Universidad Nacional Autónoma de México

Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán

Práctica 1: Manejo de visualizador y plataforma de cálculo.

Alumno: Almazán González Alejandro.

Laboratorio de Aplicaciones de la química cuántica. Licenciatura en Química Grupo: 2801. Periodo: 2017-II
Profesora. Dr. Sandy Pacheco Ortín.
Objetivos Gaussview depende de C=O 1.2584 metilo y el carbono aromático
Gaussian 09 para realizar los es de tipo sigma, así como
1) Conocer e identificar cálculos correspondientes. los enlaces C-N, los enlaces
algunas de las funciones Tabla 4. Distancias y ángulos promedio de moléculas deN-Oaguason sigma y pi, solo que
más comunes del programa Metodología Enlace Distancia (Ắ) Ánguloslos electrones del enlace pi
de visualización GV5. O–H 0.96041
2) Emplear el programa GV5 se encuentran en
Empleando el GV5, se H–O–H – 106.5551resonancia. Tomando en
para construir estructuras construyeron las moléculasO--H 1.43883 cuenta los valores de la
moleculares representativas de Cu(H2O)6, trinitro tolueno
del trabajo en química Tabla 2, se observa que las
(TNT), diclofenaco y 6
computacional. Análisis de resultados distancias de enlace
Introducción moléculas de agua unidas
sufrieron un ligero
por puente de hidrógeno.
En la primera molécula, que estiramiento a causa del
Junto con el programa Durante la construcción de
es el hexaacuo cobre II, es efecto estérico, lo cual
Gaussian 09, encontramos el las moléculas, se seleccionó
tiene la siguiente estructura: también provocó que hubiese
complemento Gaussview 5, la opción “clean”, con la
el cual el cual es de gran una reducción en los ángulos
finalidad de que las
apoyo para comenzar a de enlace.
moléculas tengan enlaces
conocer la estructura
principal que debe tener un más optimizados.
En la siguiente imagen se
archivo de entrada. Esto es muestra la molécula de
debido a que nos permite Después de construir las
diclofenaco.
construir estructuras moléculas, se habilitó la
orgánicas e inorgánicas. Los opción “inquire”, para que en
archivos de entrada tienen la la ventana donde se
característica de ser de construyó la molécula se
extensión gjf, .bcf, .com, .txt
y en este archivo va pudieran seleccionar dos
contenida la ruta de cálculo átomos y poder conocer la
que se realizará para la longitud de enlace,
molécula en cuestión, así asimismo, al seleccionar 3
como las especificaciones de átomos de la molécula se De esta molécula podemos
la molécula como son la puede conocer el ángulo de ver que se trata de un
carga, la multiplicidad, las complejo de coordinación, ya
enlace.
distancias de enlace, ángulos que hay un enlace
de enlace y ángulos diedro
Empleando una hoja de coordinado entre los pares
de los átomos involucrados.
cálculo de Excel, se de electrones sin compartir
del agua y el Cu II y también En esta molécula tenemos
Además de poder construir obtuvieron los ángulos y
tenemos formado un enlace enlaces covalentes, debido a
modelos moleculares, distancias promedio de cada
tenemos la opción de poder covalente entre el átomo de que se trata de una molécula
molécula y dichos valores
dar tratamiento a los archivos oxígeno y el átomo de orgánica, además de enlace
están contenidos en las
de salida de nuestros hidrógeno. Con base a los sigma en los enlaces C-Cl,
tablas 1, 2, 3 y 4.
cálculos, los cuales tienen datos de la Tabla 1, se C-O, C-N, C-H, N-H, O-H y
una extensión .out ó .log, C-C, así como 3 enlaces pi
Resultados observa que no hay
Este archivo se creará en en cada anillo aromático y en
cuanto se comiencen a afectación en la longitud de
enlace a causa del efecto el grupo carbonilo del ácido
correr los cálculos del En las siguientes tablas se
archivo de entrada y contiene muestran los valores de estérico. carboxílico. Para esta
todos los parámetros que longitudes de enlace (en molécula tenemos que hay
pueden ser obtenidos por el Amstrongs) y ángulos de La siguiente molécula a un aumento en la longitud de
conjunto base y la enlace (en grados) que se mostrar es la de TNT. enlace de toda la estructura,
optimización geométrica (si obtuvieron para cada una de sin embargo, así como en los
es que hay). Este archivo de las moléculas construidas en ángulos de enlace de la
salida puede ser abierto en el el GV5.
molécula. Esto se debe a
visualizador Gaussview Tabla
5 y 1. Distancias y ángulos promedio de la estructura de
en el menú “Results” poder Cu(H2O)6 que la molécula de
extraer los valores obtenidos Enlace Distancia (Ắ) Ángulo diclofenaco es más
por nuestra ruta de cálculo. O–H 0.96008 voluminosa, además de
Por ejemplo, si se empleó la Cu–O-H 1.83008 109.47 encontrarse más sustituida,
2
optimización geométrica esto es lo que propicia que
“Freq” en la opción se tenga efecto estérico.
Tabla 2. Distancias y ángulos promedio de la estructura de TNT
“Summary” nos dará el valor
de energía total de la Enlace Distancia (Ắ) Ángulo
molécula y el momentoC aromático -N 1.47 Finalmente, tenemos la
dipolar. En la C aromático –C aromático
opción 1.4014 estructura de una red de
“Vibrations” podemosC aromático –CH3 1.54 109.471 agua, como se muestra en la
obtener las frecuencias más N–O 1.2376 siguiente imagen.
relevantes de la molécula por Podemos ver que se trata de
espectroscopía de IR o
una molécula orgánica,
Raman. Tabla 3. Distancias y ángulos promedio de la estructura de
Diclofenaco presenta en toda su
Es importante mencionar queEnlace Distancia (Ắ) Ángulo estructura un enlace
el Gaussview 5 es un C–Cl 1.76 covalente, en el anillo
complemento del programa C–N 1.47 aromático se tienen 6
Gaussian 09, ya que este 2–C 1.54 109.471enlaces sigma y 3 enlaces pi,
último es el que se encarga C–OH 1.43 109.471el enlace del carbono del
de realizar los cálculos y
En este caso, observamos
que la molécula de agua
presenta enlaces sigma entre
el carbono y el oxígeno,
además de la formación de
puentes de hidrógeno entre
las diferentes moléculas de
agua. Para este grupo de
moléculas, se observó que
los ángulos de enlace se
vieron ligeramente afectados
por el efecto estérico, Lo cual
se da por la formación de
puentes de hidrógeno con
otras moléculas de agua, por
lo cual, va cerrándose el
ángulo de enlace y la
longitud de enlace.

Conclusiones

Empleando el complemento
Gaussview 5 del paquete
Gaussian 09, se
construyeron los modelos
moleculares del hexaacuo
cobre II, TNT, diclofenaco y
una red de moléculas de
agua, con la finalidad de
familiarizarse con las
opciones básicas como
“inquire”, “clean” y de este
modo, familiarizarse con la
plataforma Gaussian 09 y las
opciones que se pueden
tener para construir modelos
moleculares en química
computacional.

Bibliografía.

1. Tomberg, A.
Gaussian 09 Tutorial.