Dnomination des molcules du vivant

Exemples de molcules importantes : Donnes caractristiques

CHO

CO2H HO H

H2N H HO H

CH3 H OH

L-alanine H OH

CH2OH

D-mannose

OH

H3C NH2

(R)-(-) 2-aminopropanol (S)-(+) analine

25
25
[] D = + 21.8 (c = 2, EtOH) [] D = +2.42 (c =0.1, H2O)
 Stroisomrie
Exemples de molcules importantes : Donnes caractristiques

Antibiotiques mme Formule brute

H NH2 Configuration R H2N H Configuration S
C C
C NH H H C NH H H
S O S
HO O CH3 HO CH3
N CH3 N CH3
O O
Amoxicilline COOH
COOH
autre activit pharmaceutique
Glucides
CHO CHO
Formule brute HO H
H OH
C6H12O6
HO H H OH

H OH HO H
Enantiomres
H OH HO H
D-glucose CH2OH CH2OH L-glucose
 Stroisomrie
Exemples de molcules importantes : Donnes caractristiques

Substance active 20
[] D (c = 1, H2O)

Saccharose + 66.45

Fructose - 92.2

D glucose + 52.7

Maltose + 138.5

OH

NH2

(S)-(+) 2-aminopropanol Cis Trans

[] D25 = + 21.8 (c = 2, EtOH) Acide olique
 Stroisomrie
Reprsentation des composs organiques

Reprsentation projective ou de cram (tridimensionnelle)

a
c b
d dans le plan
en arrire du plan
c b f en avant du plan
d a e

Reprsentation de Fischer

a a
C de plus petit indice
ou le plus oxyd
b c
b c
d e
Chaine carbon
la plus longue
d f
 Stroisomrie
Reprsentation de Cram

Exemples

pnicilline
 Stroisomrie
Reprsentation de Fischer

CO2H C de plus petit indice

1 CO2H
CO2H ou le plus oxyd

2C
3 HO H HO H
H ..
OHC
OH Chaine carbon
la plus longue
CHO
CHO

Projective Avant Fischer

Representation de Fischer
1 H
HO2C OH CO2H

.. HO H

NH2 H NH2
H3C
H
CH3
projective

Chaine principale dans le plan du mme cot

Observateur regarde la molcule du cot oppos du plan de la chaine principale
 Stroisomrie
Reprsentation de Fischer

1 H H
1
HO2C OH HO2C CO2H
OH
rotation de 180
.. HO H
ne change pas la molcule
H2N H H2N H
CH3 H3C
H NH2
CH3
projective projective
 Stroisomrie
Reprsentation de Fischer de quelques molcules importantes du vivant

Glucides CHO CHO CHO

H OH HO H HO H

HO H HO H HO H

H OH H OH HO H

H OH H OH H OH

CH2OH CH2OH CH2OH

D-Glucose D-mannose D-talose

Acides amins
CO2H CO2H CO2H

H2N H H2N H H2N H

CH3 CH2OH CH2OH

L-alanine L-srine L-cystine
 Stroisomrie
Isomrie de configuration

Chiralit : cest la non superposition dun objet et de son image par rapport un
miroir plan. Une molcule est dite chirale (active) si elle nest pas superposable
son image/ un miroir plan.
achirale (inactive) dans le cas contraire.

Carbone asymtrique : Un carbone sp3 est asymtrique sil possde quatre

substituants diffrents. Il est not C*.

Cl
a

a # b # c# d
C*
H3C
c Br
b
H
d
 Stroisomrie
Isomrie optique

Un stroisomre (qui contient un C*) et son image/ un miroir sils ne sont pas
Superposable forment un couple dnantiomres (ou isomres optiques).

On appelle diastriosomres : deux stroisomres qui ne sont pas nantiomres.

pouvoir rotatoire positif pouvoir rotatoire ngatif

[]2 = - []1

Proprits physiques et chimiques identiques mais des activits inverses

sur la lumire polarise (pouvoir rotatoire opposs)
Mlange racmique est un mlange quimolaire (50% + 50%) ou (concentrations
gales) des deux nantiomres
 Stroisomrie
Importance de la sparation des nantiomres

Pour qu'une molcule ait un effet biologique, elle doit interagir avec un site
rcepteur particulier dans lorganisme (membranes, enzymes). Les systmes
biologiques rcepteurs sont eux-mmes chiraux car ils sont constitus de
molcules chirales (protines, glucides, acides nucliques), ils interagissent
diffremment avec les deux nantiomres d'une molcule chirale externe
 Stroisomrie
Importance de la sparation des nantiomres

Le plus souvent, l'action pharmacologique d'un mdicament n'est porte que par un
seul des nantiomres. Le second, dans le meilleur des cas se rvle inactif, mais il
peut arriver quil ait une activit thrapeutique compltement diffrente de celle de
l'autre

Malformation de lembryon
 Stroisomrie
Isomrie optiques: Pouvoir Rotatoire
ou spcifique
Mesur laide du polarimtre

= 1 dm
c = concentration en g/ml
Unit du pouvoir spcifique rotatoire en mlg1dm1
Les pouvoirs rotatoires spcifiques sont additifs []: pouvoir rotatoire
spcifique
ou [] > 0 : lnantiomre est dextrogyre ou (d) ou (+) : pouvoir rotatoire

ou [] < 0 : lnantiomre est lvogyre ou (l) ou (-)

Stroisomre est optiquement active lorsquelle possde un pouvoir rotatoire [] # 0

Stroisomre est optiquement inactive lorsquelle possde un pouvoir rotatoire [] = 0
 Stroisomrie
Pouvoir rotatoire (spcifique)

Substance active 20
[] D (c = 1, H2O)
Saccharose + 66.45
Fructose - 92.2
-D glucose + 112
b-D glucose + 18.7
D glucose + 52.7
Maltose + 138.5

OH

H3C
NH2
H

(R)-(-) 2-aminopropanol (S)-(+) analine

25
[] D25 = - 21.8 (c = 2, EtOH) [] D = +2.42 (c =0.1, H2O)

Molcules optiquement actives

 Stroisomrie
Configuration absolue

Configuration dune molcule (R ou S): la disposition de ses atomes dans lespace

(sans tenir compte des diffrentes rotations).
Pour distinguer deux stroisomres (nantiomres ou diastroisomres) dun
compos chiral, on dtermine la configuration absolue des C* de chaque stroisomre.
1 1
Cette dtermination de la configuration se fait selon la procdure suivante :
1) On classe 4les 4 substituants
Oeil du C* par ordre de
4 priorit dcroissant
Oeil selon les rgles
de Cahn, Ingold et Prlog
2 (CIP) 3
3 2
2) On regarde le C* selon laxe oppos au substituant classOeil
4imeVoit
.
Oeil Voit
Le carbone C* tant au premier plan et le 4ime substituanttant dirig vers larrire.
1 1
3) Si pour passer du 1r substituant au 2ime substituant puis au 3ime, on tourne dans
le sens des aiguilles dune montre, on a la configuration R (Rectus : droite).
Si on tourne dans le sens inverse cest S (Sinister : gauche).
3 2 2 3

Configuration R Configuration S
 Stroisomrie
Rgles de Classement : Cahn, Ingold et Prlog

Rgle I: La squence de priorit se fond sur le numro atomique Z du premier

atome rencontr sur le substituant envisag . Latome de numro atomique
suprieur est alors prioritaire par rapport celui de numro atomique infrieur.
C? I > Br > Cl > S > F > O > N > C > H
O C C Z : 53, 35, 17, 16, 9, 8, 7, 6, 1
1 ?
H4

Rgle II: Quand les atomes directement lis au carbone asymtrique sont identiques,
on compare les atomes situs au degr dloignement immdiatement suprieur
et on applique la rgle I. H
H
O
2

C
H
O C C H
1 O
H4 C [O]
3
C est conside comme C O
H H
[N]
C N est conside comme C [N]
Rgle III : Les liaisons multiples sont considres [N]
comme autant de liaisons simples
[CH2]
CH CH2 est conside comme C [CH2]
H
 Stroisomrie
Dtermination de la configuration absolue

Exemple 1 3 Cl Z = 17

1 2 3 4
4 C 2
Z=1 H I > Br > Cl > H
Br
Z = 35
I 1
Z = 53
Configuration S

Exemple 2 1 Cl

1 2 3 4
4 C 2
H
H 1 H
Cl > CH2CH3 > CH3 > H
H CH2CH3
C6 H3C 3
H
Cl C C H
17 6
C H Configuration R
H1 6
H
H
 Stroisomrie
Dtermination de la configuration absolue

Exemple 3
1 Cl
H 2 z=17 H
1 Cl 3
N C C H
1 2 3 4 H z=7 z=6
2 C 3 4 H z=1 H
Cl > NH2 > CH3 > H
H2N CH3
H 4

On lit S
Configuration R
H classer 4me en avant du plan
 Stroisomrie
Dtermination de la configuration absolue

Exemple 4
Cl
1 2 3 4
C
Cl > NH2 > CH3 > H
H2N CH3
H 4

Configuration S

H classer 4me en avant du plan

2 permutaions = rotation 1 CH3

H NH2
4 C 3
Cl CH3 H Cl
H2N 2
H classer 4me en arrire du plan
Configuration S
 Stroisomrie
Dtermination de la configuration absolue

O 2 1 Cl
2 O z=17 3 H
C
Exemple 3 CO2H
1 2 3 4 OH O C C C H
z=6 z=6
1 Cl > CO2H> CH3 > H O 4 H z=1 H
4 z=8
H Cl z=1

3
CH3

On lit S
Configuration R
H classer 4me sur horizontale
3 3 1 Br
CHO O H z=35 4 H
Exemple 3 1 2 3 4
C O C C C H
z=6 z=6
2 1 Br > NH2> CHO > CH3 H O 2 N z=7 H
H2N Br z=8 z=1
H H

4 CH3

On lit R
Configuration R
CH3 classer 4me sur Verticale
 Stroisomrie H 1
H H
1er Cas : compos avec un seul C* C6
O
O C C O
8 6
H1 O
acide 2-hydroxypropanoque 8
H

miroir plan 4
Rep. Cram 2 CO2H 2 CO2H 1 2 3

4 4 OH > CO2H > CH3 > H

H Oeil H Oeil
3CH3
OH
1
HO 1 H3C 3 1 C*

2 CO H 2 CO2H
2
21 = 2 stroisomres
(Enantiomres)
3 1
1 3
HO CH3 H3C OH

Configuration R Configuration S
Rep. Fischer 2
2 CO2H CO2H

4 1 4
1
H OH HO H On lit R
H (4) sur lhorizontale
3 CH3 3 CH
3

Conf R Conf S
 Stroisomrie 2me Cas : molcule avec deux C*

1 2 3 4 OH OH
2,3-dihydroxy butanal
C2 asym: OH > CHO > C3 > H H3C C C CHO
3
4 3 2 1 2 C*
1 2 4
H H
C3 asym: OH > C2 > CH3 > H
22 = 4 stroisomres
Miroir Miroir
4 H 2 HO
CHO OHC H CHO OHC OH
1 22 2 2 2
HO OH H H
H H H
4 33 3 3 3
H

HO
1 3 CH3 H3C OH HO CH3 H3C OH

2
CHO CHO CHO
CHO
4 2 1
H OH HO
2 H 2 H 2 OH E : Enantiomres
2 HO H
3 3 D : Diastroisomres
H OH HO
3 H 3 OH 3 H
H HO
4 1
3CH3 CH3 CH3 CH3

I (2R, 3R) II (2S, 3S) IV (2S, 3R) III (2R, 3S)

 Stroisomrie Classements des substituants

1 2 3 4
OH OH 2 C*
C2 asym: OH > CHO > C3 > H
1 2 3 4 H3C C C CHO
4 3 2 1
C3 asym: OH > C2 > CH3 > H 22 = 4 stroisomres
H H

C2 asym C3 asym

2 3
4H 4H
H z=1 H H z=1 H
O
C O C C2 C3 O H C C3 C2 O
z=6 z=6 z=6 z=6
H O 1O z=8 C H
z=8 1O z=8 C
z=6 z=1 z=6
3 2
H H
 Stroisomrie Configuration absolue

1 2 3 4 OH OH
C2 asym: OH > CHO > C3 > H H3C C C CHO
3
4 3 2 1
1 2 4
H H
C3 asym: OH > C2 > CH3 > H

4 H 2CHO
C2 asym: on tourne droite entre 1,2 et 3 (4 en arrire) : Conf R: 2R
1 22
HO
C3 asym: on tourne droite entre 1,2 et 3 (4 en arrire) : Conf R: 3R
H
4 33
HO
1 3 CH3
(2R, 3R)

2
CHO C2 asym: on tourne gauche entre 1,2 et 3 (on lit S ; 4 sur lhorizontale)
4 2 1 : Conf R: 2R
H 2
OH

H
3 3
OH C3 asym: on tourne gauche entre 1,2 et 3 (on lit S ; 4 sur lhorizontale)
4 1
3 CH
: Conf R: 3R
3
 Stroisomrie
Configuration relative D et L
Cas des oses (sucre)
CHO
CHO

OH droite HO H OH gauche
H OH

CH2OH
Conf. D CH2OH Conf. L
D-glycraldhhyde L-glycraldhyde

Conf. R Conf. S
Enantiomre
CHO
CHO

H OH HO H

HO H H OH

H OH HO H
H OH HO H

CH2OH CH2OH

D- glucose L-glucose
 Stroisomrie
Configuration relative D et L

OH OH OH OH
Hexoses : HOCH2 CH CH CH CH CHO
6 5 4 3 2 1

4 Carbones asymtriques: 2, 3 , 4 et 5 24= 16 oses (stroisomres)

8 de configuration D
8 de configuration L
 Stroisomrie
Configuration relative D et L

H
2 1

Cas des acides amins ( 2-amino acides) R C CO2H

NH2

NH2 droite
NH2 gauche

Conf. D
Conf. L

Conf. R (2S, 3R)

Remarque : D et L nont aucun rapport avec (d : dextrogyre) et (l : lvogyre).

[] > 0 [] < 0
Les acides amins naturels se
retrouvent sous forme dun seule
nantiomre appartenant
la srie L (sauf la glycine)
 Stroisomrie
Configuration relative Erythro et Thro

C C

B A B A

B A A B

D D

Erythro Thro
Optiquement actif ([] # 0)

CHO
CO2H CHO
CO2H
Cas des oses
Exemple
H OH
Cl HO
Cl H
H

H OH
Cl H
H OH
Cl

CH23OH CH
CH23OH
Erythrose
Erythro Throse
Thro
D-rythrose D-throse
D D
 Stroisomrie
Configuration relative Mso

B A
Symtrie
B A

Mso

CO2H CO2H
Exemple

H Cl Cl H

H Cl Cl H

CO2H CO2H
 Stroisomrie

On appelle nantiomres deux molcules qui sont image par rapport un miroir
et non superposable

Image
miroir
CH3 CH3
2 2 H
H Cl Cl
3 3 H
H Cl Cl

CH2CH3 CH2CH3

Deux nantiomres

[]1 > 0 : dextrogyre ou (d) ou (+) []2 < 0 lvogyre ou (l) ou (-)
[]2 = - []1
I (2S, 3R) II (2R, 3S)
Changement totale de la configuration absolue

Erythro Erythro
 Stroisomrie

On appelle diastriosomres : deux molcules qui ne sont pas nantiomres.

(ne sont pas image par rapport un miroir)

Image
miroir
CH3 CH3
2 2 H
H Cl Cl
3 3 H
Cl H Cl

CH2CH3 CH2CH3

Deux diastroisomres

[]1 # []2

I (2S, 3S) II (2R, 3S)

Changement partiel de la configuration absolue

Thro Erythro
 Stroisomrie
Configuration relative D et L
Cas des oses
CHO Miroir CHO

H OH HO H
HO H H OH
H OH HO H
H OH HO H

CH2OH CH2OH

D-glucose L-glucose
[]1 = + 52.7 []2 = - 52.7

(2R,3S,4R,5R) (2S,3R,4S,5S)

Changement totale de la configuration absolue

Deux natiomres
(sont images et nonsuperposable)
 Stroisomrie
Configuration relative D et L
Cas des oses

Miroir
CHO CHO

H OH H OH

HO H OH H

H OH OH H

H OH H OH

CH2OH CH2OH

D-glucose D-galactose
[]1 = + 52.7 []2 = + 80

(2R,3S,4R,5R) (2R,3S,4S,5R)

Changement partiel de la configuration absolue

Deux diastroisomres
(ne sont pas images)
 Stroisomrie
Isomrie gomtriques

A C
C C Alcne avec A # B et C # D
B D

Isomrie Isomrie
Cis et Trans Z et E
 Stroisomrie
Isomrie Cis et Trans

H H H B
C C C C
A B A H
Cis Trans
Les deux H de mme cot Les deux H de cots diffrents

Cis Trans

H H H C2H5

C C C C

CH3 C2H5 CH3 H

Cis Trans
 Stroisomrie Isomrie Z et E

A C
C C Alcne avec A # B et C # D

B D

Classement par ordre de priorit entre (A , B) selon le numro atomique Z

Classement par ordre de priorit entre (C, D) selon le numro atomique Z

A >B Si A et D de mme cot Diastroisomre de Conf. Z

D >C Si A et D de cot Diastroisomre de Conf. E

Z = 35 Z=6
Z = 17

Z=1 Z=6 Z=1

CH3 > H et CH2CH2CH3 > CH2CH3

CH3 Cl
Z = 17
Z=6

Z Z=6
Z = 1H C2H5
 Stroisomrie
Isomrie gomtrique
Cas de plusieurs double liaisons

Exemple 1

Z=6 H3C1 H Z=1

2 3
Double liaison en position 2 : E 2E
6 7
C C
Z=6
C2H5 Double liaison en position 4 : Z 4Z
H Z=6 5
Z=1 4 Z=6
C C
H H Z=1 (2E, 4Z)
Z=1
Double liaison en position 2 : les deux H
(2E, 4Z) hept-2,4-dine de deux cots diffrents : 2 Trans
ou
(2 Trans, 4 Cis) hept-2,4-dine Double liaison en position 2 : les deux H
de mme cot : 2 Cis

(2Trans, 4Cis)
 Stroisomrie
Isomrie gomtriques
Cas de plusieurs double liaisons
Exemple 2 : Acide linolnique (notation C18:3)

Il possde 3 doubles liaisons : (9 Cis, 12 Cis, 15 Cis) : chimiste

(3 cis, 6 Cis, 9 Cis) : biologiste
H H
3 6 9
Biologistes 1
Chimistes
Omga 3, 6, 9 en 9, 12, 15
2
3, 6, 9

Exemple 3 : Acide staridonique (notation C18:4)

Il possde 4 doubles liaisons : (3 cis, 6 Cis, 9 Cis, 12 Cis): biologiste
(6 cis, 9 Cis, 12 Cis, 15 Cis) : chimiste

Numrotation : rouge biologiste Omga 3, 6

bleu chimiste 3, 6