Actividad enzimática

▪ Definición, clasificación y nomenclatura de las enzimas

▪ Coenzimas y cofactores

▪ Mecanismos de la catálisis enzimática

▪ Centro activo y especificidad

▪ Tipos de catálisis
 Enzimas
Definición:
Son catalizadores producidos por los células y cuya función
es incrementar la velocidad de las reacciones que catalizan
sin alterar las constantes de equilibrio.

2
 Definición:

Enzimas

Son macromoléculas nitrogenadas biológicascon

función
catalítica específica

Proteína: Tripsina Ácido ribonucleico: Ribozima

Sitio activo:Ser/His/Asp 5
 Importancia de las Enzimas
1. Actúan en secuencias organizadas, catalizando miles
de reacciones
2. Permiten un control coordinado de las rutas metabólicas
3. Tienen una inmensa utilidad práctica.
• Algunas enfermedades pueden ser debidas a
ausencia parcial o total de una o más enzimas.
• Algunas enfermedades pueden producirse por
actividad excesiva de una enzima.
• La medición concentraciones en plasma de
de lasser utilizadasenzimas
pueden en el diagnóstico
clínico.
través de la
• Muchas drogas ejercen su efecto
biológico a interacción con las enzimas.
• Tienen utilidad en la industria química,
procesamiento de 6
alimentos y en la agricultura.
 Generalidades Enzimas

▪ Las enzimas son necesarias para que las reacciones bioquímicas:

• Se produzcan a una velocidad adecuada para la célula

• Se dirijan hacia rutas útiles y necesarias según necesidades energéticas

y necesidad de producción de distintas sustancias.

▪ Características
▪ Gran poder catalítico
▪ Alto grado de especificidad
▪ Actúan en soluciones acuosas en condiciones determinadas de Tª y pH
▪ Su actividad puede regularse

▪ Importancia
▪ Agricultura

▪ Industria alimentaria

▪ Medicina
 Generalidades Enzimas

Catalizadores biológicos específicos que aumentan la velocidad de las

reacciones bioquímicas.

▪ Aumentan la velocidad de reacción hasta por un factor de 1017

▪Casi todas las enzimas son proteínas excepto las ribozimas (formadas por
RNA sólo o asociado a proteínas)
 Enzimas de Naturaleza
Proteica
✓ PROTEINAS PURAS:
no requieren cofactor (tripsina, quimotripsina,
elastasa)

✓ HOLOENZIMAS:
❖ Porción proteica ó Apoenzima
Coenzima: orgánica
molécula
está débilmente unidaque
a la
enzima.
❖ Porción no Grupo
o ión prostético:
metálico molécula
que está
proteica orgánica
covalentemente unido a la
enzima.
Cofactor: Catión metálico,
8
unido
 Algunos enzimas necesitan cofactores

A veces la actividad catalítica depende de componente químico

adicional

▪ Cofactor: metales o iones inorgánicos pequeños, Fe, Mg, Mn, Zn, Co

▪ Coenzima: moléculas orgánicas pequeñas

Apoenzima + Cofactor = Holoenzima

 Algunos enzimas necesitan cofactores

▪ Contribuyen alineamiento enzima-sustrato

▪ Sitio adicional de enlace

(FAD)
(NAD)
 Vitaminas como cofactores enzimáticos

Enfermedades
VITAMINAS FUNCIONES
carenciales

C (ácido Coenzima de algunas peptidasas. Interviene en la síntesis de

Escorbuto
ascórbico) colágeno

Coenzima de las descarboxilasas y de las enzima que

B1 (tiamina) Beriberi
transfieren grupos aldehídos

B2 Dermatitis y lesiones
Constituyente de los coenzimas FAD y FMN
(riboflavina) en las mucosas

B3 (ácido Fatiga y trastornos del

Constituyente de la CoA
pantotinico) sueño

B5 (niacina) Constituyente de las coenzimas NAD y NADP Pelagra

B6 Interviene en las reacciones de transferencia de grupos
Depresión, anemia
(piridoxina) aminos.

B12 Coenzima en la transferencia de grupos metilo. Anemia perniciosa

(cobalamina)

Coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilo, en

Biotina Fatiga, dermatitis...
metabolismo de aminoácidos.
 Sitios de la Enzima
SITIO DE UNIÓN AL SUSTRATO:
Contiene los grupos químicos (cadenas laterales de
aminoácidos) que fijan al sustrato formando el Complejo
Enzima
unión es– Sustrato. La
reversible y se establece mediante débile
enlaces (electrostáticos o salinos, s
puentes de hidrógeno, hidrofóbicas y fuerzas fuerza
de Van der Waals). s

11
 Sitios de la Enzima

SITIO
ACTIVO:los grupos químicos específicos implicados en la
Contiene
catálisis (cadenas laterales de aminoácidos o nucleótidos),
pudiendo estar cercanos o alejados en su estructura primaria.
Puede integrar o no al sitio de unión al sustrato.

Ser
Asp
His

Glucosa 6-fosfotransferasa

12
 Sitios de la Enzima

SITIO
ACTIVO:los grupos químicos específicos implicados en la
Contiene
catálisis (cadenas laterales de aminoácidos o nucleótidos),
pudiendo estar cercanos o alejados en su estructura primaria.
Puede integrar o no al sitio de unión al sustrato.

Ser
Asp
His

Glucosa 6-fosfotransferasa

13
 Generalidades Enzimas

▪ Características catalíticas

E+S ES E + P

▪ Las enzimas aceleran las reacciones multiplicando su velocidad.

▪ No se alteran en el proceso, no se modifican en su actuación.

▪ No llevan a cabo reacciones que sean energéticamente desfavorables, no

modifican la constante de equilibrio de la reacción, sino que aceleran su
consecución.
 Sitios de la Enzima
SITIO DE UNIÓN AL SUSTRATO:
Contiene los grupos químicos (cadenas laterales de
aminoácidos) que fijan al sustrato formando el Complejo
Enzima
unión es– Sustrato. La
reversible y se establece mediante débile
enlaces (electrostáticos o salinos, s
puentes de hidrógeno, hidrofóbicas y fuerzas fuerza
de Van der Waals). s

15
 Sitios de la Enzima

Sitio activo de una enzima

Sustrato: H2O2

Sitio Activo

Sustrato
Sitio Activo

Modelo molecular de la Modelo esquemático

Catalasa de una enzima
16
 Sitios de la Enzima

SITIO
ALOSTÉRICO:
Presente en las enzimas regulatorias, en donde se fijan
efectores o inhibidores alostéricos, que provocan un cambio
conformacional en el sitio de unión al sustrato o en el sitio
catalítico, regulando la actividad enzimática.

17
Especificidad enzimática

Especificidad de sustrato
Absoluta Relativa

Especificidad de acción

Absoluta

18
 Modo de acción de los enzimas

Centro activo: Región del enzima que se une al sustrato y donde se realiza
la catálisis

▪ Es un bolsillo o hendidura tridimensional residuos

compuesto por aminoácidos de diferentes partes de de producen
la molécula que microambiente específico. un

▪ Es relativamente pequeño en comparación con el volumen total del enzima.

▪ Los sustratos se unen mediante múltiplesinteracciones débiles.

interacciones proveen
Las de la energía necesaria para reducir la energía de
activación.

▪ Proporciona la especificidad al enzima.

Especificidad enzimática: especificidad de sustrato

Modelo llave – cerradura (Fischer 1894)

Modelo del ajuste inducido (Koshland 1958)

“Bioquímica” Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

 Especificidad enzimática: especificidad de sustrato

Sustrato
Modelo llave – cerradura
Centro
activo (Fischer 1894)
Complejo ES

Enzima

Sustrato
Modelo del ajuste inducido
Centro (Koshland 1958)
activo

Complejo ES

Enzima
 Especificidad enzimática: especificidad de sustrato

Cambio conformacional inducido por la glucosa en la hexoquinasa

D-Glucosa
 Especificidad enzimática: estereoespecificidad

Los enzimas son estereoespecíficos porque forman varias interacciones

entre aminoácidos del centro activo y los distintos grupos del sustrato

CH2OH
1 CH2OH
CHOH Glicerol
Glicerol quinasa OH C H
2
quinasa
CH2OH AT
3 CH2OPO
P
Glicerol L-Glicerol3
3-fosfato
1
CH OH
2 2

C
3
H
OH
H
 Especificidad enzimática: especificidad de función

Un mismo compuesto puede ser sustrato de varios enzimas, que lo modifican

de distinta forma.

Glucosa 6 P DH
6P-Gluconolactona
Fosfatasa
Glucosa + Pi
Isomerasa
Fructosa 6P
Mutasa
Glucosa 1P
Mecanismo de catálisis enzimática
 Tipos de catálisis

▪ Catálisis ácido-base

▪ Catálisis covalente

▪ Catálisis por iones metálicos

 Tipos de catálisis

▪ Catálisis ácido-base
Reacciones por intermediarios cargados inestables
transformación captación o por
cesión de H+
A pH fisiológico [H+] y [OH-] Baja velocidad
bajas

Enzimas donantes o aceptores de [H+] Aumentan velocidad

 Tipos de catálisis

▪ Catálisis ácido-base
Triosa fosfato
isomerasa

His 95

Glu 165

Intermediario enediol, se
G3P se une al forma por transferencia de DHAP unida al
centro activo un protón de C2 al Glu 165 y centro activo
un protón de His 95 al
carbonilo

E + G3P E- G3P E-enediol E- DHAP E + DHAP

 Tipos de catálisis

▪ Catálisis covalente
Se forman enlaces covalentes transitorios E-S para facilitar la formación de
producto. Ej: Transaminaciones

A-B + X: A-X + B A + X: + B
X: = Núcleo nucleofílico de la enzima

GRUPOS NUCLEÓFILOS Y ELECTRÓFILOS DE IMPORTANCIA

BIOLÓGICA

a) Grupos nucleófilos en sus formas básicas

b) Los grupos electrófilos contienen un átomo con deficiencia de electrones (rojo)
 Tipos de catálisis

▪ Catálisis por iones metálicos

Participan de diferentes formas en la catálisis:
▪ Fijando y orientando adecuadamente al sustrato para que reaccione
▪ Estabilizando estados de transición de compuestos cargados
▪ Intervienen en reacciones redox cambiando su propio estado de oxidación

SITIO ACTIVO DE LA ANHIDRASA CARBÓNICA HUMANA

CO2 + H2O HCO3- + H+

Clasificación de las
enzimas de acuerdo a la
Unión Internacional de
Bioquímica y Biología
Molecular (UIBBM
Especificidad de acción
(absoluta)

1. ÓXIDOREDUCTASA
S
2. TRANSFERASAS
3. HIDROLASAS
4. LIASAS
5. ISOMERASAS
6. LIGASAS
32
 Clasificación de las enzimas

Clase I. Oxidorreductasas:

Catalizan reacciones de oxido-reducción al adicionar o

sustraer hidrógenos o electrones.
Ejemplo:

NAD+ NADH +
H

OH O O O
CH3– CH – CH2 – C – O¯ CH3– C – CH2 – C – O¯
-hidroxibutirato
-hidroxibutirato Acetoacetato
deshidrogenasa

Subclases: deshidrogenasas, oxigenasas, reductasas

oxidasas,
peroxidasas, catalasas, hidroxilasas ,
33
 Clasificación de las enzimas

Clase II. Transferasas:

Catalizan reacciones en las quehay transferencia

una de
grupos de una molécula a otra.
Ejemplo:
COO¯
COO¯
COO¯ + Alanina O=C
H3N– CH COO¯
O=C aminotransferasa +
+ CH2 H3N – CH + CH2
CH3
PLP
CH2 CH3 CH2
Piruvato COO¯ COO¯
Alanina
Glutamato -cetoglutarat
o
Subclases: transaminasas, transcarboxilasas, transmetilasas,
fosforiltransferasa,
22
 Clasificación de las enzimas

CLASE III. Hidrolasas:

Catalizan reacciones en las quese produce la

ruptura de
enlaces por la adición de agua.

Ejemplo:
COO¯ COO¯
+ +
H3N– CH H3N– CH
Glutaminasa CH2
CH2 + HOH + +
NH4
CH2 CH2 Amoníaco
O = C – NH2 O = C – O¯

Glutamina Glutamato

Subclases: esterasas, glucosidasas, fosfatasas, tiolasas, fosfolipasas,

amidasas, desaminasas, ribonucleasas y peptidasas

35
 Clasificación de las enzimas

Clase IV. Liasas:

Catalizan reacciones de eliminación no hidrolítica de

grupos (H2O, CO2 y NH3) para formar un doble enlace o
se añaden grupos para romper un doble enlace.
Ejemplo:

Histidina +
descarboxilasa CO2
Histidina Histamina

Subclases: descarboxilasas, hidratasas, deshidratasas, liasas,

aldolasas y sintasas
36
 Clasificación de las enzimas

Clase V. Isomerasas:

Catalizan varios tipos de en las quehayun

reacciones reordenamiento
intramolecular.
Ejemplo:
H–C=O H – C – OH
Fosfotriosa
H – C – OH H–C=O
O¯ CH2 isomerasa O¯ CH2 –

–O–P=O O–P=O

O¯ O¯
Gliceraldehído 3-Fosfato Dihidroxiacetona Fosfato

Subclases: isomerasas, racemasas, epimerasas y mutasas

37
 Clasificación de las enzimas

Clase VI. Ligasas:

Catalizan la formación de un enlace entre dos moléculas
de sustrato. La energía para estas reacciones es aportada
por la hidrólisis de un nucleotido trifosfato.
Ejemplo:

ADP+ Pi
+
NH3 ATP +
NH3

¯O CH2 CH O¯ Glutamina H2N CH2 CH O¯

sintetasa
C CH CH
2
C C 2
C
O
O +
NH4 O
Glutamato HOH O
Glutamina

Subclases: sintetasas,
carboxilasas.
38
 Nomenclatura
Las enzimas se identifican con un código de cuatro dígitos, así
como un nombre sistemático que consta del nombre de los
sustratos, seguido por el tipo de reacción que cataliza,
terminado en asa.
Ejemplo:

El nombre formal de la enzima que cataliza la reacción de

transferencia de un grupo fosfato del ATP a la glucosa
ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa 6-fosfato

Clase II, Sub-subclase, Sustrato con

Transferasa. grupo hidroxilo como aceptor del
fosfato transferido.
E.C. 2. 7. 1. 1. ATP : Glucosa
6-fosfotransferasa
Subclase Número de la
fosfotransferasa, enzima
grupo 27
enzimas que
fosfato.
 Nomenclatura de enzimas

▪ Código numérico encabezado por las letras EC (enzyme commission)

▪ Cuatro números separados por puntos

• El 1º indica a cual de las seis clases pertenece la enzima

• El 2º se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo

• El 3º y el 4º se refieren a los grupos químicos

específicos que intervienen en la reacción.

▪ Nombre sistémico

Sustrato preferente + reacción + “asa”

Etanol Alcohol DH Acetaldehído

Alcohol deshidrogenasa E.C. 1.1.1.1

 Clasificación de enzimas

1.- Oxidorreductasas: Reacciones de oxido-reducción

2.- Transferasas: Transferencia de grupos intactos de una molécula

a otra

3.- Hidrolasas: Reacciones de hidrólisis

(ruptura de enlaces con participación del agua)

4.- Liasas: Adición de grupos a dobles enlaces

(sin participación del agua)

5.- Isomerasas: Transferencia intramolecular de grupo

(cis/trans, L/D, aldehído/cetona)

6.- Ligasas: Unión de dos sustratos a expensas de la hidrólisis del

ATP
 Mecanismos de
acción.
Catálisis enzimática.
 Curso de una reacción espontánea

S P
‡
Energía libre de Gibbs

G‡S P.
G‡P S.

P G’
( G)

Curso de reacción
Estado de transición
(‡) 43
Mecanismo general de la catálisis enzimática

E + SES P
2
‡

G‡Sin cat.
Energía libre, G

4
‡

1
5
G‡cat.
ES EP
3

Reacción catalizada vs reacción no

catalizada Estado de transición
(‡)
 Mecanismo general de la catálisis enzimática
1. En una reacción química, un compuesto con un determinado nivel energético.

2. Debe alcanzar un nivel energético más alto que se corresponde con el valor del estado
de transición.

3. Para ser transformado en producto con un nivel energético, que normalmente es

inferior al del estado inicial.

4. La formación del estado de transición representa una barrera energética que debe ser
aportada por el entorno para que la reacción tenga lugar. Esa barrera energética es lo
que constituye la energía de activación, la cual, en las reacciones no catalizadas por
enzimas, puede ser aportada por incrementos de temperatura o variaciones de pH.

5. En presencia de enzimas la unión de la enzima con el sustrato constituye un estado de

transición, lo cual favorece que la reacción se realice sin necesidad de un aporte
energético del entorno, esto viene dado a que el complejo Enzima – Sustrato (ES)
atraviesa una serie de barreras energéticas que son producto de los cambios
conformacionales de la enzima y el sustrato a medida que transcurre la reacción.

45
Mecanismos que utilizan las enzimas para
aumentar la velocidad de las reacciones

Acercan a los reactantes

Disminuyen la energía de activación

¿CÓMO LO HACEN?

A través de la formación del

Complejo Enzima -Sustrato

46
 Mecanismo de catálisis enzimática

Enzimas aumentan la velocidad sin modificar la constante de equilibrio de la reacción

▪ Condiciones para una reacción bioquímica

▪ Los reactivos deben colisionar

▪ La colisión molecular tiene que ocurrir con una orientación adecuada

▪ Debe haber un equilibrio favorable. La ΔG0 debe ser negativo

E + S ES EP E+P
Estado de transición

Estado basal

A B Estado basal
 Mecanismo de catálisis enzimática

Estado de transición

Estado basal

Estado basal
A B

Energía de activación ΔG0‡: Energía necesaria para que se alcance el estado de

transición y que se produzca la reacción.

▪ Es la energía necesaria para:

•Alinear grupos reactivos
• Formar cargas inestables transitorias
• Reordenar enlaces
 Mecanismo de catálisis enzimática

Estado de transición

Estado basal

Estado basal
A B

▪ La enzima se une al de sustrato y le hace adoptar un estado intermediario

semejante al de transición pero de menor energía

▪ Energía de activación de la reacción catalizada es menor que la energía de

activación de la reacción sin catalizar
Mecanismo de catálisis enzimática