Struktura DNA i chromatyny.

Materiay dydaktyczne wspfinansowane ze rodkw Unii

Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Spoecznego.

W trakcie podziau komrkowego (mitozy) chromosomy

s wiernie rozdzielane do komrek potomnych.
Komrka w czasie
mitozy (podziau).

Chromosomy skadaj si z
DNA i z biaka:
ktre czsteczki nios
informacj genetyczn?

Zauwa zanik jdra

komrkowego oraz
zaokrglenie komrki.
Skondensowane
chromosomy staj si
widoczne w
mikroskopie
wietlnym w postaci
grubych wkien.
Jderka

Komrka w
interfazie (poza
mitoz).

Chromosomy
zdekondensowane
nie s widoczne.

Jdro komrkowe

DNA przenosi informacj genetyczn u bakterii.

Szczep S
(smooth)

Szczep R
(rough)

Szczep patogenny
wywoujcy zapalenie puc

Szczep niepatogenny

S
Mutacja

Namnoenie komrek i
frakcjonowanie ich skadu w
celu uzyskania czystych
skadnikw komrkowych.

R
ywe bakterie szczepu R
yj w obecnoci martwych
bakterii S lub w obecnoci
ekstraktw bakterii S.

RNA

lipidy

biaka

DNA

wglowodany

R
Niektre komrki bakterii R
ulegaj transformacji w
komrki typu S zdolne
wywoywa zapalenie puc.

W szczepie S s czsteczki zdolne

przekazywa informacj dziedziczn.

Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Transformacja
nastpia tylko
wtedy, gdy
bakteriom R podano
DNA z bakterii S

Czsteczk zdoln do
przenoszenia informacji
midzy szczepami jest DNA.

Bakteriofagi to wirusy infekujce komrki bakterii. Bakteriofagi wprowadzaj

do infekowanej komrki jedynie DNA. Instrukcja zawarta w jednej czsteczce
DNA wprowadzonego do komrki wystarczya aby w bakteriach powstao wiele
czsteczek bakteriofagw potomnych. Bya to kolejna obserwacja
potwierdzajce, e DNA moe by rdem instrukcji zdolnym do replikacji i
kierowania syntez biaek.
Po pewnym czasie we wntrzu
komrki bakterii powstaj potomne
czsteczki bakteriofaga zawierajce
zarwno jego DNA jak i biaka.

Czsteczka
bakteriofaga
skadajce si z
biaka i DNA.

Komrka bakterii

Tylko DNA bakteriofaga

dostaje si do wntrza
komrki.

Budowa cukrw wchodzcych w skad

DNA i RNA
OH

HOCH2 O
H

H
H
OH

C 5 O
1

4
3

H
OH

-D-ryboza wystpujce w RNA

Cukier pieciowglowy pentoza

Obecny w czsteczkach kwasw
nukleinowych.
Zaznaczono numeracj tomw
wgla.

HOCH2
H

OH

O
H

H
OH

-D-2-deoksyryboza wystpujce w DNA

rdo: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Budowa zasad wchodzcych w skad DNA i RNA

7

N
8

4
N

N
3

N 1

NH2

NH2

Guanina

Piercie purynowy

N
Adenina

(podano numeracj
atomw piercienia)

4
5

N
1

NH2
3

H3 C

N
2

Piercie pirymidynowy
(podano numeracj atomw
piercienia)

N
Cytozyna

O
N

N
Tymina T

N
Uracyl U

Budowa nukleotydw monomerw kwasw nukleinowych.

NH2

zasada

O
_

P
_

CH2

fosforan

O
H

cukier

H
OH

Nukleotyd skada si z zasady azotowej

poczonej wizaniem N-glikozydowym z
piciowglowym cukrem, ktry jest z
kolei poczony wizaniem estrowym z
kwasem ortofosforowym. Czsteczek
kwasu fosforowego moe by wicej ni
jedna. Na ilustracji zaznaczono
deoksynukleotyd.

Schemat nukleotydu

Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Model budowy DNA zaproponowany przez Watsona-Cricka by

zgodny z regu Chargaffa.
Erwin Chargaff (Columbia University)

Tabela: Stosunek molowy zasad w DNA pochodzcym z

rnych gatunkw organizmw
Gatunek

A:T

G:C

A:G

H.sapiens

1,00

1,56

oso

1,02

1,02

1,43

Pszenica

1,00

0,97

1,22

Drode

1,03

1,02

1,67

E.coli

1,09

0,99

1,05

S.marcescens 0,95

0,86

0,70

Molowo: G = C and A = T in dwuniciowym DNA

Autorzy modelu DNA: James Watson, Francis Crick, autorzy danych

eksperymentalnych: Rosalind Franklin, Maurice Wilkins
H
H

deoksyryboza

deoksyryboza
Adenina

Tymina

pary Watsona i Cricka

H
H

deoksyryboza
H
Guanina

deoksyryboza
Cytozyna

Pasmo
cykrowofosforanowe

Paszczyzna par zasad WatsonaCricka jest skierowany prostopadle

do dugiej osi helisy DNA
Pary zasad

Wikszy rowek
Mniejszy rowek:
wski i gboki

deoksyryboza

deoksyryboza

Mniejszy rowek

Wikszy rowek:
szeroki i gboki

o helisy

o helisy

Widok na helis DNA wzdu dugiej osi. Zauwa uoenie zasad

prostopadle do osi helisy.

Pasmo cykrowo-fosforanowe
zlokalizowane jest na zewntrz
helisy

2,2 nm

Na podstawie danych krystalograficznych ustalono e DNA jest

podwjn helis o skrcie dugoci 3,4 nm, z pasmem cukrowofosforanowym umieszczonym na zewntrz helisy oraz zesadami
tworzcymi komplementarne pary wewntrz helisy. Dziki regule
Chargaffa i modelowaniu molekularnemu ustalono e
komplementarne pary tworz: A z T i C z G.

Tworzenie si wizania fosfodiestrowego czcego nukleotydy w

pojedynczej nici DNA.
NH2
nukleotyd N

O
_

P
_

NH2

O
_

CH2

P
_

H
H

H
OH

CH2

H
_

NH2

NH2

O
O

P
_

CH2

nukleotyd N+1

wizanie
fosfodiestrowe

CH2
H

H
OH

H
H

O
H

H
OH

P
P

P
P

P
P

Komplementarne pasma
DNA maj ukad
antyrwnolegly. Tak wic 5
na kocu liniowej
czsteczki DNA jedno
pasmo rozpoczyna si
grup fosforanow przy
wglu 5 a drugie koczy
si woln grup OH przy
wglu 3. Taki ukad ma
powane konsekwencje
podczas replikacji DNA.

3
Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Siy stabilizujce podwjn helis

1. Wizania wodorowe: 2-3 kcal/mol na par zasad
2. Oddziaywania hydrofobowe midzy ssiednimi zasadami
(stacking interactions): 4-15 kcal/mol na par zasad
3. Oddziaywania elektrostatyczne.

Rodzaje konformacji DNA schemat. Po prawej tronie

przedstawiono przyblione rozmiary podwjnej helisy.
Forma:
A
Preparat DNA
widziany
makroskopowo

4,6 nM
3,4 nM
2,5 nM

2,5 nM
2,2 nM
1,8 nM

Porwnanie oglnej struktury gwnych form helisy DNA

Cecha

Typ (forma) helisy

A

Oglne proporcje

Krtka i szeroka

Dusza i wsza

Duga i wska

rednica helisy

2,5 nm

2,2 nm

1,8 nm

Kierunek skrtu

prawoskrtna

prawoskrtna

lewoskrtna

Ilo par na skrt

11

10

12

Dugo skrtu

2,5 nm

3,4 nm

4,6 nm

Kt normalnej
paszczyzny zasad i osi
helisy.

+19o

-1,2o

-9o

Proporcje wikszego
rowka

Bardzo wski lecz

bardzo gboki

Szeroki o poredniej
gbokoci

Spaszczony na
powierzchni helisy

Proporcje
mniejszego rowka

Bardzo szeroki ale

pytki

Wski o poredniej
gbokoci

Bardzo wski i bardzo

gboki

Struktura DNA umoliwia jego atw replikacj.

3
5

3
5

T
5
G

3
C

G
C

G
3

5
T

3
DNA przed
replikacj

Komplementarne pasma
DNA s rozdzielone i do
kadego jest
dobudowywane ni
potomna

Posta natywna
(dwuniciowa helisa)

Denaturacja

Posta
zdenaturowana
(forma
jednoniciowa)

wzgldna absorbancja przy 260 nm

Pod wpywem wysokiej temperatury komplementarne

nici DNA mona rozdzieli (denaturacja), obnienie
temperatury prowadzi do odtworzenie dwuniciowej
struktury komplementarnych czsteczek (renaturacja).

65

70

75

80
85
90
temperatrura

95 oC

Podstawowe elementy budowy chromosomu

organizmu eukariotycznego.
telomer

centromer

miejsce
startu
replikacji
Mitoza podzia komrki

telomer
replikacja
DNA

po replikacji
DNA
Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Ukad prkw na ludzkich chromosomach powstay poprzez barwienie komrek

na pocztku podziau komrkowego (mitozy) barwnikiem Giemsy. Na ilustracji
przedstawiono chromosomy o rnych ksztatach i rozmiarach. Ludzki kariotyp
skada si z 23 par chromosomw. Jedna para to tzw. chromosomy pciowe. U
kobiet wystpuj dwa identyczne zwane X a mczyzn 1 chromosom X i jeden
niewielki chromosom zwany Y.

Dogo ludzkiego DNA - ok. 2 m na komrk.

DNA w komrce nie wystpuje w niezwizanej postaci.

czy si ono z rnymi biakami tworzc chromatyn.

wkno 10 nm

wkno 30 nm

Schemat wkien chromatyny w obrazie mikroskopu elektronowego.

Istniej dwa typy wkien, ciesze gruboci ok. 10 nm majce ksztat
koralikw na sznurku i grubsze wkno, o bardziej zwartej strukturze
majce grubo ok. 30 nm.

Struktura wkna chromatynowego w powikszeniu.

Koraliki to tzw. nukleosomy zbudowane ze rdzenia,
ktry tworz zasadowe biaka zwane histonami oraz z
nawinitego na rdze, jak ni na szpulk,
dwuniciowego DNA
Ok. 11 nm

Nukleosom

Dwuniciowy
DNA
Histony

Na jeden zwj
nukleosomu przypada
ok. 150 par
nukleotydw DNA

Na jedno powtrzenie struktury

przypada ok. 200 par nukleotydw
DNA

Nukleosomy z nawinitym DNA mog tworzy struktur bardziej zwart widoczn

w mikroskopie elektronowym jako wkno chromatyny szerokoci ok. 30 nm. Na
ilustracji przedstawiono schematycznie sposb upakowania nukleosomw w
grubsze wkna.

wkno 30 nm

Struktura nukleosomu
Rdze histonowy
Histony
Dwuniciowy
DNA

Skadowe histony
H3
H2A

H4

Ogonki histonw

H2B

H4

H2B
H2A

H3

Histony zbudowane s z czci globularnej oraz

z tzw. ogonka wystajcego poza nukleosom.
Ogonek
jest
miejscem
intensywnych
potranslacyjnych modyfikacji wpywajcych na
ksztat chromatyny.

Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Sposb upakowania chromatyny w obrbie jadra komrkowego. Upakowanie

jest najwiksze w trakcie podziau komrki, kiedy chromosomy ulegaj tak duej
kondensacji e staj si widoczne w mikroskopie wietlnym. Upakowanie
chromosomw podczas podziau jest ok. 10 000 razy wiksze ni dwuniciowego
DNA.
2 nm

Upakowanie wyszego rzdu

10 nm

300 nm

30 nm

Chromatyna przyczepia si do biaek

strukturalnych jdra komrkowego zwanych
macierz jdrow.
Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

W jdrze interfazowym chromatyna istnieje w postaci skondensowanej

(heterochromatyna) lub rozwinitej (euchromatyna). Heterochromatyna zawiera du
ilo histonu H1, transkrypcja genw w obrbie heterochromatyny nie jest moliwa. W
obrbie heterochromatyny wystpuje wiele biaek swoistych dla tej struktury. Ponadto
w jej obrbie histony ulegaj intensywnej metylacji. Specjalny typ heterochromatyny
wystpuje w obrbie centromerw. Podczas interfazy dua cz heterochromatyny
gromadzi si pod otoczk jdrow. Ponadto heterochromatyna ulega replikacji pniej
ni euchromatyna podczas syntezy DNA.
Schematyczny sposb upakowania euchromatyny i heterochromatyny.
histonH1

Euchromatyna
(dla przejrzystoci nie zaznaczono DNA czcego
nukleosomy)

Heterochromatyna

Schemat budowy jdra komrkowego.

Por jdrowy struktura odpowiedzialna za
regulowanie transportu duych czsteczek do
i z jdra komrkowego. Jony, drobne
czsteczki organiczne i niewielkie biaka mog
przemieszcza si przez por swobodnie.

Jderka miejsce transkrypcji i

dojrzewania
rybosomowego
RNA.

Siateczka
rdplazmatyczna.
Zesp kanalikw otoczonych
bon do ktrych trafiaj biaka
bon komrkowych oraz biaka
przeznaczone
na
eksport.
Wntrze siateczki zachowuje
cigo
z
przestrzeni
midzybonow
otoczki
jdrowej.

Heterochromatyna

niezwykle
skondensowana
posta
chromatyny
zwizana z niektrymi strukturami jdra
komrkowego
(centromery)
lub
z
fragmentami DNA niedostpnymi dla
transkrypcji. Heterochromatyna wystpuje
zwykle pod otoczk jdrow.

Blaszka jdrowa
ukad biaek cytoszkieletu
wzmacniajcy otoczk jdrow.

Na podstawie: Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Materiay dydaktyczne wspfinansowane ze

rodkw Unii Europejskiej w ramach
Europejskiego Funduszu Spoecznego.