Quimica Biologica 2015

Dr. Marcelo A. Mart

Profesor Adjunto Dto Qumica Biolgica FCEN-UBA
Investigador Independiente INQUIMAE-CONICET
Gerente Tecnologico BIA
Director Grupo de BioFisicoQumica y Bioinformtica Estructural de Protenas
marti.marcelo@gmail.com

Introduccin
General

Estructura de Protenas
Quimica Biolgica 2014

Clase

1:

Cmo es la estructura de las protenas?

Clase

2:

Cmo se determina la estructura?

Clase

3:

Cmo se pliegan las protenas?

Bibliografia:

Biochemistry, de Voet and Voet.

Biochemistry, de Metzler
Introduction to Protein Structure, de Branden and Tooze.
Structure and mechanism in protein science, de A Fersht.
Proteins, de Creighton

Por qu estudiar la estructura

de protenas?

Realizan la gran mayora de las funciones biolgicas

Catalizan reacciones qumicas

Funciones estructurales y de soporte
Funciones de reconocimiento y sealizacin
Realizan trabajo mecnico
Interconvierten formas de energa

Los frmacos ACTUAN o SON Protenas

Son maquinas moleculares y entenderlas es my
interesante
Comprender cualquier fenmeno biolgico, consiste
en una visin reduccionista en comprender que
protenas lo realizan y cmo

La estructura de Protenas en QB
Enfoque reduccionista

Enfoque Fenomenolgico
Bottom-up

Top-Down

Enfoque
Dialctico e Interdisciplinario

Quin (o quienes) estudia la estructura

de protenas?
Fsica

Qumica

Biologa
Estructural

BioquimicaBiol Mol

Informtica
H=E

Qu significa conocer la estructura de

proteica?
hormone
signal
outside
GPCR

plasma
membrane

AC
GDP GTP
GTP

GDP

cytosol

ATP cAMP + PP i

Power-point Biology!

Realidad?

Estructura de Protenas

Objetivos de la Clase:

Comprender como las caracteristicas fisicoquimicas

de los aminoacidos y sus interacciones determinan la
estructura proteica
Comprender como se manifiesta la estructura proteica
para dar lugar a la funcin

Un poco de Repaso
de Termodinmica

Un poco de repaso de termodinamica

estilo QGI1
E

= Energa Qu es? , H = Entalpa

Qu es?

Energa

como manifestacin de las

interacciones moleculares

A dnde va el sistema?

F = -E/r

Un poco de repaso S y G

S = Entropa, Qu es?
S es: desorden, numero de conformaciones accesibles,
distribucin de estados

G = Energa libre (T, P ctes)

G es: criterio de espontaneidad, G = H - TS
Define el Equilibrio Quimico
A B, GAB = RT ln(KeqAB)

Ejemplo: Agua Slida => Agua lquida

G?

Unidades y magnitudes?

En que unidades se miden E, H, S y G?

Kcal/mol
Cuanto es 1 (una) kcal/mol?}

Como se relacionan las kcal/mol con las calorias de la

comida?

Cuanto es mucha o poca energia en quimica biologica?

En sistemas biologicos (en agua a ca. 300K) la energia
termica del sistema es 0.6 kcal/mol

Tipos de interacciones
Interaccin de Van der Waals (vdw) o fuerzas
de london (dbil) Ej: Asociar 1 Metileno a una
cadena aliftica H = -0.5 kcal/mol

Interaccin Electrosttica (Ley Coulomb), Fuerte

en vaco. Ej: en Vaco (=1) asociar dos cargas
del vaco resulta en H=-40 kcal/mol. Pero ojo en
agua =78, y el G efectivo = 2-10 kcal/mol

Puente de Hidrgeno. H=-2 a -5 kcal/mol

y el efecto
hidrofbico?

Tipos de interacciones:
Interaccin u efecto hidrofbico
El efecto hidrfobico es una de las interacciones ms
importantes para la estructura de protenas
Surge NO de la interaccin entre grupos hidrofbicos,
sino cmo consecuencia de la estructura del Agua
Transferencia efectiva de un Metileno del agua a un
medio hidrofbico resulta en G -1 kcal/mol

G<0

Exclusin de Agua!

Estructura Primaria

Estructura primaria: los 20 aa

Protena polmero de -aminocidos
Unido al C hay SIEMPRE un grupo Amino y
un grupo cido. Adems hay un Hidrgeno
(H) y la cadena lateral R (Residuo).
Los 20 residuos diferentes determinan 20 aas

El C tiene 4 sustituyentes distintos es QUIRAL

Los 20 aa Naturales son L o R (Regla CORN)
Proyecciones de Fischer Lamino en la izquierda, D-amino
en la derecha

La clave esta en el R

Estr. 1ria: Propiedades de los 20 aa

Para nombrarlos Cdigo de 3 u 1 letra Ej: Alanina-Ala-A,
Triptofano-Trp-W, etc
Las propiedades importantes estn relacionadas con la
naturaleza qumica del grupo funcional del residuo
Tamao, Carga, Grupos funcionales, Hidrofobicidad,
Hidrofilicidad, Reactividad qumica, Esencialidad,
abundancia..etc.

alifticos
L
hidrofbicos

C S+S
I
M

Muy pequeos

pequeos
S
N
D

CSH

T
F

K
W

E
R

aromaticos
cargados

positivos
polares

Estr. 1ria: los 20 aa

En cajita los esenciales

La Gly al no tener cadena lateral NO presenta ningn

tipo de impedimento estrico y es muy flexible

Los aa alifticos participan principalmente en

interacciones hidrofbicas en los ncleos proteicos

Estr. 1ria: los 20 aa

En cajita los esenciales

La prolina es un IMINOACIDO, el grupo N esta unido

covalentemente al R, por lo que es RGIDA. Esto hace que
tenga mucha influencia en la estructura cuando esta
presente

Los aa aromticos forman parte de ncleos

hidrofbicos, y participan en interacciones
protena-protena/Ligando
Los aa con grupo
alcohol, son polares,
y reactivos (Sufren
modificaciones posttraduccionales)
adems forman sitio
activos de diversas
enzimas

Estr. 1ria: los 20 aa

En cajita los esenciales

Los aa cidos estn cargados a pH

fisiolgico pka es 4.5.
Las amidas correspondientes son aa muy
polares, donores/aceptores de pte H.

De los aa azufrados, la Cys es calve

por su capacidad de formar puentes
disulfuro, es ligeramente polar y su
pka=8.5
La metionina es un residuo de
carcter hidrofbico

Estr. 1ria: los 20 aa

En cajita los esenciales

De los aa bsicos, la His

participa del sitio activo
por lo general cargada
pka>12

pka=6.4-7 esta por lo generalmente neutra y

de numerosas enzimas. La Lys pka 10.5 esta
y expuesta a solvente al igual que la Arg

Estr. 1ria: El enlace peptdico

Estr. 1ria: La Secuencia

>ALKKKRGTGGFGDESCALAYWRC
Se

escribe del N-terminal al C-terminal

La secuencia posee alto contenido de
informacin(Mtodos de anlisis de
secuencias => Bioinformtica?)
Hoy obtener la secuencia de una protena es
muy fcil..por que?
Mr #Residuos x 100-115 Daltons

Estr. 1ria: La Secuencia

Qu puedo aprender de la secuencia?

Cmo estn compuestas la protenas?
Cunto miden?

LAG
SVE
I T
RD
KPN
FQY
MH
CW

Media 322
aminocido
s

Estructura
Secundaria

Caract. del enlace Peptdico

El enlace peptdico posee
carcter de doble enlace, lo que
se puede explicar por resonancia

El enlace peptdico posee una

estructura plana

Esto da lugar a un equilibrio

cis-trans, con un G2
kcal/mol
Y un dipolo
permanente

Caract. del enlace Peptdico

Estructura Secundaria

1er elemento de estructura que involucra orientacin u conformacin

espacial
Slo depende del backbone. (Se puede analizar sin considerar los R)
Emerge de las caractersticas del enlace peptdico
Cadena Residuos => Cadena de planos, separados por C
Conformacin de los planos est determinada por la rotacin alrededor de los
enlaces simples del C (que se mide como un ngulo diedro)

La conformacin del backbone de

cada residuo se define de acuerdo
al valor de sus 2 ngulos diedros
caracteristicos, conocidos cmo:
Phi= y Psi=, definidos segn:
:C-1-N-Ca-C :N-Ca-C-N+1
El 0 es para la conformacin cis!

ngulo diedro
(Cai-C-N-Cai+1)
C i

C
N

C i+1

Estr. 2ria: Ramachandran-Plot

Anlisis de TODAS las posibles conformaciones de y se representa

en lo que se conoce como el Ramachandran Plot (RP)
Anlisis estrico muestra que no todas las combinaciones son posibles,
por que el R chocara con el backbone
Que aminocidos espera posean comportamiento diferente? Por que?
Verde => Zona bajo impedimento esterico

Estr. 2ria: Ramachandran-Plot

Anlisis de TODAS las
estructuras de protenas
obtenidas

Slo GLY

Todos
no GLY

Clculo de energa libre

relativa en base a un modelo
atomstico

La glicina presenta
mucha libertad
conformacional

El anlisis revela la
presencia de zonas
diferencias asociadas a
diferentes conformaciones

Estr. 2ria: Ramachandran-Plot

Grupos de Residuos contiguos con la misma conformacin

dan lugar a las estructuras secundarias caractersticas
pGII
pPII

BII

L
BI BIII

Col

Elementos de Estr. 2ria: -hlice

Descrita en 1951 por Pauling, a partir del anlisis del

enlace peptdico.
/=-60/-50
Es de carcter local y el elemento ms comn 30%
Una vuelta son 3.6 residuos, y es dextrgira para los Laa
Se forman PtesH entre residuos i e i+4 paralelos al eje
de la hlice.
Las cadenas lat apuntan hacia afuera

Elementos de Estr. 2ria:

hlices
Otras hlices:
Lo que vara es el # de residuos por vuelta y quines forman
los puentes H.
Hlice-, PH entre i e i+5
Hlice 310 , PH entre i e i +3
Por lo general ocurren cmo una sola vuelta al extremo de una hlice

Residuos propensos o NO a formar hlices

Glycina destabilza las hlices por su libertad conformacional
Prolina corta/doble las hlices por su restriccin de los ngulos
diedros
Los residuos con cadenas alquilicas favorecen las hlices por que
refuerzan los PH al disminuir la polaridad del entorno local

Elementos de Estr. 2ria: hoja

NO local
Cundo ms de 5 residuos se encuentran en conformacin extendida
/-180/180 , y estos se asociacian con otra cadena se forman PtesH
entre las cadenas dando lugar a una hoja- .
Las cadenas pueden correr en el mismo sentido (paralelas) o en sentido
opuesto (antiparalelas)
Las antiparalelas son ms estables
Las cadenas laterales se ubican alternadamente arriba y abajo del plano
de la hoja

Elementos de Estr. 2ria: hoja

Usualmente

las hojas no son planas y

estn torcidas sobre el eje longitudinal, por
lo que forman helices (propeller) o barriles

Elementos de Estr. 2ria: Loops/Turns

Los loops ocurren en los extremos entre dos regiones de estructura

secundaria
Pueden ser completamente desestructurados o con cierto carcter
de estructura.
En los extremos de hojas se forman => lo que se conoce como
turnsque de acuerdo a los ngulos / se clasifican en tipo I, II
segn el CO apunte hacia fuera/adentro etc.
La clave es el PH entre residuos i e i+4 del turn
Tipo II residuo 3 es siempre Gly

Estr. 2ria: Preferencia de los 20aa

Aminocido

Hlice

Hoja

Giro

Glutamico

1.59

0.52

1.01

Alanina

1.41

0.72

0.82

Leucina

1.34

1.22

0.57

Metionina

1.30

1.14

0.52

Glutamina

1.27

0.98

0.84

Lisina

1.23

0.69

1.07

Arginina

1.21

0.84

0.90

Histidina

1.05

0.80

0.81

Valina

0.90

1.87

0.41

Isoleucina

1.09

1.67

0.47

Tirosina

0.74

1.45

0.76

Cistena

0.66

1.40

0.54

Triptofano

1.02

1.35

0.65

Fenilalanina

1.16

1.33

0.59

Treonina

0.76

1.17

0.96

Glicina

0.43

0.58

1.77

Asparagina

0.76

0.48

1.34

Prolina

0.34

0.31

1.32

Serina

0.57

0.96

1.22

Asprtico

0.99

0.39

1.24

Estructura Terciaria

Estr. 3ria: Tipos Principales de

protenas

Globulares:
Cadenas plegadas adoptando forma esfrica o globular
Altamente solubles
DIVERSIDAD FUNCIONAL

Fibrosas:
En general insolubles en agua
Resistentes a la tensin mecnica. Proveen soporte o
elasticidad a los tejidos
Construidas por unidades repetitivas de la misma
estructura secundaria

De Membrana (Todo un tema aparte!):

Funciones de transporte (pasivo, activo)

comunicacin clula-clula y clula-matriz, receptores
Transferencia electrnica

Estr. 3ria: Interacciones de las hlices

Las hlices poseen un

dipolo asociado con el
eje, debido a la
orientacin de los PH
La secuencia de
cadenas laterales con
distintos tipos de
propiedades determina
el tipo de interaccin y
por ende la posicin de
la hlice en la estr. 3ria.
Ej: Hlices anfipaticas

Estr. 3ria: Interacciones de las hlices

Hidrofbico

Hidroflico

Estructura 3ria: Coiled Coils

Formadas por el superenrollamiento levgiro de dos -hlices

Coiled-Coils
Por lo general se estabilizan por interacciones hidrofbicas (a/d) e
hidrofilicas (g/e) entre las 2 hlices
Uno de las familias ms conocidas es de los factores de trascripcin
tipo cierre de leucinas

Estructura 3ria: Colgeno

La protena ms abundante del cuerpo

Es una triple hlice superenrollada de hlices
Los CO y NH de cada subunidad apuntan hacia fuera los pH
son inter-hlices
Compuesto por Gly, Pro e hidroxyprolina
La glicinas apuntan hacia el centro de la triple hlice y su
tamao permite un contacto estrecho entre las cadenas.
Las Pro y Pro-OH hacia fuera

Gly Pro-OH

Estr. 3ria: Interacciones de las hojas-

Barriles y Sandwiches

Cmo las cadenas

laterales se ubican a los
lados de la hoja, la misma
tiene dos caras que
pueden poseer
caracteristicas diferentes.
Ej Hidrofobica/Hidroflica.
La asociacin de dos
hojas- una sobre otra da
lugar a los -sandwichs
Alternativamente debido a la
torsin de la hoja y al carcter
diferencial de ambos lados se
forman barriles

Estr. 3ria. Estructuras /

Estructura 3ria: Dominios de Plegamiento

La gran mayora de las protenas globulares poseen una estructura

clara para regiones de entre 100-150 residuos, lo que define un
Dominio de Plegamiento (DP)
Protenas mayores, en general estn compuestas por varios de
estos mdulos (DP) unidos por un linker
Muchas veces cada uno de estos DP esta cdificado por un solo
EXON
Son elementos mviles de evolucin
Conservan funcionalidad

Dominio EGF
Dom SerProtesa
Dominio de unin
a calcio

Dominio kringle

Estr. 3ria: Densidad de empaquetamiento

Una de las observaciones que arrojo el estudio de muchas

estructuras el hecho que las protenas poseen en su interior
un empaquetamiento optimo de las cadenas laterales.
El Valor exp. es 0.75 cuando el terico para un conjunto de
esferas rgidas es 0.74.
Por lo general este ncleo posee numerosos clusters de
residuos aromticos e hidrofbicos

Protenas de membrana

La membrana es un entorno MUY diferente al agua

=> las reglas de formacin de estructura de protenas
SON diferentes
La estructura secundaria se conserva pero debida la
naturaleza de la mb su interaccin es diferente
Las zonas hidrofbicas se alojan EN la membrana y
hacia la membrana y las hidroflicas al interior de la
protena

Protena de membrana: Hlices

Las -hlices si son completamente hidrofbicas se anclan en la

membrana
Si son anfipticas se organizan con la zona hidroflica hacia adentro
y la hidrofobica hacia la membrana (de modo inverso a lo que ocurre
en solucin)

Protena de membrana: Hojas

Las hojas por s solas son

instables, y en la membrana slo
se encuentra formando barriles
Forman poros, enzimas, o
protenas de la cadena de
transporte de electrones

Estr. 3ria. ndice de

hidropata
Protena Soluble

Que significa conocer la estructura de una

proteina?
cmo se relaciona con su funcin?

Qu es la estructura de una protena?

Conocer la estructura implica conocer la
posicin espacial relativa de todos los tomos
Z

Archivo PDB
A

TOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM

385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398

OE1 GLU L 22
OE2 GLU L 22
C GLU L 22
O GLU L 22
N LEU C 23
H LEU C 23
CA LEU C 23
HA LEU C 23
CB LEU C 23
HB2 LEU C 23
HB3 LEU C 23
CG LEU C 23
HG LEU C 23
CD1 LEU C 23

11.539 21.330 9.399

13.129 21.411 10.895
10.917 17.827 13.394
12.011 17.442 13.830
9.763 17.336 13.859
8.911 17.685 13.442
9.658 16.274 14.871
10.495 16.378 15.563
8.349 16.482 15.656
8.356 17.489 16.075
7.512 16.418 14.961
8.103 15.473 16.795
8.038 14.466 16.387
9.186 15.506 17.874

Y
X

De donde sale esto y con que se come???

Qu es el pdb?
Es el nico repositorio Mundial sobre datos estructurales
de Macromolculas: Protenas, ADN, ARN.
en http://www.pdb.org

Cuntas Estructuras hay?

2014 100.000 totales

Totales
Nuevas

El site de PDB
Cmo busco un pdb?
O usando NCBI:
www.ncbi.nlm.nih.gov

Con esto tengo

para divertirme en
casa!

y que hago con el PDB??

VM
D

en

TP
!

cmo se vera la estructura

realmente?
Zonas de interaccin
cargadas positivamente

Zonas de
interaccin
hidrofbica
Bolsillo para sustratos?
Zonas de interaccin
cargadas
negativamente

Resumiendo: lo que hay que saber

Interacciones-termodinmica

Aminocidos y enlace peptdico

/ y Ramachandran Plot
Elementos de estructura Secundaria
Ejemplos de estructura 3ria
Hacer los PROBLEMAS DE LA GUA
Un poco de lo otro

Cmo aprendo ms de esto?

CURSAR QB2B 2dos CUATRIMESTRES!

Muchas Gracias por

la Atencin
Preguntas?, Dudas?
Ideas?
Qu les pareci el tema?
Trabajaran en algo relacionado?