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CAPTULO 2
Prof. Ramss Salas Asencios
ESTRUCTURA CROMOSOMICA
Desde el ADN hasta el cromosoma.
El idioma castellano construye palabras a partir de 26 letras (sin contar con la doble, por
ejemplo). La combinacin de estas letras genera un conjunto de longitud variable en la cual
cada uno de sus componentes (letras) tiene una posicin especfica para transmitir un
concepto o idea. Por ejemplo, la palabra ROMA (una ciudad) est conformada por cuatro
letras, las cuales, si estuvieran en posiciones diferentes (AMOR) estaran transmitiendo otro
concepto (un sentimiento). Un conjunto que est conformado por unidades con posiciones
especficas (haciendo factible el reconocimiento del orden de cada uno de ellos), se
denomina secuencia.
En el caso del ADN, ste est compuesto por una secuencia de nucletidos, los cuales son
reconocidos por la base nitrogenada que contienen, las cuales. Al igual que las letras del
alfabeto, conforman secuencias de longitud variable, cada una de las cuales permitir luego
la sntesis de una protena especfica. A estas secuencias que primero son transcritas en
una cadena de ARN y que luego en el citoplasma participan en la sntesis de protenas, se
les denomina gen.
Cada una de las clulas de un organismo contiene exactamente la misma cantidad de ADN;
por lo tanto llevan la misma informacin gentica, pero por un proceso conocido como
diferenciacin celular, cada clula permite la transcripcin especfica segn el momento del
desarrollo y segn el tipo de clula de algunos genes y no la de otros. La consecuencia de
esto es que cada clula contiene una gran cantidad de ADN. Se ha calculado que una
clula de un organismo multicelular (como el humano) puede llegar a contener
aproximadamente dos metros de ADN. Estiradas y unidas, todas las cadenas de ADN de
todas las clulas del organismo tendran una longitud final de ciento sesenta mil millones de
kilmetros, o casi seis das-luz. Considerando que el ncleo de una clula tiene
aproximadamente un dimetro entre 5 a 30 micas, contener una hebra de ADN de dos
metros requiere una forma eficaz de condensacin o empaquetamiento, considerando que
toda esta molcula debe desenrollarse cada vez que se requiera una replicacin, y que
porciones diferentes tambin se desarrollan de manera especfica para transcribir los genes
que contienen. La forma de generar esta compactacin del ADN es a travs de su
asociacin con las histonas.
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Las histonas son protenas bsicas (ricas en aminocidos bsicos como
lisina y/o arginina) que por su naturaleza se asocian a la cadena
electronegativa del ADN. Existen cinco tipos de histonas: la histona H1,
H2A, H2B, H3 y la H4. A diferencia de la histona H1, las restantes se
asocian entre s por duplicado, conformando un bloque de ocho
protenas, llamado octmero. Sobre este octmero, el ADN realiza una
vuelta y tres cuartos, enrollando as la mayor parte de su longitud. El
conjunto de octmero de histonas y la porcin de ADN enrollada sobre
l, se denomina nucleosoma. En cada nucleosoma queda enrollada
una secuencia de 146 pares de bases del ADN. Entre dos nucleosomas
queda una porcin de ADN sin enrollarse (entre 0 y 80 nucletidos),
conocida como ADN espaciador o ligador (linker). Considerando un
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dimetro por nucleosoma de 11 nanmetros (o 11 x 10 metros), el
9
contenido nuclear de ADN como 4 x 10 pares de bases, y que en
promedio un nucleosoma y el ADN espaciador adyacente suman 200
pares de bases, se necesitaran 20 millones de nucleosomas para
condensar los dos metros de ADN nuclear, quedando los dos metros
iniciales de ADN a una longitud de 0.22 metros, o 22 centmetros. El
contenido total de nucleosomas en cualquiera de los diferentes grados
de compactacin, y que est presente en el ncleo, se denomina
cromatina. Sin embargo, este grado de compactacin de 100 veces,
an es demasiado grande para el volumen nuclear. Esto implicar que
deben existir nuevos grados adicionales de compactacin. En primer
lugar, es la histona H1 la que juega un rol importante en la
compactacin posterior de la cromatina, primero formando un solenoide
de 30 nanmetros de dimetro, y luego permitiendo que este solenoide
se siga enrollando sobre s y sobre un esqueleto proteico hasta generar
cuerpos cada vez ms y ms compactos y pequeos, los cuales son
conocidos como cromosomas, y que se pueden ver a travs del
microscopio ptico compuesto durante la divisin celular. El mximo
grado de compactacin de la cromatina se logra en la metafase, fase de
la divisin en la cual los cromosomas ests completamente preparados
y definidos para su posterior distribucin en las futuras dos clulas hijas.
Hay que tomar en cuenta que el nombre de cromosoma se ha utilizado
en trminos de microscopa, pero en la actualidad este trmino ha sido
extendido al contenido de ADN (y por lo tanto la informacin gentica)
que conforma el cromosoma.
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TIPOS DE CROMATINA
Heterocromatina.
Es una forma ms condensada de la cromatina, por lo que tiene
ms capacidad de pigmentarse con los colorantes nucleares. Se
considera que contiene un mayor contenido de histona H1, lo cual
ayudar a esta alta compactacin, consecuencia de la cual no se
facilita el desenrollamiento del ADN que lo contiene para la
transcripcin de sus genes. Es por eso que se dice que la
heterocromatinizacin es un mecanismo de regulacin gentica,
imposibilitando la expresin de esos genes. La heterocromatina se
localiza de preferencia en la periferia del ncleo eucariote, y cuando
se compactan los cromosomas, principalmente cercanos a los
telmeros y al centrmero. Existen dos tipos de heterocromatina:
La heterocromatina constitutiva, compuesta por regiones cromosmicas que se encuentran compactadas en cada
uno de los diferentes tipos de clulas en los organismos. Esto permitira prcticamente una nula posibilidad de
expresin gentica. Otra funcin sera la de proteccin de la integridad del cromosoma. Los telmeros estn
compuestos por regiones repetidas de ADN, las cuales si estuvieran desprotegidas, podran ser consideradas por la
maquinaria enzimtica como un dao gentico, lo cual por un lado sera una seal para la detencin del ciclo y por el
otro una seal de activacin de nucleasas y otras enzimas que participan en la reparacin del ADN. Por ejemplo, en
el caso del ser humano, los cromosomas Y, 1, 9 y 16 contienen grandes porciones de heterocromatina constitutiva,
reconocidas gracias a tcnicas de coloracin especficas de bandeamiento cromosmico.
La heterocromatina facultativa es variable, y est compuesta por porciones de cromatina que estn altamente
condensadas en un tipo celular pero no en el otro. Esta heterocromatina tiene un rol pues de regulacin de la
expresin de los genes que deben ser expresados especficamente en un determinado tipo celular y en un
determinado tiempo (morfognesis y diferenciacin celular). El ejemplo tpico de heterocromatina facultativa es la
llamada cromatina sexual, o corpsculo de Barr, constituido por el empaquetamiento de uno de los cromosomas X
en las hembras de los mamferos. El cromosoma X que se va a heterocromatinizar puede ser el que fue transmitido
por el padre o por la madre indistintamente. Esto sucede en un momento del desarrollo temprano de los embriones
hembras de mamferos, y una vez que una clula embrionaria heterocromatiniza uno de sus cromosomas X, todos
los linajes posteriores que se deriven de ella tendrn el mismo cromosoma X inactivado por este mecanismo. El
patrn de formacin de heterocromatina facultativa es idntico en las clulas de un mismo tejido, e incluso igual en
ese mismo tejido de otras especies.
La formacin de heterocromatina se mantiene idntica en las clulas descendientes de una progenitora, lo que es
conocido como herencia epigentica. Epigentica significa la herencia no de secuencias o grupos de genes, sino
de mecanismos de regulacin o condensacin del material gentico (recordar la inactivacin del X).
Eucromatina.
La eucromatina es aquella porcin de cromatina que se encuentra en diferentes grados inferiores de compactacin
del ADN, por lo cual deben contener a los genes con mayor probabilidad de transcripcin.
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CROMA
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TIDA
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El conjunto de cromosomas presente en una
clula germinativa (espermatozoide u vulo)
representa al nmero haploide, mientras que en
las clulas somticas, cada cromosoma est
acompaado por un homlogo, lo que genera una
duplicacin del nmero haploide de cromosomas
(nmero diploide). Es por esa razn que en las
clulas somticas y por lo tanto en los individuos
eucariotes multicelulares, se habla de pares de
cromosomas (haciendo referencia a la presencia
de homlogos de cada cromosoma). Cuando se
obtiene una figura en la cual se ordenan todos los
cromosomas de una clula por homlogos, se
dice que se ha obtenido un cariotipo. Entre
machos y hembras, existe un par cromosmico
que no son iguales en contenido y por tanto en
informacin (cromosomas heterlogos). Esta
desigualdad se hace presente en uno de los dos
gneros,
lo
que
permite
reconocer
cromosmicamente a un macho y a una hembra.
A este par se le conoce como par sexual. El
resto de cromosomas se encuentran presentes
como pares de homlogos, y se les conoce como
autosomas.
Los cromosomas sufren de alteraciones
estructurales y por tanto pueden cambiar en
forma y en nmero.
Parece que estas
modificaciones estn relacionadas con el proceso
evolutivo, ya que dos especies estrechamente
emparentadas pueden tener una gran similitud en
cuanto al ordenamiento y nmero cromosmica,
diferencindose entre s por uno o unos pocos
rearreglo o reordenamientos de ciertas regiones o
cromosomas.
Por ejemplo, los cromosomas
humanos y los del chimpanc, adems de
algunas reordenaciones menores, difieren en 10
grandes reestructuraciones: los cromosomas
humanos 1, 4, 5, 9, 12, 15, 16, 17 y 18 presentan
grandes fragmentos invertidos respecto a los
correspondientes en el chimpanc (cromosomas
homelogos: cromosomas pertenecientes a
diferentes
especies
pero
genticamente
equivalentes por derivar de un cromosoma
ancestral comn) y, adems, el cromosoma 2
humano corresponde a la fusin de dos
cromosomas (el 12 y el 13) del chimpanc. Por
eso, el nmero cromosmico humano es 2n = 46
(incluyendo el par cromosmico sexual), mientras
que el del chimpanc es 2n = 48, al igual que el
del gorila y el orangutn, aunque en estas dos
ltimas especies los cromosomas equivalentes
fusionados son el 11 y el 12.
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El genoma
El concepto de genoma proviene de la segunda dcada del siglo
pasado y se la debemos a Winkler, quien consider al genoma
como el conjunto total de genes que pertenecen a una clula
haploide de una especie. Tambin podra considerarse como el
juego completo de instrucciones para producir un organismo, lo
cual permitira acercar al concepto de genoma como sinnimo de
acervo gentico. Esta definicin histrica de Winkler an est
vigente, aunque se debe ampliar el significado para considerar
tambin a porciones del ADN que no llevan informacin que se
traducir a protenas ni siquiera llegarn a transcribirse, como las
secuencias reguladoras (promotores, intrones, secuencias tipo
enhancer) o los pseudogenes (porciones de ADN con
secuencias muy similares a genes presentes en otras especies y
que nunca llegarn a expresarse por lo que se consideran como
rezagos evolutivos). Todas estas secuencias, transcribibles o
no, son importantes para la estructura y el funcionamiento del
genoma y, por tanto, la que define y diferencia a cada individuo
perteneciente a una especie. Es por eso que, por ejemplo, la
UNESCO menciona en el artculo primero de su Declaracin
Universal sobre el Genoma Humano y los Derechos Humanos
(1997) que el genoma humano constituye la unidad fundamental
de todos los miembros de la familia humana, as como el
reconocimiento de su dignidad y su diversidad...
La secuenciacin final del genoma humano se concluy en dos
fases, una primera en 2001, que podra ser considerada como un
primer borrador (Venter y col. 2001; International Human
Genome Sequencing Consortium, 2001), y otra definitiva
realizada en 2004 por el Consorcio Internacional coordinado por
el Dr. Francis Collins (International Human Genome Sequencing
Consortium, 2004). El primer borrador, realizado en 2001 por
ambos grupos de investigacin, corresponda a un 90% de las
regiones eucromticas del genoma y tena bastantes
imperfecciones; sin embargo, tres aos ms tarde, el
International Human Genome Sequencing Consortium (2004)
hizo pblica la secuencia prcticamente definitiva de ms de
2.850 Mpb (2.851.330.913 pb) que suponen un 99% de las
regiones eucromticas del genoma humano, con una
probabilidad de error menor que 1/100.000 bases. La
secuenciacin realizada presenta solamente 341 interrupciones o
discontinuidades (gaps) frente a las 150.000 del borrador del ao
2001. Los autores estiman un nmero total de genes codificantes
para protenas comprendido entre 20.000 y 25.000 (aunque ms
cerca al lmite inferior), que es un nmero ms pequeo que el
manejado en estimaciones previas, encontrando adems 1.183
genes de origen reciente producidos por duplicacin as como 37
genes recientemente fallecidos por haber adquirido una
mutacin que los ha convertido en no funcionales. Reuniendo
sus propios resultados con otros datos disponibles, el Consorcio
Internacional present la siguiente versin actualizada del
catlogo de genes que codifican para protenas: 22.287 loci
gnicos que producen un total de 34.214 transcritos (1,54 por
locus), con una media de 10,4 exones por locus (9,1 exones por
transcrito) y un tamao total de 34 millones de bases (Mb)
equivalentes al 1,2% del genoma eucaritico. Por otra parte, las
regiones no traducidas de los transcritos suponen otras 21 Mb
Cromosoma
Genes
Bases
2968
245.203.898
2288
243,315,028
2032
199,411,731
1297
191,610,523
1643
180,967,295
1963
170,740,541
1443
158,431,299
1127
145,908,738
1299
134,505,819
10
1440
135,480,874
11
2093
134,978,784
12
1652
133,464,434
13
748
114,151,656
14
1050
105,311,216
15
1122
100,114,055
16
1098
89,995,999
17
1576
81,691,216
18
766
77,753,510
19
1454
63,790,860
20
927
63,644,868
21
303
46,976,537
22
288
49,476,972
Cromosoma X
1184
152,634,166
Cromosoma Y
231
50,961,097
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(0,7% del genoma eucaritico). Finalmente, hay que tener en cuenta que esta descripcin no incluye los genes que
codifican para molculas funcionales de ARN, tales como ARN de transferencia (ARNt), ARN ribosomal (ARNr), ARN
nucleolar pequeo (ARNsn) y micro ARNs. Asimismo observaron que, aproximadamente, el 5% del genoma
corresponde a grandes regiones cromosmicas que han sufrido duplicaciones segmentales. Tales regiones
duplicadas no estn uniformemente repartidas entre los cromosomas. Adems del desarrollo del Proyecto Genoma
Humano como tal, se han venido estudiando las secuencias de 13 de los 24 cromosomas humanos (22 autosomas y
los dos cromosomas sexuales X e Y) de forma individualizada. As, pueden citarse los cromosomas por orden
cronolgico de secuenciacin: el cromosoma 22 en el ao 1999, el 21 en el 2000, el 20 en el 2001, el 14 en el 2003
al igual que el cromosoma sexual Y, el 7 y el 6, los cromosomas 5, 9, 10, 13 y 19 en el ao 2004, y el cromosoma
sexual X en el 2005 (Lacadena, 2005).
Area
Objetivo
Mapa de 2- a 5-cM de
resolucin map (600 1,500
marcadores genticos)
Logro
Mapa de 1-cM de
resolucin (3,000
marcadores)
Capacidad y Costo
por secuencia
Variacin de la
secuencia Humana
Identificacin de
Gene
Otros modelos de
Organismos
Genomas completos de
E. coli, S. cerevisiae,
C. elegans, D. melanogaster
52,000 STSs
99% del genoma humano
con una precisin de
99.99%
Sequence >1,400
Mb/ao en < de 0.09
dolares por base
Mapeo de 3.7 million SNPs
Humanos
15,000 cDNAs completos
de humanos
Secuencia genomica
completa de
E. coli, S. cerevisiae,
C. elegans,
D. melanogaster, mas otros
borradores de secuencias
de otros organismos
inmcluyendo C. briggsae,
D. pseudoobscura, del
raton y de la rata
High-throughput
oligonucleotide synthesis
Octubre de 1998
Secuencia de ADN
30,000 STSs
95% del genoma humano
con una precisin de
99.99%
DNA microarrays
1996
Mapeo Gentico
Mapeo Fsico
Anlisis Funcional
Desarrollo de tecnologa
Fecha de logro
Setiembre de 1994
Eukaryotic, whole-genome
knockouts (yeast)
1999
Desarrollo a gran escala del
Sistema de dos hbridos
para la interaccin de
protenas
2002
Segn Sudbery (2004), el genoma humano est constituido por 3 tipos de regiones:
a) Regiones de secuencia nica (o con pocas copias), que corresponde a
proximadamente al 45% del ADN total y que contiene las secuencias con genes
totalmente funcionales, aunque de esta regin slo el 1.5% corresponde a las
secuencias nucleotdicas que llevan la informacin para las secuencias de
aminocidos, ya que el resto estara formando parte de los promotores, regiones
reguladoras e intrones).
b) Regiones moderadamente repetitivas, con 102 y 105 copias por genoma
(aproximadamente el otro 45% del ADN total). En este grupo de protenas se ubican
los elementos dispersos de secuencias largas (LINES); los elementos dispersos de
secuencias cortas (SINES), repeticiones de 300 a 400 pares de bases ubicados en tres
familias en el genoma humano: Alu (los ms abundantes), MIR y MIR3; los elementos
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CRONOLOGA DEL PROYECTO GENOMA HUMANO
(basada en Nature, 405:983-985, 29 Junio 2000)
Marzo, 1986
El Departamento de Energa (DOE) de los Estados Unidos discute en Santa Fe los planes de secuenciacin del
genoma humano.
Abril, 1987
Febrero, 1988
Marzo, 1988
Los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) de los Estados Unidos anuncian su participacin.
Abril, 1988
Setiembre,
1988
Octubre, 1989
La Office of Technology Assessment (OTA) del Congreso de los Estados Unidos apoya el PGH.
Se crea la Office of Human Genome Research en los NIH presidida por J.D. Watson.
Los NIH crean el National Center for Human Genome Research (NCHGR) dirigido por Watson.
Abril, 1990
NIH y DOE publican un plan quinquenal (1990-1995) de mapeo y secuenciacin con un presupuesto de 200
millones de dlares al ao.
Julio, 1991
Craig J. Venter, entonces en los NIH, revela que esta institucin ha solicitado las patentes de fragmentos de ADN
de clulas del cerebro secuenciadas en su laboratorio. Watson se opone.
Abril, 1992
Watson dimite como director del NCHGR, siendo sustituido por Francis Collins
Junio, 1992
Venter abandona los NIH y crea The Institute for Genomic Research (TIGR) en Rockville, Maryland, que es
financiado con 125 millones de dlares por Smith Kline Beecham a travs de la compaa Human Genome
Sciences (HGS).
Julio, 1992
Se crea en Inglaterra el Wellcome Trust, anunciando una subvencin de 50 millones de libras esterlinas para
proyectos de secuenciacin, que incluye el del nematodo Caenorhabditis elegans. El PGH contina como proyecto
multinacional sostenido por fondos pblicos y de organizaciones benficas.
Octubre, 1993
NIH y DOE hacen pblico un plan quinquenal revisado (1993-1998) cuya meta es la secuenciacin de 80 Mpb. Se
estima que el PGH ser completado en el 2005.
Octubre, 1993
Wellcome Trust y UK Medical Research Council abren el Sanger Center en Hinxton Hall, Cambridge, para la
secuenciacin del genoma humano y otros organismos modelo.
Setiembre,
1994
Investigadores franceses y americanos hacen pblico un mapa gentico de ligamiento completo del genoma
humano, con un ao de antelacin sobre el plan programado.
Diciembre,
1995
En otra colaboracin de investigadores americanos y franceses se publica un mapa fsico del genoma humano que
contiene 15.000 marcadores.
Febrero, 1996
Los miembros internacionales componentes del PGH acuerdan en las Bermudas dar a conocer en 24 horas en una
base de datos pblica las secuencias del genoma humano que se vayan obteniendo.
Abril, 1996
Un consorcio internacional publica la secuencia completa del genoma de la levadura Saccharomyces cerevisiae.
Enero, 1997
El NCHGR cambia su denominacin como National Human Genome Research Institute (NHGRI).
Junio, 1997
TIGR rompe sus relaciones con HGS por razones de poltica de publicacin.
Mayo, 1998
Venter anuncia la formacin de una compaa, ms tarde denominada Celera Genomics, para secuenciar el
genoma humano en un plazo de tres aos, utilizando el mtodo whole-genome shotgun. La poltica de acceso a
los datos de Celera no seguir la declaracin de las Bermudas.
Mayo, 1998
Como respuesta a Celera, Wellcome Trust anuncia que duplicar su dotacin econmica, hacindose responsable
de la tercera parte de la realizacin del PGH.
Octubre, 1998
NIH y DOE hacen pblicas sus metas para el quinquenio 1998-2003: un tercio del genoma total humano (1000
Mpb) y un borrador de trabajo del resto del genoma para el 2003.
Diciembre,
1998
Diciembre,
1998
NIH y Wellcome Trust bloquean la colaboracin propuesta entre Celera y DOE, argumentando que el acuerdo ira
en contra de la poltica de acceso libre a los datos del PGH.
Marzo, 1999
NIH adelanta la fecha de obtencin del borrador de trabajo del genoma humano a la primavera del 2000. NIH y
Wellcome Trust anuncian el final de la fase piloto y comienzan la secuenciacin total. Los costes se reducen a
20-30 centavos de dlar por base.
Setiembre,
1999
NIH lanza el proyecto de secuenciacin del genoma del ratn, Mus musculus.
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Noviembre,
1999
Diciembre,
1999
Enero, 2000
Marzo, 2000
Marzo, 2000
Nuevo intento fracasado de colaboracin entre Celera y PGH por la poltica de liberacin de datos.
Marzo, 2000
Abril, 2000
Celera anuncia la terminacin del estadio de secuenciacin en bruto del genoma completo de un individuo
humano.
Mayo, 2000
Un consorcio del PGH formado por investigadores alemanes y japoneses publica la secuencia completa del
cromosoma 21.
Junio, 2000
El consorcio oficial del PGH y Celera anuncian conjuntamente el borrador de trabajo del genoma humano
completo.
Febrero, 2001
Celera Genomics (dirigido por Venter) y el International Human Genome Sequencing Consortium (coordinado
por Francis Collins) publican en febrero de 2001 en las revistas Science y Nature, respectivamente, la
secuencia del genoma humano.
2004
El International Human Genome Sequencing Consortium (coordinado por Francis Collins) publica en la revista
Nature la versin definitiva de la secuenciacin de la eucromatina del genoma humano
Se publica la primera secuencia completa de un cromosoma humano (el cromosoma 22). Celera y PGH oficial
discuten su posible colaboracin.
NOTA: Los datos sobre Genoma Humano se han recopilado principalmente a partir de:
- LACADENA, J.R.
2005.
De humanos
http://www.cnice.mec.es/tematicas/genetica.
chimpancs:
reflexiones
bioticas.
Pgina
web
Gentica
Biotica,
- LACADENA, J.R. 2005b. Biologa y humanidad: hominizacin y humanizacin. En J. Masi (ed.) Ser humano, persona y dignidad, Col. Dilemas
ticos de la Medicina Actual, vol. 19, pp. 43-89, Univ. Pontificia Comillas, Madrid, Descle de Brouwer, Bilbao.
- SUDBERY, P. 2004. Gentica Molecular Humana. 2 Edicin. Madrid. Ed. Pearson Prentice Hall. 381 pg.
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