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Resumen
Dioscorea trifida sachapapa es una de las especies promisorias amaznicas que podemos considerarla
hurfana de la ciencia, por las escasas investigaciones que hay sobre esta especie. El objetivo de esta
investigacin fue determinar la diversidad gentica intra e interpoblacional de D. trifida de cinco cuencas
hidrogrficas de la amazona peruana. Las hojas fueron colectadas de una coleccin de germoplasma y
purific el ADN con mtodos estndares. El polimorfismo gentico se evalu con la tcnica RAPD y los
parmetros de gentica poblacional fueron estimados con el programa POPGENE. Los anlisis
espectrofotomtrico (A260/A280=1,70,1) y electrofortico (bandas de ADN ntegras) mostraron que el ADN
purificado fue de alta calidad. Asimismo, la cantidad obtenida fue apropiada para estudios de diversidad
gentica (rendimiento promedio = 582248 g ADN/mg hojas). La diversidad gentica intrapoblacional ms
alta se encontr en la cuenca del Itaya (h = 0,240,11) y la ms baja en la cuenca del Maran (h =
0,100,04). Adicionalmente, la diversidad gentica interpoblacional ms alta se registr entre las
poblaciones de Itaya vs Ucayali (GST = 1,00), mientras que la ms baja entre las poblaciones de Nanay vs
Tapiche (GST = 0,07). En conclusin, D. trifida muestra variacin en su diversidad gentica intra e
interpoblacional en las cinco cuencas hidrogrficas de la amazona peruana, siendo la cuenca del Itaya la
que presenta mayor diversidad gentica intrapoblacional y las poblaciones de Itaya vs Ucayali las que
presentan mayor diversidad gentica interpoblacional, que en parte se atribuyen al flujo de genes diferencial
entre las poblaciones analizadas.
Abstract
Dioscorea trifida "sachapapa" is a promising Amazonian species that we consider an orphan of science,
because there is limited research on this species. The objective of this research was to determine the intra
and interpopulational genetic diversity of D. trifida from five river basins of the Peruvian Amazon. Leaves
were collected from a germplasm collection and DNA was purified with a standardized methods. The genetic
polymorphism was assessed by RAPD technique and population genetics parameters estimated with
POPGENE software. Spectrophotometric (A260/A280 = 1.7 0.1) and electrophoretic analysis (intact DNA
bands) showed the high quality of purified DNA. Likewise, the amount obtained was suitable for studies of
genetic diversity (average yield = 582248 g DNA/mg leaves). High intragenetic population diversity was
found in Itaya basin (h = 0.24 0.11), and lowest in Maraon basin (h = 0.10 0.04). Additionaly, the
Itaya vs Ucayali populations showed high intergenetic population diversity (GST = 1.00), while Nanay vs
Tapiche populations showed the lowest value (GST = 0.07). In conclusion, D. trifida shows variation in intra
and inter-population genetic diversity in five river basins in the Peruvian Amazon, being Itaya basin which
has high intragenetic diversity, and Itaya vs Ucayali populations showed high interpopulation genetic
diversity, which in part is attributed to differential gene flow among analyzed populations.
gentica interpoblacional (Figura 3). Siendo la que los pares de poblaciones que tuvieron
tendencia general que a mayor flujo de genes mayores identidades genticas ( 0,90)
entre las poblaciones (por ejemplo entre fueron las de Ucayali vs Tapiche, Nanay vs
Nanay y Tapiche el Nm = 6,31) hay menor Ucayali, Nanay vs Maran y Nanay vs
diversidad gentica entre ellas (entre Nanay y Tapiche. Consecuentemente, estos pares de
Tapiche el GST=0,07) y viceversa, es decir, a poblaciones presentaron menores distancias
menor flujo gentico (por ejemplo entre Itaya genticas ( 0,13). En contraste, los otros
y Ucayali el Nm = 0,0) se observ mayor pares de poblaciones exhibieron menores
diversidad gentica entre las poblaciones identidades genticas ( 0,62 y 0,88) y por
(entre Itaya y Ucayali el GST=1,0). tanto, mayores distancias genticas ( 0,17 y
0,48).
Sin embargo, al evaluar si la distancia
geogrfica influye en la diversidad gentica Relaciones filogenticas entre las
interpoblacional y el flujo de genes, no se poblaciones
Las poblaciones de D. trifida muestran, en
encontr una relacin clara (Figura 4).
base a los marcadores RAPD, un grupo
Aunque, se observa un ligero aumento de la (cluster) que incluye a poblaciones de la
diversidad gentica entre los pares de mayora de las cuencas hidrogrficas, es decir,
poblaciones cuando es mayor la distancia del Maran, Nanay, Tapiche y Ucayali (Figura
geogrfica entre ellas (Figura 4A). Esta 5). Dentro de este cluster las poblaciones de
tendencia no fue evidente con el flujo de Nanay y Tapiche son las que revelaron menor
genes entre las poblaciones y la distancia distancia gentica, en consecuencia, mayor
identidad gentica. Mientras que, entre las
geogrfica (Figura 4B).
poblaciones de Maran y Ucayali hubo mayor
Identidad y distancia gentica entre las distancia gentica. Adems, es evidente que
poblaciones la poblacin de Itaya es la que present
Estos parmetros de gentica poblacional mayores distancias genticas con las
tambin mostraron diferencias entre los pares poblaciones de las otras cuencas
de poblaciones evaluados (Tabla 3). Es as, hidrogrficas.
Tabla 2. Diversidad gentica interpoblacional (GST) encontrada con marcadores RAPD entre pares de
poblaciones de D. trifida de las cinco cuencas hidrogrficas de la amazona peruana.
Tabla 3. Identidad (diagonal superior derecha) y distancia gentica (Diagonal inferior izquierda) de Nei
(1973) entre pares de poblaciones de D. trifida de las cinco cuencas hidrogrficas.
6557 pb
2322 pb
Figura 1. Electroforesis del ADN genmico purificado a partir de hojas de seis plantas de D. trifida. 1-6 :
muestras, M : marcador de peso molecular (Lambda DNA/Hind III).
0,3
Heterocigosidad
0,2
0,1
0,0 Itaya
Nanay Ucayali Tapiche Maran
Cuencas Hidrogrficas
Figura 2. Diversidad gentica intrapoblacional encontrada con marcadores RAPD en poblaciones de D.
trifida de cinco cuencas hidrogrficas de la amazona peruana.
1,0
interpoblacional (GST)
Diversidad gentica
0,5
0,0
2,0 4,0 6,0
Flujo de genes (Nm)
Figura 3. Relacin entre la diversidad gentica interpoblacional y el flujo de genes entre los pares de
poblaciones de D. trifida de las cuencas hidrogrficas de Itaya, Nanay, Ucayali, Tapiche y Maran.
1,0
A Flujo de genes (Nm)
interpoblacional (GST)
Diversidad gentica
0,5
0,0
B
Fljo de Genes (Nm)
6,0
4,0
2,0
0,0
100 200 300
Distancia geogrfica (km)
Figura 4. Relacin entre la diversidad gentica interpoblacional (A) y el flujo de genes (B) con la distancia
geogrfica entre los pares de poblaciones de D. trifida de las cuencas hidrogrficas de Itaya, Nanay, Ucayali,
Tapiche y Maran.
Maran
Nanay
Tapiche
Ucayali
Itaya
Figura 5. Dendrograma que muestra las relaciones filogenticas en base a las distancias genticas entre las
poblaciones de D. trifida de las cinco cuencas hidrogrficas de la amazona peruana.