CAPITOLUL I

BACTERII DIN SOL

1.1. Clasificarea bacteriilor

1.1. 1.Clasificarea bacteriilor după alcătuirea peretelui celular
Deşi sistemul actual de clasificare filogenetică a bacteriilor se bazează pe criterii oferite
de biologia moleculară , o schemă formală de clasificare fenotipică a bacteriilor, încă foarte utilă
din punct de vedere aplicat, folosește ca și criteriu alcătuirea peretelui celular1.
În funcţie de existenţa, alcătuirea, şi gradul de dezvoltare al peretelui celular, bacteriile
se împart în secțiunile:
1. Diviziunea Firmicutes (lat. firmus = tare, cutes = înveliş) = bacteriile Gram pozitive;
Cls. 1. Firmibacteria – bacterii cu perete celular gros, rigid, cu conţinutul crescut în
mureină
Cls. 2. Thallobacteria – bacterii filamentoase = Actinobacteria (den. veche
Actinomycetes)
2. Diviziunea Gracilicutes (lat. gracilis = fragil) = bacteriile Gram negative;
Cls. 1. Scotobacteria (gr. scotos= întuneric)= bacterii care se pot dezvolta în absenţa
luminii;
Cls. 2. Photobacteria: – Subcls. Oxyphotobacteria, respectiv Cyanobacteria2;
- Subcls. Anoxyphotobacteria – bacteriile sulfuroase roşii ( Chromatiaceae);
- bacteriile sulfuroase verzi (Chlorobacteriaceae);
- bacteriile nesulfuroase roşii (Rhodospirillaceae).

1
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006). Microbiologie generală. Ed. Univ. Oradea, p.15-31
2
Jelea M,(2010), Microbiologie generală – Note de curs.

5
 3. Diviziunea Tenericutes (lat. teneri = moale) = bacteriile fără perete celular =
micoplasme.
Cls. Mollicutes (lat. molli = moale, pliabil), genul reprezentativ fiind Mycoplasma.
Sunt cele mai mici bacterii cunoscute capabile de creştere pe medii acelulare. Membrana
plasmatică a micoplasmelor are un caracter unic printre bacterii, în sensul că această conţine
steroli care protejează celula de şocul osmotic şi îi conferă un polimorfism accentuat.
4. Diviziunea Mendosicutes (lat. mendosus = fals, greşit)
Grupează în prezent microorganismele încadrate în Domeniul Archaea, respectiv
microorganisme cu organizare celulară de tip procariot, dar care la nivel molecular sunt sunt mai
asemănătoare cu eucariotele decât cu procariotele, formând o direcţie de evoluivă aparte.
Astfel, archaeele prezintă un perete celular „fals”, în compoziţia căruia intră
pseudomureina ori o mureină neconvenţională (absență de acidul Nacetilmuramic = NAM).
Lipidele membranare sunt diferite, glicerolul fiind înlocuit cu acidul N– acetil-talosaminuronic.
Alte deosebiri față de restul bacteriilor: alcătuirea particulară a moleculelor de ARNt, a
ARNr 16S, sensibilitatea specifică la antibiotice. Archaeele sunt foarte raspândite in natură, nu
doar in medii cu condiții extreme, ci și in sol, mediul marin și oceanic.
Au fost identificate şi specii comensale, existente în microbiota intestinală normală a
omului şi animalelor, participând la procesul de digestie (specii metanogene). Nu au potenţial
patogen direct.

1.1.2. Clasificarea generală a bacteriilor.

Clasificarea de bază, folosită în prezent, aparţine lui Bergey, iar bacteriile sunt grupate în
10 ordine şi 47 familii (1952)3.
Această clasificare a fost modificată în 1984 după criterii morfologice, cu care bacteriile
sunt reîmpărţite în 33 de secţiuni4.
În clasificarea generală a microorganismelor, bacteriile sunt incluse în regnul
PROCARIOTAE, având două secțiuni:
- diviziunea SCOTOBACTERIA, în care sunt cuprinse bacterii chimiosintetizante, ce
utilizează la amplificare şi multiplicare energia rezultată din reacţii chimice;

3
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.15-31
4
Jelea M,(2010), Microbiologie generală – Note de curs.

6
 - diviziunea PHOTOBACTERIA, care încadrează bacterii ce conţin pigmenţi similari
clorofilei şi care ar putea folosi energia luminoasă în procese de biosinteză celulară.
Cuprinde clasele:
A. clasa BACTERIA - ce include bacterii chimiosintetizante propriu-zise;
B. clasa ACTINOMYCES - care încadrează bacterii filamentoase;
C. clasa MOLICUTES (Mycoplasma) - cu bacterii fără de perete celular, patogene5.
Tabelul. Clasificarea bacteriilor din clasa Bacteria şi clasa Actynomices
A. Clasa BACTERIA
ORDINE FAMILII GENURI IMPORTANTE
Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas, Acetobacter
Xantomonas, Zymomonas
Nitrobacteriaceae Nitrobacter, Nitrosomonas
Thiobacteriaceae Thiobacillus Cellvibrio,
Spirillaceae Cellulomonas
Eubacteriales Achromobacteriaceae Achromobacter, Alcaligenes,
Flavobacterium
Azotobactehaceae Azotobacter
Bacillaceae Bacillus, Clostridium
Enterobactehaceae Escherichia, Enterobacter,
Erwinia, Proteus, Salmonella,
Serratia, Shigella
Lactobacillaceae Streptococcus.Lactococcus
Lactobacillus, Pediococcus,
Leuconostoc
Micrococcaceae Micrococcus, Sarcina,
Staphylococcus
Propionibacteriaceae Propionibacterium

5
Jelea M,(2010), Microbiologie generală – Note de curs.

7
B. Clasa ACTINOMYCES
ORDINE FAMILII GENURI IMPORTANTE
Actinomycetales Mycobactehaceae Mycobacterium
Actinomycetaceae Actinomyce
Streptomycetaceae Streptomyces
Ricketsiales Ricketsia, Coxiella

A. Clasa BACTERIA
Ordinul Pseudomonadales
Încadrează bacterii Gram-negative, cu habitat în sol şi ape, aerobe, nesporulate, în care
sunt incluse familiile6:
- Familia Pseudomonadaceae- încadrează bacterii Gram-negative, nesporulate.
- Familia Nitrobacteriaceae- include bacterii care ar putea forma oxidarea compuşilor
cu azot rezultaţi din putrefacţie, cu modificarea azotului amoniacal în azotiţi şi
azotaţi, formă asimilabilă de către plante.
- Familia Thiobacteriaceae- încadrează bacterii-agenţi ai coroziunii biologice care ar
putea forma oxidarea compuşilor cu sulf.
- Familia Spirillaceae -încadrează bacterii care ar putea forma degradarea celulozei în
condiţii aerobe.
Ordinul Eubacteriales
Încadrează bacteriile propriu-zise7, foarte răspândite, de formă rotundă, bacterium şi
forme derivate rezultate prin sciziune.
Din acest ordin fac parte familiile:
- Familia Achromobacteriaceae- încadrează bacterii nesporulate Gram-negative, ce ar
putea forma putrefacţie.
- Familia Azotobacteriaceae- încadrează bacterii ce utilizează azotul atmosferic în
nutriţie. Au rol în circuitul natural al azotului şi sunt utile la obţinerea de
îngrăşăminte biologice - (Azotobacter chroococcum)

6
Jelea M,(2010),op.cit.
7
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.15-31

8
 - Familia Bacillaceae- încadrează bacterii sub formă de bastonaşe, Gram-pozitive,
producătoare de endospori.
- Familia Enterobacteriaceae- încadrează bacterii Gram-negative, nesporulate,
aerobe/facultativ anaerobe, patogene/facultativ, cu habitatul în tractul digestiv.
- Familia Lactobacillaceae- încadrează bacterii (lactice) Gram-pozitive, nesporulate,
facultativ anaerobe, sub formă de bacili ori forme derivate de la coccus. Caracterul
fiziologic comun e abilitatea de a fermenta lactoza cu formare de acid lactic.
- Familia Micrococcaceae- încadrează bacterii Gram-pozitive, cu forma coccus ori
forme derivate prin sciziune.
- Familia Propionibacteriaceae -încadrează bacterii nesporulate Gram-pozitive, ce ar
putea forma fermentaţia propionică.

B. Clasa ACTINOMYCES
Ordinul Actinomycetales
Încadrează bacterii filamentoase, Gram-pozitive, saprofite ori facultativ patogene, utile
industrial la obţinerea de materii biologic active.
Din acest ordin fac parte familiile:
- Familia Mycobactehaceae- încadrează bacterii patogene (M. tuberculosis).
- Familia Actinomicetaceae -încadrează bacterii patogene la animale/plante Au rol în
formarea humusului şi în închiderea la culoare a solului.
- Familia Streptomicetaceae -încadrează bacterii filamentoase producătoare de
antibiotice și enzime8.
-
1.1.3. Principalele genuri de bacterii aflate în sol.
Bacterii nepatogene sau patogene facultative:
- Acinetobacter -bacterii sub formă de bastonaşe, Gram-negative, strict aerobe,
răspândite în sol, ape, alimente proaspăt refrigerate (denumiri sinonime: Moraxella,
Psyhrobacter)9,

8
Jelea M,(2010),op.cit.
9
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.15-31

9
 - Achromobacter - ce ar putea forma amine biogene toxice prin degradarea protidelor.
Sunt bacterii aerobe şi ar putea genera alterarea produselor refrigerate;
- Bacillus (28 specii) - bacterii de putrefacţie aerobe sporogene. Unele specii selecţionate
se utilizează la obţinerea de enzime: amilaze şi proteaze10;
- Brochothrix - bacterii Gram-pozitive sub formă de bastonaşe scurte, cocoide. B.
thermosphacta şi B. campestris se întâlnesc pe carne proaspătă, păstrată în condiţii de refrigerare;
- Campylobacter - bastonaşe curbate ori spiralate, microerofile/anaerobe; în clasificările
anterioare erau incluse în genul Vibrio.
- Carnobacterium - bacterii sub formă de bastonaşe, Gram-pozitive, catalazo-negative,
anterior asociate cu lactobaciiii. Sunt heterotrofe și cresc bine la 0°C dar nu cresc la 45°C.
Specii: C. divergens, C. piscicola, C. gallinarium',
- Collulomonas - bacterii utile la prelucrarea deşeurilor de hârtie la obţinerea de proteină
bacteriană utilă în sens furajer;
- Clostridium (93 specii) - bacterii butirice, bacterii de putrefacţie anaerobe sporogene,
producătoare de toxine (Cl.botulinum), bacterii generatoare de solvenţi
- Enterobacter- bacterii de putrefacţie din microbiota intestinală;
- Escherichia - bacterii de putrefacţie, facultativ patogene (agenţ ai gastroenteritelor; se ar
putea înmulţi în produse alimentare). Ar putea genera toxine. E.coli este formă ca indicator
sanitar la verificarea condiţiilor de igienă la fabricarea produselor alimentare;
- Erwinia - bacterii ce ar putea genera putrezirea umedă a legumelor11;
- Flavobacterium - ce se prezintă sub formă de bastonaşe, ar putea genera un pigment
galben-roşu; ar putea genera alterarea produselor refrigerate;
- Lactobacillus - bacterii lactice acidotolerante, utile în industria laptelui şi la conservarea
prin murare a produselor vegetale;
- Micrococcus - bacterii aerobe, anaerobe, de putrefacţie;
- Nitrobacter şi Nitrosomonas - ce ar putea genera oxidarea compuşilor cu azot rezultaţi
din putrefacţie;
- Pediococcus - bacterii lactice sub formă de tetrade. Ar putea genera diacetil şi acrirea
berii12;

10
Mihacea S., (2006), Markeri moleculari, Editura Solness, Timişoara
11
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.15-31

10
 - Proteus - bacterii de putrefacţie mobile, aerobe, ce ar putea genera alterarea cărnii, a
ouălor păstrate la temperatura camerei;
- Pseudomonas - bastonaşe tipice, răspândite pe produse vegetale, carne (vită, pui), ce ar
putea genera alterarea produselor refrigerate;
- Sarcina - bacterii aerobe de putrefacţie;
- Serratia - bacterii aerobe, ce ar putea genera pigmenţi de culoare roşie şi predomină în
produse vegetale, carne refrigerată (S.liquefaciens);
- Staphylococcus - bacterii facultativ patogene; ar putea genera enterotoxine şi sunt agenţi
ai intoxicaţiilor alimentare;
- Streptococcus - ce încadrează bacterii sub formă de streptococi (Strepto- coccus
salivarius subspecia thermophillus). O parte din speciile genului au fost trecute în genul
Lactococcus şi utile ca și culturi starter în industrializarea laptelui;
- Streptomyces - ce încadrează numeroase specii utile la obţinere de antibiotice:
tetracicline, streptomicină, cloramfenicol ş.a., ori la enzime (glucozizomerază, proteaze, amilaze,
xilanaze ş.a.);
- Thiobacillus - ce ar putea fi agenţi ai coroziunii biologice;
- Xanthomonas - ce dau alterări ale legumelor; ar putea genera un polimer xantan;
- Zymomonas - bacterii ce ar putea genera fermentarea glucidelor cu formarea de alcool.
Sunt utile la obţinerea alcoolului carburant din materii celulozice13.
Tabelul 1.3. Specii de bacterii identificate in sol, cu caractere nepatogene sau potențial patogene
A. Clasa BACTERIA
ORDINE FAMILII GENURI SPECII
Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas, Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas cepacia
Pseudomonas diminuta
Pseudomonas melophthara
Pseudomonas putida
Pseudomonas flourescens
Pseudomonas stutzeri

12
Jelea M,(2010),op.cit.
13
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.15-31

11
 Acinetobacter sp
Agrobacterium tumefaciens

Nitrobacteriaceae Acetobacter Acetobacter sp.

Xantomonas, Xantomonas sp
Zymomonas
Nitrobacter, Nitrobacter sp,
Nitrosomonas Nitrosomonas sp

Eubacteriales Achromobacteriaceae Achromobacter, Achromobacter sp.

Alcaligenes, Alcaligenes dinitrificans
Alcaligenes eutrophus
Alcaligenes xylosoxidans

Azotobactehaceae Flavobacterium Flavobacterium sp.

Azotobacter Cytophaga sp

Bacillaceae Bacillus, Bacillus brevis

Bacillus cereus
Bacillus circulans
Bacillus coagulans
Bacillus megaterium
Bacillus pumilis
Bacillus subtilis

Enterobactehaceae Clostridium Clostridium pasteurianum

Clostridium michiganense
Clostridium rectum
Aerobacter aerogenes

12
 Enterobacter, Citrobacter freundii
Klebsiella pneumoniae
Proteus sp.

Erwinia, Erwina sp.

Serratia, Serratia marsescens

Lactobacillaceae Streptococcus. Streptomyces annomoneus

Micrococcaceae Micrococcus, Micrococcus sp.

Arthrobacter sp.
Brevibacterium sp

Sarcina, Sarcina sp.

B. Clasa ACTINOMYCES
ORDINE FAMILII GENURI IMPORTANTE SPECII
Actinomycetales Mycobactehaceae Mycobacterium Mycobacterium sp
Corynebacterium sp.
Nocardia sp.

Actinomycetaceae Actinomyce

1.2. Reacția de polimerizare în lanț (PCR-The polymerase chain reaction)

În acest sens e nevoie de enzima ADN polimeraza și de deoxinucleotide ce constituie
“cărămizile” de baza ale ADN-ului14.
Reacția de polimerizare în lanț (PCR) e o reacție enzimatică de intensificare mediată de
primeri (secvențe scurte de ADN) specifici secvențelor de ADN genomic ori clonat15.

14
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.53 și urm
15
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm

13
 Metoda PCR a fost inventată de Karry Mullis în 1983 și implică utilizarea unor perechi
de baze și a unei ADN polimeraze termostabile, cele mai utilizate fiind Taq, Pfu ori Pwo
polimeraza16.
ADN-ul matriță conține secvența țintă, ce poate avea de la zeci la zeci de mii de
nucleotide lungime. Tehnica PCR standard efectuează intensificarea unei singure secvențe de
ADN ce are o lungime de cel puțin 5 kb. Long PCR e tehnica prin ce se ar putea intensifica
fragmente de până la 40 kb. A treia varianta de PCR, multiplex, e utilizată la intensificarea unor
secvențe multiple ce au o lungime de sub 5 kb.
Taq polimeraza catalizează reacția într-un sistem tampon, în ce există un exces de perechi
de primeri și cele patru fosfat-deoxinucleotide (dNTP), formându-se astfel milioane de copii ale
secvenței țintă. PCR poate fi utilizat și la intensificarea secvenței de ARN, ce se cuvine
convertită inițial în ADN de enzima revers transcriptaza. Spre deosebire de ADN se cuvine luata
în considerare instabilitatea și susceptibilitatea ARNului la degradare. ADN-ul utilizat ca matriță
la PCR poate proveni din diferite surse: sânge liofilizat, salivă, țesut parafinat, păr. De asemenea
reacția PCR poate fi utilizată la intensificarea ADN-ului din materiale degradate: mumii ori
fosile.

1.2.1. Replicarea ADNului în vitro

Reacţia PCR17 e constituită din serii de trei paşi esenţiali ce definesc un ciclu PCR:
denaturarea ADNului matriţa dublu catenar, alinierea perechilor de primeri la matriţele de ADN
monocatenar şi extensia enzimatică a primerilor, prin ce se ar putea genera copii ce servesc că
matriţe în ciclurile ulterioare18.
ADNul matriţa e suspendat într-un amestec format din apă distilată, soluţie tampon (ce
are clorură de magnesiu), Taq polimeraza şi cele patru dNTP. De asemenea există o pereche de
primeri a căror secvenţe sunt complementare cu cele ale ADNului ce flanchează regiunea ţintă.
La construirea primerilor se iau în considerarea umatorii parametri:
- se cere să aibă un conţinut de baze în jur de 50% GC;
- lungimea se cere să fie între 15-30 pb;
- cei doi primeri se cere să nu formeză duplexuri între ei;

16
Danci M., Danci Oana, (2007), Ghid practic de culturi in vitro, Ed.Eurobit, Timişoara
17
Jelea M,(2010),op.cit.
18
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.53 și urm

14
 - se cer evitaţi primerii ce conţin bucle;
- capătul 3’ se cere să prezinte o complementaritate perfectă cu ADNul ţintă;
- temperatura de aliniere a primerilor să fie între 50-64 ºC; - temperatura la ce jumătate
din molecule sunt monocatenare şi cealaltă jumătate bicatenare e temperatura de topire (Tm).
Temperatura de topire poate fi aproximată după formulă19:
2 x (număr de baze A/T) + 4x (număr de baze C/G)
Temperatura de aliniere a primerilor e de obicei aleasă cu 5 ºC mai scăzută ca și
temperatura de topire a ADNului. Din acest argument, e foarte importantă alegerea temperaturii
de topire a celor doi primeri. Amestecul de reacţie e mai întâi încălzit la temperatura de 94 ºC la
denaturarea (separarea) catenelor duble de ADN şi apoi răcit la o temperatura optimă ce
facilitează alinierea (alipirea acestora la secvenţă de ADN) primerilor.
Primerii sunt orientaţi unul în amonte şi unul în aval faţă de regiunea ce urmează a fi
intensificată, ambii cu capătul 3’ spre interiorul secvenţei ţintă. Poziţia relativă a regiunilor
complementare ale acestor primeri decide lungimea secvenţei de ADN ce va fi copiată20.
Etapele reacţiei PCR În timpul extinderii primerilor ADN polimeraza adaugă progresiv
dNTPurile complementar cu secvenţă matriţă, la capătul 3’ al oricărui primer, formându-se o
nouă copie. Astfel prin cicluri repetate de răcire şi încălzire se poate formă o cantitate
semnificativă de ADN a cărui secvenţă e identică cu aceea a ADN-ului matriţă.
Taq polimeraza e o polimeraza termostabilă denumită după bacteria Termus acvaticus
(bacterie ce trăieşte în izvoarele calde). Unul dintre dezavantajele folosirii Taq polimerazei e
acela al fidelităţii scăzute (o eroare la 9000 de nucleotide), fapt datorat absenței activităţii
exonucleazice. Dar Pfu polimeraza, o polimeraza termostabilă (enzima ce are în componență
tungsten) denumită după specia hipertermofilă anaerobă Pyrococcus furiosus (acest organism se
dezvoltă la temperaturi de 100 ºC), posedă şi activitate de verificare a corectitudinii polimerizării
efectuând astfel o intensificare cu o acurateţe crescută a secvenţei ADN dorite.
Pwo polimeraza a fost izolată din archeobacteria hipertermofila Pyrococcus woesei. Cele
aproximativ 30 de cicluri sunt efectuate într-un aparat optimizat să oscileze temperatura pe
diferite intervale de timp, numit thermal cycler.

19
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm
20
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.53 și urm

15
 Numărul de cicluri PCR se cere optimizat în funcţie de numărul de copii ţintă dorit.
Pornindu-se de la o singură copie, cea mai eficientă reacţie de PCR atinge în câteva ore un platou
după 40 de cicluri de intensificare).
În decursul oricărui ciclu cantitatea de ADN se dublează.
Mărimea fragmentului de ADN copiat rezultat în urmă PCR e controlată prin intermediul
electroforezei în geluri de agaroză21.

1.2. 2. Aplicații ale tehnicii PCR

Aplicațiile reacției PCR:
- în criminalistică;
- inginerie genetică;
- detecția HIV (ADN-ul e izolat din celulele roșii și intensificat cu primeri
corespunzători secvențelor HIV);
- diagnosticare prenatală a bolilor genetice22.

1.3. Particularităţi specifice metabolismului microbian

Cercetările moderne de biochimie au demonstrat caracterul asemănător al căilor
metabolice centrale la toate formele de viaţă, microorganismele folosind direcții metabolice
comune.
Majoritatea direcțiilor metabolice principale au fost descoperite la microorganisme şi
ulterior au fost extrapolate la organismele superioare.
Deci, la bacterii se manifestă direcții metabolice unice în lumea vie:
- fixarea biologică a N2 atmosferic,
- respiraţia anerobă,
- sinteza anumitor antibiotice,
- fotosinteza anoxigenică.
Deşi asemănător cu metabolismul organismelor superioare, metabolismul bacterian
(microbian de obicei) are câteva particularităţi formale23:

21
Jelea M,(2010),op.cit.
22
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm
23
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.53 și urm

16
 1. Natura şi diversitatea elementelor nutritive folosite
Ceea ce diferenţiază microorganismele e abilitatea lor de a folosi o gamă largă de
materii, mergând de la cele anorganice simple, la materii organice complexe, inclusiv unele chiar
cunoscute ca fiind inhibitorii ale creşterii. De pildă: acizi (formic, oxalic, sulfuric), lignină,
chitină, celuloză, antibiotice, fenoli, asfalt, petrol, parafine, materiale plastice, de sinteza chimica
in general. Deci ar putea folosi chiar materii de sinteză chimică ori aşa-numitele materii
xenobiotice.
Astfel că microorganismele sunt considerate organismele cele mai tipic omnivore
cunoscute. Această particularitate explică că, deşi în natură s-au depus cantităţi largi de materie
organică moartă, produşi de excreţie, ca şi deşeuri ale activităţii umane, acestea nu s-au acumulat
ci, după descompunerea lor de către microorganismele, au fost reintroduse în circuitul
elementelor biogene24.
S-a dovedit că materiiele organice greu biodegradabile, ar putea fi degradate mai ales de
către microorganismele în asociaţii de tipul biofilmelor polispecifice, aderente la suprafeţe
(inclusiv sedimentelor acvatice), a căror activitate metabolică e mai diversă şi mai eficientă,
comparativ cu cea a planctonicelor.
La bacterii apar diferenţe individuale, unele specii bacteriene ar putea utiliza foarte multe
elemente nutritive (de pildă Pseudomonas fluorescens), iar altele sunt specializate în utilizarea
numai unui anumit element nutritiv.
Grupuri fiziologice de bacterii:
- celulozolitice obligate – folosește ca sursa de C, doar celuloza,
- bacterii fixatoare de N2 atmosferic,
- bacterii metilotrofe – folosește doar compusi C1.

1.3. 1. Plasticitatea metabolismului bacterian

Se referă la abilitatea bacteriilor de a folosi surse alternative de elemente nutritive .
Bacteria folosește preferenţial anumite surse de carbon, azot, dar în absența acestora utilizeză
elemente nutritive alternative, sinteza enzimelor necesare fiind indusă de existenţa acestor
elemente nutritive .

24
Danci M., Danci Oana, (2007), op.cit., p.53 și urm

17
 Plasticitatea conferă microorganismelor abilitatea de a se adapta la tipul şi cantitatea
elementelor nutritive , mergând pe principiul maximei economii şi având la baza existenţa unui
echipament enzimatic foarte complex.
De pildă: E.coli utilizează preferenţial Glucoză şi aminoacizii dacă aceştia există în
mediu.
În situația în care în mediu există simultan aminoacizii şi NH4 + , atunci utilizează
aminoacizii că sursă de N şi NH4 + ulterior25.

1.3.2. Diversitatea mecanismelor enzimatice şi a produşilor rezultați

Bacteriile, microorganismele de obicei, nu au o direcție metabolică la un produs, ci au
direcții alternative multiple la a se adapta condiţiilor de mediu variate.
Apar şi direcții metabolice ocolite ori şunturi, oricare direcție conducând la generarea
altor compuşi26.
De pildă: degradarea glucozei se face pe mai multe direcții, în funcţie de condiţiile de
mediu:
(a) direcția Embden-Meyerhoff-Parnas (E.M.P.) = ciclul glicolizei;
(b) direcția hexozomonofosfaţilor (H.M.P.);
(c) direcția Entner-Doudoroff;
(d) direcția fosfocetolazei.
Primele două sunt existente şi la organismele superioare, iar ultimele două apar doar la
bacterii. In toate aceste direcții, piruvatul ocupă poziţia unui intermediar cheie, deoarece e situat
la punctele de intersecţie a direcțiilor metabolice.
a. Calea EMP
Direcția majoră de degradare a glucozei la majoritatea microorganismelor, ca şi la
organismele eucariote vegetale şi animale.
E o direcție anaerobă, existentă însă nu doar la bacteriile strict anaerobe, ci şi la
organismele aerobe, în absența parţială a oxigenului molecular (aşa se explică utilizarea
termenului de glicoliză, în loc de fermentaţie). Are o secvenţă de 10 reacţii enzimatice prin care
o moleculă de glucoză e degradată la 2 molecule de piruvat.

25
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.83 și urm
26
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm

18
 Spre deosebire de celulele animale la care glucoza e modificată în acid lactic, la
microorganisme acest fel de evoluţie e existent doar la bacteriile lactice homofermentative, în
timp ce alte microorganisme utilizează calea până la piruvat, apoi se formeaza acetaldehida si in
final etanol27.
Această direcție nu explică fel ul de sinteza si utilizare a pentozelor ca sursă de energie ,
ca si la sinteza acizilor nucleici. Din punct de vedere al randamentului energetic.
E direcția majoră de sinteza de ATP, existentă la microorganisme aerobe si anaerobe
crescute pe medii complexe.
b. Calea HMP = șuntul hexozofosfaţilor ori direcția pentozofosfaţilor.
E o direcție aeroba de degradare a glucozei si de ocolire a ciclului glicolizei. Mai putin
eficientă (se produce ½ din cantitatea de ATP rezultată din direcția glicolizei), e o cale utila la
sinteza precursorilor acizilor nucleici (pentozofosfatii necesari sintezei nucleotidelor) şi la
obtinerea de NADPH2 ca putere reducatoare, util in alte căi metabolice.
c. Calea ED
E existentă doar la bacteriile strict aerobe și la unii viermi paraziti, fiind legată parţial de
şuntul HMP, dar poate funcţiona şi independent. A fost descrisă la Pseudomonas sp.. Direcție
independenta de ciclul glicolizei, prin care rezulta ATP + NADPH2. Se obtin intermediari de
degradare ai glucidelor ce ar putea fi utilizati si in direcția ciclul glicolizei ori șuntul
hexozofosfaţilor. Furnizeaza precursori la biosinteza ADN, ARN, vitamine, acizi aromatici.
Aceste 3 căi ar putea functiona alternativ ori in combinații28.
d. Calea FC
Descrisă la Leuconostoc mesenteroides. Rezulta 1ATP, primele 3 reactiii sunt comune
cu HMP, fiind o varianta a acestei căi. Enzima implicata, fosfocetolaza, scindeaza acetil-fosfatul
din compusi C5 ori C6 . La majoritatea microorganismelor există a,b,c,d alternativ, in functie de
necesitati. Căile sunt interconectate si au o serie de enzime, etape ori produsi intermediari
comuni. Unele microorganisme, utilizează in mod normal, preferential, anumite căi, in timp ce
altele in functie de condițiile de cutlivare utilizează căi alternative de degradare29.

27
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.83 și urm
28
Jelea M,(2010),op.cit.
29
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm

19
1.3.3. Intensitatea metabolismului bacterian (microbian în general)
E excepţional de crescut, în raport cu cea a activităţilor omologe ale organismelor
superioare. Această proprietate decurge dintr-o proprietate structurală, respectiv din raportul
crescut dintre suprafaţă şi volum (S/V>)30.
Suprafaţa largă de contact cu mediul şi de absorbţie a elemente nutritive determină
intensitatea crescută a reacţiilor metabolice (de biosinteză şi de biodegradare) şi implicit viteza
crescută de multiplicare.
Aceasta este însăşi strategia de supravieţuire a microorganismelor în natură, respectiv
existenţa în număr foarte crescut, la a putea compensa pierderile din cauza variaţiei factorilor
abiotici, ca şi relaţiilor antagoniste cu alte specii.
Alte situații determinante:
a) varietatea crescută a reacţiilor pe care le por efectua;
b) raportul mic dintre cantitatea de materialul genetic/citoplasmă;
c) activitatea enzimatică foarte crescută a unor sisteme enzimatice bacteriene, comparativ
cu cele provenite din ţesuturile vegetale ori animale.
Intensitatea se manifestă atât în reacţiile de biodegradare a elementelor nutritive, cât şi în
reacţiile de biosinteză.
Abilitatea enormă de biosinteză, în special de proteine, explică şi abilitatea mare de
amplificare şi multiplicare a microorganismelor, cu aplicaţii aplicate în biotehnologie: drojdii şi
bacterii formatoare de 20 proteine monocelulare (produse de organisme unicelulare): S.C.P.
(engl. Single Cell Proteins) ori S.C.B. (engl. Single Cell Biomass).
Această intensitate crescută se datorează mai multor situaţii, între care şi raportului S/V.
Prezintă aceste avantaje31:
- 1) valoare nutritivă crescută, proteine cu aminoacizi esenţiali,
2) se ar putea genera în spaţii mici, sinteza e continuă în bioreactoare,
3) nu blochează terenuri agricole,
4) utilizează surse nutritive ieftine, câteodată reziduuri ale diferitelor industrii

30
Danci M., Danci Oana, (2007), op.cit., p.53 și urm
31
Drăgan-Bularda M., Samuel A. D., (2006), op.cit., p.53 și urm

20
1.4. Eutrofizarea
Se defineşte ca „îmbogăţirea apei cu substanţe nutritive pentru plante - în primul rând
azot şi fosfor (ceilalţi zeci de compuşi necesari dezvoltării fiind foarte rar limitaţi) - conducând la
o creştere puternică a algelor şi macrofitelor ("înflorire") ce apoi mor, cu consecinţe grave”32, ca
de pildă:
- scăderea proprietăţii apei (culoare, gust, miros, tulburare, scăderea oxigenului,
amplificarea concentraţiei de fier, mangan, bioxid de carbon, amoniu, metan, hidrogen sulfurat
etc.);
- corodarea conductelor;
- influanțarea funcţiunilor recreative (turbiditate crescută a apei şi miros ce o fac
neatractivă, influanțarea înotătorilor prin dermatite şi conjunctivite de contact cu apa alcalină,
risc crescut de diverse boli, de pildă Schistostomiază, risc boli diareice la înghiţirea apei
încărcate cu toxice algale);
- influanțarea pisciculturii (dezvoltarea speciilor nedorite); etc.
Unele boli apar mai des odată cu eutrofizarea deoarece ea determină amplificarea
macrofitelor (plante de apă) ce favorizează amplificarea unor organisme ce sunt gazde ale
paraziţilor.
De asemenea, înmulţirea algelor albastre duce la producere de toxine ce ar putea otrăvi
animalele ce se adapă şi cresc şi nitraţii ce ar putea genera methemoglobinemie33.
Câteodată plantele acvatice crescute exploziv şi excesiv ar putea bloca navigaţia pe râuri
şi lacuri. Eutrofizarea s- ar putea genera mai rar în râuri şi e mai puţin gravă ca cea pe lacuri.
Eutrofizarea s-ar putea forma în multe zone şi pe direcție naturală, dar de obicei lent.
Eutrofizarea se poate reversa, dar se cuvine o mare grijă deoarece fenomenul e foarte
complex şi în ciuda intenselor cercetări e încă incomplet cunoscut şi înţeles de oameni.
(mortalitate piscicolă, - alte consecinţe diverse: înfundarea filtrelor, ţevilor34.
În practică, de obicei nu se determină existenţa agenţilor patogeni în ape, ci existenţa
contaminării fecale, ce indică şanse crescute ca să existe şi patogeni.

32
Cristea, V., Denaeyer, S. (2004), De la Biodiversitate la OGM-uri? Editura Eikon, p7
33
Cristea, V., Denaeyer, S. (2004), op.cit., p.25 și urm
34
Primack, R.B., Pătroescu, M., Rozylowicz, L., Iojă, C. (2002). Conservarea Diversităţii Biologice.
Editura Tehnică.

21
 Indicatorii de poluare fecală (coliformi totali, coliformi fecali, streptococi fecali etc.) însă
nu sunt adecvaţi estimării riscurilor de boli transmise la contact cu apa, nu cu ingestie.
În plus, ape dezinfectate cu clorinare ar avea indicatorii de poluare fecaloidă cu valori
foarte joase, indicând teoretic şanse reduse de existenţă a patogenilor.
Dar clorinarea nu distruge mulţi dintre viruşi şi paraziţi, argument la care în aceste cazuri
valoarea "indicatorilor" e redusă.
Monitorizarea bacteriologică e necesară oricât de perfectă este considerată o staţie de
epurare ori tratare.
Epurarea clasică nu izbuteşte să elimine doar parţial agenţii infecţioşi.

1.5. Echipamentul enzimatic

„Enzimele sunt biocatalizatori organici. Ele sunt caracterizate prin specificitatea lor faţă
de substrat şi prin comportarea lor ca acceleratori ai anumitor reacţii ce implică alcătuirea ori
scindarea de legături covalente”35.
Din acest punct de vedere enzimele pot fi36:
1. oxidoreductaze
A_ + B A + B_
2. transferaze
A-B+CA+B-C
3. hidrolaze
A-B + H2O A - H + B - OH
4. liaze

A B A B + X Y

X Y
Catalizează separarea unei grupe spre a alcătui o cobinație dublă ori adiţia unei grupe la
cobinația dublă.

35
Cristea, V., Denaeyer, S. (2004), op.cit., p.25 și urm
36
Jelea M,(2010),op.cit.

22
5. izomeraze37
Y X

A B A B

X Y
6. ligaze (sintaze)
A + B  A-B
Multe dintre enzime cer, la a-şi desfăşura activitatea, cofactori, o serie de molecule mici.
Cofactorii sunt ioni anorganici simpli, cum poate fi Mg2+ ori molecule organice
complexe, ca și coenzime38. Cofactorul se combină strâns la un locus special de pe molecula
enzimei. O enzimă căreia îi lipseşte cofactorul esenţial se numeşte apoenzimă, iar enzima intactă,
cu cofactorul combinate desemnată ca holoenzimă.
După reacţie, enzima se eliberează de substrat spre a se adsorbi pe o nouă moleculă de
substrat (enzima poate cataliza circa106 reacţii pe minut).
În funcţie de raportul lor cu celula în care s-au alcătuit, enzimele bacteriene se împart în
două tipuri:
- enzime extracelulare (exoenzime), de obicei hidrolaze ce în general sunt eliberate în
mediu;
- intracelulare (endoenzime), ce rămân în celulă.
Enzimele intracelulare sunt clasificate în :
- dizolvabile, aflate la locusul structurilor de suprafaţă, de unde sunt eliberate foarte facil,
ca rezultat al distrugerii celulei cu ultrasunete ori materiale abrazive;
- “particulate”, combinate de constituenţii nedizolvabili ai celulei (membrană, mezozomi,
cromatofori);
- sunt enzimele metabolismului energetic şi ale aparatului fotosintetizant, ce rămân
combinate de resturile celulare după dezintegrarea celulei.
Deci, enzimele s-ar putea că se formează la locusul polizomilor din apropierea
membranei citoplasmatice ori chiar la locusul acestei structuri difuzând ulterior prin peretele
celular spre exterior, fără să fi fost libere în citoplasmă.

37
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm
38
Danci M., Danci Oana, (2007), op.cit., p.53 și urm

23
 Difuzarea exoenzimelor poate fi favorizată de faptul că ele sunt proteine relativ mici, ce
conţin puţine punţi S-S de reticulare şi, astfel, sunt lipsite de rigiditate, deci permite eliberarea lor
din celulă ca rezultat al anumitor mici alterări celulare, compatibile cu creşterea şi reproducerea
normală a celulelor.
O altă explicaţie poate fi că exoenzimele sunt eliberate prin moartea celulelor, al căror
perete şi-a pierdut permeabilitatea selectivă specifică organismelor vii, ori prin autoliza celulei
bacteriene39.
Capacitatea celulei bacteriene de a-şi elabora constituenţii echipamentului enzimatic e
determinată genetic. Ca rezultat, numărul tipurilor de enzime pe care le poate sintetiza o bacterie
e limitat de numărul determinanţilor genetici incluşi în genomul său, ce poate fi, în medie, de
circa 2000. Dimensiunile mici ale celulei bacteriene limitează, la rândul lor, numărul total al
moleculelor de enzimă la maxim un milion40.
Spre realizarea adecvată a metabolismului său, celula bacteriană dispune de mecanisme
de reglare, ce ajustează în fiece moment setul de enzime în activitate, ca şi cantitatea relativă din
fiece enzimă, în raport cu nevoile celulei şi ca răspuns la variaţiile mediului extern. Deci, cele
mai multe enzime implicate în catabolism sunt sintetizate doar în existenţa substratului lor în
mediu (enzime inductibile), în timp ce altele sunt elaborate independent de constituţia chimică a
mediului nutritiv (enzime constitutive)41.

39
Mihacea S., (2006), op.cit., p.54 și urm
40
Danci M., Danci Oana, (2007), op.cit., p.53 și urm
41
Jelea M,(2010),op.cit.

24