RESUMEN CAPITULO 4 LEHNINGER (PT= PROTEINA)

Debido a las rotaciones de los carbonos alfa, las protenas pueden adquirir
muchas conformaciones, pero cada protena tiene una funcin qumica especfica,
lo que sugiere que tenga una estructura 3D nica.
La ordenacin de las molculas en un cristal solo se puede dar cuando las
unidades moleculares son idnticas, y como las protenas se cristalizan
comprobamos que son discretamente nicas.
Conformacin= disposicin espacial de los tomos, si hablamos de conformacin
en las protenas, es cualquier estado estructural que pueda adquirir sin la ruptura
de enlaces covalentes, aunque una PT tenga varias conformacin existen unas
pocas que predominan en condiciones biolgicas.
Las conformaciones en condiciones biolgicas, son las ms estables y tienen la
menor energa libre de gibbs (G), las PT que estn en cualquiera de sus
conformaciones y plegadas se llaman nativas.
Estabilidad= la PT tiende a mantener la conformacin nativa, la energa libre entre
estado plegado y no plegado es de 20 a 65 kj/mol, el estado desplegado tiene
bastante entropa conformacional.
Las fuerzas que contrarrestan ello son puentes disulfuro (covalentes) e
interacciones dbiles (ptes de hidrogeno, interacciones ionicas e hidrofbicas.
La mayora de las pt carecen de enlaces disulfuro porque el medio
INTRACELULAR es reductor, las pt que tienen estos enlaces son secretadas al
medio extracelular como la insulina.
Las protenas bacterianas termoflicas y arqueas tienen muchas protenas con
enlaces disulfuro estabilizantes, como resultado de la adaptacin, las dems
bacterias no tienen
La rotura de un enlace covalente requiere 200 a 460 kj/mol, las interacciones
dbiles necesitan de 4 a 30 kj/mol, los enlaces disulfuro son mucho mas fuertes
que las interacciones dbiles, pero estas interacciones son mucho ms numerosas
y son las que predominan, las ms estables tienen mucho mayor nmero de
interacciones dbiles.
Cuando agregamos una sustancia que no puede formar puentes de hidrogeno, el
agua tendera a formar una capa de solvatacin alrededor, esto ocasiona que se
ordenen las molculas y disminuya la entropa del sistema, el agua va atender a
desplazar la sustancia para que se unan todos sus componentes y la entropa
aumente.
Los puentes de hidrogeno y las interacciones inicas son tambin efectos
entrpicos, el interior de una protena es generalmente un ncleo densamente
empaquetado de cadenas laterales hidrfobas, los puentes salinos pueden aportar

estabilidad solo si se encuentran dentro de la protena, de lo contrario estn en

interaccin con el agua.
Dos reglas bsicas del plegamiento, los residuos hidrfobos se encuentran
mayoritariamente dentro de la protena sepultados en su interior, se forma el
mayor nmero posible de pts de hidrogeno e interacciones inicas.
Pauling y corey son los arquitectos de protenas, describieron que: los carbonos a
se encuentran separadas por 3 enlaces covalentes as Ca-C-N-Ca tenemos que el
enlace C-N de este enlace es ms corto que el de un enlace amino C-N, adems
los tomos adyacentes son coplanares, entonces hay resonancia, donde el
oxgeno tiene carga parcial negativa y el nitrgeno carga parcial positiva,
concluyeron que los enlaces C-N no pueden rotar libremente pero los enlaces CaC y N-Ca s.
Tenemos 3 ngulos de torsin o diedros (por la interseccin de dos planos), uno fi
(entre N-Ca), uno psi (Ca-C) y el omega (C-N) que es el enlace peptdico que en el
99.9% de los casos es trans lo que le da valor de +- 180 y si el enlace es cis vale
0, el enlace peptdico tiene 6 tomos
Estos valores posibles los vemos en la representacin de ramachandran
La estructura secundaria describe la distribucin espacial local de los tomos de
su cadena principal, sin tener en cuenta cadenas laterales ni otros segmentos.
Puede ser regular con los ngulos diedros adoptan valores iguales o casi iguales
en todo el segmento, las estructuras secundarias muy estables son las hlices
alfa, la conformacin beta, y el giro beta.
Atsbury estudia protenas y rayos X, comprueba que las protenas son parte del
cabello y las espinas del puerco espn, en la hlice alfa, el esqueleto peptdico
est sumamente enrollado alrededor de un centro imaginario y los grupos r
sobresalen afuera del esqueleto helicoidal, ngulos fi = -57 y Angulo psi =-47, cada
giro ocupa 3.6 residuos de aminocidos, el giro de la hlice es dextrgiro en todas
las protenas. Es la ms fcil de hacer, debido a los puentes de hidrogeno, que se
forman entre el hidrogeno que est unido al nitrgeno y el oxgeno carboxlico
cada vuelta necesita 3 o 4 potes de hidrogeno.
Cada residuo vale 1.5 Armstrong , ya que 3.6 son 5.4 Armstrong, la alanina es la
que ms tendencia tiene de formar hlices alfa, los aminocidos positivos se
encuentran a 3 residuos de los negativos (de distancia), la prolina y la glicina
nunca formaran este tipo de estructuras.
Nuevamente Pauling y corey predijeron la existencia de la conformacin beta, el
esqueleto polipeptidico est extendido en zigzag, los grupos r van en direcciones
opuestas, las cadenas pueden ser paralelas o anti paralelas (misma orientacin
amino-carboxilo o no. La seda tiene esta conformacin. (psi y fi= +-140)

En las protenas globulares 1/3 de sus residuos estn en giros o bucles donde la
cadena polipptidica cambia de direccin, los giros beta ms frecuentes son los
conectan los extremos de dos segmentos de hojas beta anti paralelas
La glicina logra configuraciones prohibidas, como las protenas no son simtricas
tienen diferentes valores de absorcin de la luz polarizada a la izquierda o hacia la
derecha, podemos medir esto con espectroscopia de dicrosmo circular, los
espectros de protenas van del UV (190 A 250 nm) el cromoforo es el enlace
peptdico, asi se determina cual es el plegamiento de la protena y su
conformacin (en hlice eta vale 22 y en lamina eta vale 6)
La estructura terciaria es la disposicin tridimensional global de todos los tomos
de una protena, incluye aminocidos que estn alejados de la secuencia
polipeptidica.
La distribucin de subunidades proteicas en complejos tridimensionales es la
estructura cuaternaria.
La estructura terciaria nos permite clasificar a las protenas como fibrosas
(cadenas dispuestas en largas cadenas u hojas) o globulares (distribuidas como
esfricas).
Las fibrosas son mas simples, porque por lo general tienen un solo tipo de
estrcutura secundaria, las globuares tienen varios tipos de estrcuturas
secundarias, las fibrosas dan soporte, estrcutura y forma a los vertebrados, las
globulares son la mayora, es la configuracin de las enzimas.
Las protenas fibrosas fueron hechas para tener funcin estructural, si observamos
su configuracin tiene caractersticas que les dan mucha fuerza y flexibilidad,
como la queratina y el colgeno, todas son insolubles en agua.
La queratina forma una superhlice o coiled coil, , dos hlices se torsionan entre
ellas su enrollamiento es levgiro, es hidrfoba.
El colgeno est en el tejido conjuntivo, la hlice del colgeno es nica (su ngulo
psi es 153), levgira y con 3 a.a por vuelta, tiene 3 cadenas alfa (ojo cadenas, no
hlices), sus cadenas son levogiras, su enrollamiento dextrgiro, es muy
importante la 4-hidroxiprolina en su estructura.
Si no hay vitamina c (ac.ascorbico) hay escorbuto, ella es necesaria para
hidroxilacion de prolinas y lisinas del colgeno (para formar 4-hidroxiprolina o 5hidroxilisina), en el escorbuto se degenera el tejido conjuntivo, hay hemorragias,
perdida de dientes, deficiencia en huesos y finalmente paro cardiaco, james lind
estudio el escorbuto.
La fibroina de la seda tiene estrcutura beta, por lo tanto ya no puede extenderse.
Existe el PDB (protein data bank)

La mioglobina fue la primera protena globular en estudiarse (fija oxigeno y lo lleva

al musculo)
Estructura supersecundaria, plegamiento o MOTIVO; es un patrn de plegamiento
reconocible, producto de la unin de 2 estructuras secundarias.
Ejemplos: lazo b-a-b, barril b, la superhelice .
La estructura tridimensional de una protena se obtiene por cristalogrfia de rayos x(
se genera una serie de puntos difractados, que serian la periferia de la estructura
molecular), resonancia magntica nuclear ( por desplazamiento con hidrogeno en
solucin.
Dominio,; parte estable de una protena qque puede moverse independentemente
como entidad nica.
Tambin existe la SCOP, structural classification of proteins, divide la estructura
de las protenas en cuatro clasesm todo a, todo b, a/b, a+b (a/b se refiere a
alternados y a+b se refiere a segregados o no alternados)
Una protena multisubunidad se conoce como multimero, el multimero tiene pocas
subunidades es oligmero, cada subunidad es llamada protomero, la hemoglobina
es un tetrmero o un dimero de protomero (cada subunidad tiene 2 monomeros
uno alfa y otro beta).
Los oligomeros tienen simetra rotatoria o simetra helicoidal.
La rotatoria puede ser cclica (en un mismo eje) o diedrica (con 2 protmeros), una
ms compleja es la icosaedrica.
La desnaturalizacin es la perdida de la estructura 3d para luego perder la funcin,
puede hacerse por aumento exagerado de la temperatura, por pH, por urea
alcohol o acetona.
Anfinsen estudio la ribonucleasa A y su re naturalizacin, la puso en
mercaptoetanol y urea (reductores).
Cuando la estructura terciaria colapsa es rica en estructuras secundarias y le
llamamos glbulo fundido.
Las chaperonas moleculares pliegan correctamente a los polipeptidos, son las
Hsp70 y las chaperonina, adems impiden la segregacin de polipeptidos no
plegados.
Un mal plegamiento es el responsable de la enfermedad de las vacas locas
(encefalopata espongiforme bovina, prusiner estudio las enfermedades y a la
protena responsable la llamo prin.