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Aplicaciones de la Gentica I
Adriana Castillo Pico
Variabilidad Gentica
Regiones en el ADN
1. Regiones altamente repetidas:
Minisatlites (VNTRs) y microsatlites
(STRs)
2. Regiones medianamente repetidas:
Familias Alu, Line etc. y regiones que
codifican para ARN de transferencia y
ribosomales.
3. Regiones de copia nica:
Secuencias llamadas Genes
CROMOSOMA
ADN
p
HETEROCROMATINA
REGIONES
REPETIDAS
EUCROMATINA
GEN
De longitud:
Cambio de tamao de un segmento del ADN
AGTC AGTC AGTC
3 repeticiones
AGTC AGTC AGTC AGTC
4 repeticiones
SNPs:
Polimorfismos de Nucletido simple.
Cambio en la secuencia de nucletidos del ADN.
Dos alelos posibles (Biallicos)
Anlisis mediante RFLPs / PCR - Electroforesis
5 ATTTGCTCGATAAA 3
5 ATTTGCCCGATAAA 3
Tamao (pb)
TT
185
CC
161 + 24
CT
185 + 161 + 24
ADN polimerasa
ddCTP ddATP ddGTP ddTTP
A
T
DETECCION
Deteccin y tipificacin
SNP C-1562T
rs707656
20
C/G
SNP C-1562T
24
T/C
SNP C-509T
24
G/A
SNP522363
28
C/G
SNP591694
28
A/T
rs528557
32
G/C
rs2280090
35
G/A
rs2787094
39
C/G
rs2280091
42
A/G
rs543749
45
G/T
SNP C-509T
SNP522363
rs528557
CAR316
rs2280090 rs2280091
CAR294
rs707656
CAR292
SNP
rs543749
CAR287
Size(bp)
SNP591694 rs2787094
CAR286
SNP
CAR281
Polimorfismos de longitud
VNTRs
Nmero variable de repeticiones en tandem.
Unidad de repeticin de 10 a 70 pb.
Anlisis mediante RFLPs.
STRs
Repeticiones en tandem de tamao corto.
Unidad de repeticin de 1 a 7 pb.
Anlisis mediante PCR - Electroforesis.
Indels
Insercin o delecin de uno o ms nucletidos en el genoma
Anlisis mediante PCR Electroforesis.
Anlisis de VNTRs
por RFLPs
(Polimorfismo en la
longitud de los
fragmentos de
restriccin)
D3S1358
TCTA TCTA TCTA TCTA
TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA
TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA
Alelo 4
Alelo 5
Alelo 6
Perfil Gentico
STRs
D3S1358
vWA
FGA
THO1
Amelogenina
Alelos
14 / 16
12 / 15
24 / 25
6
X/Y
Gentica de poblaciones
Poblacin
Grupo de individuos que comparten en el tiempo
y en el espacio un componente gentico comn,
se reproducen entre s de forma aleatoria y
aunque es posible que se presente flujo
gentico con otros grupos, pueden encontrarse
diferencias en las frecuencias gnicas respecto
a otros grupos vecinos.
Frecuencias genotpicas:
Proporciones de individuos de cada genotipo
que se hallan en la poblacin.
N individuos de un determinado genotipo
N total de individuos
Frecuencias
allicas
Poblacin
MM
MN
NN
p(M)
p(N)
Esquimal
0,835
0,156
0,009
0,913
0,087
Aborigen
Australia
Egipcia
0,024 0,304
0,672
0,176
0,824
0,278 0,489
0,233
0,523
0,477
Alemania
0,297 0,507
0,196
0,550
0,450
China
0,332 0,486
0,182
0,575
0,425
Nigeria
0,301
0,204
0,548
0,452
0,495
Frecuencias allicas
Equilibrio de Hardy-Weinberg
Godfrey Harold
Hardy
(1877-1947)
Wilhelm Weinberg
(1862-1937)
Se fundamenta en un
principio
matemtico
demostrado en 1908.
Describe el efecto de la
reproduccin sobre las
frecuencias genotpicas y
allicas.
Propone
que
bajo
condiciones poblacionales
ideales las frecuencias de
los genes permanecen
constantes generacin tras
generacin.
Supuestos:
La poblacin es grande, se aparea al azar, no est afectada
por la mutacin, migracin o seleccin natural, entonces:
Prediccin 1:
Las frecuencias allicas de la poblacin no cambian.
Prediccin 2:
Las frecuencias genotpicas se estabilizan (no cambiarn)
despus de una generacin en las proporciones: p
(frecuencia de AA), 2 pq (frecuencia de Aa) y q (frecuencia
de aa).
Donde p = frecuencia alelo A q = frecuencia alelo a
Ejemplo de Equilibrio de H - W
En ausencia de los procesos evolutivos, la
frecuencia de los genes se mantendr
constante generacin tras generacin.
p = 0.4
A = p = 0.4
a = q = 0.6
q = 0.6
p = 0.4 p2 = 0.16
pq = 0.24
q = 0.6 pq = 0.24
q2 = 0.36
(p + q)2 = p 2 + 2pq + q2
0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
Frecuencia
q2 (aa)
p2 (AA)
2pq (Aa)
0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
p = f(A)
HET Obs
HET Esp
DXS8378
0.6091
0.6313
0.8285 0.0005
DXS7132
0.7273
0.7840
0.3699 0.0006
DXS9898
0.6909
0.6997
0.5865 0.0048
DXS6809
0.7364
0.7701
0.5075 0.0006
DXS6789
0.6636
0.7320
0.0824 0.0004
DXS101
0.7636
0.8274
0.1746 0.0003
GATA172D05
0.8182
0.8123
0.3771 0.0005
HPRTB
0.7455
0.7692
0.4283 0.0005
DXS8377
0.9636
0.9203
0.7571 0.0005
DXS7423
0.6091
0.6728
0.4178 0.0007
Consecuencias de la ley de H - W
Consecuencias de la ley de H - W
Mutacin
Mutacin
Migracin
o
flujo gnico
Deriva gentica
2. El efecto fundador
3. El cuello de botella
Efecto fundador
Seleccin natural
Seleccin natural
Evolucin
Anlisis de haplotipos del cromosoma Y confirman la
salida de Africa del H. sapiens hace aproximadamente
200.000 aos.
Frecuencias genotpicas
Adn
Anlisis de
agrupamiento
para
haplogrupos del
cromosoma Y
Europeos
Asiticos
Africanos
Europeos
Asiticos
Europeos
Asiticos
Europeos
Asiaticos
POB 2
Cdigo
Variacin
f
Afr
f
Eur
f
Asi
F11
rs10141763
A/T
0,49/0,51
0/1
0,4/0,6
F31
rs1573020
A/G
0,46/0,54
0/1
0/1
E1
rs2304925
A/C
0/1
0,48/0,52 0,24/0,76
E8
rs7897550
A/G
0/1
0,27/0,73 0,24/0,76
A2
rs2065160
C/T
0,4/0,6
0/1
0,81/0,2
E1
12
A10
23
181
F7
13
F8
24
M63
A7
14
F2
25
S8
778
15
F11
26
F16
A8
16
549
27
M42
A12
17
F31
28
NB9
E8
18
788
29
A13
A9
19
160
30
A5
S4
20
F14
31
M17
10
F5
21
F24
32
510
11
SGM2
22
982
33
NB1
ELECTROFORESIS CAPILAR
SNaPshot
G
A
C
T
AZUL
VERDE
NEGRO
ROJO
A10
E1
A8
F31
160
A12
M63
F16
F14
A8
510
NB1
A5
982
F7
A9 SGM2
E8
F7 A7 778
S4 F5
160 F14
F8
788
F2
E1 A7 778
549
F16
181
549
F11
S8
NB9
S8 M42
F24
510
A11
A5 M17 NB1
A13
M17
A8
A10
E1
F14
A12 A9
160
SGM2
A8
F7 A7
A9
E1 A7
A10
E8
M63
160
F31
510
S8
982
510
A13
788
181
F2 549
F24
S8 M42
E8
778
F11
F16
S4
F8
A5
M17
NB9
F5
M63 M42
Liz 120
A13
NB1
RESULTADOS 34 PLEX
Muestra ACP
E1
TT
A10
AA
181
CC
F7
CC
F8
TT
M63
GT
A7
CT
F2
CC
S8
AA
778
TT
F11
AA
F16
TT
A8
GG
549
TT
M42
GG
A12
AA
F31
AA
NB9
AT
E8
CC
788
CC
A13
TT
A9
CC
160
AC
A5
GG
S4
AA
F14
GG
M17
AT
F5
TT
F24
CC
510
AT
SGM2
GG
982
AA
NB1
frec
Europeo
96
0,71
71
Este Asia
32
0,24
24
Africa
0,05
Total
135
100
Gentica Forense
Gentica Forense
Gentica Forense
Identificacin humana
Criminalstica
Casos de filiacin
PARAMETROS A PRIORI:
Se deben establecer para saber que potencial
posee la evaluacin de estos marcadores
genticos.
PARAMETROS A POSTERIORI:
Estn subordinados a los primeros y
proporcionan
resultados
directamente
valorables una vez se tipifique un individuo.
PODER DE DISCRIMINACIN:
Es la capacidad de diferenciar un individuo
que aport una muestra de otro tomado al
azar.
PROBABILIDAD DE COINCIDENCIA:
Es lo contrario, es la probabilidad de que un
individuo analizado coincida plenamente con
otro tomado al azar.
INDICE POBLACIONAL:
Da una idea del nmero de personas que tienen
un perfil gentico determinado. Se calcula como
el valor inverso de la frecuencia gnica.
Indice Poblacional = 1 / frec. Gnica
RAZON DE VEROSIMILITUD:
Es la probabilidad de que un material gentico
proceda de un individuo determinado en
comparacin con el resto de la poblacin.
SNP
s
SNPforID
The development
and application of
identification SNPs
SNPfor ID
2002-2007
Autosomal - Y - mt
All available platforms
SNaPshot as benchmark
system
ID-SNPs + AIM-SNPs
SNPID
SNPs for Physical
Identification
Europe
Asia
Americas
Africa
Oceania
SNPfor ID
Ancestry analysis
First 9 victims
identified from
the London
transport
attacks 7-7-05
casework application
Operation Minstead
casework application
personal items
from bomb
assembly site in
Ligans
un-detonated explosives in a
holdall found at El Pozo
station
Investigacin de la paternidad o
maternidad
PROBABILIDAD DE EXCLUSION:
La probabilidad de exclusin a priori de una
tcnica o un grupo de ellas se define como la
probabilidad dados una madre y su hijo de
descartar como posible padre a un individuo
tomado al azar.
PE = pq x (1 pq)
Para un locus de dos alelos. p y q son frecuencias gnicas
INDICE DE PATERNIDAD:
Indica cuantas veces es ms probable que el
presunto padre tenga ese material gentico, que
un individuo tomado al azar entre los de su misma
poblacin.
PROBABILIDAD DE PATERNIDAD:
Se calcula mediante la frmula de EssenMoller y se utiliza para calcular la probabilidad
condicionada.
W=X/X+Y