tmp243B TMP

POSTPY BIOLOGII KOMRKI
TOM 42 2015 NR 3 (505538)
SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELECTIVE KINDS OF AUTOPHAGY
Sawomir BOREK1, Maria RUTA-PIOSIK1, Ewelina PALUCH1,
Magorzata PIETROWSKA-BOREK2
Zakad Fizjologii Rolin, Wydzia Biologii, Uniwersytet im Adama Mickiewicza
wPoznaniu
2
Katedra Biochemii iBiotechnologii, Wydzia Rolnictwa iBioinynierii,
Uniwersytet Przyrodniczy wPoznaniu
Streszczenie: Autofagia jest to proces fizjologiczny zachodzcy wkomrkach drody, zwierzt irolin. Wtrakcie autofagii dochodzi do degradacji rnych elementw komrki takich jak cytoplazma,
organelle komrkowe, czy rnego rodzaju kompleksy biakowe iinne makromolekuy. Wwarunkach optymalnych autofagia zachodzi zniewielk intensywnoci, ale ulega ona wyranemu nasileniu
wwyniku dziaania rnych czynnikw stresowych; zarwno abiotycznych jak ibiotycznych. Modelowym przykadem stresu, ktry wzmaga autofagi jest gd cukrowcowy lub azotowy. Autofagia
zostaa odkryta wlatach 60-tych ubiegego wieku iprzez dziesiciolecia uwaana bya za proces, podczas ktrego rne elementy komrki ulegaj degradacji wsposb nieselektywny izmasowany np.
wwarunkach godu. Taka kontrolowana autodestrukcja umoliwia przeycie wniekorzystnych warunkach stresowych. Jednake wyniki bada zrealizowanych wcigu ostatnich kilkunastu lat jednoznacznie
dowodz, e autofagia moe by te procesem, wktrym elementy komrki ulegaj degradacji wsposb
wybirczy tzn. utylizowane s tylko te elementy komrki, ktre s uszkodzone, zuyte lub nie s ju
wkomrce potrzebne. Selektywne rodzaje autofagii maj istotne znaczenie wobrocie metabolicznym
iwutrzymaniu homeostazy komrki. Poszczeglne rodzaje selektywnej autofagii maj swoje nazwy,
ktre najczciej pochodz od nazw elementw komrki ulegajcych degradacji. Dla przykadu, podczas peksofagii wybirczej dekompozycji ulegaj peroksysomy, wtrakcie mitofagii mitochondria,
rybofagii rybosomy, retikulofagii retikulum endoplazmatyczne, itd. Selektywne rodzaje autofagii
badano pocztkowo wkomrkach drody izwierzt, ale odkrycia dokonane wcigu ostatnich kilku
lat potwierdziy wystpowanie rnych rodzajw autofagii selektywnej take wkomrkach rolinnych.
Wniniejszym artykule przedstawiono skondensowany inajnowszy stan wiedzy dotyczcy poszczeglnych rodzajw autofagii selektywnej zachodzcych wkomrkach drody, zwierzt irolin. Szczegln
jednak uwag zwrcono na nowe osigniecia dotyczce komrek rolinnych.
Sowa kluczowe: autofagosom, biaka Atg, mitofagia, peksofagia
506
S. BOREK I WSP.
Summary: Autophagy is aphysiological process that occurs in yeast, animal and plant cells. During
autophagy several cell components such as the cytoplasm, organelles or various types of protein complexes and other macromolecules are degraded. Autophagy occurs at abasal level under optimal conditions, but it is markedly enhanced as aresult of various abiotic and biotic stress factors. Autophagy
is considerably induced mainly under sugar and nitrogen starvation. Autophagy was discovered in the
60s of the last century and for decades was considered as aprocess in which the various cell components are degraded in massive and non-selective manner, e.g. during starvation conditions. Such
acontrolled self-destruction allows surviving in adverse conditions. However, the results of research
carried out over the last several years clearly show that autophagy can also be aprocess, in which the
cell components are broken down in aselective manner, i.e. they are degraded only those elements
of the cells that are damaged, nonfunctional or are no longer needed in the cell. Selective kinds of
autophagy play an important role in the metabolic turnover and in cell homeostasis. The several kinds
of selective autophagy have their own names, which mostly come from the names of the cell components which undergo degradation. For example, during pexophagy the peroxisomes are selectively
degraded, during mitophagy mitochondria, ribophagy ribosomes, reticulophagy endoplasmic
reticulum, etc. Selective kinds of autophagy were initially investigated in yeast and animal cells, but
the discoveries made in the last few years have confirmed the occurrence of various kinds of selective
autophagy also in plant cells. This article presents acondensed and state of the art for the various kinds
of selective autophagy occurring in yeast, animal and plant cells. However, particular attention was
paid to the new achievements on plant cells.
Key words: Atg proteins, autophagosome, mitophagy, pexophagy
WSTP
Autofagia, czyli samo-zjadanie, jest konserwatywnym zjawiskiem wystpujcym wkomrkach drody, zwierzt irolin ipolega przede wszystkim na
degradacji fragmentw cytoplazmy wraz zwystpujcymi wniej organellami,
kompleksami biakowymi iinnymi makromolekuami. Pomimo tego, e autofagia znana jest od lat 60-tych dwudziestego wieku to do niedawna uwaano, e jest
to proces, podczas ktrego rne komponenty komrki degradowane s wsposb
nieselektywny. Dopiero badania zostatnich lat dostarczyy wielu informacji molekularnych ifizjologicznych wskazujcych na funkcjonowanie wkomrkach selektywnych rodzajw autofagii. Termin autofagia selektywna jest rozumiany jako
proces autofagii, wktrym degradowane s tylko wybrane organelle, agregaty
biakowe lub makromolekuy [8, 32, 65, 67, 77, 87, 119]. Wpierwszej kolejnoci selektywne rodzaje autofagii odkryto udrody izwierzt. Natomiast selektywne rodzaje autofagii wkomrkach rolinnych opisywane s dopiero wostatnich kilku latach. Pierwsze dane dotyczce selektywnej, autofagicznej degradacji
kompleksw biakowych wkomrkach rolinnych pochodz zroku 2006 [113],
apierwsze dowody na wystpowanie np. peksofagii (autofagicznej degradacji
peroksysomw; poniej) wkomrkach rolinnych pojawiy si wliteraturze na
przeomie lat 2013 i2014 [52, 105, 127].
507
Ussakw autofagia odgrywa wan rol podczas normalnego wzrostu irozwoju, poczwszy ju od wczesnej embriogenezy [102]. Jest istotna wutrzymaniu
dobrego stanu zdrowia, gdy jej sprawny przebieg zapobiega rozwojowi wielu
chorb, wtym raka, chorb wtroby, mini, serca, chorb neurodegeneracyjnych (np. choroba Huntingtona), zapalnych, zakae patogenem istarzeniu [5,
6, 24, 85]. Urolin autofagia uczestniczy wobrocie skadnikw komrek idziaa
jako mechanizm kontroli jakoci. Funkcjonuje rwnie wniektrych procesach
rozwojowych, takich jak dojrzewanie pyku, starzenie imierci komrki; wtym
take wprogramowanej mierci komrki [32, 37, 51, 69, 99]. Autofagia wwarunkach normalnych zachodzi zniewielk intensywnoci, ale wwyniku dziaania rnego rodzaju abiotycznych ibiotycznych czynnikw stresowych (np. gd
wglowy lub azotowy, zasolenie, susza, wysoka temperatura, patogen, reaktywne
formy tlenu) nastpuje wyrane nasilenie si tego procesu [32, 35, 40, 69, 93,
94, 129]. Zasadniczo autofagia jest procesem degradacyjnym, ale znane s te
jej funkcje biosyntetyczne. Przykadem moe by transport cytoplazma-wakuola,
podczas ktrego prekursory biaek enzymatycznych przenoszone s zcytoplazmy
do wakuoli (poniej) [31, 114].
TYPY AUTOFAGII
MAKROAUTOFAGIA
Degradacja fragmentu cytoplazmy wraz zorganellami, kompleksami biakowymi lub makromolekuami na drodze makroautofagii rozpoczyna si od pojawienia
si wcytoplazmie wyduonego, pcherzyka zbudowanego zpojedynczej, dwuwarstwowej bony lipidowo-biakowej, ktry ulegajc elongacji otacza fragment cytoplazmy zorganellami komrkowymi i/lub kompleksami biakowymi. Tworzy si
fagofora, czyli struktura oksztacie filianki (ang. cup-shaped). Udrody fagofora
wyksztaca si zpcherzykw pojawiajcych si wbezporednim ssiedztwie wakuoli. Miejsce to nazywane jest PAS (ang. Phagophore Assembly Site) [31, 35, 65,
74]. Jednak wedug niektrych autorw skrt PAS odnoszony jest nie do miejsca,
ale do maych pcherzykw nazywanych strukturami pre-autofagosomalnymi (ang.
Pre-autophagosome Structure), ktre pojawiaj si wssiedztwie wakuoli [29, 30].
Zdarza si te, e obie wyej wymienione nazwy uywane s jako synonimy [98,
101]. Istnienie PAS potwierdzono wycznie ugrzybw [31]. Nie do koca jednak
wiadomo jaka jest proweniencja bony powikszajcej si fagofory [1, 97]. Sugeruje si, e donorem bony dla wyduajcej si fagofory jest retikulum endoplazmatyczne, aparat Golgiego lub bona komrkowa [97, 101] (ryc. 1A). Kolejnym
etapem makroautofagii jest powstanie autofagosomu, czyli wpeni wyksztaconego
pcherzyka opodwjnej bonie lipidowo-biakowej, ktry zawiera adunek prze-
508
S. BOREK I WSP.
znaczony do degradacji [31, 40, 54, 59, 60, 67, 77, 97, 101, 104, 111]. Wyniki najnowszych bada pokazuj, e miejscem formowania si autofagosomw wkomrkach ssakw jest rejon kontaktu retikulum endoplazmatycznego imitochondrium
[36] (ryc. 1B). Podejrzewa si, e rwnie urolin rdem bony dla powikszajcej si fagofory, awkonsekwencji autofagosomu, jest retikulum endoplazmatyczne
[59, 60] (ryc. 1C). Wyksztacony autofagosom uzwierzt czy si zlizosomem.
Powstaje autolizosom, wewntrz ktrego nastpuje degradacja adunku [54, 60, 82,
116] (ryc. 1B). Ugrzybw (ryc. 1A) iurolin (ryc. 1C) autofagosom nie czy si
zlizosomem, lecz zwakuol poprzez fuzj zewntrznej bony autofagosomu ztonoplastem. Wwakuoli lub wautolizosomie wewntrzna bona autofagosomu wraz
zzawartoci tworzy ciao autofagowe, ktre zostaje byskawicznie zdegradowane
wwyniku dziaania enzymw litycznych [10, 31, 35, 54, 65, 67, 77, 104]. Wedug
niektrych jednak autorw autolizosomy wystpuj rwnie wkomrkach rolinnych (np. wzawiesinie komrkowej BY-2 tytoniu) ipodobnie jak autofagosomy,
mog one czy si zcentraln wakuol lityczn [121].
Pomimo wielu lat bada, niektre aspekty autofagii pozostaj nadal niewyjanione. Przykadem moe tutaj by nie do koca poznany etap ksztatowania si
fagofory imechanizmw indukujcych pojawianie si tej struktury. Rwnie nie
do koca poznana jest funkcja biaek zwizanych zautofagi (ang. Autophagy-related proteins, Atg). Jak do tej pory zidentyfikowano 38 genw ATG [35, 66,
119]. Szczegowy opis rolinnych genw ATG, biaek Atg iich funkcji znajduje si wpracy przegldowej Lv iwsp. 2014 [69]. Geny ATG wwikszoci maj
charakter konserwatywny, tzn. wykazuj wysokie podobiestwo udrody, zwierzt irolin [4, 87]. Do genw konserwatywnych, zidentyfikowanych zarwno
udrody jak iussakw, zaliczy mona geny ATG1-ATG10, ATG12, ATG14,
ATG16, oraz ATG18 [45]. Okoo 16-18 genw ATG jest wsplna dla rnych
rodzajw autofagii, wczajc tutaj nieselektywn makroautofagi oraz niektre
rodzaje autofagii selektywnej. Mwic bardziej dokadnie, produkty kodowane
przez te wsplne geny zaangaowane s wformowanie autofagosomu idlatego
okrelane s jako rdzeniowe dla autofagii [4, 31, 35, 69]. Rdzeniowe dla autofagii udrody biaka Atg mona pogrupowa wkilka funkcjonalnych kategorii: i)
Atg1/kompleks ULK (Atg1, Atg11, Atg13, Atg17, Atg29 iAtg31) kompleks inicjujcy iregulujcy formowanie autofagosomu; ii) Atg9 ijego system cyklizacji
(Atg2, Atg9 iAtg18) peni funkcj wdostarczaniu bony do powikszajcej si
fagofory po zasocjowaniu kompleksu Atg1 ze struktur PAS; iii) kompleks PtdIns
ikinazy 3 (PtdIns3K) (Vps34, Vps15, Vps30/Atg6 iAtg14) dziaajcy na etapie
powstawania pcherzykw PAS iuczestniczcy wangaowaniu biaek wicych PtdIns3P zPAS; iv) Atg8 isystem koniugacji ubikwityny (Atg3, Atg4, Atg7
iAtg8) oraz v) Atg12 isystem koniugacji ubikwityny (Atg5, Atg7, Atg10, Atg12
iAtg16) uczestniczce wrozwoju autofagosomu [31].
509
RYCINA 1. Schemat przebiegu makroautofagii wkomrkach grzybw (A), zwierzt (B) irolin(C).
PAS miejsce wpobliu wakuoli wktrym pojawiaj si fagofory (zang. Phagophore Assembly
Site); ? prawdopodobne rda bony lipidowo-biakowej dla wyduajcej si fagofory
FIGURE 1. Schematic representation of macroautophagy in cells of yeast (A), animals (B) and plants
(C). PAS Phagophore Assembly Site located near the vacuole; ? possible sources of plasma membrane for the elongating phagophore
510
S. BOREK I WSP.
Jednym znajlepiej poznanych biaek uczestniczcych zarwno wautofagii

nieselektywnej jak iselektywnej jest biako Atg8. Zaliczane jest ono do biaek
rdzeniowych, gdy peni istotn funkcj wformowaniu autofagosomu [4, 32, 65,
77, 83]. Okoo 25% biaek Atg zaangaowanych wpowstawanie autofagosomu
reprezentowane jest przez Atg8 [83]. Udrody zidentyfikowano jedno biako
Atg8, uDrosophila iCaenorhabditis elegans dwie izoformy biaka Atg8, uczowieka siedem izoform (awaciwie siedem homologw Atg8, podzielonych na
podrodziny: LC3, GABARAP iGATE-16), auArabidopsis thaliana stwierdzono
wystpowanie dziewiciu izoform biaka Atg8 [4, 12, 32, 77]. Biako Atg8 przyczane jest do powikszajcej si fagofory, zarwno do bony wewntrznej jak izewntrznej. Miejscem wizania Atg8 jest fosfatydyloetanoloamina (PE). Powstanie kompleksu Atg8-PE moliwe jest po wczeniejszej proteolitycznej modyfikacji C-kocowej
reszty argininowej prekursora Atg8. Modyfikacja ta katalizowana jest przez Atg4 [65,
82, 83, 101]. Udrody wwarunkach dobrego odywienia Atg8 wystpuje wformie
niezwizanej, natomiast pod wpywem godu azotowego wyranie wzrasta jego poziom wkomdce iwikszo Atg8 przeksztacone zostaje wkompleks Atg8-PE [83].
Po poczeniu Atg8 zfagofor wchodzi ono winterakcje zrnymi receptorami/adaptorami (wtym zinnymi biakami Atg) umoliwiajcymi rozpoznanie elementw komrki przeznaczonych do autofagicznej degradacji [4, 32, 65, 77, 83]. Po wyksztaceniu si autofagosomu Atg8 lokalizowane jest wycznie wewntrz autofagosomu,
gdy Atg8 odczone zostaje od bony zewntrznej autofagosomu [40, 66, 83]. Biako
Atg8 lokalizowane jest rwnie wciaach autofagowych idlatego wykorzystywane
jest wwielu badaniach jako marker autofagii, zarwno nieselektywnej jak iselektywnej [9, 32, 35, 77, 82]. Zwierzcym homologiem biaka Atg8 jest LC3 (ang. Light
Chain 3). Jest to biako zaangaowane wfunkcjonowanie mikrotubul iwystpuje we
wszystkich typach tkanek. Formowanie si fagofory indukuje konwersj LC3-Ido
LC3-II, ktra polega na przyczeniu fosfatydyloetanoloaminy. LC3-II lokalizowane
jest wbonie autofagosomu izapewnia jego strukturaln stabilno. Po poczeniu
autofagosomu zlizosomem, LC3-II zlokalizowane wwietle autolizosomu ulega degradacji, natomiast LC3-II znajdujce si po stronie cytoplazmatycznej bony autolizosomu jest odzyskiwane ijako LC3-Imoe by ponownie wykorzystane wprocesie
autofagii [11]. LC3 wbadaniach traktowany jest czsto jako marker autofagosomw
wkomrkach zwierzcych [11, 54].
MIKROAUTOFAGIA
Podczas tego procesu nie powstaj autofagosomy, lecz fragment cytoplazmy
lub fragment cytoplazmy zorganellami zostaje wchonity do wakuoli poprzez zagbienie tonoplastu. Wwietle wakuoli powstaje pcherzyk otoczony pojedyncz
bon, ktry nazywany jest ciaem autofagowym [10, 40, 57, 65, 80, 98] (ryc. 2).
511
Mikroautofagia wydaje si przebiega wpodobny sposb zarwno wkomrkach

grzybw, zwierzt jak irolin. Jednake ilo danych literaturowych dotyczcych
mikroautofagii jest znacznie mniejsza ni zakres informacji na temat makroautofagii.
RYCINA 2. Schemat przebiegu mikroautofagii

FIGURE 2. Schematic representation of microautophagy
MEGAAUTOFAGIA
Jest to typ autofagii nieselektywnej powodujcy spustoszenie wkomrce.
Wjego trakcie nastpuje powikszanie si wakuoli oraz zmiana wprzepuszczalnoci tonoplastu, ktry staje si znacznie mniej selektywny anawet dochodzi
moe do przerwania jego cigoci. Konsekwencj tego jest uwolnienie wakuolarnych enzymw litycznych, ktre cakowicie degraduj zawarto komrki [115,
125] (ryc. 3), awniektrych przypadkach rwnie cian komrkow [116]. Do
megaautofagii dochodzi wkomrkach, wktrych wczeniej nastpia ju makrolub mikroautofagia [115]. Zjawisko megaautofagii poprzedzane jest zwykle syntez enzymw takich jak proteazy cysteinowe, proteazy serynowe, endonukleazy
(RNazy, DNazy), kwane fosfatazy czy lipazy [125]. Ten typ nieselektywnej autofagii odgrywa kluczow rol wprogramowanej mierci komrek rolinnych.
Uczestniczy wksylogenezie, ksztatowaniu si aerenchymy, rozwoju floemu, formowaniu komrek czapeczki korzeniowej ipodczas starzenia komrek zawierajcych chloroplasty [115].
512
S. BOREK I WSP.
RYCINA 3. Schemat przebiegu megaautofagii

FIGURE 3. Schematic representation of megaautophagy
RODZAJE AUTOFAGII SELEKTYWNEJ

Selektywne rodzaje autofagii zachodzi mog na drodze makroautofagii i/lub mikroautofagii ipodczas tych procesw wpreferencyjny sposb degradowane s konkretne komponenty komrki. Jak do tej pory zidentyfikowano selektywn autofagi
caych organelli komrkowych (peroksysomy, mitochondria, rybosomy, chloroplasty,
oleosomy, lizosomy, jdro komrkowe), fragmentw organelli (elementy retikulum
endoplazmatycznego, chloroplastw, jdra komrkowego), agregatw biakowych,
makromoleku (antocyjany, porfiryny), patogenw, atake innych obcych struktur
komrkowych (elementy plemnikw). Zdarza si, e wliteraturze wprowadza si dodatkowe pojcia, ktre maj sprecyzowa opisywany proces. Stosuje si np. termin
makropeksofagia czy mikropeksofagia, dla selektywnej, autofagicznej degradacji peroksysomw. Pojawiaj si te propozycje, aby autofagosomy uczestniczce wrnych rodzajach selektywnej autofagii nazywa np. peksofagosomami, mitofagosomami czy ksenofagosomami, pomimo tego, e rdo bony czy przebieg formowania si
tych struktur podczas rnych rodzajw autofagii selektywnej s czsto identyczne
jak podczas indukowanej godem, nieselektywnej, masowej, autofagicznej degradacji
komponentw komrki [54].
PEKSOFAGIA
Peksofagia jest procesem polegajcym na wybirczej degradacji peroksysomw. S to organelle niezwykle dynamiczne, bowiem wraz ze zmian ich otoczenia (zarwno wewntrz, jak izewntrzkomrkowego) ich liczba moe ulega
513
bardzo duym zmianom. Proces peksofagii najlepiej zosta poznany umetylotroficznych drody, ktre mog odywia si alkoholem metylowym (Pichia pastoris,
Hansenula polymorpha lub Saccharomyces cerevisiae) [74, 87, 98, 100, 112]. Dziki
atwej indukcji proliferacji peroksysomw udrody metylotroficznych, organizmy
te stanowi doskonay model badawczy do analiz przebiegu peksofagii. Poprzez dodanie alkoholu metylowego lub kwasu oleinowego do poywki wzrostowej watwy
sposb mona spowodowa wzrost liczby peroksysomw wkomrkach. Wrwnie
atwy sposb mona indukowa spadek liczby peroksysomw. Jest to moliwe dziki wyeliminowaniu zpoywki czynnika proliferujcego [19, 74, 100, 112]. Alkohol
metylowy lub kwas oleinowy mona zastpi innym zwizkiem, bdcym rdem
wgla wpoywce np. glukoz lub alkoholem etylowym. Wwarunkach naturalnych
zmiana liczebnoci peroksysomw jest przejawem adaptacji drody do warunkw
rodowiska [100, 112]. Wkomrkach zwierzcych natomiast, badanie peksofagii
moliwe jest po uprzedniej proliferacji peroksysomw uzyskanej poprzez zastosowanie odpowiednich medykamentw [19]. Badania dotyczce peksofagii wkomrkach rolinnych do niedawna nie byy wykonywane, gdy wprzeciwiestwie do
drody bardzo trudno jest wywoa wkomrkach rolinnych wstpn proliferacj
peroksysomw, aby pniej mc bada ich degradacj [98].
Wyrnia si dwie odmiany peksofagii tj. mikropeksofagi imakropeksofagi
[19, 26, 30, 31, 87, 98, 100, 112]. Dodanie glukozy do poywki indukuje makropeksofagi np. uHansenula polymorpha lub mikropeksofagi uPichia pastoris, natomiast alkohol etylowy stymuluje proces makropeksofagii uobu tych gatunkw
[26, 100]. Mikropeksofagia jest procesem zachodzcym zdecydowanie wolniej
od makropeksofagii. Dodatkowo, przebieg mikropeksofagii uzaleniony jest od
nowo syntetyzowanych biaek np. funkcjonalnych proteaz (wwietle wakuoli)
oraz funkcjonalnej kinazy PI3 [19]. Wmikropeksofagii wyrnia si aparat mikropeksofagowy (ang. Micropexophagy Apparatus, MIPA), ktry jest niezbdny do pochonicia peroksysomw przez wakuol [26, 29, 30, 80, 88, 98, 100].
Wuproszczeniu, aparat ten domyka zagbienie tonoplastu wktrym znajduj
si peroksysomy [74]. Gwnymi elementami MIPA s biaka Atg8 oraz Atg26,
ktre s istotne zarwno wprocesie mikropeksofagii jak ipodczas makropeksofagii [29]. Uruchomienie procesu mikropeksofagii lub makropeksofagii wkomrce
moe by determinowane rdem wgla atake odpowiednim poziomem ATP
wkomrce. Umetylotroficznego gatunku drody Pichia pastoris podwyszony
poziom ATP indukuje proces mikropeksofagii, natomiast obniona zawarto ATP
stymuluje makropeksofagi. Zuwagi na konieczno reorganizacji bony wakuoli
podczas mikropeksofagii sugeruje si, e proces ten wymaga wikszego nakadu
energii ni makropeksofagia [112]. UPichia pastoris poziom ATP jest dla indukcji
peksofagii czynnikiem owiele bardziej znaczcym ni rodzaj wykorzystywanego do wzrostu rda wgla. Dodatkowo stwierdzono, e wwarunkach wysokiego poziomu ATP wkomrkach tego grzyba pojawia si tendencja do degradacji
wszystkich peroksysomw, niezalenie od stanu ich zuycia. Zkolei niski poziom
514
S. BOREK I WSP.
ATP pozwala komrkom Pichia pastoris powrci do stanu, wktrym utrzymuj

normalny metabolizm na poywce zawierajcej alkohol metylowy [100].
Ugrzyba Pichia pastoris biakiem zaznaczajcym (zwanym te biakiem receptorowym lub markerowym) peroksysomy przeznaczone do wybirczej degradacji
jest Atg30 [28, 29]. Biako to ulega zakotwiczeniu wbonie peroksysomu poprzez
interakcje zbiakami zwanymi peroksynami (PEX3 iPEX14) [29, 74]. Biako to
peni istotn funkcj wksztatowaniu si zarwno aparatu mikropeksofagowego
MIPA, jak iwpowstawaniu autofagosomu (makropeksofagia). Ulega ono wielokrotnej fosforylacji, ktra jest niezbdna dla zajcia peksofagii, oraz wchodzi winterakcje zAtg11, Atg17 [29] iAtg8 (marker autofagosomu) [28]. USaccharomyces
cerevisiae biakiem markerowym dla peksofagii jest Atg36, ktrego miejscem dokowania wbonie peroksysomu jest PEX3. Atg36 ulega rwnie niezbdnej fosforylacji [28], wie biako Atg11 iprawdopodobnie rwnie biako Atg8 [81]. UHansenula polymorpha istotn rol wpeksofagii odgrywa tylko biako PEX14, gdy PEX3
jest usuwane zperoksysomw inie podlega degradacji na drodze makropeksofagii
[74]. Biaka Atg30 iAtg36 s specyficzne tylko dla komrek grzybowych, gdy
nie znaleziono ich homologw uinnych organizmw [29, 77, 81, 119]. Ussakw
receptorem peroksysomw przeznaczonych do peksofagii jest biako NBR1, ktre przycza si do ubikwitynowanych biaek bony peroksysomu [23]. Wczeniej
wiadomo byo, e NBR1 jest receptorem rwnie dla innych elementw komrek
zwierzcych podlegajcych selektywnej, autofagicznej degradacji, gdy moe ono
przycza si do rnych ubikwitynowanych biaek [108, 130]. Rolinny homolog
NBR1 zosta niedawno zidentyfikowany rwnie uArabidopsis thaliana [32, 108],
awzawiesinie komrek BY-2 tytoniu (Nicotiana tabacum) znaleziono biako Joka2
(hybrydowy homolog zwierzcych NBR1 ip62) [130, 131]. Jednake nie wiadomo czy NBR1 iJoka2 s istotne podczas peksofagii urolin [77]. Sugeruje si, e
takim znacznikiem peroksysomw przeznaczonych do peksofagii wkomrkach
rolinnych moe by Atg8, ktre jest jednoczenie markerowym biakiem autofagosomu. Wniektrych publikacjach dotyczcych peksofagii urolin podkrela
si wspwystpowanie Atg8 iperoksysomw, awszczeglnoci peroksysomw
zagregowanych ze sob. Takie dane stanowi siln przesank za uznaniem Atg8
jako markera peroksysomw, ktre przeznaczone s do degradacji wkomrkach
rolinnych. Jednake nie wiadomo do jakiego biaka lub biaek peroksysomalnych
Atg8 miaoby si przycza [3, 52, 105, 127].
Pomimo niejasnoci dotyczcych biaka receptorowego dla peroksysomw
wkomrkach rolinnych, to zjawisko peksofagii urolin zostao potwierdzone. Zachodzenie peksofagii urolin udowodnione zostao niedawno izaobserwowano je
wkomrkach modelowej roliny Arabidopsis thaliana [3, 61, 119]. Zachodzenie
selektywnej, autofagicznej degradacji peroksysomw wcelu ich recyklingu, jest
niezbdne dla poprawnego rozwoju organizmw rolinnych [127] poczynajc ju
od fazy kiekowania nasion askoczywszy na utrzymaniu homeostazy udojrzaych
515
osobnikw. Peksofagia wkomrkach rolinnych jest elementem systemu kontroli jakoci peroksysomw [3, 61, 105]. Przykadem duego znaczenia peksofagii
podczas wzrostu organizmw rolinnych jest np. usuwanie peroksysomw, ktre
zostay uszkodzone wwyniku dziaania reaktywnych form tlenu (ang. Reactive
Oxygen Species, ROS) [105, 119, 127]. Nadmieni tutaj naley, e peroksysomy
s istotnym komponentem systemu detoksykacji ROS wkomrkach rolinnych.
Zawieraj one katalaz rozkadajc H2O2 generowany m.in. podczas -oksydacji kwasw tuszczowych, ktra urolin zachodzi wanie wperoksysomach [33,
49]. Wperoksysomach rozkadany jest rwnie H2O2 powstajcy wtrakcie fotorespiracji zachodzcej wfotosyntetyzujcych czciach rolin [43, 49]. Uniektrych mutantw Arabidopsis (peup1, peup2 ipeup4; ang. peroxisome unusual
positioning) zaobserwowano wzrost liczby peroksysomw lub tendencj peroksysomw do tworzenia agregatw. Stwierdzono te, e wyej wymienione mutanty s identyczne zmutantami Arabidopsis zupoledzonym przebiegiem autofagii
(odpowiednio: atg2, atg18a iatg7; ang. autophagy-related). Wzrost liczby peroksysomw umutanta peup1 jednoznacznie dowodzi, e autofagiczna degradacja
tych organelli jest upoledzona. Jednoczenie wzagregowanych peroksysomach
stwierdzono wzrost zawarto nieaktywnej katalazy, ato powodowao, e peroksysomy umutantw zawieray wicej ROS, aich komponenty byy znacznie
bardziej utlenione ni urolin typu dzikiego. Podobn agregacj peroksysomw
mona rwnie wywoa urolin typu dzikiego poprzez egzogenne aplikowanie
H2O2. Zagregowane peroksysomy pojawiaj si te umutanta Arabidopsis (cat2)
zobnion aktywnoci katalazy. Zaobserwowano rwnie (przy uyciu technik
fluorescencyjnych) czste wspwystpowanie zagregowanych peroksysomw
iAtg8 (markera autofagosomu). Wyej przytoczone dane jednoznacznie wiadcz otym, e uszkodzone przez H2O2 peroksysomy s selektywnie degradowane
wprocesie autofagii wkomrkach rolinnych [105]. Do identycznych wnioskw
doszed te zesp innych badaczy [127], ktry prowadzi badania na nieco innym
zestawie mutantw Arabidopsis (atg2, atg5, atg7 iatg9). Zwaywszy na fakt,
e peksofagii urolin ulegaj peroksysomy, ktrych komponenty zostay uszkodzone przez ROS, przypuszcza mona, e sygnaem uruchamiajcym sekwencj
zdarze prowadzcych do utylizacji tych organelli wwakuoli jest wzrost poziomu
H2O2 generowanego wewntrz peroksysomw [61]. Nie mona jednak wykluczy
innych sygnaw uruchamiajcych peksofagi urolin. Wykazano, e peksofagii uArabidopsis ulegaj peroksysomy zniefunkcjonaln proteaz LON2. Jest to
proteaza dziaajca wewntrz peroksysomu ipeni bardzo istotn funkcj wdegradacji rnych biaek peroksysomalnych. Przykadem mog tutaj by niektre enzymy cyklu glioksylanowego (liaza izocytrynianowa, syntaza jabczanowa)
czy -oksydacji kwasw tuszczowych (tiolaza) [27]. Rozkad niektrych biaek
wperoksysomach jest bardzo wany, gdy podczas kiekowania nasion iwtrakcie wzrostu siewki peroksysomy (zwane te glioksysomami) uczestnicz wroz-
516
S. BOREK I WSP.
kadzie zapasowych lipidw (-oksydacja kwasw tuszczowych icykl glioksylanowy), natomiast wtkankach fotosyntetyzujcych starszych rolin s ju jedn
zorganelli zaangaowanych wfotorespiracj iniektre enzymy nie s ju potrzebne. UArabidopsis typu dzikiego, gdy peroksysomy wmiar rozwoju roliny zmieniaj swoj funkcj, obserwuje si zanik (liaza izocytrynianowa, syntaza
jabczanowa) lub znaczce obnienie (tiolaza) zawartoci wyej wymienionych
enzymw. Umutanta Arabidopsis lon2 pozbawionego dziaajcej proteazy LON2
stwierdzono, e wyej wymienione trzy enzymy rwnie zanikaj, ale nie wskutek dziaania LON2, lecz dlatego, e cae peroksysomy degradowane s wprocesie peksofagii. Natomiast upodwjnego mutanta lon2atg, uktrego autofagia nie
zachodzi, obserwuje si utrzymywanie wyej wymienionych enzymw na staym
poziomie [27]. Autorzy tych bada jednoznacznie konkluduj, e selektywna, autofagiczna degradacja peroksysomw ulega nasileniu wkomrkach Arabidopsis,
gdy peroksysomy nie zawieraj proteazy LON2. Peksofagia zostaa rwnie zaobserwowana wzawiesinie komrek tytoniu BY-2. Stwierdzono, e znaczna pula
peroksysomw ulega autofagicznej degradacji zarwno wwarunkach optymalnego wzrostu komrek tytoniu, jak iwwarunkach godu cukrowcowego [120].
Przypuszcza si te, e peksofagia moe zachodzi wkomrkach godzonych osi
zarodkowych kiekujcych nasion rnych gatunkw ubinu (Lupinus spp) [14,
15, 17]. Podstawowym materiaem zapasowym wnasionach ubinu jest biako,
ale nasiona te zawieraj te spore iloci tuszczu, wktrego rozkad podczas
kiekowania nasion zaangaowane s peroksysomy (glioksysomy). Wsztucznie
wywoanych warunkach godu cukrowcowego, osie zarodkowe nasion ubinu
zawieraj znacznie wicej tuszczu ni osie odywione sacharoz. wiadczy to
oograniczeniu jego degradacji wwarunkach godu [14, 17]. Jednoczenie obserwacje ultrastruktury komrek tych organw pokazuj, e ciaa autofagowe wewntrz wakuol zawieraj organelle, ktre mniej lub bardziej jednoznacznie zidentyfikowane mog by jako peroksysomy [15, 16].
MITOFAGIA
Mitofagia jest rodzajem selektywnej autofagii, podczas ktrej degradacji ulegaj mitochondria. Jest to proces obardzo istotnym znaczeniu wkomrce, gdy
uczestniczy wusuwaniu uszkodzonych, starych lub mao wydajnych mitochondriw. Jest zatem systemem kontroli jakoci dziaania tych organelli [35, 45, 86, 87,
98]. Sprawna degradacja uszkodzonych mitochondriw zapobiega moe apoteozie,
gdy komrka nie jest wtedy naraona np. na dziaanie uwalnianego do cytoplazmy
cytochromu c [19, 98]. Usuwanie uszkodzonych lub wysuonych mitochondriw
jest te jednym zistotnych elementw kontroli poziomu ROS wkomrce [98], gdy
organelle te oprcz energii wytwarzaj rwnie ROS itym samym mog wywiera
517
bardzo negatywny wpyw na inne komponenty komrki [45, 98]. Selektywna degradacja mitochondriw jest wana podczas normalnego rozwoju irnicowania
niektrych komrek. Przykadem mog tutaj by erytrocyty iretikulocyty [45,
86]. Nieefektywne natomiast usuwanie uszkodzonych mitochondriw jest cech
wiadczc ostarzeniu si komrki [19], azaburzenia wkontroli jakoci mitochondriw wneuronach dopaminergicznych uwaane s za przyczyn wielu chorb neurodegeneracyjnych [98].
Mitofagia moe zachodzi na drodze makromitofagii lub mikromitofagii [31].
Dowiadczenia prowadzone na Saccharomyces cerevisiae pozwoliy na identyfikacj biaek, ktre s niezbdne do zainicjowania mitofagii. Pierwszym opisanym
biakiem niezbdnym wmitofagii udrody byo UTH1, uwaane za swoisty
induktor omawianego procesu [53]. Kolejnym biakiem jest AUP1 fosfataza
zlokalizowana wprzestrzeni midzybonowej [109]. Najnowsze jednak badania
wskazuj, e markerem mitochondriw przeznaczonych do degradacji jest biako
Atg32 [28, 31, 45, 47, 86, 119]. Jest to biako zakotwiczone wzewntrznej bonie otoczki mitochondrialnej, ktrego N-koniec skierowany jest do cytoplazmy.
Biako to po uprzedniej fosforylacji [28] wchodzi winterakcje zAtg11 iAtg8
(markerem autofagosomu) [28, 31, 45, 86, 98, 119]. Atg32 czy si zAtg8 za
pomoc znajdujcego si wdomenie cytoplazmatycznej tetrapeptydu WQAI [45,
86]. Innym biakiem zwizanym zmitofagi udrody jest biako Atg33, ktre
podobnie jak Atg32 zwizane jest zzewntrzn bon mitochondrium [31, 98]
iby moe jest ono istotne podczas mitofagii wstarzejcych si komrkach drody [48]. Jak do tej pory nie potwierdzono wystpowania Atg32 ani wkomrkach zwierzcych ani wkomrkach rolinnych [31, 119]. Za zwierzce receptory
mitochondriw przeznaczonych do selektywnej, autofagicznej degradacji uwaa
si takie biaka jak FUNDC1, BNIP3, BNIP3L/NIX, SQSTM1/p62, PARK2 oraz
PINK1 [31]. Najmniej wiadomo na temat receptorw rolinnych, poniewa nie
wykryto utych organizmw adnego zwyej wymienionych biaek grzybowych
czy zwierzcych [119]. Niedawno jednak odkryto uArabidopsis biako Atg11
ipotwierdzono jego udzia windukowanej starzeniem mitofagii urolin [63, 64].
Mutanty Arabidopsis atg11 wykazuj przedwczesne starzenie oraz wiksz wraliwo na ograniczone zasoby wgla lub azotu. Wwyniku indukcji procesu starzenia poprzez zaciemnienie, umutanta atg11 nie wykazano rnic zarwno wiloci
biaek mitochondrialnych jak iliczebnoci mitochondriw wkomrce, wzgldem
rolin typu dzikiego. Wtrakcie starzenia Atg11 widoczny by wwakuolach rolin
typu dzikiego, ale nie by obserwowany wwakuolach mutantw atg11. Jednake
wspwystpowanie Atg11, Atg101, Atg1, Atg13 oraz Atg8 potwierdza zaangaowanie tych biaek woczyszczanie komrek rolinnych zmitochondriw [63, 64].
Dokadny jednak mechanizm regulujcy mitofagi urolin nie jest znany inadal
nie wiadomo co moe by receptorem/receptorami mitochondriw przeznaczonych do degradacji na drodze mitofagii urolin [77].
518
S. BOREK I WSP.
RYBOFAGIA
Rybofagia jest selektywnym rodzajem makroautofagii podczas ktrej wwybirczy sposb degradacji ulegaj rybosomy. S to organelle bardo licznie wystpujce
wcytoplamie. Bardzo czsto obserwowane te s wautofagosomach, dlatego powszechnie przyjmowano, e rybosomy ulegaj autofagii wsposb nieselektywny.
Jednake badania wykonane na godzonych komrkach Saccharomyces cerevisiae
pokazay, e rybosomy mog te by degradowane wprocesie autofagii wsposb
wybirczy [55]. Rybofagia ma bardzo due znaczenie dla komrek, poniewa
pozwala na usunicie niefunkcjonalnych rybosomw lub ich podjednostek. Rybofagia jest wic jednym zelementw umoliwiajcych utrzymanie homeostazy komrki [18, 58, 71]. Rybofagia zachodzi zarwno wwarunkach normalnych
jak rwnie podczas niedostatku substancji odywczych [18, 32, 58, 71, 90].
Wwarunkach godu rybofagia zostaa zaobserwowana po raz pierwszy udrody. Stwierdzono utych organizmw, e wprocesie autofagii rybosomy ulegaj
intensywniejszej degradacji ni pozostae elementy komrki, co jednoznacznie
wskazao na wybirczy sposb degradacji tych organelli [55].
Wodmienny sposb przebiega zapocztkowanie degradacji maej iduej
podjednostki rybosomu. Aby dua podjednostka moga by zutylizowana wprocesie rybofagii udrody, to najpierw musi do niej by przyczona ubikwityna.
Istotna jest tutaj ligaza Rep5 lub jakie inne niezidentyfikowane jeszcze ligazy.
Kolejnym etapem jest de-ubikwitynizacja duej podjednostki, katalizowana przez
proteolityczny kompleks Ubp3-Bre5 [22, 32, 89, 90]. Odczenie ubikwityny od
duej podjednostki rybosomu jest niezbdne do zajcia kolejnych etapw rybofagii. Mianowicie de-ubikwitynizacja umoliwia inicjacj powstawania autofagosomu (stadium fagofory), lub jeli zachodzi ona nieco pniej to jest niezbdna do
cakowitego wyksztacenia si autofagosomu. Wprzeciwiestwie do duej podjednostki rybosomu, podjednostka maa wogle nie ulega ubikwitynizacji [22,
32]. Kolejne etapy rybofagii zdaj si przebiega tak samo dla obu podjednostek.
Mutanty autofagiczne drody atg7 wykazuj bowiem zredukowan degradacj
obu podjednostek rybosomw [32]. Spord biaek Atg istotne dla przebiegu rybofagii s Atg1, Atg7 iby moe rwnie Atg19 [18, 97].
Proces rybofagii jest zaley od rybonukleaz (RNaz) zrodziny T2. S to
acidofilne enzymy wystpujce ueukariontw, ktre odpowiedzialne s za degradacj RNA zarwno transportowego (tRNA) jak irybosomalnego (rRNA).
Mutacja wobrbie rybonukleaz T2 powoduje akumulacj rRNA wlizosomach
danio prgowanego (ryba) oraz wlizosomach ludzkich [32, 38]. Funkcja RNaz
T2 wprocesie rybofagii zostaa potwierdzona rwnie uTetrahymena (orzsek).
Umutantw T2 zaobserwowano akumulacj rRNA wwarunkach godu, ktra jest
prawdopodobnie efektem zablokowania rybofagii [2, 32]. Jak do tej pory nie ma
jednoznacznych dowodw na wystpowanie rybofagii urolin, niemniej jednak
519
potwierdzony jest udzia RNS2 (konserwatywna RNaza zrodziny T2) wdegradacji rRNA uArabidopsis [18, 41, 71]. RNaza ta zlokalizowana jest zarwno wwakuoli jak iwretikulum endoplazmatycznym. Umutanta Arabidopsis zbrakujc
RNaz RNS2 (rns2) stwierdzono wyduenie czasu funkcjonowania rRNA (o60%),
akumulacj RNA wwakuoli oraz nasilenie nieselektywnej makroautofagii. Przypuszcza si, e nasilona autofagia umutanta rns2 kompensuje brak rybofagii iumoliwia
metaboliczny obrt rybosomw wsposb nieselektywny [32, 41, 71].
RETIKULOFAGIA
Retikulofagia jest rodzajem selektywnej makroautofagii, podczas ktrej mog
by degradowane komponenty retikulum endoplazmatycznego (ER). Proces ten
jest stosunkowo trudny do badania, poniewa moe on by rozpatrywany wbardzo
rnych kontekstach, wzalenoci od przyczyny jego indukcji. Udrody retikulofagia rozpatrywana moe by jako odpowied komrki na chemicznie wywoany
stres-ER, oraz podczas odbudowy retikulum endoplazmatycznego po ustpieniu
tego szczeglnego rodzaju stresu. Retikulofagia moe by odpowiedzi na akumulacj agregatw biakowych wretikulum endoplazmatycznym, ale rozpatrywana
te jest jako odpowied komrki na deficyt substancji odywczych [97]. Urolin
retikulofagia moe by zaangaowana wbezporedni transport rnego rodzaju
substancji zretikulum do wakuoli (zominiciem aparatu Golgiego). Uczestniczy
wic moe wbiogenezie wakuoli, jak rwnie moe by wanym procesem zachodzcym podczas wzrostu irozwoju rolin, zarwno wwarunkach normalnych
jak ipodczas rnego rodzaju stresw biotycznych iabiotycznych. Szczeglnym
rodzajem takiego bezporedniego transportu zretikulum do wakuoli urolin moe
by deponowanie biaek wwakuoli, np. biaek zapasowych nasion. Udzia procesw autofagicznych wtym aspekcie jest rwnie rozwaany. Byby wic to przykad niedegradacyjnej roli procesw autofagicznych [76]. Tak szerokie spektrum
potencjalnych funkcji retikulofagii powoduje, e niemoliwe jest opisanie jednego,
wsplnego schematu przebiegu tego procesu. Naley te mie na uwadze fakt, e
retikulum endoplazmatyczne jest lub moe by rdem bony dla powikszajcej
si fagofory niezbdnego elementu procesu makroautofagii (powyej, ryc. 1A-C),
zarwno tej nieselektywnej, jak ironego rodzaju jej selektywnych rodzajw.
Wproces retikulofagii zaangaowane mog by rdzeniowe biaka Atg takie jak
Atg1, Atg5, Atg8, Atg12, Atg16 [18], Atg19 iAtg20 [97]. UArabidopsis Atg8 wie si zdwoma biakami ATI1 iATI2 (ang. Atg8-Interacting Protein). S to biaka
specyficzne dla rolin. Stosujc biako zielonej fluorescencji (ang. Green Fluorescent
Protein, GFP) stwierdzono, e wwarunkach normalnych ATI1 iATI2 s czciowo
zasocjowane zbon retikulum endoplazmatycznego. Jednake podczas indukowanego ciemnoci godu wglowego biaka te zasocjowane byy znowo powstajcymi
520
S. BOREK I WSP.
sferycznymi strukturami (nazwanymi ciaami zawierajcymi ATI). Struktury te dynamicznie przemieszczay si po powierzchni retikulum, anastpnie byy transportowane do centralnej wakuoli. Wciaach zawierajcych ATI nie stwierdzono markerw wiata cystern retikulum endoplazmatycznego majcych C-kocow sekwencj
HDEL. Analiza fluorescencyjnych znacznikw, specyficznych dla poszczeglnych
organelli iautofagosomw wykazaa ponadto brak wspwystpowania wkomrce
cia zawierajcych ATI oraz aparatw Golgiego, mitochondriw, peroksysomw itypowych autofagosomw [42].
CHLOROFAGIA
Jest to rodzaj autofagii, podczas ktrej wsposb wybirczy degradowane s
chloroplasty. Dane literaturowe na temat selektywnej, autofagicznej utylizacji caych chloroplastw (iinnych plastydw) s raczej skromne. Badania wykonane na
Arabidopsis pokazay, e wwarunkach normalnego wzrostu irozwoju roliny chlorofagia umoliwia usuwanie zkomrek dysfunkcyjnych chloroplastw, stanowic
istotny element kontroli jakoci tych organelli. Wbadaniach tych wykorzystano np.
mutanty tic40 zbrakujcym komponentem wewntrznej bony otoczki uczestniczcym wimporcie biaek do chloroplastw [84]. Podobn utylizacj nieprawidowo
dziaajcych chloroplastw stwierdzono umutanta mex1 (maltose excess 1) zbrakujcym transporterem maltozy wwewntrznej bonie otoczki chloroplastowej.
Mutanty te miay ook. 50% mniej chloroplastw wkomrkach mezofilu dojrzaych
lici wporwnaniu do komrek rolin typu dzikiego. Obserwacje ultrastruktury pokazay, e wcytoplazmie komrek mutanta mex1 znajduj si spczniae chloroplasty ze zdeformowanymi tylakoidami, awobrbie wakuoli zaobserwowano pozostaoci po zdegradowanych chloroplastach [107]. Przypuszcza si, e chlorofagia
moe by istotnym elementem obrotu metabolicznego wkomrkach starzejcych
si. Chloroplasty zawieraj ok. 80% cakowitego azotu wliciach is gwnym
rdem odzyskiwanego azotu podczas starzenia lici. Wbadaniach przeprowadzonych na autofagicznym, podwjnym mutancie Arabidopsis (atg4a4b-1) starzenie
indukowano poprzez zaciemnianie lici. Umutanta tego stwierdzano wystpowanie
caych chloroplastw (ale te ich komponentw) wwakuoli. Takiej akumulacji nie
zaobserwowano wwakuolach komrek rolinach typu dzikiego [121]. Autofagiczna degradacja chloroplastw moe te by istotna podczas infekcji ireakcji obronnych rolin. Chloroplasty s rdem ROS, ktre powstrzymuj rozwj patogenw
iinfekcji oraz s miejscem syntezy wielu moleku sygnalnych (np. kwas salicylowy,
kwas jasmonowy) niezbdnych wreakcjach obronnych. Badania zawirulentnym
patogenem bakteryjnym Pst DC3000 (AvrRps4) pokazay, e uArabidopsis autofagia moe by zaangaowana wusuwanie uszkodzonych chloroplastw uatwiajc
ponowne wykorzystanie azotu, moe powodowa akumulacj ROS imoleku sygnalnych uczestniczcych wreakcjach obronnych [25].
521
Badajc proces autofagicznej degradacji plastydw zaobserwowano, e czciej

ni cae plastydy wakuolarnej degradacji ulegaj tylko niektre elementy plastydw. Zaobserwowano, e wkomrkach Arabidopsis wwarunkach godu wglowego wewntrz ina powierzchni chloroplastw tworz si struktury zawierajce
biako ATI1. Jest to jednak inne biako ATI ni te, ktre pojawia si na powierzchni retikulum endoplazmatycznego. Ciaa te zawieraj rwnie rne biaka stromy
chloroplastu, ale nie stwierdzono wnich wystpowania Rubisco. Chloroplastowe
ciaa ATI s transportowane do wakuoli wwyniku zachodzenia procesw autofagicznych. Stosujc znakowanie ATI1 biakiem zielonej fluorescencji (ATI1-GFP)
wykazano lokalizacj chloroplastowych cia ATI wcentralnej wakuoli komrek rolin typu dzikiego, natomiast umutanta autofagicznego atg5 takiej lokalizacji nie
zaobserwowano. Przypuszcza si, e recykling niektrych biaek chloroplastowych,
wopisany wyej sposb, moe przyczynia si do ochrony aparatu fotosyntetycznego, wszczeglnoci wwarunkach stresu (np. zasolenia czy godu wglowego)
[78]. Innym przykadem degradacji wcentralnej wakuoli komponentw chloroplastw jest rozkad Rubisco. Zaobserwowano odczanie si sferycznych struktur od
starzejcych si chloroplastw, ale innych ni ciaa ATI iprzemieszczanie si ich do
wakuoli. Obiekty te nazywane s ciaami zawierajcymi Rubisco (ang. Rubisco
Containing Body, RBC). Stosujc techniki fluorescencyjne (zzastosowaniem GFP-Atg8 iDsRed marker stromy chloroplastu), oraz wykorzystujc autofagicznego
mutanta Arabidopsis atg5 jednoznacznie udowodniono, e transport RCB do wakuoli odbywa si wskutek zachodzenia procesw autofagicznych [98]. Stwierdzono rwnie, e autofagiczna degradacja Rubisco jest tylko jednym zmoliwych
mechanizmw utylizacji biaek stromy chloroplastu zachodzcej podczas starzenia
si lici (zasadniczym mechanizmem jest wewntrzchloroplastowa proteoliza) [62].
Proces ten jednake moe ulega wyranej intensyfikacji wwarunkach stresu (np.
gd, zasolenie) [126]. Kolejnym przykadem autofagicznej degradacji komponentw chloroplastw jest utylizacja skrobi. Wchloroplastach skrobia syntetyzowana jest wcigu dnia, awnocy nastpuje jej rozkad do maltozy iglukozy.
Jest to tzw. skrobia tranzytoryczna ijak do tej pory powszechnie przyjmowano,
e jej rozkad zachodzi wycznie wewntrz chloroplastw. Jednake traktowanie siewek Nicotiana benthamiana inhibitorem autofagii (3-metyloadenina) lub
wyciszanie wnich genw ATG powodowao wyran akumulacj skrobi. Wicej skrobi pod koniec nocy zawieray te mutanty Arabidopsis atg2, atg5 iatg9,
wporwnaniu do rolin typu dzikiego. Takie obserwacje jednoznacznie wskazyway na udzia autofagii wrozkadzie skrobi. Jednake stosujc techniki mikroskopowe (elektronowe ifluorescencyjne) stwierdzono, e degradacji nie ulegaj
cae chloroplasty, lecz tylko drobne sferyczne struktury zawierajce skrobi (ang.
Small Starch Granule-Like Strukture, SSGL), ktre lokalizowane byy poza chloroplastami, aich rozkad zachodzi wcentralnej wakuoli [123].
Najnowsze dane literaturowe zwizane zautofagi iplastydami zdaj si otwiera przed naukowcami zupenie nowe obszary bada. Istniej bowiem informacje
522
S. BOREK I WSP.
wskazujce na to, e plastydy nie tylko mog ulega degradacji wprocesie autofagii, ale one same mog taki proces przeprowadza. Papini ivan Doorn [91]
opublikowali wroku 2015 obrazy ultrastruktury na ktrych wida wyrane, liczne,
krystaliczne ziarnistoci wperoksysomach ipojedyncze, bardzo due krystaloidy
wchloroplastach. Formuuj oni na tej podstawie kontrowersyjn hipotez, e krystaloidy wchloroplastach s skutkiem wczeniejszego, autofagicznego pochonicia peroksysomw lub innych plastydw przez te organelle. Zagadnienie to zpewnoci wymaga dalszych bada.
LIPOFAGIA
Lipofagia jest rodzajem selektywnej autofagii, wktrej degradacji ulegaj ciaa tuszczowe (zwane te ciaami olejowymi, oleosomami, lub kroplami tuszczu).
Ciaa tuszczowe odgrywaj istotn rol wmagazynowaniu energii oraz skadnikw
odywczych ugrzybw, rolin izwierzt. Zawieraj one gwnie triacyloglicerole,
auzwierzt rwnie estry steroli (np. cholesterolu). Zaangaowane s one wmetabolizm tuszczowy, utrzymywanie homeostazy, aussakw ich nieprawidowy
obrt powodowa moe wiele chorb [106]. Do niedawna uwaano, e degradacja
cia tuszczowych odbywa si wcytoplazmie, wwyniku dziaania lipaz [7, 124].
Jednake badania wykonane na hepatocytach myszy (zarwno typu dzikiego, jak
izwyciszonym genem ATG7) potwierdziy udzia procesu makroautofagii (makrolipofagii) wdegradacji cia tuszczowych. Badania mikroskopowe hepatocytw myszy pozwoliy zidentyfikowa trzy rodzaje autofagosomw. Niektre znich
zawieray wycznie ciaa tuszczowe (drugi rodzaj autofagosomw zawiera ciaa
tuszczowe iinne elementy komrki, atrzecia grupa autofagosomw wogle nie
zawieraa cia tuszczowych) [106]. Autofagiczn degradacj cia tuszczowych potwierdzono rwnie ugrzybw irolin. Udrody rosncych na poywce wzbogaconej wkwas oleinowy (indukuje on biosyntez triacylogliceroli ipowstawanie cia
tuszczowych) stwierdzono degradacj cia tuszczowych wprocesie mikroautofagii. Wprocesie tym uczestniczyo wiele rdzeniowych dla autofagii biaek Atg, ale
nie byo wrd nich Atg11 iAtg20. wiadczy to jednoznacznie oodmiennoci tego
procesu od retikulofagii, peksofagii czy mitofagii, pomimo tego, e ciaa tuszczowe zlokalizowane s wbezporednim ssiedztwie retikulum endoplazmatycznego,
peroksysomw imitochondriw [117]. Umutantw autofagicznych ryu (atg7-1)
zaobserwowano spowolnienie dojrzewania ziaren pyku imsk sterylno zpowodu zablokowania degradacji cia olejowych wkomrkach tapetum. Wwarunkach normalnych autofagiczna degradacja cia olejonych jest bowiem niezbdna
do prawidowej regulacji metabolicznej ipoday substancji odywczych wrozwijajcych si prcikach [37, 56]. Wpomejotycznych komrkach tapetum ryu tworz
si struktury podobne do autofagosomw oraz pojawiaj si liczne ciaa olejowe we-
523
wntrz wakuol. Natomiast umutantw ryu atg7-1 nie zaobserwowano takich procesw [56]. Lipofagi zidentyfikowano rwnie uAuxenochlorella protothecoides
jednokomrkowej, miksotroficznej mikroalgi. Organizm ten wykazuje zdolnoci
fotoautotroficzne gdy jest eksponowany na dziaanie wiata. Jednake przy ograniczeniu dostpnoci azotu iodywieniu glukoz organizm ten staje si heterotroficzny.
Zmiana rodowiska powodujca heterotrofi indukuje szybki wzrost komrek glonu
iakumulacj tuszczu (>50% suchej masy). Zkolei zmiana ztrybu heterotroficznego
na autotroficzny (HA; zang. Heterotrophy-to-Autotrophy) stymuluje wiele zmian
morfologicznych, anatomicznych ibiochemicznych, wtym radykalny iszybki spadek zawartoci tuszczu. Dziki zastosowaniu mikroskopii elektronowej, zaobserwowano pojawianie si wkomrkach wakuol autofagicznych podczas procesu HA.
Obserwowana degradacja cia olejowych przebiegaa na drodze mikroautofagii,
gdy stwierdzono pochanianie cia olejowych przez wakuole wskutek tworzenia
si wpukle tonoplastu [128].
LIZOFAGIA
Lizosomy s to organelle zawierajce enzymy hydrolityczne iuczestnicz one
wdegradacji rnych komponentw komrki. Zaangaowane s m. in. wproces selektywnej jak inieselektywnej autofagii komrkach zwierzcych. Prawidowo funkcjonujce lizosomy oddzielaj enzymy lityczne od pozostaych elementw komrki.
Jednake lizosomy uszkodzone mog wsposb niekontrolowany uwalnia swoj
zawarto do cytozolu, powodujc tym samym powane zaburzenia wstrukturze
imetabolizmie komrki. Przykadem lizosomalnych enzymw s katepsyny, ktrych
uwolnienie do cytozolu wywouje apoptoz [39]. Takie wadliwe lizosomy usuwane s
zkomrki wprocesie zwanym lizofagi, ktra jest selektywnym rodzajem makroautofagii. Lizofagi badano jak do tej pory tylko wkultywowanych in vitro liniach komrkowych ssakw (J774, MEF, NIH3T3, HeLa, Plat-E), auszkodzenia lizosomw
wywoywano chemicznie. Proces lizofagii prawdopodobnie jest zaleny od ubikwityny iuczestnicz wnim biaka LC3 (zwierzcym homologiem rodziny biaek Atg8)
ip62. Nie wiadomo jednak wjaki sposb ubikwityna przycza si do uszkodzonych
lizosomw ijaki jest udzia biaek Atg wlizofagii [39, 44, 72, 87].
NUKLEOFAGIA
Nukleofagia jest rodzajem selektywnej autofagii, podczas ktrej degradacji ulegaj uszkodzone lub nieuywane czci jdra komrkowego, anawet cae jdra.
Organelle te odpowiedzialne s za przechowywanie iekspresj genomu. Dlatego
zachowanie jego penej funkcjonalnoci jest szczeglnie istotne niemale dla kadej
524
S. BOREK I WSP.
ywej komrki. Nukleofagia zachodzi moe zarwno na drodze mikro- jak imakroautofagii, ale te wsposb opisany dla megaautofagii [79]. Wzalenoci jednak
od mechanizmu dostarczania fragmentw jdra do wakuoli lub lizosomu iwzalenoci od natury adunku wyrnia si kilka odmian nukleofagii. Opisan uSaccharomyces cerevisiae odmian mikronukleofagii jest tzw. fragmentaryczna mikroautofagia
jdra (ang. Piecemeal Microautophagy of the Nucleus, PMN). Proces ten inicjowany
jest przez poczenie bon jdra komrkowego iwakuoli poprzez interakcje pomidzy
tonoplastowym komponentem Vac8 ielementem otoczki jdrowej Nvj1. Kolejnym
etapem jest powstanie inwaginacji tonoplastu, wktrym znajdzie si fragment otoczki jdrowej ipewna cz nukleoplazmy. Inwaginacja tonoplastu pogbia si iprzeksztaca si wwewntrz wakuolarny pcherzyk skadajcy si ztrzech bon (tonoplast
idwie bony otoczki jdrowej) iporcji nukleoplazmy. Jdro komrkowe iwakuola oddzielaj si, azawarto pcherzyka wewntrz wakuoli ulega degradacji. PNM umoliwia dostarczenie do wakuoli takich skadnikw jdra, ktre s odseparowane przez
otoczk jdrow, awpewnych stadiach rozwojowych nie s potrzebne. Przykadem
takiego adunku moe by granularne jderko, ktre wzbogacone jest wpre-rybosomy. Jednake takie komponenty jak chromatyna, kompleksy porw otoczki jdrowej
lub elementy wrzeciona kariokinetycznego nie ulegaj degradacji wskutek PMN [79].
Efektywna degradacja elementw jdra podczas PMN wymaga ekspresji rdzeniowych
dla autofagii genw ATG. Jednake udzia biaek Atg zdaje si by ograniczany tylko
do kocowych stadiw tego procesu, amianowicie do etapu odrywania si fragmentu
jdra komrkowego izamykania si tonoplastu [79]. Inn odmian mikronukleofagii jest tzw. nukleofagia pna. Ta odmiana nukleofagii zachodzi uSaccharomyces
cerevisiae podczas wyduonego godu azotowego (20-24h). Wprzeciwiestwie do
PMN, nukleofagia pna zachodzi bez udziau Vac8 iNvj1, atym samym bez cisej
integracji tonoplastu iotoczki jdrowej [79]. USaccharomyces cerevisiae zachodzi
te moe tzw. programowana destrukcja jdra (ang. Programmed Nuclear Destructuin, PND). Ta odmiana nukleofagii zachodzi wkomrkach, ktre wskutek godu
azotowego wytwarzaj spory. Diploidalna komrka drody wytwarza cztery spory,
aich powstanie poprzedzone jest wytworzeniem czterech jder na drodze mejozy.
Jednake wpewnych warunkach suboptymalnego odywienia wglowego powstaj
tylko dwie spory, adwa pozostae jdra ulegaj degradacji wskutek uwolnienia do
cytoplazmy litycznej zawartoci wakuoli. Ten sposb degradacji elementw komrki
nie jest specyficzny dla jder komrkowych, lecz jest to proces megaautofagii [79].
Ugrzybw nitkowatych (np. uAspergillus oryze, Magnaporthe oryze) zachodzi
moe autofagiczna degradacja caego jdra komrkowego. Grzyby te zbudowane s
zkomrek zawierajcych wiele jder, wic usunicie niektrych znich nie wywouje
negatywnych skutkw, awrcz przeciwnie, jest to sposb pozyskiwania substancji
odywczych przez niektre komrki. Degradacja jdra utych grzybw zachodzi na
drodze makronukleofagii, gdy potwierdzono pojawianie si autofagosomw iAtg8
(markera autofagosomu) [79].
525
Wystpowanie nukleofagii zaobserwowano rwnie uorganizmw zwierzcych. UTetrahymena termophila (modelowy protist zwierzcy, orzsek) wystpowa mog dwa amitotyczne jdra (due imae). Podczas rozmnaania pciowego
jdro due ulega programowanej degradacji (PND), ale nie wyklucza si powstawania rwnie autofagosomw, wskazujcych na proces makronukleofagii. Wbadaniach prowadzonych na fibroblastach myszy zaobserwowano np. wystpowanie histonw H1 wniektrych autofagosomach. Awkomrkach wystpujcego
uczowieka kostniakomisaka (nowotwr koci) potwierdzono makroautofagiczn
degradacj nietypowych, maych jder [79]. Wliteraturze brak jest jakichkolwiek
informacji na temat wystpowania nukleofagii wkomrkach rolinnych.
AGREFAGIA
Jest to rodzaj selektywnej makroautofagii, podczas ktrej degradacji ulegaj niefunkcjonalne agregaty biakowe. Gwnym sposobem usuwania zkomrki uszkodzonych biaek jest ich ubikwitynizacja idegradacja przez proteasomy 26S. Jednake
biaka oniewaciwej strukturze mog wykazywa tendencj do tworzenia agregatw, ktrych degradacja przez proteasomy jest mao efektywna lub niemoliwa.
Ponadto agregaty biakowe mog ogranicza lub blokowa dziaanie proteasomw,
aich akumulacja wkomrkach zwierzcych moe by przyczyn chorb neurodegeneracyjnych. Spadkowi wydajnoci proteasomw czsto towarzyszy nasilenie autofagii, podczas ktrej wwybirczy sposb degradowane s agregaty biakowe [70].
Urolin jedn zprzyczyn tworzenia si niefunkcjonalnych agregatw biakowych s
oksydacyjne uszkodzenia biaek wywoywane przez rne stresy abiotyczne, aich
nasilony autofagiczny rozkad obserwowany jest wwarunkach godu [32]. Wartym
nadmienienia jest fakt, e degradacja agregatw biakowych zachodzca wwarunkach godu (cukrowego, azotowego, fosforowego) wkomrkach BY-2 tytoniu bya
pierwszym opisanym rodzajem selektywnej autofagii urolin [113].
Istotnymi elementami agrefagii wkomrkach ssakw s biaka p62, BR1,
OPTN, NDP52 iTollip. Peni one funkcj receptorw agregatw biakowych is
te adaptorami wchodzcymi winterakcje zLC3 lub GABARAP podczas ksztatowania si autofagosomu [70]. Agrefagia urolin nie zostaa jeszcze tak dobrze
poznana jak uzwierzt, ale uArabidopsis zidentyfikowano homolog zwierzcego
NBR1. Rolinny NBR1 (AtNBR1, At4g24690) jest strukturaln ifunkcjonaln
hybryd zwierzcego p62 iNBR1 imoe wiza si zAtg8 iubikwitynowanymi
biakami [32]. Innym rolinnym receptorem/adaptorem istotnym podczas agrefagii jest biako Joka2, ktre zostao zidentyfikowane utytoniu. Podobnie jak AtNBR1 jest ono hybryd zwierzcych p62 iNBR1 iwchodzi winterakcje zAtg8
iubikwityn. [32, 131]. Zaobserwowano wzrost ekspresji Joka2 wkomrkach
tytoniu podczas godu azotowego isiarkowego, co moe wskazywa na udzia
526
S. BOREK I WSP.
agrefagii wrolinnych reakcjach obronnych zwikszajcych tolerancj na stresy

rodowiskowe [32, 131]. Nadmieni jednak naley, e NBR1 (zarwno rolinne
jak izwierzce) iJoka2 mog czy si zrnymi biakami, ktre ulegaj ubikwitynizacji. Nie mona zatem wykluczy udziau tych dwch biaek winnych
rodzajach selektywnej autofagii, np. wpeksofagii.
ZYMOFAGIA
Jest to rodzaj selektywnej autofagii, ktry chroni komrki trzustki przed obumieraniem wstanach zapalnych. Gwn funkcj trzustki jest synteza isekrecja enzymw trawiennych, ktre syntetyzowane s jako zymogeny (np. trypsynogen), czyli
enzymy nieaktywne. Zymogeny akumulowane s wkomrkach trzustki wformie
granul, a do czasu ich sekrecji. Granule zymogenu s potencjalnie niebezpieczne,
gdy aktywacja enzymw trawiennych wewntrz komrek trzustki prowadzi do
samostrawienia organu iokolicznych tkanek (ostre zapalenie trzustki). Zymofagia,
czyli selektywna degradacja granul zymogenu, uruchamiana jest wkomrkach pcherzykw wydzielniczych trzustki wstanach zapalnych iprowadzi do odseparowania izdegradowania granul zawierajcych aktywowane zymogeny, chronic tym
samym komrki trzustki przed samozniszczeniem. Zymofagi badano wkomrkach
genetycznie modyfikowanych myszy (ELAI-VMP1) oraz wkultywowanych in vitro
liniach komrkowych (linia komrek C57BL6J myszy ilinia modelowych komrek
trzustki AR42J szczura). Uzwierzt zapalenie trzustki wywoywane byo poprzez
iniekcje ceruleiny. Wykazano, e zymofagia chroni komrki trzustki zarwno poprzez zapobiegnie aktywowaniu trypsynogenu, ale te wskutek usuwania granul zawierajcych ju aktywn trypsyn. Wystpowanie zymofagii potwierdzono rwnie
uczowieka podczas ostrego zapalenia trzustki. Biakami uczestniczcymi wzymofagii s: zwizane zautofagi biako VMP1, zalena od ubikwityny proteaza USP9x
ibiako wice ubikwityn p62. Zaobserwowano, e VMP1 wchodzi winterakcje
zUSP9x, co wskazuje na udzia ubikwityny wmechanizmie rozpoznawania iselekcji granul zymogenu podczas tworzenia si autofagosomu [34].
ALLOFAGIA
Jest to rodzaj selektywnej makroautofagii umoliwiajcy eliminacj zkomrki
obcych (nie swoich) komponentw. Najlepiej poznanym przykadem allofagii jest
selektywna, autofagiczna degradacja ojcowskich mitochondriw iinnych komponentw plemnika, zachodzca bezporednio po zapodnieniu ipodczas wczesnej
embriogenezy. Wtrakcie zapodnienia komrki jajowej, plemnik dostarcza nie tylko materia genetyczny, ale te inne komponenty komrkowe, takie jak mitochon-
527
dria, centriole czy cytoplazm. Badania przeprowadzone na modelowym nicieniu

Caenorhabditis elegans pokazay, e ju wpierwszych minutach po zapodnieniu
pojawiaj si autofagosomy. Tworz si one wpobliu komponentw plemnika
iwbezporednim ssiedztwie miejsca wktrym plemnik wnikn do komrki jajowej. Wautofagosomach zidentyfikowano przede wszystkim ojcowskie mitochondria, ale te inne wyspecjalizowane organelle pochodzce zplemnikw. Zawarto
autofagosomw ulegaa lizosomalnej degradacji wtrakcie wczesnej embriogenezy. Mitochondria pochodzce od matki, czyli te znajdujce si wkomrce jajowej
od samego pocztku jej istnienia, nie byy degradowane. Zatem dziedziczenie
genw mitochondrialnych jest skutkiem autofagicznej eliminacji mitochondrialnych genw ojcowskich, ktra zachodzi bezporednio po zapodnieniu. Wzygotach Caenorhabditis elegans zupoledzonym przebiegiem autofagii, ojcowskie mitochondria izgromadzony wnich materia genetyczny wystpoway wkomrkach
a do stadium larwalnego. Wbadaniach tych wykorzystano autofagicznego mutanta
lgg1 lub komrki zwyciszon ekspresj LGG-1 iLGG-2. Biaka te s homologami LC3 (homolog Atg8). Stwierdzono rwnie, e LGG-1 iLGG-2 wystpuj ju
wkomrce jajowej przed zapodnieniem, pochodz wic od matki [96, 102, 103].
Istotnym elementem allofagii jest przyczenie ubikwityny do komponentw
plemnika wewntrz zapodnionej komrki jajowej. UCaenorhabditis elegans
ubikwitynizacji nie ulegaj jednak mitochondria icigle nie wiadomo co jest sygnaem kierujcym te organelle do powstajcych autofagosomw. Wiadomo natomiast, e wallofagii uczestniczy UNC-51 (homolog Atg1/ULK1), Atg5, Atg7
iAtg18. Stwierdzono rwnie, e woocytach myszy tu po zapodnieniu pojawiaj si takie markery autofagii jak LC3, GABARAP, p62 iK63-ubikwityna. Taki
wynik sugeruje zachodzenie allofagii rwnie ussakw iwskazuje na konserwatywno tego procesu wrd zwierzt [96, 102, 103]. Inne badania potwierdziy gromadzenie si p62 iLC3 wok ojcowskich mitochondriw bezporednio
po zapodnieniu komrek jajowych myszy. Jednake mitochondria nie ulegay
lizosomalnej degradacji bezporednio po zapodnieniu, lecz rozprzestrzeniay si
wzygocie itrway do stadium moruli [68].
KSENOFAGIA
Zasadniczo, ksenofagia jest procesem selektywnej, makroautofagicznej degradacji rnych patogenw (bakterie iwirusy). Jednake wszerszym znaczeniu, podczas ksenofagii rozkadane s te inne obce, ale niemikrobiologiczne obiekty (np.
zwizki elaza). Ten szczeglny rodzaj ksenofagii nosi nazw ferrytynofagii [73].
Wyrnia si te symbiofagi, czyli autofagiczn degradacj symbiotycznego partnera [11]. Pomimo tego, e patogeny wyksztaciy rne mechanizmy uatwiajce
im przeycie wkomrkach gospodarza, to mog one by przechwytywane przez
528
S. BOREK I WSP.
autofagosomy idostarczane do kompartymentw litycznych (np. autolizosomy

uzwierzt), gdzie ulegaj degradacji. Ksenofagia jest wic komrkowym mechanizmem obronnym przeciwko mikroorganizmom znajdujcym si wcytozolu ijest
elementem odpornoci wrodzonej inabytej [54]. Wkomrkach zwierzcych patogeny mog te by utylizowane podczas fagocytozy (wskrcie nazywan LAP;
ang. LC3 Associated Phagocytosis). Jest to proces bardzo podobny do ksenofagii,
ale podczas LAP zlizosomami cz si fagosomy, ktre tworz si zplazmalemy
izbudowane s zpojedynczej bony. Natomiast wtrakcie ksenofagii, zlizosomami
cz si autofagosomy, ktre powstaj zfagofory wcytozolu izbudowane s zbony podwjnej. Podczas LAP degradacji ulegaj patogeny, ktre zlokalizowane s
poza komrk, natomiast wtrakcie ksenofagii niszczone s mikroorganizmy, ktre
wczeniej przedostay si do wntrza komrki [11, 54]. Nie mona te wykluczy,
e oba te procesy zachodzi mog wkomrce jednoczenie [54]. Do strategii umoliwiajcych przeycie patogenw wewntrz komrki gospodarza zalicza si: i) liz
iuwolnienie si zfagosomw lub wakuoli, ii) modyfikacje fagosomw oraz iii) przeycie wkwanym rodowisku kompartymentw degradacyjnych komrki. Szczegowe informacje na temat bakterii istosowanych przez nie wyej wymienionych
strategii zostay zawarte wpublikacji przegldowej Pareja iColombo 2013 [92].
Kluczowym etapem ksenofagii jest rozpoznanie bakterii wobrbie komrki gospodarza. Uwaa si, e wkomrkach zwierzcych kluczowe s tutaj biaka LC3
ip62. Zatem wykorzystywane s te same biaka receptorowe/adaptorowe, ktre s
istotne podczas autofagicznej degradacji biaek iagregatw biakowych (agerfagia;
punkt 3.9.) [92]. Przykadem bakterii, ktra eliminowana moe by wprocesie ksenofagii jest Salmonella enterica (S. typhimurium). Po wnikniciu bakterii do cytozolu komrki zwierzcej, zostaje ona pokryta licznymi czsteczkami ubikwityny,
ado ubikwitynowanych biaek przyczaj si nastpnie p62, NDP52 (zang. Nuclear Dot Protein 52 kDa) ioptineuryna (OPTN). S to biaka receptorowe/adaptorowe, wice si zLC3, ktry zasocjowany jest zbon rosncej fagofory (ksztatujcego si autofagosomu). Wpodobny sposb ksenofagii ulega mog rwnie
Streptococcus pyogenes iShigella flexneri [92].
Podczas ksenofagii bakterii uczestnicz rne biaka Atg, takie jak Atg9 (potwierdzone wksenofagii Salmonella) [54], Atg5 (Shigella) czy Atg5, Atg8 iAtg12
(Burkholderia cenocepacia) [92]. Stwierdzono te, e pomimo sprawnie funkcjonujcej autofagii iLAP wkomrkach gospodarza, bakteriom udaje si unikn
degradacji. Przypuszcza si, e oprcz trzech wyej wymienionych strategii unikania przez bakterie degradacji podczas LAP [92], istnieje te dodatkowy mechanizm umoliwiajcy przeycie bakterii, polegajcy na obnieniu ekspresji genw
ATG gospodarza. Nisz ekspresj ATG stwierdzono np. podczas infekcji ludzkich limfocytw Francisella tularensis. Obnion ekspresj genw ATG (ATG5,
ATG8 IATG12) powoduje te Burkholderia cenocepacia wkomrkach pacjentw
chorych na mukowiscydoz. Utakich pacjentw stwierdzono rwnie obniony
529
poziom ekspresji ATG idysfunkcjonaln autofagi wkomrkach nabonkowych

nawet wwarunkach braku infekcji, co moe by jedn zprzyczyn wikszej przeywalnoci Burkholderia uchorych na mukowiscydoz [92].
Ksenofagii mog ulega take wirusy lub ich niektre komponenty. Biaka wirusowe mog stymulowa lub ogranicza autofagiczn eliminacj tych patogenw.
Stwierdzono, e wydajno autofagii wzrasta podczas infekcji wirusem grypy, dengi (choroba tropikalna), czy podczas wzmoonej ekspresji biaka HBx wirusa B
zapalenia wtroby. Stymulacja autofagii wywoana jest przez wirusowe biako (np.
NS4A lub HBx). Zakaone komrki s wtakich okolicznociach chronione przed
apoptoz, ato daje wirusom wicej czasu na replikacj. Natomiast biako ICP34.5
wirusa opryszczki spowalnia autofagi poprzez interakcje zbiakiem Beclin1 (analog drodowego Atg6 ussakw). Ograniczenie autofagii jest jedn zmoliwych
strategii przeycia wirusa iuniknicia reakcji obronnych gospodarza [54]. Stwierdzono rwnie, e podczas infekcji wirusem C zapalenia wtroby istotne s takie
biaka zwizane zautofagi jak Beclin1, Atg4B, Atg5 czy Atg12, ale biaka te wykorzystywane s przez wirusa do zainicjowania jego replikacji [54].
Wiedza dotyczca udziau procesw autofagicznych wreakcjach obronnych
urolin jest znacznie skromniejsza ni zakres danych dotyczcy komrek zwierzcych. Wiadomo jednak, e procesy autofagiczne mog by jednym zelementw
obrony rolin przed atakiem patogenw. Urolin atak patogena doprowadza moe
m. in. do tzw. reakcji nadwraliwoci, podczas ktrej komrka rolinna obumiera,
powstrzymujc tym samym rozprzestrzenianie si infekcji. Jest to swoisty rodzaj
programowanej mierci komrki rolinnej. Szereg bada wskazuje na udzia autofagii wstymulowaniu lub ograniczaniu reakcji nadwraliwoci wkomrkach rolinnych [46, 51, 110, 122]. Jednake nie ma adnych danych, jak do tej pory, ktre potwierdziyby lub wykluczyyby wystpowanie ksenofagii wkomrkach rolinnych.
TRANSPORT CYTOPLAZMA-WAKUOLA
Transport cytoplazma-wakuola (ang. Cytoplasm-to-vacuole-targeting, Cvt) jest
jednym zpierwszych dobrze zbadanych rodzajw selektywnej autofagii udrody
ipolega on na dostarczaniu do wakuoli rnych biaek. Jednake adunek dostarczony do wakuoli nie ulega degradacji, gdy organella ta jest docelowym miejscem
dziaania transportowanych wten sposb biaek. Cvt jest wic przykadem biosyntetycznej, anie degradacyjnej funkcji autofagii. Wtrakcie Cvt istotn funkcj peni
pcherzyki zbudowane zpodwjnej bony, ale nie nazywa si ich autofagosomami,
lecz pcherzykami Cvt. Formowanie pcherzykw Cvt nastpuje wPAS (miejsce
formowania si fagofory) [31, 114]. Biakami transportowanymi zcytoplazmy do
wakuoli mog by np. prekursory aminopeptydaz (np. Ape1, Ape4). Proces Cvt
rozpoczyna si od powstania dodekamerw prApe1 (prekursor Ape1). Dodekamery
530
S. BOREK I WSP.
cz si nastpnie wwikszy kompleks, do ktrego przyczaj si inne wakuolarne

hydrolazy (np. Ape4 czy -mannozydaza). Receptorem/adaptorem takiego kompleksu jest Atg19, ktre przycza si do prApe1 ipowoduje przesuwanie si adunku
wkierunku PAS. Nastpnie Atg19 wchodzi winterakcje zAtg11 iAtg8, umoliwiajc tym samym przyczenie adunku do fagofory iwyksztacenie si pcherzyka Cvt
[31, 114]. Zewntrzna bona pcherzyka Cvt ulega fuzji ztonoplastem, ado wntrza
wakuoli uwolnione zostaje ciao Cvt (analog ciaa autofagowego), ktre ulega czciowej destrukcji przez Atg15 wakuolarn lipaz. Degradacji ulegaj Atg8 iAtg
11, natomiast prApe1 po proteolitycznej obrbce staje si aktywnym enzymem [114].
INNE RODZAJE AUTOFAGII SELEKTYWNEJ
Antocyjaniny (rolinne barwniki zgrupy flawonoidw) syntetyzowane s
wcytoplazmie, ale miejscem ich deponowania wkomrce jest wakuola, wktrej wystpuj wformie rozpuszczonej ipod postaci inkluzji (ang. Anthocyanic
Vacuolar Inclusion, AVI). Siewki autofagicznych mutantw Arabidopsis (atg5,
atg9, atg10) akumuluj wyranie mniej AVI ni roliny typu dzikiego. Zastosowanie induktora powstawania AVI, jakim jest ortowanadian sodu, nie wywouje
zwikszenia liczebnoci AVI umutantw, tak jak ma to miejsce urolin typu dzikiego [95]. Takie dane sugeruj, e wtransport antocyjanin do wakuoli zaangaowane mog by procesy autofagiczne (ale adunek nie ulegaby degradacji) [32,
95]. Jednake analiza transkryptomiczna pokazaa, e uautofagicznych mutantw Arabidopsis nastpuje wyrane obnienie ekspresji genw kodujcych kluczowe enzymy ibiaka regulatorowe zaangaowane wbiosyntez flawonoidw,
anadekspresja odpowiedniego czynnika transkrypcyjnego (PRODUCTION OF
ANTOCYJANIN PIGMENT1) przywraca akumulacj antocyjanin wwakuolach
mutantw [75]. Wobec takich danych narastaj wtpliwoci, czy procesy autofagiczne uczestnicz wtransporcie antocyjanin do wakuoli. Gdyby jednak udzia
procesw autofagicznych wtransporcie antocyjanin do wakuoli zosta potwierdzony, to byby to przykad niedegradacyjnej funkcji autofagii.
Wkomrkach rolinnych autofagicznej degradacji ulega mog porfiryny. Wolny
hem (elazoporfiryna) wkomrkach rolinnych moe by toksyczny, ale obserwuje
si jego przejciow akumulacj podczas reakcji na abiotyczne czynniki stresowe.
Jako grupa prostetyczna wielu biaek oraz jako molekua sygnalna hem stanowi element systemu obrony komrki przed reaktywnymi formami tlenu. Abiotyczne czynniki stresowe powoduj rwnie indukcj ekspresji bonowych biaek TSPO, penicych regulatorowe funkcje wrnych reakcjach obronnych. Biaka te mog te wiza
hem [118] iinne porfiryny, iuwaa si, e s to biaka odpowiedzialne za utrzymanie
stenia wolnego hemu na odpowiednio niskim, nietoksycznym poziomie. Badania
wykonane na autofagicznym mutancie Arabidopsis atg5, pokazay, e kompleksy
531
TSPO ihemu s degradowane wtrakcie autofagii. Lokalizowano je wautofagosomach, apo zastosowaniu konkanamycyny Arwnie wciaach autofagowych. Stosujc techniki mikroskopowe ifluorescencyjne stwierdzono te wspwystpowanie
TSPO iAtg8e [32, 118, 119]. Sugeruje si, e TSPO wkomrkach rolinnych peni
funkcj autofagicznego receptora porfiryn (aprzynajmniej tych porfiryn, ktre s dla
komrek rolinnych toksyczne) [119].
AUTOFAGIA ZALENA OD CHAPERONW

Autofagia zalena od chaperonw (ang. Chaperone-Mediated Autophagy, CMA)
wystpie tylko wkomrkach ssakw ijest jednym ze sposobw selektywnej, lizosomalnej degradacji biaek. Jest to proces, ktry przebiega odmiennie od opisywanych
wtym artykule rnych rodzajw makro- czy mikroautofagii, gdy podczas CMA nie
powstaj autofagosomy czy inwaginacje bony lizosomu, lecz przeznaczone do degradacji biaka transportowane s bezporednio zcytoplazmy do lizosomu. Wprzebiegu
CMA nie uczestnicz biaka Atg, lecz istotnym elementem tego procesu s chaperony
(zwane te biakami opiekuczymi). Biaka-substraty, ktre mog by degradowane
podczas CMA musz mie specyficzny, pentapeptydowy motyw, do ktrego przycza si konstytutywny chaperon hsc70. Zaznaczone wten sposb biako kierowane
jest do powierzchni lizosomu. Wbonie lizosomu zakotwiczone jest biako-receptor
LAMP-2A. Przyczenie si przeznaczonego do degradacji biaka do cytozolowego
ogona tego receptora powoduje rozprostowanie biaka ipowstanie bonowego kompleksu umoliwiajcego przeniesienie adunku do wntrza lizosomu. Transmembranowy kompleks transportujcy biako do lizosomu skada si zkilku LAMP-2A. Wewntrz lizosomu biako ulega degradacji [13, 20, 21, 50, 87].
CMA ma istotne znaczenie wobrocie metabolicznym iwsystemie kontroli jakoci, usuwajc zkomrki uszkodzone iniefunkcjonalne biaka. CMA jest przez to
wanym elementem systemu regulacji metabolizmu komrkowego, wpywajcym
na poziom rnych enzymw, czynnikw transkrypcyjnych iwielu innych biaek.
Zaburzenia wprzebiegu CMA zwikszaj wraliwo komrek na rnego rodzaju
stresy imog by istotne wrozwoju chorb nowotworowych ineurodegeneracyjnych [13, 20, 21]. CMA iinne rodzaje autofagii zachodz zbazow wydajnoci
podczas normalnego wzrostu irozwoju organizmu, ale ulegaj wyranemu nasileniu podczas deficytu substancji odywczych. Zaobserwowano, e wwarunkach
godu wkomrkach ssakw wpierwszej kolejnoci szybkiemu, ale raczej krtkotrwaemu nasileniu ulega makroautofagia. Natomiast intensyfikacja CMA rozpoczyna si pniej, przebiega wsposb agodniejszy, asam proces moe trwa kilka
dni [13, 21]. Przypuszcza si, e jednym zsubstratw CMA s biaka Atg, aich dekompozycja podczas CMA jest moliw przyczyn szybkiego spadku wydajnoci
makroautofagii podczas deficytu substancji odywczych [13].
532
S. BOREK I WSP.
PODSUMOWANIE
Wyniki bada wykonanych wostatnich latach jednoznacznie wskazuj na to,
e spojrzenie na autofagi musiao ulec zmianie. Autofagia umoliwia bowiem nie
tylko przeycie komrki wwarunkach godu cukrowego czy azotowego, ale jest te
niezwykle istotnym procesem biorcym udzia wobrocie metabolicznym, wutrzymaniu homeostazy komrki, czy te wreakcjach obronnych. Te funkcje autofagii
zwizane s jednak zbardzo precyzyjnym iwybirczym degradowaniem poszczeglnych komponentw komrki. Oile oglny schemat przebiegu autofagicznej
degradacji poszczeglnych organelli komrkowych, kompleksw biakowych czy
makromoleku jest ju wmiar dobrze poznany, to nadal wiele pyta pozostaje bez
odpowiedzi. Przykadem moe by relatywnie skromniejsza wiedza dotyczca receptorw poszczeglnych komponentw komrkowych isposobu ich naznaczania do autofagicznej degradacji. Przez wiele lat uwaano, e autofagia jest procesem konserwatywnym izachodzi bardzo podobnie urnych, niespokrewnionych
ze sob grup organizmw. Czsto wiedz dotyczc autofagii np. udrody ekstrapolowano np. na komrki rolinne. Przykadem moe tutaj by zakadanie ju wiele
lat temu, e peksofagia czy mitofagia zachodz wkomrkach rolinnych. Wprawdzie
przebieg obu tych procesw potwierdzono ju urolin, ale okazuje si, e np. receptory czy adaptory dla rolinnych peroksysomw imitochondriw s odmienne ni te
ugrzybw czy wkomrkach zwierzcych. Dlatego te aktualne iprzysze badania
nad pocztkowymi etapami rnych rodzajw selektywnej autofagii wkomrkach
grzybw, zwierzt, awszczeglnoci rolin zdaj si by niezwykle istotne dla dokadnego poznania przebiegu autofagii.
PODZIKOWANIA
Publikacja zwizana zgrantem Narodowego Centrum Nauki nr N N310 003540
realizowanego wlatach 2011-2014
LITERATURA
[1]
[2]
[3]
[4]
Alers S, Wasselborg S, Stork B. ATG13 Just acompanion, or an executor of the autophagic program?
Autophagy 2014; 10: doi: 10.4161/auto.28987
Andersen KL, Collins K. Several RNase T2 enzymes function in induced tRNA and rRNA turnover in
the ciliate Tetrahymena. Mol Biol Cell 2012; 23: 36-44.
Avin-Wittenberg T, Fernie AR. At long last: evidence for pexophagy in plants. Mol Plant 2014; 7:
1257-1560.
Avin-Wittenberg T, Honig A, Galili G. Variations on atheme: plant autophagy in comparison to yeast
and mammals. Protoplasma 2012; 249: 285-299.
[5]
[6]
[7]
[8]
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
[16]
[17]
[18]
[19]
[20]
[21]
[22]
[23]
[24]
[25]
[26]
[27]
[28]
533
Backues SK, Klionsky DJ. Autophagy gets in on the regulatory act. J Mol Cell Biol 2011; 3: 76-77.
Badadani M. Autophagy mechanism, regulation, functions and disorders. ISRN Cell Biol 2012; ID
927064, doi: 10.5402/2012/927064
Barros M, Fleuri LF, Macedo G. Seed lipases: sources, applications and properties areview. Braz J
Chem Engin 2010; 27: 15-29.
Bassham DC, Crespo JL. Autophagy in plants and algae. Front Plant Sci 2014; doi:10.3389/
fpls.2014.00679
Bassham DC. Methods for analysis of autophagy in plants. Methods 2014; doi: 10.1016/j.
ymeth.2014.09.003
Bassham DC. Plant autophagy more than astarvation response. Curr Opin Plant Biol 2007; 10:
587-593.
Bauckman KA, Owusu-Boaitey N, Mysorekar IU. Selective autophagy: xenophagy. Methods 2015;
75: 120-127.
Behrends C, Fulda S. Receptor proteins in selective autophagy. Int J Cell Biol 2012; ID 673290: doi:
10.1155/2012/673290
Bejarano E, Cuervo AM. Chaperone-mediated autophagy. Proc Am Thorac Soc 2010; 7: 29-39.
Borek S, Kubala S, Kubala S, Ratajczak L. Comparative study of storage compound breakdown in
germinating seeds of three lupine species. Acta Physiol Plant 2011; 33: 1953-1968.
Borek S, Paluch E, Pukacka S. Asparagine slows down the decomposition of autophagic bodies in sugar starved embryo axes of lupin (Lupinus spp). 6th Conference of the Polish Society of Experimental
Plant Biology, 16-19.09.2013, d, BioTechnologia JBCBB 94(3): 319.
Borek S, Paluch E, Pukacka S. Does pexophagy (autophagic degradation of peroxisomes) occur in
cells of lupin sugar-starved embryo axes? Abstract Book, Poster Presentations. Plant Biology Europe
FESPB/EPSO 2014 Congress, 22-26.06.2014, Dublin, Irlandia.
Borek S, Pukacka S, Michalski K. Regulation by sucrose of storage compounds breakdown in germinating seeds of yellow lupine (Lupinus luteus L.), white lupine (Lupinus albus L.) and Andean lupine
(Lupinus mutabilis Sweet). II. Mobilization of storage lipid. Acta Physiol Plant 2012; 34: 1199-1206.
Cebollero E, Reggiori F, Kraft C. Reticulophagy and ribophagy: Regulated degradation of protein
production factories. Int J Cell Biol 2012; ID 182834, doi:10.1155/2012/182834
Cuervo AM. Autophagy: many paths to the same end. Mol Cell Biochem 2004; 263: 55-72.
Cuervo AM. Chaperone-mediated autophagy: selectivity pays off. Trends Endocrinol Metab 2010; 21:
142-150.
Cuervo AM, Wong E. Chaperone-mediated autophagy: roles in disease and aging. Cell Research 2014;
24: 92-104.
Dargemont C, Ossareh-Nazari B. Cdc48/p97, akey actor in the interplay between autophagy and
ubiquitin/proteasome catabolic pathways. Biochim Biophys Acta 2012; 1823: 138-144.
Deosaran E, Larsen KB, Hua R, Sargent G, Wang Y, Kim S, Lamark T, Jauregui M, Law K, Lippincott-Schwartz J, Brech A, Johansen T, Kim PK. NBR1 acts as an autophagy receptor for peroxisomes.
J Cell Sci 2013; 126: 939-952.
Ding Q, Bao J, Zhao W, Hu Y, Lu J, Chen X. Natural autophagy regulators in cancer therapy: areview.
Phytochem Rev 2015; 14: 137-154.
Dong J, Chen W. The role of autophagy in chloroplast degradation and chlorophagy in immune defenses during Pst DC3000 (AvrRps4) Infection. PLoS ONE 2013; 8: doi:10.1371/journal.pone.0073091
Dunn Jr. WA, Cregg JM, Kiel Jakw, van der Klei Ii, Oku M, Sakai Y, Sibirny Y, Stasyk OV, Veenhuis M. Pexophagy: the selective autophagy of peroxisomes. Autophagy 2005; 1: 75-83.
Farmer LM, Rinaldi MA, Young PG, Danan CH, Burkhart SE, Bartel B. Disrupting autophagy
restores peroxisome function to an Arabidopsis lon2 mutant and reveals arole for the LON2 protease
in peroxisomal matrix protein degradation. Plant Cell 2013; 25: 4085-4100.
Farr JC, Burkenroad A, Burnett SF, Subramani S. Phosphorylation of mitophagy and pexophagy
receptors coordinates their interaction with Atg8 and Atg11. EMBO Rep 2013; 14: 441-449.
534
S. BOREK I WSP.
[29] Farr JC, Manjithaya R, Mathewson RD, Sabramani S. PpAtg30 tags peroxisomes for turnover by
selective autophagy. Dev Cell 2008; 14: 365-376.
[30] Farr JC, Subramani S. Peroxisome turnover by micropexophagy: An autophagy-related process.
Trends Cell Biol 2004; 14: doi:10.1016/j.tcb.2004.07.014
[31] Feng Y, He D, Yao Z, Klionsy DJ. The machinery of macroautophagy. Cell Res 2014; 24: 24-41.
[32] Floyd BE, Morriss SC, Macintosh GC, Bassham DC. What to eat: Evidence for selective autophagy
in plant. J Integr Plant Biol 2012; 54: 907-920.
[33] Graham IA. Seed st or age oil mobil izat ion. Annu Rev Plant Biol 2008; 59: 115-142.
[34] Grasso D, Ropolo A, R AL, Boggio V, Molejn MI, Iovanna JL, Gonzales CD, Urrutia R, Vaccaro Mi. Zymophagy, anovel selective autophagy pathway mediated by VMP1-USP9x-p62, prevents
pancreatic cell death. J Biol Chem 2011; 286: 8308-8324.
[35] Guimaraes RS, Delorme-Axford E, Klionsky DJ, Reggiori F. Assays for the biochemical and ultrastructural measurement of selective and nonselective types of autophagy in the yeast Saccharomyces
cerevisiae. Methods 2015; 75: 141-150.
[36] Hamasaki M, Faruta N, Matsuda A, Nezu A, Yamamoto A, Fujita N, Oomori H, Noda T, Haraguchi
T, Hiraoka Y, Amano A, Yoshimori T. Autophagosomes form at ER-mitochondria contact sites. Nature
2013; 495: 389-393.
[37] Hanamata S, Kurusu T, Kuchitsu K. Roles of autophagy in male reproductive development in plants.
Front Plant Sci 2014; doi:10.3389/fpls.2014.00457
[38] Haud N, Kara F, Diekmann S, Henneke M, Willer JR, Hillwig MS, Gregg RG, Macintosh GC,
Grtner J, Alia A, Hurlstone AFL. RNAset2 mutant zebrafish model familial cystic leukoencephalopathy and reveal arole for RNase T2 in degrading ribosomal RNA. PNAS 2011; 108: 1099-1103.
[39] Hasegawa J, Maejima I, Iwamoto R, Yoshimori T. Selective autophagy: Lipophagy. Methods 2015; 75:
128-132.
[40] He C, Klionsky DJ. Regulation mechanisms and signaling pathways of autophagy. Annu Rev Genet
2009; 43: 67-93.
[41] Hillwig MS, Contento AL, Meyer A, Ebany D, Bassham DC, Macintosh GC. RNS2, aconserved
member of the RNase T2 family, is necessary for ribosomal RNA decay in plants. Proc Nat Acad Sci
USA 2011; 108: 1093-1098.
[42] Honig A, Avin-Wittenberg T, Ufaz S, Galili G. Anew type of compartment, defined by plant-specific
Atg8-interacting proteins, is induces upon exposure of Arabidopsis plants to carbon starvation. Plant
Cell 2012; 24: 288-303.
[43] Hu J, Baker A, Bartel B, Linka N, Mullen RT, Reumann S, Zolman BK. Plant peroxisomes: biogenesis and function. Plant Cell 2012; 24: 2279-2303.
[44] Hung YH, Chen LMW, Yang JY, Yang WY. Spatiotemporally controlled induction of autophagy-mediated lysosome turnover. Nature Commun 2013; doi:10.1038/ncomms3111
[45] Ishihara N, Mizushima N. Areceptor for eating mitochondria. Dev Cell 2009; 17: 1-2.
[46] Janawad CS, Jyothi G, Manu TG, Murali R. Autophagy is the emerging role in plant defense against
pathogen attack. Glob J Biol Agri Health Sci 2012; 1: 33-39.
[47] Kanki T, Klionsky DJ. The molecular mechanism of mitochondria autophagy in yeast. Mol Microbiol
2010; 75: 795-800
[48] Kanki T, Wang K, Baba M, Bartholomew CR, Lynch-Day MA, Du Z, Geng J, Mao K, Yang Z, Yen
WL, Klionsky DJ. Agenomic screen for yeast mutants defective in selective mitochondria autophagy.
Mol Biol Cell 2009; 20: 4730-4738.
[49] Kaur N, Reumann S, Hu J. Peroxisome biogenesis and function. The Arabidopsis Book, American
Society of Plant Biologists, Rockville 2009; doi:10.1199/tab.0123
[50] Kaushik S, Bandyopadhyay U, Sridhar S, Kiffin R, Martinez-Vicente M, Kon M, Orenstein SJ,
Wong E, Cuervo AM. Chaperone-mediated autophagy at aglance. J Cell Sci 2011; 124: 495-499.
[51] Khan MS, Hemalatha S. Autophagy: molecular insight and role in plant programmed cell death and
defense mechanism. Int Res J Biol Sci 2015; 4: 78-83.
[52] Kim J, Lee H, Lee HN, Kim SH, Shin KD, Chung T. Autophagy-related proteins are required for degradation of peroxisomes in Arabidopsis hypocotyls during seedling growth. Plant Cell 2013; 25:
4956-4966.
535
[53] Kissova I, Deffieu M, Manon S, Camougrand N. Uth1p is involved in the autophagic degradation of
mitochondria. J Biol Chem 2004; 279: 39068-39074
[54] Klionsky DJ, Abdalla FC, Abeliovich H et all. Guidelines for the use and interpretation of assays
for monitoring autophagy. Autophagy 2012; 8: 445-544.
[55] Kraft C, Deplazes A, Sohrmann M, Peter M. Mature ribosomes are selectively degraded upon starvation by an autophagy pathway requiring the Ubp3p/Bre5p ubiquitin protease. Nat Cell Biol 2008; 10:
602-610.
[56] Kurusu T, Koyano T, Hanamata S, Kubo T, Noguchi Y, Yagi C, Nagata N, Yamamoto T, Ohnishi T,
Okazaki Y, Kitahata N, Ando D, Ishikawa M, Wada S, Miyao A, Hirochika H, Shimada H, Makino A,
Saito K, Ishida H, Kinoshita T, Kurata N, Kuchitsu K. OsATG7 is required for autophagy-dependent
lipid metabolism in rice postmeiotic anther development. Autophagy 2014; 10: 878-888.
[57] Kwon SI, Park OK. Autophagy in plants. J Plant Biol 2008; 51: 313-320.
[58] Lafontaine DLJ. Agar bage can for r ibosomes: how eukar yot es degr ade t heir r ibosomes. Trends
Biochem Sci 2010; 35: 267-277.
[59] le Bars R, Marion J, le Borgne R, Satiat-Jeunemaitre B, Bianchi MW. ATG5 defines aphagophore
domain connected to the endoplasmic reticulum during autophagosome formation in plants. Nature
Commun 2014; 5: doi:10.1038/ncomms5121
[60] le Bars R, Marion J, Satiat-Jeunemaitre B, Bianchi MW. Folding into autophagosome: ATG5 sheds
light on how plants do it. Autophagy 2014; 10: 1861-1863.
[61] Lee HN, Kim J, Chung T. Degradation of plant peroxisomes by autophagy. Front Plant Sci 2014; doi:
10.3389/fpls.2014.00139
[62] Lee TA, Vande Watering SW, Brusslan JA. Stromal protein degradation is incomplete in Arabidopsis
thaliana autophagy mutants undergoing natural senescence. BMC Res Notes 2013; 6: 17.
[63] Li F, Chung T, Viesrta RD. AUTOPHAGY-RELATED11 plays acritical role in general autophagy- and
senescence-induced mitophagy in Arabidopsis. Plant Cell 2014; 26: 788-807.
[64] Li F, Viestra RD. Arabidopsis ATG11, ascaffold that links the ATG1-ATG13 kinase complex to general autophagy and selective mitophagy. Autophagy 2014; 10: 1466-1467.
[65] Li F, Viestra RD. Autophagy: amultifaceted intracellular system for bulk and selective recycling.
Trends Plant Sci 2012; 17: 1360-1385.
[66] Lippai M, Lw P. The role of the selective adaptor p62 and ubiquitin-like proteins in autophagy. Bio Med
Res Int 2014; ID 832704, doi:10.1155/2014/832704
[67] Liu Y, Bassham DC. Autophagy: pathways for self-eating in plant cells. Annu Rev Plant Biol 2012; 63:
215-237.
[68] Luo SM, Ge ZJ, Wang ZW, Jiang ZZ, Wang ZB, Ouyang YC, Hou Y, Schatten H, Sun QY. Unique
insights into maternal mitochondrial inheritance in mice. PNAS 2013; 110: 13038-13043.
[69] Lv X, Pu X, Qin G, Zhu T, Lin H. The roles of autophagy in development and stress responses in Arabidopsis thaliana. Apoptosis 2014; 19: 905-921.
[70] Lystad AH, Simonsen A. Assays to monitor aggrephagy. Methods 2015; 75: 112-119.
[71] Macintosh GC, Bassham SC. The connection between ribophagy, autophagy and ribosomal RNA decay. Autophagy 2011; 7: 1-2.
[72] Maejima I, Takahashi A, Omori H, Kimura T, Takabatake Y, Saitoh T, Yamamoto A, Hamasaki M,
Noda T, Isaka Y, Yoshimori T. Autophagy sequesters damaged lysosomes to control lysosomal biogenesis and kidney injury. EMBO J 2013; 32: 2336-2347.
[73] Mancias JD, Wang X, Gygi SP, Harper JW, Kimmelman AC. Quantitative proteomics identifies
NCOA4 as acargo receptor mediating ferritinophagy. Nature 2014; 509: 105-109.
[74] Manjithaya R, Nazarko TY, Faree JC, Subramani S. Molecular mechanism and physiological role of
pexophagy. FEBS Lett 2010; 584: 1367-1373.
[75] Masclaux-Daubresse C, Clment G, Anne P, Routaboul JM, Guiboileau A, Soulay F, Shirasu K,
Yoshimoto K. Stitching together the Multiple dimensions of autophagy using metabolomics and transcriptomics reveals impacts on metabolism, development, and plant responses to the environment in
Arabidopsis. Plant Cell 2014; 26: 1857-1877.
[76] Michaeli S, Avin-Wittenberg T, Galili G. Involvement of autophagy in the direct ER to vacuole protein trafficking route in plants. Front Plant Sci 2014; 5: doi:10.3389/fpls.2014.00134
536
S. BOREK I WSP.
[77] Michaeli S, Galili G. Degradation of organelles or specific organelle components via selective autophagy in plant cell. Int J Mol Sci 2014; 15: 7624-7638.
[78] Michaeli S, Honig A, Levanony H, Peled-Zehavi H, Galili G. Arabidopsis ATG8-INTERACTING
PROTEIN1 is involved in autophagy-dependent vesicular trafficking of plastid proteins to the vacuole. Plant Cell 2014; 26: 4084-4101.
[79] Mijaljica D, Devenish RJ. Nucleophagy at aglance. J Cell Sci 2013; 126: 4325-4330.
[80] Mijaljica D, Prescott M, Devenish RJ. Microautophagy in mammalian cells: revisiting a40-year-old
conundrum. Autophagy 2011; 7: 673-682.
[81] Motley AM, Nuttall JM, Hettema EM. Atg36: the Saccharomyces cerevisiae receptor for pexophagy.
Autophagy 2012; 8: 1680-1681.
[82] Nagy P, Varga A, Kovacs AL, Takats S, Juhasz G. How and why to study autophagy in Drosophila: its
more than just agarbage chute. Methods 2014; doi: 10.1016/j.ymeth.2014.11.016
[83] Nair U, Yen W-L, Mari M, Cao Y, Xie Z, Baba M, Reggiori F, Klionsky DJ. Arole for Atg8-PE
deconjugation in autophagosome biogenesis. Autophagy 2012; 8: 780-793.
[84] Niwa Y, Kato T, Tabata S, Seki M, Kobayashi M, Shinozaki K, Moriyasu Y. Disposal of chloroplasts
with abnormal function into the vacuole in Arabidopsis thaliana cotyledon cells. Protoplasma 2004;
223: 229-232.
[85] Ochaba J, Lukacsovich T, Csikos G, Zheng S, Margulis J, Salazar L, Mao K, Lau Al, Yeung SY,
Humbert S, Saudou F, Klionsky DJ, Finkbeiner S, Zeitlin SO, Marsh JL, Housman DE, Thompson
LM, Steffan JS. Potential function for the Huntingtin protein as ascaffold for selective autophagy.
PNAS 2014; 111: 16889-16894.
[86] Okamoto K, Kondo-Okamoto N, Ohsumi Y. Mitochondria-anchored receptor Atg32 mediates degradation of mitochondria via selective autophagy. Dev Cell 2009; 17: 87-97.
[87] Okamoto K. Organellophagy: eliminating cellular building blocks via selective autophagy. J Cell Biol
2014; 205: 435-445.
[88] Oku M, Sakai Y. Peroxisomes as dynamic organelles: autophagic degradation. FEBS J 2010; 277:
3289-3294.
[89] Ossareh-Nazari B, Bonizec M, Cohen M, Dokudovskaya S, Delalande F, Schaeffer C, van Dorsselaer A, Dargemont C. Cdc48 and Ufd3, new partners of the ubiquitin protease Ubp3, are required for
ribophagy. EMBO Rep 2010; 11: 548-554.
[90] Ossareh-Nazari B, Nio CA, Bengtson MH, Lee JW, Joazeiro CAP, Dargemont C. Ubiquitylation
by the Ltn1 E3 ligase protects 60S ribosomes from starvation-induced selective autophagy. J Cell Biol
2014; 204: 909-917.
[91] Papini A, van Doorn WG. Crystalloids in apparent autophagic plastids: remnants of plastids or peroxisomes? J Plant Physiol 2015; 174: 36-40.
[92] Pareja MEM, Colombo MI. Autophagic clearance of bacterial pathogens: molecular recognition of
intracellular microorganisms. Front Cell Infect Microbiol 2013; doi:10.3389/fcimb.2013.00054
[93] Patrzylas P, Seta-Koselska A, Betlej A, Spaczyski M, Skrzyska-Polit E. Autofagia urolin
wwarunkach stresu. Post Biol Kom 2014; 41: 445-462.
[94] Pei D, Zhang W, Sun H, Wei X, Yue J, Wang H. Identification of autophagy-related genes ATG4 and
ATG8 from wheat (Triticum aestivum L.) and profiling of their expression patterns responding to
biotic and abiotic stresses. Plant Cell Rep 2014; 33: 1697-1710.
[95] Pourcel L, Irani NG, Lu Y, Riedl K, Schwartz S, Grotewold E. The formation of anthocyanic vacuolar inclusions in Arabidopsis thaliana and implications for the sequestration of anthocyanin pigments.
Mol Plant 2010; 3: 78-90.
[96] Rawi SA, Louvet-Valle S, Djeddi A, Sachse M, Culetto E, Hajjar C, Boyd L, Legouis R, Galy V.
Allophagy: amacroautophagic process degrading spermozoid-inherited organelles. Autophagy 2012;
8: 421-423.
[97] Reggiori F, Klionsky DJ. Autophagic processes in yeast: mechanism, machinery and regulation. Genetic 2013; 194: 341-361.
537
[98] Reumann S, Voitsekhovskaja O, Lillo C. From signal transduction to autophagy of plant cell organelles: lessons from yeast and mammals and plant-specific features. Protoplasma 2010; 247: 233-256.
[99] Rudnicka KW, Szczsna E, Miszczyk E, Mikoajczyk-Chmiela M. Apoptoza iautofagia mechanizmy imetody detekcji. Post Biol Kom 2011; 38: 247-265.
[100] Sakai Y, Oku M, van der Klei IJ, Kiel AJK. Pexophagy: Autophagic degradation of peroxisomes.
Biochim Biophys Acta 2006; 1763: 1767-1775.
[101] Sanchez-Wandelmer J, Ktistakis NT, Reggiori F. ERES: sites for autophagosome biogenesis and maturation? J Cell Sci 2015; 128: 185-192.
[102] Sato M, Sato K. Dynamic regulation of autophagy and endocytosis for cell remodeling during early
development. Traffic 2013; 14: 479-486.
[103] Sato M, Sato K. Maternal inheritance of mitochondrial DNA. Degradation of paternal mitochondria by
allogeneic organelle autophagy, allophagy. Autophagy 2012; 8: 424-425.
[104] Seay M, Patel S, Dinesh-Kumar SP. Autophagy and plant innate immunity. Cell Microbiol 2006; 8:
899-906.
[105] Shibata M, Oikawa K, Yoshimoto K, Kondo M, Mano S, Yamada K, Hayashi M, Sakamoto W, Ohsumi Y, Nishimura M. Highly oxidized peroxisomes are selectively degraded via autophagy in Arabidopsis. Plant Cell 2013; 25: 4967-4983.
[106] Singh R, Kaushik S, Wang Y. Autophagy regulates lipid metabolism. Nature 2009; 458: 1131-1135.
[107] Stettler M, Eicke S, Mettler T, Messerli G, Hrtensteiner S, Zeeman SC. Blocking the metabolism
of starch breakdown products in Arabidopsis leaves triggers chloroplast degradation. Mol Plant 2009;
2: 1233-1246.
[108] Svenning S, Lamark T, Krause K, Johansen T. Plant NBR1 is aselective autophagy substrate and
afunctional hybrid of the mammalian autophagic adapters NBR1 and p62/SQSTM1. Autophagy
2011; 7: 993-1010.
[109] Tal R, Winter G, Ecker N, Klionsky DJ, Abeliovich H. Aup1p, ayeast mitochondrial protein phosphatase homolog, is required for efficient stationary phase mitophagy and cell survival. J Cell Biol
2007; 282: 5617-5624.
[110] Teh OK, Hofius D. Membrane trafficking and autophagy in pathogen-triggered cell death and immunity. J Exp Bot 2014; doi:10.1093/jxb/ert441
[111] Thompson AR, Viestra RD. Autophagic recycling: lessons from yeast help define the process in plants.
Curr Opin Plant Biol 2005; 8: 165-173.
[112] Till A, Lakhani R, Burnett SF, Subramani S. Pexophagy: The selective degradation of peroxisomes.
Int J Cell Biol 2012; doi:10.1155/2012/512721
[113] Toyooka K, Moriyasu Y, Goto Y, Takeuchi M, Fakuda H, Matsuoka K. Protein aggregates are transported to vacuoles by amacroautophagic mechanism in nutrient-starved plant cells. Autophagy 2006;
2: 96-106.
[114] Umekawa M, Klionsky DJ. The Cytoplasm-to-Vacuole targeting pathway: ahistorical perspective. Int J
Cell Biol 2012; doi:10.1155/2012/142634
[115] van Doorn WG, Woltering EJ. Many ways to exit? Cell death categories in plants. Trends Plant Sci
2005; 10: 117-122.
[116] van Doorn WG, Woltering EJ. What about the role of autophagy in PCD? Trends Plant Sci 2010; 15:
361-362.
[117] van Zutphen T, Todde V, De Boer R, Kreim M, Hofbauer HF, Wolinski H, Veenhuis M, van der Klei
IJ, Kohlwein SD. Lipid droplet autophagy in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Mol Biol Cell 2014;
doi:10.1091/mbc.E13-08-0448
[118] Vanhee C, Zapotoczny G, Masquelier D, Ghislain M, Batoko H. The Arabidopsis multistress regulator TSPO is aheme binding membrane protein and apotential scavenger of porphyrins via an
autophagy-dependent degradation mechanism. Plant Cell 2011; 23: 785-805.
[119] Veljanovski V, Batoko H. Selective autophagy of non-ubiquitylated targets in plants: looking for cognate receptor/adaptor proteins. Front Plant Sci 2014; doi:10.3389/fpls.2014.00308
538
S. BOREK I WSP.
[120] Voitsekhovskaja Ov, Schiermeyer A, Reumann S. Plant peroxisomes are degraded by starvation-induced and constitutive autophagy in tobacco BY-2 suspension-cultured cells. Front Plant Sci 2014;
doi:10.3389/fpls.2014.00629
[121] Wada S, Ishida H, Izumi M, Yoshimoto K, Ohsumi Y, Mae T, Makino A. Autophagy plays arole in
chloroplast degradation during senescence in individually darkened leaves. Plant Physiol 2009; 149:
885-893.
[122] Wang J, Ma C, Zhang M, Yang L, Chen W. Atg5 is required to limit cell death induced by Pseudomonas syringae in Arabidopsis and may be mediated by the salicylic acid pathway. Acta Physiol Plant
2015; 37:1731, doi:10.1007/s11738-014-1731-5
[123] Wang Y, Yu B, Zhao J, Guo J, Li Y, Han S, Huang L, Du Y, Hong Y, Tang D, Liu Y. Autophagy contributes to leaf starch degradation. Plant Cell 2013; doi:10.1105/tpc.112.108993
[124] Weidberg H, Shvets E, Elazar Z. Lipophagy: Selective catabolism designed for lipids. Dev Cell 2009;
16: 628-630.
[125] Wierzchowiecka M, Samardakiewicz S, Wony A. Programowana mier komrki rolinnej proces
owielu twarzach. Kosmos 2008; 57: 43-52.
[126] Yamane K, Mitsuya S, Taniguchi M, Miyake H. Salt-induced chloroplast protrusion is the process of
exclusion of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from chloroplasts into cytoplasm in
leaves of rice. Plant Cell Environ 2012; 35: 1663-1671.
[127] Yoshimoto K, Shibata M, Kondo M, Oikawa K, Sato M, Toyooka K, Shirasu K, Nishimura M, Ohsumi Y. Organ-specific quality control of plant peroxisomes is mediated by autophagy. J Cell Sci 2014;
127: 1161-1168.
[128] Zhao L, Dai J, Wu Q. Autophagy-like processes are involved in lipid droplet degradation in Auxenochlorella protothecoides during the heterotrophy-autotrophy transition. Front Plant Sci 2014;
doi:10.3389/fpls.2014.00400
[129] Zhou J, Wang J, Yu J-Q, Chen Z. Role and regulation of autophagy in heat stress responses of tomato
plants. Front Plant Sci 2014; doi: 10.3389/fpls.2014.00174
[130] Zientara-Rytter K, ukomska J, Moniuszko G, Gwozdecki R, Surowiecki P, Lewandowska M, Liszewska F, Wawrzyska A, Sirko A. Identification and functional analysis of Joka2, atobacco member
of the family of selective autophagy cargo receptors. Autophagy 2011; doi: 10.4161/auto.7.10.16617
[131] Zientara-Rytter K, Sirko A. Significant role of PB1 and UBA domains in multimerization of Joka2,
aselective autophagy cargo receptor from tobacco. Front Plant Sci 2014; doi:10.3389/fpls.2014.00013
Redaktor prowadzcy Micha Nowicki

Otrzymano: 17.04.2015
Przyjto: 23.04.2015
Sawomir Borek
Zakad Fizjologii Rolin, Wydzia Biologii
Uniwersytet im Adama Mickiewicza
ul. Umultowska 89, 61-614 Pozna
email: borek@amu.edu.pl
tel.: +48 61 829 5893
fax: +48 61 829 5887

tmp243B TMP

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

tmp243B TMP

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

POSTPY BIOLOGII KOMRKI

TOM 42 2015 NR 3 (505538)

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

Jednym znajlepiej poznanych biaek uczestniczcych zarwno wautofagii

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

Mikroautofagia wydaje si przebiega wpodobny sposb zarwno wkomrkach

RYCINA 2. Schemat przebiegu mikroautofagii

RYCINA 3. Schemat przebiegu megaautofagii

RODZAJE AUTOFAGII SELEKTYWNEJ

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

ATP pozwala komrkom Pichia pastoris powrci do stanu, wktrym utrzymuj

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

Badajc proces autofagicznej degradacji plastydw zaobserwowano, e czciej

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

agrefagii wrolinnych reakcjach obronnych zwikszajcych tolerancj na stresy

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

dria, centriole czy cytoplazm. Badania przeprowadzone na modelowym nicieniu

autofagosomy idostarczane do kompartymentw litycznych (np. autolizosomy

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

poziom ekspresji ATG idysfunkcjonaln autofagi wkomrkach nabonkowych

cz si nastpnie wwikszy kompleks, do ktrego przyczaj si inne wakuolarne

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

AUTOFAGIA ZALENA OD CHAPERONW

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

SELEKTYWNE RODZAJE AUTOFAGII

Redaktor prowadzcy Micha Nowicki

You might also like