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Trabajo final
Q.F.B Irais Velazquez Sacamo
Vanessa Ramrez Salas
La isomerizacin del citrato en isocitrato ocurre por dos reacciones, que se resumen
en una.
Fosforilacion oxidativa.
La funcin principal de los procesos explicados hasta ahora es suministrar
el hidrgeno de la molcula de glucosa en formas oxidables. La oxidacin del
hidrgeno sucede a travs de una serie de reacciones que desdoblan cada tomo
de H en un protn y un electrn (H2 H+ + e-). Los electrones se combinarn con el
oxgeno disuelto con las molculas de agua y generar iones hidroxilo y, despus,
stos junto con el hidrgeno se combinan para formar agua. Durante esta secuencia
se liberan enormes cantidades de energa para formar ATP. Esta sntesis de ATP
recibe el nombre de fosforilacin oxidativa y se produce enteramente en las
mitocondrias, en la llamada cadena transportadora de electrones (CTE), que
esencialmente constituye la respiracin interna y tiene lugar en la membrana
interna mitocondrial, mediante un proceso muy especializado llamado mecanismo
quimiosmtico.
Bsicamente la CTE comprende 2 procesos: 1) los electrones son transportados a lo
largo de la membrana, de un complejo de protenas transportador a otro y 2) los
protones son translocados a travs de la membrana, lo que significa que son
pasados desde el interior o matriz mitocondrial hacia el espacio intermembrana
provocando un gradiente de protones. El oxgeno es el aceptor final del electrn,
combinndose con ellos y con el in H para producir agua.
El primer paso de la fosforilacin oxidativa es ionizar los tomos de hidrgeno
extrados hasta ese momento de los sustratos alimentarios. Se libera el otro tomo
de H unido al NAD y ste ltimo se reutiliza una y otra vez para captar H. Los
electrones extrados de los tomos de H para su ionizacin entran inmediatamente
en la CTE. La CTE est formada por 4 complejos proteicos con molculas
transportadoras y sus enzimas correspondientes (Complejo I, NADH
deshidrogenasa; Complejo II, Succinato-CoQ reductasa; Complejo III, citocromo C
reductasa; Complejo IV, citocromo oxidasa), 1 componente no proteico (ubiquinona
Q-) que est embebido en la membrana, y una pequea protena llamada
citocromo C, en el espacio intermembrana pero adosada a la membrana interna.
Cada electrn es lanzado desde uno de estos aceptores hasta el siguiente hasta que
se alcanza finalmente el citocromo-oxidasa, llamado as porque es capaz de ceder 2
electrones y de reducir el oxgeno elemental para formar oxgeno inico, que luego
se combina con los hidrogeniones dando agua.
El siguiente paso en la fosforilacin oxidativa consiste en convertir el ADP en ATP, a
lo cual contribuye una gran molcula proteica que sobresale por toda la membrana
mitocondrial interna. Se trata de una ATPasa llamada ATP sintetasa. La elevada
concentracin de hidrogeniones con carga positiva creado entre las dos membranas
mitocondriales y la gran diferencia de potencial a travs de la membrana interna
provoca que los hidrogeniones fluyan al interior de la matriz mitocondrial a travs
de la ATPasa. La energa liberada por este flujo de hidrogeniones es utilizada por la
sintetasa para fosforilar el ADP en ATP que es transferido al citoplasma. Por cada 2
electrones que se introducen en la cadena transportadora, provenientes de la
ionizacin de 2 tomos de H,
se sintetizan 3 molculas de
ATP.
Para hacernos una idea del
rendimiento energtico en la
formacin de ATP podemos
seguir lo que ocurre a partir
de 1 molcula de glucosa ,
cuyo balance energtico sera
el siguiente:
1. Glucolisis: 4 ATP, de ellos,
2 se consumen en su
fosforilacin inicial, ganando
finalmente 2 ATP.
2. Ciclo de Krebs: cada
vuelta genera 1 ATP, pero
como cada glucosa genera 2
cidos pirvicos, son dos vueltas al ciclo generando 2 ATP.
Por cada molcula de glucosa degradada a CO2 y agua se producen 38 ATP que
almacenan 456000 caloras, mientras que se han liberado 686000 caloras durante
la oxidacin completa de la glucosa. Esto supone una eficiencia mxima global de
transferencia de energa del 66%. El 34% restante se convierte en calor no
pudindose ser aprovechado por la clula.
Traduccin
Queda claro que el ARNm es el que lleva la informacin que se decodificar en la
sntesis (armado) de protenas, determina el orden en que se unirn los
aminocidos. La sntesis de protenas o traduccin tiene lugar en los ribosomas del
citoplasma celular. Los aminocidos son transportados por el ARN de transferencia
(ARNt) especfico para cada uno de ellos, y son llevados hasta ARNm, dnde se
aparean el codn de ste y el anticodn del ARNt, por complementariedad de
bases, y de sta forma se sitan en la posicin que les corresponde. Una vez
finalizada la sntesis de una protena, el ARNm queda libre y puede ser ledo de
nuevo. De hecho, es muy frecuente que antes de que finalice una protena ya est
comenzando otra, con lo cual, una misma molcula de ARNm, est siendo utilizada
por varios ribosomas simultneamente, esta estructura se conoce con el nombre de
polirribosoma (polisoma).
El trabajo de los ARNt consiste en tomar del citosol a los aminocidos y conducirlos
al ribosoma en el orden marcado por los nucletidos del ARNm, que son los moldes
del sistema. La sntesis de las protenas comienza con la unin entre s de dos
aminocidos y contina por el agregado de nuevos aminocidos -de a uno por vezen uno extremos de la cadena.
Como se ha explicado, la clave de la traduccin reside en el cdigo gentico,
compuesto por combinaciones de tres nucletidos consecutivos -o tripletes- en el
ARNm. Los distintos tripletes se relacionan especficamente con tipos de
aminocidos usados en la sntesis de las protenas. Cada triplete constituye un
codn, existen en total 64 codones (cuatro nucletidos se combinan de a tres, as
que: 43 = 64), 61 de los cuales sirven para cifrar aminocidos y 3 para marcar el
cese de la traduccin.
cidos nucleicos
El ensamblaje en el orden correcto de las unidades bsicas del DNA o el RNA es
mucho ms sencillo que el de los aminocidos en las protenas. Las reglas que
gobiernan la sntesis de los cidos nuclecos (adems de las enunciadas al principio
del captulo) son:
Las cadenas o hebras de DNA o de RNA son producidas en las clulas por
copia de hebras pre-existentes de DNA, siguiendo las reglas de apareamiento
de bases complementarias. En la replicacin de un DNA de doble hlice, se
copian ambas cadenas. En algunos virus, el RNA es copiado a partir de un
RNA pre-existente y en los retrovirus, el DNA se produce copiando RNA.
Los cidos nuclicos crecen en una direccin: 3--> 5'
Enzimas especiales, llamadas polimerasas elongan las cadenas de RNA o
DNA. Las enzimas que copia DNA para hacer ms DNA son las DNApolimerasas y las que copian RNA de DNA,RNA-polimerasas. La copia de DNA
a RNA se llama, como hemos visto, transcripcin, y normalmente, slo una
cadena es copiada. Sin embargo, en las bacterias existen cadenas de DNA
doble llamadas plsmidos que son transcritas a RNA
Las RNA-polimerasas pueden iniciar una cadena de cido nucleico. Una RNApolimerasa puede encontrar en una cadena duplex de DNA un lugar de
iniciacin, separar ambas hebras y generar una cadena de RNA. Por el
contrario, las DNA-polimerasas no pueden iniciar un DNA de novo, sino que
requieren un primer para iniciar la reaccin.
Los cidos nucleicos estn formados por nucletidos Los cidos nucleicos, cido
desoxirribonucleico DNA y cido ribonucleico RNA, son macromolculas encargadas
de almacenar y transferir la informacin gentica. Ambos estn formados por
unidades llamadas nucletidos, cuya representacin aparece a continuacin.
Al analizar el producto de la hidrlisis total de un nucletido se obtienen siempre
tres componentes: una pentosa, una base nitrogenada y un fosfato. La unin de
estas tres molculas en relacin 1:1:1 constituye un nucletido, unidad bsica o
monmero de los cidos nucleicos.
La pentosa puede ser: ribosa o desoxirribosa. La diferencia entre ambas reside en
que el grupo hidroxilo (-OH) del carbono 2 de la ribosa es sustituido por un
Protenas
Recambio proteico
Casi todas las protenas del organismo estn en una constante dinmica de sntesis
(1-2% del total de protenas), a partir de aminocidos, y de degradacin a nuevos
aminocidos. Esta actividad ocasiona una prdida diaria neta de nitrgeno, en
Aminocidos
Transaminacin
Es este un proceso, realizado en el citosol y en las mitocondrias, por el que un
aminocido se convierte en otro. Se realiza por medio de transaminasas que
catalizan la transferencia del grupo alfa-amino (NH3+) de un aminocido a un alfacetocido, tal como piruvato, oxalacetato o ms frecuentemente alfa-cetoglutarato.
Consecuentemente se forma un nuevo aminocido y un nuevo cetocido.
Las transaminasas que ms habitualmente intervienen en la transaminacin son:
alanina-aminotransferasa (ALT) y asparto-aminotransferasa (AST). Requieren, como
cofactor, piridoxal-fosfato (PLP), un derivado de la vitamina B6.
Deaminacin oxidativa
Proceso, realizado en las mitocondrias, y en el que la enzima cido glutmicodeshidrogenasa elimina el grupo amino del cido glutmico. Se forma amonaco que
entra en el ciclo de la urea y los esqueletos carbonados vienen a ser productos
intermedios glucolticos y del ciclo de Krebs.
Los productos de deaminacin de los aminocidos son los siguientes:
Aminocido(s)
Ile, Leu, Lys
Tyr, Phe
Gln, Pro, Arg
His
Producto
Acetil-CoA
Acetoacetato
Glu y alfa-cetoglutarato
Glu y alfa-cetoglutarato
Succinil-CoA
Fumarato
Oxaloacetato
Piruvato
Alanina y piruvato
Sntesis de aminocidos
La sntesis de los aminocidos, con excepcin de cistena y tirosina, est unida al
ciclo del cido tricarboxlico (TCA), bien por transaminacin o bien por fijacin de
amonio. El grupo alfa-amino es central a toda sntesis de aminocidos y deriva del
amonio de los grupos aminos del L-glutamato. De stos se sintetizan glutamina,
prolina y arginina. El cido glutmico es la principal fuente de los grupos amino para
la transaminacin.
La cistena se forma, en el citosol celular, a partir de serina y del aminocido
esencial metionina.
La tirosina se forma mediante hidroxilacin del aminocido esencial fenilalanina por
la fenilalanina hidroxilasa.
Leyes de la termodinmica.
La termodinamica puede definirse como el tema de la Fsica que estudia los
procesos en los que se transfiere energa como calor y como trabajo.
Sabemos que se efecta trabajo cuando la energa se transfiere de un cuerpo a otro
por medios mecnicos. El calor es una transferencia de energa de un cuerpo a un
segundo cuerpo que est a menor temperatura. O sea, el calor es muy semejante al
trabajo.
El calor se define como una transferencia de energa debida a una diferencia de
temperatura, mientras que el trabajo es una transferencia de energa que no se
debe a una diferencia de temperatura.
Al hablar de termodinamica, con frecuencia se usa el trmino "sistema". Por sistema
se entiende un objeto o conjunto de objetos que deseamos considerar. El resto, lo
dems en el Universo, que no pertenece al sistema, se conoce como su "ambiente".
Se consideran varios tipos de sistemas. En un sistema cerrado no entra ni sale
masa, contrariamente a los sistemas abiertos donde s puede entrar o salir masa.
Un sistema cerrado es aislado si no pasa energa en cualquiera de sus formas por
sus fronteras.
Previo a profundizar en este tema de la termodinamica, es imprescindible
establecer una clara distincin entre tres conceptos bsicos: temperatura, calor y
energa interna. Como ejemplo ilustrativo, es conveniente recurrir a la teora
cintica de los gases, en que stos sabemos estn constituidos por numerossimas
molculas en permanente choque entre s.
La temperatura es una medida de la energa cintica media de las molculas
individuales. El calor es una transferencia de energa, como energa trmica, de un
objeto a otro debida a una diferencia de temperatura.
La energa interna (o trmica) es la energa total de todas las molculas del objeto,
o sea incluye energa cintica de traslacin, rotacin y vibracin de las molculas,
energa potencial en molculas y energa potencial entre molculas. Para mayor
claridad, imaginemos dos barras calientes de un mismo material de igual masa y
temperatura. Entre las dos tienen el doble de la energa interna respecto de una
sola barra. Notemos que el flujo de calor entre dos objetos depende de sus
temperaturas y no de cunta energa trmica o interna tiene cada uno. El flujo de
calor es siempre desde el objeto a mayor temperatura hacia el objeto a menor
temperatura.
calor. El cambio en la energa interna del gas estar dado por la diferencia entre el
calor agregado y el trabajo que el gas hace al levantar el mbolo contra la presin
atmosfrica.
La primera ley nos dice que la energa se conserva. Sin embargo, podemos imaginar
muchos procesos en que se conserve la energa, pero que realmente no ocurren en
la naturaleza. Si se acerca un objeto caliente a uno fro, el calor pasa del caliente al
fro y nunca al revs. Si pensamos que puede ser al revs, se seguira conservando
la energa y se cumplira la primera ley.
En la naturaleza hay procesos que suceden, pero cuyos procesos inversos no. Para
explicar esta falta de reversibilidad se formul la segunda ley de la termodinamica,
que tiene dos enunciados equivalentes:
Enunciado de Kelvin - Planck : Es imposible construir una mquina trmica que,
operando en un ciclo, no produzca otro efecto que la absorcin de energa desde un
depsito y la realizacin de una cantidad igual de trabajo.
Enunciado de Clausius: Es imposible construir una mquina cclica cuyo nico
efecto sea la transferencia continua de energa de un objeto a otro de mayor
temperatura sin la entrada de energa por trabajo.
Entropia.
La entropa, el desorden y el grado de organizacin.
Vamos a imaginar que tenemos una caja con tres divisiones; dentro de la caja y en
cada divisin se encuentran tres tipos diferentes de canicas: azules, amarillas y
rojas, respectivamente. Las divisiones son movibles as que me decido a quitar la
primera de ellas, la que separa a las canicas azules de las amarillas. Lo que estoy
haciendo dentro del punto de vista de la entropa es quitar un grado o ndice de
restriccin a mi sistema; antes de que yo quitara la primera divisin, las canicas se
encontraban separadas y ordenadas en colores: en la primera divisin las azules, en
la segunda las amarillas y en la tercera las rojas, estaban restringidas a un cierto
orden.
Al quitar la segunda divisin, estoy quitando tambin otro grado de restriccin. Las
canicas se han mezclados unas con otras de tal manera que ahora no las puedo
tener ordenas pues las barreras que les restringan han sido quitadas.
La entropa de este sistema ha aumentado al ir quitando las restricciones pues
inicialmente haba un orden establecido y al final del proceso (el proceso es en este
caso el quitar las divisiones de la caja) no existe orden alguno dentro de la caja.
La entropa es en este caso una medida del orden (o desorden) de un sistema o de
la falta de grados de restriccin; la manera de utilizarla es medirla en nuestro
sistema inicial, es decir, antes de remover alguna restriccin, y volverla a medir al
final del proceso que sufri el sistema.
Es importante sealar que la entropa no est definida como una cantidad absoluta
S (smbolo de la entropa), sino lo que se puede medir es la diferencia entre la
entropa inicial de un sistema Si y la entropa final del mismo Sf. No tiene sentido
hablar de entropa sino en trminos de un cambio en las condiciones de un sistema.
Entropia, procesos reversibles y procesos irreversibles.
Volviendo al ejemplo anterior de la caja con separaciones y canicas, vamos a
explicar qu es un proceso reversible y qu un proceso no reversible.
Llamamos proceso reversible al que se puede invertir y dejar a nuestro sistema en
las mismas condiciones iniciales. Teniendo en cuenta
nuestra caja ya sin las separaciones, tenemos a las canicas revueltas unas con
otras, es decir, sin un orden. Si el proceso que efectuamos de quitar las divisiones
fuera reversible, las canicas tendran que ordenarse espontneamente en azules,
amarillas y rojas, segn el orden de las divisiones. Esto no ocurrir.
El proceso que efectuamos con nuestra caja de canicas fue un proceso no
reversible, en donde una vez terminado, el orden que haba en las condiciones
Entalpia.
Cuando aplicamos el Primer Principio de la Termodinmica a estas reacciones,
surge una nueva funcin de estado, denominada entalpa que es un concepto
fundamental en termoqumica. Veremos a continuacin cmo aplicar dicho principio
a estas reacciones paso a paso hasta llegar a la deduccin de la entalpa y a su
relacin con la variacin de energa interna en una reaccin qumica a presin
constante.
La expresin matemtica del primer principio es:
En este caso, dado que es una reaccin que no se lleva a cabo en un recipiente
cerrado, consideraremos que s que hay una variacin de volumen apreciable que
ser:
V = Volumen productos (VP) Volumen reactivos (VR)
Como estamos considerando la transferencia de calor a presin constante,
esto se indica con una p subndice, es decir:
U = QP PV
Si despejamos este QP, pasando el trmino PV al otro lado sumando quedar:
QP = U + PV
Y como V = VP VR,
y U = UP UR, entonces:
QP = UP UR + P(VR VP)
QP = UP UR + PVP PVR
Ahora agrupamos los trminos referidos a productos y los referidos a reactivos.
Queda:
QP = UP + P VP (UR + PVR)
El producto PV tiene unidades de energa, que sumada a la energa interior U, nos
da una nueva medida de energa que llamamos ENTALPA, representada por H, y
que es una funcin de estado (depende de los estados final e inicial del sistema):
H = U + PV
QP = UP + PVP (UR + PVR)
HP = UP + PVP
HR = (UR + PVR)
QP = UP+ PVP (UR +PVR)
QP = H
Como vemos, el calor absorbido o desprendido en una reaccin qumica
realizada a presin constante es igual a la variacin de entalpa del
sistema, siendo H, por tanto, otra forma ms de medir la energa de un sistema.
Dado que la entalpa es una funcin de estado, como ocurre con la energa interna,
U, no se puede conocer su valor absoluto, nicamente se puede medir su variacin
durante una reaccin qumica.
entonces, un G negativo asociado con una reaccin, indica que esta puede ocurrir
de forma espontnea. Esto es coherente con la convencin qumica habitual del
tratamiento del trabajo realizado por el sistema como un trabajo negativo. Las
reacciones ms comunes pueden ser evaluadas para su espontaneidad bajo
condiciones normales, buscando las cantidades termodinmicas asociadas a cada
uno de los reactivos y los productos. Para condiciones no estndares se puede
hacer uso de la expresin del G en trminos de los otros potenciales
termodinmicos
G0'
kcal/mol
106
-8,2
104
-5,5
102
-2,7
101
-1,4
100
0,0
10-1
1,4
2,7
10-6
8,2
T = 25C = 298K
P = 1 atm
Agua 55,6M
5,5
Energa de Activacin.
El acontecimiento de una reaccin qumica est obligatoriamente relacionado con el
contacto entre molculas reactivas y a una energa mnima necesaria. Esta energa
mnima para el acontecimiento de la reaccin es llamada como energa de
activacin.
Bibliografia:
Ciclo de Krebs:
o http://www.bioquimica.dogsleep.net/Teoria/archivos/Unidad62.pdf
o https://alumnosmedicinaunahvs.files.wordpress.com/2012/03/113_ciclo-dekrebs.pdf
o http://www.fagro.edu.uy/~bioquimica/docencia/material%20nivelacion/CICLO
%20DE%20KREBS.pdf
Fosforilacion oxidativa:
o http://ocw.unican.es/ciencias-de-la-salud/fisiologia-general/materiales-de-clase1/tema-1.-introduccion-al-estudio-de-la-fisiologia/Tema%204C-Bloque%20IFosforilacion%20Oxidativa.pdf
o http://www.ffis.es/volviendoalobasico/4fosforilacion_oxidativa.html
Biosintesis de protenas y acidos nucleicos:
o http://www.fagro.edu.uy/~bioquimica/docencia/material%20nivelacion/8aACIDOS
%20NUCLEICOS%202010.pdf
o http://ocw.unican.es/ciencias-de-la-salud/bioqumica/material-de-clase1/Tema14_traduccion.pdf
o http://portalacademico.cch.unam.mx/materiales/prof/matdidac/sitpro/exp/bio/bio1
/GuiaBioI/ANEXO_6SINTESIS.pdf
o http://www.iqb.es/cbasicas/fisio/cap04/cap4_3.htm
Degradacion de protenas y compuestos nitrogenados:
o http://www.alimentacionynutricion.org/es/index.php?mod=content_detail&id=78
Sistemas abiertos y cerrados:
o http://acer.forestales.upm.es/basicas/udfisica/asignaturas/fisica/termo1p/sistema.
html
Leyes de la termodinmica:
o http://www.ib.edu.ar/becaib/cd-ib/trabajos/Gobbi.pdf
o http://www.jfinternational.com/mf/termodinamica.html
o http://www.jfinternational.com/mf/tercera-ley-termodinamica.html
Entropia y entalpia:
o http://www.quimitube.com/videos/termodinamica-teoria-7-concepto-entalpiatransferencia-calor-presion-constante
o http://www.monografias.com/trabajos/termoyentropia/termoyentropia.shtml
Energia libre de Gibbs y de energa libre estndar:
o http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbasees/chemical/gibbspon.html
Conceptos de energa de activacin:
o http://quimica.laguia2000.com/conceptos-basicos/energia-de-activacion