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-Dithiothritol (DTT): Son pouvoir rducteur sur les thiols en fait un ractif trs utilis
en biochimie pour empcher l'oxydation des cystines dans les protines et il coupe
les ponts disulfures. l'tat oxyd, il se cyclise en formant un pont disulfure
intramolculaire.
-Amidon: Glucide complexe form de molcules de D-glucose. Rserve nutritionnelle pour les
plantes et un aliment majeur pour les animaux. Dans le cytoplasme des cellules vgtales sous
forme de granules insolubles constitus d-amylose et damylopectine. La mise en rserve de
glucose sous forme damidon ou de glycogne diminue fortement la valeur des pressions
osmotiques intracellulaires qui seraient atteintes si le glucose tait stock sous forme
monomrique.
--Amylose: Les rsidus D-glucose de l-amylose sont runis par des liaisons (1 4). Ce
polymre rptitif rgulier forme une hlice de pas gauche.
-Amylopectine: Polymre de molcules de glucose que l'on retrouve chez les
plantes. Structure primaire prs dun de ses points de branchement (1 6). Les
rsidus glucose aux points de branchement sont en ralit spars tous les 24-30
rsidus glucose. Son quivalent chez les mammifres est le glycogne.
-Glycogne: Glucide complexe polymre du glucose. Il consiste en une chane de
glucose li en (1-4) et est branch en (1-6) tous les 8 12 rsidus. Il est utilis par les
animaux pour stocker de l'nergie et grce aux branchements permet de librer rapidement du
glucose (principalement dans le foie sous forme de granules cytoplasmiques et dans les cellules
musculaires) au mme titre que l'amidon chez les vgtaux.
-Acide hyaluronique: Glycosaminoglycane rparti largement parmi les tissus
conjonctifs, pithliaux et nerveux (ex : Liquide synovial et humeur vitre des
yeux). C'est l'un des principaux composants de la matrice extracellulaire. Il
contribue de faon significative la prolifration et la migration des cellules.
-Chondrotine sulfate: Glycosaminoglycane constituant le cartilage.
-Dermatan sulfate: Glycosaminoglycane trs rpandu dans la peau.
-Keratan sulfate: Glycosaminoglycane qui constitue la corne, le cartilage et les os.
-Hparine: Glycosaminoglycane qui a des proprits anticoagulantes extrmement puissantes.
Se trouve dans les granules intracellulaires des mastocytes qui bordent les parois artrielles et
qui nest pas un constituent des tissus conjonctifs.
-Glycrol: Dans les organismes vivants, le glycrol est un composant important des glycrides
(graisses et huiles) et des phospholipides. Quand le corps utilise les graisses stockes comme
source d'nergie, du glycrol et des acides gras sont librs dans le sang.
-Sphingosine: Driv des amino-alcools formant la base de la structure des sphingolipides.
-Cholestrol: Strode le plus abondant chez l'animal. Constituant majeur
des membranes plasmiques et abondant dans les lipoprotines du plasma
sanguin. Diminue la fluidit de la membrane prs de la surface car son
noyau rigide interfre avec les mouvements des queues d'acides gras.
-Ribose: Aldopentose et composant de l'ARN utilis dans la transcription
gntique, et est apparent au dsoxyribose qui est un composant de l'ADN. C'est galement un
composant de l'ATP (Adnosine triphosphate), du NADH, et de diverses autres molcules
importantes dans les processus mtaboliques.
-Dsoxyribose: Aldopentose driv du ribose par substitution d'hydrogne en remplacement du
groupement hydroxyle en position 2, ce qui implique la perte d'un oxygne. Composant de
l'ADN.
-Ciprofloxacine: Antibiotique inhibant les topoisomrases.
-Doxorubicine: Anticancreux inhibant les topoisomrases et agent intercalant qui
interfre avec la rplication de l'ADN. Bloque la division cellulaire en phase S.
Traitement de certains cancers, effets secondaires non ngligeables.
-Erythromycine: Macrolide inhibant la synthe protique des bactries mais pas de l'homme.
Agit au niveau de la translocation du ribosome en longation de la traduction.
-Chloramphnicol: Inhibiteur de la synthse protique des bactries mais pas de l'homme. Agit
au niveau de la transpeptidation de l'longation de la traduction.
-Sterptomycine: Aminoglycoside inhibiteur de la synthse protique des bactries mais pas de
l'homme.
-Ttracyclines: Inhibiteurs de la synthse protique des bactries mais pas de l'homme. Agit au
niveau de la fixation de l'ARNt lors de l'longation de la traduction.
-Vemurafenib: Traitement contre les cancers dues des mutations activatrices de RAF. 45% des
mlanomes.
-Imatinib: Traitement contre les cancers dues des mutations activatrices d'un rcepteurtyrosine kinase. Certaines tumeurs gastro-intestinales.
-Rapamycine: Immunosuppresseur qui bloque la prolifration des lymphocytes et la production
d'immunoglobulines en agissant sur mTOR.
-Bromure d'thidium: Agent intercalant dont la fluorescence augmente lorsqu'il est insr
dans l'ADN. Utilis pour la dtection fluorescente de l'ADN bicatnaire.
-SYBR-green: Agent intercalant dont la fluorescence augmente lorsqu'il est insr dans
l'ADN. Utilis pour la dtection fluorescente de l'ADN bicatnaire.
-Infection du larynx par Corynebacterium diphtriae: Exotoxine diphtrique, protine qui rentre
dans les cellules et possde une activit enzymatique. Facteur d'longation modifi (ajout
d'ADP-ribosyl) inactif et blocage de la traduction. Inhibition de la synthse protique et mort
cellulaire.
--thalassmie: Perte d'expression de la -globuline. Forme d'anmie hrditaire sassocie
une hmoglobinopathie (dficience dans la synthse d'une ou de plusieurs des quatre chanes
formant l'hmoglobine des globules rouges). Cela se traduit par une anmie (taux
d'hmoglobine trs bas) assez importante. On observe galement une hypertrophie de la rate et
des dformations du crne et des os longs. Le traitement se fait par transfusion.
-Syndrome de Li-Fraumeni: Maladie hrditaire dominante chez les jeunes. Cancers et sites
multiples. Due une mutation germinale htrozygote de p53 (Facteur de transcription) dans
50% des cas. Les cellules cancreuses acquirent une seconde mutation (somatique): perte
homozygote de p53 ou effet dominant ngatif.
-Albumine: protine soluble plasmatique produite par le foie. Coagulable sous l'action de la
chaleur, des acides minraux, de l'alcool, de l'ther. Maintien de la pression osmotique.
-Insuline: Hormone peptidique scrte par les cellules des lots de Langerhans du pancras.
rle majeur dans la rgulation des substrats nergtiques. Premire protine tre squence
et dtermine en 1953 par Fred Sanger. 2 chanes lies par des ponts disulfures.
-Trypsine: Hydrolyse spcifiquement les liaisons peptidiques aprs des rsidus chargs
positivement ( Lysine ou Arginine).
-Cytochrome c: Protine eucaryote trs bien conserve au cours de l'volution ( 38 rsidus sur
105 sont invariants). Une seule chane polypeptidique se trouvant dans la mitochondrie comme
composant de la chane de transport des lectrons. Il doit interagir avec les complexes III et IV de
la chane respiratoire. Tout changement par mutation affectera trs vraisemblablement ces
interactions.
-Histone: Protine servant l'emballage de l'ADN, interagissant avec d'autres histones et avec
ADN ngatif grce ses charges positives. Compactage de l'ADN dans la chromatine la rend tout
fait intolrante tout changement mutationnel. Squence trs conserve chez les eucaryotes.
5 types principaux : H1, H2A, H2B, H3 et H4.
-Fibrinopeptides: Peptides libres lors de la conversion du fibrinogne en fibrine ( pas de
fonction propre).
-Kratine: 2 hlices (chez les
mammifres) de pas droit s'enroule en
super-hlice de pas gauche, le dimre.
Celui-ci s'asscoie avec d'autres dimres
pour former un protofilament, puis une
microfibrille, une macrofibrille et enfin un
cheveu. Protine relativement acide (type
I) ou basique (Type II). Protine fibreuse
retrouve dans les cheveux, les ongles et
les cornes.
-ATP synthtase : complexe protique enzymatique qui se trouve dans les crtes
mitochondriales et la membrane plasmique des bactries et des arches. Le rle de
cette protine membranaire est de synthtiser l'ATP partir du gradient lectrochimique de
protons entretenu par la chane respiratoire et ADP, ainsi que de Phosphate inorganique.
-ADN mthyltransfrases: Enzyme qui catalyse le transfert de groupes mthyle d'une Sadnosylmthionine (cofacteur) sur des rsidus cytosine ou adnine. Les cytosines mthyles les
plus connues prcdent un rsidu guanine dans ce que l'on appel les lots CpG1,2.
-Oxydorductase : Catalyse la dmthylation de 5-mthyl-cytosine en cytosine dans l'ADN pour
la gamtogense. Formation de ponts disulfures entre rsidus cystines lors de modifications
post-traductionelles des protines.
-Nuclosome : complexe dADN et de protines (les histones) qui
constituent, chez les eucaryotes, lunit de base de la chromatine. Il
reprsente le premier niveau de compaction de lADN. En contrlant
laccessibilit du double-brin dADN, il est directement impliqu dans la
rgulation de plusieurs processus nuclaires comme la transcription,
la rplication ou la rparation de lADN.
-Facteur de transcription : Protine ncessaire l'initiation ou la
rgulation de la transcription. Les facteurs de transcription sont des
activateurs ou des rpresseurs du complexe transcriptionnel constitu
autour de l'ARN polymrase qui agissent en se fixant sur les squences rgulatrices en amont
des gnes transcrire.
-ADN polymrase : Enzyme de rplication de l'ADN. Fabrique de l'ADN bicatnaire partir
d'ADN monocatnaire en respectant la complmentarit des bases. Travaille dans les fourches
de rplication et allonge l'extrmit 3' de l'ADN. Energie fournie par hydrolyse des liens
phosphates des dsoxyribonuclotides. Ncessite une amorce d'ARN (ARN-dpendante).
-Primase : Enzyme de synthse d'ARN (et des amorces pour la rplication de l'ADN). Travaille
dans le sens 5' vers 3'.
-ADN ligase : Enzyme qui lie les fragments d'Okasaki (ADN) entre eux et lie galement les
morceaux d'ADN aprs utilisation d'enzymes de restriction.
-Cohsine : Complexe maintenant les deux chromatides surs associes lissue de la
rplication.
-Transcriptase reverse : Enzyme qui transcrit l'information gntique de virus de l'ARN en ADN,
qui peut s'intgrer dans le gnome de l'hte.
exo prcise que cette coupure se fait partir d'une extrmit 1, un nuclotide la fois, et dans
un sens 5' vers 3' ou l'inverse.
-Poly A-polymrase : Enzyme d'addition de la queue poly A au signal de polyadnylation lors de
la maturation de l'ADN.
-Splicosome : particule d'pissage, est un complexe dynamique de particules
ribonucloprotiques (composes d'ARN et de protines) et localis dans le noyau des cellules.
Son rle est d'assurer l'excision des introns, des rgions non-codantes de l'ARN pr-messagers et
la suture des exons, qui correspondent aux parties codantes. C'est une tape essentielle du
processus de maturation des ARN messagers, un mcanisme conserv chez tous les
organismes eucaryotes. 5 ARN (U1 U5).
-Facteurs de terminaison (eRF): Protines qui hydrolysent le lien peptidique entre l'ARNt et la
chaine peptidique forme et dissocient le complexe ribosome-ARNt-ARNm.
-Protine chaperonne : Protine qui aide d'autres protines se replier correctement.
-Drosha : Clivage de Pri-miRNA en Pr-miRNA.
-Dicer : Clivage de Pr-miRNA en miRNA double brin.
-RNA-induced sliencing complex (RISC) : Intgre miRNA double brin pour donner un miRNA
mature.
-Glycosyltransfrase : Catalyse le transfert d'un monosaccharide, depuis un sucre activ
(donneur), gnralement par un phosphate, vers une molcule accepteur (le plus souvent
un alcool ou une amine). Utilise lors de la glycosylation sur srine et thronine en modification
post-traductionelles des protines. Ex : Groupe sanguin ABO.
-Protasome : complexes enzymatiques multiprotiques. Dans les cellules eucaryotes, ils se
trouvent dans le noyau, le cytosol et associs au rticulum endoplasmique. Dgradation des
protines mal replies, dnatures ou obsoltes de manire cible par protolyse (rupture
des liaisons peptidiques par protases). Les protines sont marques pour la dgradation par
une protine appele ubiquitine. Le protasome a une forme de baril et possde une cavit
en son centre cerne par quatre anneaux, fournissant ainsi un espace clos pour la digestion
des protines. Abondant =1% des protines cellulaires.
-Farnesyl-protine transfrase: Catalyse la farnsylation sur cystine lors de modifications
post-traductionelles.
-(Poly)-ADP-ribose-polymrase (PARP): Catalyse la (poly)-ADP-Ribosylation lors de modifications
post-traductionelles de protines sur Arginine, Lysine, Glutamine et Acide
aspartique.
-Ubiquitine: Protine servant de marqueur de protines liminer. Localise dans
tous les compartiments subcellulaires de toutes les cellules des organismes, elle est
dite ubiquitaire. L'ubiquitination dsigne la fixation spcifique et rgule d'une ou
plusieurs ubiquitines sur une protine cible (il faut quatre ubiquitines pour qu'une
protine soit dgrade). Cette modification post-traductionnelle a pour principale
fonction la reconnaissance puis la destruction de la protine ainsi marque, par le
complexe protolytique du protasome. Fixation aux lysines de protines par son
extrmit C terminale. Une tte hydrophobe.
-Mitogen Activated Protein (MAP)-kinases : Famille de protines kinases Serine et Thronine
spcifiques impliques directement dans la rponse cellulaire un stimuli. Elles rgulent la
prolifration, l'expression d'un gne, la diffrenciation, la mitose, la survie cellulaire, l'apoptose,
etc.. Uniquement chez les eucaryotes.
-Protine Ras : Protine exprime par le gne Ras, un proto-oncogne. Une tumeur sur quatre
chez l'Homme possde une mutation de ce gne (25% des mlanomes et nombreux autres
cancers).
-RAF ou MAP kinase kinase kinase : Protine de la voie de transduction des MAP kinases. Activ
par le rcepteur tyrosine-kinase et conduit la rponse la MEK ou MAP kinase kinase. Mutation
activatrices au niveau de RAF (45% des mlanomes).
-MEK ou MAP kinase kinase: Protine de la voie de transduction des MAP kinases. Activ par
RAF et conduit la rponse la ERK ou MAP kinase.
-ERK ou MAP kinase: Protine de la voie de transduction des MAP kinases. Activ par MEK et
conduit la rponse aux protines concernes par le signal.
-Growth factor recpetor bound protein 2 (GRB2): Protine d'adaptation implique dans la voie
de transduction du signal.
-Kinase active par Adnosine Monophosphate (AMPK): Enzyme d'homostasie d'nergie
cellulaire appartenant au systme AMPK ( systme de traducation li aux ressources). Sa
stimulation par AMP inactive les facteurs d'longation (eEF2) et interrompt la traduction. Ainsi,
lors d'un effort musculaire intense, la quantit d'AMP augmente et la traduction ralentit afin
d'conomiser de l'nergie.
-mTOR: Enzyme appartenant au systme mTOR de traduction lie aux ressources. Stimule par
les acides amins ou facteurs de croissance, elle phosphoryle 4EBP1 et ainsi dsinhiber elF4. Elle
peut stimuler S6K par phosphorylation et indirectement stimuler S6, une protine ribosomiale.
Traduction augmente.
- 4EBP1: Inhibiteur de elF4. Lorsqu'elle est active par mTOR, inhibition de elF4 inactive et la
traduction reprend. Systme mTOR de traduction lie aux ressources.
-EcoR1, BamH1, Xho1, Nhe1, Hind III et Xba1: Enzymes de restriction reconnaissant un site de
restriction spcifique palindromique. Rle: reconnaissance d'ADN tranger. Utilises sur les
plasmides bactriens pour insrer de l'ADN.