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1er c u a t r i m e s t r e
III: ENZIMAS
Tema 7.- Concepto, clasificacin y nomenclatura de las enzimas.
Tema 8.- Mecanismo de la catlisis enzimtica.
Tema 9.- Factores que modifican la actividad enzimtica.
Tema 10.- Control de la actividad enzimtica.
Tema 11.- Vitaminas hidrosolubles y coenzimas derivados.
Niveles de organizacin:
molecular subcelular celular tisular orgnico sistema de rganos organismo
BIOQUMICA
La bioqumica es una ciencia que ha nacido a partir de otras, como la fsica, biofsica,
qumica, matemticas, fisiologa, patologa, microbiologa, zoologa, botnica A partir de
la bioqumica tambin han surgido nuevas ciencias, como la biotecnologa y la biologa
molecular, esta ltima estudia la estructura y propiedades de polmeros celulares (ADN,
protenas), y procede adems de la qumica orgnica y de la gentica.
Historia:
La protobioqumica ocup el lugar de la bioqumica hasta el siglo XIX, estudiaba
las enzimas y los aminocidos. Pasteur y Bernard realizaron grandes aportaciones a
la bioqumica.
En 1877, se publica la primera revista de qumica fisiolgica, ciencia que acabara
llamndose bioqumica.
En 1911 ocurre la fundacin de la Real Asociacin Bioqumica de Londres
(Biochemical Society). Surgen tambin otras sociedades internacionales de
bioqumica: JUB, FEBS (Federation of European Biochemical Societies), SEBBM
(Sociedad Espaola de Bioqumica y Biologa Molecular).
En 1949 se separa la fisiologa de la bioqumica.
Biomolculas
De los 111 tomos conocidos, slo encontramos 27 elementos qumicos diferentes en los
seres vivos, y de ellos slo 4 (C, H, O, N) son cuantitativamente importantes.
Relativamente importantes son: Na, K, Mg, Ca, S, Cl, P. Poco importantes son Fe y Co
(solo trazas).
En realidad, todas las clulas vivas contienen aproximadamente las mismas proporciones de
las clases principales de biomolculas. As la porcin viva de todos los tipos de clulas
posee casi la misma composicin molecular.
70 % H2O
Clula tpica
30 % Residuo seco 50 % Protenas
50 % Lpidos, cidos nucleicos,
glcidos y minerales
Los tipos principales de biomolculas ejercen idnticas funciones en todas las especies de
clulas.
Los cidos nucleicos actan universalmente almacenando y transmitiendo la
informacin gentica.
Las protenas son los productos directos y los efectores de la accin de los genes.
Algunas protenas poseen actividad cataltica especfica y actan como enzimas;
otras desempean el papel de elementos estructurales. Las protenas son las ms
verstiles de todas las biomolculas.
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Bioqumica - Tema 1
Las biomolculas primordiales (3040 en la clula) son aquellas de las que derivan todas
las dems. Por ejemplo: en la clula hay 20 aminocidos esenciales, de los que derivan 150
molculas con estructura de aminocido. A partir de la glucosa se forman 50 molculas
diferentes.
Puesto que las macromolculas de todos los organismos estn constituidas slo por
relativamente pocas y simples molculas-sillar, se ha sugerido que las primeras clulas que
surgieron sobre la tierra, pudieron haberse construido a partir nicamente de dos o tres
docenas de molculas orgnicas diferentes. Este conjunto de biomolculas primordiales
puede haber incluido 20 aminocidos, 5 bases nitrogenadas y 1 ms cidos grasos, 2
azcares... En definitiva, este conjunto de biomolculas primordiales puede ser considerado
como el antecesor de todas las dems biomolculas.
El agua
El agua constituye el 70 % del peso de una clula corriente (exceptuando el adipocito). Esta
cantidad debe mantenerse constante, si el porcentaje cae en un 10 % hay enfermedades por
deshidratacin, y si se pierde el 20 % de agua se produce la muerte del organismo.
Hay mayores niveles de agua en tejidos jvenes que en tejidos viejos. En tejidos
activos metablicamente tambin hay ms cantidad de agua que en tejidos inactivos.
Las potentes fuerzas intermoleculares en el agua lquida estn originadas por la distribucin
especfica de los electrones en la molcula de agua. El tomo de oxgeno comparte un par
de electrones con cada uno de los tomos de hidrgeno, por superposicin de los orbitales
1s de los tomos de hidrgeno con los orbitales hbridos sp3 del tomo de oxgeno.
Configuracin electrnica:
O: 1 s2, 2 s2, px2, py1, pz1 4 orbitales hbridos sp3
H: 1 s1
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Alberto Fonte Polo
Los enlaces de hidrgeno son relativamente dbiles comparados con los enlaces covalentes.
Se calcula que los enlaces de hidrgeno en el agua lquida poseen solamente una energa de
enlace de unas 4,5 kcal/mol.
En el hielo cada molcula de agua se halla unida mediante enlaces de hidrgeno a las cuatro
molculas de agua ms prximas, constituyendo una red regular.
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Bioqumica - Tema 1
Alto calor latente de vaporizacin (calor necesario para pasar de lquido a gas):
gracias a esta propiedad, la temperatura corporal puede ser menor a la temperatura
externa. La piel y los pulmones pueden eliminar exceso de calor.
Alto calor especfico: son las caloras necesarias para aumentar en 1 grado de
temperatura una masa de agua de 1 gramo. El agua y el amonaco son las molculas
de mayor calor especfico. Gracias a esta propiedad se evita que haya fluctuaciones
grandes de temperatura, estabilizando la temperatura del organismo.
Alta densidad: la estructura del agua hace que su densidad sea mayor de lo
esperado.
Gran disolvente: el agua es un disolvente mucho mejor que la mayor parte de los
lquidos corrientes. Muchas sales cristalizadas y otros compuestos inicos se
disuelven con facilidad en el agua, mientras son casi insolubles en los lquidos no
polares, tales como el cloroformo o el benceno. Puesto que la red cristalina de las
sales, por ejemplo el cloruro sdico, se mantiene unida mediante fuertes atracciones
electrostticas entre iones positivos e iones negativos alternantes, se necesita de una
energa considerable para separar a estos iones unos de otros. El agua disuelve el
cloruro sdico cristalizado gracias a las fuertes atracciones electrostticas entre los
dipolos del agua y los iones Na+ y Cl. El NaCl es por tanto un electrolito.
Polar
Apolar
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Alberto Fonte Polo
Disoluciones de electrolitos
Actividad = f concentracin
AB A + B+
BC B+ + C
AB A + B+
CD C+ + D
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Bioqumica - Tema 1
Soluciones tampn y pH
Es una solucin constituida por un cido dbil y una sal (tambin llamada base conjugada
fuerte) con un in comn. Sirven para amortiguar el pH de una disolucin.
cido dbil: AH A + H+
Base conjugada fuerte: BA A + B+
Ka (cte. de disociacin) =
A H
log K a pK a El pKa es el pH en el
AH que la mitad del
Despejando [H+]: cido est disociado.
AH cido
H+ = Ka
A sal / base conjugada
y tomando el logaritmo negativo de ambos miembros:
log H log K a log
AH
log H log K a log
[A ]
[A ] [AH]
Sustituyendo log [H+] por pH y log Ka por pKa obtenemos la ecuacin de Henderson
Hasselbalch:
A
pH = pKa + log
AH
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Alberto Fonte Polo
El pH sanguneo
Si fallasen los mecanismos reguladores del pH, el organismo podra sufrir enfermedades:
pH = 7,4 7,9; alcalosis.
pH = 7,0 7,4; acidosis.
Los tampones fisiolgicos estn compuestos por electrolitos dbiles, y pueden tener lugar a
dos niveles: intracelular, como el tampn fosfato, Glucosa6P, ATP o extracelular,
como el tampn bicarbonato, albminas Tambin hay que tener en cuenta el tampn
hemoglobina reducida: tampn oxihemoglobinato.
Tampn fosfato:
H3PO4 H2PO4 + H+ pK1 = 2,1
H2PO4 HPO24 + H+ pK2 = 7,2 en el laboratorio, en el cuerpo humano 6,8.
HPO24 PO34 + H+ pK3 = 12,7
Aplicando la ecuacin de HendersonHasselbalch se obtiene la proporcin de cido
disociado:
HPO24
pHsanguneo = pK2 + log 7,4 = 6,8 + 0,6
H2PO4
En el cuerpo humano hay 6 veces menos tampn fosfato que tampn bicarbonato. El
tampn fosfato se encuentra sobre todo en los tbulos renales, donde el pH es algo
ms cido (6,5).
Tampn bicarbonato:
H2CO3 H+ + HCO3 pK = 6,1
El tampn bicarbonato es, en principio, un mal tampn, pero como hay mucho cido
carbnico y bicarbonato en el organismo, resulta efectivo.
En el sistema tampn del bicarbonato la especie dadora de protones, el cido
carbnico se halla en equilibrio reversible con el CO2 disuelto:
H2CO3 CO2(aq) + H2O (reaccin catalizada por la anhidrasa carbnica)
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Bioqumica - Tema 1
Si tal sistema acuoso est en contacto con una fase gaseosa, entonces el dixido de
carbono disuelto se hallar, a su vez, en equilibrio entre la fase gaseosa y la acuosa:
CO2(aq) CO2(g)
Si aumenta la presin del CO2 permaneciendo constantes las dems variables, el pH
del tampn bicarbonato disminuye, y viceversa. El sistema tampn del bicarbonato
puede regular con eficacia en las proximidades de pH=7.
Aplicando la ecuacin de HendersonHasselbalch:
[HCO 3 ]
7,4 = 6,1 + log
[H CO 3 ]
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Tampn hemoglobina:
Acta en el interior del eritrocito. La hemoglobina es un tetrmero, tiene 2 cadenas
y 2 cadenas . Presenta en la posicin 146 de la cadena una molcula de
histidina, que se puede ionizar (sirve como componente del tampn):
[ Hb ] [ Hb ] 1
7,3 7,9 log
H Hb H Hb 4
Hay 4 veces ms hemoglobina en su forma reducida que en su forma oxidada.
Ahora aplicamos la ecuacin de HendersonHasselbalch a la oxihemoglobina:
[ HbO2 ] [ HbO2 ]
7,3 6,7 log 4
H HbO2 H HbO2
Hay 4 veces ms oxihemoglobina disociada que reducida.
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Alberto Fonte Polo
o En el eritrocito:
CO2 + H2O H2CO3 (reaccin catalizada por la anhidrasa carbnica)
H2CO3 + Hb HCO3 + H Hb+ (hemoglobina cida), de este modo se
transporta el exceso de acidez a los pulmones para su eliminacin.
o En los tejidos:
tejidos
HbO2 + CO2 + H2O H Hb + HCO3 + O2
pulmones
Hay dos maneras de que el CO2 llegue a los pulmones: unido covalentemente a la
hemoglobina y disuelto en sangre (mediante la reaccin de carbamilacin).
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Tema 2 Papel Funcional de las Protenas
Introduccin
Las protenas son las molculas orgnicas ms abundantes en las clulas, constituyendo el
50 % o ms de su peso seco. Se encuentran en todas las partes de cada clula, ya que son
fundamentales en todos los aspectos de la estructura y funcin celulares. Existen muchas
clases de protenas diferentes, cada una de ellas especializada en una funcin biolgica
diferente.
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Alberto Fonte Polo
Los aminocidos
Son un gran grupo de molculas, que comenzaron a caracterizarse en 1806 con el
descubrimiento de la asparagina, hasta 1938 cuando se descubri el ltimo de los 20
aminocidos comunes, la treonina. Adems de los 20 aminocidos codificados por el
cdigo gentico hay muchos otros aminocidos que desempean otras funciones
importantes en las clulas.
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Bioqumica - Tema 2
Forma no Forma
disociada ionizada
Los aminocidos pueden designarse mediante una notacin trivial, su nombre puede
deberse a su origen, puede hacer referencia a alguna propiedad... tambin pueden
representarse mediante una notacin abreviada de 3 letras, con la primera mayscula, o
mediante una notacin abreviada de una letra, que suele ser la primera letra de la
abreviacin de 3 letras, esta notacin facilita la comparacin de las secuencias aminocidas
de las protenas homlogas.
Se han propuesto varios mtodos para clasificar los aminocidos sobre la base de sus
grupos R. El ms significativo se basa en la polaridad de la cadena lateral R. Existen cuatro
clases principales:
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Alberto Fonte Polo
Grupos R apolares o hidrfobos: Gly, Ala, Val, Leu, Pro, Ile, Phe, Trp y Met.
Grupos R polares, pero sin carga: Ser, Thr, Cys, Asn, Gln y Tyr.
Grupos R con carga positiva (bsicos): His, Lys y Arg.
Grupos R con carga negativa (cidos): Asp y Glu.
Aminocidos alifticos
Glicina (Gly) Alanina (Ala) Valina (Val) Leucina (Leu) Isoleucina (Ile)
Aminocidos con cadenas laterales que contienen hidroxilo o azufre
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Bioqumica - Tema 2
cido asprtico (Asp) cido glutmico (Glu) Asparagina (Asn) Glutamina (Gln)
Aminocidos esenciales
Los aminocidos esenciales son aquellos que no se pueden sintetizar a partir de otros
recursos de la dieta (el cuerpo humano no puede generarlos). Esto implica que la nica
fuente de estos aminocidos es la ingesta directa a travs de la dieta.
En el caso del hombre y de la rata albina son: Thr, Met, Lys, Val, Leu, Ile, Phe, Trp, His y
Arg (en el adulto no es esencial).
Derivados de aminocidos
Otros derivados de aminocidos son los aminocidos no proteicos, que actan como
precursores importantes o intermediarios en el metabolismo; as, la alanina es el
precursor de la vitamina cido pantotnico; la citrulina y la ornitina son intermediarios en
la sntesis de la arginina; la homocisteina y la homoserina son intermediarios en el
metabolismo de los aminocidos.
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Alberto Fonte Polo
naturaleza tetradrica de los orbitales sp3 del tomo de carbono, los cuatro grupos
sustituyentes distintos pueden ocupar dos ordenaciones diferentes en el espacio en torno al
tomo de carbono para dar dos estereoismeros o enantimeros diferentes.
La glicina no posee ningn tomo de carbono asimtrico, los restantes aminocidos poseen
un tomo de carbono asimtrico, a excepcin de la treonina y la isoleucina, que poseen dos
(presentan cuatro estereoismeros, son diastereoismeros).
Algunos aminocidos aislados a partir de las protenas son dextrgiros (+), mientras que
otros son levgiros (), segn desven el plano de luz polarizada hacia la derecha o hacia la
izquierda, respectivamente. La rotacin especfica de un aminocido vara con el pH al que
se mide.
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Bioqumica - Tema 2
puede relacionarse con el grupo aldehdo del gliceraldehdo y que el grupo R del
aminocido puede, a su vez, relacionarse con el grupo CH2OH del gliceraldehdo. De este
modo los estereoismeros de todos los aminocidos que aparecen en la naturaleza pueden
relacionarse estructuralmente con los dos estereoismeros del gliceraldehdo.
Todos los aminocidos que aparecen en la naturaleza y se han hallado en las protenas
pertenecen a la serie estereoqumica L. Los Daminocidos pueden ser txicos, aunque en
pequeas cantidades el organismo puede degradarlos (mediante la accin de las Damino
oxidasas).
Las sustancias que poseen esta propiedad son anfteras y se llaman anflitos, locucin
abreviada de electrolitos anfteros. Los aminocidos son molculas anfteras, ya que
tienen un grupo amino, y un grupo carboxilo, ambos ionizables.
Esto quiere decir que a pH cido, un aminocido neutro se protona (NH3+). Si a una
disolucin acuosa aadimos base (OH) va aumentando el pH, lo que provoca que el
aminocido libere protones.
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Alberto Fonte Polo
cistena
cistina
cistena
pK1 pK 2
pI
2
Ejemplo: Calcular el punto isoelctrico de la alanina:
pK1 = 2,34 2,34 9,69
pI 6,02
pK2 = 9,69 2
Con un pH = 6,02, la disolucin de alanina no tiene carga. Todos los aminocidos
tienen un punto isoelctrico similar, prximo al pH fisiolgico.
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Bioqumica - Tema 2
pK1 = 2,09
pKR = 3,86
pK2 = 9,82
Clculo del pI: semisuma de los valores de pK ms prximos entre s: pK1 y pKR.
pK1 pK R 2,09 3,86
pI 2,98
2 2
Curva de valoracin:
pK 2 pK R 8,95 10,53
pI 9,74
2 2
Curva de valoracin:
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Alberto Fonte Polo
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Bioqumica - Tema 2
Reaccin de Sanger:
color amarillo
FDNB a pH bsico
(Fluordinitrobenceno)
Reaccin de Edman:
Feniltiohidantona
(incolora, pero se
ITF detecta por
(Isotiocianato de fenilo) cromatografa).
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Tema 3 Estructura Primaria y Estructura
Secundaria de las Protenas
Introduccin
Una protena es una sucesin de aminocidos unidos por enlace covalente. La estructura de
una protena es la forma tridimensional que adopta en el espacio y de ella depende su
funcin. Viene determinada por cuatro niveles estructurales:
Estructura primaria: secuencia de n aminocidos. Condiciona el resto de
estructuras de la protena.
Estructura secundaria: es la disposicin espacial de la cadena de aminocidos, es
decir, el ordenamiento regular de la cadena, con plegamientos, que pueden dar lugar
a la estructura terciaria.
Estructura terciaria: verdadero plegamiento tridimensional de la protena.
Estructura cuaternaria: la que tienen aquellas protenas con ms de una cadena.
El enlace peptdico
Los aminocidos se unen entre s mediante enlace peptdico, es un enlace covalente que se
establece entre el grupo carboxilo de un aminocido y el grupo amino del siguiente, y se
desprende una molcula de agua.
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Bioqumica - Tema 3
El enlace peptdico es un enlace muy fuerte, tiene carcter casi de doble enlace y los tomos
que lo forman: CO-NH, estn inmovilizados en el mismo plano, no pudiendo girar el enlace
peptdico. Los dems enlaces, los del carbono y los de los radicales, s que pueden girar.
El enlace peptdico es un enlace covalente simple, pero algo ms corto de lo
normal, ya que mide 1,32 cuando la longitud normal es de 1,46 . Adems es algo ms
largo que un doble enlace (1,24 ). Esto permite que los tomos que forman parte del
enlace (CO-NH) formen un plano.
Resina aninica
Cargas negativas
Aminocidos liberados:
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El enlace disulfuro dificulta la secuenciacin (puesto que la cadena debe ser lineal), por lo
que debe romperse mediante:
Mercaptoetanol
Oxidacin con cido perfrmico: este mtodo permite la escisin oxidativa de los
enlaces disulfuro transversales, por oxidacin con cido perfrmico. Con este
procedimiento se consigue romper el enlace S-S, pero tambin se elimina el
triptfano del pptido.
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Bioqumica - Tema 3
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Alberto Fonte Polo
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Bioqumica - Tema 3
Hidrlisis parcial de las cadenas polipeptdicas: una vez identificados los restos
aminocidos N- y C-terminales de una cadena polipeptdica, la etapa siguiente para
determinar la secuencia de los aminocidos, consiste en fragmentar la cadena para dar un
conjunto de pptidos cortos que puedan separarse e identificarse.
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Alberto Fonte Polo
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Bioqumica - Tema 3
Puente de hidrgeno
La extensin con que una determinada cadena polipeptdica puede existir en forma de
hlice estable es reflejo de su composicin aminocida y de su secuencia; no todas las
cadenas polipeptdicas pueden formar una hlice estable.
Los aminocidos de la hlice suelen ser apolares y pequeos, los aminocidos
polares son pocos, o no existen, ya que desestabilizan la hlice.
Aminocidos frecuentes (permiten la hlice estable): Leu, Phe y Ala.
Aminocidos poco frecuentes (inestabilizan la hlice): Arg, Glu y Ser.
Aminocidos inexistentes (rompen la hlice): Pro.
Adems la estructura en hlice depende del pH. Por ejemplo, un polipptido de Lys no
forma hlice a pH 7, sino que existe en forma anrquica e irregular. Ello es debido a que a
pH 7 todos los grupos R de la polilisina poseen una carga positiva y se repelen mutuamente
de un modo tan fuerte que superan la tendencia a la formacin de enlaces de hidrgeno
intracatenarios. Sin embargo, a pH 12, los grupos R de la lisina no son portadores de carga,
y por tanto, no se repelen entre s; a este pH, la polilisina adopta espontneamente la forma
de hlice
Las queratinas son protenas que se encuentran en el pelo, pezuas, uas, cuernos... Se
llaman as porque su estructura es predominantemente de hlice . Son protenas fibrosas y
muy ricas (20%) en aminocidos apolares, hidrfobos.
El monmero es una cadena polipeptdica que adopta una forma globular en sus
extremos y una hlice (dextrgira) en todo el tramo central. Dos cadenas se asocian y
enrollan entre s en una superhlice levgira, de este modo se forma un dmero. Los
dmeros se alinean cabeza con cola y 2 hileras de ellos, escalonados, forman un
protofilamento, 2 protofilamentos forman una protofibrilla, 4 u 8 protofibrillas forman una
microfibrilla, varias (quizs cientos) microfibrillas se empaquetan en una macrofibrilla.
monmero protofilamento
protofibrilla
dmero
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Alberto Fonte Polo
En el pelo se establecen enlaces disulfuro entre las cistenas de las macrofibrillas. En la lana
estos enlaces son poco abundantes, por eso es ms flexible, en cambio en los cuernos hay
muchos enlaces disulfuro, de ah su dureza.
El proceso de permanente en peluquera consiste precisamente en tratar el pelo con
un agente reductor para romper los puentes disulfuro, dar la forma deseada (unas cadenas
deslizan con respecto a otras) y tratar con un oxidante para que se formen nuevos puentes
en la nueva posicin.
Seccin transversal
de un pelo
Proceso de rizado del pelo
(por calor, humedad o agente reductor)
Lmina
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Bioqumica - Tema 3
Hoja antiparalela: est formada por cadenas con enlaces peptdicos en un sentido
(-CO-NH-) y otras en el sentido contrario (-NH-CO-). Esta estructura aparece en la
fibrona de la seda.
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Alberto Fonte Polo
Existen otras dos diferencias entre las -queratinas y las -queratinas nativas. En las formas
, todas las cadenas polipeptdicas son paralelas, es decir, se desarrollan en la misma
direccin N-terminal a C-terminal, mientras que en la fibrona, las cadenas polipeptdicas
adyacentes son antiparalelas, es decir, se desarrollan en direcciones opuestas. Asimismo, las
-queratinas contienen muchos restos de cistina, dispuestos de tal modo que puedan
establecerse enlaces transversales -S-S- entre cadenas polipeptdicas adyacentes. En
contraposicin, las -queratinas tales como la fibrona no poseen enlaces -S-S-
transversales.
Hlice de colgeno
Otro tipo principal de protena fibrosa de los animales superiores es el colgeno de los
tejidos conectivos; es la ms abundante de todas las protenas de los vertebrados superiores
y constituye alrededor de un 25 % de la protena total del cuerpo.
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Bioqumica - Tema 3
La elastina es una protena formada por una cadena de 65 KDa. Forma parte de las fibras
elsticas, que se encuentran en el tejido conjuntivo elstico de la piel y en los vasos
sanguneos. Confiere elasticidad a las paredes arteriales y a los ligamentos.
La elastina es rica en prolina y glicina (como el tropocolgeno) pero pobre en
hidroxiprolina y carece de hidroxilisina. Tambin es rica en lisina y forma cortos enlaces
entre los residuos de Lys y al-Lys, de este modo se forma una red tridimensional con
disposicin al azar, que origina la matriz de las fibras elsticas.
Las protenas globulares presentan giros en su estructura secundaria. Por ejemplo, si hay
prolina en la cadena polipeptdica se inicia un codo, de este modo la protena adquiere la
forma redondeada.
Estructuras supersecundarias
Unidad --: est constituida por dos cadenas paralelas, conectadas por una -
hlice.
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Alberto Fonte Polo
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Tema 4 Estructura Terciaria de las Protenas
Introduccin
La estructura terciaria es la estructura tridimensional de la protena, es la disposicin
espacial que adopta la estructura secundaria (la -hlice y la lmina ) al sufrir ms giros y
plegamientos.
La estructura terciaria se mantiene estable gracias a las interacciones que se producen entre
los aminocidos de los distintos segmentos de la cadena polipeptdica. Pueden darse cinco
tipos de enlaces:
Enlace inico: son interacciones electroestticas entre grupos con carga elctrica
opuesta de las cadenas laterales. Por ejemplo, entre un grupo carboxilo y un grupo
amino ionizados.
Enlace covalente: como el puente disulfuro entre los radicales de aminocidos que
tiene azufre. Es el enlace ms fuerte.
Enlace de hidrgeno: entre grupos polares, como los grupos C=O y N-H, y entre
los grupos OH. Este enlace es poco importante, al estar la protena en disolucin
acuosa, se forman y se rompen continuamente los enlaces.
Interacciones hidrofbicas entre cadenas apolares: los grupos apolares se
colocan cerca unos de otros y ocultndose del agua, y los grupos polares se
disponen hacia el exterior en contacto con el agua.
Interacciones dipolo-dipolo: las interacciones de Van der Waals son enlaces muy
dbiles entre polos instantneos opuestos que surgen en los radicales
hidrocarbonados de los aminocidos.
Cada protena tiene una estructura terciaria peculiar, pero se pueden clasificar en dos
grandes tipos:
Conformacin globular: la forma tridimensional de la protena es ms o menos
esfrica. Ejemplos: mioglobina, globulinas, albmina
Conformacin filamentosa: la forma tridimensional es alargada. Ejemplos:
colgeno, elastina, fibrona
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Alberto Fonte Polo
Cristalografa de rayos X
La cristalografa de rayos X es una tcnica consistente en hacer pasar un haz de rayos X a
travs de un cristal de la sustancia sujeta a estudio. El haz se escinde en varias direcciones
debido a la simetra de la agrupacin de tomos y, por difraccin, da lugar a un patrn de
intensidades que puede interpretarse segn la ubicacin de los tomos en el cristal. Esta
tcnica se utiliza ampliamente en la determinacin de las estructuras de las protenas.
Hasta que se hizo posible el anlisis por rayos X de las protenas cristalizadas, apenas se
saba nada acerca del modo en el que se hallan plegadas tridimensionalmente sus cadenas
polipeptdicas.
La interpretacin de los diagramas de difraccin de rayos X resulta mucho ms
difcil para las protenas globulares que para las fibrosas, debido a que las cadenas
polipeptdicas de las protenas globulares no estn dispuestas a lo largo de un eje, sino que
se hallan plegadas de modo compacto e irregular y adoptan formas casi esfricas.
Los rayos X tienen una longitud de onda () de 0,1 nm, pero debido a la imprecisin
instrumental se trabaja a 0,2 nm. Se ven los tomos pero a poca resolucin. En cambio en la
microscopa ptica se trabaja a = 400-700 nm.
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Bioqumica - Tema 4
Desnaturalizacin y renaturalizacin
La desnaturalizacin es la prdida de la conformacin nativa de una protena. Con
aproximadamente 12 Kcal/mol se puede desestructurar una protena, de hecho, las protenas
tienen un intervalo de estabilidad termodinmica muy pequeo. La desnaturalizacin
conlleva la prdida de la actividad de la protena.
En algunos casos, una protena desnaturalizada puede volver a su anterior
plegamiento o conformacin, proceso que se denomina renaturalizacin. Pero en otros
casos la desnaturalizacin es irreversible. Por ejemplo, la ovoalbmina se desnaturaliza
irreversiblemente con el calor.
Mtodos de desnaturalizacin:
Cambios de pH: se rompen enlaces inicos y puentes de hidrgeno.
Calentamiento: aumenta las energas vibracional y rotacional de los tomos de los
aminocidos que forman la protena.
Adicin de agentes qumicos: como la urea, o el cloruro de guanidinio. Establecen
puentes de hidrgeno con los enlaces peptdicos de la protena, sustituyendo los
puentes de hidrgeno entre la protena y el agua, provocando la distorsin de la
molcula proteica.
Tambin detergentes como el SDS (dodecilsulfato sdico). ste interacciona
con la parte apolar de las protenas. Puede hacerlo ya que tiene una cola apolar.
Dodecilsulfato sdico
Experimento de Anfinsen
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SO3
Ribonucleasa
HIO4
(forma de cisne) SO3
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Bioqumica - Tema 4
Protenas globulares
Las protenas globulares tienen una forma esfrica u ovoidal. Tiene estructura globular las
enzimas, muchas hormonas peptdicas, los receptores hormonales, las inmunoglobulinas, la
mioglobina y la hemoglobina.
Cuando estas protenas tienen un tamao superior a 200 aminocidos presentan varias
zonas de estructura globular (dominios), ya que no toda la protena es globular. Adems,
tienen zonas de hlice, lmina , barril y zonas al azar.
Un motivo es una regin de la protena, con una actividad determinada y que tambin se
encuentra en otras protenas (ejemplo: actividad Tyrquinasa en el receptor de EGF).
41
Tema 5 Mioglobina y Hemoglobina
Introduccin
La mioglobina almacena oxgeno en el msculo esqueltico, al que le da color rojo gracias
a su grupo hemo. La hemoglobina transporta oxgeno en sangre. Un hombre adulto tiene
un volumen de sangre de aproximadamente cinco litros. Los glbulos rojos, hemates o
eritrocitos constituyen aproximadamente el 96 % de los elementos formes de la sangre, su
valor normal en la mujer promedio es de alrededor de 4.800.000, y en el varn, de
aproximadamente 5.400.000 hemates por mm3. Se considera que cada eritrocito tiene 3108
molculas de hemoglobina.
El oxgeno entra por difusin a travs de las membranas en organismos unicelulares,
de las branquias en peces, o de los pulmones en vertebrados terrestres. La difusin de
oxgeno es bsica, para que entre oxgeno a la sangre. Cada molcula de hemoglobina
transporta 4 molculas de O2 en sangre, en forma de oxihemoglobina.
La mioglobina
La mioglobina es una protena globular relativamente pequea, que contiene una sola
cadena polipeptdica, constituida por 153 aminocidos. La mioglobina contiene un grupo
hemo ferroporfirnico, o grupo hemo, idntico al de la hemoglobina y capaz, como ella, de
experimentar oxigenacin y desoxigenacin reversible. Se halla, en realidad, emparentada
funcional y estructuralmente con la hemoglobina, que contiene cuatro cadenas peptdicas y
cuatro hemos, y posee un peso molecular cuatro veces superior al de la mioglobina.
42
Bioqumica - Tema 5
La primera informacin importante sobre la mioglobina fue debida a los estudios con rayos
X que efectuaron J. C. Kendrew y sus colaboradores en Inglaterra sobre la mioglobina del
cachalote. El anlisis mediante rayos X de la estructura de la mioglobina tuvo efecto en dos
etapas. En la primera, que se complet en 1957, los resultados se calcularon para una
resolucin de 0,6 nm, logro que requiri el anlisis preciso de 400 manchas de difraccin.
Este grado de resolucin es insuficiente para revelar las posiciones exactas de los tomos
individuales o de los grupos funcionales de la molcula, pero indica de qu modo se halla
plegada la cadena peptdica en la molcula de mioglobina. En una segunda etapa, llevada a
cabo en 1962, el anlisis por rayos X de la mioglobina se realiz hasta una resolucin de
0,2 nm. Ello requiri el anlisis de 25000 reflexiones y el empleo de mtodos de
computacin electrnicos de gran velocidad. Este nivel de resolucin fue lo suficientemente
elevado para revelar la secuencia de la mayor parte de los grupos R, la cual concuerda con
la secuencia aminocida establecida por mtodos qumicos.
La molcula es muy compacta, y todos los grupos R polares de los aminocidos se hallan
localizados sobre la superficie externa de la molcula y estn hidratados. Casi todos los
grupos no polares o hidrofbicos R se encuentran en el interior de la molcula, y estn as
protegidos de la exposicin al agua. Por lo tanto la hendidura donde se aloja el grupo hemo
tiene en su interior aminocidos apolares, sin carga, a excepcin de las dos histidinas
(proximal y distal).
La apomioglobina es la cadena proteica, que junto con el grupo hemo forma la mioglobina.
43
Alberto Fonte Polo
Ferro-protoporfirina IX
El grupo hemo tambin puede fijar CO (monxido de carbono, txico). El grupo hemo
aislado se une al CO con una afinidad superior en 25.000 veces respecto al O 2. In vivo, el
CO se une tambin con ms afinidad que el oxgeno, pero slo con una afinidad 250 veces
superior a la del O2. Esto se debe a que in vivo la histidina F8 hace que el CO se una
sesgado al hierro, in vitro no.
Kdis=
Mb O2 Kdis=
Mb pO2 MbO2
MbpO2
MbO2 MbO2 K dis
Y
MbO2
MbO2 Mb
1
1
Mb 1 1 Mb K dis
1 pO2 K dis
Y
pO2
Y MbO2 Y Mb pO2 Y pO2 pO2 K dis
Saturacin Y
pO2
Y
pO2 P50
La hemoglobina
La hemoglobina es la primera protena oligomrica cuyas estructuras terciaria y cuaternaria
fueron conocidas gracias al anlisis por rayos X. Este logro, conseguido por M. F. Perutz y
sus colaboradores en Inglaterra, fue la culminacin de 25 aos de estudio detallado sobre
esta importante protena.
45
Alberto Fonte Polo
Es una protena esferoidal compacta, con un dimetro de 5,5 nm, y con 574 aminocidos.
Est formada por 4 cadenas polipeptdicas: 2 cadenas y 2 cadenas .
1
2
Grupo hemo
Hemoglobina A1
2 (forma T, desoxi-)
Tipos de hemoglobinas:
Hb A (2 2): hemoglobina del adulto, constituye el 98 % del total.
Hb A2 (2 2): hemoglobina del adulto, es solo el 2 % de la hemoglobina total.
Hb F (2 2): hemoglobina del feto.
Hb E (2 2): hemoglobina embrionaria.
Las cadenas y son muy semejantes entre s en su estructura terciaria, la cual est
constituida por longitudes semejantes de hlice con curvaturas aproximadamente de los
mismos ngulos y direcciones. Pero lo ms notable es que la estructura terciaria de las
cadenas y es muy semejante a la estructura de la cadena nica de la mioglobina, en
consonancia con la semejante funcin biolgica de ambas protenas, es decir, su capacidad
para unir al oxgeno de modo reversible la mioglobina en el msculo y la hemoglobina en
la sangre.
Se cree que hace millones de aos haba un gen responsable de la sntesis de
globina. Este gen sufri un proceso de duplicacin y mutacin, y dio lugar a dos genes
diferentes: uno contendra informacin para sintetizar la cadena y otro la .
La cadena tiene 141 aminocidos, con 23 aminocidos invariables (en todas las especies).
La cadena tiene 146 aminocidos, con 20 aminocidos invariables. En las cadenas y
hay 9 aminocidos invariables (His distal e His proximal).
Resulta de especial inters la localizacin de los 4 grupos hemo, uno en cada subunidad,
que unen las 4 molculas de oxgeno. Estos grupos hemo son molculas planas en las
cuales los tomos de hierro forman complejos de coordinacin planares cuadrados y se
hallan muy separados unos de otros y situados a diferentes ngulos relativos. Cada uno de
ellos se halla parcialmente envuelto en una bolsa forrada por grupos R no polares. El quinto
enlace coordinado de cada tomo de hierro se establece con un nitrgeno imidazlico de un
resto de histidina; la sexta posicin queda disponible para su coordinacin con una
molcula de oxgeno.
Funciones de la hemoglobina:
Transporte de O2.
Transporte de protones (H+).
Transporte de CO2.
46
Bioqumica - Tema 5
Es similar a como ocurre en la mioglobina. La fijacin del oxgeno tiene lugar a travs del
grupo hemo.
Hb + 4 O2 Hb(O2)4 Kdis =
Hb O2 4
( pO2 ) 4
Y=
HbO2 4 ( pO2 ) 4 ( P50 ) 4
Saturacin Y
mioglobina y de la hemoglobina difieren en
dos aspectos. Por un lado, Y es mayor para
la mioglobina que para la hemoglobina
(tiene ms afinidad por el oxgeno la
mioglobina que la hemoglobina). La
segunda diferencia es que la curva de
disociacin del oxgeno de la mioglobina
tiene una forma hiperblica, mientras que la
curva de la hemoglobina es sigmoidea. pO2
Alosterismo
La hemoglobina es una protena alostrica, ya que tiene una serie de propiedades que le
hacen presentar alosterismo, como tener ms de una cadena proteica (subunidad).
Se han propuesto dos modelos generales para interpretar las interacciones entre
subunidades durante la oxigenacin de la hemoglobina. Ambos suponen que cada una de
las subunidades de la molcula de hemoglobina pueden existir en dos conformaciones
diferentes. La desoxihemoglobina es una molcula ms tensa (T), ms contrada que la
oxihemoglobina, a causa de que presenta 8 enlaces salinos (enlaces por fuerzas
electroestticas), mientras que la oxihemoglobina no los presenta, est ms relajada (R).
47
Alberto Fonte Polo
O2
Tenso Relajado
T4 R4
O2 O2 O2 O2
En la desoxihemoglobina el tomo de hierro se encuentra por debajo del plano que forma el
grupo hemo, ya que la histidina proximal (F8) produce una atraccin hacia el hierro, hay
0,06 nm de distancia entre el hierro y el plano hemo. En la oxigenacin, el tomo de hierro
se desplaza hacia el plano hemo. La histidina proximal (F8) es arrastrada con el tomo de
hierro y queda menos inclinada. Hay 0,02 nm de distancia entre el hierro y el plano.
48
Bioqumica - Tema 5
Los grupos COOH terminales de cada cadena establecen dos enlaces inicos/salinos con
cadenas laterales de aminocidos. El movimiento del tomo de hierro provoca el cambio de
la afinidad por el oxgeno en la hemoglobina. La respuesta est en que el hierro arrastra a la
histidina proximal, que estira el resto de la cadena polipeptdica rompiendo algunos enlaces
salinos.
Como cada molcula de hemoglobina tiene cuatro grupos hemos, puede unir 4
molculas de O2. La primera unin de oxgeno implica que para arrastrar la histidina
proximal tiene que luchar con ocho enlaces salinos. Una vez que se ha unido ya no quedan
ocho sino menos porque se han roto varios de estos enlaces salinos, con lo que la segunda
ya no lucha contra ocho sino tal vez con menos, con lo que la resistencia es menor (al tener
que arrastrar menos residuos aminoacdicos) siendo cada vez ms fcil la unin del oxgeno
al grupo hemo. La unin del oxgeno a la mioglobina es ms fcil, ya que la unin del O2 al
grupo hemo tan slo tiene que arrastrar los aminocidos de una nica cadena.
Efecto Bohr
49
Alberto Fonte Polo
Saturacin Y
ionizada y deja libre un protn por cada molcula de
oxgeno unida, de acuerdo con la ecuacin siguiente:
pH=7,6
HHb + O2 HbO2 + H
+ +
pH=7,4
+
en la que HHb es una subunidad que posee protones de
pH=7,2
una molcula de desoxihemoglobina. Puesto que esta
reaccin es libremente reversible, el incremento de la
concentracin de ion hidrgeno provocar el pO2
desplazamiento del equilibrio a la izquierda, hacia un
descenso de saturacin, mientras que la disminucin de la concentracin de hidrgeno
provocar que el equilibrio se desplace a la derecha esto es, hacia un incremento en la
saturacin. Este efecto del pH sobre el equilibrio oxgeno-hemoglobina recibe el nombre de
efecto Bohr.
Christian Bohr observ el metabolismo de los tejidos y vio que el CO2 del metabolismo
tisular disminuye la afinidad de la hemoglobina por el O2.
* H2CO3 H+ + HCO3
CO2 + H2O
Los protones que se originan en esta reaccin disminuyen la afinidad por el O2, sern
recogidos por la desoxihemoglobina. El descenso de pH, implica una disminucin de
afinidad por el O2.
His 146
La forma protonada es la predominante en los tejidos, y forma un enlace con el Asp 94 (con
carga negativa), un enlace inico que slo se forma en la desoxihemoglobina. El O 2
provoca el alojamiento de la His y el Asp. La forma no protonada es la que predomina en
los pulmones, tiene mayor afinidad por el O2 que la forma protonada.
HCO3 (en tejidos) H+ (en los pulmones, protones aportados por la Hb) H2CO3 CO2 + H2O
El CO2 se une a los grupos amino terminales de la hemoglobina, del siguiente modo:
En los pulmones hay alta presin parcial de CO2 (pCO2), por lo que es expulsado al
exterior. A pH = 7,4; el 25 % de los grupos amino de la Hb estn sin ionizar. Los
carbamatos se forman principalmente con la desoxihemoglobina, sus cargas negativas
ayudan a estabilizar la estructura de la hemoglobina.
Hemoglobinopatas
Hemoglobina S
Ocasiona la anemia falciforme, nombre motivado en que los eritrocitos tienen forma de hoz
o media luna. Se conoce desde 1904, cuando el doctor Herrick detecta en un joven
estudiante negro de 20 aos con anemia, que algunos de sus eritrocitos tenan forma de hoz.
51
Alberto Fonte Polo
Talasemia
Bajo el nombre de talasemia (del griego thalassa que significa mar) se incluyen un grupo
muy heterogneo de alteraciones congnitas cuya caracterstica comn es un defecto en la
sntesis de una o varias cadenas de hemoglobina normales. La disminucin de la sntesis de
cadenas se denomina -talasemia, la de cadenas , -talasemia. El nombre es debido a
que esta enfermedad fue primeramente descrita en poblaciones costeras del Mediterrneo;
sin embargo, la enfermedad tambin es prevalente en frica, Oriente medio y Asia.
La herencia de la talasemia muestra un patrn autosmico dominante y su
frecuencia dentro del conjunto de la poblacin mundial es muy elevada, presentando una
distribucin que se correlaciona con las zonas donde existe o ha existido paludismo
endmico. Ello obedece al efecto protector que frente al parsito ejerce la
hemoglobinopata, lo que significa una presin gentica positiva de sta sobre la poblacin
afectada.
La baja produccin de hemoglobina puede deberse a una baja transcripcin de
ARNm, a una transcripcin defectuosa o a defectos en la traduccin que dan lugar a
protenas de hemoglobina inestables.
52
Tema 6 Propiedades Fsico-Qumicas
de las Protenas
Solubilidad
Las protenas en disolucin muestran cambios de su solubilidad, en funcin del pH, la
fuerza inica, las propiedades dielctricas del disolvente y la temperatura. Estas variables
pueden utilizarse para separar mezclas de protenas, ya que cada protena posee una
composicin en aminocidos caracterstica, la cual determina su comportamiento como
electrlito.
53
Alberto Fonte Polo
solubilidad
entre los 0 y los 40 C aproximadamente, la
solubilidad de las protenas globulares aumenta al
aumentar la temperatura. Por encima de los 40 C, la
solubilidad empeora, ya que las protenas comienzan a
desnaturalizarse, se agregan y precipitan. 40 C T
Por ejemplo, la ribonucleasa nativa posee 124 aminocidos, 34 de los cuales tienen grupos
R ionizables, la mayora de ellos de carcter bsico.
Los valores de pK' de algunos tipos de grupos R de la ribonucleasa pueden variar
algo con respecto a los valores de pK' de estos grupos en los aminocidos libres debido a
los efectos de las cargas prximas.
Todos los grupos R de la ribonucleasa son accesibles a la valoracin cido-base, ya
que normalmente casi todos los grupos R de las protenas globulares nativas se hallan
situados sobre la superficie exterior de la molcula. Algunas protenas nativas, sin embargo,
poseen uno o ms grupos ionizables que no son
accesibles a la valoracin, probablemente debido Zona de pH
a que se hallan ocultos (como los grupos que de carga
estn en el interior de una protena globular) o a negativa neta
que participan en enlaces de hidrgeno. Por ello
se habla de pKa' y no de pKa.
54
Bioqumica - Tema 6
Electroforesis
55
Alberto Fonte Polo
El mtodo se utiliza frecuentemente en los laboratorios de los hospitales para medir las
cantidades de las protenas principales en el plasma sanguneo. Para separar las protenas
del plasma sanguneo se aplican 500 V durante 1 hora.
Trazado del
densitmetro
56
Bioqumica - Tema 6
Cromatografa
Fundamento de la cromatografa:
Otro mtodo general para utilizar el comportamiento cido-bsico de las protenas como
base para su separacin, es la cromatografa de intercambio inico.
57
Alberto Fonte Polo
intercambiador aninico
58
Bioqumica - Tema 6
Este mtodo depende, por tanto, de la afinidad biolgica de la protena por su ligando
caracterstico. La protena unida especficamente a las partculas de la columna puede
despus ser eluida, frecuentemente con una disolucin de la molcula de ligando libre.
59
Alberto Fonte Polo
Peso molecular
Composicin qumica
Por ejemplo, la mioglobina contiene 0,335 % de hierro. Su peso molecular mnimo puede
calcularse del modo siguiente:
55,85 (masa Fe)
PMmn = 100 16700 daltons
0,335
Presin osmtica
La presin osmtica es la fuerza que debe aplicarse para contrarrestar la fuerza del flujo
osmtico. La presin osmtica depende del nmero de partculas de soluto por unidad de
volumen, pero es independiente de la naturaleza molecular del soluto y de la forma de sus
partculas.
c
PM = RT
En esta frmula c es la concentracin en gramos por litro, R la constante de los gases (0,082
litros por atm mol-l K-l), T la temperatura absoluta, expresada en kelvins, y la presin
osmtica en atmsferas.
Sin embargo, puesto que la presin osmtica depende del nmero de molculas en
disolucin, una molcula de masa pequea pero que no atraviese la membrana ejerce el
mismo efecto que una molcula de masa mucho mayor. Por ello, esta expresin es vlida
cuando se trabaja a muy bajas concentraciones (dilucin infinita).
60
Bioqumica - Tema 6
En las columnas, las protenas de diferente tamao molecular van penetrando en los poros
internos de los grnulos en grados diferentes de intensidad, y descendiendo a lo largo de la
columna a velocidades distintas. Las microesferas del gel estn atravesadas por canalculos,
a travs de los cuales entrarn las protenas de pequeo tamao. Las molculas de protena
muy grandes no pueden penetrar en los poros de las partculas; se dice que son excluidas, y
permanecen por ello en el volumen de exclusin (V0) de la columna, definido como
volumen de la fase acuosa en el exterior de los grnulos. Las protenas pequeas ven
obstaculizado su paso a travs de la columna, mientras que las protenas de gran tamao la
atraviesan con rapidez, ya que no pueden penetrar en las partculas polmeras hidratadas.
Las protenas de tamao intermedio resultarn excluidas de las partculas en un grado que
depender de sus dimensiones. Por lo tanto, primero saldrn las molculas grandes, despus
las de tamao intermedio, y por ltimo las molculas pequeas.
A partir de las medidas de concentracin de protena en pequeas fracciones del
eluato se puede construir una curva de elucin.
61
Alberto Fonte Polo
VT V0 VT-V0
Ve V0
K av
VT V0
Perfil de elucin:
Densidad ptica
(280 nm)
V0 Ve 1 Ve 2 VT (ml)
62
Bioqumica - Tema 6
Centrifugacin
F = m2 x
Fh = m2 x
dx
Ff = f
dt
f representa el coeficiente de friccin.
dx/dt
S=
2 x
en la que x es la distancia desde el centro de rotacin, expresada en centmetros, t el tiempo
en segundos, y es la velocidad angular expresada en radianes por segundo.
SRT
M=
D (1 )
Tipos de centrifugacin:
Separacin de protenas
por centrifugacin en un
gradiente de densidad de
sacarosa. Las protenas se
separan individualmente en
bandas, segn su tamao,
forma y densidad.
64
Tema 7 Concepto, Clasificacin y
Nomenclatura de las Enzimas
G = G0 + RT ln
C D G0 (energa libre estndar) = RT ln K
A B
Si G < 0 la reaccin ser exergnica (exotrmica), y por lo tanto espontnea. Si por el
contrario G > 0 la reaccin ser endergnica (endotrmica), y no espontnea.
Hay dos mtodos generales, mediante los cuales, puede acelerarse la velocidad de una
reaccin qumica. Uno de ellos es la elevacin de la temperatura, ya que provoca un
incremento del movimiento trmico y de la energa, aumenta el nmero de molculas
capaces de alcanzar el estado de
transicin, y acelera, de este modo, la
velocidad de las reacciones qumicas. En
muchas reacciones la velocidad de
reaccin se duplica, por cada 10 C de
aumento de la temperatura. La velocidad
de una reaccin qumica puede verse
incrementada tambin por la adicin de
un catalizador; ste se combina con los
reactivos de modo transitorio y se
produce un estado de transicin de menor
energa de activacin que el
correspondiente a la reaccin no
catalizada. As los catalizadores aceleran
las reacciones qumicas porque
disminuyen la energa de activacin.
Cuando se forman los productos de la
reaccin se regenera el catalizador libre.
65
Alberto Fonte Polo
Introduccin histrica
Concepto de enzima
Las enzimas son protenas que actan como catalizadores en las reacciones biolgicas:
aumentan la velocidad en la que tiene lugar una determinada reaccin bajando la energa de
activacin (energa que necesitan los reactivos para que ocurra la reaccin).
Las enzimas se unen a las molculas de sustrato gracias a su centro activo y
catalizan su transformacin qumica. La enzima no sufre ninguna modificacin qumica en
este proceso y se suelta al finalizar la transformacin del sustrato (la unin es reversible).
Actan como los catalizadores de las reacciones no biolgicas, pero a diferencia de estos,
son muy especficas respecto a la sustancia inicial a la que se unen (sustrato) y respecto al
tipo de reaccin que catalizan, y normalmente actan a temperatura, presin y pH del
medio intracelular.
Casi la totalidad de las enzimas son qumicamente protenas pero hay unas
sustancias formadas por ARN que tiene actividad enzimtica, se denominan ribozimas.
Tipos de enzimas
Una enzima es una protena con estructura globular y con una zona llamada centro activo.
El centro activo es una concavidad de la
enzima que tiene unos aminocidos y
una forma tridimensional que le permite
unirse y transformar a una sustancia
determinada: su sustrato.
La forma del centro activo es
complementaria con la molcula de
sustrato con la que se une y los radicales
de los aminocidos que estn en el
centro activo establecen enlaces dbiles
con el sustrato (enlaces inicos, puentes
de hidrgeno, interacciones
hidrofbicas) para unirse con l y
despus mediante enlaces dbiles y
fuertes (covalentes) interaccionan con el
sustrato y favorecen su transformacin.
Holoenzimas y coenzimas
Una holoenzima es una enzima formada por la unin de una molcula proteica: apoenzima
y una molcula no proteica: cofactor. Ambos componentes son necesarios para que la
enzima sea funcional. La apoenzima, o parte proteica, suele determinar con qu sustrato o
sustratos se une, determina la especificidad de sustrato.
Tipos de coenzimas
67
Alberto Fonte Polo
Muchas enzimas han sido designadas aadiendo el sufijo asa al nombre del sustrato, es
decir, de la molcula sobre la cual la enzima ejerce su accin cataltica. Por ejemplo, la
ureasa cataliza la hidrlisis de la urea con produccin de amoniaco y CO2.
Esta nomenclatura, sin embargo, no siempre ha resultado prctica, lo cual ha
ocasionado que muchas enzimas hayan recibido nombres que qumicamente son poco
informativos; por ejemplo la catalasa. Por dicha razn, y porque el nmero de enzimas que
se descubren est aumentando rpidamente, se ha adoptado una clasificacin sistemtica de
las enzimas segn recomendacin de la Comisin de Enzimas. El nuevo sistema divide a
las enzimas en seis clases principales (1. xido-reductasas, 2. transferasas, 3. hidrolasas, 4.
liasas, 5. isomerasas y 6. ligasas), cada una de las cuales se divide a su vez en subclases, de
acuerdo con el tipo de reaccin catalizada.
68
Tema 8 Mecanismo de la Catlisis Enzimtica
Reaccin enzimtica
En una reaccin catalizada por una enzima, primero la enzima se une al sustrato mediante
su centro activo, con enlaces dbiles formando el complejo enzima-sustrato. Despus el
centro activo de la enzima favorecer la transformacin del sustrato con enlaces fuertes y
dbiles, formndose el producto que cuando an est unido a la enzima se llama complejo
enzima-producto. Finalmente se libera el producto y la enzima, que no se ve alterada en el
proceso y que puede volver a unirse a otras molculas de sustrato.
Adems el grado de especificidad puede ser muy variado. Una misma enzima puede tener
una especificidad de sustrato casi absoluta, pero puede presentar una estereoespecificidad
estricta. Por ejemplo, una enzima estereoespecfica es la lactato deshidrogenasa (LDH),
slo acta sobre el enantimero Llactato.
Enlaces enzima-sustrato
69
Alberto Fonte Polo
Ecuacin de Michaelis-Menten
L. Michaelis y M. L. Menten desarrollaron en 1913 una teora general acerca de la accin y
cintica de las enzimas. La teora de Michaelis-Menten supone que la enzima E se combina
en primer lugar con el sustrato S para formar el complejo enzima-sustrato ES; a
continuacin este ltimo se escinde en una segunda etapa, para formar enzima libre y
producto P:
K1 K3
E + S ES E + P
K2 K4
d ES
K 2 ES K 3 ES ( K 2 K 3 ) ES
dt
E 0 ES S K 2 K 3
Km
ES K1
ES E 0 S
K m S
v0 K 3
E 0 S
K m S
Cuando la concentracin del sustrato es tan elevada que prcticamente toda la enzima del
sistema est presente en forma de complejo ES, es decir, cuando la enzima se halla
saturada, se alcanzar la velocidad inicial mxima, Vmx, dada por:
Vmx = K3 [E0]
Vmx S
v0
K m S
71
Alberto Fonte Polo
1 V S
Vmx mx
2 K m S
Vmx S 1 K m S
v0
K m S v0 Vmx S
1 K
m
1 S 1 K m 1 1
v0 Vmx S Vmx S v0 Vmx S Vmx
Km 1 1 1
0 K m 1
Vmx S Vmx S
1 1
S K m
Vmx S v Vmx
v0 0
K m S S S K m
Aplicando la multiplicacin de diagonales:
v0 S v0 K m S Vmx v0 S v0 K m Vmx S
v0
v0 K m V
S mx
La representacin de v0 frente a v0/[S] da una
lnea recta, que no solamente da los valores de
Vmx y de Km en forma muy sencilla, sino que
tambin ampla las desviaciones del carcter
lineal que pueden no aparecer en una
representacin doble recproca. La pendiente de
la recta es Km.
v0 v v V
v0 K m Vmx K m 0 Vmx 0 mx
S S S K m
73
Tema 9 Factores que Modifican
la Actividad Enzimtica
74
Bioqumica - Tema 9
log Vmx
1/T
El diisopropilfluorofosfato (DFP) es una sustancia txica sinttica que inhibe enzimas con
serina en el lugar activo, como la acetilcolinesterasa. El grupo OH de la sern-proteasa
interacta con el flor unido a fosfato del DFP, y se forma cido fluorhdrico.
75
Alberto Fonte Polo
Inhibicin reversible: los principales tipos de inhibicin reversible de las enzimas son:
competitiva, no competitiva, acompetitiva y por exceso de sustrato. Pueden distinguirse
experimentalmente por los efectos que produce el inhibidor sobre la cintica de reaccin de
la enzima, la cual puede analizarse mediante la ecuacin bsica de velocidad propuesta por
Michaelis-Menten.
KI =
E I
EI
La inhibicin competitiva se reconoce experimentalmente con facilidad, debido a
que el porcentaje de inhibicin para una concentracin de inhibidor constante
disminuye al incrementarse la concentracin del sustrato.
K m 1
I
Vmx S
v0
1
KI 1 1
I S v0 Vmx S Vmx
K m 1
KI
Se realizan representaciones de 1/v0 frente a 1/[S], para cada una de las
concentraciones del inhibidor. Estas representaciones se caracterizan por
proporcionar unas lneas
rectas cuyo punto de
interseccin comn se halla
sobre el eje de 1/v0.
Como la pendiente de la
representacin de la reaccin
no inhibida es Km/Vmx, y la
pendiente de la recta para la
reaccin inhibida es Km/Vmx(1
+ [I]/KI), se observa que ha
1/Km 1/Km'
experimentado un incremento,
expresado por el factor 1 +
[I]/KI. A partir de esta relacin
puede calcularse el valor de
KI.
76
Bioqumica - Tema 9
K m K m 1
I
KI
Por otra parte, un inhibidor competitivo se caracteriza por no afectar al valor de
Vmx, indicando con ello que no interfiere con la velocidad de ruptura del complejo
enzima-sustrato.
Vmx
Metanol
77
Alberto Fonte Polo
E + I EI
ES + I ESI
para las que existen dos constantes del inhibidor:
KI
E I
EI
KI '
E I
ESI
Normalmente KI = KI'. La inhibicin no competitiva se reconoce tambin con gran
facilidad en las representaciones de 1/v0 frente a 1/[S], en presencia de diferentes
concentraciones del inhibidor, que se mantienen constantes.
K m 1
I
1 K I 1 1 I
1
v0 Vmx S Vmx KI
1
1
I
Vmx KI
1/Vmx
78
Bioqumica - Tema 9
KI
ES I
ESI
Estas relaciones demuestran que el grado de inhibicin puede aumentar cuando la
concentracin de sustrato se ve aumentada. La inhibicin acompetitiva puede
reconocerse con gran facilidad en las representaciones de 1/v0 frente a 1/[S] para
concentraciones constantes del inhibidor.
1 K
m
1 1
1
I
v0 Vmx S Vmx
KI
1
1
I
Vmx KI
1/Vmx
1/Km' 1/Km
K m K m 1
I
KI
Lo caracterstico de la inhibicin acompetitiva es que la pendiente de las rectas
permanece constante al aumentar la concentracin del inhibidor, pero la Vmx,
decrece. La inhibicin acompetitiva es poco frecuente en las reacciones de un solo
sustrato, pero es corriente en las reacciones de dos sustratos.
79
Alberto Fonte Polo
Reacciones bisustrato
Muchas enzimas catalizan reacciones con dos sustratos que se influyen mutuamente; estas
reacciones muestran una cintica mucho ms compleja que las reacciones sencillas de un
solo sustrato consideradas anteriormente. El anlisis cintico de las reacciones de dos
sustratos, simbolizado por la ecuacin:
E
A+BP+Q
es ms complicado que el de las reacciones con un solo sustrato, puesto que pueden existir
varios complejos enzima-sustrato, tales como los complejos binarios EA, EB, EP y EQ; y
los complejos ternarios EAB, EPQ, EAQ y EPB.
La concentracin de un sustrato, por ejemplo B, se mantiene constante normalmente
a nivel saturante, mientras que la concentracin del sustrato A se cambia para determinar su
efecto sobre la velocidad inicial de la reaccin y se obtiene as la constante de Michaelis-
Menten para el sustrato A. A continuacin se invierte el dispositivo experimental; la
concentracin del sustrato A se mantiene constante a nivel saturante, y se determina el
efecto que produce sobre la velocidad inicial de la reaccin la variacin de la concentracin
del sustrato B; se obtiene de este modo el valor de Km para el sustrato B. Las reacciones
bisustrato se reducen, por tanto, al caso de la reaccin de un solo sustrato cuando uno de los
sustratos se mantiene constante a una concentracin saturante.
La mayora de las reacciones de dos sustratos pueden incluirse en una de las dos clases
siguientes: reacciones de desplazamiento simple y reacciones de doble desplazamiento, las
cuales pueden generalmente distinguirse por anlisis cintico.
B P Q
E + A EA EAB EPQ EQ E
En las reacciones bisustrato al azar, cualquiera de los dos sustratos puede unirse a
la enzima en primer lugar, indicando con ello, que el complejo ternario EAB puede
formarse por dos caminos diferentes:
B P Q
E + A EA EAB EPQ EQ E
A Q P
E + B EB EAB EPQ EP E
En esta reaccin tanto el ATP como la creatina se unen al centro activo, en cualquier
secuencia, formando un complejo ternario. Despus de la transferencia del grupo
fosfato, desde el ATP ligado a la creatina ligada, ambos productos abandonan el
centro activo, en una u otra secuencia.
81
Alberto Fonte Polo
En las reacciones bisustrato de este tipo, un sustrato debe hallarse unido a la enzima y debe
liberarse un producto, antes de que tenga lugar la entrada del segundo sustrato y la partida
del segundo producto. En estas reacciones el primer sustrato reacciona con la enzima y
origina una forma modificada de la misma (E*), habitualmente por transferencia de un
grupo funcional. En la segunda etapa este grupo funcional se transfiere desde la enzima al
segundo sustrato.
P B Q
E + A EA E*P E* E*B EQ E
82
Tema 10 Control de la Actividad Enzimtica
Cada reaccin enzimtica es una etapa de una ruta metablica, y cada etapa est catalizada
por una enzima. Cada reaccin debera tener la misma Vmx, aunque no es as, hay siempre
una etapa con una Vmx menor: la reaccin limitante de la va metablica.
Reaccin limitante es un trmino qumico que se emplea para designar el paso ms lento
de una reaccin qumica. Una reaccin limitante se compara a menudo con el cuello de una
botella: la velocidad de la reaccin depende de la velocidad a la que sucede el paso ms
lento de sta. A partir de esta reaccin, los metabolitos producidos (los productos) tendrn
unas concentraciones menores. La enzima de la etapa limitante suele ser alostrica, muy
regulada por metabolitos posteriores de la ruta, podr ser inhibida o activada.
El flujo a travs del paso limitante de la velocidad de una va puede verse
modificado por diversos mecanismos: control alostrico, modificacin covalente, ciclos de
sustrato, control gentico
Este conjunto de reacciones en direcciones opuestas se conoce como ciclo ftil, ya que su
resultado neto parece ser el consumo intil de ATP. Estas dos reacciones de sentido inverso
no tienen lugar simultneamente en la clula. Hay mecanismos de control que determinan
el sentido de la reaccin.
83
Alberto Fonte Polo
Por ejemplo, el pepsingeno es una enzima precursora de la pepsina, liberada por las
glndulas fndicas del estmago. Este pepsingeno se activa transformndose en pepsina al
entrar en contacto con el cido clorhdrico del estmago.
+
Pepsingeno H Pepsina
84
Bioqumica - Tema 10
Isoenzimas
Las isoenzimas o isozimas son diferentes formas estructurales de una enzima que catalizan
la misma reaccin. Se expresan en diferentes tejidos, tienen un patrn diferencial de
expresin. As ocurre por ejemplo con la enzima lactato deshidrogenasa (LDH), que
cataliza la reduccin del piruvato en lactato.
La LDH est formada por cuatro subunidades, son cuatro cadenas polipeptdicas del mismo
tamao pero pueden ser de dos tipos: M (muscle) y H (heart). Hay por lo tanto diferentes
variedades (isoenzimas) de lactato deshidrogenasa: M4, M3H, M2H2, MH3 y H4. La
isoenzima M4 est presente en el msculo esqueltico, es la que tiene mayor afinidad por el
piruvato y menor valor de Km. La variedad H4 aparece en el msculo cardiaco, y tiene un
valor muy alto de Km pero muy poca afinidad por el piruvato. La LDH M4 fermenta el
piruvato en lactato, mientras que la LDH H4 degrada el piruvato a CO2 y H2O.
Compartimentacin celular
Cada proceso metablico tiene una ubicacin en el interior celular ya que las enzimas que
lo catalizan se encuentran localizadas en determinados compartimentos celulares.
Numerosas reacciones transcurren en el interior de orgnulos y vesculas delimitadas por
membranas, donde se produce una mayor concentracin de molcula de sustrato y enzimas.
Esta compartimentacin facilita la regulacin independiente de cada proceso y mejora su
eficacia al requerirse menores cantidades de cada enzima.
85
Alberto Fonte Polo
A E C C E' A
B D D B
citosol mitocondria
membrana
mitocondrial interna
Asociaciones multienzimticas
Todos los sustratos que participan en una ruta metablica se encuentran prximos en la
clula, del mismo modo ocurre con las enzimas, las cuales forman asociaciones
multienzimticas. La existencia de estas agrupaciones facilita la regulacin del conjunto y
mejora la eficacia individual. Las asociaciones multienzimticas pueden ser de varios tipos:
86
Bioqumica - Tema 10
Enzimas multifuncionales: son cadenas proteicas con varios dominios, cada uno
con una actividad enzimtica caracterstica. Se llaman tambin enzimas
policeflicas, quimricas o de cabeza mltiple. Desde el punto de vista evolutivo,
las enzimas multifuncionales se han formado a partir de la unin de enzimas
individuales.
E1 E2 E3
Por ejemplo, la cido graso sintasa est formada por dos cadenas ( y ), que son
dos enzimas multifuncionales idnticas. La cadena (185 KDa) tiene 3 dominios,
uno de ellos sirve de portador de sustratos, y la cadena (175 KDa) tiene 4
dominios. En las levaduras, la cido graso sintasa est formada por una cadena y
una . En mamferos hay 6 cadenas y 6 cadenas (66).
Control alostrico
Regulacin feed-back
Va lineal: ()
E1
ABCDP
87
Alberto Fonte Polo
Va ramificada:
()
E1
E2
()
Tipos de inhibicin:
()
()
()
()
Inhibicin cumulativa: cada uno de los productos inhibe la va, y los dos a la vez
inhiben con un efecto que es suma de los dos por separado.
()
()
() ()
88
Bioqumica - Tema 10
Enzimas alostricas
Una enzima alostrica es una enzima cuya actividad est regulada mediante un centro
alostrico, que es un sitio, distinto del centro activo de la enzima, al que se une un
regulador (llamado regulador alostrico) de manera reversible y no covalente.
La unin de este regulador modifica la estructura tridimensional de la enzima y
llega a afectar la configuracin del sitio activo, por lo que aumenta o disminuye su
actividad, segn el caso.
Las enzimas alostricas tienen subunidades reguladoras que unen molculas efectoras:
inhibidores o activadores. Los inhibidores promueven que las enzimas alostricas adopten
su conformacin inactiva y los activadores favorecen la conformacin activa.
La unin del sustrato promueve que la enzima asuma la conformacin activa y se
favorezca la unin cooperativa de sustrato adicional, induciendo la formacin del producto
(cooperatividad positiva).
89
Alberto Fonte Polo
Hay dos modelos que explican el comportamiento cintico de las enzimas alostricas:
Modelo concertado (Monod): postula que las enzimas alostricas poseen mltiples
subunidades, que se supone existen en dos conformaciones diferentes o estados:
relajado (R) o tenso (T). La unin de la primera molcula de sustrato incrementa la
tendencia de las restantes subunidades a experimentar transicin a la forma de
elevada afinidad a travs de un efecto de todo o nada, hallndose todas las
subunidades o bien en estado de baja afinidad o en la forma de afinidad elevada.
T R R
T R R
T T R
T R R
Modificacin covalente
Consiste en modificar la conformacin de una enzima, como consecuencia de la unin
reversible, de tipo covalente, que se establece entre grupos qumicos de la protena y una
molcula de baja masa molecular.
90
Bioqumica - Tema 10
Quinasa
enzimaOH enzimaO P
Fosfatasa
Pi H2O
Fosforilacin de enzimas con aminocidos hidroxilados
Catlisis cido-bsica
Los cidos y las bases son los catalizadores ms verstiles y universales de las reacciones
orgnicas. Al proporcionar grupos funcionales capaces de actuar como dadores o aceptores
de protones, la enzima puede efectuar una catlisis general cida o bsica. La catlisis
cido-base proporciona un medio para efectuar la catlisis a pH neutro (en el que las
concentraciones de H+ y de OH son muy bajas) de reacciones qumicas que de otro modo
necesitaran concentraciones muy elevadas de esos iones.
91
Alberto Fonte Polo
1 etapa
Producto 1
2 etapa
Producto 2
Los residuos de His 12 y 119 del centro activo de la ribonucleasa funcionan, respectivamente,
como catalizadores bsico y cido facilitando la formacin del intermedio 2',3'-fosfato cclico y
liberando un fragmento de ARN ms corto (producto 1). Estas mismas histidinas juegan un papel
inverso en la hidrlisis del fosfato cclico y en la liberacin del otro fragmento del ARN (producto
2) que finaliza con pirimidina 3'-fosfato. Como consecuencia de la formacin del producto 2 se
regenera el centro activo de la enzima.
Una segunda forma de catlisis cido-base refleja otra definicin ms general de los cidos
y bases. En la formulacin de Lewis, un cido es un aceptor de pares de electrones y una
base es un donador de pares de electrones. Los iones metlicos (Mn2+, Mg2+ y Zn2+) son
cidos de Lewis. Por tanto, pueden desempear un papel en la catlisis por ion metlico.
92
Bioqumica - Tema 10
La unin del sustrato al ion zinc polariza el grupo carbonilo, lo hace susceptible al ataque
del agua y permite que la hidrlisis se efecte con mayor rapidez que en la reaccin no
catalizada. El sustrato provoca un cambio conformacional en la enzima (adaptacin
inducida).
Modelo combinado
La lisozima es una enzima que daa las clulas bacterianas catalizando la hidrlisis de los
enlaces O-glucosdicos (1-4) entre los residuos de cido N-acetilmurmico (NAM) y N-
acetilglucosamina (NAG) del peptidoglicano de la pared bacteriana.
La lisozima es abundante en numerosas secreciones como la saliva, las lgrimas y el
moco. Est presente tambin en los grnulos citoplasmticos de los neutrfilos
polimorfonucleares.
93
Tema 11 Vitaminas Hidrosolubles
y Coenzimas Derivados
Concepto de cofactor
Un cofactor es una sustancia no proteica que necesitan algunas enzimas proteicas para
realizar su actividad. Ciertos cofactores, que actan de grupo prosttico, estn fuertemente
unidos (mediante enlaces covalentes) a la enzima.
Una holoenzima est formada por una apoprotena (parte proteica) y un cofactor
(parte no proteica). Los cofactores pueden ser coenzimas o iones inorgnicos (Zn2+, Mg2+,
Mn2+...).
Coenzimas vitamnicas
De acuerdo a la funcin pueden distinguirse dos tipos de coenzimas vitamnicas:
coenzimas de xido-reduccin, que participan en reacciones de oxidacin (prdida de
electrones) o de reduccin (ganancia de electrones), de modo que estas coenzimas son
transportadoras de electrones; y coenzimas transportadoras de grupos, que transportan
grupos qumicos (por ejemplo CO2), pero no transportan electrones.
94
Bioqumica - Tema 11
Coenzimas de xido-reduccin
Dentro de las coenzimas de transporte electrnico se distinguen dos tipos: los nucletidos
de nicotinamida (NAD+ y NADP+) y los nucletidos de flavina (FMN y FAD).
Las dos coenzimas que contienen nicotinamida como componente esencial son el
dinucletido de nicotinamida y de adenina (NAD) y el fosfato del dinucletido de
nicotinamida y de adenina (NADP).
NADH
Adenina
NAD+
95
Alberto Fonte Polo
Las formas oxidadas y las formas reducidas de estas coenzimas no absorben la luz
de igual modo. Tienen diferente espectro de absorcin, el espectro de absorcin es
la representacin grfica de la absorbancia a distinta longitud de onda ().
96
Bioqumica - Tema 11
97
Alberto Fonte Polo
98
Bioqumica - Tema 11
cido flico: el cido flico (del latn folium, hoja), que se encontr
primeramente en las hojas de espinaca, est ampliamente distribuido en las plantas;
su deficiencia en los mamferos provoca una disminucin del crecimiento, y la
aparicin de diversas formas de anemia.
99
Alberto Fonte Polo
Estas reacciones tienen lugar en dos etapas. En la primera, el grupo amino del -
aminocido reacciona con el grupo carbonilo del fosfato de piridoxal, unido
ntimamente a la enzima, y se forma el correspondiente -cetocido, y se libera de la
enzima con el grupo amino unido covalentemente en forma de fosfafo de
piridoxamina. En la segunda etapa, por inversin de esta secuencia de reacciones, la
forma aminada de la aminotransferasa puede transferir entonces su grupo amino a
otro -cetocido, para producir el aminocido correspondiente.
Otro ejemplo:
CO2
L-His descarboxilasa
L-His (Fosfato de piridoxal) Histamina
100
Bioqumica - Tema 11
Vitamina B12: la vitamina B12, conocida tambin como cianocobalamina, posee dos
componentes caractersticos. El mayor es el sistema de anillos de corrina, que se
parece al sistema de la porfirina de la hemoglobina en que contiene cuatro anillos
101
Alberto Fonte Polo
del tipo pirrol. Coordinado con los cuatro tomos de nitrgeno internos del sistema
anular de la corrina hay un tomo de cobalto. El segundo componente principal de
la vitamina B12 es el ribonucletido de 5,6-dimetilbenzimidazol.
Anillo de corrina
Bencil imidazol
metilcobalamina
Homocistena Metionina
Cobalamina Metilcobalamina
Si no hay vitamina B12, no se recicla el cido flico (FH4). De ah que los sntomas
de una deficiencia de vitamina B12 son iguales a los de una deficiencia de cido
flico. La vitamina B12 slo se encuentra en alimentos de origen animal.
La anemia perniciosa es un tipo de anemia megaloblstica causada por
dficit de vitamina B12 debido a un defecto en la absorcin de sta. La falta del
102
Bioqumica - Tema 11
103
Tema 13 Las Hormonas
Concepto de hormona
Las hormonas son mensajeros qumicos que necesitan los organismos pluricelulares para
que haya una comunicacin entre las clulas. Permiten que los rganos y tejidos funcionen
de manera organizada.
Segn el radio de accin: dependiendo de la distancia que hay desde la clula secretora
hasta la clula diana, pueden diferenciarse tres modos de accin:
Accin endocrina: la hormona se libera a la sangre para actuar sobre una clula
diana alejada del lugar de liberacin. El ejemplo ms representativo es la insulina.
104
Bioqumica - Tema 13
Los islotes de Langerhans del pncreas producen hormonas de accin endocrina, las
clulas liberan glucagn, las clulas liberan insulina, y las clulas liberan
somatostatina. Ante niveles elevados de glucosa en sangre se incrementa la
secrecin de insulina.
105
Alberto Fonte Polo
Biosntesis de las
catecolaminas
T4 T3
106
Bioqumica - Tema 13
107
Alberto Fonte Polo
108
Bioqumica - Tema 13
1 diana
2 diana
Aparte de secretar varios factores liberadores e inhibidores que actan sobre la pituitaria
anterior, el hipotlamo tambin produce hormonas, la oxitocina y la vasopresina (u
hormona antidiurtica), importantes en la secrecin lctea y en el equilibrio del agua,
respectivamente. Estas hormonas pasan a la pituitaria posterior, desde la cual son liberadas
a la sangre del cuerpo, para actuar sobre el msculo liso de la glndula mamaria y las
arteriolas, respectivamente.
Por otra parte, la mdula adrenal segrega adrenalina, en respuesta a un estmulo
directo del SNC a travs del hipotlamo, que acta sobre el hgado, el corazn y el
msculo.
La secrecin hormonal est regulada por una compleja red de controles. Los estmulos
externos transmitidos por el sistema nervioso modulan la actividad del hipotlamo. La
secrecin de las hormonas trpicas por parte de la pituitaria anterior es, a su vez, modulada
por una retroalimentacin negativa (feed-back) ejercida por las secreciones caractersticas
de sus glndulas blanco. Por ejemplo, una elevada concentracin en sangre de las hormonas
glucocorticoides, secretadas por el crtex adrenal, induce una retroinhibicin de la
secrecin pituitaria de ACTH.
La secrecin de algunas hormonas es modulada por la concentracin de metabolitos
especficos de la sangre; por ejemplo, la liberacin de insulina por el pncreas es estimulada
cuando el nivel de glucosa en sangre se eleva. Por otra parte, las concentraciones
109
Alberto Fonte Polo
[Hormona-Receptor]
Bmx
Curva de saturacin
de un receptor
0 Kd [Hormona] por una hormona
110
Bioqumica - Tema 13
Receptores nucleares
Los ligandos tpicos de los receptores nucleares son hormonas liposolubles, como las
hormonas esteroideas, las hormonas tiroideas, y los derivados de la vitamina A y vitamina
D. Estas hormonas desempean una funcin muy importante en la regulacin del
metabolismo, en las funciones de muchos rganos, en el proceso de desarrollo y
crecimiento de los organismos y en la diferenciacin celular. Actan regulando la
transcripcin gnica.
A cierta distancia de la clula diana se encuentra una clula endocrina que vierte la
hormona liposoluble a la sangre, donde se asociar a una protena de transporte, como por
ejemplo la albmina, o la TBG (globulina ligante de tiroxina). La hormona se disocia de la
protena transportadora al llegar a la clula diana, y atraviesa la membrana lipdica,
normalmente por difusin pasiva.
En el interior se asocia a su receptor hormonal, formando un complejo hormona-
receptor e inicia la cascada de seales. Los receptores nucleares son activadores de la
transcripcin, y junto con el ligando u hormona pasan a travs de la membrana nuclear al
interior del ncleo y activan la transcripcin de ciertos genes y por lo tanto la produccin de
una protena.
Los receptores nucleares que son activados por hormonas activan receptores especficos del
ADN llamados elementos de respuesta a hormonas (ERH), que son secuencias de ADN
que estn situadas en la regin promotora de los genes que son activados por el complejo
hormona-receptor. Existen secuencias ERG: elementos de respuesta a los glucocorticoides,
y secuencias ERE: elementos de respuesta a los estrgenos. La interaccin de la hormona-
receptor con la secuencia ERH correspondiente produce un aumento en la cantidad de
ARNm transcrito, el cual llegar al citosol para ser traducido a una protena determinada. El
efecto de las hormonas liposolubles es aumentar la cantidad de una protena especfica, que
suele ser una enzima. Controlando la concentracin de la enzima se puede controlar la ruta
metablica que cataliza.
La activacin de la transcripcin de genes es mucho ms lenta que las seales que
directamente afectan a protenas ya existentes. Como consecuencia, los efectos de las
hormonas inductoras de la expresin gentica se producen a largo plazo.
111
Alberto Fonte Polo
Receptores de membrana
Los receptores de membrana son protenas integrales, con una porcin extracelular a la cual
se unen las hormonas hidrosolubles. Se distinguen distintos tipos de receptores:
112
Bioqumica - Tema 13
Extracelular
1 2 3
1 2 3
Intracelular
Esquema de un receptor con 7 dominios transmembrana. En realidad, las 7 hlices estn unidas
formando un crculo, delimitando as una especie de hendidura o cavidad dentro de la membrana.
113
Alberto Fonte Polo
la subunidad por el GDP. El GTP, abundante en las clulas, ocupa los lugares que deja
libres el GDP. La subunidad , activada as por la unin a GTP, se disocia a la vez del
receptor y de las subunidades -, y puede entonces activar (o inhibir) todo un abanico de
efectores.
Estos efectores pueden ser, segn el caso, enzimas como la adenilato ciclasa, la
fosfolipasa, etc., que provocan a su vez un aumento del nmero de molculas llamadas
segundos mensajeros, o incluso de canales inicos. As se obtiene el resultado deseado: ha
tenido lugar la transduccin de la seal. Posteriormente, la actividad GTPasa intrnseca de
la subunidad ser la responsable del retorno al estado inicial y, por tanto, pondr fin a la
accin observada.
Efectores hormonales
Representacin de la reaccin
catalizada por la adenilato
ciclasa y la fosfodiesterasa
115
Alberto Fonte Polo
Una hormona que opera a travs de este sistema se une a un receptor especfico de
la membrana celular, que interacciona con una protena G segn un mecanismo
similar al de la ruta de la protena quinasa A y transduce la seal, lo que da como
116
Bioqumica - Tema 13
118
Tema 14 Propiedades Fisicoqumicas y
Estructura de los cidos Nucleicos
119
Alberto Fonte Polo
Estructura de la pentosa
El grupo hidroxilo (OH) del C1 est en posicin (hacia arriba), esta posicin es ms
estable que la posicin .
Tautomera
aminoimino
A (amino) A* (imino)
Tautomera
cetoenlica
G (ceto) G* (enol)
120
Bioqumica - Tema 14
La molcula de pentosa junto a la base nitrogenada forma el nuclesido. Existen dos tipos
de nuclesidos: los ribonuclesidos, que contienen ribosa como componente glucdico, y
los desoxirribonuclesidos, que contienen desoxirribosa.
ste enlace no es un enlace rgido, tiene libertad de giro, puede girar 180 y pasar de una
configuracin sin a una configuracin anti. La configuracin anti es la forma ms
estable y la ms comn en los cidos nucleicos, ya que presenta menos impedimentos.
121
Alberto Fonte Polo
sinadenosina antiadenosina
Nomenclatura de nuclesidos:
Base Ribonuclesido Desoxirribonuclesido
A adenosina desoxiadenosina
G guanosina desoxiguanosina
C citidina desoxicitidina
U uridina
T desoxitimidina
El nuclesido se une al grupo fosfato mediante un enlace fosfoster (enlace covalente) para
formar el nucletido (nuclesido5monofosfato).
Nomenclatura de nucletidos:
Base Ribonucletido Desoxirribonucletido
adenosina5'monofosfato desoxiadenosina5'monofosfato
A (AMP o adenilato) (dAMP o desoxiadenilato)
guanosina5'monofosfato desoxiguanosina5'monofosfato
G (GMP o guanilato) (dGMP o desoxiguanilato)
citidina5'monofosfato desoxicitidina5'monofosfato
C (CMP o citidilato) (dCMP o desoxicitidilato)
uridina5'monofosfato
U (UMP o uridilato)
desoxitimidina5'monofosfato
T (dTMP o desoxitimidilato)
Nuclesido Nucletido
(configuracin sin) (configuracin sin)
122
Bioqumica - Tema 14
Unin de nucletidos
Todas las cadenas de nucletidos tienen polaridad, dado que el extremo 3 es un hidroxilo
y el extremo 5 es un grupo fosfato.
extremo 5 dinucletido
(grupo fosfato libre)
extremo 3
(grupo OH libre)
Las enzimas polimerasas catalizan la unin de nucletidos, hay ADN polimerasas y ARN
polimerasas. Los sustratos de estas enzimas son nucletidos trifosfato, es decir, con 3
fosfatos (, y ) en el extremo 5. La ruptura del enlace entre el fosfato y el fosfato
proporciona la energa necesaria para la reaccin de polimerizacin.
pApGpCpT AGCT
123
Alberto Fonte Polo
Watson y Crick, en 1953, propusieron un modelo para explicar la estructura del ADN, para
ello se basaron en los datos obtenidos por Chargaff, y por Wilkins y Franklin.
Chargaff (1950) aisl ADN de diferentes especies y de distintos tejidos, y observ que la
cantidad de bases pricas era similar a la cantidad de bases pirimidnicas. Adems, observ
que [A] [T], y que [G] [C].
Wilkins y Franklin usaron la difraccin de rayos X con ADN puro cristalizado de distintos
organismos. Esta tcnica consiste en emitir un haz de rayos X sobre la fibra de ADN, lo que
provoca la difraccin de los rayos, que quedan impresionados en una pelcula de rayos X.
As puede verse si hay periodicidad de bases y determinar distancias entre tomos. El
patrn de difraccin que obtuvieron era el caracterstico de una estructura helicoidal.
124
Bioqumica - Tema 14
Las dos cadenas se mantienen unidas por puentes de hidrgeno entre las bases
nitrogenadas. No pueden aparear dos bases pricas entre s, debido a que son muy
voluminosas, tampoco pueden unirse dos bases pirimidnicas entre s, ya que a pesar
de entrar en el dimetro de 20 , quedan muy separadas como para establecer
puentes de hidrgeno. Por ello, las uniones se establecen entre una base prica y una
pirimidnica. Citosina y guanina se unen por medio de tres puentes de hidrgeno
(GC), y adenina y timina por medio de dos (A=T).
La hlice tiene dos surcos, uno mayor y otro menor. Estos surcos se repiten a lo
largo de la cadena.
Existe complementariedad de bases entre las dos cadenas, es decir, sabiendo una de
las cadenas del ADN, la otra queda determinada de forma automtica, segn las
reglas de apareamiento de las bases (A con T, y G con C).
125
Alberto Fonte Polo
19
La estructura terciaria del ADN no est determinada por la estructura primaria, es decir, por
la secuencia de nucletidos del ADN. Se forma cuando la molcula de ADN se pliega sobre
s misma. El ADN puede aparecer como molcula circular o lineal:
ADN circular:
o en mitocondrias y cloroplastos
o en bacterias: cromosoma bacteriano y plsmidos
ADN lineal:
o en virus
o en cromosomas eucariotas (cromatina)
126
Bioqumica - Tema 14
Es una molcula cida. Muy estable en disoluciones salinas diluidas, ya que las
cargas de la disolucin salina se neutralizan con las del ADN.
Propiedades fsicas
Para determinar la pureza de una solucin (es decir, para saber la cantidad de
protenas que tiene) se realizan dos mediciones: una a =260 nm, la longitud de
onda a la que tienen mayor absorbancia los cidos nucleicos, y otra a =280 nm, que
es la longitud de onda a la aparece una mayor absorbancia en las protenas.
A
En el ADN : 260 1,6 1,8
A280
Reactividad
Las molculas de ADN son resistentes a hidrlisis bsica, pero son susceptibles a la
hidrlisis cida. En hidrlisis cida con cido fuerte (HCl 1M) se hidrolizan todos
los enlaces fosfodister y todos los enlaces Nglucosdicos, y se liberan todas las
bases nitrogenadas. En hidrlisis con cido dbil se mantienen los enlaces
fosfodister y se hidrolizan los enlaces Nglucosdicos de las bases pricas, de
modo que el ADN se convierte en un cido apurnico. Esto permite conocer la
composicin de bases del ADN, y su nmero. Por el contrario, las molculas de
ARN no son resistentes a hidrlisis en medio bsico.
Las soluciones de ADN duplexo son muy viscosas. Sin embargo, el ARN y el ADN
simplexo no originan soluciones viscosas, sino que forman estructuras globulares,
debido a apareamientos intracatenarios.
ARN mensajero
El ARNm transporta la informacin gentica desde el ADN hasta el ribosoma, para que sea
traducido a protena. Hay diferencias entre el ARNm de procariotas y de eucariotas:
En procariotas el ARNm es policistrnico, es decir, contiene informacin para ms
de una protena. Adems, el ARNm sintetizado no necesita pasar ningn proceso de
maduracin.
En eucariotas el ARNm es monocistrnico, slo contiene informacin para una
protena. En ste caso el ADN se transcribe a ARNhn (transcrito primario) que debe
pasar una etapa de maduracin para originar un ARNm funcional. En la etapa de
maduracin intervienen los ARNsn, los llamados nucleares pequeos.
ARN de transferencia
Los ARNt presentan, adems de los cuatro nucletidos bsicos, otros nucletidos poco
frecuentes (suelen ser formas metiladas de las normales, representan el 10 % del total). La
funcin del ARNt es unirse a un determinado aminocido y transportarlo al ribosoma para
que se pueda incorporar a la cadena peptdica. El aminoacilARNt es el ARNt activado.
Son molculas estables, que tienen una vida media de varios das.
El ARNt acta de traductor, permite descifrar el lenguaje de los genes. Como
mnimo se necesitan 32 ARNt para leer cualquier mensaje.
ARN ribosmico
El ARNr tiene un papel estructural: se asocia con protenas para formar las subunidades de
los ribosomas. Hay varios tipos de ARN ribosomal en funcin de su coeficiente de
sedimentacin.
En procariotas:
o 23 S: tiene actividad enzimtica (ribozima), cataliza la formacin de los enlaces
peptdicos durante la traduccin. Tiene actividad peptidiltransferasa o
transpeptidasa.
o 16 S: fija el ARNm a la subunidad menor del ribosoma.
o 5 S.
En eucariotas:
o 28 S
o 18 S
o 5,8 S
o 5S
129
Alberto Fonte Polo
Los ARN son molculas monocatenarias pero mediante apareamientos intracatenarios, los
ARNt y los ARNr, dan lugar a estructuras secundarias locales. Tipos:
horquilla
Las horquillas giran en sentido dextrgiro, adquiriendo forma de hlice, con las
caractersticas del ADNA. Son estructuras estables gracias a los puentes de
hidrgeno y a las interacciones hidrofbicas por apareamiento de bases.
Gracias a la formacin de estas estructuras el ARN se hace tan estable como el ADN. Hay
protenas que evitan estos apareamientos durante la traduccin.
Si el ARN se sigue plegando aparecen estructuras terciarias. Estas estructuras slo se han
estudiado en los ARNt, ya que son las nicas molculas que se han podido cristalizar y
analizar con rayos X.
130
Bioqumica - Tema 14
El primer bucle es el bucle TC, siempre aparecen las siguientes bases: timina (T),
pseudouridina (), y citosina (C). El segundo es el bucle variable, muy variable en longitud
y en composicin. El tercer bucle es el bucle del anticodn, aqu se encuentra el anticodn
(3 nucletidos) que es complementario al codn (triplete de nucletidos) del ARNm. Esto
es necesario para la incorporacin de los aminocidos a la cadena naciente. El cuarto bucle
es el bucle D, en el que hay una dihidrouridina (D). ste bucle juega un papel importante
en el reconocimiento del ribosoma. En el extremo 5 hay, en la mayora de los casos, una
guanosina terminal.
Pseudouridina ()
Dihidrouridina (D)
131
Tema 15 Replicacin del ADN
Caracteres generales
La replicacin es el proceso por el cual se obtienen dos molculas duplexas hijas de ADN
a partir de una molcula duplexa de ADN parental, con la misma secuencia de bases. Cada
una de las nuevas molculas se segrega a una clula hija.
Modelos de replicacin
Modelo
semiconservativo
Modelo conservativo
Modelo dispersivo
La hiptesis cierta es la del modelo semiconservativo, fue demostrada por Meselson y Stahl
en 1958.
El material biolgico de este experimento fue la bacteria E. coli y la metodologa
fue la centrifugacin en gradiente de densidad en cloruro de cesio (con este mtodo, las
molculas se detienen en la regin del gradiente donde hay una densidad igual a la suya) y
el uso del istopo pesado 15N (que no es radiactivo). Se basaban en que, si se centrifugaba
una mezcla de tres ADN (ADN14, ADN15 y ADN1415), en el tubo de centrfuga aparecan
tres bandas, donde el ADN14 es el ms ligero, el ADN14-15 es una banda intermedia y el
ADN15 es el ms pesado.
132
Bioqumica - Tema 15
Meselson y Stahl cultivaron E. coli en un medio con cloruro amnico con 15N (15NH4Cl).
Al centrifugar en gradiente de densidad con CsCl, obtenan una nica banda de ADN15.
Pasaron bacterias a otro medio con 14N, esperaron una ronda de replicacin, y al
centrifugar, obtuvieron una banda de densidad intermedia de ADN hbrido (ADN1415).
Esperaron a que se formara una segunda generacin de bacterias en el medio de cultivo con
14
N, las centrifugaron en cloruro de cesio y vieron en el tubo de centrifuga dos bandas de
ADN del mismo grosor, hay un 50% de ADN14 y un 50% de ADN hbrido.
Dejaron que apareciera una tercera generacin cultivada en un medio con 14N, y tras
centrifugarlas en gradiente de densidad de cloruro de cesio vieron dos bandas de ADN
desiguales, haba un 75% de ADN14 y un 25% de ADN hbrido.
133
Alberto Fonte Polo
Origen de replicacin
Estructura
Burbuja de
replicacin
Horquilla de
replicacin
Las secuencias del origen de replicacin son ricas en nucletidos de adenina y timina, que
son ms fciles de separar al formar slo dos enlaces de hidrgeno. Tambin hay secuencias
de reconocimiento para protenas iniciadoras que contribuirn a desnaturalizar el ADN.
Replicacin bidireccional
Cada replicn origina dos horquillas de replicacin, que son el lugar donde realmente se
replica el ADN.
134
Bioqumica - Tema 15
Replicacin semidiscontnua
La hebra lder o hebra conductora es la hebra que se sintetiza en el mismo sentido que la
horquilla, es decir, de forma continua. La otra hebra es la hebra retardada o hebra
rezagada, que se sintetiza por medio de cortos fragmentos de ADN, denominados
fragmentos de Okazaki (100200 nucletidos). Posteriormente estos fragmentos se irn
uniendo mediante la accin de la ADN ligasa.
Aunque la replicacin sea semidiscontinua, ocurre de forma simultnea en las dos cadenas.
135
Alberto Fonte Polo
ADN polimerasas
Tipos
La sntesis de la nueva cadena de ADN es llevada a cabo por las ADN polimerasas, de las
cuales existen varios tipos. En E. coli se han aislado 5 ADN polimerasas diferentes:
Actividades catalticas
Las ADN polimerasas I, II y III tienen actividad polimersica 53, para llevar a cabo la
reaccin de polimerizacin. Tambin tienen actividad exonucleasa 3 (actividad correctora
de pruebas), as pueden liberar los nucletidos del extremo 3 de la cadena, y de este modo
pueden corregir sus propios errores. La ADN polimerasa I adems tiene actividad
exonucleasa 5, provoca la liberacin del nucletido del extremo 5. La ADN polimerasa I
es la nica que tiene tres actividades enzimticas.
Estructura
La estructura de las ADN polimerasas se asemeja a una mano parcialmente cerrada, con
tres dominios:
Dominio de la palma.
Dominio de los dedos.
Dominio del pulgar.
137
Alberto Fonte Polo
El ncleo por s solo podra catalizar la sntesis de ADN, pero se asociar a dos
subunidades , que forman la pinza deslizante o abrazadera. Esta pinza rodea a la hebra de
ADN, elevando la procesividad de la ADN polimerasa III, explicando la alta velocidad de
sntesis.
Iniciacin
138
Bioqumica - Tema 15
Modelo de iniciacin de la
replicacin de ADN en E. coli
Por tanto, la Dna B no es slo una protena iniciadora, sino que interviene tambin durante
toda la sntesis del ADN. Solamente la Dna A y la Dna C son exclusivamente protenas
iniciadoras.
Cuando la helicasa separa las cadenas de ADN, se origina una regin de ADN simplexo,
para proteger este ADN se unen las protenas SSB. Las protenas SSB cumplen dos
funciones: proteger a las cadenas de ADN monocatenario de la degradacin, y evitar que se
unan de nuevo.
139
Alberto Fonte Polo
Adems, cuando la protena Dna B separa las cadenas se genera una enorme tensin de
torsin a ambos lados de la burbuja de replicacin. La topoisomerasa II (que en E. coli es
la Dna girasa) relaja la cadena, puesto que corta las dos cadenas, alivia la tensin y vuelve
a sellar los cortes.
La ADN polimerasa III solamente sabe sintetizar ADN en la direccin 53, aadiendo
nucletidos al extremo 3 OH de otro nucletido. Para que se pueda iniciar la sntesis de
ADN se necesita un extremo 3 OH al que ir aadiendo nucletidos, y ese extremo lo
suministra un ARN de pequeo tamao que se denomina ARN cebador o primer. Dicho
cebador lo sintetiza una enzima denominada primasa.
Elongacin
Mella: espacio
donde falta un
enlace covalente.
Hueco: espacio
donde falta uno o
varios nucletidos.
141
Alberto Fonte Polo
En ltimo lugar, la ADN ligasa une covalentemente el extremo 3 del fragmento 2 con el 5
del fragmento 1. Para ello se requiere un cofactor: NAD+ (en procariotas) o ATP (en
eucariotas). La formacin del enlace fosfodister implica un ataque nuclefilo, y para que el
ataque tenga lugar, la ligasa activa el extremo 5 fosfato. La enzima cataliza el transporte de
AMP al extremo 5, entonces el OH del extremo 3 ataca al fosfato del extremo 5, y se
forma el enlace fosfodister.
Terminacin
Las dos horquillas de replicacin avanzan en sentidos opuestos y con una misma velocidad,
hasta encontrarse en un punto diametralmente opuesto a oriC (de donde partieron). Existen
adems sitios especficos de terminacin, las secuencias Ter (secuencias consenso), que
garantizan que ambas horquillas se encuentren si ocurre algn retraso de una con respecto a
la otra. Estas secuencias son reconocidas por la protena Tus. La unin de la protena Tus a
la secuencia Ter frena a la horquilla de replicacin, mediante una actividad antihelicasa
(inhibe a la protena Dna B), de este modo no se desenrollarn las dos cadenas de ADN.
A veces una horquilla puede ir ms lenta que la otra. La horquilla ms rpida ser detenida
por la protena Tus, la otra se detendr espontneamente al encontrarse con la horquilla
detenida. La horquilla ms rpida debe detenerse para que no ocurra la sobrerreplicacin
del ADN.
Concepto
La transcripcin es el proceso encargado de la sntesis de una molcula de ARN a partir de
la informacin codificante del ADN (los genes). Esta copia est catalizada por la ARN
polimerasa.
Un gen es una regin del ADN que codifica para una protena. sta es la definicin clsica,
pero no es totalmente correcta, ya que el producto final del gen no es siempre una protena,
puede dar lugar a ARNt o ARNr. Adems, un gen no slo tiene regiones codificantes,
tambin tiene regiones no codificantes. Por lo tanto, la definicin ms correcta sera: un gen
es un conjunto de secuencias de ADN, reguladoras y estructurales, necesarias para codificar
un producto gnico.
Al igual que hay un promotor tambin hay un terminador, que se encuentra en el extremo
de la regin estructural, es necesario para que finalice la transcripcin.
Gen
143
Alberto Fonte Polo
Regin reguladora
En la transcripcin slo una de las cadenas se usa como molde, el promotor determina que
cadena usar la ARN polimerasa como plantilla. La ARN polimerasa slo lee en direccin
35, por lo que segn este el promotor a la derecha o la izquierda del gen, se usar una
cadena u otra del ADN como molde.
No se requiere cebador, las ARN polimerasas son autoiniciadoras. Tienen dos sitios de
unin: el sitio de iniciacin, donde se incorpora el primer ribonucletido (+1), que suele ser
ATP o GTP, y el sitio de elongacin, aqu se incorpora el ribonucletido de la posicin +2,
y tras l todos los dems. De este modo no es necesario ningn cebador.
144
Bioqumica - Tema 16
El grupo hidroxilo del primer ribonucletido realiza un ataque nucleoflico sobre el fosfato
del segundo ribonucletido, de este modo se forma un enlace fosfodister.
Por cada enlace fosfodister se libera un PPi, que se hidroliza a 2 Pi para hacer que
el proceso sea irreversible, en una reaccin catalizada por la pirofosfatasa.
ARN polimerasas
Las ARN polimerasas, o transcriptasas, son enzimas que sintetizan ARN a partir de la
hebra molde de ADN. Sin embargo, hay diferencias entre eucariotas y procariotas.
Procariotas
Estructura tridimensional
de la ARN polimerasa
Eucariotas
145
Alberto Fonte Polo
ARN polimerasa I: transcribe un gen que codifica para 3 de los 4 ARNr (28 S, 18 S
y 5,8 S). Los tres forman parte de una sola cadena de 45 S, que es cortada en la
etapa de maduracin.
ARN polimerasa II: transcribe todos los genes codificantes de protenas, los
ARNhn (nucleares heterogneos) que al madurar dan lugar al ARNm. Tambin es
responsable de la transcripcin de los ARNsn.
ARN polimerasa III: transcribe al ARNt y al ARNr de 5 S.
Transcripcin en procariotas
La transcripcin bacteriana (E. coli) tiene 3 etapas: iniciacin, elongacin y terminacin. En
la iniciacin la ARN polimerasa se encuentra en forma de holoenzima. En la elongacin
slo participa el ncleo de la ARN polimerasa. La terminacin ocurre cuando la enzima
alcanza las secuencias terminadoras.
Iniciacin
La holoenzima ARN polimerasa se une aleatoriamente a la doble hlice de ADN (se une a
las dos hebras). En este punto la enzima tiene baja afinidad por el ADN. Posteriormente, la
ARN polimerasa se desplaza por la doble hlice en busca del promotor. Cuando el factor
reconoce el promotor, aumenta la afinidad de la ARN polimerasa por l, y se forma un
complejo promotor cerrado.
En las bacterias hay distintos tipos de factores , el ms comn es el factor 70, reconoce la
mayora de los promotores.
Hay dos regiones del ADN que presentan secuencias consenso de nucletidos importantes
para la unin con el factor :
Regin 10: cuya secuencia consenso es TATAAT, se denomina caja Pribnow.
Regin 35: cuya secuencia consenso es TTGACA.
146
Bioqumica - Tema 16
Para iniciar la sntesis del ARN se tendr que desnaturalizar parte del gen, y por ello, la
ARN polimerasa desenrolla la hlice. Se desenrolla parte de la regin promotora y parte de
la regin estructural, inicialmente se desenrolla una vuelta de hlice, es decir, 12 pares de
bases: desde la posicin 11 hasta la +2. Es as como se forma el complejo promotor
abierto.
147
Alberto Fonte Polo
formar una cadena de 10 ribonucletidos (unidos a la hebra molde, formando una molcula
hibrida de ADNARN).
Elongacin
Para volver a enrollar el ADN que ya se ha transcrito se requiere una topoisomerasa I, que
renaturaliza el ADN. En las zonas de superenrollamiento se acumula tensin, se requiere
una topoisomerasa II.
El ADN que ha sido transcrito puede volver a ser transcrito de nuevo, por otra ARN
polimerasa. As, pueden obtenerse muchas copias en poco tiempo.
Superenrollamiento positivo
Topoisomerasa II
Topoisomerasa I
Burbuja de
Superenrollamiento transcripcin
negativo
Hebra no-molde
ARN polimerasa
ADN
Hebra molde
Centro activo
Hbrido ADN-ARN
ARN Direccin de transcripcin
Terminacin
Cuando el ncleo de la ARN polimerasa alcanza las secuencias de terminacin del ADN, la
transcripcin finaliza.
En las bacterias hay dos mecanismos de terminacin alternativos, en cada gen ocurrir uno.
Uno es la terminacin independiente de Rho, el otro es la terminacin dependiente de Rho.
ricas en G y C, es decir, que se lee en los dos sentidos de la misma manera. Una de
estas secuencias palindrmicas es complementaria a la otra. Adems, tras esas
secuencias, se encuentra una regin poliA final: GCCCG........CGGGC........ AAAA
En el ARN se dar la secuencia complementaria: CGGGC........GCCCG........UUUU
horquilla
149
Alberto Fonte Polo
Salvo el ARNm de procariotas, los dems ARN son inmaduros, son transcritos primarios.
Necesitarn sufrir una maduracin, en la que intervienen exonucleasas. Se modificar
qumicamente el ARN, por ejemplo, se metilarn algunas bases para aumentar la resistencia
a la degradacin enzimtica del ARN.
150
Tema 17 Traduccin
Introduccin
La traduccin es el proceso que conducir a la sntesis de protenas a partir de la
informacin contenida en el ARNm. Este proceso requiere mucha energa, se consumen 4
molculas de ATP por cada aminocido que se incorpora a la cadena. El 80% de la energa
proporcionada por los alimentos se dedica a esta sntesis proteica.
Requerimientos:
El cdigo gentico
Es la correlacin entre nucletidos y aminocidos. El codn es la unidad de codificacin.
Cuando se desconoca el cdigo gentico se trat de averiguar la unidad de codificacin.
Se hicieron tres supuestos:
1. Si cada base codificase para un aminocido, podra haber tan solo cuatro
aminocidos distintos, lo que implica que el cdigo gentico no tiene una
correspondencia 1:1.
151
Alberto Fonte Polo
2. Ahora bien, si se supone que cada dos bases codifican para un aminocido, se ve
que el nmero de aminocidos distintos que se tendra en el lenguaje de los cidos
nucleicos sera de 16 aminocidos (42). Por ello, tampoco es vlida la relacin 2:1.
3. Sin embargo, si se supone que cada tres bases codifican para un aminocido, se ve
que el nmero de aminocidos distintos es de 64 aminocidos (43). Como este
nmero es mucho ms grande que el nmero de aminocidos codificables que existe
(20), la relacin 3:1 (un triplete, un aminocido), es vlida. As pues, a cada triplete
se le denomina codn.
U C A G
UUU UCU UAU UGU U
Phe Tyr Cys
UUC UCC UAC UGC C
U UUA
Leu
UCA
Ser
UAA
STOP
UGA STOP A
UUG UCG UAG UGG Trp G
CUU CCU CAU CGU U
His
CUC CCC CAC CGC C
C CUA
Leu
CCA
Pro
CAA CGA
Arg
A
Gln
CUG CCG CAG CGG G
AUU ACU AAU AGU U
Asn Ser
AUC Ile ACC AAC AGC C
A AUA ACA
Thr
AAA
Lys
AGA
Arg
A
AUG Met ACG AAG AGG G
GUU GCU GAU GGU U
Asp
GUC GCC GAC GGC C
G GUA
Val
GCA
Ala
GAA
Glu
GGA
Gly
A
GUG GCG GAG GGG G
De los 64 codones distintos hay 3 codones de terminacin, son: UAA, UAG y UGA.
Cuando son ledos se detiene la sntesis proteica, ya que no hay ningn ARNt que los
reconozca.
Por lo tanto, hay 61 codones codificantes y solamente hay 20 aminocidos
codificables, esto indica que un mismo aminocido puede venir codificado por distintos
tripletes, estos tripletes son codones sinnimos. Esto se debe a que el cdigo gentico es
degenerado.
152
Bioqumica - Tema 17
El triplete AUG es el codn de iniciacin, codifica para metionina. Todas las protenas de
eucariotas llevan en el primer lugar de su cadena polipeptidica una metionina, al menos
antes de la maduracin. En procariotas el codn AUG, cuando est al inicio, codifica para
formilmetionina.
La hiptesis del balanceo (Crick, 1966) explica la degeneracin del cdigo gentico.
ARNt 3 5
Posicin de
balanceo
1 2 3
anticodn
ARNm 5 3
1 2 3
codn
Cuando la tercera base del anticodn es la guanina, es decir cuando la guanina est en la
posicin de balanceo, puede unirse tanto a citosina, como a uracilo, que es la otra base
pirimidnica. Hay por lo tanto dos codones posibles, ambos codifican para un mismo
aminocido, son codones sinnimos.
3 5 3 5
X Y G X Y U
YXC aa1 5 3 YXA aa2
5 3
Y X YXU aa1 Y X YXG aa2
3 5
X Y I YXU aa3
5 3 YXA aa3
Y X YXC aa3
153
Alberto Fonte Polo
Adems de ser degenerado, el cdigo gentico es casi universal, es decir, los mismos
codones codifican para un mismo aminocido en la mayora de los seres vivos, a excepcin
de los protozoos y de las mitocondrias.
La lectura del cdigo gentico es una lectura continua y sin solapamientos. La nica
interrupcin sera un codn de terminacin.
ataque nucleoflico
aminoacil~AMP
155
Alberto Fonte Polo
aminoacil~tRNA
Para que la reaccin sea irreversible, el pirofosfato se hidrolizar a dos fosfatos por medio
de la pirofosfatasa:
PPi Pirofosfat
asa
2Pi
La tasa de error de esta sintetasa es de 104, aunque este valor es relativamente alto, no
supone un gran problema, ya que las protenas no se transmiten a la descendencia, y adems
se sintetizan en un gran nmero.
156
Bioqumica - Tema 17
Etapa ribosomal
Subunidad mayor: hay 34 protenas distintas y 2 clases de ARNr: 23S (que es una
ribozima con actividad peptidil transferasa) y 5S.
Subunidad menor: hay 21 protenas distintas y solamente se encuentra en l el
ARNr 16S (que fija el ARNm al ribosoma).
50 S
30 S
Fase de iniciacin
En la fase de iniciacin, participan las dos subunidades del ribosoma, el ARNm y los
factores de iniciacin, de los cuales hay tres tipos: IF1, IF2 e IF3. De stos, el IF2 tiene
actividad enzimtica GTPasa y va asociado a GTP.
157
Alberto Fonte Polo
Para que se suceda la unin del ARNm al ribosoma, tiene que estar presente el codn de
inicio AUG en el ARNm (al igual que ha de tener un codn de terminacin para la ltima
fase de la traduccin). Precediendo a este codn de inicio, en los procariotas, se ve una
secuencia rica en bases pricas (A y G), conocida como secuencia de ShineDalgarno (en
el extremo 5) que es complementaria a una secuencia de bases del ARNr 16S (es decir, del
ARNr de la subunidad pequea), en esta secuencia es donde se une el ribosoma. De este
modo el ribosoma reconoce al codn de inicio (AUG) para que comience la traduccin.
158
Bioqumica - Tema 17
UAA
secuencia UAG
Shine-Dalgarno AUG UGA
5 3 ARNm
La unin del aminoacil~tRNA al ribosoma requiere el factor IF2, que es el nico que puede
reconocer la formilmetionil~tRNA para unirse a ella y transportarla al ribosoma. Tras esto,
se forma un complejo de tres molculas: ARNm, formilmetionil~tRNA y los factores de
iniciacin. El anticodn del formilmetionil~tRNA se une al codn (AUG) del ARNm y, a
pesar de que no estn las dos subunidades, se inicia la sntesis proteica, formndose el
complejo de iniciacin 30S.
Fase de elongacin
La elongacin ocurre de manera cclica, de modo que ese ciclo se compone de tres pasos:
Inicio (entrada del nuevo aminoacil~tRNA al sitio A): se parte del complejo de
iniciacin 70S y, en el primer ciclo, el sitio E est vaco, mientras que el sitio P
contiene la formilmetionina. Aunque el sitio A est vaco, se alinea con el codn
(+2).
159
Alberto Fonte Polo
Se da entre el extremo carboxilo del aminoacil~tRNA del sitio P (en este caso, la
formilmetionil~tRNA) y el grupo amino del aminoacil~tRNA del sitio A. El
nitrgeno amnico del aminocido entrante realiza un ataque nuclefilo sobre el
carbono del carboxilo del aminocido 1, rompiendo el enlace que mantena la unin
con el ARNt y formndose as el enlace peptdico. En este caso, se forma un
dipeptidil~tRNA, es decir, dos aminocidos unidos a un ARNt por un enlace rico en
energa.
Adems, este dipeptidil~tRNA est en el sitio A, y en el sitio P hay un ARNt
vacio. Para seguir sintetizando la cadena polipeptdica, se requiere un ARNt nuevo,
pero, al estar ocupado el sitio A, no puede entrar ningn aminoacil~tRNA nuevo, al
igual que el codn de ese aminocido nuevo est fuera. Para que se pueda continuar
con el siguiente aminocido, se pasa a la translocacin.
160
Bioqumica - Tema 17
Etapa de
elongacin
El EF-G~GDP se tendra que regenerar a EF-G~GTP, pero, como no tiene mucha afinidad
por el GDP, lo libera y entra GTP celular en el factor EF-G.
161
Alberto Fonte Polo
Se producen tantos ciclos como nmero de aminocidos tenga esa protena. Este nmero de
aminocidos viene determinado por la longitud del ARNm y, de una protena de n
aminocidos, habr (n 1) ciclos de elongacin, puesto que el primer aminocido se ha
incorporado en la iniciacin.
Tras cada ciclo de elongacin, la protena crece y el ribosoma se desplaza un triplete
a la derecha. Todo este ciclo se repite hasta que se alcanza un codn de terminacin.
Fase de terminacin
Adems, se requiere el factor RF3 asociado a GTP para liberar los factores RF1 o RF2. El
RF3~GTP, mediante la hidrlisis de GTP, permitir la disociacin de los factores de
liberacin, as como la salida del ARNt vaco del sitio P.
Finalmente, la cadena polipeptdica debe pasar una etapa de maduracin, para alcanzar su
conformacin biolgicamente activa o conformacin nativa.
Plegamientos: se requieren protenas chaperonas.
Modificaciones qumicas:
o eliminacin del grupo formilo (CHO).
o eliminacin de la metionina terminal.
o modificaciones del grupo R: hidroxilaciones, metilaciones, fosforilaciones y
carboxilaciones.
162