Dobr i dryf

Modele wielogenowe

Modele wielogenowe

Efekty zwizane ze sprzeniem loci

rwnowaga i nierwnowaga sprze

zmiatanie selekcyjne i genetic hitchhiking

Cechy wielogenowe i wieloczynnikowe

loci cech ilociowych (QTL)

supergeny

Sprzenia i rwnowaga sprze

Rwnowaga sprze genotyp w jednym locus jest niezaleny od

genotypu w drugim

Haplotyp genotyp (zbir alleli) dla wielu loci danego chromosomu

(lub gamety)

Rwnowaga sprze

Rwnowaga sprze

W populacji bdcej w stanie rwnowagi czsto haplotypu to iloczyn

czstoci alleli

A a B b
p q s t

Haplotypy
AB Ab aB ab
ps pt qs qt

Nierwnowaga sprz

Nierwnowaga sprze

Nielosowa korelacja genotypu (allelu) w jednym locus z allelem w drugim locus

Wspczynnik nierwnowagi D

D = gAB gab gAb gaB

gdzie gAB to czsto haplotypu AB itd.

D przyjmuje wartoci od -1/4 do +1/4, dla populacji w rwnowadze sprze D = 0

Inna miara nierwnowago sprze

Korelacja alleliczna r

r=

D
pqst

gdzie p, q, s, t to czstoci alleli (p i q w locus A, s i t w locus B).

Wartoci od -1 do +1.
Czasami podawana te warto

2
r

Skd bierze si nierwnowaga

sprze

Migracje

Dobr na genotyp wielu loci

efekty kumulatywne

supergeny

Kombinacja doboru w jednym z loci i dryfu

Hitch-hiking i zmiatanie selekcyjne

W jednym locus pojawia si korzystna mutacja

Dobr naturalny szybko utrwala ten korzystny allel

Wraz z nim utrwalaj si neutralne (a nawet niekorzystne) allele w

loci blisko sprzonych genetic hitch-hiking

W ssiedztwie niedawno utrwalonego korzystnego allelu obserwuje

si zmniejszon rnorodno alleliczn zmiatanie selekcyjne
(selective sweep)

Zmiatanie selekcyjne

Nature Edutaction, 2008

lady zmiatania selekcyjnego

Zmiatanie selekcyjne jest zjawiskiem

krtkotrwaym
Powstaa w wyniku zmiatania selekcyjnego nierwnowaga sprze z czasem
zanika na skutek rekombinacji i kolejnych mutacji

Procesy pciowe redukuj

nierwnowag sprze

Tempo zaniku zaley od odlegoci genetycznej loci

Zastosowanie

Zakadajc, e mutacja korzystna pojawia si w populacji

jednokrotnie, badanie rnorodnoci neutralnych alleli (markerw) w
pobliu locus mutacji pozwoli oszacowa wiek mutacji.

Podobny efekt daje te epizod wskiego garda liczebnoci

populacji badajc nierwnowag sprze mona bada histori
demograficzn populacji

Wykrywanie doboru dodatniego

Pojawienie si nowej mutacji tworzy nierwnowag sprze

Jeeli nierwnowaga jest wyrana, to oznacza to, e mutacja

pojawia si niedawno (rekombinacja nie zdya jej zaburzy)

Jeeli taka niedawna mutacja ma wysok czsto w populacji, to

znaczy, e utrwala j dobr dodatni

Przykad G6PD

Rne allele genu

dehydrogenazy glukozo-6fosforanu (G6PD)

Przykad G6PD

Allel G6PD-202A wykazuje lady

doboru dodatniego (zmiatanie
selekcyjne)

Oporno na malari

Podstawy ewolucji
molekularnej
Ewolucja sekwencji DNA i biaek

Zmiany genetyczne w ewolucji

Mutacje

tworz nowe allele genw

Inwersje

zmieniaj ukad genw na chromosomach

mog uniemoliwi rekombinacj na danym odcinku i doprowadzi do utrwalenia haplotypu

Duplikacje

dotycz fragmentw DNA, w tym caych genw

lub caych chromosomw i caych genomw

gwne rdo innowacji ewolucyjnej

Transfer horyzontalny

w tym zdarzenia symbiotyczne

Mutacje

Podstawienia (substytucje)

Niewielkie delecje i insercje

niewielkie tzn. wpywajce na sekwencj 1-2 genw

Substytucje

Tranzycje zachodz w naturze

czciej od transwersji

mimo tego, e moliwych

transwersji jest wicej

stosunek ts/tv od ~2 (nDNA) do

~15 (mtDNA czowieka)

wyjtek mtDNA rolin

due rnice ts/tv u rnych grup

organizmw

Tranzycje i transwersje

Dlaczego tranzycje s czstsze?

Wyjanienia selekcyjne (tranzycje rzadziej zmieniaj aminokwas i

czciej s neutralne)

Ale:

tranzycje s czstsze te w genach rRNA, pseudogenach i obszarach

niekodujcych

tranzycje s czstsze w pozycjach 4-krotnie zdegenerowanych (kodony

typu CUN Leu)

Tranzycje i transwersje

Dlaczego tranzycje s czstsze?

Wyjanienia mechanistyczne mechanizmy powstawania i naprawy mutacji

Tranzycje powstaj w wyniku m. in.:

przej tautomerycznych

deaminacji (np. oksydacyjnej)

Tranzycje w mniejszym stopniu zaburzaj struktur podwjnej helisy podczas replikacji

mniejsza wydajno naprawy przez system MMR

Korelacje z:

zawartoci par G/C w genomie

aktywnoci transkrypcyjn

tempem metabolizmu

Modele ewolucji sekwencji

Badajc ewolucj nie dysponujemy z reguy sekwencj przodka

Liczb mutacji musimy oszacowa na podstawie rnic midzy

sekwencjami wspczesnymi

Konieczne jest uwzgldnienie wielokrotnych mutacji w tej samej

pozycji, zwaszcza dla bardziej odlegych sekwencji

Problem obliczania odlegoci

ACGGTGC
C

GCGGTGA

Modele ewolucji sekwencji

Modele Markova stan w pokoleniu n +1 zaley tylko od stanu w

pokoleniu n i regu przeksztacenia (macierz prawdopodobiestw
zmiany stanw)

Modele o rnym stopniu skomplikowania

Mog uwzgldnia:

mutacje wielokrotne w tej samej pozycji (poprawka Poissona)

rne prawdpodobiestwa zmian nukleotydowych (lub biakowych)

rne prawdopodobiestwo mutacji w rnych pozycjach sekwencji

rne czstoci nukleotydw

Modele ewolucji DNA model JukesaCantora

A
C
G
T

A
C
G
T
1-3

1-3

1-3

1-3

3
4
DJC = ln(1 D)
4
3

Inne modele

Kimura (K80, dwuparametrowy) - rne prawdopodobiestwo

tranzycji i transwersji

Felsenstein (F81), Hasegawa-Kishino-Yano (HKY85) - rne

czstoci nukleotydw (F81) + rne prawd. tranzycji i transwersji
(HKY85)

GTR (General Time Reversible, Tavare 86)

Model GTR

Rne prawdopodobiestwo kadej substytucji (ale symetrycznie,

czyli np. AT = TA) - 6 parametrw

Rne czstoci nukleotydw - 4 parametry

Rozkad gamma

Proste modele zakadaj

jednakowe prawdopodobiestwo
zmiany w kadej pozycji nierealistyczne

Rozkad prawdopodobiestw
zmian w rnych pozycjach
rozkad gamma

Ewolucja sekwencji aminokwasowych

Trudno stworzy model analityczny

Stosuje si empirycznie uzyskiwane macierze prawdopodobiestwa

zmiany danego aminokwasu w inny

Tempo zmian sekwencji biaka

Rnice
sekwencji

Granica istotnoci

80%
60%
40%
20%
100 200 300 400
PAM

Porwnywanie biaek - macierze

Macierze Dayhoff (PAM)

Na podstawie globalnych porwna

sekwencji rnicych si o 1PAM
ustalono prawdopodobiestwo
zmiany kadego aminokwasu w
inny macierz PAM-1

Ekstrapolacja dla sekwencji

bardziej odlegych - mnoenie
macierzy PAM-1 przez sam siebie
odpowiedni liczb razy
macierze PAM-20, PAM-40,
PAM-250 itp. (proces Markova)
Margaret O. Dayhoff (1925-1983)

Porwnywanie biaek - macierze

Macierze BLOSUM

Na podstawie
prawdopodobiestwa zmiany
kadego aminokwasu w inny w
bloku lokalnego przyrwnania
sekwencji o n% identycznych
aminokwasw (BLOSUM62 - 62%
identycznych aa itp.)

Mutaje na poziomie kodu

Mutacje mog:

zmieni kodon na inny, ale kodujcy ten sam aminokwas

zmieni kodon na kodujcy inny aminokwas

mutacje synonimiczne

mutacje niesynonimiczne

zmieni kodon na kodon STOP

mutacje nonsens

spowodowa zmian fazy odczytu

wpyn na ekspresj genu

Mutacje i dobr naturalny

Efekty dziaania mutacji obserwujemy porednio

rnice sekwencji midzy populacjami (gatunkami)

polimorfizm sekwencji w obrbie populacji

Na allele wytworzone przez mutacje moe dziaa dobr

Za zmiany czstoci powstajcych alleli moe odpowiada dryf genetyczny

Obserwujemy mutacje utrwalone cakowicie lub czciowo (polimorfizmy) w puli

genowej

Podstawowe pytanie ewolucji

molekularnej

Jaka jest rola dryfu i doboru w wyjanieniu obserwowanego

zrnicowania sekwencji?

wewntrzpopulacyjnego (polimorfizmy)

midzygatunkowego

Pytanie dotyczy zrnicowania ilociowego!

Nikt nie podaje w wtpliwo tego, e adaptacje w ewolucji powstaj

dziki dziaaniu doboru!

Dobor czy dryf?

Selekcjonizm

wikszo utrwalonych mutacji zostaa wyselekcjonowana przed dobr

wikszo polimorfizmw jest utrzymywana przez dobr

dobr rwnowacy, naddominacja, dobr zaleny od czstoci

Neutralizm (Kimura, 1968)

wikszo utrwalonych mutacji zostaa utrwalona przez dryf

za wikszo polimorfizmw odpowiada dryf

mutacje utrwalane przez dobr s rzadkie, nie maj wpywu na ilociow analiz
zmiennoci molekularnej

Mutacje i dobr

niekorzystne (szkodliwe)

s<0

eliminowane przez dobr (oczyszczajcy/negatywny)

neutralne

s 0 (a konkretniej, s 1/4N)

utrwalane przez dryf

korzystne

s>0

utrwalane przez dobr (z udziaem dryfu dla niewielkich s)

Selekcjonizm i neutralizm

Selekcjonizm:

wikszo mutacji jest niekorzystna

wikszo utrwalonych mutacji jest korzystna

mutacje neutralne s rzadkie (nie czstsze od korzystnych)

Neutralizm

wikszo mutacji jest niekorzystna lub neutralna

wikszo utrwalonych mutacji jest neutralna

mutacje korzystne s rzadkie (znacznie rzadsze od neutralnych)

Selekcjonizm i neutralizm

selekcjonizm

neutralizm

pan-neutralizm

Neutralizm nie oznacza pan-neutralizmu, czyli negowania znaczenia selekcyjnego

mutacji!

Przesanki teorii neutralnej

Tempo zmian sekwencji i polimorfizm s zbyt due, by day si

wyjani doborem

Stae tempo ewolucji molekularnej (zegar molekularny)

Sekwencje o mniejszym znaczeniu funkcjonalnym (pseudogeny,

mniej istotne obszary biaek) ewoluuj szybciej, ni obszary
kluczowe dla funkcji

Tempo zmian

Pojcie obcienia genetycznego spadek redniego

dostosowania populacji na skutek dziaania doboru

Im silniej selekcjonowany nowy, korzystny allel, tym wikszy koszt u

osobnikw go pozbawionych

Silna selekcja to duy koszt dla populacji

Haldane (1957) szacowa maksymalne tempo ewolucji rzdu 1

mutacja na 300 pokole

Tempo zmian

Rzeczywiste tempo zmian jest wysze ni oszacowane przez

Haldanea

Ale

Obliczenia Haldanea i Kimury oparte byy na zaoeniu tzw.

twardego doboru

twardy dobr zwikszona miertelno sabiej przystosowanych

osobnikw, ponad typow (ekologiczn) miertelno w populacji

mikki dobr dziaa w ramach staej (ekologicznej) miertelnoci,

Tylko dobr twardy znaczco ogranicza tempo mutacji

Dobr twardy i mikki

Dobr twardy
wicej osobnikw
ginie (lub nie
wydaje potomstwa)

Dobr mikki
ginie tyle samo
osobnikw, dobr
wpywa tylko na to,
ktre gin
Saccheri, Hanski, Trends in Ecology & Evolution,
21:341-347 (2006)

Tempo zmian

Obliczenia Haldanea i Kimury oparte byy na zaoeniu tzw.

twardego doboru

twardy dobr zwikszona miertelno sabiej przystosowanych

osobnikw, ponad typow (ekologiczn) miertelno w populacji

mikki dobr dziaa w ramach staej (ekologicznej) miertelnoci,

Tylko dobr twardy znaczco ogranicza tempo mutacji

Dobr rwnowacy moe utrzymywa zrnicowanie i zwiksza

tempo utrwalania mutacji

Stae tempo ewolucji molekularnej

Wiele sekwencji ewoluuje w staym tempie

Tempo to jest rne dla rnych sekwencji, ale stae w czasie ewolucji dla danej
sekwencji

Tzw. zegar molekularny

Rnice sekwencji globin

krgowcw

Tempo ewolucji i dryf

Neutralny dryf jest procesem losowym, ale jego tempo bdzie stae
w odpowiednio dugim czasie

Zaley tylko od czstoci mutacji (jedna zmiana na 1/ pokole)

Dla doboru stae tempo zmian oznacza stae tempo zmian

rodowiska

Tempo zmian adaptacyjnych nie wydaje si by stae

Zegar molekularny

Jest konsekwencj neutralnego modelu ewolucji

Tempo akumulacji zmian w danej sekwencji jest stae

ale rne dla rnych sekwencji

Weryfikacja test wzgldnego tempa

KAC - KBC = 0
A

W rzeczywistoci testuje stao tempa pomidzy gaziami, ale nie w czasie

Zegar molekularny - problem

W modelu neutralnym tempo utrwalania mutacji:

Powinno by stae w przeliczeniu na pokolenie

Czas generacji jest rny u rnych organizmw

Czyli nie powinna by obserwowana stao tempa w czasie rzeczywistym

A czsto jest (w tych sekwencjach, ktre zachowuj zegar)

1
2N
=
2N

Problem czasu generacji

Czas generacji rnych

organizmw jest istotnie rny
Dlaczego nie wpywa to na
tempo utrwalania mutacji?

~0,03 pokolenia/rok

~3 pokolenia/rok

Zmiany prawie neutralne

Model Kimury dotyczy zmian neutralnych (s = 0), takie nie s (w

sekwencji biaek) czste

Mutacje zachowuj si jak neutralne gdy spenione jest:

1
s
4N e

Mutacje o niewielkim wspczynniku doboru s bd zachowyway si

jak neutralne w maych populacjach, a w wikszych populacjach bd
podlegay doborowi

Zmiany prawie neutralne

Istnieje odwrotna korelacja

midzy czasem generacji a
wielkoci populacji

Zmiany prawie neutralne

~0,03 pokolenia/rok

1
s
4N e

~3 pokolenia/rok

Dugi czas generacji

Krtki czas generacji

Mniej mutacji na rok

Wicej mutacji na rok

Populacja nieliczna (mae Ne)

Populacja liczna (due Ne)

Wicej mutacji zachowuje si jak

neutralne i utrwala przez dryf

Wicej mutacji podlega doborowi (i jest

eliminowane przez dobr oczyszczajcy)

Efekty czasu generacji i wielkoci populacji si znoszc,

dajc stae tempo w czasie (Ohta & Kimura, 1971).

Zegar molekularny

Dla sekwencji biaek i zmian niesynonimicznych w DNA zmiany

jednostajne w czasie

Na poziomie DNA,

dla mutacji synonimicznych

pseudogenw

niektrych sekwencji niekodujcych

tempo ewolucji zaley od czasu generacji

Tempo ewolucji sekwencji a funkcja

Sekwencje o mniejszym
znaczeniu funkcjonalnym
(pseudogeny, mniej istotne
obszary biaek) ewoluuj
szybciej, ni obszary kluczowe
dla funkcji

Degeneracja w kodzie

miejsce 4-krotnie
zdegenerowane

miejsce 2-krotnie
zdegenerowane

Tempo ewolucji sekwencji a funkcja

Sekwencje o mniejszym
znaczeniu funkcjonalnym
(pseudogeny, mniej istotne
obszary biaek) ewoluuj
szybciej, ni obszary kluczowe
dla funkcji

Tempo zmian

Biaka zaangaowane w
podstawowe funkcje komrki
ewoluuj wolniej.

W sekwencji biaka obszary

kluczowe dla funkcji ewoluuj
wolniej.

Jednostka: PAM/108 lat

Jednostka czasu ewolucyjnego: ile

lat (w milionach, 106) potrzeba do
utrwalenia 1 mutacji/100 aa (1
PAM)

Tempo zmian

Czynnikiem decydujcym o tempie zmian jest dobr oczyszczajcy

(negatywny)

w waniejszych sekwencjach wicej zmian bdzie niekorzystnych (eliminacja

przez dobr)

w mniej istotnych sekwencjach wicej zmian bdzie neutralnych (utrwalanie

przez dryf)

zmiany bez znaczenia dla funkcji bd neutralne

pseudogeny

niekodujce obszary midzygenowe?

podstawienia synonimiczne?

Status neutralizmu

Wyjania wiele zjawisk obserwowanych w ewolucji molekularnej

wysoki polimorfizm sekwencji DNA i biaek

zegar molekularny

wolniejsza ewolucja sekwencji o kluczowym znaczeniu

ale jest wiele odstpstw, nie istnieje globalny zegar prawdziwy dla wszystkich gazi
drzewa ycia

to te mona wyjani modelem, w ktrym wikszomutacji jest albo niekorzystna, albo

korzystna, ale niekorzystnych jest wicej

Jest bardzo przydatny jako hipoteza zerowa do badania doboru naturalnego na

poziomie sekwencji!

Status neutralizmu

Dane molekularne, zwaszcza genomowe, pozwoliy oceni

zgodno modelu neutralnego z obserwacj zmiennoci sekwencji

Kimura: 1968 nie byy wtedy znane metody sekwencjonowania DNA!

Status neutralizmu

Smith & Eyre-Walker 2002 45% podstawie aminokwasowych w

ewolucji Drosophila sp. utwalonych przez dobr dodatni

Andolfatto 2005 pomidzy D. melanogaster i D. simulans dobr

dodatni odpowiada za utrwalenie:

20% podstawie w DNA w intronach i obszarach midzygenowych

60% podstawie w DNA w sekwencjach UTR

Status neutralizmu

Gwnym i nieprzemijajcym osigniciem jest stworzenie matematycznego

opisu wspdziaania dryfu i doboru naturalnego (dodatniego i
oczyszczajcego) w ewolucji molekularnej

Dziki tym modelom opracowano testy poszukujce ladw doboru w

sekwencjach (model neutralny jako hipoteza zerowa)

Istnieje znaczca liczba pozycji i sekwencji ewoluujcych wedug modelu

neutralnego

mona dobra sekwencje tak, by uzyska zegar molekularny

Status neutralizmu

Dryf genetyczny ma w ewolucji molekularnej bardzo znaczc, ale

nie wyczn rol

znaczne obszary genomu ewoluuj w sposb bliski neutralnemu

Badanie doboru

Zaoenie: mutacje synonimiczne s neutralne, sekwencje

porwnywane s parami

Ka (dN) liczba mutacji niesynonimicznych na liczb moliwych

miejsc niesynonimicznych

Ks (dS) liczba mutacji synonimicznych na liczb moliwych

miejsc synonimicznych

Stosunek Ka/Ks () jest miar dziaania doboru

Badanie doboru

Warto rzadko przekracza 1 dla caej sekwencji (wyjtek np.

geny MHC)

rednia warto w porwnaniach midzy naczelnymi a

gryzoniami wynosi 0,2, midzy czowiekiem a szympansem 0,4

Odchylenie od redniej dla konkretnego genu w konkretnej linii

ewolucyjnej moe wiadczy o dziaaniu doboru

W sekwencji mog wystpowa obszary o rnej wartoci ,

wskazujc na dziaanie doboru na poszczeglne regiony a nawet
pozycje aminokwasowe w biaku

Badanie doboru II

Porwnanie zmian synonimicznych i niesynonimicznych w obrbie

populacji danego gatunku i pomidzy gatunkami.

Test McDonalda-Kreitmana

Stosunek mutacji synonimicznych do niesynonimicznych w obrbie

populacji vs. taki sam stosunek dla rnic midzy gatunkami

Jeeli zmiany s neutralne, wwczas stosunek ten powinien by w

obu przypadkach taki sam
Przykad: gen ADH u trzech gatunkw Drosophila
synonimiczne

niesynonimiczne

stosunek

wewntrzpopulacyjne

42

~0,05

midzygatunkowe

17

~0,41

Wniosek: zmiany niesynonimiczne s szybko utrwalane

w specjacji nie s neutralne

Czy zmiany synonimiczne s

neutralne

Kodony synonimiczne nie s

rwnocenne

Zmiana kodonu czstego na

rzadki moe wpyn na poziom
ekspresji i kinetyk translacji

Czy zmiany synonimiczne s

neutralne?

Czy zmiany synonimiczne s

neutralne?