ACARA 3

BIOINFORMATIKA

ABSTRAK

BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
1.2 Rumusan Masalah
1.3 Tujuan
1.3.1. Mengetahui fungsi analisis filogenetika
1.3.2. Mengetahui tahap-tahap analisis filogenetika
1.3.3. Mengetahui hasil analisis filogenetika

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Bioinformatika
2.2 Analisis Filogenetika
2.3 Software Analisis Filogenetika
2.3.1. Clustal X
2.3.2. Clustal W
2.3.3. GeneDoc
2.3.4. Mega 6
2.3.5. NJPlot

BAB III METODE PENELITIAN

3.1 Alat
3.2 Bahan
3.3 Cara Kerja
3.3.1. Data Format Fasta (NCBI)
3.3.2. Penyejajaran DNA dengan data DNA di GenBank
3.3.3. Aplikasi Clustal X
3.3.4. Aplikasi NJPlot
3.3.5. Aplikasi GenDoc
3.3.6. Aplikasi Mega

BAB IV HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil Pengamatan
4.1.1. NCBI
4.1.2. BLAST
4.1.3. Clustal X
4.1.4. NJ Plot
4.1.5. GenDoc
4.1.6. Mega 6
4.2. Pembahasan (Fungsi aplikasi, Cara kerja dan Hasil yang diperoleh)
Pendahuluan
4.2.1. NCBI
4.2.2. Clustal X
4.2.3. NJ Plot
4.2.4. GenDoc
4.2.5. Mega 6

LAMPIRAN = Cara Kerja (Screenshot) dan Jurnal

 MATERI

Bioinformatika merupakan ilmu yang dapat menghubungkan informasi yang meliputi

biologi molekuler, struktur biokimia, enzimologi, biologi sel dan patologi dengan menggunakan
sistem komputerisasi berdasarkan data yang telah di kumpulkan. Bioinformatika adalah
ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis
informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika,
dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan
sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan.

Analisis filogenik merupakan proses bertahap untuk mengolah data sekuens DNA atau
protein, sehingga diperoleh suatu hasil yang menggambarkan estimasi mengenai hubungan
evolusi suatu kelompok organisme. Ada sejumlah asumsi yang harus diperhatikan sebelum
menggunakan sekuens DNA atau protein ke analisis diantaranya yaitu sekuens berasal dari
sumber yang spesifik, sekuens bersifat homolog, sekuens memiliki sejarah evolusi yang sama
dan setiap sekuens berkembang secara bebas.

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis
dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein,
basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk
menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk sekuens asam
nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), Selain berisi sekuens asam nukleat, entri
dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam
nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang
berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang
berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST pada basis
data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang
mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan
hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang
mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

Clustal adalah program bioinformatika untuk multiple alignment, yaitu alignment

beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah Clusta W dan Clustal X. Clustal W
menggunakan metode datar dalam analisis sekuens, metode ini digunakan untuk mempelajari
evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama. Clustal X menggunakan metode heuristik
progressive pairwise alignment yang dikembangkan dari metode Hidden Markov Model. Clustal
X merupakan suatu program yang menghubungkan Clustal W untuk kelurusan sekuens ganda.