si las
estructuras tienen sentidos opuestos, la hoja plegada resultante es antiparalela.
Estructura terciaria
La estructura terciaria de una protena es la responsable directa de sus propiedades biolgicas, ya
que la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales determina su interaccin con los
diversos ligandos. Para las protenas que constan de una sola cadena polipeptdica (carecen de
estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la mxima informacin estructural que se puede
obtener.
La estructura terciaria es, por tanto, un conjunto de plegamientos caractersticos que se originan por
la unin entre determinadas zonas de la cadena polipeptdica. Estas uniones se realizan por medio
de enlaces entre las cadenas laterales R de los aminocidos.
En la estructura terciaria existen varios tipos de enlaces:
Puentes disulfuro. Constituyen fuertes enlaces covalentes entre dos grupos SH que
pertenecen a sendos aminocidos cisteina.
Fuerzas electrostticas. Se trata de enlaces de tipo inico entre grupos con cargas elctricas
opuestas.
Puentes de hidrgeno. Se establecen entre grupos polares no inicos en los que existen
cargas parciales en su cadena lateral.
Fuerzas de Van der Waals e interacciones hidrofbicas. Son las uniones ms dbiles y se
producen entre aminocidos apolares.
Estructura terciaria de la mioglobina del cachalote, el grupo hemo se muestra en rojo:
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Estructura cuaternaria
Esta estructura informa de la unin, mediante enlaces dbiles (no covalentes) de varias cadenas
polipeptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo proteico. Cada una de estas cadenas
polipeptdicas recibe el nombre de protmero. El nmero de protmeros vara desde dos, como en
la hexoquinasa; cuatro, como en la hemoglobina, o muchos, como la cpsida del virus de la
poliomielitis, que consta de sesenta unidades proteicas.
Cuando varias protenas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una
estructura de tipo cuaternario, los monmeros pueden ser:
Exactamente iguales, como en el caso de la fosfoglucoisomerasa o de la hexoquinasa.
Muy parecidos, como en el caso de la lactato deshidrogenasa.
Con estructura distinta pero con una misma funcin, como en el caso de la hemoglobina.
Estructural y funcionalmente distintos, que una vez asociados forman una unidad funcional,
como en el caso de la aspartato transcarbamilasa, un enzima alostrico con seis
subunidades con actividad cataltica y seis con actividad reguladora.
Estructura cuaternaria de la desoxihemoglobina
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Capitulo 04
ENZIMAS
Existen dos condiciones fundamentales para la vida. En primer lugar, la entidad viva ha de poder,
autoreplicarse; en segundo lugar ha de poder catalizar reacciones qumicas eficientes y
selectivamente. Una enzima es una protena que acta como catalizador de una reaccin qumica
acelerndola. Las enzimas son protagonistas fundamentales en los procesos del metabolismo
celular. Las enzimas unen su sustrato en el centro reactivo o cataltico, que suele estar protegido del
agua para evitar interacciones no deseadas. En el centro reactivo la disposicin espacial y los tipos
de cadenas laterales de aminocidos son fundamentales para orientar correctamente el sustrato y
poder interaccionar de la forma deseada para llevar a cabo la catlisis de la reaccin. Las enzimas
son muy selectivas en relacin a los sustratos que modifican. Las enzimas suelen ser mucho ms
grandes que sus sustratos y en muchas ocasiones requieren de la participacin de otras molculas
ms pequeas no polipeptdicas como las coenzimas (biotina, NADH entre otros) o los iones
metlicos llamados cofactores.
El cofactor pueden ser uno o varios iones inorgnicos tales como se indica en la tabla:
Elemento
Enzima Activada
Zn++
Mg++
Mn++
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Mo
Nitratoreductasa, nitrogenasa.
Fe2+, Fe3+
Cu2+
Ca2+
K+
Co
Ni
Ureasa.
El cofactor puede ser una molcula orgnica o metaloorganica compleja denominada coenzima.
Los coenzimas actan como transportadores transitorios de grupos funcionales especficos. La
mayora de ellos son derivados de vitaminas, nutrientes orgnicos que son necesarios en pequeas
cantidades en la dieta. En el metabolismo, las coenzimas estn involucradas en reacciones de
transferencia de grupos (como la coenzima A y la adenosina trifosfato (ATP)), y las reacciones redox
(como la coenzima Q10 y la nicotinamida adenina dinucletido (NAD+). Las coenzimas se consumen
y se reciclan continuamente en el metabolismo; un conjunto de enzimas aade un grupo qumico a la
coenzima y otro conjunto de enzimas lo extrae. Por ejemplo, las enzimas como la ATP sintasa
fosforilan continuamente la adenosina difosfato (ADP), convirtindola en ATP, mientras que enzimas
como las quinasas desfosforilan el ATP y lo convierten de nuevo en ATP. Las coenzimas son
sustratos de las enzimas y no forman parte permanente de la estructura enzimtica. Esto distingue a
las coenzimas de los grupos prostticos, que son componentes no proticos que se enlazan
estrechamente a las enzimas, tales como los centros hierro-azufre, la flavina o los grupos hemo.
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Distribucin
Grupo fosfato
S-Adenosil metionina
Grupo metilo
3'-Fosfoadenosina-5'fosfosulfato
Grupo sulfato
Coenzima Q
Electrones
Tetrahidrobiopterina
tomo de
electrones
Citidina trifosfato
Diacilgliceroles
lipdicos
Azcares nucletidos
Monosacridos
Glutatin
Electrones
Coenzima M
Grupo metilo
Metangenos
Coenzima B
Electrones
Metangenos
Metanofurano
Grupo formilo
Metangenos
Tetrahidrometanopterina
Grupo metilo
Metangenos
oxgeno
y
grupos
VITAMINAS Y DERIVADOS
Componente
adicional
Grupo
qumico
Distribucin
transferido
ADP
Electrones
cido
pantotnico
(B5)
ADP
Coenzima
Coenzima A
Vitamina
Bacterias, arqueas
y eucariotas
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cido
tetrahidroflico
cido
(B9)
flico Residuos
glutamato
de
Grupos
metilo, Bacterias, arqueas
formilo, metileno y y eucariotas
formimino
Filoquinona (K1)
Menaquinona
Vitamina K
(K2)
Menadiona(K3)*
Ninguno
Grupo carbonilo
electrones
cido ascrbico
Vitamina C
Ninguno
Electrones
Bacterias, arqueas
y eucariotas
Coenzima F420
Riboflavina
(B2)
Aminocidos
Electrones
Metangenos
y
algunas bacterias
Bacterias, arqueas
y
eucariotas
* Sinttica
Una holoenzima es una enzima que est formada por una protena (apoenzima) y un cofactor, que
puede ser un ion o una molcula orgnica compleja unida (grupo prosttico) o no (una coenzima).
En resumidas cuentas, es una enzima completa y activada catalticamente.
Apoenzimas:
La apoenzima es una protena sin actividad que se ubica en la holoenzima. Es la parte proteica de la
enzima que no tiene cofactores que pueden ser necesarios para que la enzima sea funcionalmente
activa. La apoenzima es catalticamente inactiva. Para que la apoenzima pueda catalizar debe haber
una coenzima que generalmente es una vitamina. Que tiene una relacin llave-cerradura.
HOLOENZIMAS =
(Enzima completa)
APOENZIMA +
O
APOPROTEINA
COFACTOR
MOLECULAS
INORGANICAS
(IONES)
MOLECULAS
ORGANICAS
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GRUPO
PROSTETICO
COENZIMAS
La estructura de una enzima puede estar formado por varias cadenas peptidicas (estructura
cuaternaria) o una cadena peptidica (estructura terciaria)
Estructura terciaria
Estructura cuaternaria
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catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de los confines de una bolsa del enzima
denominado sitio activo.
La molcula fijada en el sitio activo y sobre la que acta el enzima se denomina sustrato. La
superficie del sitio activo del enzima esta revestida con residuos aminocidos con grupos
sustituyentes que se une al sustrato y catalizan su transformacin qumica. A menudo, el sitio activo
recubre el sustrato y lo secuestra completamente de la disolucin.
ES
EP
E + P
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Cintica enzimtica
La cintica enzimtica estudia la velocidad a la que transcurren las reacciones catalizadas por
enzimas y deduce, a partir de determinados parmetros cinticos, la actividad enzimtica, su
afinidad por el sustrato y los mecanismos a travs de los cuales lleva a cabo la catlisis
La velocidad mxima de una reaccin enzimtica se determina incrementando la concentracin de
su sustrato hasta que la tasa de formacin de producto sea constante. Esta se denomina la
velocidad mxima (Vmax) de una enzima. En este estado, todos los sitios activos de todas las
molculas se encuentran saturados con sustrato. Esto fue propuesto por Leonor Michaelis y Maud
Menten en 1913.
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elevadas temperaturas hacen que las clulas mueran; cuando la temperatura es menor cesa la
accin enzimtica.
pH: La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de pH. Desviaciones de pocas
dcimas por encima o por debajo del pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. Influye
en el grado de ionizacin del centro activo y de los grupos R que estabilizan la estructura terciaria.
Las enzimas presentan un pH ptimo a la cual transforman mayor cantidad de molculas de sustrato
por unidad de tiempo, la protena enzimtica puede ser destruida por un extremo, ya que la mayora
de las enzimas presentan un pH ptimo cerca de 7.
Concentracin de sustrato: Al principio un aumento de la concentracin de substrato produce un
aumento rpido de la velocidad de reaccin, pero si se sigue aumentando la concentracin de
substrato, la velocidad de reaccin comienza a disminuir.
Capitulo 05
GLUCIDOS Y GLUCOBIOLOGIA
Los glcidos son las biomoleculas ms abundantes de la tierra. Cada ao, la fotosntesis convierte
ms de 100 millones de toneladas mtricas de CO2 y H2O en celulosa y otros productos vegetales.
Algunos carbohidratos (azcar y el almidn) son un alimento bsico en la dieta humana en la mayor
parte del mundo, y la oxidacin de glcidos es la principal ruta de obtencin de energa en la
mayora de las clulas no fotosintticas. Los glcidos, azcares o carbohidratos, son qumicamente
hablando, aldehdos o cetonas polihidroxilicos, o productos derivados de ellos por oxidacin,
reduccin, sustitucin o polimerizacin. Los glcidos desempean una gran variedad de funciones
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en los organismos, como una fuente energtica o formando material estructural de las membranas,
esto entre otras muchas funciones, por lo que se consideran molculas extremadamente verstiles.
Algunos son molculas de relativamente baja masa molecular; la glucosa tiene una Mm=180 da.
Otros, como el almidn, tienen masas moleculares de ms de 100 000 da y son grandes molculas,
macromolculas.
Sus propiedades fsicas y qumicas son muy variadas. Y en cuanto a sus funciones biolgicas:
-La glucosa, sacarosa, glucgeno y almidn son sustancias energticas. Los seres vivos obtienen
energa de ellas o las usan para almacenar energa. Esta energa est contenida en determinados
enlaces que unen los tomos de estas molculas.
-Celulosa y quitina son estructurales. Forman parte de las paredes de las clulas vegetales
(celulosa) o de la cubierta de ciertos animales (quitina).
-Ribosa y desoxirribosa forman parte de los cidos nucleicos.
Se clasifican:
Los monosacsidos son aquellos carbohidratos que no pueden ser hidrilizados en
moleculas ms sencillas. Pueden subdividirse en triosas, tetrosas, pentosas, hexosas,
heptosas u octosas, dependiendo de la cantidad de tomos de carbno que contengan; y
como aldosas y cetosas dependiendo si tienen o no grupo aldehido o cetona.
Los disacaridos producen dos molculas del mismo o de diferentes monosacridos cuando
se hidrolizan: ejemplos de estos compuestos son la maltosa, que produce dos molculas de
glucosa, y la sacarosa, que produce una molcula de glucosa y una de fructosa.
Los oligosacridos son los compuestos que por hidrlisis dan 2 a 10 molculas de
monosacridos. La maltotriosa es un ejemplo.
Los polisacaridos son aquellos carbohidratos que dan, al ser hidrolizados, mas de 20
molculas de monosacridos. Los almidones y las dextrinas son ejemplos de polisacridos
que pueden ser lineales o ramificados. Segn la naturaleza de los monosacridos a que dan
origen por hidrolisis, en ocasiones se le designa como hexosanos o pentosanos.
Monosacridos y disacridos
Son los glcidos ms simples, los monosacridos, son aldehdos o cetonas con dos o ms grupos
hidroxilo. Los monosacridos de seis carbonos glucosas y fructuosa tienen cinco grupos hidroxilo.
Los monosacridos responden a la frmula emprica Cn(H2O)n, de aqu proviene el nombre de
hidratos de carbono. El valor de n normalmente est comprendido entre 3 y 7.
Segn el nmero de tomos de carbono se clasifican en :
Triosas..........n=3
Tetrosas........n=4
Pentosas.......n=5
Hexosas........n=6
Heptosas.......n=7
As, un monosacridos con 6 tomos de carbono y con la funcin aldehdo ser una aldohexosa; si
tiene cuatro tomos de carbono y una funcin cetona, ser una cetotetrosa, y as sucesivamente.
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(a)Dos triosas, una aldosa y una cetosa. El grupo carbonilo esta sombreado. (b) dos Hexosas
comunes.
(c) Las pentosas que forman parte de los cidos nucleicos. La D-ribosa es un componente del
acido ribonucleico(RNA) y la 2-desoxi-D-ribosa es un componente del acido
desoxirribonucleico (DNA).
Los monosacridos tienen centros asimtricos
Todos los monosacridos excepto la dihidroxiacetona contienen uno o ms tomos de carbono
asimtricos (quirales) y por lo tanto se encuentra en formas isomericas pticamente activas. La
aldosa ms sencilla, el gliceraldehido, contiene un centro quiral (el tomo de carbono central) y tiene,
por tanto, dos ismeros pticos, o enantiomeros, diferentes.
Por convencin, uno de estos dos enantiomeros se denomina ismero D y el otro ismero L. Como
ocurre con otras biomoleculas con centros quirales, la configuracin absoluta de los azucares se ha
determinado por la cristalografa de rayos X. Para representar sobre el papel la estructura
tridimensional de los azucares se suelen emplear las formulas de proyecciones de Fischer.
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Los monosacridos de mayor longitud tienen ms de un tomo de carbono asimtrico, y por lo tanto
aparecen en un nmero mayor de formas estereoismeras. En general, un monosacrido con n
tomos de carbono asimtricos presenta 2n estereoismeros. En las aldosas todos los tomos de
carbono son asimtricos con excepcin del carbono carbonlico y del que se encuentra en el otro
extremo de la cadena. Las cetosas, por tener el grupo carbonilo en un carbono secundario, tienen un
tomo de carbono asimtrico menos que las aldosas de igual longitud, y por lo tanto tendrn la mitad
de estereoismeros.
Los estereoismeros de los monosacridos de cada una de las diferentes longitudes de cadena se
pueden dividir en dos grupos o series atendiendo a la configuracin (D o L) del tomo de carbono
asimtrico ms alejado del tomo de carbono carbonlico. Si sta es como la del D-gliceraldehdo
(grupo OH hacia la derecha) el monosacrido pertenece a la serie D; si es como la del Lgliceraldehdo pertenece a la serie L. Con muy pocas excepciones, los monosacridos presentes en
la naturaleza pertenecen a la serie D.
Para cada longitud de cadena existen otras tantas formas estereoismeras pertenecientes a la serie
L. Por ejemplo, las aldohexosas poseen 4 tomos de carbono asimtricos, por lo tanto podrn
aparecer en 24 = 16 formas estereoismeras, por el hecho de poseer centros quirales, los
monosacridos presentan actividad ptica, es decir, cuando se encuentran en disolucin acuosa
hacen girar el plano de vibracin de la luz polarizada. Los monosacridos que lo hacen girar hacia la
derecha se denominan dextrgiros (+) y los que lo hacen girar hacia la izquierda se denominan
levgiros (-). El hecho de que un monosacrido sea dextrgiro o levgiro es completamente
independiente de su pertenencia a la serie D o a la serie L.
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Piranosas y
furanosas
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Azul
rojo
Principales monosacridos
Nombre
Triosas
Tetrosas
Pentosas
Hexosas
Heptosas
aldosas
Gliceraldehido
Eritrosa
Lisosa
Xilosa
Arabinosa
Ribosa
Galactosa
Manosa
Glucosa
Cetosas
Dihidroxiacetona
Eritrulosa
Ribulosa
Xilulosa
Fructuosa
Sedoheptulosa
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La maltosa y la isomaltosa son dos de los productos de la hidrlisis incompleta del almidn y del
glucgeno (dos polisacridos de reserva) durante la digestin. La celobiosa, que no se encuentra
libre en la naturaleza, se obtiene por hidrlisis de la celulosa (un polisacrido estructural). La lactosa
se encuentra exclusivamente en la leche de los mamferos. La sacarosa (azcar de mesa) es un
disacrido de especial importancia; se encuentra exclusivamente en el mundo vegetal y es uno de
los productos directos de la fotosntesis que estos realizan, constituyendo la principal forma de
transporte de azcares desde las hojas hacia otras partes de la planta.
Polisacridos
Como su nombre lo indican estos compuestos son polmeros de elevada masa molecular, formados
por condensacin de monosacridos simples, que a veces presentan estructuras complejas. Los
polisacridos pueden ser de reserva o estructurales. Los polisacridos son sustancias inspidas,
amorfas e insolubles en agua, algunos, como el almidn, pueden formar dispersiones coloidales.
Aunque los polisacridos podran estar constituidos por diferentes monosacridos, lo normal es que
sea un slo monosacridos el que forma la molcula. Los polisacridos son macromolculas,
molculas de elevada masa molecular, miles o centenares de miles de daltons. Por ejemplo, cada
molcula de celulosa, polisacrido vegetal, contiene de 300 a 3 000 molculas de glucosa y tiene un
peso molecular que oscila entre 54 000 y 540 000 da. Algunos polisacridos presentan
ramificaciones.
Los distintos tipos de polisacridos difieren entre s en el tipo de unidades monosacardicas que los
forman, en el tipo de enlace glucosdico ( o ) que las une, y en el mayor o menor grado de
ramificacin que presentan sus cadenas. Se distinguen dos tipos principales de polisacridos, los
homopolisacridos, formados por un slo tipo de monosacrido, y heteropolisacridos, formados
por dos o ms tipos de monosacridos. Los homopolisacridos de la D-glucosa, denominados
glucanos, son los polisacridos ms abundantes en la naturaleza y los que tienen una mayor
importancia biolgica. Algunos de ellos desempean una funcin energtica, como el almidn y el
glucgeno, mientras que otros, como la celulosa, realizan una funcin de tipo estructural.
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Capitulo 06
Nucletidos y cidos nucleicos
Los nucletidos desempean una amplia variedad de funciones en el metabolismo celular.
Constituyen la moneda energtica en las transacciones metablicas, son los nexos qumicos en los
sistemas celulares, en respuesta a hormonas y otros estmulos extracelulares, y son tambin
componentes estructurales de una serie de cofactores enzimticos e intermedios metablicos. Por
ltimo pero no por ello menos importante son los constituyentes de los cidos nucleicos: acido
desoxirribonucleico (DNA) y acido ribonucleico (RNA), los depositarios moleculares de la informacin
gentica.
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La estructura de todas las protenas, y en ltimo trmino de todas las biomoleculas y de cada una de
los componentes celulares, es producto de la informacin programada en la secuencia de
nucletidos de los cidos nucleicos de la clula.
Los nucletidos y los cidos nucleicos estn formados por bases y pentosas caractersticas
Los nucletidos estn formados por: una base nitrogenada (BN), un azcar (A) y cido fosfrico (P);
unidos en el siguiente orden: PABN
La molcula sin el grupo fosfato se le denomina nuclesido. Las bases nitrogenadas son derivados
de dos compuestos parentales, pirimidina y purina. Las bases y las pentosas de los nucletidos
comunes son compuestos heterocclicos.
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Las pentosas que aparecen formando parte de los nucletidos son la -D-ribosa y su derivado, el
desoxiazcar 2'--D-desoxirribosa, en el que el grupo hidroxilo unido al carbono 2' fue sustituido
por un tomo de hidrgeno. Ambas se encuentran en forma de anillos de furanosa. Las posiciones
del anillo de furanosa se numeran convencionalmente aadiendo el signo (') al nmero de cada
tomo de carbono para distinguirlas de las de los anillos de las bases nitrogenadas.
Los nucletidos son los monmeros que constituyen los cidos nucleicos. Se forman cuando se
unen el cido fosfrico y un nuclesido. Es una unin fosfoster entre un OH del cido fosfrico y el
OH situado en el carbono 5 del azcar, con formacin de una molcula de agua. Segn el azcar
sea la ribosa o la desoxirribosa, tendremos ribonucletidos o desoxirribonucletidos. La timina
nunca forma parte de los ribonucletidos y el uracilo no forma parte de los desoxirribonucletidos. A
veces, los nucletidos contienen ms de un grupo fosfato, unidos entre s mediante un enlace
anhidro. En este caso, cada grupo se representa por una letra p. De esta forma, pAp representa a la
5',3'-adenosina difosfato, ppA representa a la adenosina-5'-difosfato (ADP) y pppA a la adenosina
-5'-trifosfato (ATP). Los nucletidos trifosfato son particularmente importantes en el metabolismo, ya
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que la hidrlisis de los enlaces fosfato (de alta energa) proporciona la energa necesaria para
impulsar multitud de procesos celulares.
Los polinucletidos son cadenas lineales de nucletidos unidas por enlaces fosfodister.
En este tipo de enlace, los grupos fosfato estn esterificados a los hidroxilos 5' y 3' de dos
nucletidos consecutivos.Cada polinucletido contiene un OH libre en el grupo fosfato en posicin 5'
(extremo 5') y un OH libre en posicin 3' (extremo 3').
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Se saba que la molcula de ADN era muy grande, larga y delgada. Compuesta por
nucletidos que contenan las bases nitrogenadas Adenina, Timina, Citosina y Guanina.
Linus Pauling (1950) haba demostrado que las cadenas de aminocidos que componen las
protenas estn dispuestas a menudo en forma de una hlice y se mantienen con esa
conformacin gracias a las uniones puente de Hidrgeno que se forman entre los
aminocidos de los distintos giros de la hlice. Pauling haba sugerido que la estructura del
ADN poda ser semejante a la hlice que presentaban las protenas.
Los patrones de las fotografas del ADN, obtenidas hasta este momento, reflejaban los giros
de una hlice de grandes dimensiones.
Erwin Chargaff analiz el ADN y confirm que las cantidades de las Bases Pricas eran
iguales a las de las Bases Pirimdicas. En sntesis, las cantidades de Adenina eran iguales a
las de Timina y, las de Citosina se correspondan a las de Guanina.
Con todos estos datos, Watson y Crick intentaron construir el modelo de ADN.
Para llevar la gran cantidad de informacin gentica el modelo deba considerar dos aspectos
fundamentales: ser heterogneo y variado.
En 1953, James Watson y Francis Crick combinaron los datos qumicos y fsicos del DNA, y
propusieron un modelo en el que las dos hebras estn enrolladas una alrededor de la otra formando
una doble hebra helicoidal.
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Estas caractersticas del apareamiento de las bases en los nucletidos son las responsables del
apareamiento de dos cadenas para formar un duplex rgido, fuertemente estabilizado
Cuando dos cadenas se auto alinean de esta manera, adoptan la estructura de una doble hlice, tal
como han puesto de manifiesto con todo detalle los estudios de difraccin de rayos X por fibras de
DNA y la construccin de modelos. La doble hlice del DNA tiene una serie de notables
caractersticas.
i. Las columnas vertebrales azcar-fosfato de las dos cadenas forman hlices que giran hacia
la derecha, con las mismas dimensiones en cada hlice y un eje de hlice comn. El
dimetro de la hlice es 20 A. La hlice tiene dos surcos, uno profundo y otro poco hondo.
ii.
Las columnas vertebrales de azcar-fosfato de las dos cadenas estn conectadas por
enlaces de hidrgeno entre las bases, cuyos planos superficiales son perpendiculares al eje
de las hlices
iii.
Las bases estn en el interior y la columna vertebral en la parte externa. Los planos de dos
pares de bases vecinos estn separados 3,4 A. Hay diez pares de bases dentro de cada
paso de rosca de la hlice, de tal manera que cada par de bases est rotado 36 en relacin
con su par vecino y cada paso de rosca completo tiene una longitud de 34 A .
iv.
El apilamiento de las bases, a pesar de las interaciones hidrofbicas entre sus superficies
planas aromticas estabiliza la estructura helicoidal frente a la fuerza electrosttica de
repulsa que existe entre los grupos fosfricos cargados negativamente. Esta energa
estabilizante puede ser igualo mayor que la que establece puentes de hidrgeno entre las
bases de dos cadenas.
v.
Las dos cadenas son antiparalelas. Desde el punto de vista qumico estn dispuestas en
direcciones opuestas, es decir que la estructura... poS' azcar-3' P... se opone a la
estructura... P-3' azcar-S'-P. Cuando las cadenas se trazan desde el extremo 5' al extremo
3' (5'
3') la direccin es ascendente en una hlice y descendente en la otra.
vi.
Los nicos pares de bases que permiten esta estructura son A-T y G-C. Todos los pares de
bases tienen la misma forma y el mismo tamao. Los enlaces glicosdicos tienen las mismas
posiciones y orientaciones en estos pares. Las bases modificadas pueden entrar tambin
en la formacin de pares, siempre que formen puentes de hidrgeno con su pareja
correspondiente.
vii.
Un importante elemento de simetra en la hlice es un doble eje de rotacin (diada) que
pasa a travs del plano de cada par de bases y relaciona los enlaces glicosdicos N-C. La
rotacin de un par de bases 1800 permite a los grupos correspondientes, el azcar y el
fosfato de las dos cadenas antiparalelas, tener la misma conformacin. Como resultado de
ello, o la conexin entre los tomos de carbono glicosdicos puede hacerse a travs de
cualquiera de los cuatro pares de bases A-T, T-A, G-C y C-G,
viii.
Debido a que los cuatro pares de bases encajan igualmente bien, es posible una secuencia
cualquiera dentro de la cadena, y la doble hlice sigue teniendo un dimetro uniforme en
toda su longitud.
ix.
La rotacin en torno al enlace N-glicosdico permite establecer varias relaciones geomtricas
entre la base y el azcar. El rango de conformacin designado como anti ocurre con mayor
frecuencia que las conformaciones opuestas 1800, designadas como sin.
x.
Las dobles hlices antiparalelas pueden formarse tambin entre una cadena de DNA y una
cadena de RNA.
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ARNm
El ARNm constituye aproximadamente el 5% del ARA total de la clula
eucaritica. Contiene unos 5.000 nucletidos y tiene las bases caractersticas, raramente aparecen
bases extraas en la composicin. Una caracterstica comn a todos los ARNm es que presentan
unos 200 restos de Adenina en 3terminal. Los ARNm son molculas largas, lineales que no tienen
estructura secundaria. Cada molcula de ARNm se sintetiza en el ncleo durante un proceso
llamado transcripcin que consiste en la sntesis de un ARNm siguiendo las instrucciones de un
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fragmento de ADN (gen), de manera que la informacin contenida en la secuencia de bases del ADN
pasa a estar contenida en el ARNm sintetizado por complementariedad de bases.
ARNt
Los ARN de transferencia son pequeas molculas que contienen 75-90 nucletidos y de peso
molecular de unos 25.000.
Constituyen el 15% del total del ARN. En su composicin son frecuentes la aparicin de bases
nitrogenadas raras que muchas veces son bases metiladas, por ejemplo las pseudouridilina,
ribotimidina, inosina, etc... Estas bases llegan a constituir el 10% del total de las bases.
Aproximadamente aparecen entre 7 y 15 bases raras en cada molcula.
Todos los ARNt tienen una estructura secundaria caracterstica denominada hoja de trbol.
ARN r
Se refiere al ARN como un constituyente esencial de los ribosomas. En clulas eucariticas la
subunidad pequea posee una molcula de ARN ribosomal y cerca de 30 protenas, mientras la
subunidad grande tiene cerca de 3 molculas de ARNr y 45 a 50 protenas.
Los ARN ribosmicos son el componente cataltico de los ribosomas; se encargan de crear los
enlaces peptdicos entre los aminocidos del polipptido en formacin durante la sntesis de
protenas; actan, pues, como ribozimas.
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El ARNr tiene ciertos segmentos con estructura de doble hlice, pero en otras zonas no llega a
formar estructura secundaria. Las formas de ARNr que aparecen se diferencian y clasifican por su
velocidad de sedimentacin que depende del peso, forma y densidad de la molcula. Los ARNr de
las clulas procariotas y de las eucariotas son distintos.
Capitulo 07
Lpidos
Los lpidos biolgicos constituyen un grupo qumicamente diverso de compuestos cuya caracterstica
comn y definitoria es su insolubilidad en el agua. Las funciones biolgicas de los lpidos son tan
diversas como su qumica. En muchos organismos, las grasas y los aceites son las formas
principales de almacenamiento energtico mientras que los fosfolipidos y los esteroles constituyen
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los principales elementos estructurales de las membranas biolgicas. Otros lpidos, aun estando
presentes en cantidades relativamente pequeas, juegan papeles cruciales como cofactores
enzimticos, transportadores electrnicos, agentes emulsionantes, hormonas y mensajeros
intracelulares. Comenzaremos por estudiar los lpidos representativos de cada tipo, poniendo nfasis
en su estructura qumica y propiedades fsicas.
Lpidos de almacenamiento
Lpidos de almacenamiento
Las grasas y aceites, utilizados casi universalmente como formas de almacenamiento de energa en
los organismos vivos, son compuestos muy reducidos derivados de los cidos grasos. Se describen
2 tipos de compuestos que contienen cidos grasos, los triacigliceroles y las ceras.
Estructura y nomenclatura de los cidos grasos
Los cidos grasos son cidos carboxlicos con cadenas hidrocarbonadas de 4 a 36 carbonos (C 4 a
C36). En algunos cidos grasos esta cadena est completamente saturada (no tiene dobles enlaces)
y sin ramificar; otras tienen uno o varios dobles enlaces. Los tomos de carbono del cido graso se
numeran a partir del extremo carboxlico:
Una nomenclatura simplificada de cidos grasos sin ramificar especfica la longitud de la cadena y el
nmero de dobles enlaces, separados por dos puntos (:) figura anterior letra (a). As, el cido
palmtico, que tiene 16 tomos de carbono y es saturado, se aprecia 16:0, y el cido oleico se 18
tomos de carbono con un doble enlace es 18:1. Las posiciones de los dobles enlaces se
especifican en relacin con el carbono carboxlico, al que se le da el numero 1, por exponentes que
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siguen a una delta ; un cido graso de 20 carbonos con un doble enlace entre C-9 y C-10 (C-1 es
el carbono carboxlico) y otro entre C-12 y C-13, se designa 20:2( 9,12).
Los cidos grasos ms abundantes tienen un nmero par de tomos de carbono, en una cadena sin
ramificar de entre 12 y 24 carbonos, siendo los ms comunes los cidos grasos de 16 y 18 carbonos
(tabla 11-1). La posicin del doble enlace tambin es regular; en la mayora de los cidos grasos
monoinsaturados se encuentra entre C-9 y C-10 ( 9), mientras que los restantes dobles enlaces de
cidos grasos poliinsaturados son generalmente 12 y 15 (el acido araquidonico es una excepcin a
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esta generalizacin). Los dobles de los cidos grasos poliinsaturados casi nunca son conjugados
(alternancia de enlaces dobles y simples como en (-CH=CH-CH=CH-), sino que estn separados por
un grupo metileno (-CH=CH-CH2-CH=CH-) figura anterior (b). Los dobles enlaces de casi todos los
cidos grasos naturales se encuentran en configuracin cis. Los cidos grasos trans se producen
durante la fermentacin en el rumen de los animales productores de lcteos y carne.
Las propiedades fsicas de los cidos grasos y de los compuestos que los contienen, vienen
determinadas en gran parte por la longitud y grado de insaturacin de la cadena hidrocarbonada. La
cadena hidrocarbonada apolar explica la escasa solubilidad de los cidos grasos en agua. Cuanto
mas larga sea la cadena aclica grasa, y menor el nmero de dobles enlaces menor es la solubilidad
en agua. El grupo acido carboxlico es polar y esta ionizado a pH neutro a lo que justifica la ligera
solubilidad en agua de los acidos grasos de cadena corta. Los puntos de fusin de los cidos grasos
y de los compuestos que los contienen, estn tambin muy infludos por la longitud y grado de
saturacin de la cadena hidrocarbonada. A temperatura ambiente (25C), los cidos grasos
saturados desde 12:0 a 24:0 tienen una consistencia crea, mientras que los cidos grasos
insaturados de estas longitudes son lquidos oleosos (menor punto de fusin). As pues, la cadena
de longitud corta e insaturada favorece la fluidez de los cidos grasos y sus derivados.
En los vertebrados los cidos grasos libres (con un grupo carboxilato libre) circulan por la sangre
unidos a una protena portadora, la albmina srica. Sin embargo, los cidos grasos se encuentran
en su mayora en forma de derivados del cido carboxlico, tales como steres y amidas. Al carecer
del grupo carboxilato cargado, stos derivados de los cidos grasos son generalmente an menos
solubles en agua, que los cidos carboxlicos libres.
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Los lpidos ms sencillos obtenidos a partir de los cidos grasos son los triacilgliceroles, tambin
denominados triglicridos, grasas o grasas neutras. Los triacilgliceroles estn compuestos de 3
cidos grasos en enlace ster con un solo glicerol
Los que contienen el mismo tipo de cido graso en las 3 posiciones se denominan triacilgliceroles
simples, y se denominan segn el cido graso que contienen (ej. trioleina, contenendo 18:1). Los
triacilgliceroles mixtos contienen 2 o ms cidos grasos diferentes; para la nomenclatura sin
ambiguedades de estos compuestos se ha de especficar el nombre y posicin de cada cido graso.
Por su estructura qumica (enlaces steres), los triacilgliceroles son molculas apolares,
hidrofbicas, practicamente insolubles en agua. Esto explica por qu las mezlas agua-aceite tienen 2
fases; debido a que los lpidos tienen densidades menores que el agua, el aceite flota sobre la fase
acuosa.
Los triglicridos aportan energa almacenada y aislamiento
En los mamferos, el centro principal de acumulacin de triacilgliceroles es el citoplasma de las
clulas adiposas (clulas grasas o adipocitos). Las gotitas de triacilgliceroles se unen para formar un
gran glbulo, que puede ocupar casi todo el volumen celular.
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Los enlaces ster de triacilgliceroles son susceptibles de hidrlisis por cidos o lcalis. El
calentamiento de las grasas animales con NaOH o KOH produce glicerol y las sales de Na + o K+ de
los cidos grasos, conocidas como jabones (proceso de saponificacin). La utilidad de los jabones
radica en su capacidad de solubilizar o dispersar materiales insolubles en agua, mediante la
formacin de agregados microscpicos (micelas). A pH neutro, diversas lipasas catalizan la hidrlisis
enzimtica de los triacilgliceroles. Las lipasas del intestino colaboran en la digestin y absorcin de
las grasas de la dieta.
Ceras biolgicas Las ceras biolgicas son steres de cidos grasos de cadena larga saturados e
insaturados (de 14 a 36 tomos de carbono) con alcoholes de cadena larga (de 16 a 30 tomos de
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Glicerofosfolpidos
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Todos tienen una carga negativa sobre el grupo fosfato a pH 7.0. El alcohol del grupo de cabeza
tambin puede aportar una o ms cargas a pH prximo a 7. Los cidos grasos de los
glicerofosfolpidos pueden ser muy variados, dependindo de las distintas especies y tejidos. En
general, los glicerofosfolpidos contienen un cido graso saturado en C-1, y un cido graso
insaturado en C-2, teniendo los grupos acilo graso normalmente entre 16 a 18 carbonos de longitud.
Algunos tejidos animales y algunos organismos unicelulares son ricos en lpidos con fincin ter, en
los que la cadenas acilo est unida por enlace ter, en vez del enlace ster. La cadena unida por
enlace ter puede ser saturada, o puede contener un doble enlace entre C-1 y C-2, tal como sucede
en los plasmalgenos. El tejido cardiaco contiene aprox. la mitad de los fosfolpidos en forma de
plasmalgenos. No se conoce su significado funcional en las membranas; quizs confieren
resistencia a las fosfolipasas de las membranas. Hay otro tipo importante de fosfolpido unido por
enlace ter: el factor activador plaquetario, que es una hormona liberada de los basfilos, que
estimula la agregacin plaquetaria y la liberacin de serotonina.
Esfingolpidos
Los esfingolpidos, la segunda clase importante de lpidos de membrana, tambin tienen una cabeza
polar y 2 colas apolares pero, a diferencia de los glicerofosfolpidos, no contiene glicerol. Los
esfingolpidos estn compuestos por una molcula de amino-alcohol de cadena larga esfingosina o
uno de sus derivados, una molcula de un cido graso de cadena larga, un alcohol de la cabeza
polar y, a veces, cido fosfrico en enlace diester en el grupo de la cabeza polar.
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La combinacin de la esfingosina con un cido graso se conoce con el nombre de ceramida, el cual
es estructuralmente semejante a un diacilglicerol. La ceramida es la unidad estructural fundamental
comn de todos los esfingolpidos. Existen 3 subclases de esfingolpidos, derivados de la ceramida,
que difieren claramente en sus grupos de cabeza polar: esfingomielinas, glucolpidos neutros y los
ganglisidos Las esfingomielinas contienen fosfoetanolamina como grupo de cabeza polar, por lo
que se parecen estructuralmente a las fosfatidilcolinas. Las esfingomielinas se hallan presentes en
las membranas plasmticas de las clulas animales; la vaina de mielina que rodea y aisla a los
axones de las neuronas constituye buena fuente de esfingomielinas. Los glucolpidos neutros y los
ganglisidos tienen uno o ms azcares en su grupo de cabeza, conectados directamente al OH en
C-1 de la porcin ceramida; no contienen fosfato. Los glucolpidos neutros, tambin llamados
glucoesfingolpidos, contienen entre 1 a 6 unidades monosacridas, que pueden ser D-glucosa, Dgalactosa o N-acetil-D-galactosamina. Estos glucoesfingolpidos se encuentran principalmente en la
cara externa de la membrana plasmtica. Los cerebrsidos tienen un nico azcar unido a la
ceramida. Los ganglisidos son los esfingolpidos ms complejos; contienen cabezas polares muy
grandes formadas por varias unidades glucdicas, particularmente terminando en unidades de cido
N-acetilneuramnico (cido silico), que tiene carga negativa a pH 7. Los ganglisidos constituyen el
6% de los lpidos de membrana de la materia gris del cerebro humano. Algunas enfermedades
humanas heredadas genticamente son consecuencia de una acumulacin anormal de lpidos de
membrana; entre ellas se encuentran las enfermedades de Tay-Sachs y la de Niemann-Pick. Por
tanto se requiere de una regulacin precisa de la sntesis y degradacin de los lpidos polares de las
membranas.
Fosfolipasas especficas que degradan fosfolpidos de membranas
La mayora de las clulas degradan y reemplazan continuamente sus lpidos de membrana. Para
cada uno de los enlaces en un glicerofosfolpido existe una enzima hidroltica especfica. Las
fosfolipasas del tipo A eliminan uno de los 2 cidos grasos, formando un lisofosfolpido. Las
lisofosfolipasas eliminan el cido graso restante. Ciertas seales extracelulares, como ser ciertas
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hormonas, activan una fosfolipasa C, que rompe especficamente los fosfatidilinositoles, liberando
diacilglicerol e inositol fosfatos, los cuales pueden actuar como seales intracelulares. Otros
estmulos extracelulares activan una fosfolipasa A que libera cido araquidnico de los lpidos de
membrana; el cido araquidnico sirve como precursor en la sntesis de icosanoides
(prostaglandinas, tromboxanos, leucotrienos), que actuan como mensajeros intracelulares.
Esteroles
Los esteroles son lpidos estructurales, que se hallan presente en la mayora de las clulas
eucariticas. Su estructura caracterstica es la del nucleo esteroide, que consiste en 4 anillos
fusionados, 3 de ellos con 6 carbonos y 1 con 5. El nucleo esteroide es casi plano y relativamente
rgido (los anillos fusionados no permiten la rotacin alrededor de los enlaces C-C). El colesterol es
el principal esterol en los tejidos animales; es anfiptico, con un grupo de cabeza polar (el grupo
hidroxilo en C-3) y un cuerpo hidrocarbonado apolar (el nucleo esteroide y la cadena lateral
hidrocarbonada en C-17). Adems de su papel estructural como constituyentes de membranas, los
esteroides son los precursores de diversos productos con actividades biolgicas especficas. Los
cidos biliares, en los que la cadena lateral en C-17 es hidroflica, actuan como detergentes en el
intestino, emulsionando las grasas de la dieta para hacerlas ms accesibles a las lipasas digestivas.
Diversas hormonas esteroidales, tambin se producen a partir del colesterol, por oxidacin de la
cadena lateral en C-17.
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Hormonas esteroidales: Los principales grupos de hormonas esteroidales son las hormonas
sexuales masculinas (testosterona) y femeninas (estradiol) y las hormonas de la corteza suprarrenal,
el cortisol y la aldosterona.
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Originalmente se definieron 2 grupos: PGE, de soluble en ter, y PGF, de soluble en tampn fosfato.
Cada uno contiene numerosos subtipos, denominados PGE 1, PGE2, etc. Se sabe actulmente que
las prostagladinas actan en muchos tejidos regulando la sntesis de la molcula mensajera
intracelular AMP 3,5-cclico (cAMP). Debido a que el cAMP media en la accin de muchas
hormonas (2 mensajero), las prostaglandinas afectan a muchas funciones celulares y tisulares.
Algunas prostaglandinas estimulan la contraccin del msculo liso del tero durante el parto o en la
menstruacin; otras afectan el flujo sanguneo a rganos especficos, al ciclo sueo-vigilia, y a la
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capacidad de respuesta de ciertos tejidos a hormonas tales como la adrenalina y el glucagn.; otro
tipo de PG eleven la temperatura corporal (fiebre) y produciendo inflamacin. Los tromboxanos se
aislaron por primera vez de las plaquetas de la sangre (tambin llamados trombocitos), y tienen un
anillo de 6 tomos que contiene una funcin ter. Actuan en la formacin de coagulos sanguineos y
en la reduccin del flujo sanguineo hacia el sitio del coagulo. Los leucotrienos, encontrados por
primera vez en los leucocitos, contienen 3 dobles enlaces conjugados. Son seales biolgicas
poderosas: por ej. , inducen la contraccin del msculo que recubre las vas areas del pulmn. Su
sobreproduccin produce ataques asmticos.; la fuerte contraccin de los msculos lisos del pulmn
que tienen lugar en el shock anafilctico, es parte de la reaccin alergica, potencialmente fatal, en
individuos hipersensibles a las picaduras de abeja, penicilina, y otros agentes.
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Capitulo 08
Membranas biolgicas y transporte
Probablemente la primera clula apareci cuando se formo una membrana que encerraba un
pequeo volumen de solucin acuosa y lo separaba del resto del universo las membranas defienden
los limites externos de las clulas y regulan el trafico molecular a travs de estos lmites, en clulas
eucariotas dividen el espacio interno en compartimientos discretos para segregar procesos y
componentes. Organizan secuencias complejas de reacciones y son de importancia principal tanto
para la conservacin de la energa biolgica como para la comunicacin intercelular. Las actividades
biolgicas de la membrana son consecuencia de sus notables propiedades fsicas. Las membranas
son flexibles, autosellantes, y selectivamente permeables a los solutos polares.
Las membranas celulares son barreras selectivas que separan las clulas y forman compartimientos
intracelulares. Entre sus funciones estn:
Regular el transporte de molculas que entran o salen de la clula o del organelo.
Generar seales para modificar el metabolismo.
Adherir clulas para formar tejidos.
La membrana celular est formada por una capa doble de fosfolpidos, protenas y carbohidratos.
Cada fosfolpido est compuesto por glicerol, cidos grasos y fosfato, que en conjunto crean una
barrera hidrofbica entre los compartimientos acuosos de la clula. Las protenas permiten el paso
de molculas hidroflicas a travs de la membrana, determinan las funciones especficas de sta e
incluyen bombas, canales, receptores, molculas de adhesin, transductores de energa y enzimas.
Las protenas perifricas estn asociadas con las superficies, mientras que las integrales estn
incrustadas en la membrana y pueden atravesar completamente la capa doble. La funcin de los
carbohidratos adheridos a las protenas (glucoprotenas) o a los fosfolpidos (glucolpidos) es la de
adhesin y comunicacin intercelular. El colesterol, que es un esteroide (lpido), determina la fluidez
de la membrana.
Debemos recordar que la membrana plasmtica No es observable mediante la utilizacin del
microscopio ptico, por lo cual, las teoras de su estructura estuvieron basadas en un principio en
evidencias indirectas. En 1855, Naegeli denomina membrana plasmtica a una pelcula invisible
que envolvera a las clulas y sera responsable de los fenmenos osmticos que observ en las
clulas vivas. No fue hasta la invencin del microscopio electrnico que la membrana plasmtica
pudo ser verdaderamente observada.
Hoy en da se considera al modelo de Mosaico Fluido, descrito por Singer hace ms de veinte
aos, como la estructura bsica de la totalidad de las membranas. En este modelo, los lpidos se
disponen formando una verdadera bicapa, donde las protenas integrales se insertan tomando
contacto con la superficie extra e intracelular. Uno de los conceptos bsicos de este modelo es que
la bicapa permite desplazamientos considerables de sus componentes, he ah la fluidez propuesta
por Singer. Por lo tanto, la doble capa no es esttica, sino que es capaz de permitir y propiciar un
movimiento a lo largo del plano estructural de la membrana. Una de las caractersticas ms
relevantes de la organizacin molecular de las membranas es la asimetra de todos sus
componentes., lo cual significa que en ambas mitades de la bicapa los componentes se distribuyen
de diferente manera. Se ha observado que sus componentes se pueden mover lo que le da la fluidez
antes comentada. Los movimientos que se han describen son los siguientes:
De rotacin: su pone el giro de la molcula lipdica en torno a su eje mayor. Es muy frecuente y el
responsable, en gran medida, de otros movimientos.
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De difusin lateral o flexin: Las molculas lipdicas pueden difundirse libremente de manera
lateral dentro de la bicapa.
Flip-flop: Es el movimiento de un lpido de una monocapa a su paralela gracias a unos enzimas
denominados flipasas.
La fluidez de las molculas que componen las membranas depende de la temperatura, naturaleza
de los lpidos y de la presencia de colesterol.
Cuando aumenta la temperatura aumenta la fluidez; de la misma forma si los lpidos son insaturados
y de cadena corta la membrana es ms fluida. La presencia de colesterol aumenta la rigidez de la
membrana.
De la fluidez de las membranas dependen importantes funciones, como el transporte, la adhesin
celular, reconocimiento de antgenos. Debido a esto, las membranas tienen mecanismos de
adaptacin homeoviscosa responsable de mantener la fluidez adecuada en cada momento.
La membrana plasmtica
Los fosfolpidos son molculas anfipticas. Vale decir que, ante la presencia de un medio acuoso,
adquieren una doble sensibilidad. Sus cabezas se caracterizan por presentar afinidad por el agua,
por lo cual se dice que son Hidroflicas, mientras que sus colas son netamente no polares, por lo
cual presentan fobia por el agua (son Hidrofbicas). Debido a esta naturaleza anfiptica, en un
medio acuoso tienden espontneamente a formar agrupaciones denominadas micelas o bicapas
similares a las celulares. La mayor parte de las membranas biolgicas de origen eucariota poseen
colesterol como componente importante. En el caso de la membrana plasmtica, la misma presenta
una composicin similar entre el colesterol y los fosfolpidos que la componen. En las clulas de
origen procariota el colesterol est ausente en la mayor parte de las mismas y, el bajo contenido de
este lpido en las membranas mitocondriales tal vez refleje una importante prueba a favor de la
teora endosimbitica. El colesterol aumenta la impermeabilidad de la capa bilipdica y le da mayor
estabilidad a la misma.
Protenas de Membrana
Las protenas de membrana representan su principal componente funcional, desempeando un
papel fundamental en la regulacin y control de su permeabilidad. Entre las protenas de membrana,
podemos distinguir tambin polipptidos que poseen funcin enzimtica, receptores para diversas
seales (como las hormonales), que producen la adhesin celular y protenas con una variedad
enorme de funciones que iremos estudiando a lo largo de este espacio curricular.
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Las protenas de membrana pueden clasificarse, utilizando como criterio el grado de asociacin a
esta, en integrales y perifricas. Es as como, las protenas integrales toman contacto tanto con el
lado exterior, como con el interior de la membrana. Por lo tanto se dice tambin que estas protenas
son de transmembrana. Casi en forma invariable estas protenas se encuentran asociadas con
hidratos de carbono, por lo cual se las denomina como Glucoprotenas, las cuales representan ms
de un 70 % del total de las protenas de membrana. Es importante aclarar que, si bien las protenas
pueden rotar sobre su propio eje y moverse lateralmente, nunca cambian de posicin dentro de la
bicapa. Vale decir que NO pueden rotar de manera que el lado externo quede en sentido intracelular
y viceversa. Las protenas perifricas de la membrana no penetran en el interior hidrofbico de la
bicapa fosfolipdica, asocindose con la bicapa mediante interacciones dbiles (generalmente lo
hacen mediante uniones del tipo inicas).
Hidratos de carbono de la membrana
Los glcidos de la membrana se presentan en forma de oligosacridos o, con menor frecuencia,
como monosacridos. En todos los casos se encuentran unidos en forma covalente a lpidos,
constituyendo glucolpidos, o a protenas, constituyendo las famosas glucoprotenas. La ubicacin de
los glcidos en las membranas plasmticas se realiza, en forma casi exclusiva, en la capa superficial
o externa de la bicapa fosfolipdica.
Las clulas proyectan hacia su superficie externa el componente oligosacrido de sus glucolpidos y
glucoprotenas. El conjunto de todas estas molculas forma una cubierta extracelular denominada
Glucocliz. A esta verdadera capa extracelular se le atribuyen las siguientes funciones:
Micro ambiente: El Glucocliz es capaz de atrapar ciertos iones que son importantes para
la clula, haciendo que estos puedan ingresar rpidamente a la clula.
Proteccin celular: La cubierta celular puede proteger a la membrana contra daos de origen
qumico o mecnico.
Reconocimiento celular: Las clulas pueden ser reconocidas, mediante otras clulas o
molculas, a partir de la composicin diferencial que presentan los distintos tipos celulares
en su Glucocliz.
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smosis: Las membranas biolgicas son selectivamente permeables, pues permiten el pasaje de
algunas sustancias, mientras que bloquean el de otras. El movimiento de las molculas de agua a
travs de este tipo de membranas semipermeables reviste un caso especial de difusin que se
conoce como smosis. El movimiento de agua, en este proceso, se realizar desde una regin de
menor concentracin de soluto a una regin de mayor concentracin de soluto. Este movimiento del
agua no se ve afectado por qu sustancia se encuentre disuelta en el agua, sino por la diferencia de
concentracin que alcancen las partculas a ambos lados de la membrana semipermeable.
Con respecto a las clulas, estas pueden encontrase inmersas tres tipos principales de medios, en
cuanto a la concentracin de soluto que estos presenten. Si la clula se encuentra rodeada de un
medio que contenga mayor concentracin de soluto, diremos que el medio es Hipertnico. Al
contrario, si la concentracin de soluto extracelular es menor que la intracelular, dicho medio ser
Hipotnico. Finalmente, si las concentraciones de soluto, a ambos lados de la membrana son
iguales, nos referiremos a un medio Isotnico.
En base a lo considerado, una clula eucariota como cualquiera de nuestros glbulos rojos, que sea
inmersa en un medio Hipertnico tender a perder agua, a deshidratarse. Este proceso se denomina
plasmlisis. Al contrario, si el mismo tipo de clula fuese incluido en un medio Hipotnico, se
producira la entrada excesiva del agua, por lo cual el eritrocito terminara reventando como un globo
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al cual inflamos de sobremanera. Este tipo de proceso se denomina Turgencia. Ahora bien, en
nuestro organismo las clulas se encuentran en un medio Isotnico, por lo cual no se producen
ninguno de los casos prescriptos.
Transporte activo.
Se realiza en contra de gradiente de concentracin o de potencial electroqumico y precisa aporte
externo de energa.
Transporte activo primario
Utiliza la energa del ATP
Bomba de Na+-K+: Transporta sodio al exterior de la clula y potasio al interior en contra de
potencial electroqumico.
Bomba de Ca2+: Transporta calcio al exterior de la clula.
Transporte activo secundario, transporte acoplado o cotransporte.
Transporta dos o ms molculas, una de las cuales se mueve a favor de gradiente o de potencial
electroqumico y la otra u otras en contra. La que se mueve a favor de gradiente o de potencial
electroqumico suministra la energa para transportar la otra u otras en contra del mismo. Las
molculas se pueden transportar en la misma direccin o en direccin contraria.
Intercambiador Na+-Ca2+. En muchas clulas existe un transportador que introduce sodio en la
clula a favor de potencial electroqumico y extrae calcio en contra.
Cotransporte de Na+-glucosa. En las clulas de la pared del intestino existe un transportador que
introduce sodio en la clula a favor del potencial electroqumico, e introduce glucosa en la clula en
contra del gradiente de concentracin.
Transporte en Masa
Al eliminar o incorporar molculas muy grandes o incluso el incorporar un microorganismo entero, la
membrana se deforma generando una vacuola, donde las molculas a transporta quedan contenidas
y son transportadas. La Exocitosis es la salida de materia, mientras que la Endocitosis se refiere al
ingreso de la misma. En cuanto a la Endocitosis, se puede dividir el proceso segn las
caractersticas de las partculas incorporadas. La Fagocitosis es el proceso por el cual se endocitan
partculas de gran tamao, microorganismos, complejos macromoleculares, restos celulares u otras
sustancias slidas. El otro mecanismo por el cual la clula puede incorporar macromolculas es
mediante la Pinocitosis, donde se endocitan lquidos correspondientes al fluido extracelular.
Fagocitosis
Consta de dos grandes pasos. En el primero, la membrana debe de reconocer a la partcula a
fagocitar y unirse a ella, generalmente esta unin est mediatizada por protenas de membrana que
se unen de forma especfica a ciertas zonas de partcula a fagocitar. Una vez terminada la unin, se
inicia la segunda fase de la fagocitosis, en la cual la membrana se expande alrededor de la partcula,
proceso en el cual se gasta energa. Finalmente, la partcula queda englobada dentro de una
vacuola (vacuola fagoctica) y puede ser dirigida intracelularmente.
Pinocitosis
Es la captacin inespecfica del lquido extracelular. La membrana se invagina, por lo cual la
sustancia extracelular queda incluida dentro de esta depresin. Ambos extremos de la misma se
unen conformando una vacuola (vacuola Pinoctica) que ser dirigida intracelularmente.
Exocitosis
Las vacuolas producidas por la clula, pueden contener sustancias de desecho, macromolculas
sintetizadas en la clula u otros componentes. En todos estos casos se hace necesaria la expulsin
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de estas sustancias al medio extracelular. Para lograr este propsito, la vacuola se fusiona con la
membrana plasmtica, posibilitando la exocitosis. Es menester aclarar que la membrana que
formaba la vacuola exoctica pasa a formar parte, luego de este proceso, de la membrana
plasmtica.
Nota: TRANSCITOSIS.- Es el conjunto de fenmenos que permiten a una sustancia atravesar todo
el citoplasma celular. Implica el doble proceso de endocitosis y exocitosis. Ocurre en las clulas
endoteliales que constituyen los vasos sanguneos, transportando sustancias desde el torrente
circulatorio a las clulas de los tejidos.
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Capitulo 09
Bioenergetica y metabolismo
El metabolismo es una actividad celular muy coordinada en la que muchos sistemas
multienzimaticos (rutas metablicas) cooperan para obtener energa a partir de energa solar o
degradando nutrientes ricos en energa obtenidos del ambiente; convertir molculas nutrientes en
molculas caractersticas de la propia clula incluidos los precursores de macromolculas;
polimerizar los precursores monomericos en macromolculas: protenas, cidos nucleicos, y
polisacridos, y; sintetizar y degradar biomoleculas para funciones celulares especializadas, tales
como los lpidos de membrana, mensajeros intracelulares y pigmentos.
La diferencia metablica ms importante entre los organismos es la forma especfica en que
obtienen energa para llevar a cabo los procesos de la vida. Los auttrofos requieren del CO2
atmosfrico como nica fuente de carbono y energa solar para fabricar otras biomolculas. En
cambio los hetertrofos obtienen energa de los compuestos complejos de carbono que ingieren y
que habitualmente se encuentran en los auttrofos.
Todos los organismos vivos requieren tambin de nitrgeno, necesario para la sntesis de
aminocidos, nucletidos y otros compuestos. Este puede ser obtenido de distintas fuentes como
ser: amonaco, nitratos solubles o a partir de los aminocidos u otros compuestos orgnicos. Junto
con el ciclo del carbono y del oxgeno, en el ciclo del nitrgeno intervienen muchas especies de
organismos vivos, dependiendo de un equilibrio adecuado entre las actividades de los productores
(auttrofos) y los consumidores (hetertrofos) de nuestra biosfera. Estos grandes ciclos de materia
son impulsados por un gran movimiento de energa a travs de la biosfera que comienza con la
captura de la energa solar por los microorganismos fotosintticos y su utilizacin para generar
glcidos ricos en energa y otros nutrientes orgnicos, estos se utilizan a su vez como fuente de
energa por los organismos heterotrficos. A diferencia del ciclado de la materia, la energa fluye en
una sola direccin a travs de la biosfera. Dicha energa se transforma constantemente en formas no
utilizables.
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Algunas rutas metablicas son lineales, y algunas son ramificadas, generando mltiples productos
terminales tiles a partir de un precursor nico o convirtiendo varios materiales iniciales en un
producto nico. En general las rutas catablicas son convergentes y las rutas anablicas son
divergentes. Algunas rutas son cclicas, donde un componente inicial de la ruta es regenerado por
una serie de reacciones que convierten otros componentes iniciales en ese producto. La sntesis y la
degradacin, no son procesos simultneos. Si as fuera seria un gasto innecesario de energa. Estos
mecanismos no estn catalizados por el mismo grupo de enzimas, si bien comparten un gran
numero de pasos, los puntos de regulacin son distintos. Cuando uno tiene lugar, el otro esta
suprimido. Es comn que las rutas de sntesis y degradacin de un compuesto, tengan lugar en
compartimentos celulares diferentes. Por ejemplo la degradacin de cidos grasos tiene lugar en la
mitocondria y la sntesis en el citosol.
Las vas metablicas estn reguladas a tres niveles. El primer nivel es la forma de respuesta ms
inmediata para la regulacin a travs de la accin de enzimas alostricas, que son capaces de
cambiar la actividad cataltica en respuesta a moduladores estimuladores o inhibidores. Un segundo
nivel corresponde al control metablico en los organismos superiores mediante la regulacin
hormonal. Las hormonas son mensajeros qumicos liberados por un tejido, que estimulan o inhiben
algunos procesos que tienen lugar en otros tejidos. Las hormonas sirven para coordinar las
actividades metablicas de diferentes tejidos y sus acciones y efectos son en una escala de tiempo
ms prolongada que la de los efectos alostricos. Las hormonas son las encargadas de la regulacin
e integracin de las rutas metablicas en los mamferos superiores. El tercer nivel de regulacin
metablica consiste en el control de la velocidad de un paso metablico por regulacin de la
concentracin de su enzima en la clula. La concentracin de una enzima en un momento
determinado es el resultado de un equilibrio entre su velocidad de sntesis y su velocidad de
degradacin, estando las dos sujetas a regulacin en una escala de tiempo que va de minutos a
horas.
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Bioenergtica y termodinmica
La bioenergtica es el estudio cuantitativo de las transducciones de energa, cambios de una forma
de energa en otra, que tienen lugar en las clulas vivas y de la naturaleza y funciones de los
procesos qumicos sobre lo que se basan estas transducciones. La bioenergtica o termodinmica
bioqumica, es el estudio de los cambios de energa que acompaan a las reacciones bioqumicas.
Proporciona los principios que explican porque algunas reacciones pueden producirse en tanto que
otras no. Los sistemas no biolgicos pueden utilizar la energa calorfica para realizar trabajo, pero
los sistemas biolgicos son isotrmicos y emplean la energa qumica para impulsar los procesos
vitales. La energa qumica de un compuesto est representada por el movimiento y posicin relativa
de los tomos y partculas componentes; por los enlaces y atracciones y a menudo el contenido
energtico de las molculas involucradas disminuye o aumenta. El curso de cualquier reaccin
qumica es determinado por el contenido de energa del sistema en consideracin y por el
intercambio de energa libre entre l y su entorno.
Medir el contenido de energa de un sistema puede ser difcil, en cambio resulta ms fcil determinar
el cambio de energa producido entre los estados inicial y final. La forma ms comn de energa es
el calor. Prcticamente todos los procesos qumicos son acompaados por consumo o produccin
de calor. En el primer caso se denominan endotrmicos, en el segundo, exotrmicos.
Las transformaciones biolgicas de energa obedecen las leyes de la termodinmica.
El primer principio o ley de la termodinmica establece que en cualquier cambio fsico o qumico la
cantidad total de energa en el universo permanece constante, aunque pueda cambiar la forma de la
misma. Tambin conocida como principio de conservacin de la energa para la termodinmica en
realidad el primer principio dice ms que una ley de conservacin, establece que si se realiza
trabajo sobre un sistema o bien ste intercambia calor con otro, la energa interna del sistema
cambiar. Esta ley permite definir el calor como la energa necesaria que debe intercambiar el
sistema para compensar las diferencias entre trabajo y energa interna.
La ecuacin general de la conservacin de la energa es la siguiente:
Que aplicada a la termodinmica teniendo en cuenta el criterio de signos termodinmico, queda de
la forma:
Donde U es la energa interna del sistema (aislado), Q es la cantidad de calor aportado al sistema y
W es el trabajo realizado por el sistema.
Notas:
Sistema
Un sistema es aquella particular porcin del universo en la cual estamos interesados. Tpicos
sistemas termodinmicos pueden ser: una cierta cantidad de gas, un lquido y su vapor, una mezcla
de dos lquidos, una solucin, un slido cristalino, etc.
Variables termodinmicas
Las variables termodinmicas son las magnitudes que estimamos necesario o conveniente
especificar para dar una descripcin macroscpica del sistema. La mayora de esas magnitudes
provienen de otras ramas de la fsica. Por ejemplo la presin proviene de la Mecnica, las
intensidades de campo elctrico y magntico del Electromagnetismo, etc. Por consiguiente no
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podemos dar una definicin completa y detallada del concepto de variable termodinmica, y por
ahora nos tenemos que conformar con algunos ejemplos. Para un sistema que consiste de un gas o
un lquido, o una mezcla de diferentes gases o lquidos, las variables termodinmicas son: las
masas de las diferentes sustancias presentes, la presin, el volumen y la temperatura. En un
sistema en que se consideran superficies o pelculas lquidas, las variables correspondientes son la
tensin superficial, el rea superficial y la temperatura. El estudio termodinmico de un sistema
magntico incluira probablemente como variables la intensidad del campo magntico, la
magnetizacin de la materia del sistema y la temperatura. En estos ejemplos dimos slo tres
variables (adems de la masa) para cada sistema, pero puede haber ms. En todos esos grupos de
variables la nica en comn es la temperatura, que luego estudiaremos en detalle. Las dems
provienen de ramas de la fsica ajenas a la Termodinmica.
Estado del sistema
Cuando se han especificado las variables necesarias para describir al sistema se dice que se ha
especificado el estado del sistema. La especificacin del estado de un sistema no nos da ninguna
informacin acerca de los procesos mediante los cuales el sistema fue llevado a dicho estado.
Equilibrio
El equilibrio es una abstraccin pues los sistemas reales no estn nunca en estricto equilibrio. Pero
siempre y cuando las variables que describen al sistema y al ambiente que interacta con l no
varen apreciablemente en la escala de tiempo de nuestras mediciones, se puede considerar que el
sistema est en equilibrio y aplicarle las consideraciones termodinmicas pertinentes. Se debe notar
que un sistema puede estar en equilibrio con respecto de ciertas variables, pero no con respecto de
otras. Por ejemplo, si mezclamos hidrgeno y oxgeno gaseosos a temperatura ambiente, la mezcla
no queda en equilibrio respecto de la composicin qumica (pues a temperatura ambiente, la
reaccin de formacin de agua 2H2+O22H2O se produce con extrema lentitud) aunque casi de
inmediato queda en equilibrio respecto de la presin, el volumen y la temperatura.
La segunda ley establece que en todos los procesos naturales la entropa o desorden del universo
aumenta. La entropa representa la extensin del desorden y se torna mxima en un sistema cuando
este se aproxima al equilibrio verdadero. Representa la energa degradada, no utilizable para
realizar trabajo. En condiciones de temperatura y presin constantes, la relacin entre el cambio de
energa libre (G) de un sistema y el cambio de la entropa (S) est dada por la siguiente ecuacin
que combina las dos leyes de la termodinmica:
G = H - T S
Donde H es el cambio de entalpa (calor) y T es la temperatura absoluta (K). Bajo las condiciones
de las reacciones bioqumicas, debido a que H es aproximadamente igual a E, que es el cambio
total en la energa interna de la reaccin, la relacin anterior puede expresarse de la siguiente
manera:
G = E - T S
NOTA:
La energa libre de Gibbs, G: Expresa la cantidad de energa capaz de realizar trabajo durante una
reaccin (a temperatura y presin constantes)
G, con signo (-): la reaccin es exergnica.
G, con signo (-): la reaccin es exergnica.
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glucosa-6-fosfato + H2O
ADP + Pi
Energa
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Glucosa + Pi
Glucosa-6-P + H2O
glucosa-6-fosfato + ADP
La cual tiene un G de 4,0 Kcal/mol, lo cual le permite transcurrir en el sentido indicado. se tiene
un ensamble de un proceso exergnico con otro endergnico.
Las clulas acostumbran a guardar la energa necesaria para sus reacciones en ciertas molculas,
la principal es el: ATP, trifosfato de Adenosina. Las clulas lo usan para capturar, transferir y
almacenar energa libre necesaria para realizar el trabajo qumico.
La funcin del ATP es suministrar energa hidrolizndose a ADP y Pi. Esta energa puede usarse
para:
Obtener energa qumica: por ejemplo para la sntesis de macromolculas.
Transporte a travs de las membranas.
Trabajo mecnico: por ejemplo la contraccin muscular, movimiento de cilios y flagelos,
movimiento de los cromosomas, etc.
Por lo tanto, la molcula ATP (Adenosina trifosfato) que el organismo produce en las mitocondrias
durante la respiracin celular, es el "transportador" universal de energa de nuestro cuerpo,
necesaria para la gran mayora de las funciones de los seres vivos y sin la cual la vida no sera
concebible, al menos tal y como la conocemos. Cuando la molcula de ATP se subdivide, la alta
carga energtica acumulada en ella se libera, y es utilizada por el organismo para llevar a cabo
todos los procesos necesarios.
El ATP puede liberar dos grupos fosfato sucesivamente, aunque por lo general, se rompe uno de
estos enlaces. Cuando se elimina por hidrlisis un grupo fosfato, la molcula de ATP se convierte en
ADP, (Adenosina difosfafo).
La estructura del ATP estn formada por tres tipo de enlaces: (1) Un enlace glicosdico, entre el
Nitrgeno 9 de la Adenina con el Carbono 1 de la Ribosa; la configuracin del carbono anomrico de
la Ribosa es de tipo beta, y como se une a un Nitrgeno, se acostumbra a denominar el enlace como
N--glicosdico. La molcula formada nicamente por Adenina y Ribosa se llama Adenosina y es
un nuclosido. (2) Un enlace ster, entre uno de los -OH cidos del fosfato y el hidroxilo del
Carbono 5 de la Ribosa, que se incluye entre los steres fosfricos. (3) Dos enlaces anhidro, que
se forman al unirse dos grupos -OH cidos, de fosfatos diferentes, con la eliminacin de un molcula
de agua. Los enlaces anhidro, en ocasiones se designan como enlaces de alta energa, porque
cuando se hidrolizan, se libera gran cantidad de energa libre. Aunque esta costumbre est muy
extendida, porque se aplica fcilmente en muchos procesos, sin embargo, no se debe perder de
vista que en realidad, la energa se encuentra almacenada en toda la molcula y no nicamente en
el enlace anhidro.
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El cambio de energa libre estndar de hidrlisis del ATP puede ser de - 25 a - 40 kJ mol-1. El valor
exacto depende del pH, la temperatura y los cationes metlicos presentes. Uno de los sistemas
mejor estudiados es el complejo Mg-ATP, el cual, a pH = 7 y T = 310 K, tiene G = -30.5 kJ mol-1,
valor que se usa como referencia en los clculos de balance energtico del metabolismo.
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de energa libre de las reacciones secuenciales se puede ver que la sntesis de cualquier compuesto
fosforilado puede conseguirse acoplndola a la rotura de otro compuesto fosforilado con una energa
libre de hidrlisis ms negativa. Se pueden describir los compuestos fosforilados segn tengan un
potencial de transferencia del grupo fosfato alto o bajo.
El potencial de transferencia del grupo fosfato del fosfoenolpiruvato es muy alto, el del ATP es alto y
el de la glucosa 6-fosfato es bajo.
En algunas reacciones en las que interviene el ATP, se liberan sus dos grupos fosfatos terminales en
una sola pieza de PPi (pirofosfato inorgnico) simultneamente el resto de la molcula de ATP se
une a otro compuesto que, de este modo es activado. Por ej. el primer paso en la activacin de un
cido graso sea para su oxidacin que produce energa, o bien para su uso en la sntesis de lpidos
ms complejos.
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los circuitos sub microscpicos de las clulas es muy instructiva. En el circuito macroscpico la
fuente de electrones es una batera que posee dos especies qumicas que difieren en afinidad hacia
los electrones Los cables elctricos proporcionan una ruta para el flujo electrnico desde la especie
qumica en un polo de la batera a travs del motor, a la especie qumica en el otro lado de la
batera. Debido a que las dos especies qumicas difieren en su afinidad hacia los electrones, estos
fluyen espontneamente a travs del circuito, impulsados por una fuerza proporcional a la diferencia
en afinidad electrnica, la fuerza electromotriz. La fuerza electromotriz (normalmente unos pocos
voltios) puede realizar trabajo si hay un transductor de energa adecuado, como un motor, en el
circuito. El motor se puede acoplar a diferentes ingenios mecnicos para realizar trabajo. En un
circuito biolgico anlogo la fuente de electrones es un compuesto relativamente reducido, como la
glucosa. A medida que se oxida enzimticamente se liberan electrones que fluyen espontneamente
a travs de una serie de transportadores electrnicos intermedios a otra especie qumica con una
afinidad elevada por los electrones como el Oxigeno El flujo es espontneo y exergnico porque el
oxgeno tiene una afinidad por los electrones mayor que la que tienen los intermediarios que ceden
los electrones. La fuerza electromotriz resultante proporciona energa a los transductores
moleculares que realizan el trabajo biolgico En la mitocondria por ej. los transductores ligados a la
membrana ligados a la membrana acoplan el flujo electrnico a la produccin de una diferencia de
pH transmembrana, con lo que se consigue trabajo osmtico y elctrico. El gradiente de protones
as formado tiene energa potencial.
En todas las reacciones de oxidorreduccin, un compuesto pierde cede electrones y se oxida,
mientras que otro gana o acepta electrones y se reduce. El compuesto que gana o acepta electrones
es el Agente Oxidante y el que pierde o cede electrones es el Agente Reductor. En forma semejante
a como sucede en las reacciones cido-base, en las que un cido nicamente puede actuar como
tal, si existe una base con la cual reaccionar; en las reaccin de oxidorreduccin para que un
compuesto se oxide, otro debe reducirse. Tambin, as como un cido al ceder protones se convierte
en su base conjugada, un agente oxidante que acepta electrones queda reducido, y un agente
reductor al donar protones queda oxidado.
En las reacciones de oxidorreduccin biolgicas los electrones se pueden transferir de diferentes
formas. Cuando se transfieren solos (e-) generalmente lo hacen mediante la oxidorreduccin
reversible de iones metlicos como Hierro o Cobre. Tambin se pueden transferir electrones junto
con protones, en forma de tomos de Hidrgeno (H + + e-) o iones hidruro (H- = H+ + 2e-) mediante
coenzimas de oxidorreduccin. En cualquier forma que se transfiera, cada electrn transferido
constituye un Equivalente Reductor.
En los organismos aerobios, como los humanos, el Oxgeno es el aceptor final de electrones en el
metabolismo. Sin embargo, la oxidacin de los alimentos no se efecta por reaccin directa con O2,
sino con coenzimas de oxidorreduccin, de las cuales las ms importantes en el catabolismo son
dos, el Dinucletido de Nicotinamida y Adenina (NAD+) y el Dinucletido de Flavina y Adenina (FAD).
Adems, en las reacciones de oxidorreduccin del anabolismo, participa un anlogo del NAD+, el
Dinucletido de Nicotinamida y Adenina Fosfato (NADP+). En los humanos, NAD+ y NADP+ se
forman a partir de la Niacina (vitamina B3) y el FAD a partir de Riboflavina (vitamina B2). Tanto
NAD+ como NADP+ aceptan dos equivalentes reductores en forma de un in hidruro, para
convertirse en sus formas reducidas NADH y NADPH, respectivamente; mientras que el FAD
tambin acepta dos equivalentes reductores, pero en forma de dos tomos de Hidrgeno para
formar el FAD reducido FADH2.
El sitio activo de NAD+ y NADP+, es el Carbono 4 del anillo de nicotinamida. En la forma oxidada, el
Nitrgeno del anillo de nicotinamida tiene baja densidad electrnica y carga positiva; esta situacin
es inestable debido a la electronegatividad del Nitrgeno, la cual provoca un corrimiento de
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electrones que disminuye la densidad electrnica en el Carbono 4, y lo hace capaz de aceptar el par
de electrones del in Hidruro. Esta reaccin se representa en forma abreviada como se muestra en
el esquema de abajo. El protn libre que se incluye en la reaccin es nicamente como indicacin de
que la cantidad de carga es constante. El Hidrgeno que entra a formar parte de la coenzima
reducida, puede hacerlo desde el frente del anillo, o desde la parte de atrs, las enzimas que utilizan
NAD+ NADP+, son especficas de la cara del anillo a la que aaden el Hidrgeno.
NAD+ + 2H+ + 2e- NADH + H+
Por su parte el FAD tiene dos Nitrgenos en el anillo de Isoaloxazina de la Riboflavina, que mediante
el corrimiento de electrones pueden aceptar un Hidrgeno completo cada uno, sin cambiar la carga
de la molcula. La oxidorreduccin reversible del FAD, se representa de manera simplificada, en la
forma que se muestra:
FAD + 2H+ + 2e- FADH2
Los equivalentes reductores transportados como NADH y FADH2 son usados para la sntesis de
ATP, mientras que el NADPH se utiliza como agente reductor en el anabolismo.
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Capitulo 10:
Glucolisis, gluconeogenesis
La glucosa ocupa una posicin central en el metabolismo de las plantas, animales y muchos
microorganismos. Es relativamente rica en energa potencial, por lo que es un buen combustible, su
oxidacin completa a dixido de carbono y agua transcurre con una variacin de energa libre
estndar de -2.840 KJ/mol. Almacenando glucosa en forma de polmero de elevada masa molecular
tal como el almidn o glucgeno, una clula puede acumular grandes cantidades de unidades de
hexosa, al tiempo que mantiene una osmolaridad citosolica relativamente baja.
Cuando las necesidades energticas de la clula aumentan, la glucosa puede liberarse a partir de
estos polmeros de almacenamiento y utilizarse para producir ATP, ya sea aerbica o
anacrbicamente. La glucosa no es slo un combustible excelente sino tambin un precursor
extremadamente verstil, capaz de suministrar una gran cantidad de intermediarios metablicos para
las reacciones biosintticas. Una bacteria tal como Escherichia coli puede obtener de la glucosa los
esqueletos carbonados de cada uno de los aminocidos, nucletidos, coenzimas, cidos grasos y
otros intermediarios metablicos necesarios para el crecimiento.
Los organismos que no tienen acceso a la glucosa de otras fuentes deben fabricarla. Los
organismos fotosintticos forman glucosa reduciendo el CO2 atmosfrico a triosas para,
seguidamente, convertirlas en glucosa. Las clulas no fotosintticas fabrican glucosa a partir de
precursores ms sencillos de tres o cuatro tomos de carbono mediante el proceso de la
gluconeogenesis, invirtiendo de manera efectiva la glucolisis en una ruta que utiliza una gran parte
de los enzimas glucoliticas.
Glucolisis
En la glucolisis (del griego glykys, dulce y lysis, romper) se degrada una molecula de glucosa en
una serie de reacciones catalizadas enzimticamente, dando dos molculas del compuesto de tres
carbonos piruvato. Durante la secuencia de reacciones de la glucolisis, parte de la energa libre
cedida por la glucosa se conserva en forma de ATP y NADH. La glucolisis fue la primera ruta
metabolica elucidada y es, probablemente, la que se mejor conoce.
Durante el proceso se obtiene un balance neto de energa de 2 molculas de ATP. Al ser un proceso
oxidativo, va acompaado de una reduccin, por lo que adems se obtienen 2 molculas de NADH +
H+. Es una ruta prcticamente universal, pues casi todos los organismos utilizan la glucosa como
fuente de energa. Consta de 10 reacciones agrupadas en dos fases:
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1. Fase de gasto energtico o fase de hexosas o etapa preparativa. Es una etapa degradativa. No
es oxidativa y adems no se produce ATP, sino que se consumen 2 molculas de ATP por cada
glucosa.
2. Fase de obtencin de energa o fase de triosas o etapa oxidativa. Se oxida el NAD, que se
transforma en NADH + H+ y se forman 4 molculas de ATP por trasferencia de grupos fosfato al
ADP.
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La fosforilacin de la glucosa tiene ventajas para la clula: la G6P es ms reactiva que la glucosa y a
diferencia de sta no atraviesa la membrana celular porque no tiene transportador. De esta forma se
evita la prdida de un sustrato energtico para la clula.
Reaccin 2. Isomerizacin de la Glucosa-6-P para dar Fructosa-6-P. La G6P rompe su forma cclica
y se abre, sufriendo unos procesos que dan lugar a la formacin de un intermediario de reaccin,
denominado cis-enol, con una corta vida que seguidamente se transforma en una cetosa, que al
ciclarse da lugar a la forma furanosa de la F6P. Es una reaccin reversible de isomerizacin de
aldosa a cetosa catalizada por la fosfoglucoisomerasa.
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ste es el ltimo paso de la Fase con gasto de energa en la que se consumieron 2 ATP.
As, en el cuarto paso se genera una molcula de GA3P, y en el quinto paso se genera la segunda
molcula de ste. De aqu en adelante, las reacciones ocurrirn dos veces, debido a que se generan
dos molculas de GA3P por hexosa.
Hasta el momento solo se han consumido 2ATP, sin embargo, en la segunda etapa, el GA3P se
transforma en una molcula de alta energa, a partir de la cual se obtendr el beneficio final de 4
molculas de ATP.
2 FASE: GANANCIA O BENEFICIO ENERGTICO
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Reaccin 7. Cesin de 1 grupo fosfato del 1,3-Bifosfoglicerato al ADP (genera ATP. 1 fosforilacin a
nivel de sustrato). El BPG libera con el enlace rico en energa, suficiente para formar el ATP. Por
tanto se producen dos molculas de ATP, que ya compensan el gasto energtico de la primera
etapa. Es una reaccin reversible, la cual ocurre cuando la concentracin de ATP es pequea, ya
que en presencia de una alta concentracin de ATP puede ocurrir el proceso inverso.
El enzima que cataliza esta reaccin es la fosfoglicerato kinasa. Como la glucosa se transform en 2
molculas de GA3P se sintetizan un total de 2 ATP en este paso. Las reacciones 6 y 7 de la
gluclisis corresponden a un caso de acoplamiento, donde una reaccin energticamente
desfavorable (6) es seguida por una reaccin muy favorable energticamente (7) que induce a que
ocurra la primera.
Reaccin 8. Isomerizacin del 3-fosfoglicerato para dar 2-fosfoglicerato. Reaccin catalizada por el
enzima fosfoglicerato mutasa
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Reaccin 9. Deshidratacin del 2-Fosfoglicerato, con prdida de una molcula de agua procedente
del OH libre del carbono 3 y el H del carbono 2. Esto da lugar a un doble enlace entre el carbono 2 y
el 3, dejando el fosfato del carbono 2 unido mediante un enlace rico en energa, para dar lugar al
cido fosfoenolpirvico (PEP).
El enzima encargado de catalizar esta reaccin es una deshidratasa denominada enolasa.
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una reaccin ms conseguimos una glucolisis aumentada en un paso en la que no hay produccin
neta de NADH, es decir, no hay cambio neto de estado redox entre sustratos y productos. El
compuesto que se genera ser o bien secretado al medio o reciclado por las clulas para otra
funcin. Esta gluclisis aumentada en un paso se conoce como fermentacin, y tendr diferentes
adjetivos dependiendo del producto.
Fermentacin Lctica
En la fermentacin lctica el piruvato es reducido a lactato por la lactato deshidrogenasa. Ocurre por
ejemplo en el msculo cuando hay ejercicio intenso y no llega el oxgeno suficiente, y tambin en las
bacterias del cido lctico. El lctico luego sale del msculo a la sangre y es consumido por otros
rganos como el corazn o el hgado. En el corazn, que siempre tiene buen aporte de oxgeno, el
lctico puede ser transformado en piruvato y luego entrar en el ciclo de Krebs. En el hgado, el
lactato es mayoritariamente transformado en glucosa por la gluconeognesis, la cual puede volver
de nuevo al msculo. De esta manera puede haber un ciclo entre el msculo y el corazn en el que
hay paso glucosalactato en el msculo y lactatoglucosa en el hgado (Ciclo de Cori).
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Fermentacin alcoholica
La fermentacin alcohlica es un proceso anaerbico realizado por las levaduras y algunas clases
de bacterias. Estos microorganismos transforman el azcar en alcohol etlico y dixido de carbono.
La fermentacin alcohlica, comienza despus de que la glucosa entra en la celda. La glucosa se
degrada en un cido pyruvic. Este cido pyruvic se convierte luego en CO2 y etanol. Los seres
humanos han aprovechado este proceso para hacer pan, cerveza, y vino. En estos tres productos se
emplea el mismo microorganismo que es: la levadura comn o lo Saccharomyces cerevisae.
Gluconeogenesis
El papel central de la glucosa apareci tempranamente dentro de la evolucin y este azcar contina
siendo el combustible y bloque estructural casi universal de los organismos modernos desde los
microbios hasta el ser humano. En los mamferos, algunos tejidos dependen casi por completo de la
glucosa para la produccin d energa metabolica. Para el cerebro y el sistema nervioso humanos, asi
como para los eritrocitos, la glucosa de la sangre es la nica, o principal, fuente de combustible. Solo
el cerebro humano requiere ms de 120 g de glucosa al da, ms de la mitad de toda la glucosa que
se encuentra almacenada como glucgeno en el musculo y en el hgado. Sin embargo el suministro
de la glucosa apartir de estos depsitos no siempre es suficiente, entre comidas y durante ayunos
prolongados o despus de un ejercicio vigoroso, el glucgeno se ha agotado. Durante estos
periodos, los organismos necesitan un mtodo para sintetizar glucosa a partir de precursores no
glucdicos. Esto se consigue a travs de una ruta de nominada gluconeogenesis (formacin de
azcar nuevo), encargado de convertir el piruvato y los compuestos relacionados de tres y cuatro
carbonos en glucosa.
Es una reaccin anablica. Es la va que permite la sntesis de glucosa a partir de precursores no
glucdicos (ni provienen ni son glucosa). Es muy importante en animales. Permite ver la regulacin
de las vas metablicas. Es necesaria porque muchos tejidos de los animales no necesitan glucosa,
mientras que otros son completamente glucosadependientes (cerebro, eritrocitos, mdula renal,
entre otros). Es imprescindible tener siempre glucosa disponible.
Se puede hacer glucosa a partir de:
-Lactato.
-Piruvato.
-Algunos aminocidos.
-Intermedios del ciclo de Krebs.
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-Glicerol.
Cada precursor tiene un significado diferente. La gluconeognesis ocurre slo en algunos rganos
muy concretos, sobretodo en hgado. La corteza renal tambin puede llevarla cabo. Las plantas no
lo hacen porque pueden fabricar glucosa a partir de CO 2 mediante fotosntesis. Pasar de Pyruvato a
Glucosa es lo contrario de hacer gluclisis.
Necesidad de la gluconeognesis
Las clulas del cerebro y los eritrocitos dependen casi exclusivamente de glucosa como
fuente de energa.
Las reservas de glucosa en forma de glucgeno en el hgado slo bastan para unas horas
de ayuno.
Durante el ayuno o periodos de ejercicio intenso la mayor parte de las necesidades de
glucosa del organismo se cubren por la gluconeognesis. Los sustratos para la produccin
de esta glucosa son:
El lactato: Es la fuente de predominio de los tomos del carbn para la sntesis de la
glucosa por medio de la gluconeognesis. El lactato es producido durante la gliclisis
anaerobia por el msculo esqueltico y es transportado al hgado donde es convertido a
glucosa
El Piruvato: Es generado por el msculo y otros tejidos finos perifricos, puede ser
transaminado hasta alanina que viaja al hgado para la gluconeognesis.
Los aminocidos: Los veinte aminocidos, exceptuando la leucina y la lisina, pueden ser
degradados hasta oxalacetato o piruvato para proporcionar esqueletos de carbono,
participando de esta manera de la gluconeognesis.
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Capitulo 11
Ciclo del acido ctrico y fosforilacin oxidativa.
La respiracin celular tiene lugar en tres fases principales. En la primera, las molculas de
combustible orgnico (glucosa, cidos grasos y algunos aminocidos) se oxidan para dar lugar a
fragmentos de dos tomos de carbono en forma de grupo acetilo del acetil coenzima A (acetil-CoA).
En la segunda fase, los grupos acetilo se incorporan al ciclo del acido ctrico, donde son oxidados
enzimticamente hasta CO2. La energa liberada en esta oxidacin se conserva en los
transportadores de electrones reducidos NADH y FADH 2. En la tercera fase de la respiracin, estas
coenzimas reducidos son a su vez oxidados, liberando protones (H +) y electrones. Los electrones
son transferidos a lo largo de una cadena de molculas transportadas (conocida como cadena
respiratoria) al O2 el aceptor electrnico final. Durante este proceso de transferencia electrnica se
libera una gran cantidad de energa que se conserva en forma de ATP gracias al proceso
denominado fosforilacin oxidativa. La respiracin es ms compleja que la glucolisis y se cree que
apareci mucho mas tarde, despus de la aparicin de las cianobacterias. La actividad metablica
de las cianobacterias es la responsable del enriquecimiento en oxigeno de la atmosfera terrestre,
punto de inflexin determinante en el proceso de la evolucin.
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El quinto cofactor del complejo de la PDH, lipoato tiene dos grupos tiol que pueden experimental
una oxidacin reversible hasta formar un enlace disulfuro (-S-S-) similar al que se produce entre dos
residuos Cys en protenas. Gracias a esta capacidad de experimentar reacciones de oxidacinreduccin, el lipoato puede actuar a la vez como transportador de electrones (hidrogeno) y de acilos.
GRUPO PROSTTICO
FUNCIN
Tiaminpirofosfato (TPP)
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Dihidrolipiltransacetilasa
Lipoamida
FAD
Oxidar lipoamida
(E2)
DHLP deshidrogenasa (E3)
Ciclo de Krebs.
El ciclo de Krebs (conocido tambin como ciclo de los cidos tricarboxlicos o ciclo del cido ctrico)
es un ciclo metablico de importancia fundamental en todas las clulas que utilizan oxgeno durante
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A partir de aqu el resto de reacciones van a cerrar el ciclo porque ya hemos perdido las 2 molculas
de CO2, es decir, ya hemos descarboxilado.
7. El succinil CoA es un compuesto rico energticamente, por lo que se rompe el enlace que une el
succinato con la CoA, liberndose CoA-SH y formndose GTP y dando lugar a succinato.
Enzima que cataliza la reaccin: succinil CoA sintetasa (gasta ATP).
Antes de este paso podamos distinguir los carbonos procedentes del Acetil-CoA hasta el succinil
CoA incluido 6 reaccin, pero a partir de ste paso ya no nos es posible hacerlo.
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8. El succinato da lugar al fumarato por deshidrogenacin, empleando como CoE al FAD que se
reduce a FADH2.
Enzima que cataliza la reaccin: succinato deshidrogenasa.
10. ltima reaccin: el malato da lugar al compuesto inicial del ciclo, el oxalacetato, por oxidacin y
empleando la CoE NAD+ que se reduce a NADH + H+.
Enzima que cataliza la reaccin: malato deshidrogenasa
Los productos de una vuelta del ciclo del acido ctrico, en cada vuelta del ciclo se liberan tres
molculas de NADH, una molcula de FADH 2 una de GTP o (ATP) y dos de CO 2 en reacciones de
descarboxilacin oxidativa.
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Fosfoliracin oxidativa
La fosforilacin oxidativa es la culminacin del metabolismo productor de energa en los organismos
aerbicos. Todos los pasos enzimticos de la degradacin oxidativa de glcidos, grasas y
aminocidos en las clulas aerobias convergen en esta etapa final de la respiracin celular, en la
que los electrones fluyen desde intermediarios catablicos al O2 liberando energa para la
produccin de ATP a partir del ADP y el Pi.
En los eucariotas la fosforilacin oxidativa tiene lugar en las mitocondrias; la fotofosforilacin en los
cloroplastos. En la fosforilacin oxidativa se produce la reduccin de O2 a H2O con electrones
cedidos por el NADH y el FADH2 y sta tiene lugar tanto en la luz como en la oscuridad. En la
fotofosforilacin se produce la oxidacin de H2O a O2 con NADP+ como aceptor electrnico y sta
depende absolutamente de la luz. Estos dos procesos conservadores de energa, de gran eficacia,
transcurren a travs de mecanismos muy similares. Los conocimientos actuales sobre la sntesis de
ATP en la mitocondria y en los cloroplastos, se basa en una hiptesis propuesta por Peter Mitchell en
1961 llamada teora quimiosmtica. Existen tres aspectos fundamentales similares entre la
fosforilacin oxidativa y la fotofosforilacin. (1) En ambos procesos interviene un flujo de electrones a
travs de una cadena de intermedios redox que son transportadores ligados a la membrana. (2) La
energa libre puesta a disposicin por el flujo de electrones cuesta abajo (exergnico) est
acoplada al transporte cuesta arriba de protones a travs de una membrana impermeable a los
protones, conservndose parte de la energa libre de oxidacin de los combustibles metablicos en
forma de potencial electroqmico transmembrana. (3) El flujo transmembrana de protones a favor de
su gradiente de concentracin a travs de canales proteicos especficos proporciona la energa libre
necesaria para la sntesis de ATP.
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Sntesis de ATP
La sntesis de ATP esta acoplada junto con la teora de la quimiosmosis segn este modelo, el
transporte de electrones va paso a paso, desde el NADH o el FADH2 hasta el oxgeno a travs de
los transportadores de electrones, y da como resultado el bombeo de protones a travs de la
membrana mitocondrial interna hacia el espacio entre las membranas mitocondriales interna y
externa. Este proceso genera un potencial de membrana a travs de la membrana mitocondrial
interna, ya que el medio que ocupa el espacio intermembranoso se carga positivamente. La
diferencia en concentracin de protones entre la matriz y el espacio intermembranoso es
representada como energa potencial, el resultado es en parte la diferencia de pH y en parte de la
diferencia en la carga elctrica de los lados de la membrana. Cuando los protones pueden fluir de
regreso a la matriz, descendiendo por el gradiente protnico, se libera energa utilizable en la
sntesis de ATP a partir de ADP y Pi.
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conducto o poro interior que permite el paso de los protones. Las partculas F1 son protenas
globulares grandes consistentes en nueve subunidades polipeptdicas unidas a las partculas F0 en
el lado de la membrana que linda con la matriz. Se comprob que propulsa la sntesis de ATP a partir
de ADP y Pi. Conforme los protones descienden a lo largo del gradiente de energa, dicha energa
utiliza para sintetizar ATP. De esta manera, el gradiente protnico que existe a travs de la
membrana mitocondrial interna acopla la fosforilacin con la oxidacin.
Capitulo 12
Biosntesis de lpidos
Los lpidos realizan diversas funciones celulares, de las que algunas solo se han descubierto
recientemente. Constituyen la forma principal de energa almacenada en la mayora de organismos y
son constituyentes principales de las membranas celulares.
Hay lpidos especializados que actan que actan como pigmentos (retinal, caroteno), cofactores
(vitaminas K), detergentes (sales biliares), transportadores (dolicoles), hormonas (derivados de la
vitamina D, hormonas sexuales) mensajeros extra e intracelulares (icosanoides y derivados del
fosfatidilinositol) y anclaje de protenas de membranas (acidos grasos unidos covalentemente, grupo
prenilo y fosfatidilinositol).
Biosintesis de Acidos Grasos
El hgado, el tejido adiposo y la glndula mamaria son los tres sitios principales donde se lleva a
cabo la biosntesis de los cidos grasos y los triglicridos. El hgado es el rgano central para la
interconversin y su metabolismo. La sntesis de cidos grasos en el hgado, en el tejido adiposo y la
glndula mamaria siguen vas parecidas; sin embargo, la actividad que cada una de ellas desarrolla
vara de acuerdo con la especie animal. En las aves de corral (pollo para engorda y gallina de
postura), el hgado es el rgano ms activo; en el cerdo, el tejido adiposo muestra mayor actividad y,
en los rumiantes, tanto el hgado, como el tejido adiposo y la glndula mamaria (en lactacin)
muestran la misma actividad.
La sntesis de cidos grasos se lleva a cabo en el citosol de las clulas activas y el producto activo
para la sntesis es el acetil CoA proveniente de la glucosa va gluclisis. A esta ruta tambin se le
conoce como sntesis de novo o sntesis completa. El acetil CoA se sintetiza en el interior de las
mitocondrias pero no puede salir hacia el citosol, por lo que se condensa con el oxalacetato que se
difunde hacia el citosol.
Citrato sintetasa
MITOCONDRIA.
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CITOSOL.
En el citosol, el acetil CoA tiene dos funciones importantes: es el iniciador de la sntesis de novo y, es
la base para la elaboracin de las unidades de malonil CoA. Malonil CoA es el donador de unidades
carbonadas con las cuales crece el cido graso en sntesis. Ambos productos entran en la ruta de la
sintetasa de los cidos grasos. La sntesis de un cido graso se inicia por el extremo del carbono
metileno (CH3) y termina en el extremo del carbono carboxlico (COOH).
Sntesis
O
CH3 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 CH2 - CH2 - C~S-PPant-complejo sintetasa
Del acetil CoA
Del malonil CoA
En la sntesis de cidos grasos, el malonil CoA es sintetizado a partir de la carboxilacin del acetil
CoA. Esta reaccin es mediada por un complejo enzimtico, la acetil CoA carboxilasa, que contiene
biotina. En esta reaccin de carboxilacin, acta como intermediario el CO2 ligado covalentemente a
la biotina unida a la enzima, formando un complejo llamado carboxibiotina. La reaccin de
carboxilacin del acetil CoA a malonil CoA, es lo que regula la velocidad de la sntesis de los cidos
grasos.
Malonil~SCoA + ADP + Pi
Acetil~CoA carboxilasa
La sntesis de cidos grasos tiene lugar en un complejo formado por siete enzimas independientes y
una protena transportadora que sujeta a la cadena aclica en crecimiento; a este complejo se le
denomina cido graso sintetasa. Es posible separar a este complejo enzimatico (de origen animal)
en dos subunidades grandes aparentemente idnticas, las cuales estn firmemente acopladas y
actan coordinadamente. Una subunidad contiene un grupo 4-fosfopantetena (que se conocer
posteriormente como PPant-SH, para fines didcticos), que proporciona un grupo sulfhidrilo al que
se fija la cadena del cido graso en crecimiento. El grupo 4-fosfopantetena es tambin el grupo
funcional de la CoASH. La otra subunidad es el grupo cisteinil sulfhidrilo de la -ceto sintetasa,
conocida tambin como enzima condensadora (que se conocer posteriormente como Cys-SH, para
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fines didcticos). Segn este modelo, la cadena acil grasa (el cido graso en crecimiento) va y viene
entre el grupo PPant-SH y el grupo Cys-SH durante el proceso de sntesis.
Inicialmente, el grupo acetil del acetil CoA es transferido al grupo sulfhidrilo de PPant-SH. Esta
reaccin est catalizada por la acetil CoA-transacilasa:
Acetil~SCoA + PPant-SH
Acetil~S-PPant + CoASH
A continuacin, el grupo acetil, unido originalmente al grupo PPant, es transferido a un grupo cisteinil
sulfhidrilo de la -ceto sintetasa presente en la otra subunidad del complejo enzimtico.
Acetil~S-PPant + Cys-SH
Acetil~S-Cys + PPant-SH
As, se libera el grupo sulfhidrilo de PPant para aceptar al siguiente grupo que llega, un grupo
malonil de la malonil CoA. La transferencia del malonil est catalizada por la malonil CoA
aciltransferasa.
Malonil~SCoA + PPant-SH
Malonil~S-PPant + CoASH
La condensacin de los grupos acetil y malonil est catalizada por la -ceto sintetasa. El proceso
que impulsa dicha reaccin es la descarboxilacin del malonato. El producto de estas reacciones, el
acetoacetil~S-PPant, es reducido a butiril~S-PPant por las restantes enzimas del complejo de la
cido graso sintetasa (la -cetoacil reductasa, la enoil deshidratasa y la crotonil reductasa).
Tras esta serie de acontecimientos, se repite toda la secuencia, de tal manera que se van agregando
pares de carbonos a la cadena arlica en crecimiento. En las reacciones anteriores, se form el cido
butrico (un cido graso de cuatro carbonos C4-); la adicin secuencial de pares de carbonos da
lugar inmediatamente al cido caproico (C6), despus al cido caprlico (C8), despus al cido
cprico (C10), y as sucesivamente hasta llegar a formar al cido palmtico, un cido graso de 16
carbonos.
La sntesis de un cido graso por esta ruta llega a 16 carbonos todos saturados:
CH3-CH2-(CH2)12-CH2-COOH
Biosintesis de triglicridos
Los cidos grasos generados por esta va, no pueden vivir solos dentro del organismo, por lo que
tienen que agruparse o condensarse. Para esto se lleva a cabo la sntesis de triacilglicridos. Para
esta sntesis se necesita de glicerol el cual proviene de la ruta de la gluclisis (a partir del glicerol 3P)
al cual se le van adicionando por esterificacin los cidos grasos.
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Estos tipos de lpidos utilizan como metabolito intermediario comn la molcula de fosfatidato, para
despus divergir por rutas distintas par dar lugar a las variedades moleculares de cada tipo.
La sntesis del fosfatidato empieza con la molcula de glicerol-3-fosfato, el cual se obtiene por
reduccin de uno de los intermediarios de la ruta glucoltica, la dihidroxiacetona-fosfato. El glicerol3-fosfato incorpora molculas activadas de cido graso en forma de acil-CoA, normalmente el cido
graso que se une al carbono 1 es un cido graso saturado, mientras que el que se sita unido al
carbono 2 es insaturado. La molcula resultante es el cido fosfatdico o fosfatidato.
A partir de aqu, para la sntesis de triacilgliceroles se hidroliza el grupo fosfato por accin de una
fosfatasa, obtenindose un diacilglicerol y se incorpora un tercer cido graso en forma de acil-CoA a
travs de un complejo triacilglicerol sintetasa asociado a las membranas del retculo endoplsmico
liso.
CDP-Diacilglicerol + PPi
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La porcin fosfatidilo de la molcula reacciona con alcoholes de naturaleza polar obtenindose los
fosfoacilglicridos como la fosfatidil-serina o el fosfatidil-inositol:
CDP-Diacilglicerol + Serina
CDP-Diacilglicerol + Inositol
Fosfatidil-serina + CMP
Fosfatidil-inositol + CMP
Fosfatidil-etanolamina + CO2
Fosfatidil-colina
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La etapa final es la ciclacin del escualeno, que tiene lugar a travs de un intermediario cuya
formacin requiere la participacin de oxgeno molecular y una ciclasa.
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Capitulo 13
Genes y cromosoma
El tamao de las molculas de DNA plantea un interesante problema biolgico, pues su longitud es
generalmente mucho mayor que las clulas o los virus que la contienen. Los genes, en eucariotas,
son unidades dispersas en la molcula de ADN cuyos productos dirigen todas las actividades
metablicas de las clulas. Estos genes estn organizados en cromosomas, estructuras que sirven
de vehculo para la transmisin de la informacin gentica. Mientras, los cromosomas vricos o
bacterianos, son menos complejos que los eucariotas; habiendo menos informacin que en los
mltiples cromosomas que forman el genoma de los eucariotas. . Cada ser humano tiene
aproximadamente 30.000 genes que determinan el crecimiento, el desarrollo y el funcionamiento de
nuestros sistemas fsicos y bioqumicos. Normalmente, los genes se encuentran distribuidos en 46
cromosomas (23 pares) dentro de nuestras clulas.
Genes:
Apartir de los experimentos de Gregor Mendel fue posible postular la existencia de factores
heredables, responsables de transmitir las caractersticas de una especie de generacin en
generacin. Estos factores heredables fueron posteriormente identificados como genes, secuencias
especficas de nucletidos de ADN ubicadas en los cromosomas de las clulas. La definicin
bioqumica actual de gen es todava ms precisa. Se denomina GEN a una secuencia de DNA que
codifica un producto final, sea una protena o un RNA, que tiene funcin estructural o cataltica. El
DNA contiene tambin otros segmentos o secuencias con funcin puramente reguladora. Las
secuencias reguladoras proporcionan seales que permiten identificar el principio y el final de los
genes, influir en su transcripcin o funcionar como puntos de inicio de la replicacin o de la
recombinacin. El tamao mnimo global de los genes que codifican protenas puede calcularse de
forma directa. Cada aminocido de una cadena polipeptdica esta codificado por una secuencia de
tres nucletidos consecutivos en una de las cadenas del DNA. Estos codones estn dispuestos en
una secuencia que corresponde a la secuencia de aminocidos del polipptido codificado por el gen.
A una cadena polipeptdica de tamao medio de 350 aminocidos le corresponderan 1.050 pares de
bases. Muchos genes de organismos eucariotas y unos pocos de bacterias y arqueas se encuentran
interrumpidos por segmentos de DNA no codificantes y son, por tanto, considerablemente ms
largos que el tamao sugerido mediante este sencillo calculo.
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Las molculas de DNA son mucho ms largos que las clulas o virus que las contienen
Los DNA cromosmicos son a menudo muchos rdenes de magnitud ms largos que las clulas o
virus que los contienen. Ellos son as para todas las clases de organismos y parsitos vricos.
Los virus son partculas subcelulares constituidas por cidos nucleicos en forma de DNA o de RNA
de cadena doble o sencilla, protenas y, en ocasiones, membranas lipdicas. Su genoma compacto
est constituido por un reducido nmero de genes que codifican para protenas estructurales de la
cpside, enzimas de duplicacin, as como enzimas y secuencias de DNA que permiten la insercin
del genoma viral al genoma de la clula husped, entre otros. Los virus son incapaces de
multiplicarse de manera autnoma, pero pueden hacerlo cuando se encuentran en el interior de una
clula. En la mayora de los casos la infeccin viral conduce a la multiplicacin viral a expensas de la
clula infectada.
Los genomas de los virus de DNA tienen tamao muy variable. Muchos DNA vricos son circulares
durante al menos una parte de su ciclo vital. Durante la replicacin vrica en el interior de una clula
husped pueden aparecer tipos especficos de DNA vrico denominado, formas replicativas, muchos
DNA lineales, por ejemplo suelen circularizarse y todos los DNA monocateriano se convierten en
doble cadena.
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En las bacterias la informacin gentica esencial para la vida est contenida en una nica molcula
de cido desoxirribonucleico (ADN) de doble cadena y circular, cerrado por enlace covalente. Dicha
molcula se denomina cromosoma bacteriano. Muchas bacterias poseen adems ADN
extracromosmico, tambin circular y cerrado, denominado ADN plasmdico por estar contenido en
los plsmidos. stos, portan informacin gnica para muchas funciones que no son esenciales para
la clula en condiciones normales de crecimiento. En trminos bioqumicos la composicin y
estructura de los cidos nucleicos bacterianos, es la misma que para cualquier clula.
Las bacterias no poseen histonas asociadas a su genoma y en consecuencia no tienen la posibilidad
de compactar su ADN en estructuras tipo nucleosomas como las clulas eucariotas. Por lo tanto,
deben compactar su ADN de otra manera. Esto se logra porque el ADN circular cerrado es capaz de
adoptar una estructura terciaria denominada superenrollamiento, que implica el enrollamiento del eje
de la doble hlice sobre si mismo. Este superenrollamiento se dice que tiene sentido negativo
porque tiene el sentido contrario al enrollamiento de una hebra de ADN sobre la otra. Esto supone
para la bacteria una fuente de almacenamiento de energa para ser usada en muchos procesos
fisiolgicos que la requieren, por ejemplo la separacin de las dos hebras de ADN necesaria para la
replicacin y la transcripcin.
El cromosoma bacteriano es suficientemente largo como para formar muchos lazos circulares, que
como tales pueden superenrollarse formando una serie de dominios topolgicos independientes.
Esta organizacin en dominios colabora a la compactacin general del genoma bacteriano e impide
que, con la ruptura de una hebra (en cualquier sitio del cromosoma) se pierda el superenrollamiento
total, manteniendo la energa almacenada. Las bacterias poseen enzimas (topoisomerasas) capaces
de alterar la estructura del ADN, modificando su superenrrollamiento. Estas topoisomerasas actan
agregando o eliminando vueltas superhelicoidales y cumplen un rol importante en los procesos de
replicacin y transcripcin del ADN. Adems, es interesante mencionar que algunas de las
topoisomerasas como la ADNgirasa, son blanco de accin de los antibiticos del grupo de las
quinolonas, como el cido nalidxico.
En las eucariotas una clula de levadura (un hongo) tiene cuatro veces ms ADN que una clula de
Escherichia coli (una bacteria intestinal). Las clulas de Drosophila, la mosca de la fruta, sujeto
clsico de los estudios genticos, tiene 25 veces ms ADN que la clula de E. coli. Cada una de las
clulas humanas y de otros mamferos contiene alrededor de 600 veces ms ADN que una clula
de E. coli, y las clulas de plantas y de animales anfibios todava ms. Cabe mencionar que las
molculas de ADN nuclear de todas las clulas eucariticas son lineales, no circulares. La longitud
de todo el ADN de una nica clula humana es de 2 m, en comparacin con los 1,7 mm del ADN de
E. coli. La longitud del DNA de un genoma humano extendido (22 cromosomas mas un cromosoma
X y un cromosoma Y en los varones o dos cromosomas X en las mujeres) mide alrededor de un
metro. La mayora de las clulas humana son diploides y por lo tanto contienen un total de 2 m de
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DNA. Las clulas eucariotas contienen orgnulos, mitocondrias y cloroplastos que tambin contienen
DNA. Las molculas de DNA mitocondrial son mucho ms pequeas que los cromosomas nucleares.
El genoma mitocondrial contiene un total de 37 genes de los cuales 13 genes que codifican para
ARNs mensajeros, y por lo tanto para 13 protenas, 22 genes que codifican para 22 tARNs (ARNs de
transferencia, que se representan simblicamente como hojas de trebol) y 2 genes que codifican
para dos rRNAs mitocondriales (RNAs ribosmicos). En la prctica, cuando se secuencia el ADN
miocrondrial se unna persona en particular, se observan un cierto nmero de variaciones que son
simplemente polimorfismos no tienen ninguna consecuencia clnica. De hecho, una regin del ADNmitocondrial llamada regin de control, es tan polimrfica que se utiliza en medicina forense para
identificar al sujeto.
Los genes eucariotas estn contenidos en un complejo de ADN y protenas llamado cromatina. La
unidad bsica de la cromatina es el nucleosoma, que est compuesto por un corazn proteico de
ocho molculas de la protena histona (dos molculas de cada una de las histonas H2A-H2B e
histonas H3-H4) alrededor del cual se enrollan dos vueltas de ADN de aproximadamente 140 pares
de bases. Estas estructuras se disponen una a continuacin de la otra, separadas por unos 40 pares
de bases, asemejndose a un rosario de cuentas. Los nucleosomas se compactan formando
solenoides que son estabilizados por la histona H1. La compactacin de la cromatina inhibe la
transcripcin porque impide el acceso de la maquinaria de transcripcin (ARN polimerasa y otras
protenas) a los genes. Existen dos tipos de cromatina: la eucromatina (ms laxa) y la
heterocromatina (ms condensada). La transcripcin ocurre slo durante la interfase y donde la
eucromatina est laxa. Algunas regiones heterocromticas son constantes en todas las clulas y
nunca se expresan. Este tipo de heterocromatina, que se denomina heterocromatina constitutiva, no
codifica protenas. Otras regiones de cromatina condensada, por el contrario, varan de un tipo de
clula a otro en un mismo organismo, y regulan la biosntesis diferencial de protenas. Adems del
control de la transcripcin como consecuencia del grado de compactacin de la cromatina, existe
otro nivel de control del inicio de la transcripcin.
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Cromosomas
La palabra cromosoma procede del griego y significa "cuerpo que se tie". La palabra cromatina
significa "sustancia que se tie". En el caso de los organismos eucariontes el cromosoma nace
fundamentalmente de la interaccin entre el ADN, las histonas y las protenas no histnicas. Los
cromosomas eucariticos son molculas muy largas de ADN doble hlice en interaccin con
protenas (histonas y no histonas) que se pueden encontrar desde estados relajados o poco
compactados como en los ncleos de las clulas en interfase hasta en estados altamente
compactados como sucede en la metafase mittica. El ser humano tiene 23 pares de cromosomas.
En estos organismos, las clulas reproductoras tienen por lo general slo la mitad de los
cromosomas presentes en las corporales o somticas. Durante la fecundacin, el espermatozoide y
el vulo se unen y reconstruyen en el nuevo organismo la disposicin por pares de los cromosomas;
la mitad de estos cromosomas procede de un parental, y la otra mitad del otro.
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Los cromosomas son orgnulos constantes en nmero, forma y caractersticas. Pero los
cromosomas de una clula pueden ser diferentes unos de otros. Esta diferencia est, sobre todo, en
la posicin del centrmero, que es variable, lo que permite clasificar a los cromosomas metafsicos
en metacntricos, submetacntricos, acrocntricos y telocntricos, segn tengan el centrmero
en medio, desplazado hacia uno de los brazos, casi en el extremo o en el extremo, respectivamente.
Capitulo 14
Metabolismo del DNA
Como depositario de la informacin gentica, el DNA ocupa un lugar central y nico entre las
macromolculas biolgicas. Las secuencias de nucletidos del DNA codifican la estructura primaria
de todos los RNA y protenas celulares y a travs de los enzimas, puede influir indirectamente en la
sntesis del resto de constituyentes celulares. Este paso de informacin del DNA al RNA y a las
protenas determina el tamao, la forma y la funcin de todos los seres vivos.
El DNA es un ingenio maravilloso para el almacenamiento estable de la informacin gentica. El
metabolismo del DNA comprende el proceso mediante el cual se hacen copias fieles de las
molculas del DNA (replicacin) junto a los procesos que afectan a la estructura inherente de la
informacin (reparacin y recombinacin).
Replicacin del DNA
Las propiedades fundamentales de la replicacin del DNA y de los mecanismos utilizados por los
enzimas que la catalizan han resultado ser bsicamente idnticos en todos los organismos.
La replicacin del DNA es semiconservadora Cuando Watson y Crick (1953) propusieron el
modelo de la Doble Hlice indicaron que dicho modelo sugera una forma sencilla de replicacin. El
modelo de replicacin propuesto por Watson y Crick supona que el ADN doble hlice separa sus
dos hebras y cada una sirve de molde para sintetizar una nueva hebra siguiendo las reglas de
complementariadad de las bases nitrogenadas. Dicho modelo recibin el nombre de
Semiconservativo, ya que las dos dobles hlices recin sintetizadas poseen una hebra vieja (una
mitad vieja) y otra hebra nueva (mitad nueva).
Esta hiptesis fue confirmada en 1957 Meselson y Stahl que disearon un experimento para tratar
de averiguar la forma en la que se realiza la replicacin del ADN en E. coli, es decir, la pregunta que
se plantearon fue: Qu modelo de replicacin del ADN sigue E. coli, semiconservativo, conservativo
o dispersivo?. Para contestar a esta pregunta, disearon un experimento en el que marcaban el ADN
de la bacteria E. coli con Nitrgeno pesado N15, para ello hicieron crecer las bacterias durante 14
generaciones sucesivas en un medio que contena como nica fuente de Nitrgeno N 15. Durante
estas 14 generaciones el ADN de las bacterias las bacterias se haba sintetizado con bases
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nitrogenadas con Nitrgeno pesado (N 15). Posteriormente, comprobaron que podan distinguir el ADN
del las bacterias que crecan en un medio normal (con N 14) del ADN de las bacterias que haban
crecido durante 14 generaciones en N 15. Para ello extrajeron el ADN de ambos tipos de bacterias y lo
centrifugaron en un gradiente de densidad de CsCl. El resultado fue que la densidad del ADN de las
bacterias que haban crecido en presencia de N 15 era mayor que el ADN de las bacterias que haban
crecido con N14. Una vez comprobado que eran capaces de distinguir el ADN de ambos tipos de
bacterias, continuaron el experimento de la siguiente forma: Las bacterias que haban estado
creciendo en Nitrgeno pesado (N15) las pasaron a un medio de cultivo que contena N 14 (Nitrgeno
normal) y a distintos tiempos, media generacin, una generacin, dos generaciones, tres
generaciones de replicacin, tomaban una muestra del cultivo bacteriano, extraan el ADN y
centrifugaban en gradiente de densidad de CsCl.
Cuando extraan el ADN de la bacterias que llevaban una generacin creciendo en N14 y
centrifugaban en CsCl, obtenan una sola banda de densidad intermedia (N 14-15)entre la del ADN N14
y el ADN N15. Si extraan el ADN de las bacterias que llevaban dos generaciones creciendo en N 14 y
centrifugaban en gradiente de CsCl obtenan dos bandas, una correspondiente al ADN N 14 y otra de
densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. La absorbancia a 260 nm es
directamente proporcional a la cantidad de ADN que contiene una banda, de manera que al medir la
absorbancia de las dos bandas obtenidas en la segunda generacin, obtenan que ambas contenan
igual cantidad de ADN (1:1). Al extraer y centrifugar en CsCl el ADN de las bacterias que llevaban
tres generaciones creciendo en N14, obtenan dos bandas, una correspondiente al ADN N 14 y otra de
densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N 14 y el ADN N15. La cantidad de ADN que contena la
banda correspondiente al ADN N 14 era tres veces mayor que la encontrada en la banda de densidad
intermedia (N14-15), proporcin (3:1). Los resultados obtenidos por Meselson y Stahl (1958) se
ajustaban a un modelo de replicacin semiconservativo. Para asegurarse, aislaron la banda de ADN
de densidad intermedia (N 14-15) obtenida a partir de las bacterias que llevaban una generacin en N 14,
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desnaturalizaron el ADN de la banda mediante calor para separar sus dos hlices y, mantenindolas
desnaturalizadas, centrifugaron en CsCl. Si la replicacin de E. coli se ajustaba al modelo
semiconservativo, una de las hlices debera estar construida con N 15 (la vieja) y la otra hlice con
N14 (la nueva) y, al centrifugar en gradiente de densidad esperaramos obtener dos bandas una ms
densa correspondiente a la hlice construida con N 15 y otra menos densa sintetizada con N14. El
resultado obtenido por Meselson y Stahl (1958) fue precisamente el esperado para una replicacin
semiconservativa. Las primeras indicaciones de que la replicacin era un proceso altamente
coordinado, en el que las cadenas parentales se desarrollaban y replicaban simultneamente fueron
obetenidos por John Cairns (Australiano) que trabaj con bacterias (E. Coli) y las cultiv en un
medio con timidina titriada (H-3), luego rompi las celulas, extrajo el ADN y le hizo una
autoradiografa. La autoradiografa mostr que el ADN muestra una burbuja de replicacin, que
crece hasta replicar totalmente el cromosoma bacteriano circular. La replicacin partiria en un sitio
de inicio y se expandira en ambas direcciones a una velocidad de 45.000 nucleotidos en cada
minuto a 37C.
Los primeros avances de la investigacin en bacterias fueron impulsados por tcnicas genticas y
bioqumicas como las siguientes:
Disponibilidad de mutantes que no puede sintetizar una u otra protena requerida para el proceso
de replicacin. El aislamiento de mutantes incapaces de replicar su cromosoma puede parecer
paradjico: cmo pueden las clulas con un defecto en este proceso vital cultivarse? La paradoja
se ha resuelto al obtener mutantes sensibles a la temperatura (TS), en los que la deficiencia slo
es evidente a una temperatura elevada, denominada temperatura no permisiva (o restrictiva).
Cuando estas bacterias crecen a baja temperatura (permisiva), la protena mutante puede funcionar
de manera adecuada para realizar su actividad requerida y las clulas pueden continuar su
crecimiento y divisin. Se han aislado mutantes sensibles a la temperatura que afectan virtualmente
todos los tipos de actividad fisiolgica y estas mutantes han sido de particular importancia en el
estudio de la sntesis de DNA, tal y como opera durante la replicacin, la reparacin del DNA y la
recombinacin gentica.
Desarrollo de sistemas in vitro en los cuales la replicacin se puede estudiar mediante
componentes celulares purificados. En algunos estudios, las molculas de DNA al replicarse se
incuban con extractos celulares de los cuales se eliminan las protenas especficas con sospecha de
ser esenciales para la funcin. En otros estudios, el DNA se incuba con una gran variedad de
protenas purificadas cuya actividad est bajo prueba. En conjunto, estas tcnicas han revelado la
actividad de al menos 30 protenas diferentes requeridas para la replicacin del cromosoma en E.
coli.
Horquillas de replicacin y replicacin bidireccional
La replicacin comienza en un sitio especfico en el cromosoma bacteriano conocido como el
origen. El origen de replicacin en el cromosoma de E. coli es una secuencia especfica llamada
oriC en la que diferentes protenas se unen para iniciar el proceso de replicacin. Tras comenzar, la
replicacin se aleja del origen en ambas direcciones, es decir, en forma bidireccional. Los puntos en
la donde el par de segmentos replicados se unen con los segmentos no replicados se denominan
horquillas de replicacin (replication forks). Cada horquilla de replicacin corresponde al sitio
donde: 1) la doble hlice parental se separa y 2) los nucletidos se incorporan en las cadenas
complementarias resintetizadas. Las dos horquillas de replicacin se mueven en direcciones
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opuestas hasta que llegan a un punto a travs del crculo desde el origen, donde la replicacin
concluye. Las dos cadenas dplex, replicadas, nuevamente, se separan una de la otra y al final se
dividen en dos clulas diferentes.
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la rotura de la doble cadena hacia el otro lado y entonces se ligan los cortes de nueva cuenta, un
proceso que se lleva a cabo por liberacin de energa durante la hidrlisis de ATP (trifosfato de
adenosina). Las clulas eucariotas poseen enzimas similares que realizan esta funcin.
Propiedades de las dna polimerasas Se analizan primero el mecanismo de la replicacin del DNA
y algunas de las propiedades de las DNA polimerasas, las enzimas que sintetizan nuevas cadenas
de DNA. Arthur Kornberg de la Washington University comenz en la dcada de 1950 los estudios
de estas enzimas. En sus experimentos iniciales, Kornberg et al. Purificaron una enzima de extractos
bacterianos a la que incorporaron precursores de DNA marcados con radiactividad en un polmero
cido insoluble de DNA. La enzima se denomin DNA polimerasa (y ms tarde, despus del
descubrimiento de las enzimas que polimerizan DNA, DNA polimerasa I). Para que tuviera lugar la
reaccin, la enzima requera la presencia de DNA y los cuatro trifosfatos de desoxirribonuclesido
(dTTP, dATP, dCTP y dGTP). El DNA recin sintetizado y marcado con radiactividad tena la misma
composicin de bases que el DNA original no marcado, lo cual sugera que las cadenas de DNA
original haban servido como plantillas para la reaccin de polimerizacin. A medida que se
descubrieron propiedades adicionales de las DNA polimerasas se volvi evidente que la replicacin
era ms compleja de lo que se pensaba. Cuando se probaron distintos tipos de plantillas de DNA, se
encontr que esta plantilla de DNA tena que poseer ciertas caractersticas estructurales para
promover la incorporacin de precursores marcados. Por ejemplo, en una doble cadena intacta de
DNA no se estimulaba la incorporacin. No sorprendi considerar que la doble hlice debe separarse
para que suceda la replicacin. Era menos obvio por qu una cadena sencilla de una molcula
circular tambin era incapaz de estimular la actividad de polimerizacin; se esperara que esta
estructura fuera la plantilla ideal para dirigir la sntesis de una cadena complementaria. En cambio,
cuando se prob con una molcula de DNA de doble cadena parcial, la mezcla de reaccin gener
una incorporacin inmediata de nucletidos.
Pronto se descubri que el DNA monocatenario circular no serva como plantilla para la DNA
polimerasa porque la enzima no puede iniciar la formacin de una cadena de DNA. Ms bien, sta
slo puede agregar nucletidos en el extremo hidroxilo 3' terminal de una cadena preexistente. La
cadena que provee el OH 3' terminal se denomina iniciador. Todas las DNA polimerasas (de
procariotas y eucariotas) tienen estos dos requerimientos bsicos: una cadena de DNA plantilla para
copiar y una cadena iniciadora en la cual pueden agregarse los nucletidos. Tales requerimientos
explican por qu ciertas estructuras de DNA no pudieron promover la sntesis de DNA.
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Una doble hlice lineal intacta provee el extremo hidroxilo 3' terminal pero no tiene la plantilla. Por
otra parte, una cadena sencilla circular provee un DNA plantilla pero carece del iniciador.
La molcula de doble cadena parcial satisface ambos requerimientos y promueve la incorporacin
de nucletidos. El hallazgo de que la DNA polimerasa no puede iniciar la sntesis de una cadena de
DNA gener una pregunta crucial: de qu manera la sntesis de una nueva cadena se inicia en la
clula?
La DNA polimerasa que purific Kornberg fue difcil entender en trminos de su presumible funcin
como enzima replicante: sta slo sintetizaba DNA en la direccin 5' a 3' (escrito como 5' 3'). El
diagrama que presentaron Watson y Crick mostraba sucesos como ellos esperaban que ocurrieran
en la horquilla de replicacin. El diagrama sugera que una de las cadenas nuevamente sintetizadas
se polimerizaba en la direccin 5' 3', mientras que la otra cadena lo haca en la direccin 3' 5'.
Acaso haba otras enzimas encargadas de la construccin de la cadena en la direccin 3' 5'?,
la enzima trabajaba en condiciones diferentes en la clula que bajo condiciones in vitro?
Ms adelante se analiza esta pregunta. Durante el decenio de 1960 hubo indicios de que la enzima
de Kornberg no era la nica DNA polimerasa en una clula bacteriana. Entonces, en 1969, se aisl
una cepa mutante de E. coli y se observ que tena menos de 1% de la actividad normal de la
enzima, pero era capaz de multiplicarse a una tasa normal.
Estudios posteriores revelaron que la enzima de Kornberg, o DNA polimerasa I, era slo una de las
distintas DNA polimerasas presentes en las clulas bacterianas. La principal enzima responsable de
la replicacin del DNA (p. ej., la polimerasa que se replica), es la DNA polimerasa III. Una clula
bacteriana tpica contiene 300 a 400 molculas de DNA polimerasa I, pero slo unas 10 copias de la
DNA polimerasa III. Las cantidades mucho mayores de la DNA polimerasa I en la clula han
minimizado la presencia de la DNA polimerasa III. Sin embargo, el descubrimiento de las otras DNA
polimerasas no resolva las dos preguntas bsicas mencionadas antes; ninguna de estas enzimas
puede iniciar las cadenas de DNA ni construir cadenas en la direccin 3' 5'.
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se eliminan despus y los espacios resultantes en la cadena se llenan y entonces se ligan por medio
de una DNA ligasa. La formacin de iniciadores transitorios de RNA durante el proceso de
replicacin del DNA es una actividad compleja. Quiz sea mayor la probabilidad de cometer errores
durante el inicio que durante el alargamiento; por lo tanto, el empleo de un segmento de RNA corto
que puede degradarse elimina la inclusin de bases errneas.
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retrasada muy cerca del lugar donde se desenrolla el DNA. Una vez en su nuevo sitio, la polimerasa
se une al extremo 3' OH del iniciador de RNA que se ha colocado por delante de una primasa y
comienza a incorporar desoxiribonucletidos en el extremo del RNA corto.
De qu forma una polimerasa III se mueve de un sitio de la cadena retrasada a otro sitio cercano a
la horquilla de replicacin? Se cree que la enzima logra esto al aprovechar el viaje con el
mecanismo de duplicacin de la plantilla de la cadena adelantada que se desplaza en esa direccin.
Aunque las dos polimerasas se mueven en direcciones opuestas a lo largo de sus respectivas
cadenas, pueden actuar como si fueran parte del mismo complejo de protenas. Las dos polimerasas
pueden replicar ambas cadenas al formar un asa en el DNA de la cadena retrasada sobre s misma,
lo que causa que esta plantilla tenga la misma orientacin que la cadena adelantada. Las dos
polimerasas pueden moverse juntas como parte de un solo complejo de replicacin, sin violar la
regla 5' 3' para la sntesis de una cadena de DNA. Una vez que las polimerasas ensamblan la
cadena retrasada alcanzan el extremo 5' del fragmento de Okazaki sintetizado durante la vuelta
previa, la plantilla de la cadena retrasada se libera al parecer y la polimerasa comienza a trabajar en
el extremo 3' del prximo iniciador de RNA hacia la horquilla de replicacin.
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temprana de la vida. Si el uracilo se hubiera retenido como una base de DNA habra causado
dificultades en los sistemas de reparacin para distinguir entre un uracilo relacionado con un sitio
particular y uno que se gener a partir de una alteracin de la citosina.
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Capitulo 15
Metabolismo de RNA
La expresin de la informacin gentica requiere generalmente la sntesis de una molcula de RNA,
transcrita a partir de un molde de DNA. A primera vista, las cadenas de RNA y DNA pueden parecer
similares, con el grupo hidroxilo en posicin 2 y la sustitucin de la timina por uracilo como nicas
diferencias. Sin embargo, al contrario del DNA, la mayora del RNA desempean sus funciones en
forma de cadena sencilla. Estas cadenas se pliegan sobre s mismos y poseen el potencial para una
diversidad estructural mucho ms amplia que la observada en el DNA, gracias a la cual el RNA es
capaz de asumir una amplia variedad de funciones celulares. El ARN se fabrica slo a partir de una
de las cadenas de la hlice de ADN de doble cadena. La transcripcin est catalizada por una
enzima, la polimerasa de ARN, y sigue reglas similares a las de la replicacin. El ARN presenta
similitudes con el ADN, aunque en el ARN el azcar presente es la ribosa y el uracilo reemplaza a la
timina. La extraccin del ARN de una clula produce varios tipos moleculares bsicos: ARN
ribosmico, transferente y mensajero, ms una cantidad limitada de otras molculas de ARN
pequeas. Las molculas de ARN ribosmico (ARNr), de tres tamaos distintos, se unen a un
conjunto de protenas especficas en los ribosomas, las mquinas encargadas de la sntesis de las
protenas. La sntesis de un polipptido a partir de una molcula de ARN mensajero, mediada por los
ribosomas, se denomina traduccin. El ARN transferente (ARNt) comprende un grupo de molculas
de ARN, ms bien pequeas, cada una con especificidad de unin a un aminocido concreto; se
encargan de acarrear los aminocidos a los ribosomas, donde se incorporan al polipptido en
formacin. Las molculas de ARN mensajero (ARNm), fabricadas sobre el ADN molde, contienen la
informacin que ser traducida a protenas. La secuencia de bases del ARNm determina la
secuencia de aminocidos.
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La sntesis de RNA
Los primeros investigadores tenan buenas razones para pensar que la informacin no fluye
directamente del ADN a las protenas. El ADN se aloja en el ncleo (de una clula eucaritica),
cuando es sabido que las protenas se fabrican en el citoplasma. Se necesita el cido ribonuclico
(ARN), como intermediario. Los primeros experimentos sugeran la presencia de un intermediario
del ADN; al administrar precursores radiactivos marcados del ARN a las clulas, aparece ARN
radiactivo en el ncleo antes que en ningn otro sitio, indicando que es ah donde se sintetiza el
ARN. En un experimento de pulso y caza se da un breve pulso de precursores radiactivos, los
cuales se incorporan a molculas de ARN. Luego, se transfieren las clulas a un medio con
precursores de ARN no radiactivos. Esta fase de caza sirve para cortar la incorporacin de
radiactividad al ARN, pues conforme ste se va degradando, la clula cuenta ahora slo con
precursores no marcados para sintetizar nuevas molculas de ARN. El procedimiento del pulso y
caza permite seguir la pista a una poblacin de molculas de ARN, sintetizadas todas a la vez, a lo
largo del tiempo. En muestras tomadas despus de la caza, el ARN radiactivo se encuentra en el
citoplasma. Es decir lo que se sigue es la pista de los precursores marcados que ofrecen la imagen
de la estructura por la radiactividad de la molcula, y en definitiva el punto nos indica el lugar de
inters y la caza nos ofrece la ubicacin final del producto sintetizado. El ARN se sintetiza en el
ncleo y luego se traslada al citoplasma. Buen candidato, pues, para actuar como intermediario en el
flujo de informacin del ADN a la protena. En 1957, Volkin y Astrachan hicieron una observacin de
inters. Comprobaron que uno de los cambios moleculares ms dramticos que ocurre al infectar E.
coli con el fago T2 es una rpida explosin de sntesis de ARN. Adems, este ARN inducido por el
fago tiene una tasa de recambio muy rpida. Las bacterias infectadas se someten primero a un pulso
de uracilo radioactivo. El ARN recuperado poco despus del pulso est marcado, pero el que se
recupera algo ms tarde, despus de la caza, no lo est, indicando que la vida media del ARN es
muy corta. Finalmente, cuando se compara la composicin de nucletidos del ADN de E. coli y de T2
con la composicin de nucletidos del ARN inducido por el fago, esta ltima resulta ser muy parecida
a la del ADN del fago. La conclusin provisional de los dos experimentos que acabamos de describir
es que el ARN se fabrica a partir de ADN y se utiliza luego, de alguna manera, para sintetizar
protenas. El proceso de sntesis de ARN o TRANSCRIPCIN, consiste en hacer una copia
complementaria de un trozo de ADN. El ARN se diferencia estructuralmente del ADN en el azcar,
que es la ribosa y en una base, el uracilo, que reemplaza a la timina. Adems el ARN es una cadena
sencilla. Las molculas de ARN son sintetizadas usando como molde a segmentos especficos de
ADN, en la reaccin de polimerizacin que es catalizada por la enzima conocida como ARN
polimerasa.
Debemos tener en cuenta antes de sumergirnos en el proceso de transcripcin:
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abrir localmente las cadenas de ADN para poder leer la cadena molde. Es de esperarse entonces
que, el sitio de contacto con la Holoenzima tuviese regiones comunes a todos los Promotores.
Se ha comprobado que estos sitios mencionados contienen secuencias de bases comunes, a las
que se las ha denominado Secuencias de Consenso. Por mera convencin entre los cientficos, se
considera que el sentido de la transcripcin de un gen determinado es hacia la derecha. Al punto en
el cual se inicia este proceso se lo denomina punto 0. Con nmeros negativos se sealan las bases
ubicadas a la izquierda del punto 0. Con el mismo criterio, se sealan con nmeros positivos a las
bases ubicadas a la derecha del punto 0. La secuencia de consenso ms importante y mejor
estudiada, comprende seis bases y su centro est ubicado a diez bases a la izquierda del punto de
inicio (-10). La secuencia de consenso es TATAAT y se la denomina TATA box o Caja Pribnox. Esta
caja es responsable de orientar a la ARN polimerasa en la direccin de sntesis de ARN y es la
regin en la cual la doble hlice se abre para formar el Complejo Promotor Abierto. El hecho de que
la TATA box contenga las bases A-T no es mera casualidad, ya que estas se unen con sus
complementarias por medio de dos enlaces del tipo Puente de Hidrgeno, lo cual implica un menor
gasto de energa para la apertura del ADN.
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i) Todas contienen secuencias Palindrmicas justo antes del punto de terminacin. El palndromo
est caracterizado por poseer repeticiones inversas conteniendo un segmento central no repetido
(ej. ATCATCGACTA).
ii) La secuencia palindrmica contina con una secuencia de pares A-T, las cuales producen en el
ARN mensajero una secuencia de 6 a 8 Uracilos en el extremo transcripto.
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c) Las molculas de ARNm, luego de ser sintetizas, son modificadas. Los transcriptos primarios
eucariotas sufren un proceso por el cual determinadas secuencias (Intrones) son eliminadas.
d) Los ARNm eucariotas son Monocistrnicos.
A diferencia de los procariontes, los organismos eucariontes poseen ncleo, por lo que los procesos
biolgicos que tienen lugar en la clula van a estar compartimentados. Por ejemplo, la replicacin y
reparacin del DNA tendrn lugar en el ncleo, lugar donde este cido nucleico est protegido. La
transcripcin, por tanto, tambin tendr lugar en el ncleo celular. Sin embargo, la sntesis de
protenas tiene lugar en el citoplasma. Por otra parte, las clulas eucariotas sufren el proceso de
diferenciacin mediante el cual cada tejido u rgano estar formado por clulas especializadas. Por
todo lo anterior, es de esperar que haya grandes diferencias entre la sntesis de los RNA procariotas
y los eucariotas, como sucede en realidad. A diferencia de los organismos procariotas que sintetizan
los tres tipos de molcula de RNA mediante una sola enzima, la RNA polimerasa DNA dependiente,
los eucariontes necesitan tres polimerasas, tambin DNA dependientes para transcribir los tres tipos
de genes de clase I, II y III. Las polimerasas eucariotas se conocen como RNA polimerasa I, II y III y
recibieron estos nombres debido a su orden de elucin. Las tres se pueden diferenciar entre s por
su reaccin ante la -amanitina. La -amanitina es un inhibidor de la transcripcin muy til para
diferenciar entre las tres polimerasas; es un octapptido bicclico.
El ncleo de eucariontes contiene tres tipos de ARN polimerasas:
- ARN polimerasa I (localizada en el nuclolo) transcribe los genes de ARN ribosomal. El transcrito
primario producido corresponde a un pre-rARN que posteriormente sufre algunas modificaciones
para transformarse en una rARN maduro.
-ARN polimerasa II (se encuentra en el nucleoplasma) transcribe los genes que codifican para
protena y el transcrito primario corresponde a un ARN nuclear heterogneo (hnARN), que son los
precursores del ARN mensajeros citoplasmtico.
-ARN polimerasa III (nucleoplasmtica) transcribe el rARN 5S (ARN ribosomico) y los tARNs (ARN
de transferencia).
Una caracterstica de las tres enzimas es que su producto, en cada caso, necesita ser procesado o
modificado para que sea funcional, por lo que la RNAPI sintetizar pre-RNA ribosomales, la RNAPII
producir los hnRNA (heterogenous nuclear RNA) que despus de varios procesos de
modificacin postranscripcional darn los RNA mensajeros que servirn de molde en la sntesis de
protenas. Esta enzima es tambin la encargada de sintetizar los snRNA (small nuclear RNA) U1,
U2, U4 y U5. Estos RNA, unidos a protenas, formarn las ribonucleoprotenas (RNP) que tomarn
parte activa en el proceso de modificacin postranscripcional conocido como splicing. La RNAPIII
sintetizar las especies presentadas en la tabla en forma de precursor hasta sufrir las modificaciones
pertinentes que las convertirn en molculas funcionales.
Todas las RNA polimerasas eucariotas son protenas grandes en forma de agregados de 500 kDa
ms. Generalmente tienen de 8 a 14 subunidades. La enzima pura puede llevar a cabo la
transcripcin del RNA en dependencia del molde, pero no puede iniciar de forma selectiva en los
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promotores. Ninguna de las enzimas eucariotas se ha podido reconstruir a partir de sus subunidades
puras, lo cual por supuesto hace pensar si todas las subunidades son esenciales.
El nico caso en el cual todas las subunidades se han definido a nivel de la caracterizacin de sus
genes es en el caso de S. cerevisiae, en la cual se necesitan de 10 a 11 subunidades para llevar a
cabo la transcripcin. Las tres subunidades mayores de la enzima RNA polimerasa II de S.
cerevisiae tienen homologa con las subunidades de la RNA polimerasa bacteriana. Las dos
mayores probablemente contengan el sitio cataltico. Tres de las subunidades restantes son
comunes a todas las RNA polimerasas, o sea, son tambin componentes de las RNA polimerasas I y
III. Las actividades de la RNA polimerasa de la mitocondria y los cloroplastos son menores y se
asemejan a la RNA polimerasa bacteriana en lugar de a cualquiera de las enzimas nucleares.
Una caracterstica diferencial de las polimerasas eucariotas es que no se fijan directamente al DNA
para transcribirlo sino que lo hacen mediante factores proteicos adicionales. Las protenas
necesarias para la iniciacin de la transcripcin pero que no forman parte como tal de la RNA
polimerasa, se definen como factores de transcripcin. Muchos factores de transcripcin actan
reconociendo sitios activos en cis que se clasifican como parte de los promotores o como
enhancers. Sin embargo, la unin al DNA no es el nico medio de accin de un factor de
transcripcin. Un factor puede reconocer otro factor, o puede reconocer la RNA polimerasa, o puede
estar incorporado en un complejo de iniciacin solamente en presencia de diversas otras protenas.
La ltima prueba para ser miembro del aparato de transcripcin es funcional: la protena tendr que
ser absolutamente necesaria para que ocurra la transcripcin en un promotor o grupo de promotores
especficos. Por lo tanto, in vivo, la polimerasa eucariota reconoce un complejo formado por DNA y
protenas y son las interacciones protena-protena las que priman en las reacciones donde ellas
intervienen. Aunque hay sus excepciones, en general, mltiples polimerasas transcriben
simultneamente el mismo gen y su velocidad de sntesis es de aproximadamente un RNA cada 10
segundos.
La reaccin catalizada por todas las polimerasas en eucariontes es bioqumicamente la misma que
la reaccin de las enzimas de E. coli (procariontes).
Todas las polimerasas eucarionticas son grandes molculas con masas que exceden los 500 kDa.
Ellas contienen dos sub-unidades con masas superiores a 100 kDa, cada una de las cuales es una
polimerasa especfica y adems poseen 12 sub-unidades menores, algunas de las cuales son
comunes a los tres tipos de polimerasas. La precisa funcin de cada sub-unidad es an
desconocida.
Regin promotora para la actividad de ARN polimerasa I
Para el caso particular de la ARN polimerasa I que sintetiza el ARN ribosomal. En el gen (ADN) para
el rARN presenta una regin promotora de 150 pares de bases, ubicada en la posicin -142 y +6.
Sin embargo, existen copias imperfectas del largo total del promotor en posiciones -1200 y -2300
pares desde el sitio de inicio de la transcripcin y entre estas regiones hay mltiples copias de 60
81 pares de bases de la regin promotora. Las copias 60/81 estimulan la transcripcin del verdadero
promotor y puede estar involucrado en la unin de un factor presente en cantidades limitadas. Las
copias totales de los promotores pero imperfectos son capaces de iniciar la sntesis de ARN, pero
este efecto termina antes de alcanzar la verdadera regin promotora.
Punto de inicio
repeticiones
Promotor
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gen
28S rARN
Promotor
espaciador
-4000
de 60/81 bp
del gen
-2000
Gen
18S rARN
+1
Regin promotora del gen de rARN, con una regin promotora verdadera (
imperfectas de ella ( ).
) y con copias
Estas secuencias tienen la funcin de unir los factores de transcripcin especficos en vez de dirigir
los puntos de contacto con la ARN polimerasa II, como ocurre en procariontes. Varios promotores
que estn relativamente cercanos al punto de inicio de la transcripcin, son necesarios pero
normalmente insuficientes para que se realice una eficiente expresin de los genes por la enzima
ARN polimerasa II. Adems existen otros tipos de secuencias en el ADN molde llamadas
ENHANCER que no tienen actividad promotora por si mismas, pero que pueden estimular la
transcripcin y pueden actuar sobre considerables distancias de varios kilobases del sitio de inicio de
la transcripcin. Una caracterstica de los enhancer es que realizan su accin independiente de la
orientacin que ellos tengan.
-8,000
Enhancer
+1
Promotor
Sitio de inicio
Esquema de la posicin del Enhancer con respecto al promotor.
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a) Ambos extremos estn modificados, el 5 presenta una estructura denominada CAP (caperuza) y
el 3 contiene una secuencia de cido Poliadenlico denominada Cola Poly A.
b) La molcula que sirve de molde para la sntesis de protena (ARNm maduro) es ms corta que el
ARN mensajero recin sintetizado (Pre ARN mensajero). Esto se debe a que los ltimos sufren un
proceso de eliminacin de secuencias no codificantes. Dicho proceso se denomina Splicing.
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Splicing Alternativo
Hay situaciones en las cuales la regin promotora y el sitio de terminacin de la transcripcin son
nicos y por lo tanto, siempre se sintetiza el mismo Pre ARNm en todos los tipos celulares. Sin
embargo, el Splicing vara en distintos tipos de clulas, el Splicing es Alternativo y esto originar
ARNm de diferente ndole. Es decir, ante una misma secuencia de ADN segn el Splicing que se
realice en los distintos tipos celulares, se pueden obtener distintos ARN mensajeros. En definitiva, se
obtendrn distintas Protenas a partir de una misma secuencia de ADN molde.
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Capitulo 16
Metabolismo de protenas
Las protenas son los productos finales de la mayora de las rutas de la informacin. Cualquier celula
necesita en cada instante miles de protenas diferentes. Estas protenas tienen que ser sintetizadas
en respuestas a las necesidades celulares del momento, transportadas (dirigidas) hasta la
localizacin celular adecuada y degradadas cuando ya no son necesarias.
Comprender la sntesis proteica, el mas complejo de los mecanismos biosinteticos, han sido uno de
los mayores retos de la historia de la bioqumica. En las clulas eucariotas, la sntesis proteica
requiere la participacin de 70 proteinas ribosmicas diferentes, 20 o mas enzimas para activar los
aminocidos precursores, una docena o mas de enzimas auxiliares y otros factores proteicos para el
inicio, la elongacin y la terminacin de los polipeptidos; quiz unos 100 enzimas adicionales para la
modificacin final de las diferentes protenas y 40 o mas clases de RNA ribosmico y de
transferencia. En total casi 300 macromoleculas diferentes tienen que cooperar para sintetizar los
polipeptidos.
EL PROCESO DE LA TRADUCCIN O SNTESIS PROTEICA
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Etapa 1 de la aminoacilacin
b- Sin abandonar la enzima, se transfiere el aminocido del complejo aminoacil-AMP al ARNt
especfico, con lo cual se origina la molcula final: AMINOACIL -ARNt
Etapa 2 de la aminoacilacin
En resumen, la aminoacilacin o activacin de los aminocidos tiene dos funciones :
1- proporcionar el primer paso en la traduccin del mensaje gentico a una secuencia de
aminocidos ;
2- activar al aminocido antes de incorporarlo a la protena. El enlace entre el ARNt y el aminocido
libera al hidrolizarse la energa necesaria para propulsar la formacin del enlace peptdico durante la
traduccin.
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2. TRADUCCIN
El mecanismo por el cual se traduce el mensaje del ARNm puede describirse en tres etapas:
Iniciacin
Elongacin
Terminacin
En todas las fases se requiere la presencia de un complejo sistema de protenas citoplasmticas
conocidas como factores de iniciacin, factores de elongacin y factores de terminacin
respectivamente. Dichos factores son diferentes en procariotas y eucariotas aunque sus funciones
son semejantes.
INICIACIN DE LA TRADUCCIN
En esta etapa se renen los componentes que constituyen el complejo de iniciacin, disparador de la
sntesis proteica. El complejo est compuesto por una molcula de ARNm, una subunidad mayor,
una subunidad menor, el ARNt iniciador (cargado con metionina en eucariotas y con Nformilmetionina en procariotas) y factores proteicos de iniciacin (IF). Dicho complejo comienza a
formarse cuando se acoplan a la subunidad menor el ARNm y el aminoacil ~ARNt iniciador. No est
claro cul de las dos molculas se une primero la subunidad menor, pero ambas deben estar
presentes antes que la subunidad mayor cierre el complejo originando un ribosoma completo y
funcional.
La posible secuencia de acontecimientos durante la iniciacin de la traduccin en eucariotas es:
1.
El aminoacil~ARNt iniciador se une a la subunidad menor, con gasto de GTP.
2.
El ARNm se acopla a la subunidad menor, para lo cual debe ser previamente reconocida la
cap y los nucletidos contiguos en el extremo 5' del mensaje.
3.
La subunidad menor se desliza sobre el ARNm hasta localizar al codn de iniciacin AUG.
Este modelo de seleccin propuesto para eucariotas difiere del modelo de emparejamiento descripto
para procariotas, por el cual el acoplamiento de bases codn-anticodn iniciador se producira por un
emparejamiento de bases que preceden a AUG del ARNm con el extremo 3'del ARNr de la
subunidad menor.
4.
Una vez localizado y acoplado el anticodn al codn AUG del mensaje se establece la pauta
de lectura correcta para el resto de los codones que contenga la regin codificadora del ARNm.
5.
Finalmente se acopla la subunidad mayor, quedando el aminoacil ~ARNt iniciador en el sitio P
del ribosoma. Como todas las cadenas polipeptdicas han sido iniciadas por un ARNt iniciador, todas
las protenas recin sintetizadas tienen metionina (o N-formilmetionina en bacterias) como residuo
amino terminal. En ambos casos la metionina inicial es eliminada por una aminopeptidasa
especfica.
Asignatura: BIOQUIMICA
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Esquema de un polisoma
REGULACIN DE LA EXPRESIN GENTICA
Regulacin en procariotas: el opern
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Las clulas procariotas pueden regular de varias formas la cantidad de protenas que van a ser
sintetizadas. No obstante se considera que la expresin gnica est regulada principalmente a nivel
de la transcripcin.
La mayora de los procariotas, tales como Esclerichia coli, estn expuestos a una gran variedad de
condiciones en su medio y exhiben una notable capacidad para adaptarse a las mismas, esto es
consecuencia de una gran habilidad para regular la expresin de genes especficos que codifican
aquellas molculas que responden a los estmulos de su entorno. As, esta capacidad de un
organismo para regular la expresin de sus genes incrementa su aptitud para crecer y dejar progenie
en cualquier tipo de condiciones ambientales.
La sntesis de transcriptos de genes y protenas requiere un considerable gasto de energa. Si se
"apaga" la expresin de estos genes (cuando sus productos no son necesarios). Un organismo
puede evitar gastar energa o utilizarla en vas metablicas de molculas que maximicen la tasa de
crecimiento en su medio circundante.
Cules son los mecanismos por los cuales estos organismos regulan la expresin de genes en
respuesta a cambios en el ambiente?
En bacterias, los genes que codifican para la sntesis de enzimas que participan en una va
metablica, se agrupan en el cromosoma en un complejo denominado OPERN. Todos los genes
del opern actan como unidades coordinadas mediante un mecanismo de control descripto por
primera vez por Jacob y Monod en 1961.
Un opern tpico consta de:
Genes estructurales :son los genes que codifican para las enzimas de la va metablica. Tienen
la particularidad de situarse prximos entre s, de manera tal que son transcriptos en una sola
molcula de ARNm policistrnico. Cuando ste se traduce se obtienen las diferentes enzimas de la
va metablica.
Promotor: como analizramos anteriormente, es la secuencia de nucletidos del ADN en donde
se une la ARN polimerasa para iniciar la transcripcin.
Operador : es una secuencia de nucletidos que se interpone entre el promotor y los genes
estructurales, en donde se inserta una protena reguladora denominada protena represora.
La protena represora es codificada por el gen regulador, localizado en una regin distinta del
cromosoma bacteriano, aguas arriba del sitio operador.
Asignatura: BIOQUIMICA
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Con este mecanismo de regulacin la bacteria ahorra energa sintetizando triptfano solamente
cuando esta sustancia esencial en su crecimiento, est ausente en el medio ambiente.
COMPARACIN ENTRE EL OPERN LAC Y EL OPERN TRIPTFANO
OPERN LAC
OPERN TRIPTFANO
Opern inducible, se expresa en presencia de Opern reprimible, se expresa en ausencia de
lactosa.
triptfano.
La lactosa es el inductor
El triptfano es el co-represor
El represor se sintetiza en forma activa.
El represor se sintetiza en forma inactiva.
Acta solo
Acta en presencia del co-represor
Sus enzima participan en un va catablica
Sus enzima participan en una va anablica
REGULACIN EN EUCARIOTAS
Las clulas eucariotas presentan estrategias ms complejas que las bacterias para regular la
actividad de sus genes. Los organismos eucariotas pluricelulares poseen el mismo genoma en todas
sus clulas, sin embargo los distintos tipos celulares se diferencian entre s porque fabrican y
acumulan distintos ARNm y por lo tanto distintas protenas. Por qu si el gen para la hemoglobina
est presente en el genoma de una clula epitelial, no se encuentra esta protena ni su ARNm en el
citoplasma de este tipo celular? Cmo logran las clulas epiteliales mantener "apagado" el gen
para la hemoglobina?
Para responder a estas preguntas debemos tener en cuenta no solo que el genoma eucariota es
ms complejo que el procariota, sino que existen ms niveles en dnde ejercer el control de la
expresin gnica. Cada etapa en el flujo de informacin propuesto por el dogma de la biologa
molecular:
"ADN
ARN
PROTENAS" puede ser regulada.
Si bien los mecanismos ms importantes de control son los que actan a nivel
transcripcional, es importante destacar que pueden producirse regulaciones durante el
procesamiento o maduracin del ARNm o bien controlando: su pasaje a citoplasma o su
supervivencia en el citosol. En algunos casos los controles actan a nivel traduccional o regulando la
Asignatura: BIOQUIMICA
. BSICA
- Nelson D.; Cox M. Lehninger Principios de Bioqumica. Editorial Omega, S.A.5ta
Ed. Barcelona Espaa, 2009.
BIBLIOGRAFIA:
-
COMPLEMENTARIA
- Campbell, K.; Farrel, O. Bioqumica.4ta Ed.Thomson, 2005.
- Hichs Gmez, Bioqumica.2da.