Bioprospección medicinal de la selva tropical del Amazonas: ¿Un Eldorado

moderno?
Aleksandra Skirycz, Sylwia Kierszniowska, Michaël Méret, Lothar Willmitzer, and George Tzotzos.

Desconocedores del Nuevo Mundo, los europeos creían en El Dorado, una ciudad escondida con una
inmensa riqueza en oro. Muchos consideran a la selva Amazónica como un tesoro medicinal y
potencialmente el dispensador de drogas más grande del mundo. Pese a ello, la búsqueda para
obtener drogas de plantas tropicales autóctonas sigue siendo una tarea inasible. En este artículo,
evaluamos el potencial de nuevas tecnologías para aprovechar la diversidad metabólica de las
plantas tropicales. También consideramos cómo las regulaciones afectan el acceso a recursos
vegetales. Concluimos que, pese a que el camino hacia este El Dorado medicinal puede ser largo y
arduo, muchos otros descubrimientos pequeños, pero aún valiosos, están escondidos a lo largo del
recorrido.

Los cambiantes paradigmas sobre el descubrimiento de fármacos de bajo peso molecular.

La selva amazónica es conocida por albergar la más vasta diversidad vegetal en el mundo, con
un estimado de 30 000 especies de plantas vasculares. Pese a que numerosas plantas
amazónicas han sido revisadas en busca de metabolitos secundarios, se puede argumentar
que nuestro conocimiento actual sobre la diversidad química del bioma vegetal amazónico
representa sólo una fracción de tal diversidad.

En este estudio, examinamos cómo las nuevas tecnologías pueden aplicarse en la exploración
de la diversidad química de las plantas tropicales, y cómo los desafíos propuestos por la
compleja interacción entre metabolismo, genética, y factores ambientales pueden volverse
oportunidades de bioprospección. Nos enfocamos en la emergente aplicación de
metabolómica, interactómicas de proteínas de bajo peso molecular1, y quimoinformática,
porque estas son particularmente relevantes para los esfuerzos de descubrimiento de
fármacos. También discutimos en torno al modo en que las políticas reguladores afectan el
acceso a recursos vegetales y, consecuentemente, afectan la transferencia de tecnología.
Utilizamos a Brasil como un buen ejemplo, puesto que es un país con una de las
biodiversidades más ricas en el mundo, y que tiene capacidades de investigación y supervisión
reguladora adecuadas.

Fármacos crudos y otras fórmulas herbales de pantas medicinales han sido utilizadas por
miles de años y siguen siendo ampliamente utilizadas en muchas partes del mundo. Se cree
que la morfina, aislada del opio durante el siglo XIX, es el primer compuesto bioactivo extraído
de una planta. A su aislación le siguieron numerosas otros fármacos tempranos, tales como
la codeína, la digitoxina, la quinina, entre otros. Pese a eso, de las 10 000 -15 000 plantas
mayores [o más altas/elevadas] documentadas por sus propiedades medicinales, sólo
aproximadamente 200 se utilizan en la medicina occidental. Se estima que sólo entre el 5 y

1
Small molecule-proteins.
15 % de las plantas mayores han sido investigadas sistemáticamente por sus propiedades
medicinales.

Tradicionalmente, la búsqueda de productos bioactivos naturales involucra tanto la

recolección aleatoria y la examinación de material vegetal, como también el uso de
conocimiento etnobotánico. El último se basa en la selección y examinación de plantas
guiándose por el conocimiento medicinal de los pueblos tradicionales o autóctonos. Un
ejemplo relevante en el amazonas brasileño es el pequeño árbol Pilocarpus microphyllus,
conocido como jaborandi y asociado con los suelos ricos en hierro de la Flona de Carajás. El
jaborandi es utilizado por las tribus indígenas para el tratamiento de ulceras bucales, resfríos
y gripes. Los primeros reportes escritos refiriéndose a sus propiedades medicinales se
remontan al siglo XVI. Más recientemente, se encontró que el jaborandi inducía la sudoración
y la salivación. Este conocimiento previo derivó en el desarrollo de pilocarpina alcaloide
imidazólico2, el cual es el principal compuesto del Timpilo, droga antiglaucoma aprobada por
el FDA.

Mundialmente, el uso de productos naturales como fuente de fármacos nuevos aumentó

durante 1970-1980. Durante el periodo entre 1940 y 2010, el 48,6% de los agentes
anticancerígenos aprobados para tratamientos médicos eran productos naturales o sus
compuestos derivados. Estos incluyen las principales clases estructurales de alcaloides Vinca,
lignanos de epipodofilotoxino, diterpenoídos de taxano, y derivados de alcaloides de
quinolona camptotecina3. Sin embargo, desde comienzos de 1980 y hasta hace poco, la
demanda por extractos vegetales para el descubrimiento de fármacos ha declinado por varias
razones. En resume, el interés de las compañías de Big Pharma por programas de desarrollo
de productos naturales (NPD)4 disminuyeron debido a: (i) problemas de suministro; (ii) bajo
rendimiento; y (iii) las complejas estructuras de los compuestos, los cuales presentan serios
desafíos para las síntesis químicas o modificaciones estructurales “de novo”.

La aislación y examinación de productos naturales es típicamente seguida por tres etapas

secuenciales: identificación de prototipos (lead identification), optimización de prototipos
(lead optimization) y desarrollo de prototipos (lead development). Se ha estimado que solo
uno de 5000 compuestos principales (lead compounds) puede obtener la aprobación para ser
usadas después de estudios clínicos. En promedio pasan 10 años para que un fármaco llegue
al mercado, con un costo promedio que excede los US$1,3 billones desde US$800 millones
hace menos de una década. Como consecuencia, el interés de la industria Big Pharma se
enfocó en estrategias de desarrollo farmacéutico utilizando nuevas tecnologías, tales como
examinación HTS y química combinatoria (CC). El optimismo inicial que apareció con este
nuevo paradigma no ha sido revindicado. El primer fármaco aprobado por el FDA obtenido
por química combinatoria, sorafenib, pensado para el tratamiento de carcinoma renal, se

2
Imidazole alkaline pilocarpine
3
Vinca alkaloids, epipodophyllotoxin lignans, taxane diterpenoids, and camptothecin quinolone alkaloid
derivatives.
4
Natural Product Development.
aprobó el 2005. De hecho, se ha sugerido que el bajo número de nuevas entidades químicas
(NCEs) que llegan al mercado y la consiguiente crisis de productividad se deben a la decisión
estratégica del sector farmacéutico de favorecer librerías combinatorias en lugar de aquellas
de productos naturales. La falta relativa de éxito de CC y de HTS para generar grandes
cantidades de medicamentos precursores o NCEs ha reavivado el interés en programas de
NPD. Los nuevos medicamentos derivados de productos naturales comprenden
aproximadamente el 60% de todos los fármacos aprobados por el FDA alrededor del periodo
entre 1981-2010. En la década entre el 2000 y el 2010, 38 medicamentos de origen natural
fueron aprobados para su uso en distintas indicaciones médicas. De entre los más de 100
medicamentos de origen natural en desarrollo clínico, 91 fueron derivados de plantas. Es
probable que los productos naturales continúen siendo importantes en el desarrollo de
medicamentos debido a: (i) sus propiedades similares a las de farmacóforos, los cuales son
considerados como superiores a los compuestos de librería combinatorias; y (ii) la exploración
del espacio químico de los productos naturales que resultan de la combinación de biología de
sistemas, bio-, y herramientas quimoinformáticas y de nuevas tecnologías analíticas de alto
rendimiento (por ejemplo, metabolómica cuantitativa), las cuales han abierto nuevos
horizontes para el descubrimiento de fármacos.

Complejidad de metabolitos y descubrimiento de productos naturales.

El descubrimiento de fármacos explota la riqueza de 200 000 metabolitos diferentes que, se

espera, puedan encontrarse en plantas. Sin embargo, este amplio repertorio de productos
naturales también representa un obstáculo, del cual se discuten dos aspectos a continuación.

A menudo, es la combinación de metabolitos, más que un compuesto solo, la que produce un

cierto efecto médico. Para demostrar este punto, las flores y frutos de la planta herbácea
Psychotria colorata son tradicionalmente usados por los nativos amazónicos para tratar el
dolor. El potente efecto analgésico de la Psychotria se confirmó en roedores. Investigaciones
subsecuentes identificaron varios alcaloides, de los cuales los más importantes fueron
hodgkinsinos, un agonista opiáceo, y psicotridina, un receptor N-metil-D-aspartato (NMDAR)
antagonista. Ambos compuestos actúan en concentraciones comparables a la morfina y a la
dizocilpina respectivamente, los cuales son dos de los medicamentos antinociceptivos más
utilizados. Las fuertes propiedades analgésicas del extracto de Psychotria pueden explicarse
por los efectos aditivos de sus constituyentes alcaloides. Es probable que las interacciones
aditivas, sinérgicas, antagónicas puedan sustentar las propiedades médicas de extractos de
plantas que contengan cientos, o incluso miles, de diferentes metabolitos. Esta observación
exige un cambio en el pensamiento sobre el descubrimiento de medicamentos.

Otro aspecto de la complejidad metabólica se relaciona con la diversidad presente en

cualquier especie viviente. La concentración y composición de metabolitos secundarios es
altamente variable dependiendo del genotipo, el entorno, las interacciones entre ambos. Por
ejemplo, la pilocarpina extraída del jaborandi cultivado de manera semiagrícola contiene
bajas cantidades del compuesto. De acuerdo a recolectores locales, el rojo de las hojas, que
sugiere algún tipo de estrés biótico o abiótico, el cual está posiblemente ausente en
instalaciones agrícolas, se correlaciona positivamente con el contenido alcaloide. En
consecuencia, el tratamiento de plantones de jaborandi con hormonas del estrés, ácido
salicílico y jasmónico, mejora la acumulación de pilocarpina varias veces. Es necesario testear
si el tratamiento de jasmonato o salicilato puede usarse para promover las síntesis de
pilocarpina en condiciones de campo y/o cultivos celulares. Colecciones de plasma germinal,
como la que posee la Corporación Brasileña de Investigación Agrícola (EMBRAPA) de
pilocarpus, testeada bajo condiciones ambientales variantes, son recursos cruciales para
maximizar el rendimiento de metabolitos a través de la selección óptima de combinaciones
genotipo-entorno, proveyendo así un buen comienzo para los esfuerzos de domesticación.
Las diferencias metabólicas relacionadas con la diversidad ambiental y genética son un
obstáculo significante, puesto que multiplican el número de muestras y parámetros a
considerar. Al mismo tiempo, la diversidad que surge de las interacciones genéticas con el
entorno provee oportunidades únicas para seleccionar los perfiles metabólicos más
deseables.

A continuación, abordamos el modo en que el reciente progreso tecnológico permite la

exploración y la explotación de la complejidad metabólica, incluso cuando el material vegetal
es limitado.

Progreso tecnológico y Bioprospección.

El progreso en la investigación metabolómica mantiene la promesa de revolucionar la

investigación de productos naturales. Pese a que los primeros experimentos metabolómicos
basados en espectrometría de masa (MS) se llevaron a cabo durante los 70s, el término
“metabolómica” no se acuñó sino hasta 1998. La metabolómica basada en MS puede detector
cientos de compuestos en una sola medición y, al acompañarse de técnicas de separación
cromatográfica líquida o gaseosa, puede conducir a la identificación de miles de moléculas
simultáneamente. Las bases de datos públicas o internas que contienen información espectral
o cromatográfica relacionada con compuestos de referencia son típicamente la principal
fuente de anotación metabólica; aproximaciones alternativas explotan la etiquetación de
isótopos y patrones de fragmentación MS/MS. Aunque aún lejos de ser sencillo dada la alta
complejidad y diversidad de productos naturales, la anotación ha mejorado
significativamente durante los últimos 20 años asistida por el desarrollo de métodos
estadísticos para la selección de metabolitos asociados a propiedades biológicas particulares,
incluyendo actividad medicinal. Una estrategia relativamente nueva en la investigación
metabolómica es el uso de análisis multivariados para integrar la caracterización de moléculas
pequeñas5 (fingerprinting) con meta-información sobre función medicinal. De manera muy
importante, de esta forma se pueden seleccionar no sólo compuestos individuales, sino que
también compuestos combinados.

5
Small-molecule profiling
El progreso de la investigación en metabolómica también está directamente conectado con
la emergencia de una nueva disciplina, llamada “interactómica”. En general, las moléculas
pequeñas, incluyendo medicamentos, afectan a los procesos fisiológicos a través de enlaces
reversibles y no covalentes con proteínas receptoras. Como resultado, las compañías
farmacéuticas usan rutinariamente ensayos en vitro incluyendo proteínas recombinantes de
interés (por ejemplo, proteínas asociadas con tipos particulares de cáncer). Configuraciones
automatizadas permiten el ensayo/examen de grandes bibliotecas de sustancias químicas.
Más que observar las interacciones individuales entre proteínas y moléculas pequeñas, cebos
proteicos o de pequeñas moléculas se utilizan para desplegar moléculas relacionadas entre sí
de manera celular6, proporcionando así nuevas oportunidades de aislación de compuestos
con propiedas químicas únicas. Un creciente número de estudios se ha publicado
recientemente, demostrando que es posible recuperar complejos de proteínas-moléculas
pequeñas desde lisados celulares complejos.

Tecnologías ómicas de alto rendimiento para la aislación y examinación de compuesto

químicos generan cantidades masivas de datos químicos. Un desafío clave en la aceleración
de la aislación de nuevos compuestos biológicamente activa es la desreplicación de extractos
lo suficientemente tempranos durante el proceso de descubrimiento de medicamentos. A
comienzo de 1994, se estimaba que los ahorros para cada producto natural desreplicado
alcanzaban los US$50 000 en el tiempo gastado en aislación e identificación. La desreplicación
se ha vuelto ahora un sello distintivo en la investigación metabolómica. Debido al volumen de
la información a analizar, su interpretación manual es casi imposible. Por lo tanto, se han
desarrollado numerosos recursos computacionales que proporcionan herramientas de
software para el cotejo de la información espectral y estructural, así como también
información comprehensiva sobre los compuestos aislados, los organismos fuente, y su
correspondiente bioactividad. Al mismo tiempo, las bases de datos públicas y privadas de
compuestos químicos están proliferando rápidamente, con un creciente número dedicado
específicamente a la investigación de productos naturales. Quince de tales bases de datos
específicas para productos naturales han sido reportadas recientemente.

Nuevos aproximaciones tecnológicas para superar problemas de suministro.

El suministro de material vegetal desde los trópicos es reconocido como uno de los mayores
obstáculos para la investigación y/o desarrollo de medicamentos. Para la examinación
convencional de productos naturales, muestras de 500-1000 g de peso seco son a menudo
requeridos desde distintos tejidos vegetales. El material a granel necesita ser rápidamente
secado y empacado para transportación. La desventaja de este procedimiento es que el
metabolismo del tejido vegetal no es saciado y, por lo tanto, no es posible estudiar las
características de variación química de las plantas cultivadas bajo condiciones ambientales
naturales. El metabolismo del tejido vegetal puede ser saciado al sumergir las muestras en
hielo seco o nitrógeno líquido, pero la logística para hacer eso en el Amazonas es formidable.

6
Cell-wide manner (de manera que cubra toda la célula ¿quizás?)
El problema puede ser sorteado al almacenar las muestras en un solvente de baja reactividad
con capacidades de enfriamiento antes de su transportación a procesos de laboratorio
posteriores. Un nuevo protocolo que es particularmente ameno para el fingerprinting
metabólico con líquido cromátográfico (LC)-MS ha sido reportado en la literatura. En último
lugar, pero no por ello menos importante, el fingerprinting metabólico puede llevarse a cabo
con muestras en el rango de mg.

Mientras que ensayos anteriores puedan requerir pequeñas cantidades de muestra (mg-mg),
la demanda por crecientes cantidades de un compuesto aumenta con la necesidad de
estudios de seguridad y toxicología, desarrollo de fórmulas, etc. Un ejemplo es el helecho de
Metaxja rostata, la cual es recolectada desde la selva de Costa Rica. La aislación guiada por
bioactividad de las raíces de Metaxja produjo 2-deprenylrheediaxanthone B, un compuesto
con actividad citotóxica y citoestática hacia múltiples líneas de células cancerígenas
colaterales. Dado que se requieren kilogramos de radículas de plantas para obtener
cantidades importantes del compuesto, fuentes alternativas y/o aproximaciones
semisintéticas se hacen necesarias para las pruebas en animales. En algunos casos, se puede
sortear el problema con cultivos celulares de especies medicinales. Un escenario más
prometedor sería involucrar la aplicación de tecnologías ómicas para la disección de rutas
enzimáticas, poderosas herramientas para edición genómica, y la introducción de rutas
biosintéticas completas en organismos simples, tales como bacterias y levaduras. La
producción semisintética recientemente publicada del compuesto antimalaria, artemisinina,
usando extractos de saccharomyces cerevisiae de la levadura común, proporciona un ejemplo
sobre cómo las nuevas técnicas moleculares pueden abordar las dificultades de suministro
que han mermado la investigación en productos naturales en el pasado.

Problemas de políticas de acceso a, y suministro de, material vegetal.

Hace un cuarto de siglo, algunos creían que la, en ese entonces, emergente nueva
biotecnología sostenía la promesa de habilitar a los países en desarrollo ricos en biodiversidad
para el aprovechamiento de sus dotaciones de recursos biológicos para elaborar objetivos de
conservación a través del desarrollo económico sustentable. La visión prevalente en aquella
época era que la bioprospección podría generar nuevas fuentes de ingreso, los cuales, en
cambio, podían invertirse en programas de conservación. Si acaso este podía ser una
escenario plausible dependía no sólo de los avances científicos y tecnológicos y de las
estrategias de desarrollo medicinal, sino que también de políticas que regularan el acceso a
recursos genéticos.

La Convención sobre Diversidad Biológica (CBD), la cual se estableció en 1993, es un hito de

acuerdo internacional que reconoce los derechos soberanos de los estados sobre sus recursos
naturales. Un pacto suplementario legalmente vinculante al CBD, conocido como el Protocolo
de Nagoya sobre el Acceso a Recursos Genéticos y La Repartición Justa y Equitativa de los
Beneficios Generados de su Utilización (ABS), se acordó bajo los signatarios del CBD. ABS fijó
las reglas para el acceso a la biodiversidad basado en la repartición del beneficio mutuo entre
estados soberanos y terceros. Las expectativas en torno a que la CBD y el Protocolo de Nagoya
promoverían usos nuevos y sustentables a la biodiversidad, que catalizaría asociaciones
investigadoras y la generación de ingresos sin imperativos de conservación
comprometedores, han sido ampliamente insatisfechas. Significativamente, el esperado
incremento en descubrimientos médicos desde la bioprospección inspirada por acuerdos del
tipo ABS no se ha materializado. El Protocolo de Nagoya se mueve en la dirección adecuada
para disipar los miedos en torno a que países avanzadamente industrializados sean los
principales beneficiados de las innovaciones generadas por la biodiversidad. Sin embargo,
esta es declarativa en naturaleza y voluntad, careciendo de obligaciones contractuales. Esto
significa que, sin una gobernanza adecuada, su implementación es propensa a ser imperfecta.
La interpretación e implementación de la CBD y del Protocolo de Nagoya por parte de países
ricos en biodiversidad determinará en gran medida su habilidad para capitalizar exitosamente
sus recursos biológicos.

Conclusiones

El camino para el desarrollo de medicamentos de origen natural es largo, tecnológicamente

compleja, y cara. La biodiversidad seguirá siendo una fuente valiosa de nuevos fármacos. Las
nuevas tecnologías, en particular la metabolómica, interactómica, quimo y bioinformática,
son claves en la aceleración del descubrimiento de fármacos. Comparados con métodos
convencionales de descubrimiento de productos naturales, estos permiten la rápida aislación,
examinación y “fingerprinting” de productos naturales desde muestras de cantidades en mg.
En este estudio, justificamos sólidamente el hecho de que estas tecnologías pueden cambiar
las reglas del juego en la exploración de la inexplorada diversidad química de ciertas plantas
amazónicas.

En vista de la creciente amenaza que implica la pérdida de valiosos recursos naturales debido
al cambio climático y de actividades económicas insustentables, el conocimiento adquirido
de la creación de perfiles metabólicos de plantas amazónicas pueden tener un rol importante
en el mejoramiento de la eficiencia de los programas de cultivo, así como proporcionar una
aportación de calidad a los esfuerzos de conservación. Las tecnologías aquí tratadas, en
combinación con información etnobotánica, o la aplicación de criterios ecológicos para la
selección de plantas y la aislación de metabolitos secundarios, pueden ser usadas para la
examinación orientada de la diversidad química de plantas endémicas y/o de aquellas en
peligro de extinción, ofreciendo así una alternativa viable para la examinación de alto
rendimiento (high-throughput screening).

Si acaso estas tecnologías pueden ser utilizadas para impulsar las asociaciones de
investigación y la inversión tecnológica es una pregunta abierta. Consideramos a Brasil como
un claro ejemplo, puesto que ha hecho inversiones significativas en la investigación y el
desarrollo en ciencias biológicas a lo largo de la década pasada y, desde nuestra perspectiva,
los recursos humanos y la infraestructura necesarias para la aplicación de tecnologías ómicas
están ahora disponibles, aunque desigualmente distribuidas. Un escenario plausible para las
asociaciones investigativas sería el desarrollo y repartición de bibliotecas de sustancias
químicas. Como se mencionó anteriormente, las bibliotecas de compuestos químicos forman
los fundamentos de los esfuerzos por el descubrimiento de medicamentos. Sin embargo, su
valor intrínseco no puede ser explotado a menos que sean asociadas a ensayos de
bioactividad de alto rendimiento (high-throughput bioactive screening) de compuestos
examinados contra diferentes tipos de células. Es ilusorio esperar que cualquier instituto de
investigación, privado o público, genere bibliotecas que cubran incluso una pequeña fracción
del espacio químico de las plantas amazónicas o que tengan los ensayos necesarios. Como
consecuencia, el intercambio de bibliotecas ofrece beneficios mutuos para los asociados.
Aunque los institutos públicos de investigación y las compañías resguardan sus bibliotecas
químicas, están dispuestos a compartirlas porque se hablaría de investigación
“precompetitiva”. El intercambio precompetitivo de bibliotecas se ha llevado a cabo entre
investigadores académicos asociados, instituciones investigativas públicas, y la industria, e
incluso entre compañías competitivas, como en el caso del intercambio entre AstraZeneca y
Bayer. Las compañías farmacéuticas, tales como AstraZeneca, han habilitado sus bibliotecas
químicas para el acceso de más de 130 centros de investigación (Academic Drug Discovery
Consortium), y las bibliotecas de las compañías están habilitadas para la comunidad científica
a través de la Joint English Compound Library. Estos paradigmas pueden servir de modelo
para el desarrollo de iniciativas similares que involucren a Brasil u otros países del Amazonas.

La desventaja es que las oportunidades como las mencionadas anteriormente no generarán

una fiebre (como la de El Dorado) en la industria Farmacéutica por las riquezas químicas del
Amazonas. Los incentivos adicionales necesitan estar disponibles. Ninguno es más importante
que la racionalización de sistemas de regulación para el acceso a la biodiversidad y al
intercambio de beneficios.

Es muy poco probable que la significativa reubicación de recursos humanos y capitales en las
regiones tropicales de Brasil ocurra, a menos que se superen los atascos en la creación de
políticas reguladoras. A no ser que los marcos presentes que regulan el acceso y el
intercambio de beneficios sean radicalmente racionalizados, la cooperación a gran escala
entre las instituciones de investigación y las empresas privadas es muy poco probable. Los
sistemas reguladores, tales como el de Brasil son muy restrictivos y hostiles porque las
asociaciones investigadoras, en particular aquellas con institutos de investigación extranjeros,
son efectivamente desalentadas. Las regulaciones de acceso a la biodiversidad necesitan
evolucionar de manera tal que motiven a las asociaciones de investigadores y a la
participación del sector privado en la transferencia de tecnología. Un paso en la dirección
correcta sería la simplificación y racionalización de la multitud de instrumentos reguladores
para tener en cuenta a los avances científicos relevantes. Por ejemplo, los procedimientos
administrativos correspondientes a la investigación precompetitiva (por ej. acceso a la
biodiversidad, acuerdos de transferencia de materiales, etc.) pueden ser enormemente
mitigadas sin comprometer asuntos de propiedad. Así mismo, las regulaciones se pueden
simplificar con una mejor definición sobre lo que constituye a IMK/TMK. Los modelos existen
y pueden utilizarse como plantillas para adaptarse a situaciones específicas. La participación
activa de la comunidad científica en la formación de regulaciones de acceso es esencial, dado
que la ciencia avanza mucho más rápido que las políticas de regulación. El camino a “El
Dorado” de la medicina de plantas tropicales puede ser largo y arduo, pero es probable que
muchos otros pequeños, aunque valiosos, descubrimientos se oculten a lo largo del camino.

Tendencias

La metabolómica puede acelerar el proceso de identificación de matrices7 de producto

natural usados en la química combinatoria, expandiendo así el valor de las bibliotecas de
química combinatoria.

La eficacia mejorada de las herramientas de desreplicación puede previsiblemente acelerar

el proceso de descubrimiento de fármacos.

Nuevos métodos para la localización de interacciones de proteínas-metabolitos (como) sobre

toda la célula se pueden explotar para apoyar el descubrimiento de fármacos naturales.

La ingeniería genética puede ayudar a reconstituir rutas biosintéticas vegetales en organismos

simples, como la levadura, así superando problemas de suministro de productos naturales.

Glosario

Fármaco botánico: De acuerdo a la definición en el Acto Federal Estadounidense de

Alimentos, Fármacos y Cosméticos, este tipo de fármaco es un producto botánico que es
comercializado para el diagnóstico, alivio, tratamiento, o cura de una enfermedad.

Espacio Químico: Los compuestos/sustancias químicas pueden caracterizarse de acuerdo a

distintos parámetros, tales como masa molecular, características topológicas o hidrofilicidad
(descriptores). “Espacio químico” se usa referido al grupo de compuestos, describiendo la
diversidad de los descriptores que ese grupo cubre.

Quimoinformática: también conocida como informática química, es la aplicación de técnicas

in silico para la extracción/explotación del espacio químico.

Biblioteca Combinatoria: Un repositorio de una vasto número de compuestos químicos

obtenidos a través de síntesis combinatorias, usando combinaciones de estructuras químicas
pre configuradas.

7
Scaffolds: Andamios, Matrices.
Química Combinatoria (CC): Técnicas paralelas de síntesis orgánicas que generan cientos de
miles de compuestos.

Convención sobre Diversidad Biológica (CBD): Un tratado multilateral desarrollado para crear
estrategias nacionales para la conservación y el uso sustentable de diversidad biológica.

Desreplicación: Proceso por el cual se identifican o se eliminan compuestos conocidos por la

información experimental procesada (ej. extractos de productos naturales).

Etnobotánica: Una disciplina científica dedicada al estudio del conocimiento humano

tradicional de las plantas y sus usos médicos, religiosos, etc.

Fármacos aprobados por la FDA: En Estados Unidos, la FDA debe aceptar un compuesto como
fármaco antes de que sea vendido. El proceso de aprobación obliga al fabricante a presentar
los resultados de los ensayos clínicos. Los fármacos son principal compuestos individuales.
Este paradigma se contrasta con los suplementos de hierbas, las cuales pueden ser vendidas
sin ninguna investigación previa y son una mezcla de compuestos, a menudo, extractos
crudos.

IC50: Concentración de compuesto que causa un 50% de inhibición en los fenómenos

fisiológicos medidos, por ejemplo la proliferación celular.

Ensayo/examinación de alto rendimiento (High-throughput screening) Técnicas que permiten

el estudio de un vasto número de compuestos.

Interactómica: Disciplina científica que examina el conjunto completo de interacciones

biológicas presentes en un organismo.

Bioprospección médica: La caracterización de organismos vivientes (por ejemplo, especies

vegetales) respecto a la presencia de compuestos químicos comercialmente valiosos.

Metabolómica: Disciplina científica que examina el conjunto completo de metabolitos dentro

de un organismo.

Producto Natural: Compuestos químicos producidos por organismos vivientes.

Farmacóforo: Ensamblaje de características estéricas y electrónicas que es necesario para

asegurar optimas interacciones supramoleculares con estructuras biológicas específicas8 y
para gatillar (o bloquear) su respuesta biológica.

Índice de selectividad (SI): La concentración terapéutica del compuesto responsable del

efecto medicinal en relación a la concentración que causa citotoxicidad.

Cuadro 1. Metabolómica

“La metabolómica es el estudio de perfiles globales de metabolitos en un sistema (célula,

tejido, u organismo) bajo un determinado conjunto de condiciones. Los metabolitos son el

8
Specific biological target structures.
resultado de la interacción del genoma de un sistema con su entorno y no son meramente el
producto final de una expresión génica, sino que también forman parte de un sistema
regulador de manera integrada.”

Una gran ventaja del uso de la metabolómica para caracterizar productos naturales de
plantas es que los cambios en el metaboloma ocurren de manera más transformador que
los cambios en el trascriptoma o proteoma. Otras ventajas son: (i) no se necesitan
secuencias de genoma completo, (ii) la metabolómica es más barata debido a su alto
rendimiento, en comparación con otras tecnologías ómicas; y (iii) las bases de datos de
metabolitos de genoma completo se han vuelto crecientemente disponibles.

Distintas aproximaciones al análisis metabolómico incluye: (i) análisis dirigido, en relación a

la identificación y cuantificación de un pequeño conjunto de metabolitos específicos
conocidos; (ii) la caracterización de metabolitos, similar al análisis dirigido pero extendido a
un rango mayo de metabolitos específicos conocidos y/o desconocidos; y (iii) el
fingerprinting de metabolitos, pensado para generar firmas/marcas de muestra para la
examinación contra un conjunto de muestra más amplio, para así identificar las diferencias
mutuas.

Un ejemplo exitoso de la combinación de metabolómica basada en MS con herramientas

bioinformáticas en el descubrimiento de fármacos proviene de un grupo en China. Expusieron
5 hierbas de Panax al fingerprinting de metabolitos con el uso de cromatografía líquida de
ultra rendimiento, acoplado a un MS detector de tiempo de vuelo tetrapolar 9 (UPLC-
QTOFMS), aplicando subsecuentemente un análisis de componente principal (PCA)10 a la
información. Los autores fueron capaces de identificar compuestos con bioactividad
diferentes de plantas pertenecientes a la misma especia pero originarias de distintas
localidades geográficas.

Reseñas comprehensivas sobre las plataformas analíticas disponibles para la identificación de

biomarcadores usando metabolitos se encuentran disponibles en varias fuentes.

Cuadro 2. Métodos para estudios de interacción proteína-metabolito.

Los estudios de interacción proteína-metabolito (PMI) se basan en una proteína o en un

metabolito individual conocido para determinar a los integrantes que interactúan de lisados
celulares complejos. Cromatografía de afinidad, comenzando con un cebo proteico o
molecular pequeño, es la estrategia más común. Por ejemplo, una proteína de interés puede
ser marcada con epítopo11 y expresada en el organismo y/o sistema a elección. Los complejos
proteicos o metabolitos son, entonces, inmunoprecipitados del lisado nativo usando
anticuerpos comerciales diseñados contra el epítopo (protein-small molecule PMI). En

9
Quadrupole time-of-flight MS
10
Principal component analysis
11
Epitope tagged
cambio, las moléculas pequeñas (ligandos) pueden ser químicamente acoplados a, por
ejemplo, cadenas de bolas resina de agarosa, para capturar proteínas que interactúen,
comenzando de nuevo del complejo extracto celular (small molecule-protein PMI). La
principal desventaja del enfoque por afinidad es su necesidad de modificación de cebos. Las
proteínas marcadas pueden verse afectadas en términos de localización, actividad, y
reactividad. Este efecto es exacerbado en el caso de los metabolitos: el acoplamiento químico
podría bloquear la estructura del ligando inmovilizado y por lo tanto perturbar el enlace. Por
este motivo se han desarrollado diversos enfoques alternativos. Estos se basan en las
diferencias de estabilidad entre proteínas enlazadas, o no enlazadas, a moléculas pequeñas,
e incluyen DARTS y CETSA.12 Al combinarse con la proteómica, tanto el DARTS y el CETSA
permiten la identificación imparcial de parejas de proteínas de cualquier molécula pequeña
dada.

Los enfoques interactómicas ofrecen oportunidades inusitadas para la bioprospección

médica. Usando proteínas de interés marcadas con epítopo para destruir parejas de
moléculas pequeñas de extractos medicinales complejos es una posibilidad. En cambio,
DARTS o CETSA pueden ser utilizados como un método optativo para la identificación parcial
a nivel celular de receptores de proteínas en los compuestos naturales de interés. L
identificación de objetivos proteicos no sólo clarifican los mecanismos de acción de los
medicamentos, sino que también es pre-requisito para la modulación de propiedades de
enlaces de las moléculas pequeñas a través de las modificaciones químicas, siendo los
parámetros más importantes las tasas de fuerza y disociación. De manera importante, tanto
el DARTS como el CETSA requieren sólo una pequeña cantidad de material inicial y puede ser
fácilmente automatizado, permitiendo la evaluación de múltiples compuestos en un periodo
de tiempo relativamente corto.

Cuadro 3. Ejemplos de asociaciones de bioprospección

Un pacto de asociación de bioprospección referente involucraba a la compañía farmacéutica

Merck y el Instituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio). De acuerdo a este pacto,
Merck pagó US$ 1,1 millones por adelantado por derechos de bioprospección y aceptó el
pago de regalías (royalty) que resultarían del descubrimiento de cualquier fármaco nuevo. En
2008, Merck abandonó sus esfuerzos por desarrollar medicamentos a través del acuerdo con
INBio, optando por rutas alternativas de desarrollo medicinal. En 2012, Merck donó la
totalidad de su biblioteca de producto natural de alrededor de 100 000 extractos. INBio
terminó luchando por supervivencia económica.

12
DARTS: Drug affinity responsive target stability [Estabilidad objetiva de afinidad reactiva de fármaco] CETSA:
cellular thermal shift assay [ensayo de cambio termal celular]
Es posible que este tipo de modelo de asociación bioprospectiva podría no haber satisfecho
el avance de la aislación de extractos de productos naturales requeridos para pruebas en
modelos de alto rendimiento favorecidos pos la industria farmacéutica.

Más instituciones riesgosas, tales como laboratorios académicos, institutos de investigación

públicos, o pequeñas compañías de biotecnologías, pueden ser más amenas susceptibles a
asociaciones bioprospectivas. El programa de International Cooperative Biodiversity Groups
(ICBG) proporciona proyectos para este tipo de asociaciones entre países con recursos de
biodiversidad, institutos de investigación públicos, y agencias de desarrollo internacional.
(www.cbd.int/doc/publications/cbd-ts-38-en.pdf; www.cbd.int/doc/ case-studies/abs/cs-
abs-icbg.pdf)

Cuadro 4. Brasil como un ejemplo de sobre-regulación.

En Brasil, la Medida Provisional (PM) 2.186-16 del 2001 proporciona una marco legal para el
acceso a, y la repartición de beneficios (ABS) de, recursos genéticos en conformidad con las
obligaciones emergentes de la adopción de la CBD y del Protocolo de Nagoya. Si las
comunidades indígenas o locales se ven involucradas, es necesario su acuerdo explícito y, en
la mayoría de los casos, un reporte antropológico independiente, aunque el tipo de
información que se debe presentar en propuestas de investigación y en reportes
antropológicos adjuntos no se especifique claramente. Además, decretos específicos proveen
orientación para la implementación de la Medida Provisional 2.186-16 con respecto a
autorizaciones comerciales y no comerciales. Para autorizaciones comerciales, el Decreto
6159/2007 requiere un contrato específico, conocido como el Contrato para el Uso de
Herencia Genética y Repartición de Beneficios. Los contratos deben ser aprobados por el
Consejo de Manejo de Herencia Genética (CGEN)13 antes de que cualquier desarrollo
tecnológico y/o tramitación de patentes emergentes del uso de recursos genéticos, y sólo
pueden ser otorgados a instituciones brasileñas registradas. En conformidad con este
Decreto, el Instituto Nacional de Propiedad Intelectual (INPI) emitió las resoluciones
134/2006 y 207/2009, las cuales requieren que los postulantes presente información al INPI
sobre la procedencia del material genético y/o conocimiento tradicional.
(www.bio.org/sites/default/files/BIO%20Brazil%20Bioprospecting%20&
%20Genetic%20Resources%20FINAL.pdf).

La Medida Provisional 2.186-16 del 2001 es implementada por el CGEN, la cual incluye
numerosas organizaciones investigadoras federales y grupos que representan a las
comunidades indígenas. Las instituciones acreditadas por el CGEN, tales como IBAMA, CNPq,
y el Instituto Nacional de Herencia Artística e Histórica, emiten autorizaciones de acceso.

Los procedimientos de autorización son intrincados, engorrosos, y poco claros, y, por lo tanto,
están abiertos a distintas interpretaciones. El resultado de esto es que las compañías pueden

13
Lo traduje literal [Genetic Heritage Management Council]
verse en situaciones de “ilegalidad expuesta”, el cual es la principal traba para la innovación.
En 2012, IBAMA emitió multas equivalentes a los US$45 millones a 35 compañías
farmacéuticas y cosméticas ubicadas en Brasil por no poder cumplir con las disposiciones de
la Medida Provisional. (www.scidev.net/global/ biodiversity/news/brazil-fines-35-firms-us-
44-million-for-biopiracy.html). No es sorprendente que, incluso para la investigación
académica no comercial, sólo 200 permisos fueran emitidos por el CGEN en un periodo de 10
años (2003-2013) (http://portal.fiocruz.br/
sites/portal.fiocruz.br/files/documentos/abs_implementation_brazil.pdf).