Literatura z biochemii

Podstawowa
1) Bakowski E.: Biochemia. Elsevier Urban & Partner, Wrocaw
2010
2) Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L.: Biochemia. PWN, Warszawa
2007
3) Murray R.K., Granner D.K., Mayes P.A., Rodwell V.W.:
Biochemia Harpera. PZWL, Warszawa 2006
Uzupeniajca
1) Koolman J., Rhm K-H.: Biochemia, ilustrowany przewodnik.
PZWL, Warszawa 2005
2) Pasternak K.: Biochemia. Czelej, Lublin 2005
1

Znajomo
struktury
molekularnej
organizmu
ywego
i procesw metabolicznych w nim zachodzcych jest fundamentem
wspczesnej wiedzy medycznej. Tylko na jej podstawie mona
pozna i zrozumie:
nowoczesn fizjologi,
genetyk,
farmakologi,
mikrobiologi,
diagnostyk laboratoryjn.
Znajomo biochemii jest niezbdna do zrozumienia:
istoty procesu patologicznego,
dogbnej diagnozy stanu chorobowego,
poznania mechanizmu dziaania leku.
2

Postp w zakresie biochemii kwasw nukleinowych

i biaek utorowa drog rozwojowi:
biologii molekularnej,
inynierii genetycznej,
biotechnologii.
Umoliwi dogbn diagnostyk szeregu procesw
chorobowych na poziomie molekularnym, stworzy
warunki do uzyskiwania wielu lekw metodami
biotechnologicznymi i da szans rozwoju terapii genowej
- nowego kierunku leczenia, polegajcego na naprawie
aparatu genetycznego komrki.
3

Biochemia cz. 1

opracowa dr J. Szubert
4

I. Waciwoci materii
oywionej
Organizmy
ywe
s
zbudowane
z pierwiastkw wystpujcych w ich martwym
otoczeniu. Podlegaj wszystkim prawom fizyki
i chemii odnoszcymi si do caej materii.
Pomimo to odznaczaj si waciwociami, jakich
nie wykazuj adne zbiory materii nieoywionej.


Organizmy ywe wykazuj wielk zoono

i wysoki stopie organizacji. W przeciwiestwie do materii nieoywionej, ktra skada si
zazwyczaj z przypadkowych mieszanin prostych zwizkw chemicznych, organizmy ywe
wykazuj skomplikowan struktur wewntrzn, obejmujc wiele rodzajw bardzo
zoonych czsteczek oraz zrnicowanie
gatunkowe.
6


Skad pierwiastkowy ywych organizmw

jest jakociowo zupenie rny od skadu ich
rodowiska fizycznego. Spord ponad 100
pierwiastkw wystpujcych w przyrodzie,
jedynie 16 uczestniczy w budowie wszystkich
ywych organizmw. S to: O, C, N, H, S, Na,
K, Mg, Ca, Cl, Mn, Fe, Co, Cu i Zn. Oznacza
to, i tylko niektre z pierwiastkw s przydatne w tworzeniu biomaterii.
7


W
skorupie
ziemskiej
najobficiej
wystpujcymi pierwiastkami s: O, Si, Ca
i Na, natomiast w organizmach ywych s to:
O, C, H i N. Stanowi one cznie okoo 99%
masy komrek. Te cztery pierwiastki tworz
niezwykle zoone elementy strukturalne
biomaterii. Zawdziczaj t zdolno atwoci
w
wytwarzaniu
ze
sob
wiza
kowalencyjnych, polegajcych na wsplnym
uytkowaniu par elektronw.
8


Wikszo skadnikw ywych organizmw

stanowi zwizki organiczne, w skad ktrych
wchodz wgiel i azot. Te dwa pierwiastki
wystpuj w atmosferze i w skorupie ziemskiej
jedynie w postaci wolnej lub w postaci prostych
zwizkw nieorganicznych, jako O2, C02, N2,
wglany i azotany. Na szczegln uwag
zasuguje fakt, i okoo 65-70% masy
organizmw ywych stanowi woda, ktra jest
gwnym nonikiem tej wielkiej iloci tlenu
i wodoru.
9


W odrnieniu od materii nieoywionej,

kady skadnik organizmu ywego peni
okrelon funkcj, a niektre peni po kilka
rnych funkcji. Na przykad, aminokwasy s
jednostkami strukturalnymi biaek, ale su
take jako substraty do biosyntezy hormonw,
barwnikw, koenzymw, zasad purynowych
i
pirymidynowych,
a
ich
szkielety
wglowodorowe s wykorzystywane jako
substraty energetyczne.
10


Zwraca uwag wielka rnorodno

i zoono zwizkw organicznych. Nawet
jednokomrkowe
organizmy
bakteryjne
zawieraj po kilka tysicy rnych biomoleku.
Ich liczba ronie wraz ze stopniem zoonoci
organizmw.
Liczb
rnych
biaek
w organizmie ocenia si na okoo 3000
u bakterii do ponad 5 000 000 u czowieka.
Wikszo z nich wystpuje w ogromnej
liczbie czsteczek.
11


Organizmy kadego gatunku maj wasny,

charakterystyczny dla siebie zestaw biaek
i kwasw nukleinowych. adna z czsteczek
biakowych, czy czsteczek kwasw nukleinowych jednego gatunku nie jest identyczna
z odpowiednimi czsteczkami innego gatunku.
Naley
podkreli,
e
ta
ogromna
i zrnicowana liczba makromoleku powstaje
z prostych elementw skadowych, identycznych
u wszystkich organizmw ywych.
12


Wszystkie biaka, niezalenie od ich

pochodzenia gatunkowego, s zbudowane
z tych samych 20 aminokwasw. Liczba
elementw skadowych, budujcych kwasy
nukleinowe, jest jeszcze mniejsza. Skadaj si
one
z
4
rybonukleotydw
lub
z 4 deoksyrybonukleotydw identycznych
u wszystkich organizmw, niezalenie od ich
przynalenoci gatunkowej.
13

10


ywe organizmy pobieraj i przeksztacaj

energi z otaczajcego je rodowiska
i wykorzystuj j do budowy wasnych
skomplikowanych
struktur
z
prostych
substratw wyjciowych (entropia maleje).
Materia nieoywiona take pochania energi
z zewntrz (np. ciepo lub wiato), lecz
pociga to za sob efekt przeciwstawny,
prowadzi do zmniejszenia stopnia jej
uporzdkowania (wzrasta entropia).
14

11


ywa
komrka
jest
ukadem
izotermicznym, tj. wszystkie jej czci
skadowe wykazuj t sam temperatur.
Z tego powodu nie jest ona zdolna do
wykorzystania energii cieplnej. Ciepo bowiem
moe by przetworzone na prac pod staym
cinieniem tylko wwczas, gdy przechodzi ze
strefy o wyszej temperaturze do strefy
o niszej temperaturze.
15

12


Organizmy autotroficze przyswajaj energi

wietln,
organizmy
heterotroficzne
przyswajaj energi, pochodzc z utleniania
zredukowanych substratw energetycznych.
W obydwu przypadkach energia pochodzca
ze rodowiska jest przetwarzana w energi
chemiczn, ktrej podstawowym nonikiem
jest adenozynotrifosforan (ATP).
16

13


Tylko ta forma energii jest uyteczna

w procesach biosyntezy skadnikw komrek
i macierzy pozako-mrkowej, w transporcie
metabolitw
przez
bony
biologiczne,
w przekazywaniu sygnaw regulacyjnych, lub
moe by zamieniona na prac mechaniczn.
Procesy bioenergetyczne cechuj si wysok
sprawnoci. Okoo 40% energii wytwarzanej
w wyniku utleniania rnych substratw
magazynuje si w postaci ATP. Pozostaa cz
rozprasza si w postaci ciepa.
17

14


W komrce zachodzi jednoczenie, z wysok

wydajnoci,
ogromna
liczba
reakcji
chemicznych. Szybki ich przebieg i dua
wydajno, bez produktw ubocznych, jest
moliwa dziki enzymom - biokatalizatorom wyspecjalizowanym w nadawaniu kierunku
i przyspieszaniu przebiegu okrelonych reakcji.
Umoliwiaj one powstawanie rnych zwizkw
z tych samych substratw. Synteza czsteczki
biaka zawierajcego od 100 do 1000
aminokwasw trwa zaledwie kilka sekund.
18

15


Przebieg procesw chemicznych w komrce

podlega precyzyjnej regulacji. Nastpuje to na
drodze mechanizmw autoregulacyjnych,
funkcjonujcych w kadej komrce, jak
rwnie przez impulsy nerwowe oraz przez
czsteczki regulacyjne pochodzce z innych
komrek, jak hormony czy cytokiny.

19

16


Najbardziej zadziwiajc waciwoci ywych

organizmw jest ich zdolno do precyzyjnego
samoodtwarzania si przez setki i tysice pokole.
Ogromna
ilo
informacji
genetycznych,
przekazywanych z pokolenia na pokolenia, jest
zaszyfrowana
w
znikomej
iloci
kwasu
deoksyrybonukleinowego,
w
postaci
sekwencji
nukleotydowej, charakterystycznej dla kadego
gatunku. adne zbiory materii nieoywionej nie
przejawiaj
jakichkolwiek
tendencji
do
samoodtwarzania si w identycznych formach.
Ta specyfika skadu, budowy i funkcjonowania
biomaterii jest przedmiotem zainteresowania biochemii.
20

17

II. Aminokwasy,
peptydy i biaka

Biaka s podstawowymi skadnikami komrek,
macierzy komrkowej i pynw ustrojowych.
Stanowi one okoo 10% masy ciaa ludzkiego. Ponad
poowa z nich wystpuje w miniach szkieletowych.
S zbudowane z reszt aminokwasowych zespolonych
specyficznymi
wizaniami
kowalencyjnymi,
okrelanymi mianem wiza peptydowych.
21

18


Specyficzna struktura, waciwoci i funkcje

biaek s zdeterminowane przez ich skad
aminokwasowy, sekwencj (kolejno) reszt
aminokwasowych oraz sposb ich powizania.
Z tego powodu rozwaania nad biochemi
biaek musz by poprzedzone poznaniem
budowy i waciwoci aminokwasw.

22

19


Istnieje grupa zwizkw biologicznie

wanych, zwanych peptydami, ktrych skad
i zasadniczy plan budowy odpowiada biakom,
jednak rni si one od biaek mniejsz liczb
reszt aminokwasowych, a tym samym
wielkoci czsteczki i prostsz struktur
przestrzenn.

23

20

Aminokwasy
Aminokwasy s pochodnymi kwasw organicznych,
w ktrych co najmniej jeden z atomw wodoru jest
podstawiony grup aminow. Tylko 20 spord okoo 300
poznanych
aminokwasw
wystpuje
powszechnie
w biakach. Nosz one nazw aminokwasw biakowych.
Kady z nich (z wyjtkiem proliny) ma grup aminow
zwizan z wglem . Pozostae aminokwasy peni inne
funkcje. Trzy z nich: hydroksyprolina, hydroksylizyna,
-karboksyglutaminian, wystpuj tylko w nielicznych
biakach, inne spotyka si w niektrych peptydach,
w poczeniach niebiakowych lub w postaci wolnej.
24

21

1. Struktura i systematyka
aminokwasw biakowych
Kady aminokwas biakowy (z wyjtkiem proliny) cechuje
si jednakowym ukadem podstawnikw przy wglu a. S
to: grupa aminowa, grupa karboksylowa, atom wodoru
i acuch boczny o rnej budowie, ktry oznacza si
symbolem R (ryc.1). W fizjologicznym pH (okoo 7,4)
wikszo grup karboksylowych jest zdysocjowana, tworzy
anion: -COO, a wikszo grup aminowych wie H+,
tworzc kation: -N . Dominujc form aminokwasu
jest
wic
jon
obojnaczy,
bdcy
przeciwstawnych adunkw elektrycznych.

nonikiem
25

22

Dlatego do celw dydaktycznych przyjto jako

regu zapisywanie wzorw strukturalnych
aminokwasw z grup aminow w postaci
kationowej: -N
i grup karboksylow

w postaci anionowej: -COO (ryc.1).

Struktura acucha bocznego decyduje o roli
aminokwasu w biaku. Z tego wzgldu uyteczny
jest podzia aminokwasw na kilka grup, zalenie od charakteru ich acuchw bocznych,
biorc za podstaw podziau ich polarno oraz
adunek elektryczny.
26

23

27

24

a) Aminokwasy z acuchami niepolarnymi

Do tej grupy aminokwasw nale: alanina,
walina, leucyna, izoleucyna, fenyloalanina,
tryptofan, metionina i (nietypowy aminokwas)
prolina, ktra zamiast grupy -aminowej ma
grup iminow =N-H, wbudowan w struktur
piercienia pirolidynowego. Do tej samej grupy
zalicza si rwnie glicyn, chocia aminokwas
ten nie ma bocznego acucha wglowodorowego, a jego miejsce zajmuje atom wodoru
(ryc.2).
28

25

29

26

acuchy boczne tej grupy aminokwasw nie

maj adnych grup funkcyjnych. Nie oddaj, ani
nie przyczaj protonw, nie uczestnicz
w tworzeniu wiza jonowych ani wodorowych.
S hydrofobowe; nie wi wody.

30

27

Hydrofobowy charakter acuchw bocznych

aminokwasw niepolarnych, wbudowanych do
biaka, ujawnia si w rodowisku wodnym.
acuchy te unikaj kontaktu z wod, przylegaj nawzajem do siebie, kierujc si ku wntrzu
czsteczki biakowej. W rodowisku wodnym
zachowuj si jak kropelki oleju, ktre cz si
ze sob w wiksze krople, zmniejszajc sumaryczn powierzchni ich kontaktu z wod.
31

28

b)Aminokwasy z acuchami
polarnymi bez adunku
Do tej grupy aminokwasw nale: seryna,
treonina, tyrozyna, asparagina, cysteina i glutamina
aminokwasw,
(ryc.3).
acuchy
boczne
w fizjologicznym pH, wykazuj zerowy adunek
elektryczny, ale w rodowisku alkalicznym grupa
-SH cysteiny i grupa -OH tyrozyny mog odcza
protony. Seryna, treonina i tyrozyna zawieraj
grupy hydroksylowe, ktre mog uczestniczy
w tworzeniu wiza wodorowych.
32

29

33

30

acuchy boczne cysteiny zawieraj grupy

sulfhydrylowe (-SH), ktre s wanym
elementem skadowym miejsc aktywnych wielu
enzymw. W biakach grupy -SH dwu reszt
cysteilowych mog utlenia si, tworzc dimer
zwany cystyn, zespolony poprzez wizanie
kowalencyjne,
zwane
mostkiem
dwusiarczkowym lub disulfidowym. Mostki takie
maj istotne znaczenie w stabilizacji struktury
przestrzennej biaek (ryc.4).
34

31

35

32

Grupy hydroksylowe (-OH) reszt seryny,

treoniny i tyrozyny - wbudowanych do biaka mog by miejscem wizania fosforanu. Proces
ten nosi nazw fosforylacji biaek. acuch
boczny seryny jest wanym skadnikiem miejsc
aktywnych wielu enzymw. Grupa amidowa
asparaginy oraz grupy hydroksylowe seryny,
treoniny i hydroksylizyny mog by miejscem
wizania skadnikw cukrowych. Proces ten nosi
nazw glikozylacji biaek.
36

33

c) Aminokwasy z acuchami kwasowymi

Tylko dwa aminokwasy nale do tej grupy.
S to kwas asparaginowy i kwas glutaminowy
(ryc.5). acuchy boczne tych aminokwasw
zawieraj grupy karboksylowe, dysocjujce
+
z uwolnieniem H . W obojtnym pH ulegaj one
penej jonizacji i staj si nonikami adunku

ujemnego (-COO ). Z tego powodu zasadne jest

uywanie nazwy asparaginian, na okrelenie
kwasu asparaginowego i glutaminian, na
okrelenie kwasu glutaminowego.
37

34

Chocia te pierwsze nazwy s poprawne, na

og uywa si tych drugich. Wnosz one bowiem
istotne informacje o tych aminokwasach.
Wskazuj, i w rodowisku o fizjologicznej
wartoci
pH
s
one
anionami:
asparaginianowym i glutaminianowym. Takie
nazewnictwo ma zastosowanie wycznie do tych
dwch aminokwasw.

38

35

39

36

d) Aminokwasy z acuchami zasadowymi

Do tej grupy aminokwasw nale: lizyna,
arginina i histydyna (ryc.6). Ich acuchy boczne
zawieraj grupy wice protony. S to grupa
-aminowa lizyny, grupa guanidynowa argininy
i
piercie
imidazolowy
histydyny.
W fizjologicznych warunkach pH acuchy boczne
lizyny i argininy s naadowane dodatnio.
W przeciwiestwie do nich, acuch boczny
histydyny ma sabe waciwoci zasadowe,
w fizjologicznych warunkach pH wikszo
czsteczek nie jest naadowana.
40

37

41

38

2. Aminokwasy rzadko
wystpujce w biakach
Niektre biaka, oprcz wymienionych 20
aminokwasw biakowych, zawieraj dodatkowe
aminokwasy. Do nich nale przede wszystkim:
hydroksyprolina i hydroksylizyna, a w mniejszej
iloci take kwas -karboksyglutaminowy,
ktry w postaci anionowej nosi nazw
-karboksyglutaminianu (ryc.7).

42

39

43

40

Hydroksyprolina wystpuje niemal wycznie

w kolagenie i w elastynie, natomiast
hydroksylizyna wystpuje tylko w kolagenie.
Biorc pod uwag fakt, i kolagen stanowi ponad
30%
biaek
ustrojowych,
zawarto
hydroksyproliny i hydroksylizyny w organizmie
jest do wysoka. Trzeci z tych aminokwasw,
-karboksyglutaminian, wystpuje w biakach
osoczowych
uczestniczcych
w
procesie
krzepnicia krwi.
44

41

3. Aminokwasy egzogenne i endogenne

Podzia aminokwasw, nie opierajcy si na
ich budowie a jedynie na pochodzeniu, to podzia
na aminokwasy egzogenne (organizm nie
wytwarza ich, dlatego niezbdne jest ich
dostarczanie z poywieniem) oraz endogenne
(organizm potrafi je sam wytworzy). Do
aminokwasw egzogennych nale: histydyna,
leucyna,
izoleucyna,
lizyna,
metionina,
fenyloalanina, treonina, walina i tryptofan.
45

42

4. Symbolika aminokwasw biakowych

Kademu
aminokwasowi
biakowemu
przypisano symbol trjliterowy i symbol
jednoliterowy.
Symbole
trjliterowe
to
najczciej pierwsze trzy litery nazwy
anglojzycznej poszczeglnych aminokwasw.
Wyjtkami s amid kwasu glutaminowego;
glutamina (Gln) i amid kwasu asparaginowego;
asparagina (Asn).
46

43

Symbol jednoliterowy - to pierwsza litera

nazwy anglojzycznej w sytuacji, gdy tylko jeden
aminokwas rozpoczyna si od tej litery. Jeeli
wicej ni jeden aminokwas rozpoczyna si od
danej litery, wwczas pierwsz liter nazwy
przypisuje si temu aminokwasowi, ktry
wystpuje najczciej.

47

44

Alanina wystpuje czciej ni arginina, dlatego

przypisano jej symbol A. To samo uczyniono
wobec kilku innych aminokwasw najobficiej
wystpujcych: glicyny (G), leucyny (L), treoniny
(T). Wszystkie one nosz symbole jednoliterowe,
identyczne z pierwsz liter ich nazwy. Natomiast
inne aminokwasy o nazwach rozpoczynajcych si
od tych liter nosz inne symbole: np. glutaminian
(E), (lizyna (K), a tyrozyna (Y). Wykaz
aminokwasw biakowych oraz ich symboli
przedstawia tabela 1.
48

45

Tabela l.
Nazwy oraz
symbolika
aminokwasw
biakowych

49

46

5. Aminokwasy niebiakowe
Wikszo
aminokwasw
wystpujcych
w przyrodzie nie uczestniczy w tworzeniu biaek.
Nosz one nazw aminokwasw niebiakowych.
Wiele z nich peni bardzo istotne funkcje
biologiczne.

50

47

Niektre s:

hormonami (tyroksyna, trijodotyronina),

wchodz w skad koenzymu A ((3-alanina),

uczestnicz
w
przebiegu
cyklu
mocznikowego (ornityna i cytrulina),

peni funkcj przekanika sygnaw
w centralnym ukadzie nerwowym (kwas
-aminomasowy),

s metabolitami porednimi, powstajcymi
w
trakcie
przemiany
aminokwasw
siarkowych (homocysteina i homoseryna)
(ryc.8).
51

48

52

49

6. Biologiczne znaczenie aminokwasw

Aminokwasy

s przede wszystkim elementami

skadowymi peptydw i biaek.

Uczestnicz w budowie centrw katalitycznych
enzymw.

S substratami, z ktrych powstaj niektre
hormony, jak adrenalina, noradrenalina,
tyroksyna,
trijodotyronina,
histamina,
serotonina, dopamina, melatonina.

Niektre aminokwasy s wbudowywane do
barwnikw biologicznych: melaniny i hemu.
53

50


Inne

uczestnicz
w
syntezie
drobnoczsteczkowych skadnikw enzymw zwanych koenzymami - np. koenzym A lub
kwas tetrahydrofoliowy.

Pewne z nich s przeksztacane w przekaniki
sygnaw
nerwowych
zwane
neurotransmiterami - np. acetylocholina czy
kwas -aminomasowy.

Niektre
aminokwasy
s
substratami
zuywanymi w biosyntezie puryn i pirymidyn zasad
wystpujcych
w
nukleotydach
i kwasach nukleinowych.
54

51


Z

aminokwasw powstaj niektre elementy

skadowe fosfolipidw.

Siarka
zawarta w aminokwasach jest
utleniana do siarczanu, a ten uczestniczy
w procesach detoksykacji lub w syntezie
niektrych polisacharydw (siarczanowanych
glikozoaminoglikanw).

Ponadto,
szkielety
wglowodorowe
aminokwasw s zuywane do syntezy
substratw energetycznych: glukozy lub cia
ketonowych.
55

52

Peptydy
Aminokwasy wi si ze sob poprzez reakcj
grupy -karboksylowej z grup -aminow. Powstaje
wizanie peptydowe, odcza si czsteczka wody.
Poczenie dwch aminokwasw daje dipeptyd
(ryc.9.). Poczenie kilku do kilkunastu aminokwasw
tworzy oligopeptyd (gr. oligo - kilka). Dusze
peptydy,
zawierajce
po
kilkadziesit
reszt
aminokwasowych, nosz nazw polipeptydw. Nie
ustalono powszechnie obowizujcej granicy midzy
oligo- i polipeptydami.
56

53

57

54

1. Wizanie peptydowe
Aminokwasy uczestniczce w tworzeniu peptydu
trac fragmenty czsteczek: -OH z grupy
karboksylowej i H z grupy aminowej, ktre
odczaj si w postaci wody. Prawdopodobnie
dlatego aminokwasy zawarte w peptydach
i biakach nosz nazw reszt aminokwasowych
(Ryc.10).
Nazwy
poszczeglnych
reszt
aminokwasowych nie s jednobrzmice z nazwami
aminokwasw, chocia zachowuj rdze nazwy.
58

55

Mona uywa zamiennie terminw: np. reszta

proliny lub reszta prolilowa, reszta lizyny lub reszta
lizylowa, reszta histydyny lub reszta histydylowa.
Niepoprawnymi natomiast s nazwy: reszta
prolinowa", reszta lizynowa" czy reszta
histydynowa".

59

56

60

57

Peptydy s strukturami nierozgazionymi. Maj

dwa charakterystyczne koce. Na jednym z nich
wystpuje aminokwas z woln grup a-aminow.
Nosi on nazw koca aminowego lub koca N,
a aminokwas bdcy nonikiem tej grupy nazywa
si aminokwasem N-kocowym. Na drugim kocu
wystpuje
aminokwas
z
woln
grup
-karboksylow.
Nosi
on
nazw
koca
karboksylowego lub koca C, natomiast aminokwas
bdcy nonikiem tej grupy nosi nazw
aminokwasu C-kocowego (ryc.11).
61

58

Grupa
karboksylowa
aminokwasu
C-kocowego moe wej w reakcj z grup
aminow aminokwasu N-kocowego. T drog
peptyd liniowy przeksztaca si w peptyd
piercieniowy, czyli cykliczny, nieposiadajcy
koca aminowego ani koca karboksylowego
(ryc.11). Nie ma on moliwoci przyczania
dalszych reszt aminokwasowych.

62

59

63

60

2. Nazewnictwo peptydw
Nazw peptydu rozpoczyna si od nazwy reszty
aminokwasu N-kocowego, potem wymienia si
nazwy kolejnych reszt aminokwasowych, a koczy
si nazw aminokwasu C-kocowego w jej
oryginalnym brzmieniu. Na przykad: dipeptyd
zoony z cysteiny z woln grup -NH2 (-N )

i treoniny z woln grup COOH (-COO ) to

cysteinylotreonina. Natomiast dipeptyd zoony
z tych samych aminokwasw, lecz poczonych
w odwrotnej kolejnoci, to treonylocysteina (ryc.12).
64

61

65

62

Kolejno
(sekwencj)
aminokwasw
w peptydach zapisuje si za pomoc symboli
trjliterowych lub jednoliterowych. Na przykad,
peptyd o sekwencji aminokwasowej: Arg-Lys-ValLeu (RKVL), to arginylo-lizylo-walilo-leucyna,
natomiast peptyd o identycznym skadzie, lecz
o odwrotnej sekwencji aminokwasowej: Leu-ValLys-Arg (LVKR), to leucylo-walilo-lizyloarginina.
66

63

W nazewnictwie peptydw - szczeglnie tych

o krtkim acuchu - uwzgldnia si liczb reszt
aminokwasowych. Na przykad nazwy: dipeptyd,
tripeptyd, tetrapeptyd, pentapeptyd, oznaczaj
peptydy zawierajce odpowiednio: dwie, trzy,
cztery, pi reszt aminokwasowych. Peptydom
biologicznie wanym przypisano odpowiednie
nazwy zwyczajowe.

67

64

3. Peptydy penice funkcje biologiczne

Glutation jest tripeptydem o nietypowej strukturze.
Skada si z glutaminianu, cysteiny i glicyny. Peptyd ten
wystpuje w formie zredukowanej i utlenionej. Glutation
zredukowany posiada woln grup sulfhydrylow (-SH).
Glutation utleniony powstaje poprzez utlenienie (odczenie
pary atomw wodoru) od grup -SH dwu czsteczek
glutationu zredukowanego. Atomy siarki pozbawione
wodoru wi si ze sob, tworzc mostek dwusiarczkowy,
zwany take mostkiem disulfidowym. Powstaje glutation
utleniony (ryc.13). Zdolno glutationu do przechodzenia na
przemian w stan utleniony i zredukowany jest niezwykle
wana w procesach oksydacyjno-redukcyjnych.
68

65

69

66

Kininy s kolejnymi peptydami o niewielkiej

masie czsteczkowej. Jedna z nich - kalidyna - jest
dekapeptydem, a druga - bradykinina - jest
nanopeptydem. Rni si tylko jednym
aminokwasem (Lys), ktry wystpuje w kalidynie,
jako aminokwas N-kocowy. Nie ma go natomiast
w bradykininie. Obydwie kininy rozszerzaj
naczynia krwionone, natomiast kurcz minie
gadkie przewodu pokarmowego.
70

67

Angiotensyny: I i II
Angiotensyna I jest dekapeptydem. Odczenie dwu
ostatnich reszt aminokwasowych, w postaci dipeptydu:
His-Leu, przeksztaca angiotensyn I w bardzo
aktywny oktapeptyd, zwany angiotensyn II.
Angiotensyna II kurczy minie gadkie drobnych
naczy krwiononych, podnosi cinienie ttnicze,
zwiksza si skurczu minia sercowego, nasila
aktywno ukadu nerwowego wspczulnego, reguluje
biosyntez i wydzielanie niektrych hormonw,
uczestniczy w regulacji rwnowagi wodnoelektrolitowej.
71

68

Enkefaliny i endorfiny s pentapeptydami wystpujcymi

w mzgu. Wykazuj silne dziaanie przeciwblowe. S to
Met-enkefalina i Leu-enkefalina.
Endorfiny s peptydami wystpujcymi w przysadce
mzgowej. Podobnie jak enkefaliny wykazuj dziaanie
przeciwblowe.
Endorfina zawiera 16 reszt aminokwasowych.
Endorfina skada si z 31 reszt aminokwasowych.
Endorfina zawiera 27 aminokwasw.
Wszystkie endorfiny powstaj ze wsplnego prekursora.
Jest nim polipeptyd zwany lipotropin , zawierajcy 91
reszt aminokwasowych. Przez jego rozkad powstaj
endorfiny.
72

69

Oksytocyna i wazopresyna s nanopeptydami

produkowanymi przez tylny pat przysadki
mzgowej.
Rni
si
jedynie
dwoma
aminokwasami. Cysteina wystpujca w pozycji 4
i 9 wytwarza wewntrzczsteczkowy mostek
dwusiarczkowy (ryc.14).
Oksytocyna
jest
hormonem
pobudzajcym
czynno skurczow macicy w okresie porodu,
natomiast wazopresyna, zwana inaczej adiuretyn,
pobudza resorpcj wody w kanalikach nerkowych,
a w dawkach farmakologicznych kurczy naczynia
krwionone i podnosi cinienie ttnicze.
73

70

74

71

Formalnie nie ustalono granicy midzy peptydem

a bialkiem. Zwyczajowo uwaa si, e peptyd
(polipeptyd)
zawiera
do
100
reszt
aminokwasowych,
co
odpowiada
masie
czsteczkowej okoo 10kDa. Z tego powodu do
peptydw naley zaliczy take niektre hormony,
np. parathortnon, kalcytonina, glukagon,
insulina czy hormon adrenokortykotropowy
(ACTH).

75

72

Biaka
Biaka s wielkoczsteczkowymi produktami
powstaymi
poprzez
interakcj
grup
-karboksylowych z grupami -aminowymi
aminokwasw
z
wytworzeniem
wiza
peptydowych. Nie ma formalnej granicy midzy
peptydami i biakami. Zwyczajowo uznaje si, e
produkt
zawierajcy
ponad
100
reszt
aminokwasowych i wykazujcy mas czsteczkow
powyej l0 kDa jest biakiem.
76

73

W skad jednego acucha biakowego wchodzi

od 100 do 1000 (niekiedy wicej) reszt
aminokwasowych. Masa czsteczkowa wikszoci
biaek (a cilej pojedynczych acuchw
biakowych) waha si od l0 do 100 kDa. Nieliczne
z nich osigaj mas czsteczkow okoo 1000 kDa.
W wikszoci biaek wystpuje 20 aminokwasw.
Nieliczne biaka (przede wszystkim kolagen)
zawieraj
dodatkowo
hydroksyprolin
i hydroksylizyn, a niektre biaka osoczowe uczestniczce w krzepniciu krwi - zawieraj
jeszcze -karboksyglutaminian.
77

74

Struktura biaek jest pojciem bardzo zoonym.

Obejmuje ona sposb powizania ze sob
poszczeglnych aminokwasw, ich kolejno (czyli
sekwencj), sposb przestrzennego pofadowania
acuchw biakowych oraz moliwo wzajemnego
wizania si ze sob dwch lub wikszej liczby
acuchw w jedn czsteczk.
Rozrnia si cztery podstawowe typy (poziomy)
struktur biaka. S to struktury: pierwszorzdowa,
drugorzdowa, trzeciorzdowa i czwartorzdowa.
Trzy ostatnie s okrelane wspln nazw:
konformacja biaka.
78

75

79

76

80

77

l. Struktura pierwszorzdowa biaek

Struktura pierwszorzdowa okrela sekwencj,
czyli kolejno reszt aminokwasowych w acuchu
biakowym. Poszczeglne reszty aminokwasowe s
poczone kowalencyjnie poprzez wizania
peptydowe. Schemat struktury pierwszorzdowej
przedstawia ryc.16.

81

78

82

79

Jakkolwiek w biaku wystpuje tylko 20

aminokwasw, to liczba ich kombinacji jest niezwykle
wysoka. Przy dugoci acucha, odpowiadajcej 100
resztom aminokwasowym, liczba moliwych kombinacji
100
wynosi 20 . Warto ta narasta w miar zwikszania
si dugoci acucha biakowego. acuch zoony
1000
z 1000 reszt aminokwasowych stwarza moliwo 20
wzajemnych kombinacji tych 20 aminokwasw. S to
liczby niewyobraalnie due. Jednak w biakach
wystpuj tylko niektre, spord teoretycznie
moliwych sekwencji aminokwasowych. Sekwencja
aminokwasowa
biaek
jest
zdeterminowana
genetycznie.
83

80

Wiele biaek wykazuje daleko idce podobiestwo

(homologi) sekwencji aminokwasowej. Gdyby
ponumerowa poszczeglne reszty od koca
aminowego w kierunku koca karboksylowego,
okazaoby si, e pewne biaka na znacznej przestrzeni,
w odpowiadajcych sobie pozycjach, posiadaj te same
aminokwasy. Takie odcinki acucha biakowego
nosz nazw sekwencji homologicznych. Zazwyczaj
biaka zawierajce sekwencje homologiczne peni
podobne funkcje biologiczne.
84

81

Na przykad trypsyna i chymotrypsyna, biaka

o wysokim stopniu homologii, s enzymami
proteolitycznymi (trawicymi biaka). Natomiast
homologiczne wzgldem siebie acuchy i
hemoglobiny oraz (chocia w mniejszym stopniu)
acuchy mioglobiny, wykazuj zdolno do
wizania tlenu czsteczkowego.

85

82

Sekwencja
aminokwasowa
biaka
to
podstawowy element, od ktrego zaley jego
zdolno do penienia funkcji biologicznej.
Wykazano to przekonujco na przykadzie
hemoglobiny - biaka krwinek czerwonych transportujcego tlen z plu do innych narzdw.
Stwierdzono, i zastpienie choby jednego
aminokwasu innym aminokwasem powoduje
powstanie hemoglobiny patologicznej. Opisano
ponad 400 takich hemoglobin.
86

83

Hemoglobina jest biakiem zoonym z 4 (parami

jednakowych)
acuchw
biakowych,
zwanych
podjednostkami. Czsteczka hemoglobiny zawiera 2
podjednostki i 2 podjednostki . Krwinki czerwone,
obarczone zmienion hemoglobin, maj nietypowy ksztat,
yj krcej, s bardzo podatne na hemoliz (uszkodzenie bon
komrkowych - poczone z uwalnianiem hemoglobiny do
osocza). Stan ten prowadzi do obnienia liczby erytrocytw
we krwi. Produkty ich rozpadu s wychwytywane przez
wtrob i ledzion, prowadzc do powikszenia tych
narzdw. We krwi ronie stenie bilirubiny, ktra jest
produktem rozpadu hemu zawartego w hemoglobinie. Rozwija
si obraz chorobowy okrelany niedokrwistoci (anemi)
hemolityczn.
87

84

Kolejnym przykadem patologii molekularnej

s
pojedyncze
zmiany
w
sekwencji
aminokwasowej kolagenu tkanki kostnej.
Zastpienie pojedynczych reszt glicyny przez inny
aminokwas: arginin, cystein, seryn czy alanin
zaburza tworzenie struktury przestrzennej kolagenu.
Rozwija si zesp chorobowy zwany: wrodzon
amliwoci koci (osteogenesis imperfecta),
cechujcy si drastycznym obnieniem odpornoci
mechanicznej tkanki kostnej, a w konsekwencji
skonnoci do zama koci.
88

85

2. Struktura drugorzdowa biaek

Struktura drugorzdowa biaka jest to sposb
przestrzennego
rozmieszczenia
acucha
polipeptydowego. Struktura drugorzdowa biaek
moe by badana metodami dyfrakcji promieni
X. Promienie te ulegaj rozproszeniu lub ugiciu
przez elektrony otaczajce kady atom. Najsilniej
uginaj promienie X atomy o duej gstoci
elektronowej, natomiast najsabiej - atomy o maej
gstoci elektronowej, np. atomy wodoru.
89

86

a) -Helisa
Najczciej spotykan form struktury
drugorzdowej jest -helisa (ryc.17). Jest to
specyficzna forma spirali. Na jeden skrt -helisy
przypada 3,6 reszt aminokwasowych. Na zewntrz
stercz"
acuchy
boczne
aminokwasw,
oznaczone na rycinie symbolem R. wiato
wewntrzne spirali jest znikomo mat. Skok spirali
wynosi 0,54 nm, a odlego osiowa dwu reszt
aminokwasowych wynosi 0,15 nm.
90

87

91

88

Taki ukad wyrnia si od innych struktur

spiralnych tym, e pozwala na tworzenie
wewntrzacuchowych,
midzyzwojowych
wiza wodorowych. W -helisie wizanie
wodorowe powstaje pomidzy atomem wodoru
zawartym w grupie =N-H jednego wizania
peptydowego, a tlenem grupy =CO, nalecej do
czwartego z kolei aminokwasu.

92

89

Zagszczenie aminokwasw, ktrych acuchy

boczne s nonikami adunkw elektrycznych
(glutaminianu, asparaginianu, histydyny, lizyny lub
argininy), destabilizuje -helis, z uwagi na
oddziaywania elektrostatyczne pomidzy grupami
obdarzonymi adunkiem. Ponadto aminokwasy
z duym (jak tryptofan) lub rozgazionym (jak
walina czy izoleucyna) acuchem bocznym, take
destabilizuj -helis. Obecno proliny w acuchu
biakowym powoduje znieksztacenie -helisy, gdy
azot wbudowany do piercienia pirolidynowego
zaburza geometri wizania peptydowego.
93

90

Obecno aminokwasw destabilizujcych

i znieksztacajcych sprawia, i struktura
-helisy na og nie jest ciga. Na przykad
-keratyna (biako wystpujce we wosach, paznokciach i w powierzchniowej warstwie naskrka)
jest niemal cakowicie objta struktur -helisy,
natomiast hemoglobina tylko w 80%, a lizozym
(biako enzymatyczne) jedynie w 25%. Kolagen
i elastyna (biaka obfitujce w prolin
i hydroksyprolin) w ogle nie wytwarzaj
struktury -helisy.
94

91

b) Struktura
Struktura zwana jest take pofadowan kartk"
lub harmonijk ". acuch biakowy o strukturze
jest bardziej rozcignity w kierunku osiowym, ni
acuch o strukturze -helisy. Odlego dwu ssiednich
reszt aminokwasowych jest ponad dwukrotnie wiksza ni
w acuchu o strukturze a-helisy i wynosi okoo 0,35 nm.
W
biakach o
strukturze

nie
wystpuj
wewntrzacuchowe wizania wodorowe midzy
grupami =CO (n) i grupami =N-H (n+4). Wizania takie
powstaj natomiast midzy grupami =C=O i =N-H
ssiadujcych ze sob acuchw i s usytuowane
poprzecznie do ich dugiej osi (ryc.18).
95

92

96

93

Wizanie peptydowe jest tak skonstruowane, i

atomy grup =C=O i =N-H i dwa ssiednie atomy
wgla tworz jedn paszczyzn. Wgiel kadej
reszty aminokwasowej jest miejscem styku tych
paszczyzn. Z tych wzgldw biako o strukturze
moe by traktowane jako ukad sztywnych
paszczyzn ustawionych wzgldem siebie pod
pewnym ktem. Dlatego zasadne jest nazywanie tej
formy
przestrzennej
biaka
struktur
pofadowanej kartki lub struktur harmonijki .
97

94

Struktur posiada np. fibroina jedwabiu lub

-keratyna, powstajca przez rozcignicie
acuchw -keratyny pod dziaaniem rozgrzanej
pary wodnej. Rozcignicie wkien (wosw,
weny)
jest
skutkiem
rozrywania
wewntrzacuchowych
wiza
wodorowych
wystpujcych w -keratynie i zastpienie ich
midzyacuchowymi wizaniami wodorowymi
wystpujcymi w -keratynie.

98

95

c) Struktura trzeciorzdowa biaek

Struktura trzeciorzdowa biaek okrela sposb
wtrnego, trjwymiarowego pofadowania czsteczki
biaka z zachowaniem wyej opisanych elementw
struktury
drugorzdowej.
Sposb
przestrzennego
upakowania czsteczki biaka jest zdeterminowany przez
jego struktur pierwszorzdow (a porednio take przez
drugorzdow).
Struktura
trzeciorzdowa
jest
stabilizowana poprzez interakcje acuchw bocznych
reszt aminokwasowych, zarwno poprzez wizania
kowalencyjne (mostki dwusiarczkowe) (ryc.19.), jak
i wizania niekowalencyjne o niskiej energii (ryc.20.).
99

96

100

97

101

98

Przykady struktur trzeciorzdowych

Mioglobina

- biako mini szkieletowych

wice tlen czsteczkowy (O2) - skada si ze 153
reszt aminokwasowych i trwale zwizanej
czsteczki barwnika, zwanego hemem. Okoo 75%
reszt aminokwasowych jest objtych struktur
-helisy. Wyrnia si 8 odcinkw -helikalnych,
zawierajcych od 7 do 23 reszt aminokwasowych,
rozdzielonych odcinkami o sekwencji niehelikalnej
(ryc.21).
102

99

103

100

Lizozym

- biako enzymatyczne trawice

ciany polisacharydowe komrek bakteryjnych
- skada si ze 129 reszt aminokwasowych. Tylko
25% z nich jest objtych struktur -helisy.
W biaku tym wystpuje wicej zagi acucha ni
w przypadku mioglobiny.

104

101

d) Struktura czwartorzdowa biaek

Biaka o wysokiej masie czsteczkowej s
zazwyczaj oligomerami, skadajcymi si z dwch lub
wikszej liczby acuchw polipeptydowych, zwanych
podjednostkami. Bywaj one identyczne lub rne.
Mog funkcjonowa niezalenie od siebie lub ze sob
wspdziaa. Skad podjednostkowy i wzajemny
ukad przestrzenny podjednostek w obrbie jednej
czsteczki biakowej jest nazywany struktur
czwartorzdow biaka. W odrnieniu od struktur
wyej opisanych, ta ostatnia wystpuje tylko
w niektrych biakach.
105

102

Na og podjednostki biakowe, uczestniczce

w tworzeniu struktury czwartorzdowej, s
zespolone ze sob wizaniami niekowalencyjnymi
o niskiej energii, jak wizania hydrofobowe, jonowe
lub wodorowe. W niektrych biakach struktura ta
jest stabilizowana poprzez mostki dwusiarczkowe
pomidzy resztami cysteiny nalecymi do rnych
podjednostek. Jedynie w kolagenie i w elastynie
wystpuj
bardzo
stabilne
wizania
kowalencyjne pomidzy podjednostkami.
106

103

Bardzo
dobrze
poznano
struktur
czwartorzdow hemoglobiny (Ryc.22.), wielu
biaek enzymatycznych - przede wszystkim
dehydrogenazy
mleczanowej
oraz
immunoglobulin - biaek osoczowych penicych
funkcje odpornociowe.

107

104

108

105

Inny podzia biaek

Przy tak zoonej i licznej grupie zwizkw chemicznych,
jakimi s biaka, oczywiste jest wystpowanie wielu cech,
ktre mog lee u podstaw ich dzielenia i szeregowania.

I tak, ze wzgldu na struktur czsteczki, biaka moemy
podzieli na:
1) fibrylarne (skleroproteiny, wkienkowe) podporowe,
np. kolagen,
2) globularne (sferoproteiny) np. albumina, globulina.

Podziau moemy take dokona ze wzgldu na
rozpuszczalno w wodzie. Dzielimy wtedy biaka na:
1) rozpuszczalne w wodzie,
2) nierozpuszczalne w wodzie.
109

106


Kolejny podzia moe dotyczy skadu biaek.

W takim przypadku mwimy o:
1) biakach prostych (zbudowanych jedynie z AA),
2) biakach zoonych (zbudowanych z AA oraz
innego
komponentu):
metaloproteiny,
fosfoproteiny, ipoproteiny, nukeoproteiny,
glikoproteiny, chromoproteiny (barwne).

Jeszcze inny podzia wyodrbnia grupy
o waciwociach katalitycznych (enzymy) i bez
tych waciwoci (biaka nieenzymatyczne
najczciej strukturalne).
110

107


Gdy biako znajdzie si w skrajnych warunkach,

jego struktura moe ulec zniszczeniu. Najczciej
uywanym okreleniem tego zjawiska jest
denaturacja. Mona j okreli jako proces
nieodwracalnego
zniszczenia
i
zmiany
konformacji (uporzdkowania przestrzennego
biaka). Denaturacja moe by spowodowana:
podwyszon temperatur dziaaniem kwasw
i zasad, jonw metali cikich, detergentw,
stonych roztworw mocznika i guanidyny,
promieniowania
X,
UV
oraz
innego
promieniowania jonizujcego.
111

108

Funkcje biologiczne biaek

Biaka s grup biomoleku o rnorodnych
funkcjach biochemicznych. Przede wszystkim
s one elementami strukturalnymi komrek.
Uczestnicz w tworzeniu bon plazmatycznych,
odzielajcych komrk od jej rodowiska, oraz
bon wewntrzkomrkowych otaczajcych
rne
organelle
komrkowe
(jdra,
mitochondria, lizosomy).
112

109


Niektre biaka bon plazmatycznych i biaka

bon wewntrzkomrkowych peni funkcje
przenonikowe. Umoliwiaj one wymian
metabolitw
pomidzy
poszczeglnymi
przedziaami komrkowymi, midzy komrk
a jej otoczeniem oraz pozwalaj na utrzymanie
gradientu (zrnicowania) ste niektrych
metabolitw
po
obydwu
stronach
wspomnianych bon.

113

110


Wiele biaek wchodzi w skad bon siateczki

endoplazmatycznej, rybosomw i chromatyny
jdrowej. Biaka mini, zarwno gadkich, jak
i poprzecznie prkowanych, umoliwiaj ich
kurczliwo.

114

111


Biaka
s
podstawowymi
skadnikami
macierzy pozakomrkowej. Niektre z nich
tworz struktury wkniste, z ktrych
zbudowane s cigna (kolagen) lub wizada
(elastyna).
Inne
(niektre
kolageny
i proteoglikany) tworz bony podstawne,
oddzielajce
tkank
nabonkow
od
podcieliska cznotkankowego.

115

112


Liczne biaka peni funkcje transportowe, np.

hemoglobina przenosi tlen z puc do rnych
tkanek oraz uczestniczy w transporcie CO2
w kierunku odwrotnym. Niektre z biaek zapewniaj
rozpuszczalno
substancjom
hydrofobowym, np. albumina osoczowa wie
i transportuje kwasy tuszczowe, apoproteiny
osoczowe wice rne zwizki lipidowe,
zapewniajc ich rozpuszczalno w osoczu
i transport midzynarzdowy. Inne biaka
wi i transportuj jony metali, bilirubin,
hormony i witaminy.
116

113


Istnieje
grupa
biaek
zwanych
immunoglobulinami,
ktre
zapewniaj
odporno przeciw infekcjom bakteryjnym
i wirusowym. Liczne biaka (enzymy) peni
funkcje katalityczne, a inne s ich inhibitorami.
Niektre
biaka
osoczowe
zapewniaj
krzepliwo krwi, przez co zapobiegaj jej
utracie w przypadku przerwania cigoci
ciany naczyniowej, a inne zapobiegaj
wewntrznaczyniowemu
krzepniciu
krwi
(powstawaniu zakrzepw), przez co zapewniaj
drono naczy ylnych i ttniczych.
117

114


Niektre biaka s hormonami, czynnikami

wzrostowymi (pobudzajcymi wzrost i podziay
komrek) lub interleukinami. Gwna rola
fizjologiczna tych ostatnich polega na regulacji
czynnoci komrek odpowiedzialnych za
funkcje odpornociowe organizmu. Specjaln
grup biaek stanowi integryny, ktre
zespalaj komrki i skadniki macierzy
pozakomrkowej w jedn cao.

118

115


Hydrofilno biaek sprawia, i s one

wicym
wod
gwnym
skadnikiem
w komrkach, w macierzy pozakomrkowej,
w osoczu, w limfie i w pynie mzgowordzeniowym. Amfoteryczny charakter biaek
czyni je istotnym elementem, stabilizujcym
stenie jonw wodorowych, przede wszystkim
w osoczu i w pynie rdmiszowym tkanek.

119

116

III. Enzymy i metabolizm

120

117

Cech materii jest nieustanna dno do

zmniejszania stopnia jej uporzdkowania i rozpraszania
energii. Miar postpujcego nieuporzdkowania jest
entropia. Im wikszy stan nieuporzdkowania, tym
wiksza entropia. Materia ulega spontanicznym
przemianom w kierunku takiego uoenia jej elementw
skadowych, ktre charakteryzuj si najwiksz
entropi. Jest to uniwersalna zasada (drugie prawo
termodynamiki), majca zastosowanie zarwno do
caego wszechwiata, jak i do dowolnego ukadu
izolowanego. Dotyczy take organizmw ywych.
121

118

Cige przeksztacanie materii i energii w organizmach

ywych nosi nazw metabolizmu. Komrka przeksztaca
setki wnikajcych do niej skadnikw odywczych
i tysice porednich produktw tych przeksztace.
Niektre procesy metaboliczne zachodz take poza
komrk, czyli w macierzy pozakomrkowej lub
w pynach biologicznych. W jednej komrce, a nawet
w poszczeglnych jej przedziaach, zachodzi jednoczenie
ogromna, niemoliwa do ustalenia, liczba reakcji
chemicznych.
Rwnolegle
funkcjonuj
dwa
przeciwstawne procesy metaboliczne; katabolizm
i anabolizm.
122

119

Procesy kataboliczne
Procesy kataboliczne przeksztacaj zoone
skadniki tkanek do zwizkw prostszych.
Kocowymi produktami katabolizmu s bardzo
proste substancje drobnoczsteczkowe, jak
woda, dwutlenek wgla, amoniak, mocznik czy
kwas moczowy.
123

120

Procesom katabolicznym, zwaszcza tym polegajcym na

reakcjach utleniania, towarzyszy uwalnianie energii. Tylko
cz tej energii przetwarza si w form biologicznie
uyteczn. Jest ona magazynowana w postaci zwizkw
bogato-energetycznych
(ATP).
Wikszo
energii
uwolnionej w przebiegu procesw katabolicznych
rozprasza si w postaci ciepa, ktre jest najbardziej
nieuporzdkowan form energii. Uwalnianie ciepa powoduje
zwikszenie intensywnoci i przypadkowoci ruchw
czsteczek w otoczeniu komrki, czyli wzrost stopnia jego
nieuporzdkowania. Tak wic procesy kataboliczne prowadz
do wzrostu entropii ukadu - komrka: otoczenie komrki.
124

121

Procesy anaboliczne
Procesy anaboliczne polegaj na syntezie zoonych
skadnikw tkanek z substancji prostszych. Synteza zachodzca
w ukadzie biologicznym zwykle nazywana jest biosyntez. Na
drodze biosyntezy powstaj drobnoczsteczkowe zwizki
organiczne:
aminokwasy,
cukry
proste,
nukleotydy,
przeksztacane nastpnie w struktury wielkoczsteczkowe, jak
biaka, polisacharydy czy kwasy nukleinowe. Do ich przebiegu
niezbdna jest energia
uwalniana podczas procesw
katabolicznych i zmagazynowana w postaci zwizkw bogatych
w energi (ATP). Wynika std, i procesy anaboliczne prowadz
do wzrostu stopnia uporzdkowania materii (zmniejszenia
entropii).
125

122

Oglne informacje o enzymach

Niemal
wszystkie
reakcje
biochemiczne
wymagaj udziau katalizatorw biologicznych
(biokatalizatorw),
zwanych
enzymami.
Przyspieszaj one przebieg reakcji chemicznych, co
najmniej l000000 razy. Przy braku enzymw
wikszo reakcji zachodzi tak wolno, i s one
niezauwaalne.
126

123

Na przykad reakcja wizania CO2 i H2O,

prowadzca do powstania kwasu wglowego,
w obecnoci enzymu: anhydrazy wglanowej,
zachodzi l0 000000 razy szybciej, ni w ukadzie
nie zawierajcym tego biokatalizatora. Substancja
przeksztacana przez enzym nosi nazw
substratu. Enzym nie zuywa si w trakcie
katalizowanej przez siebie reakcji, dziki czemu
jedna
czsteczka
enzymu
uczestniczy
w przeksztaceniu wielu czsteczek substratu.
127

124

W ukadzie zamknitym, ktry nie wymienia materii i energii

z otoczeniem, ustala si stan rwnowagi midzy produktami
i substratami. Miar tego stanu jest staa rwnowagi, okrelana
symbolem K. Jest to stosunek iloczynu ste molowych
produktw do iloczynu ste molowych substratw danej
reakcji. Przebieg reakcji, zachodzcej z udziaem dwu
substratw (A i B) i powstaniem dwch produktw (C i D),
mona zapisa w postaci oglnego rwnania:
A + B C + D

Wiele reakcji katalizowanych przez enzymy ma charakter

odwracalny, co przyjto oznacza strzak dwukierunkow.
128

125

Niemal wszystkie enzymy s biakami. Jedynie

niektre kwasy rybonukleinowe wykazuj aktywno
enzymatyczn.
Aktywno
katalityczna
wielu
enzymw zaley od obecnoci kofaktorw. S nimi
drobnoczsteczkowe
zwizki
organiczne
2+
2+
(koenzymy) lub jony metali (najczciej Ca , Mg ,
2+
2+/3+
+
+
2+
+/2+
Zn , Fe
, K , Na , Mn , Cu ). Biako
enzymatyczne bez kofaktora nosi nazw apoenzymu.
Katalitycznie aktywne biako, zawierajce kofaktor,
nazywa si holoenzymem. Ani apoenzym, ani
koenzym nie wykazuj aktywnoci katalitycznej.
129

126

Komrka
eukariotyczna
jest
podzielona
systemem bon wewntrzkomrkowych na liczne
przedziay, dlatego reakcje zachodzce w jednym
z nich nie zakcaj przebiegu reakcji zachodzcych
w innych przedziaach. Dziki temu w jednej
komrce, w tym samym czasie, moe zachodzi
ogromna liczba reakcji.

130

127

Wsplne cechy
reakcji enzymatycznych
Enzymy, pomimo ogromnego zrnicowania ich
struktury i funkcji, wykazuj szereg cech
wsplnych. Pod wieloma wzgldami s podobne
do katalizatorw chemicznych.

131

128

Niezmienno staej rwnowagi

Enzym
przyspiesza
osignicie
stanu
rwnowagi K, lecz nie zmienia jej wartoci.
Stosunek iloczynu ste produktw do iloczynu
ste substratw danej reakcji jest wielkoci stal,
charakterystyczn dla danej reakcji i nie zaley od
obecnoci lub nieobecnoci enzymu.

132

129

Zmiany energii swobodnej

Zawarto energii swobodnej w produktach
reakcji jest nisza bd wysza od jej zawartoci
w substratach reakcji. Rnica ta nosi nazw
zmiany energii swobodnej (G). Warto ta nosi
nazw standardowej zmiany energii swobodnej
0
i jest okrelana symbolem: G .

133

130

Zmiana energii swobodnej (G) ukadu

reagujcego zaley wycznie od jakoci
substratw i produktw kocowych, a nie od
drogi przebiegu reakcji. Na przykad spalanie
glukozy do CO2 i H2O in vitro, bez udziau
enzymw, uwalnia tyle samo energii, ile powstaje in
vivo, w wyniku utleniania glukozy do tych samych
produktw, zachodzcego z udziaem wielu
enzymw.
134

131

Jedyna rnica polega na tym, i ten pierwszy

proces przebiega gwatownie, a cao
wyzwolonej energii rozprasza si w postaci
ciepa. Ten drugi natomiast, przebiega powoli,
wieloetapowo, ze stopniowym wyzwalaniem
energii, ktrej znaczna cz (okoo 40%) jest
magazynowana w postaci zwizkw bogatych
w energi (ATP), a reszta rozprasza si w postaci
ciepa.
135

132

W przypadku reakcji, w ktrej dwa substraty A i B przechodz

w dwa produkty C i D ustala si stan rwnowagi, ktrego miar
jest staa rwnowagi K.
A + B C + D

Przesunicie reakcji w prawo lub w lewo wie si ze zmian

energii swobodnej uktadu. Wielko tej zmiany mona obliczy
z nastpujcego rwnania:

(R - stal gazowa, T - temperatura w skali Kelvina).

136

133

Stosunek iloczynu ste produktw do iloczynu ste

substratw po ustaleniu stanu rwnowagi, to staa
rwnowagi K. Z przeksztacenia powyszego rwnania
wynika, i
0

G = -RT ln K
Po przeksztaceniu logarytmu
w logarytm dziesitny (log)

naturalnego

(ln)

G0 = -2,303RT log K
Z powyszego rwnania wynika, i przy staej
0
temperaturze, zmiana standardowej wolnej energii G
zaley wycznie od staej rwnowagi K.
137

134

Zebrano duo danych na temat termodynamiki

najwaniejszych
reakcji
zachodzcych
0
w organizmie. Obliczono wartoci G dla wielu
z nich.
Jeeli w stanie rwnowagi iloczyn ste
produktw i iloczyn ste substratw s sobie
0
rwne, to K = l (log l = 0), a warto G = 0. Nie
zachodzi wtedy adna reakcja lub przebiega ona
z jednakow prdkoci w obu kierunkach, nie
zmieniajc ste produktw i substratw.
138

135

Jeeli w stanie rwnowagi iloczyn ste

produktw C i D przewaa nad iloczynem ste
substratw A i B, to staa rwnowagi K jest
0
wysza od l, a G ma warto ujemn. Oznacza
to, i reakcja przebiega z uwalnianiem energii, jest
egzoergiczna, zachodzi spontanicznie w kierunku
A + B C + D, tak dugo, a G osignie warto
zerow. Wtedy ustala si stan rwnowagi.
139

136

Jeeli w stanie rwnowagi iloczyn ste

produktw C i D jest niszy od iloczynu ste
substratw A i B, to staa rwnowagi K jest nisza
0
od l, a G ma warto dodatni. Oznacza to, i
reakcja przebiega z pobieraniem energii, jest
endoergiczna,
nie
zachodzi
spontanicznie
w kierunku: A + B C + D.

140

137

W odwracalnej reakcji A + B C + D
warto bezwzgldna G w obydwu kierunkach jej
przebiegu jest jednakowa, a rni si znakiem. Na
przykad, jeeli G reakcji o kierunku
A + B C + D wynosi: -20 kJ/mol, to reakcji
o kierunku C + D A + B wynosi +20 kJ/mol.

141

138

Reakcja, ktrej towarzyszy ujemna warto

0
G , nosi nazw reakcji termodynamicznie
korzystnej. Moe ona zachodzi spontanicznie.
Reakcja, ktrej towarzyszy dodatnia warto
0
G , nosi nazw reakcji termodynamicznie
niekorzystnej. Nie moe ona zaj spontanicznie
(ryc. 1). W organizmie zachodz reakcje obydwu
rodzajw.
Reakcje
termodynamicznie
niekorzystne, s napdzane"
reakcjami
termodynamicznie korzystnymi.
142

139

143

140

Addytywno zmian energii swobodnej

Zmiany wolnej energii, towarzyszce nastpujcym po
sobie reakcjom, sumuj si. Okrela si to mianem
addytywnoci zmian wolnej energii.
W organizmie funkcjonuj cigi reakcji enzymatycznych,
ktrych celem jest wieloetapowe przeksztacenie substratw
w okrelone produkty. Substrat A, pod dziaaniem enzymu
a przechodzi w produkt B, a ten staje si substratem dla
enzymu b, ktry przeksztaca go w produkt C. Ten z kolei
staje si substratem dla enzymu c, ktry przeksztaca go
w produkt D itd. Niektre z tych etapw mog mie dodatni
0
warto G .
144

141

Dziki addytywnej waciwoci wolnej energii

szlak
metaboliczny
moe
funkcjonowa
w kierunku: A B C D ... i dalej,
0
dopki suma G wszystkich reakcji skadowych
jest ujemna. Moe to wystpowa take wtedy, gdy
0
niektre z reakcji skadowych wykazuj G
o wartoci dodatniej.

145

142

Przykadem takiego szlaku metabolicznego jest

glikoliza. Jest ona cigiem reakcji enzymatycznych,
przeksztacajcych szeciowglow czsteczk glukozy
w dwie dwuwglowe czsteczki pirogronianu. Jest to
proces wieloetapowy, uczestniczy w nim kolejno 10
enzymw. Niektre etapy glikolizy s reakcjami
termodynamicznie korzystnymi, a inne niekorzystnymi.
Mimo to glikoliza przebiega do koca, poniewa
sumaryczna G0 tego procesu ma warto ujemn.
Reakcje termodynamicznie korzystne wymuszaj przebieg
reakcji termodynamicznie niekorzystnych.
146

143

Enzym obnia energi aktywacji

Energia potrzebna do przeksztacenia substratu ze
stanu spoczynkowego w stan przejciowy nosi
nazw energii aktywacji (Ga). Jest wyraana
w kJ/mol. Dostarczenie energii z zewntrz, np.
przez podniesienie temperatury ukadu reagujcego,
zwiksza energi kinetyczn czsteczek substratu
i przyspiesza reakcj (ryc.2).

147

144

148

145

Wysoka energia aktywacji jest barier, ktra

zapobiega przebiegom reakcji w pewnych
kierunkach. Z tego powodu elementy skadowe
organizmw ywych, bytujcych w atmosferze
bogatej w tlen, nie utleniaj si samoistnie do CO2
i H2O, mimo i te proste zwizki s najbardziej
stabilnymi
energetycznie
formami
wgla
i wodoru.
149

146

Enzym
przyspiesza
przebieg
reakcji
enzymatycznej poprzez obnienie energii
aktywacji. Umoliwia pokonanie bariery
energetycznej, ktra utrudnia przeksztacenie
substratu w niestabilny stan przejciowy.

150

147

Enzym nadaje reakcji jeden z moliwych kierunkw

Na przykad pirogronian jest przeksztacany w tkankach
w rne produkty. Moe ulega redukcji do mleczanu,
dekarboksylacji i utlenieniu do octanu, karboksylacji do
szczawiooctanu lub transaminacji z wytworzeniem alaniny
(ryc.3). Przebieg reakcji w kadym z moliwych kierunkw
jest niezwykle powolny. W obecnoci okrelonego enzymu
substrat ten przeksztaca si w jednym z wymienionych
kierunkw. Dehydrogenaza mleczanowa przeksztaca go
w mleczan, dehydrogenaza pirogronianowa w acetylo~S-CoA,
karboksylaza
pirogronianowa
w
szczawiooctan,
a aminotransferaza alaninowa w alanin.
151

148

152

149

Swoisto enzymw
Enzymy dziaaj tylko na okrelone substraty. Zjawisko
to nazywamy swoistoci substratow.
Istniej enzymy o swoistoci bezwzgldnej. Enzym
przeksztaca tylko jeden substrat, a nawet tylko jeden
z jego izomerw. Przykadem jest ureaza - enzym
rolinny - rozkadajcy wycznie mocznik do CO2 i NH3
lub dehydrogenaza mleczanowa - enzym wtrobowy utleniajcy wycznie L-mleczan do pirogronianu,
a zupenie nieaktywny wobec D-mleczanu.
153

150

Wiele enzymw wykazuje swoisto wzgldn, czyli

grupow. Oznacza to, i enzym przeksztaca grup podobnych
zwizkw.
Na przykad niektre fosfatazy s swoiste wobec wielu
estrw, powstaych z udziaem kwasu ortofosforowego,
niezalenie od ich skadnika alkoholowego. Swoisto wzgldn
wykazuje take chymotrypsyna. Rozkada ona przede
wszystkim substraty biakowe, zawierajce wizania peptydowe
powstae z udziaem grup karboksylowych aminokwasw
aromatycznych: fenyloalaniny, tyrozyny i tryptofanu, ale
hydrolizuje take wizania amidowe i estrowe, powstae
z udziaem grup karboksylowych tych aminokwasw.
154

151

Koenzymy
Waciwoci katalityczne wielu enzymw s
uzalenione od obecnoci drobnoczsteczkowych
skadnikw, zwanych koenzymami. S one
w
wikszoci
pochodnymi
witamin
rozpuszczalnych w wodzie. Niektre z koenzymw
wi si trwale z biakiem enzymatycznym apoenzymem. Nosz wtedy nazw grup
prostetycznych enzymu.
155

152

Rola koenzymw polega na przenoszeniu grup

funkcyjnych, atomw wodoru lub elektronw
z odpowiedniego donora na akceptor. Reakcja
przenoszenia moe zachodzi take w obrbie
jednej czsteczki. Niektre koenzymy peni
funkcj
pomocniczych
substratw
(kosubstratw). Przyczaj si one do biaka
enzymatycznego wraz z substratem i odczaj si
wraz z produktem. Koenzymy wspdziaaj
gwnie z oksydoreduktazami i z transferazami.
156

153

Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy
(NAD )
oraz
fosforan
dinukleotydu
nikotynoamidoadeninowego (NADP+) s akceptorami
protonw i elektronw w procesie utleniania wielu
substratw przez enzymy zwane dehydrogenazami
(ryc.4). Ich budowa odpowiada dwm nukleotydom
zespolonym wizaniem pirofosforanowym. W jednym
z nich rol zasady odgrywa adenina, a w drugim amid
kwasu nikotynowego. Ten ostatni jest niacyn, czyli
+
+
witamin B3. NAD i NADP s przenonikami
protonw
i
elektronw
w
procesach
oksydoredukcyjnych.
157

154

158

155

Flawinomononukleotyd
(FMN)
oraz
dinukleotyd
flawinoadeninowy (FAD) s pochodnymi ryboflawiny, czyli
witaminy B2. Koenzymy te w zasadzie nie s nukleotydami. Ich
nazwy wynikaj z pewnych analogii do struktury nukleotydw.
W odrnieniu od NAD+ i NADP+ s trwale zwizane
z biakami enzymatycznymi, odpowiadaj wic definicji grup
prostetycznych enzymw. Potczenia FMN i FAD z ich
apoenzymami s nazywane flawoproteinami. Piercie
dimetyloizoalloksazyny - zawarty w FMN i FAD - jest
akceptorem pary atomw wodoru. FMN jest jednym
z przenonikw protonw i elektronw w acuchu
oddechowym, natomiast FAD jest bezporednim akceptorem
wodorw odczanych od niektrych substratw (ryc. 5).
159

156

160

157

Systematyka enzymw
Systematyka
enzymw
zostaa
wprowadzona
decyzj
Midzynarodowej Unii Biochemicznej w 1961 roku. Podstawow
jednostk systematyczn enzymw jest klasa. Enzymy dziel si na 6
klas. Oto nazwy wszystkich klas enzymw, ich definicje oraz przykady
reakcji katalizowanych przez enzymy, nalece do poszczeglnych klas:
1. oksydoreduktazy,
2. transferazy,
3. hydrolazy,

4. liazy,
5. izomerazy,
6. syntetazy (ligazy).

Kada z wymienionych klas dzieli si na mniejsze jednostki

systematyczne zwane podklasami, a te z kolei dziel si na
podpodklasy. Kady z enzymw wchodzcy w skad danej
podpodklasy posiada indywidualn nazw i numer kodowy.
161

158

Midzynarodowy kod enzymatyczny

Wprowadzono midzynarodowy kod enzymatyczny, zoony
z dwu liter i czterech liczb oddzielonych kropkami. Jego schemat
wyglda nastpujco: EC a.b.c.d. Symbol EC oznacza, i liczby po
nim nastpujce dotycz midzynarodowego kodu enzymatycznego.
Liczba a okrela numer klasy enzymu, liczba b okrela numer
podklasy w obrbie tej klasy, liczba c oznacza numer podpodklasy
w obrbie podklasy. Liczba d oznacza numer enzymu w obrbie
wymienionej wczeniej podpodklasy. Kademu, wystarczajco
dobrze poznanemu enzymowi, przypisano jego niepowtarzalny
numer identyfikacyjny. Dziki temu moliwe jest uywanie
w literaturze biochemicznej rnych zwyczajowych nazw kadego
enzymu, podajc w nawiasie jego numer kodowy.
162

159

Na przykad dehydrogenaza jabczanowa, katalizujca

reakcj wyej przedstawion, nosi numer kodowy EC
1.1.1.37. Pierwsza liczba (1) oznacza, i enzym naley do
klasy 1, jest wic oksydoreduktaz. Druga liczba (1)
oznacza, i enzym naley do podklasy 1, obejmujcej
wszystkie oksydoreduktazy, ktre odczaj par atomw
wodoru od grupy H-C-OH. Trzecia liczba (1) oznacza, i
enzym ten naley do podpodklasy 1 obejmujcej
wszystkie enzymy, ktre przekazuj wodory odczone
+
z grupy H-C-OH na NAD . Czwarta liczba (37), to numer
przyporzdkowany
temu
enzymowi
w
obrbie
podpodklasy EC 1.1.1.
163

160

Zastosowanie enzymw
w praktyce
Enzymy
znajduj
liczne
praktyczne
zastosowania w diagnostyce laboratoryjnej wielu
chorb, s odczynnikami laboratoryjnymi lub
lekami. Zastosowania enzymw do naprawy
materiau genetycznego komrki stwarza nowe
moliwoci
leczenia
wrodzonych
wad
metabolicznych i chorb nowotworowych.
164

161

Enzymy jako markery chorb

Aktywno niektrych enzymw w tkankach
i pynach ustrojowych zmienia si w przebiegu
rnych chorb. Spostrzeenie to zostao
wykorzystane w praktyce w diagnostyce
laboratoryjnej. Szczeglnie przydatny jest pomiar
aktywnoci enzymw wystpujcych w osoczu
krwi. Niektre enzymy osoczowe s traktowane
jako wskaniki (markery) charakterystyczne dla
pewnych chorb.
165

162

Ich podwyszona aktywno wskazuje na

toczcy si proces chorobowy, a normalizacja
jest wskanikiem skutecznoci leczenia. Na
przykad aktywno aminotransferaz w osoczu
krwi ronie w przebiegu zawau minia sercowego
lub uszkodzenia wtroby. Aktywno amylazy,
enzymu rozkadajcego skrobi, wzrasta u chorych
z zapaleniem trzustki.
166

163

W pewnych przypadkach znaczenie diagnostyczne

maj relacje wzajemne pomidzy aktywnociami
okrelonych izoenzymw. W stanie zdrowia
aktywno LDH-1 w osoczu krwi jest nisza ni
LDH-2. U chorych z zawaem minia sercowego
aktywno LDH-1 przewysza aktywno LDH-2.
Izoenzym kinazy kreatynowej: CK-2, jest swoisty
dla minia sercowego. Jego aktywno w osoczu
krwi, w l -2 dniu po zawale, wzrasta w wyszym
stopniu ni innych izoenzymw CK.
167

164

Enzymy jako leki i odczynniki

Niektre enzymy su jako leki. Na przykad
tkankowy aktywator plazminogenu lub plazmina
maj zastosowanie w leczeniu choroby
zakrzepowej. Lipaza - enzym hydrolizujcy
tuszcze, jest uyteczna w leczeniu niedomogi
wydzielniczej trzustki. Asparaginaza - enzym
rozkadajcy asparagin, jest przydatna w leczeniu
biaaczek.
168

165

Pewne enzymy su jako odczynniki

w praktyce laboratoryjnej. Na przykad, ureaza
moe by zastosowana do oznaczania mocznika,
dehydrogenaza mleczanowa do oznaczania
mleczanu,
peroksydaza
do
oznaczania
cholesterolu, a kolagenaza do oznaczania kolagenu
w ilociach nieoznaczalnych innymi metodami, na
przykad w hodowlach komrek in vitro.
169

166

Enzymy w biotechnologii i terapii genowej

Za pomoc odpowiednich enzymw mona
wycina
uszkodzone
fragmenty
DNA
i wbudowywa w to miejsce fragmenty prawidowe.
Pozwala to na napraw materiau genetycznego
komrki. W podobny sposb mona wymienia
pewne fragmenty DNA pomidzy rnymi
gatunkami. T drog uzyskuje si roliny i zwierzta
transgeniczne,
bdce
nosicielami
obcogatunkowego materiau genetycznego.
170

167