Biorremediacin

Parte 1: procesos

Leonardo Erijman
Conceptos y Tcnicas de Biotecnologa
2do cuatrimestre 2013 1
 El problema de la contaminacin

Creciente presencia de sustancias txicas, tales

como como compuestos alifCcos halogenados,
hidrocarburos aromCcos, bifenilos policlorados y
otros compuestos orgnicos e inorgnicos que
contaminan agua, aire y suelo

Algunas sustancias llegan al ambiente en bajas

concentraciones, pero son sujetas a
bioacumulacin o biomagnicacin durante su
paso por la cadena alimentaria

2
 Que hacer?
IdenCcar el problema

Establecer la naturaleza y el grado del riesgo

Decidir la mejor accin de remediacin

Ventajas de la biorremediacin
Menor costo que otras alternaCva
Costo de incineracin para todos los siCos en EEUU: $1.7.1012
Se trata en general de una solucin permanente
Muchas veces se logra mineralizacin en lugar de transferencia
entre fases
3
 Anlisis previos

Un requisito previo en cualquier estrategia de remediacin es la

caracterizacin del siCo, respecto a los factores que puedan afectar
el proceso

La biorremediacin es un procedimiento con rigor cienUco, que
debe ser ajustado especcamente para cada condicin parCcular,
para minimizar las limitaciones cinCcas y ambientales.

Por lo tanto, los costos iniciales para caracterizacin del siCo,
evaluacin de facCbilidad pueden ser mayores a los costos asociados
con tecnologas ms convencionales

4
 Procesos celulares

sustrato transformacin
Compuesto qumico
Compuesto modificado
(contaminante)
pero no completamente
CELULA
eliminado
aceptor de Sistemas
electrones enzimticos

Oxgeno
Nitrato mineralizacin
Sulfato
hierro (III) nutrientes Contaminante destrudo
otros formacin de CO2 + H2O
Nitrgeno
fsforo
metales (trazas)
5
 Reacciones catalizadas por
microorganismos
Deshalogenacin: un tomo de cloro es remplazad por un tomo de
hidrgeno Cl2C = CHCl + H+ ClHC = CHCl + Cl-
Hidrlisis: ruptura de una molcula orgnica con adicin de agua
RCOOR + H2O RCOOH + ROH
Clivaje: Divisin de una cadena orgnica en dos segmentos
RCOOH RH + CO2
Oxidacin: Reaccin con formas nucleoflicas de oxgeno (H2O, OH-)
CH3CHCl2 + H2O CH3CCl2OH + 2H+ + 2e-
Reduccin: Reaccin con formas electroflicas de hidrgeno (H+)
CCl4 + H+ + 2e- CHCl3 + Cl-
Deshidrohalogenacin
CCl3CH3 CCl2CH2 + HCl 6
 Vas
catablicas

http://umbbd.msi.umn.edu/index.html
Microbial biocatalytic reactions and
biodegradation pathways
188 pathways
1293 reacciones
1199 compuestos
833 enzimas
467 microorganismos
50 grupos funcionales orgnicos

7
 MlDples vas
catablicas
Diversidad en la
biodegradacin de
tolueno

8
 Diagrama de biorremediacin

Bioremediation

in situ ex situ

Engineered Intrinisic Landfarming Bioreactor

Biostimulation Bioaugmentation

Adding Oxygen Adding Oxygen Adding Oxygen,

-Bioventing and Nutrients Nutrients and Bacteria
-Biosparging

9
Zona no saturada y agua subterrnea

10
Factores que afectan el transporte de agua y
nutrientes en la subsupercie

grava arena arcilla

Permeabilidad
CanCdad de espacio libre Facilidad con que los udos se
(poro) por volumen de material mueven a travs del material.
Indica el volumen de reserva en Es funcin del tamao de poro
11
funcin del tamao y textura
 Distribucin del contaminante
CaractersCcas que determinan la
parCcin en la subsupercie y en
consecuencia en que grado va a ser
aplicable la biorremediacin:
1. Solubilidad
2. Adsorcin
3. VolaClidad
4. NAPL

NAPL: Non Aqueous Phase Liquids. Son

contaminantes lquidos insolubles en agua

12
Moa HV 2002. Advances in Environmental Research 6, 577593
Procesos que afectan la disponibilidad de
materia orgnica en suelos

13
Andreoni & Gianfreda, Appl Microbiol Biotechnol (2007) 76:28730
 Caracterizacin de los aceptores de
electrones

En acuferos, suelos y
sedimentos predominan
condiciones anxicas

14
Biorremediacin in situ:
1. BiovenDng Inyeccin forzada de aire para
aumentar la concentracin de
oxgeno y esCmular la
comunidad microbiana
autctona

15
 Biorremediacin in situ:
Ventajas 1. BiovenDng

Equipamiento simple
Mnima perturbacin del siCo. Puede usarse en reas inaccesibles
(debajo de edicios)
Tratamiento corto (6 meses a 2 aos) bajo condiciones pCmas
Costo compeCCvo ($50-150/ton)
CompaCble con otras tecnologas (air sparging)
No requiere costosos tratamiento de gases

Desventajas

Altas concentraciones de contaminantes puede ser txicas para los
microorganismos
No aplicable a suelos de baja permeabilidad, con alto contenido de
arcilla
No siempre se obCene muy alto estandar de remediacin 16
Biorremediacin in situ:
1. BiovenDng
Proceso de airear suelos para
esCmular acCvidad biolgica in situ y
promover biorremediacin en la
zona no saturada

17
La permeabilidad del suelo es crDca

18
Biorremediacin in situ:
2. Biosparging Proceso de airear
suelos para esCmular
acCvidad biolgica in
situ y promover
biorremediacin en la
zona saturada

19
 Biorremediacin in situ:
2. Biosparging
Ventajas:
Equipamiento simple
Mnima pertutbacin del siCo
Tratamiento corto (6 meses a 2 aos)
Costo compeCCvo
Aumenta la efecCvidad del air-sparging aumentando el rango de
hidrocarburos tratados
No requiere transporte, almacenamiento o descargas en acufero
Baja inyeccin de aire minimiza la necesidad de captura y tratamiento de
vapores

Desventajas
Limitado a acuferos no connados
Algunas interacciones entre procesos qumicos, isicos y biolgicos no son
comprendidos adecuadamente
Falta de ensayos de laboratorio para establecer parmetros de diseo
Posibilidad de inducir la migracin de consCtuyentes 20
 Complementacin con tcnicas Tsicas y
qumicas

SVE: Soil vapor extracCon

 Pump and treat (acuferos)

Pozo de Pozo de
inyeccin Nutrientes + Agua a recuperacin
Oxgeno tratar

pluma contaminada

22
 Biorremediacin ex situ

1. Suelos (sedimentos) contaminados con altos niveles

de contaminantes recalcitrantes
2. Suelos arcillosos con baja permeabilidad
3. SiCos contaminados concondiciones ambientales no
favorecen procesos biolgicos
4. SiCos donde no es posible el agregado de organismos
(debido a moCvos regulatorios)
 Biorremediacin ex situ:
1. Landfarming

Disposicin del suelo contaminado en capas 1. Impermeabilizacin

lineales y laboreo peridico para favorecer
la aireacin
2. Excavado

3. Remocin de piedras

4. Aplicacin (<1.5m)

5. FerClizacin

6. Arado (oxigenacin)
24
 Biorremediacin ex situ:
1. Landfarming

25
hap://www.epa.gov/oust/cat/LANDFARM.HTM
Biorremediacin ex situ:
1. Landfarming
 Biorremediacin ex situ:
1. Landfarming

hap://www.opds.gba.gov.ar/index.php/leyes/ver/148
 Bioremediacin ex situ:
1. Landfarming
Ventajas
Simple para disear y operar
Tiempos de tratamiento relaCvamente cortos (6-24 m)

Desventajas
Requerimiento de grandes reas
Liberacin de compuestos volCles
Necesidad de impermeabilizacin
Vulnerabilidad a metales pesados
Degradacin incompleta 28
 Bioremediacin ex situ:
2. Soil piling

Mezcla de suelo contaminados (evtl con enmienda orgnica) y

connamiento en pilas estCcas someCdos a aireacin
Se colectan los gases y el lixiviado para su tratamiento.
Bioremediacin ex situ:
2. Soil piling

30
 Bioremediacin ex situ:
2. Soil piling
Ventajas
RelaCvamente simple para disear y operar
Tiempos de tratamiento relaCvamente cortos (6-24 m)
La biodegradacin es efecCva para un amplio rango de
contaminantes

Desventajas
Requerimiento de grandes reas (menos que landfarming)
Vulnerabilidad a metales pesados
Los suelos con baja permeabilidad son diciles de airear
31
 Biorremediacin ex situ:
3. Compostaje

Agregado de mat. voluminoso 30%

Agregado de nutrientes

Agregado de materia orgnica

Temp: 55 oC
Ancho: 3-4 m
Grande para retener el calor
Altura : 1-1.5 m (minimo) Lmite para obtener buena oxigenacin
Aireacin : mezcla (1/d - 1/mes)
Humedad: 40-60% Buena acCvidad vs buena oxigenacin
32
Biorremediacin ex situ:
3. Compostaje

Fase latente (Temp ambiente)

colonizacin y aclimatacin)
Fase crecimiento (20C-40C)
altas tasas de respiracin, aumento
de temperatura
Fase termoTlica (40C-60C)
se alcanza el pico de temperatura
Fase mesoTlica (40C-temp amb)
Segunda fase mesoilica (ms lenta).
Transformacin de materia orgnica
en compuestos hmicos, nitricacin
 Biorremediacin ex situ:
3. Compostaje

Necesita tratamiento del lixiviado

Vulnerable a metales pesados

Posible produccin de olores

RelaCvamente grandes necesidades de espacio

Operacin y monitoreo conCnuo

34
 Biorremediacin ex situ:
4. Bioreactor (slurry phase)

Vapor
Suelo contaminado Agitador

Lquido Control de
contaminado temperatura

Nutrientes
Salida de lquido
Suelo a secar

Entrada de aire

35
 Bioremediacin ex situ:
4. Bioreactor (slurry phase)

Ventajas
RelaCvamente rpido (semanas a 6 meses)
Tcnicamente simple y efecCvo
Mayor control de variables operaCvas (pH, temperatura,
oxgeno, nutrientes, etc)
Desventajas
Vulnerabilidad a metales pesados
La deshidratacin del slido tratado puede ser dicil
Se debe disponer el agua no reciclada
Alto costo 36
 Comparacin de tcnicas in situ y ex situ

In situ Ex situ

Alteracin de estructura del suelo NO SI

Costos BAJOS ALTOS

Tiempo de ejecucin ALTO BAJO

Uniformidad de tratamiento DUDOSA SI

Vericacin de su ecacia DIFCIL FCIL
 Fitorremediacin

El uso de plantas para extraer, secuestrar o detoxicar

contaminantes

Elementales Orgnicos
Metales pesados, radionucleidos PAH, halogenados, nitroaromCcos
i) Extraccin y traslocacin a
tejidos vegetales
iii) Secuestro en races
iv) Conversin en especies
menos txicas

38
 Fitoextraccin
Absorcin de contaminantes (inorgnicos o radioacCvos) por la
plantas y traslocacin / acumulacin en raz, tallo y/o hojas

Plantas hiperacumuladoras: > 1000 mg contaminante / kg suelo.

(algunas se usan con nes extrac<vos, minera (Ni, Cu))
 Limitaciones de la toremediacin

i) El Cempo necesario para obtener efectos aceptables

iii) La profundidad limitada de las races

iv) El crecimiento lento de las plantas

v) La sensibilidad a algunos contaminantes

vi) El problema de ser parte de la cadena alimentaria

vii) La dependencia del cambio en las condiciones climCcas

40
La rizosfera controla la degradacin de los
contaminantes orgnicos

41
Rizorremediacin: contribucin de microorganismos
en la rizosfera a la degradacin de contaminantes
Criterios de seleccin (degradacin de naftaleno)
1.Capacidad de crecer rpidamente en un medio
simple
2.Capacidad estable de degradar naftaleno
3.Capacidad de colonizar eficientemente la raz

42
Kuiper et al.2001 MPMI 14, 1197-1205
 Cul es el efecto de los exudados sobre la
acDvidad?

% desap (12d) 68 68
43
Cebron et al., 2011 Environmental Microbiology 13, 722736
Cul es el efecto de los exudados sobre la
acDvidad?

Pseudoxanthomonas spp. + Microbacterium

El agregado de exudado favorece el aumento la
diversidad de la poblacin de degradadoras y el
aumento del nmero de bacterias conteniendo
genes de la dioxigenasa PAH-RHD
Los exudados modican las poblaciones de
bacterias degradadoras de nawaleno.
Arthrobacter spp. + Pseudomonas stutzeri +
Pseudoxanthomonas mexicana + Bacillus spp. +
Paenibacillus
44
Cebron et al., 2011 Environmental Microbiology 13, 722736
 Cul es el efecto de los exudados sobre la
acDvidad?
Los exudados modican las poblaciones de
bacterias degradadoras de nawaleno. Dos ensambles
diferentes pueden tener eciencias de degradacin
similares.

Cebron et al., 2011 Environmental Microbiology 13, 722736

 Fitorremediacin
VENTAJAS
- Bajo costo
- Preserva la estructura y ferClidad del suelo
- Evita la dispersin de contaminantes.
- EfecCva para contaminantes inorgnicos
- Aceptacin social (ecolgica)

DESVENTAJAS
- Lenta (aos)
- Baja produccin de biomasa baja (densidad y longitud
raz)
- Contaminacin elevada = toxicidad de la planta.
- Riesgo de propagacin a/t de la cadena trca
- Condiciones climCcas adversas
 Distribucin de tecnologas de
remediacin de suelos y acuferos
Un cuarto de los proyectos
de remediacin se realizan
por biorremediacin in situ

47
Fuente: Pandey et al., FEMS Microbiol Rev 33 (2009) 324375
 Biorremediacin in situ:
Atenuacin natural

Tecnologa relaCvamente simple

Puede ser llevada a cabo con mnima disrupcin del siCo

Suele requerir Cempos ms prolongados que otros mtodos

Requiere un programa de monitoreo de larga duracin

La duracin afecta el costo

Si las velocidades de atenuacin son muy lentas la pluma los

contaminantes pueden migrar

48
 Caracterizacin de las comunidades
microbianas autctonas

Como parte de la caracterizacin del siCo para determinar

la estrategia de remediacin apropiada

Como parte del monitoreo del progreso y la efecCvidad del

proceso de remediacin

49
 BioesDmulacin o Bioaumentacin?

1) Aislamiento
2) Caracterizacin
3) OpCmizacin para degradar en ambientes naturales

BS: bioesCmulacin !
BA: bioaumentacin
Bioremediacin: por qu los resultados de
laboratorio Denen poco uso prcDco?

51
 Bioaumentacin

Frecuentemente ferClizantes The reservoir contains up to a 30-day

(caros) para microorganismos ya supply of Bacta-Pur beneficial
biotechnologies and nutrients. The
existentes. nutrients have been specially developed
Pocas veces se analiza el resultado to allow rapid growth and to optimize
nitrifier production. A dosing pump
de la adicin separada de transfers precise quantities of bacterial/
nutrient mixture to the bioreactor.
nutrientes (cf bioesCmulacin)

52
 Ingeniera
El cuello dge
enDca
botella peara
n la
la bbiodegradacin
iodegradacin ndo e
est necesariamente
clorotolueno en la enzimologa
CH3 CH2OH
Cl Cl TOD dioxigenasa (de Pseudomonas pu<da F1)
todC1C2BA

CH2OH CHO COOH

Cl Cl Cl TOL (pWW0 de P. pu<da mt-2)
xylB xylC

OH
Cl OH
COOH
va orto cromosomal JB2
Cl TCA
en el husped PA142 OH
OH

Integracin estable
Funcional en la conversin de 2-Cl tolueno en 2 Cl benzoato
No crecen utilizando 2-Cl tolueno

53
Haro & de Lorenzo 2001 Journal of Biotechnology 85, 103-113
Uso de microarrays para evaluar los
patrones de expresin en P. pu,da

54
Respuesta funcional de P. pu,da KT2440 a
tolueno, o-xyleno y 3-MB

3 MB: 3-meCl benzoato: sustrato

o-xyleno: anlogo no digerible

Sensor temprano de
toxicidad de aromCcos

55
Domnguez-Cuevas P et al. J. Biol. Chem. 2006; 281:11981-11991
Los contaminantes son tomados como fuentes
de stress, ms que de nutrientes

La maquinaria
transcripcional es
Consecuencia reasignada a tolerar stress
En ambientes heterogneos
los microorganismos migran
hacia regiones con menores
Slo una pequea fraccin
concentraciones de se redirige a la
contaminantes degradacin del
compuesto orgnico

56
Domnguez-Cuevas P et al. J. Biol. Chem. 2006; 281:11981-11991
 Limitaciones a la funcionalidad de un
inoculante

Baja concentracin del contaminante

Incluye problemas de baja solubilidad o baja biodisponibilidad
Presencia de compuestos inhibitorios
Depredacin
Reduccin de poblaciones acCvas

Preferencia por otras fuentes de carbono

Incapacidad de dispersin
El microoganismo no llega al contaminante

57
 Limitaciones siolgicas y regulatorias a la
biorremediacin

Falta de induccin del opern catablico

Falta de reconocimiento del efector regulatorio
Falta de reconocimiento del sustrato
Enzimas catablicas en la bacteria

Stress celular
Por el mismo contaminante o el ambiente

Caos metablico por mlCples contaminantes

Generacin de intermediarios txicos o vas muertas
Balance termodinmico del proceso de degradacin
Potencial redox y disponibilidad de aceptor de electrones
58
Procesos de biorremediacin

59
Caracterizacin de las comunidades
microbianas autctonas
 Potencial de bioremediacin

Se degrada el contaminante en el laboratorio?

SI NO

No es posible
EsCmacin de la tasa de la
degradacin
eliminacin ( o inmovilizacin)

Aislamiento en culCvo

61
 Potencial de bioremediacin
Alguna bacteria presente Cene los genes necesarios?
(probes para DNA) FGA, Real Cme PCR

SI NO

Se expresan los genes catablicos? Bsqueda de nuevas acCvidades

(probes para mRNA) FGA, Real Cme PCR CulCvo, Metagenmica
SI
NO

Estn acCvas las enzimas?

(probes de acCvidad enzimCca) No hay
degradacin
SI NO

Manipulaciones
No hay
iterativas
degradacin
degradacin

62
 Monitoreo de bioremediacin

Estudio de tratabilidad: toma de decisiones

Estrategia de tratamiento: atenuacin natural, bioesCmulacin, bioaumentacin

BIOREMEDIACION

Monitoreo

Estructura y dinmica Funcin Concentracin del

de la comunidad de la comunidad contaminante y/o
FingerprinCng, POAs, Metatranscriptomics transformacin?
CGAs, Real Cme PCR Metaproteomics Biosensores
Metabolomics

SI
63
 Tiempos de biorremediacin

La remediacin in situ depende de la

extensin, profundidad y concentracin de la
contaminacin. Vara entre 1-6 aos

La remediacin ex situ utilizada para

contaminantes fcilmente biodegradables o
cuando se usan bioreactores puede llevar
slo 1-7 meses

64
 Temas importantes en biorremediacin

Aspectos regulatorios y reportes independientes

de estudios controlados
Bioremediacin de compuestos recalcitrantes en
ambientes complejos
Predicciones basadas en modelos cinticos
tradicionales no funcionan
Cmo saber que est funcionando?
Cun limpio es limpio?
65
 BibliograTa
Khan et al., 2004. An overview and analysis of site remediaCon
technologies J Environ Manage 71: 95122
Paliwal et al., 2012. Integrated PerspecCve for EecCve
BioremediaCon Appl Biochem Biotechnol 166: 903924
Ramos et al., 2011 Laboratory research aimed at closing the gaps in
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Juwarkar et al., 2010. A comprehensive overview of elements in
bioremediaCon Rev Environ Sci Biotechnol 9: 215288
Singer et al., 2005. PerspecCves and vision for strain selecCon in
bioaugmentaCon Trends Biotechnol 23: 74-77