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Home > Ciências > Ciências da Saúde > Microrganismos intestinais podem ajudar a diagnosticar câncer colorretal

Ciências da Saúde - 01/04/2019

Microrganismos intestinais podem ajudar a diagnosticar

câncer colorretal
Em artigo na “Nature Medicine”, cientistas descrevem diferenças entre a microbiota de pacientes com e sem a doença
Por Valéria Dias - Editorias: Ciências da Saúde - URL Curta: jornal.usp.br/?p=232679
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 Os resultados da pesquisa poderão contribuir para aumentar a precisão no diagnóstico da doença, levando em conta as características da microbiota – Arte: Moisés
Dorado sobre imagens CC

P
esquisadores da USP e da Universidade de Trento (Itália) utilizaram técnicas de aprendizado de máquina e de estatística
para identificar espécies e genes da microbiota (coleção de bactérias, fungos e vírus presente nos intestinos) de pacientes

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 P com câncer colorretal. O método foi capaz de predizer, com alta precisão, e apenas com base na composição da microbiota,
a presença ou não de câncer nos diferentes pacientes avaliados em estudos. Os resultados poderão contribuir para aumentar a
precisão no diagnóstico da doença, levando em conta as características da microbiota. Um artigo descrevendo os achados acaba de
ser publicado na Nature Medicine e está disponível neste link.

Os cientistas trabalharam com os dados de 969 amostras fecais de pessoas com câncer colorretal, de portadores de adenomas
(pólipos benignos e malignos) e de indivíduos controle, isto é, saudáveis, para comparação. Essas informações foram extraídas de
sete estudos, da China, França, Estados Unidos, Áustria e Itália, e disponíveis em bancos de dados de sequências de DNA
internacionais.

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 Integrantes do Laboratório de Bioinformática do Instituto de Química (IQ) da USP (da esquerda para a direita): Ondina Palmeira, Victor
Iizuka, Andrew Thomas, Jhonatas Monteiro, João Carlos Setubal, Carlos Morais, Raquel Riyuzo, Ana Carolina Soares, Fabio Sanchez
e Remigio Rodrigues – Foto: Marcos Santos / USP Imagens

A análise dos dados mostrou que as amostras fecais dos pacientes com câncer colorretal continham uma maior quantidade da
enzima bacteriana cutC – choline utilization gene C. Essa enzima degrada a colina presente na fosfatidilcolina (um nutriente presente
em alimentos ricos em gorduras, como carnes, queijos e ovos) e gera trimetilamina, liberando acetaldeído no processo, um composto
altamente carcinogênico. Os pacientes com câncer colorretal também apresentaram um maior número de bactérias quando
comparados ao grupo controle, além de mais espécies associadas à cavidade oral.

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 “Essa enzima bacteriana e a trimetilamina já foram associadas a doenças cardiovasculares como a
aterosclerose. Já se sabe também que existe uma associação entre o consumo de carne vermelha e o
câncer colorretal”, conta o biólogo Andrew Maltez Thomas que, junto com o pesquisador Paolo Manghi,
da Universidade de Trento, são os primeiros autores do artigo Metagenomic analysis of colorectal cancer
datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation,
publicado na Nature Medicine.

Segundo dados da Organização Pan-Americana de Saúde, o câncer é uma das principais causas de
morte no mundo: foram cerca de 9,6 milhões de mortes em 2018. O câncer colorretal teve 1,8 milhão de
casos registrados. Os outros tipos de cânceres mais comuns são: pulmão (2,09 milhões de casos), Andrew Thomas no
mama (2,09 milhões de casos), próstata (1,28 milhão de casos), câncer de pele não melanoma (1,04 Laboratório de Bioinformática
do Instituto de Química da
milhão de casos) e estômago (1,03 milhão de casos).
USP – Foto: Marcos Santos /
USP Imagens

Metagenômica e aprendizado de máquina

Após analisar o DNA das 969 amostras e identificar e quantificar a população da
microbiota, os pesquisadores utilizaram recursos de inteligência artificial. Eles usaram um + Mais
classificador – espécie de “programa de computador” capaz de aprender e de colocar em
prática os conhecimentos adquiridos. O classificador foi treinado nos seis estudos, ou
seja, recebeu informações sobre quais amostras eram câncer colorretal, quais eram grupo
controle e qual era a microbiota de cada amostra. Depois, os cientistas testaram o método
no sétimo estudo, cujos dados não haviam entrado no treinamento anterior.
Problemas na microbiota são gerados
do parto à alimentação
O classificador foi capaz de predizer com alta precisão quais amostras eram ou não
câncer colorretal desse sétimo estudo. Os cientistas validaram os resultados obtidos
(maior presença da enzima cutC, maior número de bactérias e mais espécies associadas

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 à cavidade oral) em dois outros estudos, um do Japão e outro da Alemanha, e o método
se mostrou bastante preciso na detecção dos casos da doença.

Andrew informa que o principal método de detecção do câncer colorretal é o exame de

fezes. Combiná-lo com a análise da microbiota poderia ajudar a diminuir a taxa de falsos USP registra dados de todos os casos
positivos. “É possível, num futuro próximo, combinar os dois métodos em nível hospitalar de câncer diagnosticados no
município de São Paulo
por meio do exame de fezes e de uma técnica chamada qPCR [PCR quantitativa]”, diz
Andrew Thomas.

Pesquisa quer descobrir relação entre

microbiota, hábitos alimentares e
genética

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 Nicola Segata (ao centro, de blusa preta de lista branca) e o grupo de pesquisa do Laboratório de Metagenômica Computacional da
Universidade de Trento (da esquerda para a direita): Kun D. Huang, Chiara Mazzoni, Federica Pinto, Nicolai Karcher, Davide
Bazzani, Francesco Asnicar, Paolo Manghi, Federica Armanini, Nicola Segata, Serena Manara, Fabio Cumbo, Eleonora Nigro, Mattia
Bolzan, Adrian Tett, Francesco Beghini – Foto: Alessio Coser

Influência da dieta
De acordo com o biólogo, a hereditariedade responde por 5% a 10% dos casos de câncer colorretal. A maioria ocorre devido a
componentes ambientais, como dieta. “E a dieta modula a microbiota. Então a ligação entre microbiota e o câncer colorretal é muito
mais tangível do que em outros tumores”, diz.

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 Segundo o pesquisador, já se sabe que a microbiota fecal consegue predizer muito bem a presença do
câncer colorretal e há associações entre algumas espécies bacterianas e a presença da doença. “Isso
levanta a hipótese de que microbiota possa estar associada ao desenvolvimento e também ao processo
de tumorigênese [formação de tumor] desse câncer”, finaliza.

O orientador da pesquisa no Brasil, professor João Carlos Setúbal, destaca a importância cada vez maior
da bioinformática. “Hoje em dia é muito importante a análise computacional de dados biológicos de larga
escala. A bioinformática se tornou um instrumento essencial para se chegar a conclusões como essas
que este paper apresenta”, ressalta o docente.
João Carlos Setúbal – Foto:
Marcos Santos / USP Imagens
O artigo está disponível no site da publicação. Ele é parte da tese de doutorado de Andrew, apresentada
no último mês de dezembro ao Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP. A
orientação da tese foi do professor João Carlos Setúbal, do Instituto de Química da USP. Setúbal coordena o Laboratório de
Bioinformática, que desenvolve pesquisas na área de microbiota e saúde humana. A co-orientação do doutorado foi do pesquisador
Emmanuel Dias-Neto, do Centro de Pesquisas do Hospital A.C. Camargo. A pesquisa descrita na Nature Medicine foi realizada na
modalidade doutorado-sanduíche na Universidade de Trento, na Itália, em projeto liderado pelo pesquisador Nicola Segata.

Mais informações: e-mail andrewmaltezthomas@gmail.com, com o biólogo Andrew Thomas, ou setubal@iq.usp.br, com
João Carlos Setúbal

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