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Instalacin de Chaste en modo usuario utilizando el sistema operativo Ubuntu 15.

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Instalando Java
Java viene con 2 versiones diferentes, Java Development Kit (JDK) donde puedes desarrollar apps de
Java usando herramientas de compilacin. Otra version es la JRE o Java Runtime Environment, si solo
necesitas correr una aplicacin de Java.

Instalando Java Development Kit 8 (JDK 8)


Instalaremos el JDK 8 de Webupd8 PPA. Primero vamos a aadir webupd8 al repositorio.
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update

Ahora, podemos instalar el Oracle JDK 8.


sudo apt-get -y install oracle-java8-installer

Package configuration. Choose OK


Accepting Oracle Binary Code Lisence Terms. Choose Yes
Despues de instalar el Java 8, podemos verificar que version est corriendo por medio del comando:
java version
java version "1.8.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)

Setting Up JAVA_HOME
Lets check first where java installed
sudo update-alternatives --config java
There is only one alternative in link group java (providing /usr/bin/java):
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java
Nothing to configure.

from the output above we can see that the JAVA_HOME that we need is /usr/lib/jvm/java-8oracle/jre/
On /etc/environment, add JAVA_HOME on the last line :
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/

Instalando Chaste utilizando el paquete de Ubuntu


Para la instalacin en modo usuario se deben seguir las indicaciones bsicas, para adecuar el entorno
https://chaste.cs.ox.ac.uk/trac/wiki/InstallGuides/InstallGuide

Accediendo al paquete de Chaste


El paquete se puede descargar usando el gestor de paquetes normales (e.g. aptitude) mediante la adicin
de nuestro repositorio a su configuracin. esto se puede hacer mediante, por ejemplo, la apertura de un
terminal y ejecuta
sudo gedit /etc/apt/sources.list.d/chaste.list

y, dependiendo de la versin de ubuntu, agregue una de las siguientes lneas al archivo de texto:
Ubuntu Version

Ubuntu codename

Line to add

13.10 or older

deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntu
legacy/

14.04 LTS

trusty

deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntu
trusty/

14.10

utopic

deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntu
utopic/

15.04

vivid

deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntu
vivid/

15.10

wily

deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntu
wily/

Para evitar las advertencias, y trabajar con el instalador grfico de paquetes, a continuacin, debe
instalar la clave de licencia pblica chaste, en el terminal ingresamos la siguiente linea
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 422C4D99

En este punto podemos decidir si queremos ser un usuario de cdigo o un desarrollador de cdigo.
Nosotros hemos decidido ser usuarios de cdigo, son personas que quieren trabajar con una versin
estable liberada del cdigo de chaste (una nueva versin se hace ms o menos cada seis meses ) .
Despus de seguir el punto anterior, deberamos de ser capaz de instalar la ltima versin estable del
cdigo fuente de chaste, adems de todas las dependencias, ejecutando:
sudo apt-get update
sudo apt-get install chaste-source

Esto crear un archivo tar de cdigo fuente en /usr/src, y alguna documentacin podria aparecer en
/usr/share/doc/chaste-source. El cdigo fuente puede ser desempaquetado y construido
donde sea conveniente, por ejemplo:

cd $HOME
tar -jxf /usr/src/chaste-source.tar.bz2
cd chaste-source
scons

Nota: En caso de error con la librera hdf5, instalar python

sudo add-apt-repository ppa:fkrull/deadsnakes

sudo apt-get update

sudo apt-get install python3.5

cd /usr/bin
sudo rm python3
sudo ln -s python3.5 python3

compilar scons debug=1


A la hora de verificar los preparativos para la ejecucin de las pruebas, configuramos la carpeta anim
situada en chaste, encargada de la animacin, compilando dos archivos
javac Visualize2dCentreCells
javac Visualize2dVertexCells
Ahora debemos hacer la comprobacin de la instalacin de nuestro chaste:
https://chaste.cs.ox.ac.uk/trac/wiki/ChasteGuides/RunningFirstTests
Si queremos correr alguna simulacin, dentro de la carpeta chaste ejecutamos el siguiente comando
scons test_suite = <ruta del archivo hpp>
Ejemplo:
scons test_suite = cell_based/test/tutorial/TestRunningContactInhibitionSimulationsTutorial.hpp

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