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QTLs y selección asistida por marcadores – concepto general
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QTLs y selección asistida por marcadores – SMA
SMA
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QTLs y selección asistida por marcadores – BSA
BSA
Comparación de dos muestras cada una de las cuales está formada por la mezcla del ADN de diferentes individuos (pool) procedentes
de una población segregante originada desde un cruzamiento simple.
El polimorfismo entre los parentales de esa población y que esté estrechamente ligado a un QTL que regule un carácter particular co-
segregará con él. Así, si los individuos están agrupados acorde a los grupos extremos de expresión del carácter, la frecuencia de los dos
alelos del marcador presentes en cada uno de los dos grupos debería desviarse significativamente de la proporción debida al azar.
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
CARTOGRAFIADO DE QTLs
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
•Mapeo de intervalos: (IM, Interval mapping): Este modelo estadístico emplea el método de máxima verosimilitud y tiene
en cuenta que el QTL a estimar está localizado entre dos marcadores flanqueantes. Se basa en la cosegregación entre el
supuesto QTL y los marcadores flanqueantes. La localización se realiza con precisión cuando los efectos del QTL son muy
grandes.
•Regresión lineal múltiple: También es un mapeo de intervalos pero empleando un análisis de regresión lineal. Tiene la
ventaja frente al método anterior de que el modelo matemático es más sencillo de programar y la posibilidad de integrar
factores externos, como el diseño experimental, en el análisis. Si el mapa genético del que se parte es bastante denso,
puede dar resultados muy buenos.
•Mapeo de intervalos compuesto: (CIM, Composite interval mapping): Este modelo combina la regresión múltiple y el
método de máxima verosimilitud y permite localizar mejor la posición del QTL en el intervalo de mapeo. En la actualidad es
el método más utilizado, ya que se considera el más informativo, eficiente y de mayor resolución.
Todos los modelos son muy complejos a nivel estadístico, lo que ha provocado el desarrollo de numerosos programas
informáticos adaptados al mapeo de QTLs como el MAPQTL, QTL Cartographer o QGene.
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
Ambiente
Error experimental
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QTLs y selección asistida por marcadores – Cartografiado de QTLs
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
Genotipado
Elección de la población LD
Estructura poblacional
K=9
Melon diversity
SC
PS
LGXII
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
Nº limitado de meiosis
Pueden existir otros QTLs en la población no
representados en los dos parentales selaccionados
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
Simple-monogénico
Control genético
Complejo-poligénico
Paneles de asociación genética:
población constituida por un conjunto de
Variedades, razas locales o líneas silvestres. Originally developed for human genetics (Bodmer 1986; Thomas et
al.2005),
Ventajas:
Mayor diversidad genética
Mayor resolución: Identificación de marcadores estrechamente MUY IMPORTANTE - Elección de la población
ligados al carácter de interés Estudio previo de la diversidad
Mucho más rápido (desarrollar una poblacion biparental son Líneas muy homogéneas genéticamente
años) y económico representan un problema
Una población puede ser utilizada para muchos caracteres
Hay mucha información fenotípica acumulada por el desarrollo
de variedades
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
GENOTIPADO
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
M1 M2 M3 M4 M5 M6 ---
M1 2
Relaciones de parentesco: kinship. Matriz K M2 0.34 2
La probabilidad de que dos alelos cogidos en M3 0.56 0.03 2
dos individuos al azar sean idénticos por M4 1.23 2 0.55 2
descendencia. M5 1.23 1.22 0.08 0.44 2
M6 0.67 0.99 0.34 0.76 1.54 2
--- 0.11 1.10 0.56 0.33 1.98 0.55 2
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QTLs y selección asistida por marcadores – Mapeo por asociación
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QTLs y selección asistida por marcadores - Concepto
La selección asistida por marcadores (MAS) es un proceso indirecto mediante el cual un carácter de interés se
selecciona en base a un marcador estrechamente ligado.
Ventajas:
Cantidad de marcadores disponibles
Independientes de efectos ambientales
Independientes del estadio de desarrollo
Fáciles de ensayar
Posibilidad de detectar heterocigotos
Posibilidad de aumentar tamaño poblacional
Posibilidad de selección múltiple Fenotipo
Marcador ligado
Inconvenientes:
Identificación de marcador ligado
Recombinación
Necesidad de verificar utilidad para diversos materiales http://barleyworld.org/oregonwolfe
Selección positiva se seleccionarán los materiales que llevan un determinado alelo, puesto que este
alelo esta en acoplamiento con le fenotipo deseado
Selección negativa se rechazan los materiales que llevan un determinado alelo si este está en fase de
repulsión con el fenotipo deseado
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Marcadores moleculares – Selección asistida por marcadores
3.2 Elección de marcadores
2. Marcadores ligados
Dos marcadores flanqueantes (5cM)
Codominantes
Verificar segregación en diversos materiales
Se debe considerar siempre el coste, el tiempo del ensayo y la infraestructura para la elección del marcador.
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QTLs y selección asistida por marcadores – Elección de marcadores
Identificación de QTLs
“ETIQUETADO DE GENES”
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QTLs y selección asistida por marcadores – Selección tras retrocruce
La selección tras retrocruce se emplea cuando se desea introgresar un carácter de interés en una variedad de
elite:
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QTLs y selección asistida por marcadores – Selección tras retrocruce
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QTLs y selección asistida por marcadores – Selección para el desarrollo
de líneas puras
Como en el caso de la introgresión los marcadores moleculares también pueden ser utilizados para el desarrollo
de líneas puras:
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QTLs y selección asistida por marcadores – Selección simultanea para
varios caracteres o para QTLs
La selección para apilar diversos caracteres en la misma línea requiere el empleo de un número muy grande de
descendientes. La selección por marcadores permite reducir el tiempo de mantenimiento de individuos no
portadores de caracteres de interés.
MAS
Algunos caracteres, sobretodo los cuantitativos están controlados por diversos genes. Si se conocen los QTLs que
contribuyen al carácter la selección asistida es muy efectiva. Puede permitir seleccionar individuos que lleven un
mayor número de alelos favorables e ir incorporando el resto de alelos secuencialmente.
Mejora clásica
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QTLs y selección asistida por marcadores – Selección genómica
El desarrollo de las nuevas plataformas de genotipado ha permitido desarrollar nuevos métodos de selección
que tienen en cuenta la totalidad del genoma de los individuos, es lo que se conoce como Selección genómica
(GS):
1. Estudio de marcadores en una población de referencia
2. Elaboración de un modelo predictivo
3. Aplicación a una población candidata
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