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Universit Montpellier II
Sciences et Techniques du Languedoc
eectu au
Conservatoire des Espaces Naturels du Languedoc-Roussillon
sous la direction de
Mathieu Bossaert
Damien Frazzoni
D ans ce rapport, nous avons tout d'abord identi les besoins de l'entreprise, puis nous
avons tudi en dtail les moyens de rsoudre au mieux ses dicults de fonctionne-
ment et enn, nous avons mis en place la solution la plus adapte en crant une interface
web de saisie (extranet) permettant de renseigner les mtadonnes de la structure et de
charger des lots de donnes en lien avec ces mtadonnes. Cela a permis d'optimiser le
cycle des donnes naturalistes an de les rendre disponibles en temps rel aux acteurs
concerns.
Remerciements
1
Table des matires
1 INTRODUCTION 5
1.1 Contexte du stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.1 L'ENTREPRISE : prsentation du Conservatoire des Espaces Na-
turels du Languedoc-Roussillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.1.1 Les missions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.1.2 L'quipe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.1.3 Le fonctionnement : collaboration et nancement . . . . . 6
1.1.2 LE CONTEXTE INFORMATIQUE : les moyens mis disposition 6
1.1.2.1 Les moyens matriels et le rseau informatique du CEN . 6
1.1.2.2 L'environnement logiciel : vers des solutions libres . . . . 6
1.2 Objectifs dtaills du stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.2.1 LA LETTRE DE MISSIONS : amlioration du parcours des don-
nes au sein du CEN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.2.1.1 L'interface de saisie des mtadonnes . . . . . . . . . . . 8
1.2.1.2 L'interface de chargement des observations dans la base
de donnes spatiales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3 Planning prvisionnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4 CONCLUSION 31
4.1 Rsultats obtenus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.2 Synthse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2
4.3 Analyse critique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4.4 Dicults rencontres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4.5 Apports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4.5.1 Pour l'entreprise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4.5.2 Apport personnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5 ANNEXES DIVERSES 34
5.1 Liste des tables concernes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
5.2 Comptes rendus de runion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.2.1 L'volution du Modle Conceptuel de Donnes . . . . . . . . . . . 36
5.2.2 L'volution du MLR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.2.3 L'interface de saisie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
5.3 Design de l'application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Table des gures
1.1 Rseau informatique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2 Listing des tches (1/2) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.3 Listing des tches (2/2) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
1.4 Diagramme de GANTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.5 Rseau PERT simpli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.1 Cycle des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.1 Ancien MLR (partie mtadonnes) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.2 Ancien MLR (partie donnes) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.3 Diagramme des cas d'utilisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.4 Diagramme de classes complet (mtadonnes et donnes) et jour . . . . 22
3.5 Nouveau MLR (partie mtadonnes) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.6 Nouveau MLR (partie donnes) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.7 Structure de la table tampon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.8 Interactions entre les direntes couches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.9 Diagramme de squence d'un MVC simple . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.10 Exemple de fonctionnement avec un objet de type formulaire . . . . . . . 27
3.11 Arborescence des rpertoires respectant le modle MVC . . . . . . . . . . 28
3.12 Architecture trois tiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.13 Exemple de requte de type GetMap envoye par le navigateur . . . . 29
3.14 Dtail de l'installation ct client et ct serveur . . . . . . . . . . . . . . 30
5.1 Composant carto-grille . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.2 Formulaire de saisie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.3 Contrleur d'achage des enregistrements . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
5.4 Tris et ltres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
5.5 Export au format Excel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
5.6 Outil de mesure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.7 Outil de dessin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
4
Chapitre 1
INTRODUCTION
1.1.1.2 L'quipe
Le CEN L-R est compos d'une quipe technique de 25 salaris aux comptences
diverses et complmentaires en :
Phytosociologie, phytocologie
Biologie
Agronomie
Ecologie gnrale
Gestion de systmes d'information
1. Conservatoire des Espaces Naturels du Languedoc-Roussillon
2. Zones Naturelles d'Intrt cologique Faunistique et Floristique
5
1.1 Contexte du stage 6
6
1.1 Contexte du stage 7
7
1.2 Objectifs dtaills du stage 8
Contexte
Le CEN btit son Systme d'Information depuis 2006 autour d'une base de donnes
spatiales mise en uvre sur la plateforme logicielle PostgreSQL/PostGIS.
Finalit :
professionnaliser la description des donnes produites au CEN (c'est--dire les m-
tadonnes 9 )
faciliter leur saisie et leur intgration la base de donnes spatiales
optimiser le cycle des donnes
8
1.2 Objectifs dtaills du stage 9
la production des mtadonnes de chacun des lots au format xml normalis (ISO
19115) pour intgration au catalogue de donnes (MDWEB)
Contexte
Le CEN produit de nombreuses donnes sur le terrain et le parcours des donnes, depuis
le carnet de terrain jusqu' la base de donnes, est long. Ce parcours peut tre fortement
simpli. Les relevs de terrain (ore) sont pour l'instant raliss comme suit :
Sur le terrain :
l'observateur cre des points dans le GPS 10
il reporte les numros de point sur son carnet de terrain
il y ajoute chacun le nom de l'espce ainsi que son abondance (a, b, c, d ou valeur
entire)
enn, il inscrit des remarques ventuelles
De retour au bureau :
l'observateur extrait les waypoints de son GPS
il reporte les coordonnes des dirents points dans un tableur Excel
il complte ensuite pour chaque point la date, l'espce, l'abondance, le site, la
commune, le nom de l'observateur, le nom du lot de donnes, etc...
enn, ce tableur est dpos dans un dossier, ventil en n de saison dans la base
de donnes
Remarque : Direntes informations telles que (nom de l'observateur, date, lot de don-
nes, site) sont communes toutes les observations d'une session de terrain et pourraient
n'tre renseignes qu'une seule fois.
Attentes
Le but est de proposer un outil permettant aux experts naturalistes, de retour du terrain,
de renseigner les dirents lments communs la session de terrain ralise (mtadon-
nes), puis de dcharger les waypoints concerns. L'outil permettra un achage des
points relevs par le GPS. Pour chacun des points, l'expert pourra renseigner l'espce ob-
serve ainsi que son abondance. Une fonctionnalit de duplication d'un point sera oerte
(parfois plusieurs observations d'espces direntes ne font l'objet que d'une prise de
coordonnes). Les fonctionnalits envisages de l'outil web de recueil des donnes sont :
10. Global Positioning System que l'on peut traduire en franais par systme de positionnement
mondial
9
1.3 Planning prvisionnel 10
10
1.3 Planning prvisionnel 11
11
1.3 Planning prvisionnel 12
12
1.3 Planning prvisionnel
13
13
Remarque : Sur ce dernier schma d'ordonnancement des tches, il s'en dgage une
tape cl : la partie rutilisation et composants qui nous permettra par la suite de pro-
grammer plus facilement et rapidement le reste de l'application ; en eet, une fois les
outils gnriques raliss, il nous sera facile de nous en resservir et de les adapter dans
le but de les appliquer des besoins plus spciques de dveloppement.
14
Chapitre 2
PROBLEME - METHODOLOGIE -
OUTILS
15
2.1 Quel problme (quelles questions) 16
16
2.2 Mthodologie adopte et outils utiliss 17
Par consquent, en shuntant 2 la collecte des donnes terrains en lien direct avec la
base de donnes, nous allons pouvoir raccourcir au maximum le cycle des donnes ; ainsi,
l'aide d'un outil de saisie adapt, la donne sera mise disposition le plus rapidement
possible.
Voici la liste des logiciels employs tout au long de ce projet ainsi que l'environnement
de travail du stage :
bibliothques Javascript : Openlayers, Ext, GeoExt
SIG 7 Desktop 8 : Quantum GIS, GV Sig
base de donnes : PostgreSQL 8.4 (gestion des droits la colonne) / PostGIS 1.5
(export GeoJson 9 )
environnement serveur : Red Hat Entreprise Linux 5
serveur web : Apache 2.2, PHP 5.1
serveur cartographique : MapServer
langages de programmation : HTML, PHP, JS, CSS
outils de conception et de dveloppement : ArgoUML, OpenProj, Win'Design, Net-
Beans, Mozilla Firefox avec ses plugins Firebug et Page Speed, pgAdmin, Note-
pad++, Paint.NET, Inkscape, Vue
Remarque : L'utilisation des solutions logicielles libres est donc prconise ici.
2. court-circuitant
3. mthode d'analyse, de conception et de gestion de projet intgre
4. traduction littrale de l'anglais reverse engineering
5. Modle Logique Relationnel
6. Unied Modeling Language qui se traduit en franais par Langage de Modlisation Uni
7. Systme d'Information Gographique
8. de bureau
9. GEOgraphic JavaScript Object Notation
17
Chapitre 3
SYNTHESE DE LA SOLUTION
APPORTEE
18
3.1 L'ETUDE PREALABLE 19
19
3.1 L'ETUDE PREALABLE 20
Remarque : Dans ces schmas raliss avec le logiciel de dessin Inkscape, les rectangles
sont des tables et les ches des liaisons rfrentielles. De manire gnrale, la couleur
jaune reprsente les mtadonnes , la verte les donnes spatialises, la bleue et la blanche
des donnes (avec des couleurs direntes pour bien montrer le point d'encrage entre les
deux schmas).
Remarque : A noter qu'aucun problme particulier n'apparat sur ce modle qui tourne
trs bien depuis dj plusieurs annes ; il peut s'avrer assez complexe au niveau concep-
tion mais c'est dans un souci de qualit et de performances.
N'ayant que ces MLR comme documents au dpart (et qui apparemment n'taient
pas forcment trs jour), nous sommes plutt partis du modle physique existant pour
dnir un premier modle conceptuel que nous avons fait ensuite voluer, guids par le
20
3.2 L'ETUDE DETAILLEE 21
Remarque : On distinguera aussi l'achage des donnes spatiales des donnes attribu-
taires respectivement sous forme cartographique (carte) et sous forme tabulaire (grille).
1. Cas d'Utilisation
21
3.2 L'ETUDE DETAILLEE 22
22
3.2 L'ETUDE DETAILLEE 23
23
3.2 L'ETUDE DETAILLEE 24
24
3.2 L'ETUDE DETAILLEE 25
Aprs mre rexion, nous avons dcid de simplier et d'optimiser le schma pour
l'adapter au fonctionnement de notre future application ; il s'agit en fait de mettre en
place une table intermdiaire factorisant les attributs de plusieurs tables et ayant la par-
ticularit de contenir un champ de type spatial gnrique. Cela concerne les observations
de faune et de ore de tout type (point, ligne ou polygone) dont les informations spatiales
et attributaires seront par la suite ventiles dans le reste de la base. Cette table joue donc
le rle de tampon entre l'application et la base de donnes en se substituant aux 7 autres
tables qui sont :
ENTITE_SPATIAL_ECOLOGIQUE
POINT_FAUNE
POINT_FLORE
LIGNE_FAUNE
LIGNE_FLORE
PERIMETRE_FAUNE
PERIMETRE_FLORE
Par ce fait, nous pouvons ainsi rendre indpendant notre interface de saisie de la base
connecter ; la ventilation des donnes conue par l'administrateur du systme d'informa-
tion est, elle, assure par le SGBDRS qui procde aux mises jour automatiquement en
temps rel.
Voici, en dtail, les champs composant cette table intermdiaire :
25
3.3 LA REALISATION 26
3.3 LA REALISATION
En ce qui concerne la structuration des sources de l'application, notre choix s'est
port sur le modle de conception MVC 2 dont le but est de sparer le code en trois
couches distinctes :
logique mtier et donnes (Modle)
prsentation (Vue)
traitement (Contrleur)
Voici le modle MVC appliqu notre architecture de dveloppement :
26
3.3 LA REALISATION 27
Remarque : L'intrt du MVC ici est de prvenir d'un ventuel changement de SGB-
DRS (de PostgeSQL/PostGIS en MySQL/MyGIS par exemple) ; dans ce cas-l, seule la
couche logique Modle sera aecte.
Au niveau du design de l'application, nous voulions qu'elle soit quivalente aux ap-
plications bureautiques classiques bien qu'elle soit excute dans un navigateur Web ;
notre choix s'est donc port sur le trs puissant framework Javascript Ext qui, avec
un centre de ressources complet (explications, exemples d'utilisation comprhensibles,
etc...), permet de dployer ce genre d'application appele galement RIA 3 .
En voici le principe :
27
3.4 LA MISE EN UVRE DE LA SOLUTION 28
28
3.4 LA MISE EN UVRE DE LA SOLUTION 29
29
3.4 LA MISE EN UVRE DE LA SOLUTION 30
30
Chapitre 4
CONCLUSION
4.2 Synthse
Dans le cadre de ce projet, nous avons vu que le systme antrieur ne permettait pas
l'alimentation simple et rapide de la base de donnes. En eet, l'administrateur devait
faire une intgration longue et fastidieuse de la donne rcolte sur le terrain mettant
en pril son exploitation au bureau puisque cette dernire ne pouvait tre mobilisable en
gnral que l'anne d'aprs par manque de temps, de ressources ou d'organisation.
Par consquent, le but du stage tait de donner la possibilit chaque utilisateur
de renseigner lui-mme ses observations en temps rel travers une interface quipe de
contrles pralables de saisie an d'interagir de manire directe avec le SGBDRS.
Pour cela, nous avons ajout la base nouvellement restructure une table pour faire
tampon avec l'application. Ainsi, avec cette entit gnrique de plus, nous avons rendu le
systme compltement indpendant du schma. Il a donc fallu revoir toute la procdure
de ventilation en mettant jour les TRIGGERS 1 dj en place an de privilgier
1. se traduit en programmation procdurale par dclencheur (par extension, on parle aussi d'vne-
ment)
31
4.3 Analyse critique 32
4.5 Apports
4.5.1 Pour l'entreprise
32
4.5 Apports 33
Au niveau technique
Durant ces 6 mois, j'ai pu dcouvrir un nouveau type de base de donnes (PostgreSQL)
avec sa cartouche spatiale (PostGIS) qui permet d'apporter l'aspect gographique aux
informations stockes. En dnitive, ce projet m'a donn un bon aperu des technologies
lies au dveloppement d'applications Internet avec le WebMapping (cartographie en
ligne) plus particulirement.
Au niveau professionnel
Ce nouveau passage en entreprise nit de complter une comptence carto acquise
au cours de mes expriences professionnelles antrieures puisque je pense avoir bien fait
le tour de la partie web que je ne matrisais jusqu'alors.
Au niveau personnel
En partie grce ce stage, j'ai pu dcrocher un poste d'ingnieur charg du systme
d'information dans une autre structure l'aide de mon tuteur de stage Mathieu Bossaert,
que je remercie au passage une fois de plus...
33
Chapitre 5
ANNEXES DIVERSES
Table etude
Cette table est ncessaire pour associer les donnes produites ou stockes dans la base
de donnes aux tudes qui les ont mobilises ou qui ont ncessit leur production. C'est
un lment important de description de la donne.
Table etude_concerne_site
Chaque tude peut ainsi porter sur un ou plusieurs sites (de la table site).
Table lot_donnee
Dcrit les lots de donnes produits ou utiliss au CEN.
Table personne
Contient les informations relatives aux personnes ayant par exemple fourni des donnes
au CEN ou ayant produit des donnes dans le cadre d'activits salaries ou de stages.
Table personne_est_auteur_donnee
Cette table permet d'associer chaque ESE 1 un nombre non limit de personnes ayant
contribu la cration de cette donne. La liste de ces personnes est ordonne.
Table personne_realise_etude
Permet de mentionner quels sont les salaris et stagiaires de la structure qui ont particip
aux tudes et quel a t le rle de chacun.
1. Entit Spatiale Ecologique = observation naturaliste
34
5.1 Liste des tables concernes 35
Table protocole
Liste les protocoles utiliss pour la rcolte des donnes stockes dans le SI.
Table site
Permet de dcrire les sites sur lesquels le CEN intervient. La classication est eectue
selon la typologie dnie par le FCEN 2 . Les sites peuvent tre imbriqus.
Champ type_site
Le type de site selon la classication de la FCEN.
Table structure
Cette table stocke les informations sur les structures partenaires du CEN ou ayant produit
des informations stockes ou ayant command des tudes.
Table structure_corealise_etude
Cette table dnit l'ensemble des structures participant la ralisation d'une tude
donne.
Table structure_est_auteur_donnee
Associe la ou les structures auteurs d'une tude donne. La liste de ces structures est
ordonne.
Table biblio_concerne_ese
Associe chaque ESE (ou observation) la bibliographie qui la mentionne.
Table biblio_concerne_site
Associe chaque site les rfrences bibliographiques qui le concerne.
Table entite_spatiale_ecologique
Cette table contient les informations communes toutes les donnes naturalistes stockes
dans cette base de donnes (les tables de points, lignes et polygones relatives la ore
et la faune qui font rfrence cette table). Quand les CIR 3 seront mieux gres dans
l'hritage par PostgreSQL, cette table sera la table parente dont hriteront toutes les
tables lles.
Table point_ore
Stocke les ESE relatives la ore ayant une gomtrie de type ponctuel. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
2. Fdration des Conservatoires d'Espaces Naturels
3. Contraintes d'Intgrit Rfrentielles
35
5.2 Comptes rendus de runion 36
Table ligne_ore
Stocke les ESE relatives la ore ayant une gomtrie de type linaire. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
Table perimetre_ore
Stocke les ESE relatives la ore ayant une gomtrie de type surfacique. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
Table point_faune
Stocke les ESE relatives la faune ayant une gomtrie de type ponctuel. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
Table ligne_faune
Stocke les ESE relatives la faune ayant une gomtrie de type linaire. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
Table perimetre_faune
Stocke les ESE relatives la faune ayant une gomtrie de type surfacique. Cette table
constitue une spcialisation de la table entite_spatiale_ecologique
Un protocole n'est plus dni pour une ESE 4 mais directement pour un lot de don-
nes.
Une structure ne transmet plus une ESE mais peut transmettre ou non un lot de
donnes.
Un site n'est plus rattach plusieurs autres sites mais un seul site parent (si il
existe) qui doit le contenir gographiquement parlant.
Partie SITE
Supprimer la table SITE_EST_DANS_SITE
Ajouter un champ d'association rcursive ID_SITE_PARENT (cl trangre = cl pri-
maire)
Remarque : Site ayant 0-1 parent (relation rcursive)
4. Entit Spatiale Ecologique
36
5.2 Comptes rendus de runion 37
Partie LOT_DONNEE
Rajouter un champ de description dans le sens de la gnalogie
Rajouter la cl trangre ID_STRUCTURE
Rajouter la cl trangre ID_PROTOCOLE
Rajouter un champ RESUME
Rajouter un champ DESCRIPTION_GENEALOGIE
Rajouter un champ ECHELLE_UTILISATION
Rajouter un champ LICENCE
Rajouter un champ LIMITATION_ACCES_PUBLIC
Rajouter un champ FREQUENCE_RELEVES
Rajouter un champ QUALITE_THEMATIQUE
Modier le type de champ LICENCE en numr
Modier le type de champ LIMITATION_ACCES_PUBLIC en boolen qu'il faut rem-
placer par du texte signicatif lors de l'export XML pour la directive INSPIRE
Supprimer FREQUENCE_RELEVES car elle est calcule dynamiquement lors de l'ex-
port XML pour la directive INSPIRE
Partie ETUDE
Rajouter un champ de description
Rajouter un lien vers le rapport nal
Modier le nom et le type de champ ANNEE_DEBUT integer en DATE_DEBUT date
non null
Modier le nom et le type de champ ANNEE_FIN integer en DATE_FIN date
Partie PROTOCOLE
Rajouter un champ rsum
Supprimer la cl trangre ID_PROTOCOLE de ENTITE_SPATIALE_ECOLOGIQUE
Ajouter un champ URL_FICHIER contenant le chemin rseau
Partie STRUCTURE
Supprimer la table structure_a_transmis_ese
Partie SITE
Saisie graphique 1 version :
reprsentation gographique de type polygone simple
dessin sans contrle de chevauchement
A voir plus tard si possibilit d'amlioration par des contraintes topographiques
Partie ETUDE
Annes : dates
Contrle de saisie de type calendrier
37
5.3 Design de l'application 38
Partie PROTOCOLE
Importation de donnes limite, pour l'instant, au seul type gomtrique Point Peut-
tre terme pour les lignes et les polygones dans le cadre de cartographie d'habitation
notamment
Contraintes vrier sur les donnes du lot : le mme type de gomtrie pour chacune
Choix de la rfrence bibliographique grce des listes droulantes interdpendantes
Dnition des critres de ltre
URL_FICHIER : chemin du chier sur le rseau
Bote de dialogue de type explorateur de chiers
Partie LOT_DONNEE
Etude , Protocole et Structure transmettrice obligatoires avec le CEN comme
valeur pas dfaut pour la structure qui a transmis le lot de donnes
Listes droulantes
ECHELLE_UTILISATION : souci d'homognisation des donnes en pouvant choisir
d'aprs les valeurs dj existantes dans la base
Liste dynamique incrmentale avec contrle de saisie semi-automatique
LICENCE : numrations rcuprer par un ordre SQL
Liste exhaustive
LIMITATION_ACCES_PUBLIC : simple boolen interfacer
Case cocher
38
5.3 Design de l'application 39
39
5.3 Design de l'application 40
40
5.3 Design de l'application 41
41