UNIVERSITE DES ANTILLES ET DE LA GUYANE

NOM :
UFR SCIENCES EXACTES ET NATURELLES
PRENOM :
Licence STS - Mention BGS - UEP 1.3 Structures et proprits des Biomolcules
Plier le coin
Examen semestre 3
Janvier 2007 1 heure
Les calculatrices ne sont pas autorises
Question 1 : Etude dun peptide ( 12 points - A : 5 mn, B : 15 mn, C : 10 mn, D : 10 mn)
A Aprs action du mercaptothanol, un peptide A est lu par chromatographie changeuse de cations pH 6.
Un peptide A1 est alors rcolt. Par rinage de la colonne par la soude 1M, un second peptide A2 est lu.
A1 Quel est le rle du mercaptothanol ?

A2 Quelle est la caractristique de la rsine

changeuse de cations ?

Coupe les ponts disulfures

La rsine est ngative et fixe les cations (POSITIFS)

0.2

A3 A pH 6, dduire les charges

des peptides A1et A2 satisfaisant llution :

0.2
A4 Dduire le schma du peptide A ?

Si A1 est lu en premier, alors il est neutre ou ngatif

Si A2 est retenu, il est positif pH 6, en augmentant le
pH avec la soude, il devient neutre ou ngatif

S
|
S

0.2

0.4
B Ltude du squenage des peptides A1 et A2 donne :
Hydrolyses
HCl 6N 110C
DNFB
Carboxypeptidase A
Trypsine
Chymotrypsine
Protinase V8

PEPTIDE A1
Ala, Asp, Cys, Val, Y
DNP-Ala
Val
1 peptide
1 dipeptide + 1tripeptide
1 dipeptide + 1tripeptide

PEPTIDE A2
Ala, Cys, Gly, X, Y
DNP-Gly
Ala
1 dipeptide + 1 tripeptide
Ala + 1 ttrapeptide
1 peptide

Contrairement A1, le peptide A2 est positif au ractif de sacchaguchi.

Les peptides A1 et A2 sont tous les deux positifs aux ractifs des phnols.
Dterminer la squence primaire des peptides A, A1 et A2 en rpondant aux questions suivantes :
B1 - Quapporte lhydrolyse HCl 6N 110C :
A
ALA COMPOSITION DU PEPTIDE
A

B2 - Quels sont les rles des ractifs :

- ractif de sacchaguchi :
prsence ARG

0.2

- ractifs des phnols :

prsence de TYR

0.2

0.2

B3 Nommer le DNFB et dfinir son rle ?

Dinitrofluorobenzne permet de caractriser le NT donne des DNP-aa

0.2

B4 Schmatiser les donnes prcdentes en les compltant par celles apportes par laction de la
carboxypeptidase A :
Pour le peptide A1

Pour le peptide A2
Y = Tyr

1 2 3 4
5
Ala--------------------Val

Asp,Cys et Y placer

0.6

X = Arg
Y = Tyr
Cys, X et Y placer

1 2 3 4
5
Gly--------------------Ala

0.6

B5 Rle de la trypsine ?
COUPURE de type N aprs ARG ou LYS
Consquences sur le peptide A1 (donner toutes les
possibilits)

Consquences sur le peptide A2 (donner toutes les

possibilits)

Pas de coupure pas darg

0.2

1
1

Arg
et 3 4
2 Arg et 4

5
5

0.2

X = Arg
0.4

B6 Rle de la chymotrypsine ?
COUPURE de type N aprs TYR, PHE

0.2

Consquences sur le peptide A1 (donner toutes les

possibilits)
1
1

Tyr
et 3 4
2 Tyr et 4

5
5

Consquences sur le peptide A2 (donner toutes les

possibilits)
1 2 3 Tyr et Ala

Y = Tyr
0.4

0.2

B7 Rle de la Protinase V8 ?
COUPURE de type N aprs Asp , Glu

0.2

Consquences sur le peptide A1 (donner toutes les

possibilits)
1
1

Asp et 3 4
2 Asp et 4

5
5

Consquences sur le peptide A2 (donner toutes les

possibilits)
Pas de coupure pas de Asp
0.4

0.2

B8 Rcapitulatif
squences du peptide A1 (donner toutes les
possibilits)

squences du peptide A2 (donner toutes les

possibilits)

Ala Asp Tyr Cys Val

Ala Tyr Asp Cys Val

Gly Arg Cys Tyr Ala

Gly Cys Arg Tyr Ala

0.4

0.4

C - Ltude du squenage du peptide A donne :

Hydrolyses
DNFB
Carboxypeptidase A
Trypsine
Chymotrypsine
Protinase V8

Peptide A
DNP-Ala etDNP-Gly
Val et Ala
2 peptides dont un est un dipeptide positif au ractif des phnols
??
2 peptides dont un est un tripeptide positif au ractif des phnols

C1 Dduire des rsultats prcdents (question A et B) la squence du peptide A. Montrer laction de la

chymotrypsine par une flche
Ala Asp Tyr Cys Val
|
Gly Arg| Cys Tyr Ala
Ala Asp Tyr Cys Val
|
Gly Cys Arg| Tyr Ala

Ala Tyr Asp Cys Val

|
Gly Arg Cys Tyr Ala

non
non

non

Ala Tyr | Asp Cys Val

oui
|
Gly Cys Arg Tyr | Ala

= pont disulfure entre les deux cystines

= coupure avec la chymotrypsine

2.6
(La question D peut tre traite indpendamment de la squence de A1 et A2).

D En utilisant les donnes suivantes et celles apportes par lhydrolyse HCl 6N 110C et le fait que
contrairement A1, le peptide A2 est positif au ractif de sacchaguchi et que les peptides A1 et A2 sont tous les
deux positifs aux ractifs des phnols, confirmer lordre dlution des peptides A1 et A2 de la question A.
pk NH2 = 8
pk COOH= 3
pk R de lacide amin X = 11

Pk R de Asp = 4
Pk R de Cys =10
pk R de lacide amin Y = 13

Y est donc la Tyr

X est donc lArg
COOH
R de Asp
NH2
R de Cys
R de Tyr
Peptide
pHi = 3,5

COOH
-NH2
R de Cys
R de Arg
R de Tyr
Peptide

0
0
+
0
0
+

0
+
0
+
0
++

3
|

3
|

0
+
0
0
0

+
0
+
0
+

4
|

8
|

+
0
0
-

0
0
+
0
0

8
|

10
|

0
0
0
--

0
+
0
-

10

11

0
0
---

0
0
0
--

13

13

0
----

0
0
---

pHi = 9

Question 2 : Etude dun mRNA ( 8 points - A : 5 mn, B : 5 mn , C : 10 mn)

A - Un DNA codant la synthse dune protine P est isol puis manipul afin de dterminer par
la mthode de Maxan et Gilbert le squenage dun morceau du gne codant pour cette
protine.
Complter le schma suivant rsumant la prparation du DNA en vue du squenage.
*Orienter les brins de DNA .

DNA
Etape 1
T4 polynuclotide
kinase
32

Que ralise-t-on ltape 1 ?

On phosphoryle les extrmits 5OH avec 32P
0.2

32

Etape 2

Que ralise-t-on ltape 2 ?

On hydrolyse le DNA
Comment appelle-t-on lagent permettant ce rsultat ?
Une enzyme de restriction
Que peut-on prciser ?
Hydrolyse avec formation de bouts collants

32P
32

32

0.4

Citer une technique simple permettant cette purification

en une seule manipulation :
Centrifugation en gradient de densit en prsence de
Chlorure de csium
0.2

Etape 3

32

Etape 4
32

Citer une technique simple permettant cette sparation :

Chauffage pour sparer les deux brins (casse les
liaisons hydrogne entre les bases AT et CG) et
refroidissement brutal trempage du DNA
0.2

B Squenage du DNA : Cocher (X) les bonnes rponses ou tapes reprsentatives de la

mthode de squenage de Maxam et Gilbert. Les classer (N) suivant la chronologie de la
manipulation
(Une rponse errone annule une bonne rponse)

Mthode de coupures enzymatiques

Ncessit dutiliser une amorce en 3
Mthode de synthses enzymatiques
2 chantillons sont utiliss pour couper les bases puriques et deux autres les bases
pyrimidiques
La sparation des DNA seffectue par lectrophorse sur gel polyacrylamide en
prsence de SDS
Utilisation de monobrin de DNA marqus radioactif en 5OH
Ncessit dutiliser une amorce en 5
Utilisation de monobrin de DNA non marqus radioactif
Les rsultats ci-dessous montre lautoradiographie du gel
Utilisation de monobrin de DNA marqus radioactif en 3OH
Les chantillons de DNA sont spars par lectrophorse sur gel polyacrylamide
Les chantillons de DNA sont spars par chromatographie changeuse dions
Le gel polyacrylamide est un tamis molculaire sparant les DNA en fonction de
leur charge
Le gel polyacrylamide est un tamis molculaire sparant les DNA en fonction de
leur taille
Les rsultats du gel ci-dessous montre les acides nucliques colors par du bleu de
Coomassie
Mthode de coupures chimiques
Les rsultats du gel ci-dessous montre les acides nucliques colors par le
bromure dthidium
La synthse de DNA ncessite une DNA polymrase, du Mg++ et des dXTP et des
ddXTP
1.2

C Rsultats : Complter les rsultats ci-dessous et donner la squence du monobrin de DNA.

Rsultat du gel de squenage par Mthode de Maxam et Gilbert

Bases
Pyrimidiques

Sens de migration?

C/T

bases
Puriques

A/G

T
T
A
G
C
G
T
A
G

Sens de lecture?

5.8