AMALIA RAHMADANI

160351606451
JURNAL-ROLLLING CIRCLE REPLICATION DAN RETVERSE
TRANSCRIPTION

 Unique origin of replicationasal mula replikasi yang disebut dengan oriC

memiliki 245 pasangan nukelotida dan mengandung dua urutan pengulangan yang
berbeda.

Satu urutan 13-bp sebagai tiga

pengulangan tandem. Ketiga
pengulangan ini kaya akan pasangan
basa A: T, memfasilitasi pembentukan daerah pemisahan untai terlokalisasi yang
disebut sebagai gelembung replikasi. Dua untai daerah kaya AT DNA menjadi lebih
mudah terpisah dengan input energi yang lebih sedikit. Pembentukan zona denaturasi
yang terlokalisasi merupakan langkah pertama yang esensial dalam replikasi semua
DNA untai ganda. Komponen lain yang dilestarikan dari oriC adalah urutan 9-bp yang
diulang empat kali dan diselingi dengan urutan lainnya. Keempat sekuens ini
merupakan situs pengikatan untuk protein yang memainkan peran kunci dalam
pembentukan gelembung replikasi.
 Replikasi dua arah
Replikasi dua arah pertama kali dijelaskan dengan percobaan virus yang
menginfeksi E. coli. Bakteriophage lambda (phage ʎ) mengandung molekul linear
tunggal. Ujung beruntai tunggal tersebut lengket satu sama lain. Dengan demikian,
ujung kromosom lambda yang kohesif dapat berpasangan membentuk struktur
melingkar yang terikat hidrogen. Ketika kromosom lamda disuntikkan kedalam sel
inang, maka kromosom lamda akan mengalami konversi molekul melingkar yang
tertutup secara kovalen. Konversi ini dari bentuk yang melingkar berikatan dengan
hydrogen ke bentuk melingkar yang tertutup secara kovalen dikatalis oleh DNA ligase
 yaitu suatu enzim penting yang menyegel atau melindungi kerusakan untai tunggal di
dalam heliks ganda.

Replikasi dari kromosom E. coli terjadi secara dua arah dari ORI (origin of
replication) atau sebagai awal mula terjadinya replikasi. Setiap struktur yang
berbentuk Y merupakan garpu replikasi dan dua garpu replikasi bergerak dalam arah
yang berlawanan secara berurutan di sekitar kromosom yang melingkar.
 Replikasi DNA pada Prokariotik
Hasil studi replikasi DNA dengan autoradiografi dan mikroskop electron
menunjukkan dua untaian keturunan disintesis di masing-masing garpu replikasi
diperluas dalam keseluruhan arah yang sama di tingkat makromolekul. Sintesis terjadi
pada akhir ujung 5 pada satu untai (3’-5’ perpanjangan) dan pada akhir ujung 3 dari
satu helai lainnya (5’-3’ perpanjangan). Namun enzim mengkatalis dari replikasi
DNA, DNA polymerase hanya mensintesis DNA dalam arah 5’ ke 3’. DNA
Polimerase hanya dapat melakukan proses katalis sintesis dalam arah 5’ ke 3’ saja.
Berarti sintesis satu untai DNA bersifat kontinu sedangkan sintesis helai lainnya
teputus-putus. Sintesis untai diperpanjang secara keseluruhan dari 5’ ke 3’ dinamakan
dengan leading strand. Untaian yang diperpanjang secara keseluruhan dengan arah 3’
menuju ke 5’ disebut dengan lagging strand.
RNA polimerase merupakan enzim kompleks yang mengkatalisis sintesis molekul
RNA dari templat DNA, mampu memulai sintesis rantai RNA baru di lokasi spesifik
pada DNA. Ketika ini terjadi, hibrida RNA-DNA terbentuk di mana RNA yang baru
lahir terikat hidrogen ke templat DNA. Karena DNA polimerase mampu
memperpanjang rantai DNA atau RNA yang mengandung 3’-OH bebas, para ilmuwan
mulai menguji gagasan bahwa sintesis DNA mungkin dimulai dengan menggunakan
primer RNA. Hasil mereka membuktikan bahwa hal ini benar.
Primer RNA kemudian dieksisi dan diganti dengan rantai DNA. Langkah ini
dilakukan oleh DNA polimerase I dalam E. coli. DNA polimerase I memiliki dua
 aktivitas exonuclease: aktivitas 5’ → 3’ exonuclease, yang memotong kembali untai
DNA mulai dari 5’ termini, dan aktivitas 3’ → 5’ exonuclease, yang memotong
nukleotida dari 3’ termini untai DNA. Oleh karena itu, DNA polimerase I
mengandung tiga aktivitas enzim yang berbeda, dan ketiga aktivitas tersebut
memainkan peran penting dalam replikasi kromosom E. coli.
Setelah DNA polimerase I mengganti primer RNA dengan rantai DNA, 3’-OH dari
satu fragmen Okazaki berada di sebelah grup 5’-fosfat dari fragmen Okazaki
sebelumnya. Produk ini adalah substrat yang sesuai untuk DNA ligase, yang
mengkatalisis pembentukan hubungan fosfodiester antara fragmen Okazaki yang
berdekatan.
 Rolling Replication
Kromosom E. coli mengandung molekul DNA melingkar. Dengan DNA E. coli
berputar pada 3000 putaran per menit untuk memungkinkan gulungan untaian
parental selama replikasi. Sumbu rotasi yang diperlukan selama replikasi molekul
DNA sirkular disediakan oleh enzim yang disebut DNA topoisomerase.
Topoisomerase mengkatalisasi pemutusan sementara pada molekul DNA tetapi
menggunakan ikatan kovalen dengan diri mereka sendiri untuk berpegang pada
molekul yang terpecah. Topoisomerase terdiri dari dua jenis: (1) Enzim topoisomerase
I DNA menghasilkan istirahat untai tunggal sementara atau goresan pada DNA, dan
(2) enzim DNA topoisomerase II menghasilkan istirahat ganda sementara merek
dalam DNA. Hasil penting dari perbedaan ini adalah bahwa aktivitas topoisomerase I
menghilangkan superkoil dari DNA satu per satu, sedangkan enzim topoisomerase II
menghapus dan memperkenalkan supercoil dua sekaligus.
Replikasi dimulai ketika endonuklease khusus-urutan memotong satu untai di asal,
menghasilkan 3 -OH dan 5-fosfat termini. The 5 terminus dipindahkan dari lingkaran
sebagai untai template yang utuh berbalik sumbu. Perpanjangan kovalen terjadi pada
3 -OH dari untai yang terpotong. Karena DNA templat lingkaran dapat berubah 360
kali, dengan sintesis satu untai DNA lengkap atau satuan panjang selama setiap
belokan, replikasi lingkaran-lingkaran menghasilkan ekor untai tunggal lebih panjang
dari panjang kontur kromosom sirkular (Gambar 10.30). Replikasi lingkaran-bergulir
dapat menghasilkan DNA progeni untai tunggal atau untai ganda. Bundar molekul
progeni beruntai tunggal dihasilkan oleh pembelahan spesifik-lokasi ekor beruntai
tunggal pada asal replikasi dan resirkularisasi molekul satuan panjang yang
dihasilkan. Untuk menghasilkan molekul progeni untai ganda, singlestranded ekor
 digunakan sebagai templat untuk sintesis terputus dari untaian komplementer sebelum
pembelahan dan sirkulasi.
 Primosom dan Replisom
Inisiasi fragmen Okazaki pada untaian lagging dilakukan oleh primosom, suatu
kompleks protein yang mengandung DNA primase dan DNA helicase. Primosom
bergerak sepanjang molekul DNA, ditenagai oleh energi ATP. Saat berproses, DNA
helicase melepaskan ikatan ganda orangtua, dan DNA primase mensintesis primer
RNA yang diperlukan untuk memulai fragmen Okazaki berturut-turut. Primer RNA
secara kovalen diperpanjang dengan penambahan eoksiribonukleotida oleh DNA
polimerase III. Topoisomerase DNA memberikan jeda sementara pada DNA yang
berfungsi sebagai putaran untuk melepaskan DNA dan menjaga agar DNA tidak
terurai. Protein pengikat DNA untai tunggal melapisi DNA rereplikatif yang tidak
terurai dan menyimpannya dalam keadaan yang diperluas untuk DNA polimerase III.
Primer RNA digantikan dengan DNA oleh DNA polimerase I, dan torehan untai
tunggal yang ditinggalkan oleh polimerase I disegel oleh Ligase DNA. Urutan
peristiwa ini terjadi pada setiap garpu replikasi selama replikasi semikonservatif dari
kromosom E. coli. Ketika garpu replikasi bergerak di sepanjang heliks ganda induk,
dua untai DNA (untai utama dan untai lagging) direplikasi dalam serangkaian reaksi
terkoordinasi yang dijelaskan di atas. Alat replikasi lengkap yang bergerak di
sepanjang molekul DNA pada garpu replikasi disebut replisom. Replisom
mengandung holoenzim DNA polimerase III; satu inti katalitik mereplikasi untai
terkemuka, inti katalitik kedua mereplikasi untai lagging, dan primer RNA yang
dibutuhkan untuk sintesis diskontinu untai lagging yang terputus-putus. Agar dua inti
katalitik dari holoenzim polimerase III untuk mensintesis untai-untai yang baru mulai
dan yang tertinggal, untai yang tertinggal dianggap membentuk lingkaran dari
primosom ke yang kedua. inti katalitik DNA polimerase III.
 Reseverse Transcription
Informasi genetik mengalir dari gen, yang tersusun dari DNA, ke polipeptida, yang
tersusun dari asam amino, melalui zat antara, yang tersusun dari RNA. Jadi, dalam
arti luas, aliran informasi adalah DNARNApolipeptida. Enzim transkriptase-
balik merupakan enzim yang secara alami digunaan oleh retrovirus untuk membuat
copy DNA berdasarkan RNA-nya. Enzim transkriptase-balik ini kemudian digunakan
untuk mengkonstruksi copy DNA yang disebut cDNA (complementary DNA) dengan
menggunakan RNA sebagai cetakannya. Dengan demikin, gen atau bagian dari gen
dapat disintesis berdasarkan mRNA. Proses sintesis DNA dengan cara ini merupakan
kebalikan dari proses transkripsi.
Genom virus yang dimasukkan ke dalam kromosom inang disebut provirus. Provirus
direplikasi oleh enzim inang ketika kromosom inang diduplikasi. Ketika kondisinya
sesuai, provirus menjalani transkripsi untuk menghasilkan banyak salinan genom
RNA virus asli. RNA ini mengkode protein virus dan berfungsi sebagai RNA genomik
untuk partikel virus baru. Ketika virus-virus ini lolos dari sel, mereka mengumpulkan
bercak-bercak membran sel untuk digunakan sebagai amplop mereka. Semua genom
retroviral yang dikenal memiliki kesamaan tiga gen: gag, pol, dan env, masing-masing
mengkodekan protein prekursor yang dipecah menjadi dua atau lebih protein
fungsional. Gen gag mengkode protein yang membentuk mantel protein virus. Gen
pol mengkode reverse transcriptase dan enzim yang disebut integrase yang
memasukkan DNA virus ke dalam kromosom inang. Gen env mengkodekan
glikoprotein yang muncul di permukaan virus.
Proses diatas dikatalis oleh reverse transcriptase yang dimuali dengan sintesis untaian
DNA tunggal yang melengkapi RNA untai tunggal dari genom virus. Ini
diprioritaskan oleh tRNA yang melengkapi urutan yang disebut dengan PBS (situs
pengikatan primer) terletak disebelah kiri pusat dalam RNA HIV ( langkah 1). tRNA
ini dikemas sudah dalam keadaan terikat oleh PBS di inti HIV. Setelash reverse
transcriptase mengkatalis sintesis ujung 3 DNA virus, ribonuklease H( RNase H)
menurunkan RNA genomic dalam dupleks RNA-DNA (langkah 2). Degradasi ini
menyebabkan urutan berulang (R) untai DNA yang baru lahir bebas untuk
digabungkan dengan urutan R pada ujung 3 RNA HIV. Hasilnya adalah wilayah R
dari untai DNA yang baru terbentuk ‘melompat’ dari ujung 5 RNA HIV ke ujung 3
RNA HIV (langkah 3). Reverse transcriptase selanjutnya memperluas salinan DNA
dengan menggunakan 5 wilayah HIV RNA sebagai template (Gambar 4). Pada
langkah 5 RNase H mendegradasi semua RNA dalam dupleks RNA-DNA kecuali
wilayah kecil, saluran polipurin (PPT) yang sebagian besar terdiri dari purin, adenine
dan guanine. Saluran polipurin ini digunakan untuk mensintesis DNA untai-kedua di
bagian genom HIV (langkah 6). Setelah tRNA dan RNA genom hadir dupleks RNA-
DNA dihilangkan (langkah 7), ‘lompatan’ DNA kedua terjadi selama PBS pada ujung
5 untai DNA kedua berhibridisasi dengan PBS komplementer pada ujung 5 untai dna
pertama (langkah 8). 3 hidroksil termini dari dua untai DNA kemudian digunakan
untuk sintesis DNA utama untuk menyelesaikan sintesis DNA HIV untai ganda
(langkah 9). Dapat diperhatikan bahwa konversi RNA virus menjadi DNA virus
menghasiljan urutan pada kedua ujung molekul DNA. Uruan ini disebut dengan long
terminal repeats (LTRs), diperlukan untuk integrasi genom virus ke dalam sel inang.