PRACTICA N2

MODELOS MOLECULARES

1.- OBJETIVOS
- Adquirir destreza en la construccin tridimensional de diferentes
molculas.
- Reforzar los conocimientos tericos adquiridos en relacin a estructura
atmica y molecular.

2.- CONSIDEREACIONES TEORICAS

El modelado molecular o simulacin molecular es un trmino general que
engloba mtodos tericos y tcnicas computacionales para modelar, imitar
y predecir el comportamiento de las molculas. Las tcnicas y mtodos
utilizados se encuentran en un amplio rango de campos de la fsica
(termodinmica, mecnica clsica, mecnica estadstica, mecnica
cuntica, fsica matemtica y ciencia de materiales), la qumica
computacional y la bioqumica para el estudio de sistemas moleculares que
abarcan desde pequeos sistemas qumicos a grandes molculas biolgicas
y materiales cristalinos. Los clculos ms simples pueden ser realizados a
mano, pero inevitablemente se requieren computadoras para realizar el
modelado molecular de cualquier sistema medianamente complicado. La
caracterstica particular de las tcnicas de modelado es la descripcin a
nivel atmico de los sistemas moleculares; el menor nivel de informacin es
por tomos individuales (o un pequeo grupo de tomos).
La simulacin de sistemas molecular puede realizarse mediante mtodos
clsicos o cunticos.
Los mtodos de modelado molecular son usados rutinariamente en la
actualidad para investigar la estructura, dinmica y termodinmica de
sistemas inorgnicos, biolgicos y polimricos. Los tipos de actividad
biolgica que han sido investigados usando modelado molecular incluyen
plegamiento proteico, catlisis de enzimas, estabilidad de protenas,
cambios conformacionales asociados con la funcin biomolecular, y
reconocimiento molecular de protenas, ADN, y complejos de membranas.
El cdigo de colores en los modelos moleculares
Tal vez os hayis fijado, viendo los distintos tipos de modelos moleculares
que hemos comentado, que el carbono, por ejemplo, siempre es de color
negro. Esto no es una casualidad; los modelos moleculares se cien a unos
colores que podemos considerar estndar, y que tambin reciben el nombre
de colores CPK (Corey, Pauling y Koltun, que fueron los pioneros en la
creacin de los modelos moleculares). As, centrndonos nicamente en los
ms habituales, tenemos los colores siguientes:

Hibridacin
Se conoce como hibridacin a la interaccin de orbitales atmicos dentro de
un tomo para formar nuevos orbitales hbridos. Los orbitales atmicos
hbridos son los que se superponen en la formacin de los enlaces, dentro
de la teora del enlace de valencia, y justifican la geometra molecular.
El qumico Linus Pauling desarroll por primera vez la teora de la
hibridacin con el fin de explicar la estructura de las molculas como el
metano (CH4) en 1931.1 Este concepto fue desarrollado para este tipo de
sistemas qumicos sencillos, pero el enfoque fue ms tarde aplicado ms
ampliamente, y hoy se considera una heurstica eficaz para la
racionalizacin de las estructuras de compuestos orgnicos.
Hibridacin sp3

Cuatro orbitales sp. El carbono con hibridacin sp3 tiene 4 uniones (cuatro
enlaces sencillos)
El tomo de carbono tiene seis electrones: dos se ubican en el orbital 1s
(1s), dos en el 2s (2s) y los restantes dos en el orbital 2p (2p). Debido a su
orientacin en el plano tridimensional el subnivel 2p tiene capacidad para
ubicar 6 electrones: 2 en el orbital Px, dos en el orbital Py y dos electrones
en el orbital Pz. Los dos ltimos electrones del carbono se ubicaran uno en
el 2px, el otro en el 2py y el orbital 2pz permanece vaco (2px 2py). El
esquema de lo anterior es (cada flecha un electrn):
Para satisfacer su estado energtico inestable, un tomo de valencia como
el del carbono, con orbitales parcialmente llenos (2px y 2py necesitaran
tener dos electrones) tiende a formar enlaces con otros tomos que tengan
electrones disponibles. Para ello, no basta simplemente colocar un electrn
en cada orbital necesitado. En la naturaleza, ste tipo de tomos
redistribuyen sus electrones formando orbitales hbridos. En el caso del
carbono, uno de los electrones del orbital 2s es extrado y se ubica en el
orbital 2pz. As, los cuatro ltimos orbitales tienen un electrn cada uno:
El estmulo para excitar al electrn del 2s al 2p z es aportado por el primer
electrn en formar enlace con un tomo con este tipo de valencia. Por
ejemplo, el hidrgeno en el caso del metano. Esto a su vez incrementa la
necesidad de llenado de los restantes orbitales. Estos nuevos orbitales
hbridos dejan de ser llamados 2s y 2p y son ahora llamados sp3 (un poco de
ambos orbitales):
De los cuatro orbitales as formados, uno (25%) es proveniente del orbital s
(el 2s) del carbono y tres (75%) provenientes de los orbitales p (2p). Sin
embargo todos se sobreponen al aportar la hibridacin producto del enlace.
Tridimensionalmente, la distancia entre un hidrgeno y el otro en el metano
son equivalentes e iguales a un ngulo de 109,5.
Hibridacin sp2

Configuracin de los orbitales sp. El carbono con hibridacin sp2 se

une con 3 tomos (dos enlaces simples y un doble enlace).
Se define como la combinacin de un orbital S y 2 P, para formar 3
orbitales hbridos, que se disponen en un plano formando ngulos de
120.
Los tomos que forman hibridaciones sp2 pueden formar compuestos
con enlaces dobles.
Forman un ngulo de 120 y su molcula es de forma plana. A los
enlaces simples se les conoce como enlaces sigma () y los enlaces
dobles estn compuestos por un enlace sigma y un enlace pi.

Las reglas de ubicacin de los electrones en estos casos, como el

alqueno etileno obligan a una hibridacin distinta llamada sp 2, en la
cual un electrn del orbital 2s se mezcla slo con dos de los orbitales
2p: surge a partir o al unirse el orbital s con dos orbitales p; por
consiguiente, se producen tres nuevos orbitales sp 2, cada orbital
nuevo produce enlaces covalentes.
Tridimensionalmente, la distancia entre un hidrgeno y otro en algn
carbono del etileno son equivalentes e iguales a un ngulo de 120.

Hibridacin sp

Configuracin de los orbitales sp. El carbono con hibridacion sp se

une con 2 tomos ( dos enlaces dobles)
Se define como la combinacin de un orbital S y un P, para formar 2
orbitales hbridos, con orientacin lineal. Este es el tipo de enlace
hbrido, con un ngulo de 180 y que se encuentra existente en
compuestos con triples enlaces como los alquinos (por ejemplo el
acetileno)
Se caracteriza por la presencia de 2 orbitales pi().

3.- MATERIALES Y REACTIVOS

- Kit de modelos moleculares

4.- PROCEDIMIENTO
Esquematice la hibridacin que tendr lugar en los siguientes
compuestos y luego construya el modelo correspondiente.
1. Identificamos la composicin molecular de cada uno de los
compuestos a analizar.
2. Usamos las mangueritas y uniones del kit de modelos
moleculares teniendo en cuenta las siguientes condiciones.
C-C = negra
C-H = verde
C-O = roja
N-N = azul
S-S = amarillo
5.- RESULTADOS
1.- ACETONA

2.- ACIDO ACETICO

3.- ACIDO SULFURICO

4.- ACIDO NITRICO

5.- ETANOL

6.- DIOXIDO DE CARBONO

7.- MONOXIDO DE CARBONO

8.- ETANO

9.- ETINO

6.- CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES

-

Aprendimos y observamos las molculas tridimensionalmente

mediante el kit de modelos moleculares.
Es necesario saber o desarrollar las molculas de las sustancias a
explorar y analizar.
Esta prctica nos ayuda a tener una mayor visin al momento de
construir un modelo molecular de una sustancia orgnica.