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Métodos de predicción de estructuras secundarias (Proteínas)

Paternina Rivera Farith Camilo - Chavez Patron Liseth Paola


Bioquímica I / Programa de Biología / Facultad de Educación y Ciencia
Universidad de Sucre
27 de marzo del 2018

Una de las biomoléculas de mayor importancia en los seres vivos son las proteínas, ya que,
estas se encuentran cumpliendo funciones vitales para el funcionamiento de los mismos. Además,
también se pueden reconocer como polímeros de unas pequeñas moléculas denominadas
aminoácidos, que son considerados como la unidad monomérica. Ahora para diferenciar una
proteína del resto se compara la secuencia de dichos aminoácidos, lo que se conoce como
estructura primaria. Es ahí donde entran a jugar factores donde la secuencia puede adoptar
conformaciones mediante el plegamiento, este tiende a realizarse de forma natural gracias a los
aminoácidos hidrófobos, la atracción de carga, los puentes desulfuro e incluso ayudado de otras
proteínas, de esta forma el plegamiento se conoce como estructura secundaria.

Posteriormente para el estudio de la estructura secundaria, las proteínas fibrosas jugaron un papel
fundamental dado a su mayor simplicidad estructural, por cual su análisis fue iniciado mediante
difracción de rayos X, en donde se descubrió que estas proteínas representaban estructuras
secuenciales que eran sensibles al análisis de esta técnica (método eficiente en estructuras
cristalinas). Estos primeros análisis fueron ejecutados por Willian Atsbury donde arrogaron datos
acerca de estructuras que se repetían con una periodicidad fija a lo largo de sus cadenas
polipeptídicas.Por otro lado, las cadenas polipeptídicas extendidas no presentan estructuras
repetitivas, por lo que se concluyó que dichas cadenas debían encontrarse plegadas de un modo
regular que era diferente en cada tipo de queratinas.

Así mismo, aplicando este método años más tarde, L. Pauling y R. Corey, obtuvieron con gran
precisión la longitud de estas periodicidades. Aunque desafortunadamente sólo una pequeña parte
de las proteínas se pueden caracterizar así; siguen siendo dificultosas y costosa, comenzando por la
propia obtención de cristales de suficiente calidad y cantidad. A pesar de ello, estas técnicas
experimentales de caracterización estructural (principalmente cristalografía de rayos X y resonancia
magnética nuclear), proporcionan estructuras de alta resolución; Es por ello que disponer de

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estrategias alternativas de cromatografía para obtener información sobre la estructura de las
proteínas es de vital importancia.
Ahora para aquellas estructuras que no se puede determinar experimentalmente, los métodos
computacionales de predicción de estructura nos ofrecen información valiosa, útil para explicar gran
parte de los aspectos funcionales que se pueden derivar del conocimiento estructural.Es por eso que
una de las áreas de mayor importancia y desarrollo es la bioinformática, en los últimos años han
venido siendo la predicción de estructuras a partir de datos de secuencias primarias y de la
comparación de secuencias con estructuras resultadas de técnicas de cromatografía.

Es por ello que existen dos aproximaciones al diseño computacional de estructuras proteicas:
Se basa en el diseño de datos previos, este emplea una serie de parámetros a partir de estructuras
ya conocidas.

1. Consiste en la simulación molecular en que las estructuras son sometidas.


2. Actualmente se emplea una serie de plataformas que permiten, o facilitan la información
acerca de los datos estructurales de dichas proteínas, pero hay que tener en cuenta el nivel
de fiabilidad que estas nos ofrecen.

 PHD
Este servidor web nos ofrece una amplia base de datos que Combina resultados de distintas redes
neuronales que predicen la estructura de un residuo en función de su contexto y propiedades
globales. Se puede considerar el método estándar de predicción. (Rost, 1996)

 PSIPRED
Combina los resultados de un PSI-BLAST con una aproximación similar a PHP, incluso algunos
debaten que su eficacia puede estar por debajo de este método. McGuffin et al, 2000)

 JPRED
Integra información de varios métodos de predicción. (Cuff 1998)

 PREDATOR
Armoniza la información contenida en el alineamiento con la capacidad de cada aminoácido para
establecer puentes de hidrogeno.(Frishman y Argos 1997)

SWISS-MODEL
Este emplea BLAST para buscar en una base de datos de secuencias de estructuras conocidas,
elige aquellas que muestran parecido con la secuencia problema y las emplea para modelar una
estructura.

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MODELLER
Toma como fichero de entrada un alineamiento entre la secuencia problema, y la secuencia
desconocida, e integra la información para producir un modelo estructural.

 Hasta aquí son métodos que ofrecen el primer diseño computacional mencionado
anteriormente, es decir, son bases de datos que buscan homología en su estructura primaria
para lograr una predicción m ás efectiva.

CHOU-FASMAN
Se basa en las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos, a través de técnicas empíricas que
permitieron resultados razonables en la predicción de las estructuras. (Chou Y Fasman1978)

GARNIER
Además de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos, empleaba información empírica
sobre con qué frecuencia cada aminoácido aparece en una determinada estructura. (Garnier 1978)

 Los anteriores métodos son clasificados al primer diseño de aproximación computacional.

Bibliografía

1. Burkhard Rost, Chris Sander, Reinhard Schneider (1994) PHD-an automatic mail server for
protein secondary structure prediction. Bioinformatics, Volume 10, Issue 1.

2. BURKHARD ROST AND CHRIS SANDER. (1993)Improved prediction of protein secondary


structure by use of sequence profiles and neural networks. Vol. 90, pp. 7558-7562,

3. David Lee, Oliver Redfern and Christine Orengo (2007) Predicting protein function from
sequence and structure .| molecular cell biology volume 8. Pp. 995-1005

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