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Articulación

Básico Clínico
Comunitaria 1

2018

Módulo Virtual N°3


Aminoácidos y Proteínas
Aminoácidos y Proteínas

Objetivos del módulo

- Conocer las moléculas precursoras de las proteínas, su estructura química,


propiedades y clasificación.
- Estudiar las características del enlace peptídico y otras interacciones entre
aminoácidos
- Definir y conocer la función biológica de los péptidos
- Analizar las múltiples funciones de las proteínas y las formas de clasificarlas.
- Estudiar los niveles de organización estructural y la importante relación
estructura-función.

Contenidos

- Aminoácidos. Estructura, clasificación


- Enlace Peptídico. Estructura. Otras interacciones entre aminoácidos
- Péptidos. Estructura. Funciones biológicas. Ejemplos
- Proteínas. Definición. Funciones. Estructura. Niveles de organización.
Desnaturalización. Clasificación.

Bibliografía

- Blanco, A., & Blanco, G. Química biológica. (10° ed.). Buenos Aires: El Ateneo. (2016).
- Albert L. Lehninger. Principios de Bioquímica (2014). 6ta edición.
- Trudy Mckee. Bioquímica. Las bases moleculares de la vida. Editorial. (5ta edición)
Mcgraw-Hill Interamericana
- MJ. Noriega Borge, JM. Pérez. Fisiología General (2011). Open Course Ware,
Universidad de Cantabria. Disponible en https://ocw.unican.es/course/view.php?id=94

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Introducción

Las proteínas son constituyentes esenciales de todos los organismos. la mayoría de las
tareas que realizan las células requieren proteínas, las cuales tienen una asombrosa
diversidad de funciones. Además de servir como materiales estructurales en todos los
seres vivos (p. ej., como componentes estructurales en el músculo y en el tejido
conjuntivo de animales o como componentes de la pared celular de las procariotas), las
proteínas participan en funciones tan diversas como la regulación metabólica, el
transporte, la defensa y la catálisis. La diversidad funcional que exhibe esta clase de
biomoléculas está relacionada de forma directa con las posibilidades de combinación de
las unidades monoméricas, los 20 aminoácidos.

Aminoácidos

Los aminoácidos comunes tienen una estructura general similar para todos, formada por
un átomo de carbono central o átomo de carbono alfa (α), unido de forma covalente a
un grupo ácido o carboxílico (-COOH), un grupo básico o amino (-NH2) y un átomo de
hidrógeno. Su cuarta valencia se encuentra saturada por una cadena lateral (R), que es
el elemento que diferencia cada uno de los 20 aminoácidos.

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Clasificación

El conocimiento de las propiedades químicas de los aminoácidos estándar es de vital


importancia para la comprensión de la bioquímica de las proteínas. La clasificación de
los mismos se realiza de acuerdo a las propiedades de los grupos R (cadena lateral),
en especial a su polaridad, o tendencia a interaccionar con el agua a pH biológico
(cercano a 7). La polaridad de los grupos R varía desde totalmente apolar o hidrofóbico
(insoluble en agua) o altamente polar o hidrofílico (soluble en agua).

El código de tres letras es la convención de abreviatura de los aminoácidos, utilizando


tres letras del nombre completo y facilita la denominación de las secuencias peptídicas.
Ej: Arginina – Arg / Metionina- Met

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Aminoácidos con actividad biológica

Algunos aminoácidos no se encuentran formando parte de proteínas; comparativamente


son muy minoritarios, y puede apreciarse en ellos pequeños cambios respecto a los
aminoácidos comunes. En algunos casos, desarrollan funciones claramente
diferenciadas, como es, por ejemplo, el ácido gamma-amino-butírico (GABA) que actúa
como neurotransmisor; la creatina que deriva de la glicocola y es un importante
metabolito de reserva energética de las células musculares, o la taurina que unida a los
ácidos biliares es un componente de las sales biliares.

Aminoácidos derivados o modificados

Además de los aminoácidos comunes, en algunas proteínas hay aminoácidos


derivados. Cada uno de éstos se obtiene por una reacción química en la cadena lateral.
Las modificaciones que se observan son muy variadas, y se producen después de
constituida la proteína con el objeto de mejorar la función de la misma.

Dentro de las modificaciones más frecuentes se encuentran las incorporaciones de


diferentes grupos o radicales como los metilo, acetilo, hidroxilo, fosfato, carboxilo, etc.

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El enlace peptídico

Para construir un péptido o una proteína, los aminoácidos deben unirse a través de un
enlace covalente que permita su estabilidad y, como se podrá observar, también su
amplia versatilidad.

El enlace se establece entre un grupo carboxilo de un aminoácido y un grupo amino de


un segundo aminoácido mediante una condensación que provoca la liberación de una
molécula de agua, quedando formado un enlace amida. La formación de un único enlace
da lugar al péptido más pequeño, o dipéptido, constituido tan sólo por dos aminoácidos.
Las uniones de sucesivos aminoácidos dan lugar a tripéptidos, tetrapéptidos,
oligopéptidos, polipéptidos y en último extremo proteínas.

Otras Interacciones entre aminoácidos

Puentes Disulfuro:

El grupo sulfhidrilo de la cisteína es muy reactivo. La reacción más común de este grupo
es una oxidación reversible que forma un disulfuro. La oxidación de dos moléculas de
cisteína forma cistina, una molécula que contiene un enlace disulfuro (Fig. 5.13). Cuando
dos residuos de cisteína forman uno de estos enlaces, éste se denomina puente
disulfuro. Este enlace puede producirse en una cadena individual para formar un anillo

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o entre dos cadenas separadas para formar un puente intermolecular. Los puentes
disulfuro ayudan a estabilizar muchos polipéptidos y proteínas.

Péptidos

Son las moléculas formadas por menos de 100 residuos de aminoácidos. Aunque sus
estructuras son menos complejas que las de las moléculas proteínicas más grandes, los
péptidos poseen actividades biológicas significativas

a) Glutatión (GSH). Tripéptido (γ-glutamil-cisteinil-glicina) que actúa como antioxidante


y destoxificante en el interior celular por su capacidad de unirse entre sí formando
dímeros a través de la cisteína.

b) Oxitocina y Vasopresina: Dos nonapéptidos muy parecidos entre sí, que producidos
en la hipófisis, desarrollan diferentes acciones hormonales.

c) Encefalinas: Pentapéptidos producidos en el sistema nervioso central que al unirse a


determinadas neuronas inducen analgesia (eliminación de las sensaciones de dolor).
Metencefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-COOH) y Leu-encefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-
Phe-LeuCOOH).

d) Bradiquinina: Nonapéptido que inhibe la inflamación tisular (2 HN- Arg-Pro-Pro-Gly-


PheSer-Pro-Phe-Arg-COOH)

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Proteínas

Se define como proteína a todo polipéptido de más de 100 aminoácidos, que


desarrolla una estructura característica y cumple una función orgánica. Las proteínas
compuestas por una sola cadena polipeptídica se llaman proteínas monoméricas
mientras las que asocian más de un polipéptido se conocen como proteínas
multiméricas.

Funciones

De todas las moléculas que se encuentran en los seres vivos, las proteínas son las que
tienen las funciones más diversas.

1. Catálisis. Las enzimas son proteínas que dirigen y aceleran miles de reacciones
bioquímicas en procesos como la digestión, la captura de energía y la biosíntesis. Estas
moléculas tienen propiedades notables. Por ejemplo, pueden aumentar la velocidad de
reacción de ¹º⁶ a ¹º¹² veces.

2. Estructura. Algunas proteínas proporcionan soporte. Las proteínas estructurales


suelen tener propiedades muy especializadas. Por ejemplo, el colágeno (el componente
principal de los tejidos conjuntivos) y la elastina, una proteína semejante a la goma que
se encuentra en las fibras elásticas, está presente en varios tejidos del organismo (p.
ej., en los vasos sanguíneos y en la piel)

3. Movimiento. Las proteínas participan en todos los movimientos celulares. Por


ejemplo, la actina, la tubulina y otras proteínas forman el citoesqueleto. Las proteínas
de esta estructura son activas en la división celular, en la endocitosis, en la exocitosis y
en el desplazamiento ameboide de los leucocitos.

4. Defensa. Una extensa variedad de proteínas son protectoras. En los vertebrados,


por ejemplo, la queratina, una proteína que se encuentra en las células de la piel, ayuda
a proteger al organismo contra los daños mecánicos y químicos. Las proteínas
implicadas en la coagulación hemática, el fibrinógeno y la trombina, impiden la pérdida
de sangre cuando los vasos sanguíneos se lesionan. Las inmunoglobulinas (o
anticuerpos) producidas por linfocitos cuando organismos ajenos, como las bacterias,
invaden a un organismo

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5. Regulación. La unión de una molécula hormonal o de un factor de crecimiento a los
receptores en sus células diana modifica la función celular. Entre los ejemplos de
hormonas peptídicas se encuentran la insulina y el glucagón: ambos regulan la
concentración sanguínea de glucosa. La hormona del crecimiento estimula el desarrollo
y la división celulares. Los factores de crecimiento son polipéptidos que controlan la
división y la diferenciación de las células animales.

6. Transporte. Muchas proteínas actúan como moléculas transportadoras de moléculas


o de iones a través de las membranas o entre las células. Entre los ejemplos de
proteínas de membrana están la bomba de Na+-K+ ATPasa y el transportador de
glucosa. Otras proteínas transportadoras son la hemoglobina, que lleva el 0 2 a los
tejidos desde los pulmones, y las lipoproteínas LDL y HDL, que transportan los Jípidos
del hígado y del intestino a otros órganos.

7. Almacenamiento. Determinadas proteínas actúan como reserva de nutrientes


esenciales. Por ejemplo, la caseína de la leche de los mamíferos son fuentes
abundantes de nitrógeno orgánico.

8. Respuesta al estrés. La capacidad de los organismos para sobrevivir a diversos


agresores abióticos está mediada por determinadas proteínas. Entre los ejemplos se
encuentra el citocromo P450, un grupo diverso de enzimas que se encuentran en los
animales y en las plantas que de forma habitual transforman a un gran número de
contaminantes orgánicos tóxicos en derivados menos tóxicos. Las temperaturas muy
elevadas y otras agresiones dan lugar a la síntesis de una clase de proteínas
denominadas proteínas de choque térmico (hsp) que promueven el plegamiento
correcto de las proteínas perjudicadas. Si esas proteínas se dañan de forma grave, las
hsp estimulan su degradación.

Estructura

Las proteínas son moléculas, en general, muy grandes pudiendo llegar a tener miles de
aminoácidos, y por lo tanto sus miles de átomos pueden adoptar una variedad de
posiciones en el espacio extremadamente amplia.

Cada proteína presenta una estructura espacial característica y única, que se denomina
estructura o conformación nativa, y que resulta absolutamente necesaria para que
pueda desarrollar su función.

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Los bioquímicos han diferenciado varios niveles en la organización estructural de las
proteínas. La estructura primaria, la secuencia de aminoácidos, es especificada por la
información genética. Al plegarse la cadena polipeptídica se forman determinadas
disposiciones localizadas de aminoácidos adyacentes que constituyen la estructura
secundaria. La forma tridimensional global que asume un polipéptido se denomina
estructura terciaria. Se dice que las proteínas que constan de dos o más cadenas
polipeptídicas (o subunidades) tienen estructura cuaternaria.

Estructura primaria

Consiste en la determinación de la secuencia de aminoácidos de una proteína, es el


nivel de conocimiento más básico y más importante. Las proteínas se diferencian entre
sí porque cada una tiene un número de aminoácidos y una secuencia de los mismos
distinta. Una serie determinada de aminoácidos dará lugar a una configuración espacial
también única y determinada, lo que llevará en último extremo a una función específica
y concreta.

Estructura secundaria

Define las posiciones regulares y repetitivas de aminoácidos adyacentes en una cadena


peptídica. Podría suponerse que las posibilidades de colocación en el espacio, que tiene
un residuo aminoacídico con respecto a sus vecinos más próximos, son infinitas; sin

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embargo, la rigidez del plano del enlace peptídico y las limitadas posibilidades de giro
alrededor del carbono α, reducen en gran medida las estructuras estables que pueden
existir en la realidad. Por dicho motivo, las dos estructuras más importantes y
abundantes en las proteínas son: La hélice α y la conformación β. Estas están
estabilizadas por enlaces de hidrógeno entre los grupos carbonilo y N-H del esqueleto
polipeptídico.

La hélice α es una estructura rígida en forma de varilla que se origina cuando una
cadena polipeptídica se enrolla en una conformación helicoidal dextrógira. La lámina
plegada β se forma cuando se alinean dos o más segmentos de la cadena polipeptídica
uno al lado del otro. En lugar de estar enrollada, cada cadena está extendida por
completo.

Estructura Terciaria

Describe las relaciones espaciales entre todos los aminoácidos de la cadena peptídica,
proporciona una imagen tridimensional completa de la molécula.

Una proteína grande normalmente contiene varios tipos de estructura secundaria. Los
segmentos de la cadena peptídica plegada se mantienen en posición mediante una serie
de enlaces, de naturaleza débil en su mayoría, que se establecen entre residuos
aminoacídicos y entre éstos y el entorno. Los enlaces pueden ser puentes de hidrógeno,
interacciones hidrofóbicas, fuerzas de Van der Waals, e incluso enlaces covalentes a
través de puentes disulfuro.

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La frontera entre estructura secundaria y terciaria resulta a veces muy difuminada,
dependiendo del tipo de molécula que se esté analizando. Existe una clasificación
morfológica de las proteínas en dos grupos denominadas proteínas fibrosas y proteínas
globulares. Dentro de las fibrosas se encontrarían el colágeno, la queratina o la elastina,
proteínas todas ellas que aportan resistencia y/o elasticidad a los medios donde se
encuentran. En estas proteínas la conformación queda descrita analizando los dos
niveles iniciales de estructura, ya que sus cadenas polipeptídicas tienen una secuencia
única y repetitiva de hélice alfa.

En cambio las proteínas globulares, que son las más abundantes, disponen de nivel de
estructuración terciaria donde se describe la posición y estructura de cada segmento
con una estructura secundaria característica. En éstas se describen diferentes regiones
denominadas Dominios, que son cadenas de 50 a 350 aminoácidos, formadas por una
combinación de hélices alfa y láminas beta, que adoptando diversas posiciones en el
espacio dan lugar a una unidad globular.

Estructura Cuaternaria

Muchas proteínas, en particular las que tienen pesos moleculares elevados, están
formadas por varias cadenas polipeptídicas. A cada componente polipeptídico se le
denomina subunidad. Las subunidades en un complejo proteínico pueden ser idénticas
o bastante diferentes. Las subunidades polipeptídicas se ensamblan y se mantienen
unidas por interacciones no covalentes, como el efecto hidrófobo, las interacciones
electrostáticas y los enlaces de hidrógeno, y por entrecruzamientos covalentes. Como
en el plegamiento proteínico, el efecto hidrófobo es claramente el más importante debido
a que las estructuras de las superficies de interconexión complementarias entre las
subunidades son semejantes a las observadas en el interior de los dominios de las
proteínas globulares. Aunque son menos numerosos, los entrecruzamientos covalentes
estabilizan de forma significativa determinadas proteínas con múltiples subunidades.
Entre los ejemplos más destacados se encuentran los puentes disulfuro de las
inmunoglobulinas.

Pérdida de la estructura proteínica

Considerando las pequeñas diferencias de energía libre de las proteínas plegadas y


desplegadas, no es sorprendente que la estructura proteínica sea muy sensible a los
factores del entorno. Muchos agentes físicos y químicos pueden perturbar la
conformación nativa de una proteína. El proceso de desorganización de la estructura se

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denomina desnaturalización. Ésta no incluye la rotura de los enlaces peptídicos (La
desnaturalización nunca implica la pérdida de la estructura primaria, siempre de la
secundaria, terciaria y/o cuaternaria). Dependiendo del grado de desnaturalización, la
molécula puede perder de forma parcial o total su actividad biológica. Si las condiciones
que provocan la desnaturalización duran poco o son poco intensas es reversible. Las
dos consecuencias de la desnaturalización de una proteína son: la pérdida de actividad
biológica y la pérdida de la solubilidad. La desnaturalización con frecuencia da lugar a
cambios observables de las propiedades físicas de las proteínas. Por ejemplo, la
albúmina de huevo (la clara) soluble y transparente se hace insoluble y opaca tras
calentarla.

Algunas condiciones desnaturalizantes son: los ácidos y bases fuertes, los solventes
orgánicos, detergentes, agentes reductores (urea, mercaptoetanol), la concentración
salina, los metales pesados, como el mercurio (Hg2+) y el plomo (Pb2+)

Clasificación de las proteínas

Además de su clasificación morfológica en proteínas fibrosas y globulares, existen otros


criterios para su clasificación. Desde el punto de vista químico se las cataloga en dos
grupos:

1) Proteínas simples, formadas únicamente por aminoácidos.

2) Proteínas conjugadas, en las que además de los aminoácidos, contienen otro tipo
de moléculas denominados grupos prostéticos, recibiendo la fracción peptídica el
nombre de apoproteína. Dependiendo de la naturaleza del grupo prostético, las
proteínas conjugadas se clasifican en: a) Glicoproteínas, si es de naturaleza glucídica.
b) Lipoproteínas, si es de naturaleza lipídica. c) Nucleoproteínas, asociadas a los ácidos
nucleicos. d) Cromoproteínas, el grupo prostético es una molécula orgánica, porfirina,
asociada normalmente con un átomo metálico. e) Fosfoproteínas: Su grupo prostético
es un éster fosfato. f) Otras, con grupos muy variados, metales, vitaminas o derivados
de las mismas, etc.

Plegamiento de proteínas y enfermedades humanas

¿Cuáles son los efectos del plegamiento incorrecto de proteínas en la salud humana?

La acumulación de proteínas mal plegadas insolubles es una característica importante


de varias enfermedades neurodegenerativas del ser humano. Esta acumulación de

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proteínas defectuosas impide el funcionamiento celular. Con el tiempo los agregados
proteínicos causan la muerte de la célula. Las enfermedades de Alzheimer y de
Huntington son ejemplos notables. A pesar de las diferencias en los sucesos que las
inician, de las zonas específicas del cerebro que son afectadas y de los síntomas,
ambas tienen en común procesos disfuncionales destructores de células iniciados por
proteínas tóxicas. Una característica clave del inicio de la enfermedad es la conversión
de la estructura proteínica normal, más a menudo hélices α y enrollamientos aleatorios,
en conformaciones de lámina plegada β anormales.

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